Discussion Recherche:Corrélation entre les gènes de tRNAs des 3 domaines

Notes de l'auteur

NB sur les duplications à l'identique du processus E

8.5.18 Paris retour à la note.
Les aléas de la réflexion: Cette étude étant une réflexion à long terme, les idées évoluent et peuvent se contredire quelque fois. Aussi je reprends ici mon cheminement pour arriver à la quantification du processus E.

• Tout à fait au début des comparaisons entre bactéries et 121 eucaryotes j'avais fait la différence quantitative entre les 121 eucaryotes réduits et les bactéries, pensant que cette différence représentait le processus de duplication propre aux eucaryotes, processus analogue au processus R de résonance. Le processus E serait la somme arithmétique du processus B et de la duplication de E. C'est ainsi que je qualifiait, avant l'étude de la genèse des gènes de tRNA, le processus B de processus de genèse sans duplication. C'est en se référant à la forte corrélation entre codons bactériens et eucaryotes (pour 30 codons avec les 155 eucaryotes ou 40 avec les 121 réduits) que j'ai essayé de confirmer cette intuition comme suite au chapitre (3/2.b/L'ordre adénélique du code génétique): "C'est la forte corrélation entre les codons bactériens et eucaryotes qui laissent penser que le processus de duplication s'ajoute à un processus de genèse eucaryote analogue à celui des bactéries."
• L'étude de la genèse des gènes de tRNA par les "zéros tRNAs" m'avait changer d'avis à cause du fait que la genèse eucaryote des codons à genèse bactérienne faible peut atteindre l'unité et même la dépasser puisque, dans mes décomptes je ne différencie pas duplication à l'identique et celle non à l'identique. Voir les "zéros tRNAs" au chapitre précédent la quantification de la différence E−B. Je pensais alors que la différence E−B n'avait pas de sens et que les 2 processus E et B sont de natures différentes.
• La faible genèse des codons faibles xyc/t eucaryotes: la genèse des codons faibles xyc/t laisse penser que les duplications non à l'identique des codons forts ne dépasseraient que de quelques dixièmes d'indices de multiplicité celle des bactéries. Ceci voudrait dire que la différence E−B représente essentiellement la duplication à l'identique du processus E. Ceci est confirmé par la forte corrélation entre E et B (diagramme Eb40) comme je l’ai mis en avant au début mais aussi par l'étude de la sensibilité relative au chapitre précédent les "zéros tRNAs" et les genèses. Dans les sensibilités relatives on retrouve plus de la moitié des codons avec des indices proches des indices bactériens. La forte corrélation observée (R2=0.56) montre alors que le processus de duplication du processus E lui même est corrélé aux indices des codons bactériens.

Cette remise en question de ma réflexion me conduit à souligner que l'étude sur les gènes de tRNA des eucaryotes les caractérise spécifiquement en dehors de toute sélection, parce qu'elle concerne la globalité des eucaryotes et les 3 domaines, que cette étude est faite pour renforcer l'hypothèse de la résonance dans l'ADN et surtout que l'objectif finale est de deviner le comportement des gènes de tRNAs et celui des tRNAs eux-mêmes aux PEEMOVs.

• Le concept global: Le comportement des tRNAs dans cette étude se fait avec des moyennes et donc c'est un comportement global. Pour tout processus qui concerne la résonance celle-ci se manifeste par l’exagération de certaines des valeurs étudiées, les autres restant minimales. Ici ce sont quelques tRNAs seulement qui vont varier beaucoup notamment avec le processus de duplication résonnante. Il y a certainement plusieurs processus à l’œuvre dans la constitution de l'indice de multiplicité des eucaryotes mais il est le reflet de la caractéristique unique des eucaryotes qu'est la membrane nucléaire. Il serait intéressant, quand le nombre de génomes séquencés deviendra très élevé, d'établir, pour chaque codon, un indice de multiplicité ou une courbe de distribution de référence.
• La résonance: C'est celle de l'ADN. Elle est révélée par la réaction de l'ADN à l'action d'un processus qui lui est externe, et en général ce sont souvent des protéines ou même des aas qui agissent sur l'ADN. Avec les eucaryotes nous n'avons plus un petit chromosome circulaire à la base de sa résonance et qui donne naissance aux tRNAs avec leur résonance propre. Les chromosomes eucaryotes, 10 à 100 fois plus grands que le chromosome bactérien, n'ont pas la même résonance et parfois ne contiennent aucun gène tRNA. C'est comme s'ils généraient difficilement de nouveaux gènes de tRNA. Les indices de multiplicité constatés seraient dus plutôt à des duplications à l'identique comme si les gènes de tRNA étaient des transposons.
• Les PEEMOVs et les solitons des tRNAs: Dans les PEEMOVs il n'y a pas encore de création de liaisons covalentes et les monomères d'ADN subissent l'organisation du protobionte constitué du liposome et de molécules de la soupe prébiotique dont les aas et les bases nucléiques (voir l'initialisation du métabolisme dans le protobionte pour la formation des monomères d'ADN dans l'article du pétrole prébiotique). Les monomères d'ADN non liés des tRNAs constitueraient un soliton et peuvent donc se maintenir réunis tout en se déplaçant. Ce comportement persisterait chez les eucaryotes quand un tRNA se trouve isolé dans une mer de bases qui constitue un grand chromosome linéaire n'ayant pas la même résonance que le chromosome bactérien. Ce concept de soliton a été mis en avant aussi pour les pré-protéines et leurs gènes ici dans l'article principal au chapitre La résonance de l'ADN dans les gènes de protéines, point d'étape, paragraphe "La résonance de l'ADN explique mieux les résultats des diagrammes étendus/sous-paragraphe 8". Il ne faut pas oublié que l'objectif principale de ma recherche c'est l'étude de ces PEEMOVs, l'hypothèse de la résonance dans l'ADN émise dans cet article et dans celui sur la répétition des bases, n'a de sens que si on pouvait la leur transposer.
  

Corrélation entre les tRNAs des bactéries et des eucaryotes: C'est la corrélation des 40 tRNAs des 121 eucaryotes (Diagrammes Eb45 et Eb40 où les codons aag gag tgc gcc gta de Eb45 font exception). En tenant compte de ces corrélations ma réflexion ci-dessus donne alors un sens concret à la différence E−B. C'est comme si chez les bactéries il n'y a qu'un processus de genèse des tRNAs, avec des duplications non à l'identique et que chez les eucaryotes, à ce processus s'ajouterait un processus de duplication à l'identique proportionnel au processus de genèse. Le processus de duplication à l'identique amplifiant le comportement de chaque base. Le processus E des eucaryotes serait alors la somme de ces 2 processus auquel s'ajouterait le processus R de duplication résonnante qui ne peut être qu'à l'identique étant donné le grand nombre de tRNAs par codons et par génome. Si on veut étudier alors le comportement de duplication à l'identique des codons du processus E, il faudrait soustraire du total des 121 eucaryotes les duplications non à l’identique. Or celles-ci sont indiscernables des autres. Cependant la genèse des codons faibles xyc/t laisse penser que les duplications non à l'identique des codons forts ne dépasseraient que de quelques dixièmes d'indices de multiplicité celle des bactéries. Donc la différence des indices de multiplicité entre bactéries et eucaryotes ne représente pas les duplications à l'identique mais s'en rapproche beaucoup. Pour avoir les valeurs exactes de cette duplication il faudrait enlever l’excès de genèse des eucaryotes par rapport aux bactéries. Ceci est faisable pour les genèses des eucaryotes inférieures à l'unité mais pas pour les codons ayant déjà une genèse supérieure à l'unité chez les bactéries.