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*: - 1ère ébauche du typage. En partant toujours de l'article (ref article2) qui m'a mis sur la voie des opérons à RNAs j'ai étudié les duplications chez [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Les_duplications_par_op%C3%A9rons_sans_rRNAs:_eco_eal|E.Coli]], où la duplication ne se fait plus dans ces opérons, mais dans un cluster de tRNAs seuls. Ce qui m'a amené à comparer les intercalaires en relation avec le %GC de 16 génomes. Petit à petit sont apparus alors les types z et y (notation, 16s-y-23s5s-z ou x-16s-y-23s5s-z'), d'abord z puisqu'il est à l'origine des duplications et les différences de celles-ci entre bsu et eco, ensuite est apparu y qui s'imposait par la constance du cas '''atc-gca''' qui n'a aucune relation avec la fonction des tRNAs.
*: - Les cds: En partant toujours de l'article (ref article2) qui parle de 2 opérons tRNAs+protéine, [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_remarques|tpr et tufB]], j'ai ajouté à mes intercalaires ceux des cds intra clusters et à leurs bordures dans [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]. L'étude des cds est faite dans plusieurs génomes des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|annexes]].
*: - Le typage x y z, les longueurs de z: Si les annexes permettent de repérer les duplications avec ou sans rRNAs, les fiches ne concernent que les clusters à rRNAs sans l'encombrement des intercalaires. J'ai échantillonné chaque clade avec le 1er génome de la rupture du tri sur les 2 1ers qualificatifs du nom. Cette étude m' a permis alors de définir plus proprement les types et notamment de définir les 3 longueurs de z, sans z, 1-3 et >3 tRNAs. Ainsi sont apparus les 1-3 majoritaires de z dont l'exemple impressionnant des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria|alphas]]. L'abondance d'un type donné de z1-3 pose alors le [[#Les_types_1-3_majoritaires|problème du génome]]: est-ce que cette abondance est due au fait que je suis tombé sur un génome particulier ou bien c'est une propriété générale. Dans la quasi totalité des cas il y a plusieurs génomes pour un type donné.
*: - Le typage x-y-z', x n'est pas un accident: Ce n'est qu'à la [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Synth%C3%A8se_par_clade#Type_x_synth%C3%A8se|synthèse finale sur les x]] que j'ai démontré leur existence propre et qu'ils ne sont pas dus à un réassemblent au hasard, par les réparations de l'ADN, d'un cluster 16s-y-23s5s-z. Les destructions et les réassemblements sont
=====Hypothèse de la contrainte physique du cluster=====
* Voir dans la [[#Comparaison_des_z9-23_/_z4-8_B-C|comparaison des z9-23/z4-8]], la manifestation physique de l'ADN (dernier paragraphe).
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