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<ul>
<li>On devrait dire qu'il y en a 21 &agrave; 23, car la fMet est un aa codant et poss&egrave;de m&ecirc;me 2 tRNA!&nbsp; Le groupe de type math&eacute;matique que j'ai signal&eacute; ( d&eacute;but avant-derni&egrave;re page du 23.1.14 ) se confirme encore quand on consid&egrave;re la pyrolysine = proline + lysine, qui poss&egrave;de un codon propre, de m&ecirc;me que la SeC.</li>
<li>Les prot&eacute;ines se distinguent par leur squelette avant tout.&nbsp; C'est ce qui permet d&rsquo;&eacute;chafauder&nbsp; des h&eacute;lices alpha et des feuillets b&ecirc;ta. En analysant la fr&eacute;quence des aas dans les prot&eacute;ines et leur attachement ( binding ) aux ARN, ADN et entre elles, les radicaux apparaissent comme secondaires. Ils doivent certainement d&eacute;finir la longueur et la force de des structures, mais de fa&ccedil;on continue, de telle mani&egrave;re que le changement d'un ou de quelques aas dans ces structures ne doit avoir que tr&egrave;s peu d'effet. Cependant on avance toujours que les aas aliphatiques peuvent &ecirc;tre interchangeables, alors que nous savons que toute mutation peut entra&icirc;ner un avantage s&eacute;lectif &agrave; un moment ou l'autre au cours de l'&eacute;volution. Les aas autres que les aliphatiques, dans les structures alpha et b&ecirc;ta doivent avoir le m&ecirc;me effet, peut-&ecirc;tre avec plus d'avantage &eacute;volutif.&nbsp; Cela n'a rien &agrave; voir avec n'importe quel aa se trouvant impliqu&eacute; dans un site actif ou y participant. Cet aa donne effectivement des mutants qu'on arrive &agrave; cerner tant leurs effets sont importants. <br /> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Donc on peut &eacute;tablir le concept suivant pour toutes les macro-mol&eacute;cules:<br />
<ul>
<li>Une macro-mol&eacute;cule se d&eacute;finit ( ou bien des contraintes physiques l'ont d&eacute;termin&eacute;e ainsi ) par un squelette propre qui conf&egrave;re sa principale propri&eacute;t&eacute;. Ce squelette est accompagn&eacute; de bras lat&eacute;raux pour interagir avec son environnement ( solvant, petites mol&eacute;cules ) et les autres macro-mol&eacute;cules. De ce point de vue le liposome et m&ecirc;me un PLD isol&eacute; ( acyl carrier prot&eacute;ine ) se comporte comme une macro-mol&eacute;cule: il est constitu&eacute; d'un squelette, les 2 acides gras agissant avec les forces de Van der Walls. Nous avons ainsi:</li>
<li>Les prot&eacute;ines ont un squelette qui &eacute;tablit des liaisons hydrog&egrave;nes intra pour former les structures alpha et b&ecirc;ta, alors que les PLDs agissent entre eux pour former une structure.. Dans ce sens on peut consid&eacute;rer que le liposome est une macro-mol&eacute;cule qui porte 10<sup>7 </sup>bras. Comme une prot&eacute;ine poss&egrave;de des centaines de bras. La vari&eacute;t&eacute; des bras ( 20 aas ) lui permet d'interagir avec le liposome ( aas aliphatiques ), avec l'ARN&nbsp; et l'ADN ( aas aromatiques et ioniques ) et avec son environnement, notamment pour la catalyse.</li>
<li>L'ARN se d&eacute;finit par son squelette ionique avec la fonction alcool 2'OH tr&egrave;s instable. Ce squelette n'&eacute;tablit pas de liaison ionique ou hydrog&egrave;ne en intra, seulement avec les prot&eacute;ines et son environnement ( Mg++ , K+ ). Ses bras sont limit&eacute;s &agrave; 4 types de bases qui peuvent <u> <strong>&eacute;tablir ou non</strong></u> des liaisons hydrog&egrave;nes entre elles ou les prot&eacute;ines. L'ARN interagit par ses bras avec les prot&eacute;ines par des liaisons hydrog&egrave;nes : bras ARN &agrave; squelette prot&eacute;ine. Nous avons vu pour liposome/prot&eacute;ine c'est la force de van der Walls entre squelette liposome et les bras de la prot&eacute;ine.&nbsp; Je distingue bien liaison hydrog&egrave;ne intra squelette de la prot&eacute;ine des liaisons hydrog&egrave;nes des bras de l'ARN qui permettent surtout l'appariement entre 2 ARNs. Ce qui n'est pas le cas pour les prot&eacute;ines qui s'apparient de fa&ccedil;on plus complexe &agrave; cause de la grande vari&eacute;t&eacute; de leurs bras.</li>
<li>L'ADN se d&eacute;finit par sonsquelette sans 2'OH qui lui conf&egrave;re une grande stabilit&eacute;. Sinon il est identique &agrave; celui de l'ARN. Mais la stabilit&eacute; de l'ADN est renforc&eacute;e encore plus par la T au lieu de U ( bras ) qui avec son m&eacute;thyle ajoute de l'hydrophobicit&eacute; &agrave; l'aromaticit&eacute;. Les 4 types de bras de l'ADN lui servent surtout pour s'apparier avec lui-m&ecirc;me de fa&ccedil;on ferme, jusqu'&agrave; ressembler &agrave; un cristal. Les forces en jeu sont toujours des liaisons hydrog&egrave;nes, mais la mise en commun de l'aromaticit&eacute; et de l'hydrophobicit&eacute; lui conf&egrave;re sa grande stabilit&eacute; et son r&ocirc;le de donneur d'ordre.<br /> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; L'ADN s'apparie avec les prot&eacute;ines comme le fait l'ARN, mais l'absence&nbsp; du 2'OH et de U ne lui permettent pas d'avoir des fonctions catalytiques. L'ADN s'apparie avec l'ARN ce qui permet de passer d'une structure stable et non catalytique, &agrave; une structure semi-ouverte gr&acirc;ce &agrave; l'appariement Wobble de l'uracile qui peut interagir avec les prot&eacute;ines en cr&eacute;ant des structures ( tRNA, ribosome ) 2 fois catalytiques. L'ADN ne peut exister sans T.</li>
</ul>
</li>
<li>&Agrave; courte distance c'est la non-r&eacute;activit&eacute; des radicaux qui devient une n&eacute;cessit&eacute; dans le cas des ions -NH3+ et -CO2- impos&eacute;s par la r&eacute;action de la prot&eacute;ine vis &agrave; vis du solvant aqueux. C'est le cas de D E K R. Si un D ou E&nbsp; &eacute;tait au m&ecirc;me niveau qu'un K ou R la liaison ionique serait assez puissante pour courber fortement le squelette: K a 4 carbones CH2 et R 5 atomes ( 4 C et 1 N ) avant le cation NH2+. D et E ont respectivement 1&nbsp; et 2 carbones CH2 avant le CO2-. Les ions sont non seulement une n&eacute;cessit&eacute; pour la r&eacute;action vis &agrave; vis du solvant aqueux, mais sont une n&eacute;cessit&eacute; pour une l&eacute;g&egrave;re courbure du squelettepour provoquer la formation des h&eacute;lices.&nbsp; Aussi les radicaux les portants ne devraient pas &ecirc;tre trop longs.</li>
<li>L'organisation de la prot&eacute;ine se fait aussi en fonction du solvant comme le liposome s'organise en double couche sph&eacute;rique. Et ce sont les radicaux qui entrent en jeux. Pour un solvant aqueux on aura besoin de radicaux hydrophiles, ionis&eacute;s ou polaires, pour un solvant hydrophobe nous aurons besoins de radicaux hydrophobes. Or il s'av&egrave;re que ces 2 types de radicaux doivent &ecirc;tre pr&eacute;sents tous les 2 et toujours dans une prot&eacute;ine car dans l'eau l'ext&eacute;rieur de la prot&eacute;ine est en contact avec l'eau et le c&oelig;ur est vid&eacute; de son eau pour permettre la catalyse, donc hydrophobe. Les prot&eacute;ines membranaires s'accrochent avec des aas aliphatiques et j'ai propos&eacute; dans (&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/longueur-des-aa-a90229899 longueur des aas] )&nbsp; que la diff&eacute;rence de longueur entre V et L s'expliquerait par la mise en tenaille du PLD par ces 2 aas. Par contre l'int&eacute;rieur des canaux membranaires ou bien les prot&eacute;ines dont une partie est dans le cytoplasme, doivent poss&eacute;der des aas hydrophiles et fonctionnels pour les transports et la catalyse.</li>
<li>&nbsp; Le pouvoir organisateur des radicaux:&nbsp; (20.3.14)&nbsp; Nous sommes toujours dans le principe d'[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 organisation] du concept global. Nous avons vu l'organisation de la prot&eacute;ine par les liaisons H de son squelette, la n&eacute;cessit&eacute; de radicaux peu r&eacute;actifs &agrave; grande distance pour maintenir cette organisation et enfin l'impact du solvant sur cette organisation. <br />&nbsp;&nbsp; Nous avons trait&eacute; dans le concept global le principe d'organisation au niveau thermodynamique, c a d au niveau des m&eacute;langes de petites mol&eacute;cules min&eacute;rales ou organiques soumises aux lois de la thermodynamique classique et non &agrave; la thermodynamique des surfaces min&eacute;rales ou organiques comme le liposome. Nous avons propos&eacute; que ce sont les atomes de la 3&egrave;me et 4&egrave;me (m&eacute;taux de transition)&nbsp; ligne du tableau des &eacute;l&eacute;ments qui avaient un pouvoir organisateur vis &agrave; vis du solvant et des autres petites mol&eacute;cules gr&acirc;ce &agrave; leur cort&egrave;ge &eacute;lectronique puissant. Les m&eacute;taux de transition sont &agrave; l'origine de la synth&egrave;se abiotique des acides gras et rentrent dans les cofacteurs des enzymes essentielles du m&eacute;tabolisme. De m&ecirc;me le phosphate appara&icirc;t comme l'organisateur min&eacute;ral principal du liposome et du m&eacute;tabolisme.&nbsp; <br />&nbsp;&nbsp; Dans l'organisation de la prot&eacute;ine nous avons bien s&ucirc;r les m&eacute;taux de transition, mais comme cofacteur seulement,&nbsp; Ils ne sont pas constitutifs des prot&eacute;ines. Par contre nous avons le soufre qui vient apr&egrave;s le phosphore dans le tableau des &eacute;l&eacute;ments et il fait partie int&eacute;grante des prot&eacute;ines avec C et M, 2 aas du groupe codant. Pour l'organisation de la prot&eacute;ine nous avons en plus, comme l'ADN et l'ARN, des cycles aromatiques qui sont organisateurs aussi, &agrave; l'instar des atomes organisateurs ci-dessus, gr&acirc;ce &agrave; leur cort&egrave;ge d'&eacute;lectrons d&eacute;localis&eacute;s. L'organisation quasi cristalline de l'ADN est due principalement &agrave; ce pouvoir organisateur des bases nucl&eacute;iques que nous appelons intrication (&nbsp;&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant ). L'intrication n'est pas mise en &oelig;uvre dans les prot&eacute;ines car les cycles aromatiques ne sont pas mis en contact les uns avec les autres. Par contre quand ils sont en contact avec l'eau, ils cr&eacute;ent une organisation locale, et quand ils sont dans un environnement hydrophobe ( liposome ou au milieu de la prot&eacute;ine ayant exclut l'eau ) ils peuvent agir par les forces &eacute;lectromagn&eacute;tiques et &agrave; distance sur les radicaux polaires et ioniques et interagir entre-eux. &nbsp; &nbsp; <br />&nbsp;&nbsp; Les cycles aromatiques ont 2 actions fondamentales sur l'&eacute;volution mol&eacute;culaire: ils participent &agrave; l'organisation intrins&egrave;que de la prot&eacute;ine et ensuite ils seront les principaux acteurs dans l'interaction ( ADN, ARN ) / prot&eacute;ine. <br />&nbsp;&nbsp;Au d&eacute;but de l'&eacute;volution mol&eacute;culaire c'est la cyst&eacute;ine qui pourrait initier la formation de l'organisation des 1ers peptides, car elle d&eacute;rive facilement de la s&eacute;rine elle-m&ecirc;me consid&eacute;r&eacute;e comme parmi les 1&egrave;res mol&eacute;cules qui apparaissent (&nbsp;voir&nbsp;[http://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Chiralit%C3%A9_pr%C3%A9biotique chiralit&eacute;] pr&eacute;biotique ). Nous d&eacute;velopperons ce point dans la formation du groupe des aas codant apr&egrave;s avoir appliqu&eacute; le principe d'action/r&eacute;action du concept global aux prot&eacute;ines.</li>
</ol></li>
<li><em>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Les fonctionnalit&eacute;s des prot&eacute;ines</em>: (19.3.14)&nbsp; C'est le principe d'action/r&eacute;action d&eacute;velopp&eacute; dans Le concept global de la&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuit&eacute;] entre &eacute;volution mol&eacute;culaire et &eacute;volution darwinienne qui pr&eacute;vaut ici. Le mod&egrave;le qui puisse le repr&eacute;senter le plus c'est le m&eacute;canisme chimique r&eacute;actionnel avec ses attaques nucl&eacute;ophiles les sauts de puce des &eacute;lectrons. Dans le cas du liposome ce principe est tr&egrave;s simple, mais il est &agrave; la base de l'&eacute;volution mol&eacute;culaire avec les processus issus des potentiels &eacute;lectroniques et protoniques, des processus de diffusion et ceux n&eacute;cessaires &agrave; la coh&eacute;sion m&eacute;canique du liposome. Pour les prot&eacute;ines chaque radical peut &ecirc;tre un point d'action/r&eacute;action avec une petite mol&eacute;cule. Pour le liposome il n'y a pas de points particuliers , d'o&ugrave; sa forme sph&eacute;rique presque parfaite au d&eacute;but de l'&eacute;volution mol&eacute;culaire. <br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pour les prot&eacute;ines il faut distinguer 2 types d'interactions nettement diff&eacute;rentes: L'interaction avec les petites mol&eacute;cules, ce qui conduit &agrave; la catalyse et &agrave; son contr&ocirc;le, et l'interaction de la prot&eacute;ine avec une macromol&eacute;cule: prot&eacute;ine, ADN, ARN et membrane. La 1&egrave;re interaction peut &ecirc;tre tr&egrave;s complexe et peut n&eacute;cessiter plusieurs &eacute;tapes avec des &eacute;nergies &eacute;lev&eacute;es et concentr&eacute;es en certains points de la prot&eacute;ine , mais aussi des modifications post-traductionnelles&nbsp; dee certains radicaux et l'intervention de cofacteurs.<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; Les interactions prot&eacute;ine/macromol&eacute;cule fait intervenir plusieurs radicaux en 1 et 2 dimensions&nbsp; pour les 2 macromol&eacute;cules.&nbsp; Mais en g&eacute;n&eacute;ral les processus sont simples et modulaires ne r&eacute;ussissant que parce qu'ils ne cr&eacute;ent pas de blocage. Le cas le plus compliqu&eacute; est l'interaction du tRNA avec son amino-acyl synth&eacute;tase qui du coup se place au sommet de l'&eacute;volution mol&eacute;culaire et darwinienne. Car en fait comme c'est une interaction prot&eacute;ine/ARN, c'est l'ARN qui subit plusieurs modifications, quelques fois tr&egrave;s complexe avant que l'interaction ne se r&eacute;alise et que la fonction aboutisse. Il faut remarquer que le tRNA reste relativement petit ( 70 pb ) et il est modulaire. Ce qui n'est pas le cas du rRNA qui est peu modifi&eacute; et ses modifications sont simples, par contre il est 20 &agrave; 30 fois plus long qu'un tRNA. Le ribosome ex&eacute;cute un processus r&eacute;p&eacute;titif qui, quoique complexe, il n'atteint pas la complexit&eacute; du couple du tRNA et sa synth&eacute;tase &agrave; la base du 2&egrave;me code g&eacute;n&eacute;tique. Le ribosome est un automate, le couple tRNA et sa synth&eacute;tase est une m&eacute;canique de pr&eacute;cision.<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; L'interaction prot&eacute;ine/membrane est la plus simple de toutes ces interactions car elle est, avec l'interaction aa/membrane, &agrave; la base de l'&eacute;volution mol&eacute;culaire.</li>
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