=== Le trajet optique et les différents types de paramètres ===
La lumière est émise par le laser. Une partie est transmise par la goutelettegouttelette : elle passe à travers. Cette lumière est lue directement par un PMT. La différence entre l'intensité de la lumière émise et celle reçue permet de savoir que ''quelque chose'' est passé dans la goutte, car ce ''quelque chose'' a empêché le passage de la lumière. En pratique, plus ce quelque chose est grand, plus le signal diminue : ce signal est une fonction de la taille des cellules. Sur la plupart des appareils, il est nommé Forward Scatter ou FSC.
Cette lumière brute du laser est également diffusée par la gouttellettegouttelette et son contenu. Un PMT, situé en toute fin du trajet optique, et doté d'un filtre n'autorisant le passage que de la lumière émise par le laser, mesure cette lumière diffusée. La lumière est d'autant plus diffusée que la goutte contient de surfaces, car ce sont les surfaces qui diffusent la lumière. La valeur donnée par ce pmt détermine la granulosité des cellules, et porte le nom de Side Scatter ou SSC.
La lumière du laser excite également toutes les molécules fluorescentes présentes dans les gouttelettes. Cette lumière ré-émise consiste en un mélange des émissions de toutes ces molécules. Le trajet optique est perpendiculaire au faisceau incident, pour limiter l'éblouïssementéblouissement des PMT. La disposition des miroirs et des filtres permet d'envoyer sur chaque PMT une bande de longueurs d'ondes différente. Ce sont ces PMT de fluorescences qui sont généralement numérotés Fl1, Fl2, etc...
Selon les modèles de cytomètre, il y a un nombre variable de PMT pour chaque laser, et un nombre variable de lasers. Quand il y a deux lasers, leurs faisceaux ne sont pas superposés, afin de pouvoir séparer les lumières émises par les fluorochromes excités par leurs lumières respectives. La seule limite au nombre de PMT, outre leur prix, est leur encombrement, et celui du système optique associé.
