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====blo intercalaires rRNA====
*Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre [[#blo_blocs|blo blocs]] de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau [[#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]].
*Remarque: Les 4 blocs sont à rRNAs seuls. Leurs intercalaires avec les 2 cds sont orientés. C'est à dire que le cds-16s est plus grand que le 5s-cds qu'il y ait un complément ou non. Ainsi pour les 2 blocs non contigus on a respectivement 618-188 et 573-375. Les 2 blocs contigus ont la configuration cds1-16s23s5s-cds2-16s23s5s-cds3 avec les intercalaires cds 578-866-251. Cette configuration est toujours orientée. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres '''génome-bloc''' de chaque génome.
*Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans [[#blo_cumuls|blo cumuls]] et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin, du chapitre précédent, qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
<pre>
deb fin tri grand petit* tri grand* petit
163 231 4 558 -39 25 74 62
-17 154 2 154 -17 7 95 60
190 284 24 142 -8 9 116 94
-39 558 6 216 24 38 137 117
159 148 7 95 60 24 142 -8
24 216 30 309 61 2 154 -17
95 60 25 74 62 5 159 148
187 117 29 329 65 22 175 75
116 94 12 204 67 8 187 117
218 206 35 271 69 13 192 158
212 467 31 376 71 21 199 113
67 204 22 175 75 12 204 67
192 158 15 251 76 17 206 167
336 149 9 116 94 6 216 24
251 76 19 365 97 10 218 206
288 192 27 356 102 34 222 204
206 167 21 199 113 1 231 163
256 193 8 187 117 33 245 179
365 97 38 137 117 15 251 76
215 433 28 314 130 39 253 156
113 199 5 159 148 18 256 193
75 175 14 336 149 35 271 69
580 469 39 253 156 3 284 190
142 -8 13 192 158 16 288 192
62 74 1 231 163 30 309 61
306 871 17 206 167 28 314 130
102 356 33 245 179 29 329 65
314 130 3 284 190 14 336 149
65 329 16 288 192 27 356 102
309 61 18 256 193 19 365 97
71 376 34 222 204 31 376 71
397 327 10 218 206 32 397 327
179 245 11 467 212 37 422 333
222 204 20 433 215 20 433 215
271 69 36 519 224 11 467 212
224 519 26 871 306 36 519 224
333 422 32 397 327 4 558 -39
117 137 37 422 333 23 580 469
253 156 23 580 469 26 871 306
</pre>
*Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds. Voir le tableau des [[#blo_les_fréquences|cds-cds]] de la bactérie '''blo''', et les doublets tRNA-cds ci-dessus.
<pre>
actino cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit
blo cds-cds 1,824 1772 228 1144 281 85 34
blo cds ‰ 129 646 159 48 19
blo tRNA ‰ 38 487 346 115 13 462 513 282 692
blo tRNA 78 3 38 27 9 1 18 20 11 27
</pre>
*Calculs: voir [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/g%C3%A9nomes_synth%C3%A8se#tRNA-cds_calculs|les détails]]
<pre>
actino cds total total <0 0-200 reste cds≥0 bornes p q tRNAs
blo cds-cds 1 824 1772 228 1144 400 1544 petit 0,741 0,259 36
blo cds ‰ 129 741 259 30,581 p2 2pq 1-q2 q2
blo tRNA 78 3 38 37 36,586 0,549 0,384 0,933 0,067
calculs proba effect attendu plage 2σ grand varq varp attendus
petit 0,741 27 33,6 31 – 37 3,0 13,792 nq2(1-q2) np2(1-p2) petit grand
grand 0,259 11 19,8 14 – 26 6,0 25,734 2,254 8,914 33,584 19,763
</pre>
 
==Streptomyces avermitilis MA-4680==
===sma opérons===