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'''Air :''' <ref><nowiki>DAUJAT A, ÉVEILLARD P, HEBERT J et al. ENGRAIS. In : Encyclopædia Universalis [en ligne]. Disponible sur : </nowiki>https://www.universalis.fr/encyclopedie/engrais/ (consulté 05.05. 2020).</ref> Émissions de gaz à effet de serre (NH<sub>3</sub>, N<sub>3</sub>O, CO<sub>2</sub>) dues à la production (37% des émissions de la filière) et l’utilisation d’engrais. L'épandage d'engrais peut entraîner une volatilisation d'ammoniac gazeux et de protoxyde d’azote pouvant entraîner des pluies acides et contribuer à l’eutrophisation des eaux douces. <ref name=":9" /> De plus, les engrais inutilisés peuvent se dégrader et émettre des gaz à effet de serre dans l'atmosphère.
'''Sols :''' Les pratiques agricoles diminuent la fertilité des sols et par la suite les rendement agricoles, avec la baisse de la valeur nutritive des aliments (effondrement des teneurs en vitamines et en oligoéléments dans nos aliments). Suite aux apports trop importants en nutriments, des déséquilibres nutritifs apparaissent rendant les végétaux plus sensibles aux maladies. L'emploi d'engrais peut entraîner l'acidification des sols, la perte des bases comme le calcium, le magnésium, le fer (tous des ions positifs). Les argiles (colloïdes négatifs) partent alors en suspension dans l’eau de ruissellement; l'eau est plus dense et sa force érosive augmente donc elle emporte les limons, sables, cailloux. En favorisant l'érosion des sols, l'emplois d'engrais favorise la libération de phosphore présent dans les sols. On peut citer l'exemple historique du[[w : Dust Bowl | Dust Bowl]], véritable catastrophe écologique dans les années 1930 aux Etats-Unis. En effet, durant la Grande Dépression, les agriculteurs locaux augmentent leur production en exploitant plus de terres. Mais, ces sols sont légers et exposés à de forts vents. Cette surexploitation s'ensuit d'une période de sécheresse qui s'accompagne de tempêtes de poussière, entraînant la perte de ces terres arables. Cette catastrophe est également conséquence du sur
'''Biodiversité :''' <ref name=":2" /> L'accroissement des apports de fertilisants impacte la biodiversité des organismes du sol (liés à leur évolution physico-chimique comme la variation du pH) et celle des organismes liés au statut nutritionnel des plantes. La fertilisation minérale réduit la biomasse microbienne des sols et leur activité ainsi que la diversité bactérienne en modifiant les conditions des milieux (acidité et composition des sols) et en limitant leurs interactions (symbioses...).
Les apports accrus en fertilisants entraînent la chute de la vie chez la faune épigée et chez les lombrics. Chez les vertébrés, les oiseaux sont touchés via les pluies acides causant leur déclin; l'anoxie due à l'eutrophisation des milieux aquatiques a des conséquences catastrophiques sur les populations de poissons.
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<ref name=":2" /> En Europe, le développement de l’agriculture, le changement d’utilisation des terres, l’augmentation des parcelles, l’intensification et la modification des pratiques agricoles, surtout depuis les années 50, se sont traduits par d’importantes modifications de la structuration des paysages. Ces transformations se manifestent par une baisse de l’hétérogénéité des paysages entraînant une baisse de la biodiversité. Cette hétérogénéité regroupe généralement la présence d’éléments semi-naturels comme les zones boisées, les bords de champs, les haies ; et le niveau de fragmentation entre habitats particuliers. Elle a un effet positif sur la biodiversité et la présence de zones paysagères non agricoles permet l’augmentation de la biodiversité en servant de refuges aux espèces. La présence d’éléments non productifs dans les parcelles agricoles joue un rôle clé dans la préservation de la diversité animale et végétale.
En France, la proportion d’éléments semi-naturels varie significativement selon les territoires en représentant moins de 10% des zones agricoles pour certaines et plus de la moitié pour d’autres. La fragmentation des habitats semi-naturels entraîne une diminution de la richesse
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