Recherche:Corrélation entre les gènes de tRNAs des 3 domaines/Annexe/Tableaux
Paris le 01.04.19
Introduction
modifierTableau des effectifs des gènes de tRNAs
modifier- Lien Tableur: Tableau des effectifs des gènes de tRNAs
- Analyse du tableau ci-dessus.
- Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [1].
- 5 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
- 113 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
- 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
- 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à t et à c .
- 160: Changement de codon g Chez les archées et les eucaryotes.
- Tableaux:
- Nombre de tRNAs, tableaux I II III, décompte de la base gtRNAdb.
- Pour 100 000 tRNAs, tableaux I100 II100 III100, décomptes rapportés à 100 000 tRNAs pour comparaison.
- tRNAs pour 1 génome, tableaux I1 II1 III1, indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / nombre des génomes du domaine.
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Ordre des codons pour 100 000 tRNAs
modifier- Lien Tableur: Ordre des codons pour 100 000 tRNAs
- Légende: B bactéries, A archées, E eucaryotes.
- gac: Chez les bactéries le codon se terminant par g n'est pas dernier.
- cag: changement chez les archées par rapport aux bactéries.
- tag: chez les eucaryotes le codon se terminant par g est dernier.
- cag: différence très faible mais toujours non nulle.
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Moyennes et variances pour 100 000 tRNAs des codons
modifier- Lien Tableur: Moyennes et variances pour 100 000 tRNAs des codons
- Légende:
- Moyenne et écart type sont faits sur les carrés, sauf certains carrés.
- % :rapport de l'écart type par la moyenne en pourcent.
- moyenne par génome: celle du codon pour calculer l'indice de multiplicité. Elle est égale à dom*moyenne/100 000, dom étant le nombre de tRNAs par domaine, 8 731 pour les archées, 119 380 pour les eucaryotes et 239 000 pour les bactéries. Voir les statistiques de la base de données.
- multiplicité moyenne: rapport "moyenne par génome" du codon divisé par le nombre d'espèces du domaine de la base de données, 184 pour les archées, 155 pour les eucaryotes et 4 032 pour les bactéries.
moyenne | écart | % | carrés | sauf | moyenne par génome |
multiplicité moyenne | ||
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Bactéries | ||||||||
t | 2 | 1.4 | 74 | 13 | ct ac cg | - | - | |
c | 2,457 | 945 | 38 | 15 | cg | 5,775 | 1.43 | |
a | 2,524 | 1,193 | 47 | 14 | ta at | 5,933 | 1.47 | |
g | 1,183 | 501 | 42 | 14 | ta at | 2,781 | 0.69 | |
Archées | ||||||||
t | 4 | 7 | 193 | 16 | - | - | ||
c | 2,365 | 350 | 15 | 16 | 207 | 1.12 | ||
a | 2,257 | 246 | 11 | 13 | ta at tg | 197 | 1.07 | |
g | 1,843 | 120 | 7 | 14 | ta at | 161 | 0.88 | |
Eucaryotes | ||||||||
t | 939 | 912 | 97 | 16 | 1,081 | 6.97 | ||
c | 1,156 | 1,150 | 99 | 16 | 1,331 | 8.58 | ||
a | 2,306 | 2,027 | 88 | 14 | ta tg | 2,654 | 17.12 | |
g | 2,264 | 1,800 | 80 | 15 | ta | 2,606 | 16.81 | |
Eucaryotes | ||||||||
t1 | 102 | 55 | 54 | 8 | 117 | 0.75 | ||
t2 | 1,776 | 421 | 24 | 8 | 2,045 | 13.19 | ||
c1 | 109 | 104 | 95 | 8 | 126 | 0.81 | ||
c2 | 2,202 | 564 | 26 | 8 | 2,535 | 16.35 | ||
t1+c1 | 105 | 81 | 76 | 16 | 121 | 0.78 | ||
t2+c2 | 1,989 | 529 | 27 | 16 | 2,290 | 14.77 |
Comparaison des 3 domaines avec les nombres des tRNAs
modifier- Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [2]. La statistique de la base donne les effectifs suivants:
Domain Number of Genomes Number of tRNAs Moyenne Nombre de tRNAs comptés Bacteria 4,032 239,000 59 235,027 Archaea 184 8,731 47 8,749 Eukaryota 155 119,380 770 115,111 Eukaryota 121 − 461 55,830 Zebrafish 1 − 12,258 12,258
Comparaison globale
modifierCodons par ordre de valeurs dans les carrés
modifier- Lien Tableur: Codons par ordre de valeurs dans les carrés
- Légende: classement des codons par leur ordre des effectifs de gène tRNA, dans les doublets des bactéries (B), des archées (A) et des eucaryotes (E). Les ordres sont ceux des tableaux I100, II100, III100.
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Groupes de codons
modifier- Lien Tableur: Groupes de codons
- Légende: Les effectifs sont ceux des tableaux I100, II100, III100 sauf pour les faibles effectifs des tableaux I II III quand ils sont indiqués.
- − Groupe: Par exemple le groupe 111, est celui des codons classés en 1er dans chaque carré (doublet) des 3 domaines, bactéries (B), archées (A) et eucaryotes (E). L'attribution du groupe à chaque codon est faite dans le tableau des ordres.
- − Les paires de codons qui se ressemblent beaucoup sont soulignés en jaune.
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Comparaison par tri sur E et différences successives en %
modifier- Lien Tableur: Comparaison par tri sur E et différences successives en %
- Légende
B | A | E | E% | B% | |||
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ccc | 1,167 | 1,955 | 30 | 9 | 40 | ||
ctc | 1,638 | 2,446 | 32 | 54 | 1056 | ||
cgc | 142 | 2,137 | 50 | 74 | 2664 | ||
atc | 3,916 | 2,423 | 86 | 10 | 108 | ||
gtc | 1,885 | 2,423 | 95 | 4 | 2 | ||
tcc | 1,923 | 2,172 | 98 | 36 | 0 | ||
acc | 1,920 | 2,160 | 134 | 81 | 243 | ||
tga | 560 | 206 | 242 | 45 | 217 | ||
gcc | 1,773 | 2,103 | 352 | 29 | 24 | ||
cgg | 1,427 | 1,589 | 453 | 41 | 54 | ||
ccg | 929 | 1,726 | 639 | 2 | 20 | ||
tcg | 1,116 | 1,737 | 651 | 11 | 5 | ||
acg | 1,174 | 1,932 | 724 | 2 | 4918 | ||
ata | 23 | 23 | 739 | 2 | 8882 | ||
cta | 2,102 | 2,115 | 758 | 2 | 4 | ||
tta | 2,021 | 2,183 | 773 | 17 | 12 | ||
tca | 2,255 | 2,103 | 904 | 5 | 67 | ||
gta | 3,769 | 2,126 | 945 | 15 | 122 | ||
ttg | 1,702 | 1,863 | 1,085 | 3 | 16 | ||
agg | 1,469 | 1,886 | 1,116 | 1 | 50 | ||
ctg | 2,207 | 1,829 | 1,126 | 15 | 13 | ||
aca | 2,501 | 2,263 | 1,298 | 5 | 1493 | ||
ctt | 157 | 11 | 1,369 | 1 | 1927 | ||
cgt | 3,182 | 23 | 1,379 | 3 | 74680 | ||
cct | 4 | 0 | 1,423 | 0 | 54430 | ||
cca | 2,320 | 2,103 | 1,426 | 7 | 14 | ||
aga | 2,044 | 2,126 | 1,531 | 5 | 101 | ||
cag | 1,016 | 1,886 | 1,606 | 1 | 47680 | ||
tct | 2 | 0 | 1,618 | 1 | 94200 | ||
cac | 2,006 | 2,115 | 1,632 | 1 | 7 | ||
agc | 1,881 | 2,137 | 1,646 | 2 | 38 | ||
ttc | 2,598 | 2,457 | 1,679 | 3 | 40 | ||
tgg | 1,858 | 2,103 | 1,722 | 6 | 48411 | ||
gtt | 4 | 11 | 1,825 | 5 | 1044 | ||
act | 44 | 0 | 1,912 | 1 | 6133 | ||
tac | 2,732 | 2,172 | 1,925 | 3 | 1 | ||
caa | 2,718 | 2,240 | 1,989 | 2 | 620 | ||
cga | 377 | 2,115 | 2,030 | 4 | 17640 | ||
att | 2 | 0 | 2,109 | 9 | 182000 | ||
aaa | 3,874 | 2,252 | 2,293 | 4 | 104 | ||
tgc | 1,903 | 3,418 | 2,393 | 2 | 102 | ||
gac | 3,839 | 2,492 | 2,432 | 6 | 451050 | ||
gct | 1 | 0 | 2,573 | 5 | 65550 | ||
gtg | 559 | 1,943 | 2,713 | 5 | 606 | ||
ggc | 3,946 | 2,777 | 2,849 | 7 | 6 | ||
aac | 3,729 | 2,446 | 3,061 | 7 | 531 | ||
gag | 591 | 1,829 | 3,261 | 3 | 1199 | ||
atg | 7,670 | 6,732 | 3,355 | 23 | 1373 | ||
gcg | 521 | 1,817 | 4,115 | 17 | 351 | ||
gga | 2,347 | 2,160 | 4,811 | 9 | 127 | ||
aag | 1,033 | 1,897 | 5,268 | 16 | 7 | ||
ggg | 964 | 1,772 | 6,126 | 0 | 327 | ||
gaa | 4,118 | 2,629 | 6,150 | 8 | 5 | ||
gca | 4,334 | 2,926 | 6,636 |
Diagramme de comparaison globale
modifier- Lien Tableur: Diagramme de comparaison globale
- Diagramme: tRNA-BAE
Similitude des comportements des codons dans les 3 domaines
modifierCorrélations entre nombre de tRNAs des 3 domaines A B E
modifier- Lien Tableur: Corrélations entre nombre de tRNAs des 3 domaines A B E
- Légende: Les tableaux des corrélations sont faits à partir des tableaux I1, II1 et III1 des nombres de tRNAs par génome.
- Coefficient R 80.9 77.7: coefficient de corrélation respectivement de toute la colonne, des codons colorés en cyan.
- Domaine A B E, Ba Eb Ea: domaine respectivement des archées bactéries eucaryotes, diagramme respectivement de la corrélation AB BE AE.
- permutation: permutation entre le nombre de tRNAs du codon xyt et xyc pour le domaine E, 7 permutations, et le domaine B, 1 permutation. En supposant que les tRNAs des codons xyt de E se comportement relativement de la même façon que les codons xyc de B.
- Retraits:retrait des codons gxa,g et cga aag qui sont surexprimés dans le domaine E.
- X10: multiplication des nombres des tRNAs des domaines A et B pour adapter à l'échelle de E.
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Rapport E/B des codons
modifier- Lien Tableur: Rapport E/B des codons
- Légende: Valeur du codon se terminant par x de E / Valeur du codon se terminant par x de B
- 0.8: t de E / c de B
- Tableau rapport E/B pour 100 000: d'après les valeurs des tableaux III100 / I100
- Tableau rapport E/B par génome: d'après les valeurs des tableaux III1 / I1
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Totaux des carrés pour 100 000 tRNAs
modifier- Lien Tableur: Totaux des carrés pour 100 000 tRNAs
- Légende: B bactéries, A archées, E eucaryotes. 6 219 , carrés les plus modifiés.
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Variation en % entre la 1ère et la 2ème valeur
modifier- Lien Tableur: Variation en % entre la 1ère et la 2ème valeur
- Légende:
- -17, variation en % des 2 1ères valeurs; 779 différence en valeur absolue de la base de données de référence. La variation est calculée entre le nombre de codons contenu dans la cellule affichant la variation en % (-17) et celui contenu dans la cellule affichant la différence en valeur absolue (779).
- : 4ème valeur sans changement entre B et A ou E
- : 3ème valeur sans changement entre B et A ou E
- : 4ème valeur après changement entre B et A ou E
- : 3ème valeur après changement entre B et A ou E
- Moyenne des valeurs absolues des variations:
B A E Moy 48.1 18.2 39.1 Ecart 47.4 21.0 24.5 % 98.5 115.2 62.7
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Nombres de tRNAs des 4032 bactéries
modifier- Lien Tableur: Nombres de tRNAs des 4032 bactéries
- Base de données gtRNAdb [3]
- Légende:
- I. Nombres de tRNAs. 4032 bactéries.
- 5 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ils sont tous inférieurs à 11 sauf ctt cgt act.
- 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g.
- 2622: Effectif faible de tRNAs.
- II. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires de 4 codons (1ère et 2ème base). Total d’une requête: Comptage fait pour les carrés. C’est un nombre de bactéries ayant x tRNAs pour un seul et même codon.
- − Total d'une requête: Le 1er codon se terminant par t n'a pas de solitaire sauf ici pour Arg, et il est remplacé par le total de la requête.
- − a,g,c : Nombre de bactéries à tRNAs solitaires pour les carrés de 4 codons.
- − 106*: solitaires du codon cgt. Le carré de Arg étant complet le total de la requête est représenté par *, il est de 3946.
- − Note: le total des bactéries de la base des tRNA est de 4032. Cependant le total des bactéries comptées est compris entre 3832-3947. Est-ce que ce qui manque est du aux bactéries sans tRNAs pour les codons demandés? Cela ne serait pas vrai pour les aas à 2 codons.
- − Méthode pour compter, cas de la Thr, anti-codons xGT:
- Sélectionner les anticodons pour la requête (ne pas oublier de mettre Bacteria dans Domain). Copier le résultat, ctrl+A, ctrl+C.
- Dans calc ctrl+V, supprimer le dessin en le sélectionnant, supprimer toutes les colonnes sauf la colonne des anticodons, sélectionner le 1er anticodon puis ctrl+schift+fin ce qui sélectionne tous les anticodons et les cellules à blanc. Il n'y a pas de cellule intercalée entre 2 anticodon de la même bactérie.
- Copier,ctrl+v, dans writer (texte non formaté), ctrl+h (expression régulière, $ en ; tout remplacer), ctrl+h (décocher expression régulière, ;; en *;;* tout remplacer). Le tout rechercher de * ;;* donne le total de la requête (nombre total de bactéries moins 1). Mettre un * à la fin mais pas début (le logiciel déplace tout le texte pour insérer *, ce qui prend beaucoup de temps). Repérer le motif du début avant * ;;*. Si le motif concerne une recherche ultérieure, en tenir compte.
- ctrl+h (*GGT* tout rechercher donne 2, *TGT* donne 21, *TGT;TGT* donne 34 . . . ). Poursuivre la recherche des multiples jusqu'à épuisement. En général il faut s’arrêter à l’obtention de 2 zéros consécutifs. Aussi le total est approximatif à une ou 2 unités. Le nombre représenté dans le tableau est le total de tous les multiples comptés.
- III. Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons a,g et t,c. Total d’une requête: tRNAs solitaires pour les codons se terminant par a ou g et t ou c; total des bactéries d'une requête de la base de données suivant les codons demandés.
- stc,sag, tt (1ère et 2ème base d'un carré) , tc . . . : Total des bactéries respectivement de la requête pour 2 codons se terminant par t ou c, pour 2 codons se terminant par a ou g.
- a,g,t,c : Nombre de bactéries à tRNAs solitaires pour les codons se terminant par a,g,t,c.
- − Trp-Sec: Les solitaires de Sec sont en fait des Trp (tga).
- IV. Pourcentage des bactéries à tRNAs solitaires: calculés à partir des tableaux II et III précédents.
- tt (1ère et 2ème base d'un carré) , tc . . .
- %4: Pourcentage des bactéries à 1 seul codon à tRNA dans les carrés de 4; toujours a est à plus de 90% sauf pour cgt (Arg) et atg (Met).
- %2: Pourcentage des bactéries à 1 seul codon à tRNA pour les codons se terminant par a ou g. Toujours a est à plus de 90% sauf pour R (cg), L (tt), M et W.
- 1a1g: Nombre de bactéries ayant 1 tRNA pour le codon se terminant par a et 1 tRNA pour le codon se terminant par g. Permet de mettre en exergue les autres bactéries ayant des tRNAs multiples.
- V. Multiplicité des tRNAs en %: Voir les calculs.
- I. Nombres de tRNAs. 4032 bactéries.
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- Complément Tableau III:
Nombre de bactéries à tRNAs solitaires des codons c,t. sct t c ac 3775 41 3682 cg 3932 3614 307 ct 3834 323 3502
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Calcul de la multiplicité des tRNAs
modifier- Lien Tableur: Calcul de la multiplicité des tRNAs
- Légende: tRNAs, nombre affiché par la requête. lignes, nombre de lignes affiché dans calc après nettoyage. bactéries=lignes - tRNAs. multiplicité= tRNAs / bactéries.
t | c | a | g | |||||||||||||||||
tRNAs | lignes | bactéries | multiplicité | tRNAs | lignes | bactéries | multiplicité | tRNAs | lignes | bacteries | multiplicité | tRNAs | lignes | bactéries | multiplicité | |||||
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t | t | 10 | 19 | 10 | 1,00 | 5 | 9 | 5 | 1,00 | 4 | 7 | 4 | 1,00 | 3 | 5 | 3 | 1,00 | |||
c | 6105 | 10044 | 3940 | 1,55 | 4520 | 8343 | 3824 | 1,18 | 6420 | 10353 | 3934 | 1,63 | 4473 | 8401 | 3929 | 1,14 | ||||
a | 4749 | 8491 | 3743 | 1,27 | 5299 | 9221 | 3923 | 1,35 | 1 | 0,00 | 1315 | 2619 | 1305 | 1,01 | ||||||
g | 3999 | 7835 | 3837 | 1,04 | 2622 | 5071 | 2450 | 1,07 | 1 | 0,00 | 4366 | 8285 | 3920 | 1,11 | ||||||
c | t | 369 | 700 | 332 | 1,11 | 10 | 19 | 10 | 1,00 | 4 | 6 | 3 | 1,33 | 7478 | 11102 | 3625 | 2,06 | |||
c | 3849 | 7359 | 3511 | 1,10 | 2742 | 5399 | 2658 | 1,03 | 4715 | 8649 | 3935 | 1,20 | 333 | 650 | 318 | 1,05 | ||||
a | 4940 | 8857 | 3918 | 1,26 | 5453 | 9386 | 3934 | 1,39 | 6388 | 10312 | 3925 | 1,63 | 887 | 1693 | 807 | 1,10 | ||||
g | 5186 | 7969 | 2784 | 1,86 | 2183 | 4307 | 2125 | 1,03 | 2389 | 4201 | 1813 | 1,32 | 3355 | 6648 | 3294 | 1,02 | ||||
a | t | 5 | 9 | 5 | 1,00 | 103 | 195 | 93 | 1,11 | 5 | 9 | 5 | 1,00 | 1 | 1 | 1 | 1,00 | |||
c | 9203 | 13067 | 3865 | 2,38 | 4513 | 8246 | 3734 | 1,21 | 8764 | 12695 | 3932 | 2,23 | 4422 | 8354 | 3933 | 1,12 | ||||
a | 55 | 102 | 48 | 1,15 | 5878 | 9808 | 3931 | 1,50 | 9105 | 13036 | 3932 | 2,32 | 4804 | 8721 | 3918 | 1,23 | ||||
g | 18026 | 21972 | 3947 | 4,57 | 2760 | 5415 | 2656 | 1,04 | 2427 | 4468 | 2042 | 1,19 | 3452 | 6600 | 3149 | 1,10 | ||||
g | t | 9 | 17 | 9 | 1,00 | 2 | 3 | 2 | 1,00 | 0 | 0 | 1 | 0,00 | 1 | 1 | 1 | 1,00 | |||
c | 4430 | 7637 | 3208 | 1,38 | 4166 | 7201 | 3036 | 1,37 | 9023 | 12957 | 3935 | 2,29 | 9273 | 13153 | 3881 | 2,39 | ||||
a | 8859 | 12791 | 3933 | 2,25 | 10185 | 14075 | 3891 | 2,62 | 9679 | 13603 | 3925 | 2,47 | 5515 | 9442 | 3928 | 1,40 | ||||
g | 1313 | 2521 | 1209 | 1,09 | 1224 | 2404 | 1181 | 1,04 | 1388 | 2509 | 1122 | 1,24 | 2266 | 4505 | 2240 | 1,01 |
Comparaison des codons par les 2 1ères bases
modifier- Lien Tableur: Comparaison des codons par les 2 1ères bases
- Légende:
- − Voir les tableaux d'origine: Multiplicité , Nombres de tRNAs (Tableau I, totaux; Tableau II, solitaires sur 4; Tableau III, solitaires sur a-g), Moyenne des codons , ordre des codons .
- − 106*: solitaires du codon cgt. Le carré de Arg étant complet le total de la requête est représenté par *, il est de 3946.
Multiplicité | NK | DE | HQ | V | A | SS | T | P | G | RR | LL | FL | SR | IM | CW | YX | |||||||||
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t | 1,00 | 0,00 | 1,33 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,11 | 1,00 | 1,00 | 2,06 | 1,11 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | 1,00 | |||||||||
c | 2,23 | 2,29 | 1,20 | 1,38 | 1,37 | 1,18 | 1,21 | 1,03 | 2,39 | 1,05 | 1,10 | 1,55 | 1,12 | 2,38 | 1,14 | 1,63 | |||||||||
a | 2,32 | 2,47 | 1,63 | 2,25 | 2,62 | 1,35 | 1,50 | 1,39 | 1,40 | 1,10 | 1,26 | 1,27 | 1,23 | 1,15 | 1,01 | − | |||||||||
g | 1,19 | 1,24 | 1,32 | 1,09 | 1,04 | 1,07 | 1,04 | 1,03 | 1,01 | 1,02 | 1,86 | 1,04 | 1,10 | 4,57 | 1,11 | − | |||||||||
total tRNAs | |||||||||||||||||||||||||
t | 5 | 0 | 4 | 9 | 2 | 5 | 103 | 10 | 1 | 7478 | 369 | 10 | 1 | 5 | 3 | 4 | |||||||||
c | 8,764 | 9,023 | 4715 | 4430 | 4166 | 4520 | 4513 | 2742 | 9,273 | 333 | 3849 | 6105 | 4422 | 9,203 | 4473 | 6420 | |||||||||
a | 9,105 | 9,679 | 6388 | 8,859 | 10,185 | 5299 | 5878 | 5453 | 5515 | 887 | 4940 | 4749 | 4804 | 55 | 1315 | − | |||||||||
g | 2427 | 1388 | 2389 | 1313 | 1224 | 2622 | 2760 | 2183 | 2266 | 3355 | 5186 | 3999 | 3452 | 18,026 | 4366 | − | |||||||||
codon solitaire | |||||||||||||||||||||||||
t | 3949 | 3949 | 3948 | 3943 | 3934 | 3945 | 3946 | 3941 | 3948 | 106* | 3942 | 3948 | 3944 | 3949 | 3947 | 3934 | |||||||||
c | 2 | 5 | 5 | 8 | 32 | 2 | 2 | 3 | 9 | 1 | 7 | 15 | 1 | 2 | 12 | 3930 | |||||||||
a | 5 | 8 | 6 | 724 | 877 | 85 | 152 | 1173 | 66 | 7 | 98 | 0 | 0 | 0 | 0 | - | |||||||||
g | 1 | 1 | 2 | 1 | 7 | 0 | 3 | 1 | 0 | 7 | 0 | 2 | 0 | 81 | 17 | - | |||||||||
solitaire a,g | |||||||||||||||||||||||||
total | 3941 | 3928 | 3943 | 3935 | 3902 | 3943 | 3944 | 3939 | 3939 | 3833 | 3935 | 3933 | 3928 | 3947 | 3924 | - | |||||||||
a | 1899 | 2808 | 2130 | 2724 | 2721 | 1493 | 1288 | 1813 | 1699 | 539 | 692 | 96 | 780 | 0 | 15 | − | |||||||||
g | 9 | 5 | 18 | 2 | 11 | 22 | 13 | 5 | 11 | 3026 | 30 | 190 | 10 | 3947 | 2629 | − | |||||||||
moyenne codon | |||||||||||||||||||||||||
t/c % | 4 | 7 | -17 | 11 | -41 | 4 | -56 | 5 | -17 | -25 | -7 | -2 | -35 | -7 | -15 | 8 | |||||||||
a/g % | 20 | 27 | -39 | -48 | -32 | -15 | -8 | -54 | 49 | -73 | -144 | 39 | 84 | -59 | -191 | 103 | |||||||||
ordre corrélation | |||||||||||||||||||||||||
t | 3a | 8a | 15a | 9a | 14a | 17a | 11a | 12a | 28a | 32a | 27a | 2a | 6a | 6a | 21a | 1a | |||||||||
c | 13g | 1g | 4g | 12g | 7g | 22g | 8g | 20g | 3g | 5g | 17g | 2g | 9g | 9g | 23g | 11g | |||||||||
a | 5a | 20a | 10a | 22a | 13a | 7a | 19a | 16a | 23a | 31a | 25a | 4a | 26a | 26a | 26g | 29a | |||||||||
g | 19g | 18g | 6g | 21g | 15g | 16g | 24g | 14g | 29g | 25g | 10g | 30a | 30g | 30g | 28g | 31g |
Au niveau de l'ADN le code génétique est structuré par doublets.
modifierLignes et colonnes
modifier- Lien Tableur: Lignes et colonnes
- Légende: Les moyennes des codons de la 3ème base appartenant aux doublets ayant la même 1ère base (ligne) ou ayant la même 2ème base (colonne) sont faites sur 4 codons ou sur 3 codons seulement quand on rencontre les codons stop (taa tag) ou le codon ata lorsqu'il est trop faible ( sauf celui des eucaryotes) ou le codon atg à effectif très élevé (sauf celui des eucaryotes). La moyenne des lignes et colonnes est faite sur 12 codons ou seulement 10 quand on rencontre les codons taa tag ata atguand les codons xyt ont des effectifs élevés ils sont permutés avec les codons xyc ( 1 permutation chez les bactéries et 8 chez les eucaryotes). Aussi les lignes et colonnes xyt contiennent les valeurs faibles après permutation et les lignes et colonnes xyc contiennent les valeurs fortes après permutation.
- n pour nombre de codons, mcod pour moyenne des codons, Lig. pour ligne, Col. pour colonne et car. pour carré ou doublet.
- txt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt tct tat tgt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc tcc tac tgc" de la 3ème base c . . . etc. (Ligne Lig.)
- xtt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt ctt att gtt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc ctc atc gtc" de la 3ème base c . . . etc. (colonne Col.)
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Demi-doublets
modifier- Lien Tableur: Demi-doublets
- Légende:
- − Domaine E: ensemble des 155 eucaryotes avec un total de tRNAs de 115 111.
- − Domaine B: ensemble des 4032 bactéries avec un total de tRNAs de 235 027.
- − Domaine A: ensemble des 184 archées avec un total de tRNAs de 8 749.
- − g/a: rapport des codons xyg sur xya de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs, 1.4 rapport inverse de g/a.
- − t/c: rapport des codons xyc sur xyt de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs, 16 rapport inverse de t/c.
- − t c a g: colonnes du tableau des effectifs
- Tableaux du texte:
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Codons ne suivant pas le processus GC
modifier- Légende: mcod, moyenne du codon − mcor, moyenne des corrélations en valeurs absolues du codon − 7 cod dans le carré des 7 codons − seul, corrélation solitaire forte − max, corrélation maximum en dehors de la solitaire.
- tga est l’équivalent de taa puisque il y a revirement total.
- Alors que ttg se comporte comme cga, mais à l’envers.
- Donc il y a 6 indéterminés : ttg cga cgt agg tag atg.
- taa et ggg sont normaux donc ont un total de 63 codons pour le décompte des processus.
- Les 7 codons ont un total de 57 codons en dehors des 7.
- Il y a une inconnue sur le processus de la corrélation dans le carré des 7 codons.
Processus | Corrélations sup 0.40 | Notes | |||||||
mcod | mcor | non GC | GC | non GC | GC | 7 cod | seul | max | |
taa | 3 | 42.0 | 4 | 59 | 0 | 44 | − | - 80 tga | - 60 gag |
ttg | 81 | 26.6 | 53 | 4 | 9 | 0 | 1 | − | 52 gct |
cga | 20 | 22.4 | 4 | 53 | 0 | 2 | 1 | − | 46 ttg |
cgt | 103 | 18.2 | 19 | 38 | 2 | 3 | 1 | 70 ggt | 55 atg |
agg | 24 | 13.5 | 36 | 21 | 1 | 0 | 0 | − | 43 ata |
tag | 1 | 9.3 | 34 | 23 | 0 | 1 | 0 | − | - 48 taa |
atg | 154 | 19.5 | 12 | 45 | 0 | 4 | 1 | 55 cgt | - 46 aat |
ggg | 54 | 26.8 | 2 | 61 | 0 | 4 | − | 75 cgg | 57 ccc |
tga | 2 | 44.8 | 57 | 0 | 49 | 0 | 0 | - 80 taa | - 62 gaa |
Codons identiques par classement des 3 bases
modifier- Lien Tableur: Codons identiques par classement des 3 bases
- Légende
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Tableau des effectifs élevés des gènes de tRNAs eucaryotes
modifier- Lien Tableur: Tableau des effectifs élevés des gènes de tRNAs eucaryotes
- Légende: x4, suppresseurs non contenus dans le total
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Linéarité du code des gènes de tRNA chez les eucaryotes
modifierCalculs pour 121 eucaryotes
modifier- Lien Tableur: Calculs pour 121 eucaryotes
- Légende
- − ttt ttc . . . nombre de gènes de tRNA des codons ttt ttc . . . relevé de la base de données gtRNAdb au 29.10.17
- − moy : moyenne des codons d'un eucaryote. Si la ligne contient les caractères € ou #, les codons correspondants n'entrent pas dans la moyenne comme le fait le tableur calc. Les codons faibles xyc/t ne rentrent pas dans la moyenne.
- − € pour nombres dépassant 100 dans une 1ère approche du coefficient de détermination R2. Il y en a 61.
- − # pour nombres améliorant le coefficient de détermination. Il y en a 13.
- − Doublons: ce sont les eucaryotes qui sont dans la base mais non utilisés pour les diagrammes car ils concernent 2 individus de la même espèce ou des variantes très proches des espèces retenues (voir texte pour plus de détail).
- − Tableau des diagrammes: Il est fait de 121 espèces et de 43 codons. Ne sont pas concernés les codons à faibles effectifs xyc ou xyt.
- − Données non modifiées: Pour repérer les codons omis, en jaune ceux supérieurs à 100 (€) et en orange les codons d'ajustement (#). Pour comparaison j’ai mis zebrafish sans annotations.
- − codons forts: codons à effectifs élevés. Au total 45. Ne sont pas pris en compte les 16 codons xyc/t faibles et les codons stop tga taa tag.
- + total: total des effectifs restants après suppression des effectifs élevés ou d'ajustement.
- + somme calculée: pente multipliée par la somme des moyennes des eucaryotes ayant perdu le codon omis.
- + totaux + sommes calculées: est le nombre calculé des gènes de tRNA du codon.
- + R2 et pente: coefficient de détermination et pente de la courbe de tendance du diagramme du codon en fonction de la moyenne moy. J'ai opté pour une droite passant par l'origine d'après le tableur calc. R2 a été multiplié par 1000.
- − codons faibles: les 16 codons xyc/t à effectifs faibles.
- + c/t > 3: est le nombre de codons faibles ayant plus de 3 gènes de tRNA.
- + c/t > 3, total: leur total en gènes
- + reste calculé: total des gènes des autres codons plus c/t > 3. C'est la réduction des codons faibles reportés dans la ligne "Totaux des 121 réduits" ci-dessous.
- + multiplicité x 100: division de reste calculé par 121 en %.
- + c/t = 3: est le nombre de codons faibles ayant 3 gènes de tRNA (pour illustration).
- − Totaux des 121 réduits: ils sont reportés dans les tableaux des effectifs calculés des gènes de tRNA des 121 eucaryotes "IV. nombre des 121 eucaryotes 55 830".
- − Totaux des 121 eucaryotes non réduits: ils sont reportés dans les tableaux des effectifs des gènes de tRNA des 121 eucaryotes "III. nombre des 121 eucaryotes 92 580".
- − KEGG [4]: nomenclature de l'eucaryote dans la base KEGG, bta par exemple. Surmonté d'un * le code n'est pas celui de KEGG, mais attribué pour homogénéité.
Gènes de tRNA eucaryotes, doublons. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
max | total | KEGG | eucaryote | moy | ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | ||||
1327 | 4180 | bta | Bos taurus (cow) (Baylor Btau_4.6.1 Oct 2011) | 86,7 | 7 | 31 | 10 | 14 | 10 | 0 | 5 | 8 | 17 | 0 | 8 | 33 | 23 | 0 | 23 | 46 | 14 | 30 | 6 | 7 | 12 | 0 | 9 | 5 | 15 | 1 | 10 | 7 | 30 | 2 | 36 | 18 | 11 | 38 | 0 | 0 | 4 | 22 | 19 | 43 | 0 | 40 | 83 | 40 | 7 | 47 | 456 | 172 | 156 | 351 | 26 | 187 | 14 | 10 | 12 | 15 | 4 | 18 | 45 | 114 | 20 | 61 | 401 | 1 327 | ||||
46 | 758 | cre* | Caenorhabditis remanei (WUGSC 15.0.1 May 2007) | 16,7 | 0 | 18 | 6 | 12 | 24 | 0 | 7 | 4 | 25 | 1 | 14 | 24 | 28 | 0 | 4 | 9 | 16 | 0 | 10 | 6 | 7 | 2 | 41 | 6 | 18 | 0 | 10 | 6 | 27 | 0 | 15 | 6 | 0 | 22 | 0 | 0 | 1 | 22 | 23 | 9 | 1 | 23 | 20 | 33 | 0 | 36 | 23 | 25 | 0 | 14 | 0 | 17 | 25 | 0 | 11 | 1 | 0 | 9 | 13 | 5 | 0 | 28 | 46 | 5 | ||||
38 | 600 | hsa | Homo sapiens (hg19 - NCBI Build 37.1 Feb 2009) | 12,8 | 0 | 15 | 9 | 12 | 12 | 0 | 4 | 11 | 18 | 6 | 5 | 20 | 12 | 1 | 8 | 17 | 12 | 1 | 6 | 4 | 10 | 1 | 8 | 4 | 10 | 0 | 6 | 7 | 31 | 1 | 10 | 5 | 5 | 32 | 0 | 0 | 0 | 10 | 18 | 22 | 2 | 34 | 20 | 24 | 1 | 17 | 14 | 10 | 1 | 38 | 3 | 8 | 7 | 0 | 6 | 4 | 1 | 8 | 7 | 5 | 0 | 15 | 9 | 13 | ||||
33 | 508 | yli | Yarrowia lipolytica WSH-Z06 | 11,3 | 0 | 17 | 1 | 3 | 21 | 0 | 2 | 13 | 26 | 0 | 1 | 18 | 24 | 0 | 2 | 8 | 21 | 0 | 2 | 4 | 21 | 0 | 3 | 2 | 22 | 0 | 3 | 2 | 29 | 0 | 4 | 2 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 12 | 3 | 15 | 0 | 16 | 4 | 33 | 0 | 28 | 6 | 27 | 0 | 8 | 0 | 13 | 1 | 0 | 25 | 0 | 0 | 6 | 4 | 1 | 0 | 30 | 11 | 0 | ||||
34 | 484 | yli | Yarrowia lipolytica PO1f | 10,8 | 0 | 18 | 1 | 3 | 18 | 0 | 2 | 12 | 26 | 0 | 1 | 18 | 24 | 0 | 2 | 8 | 21 | 0 | 2 | 4 | 21 | 0 | 3 | 2 | 22 | 0 | 3 | 3 | 29 | 0 | 4 | 2 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 12 | 3 | 15 | 0 | 15 | 4 | 34 | 0 | 24 | 6 | 22 | 0 | 8 | 0 | 13 | 1 | 0 | 24 | 0 | 0 | 6 | 4 | 1 | 0 | 18 | 11 | 0 | ||||
57 | 432 | mmu | Mus musculus (mm9 July 2007) | 9,4 | 0 | 7 | 4 | 4 | 8 | 0 | 3 | 10 | 11 | 1 | 5 | 18 | 8 | 1 | 3 | 11 | 9 | 1 | 3 | 3 | 7 | 0 | 8 | 3 | 9 | 0 | 4 | 5 | 19 | 0 | 11 | 10 | 0 | 10 | 0 | 0 | 1 | 10 | 6 | 10 | 0 | 14 | 11 | 19 | 0 | 16 | 8 | 13 | 0 | 57 | 2 | 8 | 6 | 0 | 3 | 5 | 0 | 8 | 5 | 5 | 1 | 14 | 7 | 7 | ||||
16 | 315 | dwi | Drosophila willistoni (D. willistoni Feb. 2006) | 6,8 | 0 | 7 | 3 | 7 | 4 | 1 | 2 | 9 | 9 | 2 | 4 | 15 | 8 | 1 | 5 | 5 | 8 | 1 | 3 | 3 | 7 | 0 | 5 | 4 | 7 | 1 | 7 | 4 | 11 | 0 | 6 | 2 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 8 | 4 | 6 | 0 | 10 | 8 | 10 | 0 | 16 | 11 | 12 | 0 | 12 | 1 | 7 | 10 | 0 | 7 | 1 | 0 | 6 | 4 | 5 | 0 | 12 | 6 | 0 | ||||
17 | 305 | dan | Drosophila ananassae (D. ananassae Feb. 2006 Agencourt CAF1) | 6,7 | 0 | 8 | 2 | 4 | 5 | 0 | 2 | 10 | 11 | 0 | 2 | 12 | 7 | 0 | 2 | 7 | 6 | 0 | 3 | 6 | 4 | 0 | 4 | 8 | 9 | 0 | 7 | 3 | 10 | 0 | 4 | 6 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 10 | 7 | 17 | 0 | 13 | 6 | 14 | 1 | 6 | 1 | 6 | 12 | 0 | 8 | 0 | 0 | 6 | 3 | 2 | 0 | 16 | 6 | 3 | ||||
18 | 293 | dpe | Drosophila persimilis (D. persimilis Oct. 2005 Broad) | 6,5 | 0 | 7 | 1 | 3 | 5 | 0 | 2 | 10 | 11 | 0 | 2 | 11 | 7 | 0 | 2 | 5 | 9 | 0 | 2 | 5 | 6 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 3 | 11 | 0 | 2 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 4 | 7 | 0 | 9 | 4 | 14 | 0 | 18 | 6 | 14 | 0 | 8 | 1 | 8 | 13 | 0 | 5 | 0 | 0 | 5 | 2 | 4 | 0 | 13 | 6 | 3 | ||||
18 | 292 | dpo | Drosophila pseudoobscura (D. pseudoobscura Feb. 2006) | 6,5 | 0 | 7 | 2 | 4 | 5 | 0 | 2 | 9 | 10 | 0 | 2 | 11 | 7 | 0 | 2 | 6 | 11 | 0 | 2 | 3 | 3 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 4 | 12 | 0 | 3 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 7 | 0 | 9 | 5 | 12 | 0 | 14 | 6 | 18 | 0 | 11 | 1 | 8 | 9 | 0 | 4 | 0 | 0 | 5 | 3 | 5 | 0 | 14 | 6 | 3 | ||||
15 | 291 | des | Drosophila sechellia (D. sechellia Oct. 2005 Broad) | 6,4 | 0 | 9 | 4 | 4 | 5 | 0 | 2 | 8 | 10 | 0 | 2 | 15 | 8 | 0 | 2 | 8 | 8 | 0 | 2 | 4 | 7 | 0 | 5 | 5 | 9 | 0 | 6 | 5 | 13 | 0 | 2 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 2 | 8 | 0 | 9 | 4 | 12 | 0 | 13 | 5 | 13 | 0 | 6 | 1 | 8 | 9 | 0 | 7 | 0 | 0 | 6 | 3 | 4 | 0 | 13 | 6 | 0 | ||||
14 | 282 | der | Drosophila erecta (D. erecta Feb. 2006 Agencourt CAF1) | 6,2 | 0 | 9 | 3 | 4 | 5 | 0 | 2 | 7 | 9 | 0 | 2 | 12 | 7 | 0 | 2 | 7 | 9 | 0 | 2 | 4 | 5 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 6 | 3 | 12 | 0 | 2 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 5 | 11 | 0 | 14 | 6 | 13 | 1 | 6 | 1 | 8 | 9 | 0 | 7 | 0 | 0 | 6 | 3 | 4 | 0 | 14 | 1 | 6 | ||||
14 | 268 | dvi | Drosophila virilis (D. virilis Feb. 2006 Agencourt CAF1) | 5,9 | 0 | 8 | 2 | 5 | 3 | 0 | 3 | 7 | 9 | 0 | 2 | 12 | 6 | 0 | 2 | 7 | 6 | 0 | 2 | 4 | 4 | 0 | 3 | 5 | 7 | 0 | 7 | 4 | 8 | 0 | 3 | 3 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 7 | 0 | 7 | 12 | 12 | 0 | 13 | 6 | 10 | 0 | 8 | 1 | 6 | 10 | 0 | 5 | 0 | 0 | 5 | 2 | 2 | 0 | 14 | 6 | 1 | ||||
14 | 262 | dmo | Drosophila mojavensis (D. mojavensis Feb. 2006 Agencourt CAF1) | 5,8 | 0 | 8 | 2 | 6 | 3 | 0 | 2 | 6 | 8 | 0 | 2 | 12 | 6 | 0 | 2 | 6 | 6 | 0 | 2 | 4 | 6 | 0 | 5 | 3 | 7 | 0 | 8 | 4 | 9 | 0 | 4 | 3 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 7 | 0 | 8 | 8 | 11 | 0 | 12 | 6 | 11 | 0 | 7 | 1 | 6 | 10 | 0 | 5 | 0 | 0 | 5 | 2 | 2 | 0 | 14 | 6 | 1 | ||||
18 | 259 | dgr | Drosophila grimshawi (D. grimshawi Feb. 2006 Agencourt CAF1) | 5,7 | 0 | 9 | 2 | 4 | 4 | 0 | 2 | 7 | 7 | 0 | 2 | 10 | 6 | 0 | 2 | 6 | 6 | 0 | 2 | 4 | 4 | 0 | 4 | 5 | 7 | 0 | 8 | 4 | 8 | 0 | 3 | 3 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 5 | 3 | 12 | 0 | 7 | 7 | 12 | 0 | 12 | 6 | 10 | 0 | 6 | 1 | 6 | 9 | 0 | 4 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 18 | 4 | 0 | ||||
24 | 296 | fpu | Fusarium pseudograminearum CS3096 | 6,6 | 0 | 9 | 1 | 3 | 17 | 0 | 2 | 5 | 10 | 0 | 2 | 6 | 19 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 2 | 9 | 0 | 3 | 2 | 10 | 0 | 4 | 3 | 14 | 0 | 4 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 6 | 5 | 6 | 0 | 8 | 2 | 17 | 0 | 9 | 4 | 24 | 0 | 5 | 0 | 4 | 11 | 0 | 8 | 1 | 0 | 9 | 1 | 2 | 0 | 13 | 5 | 1 | ||||
19 | 292 | fpu | Fusarium pseudograminearum CS3270 | 6,5 | 0 | 10 | 1 | 3 | 13 | 0 | 2 | 5 | 13 | 0 | 2 | 6 | 17 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 10 | 0 | 4 | 3 | 13 | 0 | 4 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 5 | 6 | 0 | 9 | 2 | 16 | 0 | 13 | 4 | 19 | 0 | 5 | 0 | 4 | 11 | 0 | 9 | 1 | 0 | 8 | 1 | 2 | 0 | 13 | 5 | 1 | ||||
17 | 280 | sceb* | Saccharomyces sp. boulardii 17 | 6,2 | 0 | 11 | 6 | 9 | 0 | 1 | 3 | 0 | 13 | 0 | 3 | 10 | 15 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 10 | 0 | 9 | 0 | 4 | 1 | 8 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 9 | 1 | 0 | 9 | 7 | 15 | 0 | 17 | 14 | 2 | 0 | 4 | 0 | 6 | 7 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 13 | 1 | 1 | 17 | 4 | 2 | ||||
15 | 263 | sceb* | Saccharomyces sp. boulardii ATCC MYA-796 | 5,8 | 0 | 11 | 7 | 9 | 0 | 1 | 3 | 0 | 12 | 0 | 2 | 10 | 13 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 10 | 0 | 10 | 0 | 5 | 1 | 11 | 0 | 5 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 8 | 7 | 1 | 0 | 8 | 7 | 13 | 0 | 14 | 13 | 2 | 0 | 4 | 0 | 6 | 6 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 10 | 1 | 0 | 15 | 3 | 2 | ||||
14 | 265 | ndi | Naumovozyma dairenensis CBS 421 | 5,9 | 0 | 9 | 9 | 8 | 1 | 0 | 4 | 0 | 12 | 0 | 2 | 9 | 14 | 0 | 2 | 2 | 11 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 11 | 0 | 11 | 0 | 5 | 2 | 10 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 10 | 1 | 0 | 9 | 8 | 12 | 0 | 13 | 13 | 1 | 0 | 5 | 0 | 5 | 5 | 0 | 0 | 2 | 0 | 5 | 11 | 1 | 0 | 12 | 3 | 1 | ||||
13 | 224 | vda | Verticillium dahliae JR2 | 4,9 | 0 | 7 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 4 | 10 | 0 | 0 | 9 | 11 | 0 | 1 | 2 | 6 | 1 | 2 | 4 | 8 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 4 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 2 | 5 | 0 | 6 | 2 | 12 | 0 | 9 | 2 | 12 | 0 | 5 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 0 | 5 | 3 | 2 | 0 | 13 | 3 | 3 | ||||
11 | 178 | afm | Aspergillus fumigatus Af293 | 4,0 | 0 | 5 | 1 | 2 | 6 | 0 | 0 | 4 | 7 | 0 | 1 | 8 | 7 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 3 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 6 | 0 | 5 | 1 | 8 | 0 | 9 | 4 | 8 | 0 | 3 | 0 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 1 | 2 | 0 | 11 | 3 | 1 | ||||
10 | 141 | cgi | Cryptococcus gattii WM276 | 3,1 | 0 | 5 | 1 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 1 | 1 | 6 | 0 | 1 | 0 | 5 | 0 | 1 | 1 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 0 | 3 | 10 | 0 | 3 | 0 | 3 | 3 | 0 | 5 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 9 | 3 | 0 | ||||
9 | 139 | cne | Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21 | 3,1 | 0 | 5 | 1 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 1 | 0 | 5 | 0 | 1 | 1 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 0 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 3 | 3 | 0 | 5 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 9 | 3 | 0 | ||||
9 | 137 | cnb | Cryptococcus neoformans var. neoformans B-3501A | 3,0 | 0 | 5 | 1 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 0 | 2 | 4 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 1 | 0 | 5 | 0 | 1 | 1 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 0 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 3 | 3 | 0 | 5 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 9 | 3 | 0 | ||||
8 | 130 | cdu | Candida dubliniensis CD36 | 2,9 | 0 | 5 | 5 | 5 | 2 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 5 | 0 | 5 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 4 | 1 | 0 | 4 | 5 | 3 | 0 | 6 | 7 | 1 | 0 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 5 | 1 | 0 | 6 | 2 | 1 | ||||
6 | 123 | kpa* | Komagataella pastoris GS115 | 2,7 | 0 | 5 | 1 | 3 | 2 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 4 | 5 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 2 | 1 | 2 | 0 | 4 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 4 | 3 | 5 | 0 | 6 | 5 | 4 | 0 | 2 | 0 | 3 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 4 | 1 | 0 | 5 | 3 | 1 | ||||
2 | 46 | ehe | Encephalitozoon hellem ATCC 50504 | 1,0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
2 | 46 | ein | Encephalitozoon intestinalis ATCC 50506 | 1,0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
2 | 46 | ero | Encephalitozoon romaleae SJ-2008 | 1,0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
Tableau des diagrammes des pentes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
max | total | KEGG | eucaryote | moy | ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | ||||
2 | 35 | pfa | Plasmodium falciparum | 0,78 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | ||||
2 | 46 | ecu | Encephalitozoon cuniculi GB-M1 | 1,02 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | ||||
2 | 53 | ede* | Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 | 1,16 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 2 | 1 | 2 | ||||
4 | 80 | opa* | Ogataea parapolymorpha DL-1 | 1,78 | 0 | 3 | 1 | 3 | 1 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 3 | 0 | 3 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 1 | 0 | 2 | 2 | 3 | 0 | 3 | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 3 | 1 | 0 | 4 | 2 | 0 | ||||
5 | 82 | cot | Candida orthopsilosis Co 90-125 | 1,82 | 0 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 4 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 3 | 1 | 0 | 3 | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 | 0 | ||||
4 | 82 | lma | Leishmania major | 1,82 | 0 | 2 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 4 | 2 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 3 | 1 | 3 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 1 | 1 | ||||
6 | 96 | sre* | Sporisorium reilianum SRZ2 | 2,11 | 0 | 4 | 1 | 0 | 4 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 3 | 1 | 5 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 2 | 1 | 2 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 6 | 1 | 1 | ||||
6 | 111 | uma | Ustilago maydis 521 | 2,40 | 0 | 3 | 1 | 0 | 4 | 0 | 2 | 2 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 3 | 0 | 3 | 1 | 5 | 0 | 5 | 2 | 5 | 0 | 2 | 2 | 2 | 4 | 0 | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 6 | 2 | 1 | ||||
6 | 123 | kpa* | Komagataella pastoris CBS 7435 | 2,73 | 0 | 5 | 1 | 3 | 2 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 4 | 5 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 2 | 1 | 2 | 0 | 4 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 4 | 3 | 5 | 0 | 6 | 5 | 4 | 0 | 2 | 0 | 3 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 4 | 1 | 0 | 5 | 3 | 1 | ||||
6 | 125 | cal | Candida albicans WO-1 | 2,78 | 0 | 5 | 5 | 6 | 2 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 4 | 6 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 4 | 0 | 4 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 5 | 1 | 0 | 3 | 5 | 2 | 0 | 6 | 6 | 1 | 0 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 5 | 1 | 0 | 5 | 2 | 1 | ||||
10 | 143 | cneg* | Cryptococcus neoformans var. grubii H99 | 3,18 | 0 | 5 | 1 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 7 | 7 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 1 | 1 | 6 | 0 | 1 | 0 | 5 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 0 | 3 | 10 | 0 | 3 | 0 | 3 | 3 | 0 | 5 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 9 | 3 | 0 | ||||
10 | 154 | ttt | Thielavia terrestris NRRL 8126 | 3,42 | 0 | 5 | 5 | 1 | 5 | 0 | 1 | 4 | 6 | 0 | 1 | 5 | 6 | 0 | 1 | 3 | 3 | 0 | 1 | 3 | 4 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 2 | 3 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 3 | 2 | 6 | 0 | 6 | 2 | 7 | 0 | 3 | 0 | 4 | 6 | 0 | 1 | 3 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 10 | 2 | 2 | ||||
11 | 155 | mgp | Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) | 3,42 | 0 | 6 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 4 | 3 | 0 | 1 | 11 | 3 | 1 | 2 | 3 | 5 | 0 | 3 | 1 | 7 | 0 | 2 | 1 | 4 | 0 | 2 | 0 | 7 | 0 | 6 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 4 | 4 | 3 | 0 | 3 | 5 | 6 | 0 | 5 | 0 | 5 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 6 | 3 | 3 | 0 | 5 | 4 | 3 | ||||
9 | 156 | vma* | Valsa mali 03-8 | 3,47 | 0 | 4 | 0 | 2 | 5 | 0 | 1 | 4 | 7 | 0 | 1 | 8 | 7 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 4 | 0 | 3 | 2 | 7 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 5 | 2 | 4 | 0 | 5 | 0 | 9 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 3 | 6 | 0 | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 9 | 3 | 2 | ||||
9 | 158 | kna* | Kazachstania naganishii CBS 8797 | 3,51 | 0 | 6 | 3 | 5 | 1 | 0 | 3 | 0 | 7 | 0 | 2 | 4 | 7 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 6 | 0 | 7 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 1 | 1 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 4 | 2 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 8 | 5 | 3 | 0 | 4 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 6 | 1 | 0 | 9 | 1 | 2 | ||||
9 | 162 | kla | Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 | 3,58 | 0 | 5 | 3 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 7 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 6 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 3 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 1 | 0 | 6 | 4 | 9 | 0 | 8 | 8 | 2 | 0 | 3 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 7 | 1 | 0 | 7 | 2 | 1 | ||||
9 | 168 | spo | Schizosaccharomyces pombe 972h- | 3,73 | 0 | 5 | 2 | 4 | 5 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 7 | 9 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 1 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 4 | 2 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 8 | 4 | 6 | 0 | 3 | 0 | 3 | 8 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 2 | 1 | 0 | 8 | 3 | 1 | ||||
10 | 170 | pic | Scheffersomyces stipitis CBS 6054 | 3,78 | 0 | 6 | 3 | 8 | 3 | 0 | 0 | 1 | 7 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 2 | 1 | 0 | 6 | 0 | 7 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 3 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 5 | 2 | 0 | 7 | 3 | 9 | 0 | 8 | 8 | 2 | 0 | 3 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 7 | 1 | 0 | 10 | 3 | 1 | ||||
11 | 181 | ani | Aspergillus nidulans FGSC A4 | 4,02 | 0 | 5 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 1 | 7 | 8 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 2 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 2 | 5 | 0 | 6 | 2 | 8 | 0 | 8 | 3 | 8 | 0 | 3 | 0 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 2 | 2 | 0 | 11 | 3 | 1 | ||||
14 | 190 | mgr | Magnaporthe oryzae 70-15 | 4,22 | 0 | 7 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 8 | 6 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 2 | 2 | 9 | 0 | 3 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 6 | 0 | 6 | 2 | 9 | 0 | 10 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 4 | 6 | 0 | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 | 3 | 0 | 14 | 3 | 3 | ||||
13 | 191 | mun* | Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) | 4,18 | 0 | 6 | 4 | 3 | 3 | 0 | 0 | 6 | 5 | 0 | 1 | 9 | 3 | 1 | 1 | 4 | 4 | 1 | 3 | 1 | 2 | 0 | 3 | 2 | 5 | 0 | 2 | 0 | 9 | 0 | 5 | 2 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 4 | 0 | 9 | 3 | 13 | 0 | 9 | 3 | 1 | 0 | 5 | 1 | 4 | 3 | 0 | 1 | 1 | 0 | 8 | 4 | 4 | 0 | 10 | 9 | 1 | ||||
11 | 191 | cjd* | Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 | 4,20 | 0 | 8 | 1 | 7 | 4 | 0 | 3 | 1 | 6 | 1 | 1 | 7 | 9 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 3 | 1 | 0 | 0 | 7 | 0 | 6 | 0 | 3 | 1 | 6 | 0 | 3 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 6 | 6 | 2 | 0 | 7 | 5 | 8 | 0 | 8 | 4 | 9 | 0 | 3 | 1 | 4 | 6 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 7 | 0 | 0 | 11 | 4 | 1 | ||||
12 | 192 | tdl | Torulaspora delbrueckii CBS 1146 | 4,24 | 0 | 6 | 3 | 8 | 0 | 1 | 4 | 0 | 8 | 0 | 1 | 7 | 12 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 6 | 0 | 9 | 0 | 2 | 1 | 8 | 0 | 4 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 2 | 0 | 7 | 5 | 10 | 0 | 9 | 8 | 4 | 0 | 3 | 0 | 4 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 7 | 1 | 0 | 11 | 2 | 1 | ||||
12 | 192 | pch* | Penicillium chrysogenum P2niaD18 | 4,22 | 0 | 5 | 0 | 0 | 6 | 1 | 0 | 3 | 10 | 0 | 2 | 10 | 9 | 0 | 1 | 3 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 12 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 2 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 11 | 3 | 5 | 0 | 6 | 1 | 9 | 0 | 9 | 3 | 10 | 0 | 3 | 1 | 0 | 10 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 0 | 2 | 0 | 11 | 4 | 1 | ||||
11 | 192 | mth* | Myceliophthora thermophila ATCC 42464 | 4,24 | 0 | 5 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 8 | 7 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 3 | 3 | 6 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 5 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 10 | 2 | 8 | 0 | 3 | 1 | 4 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 5 | 1 | 2 | 0 | 11 | 4 | 2 | ||||
16 | 203 | gfr | Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) | 4,44 | 0 | 6 | 11 | 2 | 4 | 0 | 7 | 0 | 6 | 1 | 2 | 6 | 2 | 1 | 1 | 3 | 2 | 0 | 3 | 1 | 4 | 0 | 5 | 1 | 5 | 0 | 4 | 1 | 16 | 0 | 5 | 2 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 1 | 6 | 4 | 7 | 0 | 5 | 4 | 6 | 0 | 10 | 0 | 3 | 6 | 0 | 2 | 0 | 0 | 6 | 3 | 2 | 0 | 8 | 4 | 4 | ||||
11 | 205 | sas* | Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri | 4,51 | 0 | 7 | 3 | 7 | 0 | 1 | 4 | 1 | 9 | 0 | 1 | 10 | 7 | 0 | 3 | 4 | 7 | 0 | 3 | 3 | 1 | 0 | 7 | 0 | 7 | 0 | 3 | 2 | 7 | 0 | 5 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 4 | 0 | 8 | 4 | 9 | 0 | 10 | 3 | 8 | 0 | 3 | 1 | 5 | 4 | 0 | 0 | 2 | 0 | 3 | 7 | 1 | 0 | 11 | 2 | 2 | ||||
13 | 206 | tpf | Tetrapisispora phaffii CBS 4417 | 4,56 | 0 | 9 | 9 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 10 | 0 | 2 | 8 | 10 | 0 | 2 | 1 | 8 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 9 | 0 | 2 | 1 | 9 | 0 | 3 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 7 | 1 | 0 | 9 | 6 | 9 | 0 | 12 | 11 | 1 | 0 | 4 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 8 | 1 | 0 | 13 | 2 | 1 | ||||
12 | 207 | cgr | Candida glabrata CBS 138 | 4,58 | 0 | 6 | 3 | 8 | 0 | 1 | 4 | 0 | 9 | 0 | 2 | 7 | 10 | 0 | 2 | 1 | 9 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 9 | 0 | 3 | 1 | 10 | 0 | 5 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 6 | 2 | 0 | 9 | 3 | 12 | 0 | 9 | 9 | 3 | 0 | 3 | 0 | 5 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 9 | 1 | 0 | 12 | 2 | 1 | ||||
12 | 211 | acs | Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) | 4,64 | 0 | 5 | 2 | 2 | 4 | 0 | 3 | 4 | 6 | 0 | 1 | 12 | 5 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 1 | 2 | 3 | 1 | 3 | 2 | 4 | 0 | 3 | 1 | 12 | 0 | 6 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 3 | 5 | 0 | 10 | 5 | 6 | 0 | 8 | 7 | 5 | 0 | 12 | 1 | 7 | 4 | 0 | 3 | 1 | 0 | 5 | 3 | 3 | 0 | 7 | 8 | 2 | ||||
10 | 212 | bfu | Botrytis cinerea B05.10 | 4,69 | 0 | 7 | 2 | 5 | 6 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 8 | 8 | 0 | 2 | 2 | 7 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 7 | 1 | 6 | 0 | 3 | 0 | 8 | 0 | 5 | 2 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 2 | 0 | 6 | 3 | 10 | 0 | 9 | 6 | 9 | 0 | 5 | 0 | 6 | 6 | 0 | 4 | 2 | 0 | 5 | 5 | 1 | 1 | 8 | 2 | 7 | ||||
11 | 214 | dha | Debaryomyces hansenii CBS767 | 4,71 | 0 | 8 | 9 | 4 | 2 | 0 | 0 | 1 | 9 | 1 | 2 | 10 | 10 | 0 | 1 | 1 | 6 | 0 | 4 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 8 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 5 | 1 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 7 | 1 | 0 | 9 | 8 | 10 | 0 | 10 | 9 | 1 | 0 | 4 | 1 | 4 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 10 | 1 | 0 | 11 | 5 | 1 | ||||
13 | 225 | vda | Verticillium dahliae VdLs.17 | 4,93 | 0 | 7 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 4 | 9 | 0 | 0 | 9 | 11 | 0 | 1 | 2 | 6 | 1 | 2 | 4 | 8 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 4 | 1 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 2 | 5 | 0 | 6 | 2 | 12 | 0 | 10 | 2 | 12 | 0 | 5 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 0 | 5 | 3 | 2 | 0 | 13 | 3 | 3 | ||||
15 | 229 | lth | Lachancea thermotolerans CBS 6340 | 5,04 | 0 | 7 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 3 | 10 | 0 | 1 | 8 | 11 | 0 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 2 | 0 | 8 | 0 | 9 | 0 | 2 | 1 | 10 | 0 | 3 | 2 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 5 | 5 | 0 | 7 | 4 | 14 | 0 | 10 | 6 | 11 | 0 | 4 | 0 | 5 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 9 | 1 | 0 | 15 | 3 | 2 | ||||
21 | 230 | tgu | Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) | 4,87 | 0 | 10 | 4 | 4 | 1 | 0 | 1 | 7 | 21 | 2 | 1 | 5 | 3 | 2 | 1 | 1 | 3 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 1 | 2 | 8 | 1 | 4 | 2 | 18 | 0 | 7 | 3 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 5 | 1 | 6 | 2 | 8 | 4 | 5 | 0 | 7 | 2 | 3 | 1 | 9 | 1 | 3 | 6 | 0 | 2 | 0 | 1 | 5 | 3 | 2 | 1 | 8 | 7 | 4 | ||||
15 | 242 | aor | Aspergillus oryzae RIB40 | 5,31 | 0 | 7 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 4 | 10 | 0 | 2 | 6 | 10 | 1 | 2 | 3 | 7 | 0 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 0 | 10 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 4 | 1 | 13 | 0 | 0 | 0 | 8 | 4 | 7 | 0 | 8 | 3 | 11 | 0 | 13 | 6 | 11 | 1 | 4 | 0 | 4 | 12 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 2 | 2 | 0 | 15 | 4 | 1 | ||||
27 | 252 | mlu* | Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) | 5,49 | 0 | 5 | 2 | 3 | 3 | 0 | 5 | 2 | 10 | 0 | 3 | 14 | 5 | 0 | 3 | 5 | 6 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 3 | 3 | 5 | 0 | 5 | 3 | 8 | 0 | 1 | 3 | 0 | 5 | 0 | 0 | 5 | 7 | 3 | 7 | 0 | 9 | 3 | 11 | 0 | 8 | 5 | 6 | 0 | 27 | 0 | 4 | 6 | 0 | 5 | 2 | 0 | 5 | 5 | 5 | 0 | 8 | 6 | 3 | ||||
15 | 256 | dsi | Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) | 5,67 | 0 | 8 | 3 | 4 | 5 | 0 | 2 | 9 | 8 | 0 | 0 | 12 | 7 | 0 | 2 | 6 | 8 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 5 | 4 | 9 | 0 | 5 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 6 | 4 | 11 | 0 | 6 | 5 | 10 | 0 | 7 | 1 | 9 | 9 | 0 | 5 | 0 | 0 | 3 | 3 | 3 | 0 | 15 | 5 | 0 | ||||
20 | 258 | mmr* | Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) | 5,71 | 0 | 8 | 3 | 3 | 5 | 0 | 2 | 7 | 4 | 0 | 3 | 14 | 4 | 0 | 2 | 5 | 7 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 4 | 3 | 3 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 12 | 0 | 9 | 5 | 6 | 0 | 5 | 9 | 8 | 1 | 20 | 0 | 6 | 6 | 0 | 3 | 2 | 0 | 7 | 5 | 3 | 0 | 11 | 7 | 2 | ||||
15 | 258 | lkl* | Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 | 5,69 | 0 | 8 | 3 | 11 | 0 | 1 | 3 | 0 | 12 | 0 | 1 | 10 | 14 | 0 | 1 | 3 | 11 | 0 | 2 | 1 | 1 | 1 | 10 | 0 | 12 | 0 | 2 | 1 | 13 | 0 | 4 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 6 | 10 | 1 | 0 | 9 | 5 | 14 | 0 | 13 | 13 | 3 | 0 | 5 | 0 | 5 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 12 | 1 | 0 | 15 | 2 | 2 | ||||
17 | 266 | kaf | Kazachstania africana CBS 2517 | 5,91 | 0 | 9 | 14 | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 13 | 0 | 2 | 9 | 13 | 0 | 2 | 1 | 11 | 0 | 4 | 1 | 1 | 0 | 10 | 0 | 11 | 0 | 3 | 1 | 12 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 6 | 9 | 1 | 0 | 10 | 8 | 12 | 0 | 13 | 15 | 2 | 0 | 5 | 0 | 6 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 11 | 1 | 0 | 17 | 3 | 1 | ||||
14 | 270 | ncs | Naumovozyma castellii CBS 4309 | 6,00 | 0 | 10 | 7 | 9 | 2 | 0 | 3 | 0 | 12 | 0 | 2 | 9 | 13 | 0 | 2 | 2 | 12 | 0 | 4 | 1 | 1 | 0 | 10 | 0 | 11 | 0 | 3 | 2 | 12 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 8 | 9 | 1 | 0 | 10 | 8 | 14 | 0 | 14 | 13 | 1 | 0 | 4 | 0 | 7 | 5 | 0 | 0 | 2 | 0 | 4 | 10 | 1 | 0 | 13 | 3 | 2 | ||||
16 | 270 | fgr | Fusarium graminearum CS3005 | 5,98 | 0 | 9 | 1 | 3 | 6 | 0 | 2 | 5 | 11 | 0 | 2 | 5 | 16 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 4 | 3 | 13 | 0 | 3 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 9 | 2 | 12 | 0 | 10 | 4 | 13 | 0 | 5 | 1 | 4 | 10 | 0 | 9 | 1 | 0 | 8 | 2 | 2 | 0 | 15 | 5 | 1 | ||||
17 | 272 | zro | Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 | 6,00 | 0 | 8 | 4 | 10 | 0 | 1 | 5 | 0 | 11 | 1 | 1 | 9 | 12 | 0 | 2 | 4 | 12 | 0 | 3 | 2 | 3 | 0 | 10 | 0 | 10 | 0 | 2 | 2 | 12 | 0 | 9 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 6 | 10 | 3 | 0 | 9 | 7 | 14 | 0 | 14 | 10 | 4 | 0 | 4 | 0 | 6 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 5 | 8 | 2 | 0 | 17 | 5 | 2 | ||||
15 | 273 | fve* | Flammulina velutipes KACC42780 | 5,98 | 2 | 15 | 1 | 4 | 6 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 2 | 14 | 7 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 4 | 2 | 7 | 0 | 3 | 4 | 13 | 0 | 9 | 5 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 3 | 4 | 6 | 1 | 12 | 6 | 11 | 1 | 2 | 6 | 11 | 0 | 4 | 0 | 4 | 13 | 0 | 8 | 2 | 0 | 4 | 2 | 6 | 0 | 11 | 8 | 8 | ||||
16 | 275 | sce | Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) | 6,09 | 0 | 10 | 7 | 10 | 0 | 1 | 3 | 0 | 13 | 0 | 2 | 10 | 14 | 0 | 2 | 2 | 11 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 10 | 0 | 11 | 0 | 4 | 1 | 11 | 0 | 5 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 7 | 9 | 1 | 0 | 10 | 7 | 14 | 0 | 16 | 14 | 2 | 0 | 4 | 0 | 6 | 6 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 11 | 1 | 0 | 16 | 3 | 2 | ||||
24 | 283 | gga | Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) | 6,24 | 0 | 10 | 3 | 3 | 3 | 0 | 2 | 7 | 7 | 0 | 2 | 14 | 7 | 1 | 3 | 7 | 9 | 0 | 4 | 2 | 7 | 0 | 4 | 3 | 4 | 0 | 4 | 2 | 24 | 0 | 7 | 4 | 0 | 16 | 0 | 0 | 0 | 6 | 2 | 5 | 0 | 11 | 6 | 6 | 0 | 10 | 9 | 7 | 0 | 11 | 1 | 6 | 8 | 0 | 2 | 2 | 0 | 7 | 4 | 3 | 0 | 7 | 7 | 4 | ||||
16 | 285 | fvr | Fusarium verticillioides 7600 | 6,33 | 0 | 10 | 2 | 4 | 12 | 0 | 2 | 5 | 11 | 0 | 1 | 8 | 13 | 0 | 2 | 3 | 10 | 0 | 2 | 3 | 10 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 4 | 2 | 14 | 0 | 3 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 2 | 15 | 0 | 14 | 5 | 16 | 0 | 5 | 0 | 5 | 10 | 0 | 7 | 1 | 0 | 7 | 2 | 2 | 0 | 14 | 5 | 1 | ||||
16 | 288 | mfa* | Millerozyma farinosa CBS 7064 | 6,40 | 0 | 10 | 4 | 14 | 4 | 0 | 0 | 2 | 12 | 0 | 4 | 10 | 12 | 0 | 2 | 4 | 10 | 0 | 4 | 2 | 2 | 0 | 8 | 0 | 10 | 0 | 4 | 2 | 12 | 0 | 8 | 2 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 8 | 8 | 4 | 0 | 12 | 6 | 10 | 0 | 14 | 8 | 8 | 0 | 4 | 0 | 6 | 4 | 0 | 0 | 2 | 0 | 6 | 10 | 2 | 0 | 16 | 6 | 2 | ||||
14 | 289 | dme | Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) | 6,40 | 0 | 8 | 4 | 4 | 4 | 0 | 2 | 8 | 9 | 0 | 2 | 12 | 6 | 0 | 2 | 7 | 8 | 0 | 2 | 4 | 7 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 6 | 3 | 12 | 0 | 2 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 10 | 6 | 13 | 0 | 14 | 6 | 13 | 0 | 7 | 1 | 8 | 10 | 0 | 10 | 0 | 0 | 6 | 3 | 3 | 0 | 14 | 6 | 0 | ||||
19 | 305 | fgr | Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 | 6,76 | 0 | 11 | 2 | 3 | 13 | 0 | 2 | 5 | 13 | 0 | 2 | 6 | 19 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 4 | 3 | 14 | 0 | 4 | 2 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 9 | 3 | 16 | 0 | 14 | 5 | 19 | 0 | 5 | 1 | 4 | 10 | 0 | 9 | 1 | 0 | 8 | 2 | 2 | 0 | 14 | 6 | 1 | ||||
21 | 326 | oga* | Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) | 6,96 | 1 | 6 | 3 | 5 | 4 | 0 | 3 | 9 | 10 | 9 | 11 | 13 | 6 | 0 | 3 | 5 | 6 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 | 4 | 3 | 9 | 0 | 6 | 3 | 13 | 0 | 7 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 8 | 5 | 9 | 0 | 12 | 11 | 9 | 0 | 13 | 5 | 8 | 0 | 21 | 1 | 6 | 6 | 0 | 4 | 3 | 2 | 7 | 4 | 5 | 0 | 12 | 9 | 3 | ||||
18 | 326 | dya | Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) | 7,22 | 0 | 9 | 5 | 4 | 5 | 0 | 2 | 8 | 10 | 0 | 2 | 15 | 7 | 0 | 2 | 10 | 9 | 0 | 2 | 5 | 6 | 0 | 8 | 5 | 8 | 0 | 6 | 5 | 18 | 0 | 2 | 5 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 11 | 6 | 16 | 0 | 15 | 7 | 14 | 0 | 8 | 1 | 8 | 12 | 0 | 7 | 0 | 0 | 6 | 3 | 4 | 0 | 16 | 7 | 1 | ||||
23 | 328 | tbl | Tetrapisispora blattae CBS 6284 | 7,27 | 0 | 12 | 12 | 9 | 0 | 1 | 2 | 0 | 17 | 0 | 2 | 11 | 18 | 0 | 2 | 1 | 16 | 0 | 4 | 2 | 1 | 0 | 13 | 0 | 15 | 0 | 3 | 1 | 19 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 10 | 1 | 0 | 11 | 9 | 15 | 0 | 19 | 16 | 1 | 0 | 5 | 0 | 7 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 6 | 13 | 1 | 0 | 23 | 3 | 1 | ||||
19 | 334 | sbq | Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) | 7,27 | 0 | 9 | 8 | 5 | 6 | 0 | 4 | 5 | 10 | 1 | 6 | 14 | 6 | 1 | 4 | 7 | 9 | 1 | 3 | 3 | 9 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 6 | 5 | 15 | 0 | 8 | 5 | 1 | 8 | 0 | 0 | 0 | 8 | 6 | 10 | 0 | 11 | 12 | 9 | 0 | 9 | 10 | 5 | 0 | 19 | 3 | 6 | 6 | 0 | 4 | 3 | 0 | 7 | 5 | 5 | 0 | 10 | 6 | 4 | ||||
17 | 338 | opr* | Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) | 7,49 | 0 | 10 | 3 | 4 | 5 | 0 | 5 | 11 | 8 | 0 | 4 | 15 | 7 | 0 | 4 | 7 | 7 | 0 | 3 | 4 | 8 | 0 | 4 | 4 | 7 | 0 | 6 | 7 | 15 | 0 | 7 | 4 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 5 | 5 | 12 | 0 | 14 | 9 | 11 | 0 | 14 | 7 | 11 | 0 | 10 | 1 | 6 | 7 | 0 | 6 | 4 | 0 | 7 | 5 | 6 | 0 | 17 | 7 | 5 | ||||
29 | 353 | meu* | Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) | 7,62 | 1 | 10 | 3 | 8 | 5 | 0 | 4 | 6 | 6 | 0 | 6 | 14 | 8 | 0 | 1 | 7 | 8 | 0 | 4 | 2 | 7 | 0 | 4 | 2 | 8 | 0 | 6 | 3 | 13 | 0 | 6 | 5 | 1 | 8 | 0 | 0 | 1 | 7 | 4 | 7 | 0 | 14 | 10 | 11 | 0 | 13 | 12 | 7 | 0 | 29 | 7 | 8 | 7 | 0 | 3 | 5 | 0 | 10 | 7 | 4 | 0 | 16 | 10 | 5 | ||||
46 | 367 | hgl | Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) | 7,62 | 0 | 6 | 4 | 5 | 5 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 3 | 14 | 12 | 1 | 4 | 6 | 7 | 0 | 3 | 3 | 13 | 0 | 5 | 3 | 15 | 2 | 4 | 4 | 46 | 6 | 5 | 6 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 7 | 3 | 6 | 0 | 9 | 8 | 15 | 2 | 10 | 6 | 4 | 0 | 23 | 7 | 6 | 5 | 0 | 4 | 4 | 2 | 7 | 6 | 5 | 4 | 10 | 4 | 3 | ||||
20 | 373 | lcm | Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) | 7,96 | 0 | 7 | 11 | 4 | 4 | 0 | 5 | 8 | 7 | 0 | 7 | 11 | 3 | 0 | 7 | 4 | 3 | 0 | 6 | 3 | 12 | 0 | 10 | 4 | 11 | 0 | 9 | 2 | 5 | 0 | 20 | 3 | 2 | 8 | 0 | 0 | 0 | 5 | 10 | 9 | 3 | 9 | 20 | 13 | 1 | 19 | 11 | 8 | 5 | 17 | 4 | 15 | 4 | 0 | 1 | 4 | 0 | 8 | 9 | 8 | 0 | 7 | 5 | 2 | ||||
25 | 374 | san* | Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) | 8,24 | 0 | 10 | 4 | 4 | 6 | 1 | 2 | 13 | 15 | 0 | 5 | 15 | 7 | 0 | 5 | 7 | 8 | 0 | 3 | 4 | 8 | 0 | 6 | 2 | 8 | 0 | 5 | 5 | 10 | 0 | 8 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 12 | 8 | 13 | 0 | 19 | 10 | 14 | 0 | 25 | 2 | 6 | 9 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 6 | 6 | 0 | 22 | 12 | 2 | ||||
34 | 383 | cpo* | Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) | 8,36 | 0 | 8 | 4 | 6 | 5 | 0 | 3 | 6 | 10 | 0 | 5 | 15 | 6 | 1 | 3 | 6 | 8 | 0 | 3 | 4 | 8 | 0 | 4 | 3 | 10 | 0 | 4 | 3 | 28 | 4 | 9 | 5 | 0 | 15 | 0 | 0 | 0 | 8 | 4 | 8 | 0 | 18 | 11 | 26 | 1 | 10 | 6 | 5 | 0 | 34 | 1 | 8 | 7 | 0 | 4 | 3 | 0 | 10 | 5 | 5 | 0 | 11 | 6 | 6 | ||||
26 | 396 | ncr | Neurospora crassa OR74A | 8,78 | 0 | 12 | 1 | 5 | 17 | 0 | 2 | 6 | 17 | 1 | 1 | 17 | 19 | 0 | 2 | 4 | 14 | 0 | 3 | 4 | 11 | 0 | 4 | 4 | 12 | 0 | 3 | 3 | 19 | 0 | 3 | 5 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 9 | 3 | 11 | 0 | 12 | 2 | 24 | 0 | 18 | 5 | 24 | 0 | 7 | 0 | 7 | 21 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 5 | 5 | 0 | 26 | 4 | 3 | ||||
40 | 407 | rno | Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) | 8,89 | 1 | 8 | 3 | 0 | 1 | 0 | 1 | 5 | 12 | 0 | 3 | 13 | 8 | 0 | 3 | 7 | 11 | 0 | 4 | 3 | 33 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 5 | 4 | 36 | 2 | 9 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 10 | 6 | 10 | 0 | 15 | 1 | 19 | 2 | 15 | 10 | 8 | 0 | 40 | 1 | 8 | 6 | 0 | 3 | 5 | 1 | 12 | 6 | 8 | 0 | 11 | 9 | 5 | ||||
30 | 408 | cjc | Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) | 8,80 | 0 | 8 | 9 | 6 | 7 | 0 | 3 | 11 | 9 | 2 | 5 | 19 | 6 | 1 | 4 | 10 | 9 | 0 | 5 | 4 | 7 | 0 | 6 | 4 | 9 | 1 | 6 | 4 | 15 | 1 | 5 | 4 | 0 | 19 | 0 | 0 | 1 | 8 | 4 | 12 | 0 | 23 | 14 | 11 | 1 | 13 | 11 | 12 | 0 | 30 | 2 | 6 | 6 | 3 | 4 | 3 | 0 | 8 | 5 | 5 | 0 | 14 | 9 | 4 | ||||
28 | 411 | pha* | Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) | 8,93 | 0 | 12 | 7 | 7 | 9 | 0 | 3 | 6 | 12 | 2 | 4 | 15 | 9 | 1 | 7 | 12 | 9 | 0 | 5 | 3 | 7 | 0 | 6 | 4 | 10 | 0 | 7 | 6 | 19 | 1 | 9 | 5 | 0 | 15 | 0 | 0 | 0 | 10 | 6 | 11 | 1 | 18 | 12 | 12 | 1 | 10 | 13 | 4 | 2 | 28 | 1 | 8 | 7 | 0 | 6 | 4 | 0 | 9 | 6 | 5 | 0 | 13 | 4 | 8 | ||||
31 | 414 | aga | Anopheles gambiae | 9,20 | 0 | 9 | 2 | 3 | 5 | 0 | 3 | 10 | 12 | 0 | 2 | 18 | 31 | 0 | 3 | 29 | 6 | 0 | 2 | 8 | 7 | 0 | 8 | 13 | 8 | 0 | 2 | 5 | 17 | 0 | 3 | 6 | 0 | 22 | 0 | 0 | 0 | 21 | 4 | 11 | 0 | 11 | 8 | 17 | 0 | 20 | 11 | 15 | 0 | 5 | 0 | 6 | 10 | 0 | 8 | 0 | 0 | 6 | 2 | 2 | 0 | 15 | 8 | 0 | ||||
24 | 418 | ppp | Physcomitrella patens | 9,18 | 1 | 14 | 2 | 6 | 6 | 1 | 5 | 5 | 12 | 0 | 4 | 24 | 13 | 0 | 2 | 11 | 13 | 0 | 5 | 7 | 13 | 0 | 8 | 4 | 10 | 0 | 5 | 6 | 19 | 0 | 9 | 8 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 9 | 9 | 10 | 1 | 14 | 8 | 16 | 0 | 11 | 7 | 14 | 0 | 7 | 1 | 9 | 8 | 1 | 7 | 5 | 0 | 9 | 6 | 10 | 0 | 15 | 9 | 11 | ||||
22 | 421 | nle | Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) | 9,04 | 1 | 11 | 7 | 5 | 8 | 0 | 3 | 9 | 12 | 3 | 5 | 16 | 11 | 1 | 6 | 10 | 9 | 1 | 4 | 4 | 9 | 1 | 5 | 4 | 11 | 0 | 4 | 5 | 18 | 1 | 9 | 5 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 11 | 9 | 13 | 2 | 14 | 22 | 15 | 0 | 10 | 10 | 8 | 1 | 22 | 3 | 8 | 7 | 0 | 7 | 3 | 0 | 8 | 6 | 5 | 0 | 12 | 6 | 7 | ||||
28 | 435 | ggo | Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) | 9,42 | 0 | 12 | 8 | 7 | 8 | 0 | 4 | 5 | 11 | 2 | 6 | 17 | 9 | 1 | 8 | 10 | 10 | 1 | 4 | 5 | 8 | 0 | 7 | 4 | 9 | 0 | 6 | 6 | 22 | 2 | 6 | 4 | 1 | 16 | 0 | 0 | 0 | 7 | 7 | 14 | 1 | 24 | 13 | 14 | 0 | 15 | 14 | 7 | 0 | 28 | 3 | 8 | 7 | 0 | 6 | 5 | 0 | 8 | 5 | 6 | 0 | 12 | 3 | 9 | ||||
45 | 446 | shr | Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) | 9,87 | 0 | 13 | 6 | 3 | 9 | 0 | 4 | 9 | 11 | 0 | 4 | 22 | 8 | 0 | 4 | 10 | 10 | 0 | 5 | 3 | 10 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 7 | 2 | 18 | 0 | 7 | 4 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 9 | 45 | 10 | 0 | 13 | 14 | 32 | 0 | 19 | 15 | 10 | 0 | 8 | 2 | 8 | 4 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 5 | 4 | 0 | 19 | 9 | 6 | ||||
64 | 455 | tsy* | Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) | 9,25 | 0 | 6 | # | 4 | 6 | 0 | 5 | 7 | 8 | 0 | 4 | 12 | 6 | 0 | 4 | 6 | 7 | 0 | 5 | 3 | 7 | 1 | 32 | 4 | 9 | 0 | 4 | 4 | 12 | 0 | 4 | 3 | 0 | 10 | 0 | 0 | 1 | 10 | 64 | 6 | 1 | 15 | 10 | 7 | 1 | 13 | 9 | 10 | 1 | 25 | 1 | 6 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 9 | 6 | 4 | 0 | 14 | 6 | 7 | ||||
27 | 458 | mcc | Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) | 9,80 | 0 | 9 | 15 | 8 | 9 | 0 | 5 | 6 | 10 | 5 | 7 | 18 | 10 | 3 | 6 | 11 | 9 | 2 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 3 | 9 | 0 | 5 | 4 | 21 | 1 | 10 | 5 | 1 | 23 | 0 | 0 | 0 | 14 | 10 | 12 | 2 | 19 | 16 | 13 | 1 | 14 | 11 | 6 | 0 | 27 | 2 | 8 | 6 | 0 | 5 | 4 | 0 | 8 | 6 | 7 | 0 | 14 | 4 | 8 | ||||
60 | 469 | mmu | Mus musculus (mm10 Dec 2011) | 10,13 | 0 | 7 | 7 | 4 | 5 | 0 | 4 | 10 | 12 | 1 | 5 | 19 | 8 | 1 | 3 | 12 | 10 | 1 | 3 | 3 | 8 | 1 | 8 | 3 | 11 | 0 | 4 | 4 | 23 | 4 | 11 | 10 | 0 | 11 | 0 | 0 | 1 | 10 | 7 | 12 | 0 | 13 | 14 | 26 | 0 | 16 | 8 | 14 | 1 | 60 | 1 | 8 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 6 | 5 | 2 | 15 | 8 | 7 | ||||
27 | 476 | pan* | Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) | 10,20 | 1 | 13 | 8 | 8 | 8 | 0 | 3 | 11 | 14 | 2 | 6 | 19 | 9 | 1 | 7 | 12 | 9 | 1 | 5 | 3 | 8 | 0 | 6 | 4 | 10 | 0 | 7 | 6 | 20 | 1 | 9 | 5 | 3 | 21 | 0 | 0 | 0 | 10 | 9 | 12 | 2 | 21 | 14 | 15 | 2 | 15 | 13 | 9 | 1 | 27 | 3 | 9 | 7 | 0 | 5 | 4 | 0 | 11 | 6 | 5 | 0 | 20 | 8 | 8 | ||||
46 | 481 | mdo | Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) | 10,58 | 0 | 12 | 2 | 4 | 8 | 0 | 6 | 11 | 13 | 0 | 7 | 25 | 9 | 0 | 5 | 9 | 12 | 0 | 6 | 3 | 11 | 0 | 8 | 3 | 12 | 0 | 7 | 3 | 15 | 0 | 9 | 6 | 0 | 15 | 0 | 0 | 0 | 9 | 7 | 11 | 0 | 13 | 13 | 19 | 1 | 24 | 14 | 13 | 4 | 46 | 0 | 9 | 5 | 0 | 5 | 4 | 0 | 9 | 6 | 5 | 0 | 24 | 11 | 8 | ||||
34 | 485 | eeu* | Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) | 7,59 | 0 | 8 | 3 | 6 | 6 | 0 | 3 | 6 | 9 | 0 | 4 | 16 | 7 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 3 | 3 | 10 | 0 | 5 | 3 | 9 | 0 | 6 | 4 | 14 | 0 | 10 | 4 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 7 | 11 | € | 0 | 13 | 8 | 9 | 0 | 34 | 2 | 7 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 14 | 7 | 5 | ||||
51 | 494 | ecb | Equus caballus (horse) (Sep 2007) | 10,76 | 0 | 12 | 4 | 6 | 7 | 0 | 5 | 3 | 20 | 0 | 5 | 25 | 12 | 3 | 6 | 15 | 12 | 0 | 4 | 4 | 10 | 0 | 7 | 3 | 9 | 0 | 7 | 3 | 27 | 0 | 11 | 8 | 1 | 14 | 0 | 0 | 1 | 11 | 6 | 12 | 1 | 17 | 15 | 16 | 0 | 10 | 11 | 51 | 0 | 25 | 4 | 7 | 10 | 0 | 4 | 4 | 0 | 12 | 5 | 7 | 0 | 10 | 4 | 8 | ||||
86 | 498 | cge | Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) | 10,96 | 0 | 8 | 4 | 4 | 5 | 0 | 4 | 10 | 13 | 0 | 5 | 16 | 13 | 0 | 5 | 9 | 6 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 | 6 | 3 | 8 | 1 | 4 | 4 | 22 | 1 | 15 | 6 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 14 | 5 | 11 | 0 | 17 | 15 | 86 | 0 | 15 | 7 | 20 | 0 | 41 | 2 | 6 | 6 | 0 | 6 | 3 | 0 | 9 | 5 | 6 | 1 | 14 | 6 | 7 | ||||
28 | 499 | vvi | Vitis vinifera (Grapevine 12X) | 10,89 | 0 | 14 | 7 | 13 | 10 | 0 | 9 | 7 | 13 | 1 | 7 | 25 | 14 | 0 | 5 | 9 | 13 | 1 | 7 | 3 | 13 | 0 | 16 | 4 | 10 | 2 | 6 | 3 | 11 | 0 | 28 | 5 | 1 | 17 | 0 | 0 | 1 | 12 | 9 | 10 | 1 | 18 | 11 | 13 | 1 | 18 | 14 | 21 | 0 | 11 | 1 | 10 | 8 | 0 | 5 | 4 | 0 | 9 | 6 | 7 | 0 | 17 | 12 | 6 | ||||
30 | 503 | ptr | Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) | 10,82 | 0 | 15 | 10 | 7 | 9 | 0 | 3 | 6 | 14 | 1 | 5 | 21 | 11 | 1 | 10 | 12 | 11 | 1 | 7 | 4 | 9 | 1 | 8 | 5 | 10 | 0 | 6 | 5 | 30 | 1 | 9 | 5 | 2 | 22 | 0 | 0 | 0 | 10 | 8 | 10 | 1 | 27 | 14 | 19 | 1 | 15 | 15 | 11 | 1 | 27 | 2 | 7 | 7 | 1 | 6 | 5 | 3 | 9 | 6 | 5 | 0 | 13 | 6 | 13 | ||||
29 | 506 | ocu | Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) | 10,67 | 0 | 14 | 6 | 3 | 5 | 0 | 4 | 16 | 11 | 1 | 7 | 18 | 12 | 0 | 8 | 14 | 10 | 0 | 4 | 5 | 9 | 0 | 5 | 4 | 8 | 1 | 7 | 5 | 21 | 0 | 9 | 4 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 9 | 5 | 15 | 1 | 26 | 12 | 29 | 1 | 23 | 18 | 19 | 0 | 25 | 1 | 10 | 7 | 0 | 4 | 5 | 0 | 10 | 6 | 6 | 21 | 0 | 14 | 16 | ||||
34 | 510 | yli | Yarrowia lipolytica CLIB122 | 11,33 | 0 | 17 | 1 | 3 | 21 | 0 | 2 | 13 | 26 | 0 | 1 | 18 | 24 | 0 | 2 | 8 | 21 | 0 | 2 | 4 | 21 | 0 | 3 | 2 | 22 | 0 | 3 | 2 | 30 | 0 | 4 | 2 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 12 | 3 | 15 | 0 | 16 | 4 | 34 | 0 | 28 | 6 | 27 | 0 | 8 | 0 | 13 | 1 | 0 | 25 | 0 | 0 | 6 | 4 | 1 | 0 | 30 | 11 | 0 | ||||
33 | 517 | ppy* | Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) | 11,18 | 0 | 13 | 6 | 6 | 10 | 0 | 3 | 11 | 14 | 4 | 6 | 20 | 10 | 1 | 7 | 18 | 10 | 1 | 6 | 5 | 10 | 0 | 7 | 5 | 12 | 0 | 4 | 7 | 22 | 1 | 9 | 4 | 1 | 19 | 0 | 0 | 0 | 10 | 7 | 13 | 2 | 33 | 20 | 22 | 1 | 13 | 22 | 8 | 0 | 30 | 3 | 6 | 7 | 0 | 6 | 7 | 0 | 8 | 8 | 7 | 0 | 14 | 8 | 10 | ||||
77 | 518 | csi* | Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) | 11,40 | 0 | 13 | 5 | 6 | 6 | 0 | 4 | 4 | 13 | 0 | 5 | 26 | 11 | 1 | 7 | 15 | 13 | 0 | 5 | 4 | 10 | 0 | 7 | 4 | 10 | 0 | 8 | 5 | 23 | 0 | 13 | 6 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 10 | 5 | 12 | 2 | 14 | 15 | 22 | 1 | 13 | 11 | 77 | 0 | 24 | 1 | 8 | 10 | 0 | 5 | 4 | 0 | 13 | 6 | 7 | 0 | 10 | 4 | 9 | ||||
32 | 540 | tng | Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) | 11,91 | 1 | 17 | 5 | 7 | 15 | 0 | 6 | 32 | 16 | 0 | 5 | 20 | 10 | 0 | 4 | 15 | 12 | 1 | 7 | 2 | 11 | 1 | 11 | 4 | 26 | 0 | 10 | 13 | 20 | 0 | 10 | 4 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 12 | 9 | 18 | 0 | 17 | 9 | 20 | 0 | 18 | 15 | 13 | 0 | 15 | 1 | 10 | 14 | 0 | 6 | 2 | 0 | 11 | 9 | 9 | 0 | 14 | 14 | 6 | ||||
36 | 554 | cpic | Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) | 11,87 | 2 | 22 | 13 | 7 | 2 | 1 | 4 | 6 | 11 | 1 | 13 | 16 | 16 | 0 | 5 | 6 | 24 | 0 | 15 | 10 | 12 | 1 | 4 | 2 | 17 | 0 | 18 | 5 | 11 | 1 | 15 | 4 | 1 | 5 | 0 | 0 | 0 | 10 | 16 | 11 | 1 | 17 | 36 | 9 | 0 | 14 | 17 | 5 | 5 | 18 | 4 | 10 | 7 | 0 | 5 | 3 | 3 | 20 | 26 | 10 | 0 | 11 | 24 | 2 | ||||
35 | 575 | tru | Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) | 12,64 | 1 | 18 | 6 | 9 | 10 | 0 | 4 | 21 | 11 | 0 | 6 | 35 | 19 | 0 | 8 | 25 | 11 | 0 | 7 | 3 | 10 | 0 | 7 | 6 | 18 | 0 | 7 | 7 | 10 | 0 | 8 | 6 | 1 | 13 | 0 | 0 | 1 | 19 | 8 | 12 | 0 | 20 | 19 | 19 | 1 | 22 | 13 | 20 | 0 | 15 | 1 | 16 | 16 | 1 | 7 | 4 | 0 | 17 | 13 | 10 | 0 | 18 | 12 | 4 | ||||
37 | 578 | sbi | Sorghum bicolor (Version 1.0) | 12,56 | 0 | 20 | 4 | 9 | 15 | 0 | 9 | 11 | 17 | 0 | 5 | 37 | 16 | 2 | 4 | 10 | 11 | 3 | 12 | 6 | 14 | 0 | 11 | 7 | 12 | 2 | 9 | 6 | 18 | 0 | 13 | 11 | 1 | 14 | 0 | 0 | 1 | 15 | 11 | 13 | 1 | 16 | 9 | 18 | 2 | 24 | 13 | 23 | 0 | 13 | 1 | 13 | 15 | 0 | 4 | 7 | 0 | 13 | 7 | 10 | 0 | 24 | 10 | 6 | ||||
40 | 582 | mtr | Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) | 12,47 | 0 | 26 | 7 | 14 | 9 | 0 | 10 | 4 | 19 | 0 | 10 | 40 | 17 | 3 | 7 | 7 | 12 | 2 | 8 | 2 | 7 | 0 | 11 | 1 | 10 | 4 | 10 | 1 | 25 | 0 | 16 | 3 | 1 | 12 | 0 | 0 | 0 | 17 | 17 | 5 | 9 | 28 | 18 | 16 | 0 | 28 | 19 | 11 | 0 | 10 | 1 | 14 | 12 | 0 | 5 | 3 | 0 | 15 | 8 | 6 | 1 | 23 | 15 | 3 | ||||
34 | 596 | cel | Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) | 13,18 | 0 | 15 | 4 | 7 | 20 | 0 | 3 | 5 | 21 | 0 | 7 | 19 | 19 | 0 | 5 | 6 | 15 | 0 | 9 | 6 | 6 | 0 | 31 | 4 | 17 | 0 | 11 | 7 | 22 | 0 | 9 | 4 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 19 | 20 | 7 | 0 | 20 | 14 | 30 | 0 | 27 | 17 | 24 | 0 | 13 | 2 | 12 | 18 | 0 | 8 | 1 | 1 | 9 | 8 | 4 | 0 | 14 | 34 | 3 | ||||
40 | 618 | pop | Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) | 13,53 | 4 | 18 | 7 | 3 | 40 | 1 | 0 | 7 | 20 | 1 | 9 | 26 | 17 | 0 | 8 | 10 | 13 | 1 | 9 | 5 | 14 | 0 | 22 | 4 | 6 | 0 | 11 | 4 | 20 | 0 | 18 | 5 | 0 | 18 | 0 | 0 | 0 | 13 | 11 | 11 | 0 | 22 | 17 | 17 | 0 | 33 | 14 | 21 | 1 | 13 | 1 | 14 | 10 | 0 | 7 | 5 | 0 | 16 | 11 | 11 | 0 | 25 | 17 | 7 | ||||
40 | 622 | hsa | Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) | 13,31 | 0 | 18 | 8 | 12 | 12 | 0 | 4 | 11 | 19 | 6 | 5 | 22 | 11 | 1 | 8 | 21 | 12 | 1 | 6 | 5 | 10 | 1 | 8 | 4 | 10 | 0 | 6 | 7 | 35 | 1 | 10 | 5 | 5 | 32 | 0 | 0 | 0 | 10 | 18 | 24 | 2 | 40 | 20 | 24 | 1 | 16 | 17 | 10 | 1 | 38 | 3 | 8 | 7 | 0 | 6 | 4 | 1 | 8 | 7 | 5 | 0 | 15 | 9 | 12 | ||||
55 | 639 | bdi | Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) | 13,82 | 0 | 18 | 4 | 15 | 14 | 0 | 10 | 8 | 20 | 2 | 4 | 55 | 15 | 3 | 5 | 11 | 11 | 4 | 10 | 5 | 15 | 0 | 18 | 8 | 9 | 3 | 10 | 6 | 19 | 0 | 12 | 11 | 1 | 17 | 0 | 0 | 3 | 21 | 15 | 11 | 0 | 16 | 12 | 18 | 0 | 25 | 15 | 19 | 0 | 14 | 0 | 18 | 16 | 1 | 5 | 6 | 0 | 18 | 9 | 9 | 0 | 27 | 9 | 9 | ||||
43 | 674 | oni* | Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) | 14,80 | 0 | 23 | 12 | 7 | 14 | 0 | 7 | 16 | 25 | 0 | 25 | 27 | 8 | 0 | 9 | 9 | 10 | 0 | 10 | 6 | 14 | 0 | 11 | 4 | 18 | 1 | 25 | 8 | 18 | 0 | 11 | 12 | 3 | 18 | 0 | 0 | 0 | 23 | 6 | 11 | 0 | 9 | 16 | 43 | 0 | 10 | 14 | 15 | 1 | 42 | 1 | 12 | 16 | 0 | 7 | 6 | 2 | 10 | 27 | 18 | 0 | 13 | 12 | 9 | ||||
83 | 684 | ath | Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) | 15,00 | 0 | 17 | 6 | 12 | 12 | 1 | 11 | 3 | 17 | 2 | 5 | 32 | 14 | 2 | 7 | 8 | 37 | 3 | 12 | 7 | 15 | 0 | 47 | 5 | 10 | 1 | 9 | 5 | 16 | 0 | 10 | 7 | 0 | 83 | 0 | 0 | 0 | 12 | 10 | 9 | 0 | 19 | 15 | 17 | 0 | 29 | 14 | 13 | 0 | 17 | 0 | 16 | 11 | 0 | 6 | 4 | 0 | 16 | 10 | 8 | 0 | 25 | 12 | 5 | ||||
56 | 738 | osa | Oryza sativa | 15,67 | 0 | 20 | 4 | 19 | 15 | 0 | 10 | 10 | 18 | 0 | 5 | 56 | 17 | 16 | 4 | 10 | 12 | 4 | 17 | 8 | 14 | 0 | 14 | 9 | 11 | 8 | 15 | 5 | 20 | 1 | 10 | 12 | 2 | 19 | 0 | 0 | 0 | 26 | 21 | 10 | 0 | 29 | 12 | 20 | 1 | 31 | 16 | 25 | 1 | 17 | 0 | 18 | 24 | 0 | 4 | 8 | 0 | 20 | 12 | 11 | 0 | 28 | 9 | 10 | ||||
36 | 738 | gmx | Glycine max (soybean) (Wm82.a2) | 16,31 | 0 | 22 | 9 | 18 | 16 | 0 | 10 | 7 | 31 | 0 | 8 | 36 | 22 | 1 | 9 | 13 | 15 | 0 | 11 | 6 | 21 | 0 | 27 | 5 | 9 | 1 | 10 | 4 | 24 | 0 | 17 | 8 | 0 | 21 | 0 | 0 | 0 | 18 | 13 | 13 | 2 | 22 | 20 | 22 | 0 | 33 | 16 | 24 | 0 | 14 | 0 | 18 | 13 | 0 | 9 | 5 | 0 | 28 | 18 | 13 | 0 | 29 | 18 | 9 | ||||
42 | 743 | cbr | Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) | 16,51 | 0 | 22 | 6 | 11 | 26 | 0 | 5 | 7 | 21 | 0 | 24 | 23 | 25 | 0 | 6 | 6 | 17 | 0 | 8 | 8 | 6 | 0 | 41 | 4 | 22 | 0 | 10 | 9 | 29 | 0 | 14 | 7 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 21 | 24 | 10 | 0 | 23 | 16 | 40 | 0 | 34 | 19 | 30 | 0 | 16 | 0 | 13 | 22 | 0 | 10 | 0 | 0 | 9 | 10 | 2 | 0 | 21 | 42 | 5 | ||||
37 | 749 | mpu* | Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) | 10,68 | 0 | 11 | 4 | 6 | 6 | 0 | 4 | 5 | 10 | 0 | 5 | 20 | 8 | 0 | 6 | 7 | 8 | 0 | 4 | 4 | 9 | 0 | 7 | 2 | 10 | 0 | 7 | 5 | 15 | 0 | 8 | 5 | 0 | 9 | 0 | 0 | 1 | 7 | 37 | 17 | 6 | 12 | 31 | € | 0 | 8 | 7 | 19 | 0 | 25 | 1 | 11 | 6 | 0 | 29 | 5 | 0 | 12 | 16 | 21 | 0 | 9 | 9 | 4 | ||||
48 | 804 | str* | Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) | 11,02 | 1 | 10 | 3 | 10 | 6 | 0 | 3 | 4 | 14 | 6 | 4 | 14 | 18 | 3 | 5 | 39 | 15 | 1 | 7 | 6 | 12 | 1 | 7 | 3 | 34 | 5 | 6 | 7 | € | 31 | 39 | 18 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 6 | 1 | 9 | 10 | 12 | 6 | 8 | 5 | 7 | 0 | 48 | 1 | 7 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 7 | 5 | 6 | 7 | 13 | 5 | 20 | ||||
97 | 807 | ssc | Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) | 12,68 | 0 | 21 | 4 | 6 | 8 | 0 | 5 | 5 | 13 | 0 | 5 | 23 | 10 | 1 | 11 | 12 | 10 | 0 | 5 | 4 | 9 | 0 | 4 | 3 | 13 | 0 | 8 | 4 | 23 | 0 | 14 | 7 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 10 | 9 | 12 | 2 | 18 | 38 | 16 | 10 | 97 | € | 13 | 1 | 23 | 0 | 7 | 7 | 0 | 5 | 3 | 0 | 10 | 7 | 4 | 0 | 19 | 10 | 6 | ||||
47 | 827 | cja* | Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) | 18,33 | 1 | 24 | 5 | 7 | 26 | 0 | 6 | 12 | 26 | 0 | 7 | 30 | 23 | 0 | 7 | 13 | 19 | 0 | 7 | 15 | 9 | 0 | 43 | 8 | 24 | 0 | 12 | 11 | 31 | 0 | 11 | 8 | 0 | 24 | 0 | 0 | 0 | 17 | 14 | 16 | 0 | 23 | 30 | 37 | 0 | 41 | 20 | 40 | 0 | 15 | 1 | 18 | 21 | 0 | 11 | 1 | 0 | 15 | 12 | 3 | 0 | 34 | 47 | 2 | ||||
83 | 856 | oaa | Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) | 18,56 | 1 | 24 | 10 | 10 | 8 | 0 | 7 | 18 | 27 | 0 | 10 | 32 | 23 | 1 | 15 | 10 | 16 | 4 | 6 | 8 | 19 | 4 | 12 | 7 | 23 | 1 | 18 | 10 | 83 | 0 | 17 | 11 | 0 | 28 | 0 | 0 | 1 | 24 | 11 | 19 | 0 | 21 | 32 | 25 | 0 | 27 | 16 | 27 | 0 | 37 | 5 | 14 | 12 | 0 | 7 | 14 | 2 | 18 | 6 | 9 | 2 | 40 | 15 | 9 | ||||
43 | 906 | cfa | Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) | 11,23 | 0 | 10 | 4 | 5 | 4 | 0 | 4 | 7 | 9 | 0 | 5 | 23 | 6 | 0 | 5 | 8 | 10 | 0 | 5 | 8 | 8 | 0 | 8 | 4 | 8 | 0 | 4 | 5 | 14 | 0 | 11 | 4 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 9 | 43 | 20 | 1 | 21 | 34 | € | 2 | 13 | 15 | 22 | 0 | 21 | 1 | 6 | 6 | 0 | 15 | 4 | 0 | 8 | 9 | 29 | 0 | 11 | 11 | 9 | ||||
82 | 1065 | spu | Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) | 23,56 | 2 | 0 | 14 | 2 | 18 | 0 | 8 | 5 | 69 | 2 | 22 | 73 | 20 | 0 | 11 | 16 | 25 | 0 | 15 | 6 | 19 | 0 | 21 | 9 | 27 | 0 | 21 | 9 | 32 | 0 | 17 | 7 | 0 | 24 | 0 | 0 | 0 | 26 | 17 | 21 | 0 | 39 | 57 | 42 | 0 | 82 | 26 | 29 | 0 | 31 | 0 | 18 | 29 | 0 | 19 | 1 | 1 | 17 | 18 | 19 | 0 | 42 | 33 | 4 | ||||
66 | 1095 | cbr* | Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) | 24,07 | 0 | 24 | 7 | 14 | 32 | 0 | 8 | 8 | 33 | 1 | 26 | 29 | 33 | 0 | 8 | 15 | 20 | 0 | 14 | 9 | 25 | 2 | 54 | 9 | 31 | 1 | 15 | 10 | 35 | 0 | 11 | 6 | 2 | 28 | 0 | 0 | 1 | 26 | 40 | 11 | 0 | 33 | 29 | 49 | 0 | 34 | 36 | 37 | 2 | 21 | 3 | 22 | 32 | 0 | 17 | 24 | 0 | 14 | 13 | 11 | 0 | 39 | 66 | 25 | ||||
81 | 1119 | dno* | Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) | 15,86 | 0 | 12 | 8 | 8 | 5 | 0 | 3 | 10 | 12 | 1 | 6 | 30 | 12 | 1 | 16 | # | 10 | 0 | 6 | 6 | 7 | 0 | 7 | 4 | 11 | 0 | 8 | 7 | 23 | 2 | 66 | 17 | 0 | 14 | 0 | 0 | 1 | 10 | 5 | 10 | 0 | 23 | 18 | 43 | 0 | 21 | 20 | 45 | 0 | 22 | 1 | 15 | 10 | 0 | 8 | 5 | 0 | 10 | 9 | 47 | 24 | 19 | € | 34 | ||||
61 | 1176 | oas | Ovis aries (sheep) (Feb 2010) | 12,50 | 1 | 6 | 5 | 7 | 6 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 5 | 18 | 7 | 0 | 8 | 9 | 2 | 3 | 4 | 3 | 4 | 0 | 6 | 1 | 5 | 0 | 5 | 3 | 18 | 3 | 12 | 7 | 2 | 16 | 0 | 0 | 0 | 8 | 7 | 9 | 0 | 13 | 22 | 16 | 2 | 8 | € | 60 | 16 | 61 | 4 | 47 | 2 | 2 | 6 | 6 | 0 | 7 | 22 | 33 | 5 | 30 | € | € | ||||
82 | 1198 | zma | Zea mays (Version 5b.60) | 23,18 | 1 | 25 | 5 | 20 | 29 | 0 | 9 | 13 | 69 | 0 | 5 | 79 | 22 | 12 | 4 | 16 | 13 | 22 | 11 | 6 | 15 | 0 | 31 | 9 | 20 | 13 | 14 | 6 | 66 | 0 | 15 | 22 | 0 | 21 | 0 | 0 | 1 | 26 | 22 | 13 | 0 | 49 | 82 | € | 1 | 42 | 22 | 30 | 1 | 25 | 0 | 27 | 35 | 0 | 7 | 6 | 0 | 14 | 9 | 11 | 0 | 33 | 11 | 11 | ||||
55 | 1463 | aml | Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) | 13,84 | 0 | 11 | 5 | 9 | 7 | 0 | 5 | 7 | 12 | 0 | 6 | 24 | 10 | 0 | 7 | 9 | 10 | 0 | 6 | 4 | 9 | 0 | 11 | 5 | 10 | 0 | 9 | 10 | 17 | 0 | 9 | 5 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 8 | 43 | 25 | 6 | 28 | 55 | € | 1 | 11 | 11 | 37 | 0 | 25 | 2 | 10 | 8 | 1 | # | 7 | 2 | 13 | 17 | 45 | 0 | 10 | 7 | 7 | ||||
63 | 1492 | gmo* | Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) | 30,05 | 6 | 36 | 16 | 15 | 33 | 0 | 24 | 47 | 26 | 0 | 18 | € | 21 | 0 | 9 | 28 | 30 | 0 | 18 | 14 | 55 | 0 | 21 | 22 | 30 | 0 | 30 | 30 | 55 | 1 | 24 | 26 | 0 | 50 | 0 | 0 | 1 | 26 | 11 | 45 | 2 | 34 | 63 | 43 | 1 | 30 | 51 | 50 | 0 | 27 | 2 | 29 | 31 | 2 | 17 | 10 | 1 | 41 | 21 | 28 | 0 | 30 | 39 | 18 | ||||
76 | 2002 | lav | Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) | 25,95 | 1 | 32 | 15 | 17 | 22 | 0 | 11 | 10 | 43 | 0 | 7 | 50 | 41 | 1 | 50 | 35 | 29 | 0 | 7 | 4 | 16 | 0 | 14 | 3 | 14 | 1 | 22 | 10 | 54 | 0 | 53 | 15 | 1 | 19 | 0 | 0 | 3 | 27 | 14 | 28 | 4 | 51 | 60 | 36 | 0 | 20 | € | 24 | 1 | 28 | 24 | 23 | 14 | 0 | 18 | 3 | 3 | 76 | # | 16 | 4 | 33 | € | # | ||||
40 | 2017 | tma* | Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) | 13,98 | 1 | 11 | 6 | 10 | 8 | 0 | 5 | 5 | 13 | 1 | 8 | 21 | 11 | 0 | 26 | 16 | 14 | 0 | 6 | 4 | 11 | 0 | 8 | 3 | 16 | 1 | 18 | 4 | 20 | 1 | 40 | 6 | 1 | 15 | 0 | 0 | 0 | 12 | 8 | 10 | 1 | 23 | 31 | 16 | 1 | 15 | € | 19 | 5 | 22 | 18 | 13 | 8 | 0 | 12 | 7 | 5 | 36 | € | 13 | 9 | 23 | € | # | ||||
90 | 2485 | pma* | Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) | 34,89 | 2 | 57 | 5 | # | € | 0 | 40 | # | € | 0 | 10 | € | € | 1 | 26 | # | 22 | 0 | 20 | 35 | 54 | 0 | 43 | 21 | 62 | 19 | 19 | 23 | € | 0 | 31 | 24 | 0 | 90 | 0 | 0 | 1 | 27 | 44 | € | 0 | € | 24 | 23 | 2 | 90 | 12 | 11 | 0 | 68 | 1 | 9 | 85 | 1 | 26 | 10 | 0 | 65 | 18 | 50 | 1 | 54 | 17 | 6 | ||||
99 | 2489 | gac* | Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) | 41,18 | 0 | 35 | 12 | 7 | 49 | 0 | 17 | 9 | € | 0 | 61 | € | 21 | 1 | 12 | 18 | 52 | 0 | 62 | 29 | 63 | 0 | 29 | 18 | 99 | 0 | 35 | 23 | 53 | 0 | 53 | 56 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 52 | 60 | 81 | 1 | € | 61 | 97 | 0 | € | 46 | 53 | 0 | € | 1 | 74 | 49 | 0 | # | 2 | 0 | 30 | 68 | 26 | 0 | 12 | 61 | 4 | ||||
99 | 2639 | xtr | Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) | 50,41 | 2 | 58 | # | 22 | 38 | 2 | 25 | 32 | 63 | 5 | 51 | € | 55 | 0 | 36 | 53 | 40 | 3 | 41 | 23 | 60 | 1 | 53 | 36 | € | 0 | 91 | 29 | 67 | 0 | 47 | 36 | 0 | € | 0 | 0 | 1 | 42 | 28 | 40 | 1 | 47 | 72 | 97 | 0 | 59 | 84 | 51 | 2 | 92 | 1 | 33 | 33 | 3 | 33 | 8 | 0 | 99 | € | 27 | 0 | 85 | 80 | € | ||||
68 | 3729 | fca | Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) | 19,40 | 1 | 12 | 19 | 8 | 6 | 0 | 33 | 5 | 10 | 0 | 9 | 24 | 8 | 0 | 6 | 9 | 8 | 1 | 14 | 5 | 8 | 1 | 68 | 7 | 9 | 0 | 13 | 9 | 18 | 1 | 10 | 7 | 0 | 10 | 0 | 0 | 2 | 16 | € | 47 | 5 | 28 | 50 | € | 1 | 9 | 15 | 44 | 1 | 32 | 18 | 23 | 9 | 9 | € | 24 | 2 | 12 | 54 | 53 | 2 | 10 | 48 | 6 | ||||
78 | 4040 | bta | Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) | 22,58 | 6 | 30 | 10 | 14 | 11 | 0 | 5 | 6 | 18 | 0 | 8 | 35 | 20 | 0 | 21 | 39 | 13 | 32 | 7 | 7 | 13 | 0 | 9 | 4 | 14 | 1 | 10 | 7 | 31 | 2 | 35 | 16 | 11 | 39 | 0 | 0 | 4 | 19 | 20 | 40 | 0 | 30 | 78 | 40 | 6 | 42 | € | € | 143 | € | 29 | € | 13 | 7 | 12 | 16 | 4 | 19 | 44 | € | 20 | 63 | € | € | ||||
74 | 5845 | ttr* | Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) | 16,73 | 0 | 12 | 6 | 7 | 6 | 0 | 4 | 6 | 11 | 0 | 5 | 17 | 8 | 3 | 16 | 22 | 12 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 5 | 4 | 9 | 1 | 6 | 3 | 19 | 2 | 36 | 21 | 1 | 18 | 0 | 0 | 0 | 9 | 16 | 15 | 0 | 13 | 74 | 19 | 10 | 49 | € | € | 6 | 22 | 21 | € | 7 | 1 | 7 | 12 | 0 | 11 | 48 | 54 | 19 | 43 | € | € | ||||
86 | 7080 | bacu | Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) | 18,77 | 0 | 13 | 13 | 8 | 6 | 0 | 4 | 7 | 12 | 1 | 8 | 21 | 14 | 1 | 18 | 32 | 10 | 1 | 5 | 4 | 7 | 0 | 5 | 4 | 13 | 0 | 8 | 4 | 20 | 0 | 42 | 20 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 11 | 10 | 20 | 0 | 24 | 86 | 29 | 20 | 45 | € | € | 2 | 24 | 17 | € | 9 | 0 | 9 | 21 | 0 | 13 | 55 | # | 12 | 64 | € | € | ||||
94 | 13727 | cmk | Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) | 32,70 | 3 | 35 | 13 | 31 | 20 | 2 | 20 | 25 | 31 | 0 | 23 | 94 | 22 | 16 | € | € | 26 | 1 | 54 | 48 | 12 | 6 | 51 | 41 | 24 | 12 | € | € | 75 | 168 | € | € | 1 | 36 | 0 | 0 | 1 | 37 | 7 | 18 | 2 | 48 | 43 | 36 | 6 | 49 | 66 | € | 1 | 15 | 3 | 30 | 9 | 0 | 25 | 2 | 0 | 33 | 14 | 12 | 2 | 19 | 66 | # | ||||
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | |||||||||
Total du diagramme | 45 | 1,461 | 617 | 774 | 973 | 22 | 561 | 782 | 1,592 | 70 | 675 | 2,065 | 1,377 | 94 | 645 | 1,007 | 1,266 | 99 | 715 | 551 | 1,123 | 25 | 1,244 | 476 | 1,376 | 83 | 847 | 535 | 2,162 | 240 | 1,241 | 682 | 50 | 1,554 | 0 | 0 | 34 | 1,239 | 1,175 | 1,210 | 72 | 1,748 | 1,880 | 2,044 | 93 | 2,061 | 1,303 | 1,656 | 209 | 1,958 | 249 | 1,088 | 1,153 | 33 | 656 | 428 | 36 | 1,265 | 1,051 | 912 | 138 | 2,017 | 1,185 | 541 | ||||||||
Codons forts | pente | 1.139 | 0.463 | 0.574 | 0.853 | 0.504 | 0.627 | 1.334 | 0.668 | 2.025 | 1.02 | 0.591 | 0.905 | 0.946 | 0.699 | 0.511 | 0.991 | 1.062 | 0.469 | 1.188 | 0.848 | 0.491 | 1.728 | 1.079 | 0.673 | 1.293 | 0.998 | 0.925 | 1.065 | 1.442 | 1.669 | 1.738 | 1.69 | 1.233 | 1.375 | 1.603 | - | 0.941 | 0.948 | 0.606 | 0.321 | 1.174 | 0.964 | 0.808 | 1.476 | 1.263 | 0.485 | |||||||||||||||||||||||||
somme calculée | - | 27.6 | 20.0244 | 29.8 | - | 21.9 | 101.5 | - | 317.0 | 35.6 | 19.3 | 75.5 | - | - | - | - | - | - | 59.9 | 27.7 | 16.1 | 79.3 | 35.3 | 22.0 | 65.2 | - | 17.9 | 37.2 | 109.7 | - | 149.3 | 69.6 | 151.9 | 124.8 | 102.2 | - | 54.6 | - | 45.1 | - | - | 87.1 | 33.4 | - | 159.6 | 93.9 | ||||||||||||||||||||||||||
Totaux + calculés | 1,461 | 645 | 794 | 1,003 | 561 | 804 | 1,693 | 675 | 2,382 | 1,413 | 664 | 1,083 | 1,266 | 715 | 551 | 1,123 | 1,244 | 476 | 1,436 | 875 | 551 | 2,241 | 1,276 | 704 | 1,619 | 0 | 0 | 1,239 | 1,193 | 1,247 | 1,858 | 1,880 | 2,193 | 2,131 | 1,455 | 1,781 | 2,060 | 249 | 1,143 | 1,153 | 701 | 428 | 1,265 | 1,138 | 945 | 2,017 | 1,345 | 635 | ||||||||||||||||||||||||
R2 | 914 | 734 | 775 | 807 | 748 | 697 | 847 | 740 | 892 | 840 | 723 | 793 | 881 | 758 | 743 | 816 | 713 | 743 | 803 | 788 | 866 | 863 | 748 | 809 | 748 | 938 | 614 | 822 | 913 | 770 | 845 | 791 | 880 | 728 | 743 | 815 | 760 | 801 | 570 | 797 | 666 | 594 | 818 | 795 | 597 | |||||||||||||||||||||||||||
Codons faibles | c/t nombre >3 | 3 | 0 | 6 | 3 | 5 | 2 | 6 | 4 | 2 | 2 | 5 | 6 | 7 | 2 | 2 | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
c/t nombre >3, total | 16 | 0 | 35 | 44 | 66 | 10 | 61 | 209 | 16 | 9 | 30 | 58 | 184 | 16 | 9 | 120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
reste calculé | 32 | 22 | 41 | 53 | 38 | 17 | 28 | 35 | 36 | 27 | 47 | 41 | 32 | 19 | 29 | 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
multiplicité X 100 | 26 | 18 | 34 | 44 | 31 | 14 | 23 | 29 | 30 | 22 | 39 | 34 | 26 | 16 | 24 | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
c/t nombre=3 | 1 | 0 | 1 | 6 | 4 | 0 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 0 | 0 | 2 | 3 | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Totaux des 121 réduits | 55834 | 32 | 1,461 | 645 | 794 | 1,003 | 22 | 561 | 804 | 1,693 | 41 | 675 | 2,382 | 1,413 | 53 | 664 | 1,083 | 1,266 | 38 | 715 | 551 | 1,123 | 17 | 1,244 | 476 | 1,436 | 28 | 875 | 551 | 2,241 | 35 | 1,276 | 704 | 36 | 1,619 | 0 | 0 | 27 | 1,239 | 1,193 | 1,247 | 47 | 1,858 | 1,880 | 2,193 | 41 | 2,131 | 1,455 | 1,781 | 32 | 2,060 | 249 | 1,143 | 1,153 | 19 | 701 | 428 | 29 | 1,265 | 1,138 | 945 | 27 | 2,017 | 1,345 | 635 | |||||||
Données non modifiées | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
64 | 455 | tsy* | Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) | 9,0 | 0 | 6 | 42 | 4 | 6 | 0 | 5 | 7 | 8 | 0 | 4 | 12 | 6 | 0 | 4 | 6 | 7 | 0 | 5 | 3 | 7 | 1 | 32 | 4 | 9 | 0 | 4 | 4 | 12 | 0 | 4 | 3 | 0 | 10 | 0 | 0 | 1 | 10 | 64 | 6 | 1 | 15 | 10 | 7 | 1 | 13 | 9 | 10 | 1 | 25 | 1 | 6 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 9 | 6 | 4 | 0 | 14 | 6 | 7 | ||||
149 | 485 | eeu* | Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) | 10,7 | 0 | 8 | 3 | 6 | 6 | 0 | 3 | 6 | 9 | 0 | 4 | 16 | 7 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 3 | 3 | 10 | 0 | 5 | 3 | 9 | 0 | 6 | 4 | 14 | 0 | 10 | 4 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 7 | 11 | 149 | 0 | 13 | 8 | 9 | 0 | 34 | 2 | 7 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 14 | 7 | 5 | ||||
271 | 749 | mpu* | Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) | 16,5 | 0 | 11 | 4 | 6 | 6 | 0 | 4 | 5 | 10 | 0 | 5 | 20 | 8 | 0 | 6 | 7 | 8 | 0 | 4 | 4 | 9 | 0 | 7 | 2 | 10 | 0 | 7 | 5 | 15 | 0 | 8 | 5 | 0 | 9 | 0 | 0 | 1 | 7 | 37 | 17 | 6 | 12 | 31 | 271 | 0 | 8 | 7 | 19 | 0 | 25 | 1 | 11 | 6 | 0 | 29 | 5 | 0 | 12 | 16 | 21 | 0 | 9 | 9 | 4 | ||||
256 | 804 | str* | Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) | 16,5 | 1 | 10 | 3 | 10 | 6 | 0 | 3 | 4 | 14 | 6 | 4 | 14 | 18 | 3 | 5 | 39 | 15 | 1 | 7 | 6 | 12 | 1 | 7 | 3 | 34 | 5 | 6 | 7 | 256 | 31 | 39 | 18 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 6 | 1 | 9 | 10 | 12 | 6 | 8 | 5 | 7 | 0 | 48 | 1 | 7 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 7 | 5 | 6 | 7 | 13 | 5 | 20 | ||||
235 | 807 | ssc | Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) | 17,6 | 0 | 21 | 4 | 6 | 8 | 0 | 5 | 5 | 13 | 0 | 5 | 23 | 10 | 1 | 11 | 12 | 10 | 0 | 5 | 4 | 9 | 0 | 4 | 3 | 13 | 0 | 8 | 4 | 23 | 0 | 14 | 7 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 10 | 9 | 12 | 2 | 18 | 38 | 16 | 10 | 97 | 235 | 13 | 1 | 23 | 0 | 7 | 7 | 0 | 5 | 3 | 0 | 10 | 7 | 4 | 0 | 19 | 10 | 6 | ||||
408 | 906 | cfa | Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) | 20,0 | 0 | 10 | 4 | 5 | 4 | 0 | 4 | 7 | 9 | 0 | 5 | 23 | 6 | 0 | 5 | 8 | 10 | 0 | 5 | 8 | 8 | 0 | 8 | 4 | 8 | 0 | 4 | 5 | 14 | 0 | 11 | 4 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 9 | 43 | 20 | 1 | 21 | 34 | 408 | 2 | 13 | 15 | 22 | 0 | 21 | 1 | 6 | 6 | 0 | 15 | 4 | 0 | 8 | 9 | 29 | 0 | 11 | 11 | 9 | ||||
326 | 1119 | dno* | Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) | 24,2 | 0 | 12 | 8 | 8 | 5 | 0 | 3 | 10 | 12 | 1 | 6 | 30 | 12 | 1 | 16 | 81 | 10 | 0 | 6 | 6 | 7 | 0 | 7 | 4 | 11 | 0 | 8 | 7 | 23 | 2 | 66 | 17 | 0 | 14 | 0 | 0 | 1 | 10 | 5 | 10 | 0 | 23 | 18 | 43 | 0 | 21 | 20 | 45 | 0 | 22 | 1 | 15 | 10 | 0 | 8 | 5 | 0 | 10 | 9 | 47 | 24 | 19 | 326 | 34 | ||||
341 | 1176 | oas | Ovis aries (sheep) (Feb 2010) | 25,3 | 1 | 6 | 5 | 7 | 6 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 5 | 18 | 7 | 0 | 8 | 9 | 2 | 3 | 4 | 3 | 4 | 0 | 6 | 1 | 5 | 0 | 5 | 3 | 18 | 3 | 12 | 7 | 2 | 16 | 0 | 0 | 0 | 8 | 7 | 9 | 0 | 13 | 22 | 16 | 2 | 8 | 139 | 60 | 16 | 61 | 4 | 47 | 2 | 2 | 6 | 6 | 0 | 7 | 22 | 33 | 5 | 30 | 133 | 341 | ||||
127 | 1198 | zma | Zea mays (Version 5b.60) | 25,5 | 1 | 25 | 5 | 20 | 29 | 0 | 9 | 13 | 69 | 0 | 5 | 79 | 22 | 12 | 4 | 16 | 13 | 22 | 11 | 6 | 15 | 0 | 31 | 9 | 20 | 13 | 14 | 6 | 66 | 0 | 15 | 22 | 0 | 21 | 0 | 0 | 1 | 26 | 22 | 13 | 0 | 49 | 82 | 127 | 1 | 42 | 22 | 30 | 1 | 25 | 0 | 27 | 35 | 0 | 7 | 6 | 0 | 14 | 9 | 11 | 0 | 33 | 11 | 11 | ||||
772 | 1463 | aml | Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) | 32,2 | 0 | 11 | 5 | 9 | 7 | 0 | 5 | 7 | 12 | 0 | 6 | 24 | 10 | 0 | 7 | 9 | 10 | 0 | 6 | 4 | 9 | 0 | 11 | 5 | 10 | 0 | 9 | 10 | 17 | 0 | 9 | 5 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 8 | 43 | 25 | 6 | 28 | 55 | 772 | 1 | 11 | 11 | 37 | 0 | 25 | 2 | 10 | 8 | 1 | 84 | 7 | 2 | 13 | 17 | 45 | 0 | 10 | 7 | 7 | ||||
154 | 1492 | gmo* | Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) | 32,8 | 6 | 36 | 16 | 15 | 33 | 0 | 24 | 47 | 26 | 0 | 18 | 154 | 21 | 0 | 9 | 28 | 30 | 0 | 18 | 14 | 55 | 0 | 21 | 22 | 30 | 0 | 30 | 30 | 55 | 1 | 24 | 26 | 0 | 50 | 0 | 0 | 1 | 26 | 11 | 45 | 2 | 34 | 63 | 43 | 1 | 30 | 51 | 50 | 0 | 27 | 2 | 29 | 31 | 2 | 17 | 10 | 1 | 41 | 21 | 28 | 0 | 30 | 39 | 18 | ||||
619 | 2002 | lav | Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) | 43,5 | 1 | 32 | 15 | 17 | 22 | 0 | 11 | 10 | 43 | 0 | 7 | 50 | 41 | 1 | 50 | 35 | 29 | 0 | 7 | 4 | 16 | 0 | 14 | 3 | 14 | 1 | 22 | 10 | 54 | 0 | 53 | 15 | 1 | 19 | 0 | 0 | 3 | 27 | 14 | 28 | 4 | 51 | 60 | 36 | 0 | 20 | 114 | 24 | 1 | 28 | 24 | 23 | 14 | 0 | 18 | 3 | 3 | 76 | 90 | 16 | 4 | 33 | 619 | 72 | ||||
1073 | 2017 | tma* | Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) | 43,8 | 1 | 11 | 6 | 10 | 8 | 0 | 5 | 5 | 13 | 1 | 8 | 21 | 11 | 0 | 26 | 16 | 14 | 0 | 6 | 4 | 11 | 0 | 8 | 3 | 16 | 1 | 18 | 4 | 20 | 1 | 40 | 6 | 1 | 15 | 0 | 0 | 0 | 12 | 8 | 10 | 1 | 23 | 31 | 16 | 1 | 15 | 114 | 19 | 5 | 22 | 18 | 13 | 8 | 0 | 12 | 7 | 5 | 36 | 123 | 13 | 9 | 23 | 1073 | 90 | ||||
278 | 2485 | pma* | Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) | 53,7 | 2 | 57 | 5 | 42 | 112 | 0 | 40 | 75 | 110 | 0 | 10 | 278 | 166 | 1 | 26 | 71 | 22 | 0 | 20 | 35 | 54 | 0 | 43 | 21 | 62 | 19 | 19 | 23 | 106 | 0 | 31 | 24 | 0 | 90 | 0 | 0 | 1 | 27 | 44 | 108 | 0 | 168 | 24 | 23 | 2 | 90 | 12 | 11 | 0 | 68 | 1 | 9 | 85 | 1 | 26 | 10 | 0 | 65 | 18 | 50 | 1 | 54 | 17 | 6 | ||||
286 | 2489 | gac* | Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) | 55,2 | 0 | 35 | 12 | 7 | 49 | 0 | 17 | 9 | 101 | 0 | 61 | 286 | 21 | 1 | 12 | 18 | 52 | 0 | 62 | 29 | 63 | 0 | 29 | 18 | 99 | 0 | 35 | 23 | 53 | 0 | 53 | 56 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 52 | 60 | 81 | 1 | 123 | 61 | 97 | 0 | 184 | 46 | 53 | 0 | 107 | 1 | 74 | 49 | 0 | 79 | 2 | 0 | 30 | 68 | 26 | 0 | 12 | 61 | 4 | ||||
151 | 2639 | xtr | Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) | 57,2 | 2 | 58 | 46 | 22 | 38 | 2 | 25 | 32 | 63 | 5 | 51 | 138 | 55 | 0 | 36 | 53 | 40 | 3 | 41 | 23 | 60 | 1 | 53 | 36 | 151 | 0 | 91 | 29 | 67 | 0 | 47 | 36 | 0 | 107 | 0 | 0 | 1 | 42 | 28 | 40 | 1 | 47 | 72 | 97 | 0 | 59 | 84 | 51 | 2 | 92 | 1 | 33 | 33 | 3 | 33 | 8 | 0 | 99 | 105 | 27 | 0 | 85 | 80 | 105 | ||||
1201 | 3729 | fca | Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) | 81,9 | 1 | 12 | 19 | 8 | 6 | 0 | 33 | 5 | 10 | 0 | 9 | 24 | 8 | 0 | 6 | 9 | 8 | 1 | 14 | 5 | 8 | 1 | 68 | 7 | 9 | 0 | 13 | 9 | 18 | 1 | 10 | 7 | 0 | 10 | 0 | 0 | 2 | 16 | 782 | 47 | 5 | 28 | 50 | 887 | 1 | 9 | 15 | 44 | 1 | 32 | 18 | 23 | 9 | 9 | 1 201 | 24 | 2 | 12 | 54 | 53 | 2 | 10 | 48 | 6 | ||||
1295 | 4040 | bta | Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) | 83,9 | 6 | 30 | 10 | 14 | 11 | 0 | 5 | 6 | 18 | 0 | 8 | 35 | 20 | 0 | 21 | 39 | 13 | 32 | 7 | 7 | 13 | 0 | 9 | 4 | 14 | 1 | 10 | 7 | 31 | 2 | 35 | 16 | 11 | 39 | 0 | 0 | 4 | 19 | 20 | 40 | 0 | 30 | 78 | 40 | 6 | 42 | 435 | 164 | 143 | 338 | 29 | 178 | 13 | 7 | 12 | 16 | 4 | 19 | 44 | 116 | 20 | 63 | 391 | 1 295 | ||||
1901 | 5845 | ttr* | Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) | 128,5 | 0 | 12 | 6 | 7 | 6 | 0 | 4 | 6 | 11 | 0 | 5 | 17 | 8 | 3 | 16 | 22 | 12 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 5 | 4 | 9 | 1 | 6 | 3 | 19 | 2 | 36 | 21 | 1 | 18 | 0 | 0 | 0 | 9 | 16 | 15 | 0 | 13 | 74 | 19 | 10 | 49 | 1 901 | 395 | 6 | 22 | 21 | 217 | 7 | 1 | 7 | 12 | 0 | 11 | 48 | 54 | 19 | 43 | 833 | 1 766 | ||||
2368 | 7080 | bacu | Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) | 156,1 | 0 | 13 | 13 | 8 | 6 | 0 | 4 | 7 | 12 | 1 | 8 | 21 | 14 | 1 | 18 | 32 | 10 | 1 | 5 | 4 | 7 | 0 | 5 | 4 | 13 | 0 | 8 | 4 | 20 | 0 | 42 | 20 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 11 | 10 | 20 | 0 | 24 | 86 | 29 | 20 | 45 | 2 368 | 468 | 2 | 24 | 17 | 256 | 9 | 0 | 9 | 21 | 0 | 13 | 55 | 67 | 12 | 64 | 987 | 2 148 | ||||
5898 | 13727 | cmk | Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) | 300,1 | 3 | 35 | 13 | 31 | 20 | 2 | 20 | 25 | 31 | 0 | 23 | 94 | 22 | 16 | 145 | 1 540 | 26 | 1 | 54 | 48 | 12 | 6 | 51 | 41 | 24 | 12 | 206 | 137 | 75 | 168 | 5 898 | 3 858 | 1 | 36 | 0 | 0 | 1 | 37 | 7 | 18 | 2 | 48 | 43 | 36 | 6 | 49 | 66 | 428 | 1 | 15 | 3 | 30 | 9 | 0 | 25 | 2 | 0 | 33 | 14 | 12 | 2 | 19 | 66 | 81 | ||||
1045 | 12258 | dre | Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009) | 268,8 | 10 | 197 | 73 | 241 | 270 | 4 | 244 | 300 | 258 | 10 | 75 | 522 | 232 | 6 | 230 | 227 | 336 | 2 | 209 | 80 | 315 | 2 | 205 | 180 | 359 | 10 | 290 | 66 | 92 | 4 | 368 | 112 | 5 | 236 | 0 | 0 | 10 | 387 | 105 | 266 | 24 | 1 045 | 525 | 953 | 1 | 150 | 225 | 245 | 9 | 136 | 14 | 44 | 203 | 24 | 107 | 59 | 14 | 424 | 252 | 104 | 11 | 836 | 47 | 268 | ||||
92530 | Totaux des 121 eucaryotes non réduits | 45 | 1461 | 705 | 816 | 1085 | 22 | 561 | 857 | 1803 | 70 | 675 | 2921 | 1543 | 94 | 790 | 2699 | 1266 | 99 | 715 | 551 | 1123 | 25 | 1244 | 476 | 1527 | 83 | 1053 | 672 | 2524 | 240 | 7139 | 4540 | 50 | 1661 | 0 | 0 | 34 | 1239 | 1957 | 1318 | 72 | 2039 | 1880 | 4658 | 93 | 2245 | 6609 | 3111 | 209 | 2403 | 249 | 1739 | 1153 | 33 | 2020 | 428 | 36 | 1265 | 1369 | 1095 | 138 | 2017 | 5547 | 6439 |
Lignes et colonnes 121 eucaryotes
modifier- Lien Tableur: Lignes et colonnes 121 eucaryotes
- Liens: Calculs pour 121 eucaryotes, Tableau des effectifs calculés des 121 eucaryotes, Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes, Lignes colonnes des 155 eucaryotes pour comparer avec les 121.
- Légende: Les moyennes des codons de la 3ème base appartenant aux doublets ayant la même 1ère base (ligne) ou ayant la même 2ème base (colonne) sont faites sur 4 codons ou sur 3 codons seulement quand on rencontre les codons stop (taa tag) ou le codon ata lorsqu'il est trop faible ( sauf celui des eucaryotes) ou le codon atg à effectif très élevé (sauf celui des eucaryotes). La moyenne des lignes et colonnes est faite sur 12 codons ou seulement 10 quand on rencontre les codons taa tag ata atg. Quand les codons xyt ont des effectifs élevés ils sont permutés avec les codons xyc ( 1 permutation chez les bactéries et 8 chez les eucaryotes). Aussi les lignes et colonnes xyt contiennent les valeurs faibles après permutation et les lignes et colonnes xyc contiennent les valeurs fortes après permutation.
- n pour nombre de codons, mcod pour moyenne des codons, Lig. pour ligne, Col. pour colonne et car. pour carré ou doublet.
- txt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt tct tat tgt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc tcc tac tgc" de la 3ème base c . . . etc. (Ligne Lig.)
- xtt, c, a, g pour respectivement les 4 codons "ttt ctt att gtt" de la 3ème base t, les 4 codons "ttc ctc atc gtc" de la 3ème base c . . . etc. (colonne Col.)
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Demi-doublets des 121 eucaryotes
modifier- Lien Tableur: Demi-doublets des 121 eucaryotes
- Légende:
- − 155 eucaryotes, tableau des demi-doublets sur les effectifs des 155 eucaryotes avant sélection des 121.
- − 121 eucaryotes 92530: tableau des demi-doublets sur les effectifs des 121 eucaryotes avant calcul sur les tRNAs surexprimés.
- − 121 eucaryotes 55830: tableau des demi-doublets sur les effectifs des 121 eucaryotes après calcul sur les tRNAs surexprimés.
- − g/a: rapport des codons xyg sur xya de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs, 1.4 rapport inverse de g/a.
- − t/c: rapport des codons xyc sur xyt de la ligne x et de la colonne y du tableau des effectifs, 16 rapport inverse de t/c.
- − t c a g: colonnes du tableau des effectifs
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Moyennes des doublets 12 23 13
modifier- Lien tableur: Moyennes des doublets 12 23 13
- Légende: Pour les indices des doublets se reporter au chapitre Doublets 12 23 13. Pour le processus E se reporter au chapitre Processus E et résonance des 121 eucaryotes.
- − Attention aux permutations c/t entre eucaryotes et procaryotes. Les doublets .tt .ct .at .gt ne contiennent que les valeurs faibles des codons c/t et les doublets .tc .cc .at .gc les valeurs fortes de ces mêmes codons. Voir surtout les tableaux des indices.
- − Les moyennes des colonnes des tableaux TT.23 et TT.13 sont faites sur les 3 derniers doublets.
- − Toutes les moyennes des doublets, colonnes et lignes des tableaux TT.12 sont faites sur les 3 derniers codons de chaque doublet, sans le codon c/t.
- − Tableaux IV1. L'indice de atg est exclu des moyennes.
- − Tableaux II1. Les indices de atg et ata sont exclus des moyennes.
- − Tableaux I1. Les indices de atg, ata et tga sont exclus des moyennes.
- − Les moyennes des lignes ..t et ..c des tableaux TT.23 et TT.13 sont faites sur les 16 codons respectivement faibles et forts après les permutations.
- − m, moyenne sur 4 codons, e son écart type, % le rapport en pourcentage e/m.
Voici les moyennes sur 8 codons chacune des codons faibles et forts sans effectuer les permutations:
Ligne ..t ..t ..c ..c m 0.28 11.70 0.26 14.10 e 0.06 3.28 0.10 2.97 % 21 28 39 21
- Doublets 23
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- Doublets 13
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- Doublets 12
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Doublets 12 23 13
modifier- Lien Tableur: Doublets 12 23 13
- Légende
- − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles: 0.26 , codons xyt non permutés. 0.30 codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
- − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 3 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux IV1, I1 et II1. Ainsi 13.38 correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1, supérieurs à 1.85 pour le tableau I1 et supérieurs à 1.25 pour le tableau II1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
- Tableaux IV1 I1 II1
- 13.38 13.38 1.85 1.25
- 8.95 8.95 1.17 1.15
- 6.56 6.56 0.83 1.00
- 2.06 2.06 0.22 0.76
- taa codons non pris en compte.
- 9.15: moyennes multipliées par 100.
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Paires de base des codons
modifier- Lien Tableur: Paires de base des codons
- Légende:
- − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles: 0.26 , codons xyt non permutés. 0.30 codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
- − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 3 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux IV1.ap et I1.ap. Ainsi 13.38 correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1, supérieurs à 1.85 pour le tableau I1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
- Tableaux IV1.ap I1.ap
- 13.38 13.38 1.85
- 8.95 8.95 1.17
- 6.56 6.56 0.83
- 2.06 2.06 0.22
- taa codons non pris en compte.
- 9.15: moyennes multipliées par 100.
- Tableaux IV1.apr I1.apr
- − 1.2 : codons ne respectant pas la dissymétrie ou l'inversant.
- − 1.2 : très faible dissymétrie du tableau I1.apr influençant les rapports de IV1.apr
- − 0.3 : bascule cgt/cgc
- − −0.4 : codons non pris en compte.
- Tableaux IV1.pc I1.pc
- + 0 : valeurs remarquables.
- + gat brin ne donnant pas de gène tRNA, ou agt donnant 1 seul gène de tRNA du codon tga.
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Moyennes des doublets à 3 codons homogènes
modifier- Lien au tableur: Moyennes des doublets à 3 codons homogènes
- Légende:
- − Chez les eucaryotes les codons ttc et cgc sont dans leurs doublets (pas de permutation). De même pour cgc chez les bactéries.
- − Pour les indices se reporter au chapitre Doublets 12 23 13.
- − m, moyenne sur 4 codons, e son écart type, % le rapport en pourcentage e/m.
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Genèse des gènes de tRNAs
modifier- Lien tableur:Genèse des gènes de tRNAs
- Légende de la construction du tableau de la sensibilité relative.
- + Le tableau IV1.265 représente la sensibilité relative du processus E par rapport aux bactéries. C'est la différence, en %, entre l'indice de sensibilité du tableau IV1.79 et de l'indice de multiplicité des bactéries (tableau I1.23).
- + Le tableau IV1.79 est obtenu en divisant l'indice de multiplicité des eucaryotes (tableau IV1.23) par 7.90. Le facteur multiplicateur, 7.90, est l'optimum, en faisant varier ce facteur dans un tableur, pour avoir le minimum de la somme des valeurs absolues des codons du tableau IV1.265 ayant les plus faibles sensibilités relatives (codons jaunes). Ce minimum est de 265.0. Une fois ce minimum obtenu il faut changer les formules du tableur, en enlevant la fonction ABS, pour obtenir les signes positifs ou négatifs des sensibilités relatives comme indiqué dans le tableau IV1.265.
- + La légende des 3 autres tableaux que IV1.265 est celle des tableaux doublets 12 23 13 dont j'ai extrais les tableaux IV1.23 et I1.23. Cette légende est recopiée ci-dessous.
- + Légende du tableau des sensibilités relatives, IV1.265 et IV1.265p: Ne pas confondre avec les couleurs des 4 autres tableaux
- − -22.4 , sensibilités minimales, inférieures à 22.4% en valeur absolue.
- − -68 , sensibilités comprises entre 34% et 68% en valeur absolue.
- − 73 , sensibilités supérieures à 73%.
- − -98 , codons non pris en compte
- − -12 , codons non pris en compte et dont la valeur est divisée par 100, le vrai rapport en % est 1200.
- Légende tableau IV1.z: les zéros des 121 eucaryotes, codons sans gène de tRNA, extrait du tableau du détail des 121 eucaryotes
- Pour les * voir la base de données gtRNAdb:
- − *ata: comptage des génomes ayant au moins 1 codon ata pour le total de la base, 4032 bactéries.
- − *ttc: 2 gènes tRNAs pour ttt et 0 pour ttc, Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)
- − *gac: indéterminé et il y a des gènes de tRNA avec intron, Cryptococcus neoformans var. grubii H99
- − *cac: un symbionte peut utiliser les tRNAs de l'hôte, Plasmodium falciparum
- − *tgc: un symbionte peut utiliser les tRNAs de l'hôte, Plasmodium falciparum
- − *tgg: type de tRNA indéterminé
- Exophiala dermatitidis NIH/UT8656
- Penicillium chrysogenum P2niaD18
- Plasmodium falciparum
- Pour les * voir la base de données gtRNAdb:
- Légende tableau I1.z et tableau I1.zb: les zéros des bactéries, codons sans gène de tRNA. Extrait du tableau des tRNAs solitaires
- Légende tableau IV1.g et tableau I1.g: pour l'indice de genèse, c'est le rapport (total des génomes − les zéros)/total des génomes). Pour les bactéries le total des génomes est celui du tableau I1.zb.
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Genèse et sensibilité
modifier- Lien au tableur:Genèse et sensibilité
- Légende:
- B E, genèse des bactéries, genèse des 121 eucaryotes. La genèse est le nombre de génomes ayant au moins 1 gène tRNA par codon divisé par le nombre total de génomes étudiés. Pour les eucaryotes ici le nombre total est de 121. Pour plus de détail sur la genèse des bactéries et des eucaryotes voir chapitre "genèse des 121 eucaryotes".
- z,E: nombre de génomes ayant zéros tRNA pour un codon donné. Cette colonne souligne les faibles effectifs des 121 eucaryotes, les bactéries ayant un effectif par codon d'environ 4000 génomes ne nécessitent pas de détail.
- sens,r et sens,E: sensibilité relative des eucaryotes E par rapport aux bactéries, et sensibilité des eucaryotes après avoir divisé les indices de multiplicité par 7.9. Pour plus de détail voir le chapitre sur les sensibilités relatives.
- table: groupes de codons
- sens,E:Sensibilité des 121 eucaryotes du tableau IV1.79
- - 1.69 supérieur à 1.69
- - 1.13 supérieur à 1.13
- - 0.83 supérieur à 0.83
- - 0.26 supérieur à 0.26
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Duplications entières du processus E
modifier- Lien tableur: Duplications entières du processus E
- Légende: iE, indice de multiplicité du processus. saut, en % rapport de 2 indices successifs
codon | iE | saut | codon | iE | saut | codon | iE | saut | codon | iE | saut | |||
cgc | 0.07 | 21 | tga | 1.73 | 56 | agg | 6.95 | 5 | ttc | 10.56 | 0.18 | |||
ctc | 0.09 | 53 | cgg | 2.71 | 22 | ctt | 7.33 | 5 | gtt | 10.58 | 1.60 | |||
ccc | 0.14 | 49 | gta | 3.29 | 3 | cgt | 7.67 | 4 | act | 10.75 | 9 | |||
acc | 0.21 | 8 | ccg | 3.39 | 0.55 | gca | 8.02 | 2.42 | att | 11.71 | 0.67 | |||
cat | 0.22 | 0.33 | cta | 3.41 | 13 | aga | 8.21 | 0.75 | tac | 11.79 | 12 | |||
ggt | 0.22 | 7 | acg | 3.87 | 0.88 | caa | 8.28 | 1.07 | aac | 13.18 | 0.74 | |||
agt | 0.24 | 9 | tcg | 3.90 | 5 | tgg | 8.36 | 3 | aaa | 13.28 | 8 | |||
ttt | 0.26 | 0.66 | tta | 4.11 | 12 | cct | 8.60 | 0.28 | ggc | 14.37 | 0.04 | |||
tgt | 0.26 | 9 | tca | 4.59 | 1.98 | gtg | 8.62 | 4 | gag | 14.37 | 6 | |||
gcc | 0.29 | 3 | ggg | 4.69 | 14 | cca | 8.93 | 1.59 | atg | 15.22 | 1.04 | |||
tat | 0.30 | 5 | ctg | 5.36 | 3 | cac | 9.07 | 3 | gac | 15.37 | 4 | |||
tcc | 0.31 | 8 | gcg | 5.51 | 0.91 | tct | 9.34 | 0.17 | tgc | 15.92 | 10 | |||
atc | 0.34 | 0.37 | ata | 5.56 | 0.10 | agc | 9.36 | 3 | gct | 17.49 | 0.20 | |||
gat | 0.34 | 14 | ttg | 5.57 | 0.06 | gaa | 9.62 | 0.93 | aag | 17.52 | ||||
aat | 0.39 | 13 | cga | 5.57 | 4 | cag | 9.71 | 0.36 | ||||||
gtc | 0.44 | 297 | aca | 5.77 | 20 | gga | 9.75 | 8 |
Distribution des tRNAs de 121 eucaryotes
modifier- Lien Tableur: Distribution des tRNAs de 121 eucaryotes
- Tableau des diagrammes et totaux des fréquences 0-4
- Tableau non formaté: voir tableur
- Image des diagrammes des codons se terminant par a: xya
- Image des diagrammes des codons se terminant par g: xyg
- Image des diagrammes des codons se terminant par c ou t: xyct
- Image des diagrammes des codons en duo: duoI
- Image des diagrammes des codons en duo: duoII
ttt | 2 | tct | 104 | tat | 2 | tgt | 6 |
c | 111 | c | 2 | c | 106 | c | 87 |
a | 55 | a | 48 | a | - | a | 9 |
g | 70 | g | 32 | g | - | g | 87 |
ctt | 80 | cct | 85 | cat | 1 | cgt | 92 |
c | 0 | c | 1 | c | 97 | c | 2 |
a | 37 | a | 82 | a | 78 | a | 64 |
g | 72 | g | 24 | g | 87 | g | 28 |
att | 111 | act | 106 | aat | 4 | agt | 1 |
c | 5 | c | 5 | c | 108 | c | 88 |
a | 55 | a | 61 | a | 83 | a | 86 |
g | 110 | g | 43 | g | 113 | g | 61 |
gtt | 107 | gct | 114 | gat | 6 | ggt | 8 |
c | 3 | c | 3 | c | 112 | c | 114 |
a | 49 | a | 83 | a | 98 | a | 77 |
g | 71 | g | 52 | g | 95 | g | 53 |
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Nombre de chromosomes des 121 eucaryotes
modifier- Légende: Recherche faite sur internet et la base de données KEGG. Le site internet le plus utilisé est [5] la liste des organismes par chromosome.
- cbr*, code non KEGG
- 6-, nombre de chromosome supposé, n'entre pas dans la moyenne
- Chr, nombre de chromosome relevé
- ordre, ordre des 121 eucaryotes suivant leur total de tRNAs (voir les diagrammes)
Chr ordre KEGG 13 30 acs Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) 3 66 aga Anopheles gambiae 42 110 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) 8 19 ani Aspergillus nidulans FGSC A4 8 36 aor Aspergillus oryzae RIB40 5 95 ath Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) 22 120 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) 5 93 bdi Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) 18 31 bfu Botrytis cinerea B05.10 30 118 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) 8 10 cal Candida albicans WO-1 6 98 cbr Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) 6- 106 cbr* Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) 6 90 cel Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) 39 104 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) 21- 78 cge Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) 13 29 cgr Candida glabrata CBS 138 6- 102 cja* Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) 24 64 cjc Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) 13 22 cjd* Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 43 121 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) 14 11 cneg* Cryptococcus neoformans var. grubii H99 8 5 cot Candida orthopsilosis Co 90-125 18 86 cpic Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) 33 61 cpo* Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) - 84 csi* Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) 7 32 dha Debaryomyces hansenii CBS767 7 50 dme Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) 33 107 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) 5 38 dsi Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) 5 53 dya Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) 32 77 ecb Equus caballus (horse) (Sep 2007) 11 2 ecu Encephalitozoon cuniculi GB-M1 - 3 ede* Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 44 76 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) 19 117 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) 4 43 fgr Fusarium graminearum CS3005 4 51 fgr Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 11 45 fve* Flammulina velutipes KACC42780 11 48 fvr Fusarium verticillioides 7600 - 115 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) - 26 gfr Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) 33 47 gga Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) 24 69 ggo Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) - 111 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) 20 97 gmx Glycine max (soybean) (Wm82.a2) - 58 hgl Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) 24 92 hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) 12 41 kaf Kazachstania africana CBS 2517 6 16 kla Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 13 15 kna* Kazachstania naganishii CBS 8797 4 9 kpa* Komagataella pastoris CBS 7435 28 112 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) 24 59 lcm Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) 8 40 lkl* Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 36 6 lma Leishmania major 8 34 lth Lachancea thermotolerans CBS 6340 22 72 mcc Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) 9 75 mdo Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) 9 57 meu* Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) 14 49 mfa* Millerozyma farinosa CBS 7064 32 13 mgp Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) 7 20 mgr Magnaporthe oryzae 70-15 - 37 mlu* Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) 33 39 mmr* Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) 21 73 mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011) 20 99 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) 7 25 mth* Myceliophthora thermophila ATCC 42464 8 89 mtr Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) - 21 mun* Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) 7 62 ncr Neurospora crassa OR74A 10 42 ncs Naumovozyma castellii CBS 4309 27 68 nle Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) 19 103 oaa Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) 27 108 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010) 22 81 ocu Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) - 52 oga* Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) 23 94 oni* Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) 7 4 opa* Ogataea parapolymorpha DL-1 - 56 opr* Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) 12 96 osa Oryza sativa 21 74 pan* Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) 4 24 pch* Penicillium chrysogenum P2niaD18 14 1 pfa Plasmodium falciparum - 65 pha* Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) 8 18 pic Scheffersomyces stipitis CBS 6054 87 114 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) 19 91 pop Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) 27 67 ppp Physcomitrella patens 24 83 ppy* Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) 25 80 ptr Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) 21 63 rno Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) - 60 san* Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) 7 27 sas* Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri 10 88 sbi Sorghum bicolor (Version 1.0) 23 55 sbq Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) 16 46 sce Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) 7 70 shr Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) 3 17 spo Schizosaccharomyces pombe 972h- - 105 spu Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) 23 7 sre* Sporisorium reilianum SRZ2 20 101 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) - 100 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) 10 54 tbl Tetrapisispora blattae CBS 6284 8 23 tdl Torulaspora delbrueckii CBS 1146 35 35 tgu Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) - 113 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) 21 85 tng Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) 10 28 tpf Tetrapisispora phaffii CBS 4417 22 87 tru Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) - 71 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) 22 119 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) 6 12 ttt Thielavia terrestris NRRL 8126 23 8 uma Ustilago maydis 521 8 33 vda Verticillium dahliae VdLs.17 13 14 vma* Valsa mali 03-8 19 79 vvi Vitis vinifera (Grapevine 12X) 10 116 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) 6 82 yli Yarrowia lipolytica CLIB122 10 109 zma Zea mays (Version 5b.60) 7 44 zro Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 17,0 moyenne 12,4 ecart type 87 max 3 min
Caractérisation des codons par les processus de genèse et de duplication des eucaryotes
modifierTableau des effectifs calculés des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.
modifierLégende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [6].
- 5 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
- 113 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
- 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
- 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à t et à c .
- 160: Changement de codon g Chez les archées et les eucaryotes.
- Tableaux: Chaque tableau contient le total des génomes étudiés suivi de son total de gènes tRNAs: 121 eucaryotes 55 830 pour les 121 eucaryotes réduits; pour les autres tableaux les décomptes des gènes de tRNAs sont directs.
- Nombre de tRNAs: tableau IV Résultats des calculs sur les 121 eucaryotes, tableau V décompte de la base gtRNAdb.
- Pour 100 000 tRNAs, tableaux IV100 III100 V100, décomptes rapportés à 100 000 tRNAs pour comparaison.
- tRNAs pour 1 génome, tableaux IV1 III1 , indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / nombre de génomes.
- IVp, pentes; IVr, coefficients de détermination R2. Voir les calculs pour les 121 eucaryotes
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- Les duplications excessives:Différences en pourcentage % entre les indices de IV1 et III1.
- Retour à la légende
ttt | 41 | tct | 0 | tat | 39 | tgt | 553 |
c | 0 | c | 161 | c | 3 | c | 17 |
a | 10 | a | 0 | a | − | a | 0 |
g | 3 | g | 0 | g | − | g | 52 |
ctt | 8 | cct | 0 | cat | 26 | cgt | 0 |
c | 0 | c | 47 | c | 0 | c | 74 |
a | 0 | a | 0 | a | 64 | a | 188 |
g | 7 | g | 0 | g | 6 | g | 0 |
att | 6 | act | 6 | aat | 53 | agt | 24 |
c | 71 | c | 196 | c | 10 | c | 0 |
a | 0 | a | 20 | a | 0 | a | 20 |
g | 23 | g | 22 | g | 112 | g | 16 |
gtt | 9 | gct | 13 | gat | 127 | ggt | 411 |
c | 77 | c | 586 | c | 5 | c | 0 |
a | 19 | a | 459 | a | 354 | a | 312 |
g | 149 | g | 545 | g | 75 | g | 914 |
Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.
modifier- Lien Tableur: Tableau des effectifs des gènes de tRNAs 121 eucaryotes.
- Liens: Sélection des 121 eucaryotes tableaux synthétiques des 121
- Utilisation de ces tableaux: Le tableau III1 92 530, est comparé au tableau III1 55 948 des tableaux synthétiques, pour l'indice de la multiplicité. Les codons en gras ont un indice multiplié par 3 à 10 par rapport à la tendance de l'ensemble des codons calculée dans III1 55 948. Le processus normal de duplication chez les eucaryotes (et non zebrafish) entre en résonance avec ces codons décuplés. Voilà encore une autre illustration de la résonance dans l'ADN.
- Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [7].
- 5 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t. Ce sont les plus faibles.
- 113 : nombre de tRNAs d'un codon se terminant par t: Changement de t en c chez les archées et de c en t chez les eucaryotes.
- 4 366: Effectif élevé de tRNAs d'un codon se terminant par g chez les procaryotes.
- 2622: Effectif faible de tRNAs supérieurs à t et à c .
- 160: Changement de codon g Chez les archées et les eucaryotes.
- Tableaux:
- Nombre de tRNAs des 121 eucaryotes, tableau III 92 530.
- Pour 100 000 tRNAs des 121 eucaryotes, tableau III100 92 530.
- tRNAs pour 1 génome, tableau III1 92 530, indice de la multiplicité = nombre de tRNAs / 121.
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Processus E et résonance des 121 eucaryotes
modifierProcessus E et résonance des 121 eucaryotes
modifier- Lien Tableur: Processus E et résonance des 121 eucaryotes
- Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [8].
- Les permutations c/t: pour faire des différences entre 2 codons c ou t de même force. Les codons 0.12 ne sont pas permutés et les codons 0.82 le sont.
- − Pour le tableau I1: 0.25: indices multipliés par 100.
- Le processus E: Les gammes d'indices des Tableaux IV1, I1 pour le calcul des processus E et B. Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant.
- − Une seule couleur est attribuée aux 2 gammes de même ordre relatif respectivement du tableau IV1 et I1. Ainsi 13.38 correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1 et supérieurs à 1.85 pour le tableau I1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
- − 13.38 13.38 1.85; 8.95 8.95 1.17; 6.56 6.56 0.83; 2.06 2.06 0.22; taa codons non pris en compte.
- − Les couleurs des noms de codons du tableau IV1 sont ceux du tableau I1 pour illustrer la variation entre les 2 domaines. Les couleurs des indices sont ceux des 121 eucaryotes calculés.
- − Différence des processus E et B, Tableau IV1 − I1: 8.28 , codons impactés par la résonance; 4.11 processus E négatif; 9.71 processus E positif fort. Pour processus positif et négatif voir le tableau des sensibilités. 3.41: faible genèse de gènes de tRNA. Pour la genèse voir les tableaux de la Genèse des gènes de tRNAs.
- La résonance: différence entre les indices brutes et les indices calculés des 121 eucaryotes, III1 − IV1. 48.50 : Grandes résonances.
- Les permutations c/t: pour faire des différences entre 2 codons c ou t de même force. Les codons 0.12 ne sont pas permutés et les codons 0.82 le sont.
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Sensibilite du processus E
modifier- Lien tableur:Sensibilité du processus E
- Légende:
- + Le tableau IV1.265 représente la sensibilité relative du processus E par rapport aux bactéries. C'est la différence, en %, entre l'indice de sensibilité du tableau IV1.79 et de l'indice de multiplicité des bactéries (tableau I1.23).
- + Le tableau IV1.79 est obtenu en divisant l'indice de multiplicité des eucaryotes (tableau IV1.23) par 7.90. Le facteur multiplicateur, 7.90, est l'optimum, en faisant varier ce facteur dans un tableur, pour avoir le minimum de la somme des valeurs absolues des codons du tableau IV1.265 ayant les plus faibles sensibilités relatives (codons jaunes). Ce minimum est de 265.0. Une fois ce minimum obtenu il faut changer les formules du tableur, en enlevant la fonction ABS, pour obtenir les signes positifs ou négatifs des sensibilités relatives comme indiqué dans le tableau IV1.265.
- + La légende des 4 tableaux, autres que IV1.265 et IV1.265p, est celle des tableaux doublets 12 23 13 dont j'ai extrais les tableaux IV1.23 et I1.23. Cette légende est recopiée ci-dessous.
- + Légende du tableau des sensibilités relatives, IV1.265 et IV1.265p: Ne pas confondre avec les couleurs des 4 autres tableaux
- − -22.4 , sensibilités minimales, inférieures à 22.4% en valeur absolue.
- − -68 , sensibilités négatives comprises entre -34% et -68% en valeur absolue.
- − 73 , sensibilités supérieures à 73%.
- − -98 , codons non pris en compte
- − -12 , codons non pris en compte et dont la valeur est divisée par 100, le vrai rapport en % est 1200.
- + Légende des tableaux doublets 12 23 13: copié à partir du chapitre "doublets 12 23 13", tels quels, avec le tableau des archées II1 qui n'est pas représenté ici.
- − Les couleurs des codons c/t à valeurs faibles: 0.26 , codons xyt non permutés. 0.30 codons xyc permutés, à valeurs faibles et mis avec les valeurs faibles xyt.
- − Les couleurs des codons c/t à valeurs fortes et des autres codons: Les gammes sont définies par une rupture dans la progression des indices quand ceux-ci sont triés en ordre croissant. Une seule couleur est attribuée aux 3 gammes de même ordre relatif respectivement des tableaux IV1, I1 et II1. Ainsi 13.38 correspond aux indices supérieurs à 13.38 pour le tableau IV1, supérieurs à 1.85 pour le tableau I1 et supérieurs à 1.25 pour le tableau II1. J'ai définis 4 gammes, comme suite:
- Tableaux IV1 I1 II1
- 13.38 13.38 1.85 1.25
- 8.95 8.95 1.17 1.15
- 6.56 6.56 0.83 1.00
- 2.06 2.06 0.22 0.76
- taa codons non pris en compte.
- 9.15: moyennes multipliées par 100.
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Zebrafish
modifierComparaison Zebrafisch, 121 Eucaryotes, Bactéries
modifier- Lien Tableur: Comparaison_Zebrafisch,121 Eucaryotes, Bactéries
- Légende: Décompte des gènes tRNAs par codon suivant la base de données gtRNAdb [9].
- Voir la légende initiale dans Tableau des effectifs des gènes de tRNAs.
- 81: Pourcentage de résonance des codons forts. La résonance des codons faibles est en gras sur leur couleur de fond habituelle, jaune et orange.
- -75 : Pourcentage pour les codons faibles.
- Les différences en % sont obtenues en divisant par l'effectif le plus élevé. Dans le tableur calc de LibreOffice cela donne: =SI(cel1>cel2,100*(cel2-cel1)/cel1,100*(cel2-cel1)/cel2).
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Comparaison de Zebrafish aux eucaryotes à résonance
modifier- Lien au tableur: Comparaison de Zebrafish aux eucaryotes à résonance
- Légende:
- Eucaryotes
- fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)
- bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
- ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)
- bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)
- cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)
- dre Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)
- Codons
- − code, codon eff, effectif des gènes de tRNA T, total des effectifs de tous les codons X, maximum de tous les effectifs faibles, codons xyc, xyt et codon tga à effectif faible.
- − rup: Les effectifs sont triés en ordre croissants. La colonne rup est la différence en % entre l'effectif du codon et son suivant.
- Processus E des eucaryotes pour les codons forts: codons autres que les codons faibles mais dont les effectifs restent faibles par rapport à ceux à résonance. La résonance commence à une rupture élevée. Celle-ci est encadrée 46.
- mpe, epe, xpe, spe, minpe, respectivement, moyenne, écart type, maximum, somme et minimum des codons forts sujets au processus E (sur 45 codons moins les codons résonants).
- m/e, rapport en % de mpe et epe pour indiquer l’homogénéité du processus
- Processus de résonance:
- Le processus commence quand le rapport rup est très élevé. Je l'appelle alors rupture et elle est encadrée 46. Les rapports rup suivants sont colorés en orange 111pour indiquer que ces ruptures élevées se produisent plus souvent dans le processus de résonance et non dans Zebrafish qui a des rapports rup très peu contrastés.
- − Les codons sujets à la résonance sont colorés en cyan 5,898.
- − 2 codons faibles, tgt et gcc colorés en jaunes, 143, ne devraient pas être avec les codons résonant cyan. Ils sont cependant intégrés dans la somme sre.
- − sre: somme des codons résonants.
- Eucaryotes
fca | bta | ttr* | bacu | cmk | zebra | |||||||||||||||||
code | eff | rup | code | eff | rup | code | eff | rup | code | eff | rup | code | eff | rup | code | eff | rup | |||||
tgc | 32 | 3 | gac | 42 | 5 | tgc | 22 | 64 | gtg | 32 | 31 | gga | 66 | 14 | ctg | 300 | 5 | |||||
cta | 33 | 33 | aga | 44 | 43 | gca | 36 | 19 | gca | 42 | 7 | gct | 75 | 8 | cct | 315 | 7 | |||||
gag | 44 | 7 | ggc | 63 | 24 | ggc | 43 | 12 | gac | 45 | 22 | ggg | 81 | 16 | tct | 336 | 7 | |||||
cag | 47 | 2 | aaa | 78 | 49 | aga | 48 | 2 | aga | 55 | 16 | atg | 94 | 46 | act | 359 | 3 | |||||
gga | 48 | 4 | agg | 116 | 23 | gac | 49 | 10 | ggc | 64 | 5 | acg | 137 | 6 | gca | 368 | 5 | |||||
aaa | 50 | 6 | tgt | 143 | 15 | agg | 54 | 37 | agg | 67 | 28 | gta | 145 | 16 | cac | 387 | 10 | |||||
agg | 53 | 2 | gag | 164 | 9 | aaa | 74 | 193 | aaa | 86 | 198 | gcc | 168 | 23 | agc | 424 | 23 | |||||
aga | 54 | 26 | tgg | 178 | 90 | tgg | 217 | 82 | tgg | 256 | 83 | aca | 206 | 108 | atg | 522 | 1 | |||||
cca | 68 | 1050 | tgc | 338 | 16 | gag | 395 | 111 | gag | 468 | 111 | gag | 428 | 260 | aaa | 525 | 59 | |||||
caa | 782 | 13 | gga | 391 | 11 | gga | 833 | 112 | gga | 987 | 118 | gtg | 1,540 | 151 | ggc | 836 | 14 | |||||
aag | 887 | 35 | gaa | 435 | 198 | ggg | 1,766 | 8 | ggg | 2,148 | 10 | gcg | 3,858 | 53 | aag | 953 | 10 | |||||
cga | 1,201 | ggg | 1,295 | gaa | 1,901 | gaa | 2,368 | gca | 5,898 | aac | 1,045 | |||||||||||
T | 3729 | 4040 | 5845 | 7080 | 13727 | 12258 | ||||||||||||||||
X | 1201 | 1295 | 1901 | 2368 | 5898 | 1045 | ||||||||||||||||
mpe | 19 | 23 | 17 | 20 | 34 | 221 | ||||||||||||||||
epe | 17 | 17 | 16 | 19 | 21 | 120 | ||||||||||||||||
% e/m | 85 | 74 | 96 | 96 | 63 | 55 | ||||||||||||||||
xpe | 68 | 78 | 74 | 86 | 94 | 525 | ||||||||||||||||
X/mpe | 62 | 57 | 114 | 119 | 174 | 5 | ||||||||||||||||
X/xpe | 18 | 17 | 26 | 28 | 63 | 2 | ||||||||||||||||
sre | 2870 | 3060 | 5112 | 6227 | 12380 | 2834 | ||||||||||||||||
spe | 859 | 980 | 733 | 853 | 1347 | 9424 | ||||||||||||||||
faibles | 3 | 10 | 4 | 3 | 8 | 0 | ||||||||||||||||
minpe | 5 | 4 | 3 | 4 | 2 | 44 |
Zebrafish, distributions des tRNAs sur les chromosomes
modifier- Lien Tableur: Zebrafish, distributions des tRNAs sur les chromosomes. Archives Zebrafish Bos_Taurus Felice_Catus
- Légende: Bases de données, gtRNAdb.fa [10], NCBI [orgn]
max | 11 | 25 | 58 | 920 | 108 | 12 | 29 | 50 | 56 | 8 | 5 | 51 | 15 | 4 | 46 | 11 | 28 | 40 | 3 | 201 | 357 | 187 | 2 | 18 | 21 | ||||||
chr1 | chr2 | chr3 | chr4 | chr5 | chr6 | chr7 | chr8 | chr9 | chr10 | chr11 | chr12 | chr13 | chr14 | chr15 | chr16 | chr17 | chr18 | chr19 | chr20 | chr21 | chr22 | chr23 | chr24 | chr25 | z8 | scaf | total | vides | |||
6 | ttt | PheAAA | 6 | 1 | 1 | 1 | 1 | 10 | |||||||||||||||||||||||
89 | ttc | GAA | 6 | 58 | 89 | 4 | 2 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 21 | 4 | 5 | 197 | ||||||||||||||
16 | tta | LeuTAA | 11 | 12 | 10 | 16 | 1 | 8 | 14 | 1 | 73 | ||||||||||||||||||||
201 | ttg | CAA | 1 | 4 | 2 | 1 | 28 | 201 | 1 | 2 | 1 | 241 | 9 | ||||||||||||||||||
191 | ctt | LeuAAG | 12 | 191 | 12 | 25 | 5 | 1 | 1 | 1 | 4 | 2 | 16 | 270 | |||||||||||||||||
4 | ctc | GAG | 4 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||
178 | cta | TAG | 6 | 178 | 10 | 22 | 5 | 2 | 2 | 1 | 2 | 2 | 14 | 244 | |||||||||||||||||
265 | ctg | CAG | 265 | 6 | 1 | 1 | 2 | 3 | 7 | 2 | 1 | 12 | 300 | 10 | |||||||||||||||||
148 | att | IleAAT | 1 | 10 | 46 | 148 | 5 | 2 | 1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 1 | 2 | 21 | 2 | 12 | 258 | ||||||||||||
8 | atc | GAT | 8 | 0 | 2 | 10 | |||||||||||||||||||||||||
20 | ata | TAT | 9 | 20 | 3 | 1 | 1 | 3 | 3 | 35 | 75 | ||||||||||||||||||||
196 | atg | MetCAT | 1 | 2 | 4 | 196 | 13 | 56 | 2 | 3 | 2 | 1 | 3 | 11 | 187 | 3 | 23 | 15 | 522 | 7 | |||||||||||
172 | gtt | ValAAC | 172 | 4 | 1 | 28 | 4 | 1 | 4 | 5 | 1 | 1 | 3 | 1 | 7 | 232 | |||||||||||||||
3 | gtc | GAC | 2 | 3 | 1 | 6 | |||||||||||||||||||||||||
163 | gta | TAC | 163 | 7 | 39 | 1 | 1 | 10 | 3 | 2 | 4 | 230 | |||||||||||||||||||
169 | gtg | CAC | 169 | 2 | 25 | 2 | 4 | 12 | 1 | 3 | 1 | 8 | 227 | 13 | |||||||||||||||||
269 | tct | SerAGA | 16 | 1 | 269 | 6 | 4 | 1 | 2 | 15 | 7 | 4 | 11 | 336 | |||||||||||||||||
1 | tcc | GGA | 1 | 1 | 0 | 2 | |||||||||||||||||||||||||
141 | tca | TGA | 8 | 141 | 8 | 1 | 5 | 1 | 16 | 5 | 3 | 20 | 208 | ||||||||||||||||||
58 | tcg | CGA | 7 | 58 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 5 | 81 | 13 | ||||||||||||||||
187 | cct | ProAGG | 2 | 8 | 187 | 8 | 50 | 1 | 1 | 12 | 1 | 1 | 4 | 3 | 5 | 8 | 2 | 22 | 315 | ||||||||||||
1 | ccc | GGG | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||||||||||||||
101 | cca | TGG | 14 | 101 | 2 | 2 | 47 | 2 | 1 | 15 | 1 | 1 | 1 | 2 | 16 | 205 | |||||||||||||||
135 | ccg | CGG | 7 | 135 | 5 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 4 | 2 | 20 | 180 | 10 | ||||||||||||||||
243 | act | ThrAGT | 22 | 243 | 11 | 2 | 1 | 1 | 43 | 1 | 1 | 16 | 1 | 2 | 1 | 14 | 359 | ||||||||||||||
6 | acc | GGT | 3 | 6 | 1 | 10 | |||||||||||||||||||||||||
195 | aca | TGT | 3 | 195 | 10 | 1 | 3 | 29 | 11 | 2 | 1 | 1 | 13 | 1 | 2 | 18 | 290 | ||||||||||||||
51 | acg | CGT | 1 | 51 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 66 | 6 | ||||||||||||||
54 | gct | AlaAGC | 54 | 10 | 1 | 4 | 1 | 5 | 1 | 15 | 1 | 92 | |||||||||||||||||||
4 | gcc | GGC | 4 | 4 | |||||||||||||||||||||||||||
357 | gca | TGC | 3 | 3 | 1 | 1 | 1 | 357 | 1 | 1 | 368 | ||||||||||||||||||||
106 | gcg | CGC | 3 | 1 | 106 | 2 | 112 | 13 | |||||||||||||||||||||||
3 | tat | TyrATA | 3 | 2 | 1 | 6 | |||||||||||||||||||||||||
155 | tac | GTA | 155 | 6 | 46 | 1 | 1 | 8 | 18 | 235 | |||||||||||||||||||||
8 | cat | HisATG | 8 | 1 | 1 | 10 | |||||||||||||||||||||||||
314 | cac | GTG | 21 | 314 | 4 | 1 | 5 | 1 | 1 | 2 | 1 | 5 | 5 | 1 | 2 | 24 | 387 | ||||||||||||||
49 | caa | GlnTTG | 1 | 1 | 32 | 1 | 1 | 49 | 2 | 12 | 1 | 1 | 3 | 1 | 105 | ||||||||||||||||
162 | cag | CTG | 2 | 8 | 55 | 162 | 7 | 1 | 2 | 2 | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 3 | 2 | 3 | 11 | 266 | 2 | ||||||||||
23 | aat | AsnATT | 23 | 1 | 24 | ||||||||||||||||||||||||||
920 | aac | GTT | 22 | 920 | 21 | 6 | 10 | 31 | 1 | 10 | 1 | 7 | 2 | 2 | 8 | 4 | 1045 | ||||||||||||||
416 | aaa | LysTTT | 1 | 25 | 416 | 11 | 1 | 1 | 9 | 1 | 4 | 1 | 2 | 13 | 4 | 36 | 525 | ||||||||||||||
815 | aag | CTT | 1 | 21 | 815 | 38 | 4 | 6 | 22 | 1 | 13 | 1 | 1 | 8 | 4 | 6 | 12 | 953 | 7 | ||||||||||||
1 | gat | AspATC | 0 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||
108 | gac | GTC | 25 | 108 | 3 | 2 | 8 | 4 | 150 | ||||||||||||||||||||||
170 | gaa | GluTTC | 170 | 5 | 1 | 1 | 16 | 1 | 2 | 4 | 1 | 6 | 18 | 225 | |||||||||||||||||
156 | gag | CTC | 4 | 156 | 6 | 44 | 5 | 1 | 2 | 1 | 3 | 7 | 16 | 245 | 13 | ||||||||||||||||
6 | tgt | CysACA | 6 | 1 | 1 | 1 | 9 | ||||||||||||||||||||||||
82 | tgc | GCA | 5 | 2 | 2 | 5 | 82 | 1 | 1 | 38 | 136 | ||||||||||||||||||||
7 | tga | SeCTCA | 3 | 7 | 1 | 1 | 0 | 2 | 14 | ||||||||||||||||||||||
29 | tgg | TrpCCA | 1 | 2 | 0 | 29 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 4 | 1 | 44 | 10 | ||||||||||||||||
127 | cgt | ArgACG | 127 | 6 | 2 | 1 | 40 | 2 | 1 | 3 | 6 | 15 | 203 | ||||||||||||||||||
19 | cgc | GCG | 2 | 19 | 1 | 0 | 2 | 24 | |||||||||||||||||||||||
65 | cga | TCG | 5 | 65 | 2 | 19 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 5 | 5 | 107 | |||||||||||||||||
42 | cgg | CCG | 8 | 42 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 4 | 59 | 12 | |||||||||||||||||||
13 | agt | SerACT | 13 | 1 | 0 | 14 | |||||||||||||||||||||||||
327 | agc | GCT | 4 | 327 | 25 | 12 | 1 | 5 | 25 | 1 | 6 | 2 | 2 | 14 | 424 | ||||||||||||||||
143 | aga | ArgTCT | 1 | 12 | 143 | 8 | 3 | 3 | 51 | 1 | 1 | 17 | 1 | 1 | 10 | 252 | |||||||||||||||
67 | agg | CCT | 1 | 7 | 6 | 2 | 1 | 13 | 2 | 1 | 67 | 3 | 1 | 104 | 7 | ||||||||||||||||
8 | ggt | GlyACC | 8 | 3 | 11 | ||||||||||||||||||||||||||
598 | ggc | GCC | 14 | 598 | 39 | 8 | 4 | 1 | 40 | 4 | 2 | 18 | 4 | 12 | 744 | ||||||||||||||||
30 | gga | TCC | 30 | 2 | 1 | 2 | 2 | 3 | 4 | 1 | 45 | ||||||||||||||||||||
188 | ggg | CCC | 1 | 188 | 22 | 1 | 23 | 2 | 124 | 1 | 362 | 10 | |||||||||||||||||||
2 | taa | SupTTA | 2 | 1 | 1 | 2 | 6 | 142 | |||||||||||||||||||||||
8 | tag | CTA | 8 | 1 | 9 | ||||||||||||||||||||||||||
Undet??? | 15 | 1 | 2 | 1 | 19 | ||||||||||||||||||||||||||
44 | 266 | 228 | 7825 | 416 | 49 | 159 | 241 | 122 | 13 | 17 | 200 | 54 | 10 | 188 | 26 | 138 | 87 | 8 | 358 | 573 | 362 | 9 | 31 | 81 | 347 | 440 | 12292 | ||||
NCBI | Mit | chr1 | chr2 | chr3 | chr4 | chr5 | chr6 | chr7 | chr8 | chr9 | chr10 | chr11 | chr12 | chr13 | chr14 | chr15 | chr16 | chr17 | chr18 | chr19 | chr20 | chr21 | chr22 | chr23 | chr24 | chr25 | Z8 | scaf | total | ||
2rRNA | 1rRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||
22 | tRNAs | 31 | 76 | 346 | 5723 | 140 | 52 | 72 | 240 | 60 | 12 | 13 | 123 | 46 | 11 | 135 | 17 | 109 | 5 | 7 | 262 | 253 | 143 | 11 | 18 | 72 | 1,385 | 9,362 | |||
mb | 0.02 | longueur | 59.58 | 59.64 | 62.63 | 78.09 | 72.5 | 60.27 | 74.28 | 54.3 | 56.46 | 45.42 | 45.48 | 49.18 | 52.19 | 52.66 | 48.04 | 55.27 | 53.46 | 51.02 | 48.45 | 55.2 | 45.93 | 39.13 | 46.22 | 42.17 | 37.5 | 334 | 1,679 | ||
39.9 | GC% | 36.4 | 36.7 | 36.9 | 38.4 | 36.4 | 36.4 | 36.7 | 36.5 | 36.5 | 36.6 | 36.4 | 36.3 | 36.5 | 36.6 | 36.8 | 36.5 | 36.6 | 36.6 | 36.4 | 36.6 | 36.6 | 37 | 36.7 | 36.3 | 36.6 | 37 | 37 | |||
13 | Protein | 2,176 | 2,229 | 2,436 | 2,450 | 2,713 | 2,123 | 2,531 | 1,986 | 1,832 | 1,779 | 1,596 | 1,679 | 1,805 | 1,481 | 1,814 | 1,996 | 1,703 | 1,541 | 1,762 | 1,890 | 1,948 | 1,674 | 1,755 | 1,365 | 1,453 | 9,370 | 57,087 | |||
− | RNAs au | 326 | 274 | 362 | 1252 | 395 | 250 | 322 | 272 | 226 | 186 | 166 | 157 | 230 | 170 | 193 | 308 | 190 | 179 | 185 | 192 | 237 | 293 | 204 | 138 | 129 | 1,639 | 8,475 | |||
37 | gene | 1,444 | 1,464 | 1,992 | 7,909 | 1,679 | 1,238 | 1,641 | 1,452 | 1,060 | 1,076 | 952 | 1,091 | 1,046 | 945 | 1,229 | 1,255 | 1,111 | 915 | 1,038 | 1,376 | 1,374 | 1,288 | 1,015 | 823 | 978 | 9,570 | 46,961 | |||
− | pseudo | 22 | 8 | 23 | 70 | 6 | 16 | 14 | 6 | 9 | 14 | 4 | 5 | 6 | 6 | 14 | 11 | 9 | 9 | 7 | 3 | 8 | 8 | 5 | 10 | 4 | 67 | 364 | |||
75pb | tRNA/L | 0.55 | 3.35 | 2.73 | 75.15 | 4.30 | 0.61 | 1.61 | 3.33 | 1.62 | 0.21 | 0.28 | 3.05 | 0.78 | 0.14 | 2.94 | 0.35 | 1.94 | 1.28 | 0.12 | 4.86 | 9.36 | 6.94 | 0.15 | 0.55 | 1.62 |
Taurus, distributions des tRNAs sur les chromosomes
modifier- Lien Tableur: Taurus, distributions des tRNAs sur les chromosomes. Archives Zebrafish, Bos Taurus, Felis Catus
- Légende: Bases de données, gtRNAdb.fa [11], NCBI [orgn]
max | 51 | 58 | 62 | 28 | 64 | 42 | 56 | 37 | 28 | 50 | 58 | 31 | 59 | 35 | 36 | 46 | 63 | 48 | 78 | 10 | 37 | 41 | 36 | 20 | 62 | 16 | 26 | 22 | 28 | 67 | |||||
chr1 | chr2 | chr3 | chr4 | chr5 | chr6 | chr7 | chr8 | chr9 | chr10 | chr11 | chr12 | chr13 | chr14 | chr15 | chr16 | chr17 | chr18 | chr19 | chr20 | chr21 | chr22 | chr23 | chr24 | chr25 | chr26 | chr27 | chr28 | chr29 | X | total | |||||
1 | ttt | PheAAA | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 6 | PheAAA | |||||||||||||||||||||||||
8 | ttc | PheGAA | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 2 | 3 | 1 | 1 | 7 | 1 | 8 | 30 | PheGAA | |||||||||||||||||||
3 | tta | LeuTAA | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 3 | 10 | LeuTAA | ||||||||||||||||||||||||
6 | ttg | LeuCAA | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 6 | 14 | LeuCAA | |||||||||||||||||||||||
4 | ctt | LeuAAG | 1 | 1 | 3 | 1 | 4 | 1 | 11 | LeuAAG | |||||||||||||||||||||||||
0 | ctc | LeuGAG | 0 | LeuGAG | |||||||||||||||||||||||||||||||
2 | cta | LeuTAG | 1 | 2 | 1 | 1 | 5 | LeuTAG | |||||||||||||||||||||||||||
3 | ctg | LeuCAG | 3 | 1 | 1 | 1 | 6 | LeuCAG | |||||||||||||||||||||||||||
14 | att | IleAAT | 1 | 2 | 1 | 14 | 18 | IleAAT | |||||||||||||||||||||||||||
0 | atc | IleGAT | 0 | IleGAT | |||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ata | IleTAT | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 8 | IleTAT | |||||||||||||||||||||||||
19 | atg | MetCAT | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 19 | 1 | 35 | MetCAT | |||||||||||||||||
11 | gtt | ValAAC | 2 | 11 | 1 | 1 | 1 | 4 | 20 | ValAAC | |||||||||||||||||||||||||
0 | gtc | ValGAC | 0 | ValGAC | |||||||||||||||||||||||||||||||
6 | gta | ValTAC | 6 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | 21 | ValTAC | ||||||||||||||||||
15 | gtg | ValCAC | 2 | 15 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 5 | 1 | 2 | 1 | 1 | 39 | ValCAC | ||||||||||||||||
8 | tct | SerAGA | 1 | 1 | 1 | 2 | 8 | 13 | SerAGA | ||||||||||||||||||||||||||
4 | tcc | SerGGA | 4 | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 2 | 1 | 3 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 4 | 32 | SerGGA | |||||||||||||
3 | tca | SerTGA | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 7 | SerTGA | ||||||||||||||||||||||||||
3 | tcg | SerCGA | 1 | 1 | 1 | 3 | 1 | 7 | SerCGA | ||||||||||||||||||||||||||
7 | cct | ProAGG | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 7 | 13 | ProAGG | |||||||||||||||||||||||||
0 | ccc | ProGGG | 0 | ProGGG | |||||||||||||||||||||||||||||||
6 | cca | ProTGG | 2 | 1 | 6 | 9 | ProTGG | ||||||||||||||||||||||||||||
1 | ccg | ProCGG | 1 | 1 | 1 | 1 | 4 | ProCGG | |||||||||||||||||||||||||||
7 | act | ThrAGT | 1 | 1 | 1 | 3 | 7 | 1 | 14 | ThrAGT | |||||||||||||||||||||||||
1 | acc | ThrGGT | 1 | 1 | ThrGGT | ||||||||||||||||||||||||||||||
3 | aca | ThrTGT | 2 | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 10 | ThrTGT | ||||||||||||||||||||||||
2 | acg | ThrCGT | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 7 | ThrCGT | |||||||||||||||||||||||||
15 | gct | AlaAGC | 1 | 2 | 2 | 1 | 4 | 1 | 1 | 15 | 1 | 1 | 1 | 1 | 31 | AlaAGC | |||||||||||||||||||
1 | gcc | AlaGGC | 1 | 1 | 2 | AlaGGC | |||||||||||||||||||||||||||||
7 | gca | AlaTGC | 1 | 2 | 1 | 2 | 3 | 3 | 1 | 2 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 3 | 7 | 1 | 1 | 1 | 35 | AlaTGC | |||||||||||||
5 | gcg | AlaCGC | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 5 | 1 | 2 | 16 | AlaCGC | |||||||||||||||||||||
2 | tat | TyrATA | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 11 | TyrATA | ||||||||||||||||||||||
7 | tac | TyrGTA | 3 | 1 | 2 | 4 | 2 | 2 | 1 | 7 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 39 | TyrGTA | |||||||||||||
1 | taa | SupTTA | 1 | 1 | 1 | 1 | 4 | SupTTA | |||||||||||||||||||||||||||
2 | tag | SupCTA | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 13 | SupCTA | |||||||||||||||||||||
2 | cat | HisATG | 1 | 1 | 2 | 4 | HisATG | ||||||||||||||||||||||||||||
11 | cac | HisGTG | 11 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 19 | HisGTG | ||||||||||||||||||||||||
6 | caa | GlnTTG | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 5 | 6 | 1 | 1 | 19 | GlnTTG | |||||||||||||||||||||
13 | cag | GlnCTG | 2 | 2 | 13 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 5 | 1 | 1 | 40 | GlnCTG | |||||||||||||
0 | aat | AsnATT | 0 | AsnATT | |||||||||||||||||||||||||||||||
24 | aac | AsnGTT | 24 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 30 | AsnGTT | ||||||||||||||||||||||||
10 | aaa | LysTTT | 6 | 1 | 5 | 3 | 2 | 1 | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 1 | 4 | 7 | 4 | 6 | 3 | 3 | 3 | 10 | 6 | 2 | 1 | 2 | 78 | LysTTT | |||||||
12 | aag | LysCTT | 1 | 3 | 2 | 1 | 2 | 3 | 1 | 1 | 4 | 1 | 1 | 1 | 2 | 2 | 1 | 2 | 12 | 40 | LysCTT | ||||||||||||||
1 | gat | AspATC | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 6 | AspATC | |||||||||||||||||||||||||
8 | gac | AspGTC | 2 | 8 | 2 | 2 | 1 | 1 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 3 | 4 | 2 | 3 | 1 | 1 | 1 | 1 | 42 | AspGTC | |||||||||||
31 | gaa | GluTTC | 14 | 21 | 31 | 12 | 26 | 9 | 18 | 14 | 13 | 17 | 21 | 14 | 20 | 14 | 13 | 14 | 9 | 17 | 20 | 5 | 11 | 12 | 9 | 6 | 18 | 6 | 4 | 6 | 14 | 26 | 434 | GluTTC | |
12 | gag | GluCTC | 7 | 5 | 9 | 4 | 7 | 4 | 12 | 5 | 5 | 7 | 8 | 3 | 8 | 4 | 3 | 8 | 7 | 4 | 7 | 6 | 5 | 7 | 3 | 4 | 8 | 1 | 1 | 2 | 4 | 6 | 164 | GluCTC | |
9 | tgt | CysACA | 8 | 6 | 9 | 6 | 8 | 6 | 6 | 4 | 5 | 4 | 8 | 3 | 5 | 4 | 4 | 9 | 2 | 3 | 1 | 9 | 4 | 2 | 3 | 3 | 3 | 1 | 5 | 5 | 3 | 4 | 143 | CysACA | |
27 | tgc | CysGCA | 13 | 14 | 10 | 27 | 11 | 17 | 7 | 14 | 20 | 17 | 16 | 22 | 11 | 13 | 12 | 3 | 7 | 4 | 16 | 9 | 9 | 6 | 6 | 7 | 3 | 5 | 8 | 6 | 6 | 19 | 338 | CysGCA | |
5 | tga | SeCTCA | 1 | 4 | 5 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 5 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 29 | SeCTCA | ||||||||||||||
17 | tgg | TrpCCA | 3 | 3 | 10 | 3 | 4 | 5 | 12 | 3 | 1 | 4 | 11 | 7 | 7 | 6 | 5 | 4 | 5 | 8 | 17 | 1 | 9 | 6 | 9 | 4 | 5 | 2 | 4 | 3 | 2 | 15 | 178 | TrpCCA | |
7 | cgt | ArgACG | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 7 | 1 | 13 | ArgACG | ||||||||||||||||||||||||
1 | cgc | ArgGCG | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 7 | ArgGCG | ||||||||||||||||||||||||
3 | cga | ArgTCG | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 3 | 1 | 12 | ArgTCG | ||||||||||||||||||||||
3 | cgg | ArgCCG | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 16 | ArgCCG | ||||||||||||||||||||
1 | agt | SerACT | 1 | 1 | 1 | 1 | 4 | SerACT | |||||||||||||||||||||||||||
10 | agc | SerGCT | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 10 | 1 | 19 | SerGCT | ||||||||||||||||||||||
5 | aga | ArgTCT | 3 | 2 | 2 | 4 | 1 | 3 | 1 | 5 | 3 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 1 | 4 | 2 | 1 | 1 | 2 | 2 | 44 | ArgTCT | ||||||||||
10 | agg | ArgCCT | 4 | 3 | 7 | 5 | 3 | 3 | 10 | 4 | 3 | 2 | 7 | 4 | 7 | 1 | 7 | 2 | 4 | 3 | 10 | 1 | 1 | 4 | 2 | 2 | 7 | 2 | 1 | 1 | 1 | 5 | 116 | ArgCCT | |
3 | ggt | GlyACC | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 3 | 1 | 2 | 20 | GlyACC | ||||||||||||||||
8 | ggc | GlyGCC | 3 | 3 | 4 | 3 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 | 1 | 5 | 1 | 2 | 3 | 8 | 2 | 2 | 3 | 4 | 1 | 1 | 3 | 2 | 1 | 2 | 63 | GlyGCC | |||||
27 | gga | GlyTCC | 19 | 15 | 14 | 4 | 23 | 11 | 20 | 7 | 8 | 9 | 27 | 12 | 17 | 11 | 12 | 10 | 18 | 23 | 17 | 9 | 9 | 13 | 8 | 6 | 16 | 7 | 11 | 7 | 7 | 21 | 391 | GlyTCC | |
78 | ggg | GlyCCC | 51 | 58 | 62 | 28 | 64 | 42 | 56 | 37 | 28 | 50 | 58 | 31 | 59 | 35 | 36 | 46 | 63 | 48 | 78 | 10 | 37 | 41 | 36 | 20 | 62 | 16 | 26 | 22 | 28 | 67 | 1295 | GlyCCC | |
Undet??? | 1 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 9 | Undet??? | |||||||||||||||||||||||||||
total | 164 | 152 | 273 | 121 | 173 | 116 | 171 | 109 | 108 | 160 | 183 | 111 | 161 | 106 | 119 | 114 | 136 | 147 | 217 | 64 | 107 | 105 | 259 | 64 | 170 | 47 | 68 | 62 | 73 | 202 | 4064 | ||||
NCBI | chr1 | chr2 | chr3 | chr4 | chr5 | chr6 | chr7 | chr8 | chr9 | chr10 | chr11 | chr12 | chr13 | chr14 | chr15 | chr16 | chr17 | chr18 | chr19 | chr20 | chr21 | chr22 | chr23 | chr24 | chr25 | chr26 | chr27 | chr28 | chr29 | X | MT | Un | Total | ||
mb | Size | 158.34 | 137.06 | 121.43 | 120.83 | 121.19 | 119.46 | 112.64 | 113.39 | 105.71 | 104.31 | 107.31 | 91.16 | 84.24 | 84.65 | 85.3 | 81.72 | 75.16 | 66 | 64.06 | 72.04 | 71.6 | 61.44 | 52.53 | 62.71 | 42.9 | 51.68 | 45.41 | 46.31 | 51.51 | 148.82 | 0.02 | 9.22 | 2670.15 | |
GC% | 40.1 | 40.8 | 41.9 | 40.6 | 41.7 | 40 | 42 | 41.2 | 40 | 41.5 | 42.9 | 40.4 | 43.7 | 41.4 | 41.8 | 42.6 | 42.3 | 45.4 | 46 | 41 | 43.1 | 43.4 | 43.4 | 41.9 | 47.1 | 42.8 | 41.8 | 42.2 | 44.2 | 40.6 | 39.4 | 49.6 | |||
Protein | 1981 | 2085 | 2922 | 1673 | 2753 | 1420 | 2791 | 1573 | 1068 | 2014 | 2176 | 886 | 1740 | 1066 | 1946 | 1452 | 1411 | 2691 | 2718 | 562 | 1135 | 1414 | 1393 | 751 | 1684 | 991 | 478 | 798 | 1427 | 1994 | 13 | 101 | |||
rRNA | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1 | - | - | - | - | - | 2 | - | |||
tRNA | 67 | 49 | 171 | 59 | 54 | 51 | 55 | 29 | 39 | 65 | 44 | 47 | 42 | 38 | 47 | 30 | 42 | 50 | 70 | 31 | 26 | 23 | 191 | 19 | 66 | 14 | 33 | 23 | 24 | 79 | 22 | - | |||
RNA | 405 | 362 | 462 | 386 | 444 | 320 | 474 | 421 | 281 | 369 | 388 | 268 | 377 | 235 | 269 | 324 | 261 | 378 | 428 | 192 | 460 | 276 | 297 | 192 | 259 | 207 | 147 | 111 | 231 | 488 | - | 10 | |||
Gene | 1267 | 1237 | 1832 | 1142 | 1715 | 953 | 1814 | 1097 | 821 | 1447 | 1309 | 660 | 1111 | 734 | 1491 | 946 | 893 | 1648 | 1570 | 508 | 855 | 762 | 1134 | 469 | 973 | 559 | 377 | 444 | 903 | 1643 | 13 | 105 | |||
Pseudo | 165 | 163 | 223 | 123 | 218 | 134 | 243 | 142 | 142 | 151 | 122 | 72 | 118 | 95 | 264 | 102 | 115 | 156 | 108 | 67 | 98 | 67 | 93 | 61 | 50 | 62 | 33 | 64 | 109 | 328 | - | 4 | |||
compte | 164 | 152 | 273 | 121 | 173 | 116 | 171 | 109 | 108 | 160 | 183 | 111 | 161 | 106 | 119 | 114 | 136 | 147 | 217 | 64 | 107 | 105 | 259 | 64 | 170 | 47 | 68 | 62 | 73 | 202 |
Distribution homogène des gènes de tRNA sur les chromosomes, Bos Taurus et Felis catus
modifier- Lien Tableur: Distribution homogène des gènes de tRNA sur les chromosomes, Bos Taurus et Felis catus. Archives Zebrafish, Bos Taurus, Felis Catus
- Légende: Bases de données Bos Taurus (gtRNAdb.fa) [12], NCBI [orgn], Felis Catus (gtRNAdb.fa) [13]
- m, moyenne par chromosome, e, écart type.
bta | ggg | ggc | gga | gaa | gag | tgc | tgt | gct | fca | cga | aag | caa | ||
X | 67 | 2 | 21 | 26 | 6 | 7 | 4 | 1 | chrA1 | 100 | 57 | 67 | ||
chr1 | 51 | 2 | 19 | 14 | 7 | 13 | 8 | 1 | chrA2 | 80 | 55 | 66 | ||
chr2 | 58 | 3 | 15 | 21 | 5 | 14 | 6 | 0 | chrA3 | 73 | 50 | 44 | ||
chr3 | 62 | 4 | 14 | 31 | 9 | 10 | 9 | 0 | chrB1 | 70 | 49 | 72 | ||
chr4 | 28 | 3 | 4 | 12 | 4 | 27 | 6 | 0 | chrB2 | 71 | 52 | 62 | ||
chr5 | 64 | 2 | 23 | 26 | 7 | 11 | 8 | 0 | chrB3 | 70 | 54 | 45 | ||
chr6 | 42 | 1 | 11 | 9 | 4 | 17 | 6 | 0 | chrB4 | 66 | 61 | 53 | ||
chr7 | 56 | 1 | 20 | 18 | 12 | 14 | 6 | 2 | chrC1 | 109 | 99 | 60 | ||
chr8 | 37 | 1 | 7 | 14 | 5 | 20 | 4 | 0 | chrC2 | 66 | 39 | 48 | ||
chr9 | 28 | 2 | 8 | 13 | 5 | 19 | 5 | 0 | chrD1 | 53 | 40 | 32 | ||
chr10 | 50 | 1 | 9 | 17 | 7 | 17 | 4 | 0 | chrD2 | 40 | 19 | 28 | ||
chr11 | 58 | 3 | 27 | 21 | 8 | 16 | 8 | 2 | chrD3 | 65 | 33 | 29 | ||
chr12 | 31 | 1 | 12 | 14 | 3 | 22 | 3 | 0 | chrD4 | 46 | 34 | 38 | ||
chr13 | 59 | 5 | 17 | 20 | 8 | 11 | 5 | 0 | chrE1 | 61 | 42 | 22 | ||
chr14 | 35 | 0 | 11 | 14 | 4 | 13 | 4 | 1 | chrE2 | 33 | 36 | 18 | ||
chr15 | 36 | 1 | 12 | 13 | 3 | 12 | 4 | 0 | chrE3 | 29 | 37 | 17 | ||
chr16 | 46 | 2 | 10 | 14 | 8 | 3 | 9 | 0 | chrF1 | 41 | 25 | 27 | ||
chr17 | 63 | 3 | 18 | 9 | 7 | 7 | 2 | 0 | chrF2 | 42 | 23 | 17 | ||
chr18 | 48 | 8 | 23 | 17 | 4 | 4 | 3 | 4 | X | 81 | 80 | 37 | ||
chr19 | 78 | 2 | 17 | 20 | 7 | 16 | 1 | 1 | Ud | 5 | 2 | |||
chr20 | 10 | 0 | 9 | 5 | 6 | 9 | 9 | 0 | ||||||
chr21 | 37 | 2 | 9 | 11 | 5 | 9 | 4 | 1 | ||||||
chr22 | 41 | 3 | 13 | 12 | 7 | 6 | 2 | 0 | ||||||
chr23 | 36 | 4 | 8 | 9 | 3 | 6 | 3 | 15 | ||||||
chr24 | 20 | 1 | 6 | 6 | 4 | 7 | 3 | 0 | ||||||
chr25 | 62 | 0 | 16 | 18 | 8 | 3 | 3 | 1 | ||||||
chr26 | 16 | 1 | 7 | 6 | 1 | 5 | 1 | 1 | ||||||
chr27 | 26 | 3 | 11 | 4 | 1 | 8 | 5 | 0 | ||||||
chr28 | 22 | 2 | 7 | 6 | 2 | 6 | 5 | 0 | ||||||
chr29 | 28 | 1 | 7 | 14 | 4 | 6 | 3 | 1 | ||||||
bta 30 chromosomes | fca 19 chromosomes | |||||||||||||
ggg | ggc | gga | gaa | gag | tgc | tgt | gct | cga | aag | caa | ||||
total | 1295 | 64 | 391 | 435 | 164 | 338 | 143 | 31 | total | 1201 | 887 | 782 | ||
m | 43.2 | 2.1 | 13.0 | 14.5 | 5.5 | 11.3 | 4.8 | 1.0 | m | 62.9 | 46.6 | 41.2 | ||
e | 17.1 | 1.7 | 5.9 | 6.6 | 2.5 | 6.0 | 2.3 | 2.8 | e | 21.5 | 19.4 | 18.2 | ||
max | 78 | 8 | 27 | 31 | 12 | 27 | 9 | 15 | max | 109 | 99 | 72 | ||
min | 10 | 0 | 4 | 4 | 1 | 3 | 1 | 0 | min | 29 | 19 | 17 | ||
e/m% | 40 | 78 | 45 | 46 | 46 | 53 | 49 | 270 | e/m% | 34 | 42 | 44 |
Exemples de distributions des tRNAs sur les chromosomes
modifier- Lien Tableur: Exemples de distributions des tRNAs sur les chromosomes. Archives exemples NCBI
- Légende: Bases de données, gtRNAdb.fa [14], NCBI [orgn]
- m, moyenne par chromosome, e, écart type.
- KEGG gtRNAdb
- sce Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)
- mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011)
- hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)
- oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010)
- dre Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)
- bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
NCBI | gtRNAdb | |||||||
sce | mmu | hsa | oas | dre | bta | dre | bta | |
4 | 37 | 90 | 200 | 31 | 67 | 44 | 164 | |
13 | 8 | 8 | 111 | 76 | 49 | 266 | 152 | |
10 | 40 | 4 | 127 | 346 | 171 | 228 | 273 | |
28 | 8 | 1 | 51 | 5723 | 59 | 7825 | 121 | |
20 | 10 | 17 | 65 | 140 | 54 | 416 | 173 | |
10 | 53 | 144 | 52 | 52 | 51 | 49 | 116 | |
36 | 10 | 21 | 66 | 72 | 55 | 159 | 171 | |
11 | 7 | 5 | 42 | 240 | 29 | 241 | 109 | |
10 | 7 | 3 | 38 | 60 | 39 | 122 | 108 | |
24 | 11 | 3 | 31 | 12 | 65 | 13 | 160 | |
16 | 47 | 13 | 77 | 13 | 44 | 17 | 183 | |
21 | 3 | 9 | 37 | 123 | 47 | 200 | 111 | |
21 | 105 | 4 | 34 | 46 | 42 | 54 | 161 | |
14 | 12 | 18 | 45 | 11 | 38 | 10 | 106 | |
20 | 4 | 9 | 40 | 135 | 47 | 188 | 119 | |
17 | 2 | 27 | 20 | 17 | 30 | 26 | 114 | |
− | 12 | 33 | 42 | 109 | 42 | 138 | 136 | |
− | 0 | 1 | 34 | 5 | 50 | 87 | 147 | |
− | 10 | 6 | 20 | 7 | 70 | 8 | 217 | |
− | 17 | 0 | 184 | 262 | 31 | 358 | 64 | |
− | 0 | 1 | 22 | 253 | 26 | 573 | 107 | |
− | − | 0 | 19 | 143 | 23 | 362 | 105 | |
− | − | 4 | 26 | 11 | 191 | 9 | 259 | |
− | − | 0 | 69 | 18 | 19 | 31 | 64 | |
− | − | − | 20 | 72 | 66 | 81 | 170 | |
− | − | − | 20 | − | 14 | − | 47 | |
− | − | − | 75 | − | 33 | − | 68 | |
− | − | − | − | − | 23 | − | 62 | |
− | − | − | − | − | 24 | − | 73 | |
− | − | − | − | − | 79 | − | 202 | |
Total | 275 | 403 | 421 | 1567 | 7977 | 1578 | 11505 | 4062 |
m | 17.2 | 19.2 | 17.5 | 58.0 | 319 | 52.6 | 460 | 144.4 |
e | 8.0 | 25.0 | 32.9 | 47.2 | 1130 | 38.7 | 1542 | 51.5 |
e/m % | 47 | 130 | 187 | 81 | 354 | 74 | 335 | 36 |
Les introns des 121 eucaryotes
modifierChampignons détail des introns
modifier- Lien Tableur: Champignons détail des introns
- Légende
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | total | DNA | Génome | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 46 | Encephalitozoon cuniculi GB-M1 | ||||||||||||
0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 1 | 47 | 53 | Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 | ||||||||||||
0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 80 | Ogataea parapolymorpha DL-1 | ||||||||||||
0 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 35 | 82 | Candida orthopsilosis Co 90-125 | ||||||||||||
0 | 4 | 1 | 0 | 4 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 0 | 1 | 5 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 2 | 1 | 2 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 6 | 1 | 1 | 91 | 96 | Sporisorium reilianum SRZ2 | ||||||||||||
0 | 3 | 1 | 0 | 4 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 3 | 4 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 3 | 0 | 0 | 1 | 5 | 0 | 5 | 2 | 4 | 0 | 2 | 2 | 2 | 4 | 0 | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 6 | 2 | 1 | 101 | 111 | Ustilago maydis 521 | ||||||||||||
0 | 5 | 0 | 3 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 29 | 123 | Komagataella pastoris CBS 7435 | ||||||||||||
0 | 5 | 5 | 6 | 2 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 5 | 0 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 67 | 125 | Candida albicans WO-1 | ||||||||||||
0 | 5 | 1 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 1 | 1 | 6 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 2 | 3 | 10 | 0 | 3 | 0 | 3 | 3 | 0 | 5 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 5 | 1 | 2 | 136 | 143 | Cryptococcus neoformans var. grubii H99 | ||||||||||||
0 | 5 | 7 | 1 | 5 | 0 | 1 | 4 | 6 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 2 | 3 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 3 | 1 | 6 | 0 | 6 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 1 | 2 | 117 | 154 | Thielavia terrestris NRRL 8126 | ||||||||||||
0 | 4 | 0 | 2 | 5 | 0 | 3 | 4 | 7 | 0 | 1 | 3 | 5 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 3 | 2 | 7 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 3 | 0 | 9 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 0 | 0 | 3 | 5 | 0 | 2 | 2 | 0 | 3 | 0 | 2 | 1 | 8 | 0 | 1 | 130 | 156 | Valsa mali 03-8 | ||||||||||||
0 | 6 | 0 | 5 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 40 | 158 | Kazachstania naganishii CBS 8797 | ||||||||||||
0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 39 | 162 | Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 | ||||||||||||
0 | 0 | 2 | 4 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 3 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 44 | 168 | Schizosaccharomyces pombe 972h- | ||||||||||||
0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 42 | 170 | Scheffersomyces stipitis CBS 6054 | ||||||||||||
0 | 5 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 5 | 0 | 6 | 2 | 0 | 0 | 8 | 2 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 93 | 181 | Aspergillus nidulans FGSC A4 | ||||||||||||
0 | 7 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 4 | 6 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 2 | 2 | 4 | 0 | 2 | 2 | 9 | 0 | 3 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 6 | 0 | 6 | 0 | 0 | 1 | 9 | 0 | 3 | 0 | 0 | 6 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 | 1 | 3 | 0 | 14 | 3 | 3 | 157 | 190 | Magnaporthe oryzae 70-15 | ||||||||||||
0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 25 | 191 | Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 | ||||||||||||
0 | 6 | 0 | 8 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 45 | 192 | Torulaspora delbrueckii CBS 1146 | ||||||||||||
0 | 0 | 2 | 0 | 6 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 2 | 10 | 8 | 0 | 1 | 3 | 3 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 5 | 1 | 0 | 0 | 11 | 3 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 8 | 1 | 0 | 0 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 4 | 0 | 1 | 0 | 0 | 4 | 1 | 100 | 192 | Penicillium chrysogenum P2niaD18 | ||||||||||||
0 | 5 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 4 | 0 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 2 | 0 | 6 | 0 | 2 | 3 | 2 | 0 | 2 | 2 | 7 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 8 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 2 | 5 | 0 | 0 | 2 | 0 | 5 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 127 | 192 | Myceliophthora thermophila ATCC 42464 | ||||||||||||
0 | 6 | 0 | 7 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 52 | 205 | Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri | ||||||||||||
0 | 9 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 42 | 206 | Tetrapisispora phaffii CBS 4417 | ||||||||||||
0 | 6 | 0 | 8 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 45 | 207 | Candida glabrata CBS 138 | ||||||||||||
0 | 7 | 2 | 5 | 6 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 4 | 2 | 4 | 0 | 8 | 1 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 5 | 2 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 6 | 1 | 8 | 0 | 9 | 6 | 9 | 0 | 5 | 0 | 1 | 4 | 0 | 4 | 0 | 0 | 5 | 5 | 0 | 0 | 8 | 0 | 2 | 161 | 212 | Botrytis cinerea B05.10 | ||||||||||||
0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 54 | 214 | Debaryomyces hansenii CBS767 | ||||||||||||
0 | 7 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 8 | 0 | 1 | 2 | 0 | 1 | 3 | 1 | 8 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 11 | 0 | 2 | 1 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 2 | 0 | 0 | 6 | 2 | 0 | 0 | 5 | 2 | 0 | 0 | 1 | 1 | 3 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 1 | 0 | 0 | 2 | 1 | 115 | 225 | Verticillium dahliae VdLs.17 | ||||||||||||
0 | 7 | 0 | 8 | 0 | 0 | 3 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 57 | 229 | Lachancea thermotolerans CBS 6340 | ||||||||||||
0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 4 | 0 | 0 | 2 | 4 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 0 | 1 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 7 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 11 | 0 | 13 | 3 | 0 | 1 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 6 | 2 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 114 | 242 | Aspergillus oryzae RIB40 | ||||||||||||
0 | 8 | 0 | 11 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 11 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 72 | 258 | Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 | ||||||||||||
0 | 9 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 53 | 266 | Kazachstania africana CBS 2517 | ||||||||||||
0 | 10 | 0 | 9 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 63 | 270 | Naumovozyma castellii CBS 4309 | ||||||||||||
0 | 9 | 1 | 3 | 6 | 0 | 2 | 5 | 11 | 0 | 3 | 5 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 12 | 0 | 3 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 0 | 0 | 9 | 2 | 12 | 0 | 0 | 4 | 13 | 0 | 0 | 1 | 4 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 8 | 2 | 1 | 0 | 15 | 4 | 1 | 187 | 270 | Fusarium graminearum CS3005 | ||||||||||||
0 | 8 | 0 | 10 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 54 | 272 | Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 | ||||||||||||
2 | 12 | 1 | 4 | 6 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 0 | 2 | 3 | 3 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 4 | 2 | 5 | 0 | 2 | 0 | 2 | 0 | 8 | 1 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 7 | 4 | 6 | 1 | 12 | 6 | 11 | 1 | 7 | 4 | 10 | 0 | 1 | 0 | 3 | 11 | 0 | 5 | 2 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 10 | 3 | 7 | 201 | 273 | Flammulina velutipes KACC42780 | ||||||||||||
0 | 10 | 0 | 10 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 61 | 275 | Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) | ||||||||||||
0 | 10 | 2 | 4 | 12 | 0 | 2 | 5 | 11 | 0 | 1 | 5 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 3 | 10 | 0 | 0 | 2 | 4 | 0 | 0 | 0 | 14 | 0 | 3 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 0 | 1 | 8 | 2 | 15 | 1 | 0 | 5 | 16 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 7 | 1 | 0 | 0 | 14 | 2 | 0 | 197 | 285 | Fusarium verticillioides 7600 | ||||||||||||
0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 2 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 68 | 288 | Millerozyma farinosa CBS 7064 | ||||||||||||
0 | 10 | 1 | 3 | 13 | 0 | 2 | 5 | 13 | 0 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 13 | 0 | 3 | 2 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 0 | 0 | 9 | 2 | 16 | 0 | 0 | 4 | 19 | 0 | 0 | 1 | 4 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 8 | 2 | 1 | 0 | 14 | 4 | 1 | 209 | 305 | Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 | ||||||||||||
0 | 12 | 0 | 9 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 71 | 328 | Tetrapisispora blattae CBS 6284 | ||||||||||||
0 | 12 | 1 | 5 | 16 | 0 | 2 | 6 | 17 | 1 | 1 | 7 | 0 | 0 | 2 | 1 | 0 | 0 | 2 | 4 | 11 | 0 | 1 | 4 | 2 | 0 | 3 | 3 | 19 | 0 | 3 | 5 | 0 | 10 | 0 | 1 | 0 | 9 | 3 | 11 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 18 | 1 | 24 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 6 | 1 | 5 | 0 | 0 | 0 | 6 | 232 | 396 | Neurospora crassa OR74A | ||||||||||||
0 | 17 | 0 | 3 | 21 | 0 | 2 | 11 | 26 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 2 | 4 | 21 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 4 | 3 | 14 | 0 | 16 | 4 | 34 | 0 | 28 | 0 | 27 | 0 | 0 | 0 | 13 | 0 | 0 | 25 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 11 | 0 | 316 | 510 | Yarrowia lipolytica CLIB122 | ||||||||||||
total | 2 | 261 | 35 | 151 | 143 | 2 | 68 | 71 | 141 | 1 | 59 | 104 | 59 | 1 | 25 | 37 | 35 | 1 | 43 | 66 | 125 | 0 | 168 | 31 | 42 | 0 | 30 | 25 | 119 | 0 | 43 | 36 | 0 | 250 | 1 | 1 | 0 | 92 | 59 | 65 | 2 | 94 | 131 | 202 | 2 | 125 | 50 | 170 | 1 | 30 | 9 | 124 | 91 | 0 | 80 | 17 | 0 | 144 | 20 | 36 | 1 | 102 | 42 | 33 | ||||||||||||||
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | |||||||||||||||
zéros | 40 | 7 | 23 | 10 | 21 | 40 | 10 | 22 | 26 | 41 | 1 | 18 | 33 | 41 | 21 | 22 | 33 | 41 | 18 | 5 | 22 | 42 | 9 | 24 | 29 | 42 | 27 | 27 | 28 | 42 | 26 | 24 | 42 | 0 | 41 | 41 | 42 | 23 | 22 | 27 | 40 | 26 | 6 | 21 | 40 | 27 | 24 | 26 | 41 | 30 | 35 | 12 | 20 | 42 | 26 | 30 | 42 | 4 | 30 | 24 | 41 | 31 | 28 | 26 | ||||||||||||||
42−zér | 2 | 35 | 19 | 32 | 21 | 2 | 32 | 20 | 16 | 1 | 41 | 24 | 9 | 1 | 21 | 20 | 9 | 1 | 24 | 37 | 20 | 0 | 33 | 18 | 13 | 0 | 15 | 15 | 14 | 0 | 16 | 18 | 0 | 42 | 1 | 1 | 0 | 19 | 20 | 15 | 2 | 16 | 36 | 21 | 2 | 15 | 18 | 16 | 1 | 12 | 7 | 30 | 22 | 0 | 16 | 12 | 0 | 38 | 12 | 18 | 1 | 11 | 14 | 16 |
Champignons détail des tRNAs
modifier- Lien Tableur: Champignons détail des tRNAs
- Légende
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | DNA | KEGG | génome | moy | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 46 | ecu | Encephalitozoon cuniculi GB-M1 | 1.02 | |
0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 2 | 1 | 2 | 53 | ede* | Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 | 1.16 | |
0 | 3 | 1 | 3 | 1 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 3 | 0 | 3 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 1 | 0 | 2 | 2 | 3 | 0 | 3 | 2 | 3 | 0 | 1 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 3 | 1 | 0 | 4 | 2 | 0 | 80 | opa* | Ogataea parapolymorpha DL-1 | 1.78 | |
0 | 2 | 3 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 4 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 1 | 3 | 1 | 0 | 3 | 4 | 3 | 0 | 5 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 2 | 1 | 0 | 82 | cot | Candida orthopsilosis Co 90-125 | 1.82 | |
0 | 4 | 1 | 0 | 4 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 0 | 2 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 3 | 1 | 5 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 2 | 1 | 2 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 6 | 1 | 1 | 96 | sre* | Sporisorium reilianum SRZ2 | 2.11 | |
0 | 3 | 1 | 0 | 4 | 0 | 2 | 2 | 4 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 | 3 | 0 | 3 | 1 | 5 | 0 | 5 | 2 | 5 | 0 | 2 | 2 | 2 | 4 | 0 | 3 | 0 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 6 | 2 | 1 | 111 | uma | Ustilago maydis 521 | 2.40 | |
0 | 5 | 1 | 3 | 2 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 4 | 5 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 2 | 1 | 2 | 0 | 4 | 1 | 5 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 3 | 2 | 0 | 4 | 3 | 5 | 0 | 6 | 5 | 4 | 0 | 2 | 0 | 3 | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 4 | 1 | 0 | 5 | 3 | 1 | 123 | kpa* | Komagataella pastoris CBS 7435 | 2.73 | |
0 | 5 | 5 | 6 | 2 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 4 | 6 | 0 | 1 | 1 | 4 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 4 | 0 | 4 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 5 | 1 | 0 | 3 | 5 | 2 | 0 | 6 | 6 | 1 | 0 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 5 | 1 | 0 | 5 | 2 | 1 | 125 | cal | Candida albicans WO-1 | 2.78 | |
0 | 5 | 1 | 3 | 6 | 0 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 7 | 7 | 0 | 0 | 2 | 6 | 0 | 1 | 1 | 6 | 0 | 1 | 0 | 5 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 0 | 3 | 10 | 0 | 3 | 0 | 3 | 3 | 0 | 5 | 1 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 9 | 3 | 0 | 143 | cneg* | Cryptococcus neoformans var. grubii H99 | 3.18 | |
0 | 5 | 5 | 1 | 5 | 0 | 1 | 4 | 6 | 0 | 1 | 5 | 6 | 0 | 1 | 3 | 3 | 0 | 1 | 3 | 4 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 2 | 3 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 3 | 2 | 6 | 0 | 6 | 2 | 7 | 0 | 3 | 0 | 4 | 6 | 0 | 1 | 3 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 10 | 2 | 2 | 154 | ttt | Thielavia terrestris NRRL 8126 | 3.42 | |
0 | 4 | 0 | 2 | 5 | 0 | 1 | 4 | 7 | 0 | 1 | 8 | 7 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 4 | 0 | 3 | 2 | 7 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 5 | 2 | 4 | 0 | 5 | 0 | 9 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 3 | 6 | 0 | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 9 | 3 | 2 | 156 | vma* | Valsa mali 03-8 | 3.47 | |
0 | 6 | 3 | 5 | 1 | 0 | 3 | 0 | 7 | 0 | 2 | 4 | 7 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 6 | 0 | 7 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 1 | 1 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 4 | 2 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 8 | 5 | 3 | 0 | 4 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 6 | 1 | 0 | 9 | 1 | 2 | 158 | kna* | Kazachstania naganishii CBS 8797 | 3.51 | |
0 | 5 | 3 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 7 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 6 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 3 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 1 | 0 | 6 | 4 | 9 | 0 | 8 | 8 | 2 | 0 | 3 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 7 | 1 | 0 | 7 | 2 | 1 | 162 | kla | Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 | 3.58 | |
0 | 5 | 2 | 4 | 5 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 7 | 9 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 1 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 4 | 4 | 2 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 8 | 4 | 6 | 0 | 3 | 0 | 3 | 8 | 0 | 1 | 1 | 0 | 3 | 2 | 1 | 0 | 8 | 3 | 1 | 168 | spo | Schizosaccharomyces pombe 972h- | 3.73 | |
0 | 6 | 3 | 8 | 3 | 0 | 0 | 1 | 7 | 0 | 1 | 6 | 7 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 2 | 2 | 1 | 0 | 6 | 0 | 7 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 3 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 5 | 2 | 0 | 7 | 3 | 9 | 0 | 8 | 8 | 2 | 0 | 3 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 2 | 7 | 1 | 0 | 10 | 3 | 1 | 170 | pic | Scheffersomyces stipitis CBS 6054 | 3.78 | |
0 | 5 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 1 | 7 | 8 | 0 | 1 | 2 | 5 | 0 | 1 | 2 | 6 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 2 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 2 | 5 | 0 | 6 | 2 | 8 | 0 | 8 | 3 | 8 | 0 | 3 | 0 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 2 | 2 | 0 | 11 | 3 | 1 | 181 | ani | Aspergillus nidulans FGSC A4 | 4.02 | |
0 | 7 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 8 | 6 | 0 | 1 | 2 | 4 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 2 | 2 | 9 | 0 | 3 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 6 | 0 | 6 | 2 | 9 | 0 | 10 | 3 | 9 | 0 | 3 | 0 | 4 | 6 | 0 | 2 | 2 | 0 | 3 | 1 | 3 | 0 | 14 | 3 | 3 | 190 | mgr | Magnaporthe oryzae 70-15 | 4.22 | |
0 | 8 | 1 | 7 | 4 | 0 | 3 | 1 | 6 | 1 | 1 | 7 | 9 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 3 | 1 | 0 | 0 | 7 | 0 | 6 | 0 | 3 | 1 | 6 | 0 | 3 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 6 | 6 | 2 | 0 | 7 | 5 | 8 | 0 | 8 | 4 | 9 | 0 | 3 | 1 | 4 | 6 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 7 | 0 | 0 | 11 | 4 | 1 | 191 | cjd* | Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 | 4.20 | |
0 | 6 | 3 | 8 | 0 | 1 | 4 | 0 | 8 | 0 | 1 | 7 | 12 | 0 | 1 | 2 | 7 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 6 | 0 | 9 | 0 | 2 | 1 | 8 | 0 | 4 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 2 | 0 | 7 | 5 | 10 | 0 | 9 | 8 | 4 | 0 | 3 | 0 | 4 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 7 | 1 | 0 | 11 | 2 | 1 | 192 | tdl | Torulaspora delbrueckii CBS 1146 | 4.24 | |
0 | 5 | 0 | 0 | 6 | 1 | 0 | 3 | 10 | 0 | 2 | 10 | 9 | 0 | 1 | 3 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 12 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 2 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 11 | 3 | 5 | 0 | 6 | 1 | 9 | 0 | 9 | 3 | 10 | 0 | 3 | 1 | 0 | 10 | 0 | 2 | 2 | 0 | 4 | 0 | 2 | 0 | 11 | 4 | 1 | 192 | pch* | Penicillium chrysogenum P2niaD18 | 4.22 | |
0 | 5 | 1 | 2 | 7 | 0 | 1 | 4 | 8 | 0 | 1 | 8 | 7 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 3 | 3 | 6 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 5 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 10 | 2 | 8 | 0 | 3 | 1 | 4 | 7 | 0 | 1 | 2 | 0 | 5 | 1 | 2 | 0 | 11 | 4 | 2 | 192 | mth* | Myceliophthora thermophila ATCC 42464 | 4.24 | |
0 | 7 | 3 | 7 | 0 | 1 | 4 | 1 | 9 | 0 | 1 | 10 | 7 | 0 | 3 | 4 | 7 | 0 | 3 | 3 | 1 | 0 | 7 | 0 | 7 | 0 | 3 | 2 | 7 | 0 | 5 | 2 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 4 | 0 | 8 | 4 | 9 | 0 | 10 | 3 | 8 | 0 | 3 | 1 | 5 | 4 | 0 | 0 | 2 | 0 | 3 | 7 | 1 | 0 | 11 | 2 | 2 | 205 | sas* | Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri | 4.51 | |
0 | 9 | 9 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 10 | 0 | 2 | 8 | 10 | 0 | 2 | 1 | 8 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 9 | 0 | 2 | 1 | 9 | 0 | 3 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 7 | 1 | 0 | 9 | 6 | 9 | 0 | 12 | 11 | 1 | 0 | 4 | 0 | 4 | 3 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 8 | 1 | 0 | 13 | 2 | 1 | 206 | tpf | Tetrapisispora phaffii CBS 4417 | 4.56 | |
0 | 6 | 3 | 8 | 0 | 1 | 4 | 0 | 9 | 0 | 2 | 7 | 10 | 0 | 2 | 1 | 9 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 9 | 0 | 3 | 1 | 10 | 0 | 5 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 6 | 2 | 0 | 9 | 3 | 12 | 0 | 9 | 9 | 3 | 0 | 3 | 0 | 5 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 9 | 1 | 0 | 12 | 2 | 1 | 207 | cgr | Candida glabrata CBS 138 | 4.58 | |
0 | 7 | 2 | 5 | 6 | 0 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 8 | 8 | 0 | 2 | 2 | 7 | 0 | 3 | 2 | 4 | 0 | 7 | 1 | 6 | 0 | 3 | 0 | 8 | 0 | 5 | 2 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 4 | 6 | 2 | 0 | 6 | 3 | 10 | 0 | 9 | 6 | 9 | 0 | 5 | 0 | 6 | 6 | 0 | 4 | 2 | 0 | 5 | 5 | 1 | 1 | 8 | 2 | 7 | 212 | bfu | Botrytis cinerea B05.10 | 4.69 | |
0 | 8 | 9 | 4 | 2 | 0 | 0 | 1 | 9 | 1 | 2 | 10 | 10 | 0 | 1 | 1 | 6 | 0 | 4 | 1 | 1 | 0 | 7 | 0 | 8 | 0 | 2 | 1 | 7 | 0 | 5 | 1 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 7 | 1 | 0 | 9 | 8 | 10 | 0 | 10 | 9 | 1 | 0 | 4 | 1 | 4 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 10 | 1 | 0 | 11 | 5 | 1 | 214 | dha | Debaryomyces hansenii CBS767 | 4.71 | |
0 | 7 | 1 | 1 | 8 | 0 | 1 | 4 | 9 | 0 | 0 | 9 | 11 | 0 | 1 | 2 | 6 | 1 | 2 | 4 | 8 | 0 | 3 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 4 | 1 | 6 | 0 | 0 | 0 | 6 | 2 | 5 | 0 | 6 | 2 | 12 | 0 | 10 | 2 | 12 | 0 | 5 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 0 | 5 | 3 | 2 | 0 | 13 | 3 | 3 | 225 | vda | Verticillium dahliae VdLs.17 | 4.93 | |
0 | 7 | 2 | 8 | 0 | 2 | 3 | 3 | 10 | 0 | 1 | 8 | 11 | 0 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 2 | 2 | 0 | 8 | 0 | 9 | 0 | 2 | 1 | 10 | 0 | 3 | 2 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 5 | 5 | 0 | 7 | 4 | 14 | 0 | 10 | 6 | 11 | 0 | 4 | 0 | 5 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 3 | 9 | 1 | 0 | 15 | 3 | 2 | 229 | lth | Lachancea thermotolerans CBS 6340 | 5.04 | |
0 | 7 | 2 | 0 | 0 | 0 | 1 | 4 | 10 | 0 | 2 | 6 | 10 | 1 | 2 | 3 | 7 | 0 | 1 | 3 | 9 | 0 | 2 | 0 | 10 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 4 | 1 | 13 | 0 | 0 | 0 | 8 | 4 | 7 | 0 | 8 | 3 | 11 | 0 | 13 | 6 | 11 | 1 | 4 | 0 | 4 | 12 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 2 | 2 | 0 | 15 | 4 | 1 | 242 | aor | Aspergillus oryzae RIB40 | 5.31 | |
0 | 8 | 3 | 11 | 0 | 1 | 3 | 0 | 12 | 0 | 1 | 10 | 14 | 0 | 1 | 3 | 11 | 0 | 2 | 1 | 1 | 1 | 10 | 0 | 12 | 0 | 2 | 1 | 13 | 0 | 4 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 6 | 10 | 1 | 0 | 9 | 5 | 14 | 0 | 13 | 13 | 3 | 0 | 5 | 0 | 5 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 12 | 1 | 0 | 15 | 2 | 2 | 258 | lkl* | Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 | 5.69 | |
0 | 9 | 14 | 2 | 2 | 0 | 2 | 0 | 13 | 0 | 2 | 9 | 13 | 0 | 2 | 1 | 11 | 0 | 4 | 1 | 1 | 0 | 10 | 0 | 11 | 0 | 3 | 1 | 12 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 6 | 9 | 1 | 0 | 10 | 8 | 12 | 0 | 13 | 15 | 2 | 0 | 5 | 0 | 6 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 11 | 1 | 0 | 17 | 3 | 1 | 266 | kaf | Kazachstania africana CBS 2517 | 5.91 | |
0 | 10 | 7 | 9 | 2 | 0 | 3 | 0 | 12 | 0 | 2 | 9 | 13 | 0 | 2 | 2 | 12 | 0 | 4 | 1 | 1 | 0 | 10 | 0 | 11 | 0 | 3 | 2 | 12 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 8 | 9 | 1 | 0 | 10 | 8 | 14 | 0 | 14 | 13 | 1 | 0 | 4 | 0 | 7 | 5 | 0 | 0 | 2 | 0 | 4 | 10 | 1 | 0 | 13 | 3 | 2 | 270 | ncs | Naumovozyma castellii CBS 4309 | 6.00 | |
0 | 9 | 1 | 3 | 6 | 0 | 2 | 5 | 11 | 0 | 2 | 5 | 16 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 4 | 3 | 13 | 0 | 3 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 9 | 2 | 12 | 0 | 10 | 4 | 13 | 0 | 5 | 1 | 4 | 10 | 0 | 9 | 1 | 0 | 8 | 2 | 2 | 0 | 15 | 5 | 1 | 270 | fgr | Fusarium graminearum CS3005 | 5.98 | |
0 | 8 | 4 | 10 | 0 | 1 | 5 | 0 | 11 | 1 | 1 | 9 | 12 | 0 | 2 | 4 | 12 | 0 | 3 | 2 | 3 | 0 | 10 | 0 | 10 | 0 | 2 | 2 | 12 | 0 | 9 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 6 | 10 | 3 | 0 | 9 | 7 | 14 | 0 | 14 | 10 | 4 | 0 | 4 | 0 | 6 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 5 | 8 | 2 | 0 | 17 | 5 | 2 | 272 | zro | Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 | 6.00 | |
2 | 15 | 1 | 4 | 6 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 2 | 14 | 7 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 | 2 | 3 | 4 | 0 | 4 | 2 | 7 | 0 | 3 | 4 | 13 | 0 | 9 | 5 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 3 | 4 | 6 | 1 | 12 | 6 | 11 | 1 | 2 | 6 | 11 | 0 | 4 | 0 | 4 | 13 | 0 | 8 | 2 | 0 | 4 | 2 | 6 | 0 | 11 | 8 | 8 | 273 | fve* | Flammulina velutipes KACC42780 | 5.98 | |
0 | 10 | 7 | 10 | 0 | 1 | 3 | 0 | 13 | 0 | 2 | 10 | 14 | 0 | 2 | 2 | 11 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 10 | 0 | 11 | 0 | 4 | 1 | 11 | 0 | 5 | 0 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 7 | 9 | 1 | 0 | 10 | 7 | 14 | 0 | 16 | 14 | 2 | 0 | 4 | 0 | 6 | 6 | 0 | 0 | 1 | 0 | 4 | 11 | 1 | 0 | 16 | 3 | 2 | 275 | sce | Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) | 6.09 | |
0 | 10 | 2 | 4 | 12 | 0 | 2 | 5 | 11 | 0 | 1 | 8 | 13 | 0 | 2 | 3 | 10 | 0 | 2 | 3 | 10 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 4 | 2 | 14 | 0 | 3 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 2 | 15 | 0 | 14 | 5 | 16 | 0 | 5 | 0 | 5 | 10 | 0 | 7 | 1 | 0 | 7 | 2 | 2 | 0 | 14 | 5 | 1 | 285 | fvr | Fusarium verticillioides 7600 | 6.33 | |
0 | 10 | 4 | 14 | 4 | 0 | 0 | 2 | 12 | 0 | 4 | 10 | 12 | 0 | 2 | 4 | 10 | 0 | 4 | 2 | 2 | 0 | 8 | 0 | 10 | 0 | 4 | 2 | 12 | 0 | 8 | 2 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 8 | 8 | 4 | 0 | 12 | 6 | 10 | 0 | 14 | 8 | 8 | 0 | 4 | 0 | 6 | 4 | 0 | 0 | 2 | 0 | 6 | 10 | 2 | 0 | 16 | 6 | 2 | 288 | mfa* | Millerozyma farinosa CBS 7064 | 6.40 | |
0 | 11 | 2 | 3 | 13 | 0 | 2 | 5 | 13 | 0 | 2 | 6 | 19 | 0 | 2 | 3 | 11 | 0 | 2 | 2 | 10 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 4 | 3 | 14 | 0 | 4 | 2 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 9 | 3 | 16 | 0 | 14 | 5 | 19 | 0 | 5 | 1 | 4 | 10 | 0 | 9 | 1 | 0 | 8 | 2 | 2 | 0 | 14 | 6 | 1 | 305 | fgr | Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 | 6.76 | |
0 | 12 | 12 | 9 | 0 | 1 | 2 | 0 | 17 | 0 | 2 | 11 | 18 | 0 | 2 | 1 | 16 | 0 | 4 | 2 | 1 | 0 | 13 | 0 | 15 | 0 | 3 | 1 | 19 | 0 | 5 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 10 | 1 | 0 | 11 | 9 | 15 | 0 | 19 | 16 | 1 | 0 | 5 | 0 | 7 | 4 | 0 | 0 | 1 | 0 | 6 | 13 | 1 | 0 | 23 | 3 | 1 | 328 | tbl | Tetrapisispora blattae CBS 6284 | 7.27 | |
0 | 12 | 1 | 5 | 17 | 0 | 2 | 6 | 17 | 1 | 1 | 17 | 19 | 0 | 2 | 4 | 14 | 0 | 3 | 4 | 11 | 0 | 4 | 4 | 12 | 0 | 3 | 3 | 19 | 0 | 3 | 5 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 9 | 3 | 11 | 0 | 12 | 2 | 24 | 0 | 18 | 5 | 24 | 0 | 7 | 0 | 7 | 21 | 0 | 2 | 3 | 0 | 6 | 5 | 5 | 0 | 26 | 4 | 3 | 396 | ncr | Neurospora crassa OR74A | 8.78 | |
0 | 17 | 1 | 3 | 21 | 0 | 2 | 13 | 26 | 0 | 1 | 18 | 24 | 0 | 2 | 8 | 21 | 0 | 2 | 4 | 21 | 0 | 3 | 2 | 22 | 0 | 3 | 2 | 30 | 0 | 4 | 2 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 12 | 3 | 15 | 0 | 16 | 4 | 34 | 0 | 28 | 6 | 27 | 0 | 8 | 0 | 13 | 1 | 0 | 25 | 0 | 0 | 6 | 4 | 1 | 0 | 30 | 11 | 0 | 510 | yli | Yarrowia lipolytica CLIB122 | 11.33 | |
tRNAs | 2 | 295 | 128 | 188 | 170 | 13 | 72 | 89 | 377 | 4 | 57 | 319 | 401 | 1 | 63 | 93 | 310 | 1 | 90 | 79 | 153 | 2 | 202 | 35 | 332 | 0 | 98 | 66 | 389 | 0 | 140 | 60 | 2 | 249 | 0 | 0 | 0 | 216 | 196 | 148 | 1 | 295 | 155 | 425 | 1 | 401 | 249 | 295 | 1 | 149 | 11 | 173 | 238 | 0 | 93 | 55 | 0 | 154 | 205 | 66 | 1 | 487 | 137 | 69 | ||||
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | |||||
zéros | 41 | 0 | 2 | 4 | 11 | 30 | 7 | 11 | 0 | 38 | 1 | 0 | 0 | 41 | 2 | 1 | 0 | 41 | 0 | 0 | 5 | 40 | 1 | 22 | 0 | 42 | 0 | 1 | 0 | 42 | 0 | 16 | 40 | 0 | 42 | 42 | 42 | 0 | 0 | 0 | 41 | 0 | 1 | 1 | 41 | 1 | 0 | 0 | 41 | 0 | 32 | 2 | 0 | 42 | 20 | 4 | 42 | 1 | 2 | 1 | 41 | 0 | 0 | 4 | ||||
indice | 0.05 | 7.02 | 3.05 | 4.48 | 4.05 | 0.31 | 1.71 | 2.12 | 8.98 | 0.10 | 1.36 | 7.60 | 9.55 | 0.02 | 1.50 | 2.21 | 7.38 | 0.02 | 2.14 | 1.88 | 3.64 | 0.05 | 4.81 | 0.83 | 7.90 | 0 | 2.33 | 1.57 | 9.26 | 0 | 3.33 | 1.43 | 0.05 | 5.93 | 0 | 5.14 | 4.67 | 3.52 | 0.02 | 7.02 | 3.69 | 10.12 | 0.02 | 9.55 | 5.93 | 7.02 | 0.02 | 3.55 | 0.26 | 4.12 | 5.67 | 0 | 2.21 | 1.31 | 0 | 3.67 | 4.88 | 1.57 | 0.02 | 11.60 | 3.26 | 1.64 |
Non champignons détail des introns
modifier- Lien Tableur: Non champignons détail des introns
- Légende
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | total | DNA | KEGG | Génome | |||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 35 | pfa | Plasmodium falciparum | |||
0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 3 | 82 | lma | Leishmania major | |||
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0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 14 | 203 | gfr | Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) | |||
0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 11 | 211 | acs | Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) | |||
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0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 15 | 256 | dsi | Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) | |||
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0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 27 | 506 | ocu | Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) | |||
0 | 0 | 0 | 5 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 15 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 40 | 517 | ppy* | Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) | |||
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0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 22 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 37 | 1198 | zma | Zea mays (Version 5b.60) | |||
0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 11 | 0 | 1 | 0 | 0 | 3 | 3 | 0 | 1 | 3 | 45 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 3 | 0 | 0 | 0 | 5 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 96 | 1463 | aml | Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) | |||
2 | 0 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 16 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 50 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 105 | 1492 | gmo* | Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) | |||
0 | 0 | 6 | 17 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 19 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 3 | 0 | 60 | 2002 | lav | Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) | |||
0 | 0 | 0 | 8 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 1 | 3 | 0 | 41 | 2017 | tma* | Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) | |||
0 | 0 | 0 | 22 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 86 | 2 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 133 | 2485 | pma* | Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) | |||
0 | 0 | 3 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 58 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 62 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 146 | 2489 | gac* | Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) | |||
0 | 0 | 1 | 19 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 43 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 105 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 103 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 275 | 2639 | xtr | Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) | |||
0 | 0 | 3 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 1 | 7 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 10 | 3 | 4 | 0 | 2 | 75 | 7 | 1 | 2 | 4 | 214 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 2 | 2 | 0 | 0 | 102 | 2 | 0 | 0 | 5 | 9 | 1 | 0 | 2 | 1 | 487 | 3729 | fca | Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) | |||
0 | 0 | 0 | 6 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 2 | 1 | 3 | 5 | 57 | 4040 | bta | Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) | |||
0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 7 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 47 | 5845 | ttr* | Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) | |||
0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 12 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 | 3 | 2 | 50 | 7080 | bacu | Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) | |||
0 | 0 | 0 | 9 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 12 | 3 | 13 | 8 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 34 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 35 | 0 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 22 | 0 | 0 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 177 | 13727 | cmk | Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) | |||
total | 11 | 2 | 18 | 400 | 45 | 1 | 2 | 7 | 5 | 14 | 454 | 149 | 3 | 0 | 5 | 6 | 2 | 23 | 13 | 2 | 18 | 5 | 50 | 11 | 10 | 0 | 5 | 7 | 4 | 1 | 2 | 4 | 24 | 1239 | 8 | 13 | 6 | 11 | 148 | 17 | 4 | 8 | 54 | 321 | 4 | 18 | 28 | 13 | 2 | 14 | 3 | 5 | 0 | 3 | 131 | 4 | 2 | 9 | 469 | 14 | 4 | 7 | 21 | 15 | ||||||
ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | |||||||
−zéros | 5 | 2 | 8 | 65 | 10 | 1 | 2 | 7 | 3 | 5 | 69 | 11 | 2 | 0 | 5 | 6 | 2 | 4 | 9 | 1 | 6 | 3 | 7 | 4 | 7 | 0 | 3 | 6 | 4 | 1 | 2 | 4 | 17 | 79 | 3 | 10 | 3 | 9 | 8 | 8 | 4 | 5 | 8 | 7 | 3 | 2 | 8 | 6 | 2 | 10 | 2 | 4 | 0 | 3 | 7 | 2 | 2 | 6 | 58 | 5 | 3 | 4 | 9 | 7 |
Non champignons détail des tRNAs
modifier- Lien Tableur: Non champignons détail des tRNAs
- Légende
DNA | KEGG | Génome | moy | ttt | ttc | tta | ttg | ctt | ctc | cta | ctg | att | atc | ata | atg | gtt | gtc | gta | gtg | tct | tcc | tca | tcg | cct | ccc | cca | ccg | act | acc | aca | acg | gct | gcc | gca | gcg | tat | tac | taa | tag | cat | cac | caa | cag | aat | aac | aaa | aag | gat | gac | gaa | gag | tgt | tgc | tga | tgg | cgt | cgc | cga | cgg | agt | agc | aga | agg | ggt | ggc | gga | ggg | |||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
35 | pfa | Plasmodium falciparum | 0.78 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | |||
82 | lma | Leishmania major | 1.82 | 0 | 2 | 1 | 1 | 3 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 4 | 2 | 0 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | 0 | 1 | 2 | 3 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 3 | 0 | 0 | 0 | 2 | 1 | 3 | 0 | 3 | 1 | 3 | 0 | 3 | 1 | 2 | 0 | 1 | 0 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 1 | 1 | |||
155 | mgp | Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) | 3.42 | 0 | 6 | 1 | 2 | 1 | 0 | 1 | 4 | 3 | 0 | 1 | 11 | 3 | 1 | 2 | 3 | 5 | 0 | 3 | 1 | 7 | 0 | 2 | 1 | 4 | 0 | 2 | 0 | 7 | 0 | 6 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 3 | 1 | 1 | 0 | 4 | 4 | 3 | 0 | 3 | 5 | 6 | 0 | 5 | 0 | 5 | 2 | 0 | 1 | 2 | 0 | 6 | 3 | 3 | 0 | 5 | 4 | 3 | |||
191 | mun* | Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) | 4.18 | 0 | 6 | 4 | 3 | 3 | 0 | 0 | 6 | 5 | 0 | 1 | 9 | 3 | 1 | 1 | 4 | 4 | 1 | 3 | 1 | 2 | 0 | 3 | 2 | 5 | 0 | 2 | 0 | 9 | 0 | 5 | 2 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 4 | 0 | 9 | 3 | 13 | 0 | 9 | 3 | 1 | 0 | 5 | 1 | 4 | 3 | 0 | 1 | 1 | 0 | 8 | 4 | 4 | 0 | 10 | 9 | 1 | |||
203 | gfr | Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) | 4.44 | 0 | 6 | 11 | 2 | 4 | 0 | 7 | 0 | 6 | 1 | 2 | 6 | 2 | 1 | 1 | 3 | 2 | 0 | 3 | 1 | 4 | 0 | 5 | 1 | 5 | 0 | 4 | 1 | 16 | 0 | 5 | 2 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 4 | 2 | 3 | 1 | 6 | 4 | 7 | 0 | 5 | 4 | 6 | 0 | 10 | 0 | 3 | 6 | 0 | 2 | 0 | 0 | 6 | 3 | 2 | 0 | 8 | 4 | 4 | |||
211 | acs | Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) | 4.64 | 0 | 5 | 2 | 2 | 4 | 0 | 3 | 4 | 6 | 0 | 1 | 12 | 5 | 0 | 2 | 3 | 5 | 0 | 1 | 2 | 3 | 1 | 3 | 2 | 4 | 0 | 3 | 1 | 12 | 0 | 6 | 3 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 5 | 3 | 5 | 0 | 10 | 5 | 6 | 0 | 8 | 7 | 5 | 0 | 12 | 1 | 7 | 4 | 0 | 3 | 1 | 0 | 5 | 3 | 3 | 0 | 7 | 8 | 2 | |||
230 | tgu | Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) | 4.87 | 0 | 10 | 4 | 4 | 1 | 0 | 1 | 7 | 21 | 2 | 1 | 5 | 3 | 2 | 1 | 1 | 3 | 0 | 2 | 1 | 6 | 0 | 1 | 2 | 8 | 1 | 4 | 2 | 18 | 0 | 7 | 3 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 5 | 1 | 6 | 2 | 8 | 4 | 5 | 0 | 7 | 2 | 3 | 1 | 9 | 1 | 3 | 6 | 0 | 2 | 0 | 1 | 5 | 3 | 2 | 1 | 8 | 7 | 4 | |||
252 | mlu* | Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) | 5.49 | 0 | 5 | 2 | 3 | 3 | 0 | 5 | 2 | 10 | 0 | 3 | 14 | 5 | 0 | 3 | 5 | 6 | 0 | 2 | 2 | 6 | 0 | 3 | 3 | 5 | 0 | 5 | 3 | 8 | 0 | 1 | 3 | 0 | 5 | 0 | 0 | 5 | 7 | 3 | 7 | 0 | 9 | 3 | 11 | 0 | 8 | 5 | 6 | 0 | 27 | 0 | 4 | 6 | 0 | 5 | 2 | 0 | 5 | 5 | 5 | 0 | 8 | 6 | 3 | |||
256 | dsi | Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) | 5.67 | 0 | 8 | 3 | 4 | 5 | 0 | 2 | 9 | 8 | 0 | 0 | 12 | 7 | 0 | 2 | 6 | 8 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 5 | 4 | 9 | 0 | 5 | 0 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 8 | 0 | 6 | 4 | 11 | 0 | 6 | 5 | 10 | 0 | 7 | 1 | 9 | 9 | 0 | 5 | 0 | 0 | 3 | 3 | 3 | 0 | 15 | 5 | 0 | |||
258 | mmr* | Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) | 5.71 | 0 | 8 | 3 | 3 | 5 | 0 | 2 | 7 | 4 | 0 | 3 | 14 | 4 | 0 | 2 | 5 | 7 | 0 | 2 | 3 | 7 | 0 | 4 | 3 | 3 | 0 | 3 | 2 | 11 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 12 | 0 | 9 | 5 | 6 | 0 | 5 | 9 | 8 | 1 | 20 | 0 | 6 | 6 | 0 | 3 | 2 | 0 | 7 | 5 | 3 | 0 | 11 | 7 | 2 | |||
283 | gga | Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) | 6.24 | 0 | 10 | 3 | 3 | 3 | 0 | 2 | 7 | 7 | 0 | 2 | 14 | 7 | 1 | 3 | 7 | 9 | 0 | 4 | 2 | 7 | 0 | 4 | 3 | 4 | 0 | 4 | 2 | 24 | 0 | 7 | 4 | 0 | 16 | 0 | 0 | 0 | 6 | 2 | 5 | 0 | 11 | 6 | 6 | 0 | 10 | 9 | 7 | 0 | 11 | 1 | 6 | 8 | 0 | 2 | 2 | 0 | 7 | 4 | 3 | 0 | 7 | 7 | 4 | |||
289 | dme | Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) | 6.40 | 0 | 8 | 4 | 4 | 4 | 0 | 2 | 8 | 9 | 0 | 2 | 12 | 6 | 0 | 2 | 7 | 8 | 0 | 2 | 4 | 7 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 6 | 3 | 12 | 0 | 2 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 10 | 6 | 13 | 0 | 14 | 6 | 13 | 0 | 7 | 1 | 8 | 10 | 0 | 10 | 0 | 0 | 6 | 3 | 3 | 0 | 14 | 6 | 0 | |||
326 | oga* | Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) | 6.96 | 1 | 6 | 3 | 5 | 4 | 0 | 3 | 9 | 10 | 9 | 11 | 13 | 6 | 0 | 3 | 5 | 6 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 | 4 | 3 | 9 | 0 | 6 | 3 | 13 | 0 | 7 | 3 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 8 | 5 | 9 | 0 | 12 | 11 | 9 | 0 | 13 | 5 | 8 | 0 | 21 | 1 | 6 | 6 | 0 | 4 | 3 | 2 | 7 | 4 | 5 | 0 | 12 | 9 | 3 | |||
326 | dya | Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) | 7.22 | 0 | 9 | 5 | 4 | 5 | 0 | 2 | 8 | 10 | 0 | 2 | 15 | 7 | 0 | 2 | 10 | 9 | 0 | 2 | 5 | 6 | 0 | 8 | 5 | 8 | 0 | 6 | 5 | 18 | 0 | 2 | 5 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 11 | 6 | 16 | 0 | 15 | 7 | 14 | 0 | 8 | 1 | 8 | 12 | 0 | 7 | 0 | 0 | 6 | 3 | 4 | 0 | 16 | 7 | 1 | |||
334 | sbq | Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) | 7.27 | 0 | 9 | 8 | 5 | 6 | 0 | 4 | 5 | 10 | 1 | 6 | 14 | 6 | 1 | 4 | 7 | 9 | 1 | 3 | 3 | 9 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 6 | 5 | 15 | 0 | 8 | 5 | 1 | 8 | 0 | 0 | 0 | 8 | 6 | 10 | 0 | 11 | 12 | 9 | 0 | 9 | 10 | 5 | 0 | 19 | 3 | 6 | 6 | 0 | 4 | 3 | 0 | 7 | 5 | 5 | 0 | 10 | 6 | 4 | |||
338 | opr* | Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) | 7.49 | 0 | 10 | 3 | 4 | 5 | 0 | 5 | 11 | 8 | 0 | 4 | 15 | 7 | 0 | 4 | 7 | 7 | 0 | 3 | 4 | 8 | 0 | 4 | 4 | 7 | 0 | 6 | 7 | 15 | 0 | 7 | 4 | 0 | 10 | 0 | 0 | 0 | 5 | 5 | 12 | 0 | 14 | 9 | 11 | 0 | 14 | 7 | 11 | 0 | 10 | 1 | 6 | 7 | 0 | 6 | 4 | 0 | 7 | 5 | 6 | 0 | 17 | 7 | 5 | |||
353 | meu* | Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) | 7.62 | 1 | 10 | 3 | 8 | 5 | 0 | 4 | 6 | 6 | 0 | 6 | 14 | 8 | 0 | 1 | 7 | 8 | 0 | 4 | 2 | 7 | 0 | 4 | 2 | 8 | 0 | 6 | 3 | 13 | 0 | 6 | 5 | 1 | 8 | 0 | 0 | 1 | 7 | 4 | 7 | 0 | 14 | 10 | 11 | 0 | 13 | 12 | 7 | 0 | 29 | 7 | 8 | 7 | 0 | 3 | 5 | 0 | 10 | 7 | 4 | 0 | 16 | 10 | 5 | |||
367 | hgl | Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) | 7.62 | 0 | 6 | 4 | 5 | 5 | 0 | 5 | 5 | 8 | 0 | 3 | 14 | 12 | 1 | 4 | 6 | 7 | 0 | 3 | 3 | 13 | 0 | 5 | 3 | 15 | 2 | 4 | 4 | 46 | 6 | 5 | 6 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 7 | 3 | 6 | 0 | 9 | 8 | 15 | 2 | 10 | 6 | 4 | 0 | 23 | 7 | 6 | 5 | 0 | 4 | 4 | 2 | 7 | 6 | 5 | 4 | 10 | 4 | 3 | |||
373 | lcm | Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) | 7.96 | 0 | 7 | 11 | 4 | 4 | 0 | 5 | 8 | 7 | 0 | 7 | 11 | 3 | 0 | 7 | 4 | 3 | 0 | 6 | 3 | 12 | 0 | 10 | 4 | 11 | 0 | 9 | 2 | 5 | 0 | 20 | 3 | 2 | 8 | 0 | 0 | 0 | 5 | 10 | 9 | 3 | 9 | 20 | 13 | 1 | 19 | 11 | 8 | 5 | 17 | 4 | 15 | 4 | 0 | 1 | 4 | 0 | 8 | 9 | 8 | 0 | 7 | 5 | 2 | |||
374 | san* | Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) | 8.24 | 0 | 10 | 4 | 4 | 6 | 1 | 2 | 13 | 15 | 0 | 5 | 15 | 7 | 0 | 5 | 7 | 8 | 0 | 3 | 4 | 8 | 0 | 6 | 2 | 8 | 0 | 5 | 5 | 10 | 0 | 8 | 3 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 12 | 8 | 13 | 0 | 19 | 10 | 14 | 0 | 25 | 2 | 6 | 9 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 6 | 6 | 0 | 22 | 12 | 2 | |||
383 | cpo* | Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) | 8.36 | 0 | 8 | 4 | 6 | 5 | 0 | 3 | 6 | 10 | 0 | 5 | 15 | 6 | 1 | 3 | 6 | 8 | 0 | 3 | 4 | 8 | 0 | 4 | 3 | 10 | 0 | 4 | 3 | 28 | 4 | 9 | 5 | 0 | 15 | 0 | 0 | 0 | 8 | 4 | 8 | 0 | 18 | 11 | 26 | 1 | 10 | 6 | 5 | 0 | 34 | 1 | 8 | 7 | 0 | 4 | 3 | 0 | 10 | 5 | 5 | 0 | 11 | 6 | 6 | |||
407 | rno | Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) | 8.89 | 1 | 8 | 3 | 0 | 1 | 0 | 1 | 5 | 12 | 0 | 3 | 13 | 8 | 0 | 3 | 7 | 11 | 0 | 4 | 3 | 33 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 5 | 4 | 36 | 2 | 9 | 4 | 0 | 2 | 0 | 0 | 0 | 10 | 6 | 10 | 0 | 15 | 1 | 19 | 2 | 15 | 10 | 8 | 0 | 40 | 1 | 8 | 6 | 0 | 3 | 5 | 1 | 12 | 6 | 8 | 0 | 11 | 9 | 5 | |||
408 | cjc | Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) | 8.80 | 0 | 8 | 9 | 6 | 7 | 0 | 3 | 11 | 9 | 2 | 5 | 19 | 6 | 1 | 4 | 10 | 9 | 0 | 5 | 4 | 7 | 0 | 6 | 4 | 9 | 1 | 6 | 4 | 15 | 1 | 5 | 4 | 0 | 19 | 0 | 0 | 1 | 8 | 4 | 12 | 0 | 23 | 14 | 11 | 1 | 13 | 11 | 12 | 0 | 30 | 2 | 6 | 6 | 3 | 4 | 3 | 0 | 8 | 5 | 5 | 0 | 14 | 9 | 4 | |||
411 | pha* | Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) | 8.93 | 0 | 12 | 7 | 7 | 9 | 0 | 3 | 6 | 12 | 2 | 4 | 15 | 9 | 1 | 7 | 12 | 9 | 0 | 5 | 3 | 7 | 0 | 6 | 4 | 10 | 0 | 7 | 6 | 19 | 1 | 9 | 5 | 0 | 15 | 0 | 0 | 0 | 10 | 6 | 11 | 1 | 18 | 12 | 12 | 1 | 10 | 13 | 4 | 2 | 28 | 1 | 8 | 7 | 0 | 6 | 4 | 0 | 9 | 6 | 5 | 0 | 13 | 4 | 8 | |||
414 | aga | Anopheles gambiae | 9.20 | 0 | 9 | 2 | 3 | 5 | 0 | 3 | 10 | 12 | 0 | 2 | 18 | 31 | 0 | 3 | 29 | 6 | 0 | 2 | 8 | 7 | 0 | 8 | 13 | 8 | 0 | 2 | 5 | 17 | 0 | 3 | 6 | 0 | 22 | 0 | 0 | 0 | 21 | 4 | 11 | 0 | 11 | 8 | 17 | 0 | 20 | 11 | 15 | 0 | 5 | 0 | 6 | 10 | 0 | 8 | 0 | 0 | 6 | 2 | 2 | 0 | 15 | 8 | 0 | |||
418 | ppp | Physcomitrella patens | 9.18 | 1 | 14 | 2 | 6 | 6 | 1 | 5 | 5 | 12 | 0 | 4 | 24 | 13 | 0 | 2 | 11 | 13 | 0 | 5 | 7 | 13 | 0 | 8 | 4 | 10 | 0 | 5 | 6 | 19 | 0 | 9 | 8 | 0 | 8 | 0 | 0 | 0 | 9 | 9 | 10 | 1 | 14 | 8 | 16 | 0 | 11 | 7 | 14 | 0 | 7 | 1 | 9 | 8 | 1 | 7 | 5 | 0 | 9 | 6 | 10 | 0 | 15 | 9 | 11 | |||
421 | nle | Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) | 9.04 | 1 | 11 | 7 | 5 | 8 | 0 | 3 | 9 | 12 | 3 | 5 | 16 | 11 | 1 | 6 | 10 | 9 | 1 | 4 | 4 | 9 | 1 | 5 | 4 | 11 | 0 | 4 | 5 | 18 | 1 | 9 | 5 | 0 | 14 | 0 | 0 | 0 | 11 | 9 | 13 | 2 | 14 | 22 | 15 | 0 | 10 | 10 | 8 | 1 | 22 | 3 | 8 | 7 | 0 | 7 | 3 | 0 | 8 | 6 | 5 | 0 | 12 | 6 | 7 | |||
435 | ggo | Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) | 9.42 | 0 | 12 | 8 | 7 | 8 | 0 | 4 | 5 | 11 | 2 | 6 | 17 | 9 | 1 | 8 | 10 | 10 | 1 | 4 | 5 | 8 | 0 | 7 | 4 | 9 | 0 | 6 | 6 | 22 | 2 | 6 | 4 | 1 | 16 | 0 | 0 | 0 | 7 | 7 | 14 | 1 | 24 | 13 | 14 | 0 | 15 | 14 | 7 | 0 | 28 | 3 | 8 | 7 | 0 | 6 | 5 | 0 | 8 | 5 | 6 | 0 | 12 | 3 | 9 | |||
446 | shr | Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) | 9.87 | 0 | 13 | 6 | 3 | 9 | 0 | 4 | 9 | 11 | 0 | 4 | 22 | 8 | 0 | 4 | 10 | 10 | 0 | 5 | 3 | 10 | 0 | 6 | 3 | 9 | 0 | 7 | 2 | 18 | 0 | 7 | 4 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 9 | 45 | 10 | 0 | 13 | 14 | 32 | 0 | 19 | 15 | 10 | 0 | 8 | 2 | 8 | 4 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 5 | 4 | 0 | 19 | 9 | 6 | |||
455 | tsy* | Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) | 9.25 | 0 | 6 | # | 4 | 6 | 0 | 5 | 7 | 8 | 0 | 4 | 12 | 6 | 0 | 4 | 6 | 7 | 0 | 5 | 3 | 7 | 1 | 32 | 4 | 9 | 0 | 4 | 4 | 12 | 0 | 4 | 3 | 0 | 10 | 0 | 0 | 1 | 10 | 64 | 6 | 1 | 15 | 10 | 7 | 1 | 13 | 9 | 10 | 1 | 25 | 1 | 6 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 9 | 6 | 4 | 0 | 14 | 6 | 7 | |||
458 | mcc | Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) | 9.80 | 0 | 9 | 15 | 8 | 9 | 0 | 5 | 6 | 10 | 5 | 7 | 18 | 10 | 3 | 6 | 11 | 9 | 2 | 6 | 4 | 8 | 0 | 8 | 3 | 9 | 0 | 5 | 4 | 21 | 1 | 10 | 5 | 1 | 23 | 0 | 0 | 0 | 14 | 10 | 12 | 2 | 19 | 16 | 13 | 1 | 14 | 11 | 6 | 0 | 27 | 2 | 8 | 6 | 0 | 5 | 4 | 0 | 8 | 6 | 7 | 0 | 14 | 4 | 8 | |||
469 | mmu | Mus musculus (mm10 Dec 2011) | 10.13 | 0 | 7 | 7 | 4 | 5 | 0 | 4 | 10 | 12 | 1 | 5 | 19 | 8 | 1 | 3 | 12 | 10 | 1 | 3 | 3 | 8 | 1 | 8 | 3 | 11 | 0 | 4 | 4 | 23 | 4 | 11 | 10 | 0 | 11 | 0 | 0 | 1 | 10 | 7 | 12 | 0 | 13 | 14 | 26 | 0 | 16 | 8 | 14 | 1 | 60 | 1 | 8 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 8 | 6 | 5 | 2 | 15 | 8 | 7 | |||
476 | pan* | Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) | 10.20 | 1 | 13 | 8 | 8 | 8 | 0 | 3 | 11 | 14 | 2 | 6 | 19 | 9 | 1 | 7 | 12 | 9 | 1 | 5 | 3 | 8 | 0 | 6 | 4 | 10 | 0 | 7 | 6 | 20 | 1 | 9 | 5 | 3 | 21 | 0 | 0 | 0 | 10 | 9 | 12 | 2 | 21 | 14 | 15 | 2 | 15 | 13 | 9 | 1 | 27 | 3 | 9 | 7 | 0 | 5 | 4 | 0 | 11 | 6 | 5 | 0 | 20 | 8 | 8 | |||
481 | mdo | Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) | 10.58 | 0 | 12 | 2 | 4 | 8 | 0 | 6 | 11 | 13 | 0 | 7 | 25 | 9 | 0 | 5 | 9 | 12 | 0 | 6 | 3 | 11 | 0 | 8 | 3 | 12 | 0 | 7 | 3 | 15 | 0 | 9 | 6 | 0 | 15 | 0 | 0 | 0 | 9 | 7 | 11 | 0 | 13 | 13 | 19 | 1 | 24 | 14 | 13 | 4 | 46 | 0 | 9 | 5 | 0 | 5 | 4 | 0 | 9 | 6 | 5 | 0 | 24 | 11 | 8 | |||
485 | eeu* | Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) | 7.59 | 0 | 8 | 3 | 6 | 6 | 0 | 3 | 6 | 9 | 0 | 4 | 16 | 7 | 0 | 6 | 4 | 7 | 0 | 3 | 3 | 10 | 0 | 5 | 3 | 9 | 0 | 6 | 4 | 14 | 0 | 10 | 4 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 5 | 4 | 8 | 0 | 7 | 11 | € | 0 | 13 | 8 | 9 | 0 | 34 | 2 | 7 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 7 | 5 | 7 | 0 | 14 | 7 | 5 | |||
494 | ecb | Equus caballus (horse) (Sep 2007) | 10.76 | 0 | 12 | 4 | 6 | 7 | 0 | 5 | 3 | 20 | 0 | 5 | 25 | 12 | 3 | 6 | 15 | 12 | 0 | 4 | 4 | 10 | 0 | 7 | 3 | 9 | 0 | 7 | 3 | 27 | 0 | 11 | 8 | 1 | 14 | 0 | 0 | 1 | 11 | 6 | 12 | 1 | 17 | 15 | 16 | 0 | 10 | 11 | 51 | 0 | 25 | 4 | 7 | 10 | 0 | 4 | 4 | 0 | 12 | 5 | 7 | 0 | 10 | 4 | 8 | |||
498 | cge | Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) | 10.96 | 0 | 8 | 4 | 4 | 5 | 0 | 4 | 10 | 13 | 0 | 5 | 16 | 13 | 0 | 5 | 9 | 6 | 0 | 3 | 3 | 7 | 0 | 6 | 3 | 8 | 1 | 4 | 4 | 22 | 1 | 15 | 6 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 14 | 5 | 11 | 0 | 17 | 15 | 86 | 0 | 15 | 7 | 20 | 0 | 41 | 2 | 6 | 6 | 0 | 6 | 3 | 0 | 9 | 5 | 6 | 1 | 14 | 6 | 7 | |||
499 | vvi | Vitis vinifera (Grapevine 12X) | 10.89 | 0 | 14 | 7 | 13 | 10 | 0 | 9 | 7 | 13 | 1 | 7 | 25 | 14 | 0 | 5 | 9 | 13 | 1 | 7 | 3 | 13 | 0 | 16 | 4 | 10 | 2 | 6 | 3 | 11 | 0 | 28 | 5 | 1 | 17 | 0 | 0 | 1 | 12 | 9 | 10 | 1 | 18 | 11 | 13 | 1 | 18 | 14 | 21 | 0 | 11 | 1 | 10 | 8 | 0 | 5 | 4 | 0 | 9 | 6 | 7 | 0 | 17 | 12 | 6 | |||
503 | ptr | Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) | 10.82 | 0 | 15 | 10 | 7 | 9 | 0 | 3 | 6 | 14 | 1 | 5 | 21 | 11 | 1 | 10 | 12 | 11 | 1 | 7 | 4 | 9 | 1 | 8 | 5 | 10 | 0 | 6 | 5 | 30 | 1 | 9 | 5 | 2 | 22 | 0 | 0 | 0 | 10 | 8 | 10 | 1 | 27 | 14 | 19 | 1 | 15 | 15 | 11 | 1 | 27 | 2 | 7 | 7 | 1 | 6 | 5 | 3 | 9 | 6 | 5 | 0 | 13 | 6 | 13 | |||
506 | ocu | Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) | 10.67 | 0 | 14 | 6 | 3 | 5 | 0 | 4 | 16 | 11 | 1 | 7 | 18 | 12 | 0 | 8 | 14 | 10 | 0 | 4 | 5 | 9 | 0 | 5 | 4 | 8 | 1 | 7 | 5 | 21 | 0 | 9 | 4 | 0 | 12 | 0 | 0 | 0 | 9 | 5 | 15 | 1 | 26 | 12 | 29 | 1 | 23 | 18 | 19 | 0 | 25 | 1 | 10 | 7 | 0 | 4 | 5 | 0 | 10 | 6 | 6 | 21 | 0 | 14 | 16 | |||
517 | ppy* | Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) | 11.18 | 0 | 13 | 6 | 6 | 10 | 0 | 3 | 11 | 14 | 4 | 6 | 20 | 10 | 1 | 7 | 18 | 10 | 1 | 6 | 5 | 10 | 0 | 7 | 5 | 12 | 0 | 4 | 7 | 22 | 1 | 9 | 4 | 1 | 19 | 0 | 0 | 0 | 10 | 7 | 13 | 2 | 33 | 20 | 22 | 1 | 13 | 22 | 8 | 0 | 30 | 3 | 6 | 7 | 0 | 6 | 7 | 0 | 8 | 8 | 7 | 0 | 14 | 8 | 10 | |||
518 | csi* | Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) | 11.40 | 0 | 13 | 5 | 6 | 6 | 0 | 4 | 4 | 13 | 0 | 5 | 26 | 11 | 1 | 7 | 15 | 13 | 0 | 5 | 4 | 10 | 0 | 7 | 4 | 10 | 0 | 8 | 5 | 23 | 0 | 13 | 6 | 0 | 11 | 0 | 0 | 0 | 10 | 5 | 12 | 2 | 14 | 15 | 22 | 1 | 13 | 11 | 77 | 0 | 24 | 1 | 8 | 10 | 0 | 5 | 4 | 0 | 13 | 6 | 7 | 0 | 10 | 4 | 9 | |||
540 | tng | Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) | 11.91 | 1 | 17 | 5 | 7 | 15 | 0 | 6 | 32 | 16 | 0 | 5 | 20 | 10 | 0 | 4 | 15 | 12 | 1 | 7 | 2 | 11 | 1 | 11 | 4 | 26 | 0 | 10 | 13 | 20 | 0 | 10 | 4 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 12 | 9 | 18 | 0 | 17 | 9 | 20 | 0 | 18 | 15 | 13 | 0 | 15 | 1 | 10 | 14 | 0 | 6 | 2 | 0 | 11 | 9 | 9 | 0 | 14 | 14 | 6 | |||
554 | cpic | Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) | 11.87 | 2 | 22 | 13 | 7 | 2 | 1 | 4 | 6 | 11 | 1 | 13 | 16 | 16 | 0 | 5 | 6 | 24 | 0 | 15 | 10 | 12 | 1 | 4 | 2 | 17 | 0 | 18 | 5 | 11 | 1 | 15 | 4 | 1 | 5 | 0 | 0 | 0 | 10 | 16 | 11 | 1 | 17 | 36 | 9 | 0 | 14 | 17 | 5 | 5 | 18 | 4 | 10 | 7 | 0 | 5 | 3 | 3 | 20 | 26 | 10 | 0 | 11 | 24 | 2 | |||
575 | tru | Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) | 12.64 | 1 | 18 | 6 | 9 | 10 | 0 | 4 | 21 | 11 | 0 | 6 | 35 | 19 | 0 | 8 | 25 | 11 | 0 | 7 | 3 | 10 | 0 | 7 | 6 | 18 | 0 | 7 | 7 | 10 | 0 | 8 | 6 | 1 | 13 | 0 | 0 | 1 | 19 | 8 | 12 | 0 | 20 | 19 | 19 | 1 | 22 | 13 | 20 | 0 | 15 | 1 | 16 | 16 | 1 | 7 | 4 | 0 | 17 | 13 | 10 | 0 | 18 | 12 | 4 | |||
578 | sbi | Sorghum bicolor (Version 1.0) | 12.56 | 0 | 20 | 4 | 9 | 15 | 0 | 9 | 11 | 17 | 0 | 5 | 37 | 16 | 2 | 4 | 10 | 11 | 3 | 12 | 6 | 14 | 0 | 11 | 7 | 12 | 2 | 9 | 6 | 18 | 0 | 13 | 11 | 1 | 14 | 0 | 0 | 1 | 15 | 11 | 13 | 1 | 16 | 9 | 18 | 2 | 24 | 13 | 23 | 0 | 13 | 1 | 13 | 15 | 0 | 4 | 7 | 0 | 13 | 7 | 10 | 0 | 24 | 10 | 6 | |||
582 | mtr | Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) | 12.47 | 0 | 26 | 7 | 14 | 9 | 0 | 10 | 4 | 19 | 0 | 10 | 40 | 17 | 3 | 7 | 7 | 12 | 2 | 8 | 2 | 7 | 0 | 11 | 1 | 10 | 4 | 10 | 1 | 25 | 0 | 16 | 3 | 1 | 12 | 0 | 0 | 0 | 17 | 17 | 5 | 9 | 28 | 18 | 16 | 0 | 28 | 19 | 11 | 0 | 10 | 1 | 14 | 12 | 0 | 5 | 3 | 0 | 15 | 8 | 6 | 1 | 23 | 15 | 3 | |||
596 | cel | Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) | 13.18 | 0 | 15 | 4 | 7 | 20 | 0 | 3 | 5 | 21 | 0 | 7 | 19 | 19 | 0 | 5 | 6 | 15 | 0 | 9 | 6 | 6 | 0 | 31 | 4 | 17 | 0 | 11 | 7 | 22 | 0 | 9 | 4 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 19 | 20 | 7 | 0 | 20 | 14 | 30 | 0 | 27 | 17 | 24 | 0 | 13 | 2 | 12 | 18 | 0 | 8 | 1 | 1 | 9 | 8 | 4 | 0 | 14 | 34 | 3 | |||
618 | pop | Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) | 13.53 | 4 | 18 | 7 | 3 | 40 | 1 | 0 | 7 | 20 | 1 | 9 | 26 | 17 | 0 | 8 | 10 | 13 | 1 | 9 | 5 | 14 | 0 | 22 | 4 | 6 | 0 | 11 | 4 | 20 | 0 | 18 | 5 | 0 | 18 | 0 | 0 | 0 | 13 | 11 | 11 | 0 | 22 | 17 | 17 | 0 | 33 | 14 | 21 | 1 | 13 | 1 | 14 | 10 | 0 | 7 | 5 | 0 | 16 | 11 | 11 | 0 | 25 | 17 | 7 | |||
622 | hsa | Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) | 13.31 | 0 | 18 | 8 | 12 | 12 | 0 | 4 | 11 | 19 | 6 | 5 | 22 | 11 | 1 | 8 | 21 | 12 | 1 | 6 | 5 | 10 | 1 | 8 | 4 | 10 | 0 | 6 | 7 | 35 | 1 | 10 | 5 | 5 | 32 | 0 | 0 | 0 | 10 | 18 | 24 | 2 | 40 | 20 | 24 | 1 | 16 | 17 | 10 | 1 | 38 | 3 | 8 | 7 | 0 | 6 | 4 | 1 | 8 | 7 | 5 | 0 | 15 | 9 | 12 | |||
639 | bdi | Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) | 13.82 | 0 | 18 | 4 | 15 | 14 | 0 | 10 | 8 | 20 | 2 | 4 | 55 | 15 | 3 | 5 | 11 | 11 | 4 | 10 | 5 | 15 | 0 | 18 | 8 | 9 | 3 | 10 | 6 | 19 | 0 | 12 | 11 | 1 | 17 | 0 | 0 | 3 | 21 | 15 | 11 | 0 | 16 | 12 | 18 | 0 | 25 | 15 | 19 | 0 | 14 | 0 | 18 | 16 | 1 | 5 | 6 | 0 | 18 | 9 | 9 | 0 | 27 | 9 | 9 | |||
674 | oni* | Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) | 14.80 | 0 | 23 | 12 | 7 | 14 | 0 | 7 | 16 | 25 | 0 | 25 | 27 | 8 | 0 | 9 | 9 | 10 | 0 | 10 | 6 | 14 | 0 | 11 | 4 | 18 | 1 | 25 | 8 | 18 | 0 | 11 | 12 | 3 | 18 | 0 | 0 | 0 | 23 | 6 | 11 | 0 | 9 | 16 | 43 | 0 | 10 | 14 | 15 | 1 | 42 | 1 | 12 | 16 | 0 | 7 | 6 | 2 | 10 | 27 | 18 | 0 | 13 | 12 | 9 | |||
684 | ath | Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) | 15.00 | 0 | 17 | 6 | 12 | 12 | 1 | 11 | 3 | 17 | 2 | 5 | 32 | 14 | 2 | 7 | 8 | 37 | 3 | 12 | 7 | 15 | 0 | 47 | 5 | 10 | 1 | 9 | 5 | 16 | 0 | 10 | 7 | 0 | 83 | 0 | 0 | 0 | 12 | 10 | 9 | 0 | 19 | 15 | 17 | 0 | 29 | 14 | 13 | 0 | 17 | 0 | 16 | 11 | 0 | 6 | 4 | 0 | 16 | 10 | 8 | 0 | 25 | 12 | 5 | |||
738 | osa | Oryza sativa | 15.67 | 0 | 20 | 4 | 19 | 15 | 0 | 10 | 10 | 18 | 0 | 5 | 56 | 17 | 16 | 4 | 10 | 12 | 4 | 17 | 8 | 14 | 0 | 14 | 9 | 11 | 8 | 15 | 5 | 20 | 1 | 10 | 12 | 2 | 19 | 0 | 0 | 0 | 26 | 21 | 10 | 0 | 29 | 12 | 20 | 1 | 31 | 16 | 25 | 1 | 17 | 0 | 18 | 24 | 0 | 4 | 8 | 0 | 20 | 12 | 11 | 0 | 28 | 9 | 10 | |||
738 | gmx | Glycine max (soybean) (Wm82.a2) | 16.31 | 0 | 22 | 9 | 18 | 16 | 0 | 10 | 7 | 31 | 0 | 8 | 36 | 22 | 1 | 9 | 13 | 15 | 0 | 11 | 6 | 21 | 0 | 27 | 5 | 9 | 1 | 10 | 4 | 24 | 0 | 17 | 8 | 0 | 21 | 0 | 0 | 0 | 18 | 13 | 13 | 2 | 22 | 20 | 22 | 0 | 33 | 16 | 24 | 0 | 14 | 0 | 18 | 13 | 0 | 9 | 5 | 0 | 28 | 18 | 13 | 0 | 29 | 18 | 9 | |||
743 | cbr | Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) | 16.51 | 0 | 22 | 6 | 11 | 26 | 0 | 5 | 7 | 21 | 0 | 24 | 23 | 25 | 0 | 6 | 6 | 17 | 0 | 8 | 8 | 6 | 0 | 41 | 4 | 22 | 0 | 10 | 9 | 29 | 0 | 14 | 7 | 0 | 19 | 0 | 0 | 0 | 21 | 24 | 10 | 0 | 23 | 16 | 40 | 0 | 34 | 19 | 30 | 0 | 16 | 0 | 13 | 22 | 0 | 10 | 0 | 0 | 9 | 10 | 2 | 0 | 21 | 42 | 5 | |||
749 | mpu* | Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) | 10.68 | 0 | 11 | 4 | 6 | 6 | 0 | 4 | 5 | 10 | 0 | 5 | 20 | 8 | 0 | 6 | 7 | 8 | 0 | 4 | 4 | 9 | 0 | 7 | 2 | 10 | 0 | 7 | 5 | 15 | 0 | 8 | 5 | 0 | 9 | 0 | 0 | 1 | 7 | 37 | 17 | 6 | 12 | 31 | € | 0 | 8 | 7 | 19 | 0 | 25 | 1 | 11 | 6 | 0 | 29 | 5 | 0 | 12 | 16 | 21 | 0 | 9 | 9 | 4 | |||
804 | str* | Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) | 11.02 | 1 | 10 | 3 | 10 | 6 | 0 | 3 | 4 | 14 | 6 | 4 | 14 | 18 | 3 | 5 | 39 | 15 | 1 | 7 | 6 | 12 | 1 | 7 | 3 | 34 | 5 | 6 | 7 | € | 31 | 39 | 18 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 6 | 4 | 6 | 1 | 9 | 10 | 12 | 6 | 8 | 5 | 7 | 0 | 48 | 1 | 7 | 6 | 0 | 5 | 3 | 0 | 7 | 5 | 6 | 7 | 13 | 5 | 20 | |||
807 | ssc | Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) | 12.68 | 0 | 21 | 4 | 6 | 8 | 0 | 5 | 5 | 13 | 0 | 5 | 23 | 10 | 1 | 11 | 12 | 10 | 0 | 5 | 4 | 9 | 0 | 4 | 3 | 13 | 0 | 8 | 4 | 23 | 0 | 14 | 7 | 0 | 17 | 0 | 0 | 0 | 10 | 9 | 12 | 2 | 18 | 38 | 16 | 10 | 97 | € | 13 | 1 | 23 | 0 | 7 | 7 | 0 | 5 | 3 | 0 | 10 | 7 | 4 | 0 | 19 | 10 | 6 | |||
827 | cja* | Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) | 18.33 | 1 | 24 | 5 | 7 | 26 | 0 | 6 | 12 | 26 | 0 | 7 | 30 | 23 | 0 | 7 | 13 | 19 | 0 | 7 | 15 | 9 | 0 | 43 | 8 | 24 | 0 | 12 | 11 | 31 | 0 | 11 | 8 | 0 | 24 | 0 | 0 | 0 | 17 | 14 | 16 | 0 | 23 | 30 | 37 | 0 | 41 | 20 | 40 | 0 | 15 | 1 | 18 | 21 | 0 | 11 | 1 | 0 | 15 | 12 | 3 | 0 | 34 | 47 | 2 | |||
856 | oaa | Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) | 18.56 | 1 | 24 | 10 | 10 | 8 | 0 | 7 | 18 | 27 | 0 | 10 | 32 | 23 | 1 | 15 | 10 | 16 | 4 | 6 | 8 | 19 | 4 | 12 | 7 | 23 | 1 | 18 | 10 | 83 | 0 | 17 | 11 | 0 | 28 | 0 | 0 | 1 | 24 | 11 | 19 | 0 | 21 | 32 | 25 | 0 | 27 | 16 | 27 | 0 | 37 | 5 | 14 | 12 | 0 | 7 | 14 | 2 | 18 | 6 | 9 | 2 | 40 | 15 | 9 | |||
906 | cfa | Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) | 11.23 | 0 | 10 | 4 | 5 | 4 | 0 | 4 | 7 | 9 | 0 | 5 | 23 | 6 | 0 | 5 | 8 | 10 | 0 | 5 | 8 | 8 | 0 | 8 | 4 | 8 | 0 | 4 | 5 | 14 | 0 | 11 | 4 | 0 | 9 | 0 | 0 | 0 | 9 | 43 | 20 | 1 | 21 | 34 | € | 2 | 13 | 15 | 22 | 0 | 21 | 1 | 6 | 6 | 0 | 15 | 4 | 0 | 8 | 9 | 29 | 0 | 11 | 11 | 9 | |||
1065 | spu | Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) | 23.56 | 2 | 0 | 14 | 2 | 18 | 0 | 8 | 5 | 69 | 2 | 22 | 73 | 20 | 0 | 11 | 16 | 25 | 0 | 15 | 6 | 19 | 0 | 21 | 9 | 27 | 0 | 21 | 9 | 32 | 0 | 17 | 7 | 0 | 24 | 0 | 0 | 0 | 26 | 17 | 21 | 0 | 39 | 57 | 42 | 0 | 82 | 26 | 29 | 0 | 31 | 0 | 18 | 29 | 0 | 19 | 1 | 1 | 17 | 18 | 19 | 0 | 42 | 33 | 4 | |||
1095 | cbr* | Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) | 24.07 | 0 | 24 | 7 | 14 | 32 | 0 | 8 | 8 | 33 | 1 | 26 | 29 | 33 | 0 | 8 | 15 | 20 | 0 | 14 | 9 | 25 | 2 | 54 | 9 | 31 | 1 | 15 | 10 | 35 | 0 | 11 | 6 | 2 | 28 | 0 | 0 | 1 | 26 | 40 | 11 | 0 | 33 | 29 | 49 | 0 | 34 | 36 | 37 | 2 | 21 | 3 | 22 | 32 | 0 | 17 | 24 | 0 | 14 | 13 | 11 | 0 | 39 | 66 | 25 | |||
1119 | dno* | Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) | 15.86 | 0 | 12 | 8 | 8 | 5 | 0 | 3 | 10 | 12 | 1 | 6 | 30 | 12 | 1 | 16 | # | 10 | 0 | 6 | 6 | 7 | 0 | 7 | 4 | 11 | 0 | 8 | 7 | 23 | 2 | 66 | 17 | 0 | 14 | 0 | 0 | 1 | 10 | 5 | 10 | 0 | 23 | 18 | 43 | 0 | 21 | 20 | 45 | 0 | 22 | 1 | 15 | 10 | 0 | 8 | 5 | 0 | 10 | 9 | 47 | 24 | 19 | € | 34 | |||
1176 | oas | Ovis aries (sheep) (Feb 2010) | 12.50 | 1 | 6 | 5 | 7 | 6 | 0 | 2 | 3 | 6 | 0 | 5 | 18 | 7 | 0 | 8 | 9 | 2 | 3 | 4 | 3 | 4 | 0 | 6 | 1 | 5 | 0 | 5 | 3 | 18 | 3 | 12 | 7 |