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[[Image:Cytometrie Focalisation hydrodynamique.jpg|500px|center|thumb|Schéma]]
 
La particularité des cytomètres est d`analyser une cellule à la fois. Pour cela, les cellules sont '''centrées''' à l`intèrieurintérieur d`un flux laminaire (on parle de focalisation hydrodynamique) puis '''accélérées''' en passant à travers une buse. Cette accélération à pour effet de séparer les cellules les unes des autres permettant l`analyse individuelle des cellules.
{{clr}}
 
Pour former ce filet de liquide, la suspension est pompée et envoyée dans un injecteur. L'entraînement de la suspension va se faire grâce à un ''liquide de gaine'', qui va s'écouler autour de l'injecteur de façon laminaire. La pression du liquide de gaine va entraîner le liquide de la suspension et les cellules qu'il contient, et les gouttes vont aisniainsi passer une par une dans le système optique.
 
== L'œil ==
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=== Miroir dichroïques ===
{{définition|contenu=Un miroir dichroïque est une surface réflétantreflétant la lumière en fonction de la longueur d'onde. }}
 
C'est-à-dire qu'il agit comme un miroir sur une partie de la lumière, et est transparent pour l'autre partie. Il est caractérisé par la longueur d'onde limite (exprimée en nanomètres le plus souvent), qui détermine la limite entre réflexion et transparence. Ce nombre est accompagné de LP ou BP, selon que le filtre laisse passer les longueurs d'ondes supérieures ou inférieures. Ainsi, un miroir 685LP sera un miroir pour toutes les longueurs d'ondes plus courtes que 685, et transparent pour toutes les longueurs d'ondes plus grandes.
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Cette lumière brute du laser est également diffusée par la gouttellette et son contenu. Un PMT, situé en toute fin du trajet optique, et doté d'un filtre n'autorisant le passage que de la lumière émise par le laser, mesure cette lumière diffusée. La lumière est d'autant plus diffusée que la goutte contient de surfaces, car ce sont les surfaces qui diffusent la lumière. La valeur donnée par ce pmt détermine la granulosité des cellules, et porte le nom de Side Scatter ou SSC.
 
La lumière du laser excite également toutes les molécules fluorescentes présentes dans les gouttellettesgouttelettes. Cette lumière ré-émise consiste en un mélange des émissions de toutes ces molécules. Le trajet optique est perpendiculaire au faisceau incident, pour limiter l'éblouïssement des PMT. La disposition des miroirs et des filtres permet d'envoyer sur chaque PMT une bande de longueur d'onde différente. Ce sont ces PMT de fluorescences qui sont généralement numérotés Fl1, Fl2, etc...
 
Selon les modèles de cytomètre, il y a un nombre variable de PMT pour chaque laser, et un nombre variable de laser. Quand il y a deux lasers, leurs faisceaux ne sont pas superposés, afin de pouvoir séparer les lumières émises par les fluorochromes excités par leurs lumières respectives. La seule limite au nombre de PMT, outre leur prix, est leur encombrement, et celui du système optique associé.