« Cytométrie en flux/La présentation des informations » : différence entre les versions
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Ligne 43 :
Ainsi, on affiche un graphique en densité selon deux paramètres: FSC et SSC (la taille et la granulosité). On voit plusieurs populations dévènement, qui sont classiquement :
* Les débris de petite taille
* Les cellules mortes
* Les doublons
* Les cellules elles-mêmes.
Il va de soit que les évènements "utiles" ne sont pas les débris ni les cellules mortes (généralement), ni les doublons. On va donc délimiter grâce au logiciel de rendu une zone de diagramme, qui permettra de n'afficher que les évènements présents dans cette zone dans les diagrammes suivants.
Ligne 57 :
=== Ce qu'on cherche à voir ===
Grâce aux différents graphiques, et à la sélection des populations, il est maintenant possible d'exploiter les résultats. On peut voir différents types de résultats.
* une variation dans la fréquence d'une population donnée
* une variation discrète dans l'expression d'un marqueur dans une population donnée, en délimitant deux sous-populations, l'une positive, l'autre négative pour ce marqueur (variation ''tout ou rien''): on voit deux pics d'expression dont les proportions par rapport à la population totale changent.
* une variation globale dans l'expression d'un marqueur dans une population donnée: un décalage est visible dans la distribution de la population.
=== Ce que nous donne le logiciel ===
Dans tous les cas, on peut grâce à l'informatique obtenir deux types d'informations sur une population sélectionnée par le logiciel:
* La proportion qu'elle représente par rapport à la population-mère.
* La ''fluorescence moyenne'' (''MFI'', de l'anglais ''Mean Fluorescence Intensity'') de cette population pour chaque PMT. Selon les logiciels d'exploitations, on peut avoir la moyenne géométrique, la moyenne arithmétique ou la médiane.
Il faut noter que les intensité de fluorescences peuvent se comparer à l'intensité du marquage par l'isotype contrôle. On calcule alors un index de fluorescence par rapport à l'isotype, on considérant que l'isotype ''marque'' toujours moins que l'anticorps d'intérêt. <ref>On parle alors de ''MFI'', mais cette fois pour signifier ''MFI fold increase''. Dans un article scientifique, il n'est pas toujours évident de déterminer si les auteurs ont voulu exprimer l'intensité de fluorescence brute ou l'index de fluorescence.</ref>
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