Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes.

+ Intergen51 est la compilation des intercalaires entre les gènes des clusters à RNA d'un génome bactérien ainsi qu'entre ces gènes et les CDS qui les bordent et ainsi que les autres CDS entre eux. Ne sont pas étudiés les intercalaires avec les gènes restant qui représentent 1.3% du total des 51 génomes de cette étude. Les diagrammes intergen51.t représentent la compilation, par type d'intercalaire, de ces 51 génomes. Au total j'ai calculé les longueurs de plus de 200 000 intercalaires.

+ Les intercalaires des clusters et surtout ceux des CDS les bordant sont comparés aux intercalaires CDS..CDS qui servent de référence. Entre 2 gènes l'intercalaire peut être positif ou négatif et/ou continu ou discontinu. Il est continu quand les 2 gènes sont sur un même brin (le brin ou son complément) et il est discontinu s'ils sont sur 2 brins différents. Ce qui donne pour simplifier les symboles c+ c_ x+ x_. Quand le signe, + ou _ est absent, il est considéré comme +. Entre 2 types de gènes j'ai comptabilisé séparément les 2 sens de l'intercalaire, type1..type2 et type2..type1. L'intercalaire considéré dans le diagramme est surligné en jaune et correspond à la série de donnés du diagramme. Les abscisses représentent le total de plusieurs fréquences successives (freq 1 10 20 30) et les ordonnées son effectif (effect).

+ Le calcul de l'intercalaire est fait suivant une méthode éprouvée sur le tableur calc de LibreOfiice à partir du fichier RefSeq sequence de la base de données de NCBI. Pour y accéder se connecter à la base de données des tRNAs gtrnadb [1], cliquer sur le génome désiré puis sur Genome Info de sa page. La page affichée est alors celle de Assembly de NCBI, du génome. En bas de cette page se trouve le lien au fichier RefSeq sequence.

+ Description du diagramme:

• compilation des 51 génomes
• concerne les intercalaiaires négatifs continus et discontinus, CDS..CDS. Voir ses diagrammes dans intergen51.t3.
• Ce sont 4 diagrammes représentant le rapport des effectifs de 2 fréquences de périodicités différentes consécutives. Ainsi pour les x_

  le rapport de la fréquence 8 sur la fréquence 7 compare le diagramme 2 modulo 3 au diagramme 1 modulo 3, et j'ai noté le diagramme 2/1x_

  De même pour 6 et 7 des diagrammes 0 modulo 3 et 1 modulo 3 que j'ai noté 0/1x_

  et finalement 8 et 6 que j'ai noté 2/0x_

  Pour c_ je n'ai à comparer que les fréquences 8 et 7 que j'ai noté 2/1c_

• Ces diagrammes montrent une analogie entre les 2 courbes, ou homothétie dans le cas où le rapport serait constant. C'est le cas de 2/0x_ avec un R2 de 0.056. Pour les 3 autres courbes les rapports décroissent, proportionnellement avec la fréquence pour 0/1x_ avec un R2 de 0.504, comme son cube pour 2/1x_ et 2/1c_ avec un R2 de 0.896 et 0.761 respectivement. Ce dernier est proche du carré avec un R2 de 0.754 et le R2 de 0.896 est obtenu en omettant les 2 fréquences 7 et 37 qui ajoutés donnent un R2 de 0.381.
• Voir la construction et l'analyse de ces diagrammes au chapitre des diagrammes du total des CDS..CDS négatifs.