|
*Lien NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1]
*'''Note''': Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru]] du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_remarques|Voir l'exemple d'eco]] (remarque @3) avec tac-tac-'''tpr''' et aca-tac-gga-acc-'''tufB'''.
====ase les fréquences====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]]
*Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire
*: - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence '''fréquencez''' est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.
*: - '''cumul,%''' colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
*: - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
*: - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
*: - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/g%C3%A9nomes_synth%C3%A8se#M%C3%A9thode_de_pr%C3%A9l%C3%A8vement|méthode des prélèvements]] de NCBI du '''17.12.20'''.
{| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="1300"
|+ase Les fréquences des intercalaires entre cds
|-style="border-bottom:2px solid black;"
!ase!!intercalaires!!total!!%!!intercalaires!!moyenne!!ecartype!!plage!!ADN!!intercal!!<u>frequence5!!intercal!!<u>fréquencez
|-
|||'''négatif||1652||20.2||'''négatif ||-11||18||-1 à -120||'''9 239 851||-1||1652||610||9
|-
|||'''zéro||35||0.4||||||||||'''intercals||0||35||620||10
|-
|||'''1 à 200||4832||58.9||'''0 à 200||76||56||||'''1 063 558||5||327||630||11
|-
|||'''201 à 370||1047||12.8||'''201 à 370||270||48||||'''11.5%||10||278||640||9
|-
|||'''371 à 600||399||4.9||'''371 à 600||466||64||||||15||208||650||8
|-
|||'''601 à max||232||2.8||'''601 à 2272||901||335||||||20||164||660||5
|-
|||'''total 8197||<201||79.5||'''total 8191||125||189||-120 à 2272||||25||153||670||10
|-bgcolor="#eaecf0" style="font-weight:bold;"
|adresse||intercalx||intercal||<u>fréquence1||intercal||<u>fréquence6||cumul,%||intercal||<u>fréquence-1||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|30||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|135||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|680||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|7
|-
|3108649||3760||-1||1652||-70||42||||0||35||35||146||690||2
|-
|5950001||3290||0||35||-60||13||||-1||bgcolor="#66ffff"| 168||40||143||700||3
|-
|9227973||3263||1||bgcolor="#66ffff"| 80||-50||29||||-2||18||45||135||710||4
|-
|5776402||3118||2||64||-40||23||||-3||0||50||144||720||4
|-
|6218652||2918||3||61||-30||39||'''min à -1||-4||bgcolor="#66ffff"| 976||55||169||730||4
|-
|2517961||2663||4||bgcolor="#66ffff"| 69||-20||73||1652||-5||1||60||144||740||5
|-
|7134889||2272||5||53||-10||159||20.2%||-6||2||65||154||750||6
|-
|355339||2255||6||40||0||1309||||-7||29||70||176||760||4
|-
|6142216||2155||7||43||10||605||||-8||bgcolor="#66ffff"| 77||75||138||770||5
|-
|744687||2103||8||46||20||372||||-9||3||80||148||780||3
|-
|7132107||2080||9||70||30||288||||-10||13||85||145||790||4
|-
|713737||2014||10||bgcolor="#66ffff"| 79||40||289||'''1 à 100||-11||bgcolor="#66ffff"| 39||90||130||800||5
|-
|56486||1991||11||58||50||279||3264||-12||5||95||123||810||3
|-
|7915401||1920||12||44||60||313||39.8%||-13||18||100||104||820||5
|-
|1728815||1782||13||41||70||330||||-14||bgcolor="#66ffff"| 30||105||106||830||3
|-
|6917877||1616||14||31||80||286||||-15||12||110||111||840||5
|-
|3627392||1532||15||34||90||275||||-16||9||115||101||850||3
|-
|6902269||1526||16||bgcolor="#66ffff"| 45||100||227||||-17||bgcolor="#66ffff"| 18||120||79||860||1
|-
|7156539||1508||17||29||110||217||||-18||4||125||101||870||4
|-
|4817485||1484||18||20||120||180||||-19||11||130||91||880||4
|-
|3228912||1467||19||27||130||192||||-20||bgcolor="#66ffff"| 11||135||89||890||4
|-
|1528987||1458||20||bgcolor="#66ffff"| 43||140||177||||-21||1||140||88||900||1
|-
|8078456||1411||21||35||150||140||||-22||5||145||76||910||1
|-
|8199307||1409||22||35||160||155||||-23||bgcolor="#66ffff"| 15||150||64||920||1
|-
|5463416||1395||23||30||170||137||'''1 à 200||-24||7||155||89||930||1
|-
|1188761||1392||24||24||180||116||4832||-25||6||160||66||940||1
|-
|9239126||1338||25||29||190||131||58.9%||-26||bgcolor="#66ffff"| 13||165||76||950||2
|-
|3240125||1331||26||26||200||123||||-27||1||170||61||960||0
|-
|1083604||1320||27||31||210||100||||-28||7||175||58||970||7
|-
|6788001||1297||28||20||220||85||||-29||bgcolor="#66ffff"| 7||180||58||980||0
|-
|3417418||1292||29||32||230||95||||-30||2||185||67||990||3
|-
|6304514||1289||30||26||240||76||'''0 à 200||-31||5||190||64||1000||4
|-
|8425004||1285||31||23||250||89||4867||-32||bgcolor="#66ffff"| 11||195||72||1010||0
|-
|5338257||1267||32||bgcolor="#66ffff"| 40||260||53||||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"|1559||200||51||1020||1
|-
|204079||1263||33||30||270||76||||reste||128||205||54||1030||1
|-
|6897972||1260||34||27||280||67||||total||1687||210||46||1040||2
|-
|||||35||26||290||52||||||||215||45||1050||3
|-
|||||36||26||300||51||||bgcolor="#eaecf0"|'''intercal||bgcolor="#eaecf0"|'''<u>frequence5||220||40||1060||2
|-
|||||37||30||310||52||||600||7965||225||50||1070||0
|-
|||||38||bgcolor="#66ffff"| 36||320||44||||650||47||230||45||1080||0
|-
|||||39||21||330||36||||700||27||235||43||1090||3
|-
|||||style="border-bottom:2px solid black;"|40||style="border-bottom:2px solid black;"|30||340||52||'''201 à 370||750||23||240||33||1100||0
|-
|||||reste||4956||350||46||1047||800||21||245||45||1110||1
|-
|||||total||8197||360||43||12.8%||850||19||250||44||1120||1
|-
|||||||||370||30||||900||14||255||28||1130||1
|-
|||||||||380||25||||950||6||260||25||1140||0
|-
|bgcolor="#eaecf0"|'''adresses||bgcolor="#eaecf0"|'''intercaln||bgcolor="#eaecf0"|'''décalage||bgcolor="#eaecf0"|'''long||390||27||||1000||14||265||34||1150||0
|-
|1905626||-120||comp||||400||25||||1050||7||270||42||1160||0
|-
|1623585||-119||shift2||1160||410||16||||1100||5||275||37||1170||0
|-
|3648339||-119||comp||||420||36||||1150||3||280||30||1180||2
|-
|5459717||-119||shift2||533||430||19||||1200||4||285||23||1190||1
|-
|2592786||-111||comp||||440||20||||1250||2||290||29||style="border-bottom:2px solid black;"|1200||style="border-bottom:2px solid black;"|1
|-
|7166313||-110||shift2||3494||450||19||||1300||11||295||24||reste||42
|-
|2954690||-109||||||460||19||||1350||3||300||27||total||8197
|-
|3376872||-109||||||470||16||||1400||2||305||28||||
|-
|1386988||-107||||||480||20||||1450||2||310||24||||
|-
|1241468||-106||||||490||21||||1500||3||315||23||||
|-
|2667462||-106||||||500||13||||1550||3||320||21||||
|-
|5582768||-106||||||510||22||||1600||0||325||19||||
|-
|4986287||-105||||||520||14||||1650||1||330||17||||
|-
|5304717||-101||||||530||4||||1700||0||335||33||||
|-
|3730598||-100||||||540||16||'''371 à 600||1750||0||340||19||||
|-
|5353721||-97||||||550||11||399||1800||1||345||22||||
|-
|6351308||-97||||||560||10||4.9%||1850||0||350||24||||
|-
|9179797||-95||||||570||12||||1900||0||355||21||||
|-
|594603||-94||||||580||14||'''601 à max||1950||1||360||22||||
|-
|6906822||-94||||||590||12||232||2000||1||365||12||||
|-
|323356||-93||||||style="border-bottom:2px solid black;"|600||style="border-bottom:2px solid black;"|8||2.8%||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"|220||style="border-bottom:2px solid black;"|370||style="border-bottom:2px solid black;"|18||||
|-
|1310874||-93||||||reste||232||||reste||12||reste||631||||
|-
|5450079||-91||||||total||8197||||total||8197||total||8197||||
|}
====ase intercalaires positifs S+====
*Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ase _intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]]
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