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Le reste des minéraux est amené par la décomposition de la litière. <ref>La terre et l'humus. Luxorion. [en ligne]. Disponible sur http://www.astrosurf.com/luxorion/eco-terre-humus.htm<nowiki/>(consulté le 14.05.2020)</ref>Cela s’effectue en deux étapes : la transformation de la litière en humus (humification) puis la minéralisation de cet humus. Toute la matière organique déposée en surface (tiges, feuilles mortes, cadavres, déchets organiques) est décomposée par les divers organismes de la faune épigée : acariens, mille pattes, collemboles, crustacés, bactéries, champignons, actinomycètes ou des lombrics et scarabées. On estime qu’il y aurait entre dix millions et un milliard de bactéries par gramme de sol. Toute cette faune crée des galeries dans le sol, l'aérant et permettant la bonne porosité de celui-ci. Ces organismes se nourrissent du sucre, des protéines, de la cellulose présents dans la matière organique afin de les transformer en matière minérale. Cette matière forme l’humus et ce procédé peut durer quelques semaines voire quelques semaines, en fonction du type de sol et des conditions météorologiques. Puis, sous l’action d’autres micro-organismes, l’humus s’oxyde et se décompose en libérant l’eau, les gaz et les sels minéraux qu’il contient; c’est le phénomène de minéralisation. Ainsi, les matières organiques resituent aux sols les minéraux qu’elles avaient absorbé.
D'autres acteurs participent au bon fonctionnement d'un sol. On distingue la '''faune endogée''' qui se nourrit des racines mortes des plantes et nettoie le sous sol pour préparer les galeries suivantes. Cette faune comprend les mêmes groupes que la faune épigée : thysanoures, collemboles, acariens, myriapodes. Ces espèces sont par contre plus petites que celles de la faune épigée et souvent de couleur blanche. Ces êtres vivants sont plus allongés afin de suivre les réseaux des racines les plus fines. Grâce à toute cette faune, les racines mortes ne s’accumulent pas dans le sol, laissant la place à l’eau et aux nouvelles racines des plantes se développant. Elle assure une porosité de 60% au sol de profondeur, ce qui permet la respiration des racines. On remarque également la faune anécique (vers de terre ou grands lombrics). Les êtres vivants qui la composent font des allers-retours entre le sous sol et la surface du sol, ils remontent des argiles (ions chargés négativement) des strates inférieures du sol, les mélangent avec
Le dernier phénomène qui conduit à la formation des sols est la '''migration des éléments fins'''. En effet, certaines fines particules ou sels minéraux peuvent être entraînés par des écoulement d’eau souterrains. Ces écoulements d’eaux proviennent de pluies qui se sont infiltrées dans le sol. Il découle de cette opération le drainage et le lessivage. Le drainage, c’est le fait que certains minéraux soient emportés vers des nappes phréatiques souterraines où ils sont alors perdus. Le lessivage
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