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}}
<p> Ce sont les acides aminésaminés qui sont utilisésutilisés pour la traduction. Pourquoi et comment seuls ces aas sont-ils sélectionnéssélectionnés pour la traduction?</p>
<p>6.2.14 Paris</p>
<p><u> Le groupe des aas codants:</u></p>
<ul>
<li>On devrait dire qu'il y en a 21 à 23, car la fMet est un aa codant et possède même 2 tRNA! Le groupe de type mathématiquemathématique que j'ai signalésignalé ( débutdébut avant-dernière page du 23.1.14 ) se confirme encore quand on considère la pyrolysine = proline + lysine, qui possède un codon propre, de même que la SeC.</li>
<li>Les protéinesprotéines se distinguent par leur squelette avant tout. C'est ce qui permet d’échafauderéchafauder des héliceshélices alpha et des feuillets bêta. En analysant la fréquencefréquence des aas dans les protéinesprotéines et leur attachement ( binding ) aux ARN, ADN et entre elles, les radicaux apparaissent comme secondaires. Ils doivent certainement définirdéfinir la longueur et la force de des structures, mais de façon continue, de telle manière que le changement d'un ou de quelques aas dans ces structures ne doit avoir que très peu d'effet. Cependant on avance toujours que les aas aliphatiques peuvent être interchangeables, alors que nous savons que toute mutation peut entraîner un avantage sélectifsélectif à un moment ou l'autre au cours de l'évolutionévolution. Les aas autres que les aliphatiques, dans les structures alpha et bêta doivent avoir le même effet, peut-être avec plus d'avantage évolutifévolutif. Cela n'a rien à voir avec n'importe quel aa se trouvant impliquéimpliqué dans un site actif ou y participant. Cet aa donne effectivement des mutants qu'on arrive à cerner tant leurs effets sont importants. <br /> Donc on peut établirétablir le concept suivant pour toutes les macro-moléculesmolécules:<br />
<ul>
<li>Une macro-moléculemolécule se définitdéfinit ( ou bien des contraintes physiques l'ont déterminéedéterminée ainsi ) par un squelette propre qui confère sa principale propriétépropriété. Ce squelette est accompagnéaccompagné de bras latérauxlatéraux pour interagir avec son environnement ( solvant, petites moléculesmolécules ) et les autres macro-moléculesmolécules. De ce point de vue le liposome et même un PLD isoléisolé ( acyl carrier protéineprotéine ) se comporte comme une macro-moléculemolécule: il est constituéconstitué d'un squelette, les 2 acides gras agissant avec les forces de Van der Walls. Nous avons ainsi:</li>
<li>Le liposome avec sa tête hydrophile ( bras ) et sa queue aliphatique. Le bras est unique, EtN; Ser, choline. Ce bras peut piégerpiéger les aas. La queue aliphatique impose les bras aliphatiques des protéinesprotéines qui la traversent. Elle agit par les forces de van der Walls.</li>
<li>Les protéinesprotéines ont un squelette qui établitétablit des liaisons hydrogènes intra pour former les structures alpha et bêta, alors que les PLDs agissent entre eux pour former une structure.. Dans ce sens on peut considérerconsidérer que le liposome est une macro-moléculemolécule qui porte 10<sup>7 </sup>bras. Comme une protéineprotéine possède des centaines de bras. La variétévariété des bras ( 20 aas ) lui permet d'interagir avec le liposome ( aas aliphatiques ), avec l'ARN et l'ADN ( aas aromatiques et ioniques ) et avec son environnement, notamment pour la catalyse.</li>
<li>L'ARN se définitdéfinit par son squelette ionique avec la fonction alcool 2'OH très instable. Ce squelette n'établitétablit pas de liaison ionique ou hydrogène en intra, seulement avec les protéinesprotéines et son environnement ( Mg++ , K+ ). Ses bras sont limitéslimités à 4 types de bases qui peuvent <u> '''établirétablir ou non'''</u> des liaisons hydrogènes entre elles ou les protéinesprotéines. L'ARN interagit par ses bras avec les protéinesprotéines par des liaisons hydrogènes : bras ARN à squelette protéineprotéine. Nous avons vu pour liposome/protéineprotéine c'est la force de van der Walls entre squelette liposome et les bras de la protéineprotéine. Je distingue bien liaison hydrogène intra squelette de la protéineprotéine des liaisons hydrogènes des bras de l'ARN qui permettent surtout l'appariement entre 2 ARNs. Ce qui n'est pas le cas pour les protéinesprotéines qui s'apparient de façon plus complexe à cause de la grande variétévariété de leurs bras.</li>
<li>L'ADN se définitdéfinit par sonsquelette sans 2'OH qui lui confère une grande stabilitéstabilité. Sinon il est identique à celui de l'ARN. Mais la stabilitéstabilité de l'ADN est renforcéerenforcée encore plus par la T au lieu de U ( bras ) qui avec son méthyleméthyle ajoute de l'hydrophobicitéhydrophobicité à l'aromaticitéaromaticité. Les 4 types de bras de l'ADN lui servent surtout pour s'apparier avec lui-même de façon ferme, jusqu'à ressembler à un cristal. Les forces en jeu sont toujours des liaisons hydrogènes, mais la mise en commun de l'aromaticitéaromaticité et de l'hydrophobicitéhydrophobicité lui confère sa grande stabilitéstabilité et son rôle de donneur d'ordre.<br /> L'ADN s'apparie avec les protéinesprotéines comme le fait l'ARN, mais l'absence du 2'OH et de U ne lui permettent pas d'avoir des fonctions catalytiques. L'ADN s'apparie avec l'ARN ce qui permet de passer d'une structure stable et non catalytique, à une structure semi-ouverte grâce à l'appariement Wobble de l'uracile qui peut interagir avec les protéinesprotéines en créantcréant des structures ( tRNA, ribosome ) 2 fois catalytiques. L'ADN ne peut exister sans T.</li>
</ul>
</li>
</ul>
<p> Nous voyons ainsi que liposome et ADN constituent les 2 pôles de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire et que ARN et protéinesprotéines sont leurs intermédiairesintermédiaires.</p>
<p>04.03.14</p>
<p>Les aas forment une famille, un groupe dans le sens mathématiquemathématique. J'ai réuniréuni dans un [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods tableau] l'ensemble des aas et leurs dérivésdérivés dans le métabolismemétabolisme centrale. L'idéeidée c'est d'analyser le comportement et la structure des enzymes qui les modifient. Essai de comparer 2 enzymes ayant la même fonction mais ne différantdifférant que par un seul carbone du substrat (D et E). Essai de comparer les enzymes de transamination entre aa et oxo: on reste en famille. En comparant 261.57 et 261.1 il s'avère désormaisdésormais que la fonction catalytique tiens d'abord de sa structure secondaire, séquenceséquence de betas, de turn et d'héliceshélices (voir [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/transamine.odt l'interprétationinterprétation] en relation avec le tableau précédentprécédent).</p>
<p>09.03.14 Paris</p>
<p> L'idéeidée de départdépart est de comparer les enzymes utilisant le même substrat mais différantdifférant par un CH2 ( longueur ) seulement. C'est le cas d'une moléculemolécule dont le squelette contient du glutamate par rapport à l’aspartate.</p>
<p>18.3.14 Paris</p>
<p>''' 1''' - <u> RacémasesRacémases</u> ( voir tableau précédentprécédent )</p>
<p> La comparaison de spectre en aas est faite sur la même souche de E.Coli. Il n'y a pas de structures à comparer.</p>
<ul>
<li>Pour E : apparemment E augmente de 33% mais entraîne avec lui FPRV ( 38% pour P et V ) comme si E est neutraliséneutralisé ioniquement par R. Pourquoi P et V augmentent si fortement?</li>
<li>Pour CHMNQWY: Leurs faibles fréquencesfréquences qu'on constate en généralgénéral baissent ici systématiquementsystématiquement quand on passe de D à E.</li>
<li>Pour D: il baisse très peu, 16% contre 33% d'augmentation pour E. Mais de la même façon que E il entraine avec lui I et K ( 58% et 40% ), K remplace ici R. Il a S qui baisse sensiblement, 25%.</li>
<li>T reste constant</li>
<li>En comparaison avec Pyrococcus ( pho ), une archéearchée hyper- thermophile, sur l'aspartate ( D ) E et K augmentent chez pho comme si c'étaitétait une réactionréaction à la températuretempérature et K équilibreéquilibre ioniquement E à la place de R. Les faibles fréquencesfréquences ( CHMNQWY ) diminuent fortement chez pho comme au passage de D vers E et P reste constant. Ces aas seraient réactifsréactifs mais interviendraient peu dans la racémisationracémisation. La températuretempérature augmenterait inutilement leur réactivitéréactivité, ce qui déstabiliseraitdéstabiliserait l'enzyme.</li>
</ul>
<p> En conclusion: Il semble que le carbone excédentaireexcédentaire de E ait une influence sur la racémisationracémisation. Dans d'autres réactionsréactions, autre que la racémisationracémisation, 2 aas différentsdifférents peuvent être utilisésutilisés par la même enzyme. Il serait souhaitable d'avoir la structure de D ( EC 511.13 ) chez E.Coli. La comparaison entre pho ( D ) et eco ( E ), malgrémalgré la trop influence de la températuretempérature et la différencedifférence du nombre des aas montre que les héliceshélices alpha sont conservéesconservées alors que les feuillets bêta diffèrent énormémenténormément ( max 5/11 et beaucoup de grands chez E ). Est-ce l'influence de la températuretempérature pour les bêta ?</p>
<p>''' 2''' - <u> DéformylaseDéformylase</u>: EC351.15/68 chez [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods kko], une bactériebactérie.</p>
<ul>
<li>Il est évidentévident que E et D agissent très différemmentdifféremment puisque D utilise le Zn alors que E non, et les longueurs sont très différentesdifférentes. Nous ne retrouvons pas les mêmes changement des spectres de fréquencefréquence des aas qu'avec les racémasesracémases. Notamment E baisse quand on passe de D à E, alors qu'il augmente avec la racémaseracémase.</li>
<li>En essayant de trouver une structure de EC 351.15, j'ai trouvétrouvé celle de l'homo sapiens ( hsa ) et du rat ( voir l'alignement des séquencesséquences [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/rat15.odt ici] ). Si les sites de binding ( Zn ) et les sites actifs sont identiques, la séquenceséquence des aas comporte énormémenténormément de différencesdifférences mais la structure reste la même 1 ou 2 aas près: les statistiques des alpha, bêta, turn et libre sont identiques.</li>
<li>On peut énoncerénoncer le principe suivant: une enzyme ayant la même catalyse (même substrats, mêmes produits et même contrôles ) chez 2 organismes différentsdifférents doit avoir les mêmes sites de binding et d'activitéactivité et la même structure. Par contre la séquenceséquence des aas dans les structures primaires ( alpha, bêta, turn et libre ) peut varier librement. On peut interpréterinterpréter ce principe comme la conséquenceconséquence des forces électromagnétiquesélectromagnétiques crééescréées par ces structures. Avec des longueurs presque égaleségales et une séquenceséquence des structures primaires identique, on créecrée les mêmes forces avec des séquencesséquences en aas différentesdifférentes. Deux remarques importantes cependant:
<ul>
<li>La formation de ces structures ne dépenddépend pas seulement de la séquenceséquence des aas. Dans l'alignement précédentprécédent, hsa et rat, à la position 50, le feuillet bêta n'a pas la même longueur alors qu'on a la même séquenceséquence en aas: '''LEVKPFIT''' pour hsa et LEV'''KPFIT''' pour rat.</li>
<li>Les héliceshélices alpha imposent leur structure par sa longueur ( 22 ), alors que les feuillets bêta s'imposent par leur nombre alors qu'ils sont petits. Les bêta, les turn et les libres contiennent souvent les sites actifs et les bindings. A mon avis il faut négligernégliger ( pour les mises en valeur ) les héliceshélices alpha de longueur inférieurinférieur à 7 par contre il faut maintenir toutes les autres structures.</li>
</ul>
</li>
<li>On retrouvera ces résultatsrésultats en plus affinésaffinés dans les transaminases ( onglet [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods 2611] du tableau précédentprécédent ).</li>
</ul>
<p>19.3.14 Paris</p>
<p> '''3''' - <u> La famille des aas codants</u>:</p>
<p> J'avais commencécommencé par recenser tous les aas qui se trouvent dans le métabolismemétabolisme ( onglet [http://ekladata.com/blogooolife.eklablog.com/perso/ecrits/detricotage/aa-familles.ods stats] du tableau précédentprécédent ) ainsi que leurs proches dérivésdérivés comme les acides oxo et hydroxy en alpha et les D-aas. J'arrive à un total de 160 L-aas environ. C'est énormeénorme par rapport aux 20 aas codants.</p>
<ul>
<li> La remarque que tout aa D ou L peut perdre ( ou transférertransférer ) son NH2 en donnant oxo m'a conduit à étudierétudier les enzymes EC 261.- . Ces enzymes inter-changent les aas D ou L, mais particulièrement les L. Voici une propriétépropriété de groupe comme je l'ai signalésignalé dans 2ème détricotagedétricotage avec l'analyse de tRNA pour les codons/anticodons. Ces enzymes ont beaucoup de points communs. Elles utilisent toutes un seul cofacteur, B6. Elles ont une taille moyenne par rapport aux autres enzymes cytoplasmiques, autour de 400 aas. Elles sont structuréesstructurées autour des héliceshélices alphaplus qu'autour des feuillets bêta ( absence d'interaction avec les nucléotidesnucléotides ? ): 40% alpha, moins de 20% bêta et 40% de libres qui sont plutôt courts. Les héliceshélices alpha longues sont nombreuses et le max dépassentdépassent les 20 aas et atteint les 32 aas. Elles sont regroupéesregroupées en 5 classes.</li>
<li> La structure de ces enzymes ( disposition des structures primaires alpha, bêta, turn et libre ) reste semblable tant que la catalyse est simple, que ça soit chez E.Coli ( eco ) ou chez l'homme ( hsa ). Le cas de EC 261.57 chez la levure ( sce ) montre une très grande différencedifférence qui est due au fait que l'enzyme de la levure catalyse de nombreux aa, plus que chez E.Coli ou l'homme. Nous retrouvons là le principe énoncéénoncé précédemmentprécédemment avec la déformylasedéformylase. Nous retrouvons aussi la notion d'iso-enzyme comme avec EC 261.1 et EC 261.57 où il suffit de faire une digestion contrôléelée de [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ec:2.6.1.57 261.57] pour retrouver les fonctions de 261.1 . <br /> De même que pour les déformylasesdéformylases la structure de l'enzyme reste à peu près la même, les sites d'attache et d'activitéactivité sont identiques, seules les séquencesséquences des aas dans les structures primaires changent. La notion d'iso-enzyme ne traite que de la catalyse, un substrat donnédonné transformétransformé en un produit donnédonné. Les spécificitésspécificités du principe que j'avance met en exergue l'évolutionévolution. Que ça soit chez l'homme ou la bactériebactérie la structure est la même, seule change la séquenceséquence des aas dans les structures primaires. La séquenceséquence des aas doit avoir un impact évolutifévolutif certain, comme tout changement, mais il doit être très faible. Ça devrait concerner des différencesdifférences faibles de vitesse de catalyse ou de coefficient d'affinitéaffinité pour tel ou tel substrat ou encore mieux de réactionréaction à son environnement chimique et protéiqueprotéique. La catalyse est alors moduléemodulée par des mutations ponctuelles.</li>
<li> L'importance des héliceshélices alpha en longueur et en nombre m'a suggérésuggéré une idéeidée qui à priori semble saugrenue mais en poussant la réflexionréflexion, elle ne semble pas impossible. Cette idéeidée c'est que l'hélicehélice ressemble à une onde, et l'ensemble de l'enzyme ressemble à une succession de nœuds et de ventres comme dans une corde en vibration. Or dernièrement j'ai abordéabordé l'intrication dans l'ADN ( voir [http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant ) et la structure cristalline de l'ADN ( voir ARN-[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuitécontinuité] ). Et si l'intrication dans l'ADN ( l'intrication qui est de nature quantique et donc ondulatoire ) contraignait son système de réparationréparation à produire des séquencesséquences de bases englobéesenglobées dans une onde? Ou dit autrement, si le système de réparationréparation réagissaitréagissait à l'étatétat ondulatoire d'une séquenceséquence de bases donnéedonnée, étatétat qui active certaines zones électroniquesélectroniques et en désactivedésactive d'autres? Ces séquencesséquences seraient susceptibles, indirectement j'en conviens, de produire des héliceshélices alpha dans l'enzyme. Mais cet effet indirect se retrouve dans le processus de duplication de certaines zones de l'ADN; les palindromes, les tandems, les duplications donnent, avec l'évolutionévolution, des protéinesprotéines qui ont des surfaces complémentairescomplémentaires qui leur permettent de former des homomers ou des hétéromershétéromers. Oh! combien fréquentsfréquents chez les protéinesprotéines. Mais aussi les capsides des virus d'une parfaite géométriegéométrie, ressemblant à un cristal. <br /> L'importance de cette idéeidée sur les héliceshélices alpha, c'est que l'évolutionévolution est provoquéeprovoquée, contrainte, accéléréeaccélérée par l'ensemble du chromosome. Et vice versa cela justifie la longueur des chromosomes. Plus ils sont longs plus l'évolutionévolution de leurs gènes est intégréeintégrée. Cette résonancerésonance quantique au niveau de l'ADN a dû produire rapidement les fonctions catalytiques au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire et de façon intégréeintégrée.</li>
<li> Une 2ème remarque se dégagedégage de cette étudeétude des enzymes 261.- . C'est que le site actif est souvent une glycine ou un autre aa qui agit non pas par son radical mais par le [http://www.uniprot.org/uniprot/P04693 H de N] ou du [http://www.uniprot.org/uniprot/P18335 O du carbonyle] de la liaison peptidique pour établirétablir une liaison H. C'est comme si le radical ne servait à rien. Il ne servirait alors qu'à la formation des héliceshélices et des feuillets. J'avais souvent tiquétiqué sur le fait que la glycine étaitétait toujours présenteprésente avec d'autres aas ( autres que K qui paraît constant et jouer un rôle important ) dans le binding de l'ATP. C'est comme si le squelette ( séquenceséquence primaire des aas ) jouait le rôle le plus important dans la catalyse. Le rapprochement de différentesdifférentes régionsrégions du squelette au substrat ou au cofacteur, rapprochait en fait les radicaux avoisinants qui peuvent alors agir. La conséquenceconséquence c'est que si les radicaux étaientétaient volumineux, ils empêcheraient ce rapprochement. Ou dit autrement plus les radicaux sont petits plus est forte, subtile et facile à mettre en place une conformation adéquateadéquate pour la catalyse. Cela entraîne l'expulsion des moléculesmolécules d'eau qui peuvent rester cependant en petit nombre. C'est la nécessiténécessité des cœurs hydrophobes des centres catalytiques et leur origine membranaire au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire.</li>
<li> Les <u> conditions nécessairesnécessaires pour qu'un groupe d'aas deviennent codants</u> et produire les protéinesprotéines que l'on connaît.<ol> <li>'''La petitesse des aas''': L'étudeétude précédenteprécédente des héliceshélices alpha a montrémontré que le plus important pour une protéineprotéine c'est d'établirétablir des liaisons H entre le O et le NH de 2 liaisons peptidiques. Ce qui créecrée des forces électromagnétiquesélectromagnétiques selon la longueur de l'hélicehélice ou l'étendueétendue des feuillets bêta, forces nécessairesnécessaires à l'activation de certaines zones. Les liaisons peptidiques qui ne sont pas dans ces structures, ou se trouvant à leurs bordures, peuvent établirétablir des liaisons H avec le substrat ou le cofacteur. Ce rapprochement des zones du squelette impose alors que les radicaux soient les plus petits possibles car la liaison H est à courte portéeportée. Des radicaux volumineux se gêneraient par encombrement stériquestérique.</li>
<li>'''Le nombre d'aas du groupe''' codant: Le principe de contrainte/libertéliberté ( ARN-[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuitécontinuité] ) impose, lui, que les radicaux soient les plus nombreux possible. En effet les aas avec leur zwitterion sont équivalentséquivalents à ceux des PLDs de la membrane qui les piègent et les introduits dans la membrane puis dans le cytoplasme. Les protéinesprotéines seraient les représentantsreprésentants de la membrane, comme l'ARN serait le représentantreprésentant de l'ADN, comme on l'a vu dans le [http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant. <br /> La membrane est une surface ferméefermée où la libertéliberté des PLDs est maximum et la contrainte par les forces de v.der Walls sont les plus faibles ( voir [http://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Chiralit%C3%A9_pr%C3%A9biotique chiralitéchiralité] prébiotiqueprébiotique ). Les aas libres peuvent se promener comme les PLDs à la surface de la membrane. Quand ces aas pénpénètrent dans la membrane, ils peuvent établirétablir des liaisons H entre-eux. Leur degrédegré de libertéliberté diminue. Il diminue drastiquement quand les liaisons peptidiques s'établissentétablissent et que les structures se mettent en place. Le principe de contrainte/libertéliberté stipule que si la contrainte est maximum on obtiendrait un cristalqui est le symbole du non-vivant. La contrainte maximum s'obtient aussi par une grande régularitérégularité ou une grande uniformitéuniformité, comme un seul type de radical, donc un seul type d'aa. Le concept global de la [http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuitécontinuité] entre évolutionévolution moléculairemoléculaire et évolutionévolution darwinienne postule que l'on passe d'un étatétat de contrainte/libertéliberté à un autre de façon continue. Dans notre cas la perte de libertéliberté due aux liaisons peptidiques dans les protéinesprotéines sera compenséecompensée par une grande variétévariété d'aas qui créerontcréeront des structures primaires à longueur ( héliceshélices ) ou étendueétendue ( feuillet ) variable, donc avec des forces électromagnétiquesélectromagnétiques variables. Ce qui est faisable avec les liaisons H. Cette variabilitévariabilité sera le rôle des radicaux.</li>
<li>'''La réactivitéréactivité des radicaux''': Il faut distinguer la réactivitéréactivité des radicaux entre-eux fixésfixés à la protéineprotéine et leur réactivitéréactivité vis à vis du solvant ( huile ou eau ), des autres petites moléculesmolécules individuelles diluéesdiluées dans le solvant et des radicaux d'autres macromoléculesmacromolécules.
<ul>
<li>''L'organisation de la protéineprotéine'': La réactivitéréactivité des radicaux de la chaîne polypeptidique concerne le principe d'[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 organisation]. En effet les structures primaires qui se sont forméesformées grâce aux liaisons H et à la liaison peptidique seraient complètement immobiliséesimmobilisées ou détruitesdétruites si les radicaux proches les uns des autres établissaientétablissaient des liaisons covalentes ou H ( ces dernières en grand nombre ). <ol style="list-style-type: lower-alpha; > <li>À grande distance le squelette et les forces électromagnétiquesélectromagnétiques généréesgénérées par l'organisation des structures primaires empêchent ces liaisons. À grande distance l'établissementétablissement des liaisons covalentes ( ponts disulfures) et hydrogène entre radicaux est dictéedictée par la fonction de la protéineprotéine qui a évoluéeévoluée dans ce sens ( par évolutionévolution moléculairemoléculaire ou darwinienne ).</li>
<li>À courte distance c'est la non-réactivitéréactivité des radicaux qui devient une nécessiténécessité dans le cas des ions -NH3+ et -CO2- imposésimposés par la réactionréaction de la protéineprotéine vis à vis du solvant aqueux. C'est le cas de D E K R. Si un D ou E étaitétait au même niveau qu'un K ou R la liaison ionique serait assez puissante pour courber fortement le squelette: K a 4 carbones CH2 et R 5 atomes ( 4 C et 1 N ) avant le cation NH2+. D et E ont respectivement 1 et 2 carbones CH2 avant le CO2-. Les ions sont non seulement une nécessiténécessité pour la réactionréaction vis à vis du solvant aqueux, mais sont une nécessiténécessité pour une léglégère courbure du squelettepour provoquer la formation des héliceshélices. Aussi les radicaux les portants ne devraient pas être trop longs.</li>
<li>L'organisation de la protéineprotéine se fait aussi en fonction du solvant comme le liposome s'organise en double couche sphériquesphérique. Et ce sont les radicaux qui entrent en jeux. Pour un solvant aqueux on aura besoin de radicaux hydrophiles, ionisésionisés ou polaires, pour un solvant hydrophobe nous aurons besoins de radicaux hydrophobes. Or il s'avère que ces 2 types de radicaux doivent être présentsprésents tous les 2 et toujours dans une protéineprotéine car dans l'eau l'extérieurextérieur de la protéineprotéine est en contact avec l'eau et le cœur est vidévidé de son eau pour permettre la catalyse, donc hydrophobe. Les protéinesprotéines membranaires s'accrochent avec des aas aliphatiques et j'ai proposéproposé dans ( [http://blogooolife.eklablog.com/longueur-des-aa-a90229899 longueur des aas] ) que la différencedifférence de longueur entre V et L s'expliquerait par la mise en tenaille du PLD par ces 2 aas. Par contre l'intérieurintérieur des canaux membranaires ou bien les protéinesprotéines dont une partie est dans le cytoplasme, doivent posséderposséder des aas hydrophiles et fonctionnels pour les transports et la catalyse.</li>
<li> Le pouvoir organisateur des radicaux: (20.3.14) Nous sommes toujours dans le principe d'[http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 organisation] du concept global. Nous avons vu l'organisation de la protéineprotéine par les liaisons H de son squelette, la nécessiténécessité de radicaux peu réactifsréactifs à grande distance pour maintenir cette organisation et enfin l'impact du solvant sur cette organisation. <br /> Nous avons traitétraité dans le concept global le principe d'organisation au niveau thermodynamique, c a d au niveau des mélangesmélanges de petites moléculesmolécules minéralesminérales ou organiques soumises aux lois de la thermodynamique classique et non à la thermodynamique des surfaces minéralesminérales ou organiques comme le liposome. Nous avons proposéproposé que ce sont les atomes de la 3ème et 4ème (métauxmétaux de transition) ligne du tableau des élémentséléments qui avaient un pouvoir organisateur vis à vis du solvant et des autres petites moléculesmolécules grâce à leur cortège électroniqueélectronique puissant. Les métauxmétaux de transition sont à l'origine de la synthèse abiotique des acides gras et rentrent dans les cofacteurs des enzymes essentielles du métabolismemétabolisme. De même le phosphate apparaît comme l'organisateur minéralminéral principal du liposome et du métabolismemétabolisme. <br /> Dans l'organisation de la protéineprotéine nous avons bien sûr les métauxmétaux de transition, mais comme cofacteur seulement, Ils ne sont pas constitutifs des protéinesprotéines. Par contre nous avons le soufre qui vient après le phosphore dans le tableau des élémentséléments et il fait partie intégranteintégrante des protéinesprotéines avec C et M, 2 aas du groupe codant. Pour l'organisation de la protéineprotéine nous avons en plus, comme l'ADN et l'ARN, des cycles aromatiques qui sont organisateurs aussi, à l'instar des atomes organisateurs ci-dessus, grâce à leur cortège d'électronsélectrons délocalisésdélocalisés. L'organisation quasi cristalline de l'ADN est due principalement à ce pouvoir organisateur des bases nucléiquesnucléiques que nous appelons intrication ( [http://blogooolife.eklablog.com/le-gradient-du-vivant-a107011514 gradien]t du vivant ). L'intrication n'est pas mise en œuvre dans les protéinesprotéines car les cycles aromatiques ne sont pas mis en contact les uns avec les autres. Par contre quand ils sont en contact avec l'eau, ils créentcréent une organisation locale, et quand ils sont dans un environnement hydrophobe ( liposome ou au milieu de la protéineprotéine ayant exclut l'eau ) ils peuvent agir par les forces électromagnétiquesélectromagnétiques et à distance sur les radicaux polaires et ioniques et interagir entre-eux. <br /> Les cycles aromatiques ont 2 actions fondamentales sur l'évolutionévolution moléculairemoléculaire: ils participent à l'organisation intrinsèque de la protéineprotéine et ensuite ils seront les principaux acteurs dans l'interaction ( ADN, ARN ) / protéineprotéine. <br /> Au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire c'est la cystéinecystéine qui pourrait initier la formation de l'organisation des 1ers peptides, car elle dérivedérive facilement de la sérinesérine elle-même considéréeconsidérée comme parmi les 1ères moléculesmolécules qui apparaissent ( voir [http://fr.wikiversity.org/wiki/Recherche:Chiralit%C3%A9_pr%C3%A9biotique chiralitéchiralité] prébiotiqueprébiotique ). Nous développeronsdévelopperons ce point dans la formation du groupe des aas codant après avoir appliquéappliqué le principe d'action/réactionréaction du concept global aux protéinesprotéines.</li>
</ol></li>
<li>'' Les fonctionnalitésfonctionnalités des protéinesprotéines'': (19.3.14) C'est le principe d'action/réactionréaction développédéveloppé dans Le concept global de la [http://blogooolife.eklablog.com/la-continuite-entre-l-evolution-moleculaire-et-l-evolution-darwinienne-a94056871 continuitécontinuité] entre évolutionévolution moléculairemoléculaire et évolutionévolution darwinienne qui prévautprévaut ici. Le modèle qui puisse le représenterreprésenter le plus c'est le mécanismemécanisme chimique réactionnelréactionnel avec ses attaques nucléophilesnucléophiles les sauts de puce des électronsélectrons. Dans le cas du liposome ce principe est très simple, mais il est à la base de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire avec les processus issus des potentiels électroniquesélectroniques et protoniques, des processus de diffusion et ceux nécessairesnécessaires à la cohésioncohésion mécaniquemécanique du liposome. Pour les protéinesprotéines chaque radical peut être un point d'action/réactionréaction avec une petite moléculemolécule. Pour le liposome il n'y a pas de points particuliers , d'où sa forme sphériquesphérique presque parfaite au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire. <br /> Pour les protéinesprotéines il faut distinguer 2 types d'interactions nettement différentesdifférentes: L'interaction avec les petites moléculesmolécules, ce qui conduit à la catalyse et à son contrôle, et l'interaction de la protéineprotéine avec une macromoléculemacromolécule: protéineprotéine, ADN, ARN et membrane. La 1ère interaction peut être très complexe et peut nécessiternécessiter plusieurs étapesétapes avec des énergiesénergies élevéesélevées et concentréesconcentrées en certains points de la protéineprotéine , mais aussi des modifications post-traductionnelles dee certains radicaux et l'intervention de cofacteurs.<br /> Les interactions protéineprotéine/macromoléculemacromolécule fait intervenir plusieurs radicaux en 1 et 2 dimensions pour les 2 macromoléculesmacromolécules. Mais en généralgénéral les processus sont simples et modulaires ne réussissantréussissant que parce qu'ils ne créentcréent pas de blocage. Le cas le plus compliquécompliqué est l'interaction du tRNA avec son amino-acyl synthétasesynthétase qui du coup se place au sommet de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire et darwinienne. Car en fait comme c'est une interaction protéineprotéine/ARN, c'est l'ARN qui subit plusieurs modifications, quelques fois très complexe avant que l'interaction ne se réaliseréalise et que la fonction aboutisse. Il faut remarquer que le tRNA reste relativement petit ( 70 pb ) et il est modulaire. Ce qui n'est pas le cas du rRNA qui est peu modifiémodifié et ses modifications sont simples, par contre il est 20 à 30 fois plus long qu'un tRNA. Le ribosome exécuteexécute un processus répétitifrépétitif qui, quoique complexe, il n'atteint pas la complexitécomplexité du couple du tRNA et sa synthétasesynthétase à la base du 2ème code génétiquegénétique. Le ribosome est un automate, le couple tRNA et sa synthétasesynthétase est une mécaniquemécanique de précisionprécision.<br /> L'interaction protéineprotéine/membrane est la plus simple de toutes ces interactions car elle est, avec l'interaction aa/membrane, à la base de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire.</li>
</ul>
</li>
</ol></li>
<li><u> La formation du groupe des aas codants, synthèse des 1ers peptides</u>: Les conditions que doivent remplir les aas codants que nous avons vues jusqu'ici pour former une protéineprotéine sont nécessairesnécessaires mais pas suffisantes pour former un groupe ferméfermé d'aas codants. Car pour qu'ils deviennent codants il faut que l' évolutionévolution moléculairemoléculaire arrive au stade des amino-acyl tRNA synthétasesynthétase. Il est évidentévident qu'au stade actueldu vivantce sont les amino-acyl tRNA synthétasessynthétases qui définissentdéfinissent le groupe des aas nécessairesnécessaires à la synthèse des protéinesprotéines, parce que la traduction ne se fait qu'exclusivement avec des tRNA chargéschargés par les synthétasessynthétases. Il a étéété montrémontré que par exemple la synthétasesynthétase du tRNA (n) exclu l'aa norvaline qui n'appartient pas au groupe des 20 aas codants ( A. [http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/13/91/37/PDF/Fender2005.pdf Fender] 2007, page 24, 2.6. MécanismeMécanisme d’ éditionédition ) .<br /> Si l'on se place maintenant au débutdébut de l' évolutionévolution moléculairemoléculaire, on peut se demander si ce groupe de 20 aas ou peut être un groupe plus restreint a pu exister sous la forme, comme on l'a dit, d'un groupe mathématiquemathématique ferméfermé. C.a.d un groupe synthétisantsynthétisant des peptides ou les hydrolysants, toujours avec les mêmes aas sans l'intervention des macromoléculesmacromolécules nucléiquesnucléiques, comme les enzymes actuelles qui nécessitentnécessitent quelque fois des cofacteurs. Deux réactionsréactions de synthèse de la liaison peptidiquepar des enzymes, un processus de remaniement intraprotéineintraprotéine et les processus protéolytiquesprotéolytiques entre protéinesprotéines laissent penser que ça soit possible et que l'on puisse imaginer un mécanismemécanisme prébiotiqueprébiotique de synthèse de peptides avec l'aide de la membrane. Ce sont:<br /><ol style="list-style-type: lower-alpha; > <li>la synthèse de peptides:
<ul>
<li>Synthèse du glutathion avec 2 enzymes créantcréant une pseudo liaison peptidique, E-C et une vraie liaison peptidique, C-G : ec.632.2 et ec.632.3 respectivement.</li>
<li>Synthèse du polypeptide (EC)nG avec n+1 liaisons peptidiques. Ce qui fait qu'on a une alternance de vraie et pseudo liaisons peptidiques. C'est ec.232.15 qui existe même chez certaines bactériesbactéries ( gei avec 401 aas ).</li>
<li>La synthèse courante d'une pseudo dipeptide, le plus fréquentfréquent étantétant la liaison entre le carboxyl gama de E et un autre aa (ec [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?reaction+R04159+R01262+R01687+R03867+R04935+R00494+R03916+R03970+R03971 232.2], [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?reaction+R03749+R02743 232.4], [http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map=map00790&show_description=show 1513, 632.17], [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?reaction+R09399 632.31]-34) ou entre K et la methyl-ornithine pour la synthèse de pyrrolysine[http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?K16181+R10011 PylC].</li>
</ul>
</li>
<li>Les intéinesintéines, remaniements intraprotéineintraprotéine</li>
<li>Les protéasesprotéases</li>
<li>MécanismeMécanisme prébiotiqueprébiotique de la formation de la liaison peptidique dans la membrane:ester en 1er puis remaniement en liaison peptide (voir intéineintéine).</li>
<li>remarque: trans-estérificationestérification et trans O-N acylation avec les tRNA chargéschargés: EC 232.3.6.8</li>
</ol></li>
</ul>
<p>21.3.14 Paris Ce jour j'ai écritécrit un pense-bête.</p>
<p>Suite de <u> La formation du groupe des aas codants</u>.</p>
<ul>
<li>Le comment :
<ul>
<li>Intercalation des aliphatiques pour inhiber les attaques nucléophilesnucléophiles: LAVIG.</li>
<li>Les attaques nucléophilesnucléophiles + réorganisationsréorganisations: CSDETNQH; les ions DEKR.</li>
<li>Les liaisons pseudo peptides: KE; les aromates: FHWY pour ADN/ARN.</li>
<li>Reste M: grand organisateur avec SAM et fM; P pour la structure.</li>
<li>Pourquoi DE: D petit et E pseudo peptide; LV pour PLDs; NQ? R? T?</li>
<li>W: double cyclecomme ADN et ARN + l'intrication, apport du NH2 + cycle aromatique.</li>
<li>H: aromatique + réactivitéréactivité + chélationchélation + petit cycle des ARN et ADN.</li>
<li>F: aromatique pur + hydrophobie.</li>
<li>Y: OH moins réactifréactif que S.</li>
</ul>
<br /> Ce regroupement de 20 aas ne se justifie ni par les tRNA/synthases ni par les opérationsopérations intra-groupe car, pourquoi les doublons DE NQ LV? Pourquoi cette subtilitésubtilité et précisionprécision entre certains aas DE NQ LV mais aussi IL, CM, P en cycle?<br /> On peut toujours démontrerdémontrer la nécessiténécessité, mais pas comment un aa appartient au groupe. On comprend l’exclusion mais pas l'intégrationintégration: peut être parce que le système d'intégrationintégration n'est pas parfait. Il n'arrive pas à discriminer au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire et intègre les doublons puis avec le temps d'évolutionévolution ( surtout pour tRNA/synthase ) il discrimine jusqu'à C et SeC. Et la pyrrolysine? (voir le dossier aa-famille dans pyrrolysine qu'elle a un vrai tRNA et une vraie synthase. On ne le voit dans mon tableau du débutdébut parce que je ne traite dedans que E.Coli ).</li>
<li>Les réactionsréactions en chaine entre aas est la condition suffisante.</li>
</ul>
<p>22.3.14 Paris Reprise de la réflexionréflexion du 20.3.14 sur</p>
<p><u> La formation du groupe des aas codants</u></p>
<ul>
<li>SéparationSéparation estérificationestérification-peptidisation: L'acylation se fait sur l'alcool de la sérinesérine pour intéineintéine, du ribose pour tRNA/synthase, sur le glycérolglycérol du PLD; la peptidisation se fait par réarrangementréarrangement par le ribosome et par l'intéineintéine; je ne sais pas comment se fait la liaison peptidique par enzyme: pseudo ou vraie.</li>
<li>Hydrolyse de la liaison peptidique:se fait par les protéasesprotéases.<br /> Il y a bien séparationséparation entre acylation, peptidisation et hydrolyse. Dans le métabolismemétabolisme l'acylation se fait presque exclusivement par les tRNA/synthases, la peptidisation presque exclusivement par le ribosome et l'hydrolyse par les protéasesprotéases.<br /> Dans les intéinesintéines acylation et peptidisation sont réuniesréunies, mais pas l'hydrolyse.</li>
<li>En thermodynamique toutes ces réactionsréactions sont possibles en attaque acido-basique et avec la températuretempérature. La peptidisation demandant des catalyseurs minérauxminéraux. C'est ce qui se fait en chimie organique.</li>
<li>Dans le vivant il s'agit de procéderprocéder par étapesétapes, de séparerséparer les 3 réactionsréactions de façon à créercréer un enchaînement réactionnelréactionnel réversibleréversible cycliquement. Je veux dire par là que acylation, peptidisation et hydrolyse sont séparéesséparées par de nombreuses étapesétapes mais forment une boucle ferméefermée sans jamais créercréer de blocage. Cette réversibilitéréversibilité est obligatoire dans le vivant suivant le principe de contrainte/libertéliberté. </li>
<li>La réversibilitéréversibilité d'une seule réactionréaction chimique est nécessairenécessaire aussi et obligatoire pour le vivant pour réponseréponse rapide. Ces 2 réversibilitésréversibilités sont la marque du vivant parce que la réversibilitéréversibilité d'une seule réactionréaction agit en généralgénéral avec des énergiesénergies élevéesélevées que seul le positionnement spatial par les enzymes peut les rendre possibles tout en douceur, sans blocage ( toujours principe de contrainte/libertéliberté ).<br /> La réversibilitéréversibilité cyclique est la marque du vivant parce que la directionnalitédirectionnalité des réactionsréactions d'estérificationestérification dirige l'organisation ( principe d'organisation ), car sans les enzymes directionnelles ces réactionsréactions sont réversiblesréversibles et ne peuvent constituer un réseauréseau.</li>
<li>Il est à remarquer que pour la peptidisation par enzymes 3 cas se présententprésentent qui sont significatifs de la séparationséparation des 3 réactionsréactions ( acylation, peptidisation, hydrolyse ) et du groupage des aas codants.<ol> <li>Le 1er cas c'est la pseudo peptidisation EC: Elle ne peut pas aligner 2 liaisons peptidiques, alignement qui doit demander énergieénergie et surtout une disposition spatiale de 2 liaisons faisant intervenir des électronsélectrons délocalisésdélocalisés.</li>
<li>Le 2ème cas c'est la réalisationréalisation de la liaison C-G, une vraie liaison peptidique. Et là interviennent un radical organisateur atomique, le soufre, et un aa sans radical, donc pas de carbone assymétriqueassymétrique.</li>
<li>Le 3ème cas c'est la polymérisationpolymérisation de EC (pseudo) par transfert de la liaison C-G (vraie) vers C-E (vraie) dans la réactionréaction:<br />EC-G + (EC)n-G ----> EC-(EC)n-G + G. Le produit obtenu est une alternance de vraies et de pseudo liaisons peptidiques.</li>
</ol></li>
<li> Dans le vivant l'acylation paraît être le pivot et le point d'orgue du métabolismemétabolisme. Pourtant ce n'est qu'une estérificationestérification qui peut être hydrolyséehydrolysée facilement. Si ce n'est que le processus est directionnel fait par des enzymes directionnelles. Ensuite cette liaison ester est transportéetransportée par le tRNA qui certainement doit la protégerprotéger. D’ailleurs tout est fait ( nombreuses modifications du tRNA ) pour stabiliser le tRNA vis à vis de la réactivitéréactivité du 2'OH, aiguillon des RNA. Remarquons que le vivant fait intervenir l'intrication partiellementavec la conformation du tRNA (zones double brin ) qui le rend plus solide et rigide. En plus ce grand édificeédifice, synthase + tRNA, pour placer juste un aa avec une liaison ester, est démontabledémontable intégralementintégralement comme le veut le principe de contrainte/libertéliberté (pas de cristallisation) et la réversibilitéréversibilité cyclique.<br /> Dans l'évolutionévolution moléculairemoléculaire cette mécaniquemécanique de précisionprécision n'a pas pu être réaliséeréalisée sans l'intervention de la pression hydrostatique ( voir [http://blogooolife.eklablog.com/l-automate-moleculaire-prebiotique-a57475769 automate] moléculairemoléculaire prébiotiqueprébiotique ). Car la pression, avec une faible températuretempérature, rend certes les réactionsréactions plus lentes, mais justement c'est cette lenteur qui permet les positionnements spatiaux des atomes nécessairesnécessaires à la soliditésolidité du système de protection de la liaison ester tout en évitantévitant la cristallisation ou le blocage et en permettant le démontagedémontage de l'édificeédifice par la suite.<br /> C'est aussi la pression hydrostatique qui va influer sur les propriétéspropriétés des aas codants. Car les conditions nécessairesnécessaires qu'on a étudiéesétudiées ( sans tenir compte de la pression hydrostatique ) jusqu'à maintenant vont devenir plus strictes avec la pression. Et si on vient à douter de l'incorporation d'un aa dans le groupe codant, on pourra toujours invoquer une action de la pression au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire pour mettre en marche l'automate. Mais attention, peut-on perdre une pièce de l'automate une fois la pression rendue faible? Ou qu'une poussière vienne le coincer? C'est possible avec un automate de notre monde macroscopique. Dans le cas du groupe d'aas codants on peut dire que si l'automate fonctionne à telle ou telle pression c'est qu'il a pu s'adapter même en perdant un aa ou en incorporant un nouvel aa. C'est ce qui passe pour la pyrrolysine qui apparemment a étéété utiliséeutilisée par les bactériesbactéries et les archéesarchées alors qu'elle n'existe plus chez les organismes plus évoluésévolués.</li>
<li> Qu'en est-il au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire? Qu'elle est la condition suffisante pour qu'un aa appartienne à un groupe ferméfermé suceptible de devenir un groupe d'aas codants? Il suffit que l'aa soit compatibleavec les autres aas du groupe, c.a.d ne pas contrevenir à la fonction principale du groupe, celle de réaliserréaliser la boucle d'acylation, de peptidisation et d'hydrolyse pour la synthèse et l'hydrolyse des protéinesprotéines faites de ces aas.<br /> Et la condition nécessairenécessaire et suffisante pour que ce groupe existe c'est qu'il réaliseréalise cette boucle, avec l'aide ou non ( à priopri ) d'autres moléculesmolécules.
<ul>
<li> Le fait que l'aa ne doit pas contrevenir à la réalisationréalisation de la boucle par le groupe lui permet d'être neutre et de n'intervenir directement dans les 3 réactionsréactions que par son zwitterion. C'est ainsi que G, les aas aliphatiques et P n'interviennent pas dans l'acylation ( intéineintéine ) et l'hydrolyse. Par contre ces aas sont nécessairesnécessaires au groupe car ils s'intercalent entre les aas à radicaux réactifsréactifs pour limiter leurs interactions, et avec P de plier la protéineprotéine et donc de rapprocher certains segments entre eux.<br /> Si l'on se place dans la situation où l'on suppose que les acides nucléiquesnucléiques n'interviennent pas encore dans l'évolutionévolution moléculairemoléculaire, les aas susceptibles d'appartenir à ce groupe et d'être réactifsréactifs sont, en se référantréférant aux intéinesintéines, au gluthation et aux protéasesprotéases: CSTDENQH et pour équilibreréquilibrer les ions KR. Les aas aliphatiques susceptibles d'appartenir au groupe comme on l'a dit ci-dessus sont au nombre de 6: LAVIGP. Restent FYW et M, qui peuvent appartenir au groupe s'ils ne contreviennent à son fonctionnement.</li>
<li>Peut-on se passer des acides nucléiquesnucléiques pour constituer ce groupe au débutdébut de l' évolutionévolution moléculairemoléculaire?<ol style="list-style-type: lower-alpha; > <li>EstérificationEstérification de la sérinesérine sur le phosphate de la membrane.</li>
<li>Trans-estérificationestérification du PLD-glycérolglycérol: ec 232.3. Est-ce que l'estérificationestérification ne peut pas se faire, avec la surface ionique du liposome aidant et sachant que le PLD-g est possible au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire?</li>
<li>Les schémasschémas des intéinesintéines peuvent très bien se concevoir dans la membrane avec C (organisateur) et S plus les aas aliphatiques propre à la membrane.</li>
<li>Le polypeptide ....EC-EC-EC-Gest tout à fait envisageable avec l'organisateur C et permet de faire entrer E dans la membrane et le cytoplasme.</li>
</ol></li>
<li>L'évolutionévolution moléculairemoléculaire peut commencer avec les monomers d'acides nucléiquesnucléiques ( ATP, UTP, ... ) comme on l'a vu dans DétricotageDétricotage. Les orientations des recherches avec cette idéeidée sont prometteuses et multiples:
<ul>
<li>Comment vont intervenir et les acide nucléiquesnucléiques et les aas aromatiques?</li>
<li>Est-ce que certains peptides sont fabriquésfabriqués par la membrane comme on l'a dit ci-dessus, et ces peptides attacheront ou utiliseront les acides nucléiquesnucléiques monomers ou oligomers?</li>
<li>imaginer les grandes étapesétapes vers les tRNA/synthases.</li>
<li>raccrocher le cycle métaboliquemétabolique du groupe des aas codants au métabolismemétabolisme central et à celui des acides nucléiquesnucléiques qui construit l'ADN.</li>
</ul>
</li>
</ul>
<p>24.3.14 Paris</p>
<p>La MéthionineMéthionine</p>
<p>Notes pour le dernier paragraphe "Qu'en est-il au débutdébut de l'évolutionévolution moléculairemoléculaire?". <br /> Seul M paraît n'avoir aucune raison d'être sauf qu'il ne doit pas contrevenir à la fonction du groupe codant. Il me paraît évidentévident que M est peut-être l'aa cléclé dans la fonction du groupe (acylation peptidisation hydrolyse) puisque il participe à l'acylation indirectement lors des méthylationsméthylations multiples du tRNA dont une obligatoire puisque conservéeconservée chez tous les tRNA, la méthylationméthylation de l'uracile en thymine du bras TPC. L'action de M peut intervenir en dernier lieu dans l'évolutionévolution moléculairemoléculaire vers l'acylation du tRNA ce qui expliquerait son rôle d'initiateur de la traduction, avec sa position une dans toutes les protéinesprotéines, initiation qui vient juste après la finalisation de l'acylation. La méthionineméthionine intervient en conjonction avec l'adénineadénine dans SAM pour ces méthylationsméthylations. C'est le lien le plus étroitétroit entre acides nucléiquesnucléiques et aas pour l'acylation. Le fait que M intervient indirectement rend ces 2 groupes, aas et acides nucléiquesnucléiques complètement étanchesétanches. C'est le cas de la lysine aussi qu'on trouve dans la queuosine, mais l'intervention de M est multiple et touche les tRNA et les rRNA, et la synthèse de SAM ne nécessitenécessite qu'une seule réactionréaction alors que la queuosine nécessitenécessite une voie métaboliquemétabolique entière.</p>
<p>25.3.14 Paris</p>
<p>Remplacer intrication par résonance électronique. L'arginine équilibre les cations mais aussi interagit avec l'ARN pour l'acylation.</p>
<p>9.4.14 Londres</p>
<p>"Bio-compatibilitécompatibilité":</p>
<p> Les protéinesprotéines commencent par les plus simples, c.a.d les mono puis les oligo-peptides, d'après le principe du nano-monde où il n'y a pas de "frottements". Il n'y a que des synthèses ou des décompositionsdécompositions sans perte de matière. De même que les PLDs s'assemblent ou se séparentséparent sans créercréer même des liaisons covalentes.<br /> L'ADN et l'ARN peuvent se dupliquer en bloc, tout en restant dans le nano-monde, sans "frottements". Mais là on rejoint les constructions macroscopiques où l'on procède par copie de blocs, ou bien on débitedébite le bloc en blocs de plus en plus petits, ou bien on y créecrée des motifs de plus en plus petits. L'exemple actuel est la lithographie pour fabriquer les circuits électroniquesélectroniques.<br /> L'ARN ou l'ADN simple brin peut avoir leurs bases modifiéesmodifiées car elles sont très réactiventréactivent quand elles ne sont pas appariéesappariées. Et ainsi le duplicata d'origine donnera un autre brin différentdifférent de l'original.</p>
<p>Famille des acides aminésaminés protéiquesprotéiques:</p>
<p> Le glutathion ECG est un peptide-aa C-terminal, son zwitterion est celui de E, c'est un aa et son radical est le radical de E + un dipeptide C-terminal. La peptidisation avec le CO2 en gamma de E est très courante. Par contre la pepetidisation avec le NH2 en gamma de K n'existe presque pas sauf dans la pyrolysine où le NH2 de P perd ses 2 H et est neutraliséneutralisé par un méthyleméthyle additionnel sur le radical de P. De même chez les procaryotes le NH2 du N-terminal des protéinesprotéines appartient à M et est neutraliséneutralisé par un N-formyle. Ce n'est que chez les eucaryotes où M débutedébute les protéinesprotéines et souvent ce M est éliminééliminé et le NH2 de l'acide aminéaminé N-terminal est neutraliséneutralisé de différentesdifférentes manières ou bien il reste libre ( faire plus d'investigations ).<br /> Le glutathion sert de réserveréserve de E, C et G. Mais en même temps il neutralise la réactivitéréactivité de E et celle, organisationnelle de C. La seule liaison peptidique vraie que les enzymes réussissentréussissent à réaliserréaliser est celle de C organisateur (soufre), très simple, et G, le plus simple possible, n'ayant pas de radical ----> j'en conclut qu'il y a incompatibilitéincompatibilité des radicaux avec la peptidisation par les enzymes. IncompatibilitéIncompatibilité d'un seul acide aminéaminé libre. En effet les acides aminésaminés libres côtoient les enzymes et des protéinesprotéines quelconques sans qu'il y ait une réactionréaction quelconque, sauf quand c'est bien orientéorienté. <br /> Importance du rôle organisateur du soufre dans C. C pourrait être à l'initialisation des peptidisations avant les ribosomes notamment avec (EC)n-G. Ces peptides pourraient interagir avec les ARNs pour débuterdébuter l'évolutionévolution vers les tRNA syntases et les ribosomes. <br /> La liaison E-C peut permettre, comme la chélationchélation des métauxmétaux par C, l'introduction de E dans le liposome.</p>
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