« Recherche:Acides aminés codants » : différence entre les versions

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<p> Ce sont les acides amin&eacute;saminés qui sont utilis&eacute;sutilisés pour la traduction. Pourquoi et comment seuls ces aas sont-ils s&eacute;lectionn&eacute;ssélectionnés pour la traduction?</p>
<p>6.2.14 Paris</p>
<p><u> Le groupe des aas codants:</u></p>
<ul>
<li>On devrait dire qu'il y en a 21 &agrave; 23, car la fMet est un aa codant et poss&egrave;de m&ecirc;me 2 tRNA! Le groupe de type math&eacute;matiquemathématique que j'ai signal&eacute;signalé ( d&eacute;butdébut avant-derni&egrave;re page du 23.1.14 ) se confirme encore quand on consid&egrave;re la pyrolysine = proline + lysine, qui poss&egrave;de un codon propre, de m&ecirc;me que la SeC.</li>
<li>Les prot&eacute;inesprotéines se distinguent par leur squelette avant tout. C'est ce qui permet d&rsquo;&eacute;chafauderéchafauder des h&eacute;liceshélices alpha et des feuillets b&ecirc;ta. En analysant la fr&eacute;quencefréquence des aas dans les prot&eacute;inesprotéines et leur attachement ( binding ) aux ARN, ADN et entre elles, les radicaux apparaissent comme secondaires. Ils doivent certainement d&eacute;finirdéfinir la longueur et la force de des structures, mais de fa&ccedil;on continue, de telle mani&egrave;re que le changement d'un ou de quelques aas dans ces structures ne doit avoir que tr&egrave;s peu d'effet. Cependant on avance toujours que les aas aliphatiques peuvent &ecirc;tre interchangeables, alors que nous savons que toute mutation peut entra&icirc;ner un avantage s&eacute;lectifsélectif &agrave; un moment ou l'autre au cours de l'&eacute;volutionévolution. Les aas autres que les aliphatiques, dans les structures alpha et b&ecirc;ta doivent avoir le m&ecirc;me effet, peut-&ecirc;tre avec plus d'avantage &eacute;volutifévolutif. Cela n'a rien &agrave; voir avec n'importe quel aa se trouvant impliqu&eacute;impliqué dans un site actif ou y participant. Cet aa donne effectivement des mutants qu'on arrive &agrave; cerner tant leurs effets sont importants. <br /> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Donc on peut &eacute;tablirétablir le concept suivant pour toutes les macro-mol&eacute;culesmolécules:<br />
<ul>
<li>Une macro-mol&eacute;culemolécule se d&eacute;finitdéfinit ( ou bien des contraintes physiques l'ont d&eacute;termin&eacute;edéterminée ainsi ) par un squelette propre qui conf&egrave;re sa principale propri&eacute;t&eacute;propriété. Ce squelette est accompagn&eacute;accompagné de bras lat&eacute;rauxlatéraux pour interagir avec son environnement ( solvant, petites mol&eacute;culesmolécules ) et les autres macro-mol&eacute;culesmolécules. De ce point de vue le liposome et m&ecirc;me un PLD isol&eacute;isolé ( acyl carrier prot&eacute;ineprotéine ) se comporte comme une macro-mol&eacute;culemolécule: il est constitu&eacute;constitué d'un squelette, les 2 acides gras agissant avec les forces de Van der Walls. Nous avons ainsi:</li>
<li>Le liposome avec sa t&ecirc;te hydrophile ( bras ) et sa queue aliphatique. Le bras est unique, EtN; Ser, choline. Ce bras peut pi&eacute;gerpiéger les aas. La queue aliphatique impose les bras aliphatiques des prot&eacute;inesprotéines qui la traversent. Elle agit par les forces de van der Walls.</li>
<li>Les prot&eacute;inesprotéines ont un squelette qui &eacute;tablitétablit des liaisons hydrog&egrave;nes intra pour former les structures alpha et b&ecirc;ta, alors que les PLDs agissent entre eux pour former une structure.. Dans ce sens on peut consid&eacute;rerconsidérer que le liposome est une macro-mol&eacute;culemolécule qui porte 10<sup>7 </sup>bras. Comme une prot&eacute;ineprotéine poss&egrave;de des centaines de bras. La vari&eacute;t&eacute;variété des bras ( 20 aas ) lui permet d'interagir avec le liposome ( aas aliphatiques ), avec l'ARN et l'ADN ( aas aromatiques et ioniques ) et avec son environnement, notamment pour la catalyse.</li>
<li>L'ARN se d&eacute;finitdéfinit par son squelette ionique avec la fonction alcool 2'OH tr&egrave;s instable. Ce squelette n'&eacute;tablitétablit pas de liaison ionique ou hydrog&egrave;ne en intra, seulement avec les prot&eacute;inesprotéines et son environnement ( Mg++ , K+ ). Ses bras sont limit&eacute;slimités &agrave; 4 types de bases qui peuvent <u> '''&eacute;tablirétablir ou non'''</u> des liaisons hydrog&egrave;nes entre elles ou les prot&eacute;inesprotéines. L'ARN interagit par ses bras avec les prot&eacute;inesprotéines par des liaisons hydrog&egrave;nes : bras ARN &agrave; squelette prot&eacute;ineprotéine. Nous avons vu pour liposome/prot&eacute;ineprotéine c'est la force de van der Walls entre squelette liposome et les bras de la prot&eacute;ineprotéine. Je distingue bien liaison hydrog&egrave;ne intra squelette de la prot&eacute;ineprotéine des liaisons hydrog&egrave;nes des bras de l'ARN qui permettent surtout l'appariement entre 2 ARNs. Ce qui n'est pas le cas pour les prot&eacute;inesprotéines qui s'apparient de fa&ccedil;on plus complexe &agrave; cause de la grande vari&eacute;t&eacute;variété de leurs bras.</li>
<li>L'ADN se d&eacute;finitdéfinit par sonsquelette sans 2'OH qui lui conf&egrave;re une grande stabilit&eacute;stabilité. Sinon il est identique &agrave; celui de l'ARN. Mais la stabilit&eacute;stabilité de l'ADN est renforc&eacute;erenforcée encore plus par la T au lieu de U ( bras ) qui avec son m&eacute;thyleméthyle ajoute de l'hydrophobicit&eacute;hydrophobicité &agrave; l'aromaticit&eacute;aromaticité. Les 4 types de bras de l'ADN lui servent surtout pour s'apparier avec lui-m&ecirc;me de fa&ccedil;on ferme, jusqu'&agrave; ressembler &agrave; un cristal. Les forces en jeu sont toujours des liaisons hydrog&egrave;nes, mais la mise en commun de l'aromaticit&eacute;aromaticité et de l'hydrophobicit&eacute;hydrophobicité lui conf&egrave;re sa grande stabilit&eacute;stabilité et son r&ocirc;le de donneur d'ordre.<br /> &nbsp; L'ADN s'apparie avec les prot&eacute;inesprotéines comme le fait l'ARN, mais l'absence du 2'OH et de U ne lui permettent pas d'avoir des fonctions catalytiques. L'ADN s'apparie avec l'ARN ce qui permet de passer d'une structure stable et non catalytique, &agrave; une structure semi-ouverte gr&acirc;ce &agrave; l'appariement Wobble de l'uracile qui peut interagir avec les prot&eacute;inesprotéines en cr&eacute;antcréant des structures ( tRNA, ribosome ) 2 fois catalytiques. L'ADN ne peut exister sans T.</li>
</ul>
</li>
</ul>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nous voyons ainsi que liposome et ADN constituent les 2 p&ocirc;les de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire et que ARN et prot&eacute;inesprotéines sont leurs interm&eacute;diairesintermédiaires.</p>
<p>04.03.14</p>
<p>Les aas forment une famille, un groupe dans le sens math&eacute;matiquemathématique. J'ai r&eacute;uniréuni dans un&nbsp;[http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods tableau] l'ensemble des aas et leurs d&eacute;riv&eacute;sdérivés dans le m&eacute;tabolismemétabolisme centrale. L'id&eacute;eidée c'est d'analyser le comportement et la structure des enzymes qui les modifient. Essai de comparer 2 enzymes ayant la m&ecirc;me fonction mais ne diff&eacute;rantdifférant que par un seul carbone du substrat (D et E). Essai de comparer les enzymes de transamination entre aa et oxo: on reste en famille. En comparant 261.57 et 261.1 il s'av&egrave;re d&eacute;sormaisdésormais que la fonction catalytique tiens d'abord de sa structure secondaire, s&eacute;quenceséquence de betas, de turn et d'h&eacute;liceshélices (voir&nbsp;[http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/transamine.odt l'interpr&eacute;tationinterprétation] en relation avec le tableau pr&eacute;c&eacute;dentprécédent).</p>
<p>09.03.14 Paris</p>
<p>&nbsp;&nbsp; L'id&eacute;eidée de d&eacute;partdépart est de comparer les enzymes utilisant le m&ecirc;me substrat mais diff&eacute;rantdifférant par un CH2 ( longueur ) seulement. C'est le cas d'une mol&eacute;culemolécule dont le squelette contient du glutamate par rapport &agrave; l&rsquo;aspartate.</p>
<p>18.3.14 Paris</p>
<p>''' 1'''&nbsp; -&nbsp; <u> Rac&eacute;masesRacémases</u> ( voir tableau pr&eacute;c&eacute;dentprécédent )</p>
<p> La comparaison de spectre en aas est faite sur la m&ecirc;me souche de E.Coli. Il n'y a pas de structures &agrave; comparer.</p>
<ul>
<li>Pour E : apparemment E augmente de 33% mais entra&icirc;ne avec lui FPRV ( 38% pour P et V ) comme si E est neutralis&eacute;neutralisé ioniquement par R. Pourquoi P et V augmentent si fortement?</li>
<li>Pour CHMNQWY: Leurs faibles fr&eacute;quencesfréquences qu'on constate en g&eacute;n&eacute;ralgénéral baissent ici syst&eacute;matiquementsystématiquement quand on passe de D &agrave; E.</li>
<li>Pour D: il baisse tr&egrave;s peu, 16% contre 33% d'augmentation pour E. Mais de la m&ecirc;me fa&ccedil;on que E il entraine avec lui I et K ( 58% et 40% ), K remplace ici R. Il a S qui baisse sensiblement, 25%.</li>
<li>T reste constant</li>
<li>En comparaison avec Pyrococcus ( pho ), une arch&eacute;earchée hyper- thermophile, sur l'aspartate ( D ) E et K augmentent chez pho comme si c'&eacute;taitétait une r&eacute;actionréaction &agrave; la temp&eacute;raturetempérature et K &eacute;quilibreéquilibre ioniquement E &agrave; la place de R. Les faibles fr&eacute;quencesfréquences ( CHMNQWY ) diminuent fortement chez pho comme au passage de D vers E et P reste constant. Ces aas seraient r&eacute;actifsréactifs mais interviendraient peu dans la rac&eacute;misationracémisation. La temp&eacute;raturetempérature augmenterait inutilement leur r&eacute;activit&eacute;réactivité, ce qui d&eacute;stabiliseraitdéstabiliserait l'enzyme.</li>
</ul>
<p>&nbsp;&nbsp; En conclusion: Il semble que le carbone exc&eacute;dentaireexcédentaire de E ait une influence sur la rac&eacute;misationracémisation. Dans d'autres r&eacute;actionsréactions, autre que la rac&eacute;misationracémisation, 2 aas diff&eacute;rentsdifférents peuvent &ecirc;tre utilis&eacute;sutilisés par la m&ecirc;me enzyme. Il serait souhaitable d'avoir la structure de D ( EC 511.13 ) chez E.Coli. La comparaison entre pho ( D ) et eco ( E ), malgr&eacute;malgré la trop influence de la temp&eacute;raturetempérature et la diff&eacute;rencedifférence du nombre des aas montre que les h&eacute;liceshélices alpha sont conserv&eacute;esconservées alors que les feuillets b&ecirc;ta diff&egrave;rent &eacute;norm&eacute;menténormément ( max 5/11 et beaucoup de grands chez E ). Est-ce l'influence de la temp&eacute;raturetempérature pour les b&ecirc;ta ?</p>
<p>''' 2'''&nbsp; -&nbsp;&nbsp; <u> D&eacute;formylaseDéformylase</u>: EC351.15/68 chez [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods kko], une bact&eacute;riebactérie.</p>
<ul>
<li>Il est &eacute;videntévident que E et D agissent tr&egrave;s diff&eacute;remmentdifféremment puisque D utilise le Zn alors que E non, et les longueurs sont tr&egrave;s diff&eacute;rentesdifférentes. Nous ne retrouvons pas les m&ecirc;mes changement des spectres de fr&eacute;quencefréquence des aas qu'avec les rac&eacute;masesracémases. Notamment E baisse quand on passe de D &agrave; E, alors qu'il augmente avec la rac&eacute;maseracémase.</li>
<li>En essayant de trouver une structure de EC 351.15, j'ai trouv&eacute;trouvé celle de l'homo sapiens ( hsa ) et du rat ( voir l'alignement des s&eacute;quencesséquences&nbsp;[http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/rat15.odt ici] ). Si les sites de binding ( Zn ) et les sites actifs sont identiques, la s&eacute;quenceséquence des aas comporte &eacute;norm&eacute;menténormément de diff&eacute;rencesdifférences mais la structure reste la m&ecirc;me 1 ou 2 aas pr&egrave;s: les statistiques des alpha, b&ecirc;ta, turn et libre sont identiques.</li>
<li>On peut &eacute;noncerénoncer le principe suivant: une enzyme ayant la m&ecirc;me catalyse (m&ecirc;me substrats, m&ecirc;mes produits et m&ecirc;me contr&ocirc;les ) chez 2 organismes diff&eacute;rentsdifférents doit avoir les m&ecirc;mes sites de binding et d'activit&eacute;activité et la m&ecirc;me structure. Par contre la s&eacute;quenceséquence des aas dans les structures primaires ( alpha, b&ecirc;ta, turn et libre ) peut varier librement. On peut interpr&eacute;terinterpréter ce principe comme la cons&eacute;quenceconséquence des forces &eacute;lectromagn&eacute;tiquesélectromagnétiques cr&eacute;&eacute;escréées par ces structures. Avec des longueurs presque &eacute;galeségales et une s&eacute;quenceséquence des structures primaires identique, on cr&eacute;ecrée les m&ecirc;mes forces avec des s&eacute;quencesséquences en aas diff&eacute;rentesdifférentes. Deux remarques importantes cependant:
<ul>
<li>La formation de ces structures ne d&eacute;penddépend pas seulement de la s&eacute;quenceséquence des aas. Dans l'alignement pr&eacute;c&eacute;dentprécédent, hsa et rat, &agrave; la position 50, le feuillet b&ecirc;ta n'a pas la m&ecirc;me longueur alors qu'on a la m&ecirc;me s&eacute;quenceséquence en aas: '''LEVKPFIT''' pour hsa et LEV'''KPFIT''' pour rat.</li>
<li>Les h&eacute;liceshélices alpha imposent leur structure par sa longueur ( 22 ), alors que les feuillets b&ecirc;ta s'imposent par leur nombre alors qu'ils sont petits. Les b&ecirc;ta, les turn et les libres contiennent souvent les sites actifs et les bindings. A mon avis il faut n&eacute;gligernégliger ( pour les mises en valeur ) les h&eacute;liceshélices alpha de longueur inf&eacute;rieurinférieur &agrave; 7 par contre il faut maintenir toutes les autres structures.</li>
</ul>
</li>
<li>On retrouvera ces r&eacute;sultatsrésultats en plus affin&eacute;saffinés dans les transaminases ( onglet&nbsp;[http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods 2611] du tableau pr&eacute;c&eacute;dentprécédent ).</li>
</ul>
<p>19.3.14 Paris</p>
<p> '''3'''&nbsp; -&nbsp; <u> La famille des aas codants</u>:</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;J'avais commenc&eacute;commencé par recenser tous les aas qui se trouvent dans le m&eacute;tabolismemétabolisme ( onglet [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods stats] du tableau pr&eacute;c&eacute;dentprécédent ) ainsi que leurs proches d&eacute;riv&eacute;sdérivés comme les acides oxo et hydroxy en alpha et les D-aas. J'arrive &agrave; un total de 160 L-aas environ. C'est &eacute;normeénorme par rapport aux 20 aas codants.</p>
<ul>
<li>&nbsp;&nbsp;&nbsp; La remarque que tout aa D ou L peut perdre ( ou transf&eacute;rertransférer ) son NH2 en donnant oxo m'a conduit &agrave; &eacute;tudierétudier les enzymes EC 261.- . Ces enzymes inter-changent les aas D ou L, mais particuli&egrave;rement les L. Voici une propri&eacute;t&eacute;propriété de groupe comme je l'ai signal&eacute;signalé dans 2&egrave;me d&eacute;tricotagedétricotage avec l'analyse de tRNA pour les codons/anticodons. Ces enzymes ont beaucoup de points communs. Elles utilisent toutes un seul cofacteur, B6. Elles ont une taille moyenne par rapport aux autres enzymes cytoplasmiques, autour de 400 aas. Elles sont structur&eacute;esstructurées autour des h&eacute;liceshélices alphaplus qu'autour des feuillets b&ecirc;ta ( absence d'interaction avec les nucl&eacute;otidesnucléotides ? ): 40% alpha, moins de 20% b&ecirc;ta et 40% de libres qui sont plut&ocirc;t courts. Les h&eacute;liceshélices alpha longues sont nombreuses et le max d&eacute;passentdépassent les 20 aas et atteint les 32 aas. Elles sont regroup&eacute;esregroupées en 5 classes.</li>
<li>&nbsp;&nbsp;&nbsp; La structure de ces enzymes ( disposition des structures primaires alpha, b&ecirc;ta, turn et libre ) reste semblable tant que la catalyse est simple, que &ccedil;a soit chez E.Coli ( eco ) ou chez l'homme ( hsa ). Le cas de EC 261.57 chez la levure ( sce ) montre une tr&egrave;s grande diff&eacute;rencedifférence qui est due au fait que l'enzyme de la levure catalyse de nombreux aa, plus que chez E.Coli ou l'homme. Nous retrouvons l&agrave; le principe &eacute;nonc&eacute;énoncé pr&eacute;c&eacute;demmentprécédemment avec la d&eacute;formylasedéformylase. Nous retrouvons aussi la notion d'iso-enzyme comme avec EC 261.1 et EC 261.57 où il suffit de faire une digestion contr&ocirc;l&eacute;elée de&nbsp;[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ec:2.6.1.57 261.57] pour retrouver les fonctions de 261.1 . <br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; De m&ecirc;me que pour les d&eacute;formylasesdéformylases la structure de l'enzyme reste &agrave; peu pr&egrave;s la m&ecirc;me, les sites d'attache et d'activit&eacute;activité sont identiques, seules les s&eacute;quencesséquences des aas dans les structures primaires changent. La notion d'iso-enzyme ne traite que de la catalyse, un substrat donn&eacute;donné transform&eacute;transformé en un produit donn&eacute;donné. Les sp&eacute;cificit&eacute;sspécificités du principe que j'avance met en exergue l'&eacute;volutionévolution. Que &ccedil;a soit chez l'homme ou la bact&eacute;riebactérie la structure est la m&ecirc;me, seule change la s&eacute;quenceséquence des aas dans les structures primaires. La s&eacute;quenceséquence des aas doit avoir un impact &eacute;volutifévolutif certain, comme tout changement, mais il doit &ecirc;tre tr&egrave;s faible. &Ccedil;a devrait concerner des diff&eacute;rencesdifférences faibles de vitesse de catalyse ou de coefficient d'affinit&eacute;affinité pour tel ou tel substrat ou encore mieux de r&eacute;actionréaction &agrave; son environnement chimique et prot&eacute;iqueprotéique. La catalyse est alors modul&eacute;emodulée par des mutations ponctuelles.</li>
<li>&nbsp;&nbsp;&nbsp; L'importance des h&eacute;liceshélices alpha en longueur et en nombre m'a sugg&eacute;r&eacute;suggéré une id&eacute;eidée qui &agrave; priori semble saugrenue mais en poussant la r&eacute;flexionréflexion, elle ne semble pas impossible. Cette id&eacute;eidée c'est que l'h&eacute;licehélice ressemble &agrave; une onde, et l'ensemble de l'enzyme ressemble &agrave; une succession de n&oelig;uds et de ventres comme dans une corde en vibration. Or derni&egrave;rement j'ai abord&eacute;abordé l'intrication dans l'ADN ( voir [http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant ) et la structure cristalline de l'ADN ( voir ARN-[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuit&eacute;continuité] ). Et si l'intrication dans l'ADN ( l'intrication qui est de nature quantique et donc ondulatoire ) contraignait son syst&egrave;me de r&eacute;parationréparation &agrave; produire des s&eacute;quencesséquences de bases englob&eacute;esenglobées dans une onde? Ou dit autrement, si le syst&egrave;me de r&eacute;parationréparation r&eacute;agissaitréagissait &agrave; l'&eacute;tatétat ondulatoire d'une s&eacute;quenceséquence de bases donn&eacute;edonnée, &eacute;tatétat qui active certaines zones &eacute;lectroniquesélectroniques et en d&eacute;sactivedésactive d'autres? Ces s&eacute;quencesséquences seraient susceptibles, indirectement j'en conviens, de produire des h&eacute;liceshélices alpha dans l'enzyme. Mais cet effet indirect se retrouve dans le processus de duplication de certaines zones de l'ADN; les palindromes, les tandems, les duplications donnent, avec l'&eacute;volutionévolution, des prot&eacute;inesprotéines qui ont des surfaces compl&eacute;mentairescomplémentaires qui leur permettent de former des homomers ou des h&eacute;t&eacute;romershétéromers. Oh! combien fr&eacute;quentsfréquents chez les prot&eacute;inesprotéines. Mais aussi les capsides des virus d'une parfaite g&eacute;om&eacute;triegéométrie, ressemblant &agrave; un cristal. <br />&nbsp;&nbsp; L'importance de cette id&eacute;eidée sur les h&eacute;liceshélices alpha, c'est que l'&eacute;volutionévolution est provoqu&eacute;eprovoquée, contrainte, acc&eacute;l&eacute;r&eacute;eaccélérée par l'ensemble du chromosome. Et vice versa cela justifie la longueur des chromosomes. Plus ils sont longs plus l'&eacute;volutionévolution de leurs g&egrave;nes est int&eacute;gr&eacute;eintégrée. Cette r&eacute;sonancerésonance quantique au niveau de l'ADN a d&ucirc; produire rapidement les fonctions catalytiques au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire et de fa&ccedil;on int&eacute;gr&eacute;eintégrée.</li>
<li>&nbsp;&nbsp; Une 2&egrave;me remarque se d&eacute;gagedégage de cette &eacute;tudeétude des enzymes 261.- . C'est que le site actif est souvent une glycine ou un autre aa qui agit non pas par son radical mais par le&nbsp;[http://www.uniprot.org/uniprot/P04693 H de N] ou du&nbsp;[http://www.uniprot.org/uniprot/P18335 O du carbonyle] de la liaison peptidique pour &eacute;tablirétablir une liaison H. C'est comme si le radical ne servait &agrave; rien. Il ne servirait alors qu'&agrave; la formation des h&eacute;liceshélices et des feuillets. J'avais souvent tiqu&eacute;tiqué sur le fait que la glycine &eacute;taitétait toujours pr&eacute;senteprésente avec d'autres aas ( autres que K qui para&icirc;t constant et jouer un r&ocirc;le important ) dans le binding de l'ATP. C'est comme si le squelette ( s&eacute;quenceséquence primaire des aas ) jouait le r&ocirc;le le plus important dans la catalyse. Le rapprochement de diff&eacute;rentesdifférentes r&eacute;gionsrégions du squelette au substrat ou au cofacteur, rapprochait en fait les radicaux avoisinants qui peuvent alors agir. La cons&eacute;quenceconséquence c'est que si les radicaux &eacute;taientétaient volumineux, ils emp&ecirc;cheraient ce rapprochement. Ou dit autrement plus les radicaux sont petits plus est forte, subtile et facile &agrave; mettre en place une conformation ad&eacute;quateadéquate pour la catalyse. Cela entra&icirc;ne l'expulsion des mol&eacute;culesmolécules d'eau qui peuvent rester cependant en petit nombre. C'est la n&eacute;cessit&eacute;nécessité des c&oelig;urs hydrophobes des centres catalytiques et leur origine membranaire au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire.</li>
<li>&nbsp;&nbsp; Les <u> conditions n&eacute;cessairesnécessaires pour qu'un groupe d'aas deviennent codants</u> et produire les prot&eacute;inesprotéines que l'on conna&icirc;t.<ol>
<li>'''La petitesse des aas''':&nbsp;&nbsp; L'&eacute;tudeétude pr&eacute;c&eacute;denteprécédente des h&eacute;liceshélices alpha a montr&eacute;montré que le plus important pour une prot&eacute;ineprotéine c'est d'&eacute;tablirétablir des liaisons H entre le O et le NH de 2 liaisons peptidiques. Ce qui cr&eacute;ecrée des forces &eacute;lectromagn&eacute;tiquesélectromagnétiques selon la longueur de l'h&eacute;licehélice ou l'&eacute;tendueétendue des feuillets b&ecirc;ta, forces n&eacute;cessairesnécessaires &agrave; l'activation de certaines zones. Les liaisons peptidiques qui ne sont pas dans ces structures, ou se trouvant &agrave; leurs bordures, peuvent &eacute;tablirétablir des liaisons H avec le substrat ou le cofacteur. Ce rapprochement des zones du squelette impose alors que les radicaux soient les plus petits possibles car la liaison H est &agrave; courte port&eacute;eportée. Des radicaux volumineux se g&ecirc;neraient par encombrement st&eacute;riquestérique.</li>
<li>'''Le nombre d'aas du groupe''' codant:&nbsp; Le principe de contrainte/libert&eacute;liberté ( ARN-[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuit&eacute;continuité] ) impose, lui, que les radicaux soient les plus nombreux possible. En effet les aas avec leur zwitterion sont &eacute;quivalentséquivalents &agrave; ceux des PLDs de la membrane qui les pi&egrave;gent et les introduits dans la membrane puis dans le cytoplasme. Les prot&eacute;inesprotéines seraient les repr&eacute;sentantsreprésentants de la membrane, comme l'ARN serait le repr&eacute;sentantreprésentant de l'ADN, comme on l'a vu dans le&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant. <br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; La membrane est une surface ferm&eacute;efermée où la libert&eacute;liberté des PLDs est maximum et la contrainte par les forces de v.der Walls sont les plus faibles ( voir&nbsp;[http://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Chiralit%C3%A9_pr%C3%A9biotique chiralit&eacute;chiralité] pr&eacute;biotiqueprébiotique ). Les aas libres peuvent se promener comme les PLDs &agrave; la surface de la membrane. Quand ces aas p&eacute;npén&egrave;trent dans la membrane, ils peuvent &eacute;tablirétablir des liaisons H entre-eux. Leur degr&eacute;degré de libert&eacute;liberté diminue. Il diminue drastiquement quand les liaisons peptidiques s'&eacute;tablissentétablissent et que les structures se mettent en place. Le principe de contrainte/libert&eacute;liberté stipule que si la contrainte est maximum on obtiendrait un cristalqui est le symbole du non-vivant. La contrainte maximum s'obtient aussi par une grande r&eacute;gularit&eacute;régularité ou une grande uniformit&eacute;uniformité, comme un seul type de radical, donc un seul type d'aa. Le concept global de la&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuit&eacute;continuité] entre &eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire et &eacute;volutionévolution darwinienne postule que l'on passe d'un &eacute;tatétat de contrainte/libert&eacute;liberté &agrave; un autre de fa&ccedil;on continue. Dans notre cas la perte de libert&eacute;liberté due aux liaisons peptidiques dans les prot&eacute;inesprotéines sera compens&eacute;ecompensée par une grande vari&eacute;t&eacute;variété d'aas qui cr&eacute;erontcréeront des structures primaires &agrave; longueur ( h&eacute;liceshélices ) ou &eacute;tendueétendue ( feuillet ) variable, donc avec des forces &eacute;lectromagn&eacute;tiquesélectromagnétiques variables. Ce qui est faisable avec les liaisons H. Cette variabilit&eacute;variabilité sera le r&ocirc;le des radicaux.</li>
<li>'''La r&eacute;activit&eacute;réactivité des radicaux''':&nbsp; Il faut distinguer la r&eacute;activit&eacute;réactivité des radicaux entre-eux fix&eacute;sfixés &agrave; la prot&eacute;ineprotéine et leur r&eacute;activit&eacute;réactivité vis &agrave; vis du solvant ( huile ou eau ), des autres petites mol&eacute;culesmolécules individuelles dilu&eacute;esdiluées dans le solvant et des radicaux d'autres macromol&eacute;culesmacromolécules.
<ul>
<li>''L'organisation de la prot&eacute;ineprotéine'': La r&eacute;activit&eacute;réactivité des radicaux de la cha&icirc;ne polypeptidique concerne le principe d'[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 organisation]. En effet les structures primaires qui se sont form&eacute;esformées gr&acirc;ce aux liaisons H et &agrave; la liaison peptidique seraient compl&egrave;tement immobilis&eacute;esimmobilisées ou d&eacute;truitesdétruites si les radicaux proches les uns des autres &eacute;tablissaientétablissaient des liaisons covalentes ou H ( ces derni&egrave;res en grand nombre ). <ol style="list-style-type: lower-alpha; >
<li>&Agrave; grande distance le squelette et les forces &eacute;lectromagn&eacute;tiquesélectromagnétiques g&eacute;n&eacute;r&eacute;esgénérées par l'organisation des structures primaires emp&ecirc;chent ces liaisons. &Agrave; grande distance l'&eacute;tablissementétablissement des liaisons covalentes ( ponts disulfures) et hydrog&egrave;ne entre radicaux est dict&eacute;edictée par la fonction de la prot&eacute;ineprotéine qui a &eacute;volu&eacute;eévoluée dans ce sens ( par &eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire ou darwinienne ).</li>
<li>&Agrave; courte distance c'est la non-r&eacute;activit&eacute;réactivité des radicaux qui devient une n&eacute;cessit&eacute;nécessité dans le cas des ions -NH3+ et -CO2- impos&eacute;simposés par la r&eacute;actionréaction de la prot&eacute;ineprotéine vis &agrave; vis du solvant aqueux. C'est le cas de D E K R. Si un D ou E &eacute;taitétait au m&ecirc;me niveau qu'un K ou R la liaison ionique serait assez puissante pour courber fortement le squelette: K a 4 carbones CH2 et R 5 atomes ( 4 C et 1 N ) avant le cation NH2+. D et E ont respectivement 1 et 2 carbones CH2 avant le CO2-. Les ions sont non seulement une n&eacute;cessit&eacute;nécessité pour la r&eacute;actionréaction vis &agrave; vis du solvant aqueux, mais sont une n&eacute;cessit&eacute;nécessité pour une l&eacute;glég&egrave;re courbure du squelettepour provoquer la formation des h&eacute;liceshélices. Aussi les radicaux les portants ne devraient pas &ecirc;tre trop longs.</li>
<li>L'organisation de la prot&eacute;ineprotéine se fait aussi en fonction du solvant comme le liposome s'organise en double couche sph&eacute;riquesphérique. Et ce sont les radicaux qui entrent en jeux. Pour un solvant aqueux on aura besoin de radicaux hydrophiles, ionis&eacute;sionisés ou polaires, pour un solvant hydrophobe nous aurons besoins de radicaux hydrophobes. Or il s'av&egrave;re que ces 2 types de radicaux doivent &ecirc;tre pr&eacute;sentsprésents tous les 2 et toujours dans une prot&eacute;ineprotéine car dans l'eau l'ext&eacute;rieurextérieur de la prot&eacute;ineprotéine est en contact avec l'eau et le c&oelig;ur est vid&eacute;vidé de son eau pour permettre la catalyse, donc hydrophobe. Les prot&eacute;inesprotéines membranaires s'accrochent avec des aas aliphatiques et j'ai propos&eacute;proposé dans (&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/longueur-des-aa-a90229899 longueur des aas] ) que la diff&eacute;rencedifférence de longueur entre V et L s'expliquerait par la mise en tenaille du PLD par ces 2 aas. Par contre l'int&eacute;rieurintérieur des canaux membranaires ou bien les prot&eacute;inesprotéines dont une partie est dans le cytoplasme, doivent poss&eacute;derposséder des aas hydrophiles et fonctionnels pour les transports et la catalyse.</li>
<li> Le pouvoir organisateur des radicaux: (20.3.14) Nous sommes toujours dans le principe d'[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 organisation] du concept global. Nous avons vu l'organisation de la prot&eacute;ineprotéine par les liaisons H de son squelette, la n&eacute;cessit&eacute;nécessité de radicaux peu r&eacute;actifsréactifs &agrave; grande distance pour maintenir cette organisation et enfin l'impact du solvant sur cette organisation. <br />&nbsp; Nous avons trait&eacute;traité dans le concept global le principe d'organisation au niveau thermodynamique, c a d au niveau des m&eacute;langesmélanges de petites mol&eacute;culesmolécules min&eacute;ralesminérales ou organiques soumises aux lois de la thermodynamique classique et non &agrave; la thermodynamique des surfaces min&eacute;ralesminérales ou organiques comme le liposome. Nous avons propos&eacute;proposé que ce sont les atomes de la 3&egrave;me et 4&egrave;me (m&eacute;tauxmétaux de transition) ligne du tableau des &eacute;l&eacute;mentséléments qui avaient un pouvoir organisateur vis &agrave; vis du solvant et des autres petites mol&eacute;culesmolécules gr&acirc;ce &agrave; leur cort&egrave;ge &eacute;lectroniqueélectronique puissant. Les m&eacute;tauxmétaux de transition sont &agrave; l'origine de la synth&egrave;se abiotique des acides gras et rentrent dans les cofacteurs des enzymes essentielles du m&eacute;tabolismemétabolisme. De m&ecirc;me le phosphate appara&icirc;t comme l'organisateur min&eacute;ralminéral principal du liposome et du m&eacute;tabolismemétabolisme. <br />&nbsp; Dans l'organisation de la prot&eacute;ineprotéine nous avons bien s&ucirc;r les m&eacute;tauxmétaux de transition, mais comme cofacteur seulement, Ils ne sont pas constitutifs des prot&eacute;inesprotéines. Par contre nous avons le soufre qui vient apr&egrave;s le phosphore dans le tableau des &eacute;l&eacute;mentséléments et il fait partie int&eacute;granteintégrante des prot&eacute;inesprotéines avec C et M, 2 aas du groupe codant. Pour l'organisation de la prot&eacute;ineprotéine nous avons en plus, comme l'ADN et l'ARN, des cycles aromatiques qui sont organisateurs aussi, &agrave; l'instar des atomes organisateurs ci-dessus, gr&acirc;ce &agrave; leur cort&egrave;ge d'&eacute;lectronsélectrons d&eacute;localis&eacute;sdélocalisés. L'organisation quasi cristalline de l'ADN est due principalement &agrave; ce pouvoir organisateur des bases nucl&eacute;iquesnucléiques que nous appelons intrication (&nbsp;&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant ). L'intrication n'est pas mise en &oelig;uvre dans les prot&eacute;inesprotéines car les cycles aromatiques ne sont pas mis en contact les uns avec les autres. Par contre quand ils sont en contact avec l'eau, ils cr&eacute;entcréent une organisation locale, et quand ils sont dans un environnement hydrophobe ( liposome ou au milieu de la prot&eacute;ineprotéine ayant exclut l'eau ) ils peuvent agir par les forces &eacute;lectromagn&eacute;tiquesélectromagnétiques et &agrave; distance sur les radicaux polaires et ioniques et interagir entre-eux. <br />&nbsp; Les cycles aromatiques ont 2 actions fondamentales sur l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire: ils participent &agrave; l'organisation intrins&egrave;que de la prot&eacute;ineprotéine et ensuite ils seront les principaux acteurs dans l'interaction ( ADN, ARN ) / prot&eacute;ineprotéine. <br />&nbsp;&nbsp;Au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire c'est la cyst&eacute;inecystéine qui pourrait initier la formation de l'organisation des 1ers peptides, car elle d&eacute;rivedérive facilement de la s&eacute;rinesérine elle-m&ecirc;me consid&eacute;r&eacute;econsidérée comme parmi les 1&egrave;res mol&eacute;culesmolécules qui apparaissent (&nbsp;voir&nbsp;[http://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Chiralit%C3%A9_pr%C3%A9biotique chiralit&eacute;chiralité] pr&eacute;biotiqueprébiotique ). Nous d&eacute;velopperonsdévelopperons ce point dans la formation du groupe des aas codant apr&egrave;s avoir appliqu&eacute;appliqué le principe d'action/r&eacute;actionréaction du concept global aux prot&eacute;inesprotéines.</li>
</ol></li>
<li>''&nbsp;&nbsp; Les fonctionnalit&eacute;sfonctionnalités des prot&eacute;inesprotéines'': (19.3.14) C'est le principe d'action/r&eacute;actionréaction d&eacute;velopp&eacute;développé dans Le concept global de la&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuit&eacute;continuité] entre &eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire et &eacute;volutionévolution darwinienne qui pr&eacute;vautprévaut ici. Le mod&egrave;le qui puisse le repr&eacute;senterreprésenter le plus c'est le m&eacute;canismemécanisme chimique r&eacute;actionnelréactionnel avec ses attaques nucl&eacute;ophilesnucléophiles les sauts de puce des &eacute;lectronsélectrons. Dans le cas du liposome ce principe est tr&egrave;s simple, mais il est &agrave; la base de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire avec les processus issus des potentiels &eacute;lectroniquesélectroniques et protoniques, des processus de diffusion et ceux n&eacute;cessairesnécessaires &agrave; la coh&eacute;sioncohésion m&eacute;caniquemécanique du liposome. Pour les prot&eacute;inesprotéines chaque radical peut &ecirc;tre un point d'action/r&eacute;actionréaction avec une petite mol&eacute;culemolécule. Pour le liposome il n'y a pas de points particuliers , d'où sa forme sph&eacute;riquesphérique presque parfaite au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire. <br />&nbsp;&nbsp; Pour les prot&eacute;inesprotéines il faut distinguer 2 types d'interactions nettement diff&eacute;rentesdifférentes: L'interaction avec les petites mol&eacute;culesmolécules, ce qui conduit &agrave; la catalyse et &agrave; son contr&ocirc;le, et l'interaction de la prot&eacute;ineprotéine avec une macromol&eacute;culemacromolécule: prot&eacute;ineprotéine, ADN, ARN et membrane. La 1&egrave;re interaction peut &ecirc;tre tr&egrave;s complexe et peut n&eacute;cessiternécessiter plusieurs &eacute;tapesétapes avec des &eacute;nergiesénergies &eacute;lev&eacute;esélevées et concentr&eacute;esconcentrées en certains points de la prot&eacute;ineprotéine , mais aussi des modifications post-traductionnelles dee certains radicaux et l'intervention de cofacteurs.<br />&nbsp;&nbsp; Les interactions prot&eacute;ineprotéine/macromol&eacute;culemacromolécule fait intervenir plusieurs radicaux en 1 et 2 dimensions pour les 2 macromol&eacute;culesmacromolécules. Mais en g&eacute;n&eacute;ralgénéral les processus sont simples et modulaires ne r&eacute;ussissantréussissant que parce qu'ils ne cr&eacute;entcréent pas de blocage. Le cas le plus compliqu&eacute;compliqué est l'interaction du tRNA avec son amino-acyl synth&eacute;tasesynthétase qui du coup se place au sommet de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire et darwinienne. Car en fait comme c'est une interaction prot&eacute;ineprotéine/ARN, c'est l'ARN qui subit plusieurs modifications, quelques fois tr&egrave;s complexe avant que l'interaction ne se r&eacute;aliseréalise et que la fonction aboutisse. Il faut remarquer que le tRNA reste relativement petit ( 70 pb ) et il est modulaire. Ce qui n'est pas le cas du rRNA qui est peu modifi&eacute;modifié et ses modifications sont simples, par contre il est 20 &agrave; 30 fois plus long qu'un tRNA. Le ribosome ex&eacute;cuteexécute un processus r&eacute;p&eacute;titifrépétitif qui, quoique complexe, il n'atteint pas la complexit&eacute;complexité du couple du tRNA et sa synth&eacute;tasesynthétase &agrave; la base du 2&egrave;me code g&eacute;n&eacute;tiquegénétique. Le ribosome est un automate, le couple tRNA et sa synth&eacute;tasesynthétase est une m&eacute;caniquemécanique de pr&eacute;cisionprécision.<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; L'interaction prot&eacute;ineprotéine/membrane est la plus simple de toutes ces interactions car elle est, avec l'interaction aa/membrane, &agrave; la base de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire.</li>
</ul>
</li>
</ol></li>
<li><u> La formation du groupe des aas codants, synth&egrave;se des 1ers peptides</u>: Les conditions que doivent remplir les aas codants que nous avons vues jusqu'ici pour former une prot&eacute;ineprotéine sont n&eacute;cessairesnécessaires mais pas suffisantes pour former un groupe ferm&eacute;fermé d'aas codants. Car pour qu'ils deviennent codants il faut que l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire arrive au stade des amino-acyl tRNA synth&eacute;tasesynthétase. Il est &eacute;videntévident qu'au stade actueldu vivantce sont les amino-acyl tRNA synth&eacute;tasessynthétases qui d&eacute;finissentdéfinissent le groupe des aas n&eacute;cessairesnécessaires &agrave; la synth&egrave;se des prot&eacute;inesprotéines, parce que la traduction ne se fait qu'exclusivement avec des tRNA charg&eacute;schargés par les synth&eacute;tasessynthétases. Il a &eacute;t&eacute;été montr&eacute;montré que par exemple la synth&eacute;tasesynthétase du tRNA (n) exclu l'aa norvaline qui n'appartient pas au groupe des 20 aas codants ( A.&nbsp;[http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/13/91/37/PDF/Fender2005.pdf Fender] 2007, page 24, 2.6. M&eacute;canismeMécanisme d&rsquo;&eacute;ditionédition ) .<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; Si l'on se place maintenant au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire, on peut se demander si ce groupe de 20 aas ou peut &ecirc;tre un groupe plus restreint a pu exister sous la forme, comme on l'a dit, d'un groupe math&eacute;matiquemathématique ferm&eacute;fermé. C.a.d un groupe synth&eacute;tisantsynthétisant des peptides ou les hydrolysants, toujours avec les m&ecirc;mes aas sans l'intervention des macromol&eacute;culesmacromolécules nucl&eacute;iquesnucléiques, comme les enzymes actuelles qui n&eacute;cessitentnécessitent quelque fois des cofacteurs. Deux r&eacute;actionsréactions de synth&egrave;se de la liaison peptidiquepar des enzymes, un processus de remaniement intraprot&eacute;ineintraprotéine et les processus prot&eacute;olytiquesprotéolytiques entre prot&eacute;inesprotéines laissent penser que &ccedil;a soit possible et que l'on puisse imaginer un m&eacute;canismemécanisme pr&eacute;biotiqueprébiotique de synth&egrave;se de peptides avec l'aide de la membrane. Ce sont:<br /><ol style="list-style-type: lower-alpha; >
<li>la synth&egrave;se de peptides:
<ul>
<li>Synth&egrave;se du glutathion avec 2 enzymes cr&eacute;antcréant une pseudo liaison peptidique, E-C et une vraie liaison peptidique, C-G : ec.632.2 et ec.632.3 respectivement.</li>
<li>Synth&egrave;se du polypeptide (EC)nG avec n+1 liaisons peptidiques. Ce qui fait qu'on a une alternance de vraie et pseudo liaisons peptidiques. C'est ec.232.15 qui existe m&ecirc;me chez certaines bact&eacute;riesbactéries ( gei avec 401 aas ).</li>
<li>La synth&egrave;se courante d'une pseudo dipeptide, le plus fr&eacute;quentfréquent &eacute;tantétant la liaison entre le carboxyl gama de E et un autre aa (ec [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?reaction+R04159+R01262+R01687+R03867+R04935+R00494+R03916+R03970+R03971 232.2], [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?reaction+R03749+R02743 232.4], [http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map=map00790&amp;show_description=show 1513, 632.17], [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?reaction+R09399 632.31]-34) ou entre K et la methyl-ornithine pour la synth&egrave;se de pyrrolysine[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?K16181+R10011 PylC].</li>
</ul>
</li>
<li>Les int&eacute;inesintéines, remaniements intraprot&eacute;ineintraprotéine</li>
<li>Les prot&eacute;asesprotéases</li>
<li>M&eacute;canismeMécanisme pr&eacute;biotiqueprébiotique de la formation de la liaison peptidique dans la membrane:ester en 1er puis remaniement en liaison peptide (voir int&eacute;ineintéine).</li>
<li>remarque: trans-est&eacute;rificationestérification et trans O-N acylation avec les tRNA charg&eacute;schargés: EC 232.3.6.8</li>
</ol></li>
</ul>
<p>21.3.14 Paris Ce jour j'ai &eacute;critécrit un pense-b&ecirc;te.</p>
<p>Suite de <u> La formation du groupe des aas codants</u>.</p>
<ul>
<li>Le comment :
<ul>
<li>Intercalation des aliphatiques pour inhiber les attaques nucl&eacute;ophilesnucléophiles: LAVIG.</li>
<li>Les attaques nucl&eacute;ophilesnucléophiles + r&eacute;organisationsréorganisations: CSDETNQH; les ions DEKR.</li>
<li>Les liaisons pseudo peptides: KE; les aromates: FHWY pour ADN/ARN.</li>
<li>Reste M: grand organisateur avec SAM et fM; P pour la structure.</li>
<li>Pourquoi DE: D petit et E pseudo peptide; LV pour PLDs; NQ? R? T?</li>
<li>W: double cyclecomme ADN et ARN + l'intrication, apport du NH2 + cycle aromatique.</li>
<li>H: aromatique + r&eacute;activit&eacute;réactivité + ch&eacute;lationchélation + petit cycle des ARN et ADN.</li>
<li>F: aromatique pur + hydrophobie.</li>
<li>Y: OH moins r&eacute;actifréactif que S.</li>
</ul>
<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ce regroupement de 20 aas ne se justifie ni par les tRNA/synthases ni par les op&eacute;rationsopérations intra-groupe car, pourquoi les doublons DE NQ LV? Pourquoi cette subtilit&eacute;subtilité et pr&eacute;cisionprécision entre certains aas DE NQ LV mais aussi IL, CM, P en cycle?<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; On peut toujours d&eacute;montrerdémontrer la n&eacute;cessit&eacute;nécessité, mais pas comment un aa appartient au groupe. On comprend l&rsquo;exclusion mais pas l'int&eacute;grationintégration: peut &ecirc;tre parce que le syst&egrave;me d'int&eacute;grationintégration n'est pas parfait. Il n'arrive pas &agrave; discriminer au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire et int&egrave;gre les doublons puis avec le temps d'&eacute;volutionévolution ( surtout pour tRNA/synthase ) il discrimine jusqu'&agrave; C et SeC. Et la pyrrolysine? (voir le dossier aa-famille dans pyrrolysine qu'elle a un vrai tRNA et une vraie synthase. On ne le voit dans mon tableau du d&eacute;butdébut parce que je ne traite dedans que E.Coli ).</li>
<li>Les r&eacute;actionsréactions en chaine entre aas est la condition suffisante.</li>
</ul>
<p>22.3.14 Paris Reprise de la r&eacute;flexionréflexion du 20.3.14 sur</p>
<p><u> La formation du groupe des aas codants</u></p>
<ul>
<li>S&eacute;parationSéparation est&eacute;rificationestérification-peptidisation: L'acylation se fait sur l'alcool de la s&eacute;rinesérine pour int&eacute;ineintéine, du ribose pour tRNA/synthase, sur le glyc&eacute;rolglycérol du PLD; la peptidisation se fait par r&eacute;arrangementréarrangement par le ribosome et par l'int&eacute;ineintéine; je ne sais pas comment se fait la liaison peptidique par enzyme: pseudo ou vraie.</li>
<li>Hydrolyse de la liaison peptidique:se fait par les prot&eacute;asesprotéases.<br />&nbsp; Il y a bien s&eacute;parationséparation entre acylation, peptidisation et hydrolyse. Dans le m&eacute;tabolismemétabolisme l'acylation se fait presque exclusivement par les tRNA/synthases, la peptidisation presque exclusivement par le ribosome et l'hydrolyse par les prot&eacute;asesprotéases.<br />&nbsp; Dans les int&eacute;inesintéines acylation et peptidisation sont r&eacute;uniesréunies, mais pas l'hydrolyse.</li>
<li>En thermodynamique toutes ces r&eacute;actionsréactions sont possibles en attaque acido-basique et avec la temp&eacute;raturetempérature. La peptidisation demandant des catalyseurs min&eacute;rauxminéraux. C'est ce qui se fait en chimie organique.</li>
<li>Dans le vivant il s'agit de proc&eacute;derprocéder par &eacute;tapesétapes, de s&eacute;parerséparer les 3 r&eacute;actionsréactions de fa&ccedil;on &agrave; cr&eacute;ercréer un encha&icirc;nement r&eacute;actionnelréactionnel r&eacute;versibleréversible cycliquement. Je veux dire par l&agrave; que acylation, peptidisation et hydrolyse sont s&eacute;par&eacute;esséparées par de nombreuses &eacute;tapesétapes mais forment une boucle ferm&eacute;efermée sans jamais cr&eacute;ercréer de blocage. Cette r&eacute;versibilit&eacute;réversibilité est obligatoire dans le vivant suivant le principe de contrainte/libert&eacute;liberté.&nbsp;</li>
<li>La r&eacute;versibilit&eacute;réversibilité d'une seule r&eacute;actionréaction chimique est n&eacute;cessairenécessaire aussi et obligatoire pour le vivant pour r&eacute;ponseréponse rapide. Ces 2 r&eacute;versibilit&eacute;sréversibilités sont la marque du vivant parce que la r&eacute;versibilit&eacute;réversibilité d'une seule r&eacute;actionréaction agit en g&eacute;n&eacute;ralgénéral avec des &eacute;nergiesénergies &eacute;lev&eacute;esélevées que seul le positionnement spatial par les enzymes peut les rendre possibles tout en douceur, sans blocage ( toujours principe de contrainte/libert&eacute;liberté ).<br />&nbsp; La r&eacute;versibilit&eacute;réversibilité cyclique est la marque du vivant parce que la directionnalit&eacute;directionnalité des r&eacute;actionsréactions d'est&eacute;rificationestérification dirige l'organisation ( principe d'organisation ), car sans les enzymes directionnelles ces r&eacute;actionsréactions sont r&eacute;versiblesréversibles et ne peuvent constituer un r&eacute;seauréseau.</li>
<li>Il est &agrave; remarquer que pour la peptidisation par enzymes 3 cas se pr&eacute;sententprésentent qui sont significatifs de la s&eacute;parationséparation des 3 r&eacute;actionsréactions ( acylation, peptidisation, hydrolyse ) et du groupage des aas codants.<ol>
<li>Le 1er cas c'est la pseudo peptidisation EC: Elle ne peut pas aligner 2 liaisons peptidiques, alignement qui doit demander &eacute;nergieénergie et surtout une disposition spatiale de 2 liaisons faisant intervenir des &eacute;lectronsélectrons d&eacute;localis&eacute;sdélocalisés.</li>
<li>Le 2&egrave;me cas c'est la r&eacute;alisationréalisation de la liaison C-G, une vraie liaison peptidique. Et l&agrave; interviennent un radical organisateur atomique, le soufre, et un aa sans radical, donc pas de carbone assym&eacute;triqueassymétrique.</li>
<li>Le 3&egrave;me cas c'est la polym&eacute;risationpolymérisation de EC (pseudo) par transfert de la liaison C-G (vraie) vers C-E (vraie) dans la r&eacute;actionréaction:<br />EC-G + (EC)n-G ----&gt; EC-(EC)n-G + G. Le produit obtenu est une alternance de vraies et de pseudo liaisons peptidiques.</li>
</ol></li>
<li>&nbsp;&nbsp; Dans le vivant l'acylation para&icirc;t &ecirc;tre le pivot et le point d'orgue du m&eacute;tabolismemétabolisme. Pourtant ce n'est qu'une est&eacute;rificationestérification qui peut &ecirc;tre hydrolys&eacute;ehydrolysée facilement. Si ce n'est que le processus est directionnel fait par des enzymes directionnelles. Ensuite cette liaison ester est transport&eacute;etransportée par le tRNA qui certainement doit la prot&eacute;gerprotéger. D&rsquo;ailleurs tout est fait ( nombreuses modifications du tRNA ) pour stabiliser le tRNA vis &agrave; vis de la r&eacute;activit&eacute;réactivité du 2'OH, aiguillon des RNA. Remarquons que le vivant fait intervenir l'intrication partiellementavec la conformation du tRNA (zones double brin ) qui le rend plus solide et rigide. En plus ce grand &eacute;dificeédifice, synthase + tRNA, pour placer juste un aa avec une liaison ester, est d&eacute;montabledémontable int&eacute;gralementintégralement comme le veut le principe de contrainte/libert&eacute;liberté (pas de cristallisation) et la r&eacute;versibilit&eacute;réversibilité cyclique.<br />&nbsp;&nbsp; Dans l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire cette m&eacute;caniquemécanique de pr&eacute;cisionprécision n'a pas pu &ecirc;tre r&eacute;alis&eacute;eréalisée sans l'intervention de la pression hydrostatique ( voir&nbsp;[http://blogooolife.eklablog.com/l-automate-moleculaire-prebiotique-a57475769 automate] mol&eacute;culairemoléculaire pr&eacute;biotiqueprébiotique ). Car la pression, avec une faible temp&eacute;raturetempérature, rend certes les r&eacute;actionsréactions plus lentes, mais justement c'est cette lenteur qui permet les positionnements spatiaux des atomes n&eacute;cessairesnécessaires &agrave; la solidit&eacute;solidité du syst&egrave;me de protection de la liaison ester tout en &eacute;vitantévitant la cristallisation ou le blocage et en permettant le d&eacute;montagedémontage de l'&eacute;dificeédifice par la suite.<br />&nbsp;&nbsp; C'est aussi la pression hydrostatique qui va influer sur les propri&eacute;t&eacute;spropriétés des aas codants. Car les conditions n&eacute;cessairesnécessaires qu'on a &eacute;tudi&eacute;esétudiées ( sans tenir compte de la pression hydrostatique ) jusqu'&agrave; maintenant vont devenir plus strictes avec la pression. Et si on vient &agrave; douter de l'incorporation d'un aa dans le groupe codant, on pourra toujours invoquer une action de la pression au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire pour mettre en marche l'automate. Mais attention, peut-on perdre une pi&egrave;ce de l'automate une fois la pression rendue faible? Ou qu'une poussi&egrave;re vienne le coincer? C'est possible avec un automate de notre monde macroscopique. Dans le cas du groupe d'aas codants on peut dire que si l'automate fonctionne &agrave; telle ou telle pression c'est qu'il a pu s'adapter m&ecirc;me en perdant un aa ou en incorporant un nouvel aa. C'est ce qui passe pour la pyrrolysine qui apparemment a &eacute;t&eacute;été utilis&eacute;eutilisée par les bact&eacute;riesbactéries et les arch&eacute;esarchées alors qu'elle n'existe plus chez les organismes plus &eacute;volu&eacute;sévolués.</li>
<li>&nbsp; Qu'en est-il au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire? Qu'elle est la condition suffisante pour qu'un aa appartienne &agrave; un groupe ferm&eacute;fermé suceptible de devenir un groupe d'aas codants? Il suffit que l'aa soit compatibleavec les autres aas du groupe, c.a.d ne pas contrevenir &agrave; la fonction principale du groupe, celle de r&eacute;aliserréaliser la boucle d'acylation, de peptidisation et d'hydrolyse pour la synth&egrave;se et l'hydrolyse des prot&eacute;inesprotéines faites de ces aas.<br />&nbsp; Et la condition n&eacute;cessairenécessaire et suffisante pour que ce groupe existe c'est qu'il r&eacute;aliseréalise cette boucle, avec l'aide ou non ( &agrave; priopri ) d'autres mol&eacute;culesmolécules.
<ul>
<li>&nbsp; Le fait que l'aa ne doit pas contrevenir &agrave; la r&eacute;alisationréalisation de la boucle par le groupe lui permet d'&ecirc;tre neutre et de n'intervenir directement dans les 3 r&eacute;actionsréactions que par son zwitterion. C'est ainsi que G, les aas aliphatiques et P n'interviennent pas dans l'acylation ( int&eacute;ineintéine ) et l'hydrolyse. Par contre ces aas sont n&eacute;cessairesnécessaires au groupe car ils s'intercalent entre les aas &agrave; radicaux r&eacute;actifsréactifs pour limiter leurs interactions, et avec P de plier la prot&eacute;ineprotéine et donc de rapprocher certains segments entre eux.<br />&nbsp; Si l'on se place dans la situation où l'on suppose que les acides nucl&eacute;iquesnucléiques n'interviennent pas encore dans l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire, les aas susceptibles d'appartenir &agrave; ce groupe et d'&ecirc;tre r&eacute;actifsréactifs sont, en se r&eacute;f&eacute;rantréférant aux int&eacute;inesintéines, au gluthation et aux prot&eacute;asesprotéases: CSTDENQH et pour &eacute;quilibreréquilibrer les ions KR. Les aas aliphatiques susceptibles d'appartenir au groupe comme on l'a dit ci-dessus sont au nombre de 6: LAVIGP. Restent FYW et M, qui peuvent appartenir au groupe s'ils ne contreviennent &agrave; son fonctionnement.</li>
<li>Peut-on se passer des acides nucl&eacute;iquesnucléiques pour constituer ce groupe au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire?<ol style="list-style-type: lower-alpha; >
<li>Est&eacute;rificationEstérification de la s&eacute;rinesérine sur le phosphate de la membrane.</li>
<li>Trans-est&eacute;rificationestérification du PLD-glyc&eacute;rolglycérol: ec 232.3. Est-ce que l'est&eacute;rificationestérification ne peut pas se faire, avec la surface ionique du liposome aidant et sachant que le PLD-g est possible au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire?</li>
<li>Les sch&eacute;masschémas des int&eacute;inesintéines peuvent tr&egrave;s bien se concevoir dans la membrane avec C (organisateur) et S plus les aas aliphatiques propre &agrave; la membrane.</li>
<li>Le polypeptide ....EC-EC-EC-Gest tout &agrave; fait envisageable avec l'organisateur C et permet de faire entrer E dans la membrane et le cytoplasme.</li>
</ol></li>
<li>L'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire peut commencer avec les monomers d'acides nucl&eacute;iquesnucléiques ( ATP, UTP, ... ) comme on l'a vu dans D&eacute;tricotageDétricotage. Les orientations des recherches avec cette id&eacute;eidée sont prometteuses et multiples:
<ul>
<li>Comment vont intervenir et les acide nucl&eacute;iquesnucléiques et les aas aromatiques?</li>
<li>Est-ce que certains peptides sont fabriqu&eacute;sfabriqués par la membrane comme on l'a dit ci-dessus, et ces peptides attacheront ou utiliseront les acides nucl&eacute;iquesnucléiques monomers ou oligomers?</li>
<li>imaginer les grandes &eacute;tapesétapes vers les tRNA/synthases.</li>
<li>raccrocher le cycle m&eacute;taboliquemétabolique du groupe des aas codants au m&eacute;tabolismemétabolisme central et &agrave; celui des acides nucl&eacute;iquesnucléiques qui construit l'ADN.</li>
</ul>
</li>
</ul>
<p>24.3.14 Paris</p>
<p>La M&eacute;thionineMéthionine</p>
<p>Notes pour le dernier paragraphe "Qu'en est-il au d&eacute;butdébut de l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire?". <br />&nbsp;&nbsp; Seul M para&icirc;t n'avoir aucune raison d'&ecirc;tre sauf qu'il ne doit pas contrevenir &agrave; la fonction du groupe codant. Il me para&icirc;t &eacute;videntévident que M est peut-&ecirc;tre l'aa cl&eacute;clé dans la fonction du groupe (acylation peptidisation hydrolyse) puisque il participe &agrave; l'acylation indirectement lors des m&eacute;thylationsméthylations multiples du tRNA dont une obligatoire puisque conserv&eacute;econservée chez tous les tRNA, la m&eacute;thylationméthylation de l'uracile en thymine du bras TPC. L'action de M peut intervenir en dernier lieu dans l'&eacute;volutionévolution mol&eacute;culairemoléculaire vers l'acylation du tRNA ce qui expliquerait son r&ocirc;le d'initiateur de la traduction, avec sa position une dans toutes les prot&eacute;inesprotéines, initiation qui vient juste apr&egrave;s la finalisation de l'acylation. La m&eacute;thionineméthionine intervient en conjonction avec l'ad&eacute;nineadénine dans SAM pour ces m&eacute;thylationsméthylations. C'est le lien le plus &eacute;troitétroit entre acides nucl&eacute;iquesnucléiques et aas pour l'acylation. Le fait que M intervient indirectement rend ces 2 groupes, aas et acides nucl&eacute;iquesnucléiques compl&egrave;tement &eacute;tanchesétanches. C'est le cas de la lysine aussi qu'on trouve dans la queuosine, mais l'intervention de M est multiple et touche les tRNA et les rRNA, et la synth&egrave;se de SAM ne n&eacute;cessitenécessite qu'une seule r&eacute;actionréaction alors que la queuosine n&eacute;cessitenécessite une voie m&eacute;taboliquemétabolique enti&egrave;re.</p>
<p>25.3.14 Paris</p>
<p>Remplacer intrication par résonance électronique. L'arginine équilibre les cations mais aussi interagit avec l'ARN pour l'acylation.</p>
<p>9.4.14 Londres</p>
<p>"Bio-compatibilit&eacute;compatibilité":</p>
<p>&nbsp;&nbsp; Les prot&eacute;inesprotéines commencent par les plus simples, c.a.d les mono puis les oligo-peptides, d'apr&egrave;s le principe du nano-monde où il n'y a pas de "frottements". Il n'y a que des synth&egrave;ses ou des d&eacute;compositionsdécompositions sans perte de mati&egrave;re. De m&ecirc;me que les PLDs s'assemblent ou se s&eacute;parentséparent sans cr&eacute;ercréer m&ecirc;me des liaisons covalentes.<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; L'ADN et l'ARN peuvent se dupliquer en bloc, tout en restant dans le nano-monde, sans "frottements". Mais l&agrave; on rejoint les constructions macroscopiques où l'on proc&egrave;de par copie de blocs, ou bien on d&eacute;bitedébite le bloc en blocs de plus en plus petits, ou bien on y cr&eacute;ecrée des motifs de plus en plus petits. L'exemple actuel est la lithographie pour fabriquer les circuits &eacute;lectroniquesélectroniques.<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp; L'ARN ou l'ADN simple brin peut avoir leurs bases modifi&eacute;esmodifiées car elles sont tr&egrave;s r&eacute;activentréactivent quand elles ne sont pas appari&eacute;esappariées. Et ainsi le duplicata d'origine donnera un autre brin diff&eacute;rentdifférent de l'original.</p>
<p>Famille des acides amin&eacute;saminés prot&eacute;iquesprotéiques:</p>
<p>&nbsp;&nbsp; Le glutathion ECG est un peptide-aa C-terminal, son zwitterion est celui de E, c'est un aa et son radical est le radical de E + un dipeptide C-terminal. La peptidisation avec le CO2 en gamma de E est tr&egrave;s courante. Par contre la pepetidisation avec le NH2 en gamma de K n'existe presque pas sauf dans la pyrolysine où le NH2 de P perd ses 2 H et est neutralis&eacute;neutralisé par un m&eacute;thyleméthyle additionnel sur le radical de P. De m&ecirc;me chez les procaryotes le NH2 du N-terminal des prot&eacute;inesprotéines appartient &agrave; M et est neutralis&eacute;neutralisé par un N-formyle. Ce n'est que chez les eucaryotes où M d&eacute;butedébute les prot&eacute;inesprotéines et souvent ce M est &eacute;limin&eacute;éliminé et le NH2 de l'acide amin&eacute;aminé N-terminal est neutralis&eacute;neutralisé de diff&eacute;rentesdifférentes mani&egrave;res ou bien il reste libre ( faire plus d'investigations ).<br />&nbsp; Le glutathion sert de r&eacute;serveréserve de E, C et G. Mais en m&ecirc;me temps il neutralise la r&eacute;activit&eacute;réactivité de E et celle, organisationnelle de C. La seule liaison peptidique vraie que les enzymes r&eacute;ussissentréussissent &agrave; r&eacute;aliserréaliser est celle de C organisateur (soufre), tr&egrave;s simple, et G, le plus simple possible, n'ayant pas de radical ----&gt; j'en conclut qu'il y a incompatibilit&eacute;incompatibilité des radicaux avec la peptidisation par les enzymes. Incompatibilit&eacute;Incompatibilité d'un seul acide amin&eacute;aminé libre. En effet les acides amin&eacute;saminés libres c&ocirc;toient les enzymes et des prot&eacute;inesprotéines quelconques sans qu'il y ait une r&eacute;actionréaction quelconque, sauf quand c'est bien orient&eacute;orienté. <br />&nbsp;&nbsp; Importance du r&ocirc;le organisateur du soufre dans C. C pourrait &ecirc;tre &agrave; l'initialisation des peptidisations avant les ribosomes notamment avec (EC)n-G. Ces peptides pourraient interagir avec les ARNs pour d&eacute;buterdébuter l'&eacute;volutionévolution vers les tRNA syntases et les ribosomes. <br />&nbsp;&nbsp; La liaison E-C peut permettre, comme la ch&eacute;lationchélation des m&eacute;tauxmétaux par C, l'introduction de E dans le liposome.</p>
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