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« Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Synthèse par clade » : différence entre les versions

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====Type z synthèse====
=====Historique du typage x-16s-y-23s5s-z=====
*La question des duplications des tRNAs reliées à leurs fonctions (articleref qui introduit les opérons longs de tRNA et les opérons mixtes de tRNA et de protéines, page 17 [https://www.diva-portal.org/smash/get/diva2:210271/FULLTEXT01.pdf]article1): Dans ce but j'ai commencé à étudier les duplications des tRNAs dans les [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Duplications_chez_les_bact%C3%A9ries_par_les_op%C3%A9rons_d'ARNs|opérons à RNAs]].
*: - Les intercalaires: Très vite est apparue l'idée que la structure en boucle du tRNA devrait opposer une résistance à la réplication et aux réparations de l'ADN. Ceci aurait pour conséquence une destruction du tRNA et surtout des rRNAs qui contiennent l'équivalent de 1 20 40 structures de type tRNA pour respectivement 5s 16s 23s. Cette opposition aux maintenances de l'ADN engendre aussi la conservation de ces gènes de génération en génération. Elle devrait se traduire aussi par une très grande variabilité des intercalaires. C'est ce que j'ai mis en évidence dans cette première approche.
*: - 1ère ébauche du typage. En partant toujours de l'article (refarticle article2qui introduit les opérons longs de tRNA et les opérons mixtes de tRNA et de protéines, page 17 [https://www.diva-portal.org/smash/get/diva2:210271/FULLTEXT01.pdf]) qui m'a mis sur la voie des opérons à RNAs j'ai étudié les duplications chez [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Les_duplications_par_op%C3%A9rons_sans_rRNAs:_eco_eal|E.Coli]], où la duplication ne se fait plus dans ces opérons, mais dans un cluster de tRNAs seuls. Ce qui m'a amené à comparer les intercalaires en relation avec le %GC de 16 génomes. Petit à petit sont apparus alors les types z et y (notation, 16s-y-23s5s-z ou x-16s-y-23s5s-z'), d'abord z puisqu'il est à l'origine des duplications et les différences de celles-ci entre bsu et eco, ensuite est apparu y qui s'imposait par la constance du cas '''atc-gca''' qui n'a aucune relation avec la fonction des tRNAs.
*: - Les cds: En partant toujours de l'article (ref article2) qui parle de 2 opérons tRNAs+protéine, [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_remarques|tpr et tufB]], j'ai ajouté à mes intercalaires ceux des cds intra clusters et à leurs bordures dans [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]]. L'étude des cds est faite dans plusieurs génomes des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|annexes]].
*: - Le typage x y z, les longueurs de z: Si les annexes permettent de repérer les duplications avec ou sans rRNAs, les fiches ne concernent que les clusters à rRNAs sans l'encombrement des intercalaires. J'ai échantillonné chaque clade avec le 1er génome de la rupture du tri sur les 2 1ers qualificatifs du nom. Cette étude m' a permis alors de définir plus proprement les types et notamment de définir les 3 longueurs de z, sans z, 1-3 et >3 tRNAs. Ainsi sont apparus les 1-3 majoritaires de z dont l'exemple impressionnant des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria|alphas]]. L'abondance d'un type donné de z1-3 pose alors le [[#Les_types_1-3_majoritaires|problème du génome]]: est-ce que cette abondance est due au fait que je suis tombé sur un génome particulier ou bien c'est une propriété générale. Dans la quasi totalité des cas il y a plusieurs génomes pour un type donné.
*: - Le typage x-y-z', x n'est pas un accident: Ce n'est qu'à la [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Synth%C3%A8se_par_clade#Type_x_synth%C3%A8se|synthèse finale sur les x]] que j'ai démontré leur existence propre et qu'ils ne sont pas dus à un réassemblent au hasard, par les réparations de l'ADN, d'un cluster 16s-y-23s5s-z. Les destructions et les réassemblements sont étudiés dans les comparaisons entre 2 génomes proches phylogénétiquement: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco|ecoN-eco]], [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu-lmo]], [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#Peptoclostridium_difficile_CD196|cdc]] - [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8]].
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