« Recherche:Genèse et duplication des gènes des tRNAs » : différence entre les versions
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*Aussi j'ai entrepris l'étude des [[Recherche:Corr%C3%A9lation_entre_les_codons_dans_les_g%C3%A8nes_de_prot%C3%A9ines|corrélations entre les codons protéiques]] en fonction du taux des paires de bases GC. J'espérai ainsi dégager des propriétés uniques pour chaque codon, indépendamment du nombre de génomes et de domaines différents. Ces propriétés seraient dues à la résonance dans l'ADN. La répétition des bases et les corrélations entre codons sont étudiées à partir des données de la base de données KEGG.
*Arrivé à ce stade je me suis trouvé en compétition avec la théorie du "codon usage" qui stipule que la fréquence des codons dans les protéines est liée à la fréquence des gènes de tRNAs elle même assujettie à leur efficacité dans la traduction. Donc l'hypothèse de la résonance dans l'ADN se trouvait reléguée au second plan.
*C'est en cherchant à dépasser cet handicap que je me suis mis à étudier les gènes de tRNAs de la base gtRNAdb. Article sur l'invalidation du "codon usage" <ref>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29859934</ref>.
*D'abord l'étude était limitée aux effectifs des 111 génomes étudiés pour les corrélations, pour contrer le "codon usage". Ensuite je l'ai étendue au grand nombre des bactéries puis des archées et enfin aux eucaryotes pour trouver une corrélations des tRNas entre domaines. La corrélation trouvée me confortait dans l'idée que le comportement des gènes de tRNAs n'était pas lié aux aas qu'ils auront à traduire une fois transcrits et modifiés en tRNA.
*Pour éliminer toute relation avec les aas, et donc au "codon usage", je me suis mis à étudier les processus qui modifient les gènes de tRNAs, dans l'ADN, sans considération pour la traduction. Ainsi les duplications à l'identique ou non d'un gène tRNA et l'insertion ou non d'un intron dans ce gène, produisent toujours un tRNA qui traduit toujours le même codon, mais ses comportements vis à vis de ces processus obéissent aux lois physique de l'ADN lors des réparations, de la transcription et de la réplication. Ainsi 4 processus spectaculaires régissent les gènes de tRNAs sans pour autant bouleverser de même "le codon usage", c'est à dire la fréquence des codons dans les protéines. Ce sont
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