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Description

Description

Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs discontinus de 1 à 400 pbs sont présentés ici regroupés en clade. Ce regroupement est utilisé dans la comparaison entre les diagrammes continus et discontinus au chapitre correspondant.

Les abscisses sont la somme de 10 en 10 fréquences successives (fq10) et les ordonnées en pour 1000 (‰) du total des intercalaires positifs discontinus du génome, fx‰. La courbe de tendance est un polynôme de d°3 (poly 3). Y sont ajoutés les effectifs du diagramme (diagr) et du total. L'ordre du diagramme, ou classe, est indiqué entre deux, verticalement, en 1er celui du haut et en 2ème celui du bas. Exemple A2 B1: A2 classe de abq et B1 classe de agrc.
Le calcul de l'intercalaire est fait méthodiquement sur le tableur calc de LibreOfiice.
Voir la construction de ces diagrammes dans la page de chaque génome xxx intergen51 où xxx est le code KEGG [1]. Cette page présente
- le gènome en détail dont le lien à la source des donnée NCBI,
- permet de retrouver les 2 colonnes du diagramme dans les données intercalaires
- et présente les courbes de tendances sous forme de plynômes de d°3 dans les diagrammes CDS-CDS positifs.
Les liens à ces pages sont     sma    ksk    blo    ase    mfe    mfi    mja    mba.
Date 26.01.23
Source Travail personnel
Auteur Mekkiwik

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actuel26 janvier 2023 à 20:48Vignette pour la version du 26 janvier 2023 à 20:481 865 × 587 (211 kio)MekkiwikSuite à une modification globale de ces diagrammes, je les publie regroupés par clade et non génome par génome.
15 décembre 2021 à 17:34Vignette pour la version du 15 décembre 2021 à 17:341 318 × 803 (164 kio)Mekkiwikajout de la colonne reste
11 décembre 2021 à 21:16Vignette pour la version du 11 décembre 2021 à 21:161 305 × 808 (163 kio)Mekkiwik{{Information |Description=Projet de recherche: Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes. L'étude des intercalaires cds..cds permet de les comparer aux intercalaires cds..RNA et RNA..RNA. Les diagrammes des fréquences des intercalaires cds..cds positifs, continus et discontinus de 1 à 400 pbs et de 31 à 400, sont présentés ici pour montrer la grande différence entre continus et discontinus. Les abscisses...

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