Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Firmicutes

Fiche mémoire sur Firmicutes

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Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Firmicutes », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.

Fiche en préparation

Tanger le 02.11.19

Bacilli

Bacilli blocs

Lien tableur: bacilli blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

Bacilli blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	Bc001-25					Notes
								16s23s5s	atcgca	autres	avant
bc001	16s23s5s	4	60	40	20		sans	19	4			avant
	16atcgca235-aac-acc						1-3	3	2		3	3*cgt gga 16s23s5s atgf gac
	16atcgca235-22aas						4-8	3
	16s23s5s-12aas						9-23	13	2			1-3
							24-43					2*16atcgca235-aac-acc
bc002	16s23s5s-tca	6	65	1	64	49	total	38	8	0	3	2*16s23s5s-atgf-gac
	5*16s23s5s											16s23s5s-tca

bc004	2*16s23s5s	6	56	28	28							autres incomplets
	16atcgca235-aac-acc											16s°atcgca235
	16s23s5s-atgf-gac											16s°23s5s-16 aas
	2*16s23s5s-13,9 aas											16s°atcgca235

bc008	2*16atcgca235	10	95	68	27
	2*16s23s5s
	5*16s23s5s-21,16,9,9,5 aas
	cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac

bc014	4*16s23s5s	8	89	59	30
	cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
	2*16s23s5s-9,7 aas
	16atcgca235-21 aas
	16s°atcgca235
	16s°23s5s-16 aas

bc015	3*16s23s5s	9	89	52	37
	16atcgca235
	4*16s23s5s-21,16,9,7 aas
	16s23s5s-atgf-gac
	16s°atcgca235

bc025	2*16s23s5s	6	70	41	29
	16atcgca235
	cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
	2*16s23s5s-21,16 aas	49
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	Bc029-74					Notes
bc029	4*16s23s5s	11	112	98	14			16s23s5s	atcgca	autres	avant
	2*16atcgca235						sans	33	6		1	avant
	4*16s23s5s-20,19,11,9 aas						1-3	5			3	3*33,12,11aas-16s23s5s-atgf-gac
	33aas-16s23s5s-atgf-gac						4-8	1				13aas-16s23s5s
							9-23	22	2
bc034	5*16s23s5s	10	94	81	13		24-43					1-3
	16atcgca235-15aas					73	total	61	8	0	4	3*16s23s5s-atgf-gac
	3*16s23s5s-22,20,9aas											2*16s23s5s-aac-acc
	11aas-16s23s5s-atgf-gac

bc063	16s23s5s	7	75	45	30
	2*16atcgca235
	16s23s5s-aac-acc
	16s23s5s-atgf-gac
	2*16s23s5s-21,16 aas

bc065	3*16s23s5s	8	80	50	30
	16s23s5s-atgf-gac
	16s23s5s-aac-acc
	3*16s23s5s-21,16,9 aas

bc066	8*16s23s5s	13	95	68	27
	4*16s23s5s-22,19,15,8 aas
	12aas-16s23s5s-atgf-gac

bc067	7*16s23s5s	10	83	43	40
	16atcgca235-9aas
	2*16s23s5s-16,16aas

bc074	5*16s23s5s	14	118	94	24
	16s23s5s-atgf-gac
	2*16atcgca235
	5*16s23s5s-22,20,15,9,9 aas
	13aas-16s23s5s	73
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	Bc090-244					Notes
bc090	7*16s23s5s	13	95	83	12			16s23s5s	atcgca	autres	avant
	16atcgca235						sans	35	13			avant
	4*16s23s5s-22,20,15,9 aas						1-3	1			6	5(312),11,10aas-16s23s5s-atgf-gac
	11aas-16s23s5s-atgf-gac						4-8	3	1			cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
							9-23	26
bc097	5*16s23s5s	13	107	93	14		24-43					1-3
	2*16atcgca235					85	total	65	14	0	6	16s23s5s-gaa
	12aas-16s23s5s-atgf-gac
	5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas

bc125	16s23s5s	12	123	107	16
	2*16atcgca235
	suite3-16s23s5s
	10aas-16s23s5s-atgf-gac
	7*16s23s5s-21,16,14,12,10,9,9

bc147	3*16s23s5s encadrés	9	86	60	26
	2*16atcgca235
	cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
	3*16s23s5s-21, 16, 9, 6aas

bc158	5*16s23s5s	14	142	93	49
	2*16atcgca235
	suite2-16s23s5s
	5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas
	12aas-16s23s5s-atgf-gac

bc165	10*16s23s5s	15	78	59	19
	16s23s5s-gaa
	3*16s23s5s-20,15,9
	12aas-16s23s5s-atgf-gac

bc244	4*16atcgca235	9	98	26	72
	16atcgca235-5aas
	2*16s23s5s dont un encadré ici
	2*16s23s5s-6, 5aas	85
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	Bc328-656					Notes
bc328	2*16s23s5s dont un encadré ici		67	50	17			16s23s5s	atcgca	autres	avant
	2*16s23s5s-21,9	6					sans	18	2	1	2	avant
	16atcgca235-14aas						1-3	1	1	4	1	5s-8aas-16s-atc-235
	16atcgca235-aac-acc						4-8	1	1	2		ctc-gga-16s23s5s
							9-23	15	2	6		11aas-16s23s5s-atgf-gac
bc384	5*16s23s5s	14	175	138	37		24-43		1
	9*16s23s5s-23 22 19 17					58	total	35	7	13	3	1-3
	16 12 11 9 9 aas											16atcgca235-aac-acc
												16s23s5s-aac-acc
bc393	7*16s23s5s	13	165	73	92							2*16-gca-235-aac
	16s-gca-235											2*16-gca-235-aac-cgt
	16s-5s-atcgca-23s-8aas
	16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas											autres
	3*16s23s5s-11, 17, 21 aas											16s-gca-235
												16s-5s-atcgca-23s-8aas
bc413	16atcgca235	5	63	47	16							16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas
	16atcgca-235-26aas
	16s23s5s-6aas											2*16-gca-235-aac
	5s-8aas-16s-atc-235											5*16-gca-235-17,15,12,9,4 aas
	ctc-gga-16s23s5s											2*16-gca-235-aac-cgt
	23s°5s											3*16s-gca-235-17, 12, 7 aas

bc499	2*16-gca-235-aac	7	80	66	14							5s en trop
	5*16-gca-235-17,15,12,9,4 aas											16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas
												23s°5s
bc655	2*16-gca-235-aac-cgt	5	59	45	14							5s-8aas-16s-atc-235
	3*16s-gca-235-17, 12, 7 aas

bc656	4*16s23s5s	8	56	30	26
	16s23s5s-aac-acc
	16atcgca235
	11aas-16s23s5s-atgf-gac
	16s23s5s-13aas	58
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	Bc657-660					Notes
bc657	16s23s5s	5	62	36	26			16s23s5s	atcgca	autres	avant
	16s23s5s-aac						sans	7	1			avant
	2*16s-gca-235-25, 8aas						1-3	2	1		2	12aas-16s23s5s-atgf-gac
	16s23s5s-12aas						4-8	1	2	1		gga-16atcgca235-gta
							9-23	3	2
bc658	16s-5s-23s	5	61	58	3		24-43			1		1-3
	16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg					23	total	13	6	2	2	16s23s5s-aac
	*216s-5s-atcgca-23s-9,5aas**											16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg
	16s-5s-23s-14aas											16atcgca235-aac-acc

bc659	4*16s23s5s	7	54	32	22							autres
	16atcgca235-aac-acc											16s-5s-23s-14aas
	12aas-16s23s5s-atgf-gac											*216s-5s-atcgca-23s-9,5aas**
	16s23s5s-14aas											2*16s-gca-235-25, 8aas

bc660	16atcgca235	6	75	38	37							5s en trop
	16s23s5s											16atcgca235-4aas-5s-aac
	16s23s5s-6aas:gta-gac-tgg-cac-ttg-cca
	2*16atcgca235-17aas, 4aas-5s-aac
	gga-16atcgca235-gta
		23








lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total pages	Total
32								16s23s5s	atcgca	autres	avant
							sans	112	26	1	3
	Total		2827	1902	925		1-3	12	4	4	15
	Moyenne		88	59	29		4-8	9	4	3	0
	ecartype		30	28	19		9-23	79	8	6	0
	max		175	138	92		24-43	0	1	1	0
	min		54	1	3	288	total	212	43	15	18

Bacilli notes

Lien tableur: bacilli notes

Bacilli blocs, Notes
avant		1-3
33,512,311,10aas-16s23s5s-atgf-gac		4*16atcgca235-aac-acc
4*cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac		2*16-gca-235-aac
13aas-16s23s5s		2*16-gca-235-aac-cgt
5s-8aas-16s-atc-235
ctc-gga-16s23s5s		5*16s23s5s-atgf-gac
		3*16s23s5s-aac-acc
gga-16atcgca235-gta		16s23s5s-gaa
		16s23s5s-tca
autres		16s23s5s-aac
16s-gca-235		16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg
2*16-gca-235-aac
2*16-gca-235-aac-cgt		autres incomplets
916-gca-235-217,15,2*12,9,8,7,4 aas		16s°atcgca235
16s-gca-235-25aas		16s°23s5s-16 aas
*316s-5s-atcgca-23s-9,8,5aas**		16s°atcgca235
16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas
16s-5s-23s-14aas		5s en trop
		16atcgca235-4aas-5s-aac
zéro cds		16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas
		5s-8aas-16s-atc-235
incomplets		23s°5s

Bacilli typage

bacilli blocs 16s-y-23s5s-z

Lien tableur: bacilli blocs 16s-y-23s5s-z
Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
Légende:
- 16s5s-*: Pour 16s5s-y-23s où le type y peut être absent et donne 16s5s23s.

B. Bacilli blocs 16s-y-23s5s-z

Bz. Bacilli blocs 16s-y-23s5s-z, et §-16s-y-23s5s-z

Bz1. Tableau des blocs
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	avant 16s
sans	112	26	1		3
1-3	12	4	4		15
4-8	9	4	3
9-23	79	8	6
24-43	0	1	1
total	212	43	15	0	18

Bz2. avant 16s, z: longs avant
§-16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	total
sans	2			1	3
1-3	14	1			15
4-8
9-23
24-43
total	16	1	0	1	18

Bz3. cumuls
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	16235-z	16s5s-*
sans	114	26	1	1	142
1-3	26	5	4		35	*1
4-8	9	4	3		16	*2
9-23	79	8	6		93	*3
24-43	0	1	1		2
16-y-235	228	44	15	1	288
16s5s-*-23s	*2	*4

Bz4. Bacilli %
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	16235-z	16s5s-*
sans	40	9	0,3	0,3	49
1-3	9	1,7	1,4	0	12	*1
4-8	3,1	1,4	1	0	5,6	*2
9-23	27	2,8	2,1	0	32	*3
24-43	0	0,3	0,3	0	0,7
16-y-235	79	15	5,2	0,3	100
16s5s-*-23s	*2	*4

Bx. Bacilli blocs 16s-y-23s5s-z, et x-16s-y-23s5s-§

Bx1. Tableau des blocs
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	avant 16s
sans	112	26	1		3
1-3	12	4	4		15
4-8	9	4	3
9-23	79	8	6
24-43	0	1	1
total	212	43	15	0	18

Bx2. avant 16s, x: longs après
x-16-y-235-§	16s23s5s	atcgca	gca	atc	total
sans
1-3	5	1			6
4-8				1	1
9-23	10				10
24-43	1				1
total	16	1	0	1	18

Bx3. Cumuls
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	16235-z	16s5s-*
sans	112	26	1		139
1-3	17	5	4		26	*1
4-8	9	4	3		16	*2
9-23	89	8	6	1	104	*3
24-43	1	1	1		3
16-y-235	228	44	15	1	288
16s5s-*-23s	*2	*4

Bx4. Bacilli %
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gca	atc	16235-z	16s5s-*
sans	39	9	0,3		48
1-3	5,9	1,7	1,4		9	*1
4-8	3,1	1,4	1		5,6	*2
9-23	31	2,8	2,1	0,3	36	*3
24-43	0,3	0,3	0,3		1
16-y-235	79	15	5,2	0,3	100
16s5s-*-23s	*2	*4

bacilli blocs intégrés

Lien tableur: bacilli blocs intégrés

Bacilli blocs intégrés
16s23s5s		16s23s5s	atcgca	gca	autres	atc	total
avant inversé	Total intégré
0	sans	112	26	1	*0		139
1	1-3	13	5	4	*0		22
4	4-8	13	4	3	*2	1	21
10	9-23	89	8	6	*3		103
1	24-43	1	1	1	*0		3
16	total	228	44	15	*5	1	288
0	Dont 16s5s-*-23s	1	4	0	*5		5

bacilli blocs 1-3

Lien tableur: bacilli blocs 1-3
Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
x 1-3 avant 16s

x 1-3 bacilli			
types		tRNAs	
cgt-gga	4	ctc	2
ctc-gga	1	gga	6
ctc	1	cgt	4
gga	1

z 1-3 après 5s

Bacillus blocs 1-3 z+z'
type	effectif	tRNA	effectif	%
1-3 après		atgf	20	31
aac-acc	7	gac	19	29
atgf-gac	5	aac	12	18
aac	3	acc	7	11
aac-cgt	2	cgt	2
atgf-ctc-ctg	1	ctc	1
gaa	1	ctg	1
tca	1	gaa	1
1-3 avant/ap		tca	1
atgf-gac	14	gta	1
gta	1
total	35	total	65	89

bacilli blocs 4-8

Lien tableur: bacilli blocs 4-8
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
Liens internes: Bacilli blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
Notes:
- Il y a 15 blocs répartis en 1 5 3 3 3 de respectivement 4 5 6 7 8 blocs chacun.

- Les blocs bc014 et bc015 sont identiques et les blocs bc008 (4) et bc147 (6) sont identiques à leur début.

- Le bloc bc147 est bordé par 2 clusters rRNA, 16s23s5s-6aas-16s23s5s.

- Le bloc bc060 (5) a 5s en 5ème position: 16s-other-gca-23s5s-aac-acg-gta-aca-5s-aac.

- 9 blocs débutent par aac et 3 par gta.

- Le bloc bc657 est analogue à un bloc 9 des blocs 9-23

bc014	bc657
7	8
aac	gta
acc	aaa
ggc	cta
cgt	aca
cca	ggc
gca	tta
atgj	cgt
	cca

B4-8. Effectifs
tot				atgf	atgi	5s	cds
93						1
ttt		tct		tat		tgt
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc	2	tcc	1	tac	4	tgc
atc	2	acc	5	aac	10	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt	7
gtc		gcc		gac	5	ggc	7
tta	1	tca		taa		tga
ata		aca	4	aaa	5	aga
cta	2	cca	6	caa	2	cga
gta	11	gca	4	gaa	6	gga	1
ttg		tcg		tag		tgg
atgj	5	acg	1	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

bacilli blocs 9-23

Lien tableur: bacilli blocs 9-23
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
Liens internes: Bacilli blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
Note1: il y a 97 blocs.
- Sont inclus 1 bloc 25 et 1 bloc 26.

- 25 blocs à 9aas dont 14 et 7 sont identiques entre eux.

- 31 blocs de 12-16aas dont 23 ont la séquence de bc001 en commun. Identiques 12(2+2), 14(3), 15(7), 16(7).

- blocs 17aas, 2 sont analogues aux 12-16aas et 3 contiennent la séquence de 9aas dont 2 sont identiques

- blocs 19aas 2/3 identiques et incluent la séquence 9aas

- blocs 20aas 4/7 identiques et incluent la séquence 9aas

- blocs 21aas 5 et 4/10 identiques et incluent la séquence 9aas

- blocs 22aas 6/8 identiques et incluent la séquence 9aas

- les blocs 25 et 26aas contiennent la séquence de 9aas

- le bloc bc393 a un 5s en plus 16s5s-atcgca-23s-5s-11aas

- bc147 et bc328 sont identiques mais leurs tRNAs sont bordés par 2 clusters rRNA 16s23s5s-9aas-16s23s5s.

9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23
25	1	4	6	2	4	8	11	5	0	3	7	10	8	1

Note2: En éliminant les blocs doublons, la comparaison entre les effectifs du tableau 97= et 45# montre les tRNAs qui les composent: tta (55-19) gta (91-39) aca (81-33) gca (57-22) aac (65-28) ggc (91-41). Le tRNA atgi (20-7) pourrait rentrer dans ce décompte mais ses effectifs sont petits. Le 5ème tableau, #, donne ces différences négatives en pourcentage inférieurs à -3%. Les différences positives montrent que les tRNAs étaient sous estimés à cause des doublons.

B9-23 Les tRNA 9-23

B9-23.1 Effectifs 97 blocs
tot	97=			atgf	atgi	5s	cds
1471				66	20
ttc	60	tcc	29	tac	52	tgc	30
atc	42	acc	15	aac	65	agc	26
ctc	4	ccc		cac	53	cgt	60
gtc	3	gcc	1	gac	69	ggc	91
tta	55	tca	46	taa		tga
ata		aca	81	aaa	67	aga	1
cta	46	cca	58	caa	55	cga
gta	91	gca	57	gaa	75	gga	37
ttg	32	tcg	2	tag		tgg	41
atgj	27	acg	2	aag		agg
ctg	11	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B9-23.2 Effectifs 45 blocs #
tot	45#			atgf	atgi	5s	cds
709				34	7
ttc	27	tcc	14	tac	27	tgc	15
atc	24	acc	9	aac	28	agc	13
ctc	4	ccc		cac	24	cgt	30
gtc	3	gcc	1	gac	37	ggc	41
tta	19	tca	24	taa		tga
ata		aca	33	aaa	32	aga	1
cta	20	cca	28	caa	29	cga
gta	39	gca	22	gaa	38	gga	23
ttg	16	tcg	2	tag		tgg	21
atgj	14	acg	2	aag		agg
ctg	7	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B9-23.3 Pourcentage 97 blocs
tot	97=			atgf	atgi	5s	cds
1000	1471			45	14
ttc	41	tcc	20	tac	35	tgc	20
atc	29	acc	10	aac	44	agc	18
ctc	3	ccc		cac	36	cgt	41
gtc	2	gcc	1	gac	47	ggc	62
tta	37	tca	31	taa		tga
ata		aca	55	aaa	46	aga	1
cta	31	cca	39	caa	37	cga
gta	62	gca	39	gaa	51	gga	25
ttg	22	tcg	1	tag		tgg	28
atgj	18	acg	1	aag		agg
ctg	7	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B9-23.4 Pourcentage 45 blocs #
tot	45#			atgf	atgi	5s	cds
1000	709			48	10
ttc	38	tcc	20	tac	38	tgc	21
atc	34	acc	13	aac	39	agc	18
ctc	6	ccc		cac	34	cgt	42
gtc	4	gcc	1	gac	52	ggc	58
tta	27	tca	34	taa		tga
ata		aca	47	aaa	45	aga	1
cta	28	cca	39	caa	41	cga
gta	55	gca	31	gaa	54	gga	32
ttg	23	tcg	3	tag		tgg	30
atgj	20	acg	3	aag		agg
ctg	10	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B9-23.5 Les tRNA 9-23. Différences
tot	#			atgf	atgi	5s	cds
1000				3	-4
ttc	-3	tcc	0	tac	3	tgc	1
atc	5	acc	2	aac	-5	agc	1
ctc	3	ccc		cac	-2	cgt	2
gtc	2	gcc	1	gac	5	ggc	-4
tta	-11	tca	3	taa		tga
ata		aca	-9	aaa	0	aga	1
cta	-3	cca	0	caa	4	cga
gta	-7	gca	-8	gaa	3	gga	7
ttg	1	tcg	1	tag		tgg	2
atgj	1	acg	1	aag		agg
ctg	2	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

bacilli blocs avant

Lien tableur: bacilli blocs avant
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence. Les tRNAs xxt ne sont pas affichés ici sauf pour cgt qui est déplacé avec le groupe des xxc et du coup cgc n'est pas représenté aussi. Les xxt et cgc sont toujours nuls.
Notes: Les x et z longs des blocs avec des tRNAs avant 16s. Voir la mise en forme des notes et le lien tableur ci-dessus pour les détails.
- Les 2 blocs de 4 de la liste du tableur ne sont pas décomptés ici.

- Tous les blocs longs sont de la forme n-aas-16s23s5s sauf le bloc bc413 qui a atc et un 5s en plus 5s-8aas-16s-atc-23s5s.

- 10 blocs de 10-13, un de 9 et un de 33

- Ils ont tous après le 5s, le couple atgf-gac sauf bc074 et bc413 qui n'ont rien.

- Les 10 blocs 10-13 ont 3 séquences de 3 gènes en commun

- Le génome bc413 a atc dans les rRNAs et est analogue aux blocs à 9 des blocs après 9-23.

- Le génome bc029 à 33 aas a la séquence de 6 aas du début égale à celle des 10-13 aas, et a une séquence de 7 analogue à celle des blocs à 9 des blocs après 9-23. Il a en plus 2 séquences de 10 aas dupliquées, séparées par une séquence de 8 aas contenant 2 tca côte à côte, gaa-gta-gac-caa-aaa-cta-ggc-tta-cgt-cca (voir le tableur).

- bc034 90 sont identiques, de même bc066 158 165. Les doublons sont donc 3 fois [aac agc gaa gta gac caa aaa ctc cgt cca gga] et 2 fois atgf. Il reste donc 123 sans doublons.

Fréquences
9	10	11	12	13	33
1	1	3	5	1	1

Remarques: 4 tRNAs sont absents ou faiblement représentés dans ces x-16 longs, tgg cac tac ttc, effectifs 1 0 0 1, pourcentages sur 123, 8 0 0 8 à comparer aux forts pourcentages des z9-23 sans doublons (dernier sous tableau) 30 34 38 38. Ce sont les 4 aromatiques des 20 acides aminés et tgg cac sont aussi absents chez les z4-8 des bacilli. Les x-16 longs se distinguent aussi par le tRNA ctc très abondant alors qu'il est quasiment absent chez les z9-23, effectif 7/123 contre 4/709.
Les différences significatives avec les z9-23 sans doublons: Je retrouve les remarques pour cac ctc tac mais pas pour ttc et tgg. agc se comporte comme ctc mais les effectifs sont faibles comme pour le 5s. Les différences significatives de tac et cac sont accentuées quand je calcule avec doublons 158 pour x-16 et 1471 pour les z9-23. J'obtiens 0.9_0_10.2 pour tac et 1_0_10.4 pour cac. Les autres tRNAs à effectifs élevés, cca cgt gga, ne sont plus significatifs en considérant les doublons.
Les différences significatives avec les z9-23 avec doublons: voir les effectifs des z9-23 sans doublons d'un total de 1471.

Bx. Bacilli longs, avant 16s.

Bx-16s. Effectifs
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
158				5		1
ttc	1	tcc		tac		tgc
atc	3	acc		aac	12	agc	11
ctc	10	ccc		cac		cgt	13
gtc		gcc		gac	13	ggc	3
tta	3	tca	2	taa		tga
ata		aca	2	aaa	12	aga
cta	6	cca	13	caa	12	cga
gta	10	gca	2	gaa	12	gga	11
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

Bx-16s. Effectifs sans doublons
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
123				3		1
ttc	1	tcc		tac		tgc
atc	3	acc		aac	9	agc	8
ctc	7	ccc		cac		cgt	10
gtc		gcc		gac	10	ggc	3
tta	3	tca	2	taa		tga
ata		aca	2	aaa	9	aga
cta	6	cca	10	caa	9	cga
gta	7	gca	2	gaa	9	gga	8
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

Bx-16s. pourcentage sans doublons
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
1000	123			24		8
ttc	8	tcc		tac		tgc
atc	24	acc		aac	73	agc	65
ctc	57	ccc		cac		cgt	81
gtc		gcc		gac	81	ggc	24
tta	24	tca	16	taa		tga
ata		aca	16	aaa	73	aga
cta	49	cca	81	caa	73	cga
gta	57	gca	16	gaa	73	gga	65
ttg		tcg		tag		tgg	8
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

B-x16 Différences significatives avec z9-23 avec doublons
tot			atgf		atgi		5s
158	2σ	1471	-0.8_0_5.1		1.9_5_12.3		3.2_0_15.4
ttc	1.5_1_11.4	tcc	-0.4_0_6.6	tac	0.9_0_10.2	tgc	-0.3_0_6.8
atc	0.3_3_8.7	acc	-0.9_0_4.1	aac	1.8_12_12.1	agc	-0.5_11_6.1
ctc	-0.9_10_1.7	ccc		cac	1_0_10.4	cgt	1.5_13_11.4
gtc	-0.8_0_1.5	gcc	-0.5_0_0.8	gac	2.1_13_12.7	ggc	3.7_3_15.8
tta	1.1_3_10.7	tca	0.6_2_9.3	taa		tga
ata		aca	3_2_14.4	aaa	2_12_12.4	aga	-0.5_0_0.8
cta	0.6_6_9.3	cca	1.3_13_11.1	caa	1.1_12_10.7	cga
gta	3.7_10_15.8	gca	1.3_2_11	gaa	2.5_12_13.6	gga	0.04_11_7.9
ttg	-0.2_0_7.1	tcg	-0.7_0_1.1	tag		tgg	0.3_1_8.5
atgj	-0.5_0_6.3	acg	-0.7_0_1.1	aag		agg
ctg	-1_0_3.3	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	-0.5_0_0.8

B9-23.2 Effectifs 45 blocs #
tot	45#			atgf	atgi	5s	cds
709				34	7
ttc	27	tcc	14	tac	27	tgc	15
atc	24	acc	9	aac	28	agc	13
ctc	4	ccc		cac	24	cgt	30
gtc	3	gcc	1	gac	37	ggc	41
tta	19	tca	24	taa		tga
ata		aca	33	aaa	32	aga	1
cta	20	cca	28	caa	29	cga
gta	39	gca	22	gaa	38	gga	23
ttg	16	tcg	2	tag		tgg	21
atgj	14	acg	2	aag		agg
ctg	7	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B-x16 Différences significatives avec z9-23 sans doublons
tot			atgf		atgi		5s
123	2σ	709	1.2_3_10.6		-1_0_3.4		1_0_10.5
ttc	0.4_1_8.9	tcc	-0.7_0_5.5	tac	0.4_0_8.9	tgc	-0.6_0_5.8
atc	0.2_3_8.2	acc	-0.9_0_4	aac	0.5_9_9.2	agc	-0.7_8_5.2
ctc	-1_7_2.4	ccc		cac	0.2_0_8	cgt	0.7_10_9.7
gtc	-1_0_2	gcc	-0.7_0_1	gac	1.5_10_11.4	ggc	1.9_3_12.3
tta	-0.3_3_6.9	tca	0.2_2_8.2	taa		tga
ata		aca	1.1_2_10.4	aaa	0.9_9_10.2	aga	-0.7_0_1
cta	-0.2_6_7.1	cca	0.5_10_9.2	caa	0.6_9_9.4	cga
gta	1.7_7_11.8	gca	0_2_7.7	gaa	1.6_9_11.6	gga	0.1_8_7.9
ttg	-1_0_6	tcg	-0.8_0_2	tag		tgg	-0.1_1_7.4
atgj	-0.7_0_5.5	acg	-0.8_0_1.5	aag		agg
ctg	-1_0_3.4	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	-0.7_0_1

bacilli total blocs longs

Lien tableur: bacilli total blocs longs
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- 20 : gca aga ttg s'inversent dans les blocs longs des clostridia, ttg et gca deviennent nuls et aga devient majoritaire.

- cga gtg gcg ggg agg cag n'existent quasiment pas, ni chez les clostridia ni chez les bacilli. Si les 5 qui se terminent par g suivent l’exemple des autres du même type de la dernière rangée, cga ne suit pas les tRNAs de sa rangée et du coup il est particulièrement atypique.
Notes: Les décomptes sont faits à partir des blocs précédents, 4-8 9-23 avant, dans tableur. Éliminer les 2 petits blocs de avant, bc008 bc147.

B. Bacilli total blocs longs

B1. Effectifs
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
1720				71	20
ttt		tct		tat		tgt
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc	63	tcc	30	tac	56	tgc	30
atc	47	acc	20	aac	87	agc	38
ctc	14	ccc		cac	53	cgt	80
gtc	3	gcc	1	gac	87	ggc	101
tta	59	tca	48	taa		tga
ata		aca	87	aaa	84	aga	1
cta	54	cca	77	caa	69	cga
gta	112	gca	63	gaa	93	gga	49
ttg	32	tcg	2	tag		tgg	42
atgj	32	acg	3	aag		agg
ctg	11	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B2. Pour 1000
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
1000	1720			41	12
ttt		tct		tat		tgt
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc	37	tcc	17	tac	33	tgc	17
atc	27	acc	12	aac	51	agc	22
ctc	8	ccc		cac	31	cgt	46
gtc	2	gcc	1	gac	51	ggc	59
tta	34	tca	28	taa		tga
ata		aca	51	aaa	49	aga	1
cta	31	cca	45	caa	40	cga
gta	65	gca	37	gaa	54	gga	28
ttg	19	tcg	1	tag		tgg	24
atgj	19	acg	2	aag		agg
ctg	6	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

clostridia

clostridia blocs

Lien tableur: clostridia blocs
Légende: NCBI # gtRNAdb, différence entre
- 16s, nombre de 16s taas, total tRNAs avec, avec rRNA sans, sans rRNA tpage, total de la page correspondant à une en-tête av16s, avec des tRNAs avant 16s. Pour contrôle, tpage plus le nombre d' incomplets de Notes doit être égal au 16s de fin d'en-tête

- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

clostridia blocs
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd001-32								Notes 1
cd001	3*16s23s5s	5	62	21	41			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	16s-gcaatc-235-6aas						sans	15	1	2	2	2			avant
	5aas-16s-gcaatc-235-6aas						1-3	7		1	1				5aas-16s-gcaatc-235-6aas
	5s						4-8	1	1	1				3	agc-16s5s23s-6aas
							9-23	5			2				tca-tcc-16s5s23s-5aas
cd002	16atcgca235	5	67	34	33		24-43
	16atcgca235-6aas					44	total	28	2	4	5	2	0	3	autres
	3*16s23s5s-12,9,4 aas														16s5s-atc-23s
															16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc
cd003	3*16s23s5s	10	110	83	27										16s5s23s-gac-aca
	16-gca-2355														16s5s23s
	16-atc-235														incomplet
	3*16s23s5s-22,13,9aas														16s-atc-23s-aac
	2*16-gca-235-22,13aas														1-3
															16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc
cd011	16s5s23s	6	51	21	30										16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc
	16s5s23s-gac-aca														16235-aaa-cds-5s-aaa
	16s5s-atc-23s														16s5s23s-gac-aca
	agc-16s5s23s-6aas														2*16s23s5s-atgi-gca
	tca-tcc-16s5s23s-5aas														16s23s5s-ttc-gac-gaa
	16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc														2*16s23s-aac-5s

cd013	16s23s5s	3	52	4	48										différents
	2*16-gca-atc-235														2*16s23s-aac-5s
															16235-aaa-cds-5s-aaa
cd032	NCBI # gtRNAdb		93	18	75
	7*16s23s5s	16													cds
	2*16s23s5s-atgi-gca														16235-aaa-cds-5s-aaa
	16s23s5s-ttc-gac-gaa
	2*16s23s-aac-5s														5s en trop
	16s-atc-23s-aac														16235-aaa-cds-5s-aaa
	16s-gca-23s5s														16-gca-2355
	16235-aaa-cds-5s-aaa														5s-ttc
	16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc														5s
	5s-ttc	45
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd045-59								Notes 2
cd045	3*16s23s5s	10	87	22	65			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	16s23s5s-atgi-gca						sans	8			4	2		1	avant
	16s23s5s-aaa						1-3	15		1	2	1		1	gca-atc-gga-16s23s5s
	16s23s-aac-5s-aac						4-8			1					5s-atgi-gca-16-gca-atc-235-aac-aac
	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa						9-23
	16s-gca-atc-235-6aas						24-43								1-3
	gca-atc-gga-16s23s5s					36	total	23	0	2	6	3	0	2	3*16s23s5s-aaa
	16s-gca-atc-23s-aac														3*16s23s5s-aac
															2*16s23s5s-ttc
cd047	16s23s5s	5	53	6	47										16s23s5s-ggc
	16s23s5s-aac														16s23s5s-ttc-tgc
	16s23s5s-ttc														16s23s5s-aac-aac
	16s23s5s-aac-aac														2*16s23s5s-atgi-gca
	16s5s-atgi-gca														16s23s-aac-5s-aac
															16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
cd055	3*16-gca-235	8	65	9	56										2*16-gca-235-aac
	16-gca-235-aac														16-atc-235-tgg
	16-atc-235-tgg														16-gca-atc-235-aac
	16-atc-235
	16s23s5s-aac														incomplets
	16s23s5s														16s5s-atgi-gca
															16s-gca-atc-23s-aac
cd057	16s23s5s	9	80	17	63
	16s23s5s-atgi-gca														différents
	16s23s5s-ggc														16s23s-aac-5s-aac
	2*16s23s5s-aaa														16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
	16s23s5s-ttc
	16s23s5s-ttc-tgc														5s en trop
	16-gca-atc-235-aac														16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
	5s-atgi-gca-16 –														5s-atgi-gca-16-gca-atc-235-aac-aac
	gca-atc-235-aac-aac

cd059	2*16s23s5s	6	59	5	54
	16-atc-235
	16-gca-235
	16s23s5s-aac
	16-gca-235-aac	38
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd060-64								Notes 3
cd060	16s23s5s	7	63	10	53			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	16s23s5s-atgi-gca						sans	8						1	avant
	16-gca-atc-235-atgi-gca						1-3	16		2		2		1	atgf-16s23s5s
	16-atc-235-ttc						4-8	1		1					atgi-gca-16s23s5s-aac
	16s23s5s-aac						9-23
	16s23s5s-aaa						24-43								1-3
	16s23s					32	total	25	0	3	0	2	0	2	16s23s5s-atgi
															2*16s23s5s-aac
cd062	2*16s23s5s	9	74	13	61										2*16s23s5s-ttc
	16s23s5s-atgi														5*16s23s5s-aaa
	16s23s5s-aaa														3*16s23s5s-atgi-gca
	16s23s5s-ttc														16s23s-aac-5s-aac
	16-gca-atc-235-aac														16s23s5s-atgi-gca-aac
	atgf-16s23s5s														16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
	16s23s5s-atgi-gca-aac														16-atc-235-ttc
	16-gca-atc-23s														16-atc-235-ttc-tgc
	5s-ttc														16-gca-atc-235-aac
															16-gca-atc-235-atgi-gca
cd063	4*16s23s5s	10	81	18	63
	16s23s-aac-5s-aac														incomplets
	16-gca-atc-23-aac														16s23s
	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa														16-gca-atc-23s
	16s23s5s-aaa														16-gca-atc-23-aac
	16s23s5s-atgi-gca
	16-gca-atc-235-6 aas														différents
															16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
cd064	16s23s5s	9	77	17	60										16s23s-aac-5s-aac
	16s23s5s-atgi-gca
	2*16s23s5s-aaa														5s en trop
	16s23s5s-ttc														5s-ttc
	16-atc-235-ttc-tgc														16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
	16s23s5s-aac
	atgi-gca-16s23s5s-aac
	16s23s5s-5aas	35
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd067-92								Notes 4
cd067	2*16s23s5s-atc-gca	10	96	16	80			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	16s23s5s-gaa, aaa, aac, ttc						sans	9	5	0	5		1		1-3
	16-gca-atc-235-ttc, aaa						1-3	16		4					3*16s23s5s-aaa
	16-gca-atc-23-aac						4-8								3*16s23s5s-ttc
	16-gca-atc-235 –						9-23								4*16s23s5s-aac
	aac-5s-ttc-tgc						24-43								16s23s5s-gaa
						40	total	25	5	4	5	0	1	0	2*16s23s5s-atgi-gca
cd071	3*16s23s5s-aac	9	66	12	54										3*16s23s5s-atc-gca
	16-gca-atc-235-ttc														16-gca-atc-235-aaa
	16s23s5s-ttc, aaa
	16s23s5s														2*16-gca-atc-235-ttc
	16s23s5s-atc-gca														16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc
	16s23s5s-atgi-gca
															incomplets
cd079	16s23s5s-atgi-gca	4	53	9	44										8aas-16s
	16s23s5s-aaa														16s-atc-23s
	16s23s5s-ttc														16-gca-atc-23-aac
	16s-atc-23s
	16s°-atc-235-atgi-gca														autres incomplets
	23s5s-aaa														23s5s-aaa
															16s°-atc-235-atgi-gca
cd083	16s23s5s	2	48	2	46
	16atcgca235														différents
															16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc
cd084	2*16-gca-235	4	54	4	50
	16s23s5s														cds
	16atcgca-cds-235														16atcgca-cds-235

cd089	2*16atcgca235	5	76	6	70										5s en trop
	2*16-gca-235														16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc
	16s23s5s
															autres
cd092	5*16s23s5s	9	68	13	55										16atcgca-cds-235
	2*16atcgca235
	16-gca-235
	8aas-16s	43
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd095-118								Notes 5
cd095	*316-5s-23s**	10	70	16	54			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	16s-5s-atcgca-23s-gta-tta						sans	6	1		2	1	5	3	avant
	16-5s-atcgca-23-aac						1-3	2	6			1	1	1	gac-ttc-ggc-16s-5s-23s
	*216-5s-atgf-23s**						4-8	4					1	0	15aas-16s5s-atcgca-23s
	16-gcc-235-gta						9-23	2			4		1	2	cgg-tgg-16s5s-gcc-23s
	gac-ttc-ggc-16s-5s-23s						24-43								ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf
	16s-23s					43	total	14	7	0	6	2	8	6	tcc-16s-cds-235-19aas
															tcg-16s23s-gca-5s-12aas
cd102	2*16-gca-235	7	69	55	14
	2*16s23s5s														autres
	2*16-gca-235-22,21aas														16-gcc-235-gta
	16s23s5s-8aas														*216s5s-gcc-23s**
															*216s5s-gcc-23s-19, 5aas**
cd112	16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga														*216-5s-atgf-23s**
	tcc-16s-cds-235-19aas														16s-cds-235
	16s-cds-235	4	48	39	9										*316-5s-23s**
	tcg-16s23s-gca-5s-12aas														16s-5s-atcgca-23s-gta-tta
															16-5s-atcgca-23-aac
cd113	16s-atc-235	4	48	32	16										16s5s-atcgca-23s-aac-atgf
	16s23s5s														16s5s-atc-23s-aac
	16s-gca-235-11 aas
	16s-gca-235-18 aas														1-3
															16-gcc-235-gta
cd114	16atcgca235	4	59	21	38										16s5s-atc-23s-aac
	2*16atcgca235-acc														16-5s-atcgca-23-aac
	16s23s5s-13 aas														3*16atcgca235-acc
															16s-5s-atcgca-23s-gta-tta
cd116	16s23s5s-aac	5	78	35	43										16s5s-atcgca-23s-aac-atgf
	16s23s5s-caa-gaa-tac-ggc														16s23s5s-aac
	16atcgca235-acc														16s5s23s-aaa-acc-ctc
	16s23s5s-8 aas
	16s23s5s-21 aas														incomplets
															16s-23s
cd118	*216s5s-gcc-23s**	10	109	61	48
	16s5s-gcc-23s-19aas														cds
	16s5s-gcc-23s-5aas														16s-cds-235
	16s5s23s-aaa-acc-ctc														tcc-16s-cds-235-19aas
	16s5s-atc-23s-aac														ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf
	16s5s-atcgca-23s-aac-atgf
	15aas-16s5s-atcgca-23s	44													différents
	cgg-tgg-16s5s-gcc-23s														16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga
	ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd133-153								Notes 6
cd133	3*16s23s5s	10	85	75	10			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	2*16s-gca-235						sans	9			2				1-3
	16s23s-gga-5s						1-3	4			1				16’-gca-235-tta-atgi
	16s23s5s-43aas						4-8								2*16s23s-gga-5s
	16s23s5s-18aas						9-23	5			1				16s23s5s-tta-atgi
	16s-gca-235-9aas						24-43	1							16s23s5s-gtg-gaa-cgg
	16s23s-aca					23	total	19	0	0	4	0	0	0
															incomplets
cd136	3*16s23s5s	16	110	99	11										2*16s23s-aca
	16s’-gca-23s°-16s°-23s														16s’-gca-23s°-16s°-23s
	16s°-gca-23s’														16s-cds-23s°-5s-43aas
	16s23s-gga-5s														16s23s°-cds
	16s23s-aca														3*16s-23s°
	16s-cds-23s°-5s-43aas														16s
	cds-cds-23s°-5s-18aas
	16s°-23s°-5s-9aas														autres incomplets
															16s°-gca-23s’
	16s23s5s-19aas														23s5s
	16s23s5s-tta-atgi														16s°-23s°-23s’-5s
	16s23s5s														16s°gca-23s°
	16’-gca-235-tta-atgi
															cds
	23s5s														16s-cds-23s°-5s-43aas
	16s														cds-cds-23s°-5s-18aas
															16s23s°-cds
	16s23s°-cds
	3*16s-23s°														différents
															2*16s23s-gga-5s
	16s°-23s°-23s’-5s
	23s°-5s														5s en trop
	16s°gca-23s°														cds-cds-23s°-5s-18aas
															16s°-23s°-5s-9aas
cd153	2*16s23s5s	6	98	40	58										23s°-5s
	16s23s5s-gtg-gaa-cgg
	2*16s23s5s-12aas
	16s23s5s-13aas	32
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpage	Cd154-174								Notes 7
cd154	2*16s-gcc-235	4	55	6	49			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
	2*16atcgca235						sans	13	7				4		avant
							1-3	2	1	2			2	1	cag-gag-16atcgca235-aac
cd155	16atcgca235	4	48	2	46		4-8			1			1
	16s23s5s						9-23								autres
	16s23s°23s5s						24-43								2*16s-gcc-235
	16s23s°23s5s-5s-5s					34	total	15	8	3	0	0	7	1	2*16-cds-atcgca-23s16s°5s
															16s-cds-16s°-23s-cds-5s
cd156	16s23s5s	2	47	2	45										16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas
	16atcgca235														23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg

cd157	16s23s5s-aac	2	106	4	102										1-3
	16-gcaatc-235-aac														16s23s5s-aac
															16s23s5s-aac-ggg
cd158	2*16s23s5s	3	53	3	50										23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg
	16atcgca235-aac														16atcgca235-aac
															2*16-gcaatc-235-aac
cd159	16atcgca235	2	51	7	44										16s-cds-16s°-23s-cds-5s
	cag-gag-16atcgca235-aac														cds
															2*16-cds-atcgca-23s16s°5s
cd160	2*16-cds-atcgca-23s16s°5s		53	4	49										16s-cds-16s°-23s-cds-5s
	16s-cds-16s°-23s-cds-5s	3
															différents
cd161	2*16s23s5s	4	57	10	47										16s23s°23s5s
	16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas														16s23s°23s5s-5s-5s
	23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg														16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas
															23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg
cd170	3*16s23s5s	5	58	10	48
	16s23s5s-aac-ggg														5s en trop
	16-gcaatc-235-6aas														16s23s°23s5s-5s-5s

cd173	2*16atcgca235	2	48	4	44

cd174	2*16s23s5s	3	53	3	50
	16-gcaatc-235-aac	34
lien	blocs	16s	taas	avec	sans	tpages	Total
43								16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	autres	av16s
							sans	68	14	2	15	5	10	5
	Total		2938	888	2050		1-3	62	7	10	4	4	3	4
	Moyenne		68	21	48		4-8	6	1	4	0	0	2	3
	ecartype		19	23	19		9-23	12	0	0	7	0	1	2
	max		110	99	102		24-43	1	0	0	0	0	0	0
	min		47	2	9	252	total	149	22	16	26	9	16	14

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- Ce tableau ne sert qu'aux contrôles avec clostridia blocs

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1-3	1-3	1-3	1-3	1-3	1-3	1-3
	3*16s23s5s-aaa	16s23s5s-atgi	3*16s23s5s-aaa	16-gcc-235-gta	16’-gca-235-tta-atgi	16s23s5s-aac
16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc	3*16s23s5s-aac	2*16s23s5s-aac	3*16s23s5s-ttc	16s5s-atc-23s-aac	2*16s23s-gga-5s	16s23s5s-aac-ggg
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc	2*16s23s5s-ttc	2*16s23s5s-ttc	4*16s23s5s-aac	16-5s-atcgca-23-aac	16s23s5s-tta-atgi	23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg
16235-aaa-cds-5s-aaa	16s23s5s-ggc	5*16s23s5s-aaa	16s23s5s-gaa	3*16atcgca235-acc	16s23s5s-gtg-gaa-cgg	16atcgca235-aac
16s5s23s-gac-aca	16s23s5s-ttc-tgc	3*16s23s5s-atgi-gca	2*16s23s5s-atgi-gca	16s-5s-atcgca-23s-gta-tta		2*16-gcaatc-235-aac
2*16s23s5s-atgi-gca	16s23s5s-aac-aac	16s23s-aac-5s-aac	3*16s23s5s-atc-gca	16s5s-atcgca-23s-aac-atgf		16s-cds-16s°-23s-cds-5s
16s23s5s-ttc-gac-gaa	2*16s23s5s-atgi-gca	16s23s5s-atgi-gca-aac	16-gcaatc-235-aaa	16s23s5s-aac
2*16s23s-aac-5s	16s23s-aac-5s-aac	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa		16s5s23s-aaa-acc-ctc
	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa	16-atc-235-ttc	2*16-gcaatc-235-ttc
	2*16-gca-235-aac	16-atc-235-ttc-tgc	16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc
	16-atc-235-tgg	16-gcaatc-235-aac
	16-gcaatc-235-aac	16-gcaatc-235-atgi-gca
avant	avant	avant	avant	avant	avant	avant
5aas-16s-gcaatc-235-6aas	gca-atc-gga-16s23s5s	atgf-16s23s5s		gac-ttc-ggc-16s-5s-23s		cag-gag-16atcgca235-aac
agc-16s5s23s-6aas	5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac	atgi-gca-16s23s5s-aac		15aas-16s5s-atcgca-23s
tca-tcc-16s5s23s-5aas				cgg-tgg-16s5s-gcc-23s
				ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf
				tcc-16s-cds-235-19aas
				tcg-16s23s-gca-5s-12aas
autres	autres	autres	autres	autres	autres	autres
16s5s-atc-23s			16atcgca-cds-235	16-gcc-235-gta		2*16s-gcc-235
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc				*216s5s-gcc-23s**		2*16-cds-atcgca-23s16s°5s
16s5s23s-gac-aca				*216s5s-gcc-23s-19, 5aas**		16s-cds-16s°-23s-cds-5s
16s5s23s				*216-5s-atgf-23s**		16s-23s°-gcaatc-23s-16s°-5s-6aas
				16s-cds-235		23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg
				*316-5s-23s**
				16s-5s-atcgca-23s-gta-tta
				16-5s-atcgca-23-aac
				16s5s-atcgca-23s-aac-atgf
				16s5s-atc-23s-aac
différents	différents	différents	différents	différents	différents	différents
2*16s23s-aac-5s	16s23s-aac-5s-aac	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa	16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc	16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga	2*16s23s-gga-5s	16s23s°23s5s
16235-aaa-cds-5s-aaa	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa	16s23s-aac-5s-aac				16s23s°23s5s-5s-5s
						16s-23s°-gcaatc-23s-16s°-5s-6aas
						23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg
incomplets	incomplets	incomplets	incomplets	incomplets	incomplets	incomplets
16s-atc-23s-aac	16s5s-atgi-gca	16s23s	8aas-16s	16s-23s	2*16s23s-aca
	16s-gcaatc-23s-aac	16-gcaatc-23s	16s-atc-23s		16s’-gca-23s°-16s°-23s
		16-gcaatc-23-aac	16-gcaatc-23-aac		16s-cds-23s°-5s-43aas
					16s23s°-cds
					3*16s-23s°
					16s
autres incomplets	autres incomplets	autres incomplets	autres incomplets	autres incomplets	autres incomplets	autres incomplets
			23s5s-aaa		16s°-gca-23s’
			16s°-atc-235-atgi-gca		23s5s
					16s°-23s°-23s’-5s
					16s°gca-23s°
cds	cds	cds	cds	cds	cds	cds
16235-aaa-cds-5s-aaa			16atcgca-cds-235	16s-cds-235	16s-cds-23s°-5s-43aas	2*16-cds-atcgca-23s16s°5s
				tcc-16s-cds-235-19aas	cds-cds-23s°-5s-18aas	16s-cds-16s°-23s-cds-5s
				ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf	16s23s°-cds
5s en trop	5s en trop	5s en trop	5s en trop	5s en trop	5s en trop	5s en trop
16235-aaa-cds-5s-aaa	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa	5s-ttc	16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc		cds-cds-23s°-5s-18aas	16s23s°23s5s-5s-5s
16-gca-2355	5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac	16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa			16s°-23s°-5s-9aas
5s-ttc					23s°-5s
5s
avant inversé	avant inversé	avant inversé	avant inversé	avant inversé	avant inversé	avant inversé
16s-gcaatc-235-11aas	16s23s5s-gca-atc-gga	16s23s5s-atgf		16s5s23s-gac-ttc-ggc		16atcgca235-aac-cag-gag
16s5s23s-7aas	16-gcaatc-235-aac-aac-5s-atgi-gca	16s23s5s-aac-atgi-gca		16s5s-atcgca-23s-15aas
16s5s23s-7aas				16s5s-gcc-23s-2aas
				16s5s-atc-23s-aac-atgf-ttc-cds
				16s-cds-235-20aas
				16s23s-gca-5s-13aas

Cumuls notes

Lien tableur: cumuls notes
C'est la mise en forme de clostridia notes

clostridia blocs, cumuls Notes

clostridia blocs, cumuls Notes
avant		incomplets
atgf-16s23s5s		16s23s*2
gca-atc-gga-16s23s5s		16s23s-aca*2
atgi-gca-16s23s5s-aac		16-gcaatc-23s
		16s-gcaatc-23s-aac*3
cag-gag-16-atcgca-235-aac		16s-atc-23s
5aas-16s-gcaatc-235-6aas		16s’-gca-23s°-16s°-23s
5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac		16s-atc-23s-aac
tcg-16s23s-gca-5s-12aas		16s5s-atgi-gca
		16s-cds-23s°-5s-43aas
tcc-16s-cds-235-19aas		16s-gcaatc-23s-aac
		16s
gac-ttc-ggc-16s5s23s		8aas-16s
tca-tcc-16s5s23s-5aas		16s-23s° *3
agc-16s5s23s-6aas		16s23s°-cds
15aas-16s5s-atcgca-23s
ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf		autres incomplets
cgg-tgg-16s5s-gcc-23s		23s5s-aaa
		23s5s
autres		16s°-23s°-23s’-5s
*16s5s23s4**		16s°-atc-235-atgi-gca
16s5s23s-gac-aca		16s°-gca-23s’
16-5s-atcgca-23-aac		16s°gca-23s°
16s-5s-atcgca-23s-gta-tta
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf		cds
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc		16s-cds-235
16s5s-atc-23s		tcc-16s-cds-235-19aas
16s5s-atc-23s-aac		16-atcgca-cds-235

16s-gcc-235*2		16s-cds-23s°-5s-43aas
16-gcc-235-gta		16s-cds-16s°-23s-cds-5s
*16s5s-gcc-23s2**		16-cds-atcgca-23s16s°5s*2
*16s5s-gcc-23s-19, 5aas2**
*16-5s-atgf-23s2**		16235-aaa-cds-5s-aaa
		ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf
16s-cds-235
16-atcgca-cds-235		16s23s°-cds
16-cds-atcgca-23s16s°5s*2		cds-cds-23s°-5s-18aas
16s-cds-16s°-23s-cds-5s
23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg		5s en trop
16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas		16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa*2
		16-gca-2355
différents		16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc
16s23s-gga-5s*2		5s-atgi-gca-16-gca-atc-235-aac-aac
16s23s-aac-5s*2
16s23s-aac-5s-aac*2		16s°-23s°-5s-9aas
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa*2		16s23s°23s5s-5s-5s
16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga
		cds-cds-23s°-5s-18aas
16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc		16235-aaa-cds-5s-aaa
16s-23s°-gcaatc-23s-16s°-5s-6aas
		23s°-5s
16s23s°23s5s		2*5s-ttc
16s23s°23s5s-5s-5s		5s
23s°-16s-16s°-23s5s-aac-ggg
16235-aaa-cds-5s-aaa

clostridia blocs, cumuls 1-3
type 1-3	tRNAs	nbre
16s23s5s	aaa	11
	aac	11
	ttc	7
	ggc	1
	atgi	1
	gaa	1
	atgi-gca	9
	atc-gca	3
	ttc-tgc	1
	aac-aac	1
	tta-atgi	1
	aac-ggg	1
	gac-aca	1
	aaa-cds-5s-aaa	1
	atgi-gca-aac	1
	gtg-gaa-cgg	1
	ttc-gac-gaa	1
	ttc-5s-ttc-aaa	2
	aaa-acc-ctc	1

16s23s-gga-5s	gga	2
	aac	2
16s23s-aac-5s-aac	aac-aac	2
23s°-16s-16s°-23s5s	aac-ggg	1
16s-cds-16s°-23s-cds-5s	cds	1

16-atcgca-235	acc	4
	aac	1
	gta-tta	1
	aac-atgf	1

16-gcaatc-235	aac	4
	ttc	2
	aaa	1
	atgi-gca	1
	ttc-tgc	1
	aac-5s-ttc-tgc	1


16s-atc-235	aac	1
	tgg	1
	ttc	1
	ttc-tgc	1


16-gca-235	aac	2
	aac-gaa-tgc	1
16s’-gca-235	tta-atgi	1

16-gcc-235	gta	1

total		90

clostridia cds notes

Lien tableur: cds notes pour la séquence en aas des cds intra bloc.
Liens NCBI: Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988^[1]

	24.7.20 Tanger		cds 	contrôles			 	 	date NCBI	
								
	clostridia	cd032	Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988		06/04/20	
sens	adresse		 	gène  intercal	aas	cds		
	6182670..6183419	cds	190	250	signal peptidase II		
comp	6183610..6183685	aaa	5				
comp	6183691..6183807	5s	159				
comp	6183967..6184914	cds	294	316	L-lactate dehydrogenase	(voir tableur)
comp	6185209..6185284	aag	7				
comp	6185292..6185408	5s	138				
comp	6185547..6188463	23s	339				
comp	6188803..6190314	16s	776				
comp	6191091..6192203	cds		371	glucose-1-phosphate adenylyltransferase subunit 
							GlgD		
								
clostridia	cd084	Dehalobacter restrictus DSM 9455 strain PER-K23			15/04/20	
								
	333741..334942		cds	406	401	tyrosine--tRNA ligase		
	335349..336923		16s	134				
	337058..337134		atc	61				
	337196..337271		gca	47				
comp	337319..337477		cds	238	53	hp (voir tableur)		
	337716..341116		23s	154				
	341271..341375		5s	144				
<	341520..341612		cds	558	31	transcriptional regulator		
	342171..343746		16s	417				
	344164..347563		23s	154				
	347718..347822		5s	111				
	347934..348683		cds		250	endoribonuclease L-PSP		
								
clostridia	cd112	Filifactor alocis ATCC 35896					16/07/20	2 disparus
								
clostridia	cd118	Heliobacterium modesticaldum Ice1 strain Ice1			25/08/19	
								
	2342094..2342804	cds	158	237	FadR family transcriptional regulator		
comp	2342963..2343030	ttc	213				
	2343244..2343936	cds	563	231	heptaprenylglyceryl phosphate synthase (voir tableur)	
	2344500..2346019	16s	258				
	2346278..2346394	5s	64				
	2346459..2346535	atc	141				
	2346677..2349594	23s	100				
	2349695..2349769	aac	6				
	2349776..2349851	atgf	102				
	2349954..2350976	cds		341	polysaccharide deacetylase		
								
clostridia	cd136	Peptoclostridium difficile M68 					voir annexe	3 abimés
clostridia	cd160	Thermincola potens JR 						21/12/19	3 disparus

clostridia typage

clostridia blocs 16s-y-23s5s-z

Lien tableur: clostridia blocs 16s-y-23s5s-z
Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
Légende:
- 1 , 15aas-16s5s-atcgca-23s est compté pour un z de 15aas.

- 16s5s-*: Pour 16s5s-y-23s où le type y peut être absent et donne 16s5s23s.
Notes: le tableau C3.autres ne concerne que les 16s5s23s comptés dans le tableau initial avec les autres du même type de ce tableau. Les autres du tableau initial qui ne sont pas du type 16s5s23s sont 7 et contiennent tous un cds ou équivalent et sont détaillés dans le tableau C1.Tableau des blocs dans la colonne cds. Cette colonne cds peut être différenciée avec ou sans y et est composée de 3 sans y et 4 16s-atccga-23s5s.

C. Clostridia blocs 16s-y-23s5s-z

C1. Tableau des blocs
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	gcc	cds	autres	avant 16s
sans	68	14	2	15	5	4	4	2	5
1-3	62	7	10	4	4	1	2		4
4-8	6	1	4	0	0	1	1		3
9-23	12	0	0	7	0	1			2
24-43	1	0	0	0	0				0
total	149	22	16	26	9	7	7	2	14

C2. avant/après
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	gcc	cds	total	16s5s-*
sans	3					1		4	*2
1-3	1	1	1		1			4	*1
4-8	2		1					3	*2
9-23	1	1					1	3	*1
24-43								0
total	7	2	2	0	1	1	1	14
16s5s-*-23s	*3	*1			*1	*1

C3. autres
16s5-y-23-z	16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	gcc	atgf	16s5s-*
sans	4				1	2	2	*9
1-3	1	3		1	1			*6
4-8						1		*1
9-23						1		*1
24-43
16s5s-*-23s	*5	*3	*0	*1	*2	*4	*2

C4. cumuls
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	gcc	cds	atgf	total	16s5s-*
sans	71	14	2	15	5	5	4	2	118	*11
1-3	63	8	11	4	5	1	2	0	94	*7
4-8	8	1	5	0	0	1	1	0	16	*3
9-23	13	1	0	7	0	1	1	0	23	*2
24-43	1	0	0	0	0	0	0	0	1
total	156	24	18	26	10	8	8	2	252
incomplets	4		5		2		1	0	12
total +	160	24	23	26	12	8	9	2	264
16s5s-*-23s	*8	*4	*0	*1	*3	5*	0	*2	*23

C5. Les taux
16-y-235-z	16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	gcc	cds	atgf	total	16s5s-*
sans	28	5,6	0,8	6,0	2,0	2,0	1,6	0,8	47	*11
1-3	25	3,2	4,4	1,6	2,0	0,4	0,8		37	*7
4-8	3,2	0,4	2,0			0,4	0,4		6,3	*3
9-23	5,2	0,4		2,8		0,4	0,4		9	*2
24-43	0,4								0,4
total	62	10	7	10	4,0	3,2	3,2	0,8	100
total +	61	9	9	10	4,5	3	3,4	0,8	100
16s5s-*-23s	*8	*4	*0	*1	*3	5*	0	*2	*23

clostridia blocs intégrés

Lien tableur: clostridia blocs intégrés
Légende: voir pour 'avant inversé, gcc atgf autres-cds' clostridia notes, ligne avant inversé et ligne autres. Pour les 16s5s-*-23s voir les clusters en gras, toujours dans clostridia_notes.
Notes: Dans l'hypothèse que les clusters 'avant 16s', ceux qui ont des tRNAs avant rRNA 16, sont des clusters inversés, j'ai copié tel quel l'avant ducluster vers sa fin. Quand il y a plus de 3 tRNAs ils sont intégrés dans le nombre total à la fin, par exemple 20aas au lieu de 19aas.

clostridia blocs intégrés
total		16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca	atc	gcc	atgf	autres-cds	total
avant inversé	Total intégré
-	sans	68	14	2	15	5	4	2	5	115
5	1-3	63	7	10	4	5	1	0	1	91
5	4-8	6	1	4	0		1		1	13
4	9-23	12			7		1			20
	24-43	1								1
14	total	150	22	16	26	10	7	2	7	240
6	Dont 16s5s-*-23s	5	3	0	1	2	4	2	0	17

clostridia blocs 1-3

clostridia type 1-3

Lien tableur: clostridia type 1-3
Légende:
- §, 16-gcaatc-23-aac et 16-atc-23-aac sont des incomplets et ne rentrent pas dans ce décompte. J'ai mis à jour les tableaux qui les concernent le 15.5.20.
- av1 av2 ap1 ap2 ap3, sont des blocs longs respectivement de 15 5 6 5 6 aas.
- av1, je ne l'ai pris en comparaison. Les autres sont en comparaison dans les colonnes 5,6aas dans la partie droite du tableau avant 16s.
- av2, tgc-ggc-ttc-gac-gta
- ap1, ttc-atgf-tac-aca-gta-gac
- ap2, tta-gta-atgi-gaa-aac
- ap3, aac-gaa-gac-aca-tac-aaa
Liens internes: Ce chapitre est la remise en forme des blocs 1-3 du tableau des Cumuls notes
Notice: Comparaison des 1-3 entre les blocs 1-3 et les blocs avant 16s. Dans le tableau de droite et à la fin, en rouge, "Totaux tRNAs avant 16s" je montre en couleurs bleues et avec les rapoorts en bas du tableau que:
- Les avant/avant-16s, sont différents des 1-3 puisque 14/22 sont différents (parmi les plus faibles des blocs 1-3).

- et les après/avant-16s, sont analogues aux 1-3 puisque 5/6 sont analogues (parmi les plus forts des blocs 1-3).

- Les blocs 5,6aas sont différents des 1-3 qu'ils soient dans les blocs 1-3 ou dans les blocs avant-16s.

C1-3 Les blocs **1-3** et **avant 16s**
1-3						avant 16s		Types
16s23s5s		*16s235s**		*16s235s**		blocs		1-3 avant	1-3 après
16s23s5s-aaa	11	type		tRNAs		agc-16s5s23s-6aas		agc	ap1
16s23s5s-aaa-cds-5s-aaa	1	aac	17	aac	23	tca-tcc-16s5s23s-5aas		tca-tcc	ap2
		aaa	12	ttc	19	gac-ttc-ggc-16s5s23s		gac-ttc-ggc
16s23s5s-aac	11	atgi-gca	10	aaa	16	cgg-tgg-16s5s-gcc-23s		cgg-tgg
16s23s5s-aac-aac	1	ttc	10	atgi	14	ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf		ttc-cds	aac-atgf
16s23s5s-aac-ggg	1	acc	4	gca	14
		atc-gca	3	5s	4	gca-atc-gga-16s23s5s		gca-atc-gga
16s23s5s-atc-gca	3	ttc-tgc	3	tgc	4	atgf-16s23s5s		atgf
		aac-ggg	2	acc	4	atgi-gca-16s23s5s-aac		atgi-gca	aac
16s23s5s-atgi	1	tta-atgi	2	atc	3	tcg-16s23s-gca-5s-12aas		tcg
16s23s5s-atgi-gca	9	ttc-5s-ttc-aaa	2	gaa	3
16s23s5s-atgi-gca-aac	1	aac-aac	1	ggg	2	cag-gag-16atcgca235-aac		cag-gag	aac
		atgi	1	tta	2	5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac		5s-atgi-gca	aac-aac
16s23s5s-gaa	1	atgi-gca-aac	1	cds	1	tcc-16s-cds-235-19aas		tcc
16s23s5s-ggc	1	gaa	1	cgg	1
16s23s5s-gtg-gaa-cgg	1	ggc	1	gac	1	15aas-16s5s-atcgca-23s		av1
16s23s5s-tta-atgi	1	gta	1	ggc	1	5aas-16s-gcaatc-235-6aas		av2	ap3
		gtg-gaa-cgg	1	gta	1	Les 1-3 avant, des avant 16s, sont différents des 1-3
16s23s5s-ttc	7	tgg	1	gtg	1
		ttc-gac-gaa	1	tgg	1	Les 1-3 après, des avant 16s, sont analogues aux 1-3
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa	2	aaa-cds-5s-aaa	1		115
16s23s5s-ttc-gac-gaa	1	aac-5s-ttc-tgc	1
16s23s5s-ttc-tgc	1		76	total 1-3		Totaux tRNAs avant 16s
		reste		tRNAs		Avant / avant 16s		Après / avant 16s
*16s--23s5s**		*16s23s--5s**				1-3	5,6aas	1-3	5,6aas
16-atc-235-tgg	1	cds-5s	1	aac	33			5	2
16-atc-235-ttc	1	aac-5s	2	ttc	19	2	1		1
16-atc-235-ttc-tgc	1	aac-5s-aac	2	aaa	17				1
16-atc-gca-235-acc	4	gga-5s	2	atgi	14	2			1
			7	gca	14	3
16s’-gca-235-tta-atgi	1	*16s5s--23s**		acc	5	1
16-gca-235-aac	2	type		tgc	5
16-gca-atc-235-aaa	1	aaa-acc-ctc	1	5s	4		1
16-gca-atc-235-aac	4	aac	2	gaa	4				2
16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc	1	aac-atgf	1	atc	3	1
16-gca-atc-235-atgi-gca	1	aac-gaa-tgc	1	tta	3				1
16-gca-atc-235-ttc	2	gac-aca	1	gac	2	1	1		2
16-gca-atc-235-ttc-tgc	1	gta-tta	1	gga	2	1
			7	ggg	2
16-gcc-235-gta	1	reste		gta	2		1		2
23s°-16s-16s°-23s5s-aac-ggg	1	tRNAs		aca	1				2
		aaa	1	atgf	1	1		1	1
*16s5s--23s**		aac	10	cds	2	1
16s5s-23s-gac-aca	1	gga	2	cgg	1	1
16s5s-23s-aaa-acc-ctc	1	acc	1	ctc	1
16s5s-atcgca-23s-gta-tta	1	ctc	1	ggc	1		1
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf	1	atgf	1	gtg	1
16s5s-atcgca-23s-aac	1	gaa	1	tgg	1	1
16s5s-atc-23s-aac	1	tgc	1	agc		1
16s5s-gca-23s-aac-gaa-tgc	1	gac	1	cag		1
*16s23s--5s**		aca	1	gag		1
16s-cds-16s°-23s-cds-5s	1	gta	1	tca		1
16s23s-aac-5s	2	tta	1	tcc		2
16s23s-aac-5s-aac	2	cds	1	tcg		1
16s23s-gga-5s	2		23	tac					2
	90			total	138	22	5	6	17
16-gcaatc-23s-aac	§					rapports
16s-atc-23s-aac	§					14/22	1/5	5/6	12/17

clostridia tRNA 1-3

Lien tableur: clostridia tRNA 1-3
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
Notice: aux 138 tRNAs des blocs 1-3 (voir le tableau précédent) j'ai ajouté les 6 tRNAs 1-3 après des blocs avant-16s.

C1-3. clostridia tRNA

C1-3. Effectifs z+z'
1-3		total		atgf	atgi	5s	cds
		144		2	14	4	2
ttc	19	tcc		tac		tgc	5
atc	3	acc	5	aac	38	agc
ctc	1	ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	2	ggc	1
tta	3	tca		taa		tga
ata		aca	1	aaa	17	aga
cta		cca		caa		cga
gta	2	gca	14	gaa	4	gga	2
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg	1
gtg	1	gcg		gag		ggg	2

C1-3. pourcentage z+z'
1-3		total		atgf	atgi	5s	cds
		1000		14	97	28	14
ttc	132	tcc		tac		tgc	35
atc	21	acc	35	aac	264	agc
ctc	7	ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	14	ggc	7
tta	21	tca		taa		tga
ata		aca	7	aaa	118	aga
cta		cca		caa		cga
gta	14	gca	97	gaa	28	gga	14
ttg		tcg		tag		tgg	7
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg	7
gtg	7	gcg		gag		ggg	14

C1-3. Effectifs x
1-3		total		atgf	atgi	5s	cds
		22		1	2	1
ttc	2	tcc	2	tac		tgc
atc	1	acc		aac		agc	1
ctc		ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	1	ggc	1
tta		tca	1	taa		tga
ata		aca		aaa		aga
cta		cca		caa		cga
gta		gca	3	gaa		gga	1
ttg		tcg	1	tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag	1	cgg	1
gtg		gcg		gag	1	ggg

clostridia blocs 4-8

Lien tableur: clostridia blocs 4-8
Légende:
- Pour les couleurs voir le tableau référence.
Liens internes: clostridia blocs, total des blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
- Clostridia C4-8 total 100: Le total 100 correspond aux 83 des z4-8 + 17 des z'4-8. Voir le tableur des avant 16s, le tableau correspondant montre une analogie avec le référentiel contrairement aux avant-16s des bacilli. Aussi j'ai admis que les z'4-8 des x-16s23s5s-z', des clostridia, peuvent être ajoutés aux z4-8 du clade avec la seule exception de atgf des z'4-8 qui est absent dans les 83 aas des z4-8.
Notes: décompte avec NB.SI(plage;aa)
- 14 blocs dont 6 de 6, 3 de 8, 3 de 5 et 2 de 4

- 2 fois 2 blocs identiques, cd045-cd063 et cd0161-cd0170

- Le bloc cd092 a un seul rRNA, le 16s. Il est ambigu car on peut le considérer comme ayant perdu 23s5s avant ou après 16s.

- Le bloc cd112 a un aa entre 23s et 5s et cga très rare: 16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga; à ne pas compter en un 5s de trop.

Fréquences z4-8
4	5	6	7	8		z'4-8	5	6
2	3	6	0	3			1	2

C4-8 Clostridia. Les tRNAs 4-8

C4-8. Effectifs z sans les x-16s23s5s-z'
tot				atgf	atgi	5s	cds
83					2
ttc	2	tcc		tac	5	tgc	1
atc		acc	1	aac	5	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	8	ggc	4
tta	1	tca	1	taa		tga
ata		aca	4	aaa	4	aga	3
cta	4	cca	1	caa	7	cga	1
gta	5	gca	1	gaa	11	gga	7
ttg		tcg		tag		tgg
atgj		acg	2	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	2	ggg

C4-8. Effectifs z + z' avec les x-16s23s5s-z'
tot				atgf	atgi	5s	cds
100				1	3
ttc	3	tcc		tac	7	tgc	1
atc		acc	1	aac	7	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	10	ggc	4
tta	2	tca	1	taa		tga
ata		aca	6	aaa	5	aga	3
cta	4	cca	1	caa	7	cga	1
gta	7	gca	1	gaa	13	gga	7
ttg		tcg		tag		tgg
atgj		acg	2	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	2	ggg

Cx-16. Effectifs x + z’, types longs x-16s23s5s-z'.
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
69				3	2
ttc	3	tcc		tac	4	tgc	3
atc	1	acc		aac	4	agc	2
ctc		ccc	1	cac	1	cgt	1
gtc	1	gcc		gac	5	ggc	4
tta	2	tca	1	taa		tga
ata		aca	4	aaa	4	aga	1
cta	1	cca	1	caa	2	cga
gta	5	gca	1	gaa	5	gga	1
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj	2	acg		aag	1	agg	1
ctg	1	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

clostridia blocs 9-23

Lien tableur: clostridia blocs 9-23
Légende: pour les couleurs voir le tableau référence
Liens internes: clostridia blocs, total des blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
Notes: décompte avec NB.SI(plage;aa). Sont intégrés dans ce décompte 3 blocs du génome cd136, 2 de "5s entrop" 9 18 aas, et 1 "incomplet" 43 aas.
- 24 blocs dont 2 identiques de 43, cd133 et cd136 (voir annexe). Les 22 autres se décomposent en 4 à 9aas, 8 à 11-13aas, 5 à 18-19aas et 5 à 21-22aas.

- La proximité phylogénique de cd133 et cd136 se retrouve dans l'identité des blocs 9aas, 18aas et 43aas. Restent donc 21 blocs différents (#).

- La séquence des 7 1ers tRNAs du bloc 9-cd133 se retrouve en tête dans 7 blocs différents: 11-cd113 13-cd003 18-cd113 19-cd136 22-cd003 22-cd102 43-cd133, soit 7 sur un total de 20 blocs, en tenant compte que les 2 13-cd003 sont quasi identiques (9 en commun séquentiellement).

- Le grand groupe de 8 blocs des 11-13aas a 6 blocs tous différents, les 3 blocs 11-cd113 et 2*13-cd003 étant quasiment identiques (9 en commun séquentiellement).

- pas de 5s en plus

9	11	12	13	18	19	21	22	43
4	1	3	4	3	2	2	3	2

C9-23 Clostridia. Les tRNA 9-23

C9-23.1 Effectifs 21 blocs #
tot	21#			atgf	atgi	5s	cds
351				20	9
ttc	17	tcc	1	tac	14	tgc	5
atc	8	acc	4	aac	13	agc	7
ctc	1	ccc	2	cac	10	cgt	6
gtc	3	gcc	4	gac	21	ggc	12
tta	10	tca	8	taa		tga
ata		aca	16	aaa	19	aga	13
cta	11	cca	12	caa	13	cga
gta	21	gca	0	gaa	21	gga	17
ttg	0	tcg	1	tag		tgg	6
atgj	13	acg	1	aag	1	agg
ctg	4	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	2	ggg

C9-23.2 Pourcentage 21 blocs #
tot	21#			atgf	atgi	5s	cds
1000				57	26
ttc	48	tcc	3	tac	40	tgc	14
atc	23	acc	11	aac	37	agc	20
ctc	3	ccc	6	cac	28	cgt	17
gtc	9	gcc	11	gac	60	ggc	34
tta	28	tca	23	taa		tga
ata		aca	46	aaa	54	aga	37
cta	31	cca	34	caa	37	cga
gta	60	gca	0	gaa	60	gga	48
ttg	0	tcg	3	tag		tgg	17
atgj	37	acg	3	aag	3	agg
ctg	11	ccg	6	cag	3	cgg	6
gtg		gcg		gag	6	ggg

clostridia blocs avant

Lien tableur: clostridia blocs avant
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
Liens internes: Voir la mise en forme des notes et le lien tableur ci-dessus pour les détails.
Notes: décompte avec NB.SI(plage;aa). Total des x et z' supérieurs à 4, types x-16s23s5s-z'.
- Il y a 6 blocs avec des tRNAs à l'avant de 16s. 3 n'ont qu'un seul tRNA à l'avant avec 6, 12 et 19 devant 5s. Parmi ces derniers, on pourrait comparer les 2 blocs longs aux blocs 9-23.

- J'ai comparé 20-cd112 avec un tRNA à l'avant à 19-cd136 des 9-23 blocs. Les 19aas devant 5s sont quasiment identiques séquentiellement (15/19).

- J'ai comparé 14-cd112 avec un tRNA à l'avant à 12-cd002 des 9-23 blocs. Les 12aas devant le 5s, ont 5 tRNAs identiques séquentiellement.

- cd112 a un aa entre 23s et 5s et aag un aa rare: tcg-16s23s-gca-5s-12aas. Le cas de ce gca est emblématique du rôle que joue le 5s comme tRNA, il devrait se trouver entre 16s et 23s ou bien avec les 12aas. Est-ce là la cause de la non bascule de gca alors que les tRNAs des blocs avant des clostridia ressemblent à ceux des clostridia z9-23, notamment avec les 6 autres bascules (rouge)?

- Les 4 autres blocs avant sont très différents des blocs devant le 5s et entre eux: 17-cd118 n'a rien devant et 13-cd001 a 5 en avant et 6 devant; cd011 a 2 blocs 4-8, avec 6 et 5 devant le 5s.
Parallèle avec x-16 bacilli: sur 7 blocs longs seuls 2 sont x-16, 1 de 15aas et 1 de 5aas. Restent 48 aas longs qui sont après 5s que j'ai nommés ailleurs des z'. Le long x-16 de 15aas a 6 tRNAs (tac tgc ccc ctg gtc atgj) absents chez les bacilli x-16 dont atgj qui bascule chez les clostridia, 6 tRNAs (caa aaa gaa aac agc cgt) très fréquents chez les bacilli x-16 et seulement 2 faibles (atgf ggc ggc). Ces 15aas se trouvent tous chez les z9-23 des clostridia, les plus rares compris, ccc gtc, et donc le bloc x-16 de 15aas est semblable aux z9-23 des clostridia et différent des x9-23 des bacilli. De même le x-16 à 5aas diffère des x-16 bacilli, gta-gac-ttc-ggc-tgc (cd001), où tgc est absent et ttc avec 1 seul représentant sur 158 tRNAs, alors que ces 5aas sont abondants chez les z9-23.

fréquences
5	6	11	15	13	19
1	1	1	1	1	1
les z z' x 4-8
cd011	agc-16s-5s-23s-gac-gta-aca-tac-atgf-ttc (6)
cd011	tca-tcc-16s-5s-23s-aac-gaa-atgi-gta-tta (5)
cd001	gta-gac-ttc-ggc-tgc-16s-gca-atc-23s-5s-aac-gaa-gac-aca-tac-aaa (11)

Cx-16. Types longs x-16s23s5s-z'.

Cx-16. Effectifs x + z’, types longs x-16s23s5s-z'.
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
69				3	2
ttc	3	tcc		tac	4	tgc	3
atc	1	acc		aac	4	agc	2
ctc		ccc	1	cac	1	cgt	1
gtc	1	gcc		gac	5	ggc	4
tta	2	tca	1	taa		tga
ata		aca	4	aaa	4	aga	1
cta	1	cca	1	caa	2	cga
gta	5	gca	1	gaa	5	gga	1
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj	2	acg		aag	1	agg	1
ctg	1	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

Cx-16. pourcentages, types longs x-16s23s5s-z'.
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
1000	69			43	29
ttc	43	tcc		tac	58	tgc	43
atc	14	acc		aac	58	agc	29
ctc		ccc	14	cac	14	cgt	14
gtc	14	gcc		gac	72	ggc	58
tta	29	tca	14	taa		tga
ata		aca	58	aaa	58	aga	14
cta	14	cca	14	caa	29	cga
gta	72	gca	14	gaa	72	gga	14
ttg		tcg		tag		tgg	14
atgj	29	acg		aag	14	agg	14
ctg	14	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

clostridia total blocs longs

Lien tableur: clostridia total blocs longs
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- 1 : gca aga ttg s'inversent dans les blocs longs des bacilli, ttg et gca sont majoritaires et aga est réduit à l'unité.

- cga gtg gcg ggg agg cag n'existent quasiment pas, ni chez les clostridia ni chez les bacilli. Si les 5 qui se terminent par g suivent l’exemple des autres du même type de la dernière rangée, cga ne suit pas les tRNAs de sa rangée et du coup il est particulièrement atypique.
Notes:
- Les décomptes sont faits à partir des tableurs des blocs précédents, 4-8 9-23 avant. Éliminer les 2 blocs de comparaison dans avant.

C. Clostridia total blocs longs

C1. Effectifs
tot	Cx			atgf	atgi	5s	cds
572				26	15
ttc	25	tcc	1	tac	26	tgc	11
atc	10	acc	5	aac	26	agc	11
ctc	1	ccc	3	cac	12	cgt	8
gtc	4	gcc	4	gac	38	ggc	22
tta	16	tca	13	taa		tga
ata		aca	28	aaa	31	aga	21
cta	18	cca	17	caa	25	cga	1
gta	36	gca	1	gaa	41	gga	29
ttg		tcg	1	tag		tgg	8
atgj	18	acg	3	aag	2	agg	1
ctg	5	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	4	ggg

C2. Pour 1000
tot	Cx			atgf	atgi	5s	cds
1000	572			45	26
ttc	44	tcc	2	tac	45	tgc	19
atc	17	acc	9	aac	45	agc	19
ctc	2	ccc	5	cac	21	cgt	14
gtc	7	gcc	7	gac	66	ggc	38
tta	28	tca	23	taa		tga
ata		aca	49	aaa	54	aga	37
cta	31	cca	30	caa	44	cga	2
gta	63	gca	2	gaa	72	gga	51
ttg		tcg	2	tag		tgg	14
atgj	31	acg	5	aag	3	agg	2
ctg	9	ccg	3	cag	2	cgg	3
gtg		gcg		gag	7	ggg

bacilli-clostridia

B-C blocs avant

Voir dans synthèse par clade: bacilli et clostridia.

B-C blocs avec cds internes

B-C blocs 1-3

Voir la synthèse des z1-3 par clade. Les 2 clades sont très différents en nombres et en types.

Comparaison B/C z1-3

Lien tableur: Comparaison B/C z1-3
Légende:
Liens: C1-3 et B1-3

Z1-3. Comparaison B/C

B1-3. pourcent
1-3		total		atgf	atgi	5s	cds
65		1000		308
ttc		tcc		tac		tgc
atc		acc	108	aac	185	agc
ctc	15	ccc		cac		cgt	31
gtc		gcc		gac	292	ggc
tta		tca	15	taa		tga
ata		aca		aaa		aga
cta		cca		caa		cga
gta	15	gca		gaa	15	gga
ttg		tcg		tag		tgg
atgj		acg		aag		agg
ctg	15	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

C1-3. pourcent
1-3		total		atgf	atgi	5s	cds
144		1000		14	97	28	14
ttc	132	tcc		tac		tgc	35
atc	21	acc	35	aac	264	agc
ctc	7	ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	14	ggc	7
tta	21	tca		taa		tga
ata		aca	7	aaa	118	aga
cta		cca		caa		cga
gta	14	gca	97	gaa	28	gga	14
ttg		tcg		tag		tgg	7
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg	7
gtg	7	gcg		gag		ggg	14

Comparaison B+C z2/z1

Lien tableur: Comparaison B+C z2/z1
Légende: ici je ne fais pas de comparaison binomiale, j'indique en couleur seulement les bascules entre z2 et z1 (z1 z2 pour les z1-3 avec 1 et 2 tRNAs).
Les décomptes: voir bacilli 1-3, blocs avant des bacilli pour les 1-3 avant/après 16s et clostridia 1-3 pour les clostridia (colonne 2, aac-5s-aac et gga-5s compris (pas le 2ème libellé reste en rouge) et la colonne 6 pour les 1-3 avant/après 16s).
Note: comparaison analogue à celle de z9/z4 somme B+C des z9-23 comparée à celle des z4-8. 7 bascules
- 4 bascules directes fortes: atgf atgi gac gca

- 3 bascules inverses fortes: ttc aaa aac (aac attendus 47 contre 19)

- 1 différences non significative, acc attendus 7 contre 7.

B+C Les tRNA z1-3. Comparaison B+C des z2 aux z1

B+C.1 Les tRNA z2, effectifs.
tot				atgf	atgi	5s	cds
112				21	12	0
ttc	3	tcc		tac		tgc	3
atc	3	acc	7	aac	21	agc
ctc		ccc		cac		cgt	2
gtc		gcc		gac	20	ggc
tta	3	tca		taa		tga
ata		aca	1	aaa		aga
cta		cca		caa		cga
gta	1	gca	13	gaa		gga
ttg		tcg		tag		tgg
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	2

B+C.2 Les tRNA z1, effectifs.
tot				atgf	atgi	5s	cds
62					1
ttc	10	tcc		tac		tgc
atc		acc	4	aac	26	agc
ctc		ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac		ggc	1
tta		tca	1	taa		tga
ata		aca		aaa	12	aga
cta		cca		caa		cga
gta	2	gca		gaa	2	gga	2
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

Comparaison B+C z4-8/z1-3

Lien tableur: Comparaison B+C z4-8/z1-3
Légende: Comparaison binomiale comme entre z4-8 et z9-23 (voir tableur)
Couleurs: jaune et vert calcul sur le total 193, cyan et blanc calcul sur 209. Vert et cyan différences significatives. Voir le calcul avec la binomiale.
Note: comparaison analogue à celle de z9/z4 somme B+C des z9-23 comparée à celle des z4-8. Les bascules se répartissent en
- 4 bascules nettes mais à faibles effectifs, supérieurs à 6: cgt gga cca caa, bascule inverse de z4-8 à z1-3. ( caa(0 9) et cca (0 7) ne sont pas testés mais sont équivalents à gga( 2 8) cgt (2 7)).

- 3 bascules très faibles, différences non significatives et à effectifs élevés: gac aaa acc, bascule directe

- 5 bascules fortes directes à effectifs élevés, supérieurs à 13: atgf atgi ttc aac gca

- 5 bascules fortes inverses à effectifs élevés, supérieurs à 9: tac ggc aca gta gaa (tac (0 11) n'est pas testé mais est équivalent à gcc (1 11).

B+C Les tRNA z1-3. Comparaison B+C des z4-8 aux z1-3

B+C.3 Les tRNA z1-3, effectifs. Total 209
atgi	14	cds	2	5s	4	atgf	22
ttc	19	tcc	0	tac	0	tgc	5
atc	3	acc	12	aac	50	agc	0
ctc	2	ccc		cac		cgt	2
gtc		gcc		gac	21	ggc	1
tta	3	tca	1	taa		tga
ata		aca	1	aaa	17	aga	0
cta	0	cca	0	caa	0	cga	0
gta	3	gca	14	gaa	5	gga	2
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj	0	acg	0	aag		agg
ctg	1	ccg		cag		cgg	1
gtg	1	gcg		gag	0	ggg	2

B+C.4 Les tRNA z4-8, effectifs. Total 193
atgi	3	cds	0	5s	1	atgf	1
ttc	5	tcc	1	tac	11	tgc	1
atc	2	acc	6	aac	17	agc	2
ctc	0	ccc		cac		cgt	7
gtc		gcc		gac	15	ggc	11
tta	3	tca	1	taa		tga
ata		aca	10	aaa	10	aga	3
cta	6	cca	7	caa	9	cga	1
gta	18	gca	5	gaa	19	gga	8
ttg		tcg		tag		tgg	0
atgj	5	acg	3	aag		agg
ctg	0	ccg		cag		cgg	0
gtg	0	gcg		gag	2	ggg	0

B+C.5 Différences significatives z1-3 / z4-8
atgi	6_3_19.9	cds	-0.9_0_4.6	5s	-0.1_2_7.5	atgf	11.8_1_28.8
ttc	9.6_5_25.5	tcc	-1_0_3.2	tac	5.2_0_18.6	tgc	0.4_1_8.9
atc	-0.5_2_6.1	acc	4.6_6_17.5	aac	34.3_17_58	agc	-0.8_0_5.1
ctc	-0.9_0_4.6	ccc		cac		cgt	-0.9_7_4.6
gtc		gcc		gac	11_15_27.7	ggc	-1_11_2.8
tta	-0.5_3_6.1	tca	-1_1_2.8	taa		tga
ata		aca	-1.9_10_1.9	aaa	8.1_10_23.3	aga	-0.3_0_6.8
cta	1.5_0_11.5	cca	2.2_0_13	caa	3.6_0_15.8	cga	-1_0_3.2
gta	-0.5_18_6.1	gca	6_5_19.9	gaa	0.4_19_8.9	gga	-0.9_8_4.6
ttg		tcg		tag		tgg	-1_0_2.8
atgj	0.8_0_10	acg	-0.3_0_6.8	aag		agg
ctg	-1_0_2.8	ccg		cag		cgg	-1_0_2.8
gtg	-1_0_2.8	gcg		gag	-0.8_0_5.1	ggg	-0.9_0_4.6

B-C blocs longs

B-C total blocs longs

Lien tableur: B-C total blocs longs
Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
1. Tableaux B2 C2 en pour 1000 issus des effectifs B2 C2.
  - En jaune, les valeurs élevées dans les 2 clades. Sur 21 jaunes 15 ont plus de 28‰ (gga) dans les 2 clades, les 6 autres plus de 14‰ (tgg). ctg et acc en jaune ont des valeurs faiblement moyennes autour de 10‰ ( par rapport aux tRNA en clair tous inférieures à 8‰ ).
  
  - En rouge, les valeurs s'inversent entre bacilli et clostridia. Les plus forts sont gca 37-2 aga 1-37 ttg 19-0. De même, mais moins spectaculaires sont tcc cgt atgi atgj. Dans les effectifs des bacilli, gca est majoritaire, 63, et aga est réduit à l'unité.
  
  - En clair, les valeurs faibles dans les 2 clades. Ce sont les tRNA de la rangée se terminant par g sauf atgj ttg tgg et ctg (valeur moyenne en clair) et 5 tRNAs anormalement faibles par rapport à leur rangée, ctc cc, gtc gcc et gca, l'unique de sa rangée, est particulièrement atypique.
2. Tableau BC: plus grande variation en % des variations en pour 1000 de B2 moins C2, le dénominateur étant le plus faible entre B2 et C2 pour un tRNA donné.
  - En rouge les très grandes variations pour gca aga ttg (pour un dénominateur nul, il est remplacé par l'unité). Comme ces derniers cgt tcc passent d'une valeur forte à une valeur très faible, leurs variations triplent (200%). Le tRNA atgi double seulement sa valeur. Le tRNA ctc quadruple sa valeur mais il passe d'une valeur moyenne à faible et ses effectifs sont faibles.
  
  - En jaune les variations sont proches de 50%, sauf trois tRNAs remarquables (70%) sont parmi les obligatoires, atgj tgg gga. Les variations inférieures à 30% contiennent la plupart des tRNAs obligatoires, aac cac gac tac tgc ttc, et leurs semblables agc atc (voir la définition du code obligatoire).
  
  - En clair, les valeurs faibles des bacilli qui le restent chez les clostridia. Ils sont représentées par une différence et non par la plus grande variation. De même pour les valeurs nulles ou égales à l'unité des effectifs.

BC. Bacilli-Clostridia total blocs longs

B2. Bacilli pour 1000
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
1000				41	12
ttc	37	tcc	17	tac	33	tgc	17
atc	27	acc	12	aac	51	agc	22
ctc	8	ccc		cac	31	cgt	46
gtc	2	gcc	1	gac	51	ggc	59
tta	34	tca	28	taa		tga
ata		aca	51	aaa	49	aga	1
cta	31	cca	45	caa	40	cga
gta	65	gca	37	gaa	54	gga	28
ttg	19	tcg	1	tag		tgg	24
atgj	19	acg	2	aag		agg
ctg	6	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

C2. Clostridia pour 1000
tot	Cx			atgf	atgi	5s	cds
1000				45	26
ttc	44	tcc	2	tac	45	tgc	19
atc	17	acc	9	aac	45	agc	19
ctc	2	ccc	5	cac	21	cgt	14
gtc	7	gcc	7	gac	66	ggc	38
tta	28	tca	23	taa		tga
ata		aca	49	aaa	54	aga	37
cta	31	cca	30	caa	44	cga	2
gta	63	gca	2	gaa	72	gga	51
ttg		tcg	2	tag		tgg	14
atgj	31	acg	5	aag	3	agg	2
ctg	9	ccg	3	cag	2	cgg	3
gtg		gcg		gag	7	ggg

BC. B2 - C2 : plus grande variation
tot	B-C			atgf	atgi	5s	cds
0				-10	-126
ttc	-19	tcc	898	tac	-40	tgc	-10
atc	56	acc	33	aac	11	agc	15
ctc	6	ccc	-5	cac	47	cgt	233
gtc	-5	gcc	-6	gac	-31	ggc	53
tta	23	tca	23	taa		tga
ata		aca	3	aaa	-11	aga	-6215
cta	0	cca	51	caa	-9	cga	-2
gta	3	gca	1995	gaa	-33	gga	-78
ttg	1860	tcg	-1	tag		tgg	75
atgj	-69	acg	-3	aag	-3	agg	-2
ctg	-37	ccg	-3	cag	-2	cgg	-3
gtg	0	gcg	0	gag	-7	ggg	1

B-C blocs longs différences significatives

Lien tableur: B-C blocs longs différences significatives
Légende:
- 2σ est calculé comme suite, (RACINE(351*(x/709)*(1-x/709)))*2. Les bornes sont x*351/709 ± 2σ. Sont indiquées en gras les valeurs des clostridia.

- Les différences significatives sont en cyan clair dans le total et les sans doubles. Le cyan foncé n’indique des différences significatives que dans le total. Il y en a 3 et seul gga a la valeur clostridia loin des 2 bornes, les 2 autres gtc ggc leurs valeurs clostridia sont très proches de l'une des 2 bornes.
Notes:
- Les clostridia se distinguent aussi par l'abondance des tRNAs rares que sont ccc, cga et xcg xag xgg (tableau B-C.2).

- Les différences significatives les plus emblématiques sont (tableau B-C.6)
. ttg gca aga avec respectivement 2.4 4.4 11.1 d'écart avec la borne la plus proche et avec les valeurs attendues 16 8/0 22 11/0 1 13/0. Viennent ensuite les bascules fortes (voir Bascules en bas de Notes)

. atgi 7 9/3 tcc 14 1/7 cgt 30 6/15 avec les intervalles réduits respectifs de 20 70 22. Ensuite sont les bascules faibles mais nettes

. ggc 41 12/20 gga 23 17/11 atgj 14 13/7 avec les intervalles réduits respectifs de -3 -6 7.

- Bascules, l'ordre est celui de Cz'B-C9-23

aa	aga	gca	ttg	cgt	atgi	tcc	atgj	ggc	gga
B709	1	22	16	30	7	14	14	41	23
attendu	0,5	10,9	7,9	14,9	3,5	6,9	6,9	20,3	11,4
C351	13	0	0	6	9	1	13	12	17
écart	11,1	4,4	2,4	1,3	2,4	0,7	0,9	-0,4	-1,0
									
sens	i	d	d	d	i	d	i	d	i
bascule	26	10,9	7,9	2,5	2,6	6,9	1,9	1,7	1,5

B−C Les tRNA >3. Différences significatives

B-C.1 Les tRNA >3, bacilli total.
tot	124=			atgf	atgi	5s	cds
1722				71	20	2
ttc	63	tcc	30	tac	56	tgc	30
atc	47	acc	20	aac	87	agc	38
ctc	14	ccc		cac	53	cgt	80
gtc	3	gcc	1	gac	87	ggc	101
tta	59	tca	48	taa		tga
ata		aca	87	aaa	84	aga	1
cta	54	cca	77	caa	69	cga
gta	112	gca	63	gaa	93	gga	49
ttg	32	tcg	2	tag		tgg	42
atgj	32	acg	3	aag		agg
ctg	11	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B-C.2 Les tRNA >3, clostridia total.
tot	44=			atgf	atgi	5s	cds
573				26	15	1
ttc	25	tcc	1	tac	26	tgc	11
atc	10	acc	5	aac	26	agc	11
ctc	1	ccc	3	cac	12	cgt	8
gtc	4	gcc	4	gac	38	ggc	22
tta	16	tca	13	taa		tga
ata		aca	28	aaa	31	aga	21
cta	18	cca	17	caa	25	cga	1
gta	36	gca	1	gaa	41	gga	29
ttg	0	tcg	1	tag		tgg	8
atgj	18	acg	3	aag	2	agg	1
ctg	5	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	4	ggg

B-C.3 Les tRNA >3. Différences significatives pour le total.
tot	44=		atgf		atgi		5s
573	2σ		14,1-26-33,1		1,5-15-11,8		-1,0-1-2,3
ttc	12,0-25-29,9	tcc	3,7-1-16,2	tac	10,1-26-27,1	tgc	3,7-11-16,2
atc	7,8-10-23,4	acc	1,5-5-11,8	aac	18,5-26-39,4	agc	5,6-11-19,7
ctc	0,4-1-9,0	ccc		cac	9,4-12-25,9	cgt	16,6-8-36,7
gtc	-1,0-4-3,0	gcc	-0,8-4-1,5	gac	18,5-38-39,4	ggc	22,4-22-44,8
tta	10,9-16-28,3	tca	8,1-13-23,8	taa		tga
ata		aca	18,5-28-39,4	aaa	17,6-31-38,3	aga	-0,8-21-1,5
cta	9,6-18-26,3	cca	15,7-17-35,5	caa	13,6-25-32,3	cga
gta	25,5-36-49,1	gca	12,0-1-29,9	gaa	20,1-41-41,8	gga	8,4-29-24,3
ttg	4,2-0-17,1	tcg	-1,0-1-2,3	tag		tgg	6,6-8-21,4
atgj	4,2-18-17,1	acg	-1,0-3-3,0	aag		agg
ctg	-0,2-5-7,5	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	–0,8-0-1,5

B-C.4 Les tRNA >3, bacilli 9-23
tot	45#			atgf	atgi	5s	cds
709				34	7
ttc	27	tcc	14	tac	27	tgc	15
atc	24	acc	9	aac	28	agc	13
ctc	4	ccc		cac	24	cgt	30
gtc	3	gcc	1	gac	37	ggc	41
tta	19	tca	24	taa		tga
ata		aca	33	aaa	32	aga	1
cta	20	cca	28	caa	29	cga
gta	39	gca	22	gaa	38	gga	23
ttg	16	tcg	2	tag		tgg	21
atgj	14	acg	2	aag		agg
ctg	7	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B-C.5 Les tRNA >3, clostridia 9-23
tot	21#			atgf	atgi	5s	cds
351				20	9
ttc	17	tcc	1	tac	14	tgc	5
atc	8	acc	4	aac	13	agc	7
ctc	1	ccc	2	cac	10	cgt	6
gtc	3	gcc	4	gac	21	ggc	12
tta	10	tca	8	taa		tga
ata		aca	16	aaa	19	aga	13
cta	11	cca	12	caa	13	cga
gta	21	gca	0	gaa	21	gga	17
ttg	0	tcg	1	tag		tgg	6
atgj	13	acg	1	aag	1	agg
ctg	4	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	2	ggg	0

B-C.6 Les tRNA >3. Différences significatives pour les 9-23
tot	21#		atgf		atgi	5s	cds
351	2σ		8,8-20-24,8		-0,2-9-7,2
ttc	6,2-17-20,5	tcc	1,7-1-12,1	tac	6,2-14-20,5	tgc	2,0-5-12,8
atc	5,1-8-18,7	acc	0,3-4-8,7	aac	6,6-13-21,2	agc	1,4-7-11,5
ctc	-0,8-1-4,8	ccc		cac	5,1-10-18,7	cgt	7,3-6-22,4
gtc	-0,9-3-3,9	gcc	-0,9-4-1,9	gac	10,0-21-26,7	ggc	11,6-12-29
tta	3,4-10-15,5	tca	5,1-8-18,7	taa		tga
ata		aca	8,4-16-24,2	aaa	8,1-19-23,6	aga	-0,9-13-1,9
cta	3,7-11-16,1	cca	6,6-12-21,2	caa	6,9-13-21,8	cga
gta	10,8-21-27,9	gca	4,4-0-17,4	gaa	10,4-21-27,3	gga	4,7-17-18,0
ttg	2,4-0-13,5	tcg	-1,0-1-3,0	tag		tgg	4,0-6-16,7
atgj	1,7-13-12,1	acg	-1,0-1-3,0	aag		agg
ctg	-0,2-4-7,2	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	-0,9-0-1,9

B-C blocs longs référence

Lien tableur: B-C blocs longs référence
Légende: pour les couleurs voir ci-dessous les "fréquences du tableau de référence".
Note: Le tableau de référence B-C.8 est la somme des tableaux B-C.4 et B-C.5 rapportée à 1000. L'intervalle réduit (tableau B-C.7) est le rapport de la différence entre la valeur de 21# et la borne de l'intervalle de confiance la plus proche (en %), dans le tableau B-C.6. Quand la valeur estimée est zéro, la différence est divisée par la borne, ce qui donne 100%. Ce que j'appelle bascule est une différence significative nette révélée par l'intervalle réduit négatif. La bascule est directe quand les tRNAs existent chez les bacilli et très peu chez les clostridia, la bascule inverse se fait dans l'autre sens.
Fréquences du tableau référence.

jaune	21>19‰
2	19	agc tgc	
2	25-27	tgg tta	
4	29-32	cta atc tca cac	
6	38-42	cca gga aac tac caa ttc	
4	46-51	aca aaa ggc atgf	
3	55-57	gac gaa gta	
21			
2	10-12‰	acc ctg		faibles
rouge	7 bascules dont ttg gca tcc cgt, directs, et aga atgi atgj inversés.
clair 	15 très faibles inférieurs à 6‰, dont gtg gcg agg nuls.
cyan	cga ata tga quasi absents

B−C Les tRNA 9-23. Le tableau de référence

B-C.7 Les tRNA 9-23, l'intervalle réduit.
tot	2σ			atgf	atgi	5s	cds
−				24	-20
ttc	21	tcc	-70	tac	46	tgc	60
atc	36	acc	92	aac	49	agc	64
ctc		ccc		cac	49	cgt	-22
gtc		gcc		gac	27	ggc	3
tta	55	tca	36	taa		tga
ata		aca	47	aaa	24	aga	-85
cta	46	cca	45	caa	47	cga
gta	33	gca	-100	gaa	30	gga	6
ttg	-100	tcg		tag		tgg	33
atgj	-7	acg		aag		agg
ctg	75	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

B-C.8 Les tRNA 9-23, la référence.
tot		b+c		atgf	atgi	5s	cds
1000		1060		51	15	0	0
ttc	42	tcc	14	tac	39	tgc	19
atc	30	acc	12	aac	39	agc	19
ctc	5	ccc	2	cac	32	cgt	34
gtc	6	gcc	5	gac	55	ggc	50
tta	27	tca	30	taa		tga
ata		aca	46	aaa	48	aga	13
cta	29	cca	38	caa	40	cga
gta	57	gca	21	gaa	56	gga	38
ttg	15	tcg	3	tag		tgg	25
atgj	25	acg	3	aag	1	agg	0
ctg	10	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg	0	gcg	0	gag	2	ggg	1

B-C blocs longs 4-8

B-C blocs longs 4-8 somme

Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 somme
Légende:
- Pour les couleurs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8.

- Effectifs, voir C4-8 et B4-8.
Notes:
- Les bascules fortes constatées, dont atgi, entre les 9-23 sont respectées chez les 4-8: gca 4-1 cgt 7-0 tcc 1-0 ttg 0-0 aga 0-3 atgi 0-3; ttg avec un taux de 2% chez les bacilli 9-23 est attendu pour 2 occurrences sur 93, statistiquement proche de zéro. Cependant atgj change de sens 5-0 au lieu de 0-5 et, peut être, disparaît même des clostridia; pourtant atgj est une bascule 9-23, renforcée par le fait que atgi+atgj fait dans 9-23, 21 bacilli sur 709, contre 22 clostridia sur 351.

- Déficience nette en atgf tca, et probablement aussi en cac tgg (bleu).

- bascules des z4-8, sens B vers C: direct, acc 5-1 cca 6-1 gta 11-7 aac 10-7 gcc 7-4 inverse, tac 4-7 gac 5-10 caa 2-7 gaa 6-13 gga 1-7. Et 3 tRNAs à faible différence aaa 5-5 aca 4-6 cta 2-4. Les autres tRNAs sont incertains.

- Les bascules franches des z4-8 seraient alors: acc cca gaa caa gga atgj.

- Les bascules 9-23 cgt atgi (ata) et aga se trouvent sur les lignes sans bascule des 4-8. Par contre gca est sur la même ligne de 3 bascules z4-8 ce qui lui donne un rôle de plus en plus centrale.

- Ces bascules sont constatées sans faire de calculs. Voir le chapitre suivant pour les calculs des différences significatives entre B et C. Les faibles effectifs n'ont pas permis de faire ressortir des différences significatives. Cela permet la comparaison entre les sommes 4-8 et 9-23.

B−C Les tRNA 4-8.

B4-8. Effectifs
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
93						1
ttc	2	tcc	1	tac	4	tgc
atc	2	acc	5	aac	10	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt	7
gtc		gcc		gac	5	ggc	7
tta	1	tca		taa		tga
ata		aca	4	aaa	5	aga
cta	2	cca	6	caa	2	cga
gta	11	gca	4	gaa	6	gga	1
ttg		tcg		tag		tgg
atgj	5	acg	1	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

C4-8. Effectifs
tot				atgf	atgi	5s	cds
100				1	3
ttc	3	tcc		tac	7	tgc	1
atc		acc	1	aac	7	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	10	ggc	4
tta	2	tca	1	taa		tga
ata		aca	6	aaa	5	aga	3
cta	4	cca	1	caa	7	cga	1
gta	7	gca	1	gaa	13	gga	7
ttg		tcg		tag		tgg
atgj		acg	2	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	2	ggg

B-C4-8 somme B+C
tot				atgf	atgi	5s	cds
193				1	3	1
ttc	5	tcc	1	tac	11	tgc	1
atc	2	acc	6	aac	17	agc	2
ctc		ccc		cac	0	cgt	7
gtc		gcc		gac	15	ggc	11
tta	3	tca	1	taa		tga
ata		aca	10	aaa	10	aga	3
cta	6	cca	7	caa	9	cga	1
gta	18	gca	5	gaa	19	gga	8
ttg		tcg		tag		tgg	0
atgj	5	acg	3	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	2	ggg

B-C blocs longs 4-8 différences significatives

Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 différences significatives B-C
Légende:
- Pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8.

- Pour le vert les différences ne sont pas calculées par rapport à l'effectif 100 mais à 93 puisque les clostridia n'ont pas ces tRNAs, atc tcc agc atgj.

- Les effectifs sont ceux du chapitre somme B+C.
Notes:
- Pour les calculs de 2σ voir les mêmes au tableau des 9-23.

- Les bascules propres aux 4-8: Il n'y a aucune différence significative entre les z4-8 des bacilli et des clostridia. Sur douze différences visuelles supérieures à 2, 5 propres aux z4-8 (gaa acc cca caa gga) et 3 qui appartiennent déjà aux z9-23 (gca cgt atgj).

- bascules propres aux z4-8 chapitre précédent: aac 10-7 gta 11-7 gaa 6-13 acc 5-1 cca 6-1 caa 2-7 gga 1-7 atgj 5-0 ggc 7-4 gac 5-10 cgt 7-0 gca 4-1 aga 0-3.

- Les tRNAs en gras dans les 3ème tableaux B-C et B-C.2 des intervalles sont les bascules propres des z4-8: acc cca gaa caa gga atgj.

B−C Les tRNA 4-8. Différences significatives B-C

B4-8. Effectifs
tot				atgf	atgi	5s	cds
93						1
ttc	2	tcc	1	tac	4	tgc
atc	2	acc	5	aac	10	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt	7
gtc		gcc		gac	5	ggc	7
tta	1	tca		taa		tga
ata		aca	4	aaa	5	aga
cta	2	cca	6	caa	2	cga
gta	11	gca	4	gaa	6	gga	1
ttg		tcg		tag		tgg
atgj	5	acg	1	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

C4-8. Effectifs
tot				atgf	atgi	5s	cds
100				1	3
ttc	3	tcc		tac	7	tgc	1
atc		acc	1	aac	7	agc	1
ctc		ccc		cac		cgt
gtc		gcc		gac	10	ggc	4
tta	2	tca	1	taa		tga
ata		aca	6	aaa	5	aga	3
cta	4	cca	1	caa	7	cga	1
gta	7	gca	1	gaa	13	gga	7
ttg		tcg		tag		tgg
atgj		acg	2	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	2	ggg

B-C4-8 Différences significatives
tot			atgf		atgi		5s
100	2σ		-1.9_0_0.9		-3.3_0_2.8		-1.1_1_2.1
ttc	-1.3_2_4.8	tcc	-2.1_0_2.1	tac	-0.9_4_10.5	tgc	-1.9_0_0.9
atc	-2.9_0_2.9	acc	3.1_5_5.9	aac	5.1_10_16.5	agc	-0.9_1_2.9
ctc		ccc		cac		cgt	1.7_7_14.5
gtc		gcc		gac	-0.8_5_14.3	ggc	3.2_7_10.7
tta	-1.7_1_2.9	tca	-1.9_0_0.9	taa		tga
ata		aca	-0.6_4_9.6	aaa	0.8_5_9.7	aga	-3.3_0_2.8
cta	-1.8_2_5.7	cca	4.1_6_6.9	caa	-2.9_2_8.5	cga	-1.9_0_0.9
gta	6.1_11_17.5	gca	2.1_4_4.9	gaa	-0.5_6_18.1	gga	-3.9_1_7.5
ttg		tcg		tag		tgg
atgj	-4.5_0_4.5	acg	-1.7_1_2.9	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	-2.7_0_1.9	ggg

B-C blocs longs 4-8 différences significatives, 9-23/4-8

Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 différences significatives, 9-23/4-8
Légende: pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8. Pour les différences significatives j'ai gardé les mes couleurs sauf pour les astérisques * qui sont les tRNAs absents des 9-23 et sont donc non comparables. Dans ce dernier tableau le cyan souligne la différence significative, cad une valeur de 4-8 en dehors de l'intervalle de confiance.
N.B: L'intervalle de confiance de gta a la borne supérieure à la limite de la différence significative à 2σ. Elle de 16,0936 exactement. Dans le tableau Cz' B-C9-4 elle est de 0,6 et elle est significative.
Notes: Voir Bascules en bas de Notes
- Les effectifs en excès des 4-8 (cyan) sont ceux qui sont à droite de l'intervalle de confiance, acc aac gaa correspondant aux effectifs forts des 9-23 (jaune). Je ne commente pas ici le cas des effectifs faibles à droite de l'intervalle de confiance, acg gag. Le tRNA aac paraît le plus excentrique avec un intervalle réduit de -21% contre -7 et -15 pour gaa et acc.

- Les effectifs en défaut des 4-8 (bleu) sont ceux qui sont à gauche de l'intervalle de confiance et dans ce cas, ils sont nulles aussi, atgf cac tgg correspondant aux effectifs forts des 9-23 (jaune), 54 34 27. Tous les effectifs les plus faibles des 9-23 (moins de 22), hors blancs, sont dans leur intervalle de confiance chez les 4-8. Les 2 bleus cac et tgg sont proches de la borne inférieur de leur intervalle de confiance. Avec une occurrence en plus (effectif 1) ils seraient semblables à tca qui a un effectif en 9-23 de 32, et ne seraient plus en défaut.

- atgf semble être nettement atypique et il le resterait fort probablement si on augmentait la taille de l'échantillon. Pour qu'il soit à l'intérieur de son intervalle de confiance il lui faudrait 4 autres occurrences. La fréquence la plus faible obtenue par ses semblables (effectif supérieur à 40 chez les 9-23) est 4 pour tca. Le comportement atypique de atgf apparaît encore plus flagrant quand on le compare avec aac, nettement en excès dans les 4-8, dans leur comportement dans les z1-3. Le atgf est majoritaire chez les z1-3 des bacilli (20 atgf pour 12 aac) mais absent dans les z4-8. Le aac est majoritaire chez les z1-3 des clostridia (2 atgf pour 38 aac) et très en excès dans la somme z4-8. On s'attendrait, au contraire, qu'ils aient le même comportement. Mais plus encore, l'excès aac est du non pas aux clostridia mais aux bacilli: Ainsi dans la somme z4-8 les bacilli en apportent 10 alors que les clostridia n'en apportent que la moitié, 5, fréquence tout à fait moyenne chez les z4-8 des clostridia. Tout se passe comme si, chez les bacilli, l'absence des atgf est compensée par l'excès des aac et que les clostridia n'ont rien d'atypique.

- En conclusion atgf et probablement cac et tgg seraient très peu présents chez les 4-8 et seraient une marque de ce type z. Les 4-8 se différencient aussi des 9-23 par leur rareté et parce qu'ils ont très peu de doubles, 121 blocs 9-23 contre 29 4-8. Voir les clostridia et bacilli. La rupture en effectifs est très nette entre les z-8 et les z-9, 6 blocs contre 29.

- Les avant 16s des bacilli: Les 9-23 sont atypiques par leur façon de doubler partiellement et par la présence du ctc dans 10 cas sur 12. Les 4-8 sont absents. Chez les 9-23 atgf a une fréquence moyenne, 5 contre 10 pour une dizaine autres, cac n'existe pas et il y a un seul tgg. Étant donné la particularité des avant 16s cette situation est acceptable mais atgf cac et tgg se retrouvent seulement en minorité.

- Les avant 16s des clostridia: Etant donné les faibles effectifs, on retrouve la comparaison 4-8 / 9-23. Voici ci-dessous la présence de 5 tRNAs atgf cac tgg chez les clostridia. Ceci confirme la nette ressemblance entre les Cz9-23 et les Cz'9-23 et leur différence avec les Cz4-8. Voir la synthèse par clade des x-16s

- Les bascules constatées entre les 9-23 est respectée chez les avant 16s.

- Les tRNAs en gras dans les 3ème tableaux B-C et B-C.2 des intervalles sont les bascules entre z9-23 et z4-8: atgf cac tgg acc aac gta tca gaa.

type z		total aas	tRNA
4-8		17		atgf
4-8 avant	5		néant
9-23		32		atgf cac tgg
9-23 avant	15		atgf

Bascules

total	aa	atgf	cac	tgg	tca	aac	gta	gaa	acc
1060	Z9-23	54	34	27	32	41	60	59	13
176	Z4-8	0	0	0	1	15	16	17	6
-	attendu	9,0	5,6	4,5	5,3	6,8	10,0	9,8	2,2
-	bascule	9,0	5,6	4,5	5,3	2,2	1,6	1,7	2,8
-	écart	3.1	1.0	0.3	-0,2	3.1	-0.1	1,1	0.9
-	sens	d	d	d	d	i	i	i	i

B−C Les tRNA 4-8. Différences significatives avec la référence 9-23

B-C.9 Les tRNA 9-23, la référence, effectifs.
tot				atgf	atgi	5s	cds
1060				54	16
ttc	44	tcc	15	tac	41	tgc	20
atc	32	acc	13	aac	41	agc	20
ctc	5	ccc	2	cac	34	cgt	36
gtc	6	gcc	5	gac	58	ggc	53
tta	29	tca	32	taa		tga
ata		aca	49	aaa	51	aga	14
cta	31	cca	40	caa	42	cga
gta	60	gca	22	gaa	59	gga	40
ttg	16	tcg	3	tag		tgg	27
atgj	27	acg	3	aag	1	agg
ctg	11	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	2	ggg	1

B-C4-8 somme B+C
tot				atgf	atgi	5s	cds
176				0	2	1
ttc	4	tcc	1	tac	9	tgc	1
atc	2	acc	6	aac	15	agc	2
ctc		ccc		cac	0	cgt	7
gtc		gcc		gac	13	ggc	11
tta	2	tca	1	taa		tga
ata		aca	8	aaa	9	aga	3
cta	6	cca	7	caa	9	cga	1
gta	16	gca	5	gaa	17	gga	8
ttg		tcg		tag		tgg	0
atgj	5	acg	3	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	2	ggg

B-C4-8 Différences significatives avec la référence 9-23
tot			atgf		atgi	5s	cds
176	2σ		3.1−0−14.8		-0.6−2−5.9	*
ttc	2−4−12,6	tcc	-0,6−1−5,6	tac	1,7−9−11,9	tgc	-0,3−1−6,9
atc	0,8−2−9,9	acc	-0,8−6−5,1	aac	1,7−15−11,9	agc	-0,3−2−6,9
ctc	-1,0−0−2,6	ccc	-0,8−0−1,5	cac	1,0−0−10,3	cgt	1,2−7−10,8
gtc	-1,0−0−3,0	gcc	-1,0−0−2,6	gac	3,6−13−15,7	ggc	3,0−11−14,6
tta	0,5−2−9,1	tca	0,8−1−9,9	taa	*	tga	*
ata	*	aca	2,6−8−13,7	aaa	2,8−9−14,1	aga	-0,7−3−5,4
cta	0,7−6−9,6	cca	1,6−7−11,7	caa	1,8−9−12,1	cga	*
gta	3,8−16−16,1	gca	-0,1−5−7,4	gaa	3,7−17−15,9	gga	1,6−8−11,7
ttg	-0,6−0−5,9	tcg	-0,9−0−1,9	tag	*	tgg	0,3−0−8,7
atgj	0,3−5−8,7	acg	-0,9−3−1,9	aag	-0,6−0−1,0	agg	*
ctg	-0,9−0−4,5	ccg	-0,8−0−1,5	cag	-0,6−0−1,0	cgg	-0,8−0−1,5
gtg	*	gcg	*	gag	-0,8−2−1,5	ggg	-0,6−0−1,0

B-C blocs longs 4-8 comparaison 9-23

Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 comparaison 9-23

B−C Les tRNA 4-8. comparaison 9-23

B-C4-8 Les tRNA 4-8 / 9-23, l'intervalle réduit.
tot				atgf	atgi	5s	cds
−				-100	130
ttc	50	tcc	160	tac	32	tgc	130
atc	60	acc	-15	aac	-21	agc	115
ctc	100	ccc	100	cac	-100	cgt	53
gtc	100	gcc	100	gac	20	ggc	32
tta	75	tca	20	taa	*	tga	*
ata	*	aca	69	aaa	57	aga	77
cta	60	cca	66	caa	34	cga	*
gta	0	gca	48	gaa	-7	gga	45
ttg	100	tcg	100	tag	*	tgg	-100
atgj	72	acg	-37	aag	100	agg	*
ctg	100	ccg	100	cag	100	cgg	100
gtg	*	gcg	*	gag	-25	ggg	100

B-C 4-8 Pourcentage
tot				atgf	atgi	5s	cds
1000		175		0	11
ttc	23	tcc	6	tac	51	tgc	6
atc	11	acc	34	aac	86	agc	11
ctc		ccc		cac	0	cgt	40
gtc		gcc		gac	74	ggc	63
tta	11	tca	6	taa		tga
ata		aca	46	aaa	51	aga	17
cta	34	cca	40	caa	51	cga	6
gta	91	gca	29	gaa	97	gga	46
ttg		tcg		tag		tgg	0
atgj	29	acg	17	aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag	11	ggg

B-C.8 Les tRNA 9-23, la référence.
tot		b+c		atgf	atgi	5s	cds
1000		1060		51	15	0	0
ttc	42	tcc	14	tac	39	tgc	19
atc	30	acc	12	aac	39	agc	19
ctc	5	ccc	2	cac	32	cgt	34
gtc	6	gcc	5	gac	55	ggc	50
tta	27	tca	30	taa		tga
ata		aca	46	aaa	48	aga	13
cta	29	cca	38	caa	40	cga
gta	57	gca	21	gaa	56	gga	38
ttg	15	tcg	3	tag		tgg	25
atgj	25	acg	3	aag	1	agg	0
ctg	10	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg	0	gcg	0	gag	2	ggg	1

B-C blocs longs bascules z9-23 dans tout type

Lien tableur: B-C blocs longs bascules z9-23 dans tout type
Légende: B9z, bacilli type z9-23. Le type z correspond aux séquences longues après 5s, x avant 16s et z' après 5s dans les blocs avant-16s écrits sous la forme x-16s-z'. Les tRNAs sont regroupés en ceux majoritaires chez les bacilli, à gauche, et ceux majoritaires chez les clostridia.
Note: Dans tous les types les bascules se font dans le même sens malgré les faibles effectifs. Sauf,
- L'anomalie du type Bx9-23 ressort ici avec un effectif très élevé par rapport au taux de cgt des z9-23 sans doublons, 6.

- atgj qui devient majoritaire chez les bacilli Bz4-8 au lieu qu'il le soit chez les clostridia.

B-C. Bascules z9-23 dans tout type
type	ttg	gca	tcc	cgt	atgi	atgj	aga	total	aas
B9z	16	22	14	30	7	14	1	104	709
C9z	0	0	1	6	9	13	13	42	351
B9z‰	23	31	20	42	10	20	1	147	1000
C9z‰	0	0	3	17	26	37	37	120	1000
B9x	0	2	0	13	0	0	0	15	158
C9x	0	0	0	1	0	1	0	2	15
B9z’	néant				néant			0	−
C9z’	0	1	0	0	1	1	1	4	32
B4x-z’	néant				néant
B4z	0	4	1	7	0	5	0	17	93
C4z	0	1	0	0	3	0	3	7	100

B-C blocs longs comparaisons synthèse

Lien tableur: B-C blocs longs comparaisons synthèse
Légende: couleurs cyan comparaison B4-8 / C4-8, rouge B9-23 / C9-23, bleu clair et bleu foncé z9-23 / z4-8 et dans B-C9-4 Cz', jaune inchangés (sauf gac qui est une quasi bascule 5-10, ggc dans B-C9-23 Cz' à la limite de la différence significative), blanc faibles.
- d pour direct et i pour inverse suivi d'un suffixe d4 i4 pour B4-8 / C4-8, d9 i9 pour B9-23 / C9-23, d9-4 i9-4 pour z9-23 / z4-8.
Note: Ajout de la comparaison Bz9-23 Bx9-23 avec les symboles dx ix. Effectifs 709/123. Les propres et forts à cette comparaison sont ctc agc, suivent forts par leurs absence tac cac, et enfin, avec une faible différence significative, cgt cca gga.

B-C. Les bascules des comparaisons 9-23 4-8
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
709	351	93	100	d9-4	i9
ttc		tcc	d9	tac	dx	tgc
atc		acc	i9-4 d4	aac	i9-4	agc	ix
ctc	ix	ccc		cac	d9-4 dx	cgt	d9 ix
gtc		gcc		gac	i4	ggc	d9
tta		tca	d9-4	taa	*	tga	*
ata	*	aca		aaa		aga	i9
cta		cca	d4 ix	caa	i4	cga	*
gta	i9-4	gca	d9	gaa	i9-4 i4	gga	i4 ix
ttg	d9	tcg		tag	*	tgg	d9-4
atgj	i9 d4	acg		aag		agg
ctg		ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

B-C blocs longs Cz'

B-C blocs longs Cz' B-C9-23

Lien tableur: B-C blocs longs Cz’ B-C9-23
Légende: pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence
Note: z' correspondent aux z des avants 16s, x-16s23s5s-z'. Ils n'existent que chez les clostridia de cette étude, ce sont 2 clusters du génome cd112 d'un total de 32aas.
- 2σ est calculé comme suite, (RACINE(383*(x/709)*(1-x/709)))*2. Les bornes sont x*383/709 ± 2σ pour l'estimation des clostridia et x*709/383 ± 2σ pour celle des bacilli à l'effectif nul. Ces derniers sont coloriés en vert pour les différencier des bacilli et n'ont pas de différence significative.

- Les différences significatives sont en cyan clair.

- Les clostridia se distinguent aussi par l'abondance des tRNAs rares que sont ccc, cga et xcg xag xgg (tableau B-C.2).

- Les différences significatives les plus emblématiques sont
. aga gca ttg avec respectivement 12.0 4.1 2.8 d'écart avec la borne la plus proche et avec les valeurs attendues 1 14/0.5 22 1/12 16 0/9. Les bascules sont fortes de sens B vers C (d) ou l'inverse (i), respectivement i 28 d 12 d 9.

. 5 autres tRNAs suivent, le tout trié sur l'écart: 2 directs, cgt tcc, et 2 inverses atgi atgj, voir le tableau des bascules en bas de Note. Le 5ème tRNA est gcc, je ne l'ai pas détaillé car il est rare dans tous les types de cluster, sa somme ici des bacilli et des clostrida n'est que de 5 comme ctc et 6 pour gtc. La somme la plus faible parmi les tRNAs du référentiel (jaunes et rouges) est de 11 pou ctg. Il faut remarquer que les atg vont dans le même sens, que tcc a une forte bascule qu'il faudrait confirmer et que ggc est à la limite de la différence significative avec un écart de 0.01; ggc n'est pas dans le référentiel (rouge), tableau B-C.6, où il est limite avec un écart de 0.4.

- Bascules

aa	aga	gca	ttg	cgt	atgi	tcc	atgj	ggc
B709	1	22	16	30	7	14	14	41
attendu	0,5	11,9	8,6	16,2	3,8	7,6	7,6	22,1
C383	14	1	0	6	10	1	14	13
écart	12,0	4,1	2,8	2,3	2,3	1,1	1,0	0.01
									
sens	i	d	d	d	i	d	i	d
bascule	28,0	11,9	8,6	2,7	2,6	7,6	1,8	1,7

B-C blocs longs Cz' B-C9-23

B-C.1 bacilli. Blocs longs Cz' B-C9-23
tot	45#			atgf	atgi	5s	cds
709				34	7
ttc	27	tcc	14	tac	27	tgc	15
atc	24	acc	9	aac	28	agc	13
ctc	4	ccc		cac	24	cgt	30
gtc	3	gcc	1	gac	37	ggc	41
tta	19	tca	24	taa		tga
ata		aca	33	aaa	32	aga	1
cta	20	cca	28	caa	29	cga
gta	39	gca	22	gaa	38	gga	23
ttg	16	tcg	2	tag		tgg	21
atgj	14	acg	2	aag		agg
ctg	7	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg	1

B-C.2 clostridia. Blocs longs Cz' B-C9-23
tot	23#			atgf	atgi	5s	cds
383				21	10
ttc	18	tcc	1	tac	15	tgc	6
atc	9	acc	4	aac	14	agc	8
ctc	1	ccc	2	cac	11	cgt	6
gtc	3	gcc	4	gac	23	ggc	13
tta	11	tca	9	taa		tga
ata		aca	18	aaa	21	aga	14
cta	12	cca	13	caa	14	cga
gta	23	gca	1	gaa	23	gga	18
ttg	0	tcg	1	tag		tgg	7
atgj	14	acg	1	aag	2	agg	1
ctg	4	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	2	ggg	0

B-C.3 différences significatives. Blocs longs Cz' B-C9-23
tot	23#		atgf		atgi	5s	cds
383	2σ		10_21_26.7		-0.1_10_7.7
ttc	7.1_18_22.1	tcc	2.1_1_13	tac	7.1_15_22.1	tgc	2.5_6_13.7
atc	5.9_9_20	acc	0.5_4_9.2	aac	7.5_14_22.7	agc	1.8_8_12.3
ctc	-0.8_1_5.1	ccc	-0.1_0_7.5	cac	5.9_11_20	cgt	8.3_6_24.1
gtc	-0.9_3_4.2	gcc	-0.9_4_2	gac	11.3_23_28.7	ggc	13_13_31.3
tta	3.9_11_16.6	tca	5.9_9_20	taa		tga
ata		aca	9.6_18_26.1	aaa	9.2_21_25.4	aga	-0.9_14_2
cta	4.3_12_17.3	cca	7.5_13_22.7	caa	7.9_14_23.4	cga
gta	12.1_23_30	gca	5.1_1_18.7	gaa	11.7_23_29.3	gga	5.5_18_19.4
ttg	2.8_0_14.5	tcg	-1_1_3.2	tag		tgg	4.7_7_18
atgj	2.1_14_13	acg	-1_1_3.2	aag	-0.1_0_7.5	agg	-0.9_0_4.6
ctg	-0.1_4_7.7	ccg	-0.1_0_7.5	cag	-0.9_0_4.6	cgg	-0.1_0_7.5
gtg		gcg		gag	-0.1_0_7.5	ggg	-0.9_0_2

B-C blocs longs Cz' B-C9-4

Lien tableur: B-C blocs longs Cz’ B-C9-4
Légende: pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8. Pour les différences significatives j'ai gardé les mes couleurs sauf pour les astérisques * qui sont les tRNAs absents des 9-23 et sont donc non comparables. Dans ce dernier tableau le cyan souligne la différence significative, cad une valeur de 4-8 en dehors de l'intervalle de confiance.
Les effectifs: Le total z+z' des 9-23 est égal à 1060 des z9-23 des B+C et 32 des z'9-23 de C. Soit 1092. Le total z+z' des 4-8 est égal à 93 des z pour B et 83 des z pour C auxquels il faut ajouter 17 des z' pour C. Soit 193.
Clostridia C4-8 total C100:
- Les tRNAs en gras dans le 3ème tableau des intervalles de confiance sont les bascules entre z9-23 et z4-8: atgf cac tgg acc aac gta tca gaa.
Bascules

total	aa	atgf	cac	tgg	tca	aac	gta	gaa	acc
1092	Z9-23	55	35	28	33	42	62	61	13
193	Z4-8	1	0	0	1	17	18	19	6
-	attendu	9,7	6,2	4,9	5,8	7,4	11,0	10,8	2,3
-	bascule	9,7	6,2	4,9	5,8	2,3	1,6	1,8	2,6
-	écart	2,6	1,3	0,6	0,1	4,2	0,6	1,8	0,7
-	sens	d	d	d	d	i	i	i	i

B-C blocs longs Cz' B-C9-4

B-C.1 z9-23. Blocs longs Cz' B-C9-4
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
1092				55	17
ttc	45	tcc	15	tac	42	tgc	21
atc	33	acc	13	aac	42	agc	21
ctc	5	ccc	2	cac	35	cgt	36
gtc	6	gcc	5	gac	60	ggc	54
tta	30	tca	33	taa		tga
ata		aca	51	aaa	53	aga	15
cta	32	cca	41	caa	43	cga
gta	62	gca	23	gaa	61	gga	41
ttg	16	tcg	3	tag		tgg	28
atgj	28	acg	3	aag	2	agg	1
ctg	11	ccg	2	cag	1	cgg	2
gtg		gcg		gag	2	ggg	1

B-C.2 z4-8. Blocs longs Cz' B-C9-4
tot	Bx			atgf	atgi	5s	cds
193				1	3	1
ttc	5	tcc	1	tac	11	tgc	1
atc	2	acc	6	aac	17	agc	2
ctc	0	ccc	0	cac	0	cgt	7
gtc	0	gcc	0	gac	15	ggc	11
tta	3	tca	1	taa		tga
ata		aca	10	aaa	10	aga	3
cta	6	cca	7	caa	9	cga	1
gta	18	gca	5	gaa	19	gga	8
ttg	0	tcg	0	tag		tgg	0
atgj	5	acg	3	aag	0	agg	0
ctg	0	ccg	0	cag	0	cgg	0
gtg		gcg		gag	2	ggg	0

B-C.3 différences significatives. Blocs longs Cz' B-C9-4
tot			atgf		atgi	5s	cds
193	2σ		3,6−1−15,8		-0,4−3−6,4
ttc	2,4−5−13,5	tcc	-0,6−1−5,9	tac	2,1−11−12,8	tgc	-0,1−1−7,5
atc	1,1−2−10,6	acc	-0,7−6−5,3	aac	2,1−17−12,8	agc	-0,1−2−7,5
ctc	-1,0−0−2,8	ccc	-0,8−0−1,5	cac	1,3−0−11,1	cgt	1,4−7−11,3
gtc	-1,0−0−3,1	gcc	-1,0−0−2,8	gac	4,3−15−16,9	ggc	3,5−11−15,6
tta	0,8−3−9,8	tca	1,1−1−10,6	taa		tga
ata		aca	3,2−10−14,9	aaa	3,4−10−15,3	aga	-0,6−3−5,9
cta	1,0−6−10,3	cca	2,0−7−12,5	caa	2,2−9−13,0	cga
gta	4,5−18−17,4	gca	0,1−5−8,1	gaa	4,4−19−17,2	gga	2,0−8−12,5
ttg	-0,5−0−6,2	tcg	-0,9−0−2,0	tag		tgg	0,6−0−9,3
atgj	0,6−5−9,3	acg	-0,9−3−2,0	aag	-0,8−0−1,5	agg	-1,0−0−1,0
ctg	-0,8−0−4,7	ccg	-0,8−0−1,5	cag	-0,7−0−1,0	cgg	-0,8−0−1,5
gtg		gcg		gag	-0,8−2−1,5	ggg	-0,7−0−1,0

Autres firmicutes

Autres firmicutes blocs

Lien tableur: Autres firmicutes blocs
Légende:
- 16s, nombre de 16s taas, total tRNAs avec, avec rRNA sans, sans rRNA tpage, total de la page correspondant à une en-tête av16s, avec des tRNAs avant 16s. Pour contrôle, tpage plus le nombre d' incomplets de Notes doit être égal au 16s de fin d'en-tête

- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

Autres firmicutes

Erysipelotrichia et Lactobacillales
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	en002-3					Notes
en002	3*16s23s5s	3	53	0	53			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca
	5s						sans	3				1-3
							1-3	1				16s23s5s-cds-tgc-taa
							4-8
en003	16s23s5s-cds-tgc-taa	1	40	2	38		9-23					cds
							24-43					16s23s5s-cds-tgc-taa
total			93	2	91	4	total	4	0	0	0
												5s en trop
												5s

Negativicutes
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	en004-9					Notes
en004	16s23s5s	7	77	63	14			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca
	16atcgca235-9aas						sans	16	4		3	1-3
	2*16atcgca235-12aas						1-3	3	2			16s23s5s-cds-tac-caa
	16235-19aas						4-8					16235-aac-gaa-acg
	16s23s5s-cds-tac-caa						9-23	1	3			16atcgca235-tgg-cgt
	16235-aac-gaa-acg						24-43					16atcgca235-aac
						32	total	20	9	0	3	16s23s5s-aac

en005	4*16s23s5s	6	60	4	56							5s en trop
	2*16atcgca235											16s23s5s-5s
												5s
en006	3*16s23s5s	3	53	0	53

en008	4*16s23s5s	7	65	6	59
	2*16-gca-235
	16atcgca235-tgg-cgt

en009	3*16s23s5s	9	77	9	68
	16s23s5s-aac
	16atcgca235-aac
	2*16atcgca235
	16-gca-235
	16s23s5s-5s
		36
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	en010-13					Notes
en010	6*16s23s5s	15	99	28	71			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca
	3*16atcgca235						sans	15	4	1	1	1-3
	16-gca-235						1-3	2	2	1	1	16-gca-235-aac
	16s23s5s-5s						4-8					16-gcaatc-235-cac-tgg-agc
	16-gca-235-aac						9-23	1		1		16atcgca235-aac
	16atcgca235-aac						24-43					16atcgca235-tgg-cgt
	16s23s5s-acc					29	total	18	6	3	2	16s23s5s-acc
	16s-23s°											16s23s5s-cac-tgg
	gga-5s-5aas-ncRNA-9aas
												incomplets
en011	4*16s23s5s	7	73	20	53							16s23s
	16-gcaatc-235-cac-tgg-agc											16s-23s°
	16-gcaatc-2355-13 aas
	16s23s											5s en trop
												16s23s5s-5s
en012	16s23s5s	4	55	16	39							gga-5s-5aas-ncRNA-9aas
	16-gca-atc-235											16-gcaatc-2355-13 aas
	16s23s5s-cac-tgg
	16s23s5s-12aas

en013	2*16s23s5s	4	49	6	43
	16atcgca235
	16atcgca235-tgg-cgt

		30
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total pages	total					Notes
9	Total		608	152	456			16s23s5s	atcgca	gcaatc	gca
							sans	31	8	1	4
							1-3	5	4	1	1
	Moyenne		68	17	51		4-8	0	0	0	0
	ecartype		16	19	17		9-23	2	3	1	0
	max		99	63	71		24-43
	min		49	0	14	61	total	38	15	3	5

autres firmicutes notes

Notes: § pour Erysipelotrichia et Lactobacillales

   1-3			 		   9-23
16s23s5s-cds-tgc-tta§ 			16atcgca235-9aas
16s23s5s-cds-tac-caa			2*16atcgca235-12aas
2*16s23s5s-aac 				16-gcaatc-2355-13aas
16235-aac-gaa-acg			16235-19aas
16s23s5s-cac-tgg			16s23s5s-12aas
16-gca-235-aac		 		gga-5s-5aas-ncRNA-9aas
16-gcaatc-235-cac-tgg-agc			
2*16atcgca235-aac			   incomplets
2*16atcgca235-tgg-cgt			16s23s
			 		16s-23s°
   cds			
16s23s5s-cds-tgc-tta§ 			   5s en trop
16s23s5s-cds-tac-caa			2*16s23s5s-5s
			 		gga-5s-5aas-ncRNA-9aas
			 		16-gcaatc-2355-13aas
			 		5s§

negativicutes typage

negativicutes type 16-y-235 après 16s

Type
Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.

Type		tableau	incomplet	total	%
16s23s5s	38	1		39	65
atcgca		18			18	30
gca		3			3	5
total		59	1		60	100

negativicutes type 16235-z après 5s

negativicutes 1-3

Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.

tRNA	total	%			type		total	%
aac	6	30			aac		5	45
tgg	4	20			tgg-cgt		2	18
cac	2	10			cac-tgg		1	9
cds	1	5			cds-tac-caa	1	9
cgt	2	10			aac-gaa-acg	1	9
acg	1	5			cac-tgg-agc	1	9
agc	1	5					11	100
caa	1	5					
gaa	1	5					
tac	1	5					
	20	100

negativicutes 4-8

Néant

negativicutes 9-23

Lien tableur: negativicutes 9-23
Légende: pour les couleurs voir le tableau référence.
Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets et le tableur ci-dessus.
Notes: 7 blocs
- 2 blocs identiques appartenant au même génome en004 16s-atcgca-23s5s-12aas

- puis 16s-atcgca-23s5s-9aas, 16s23s5s-12aas, 16s23s5s-19aas

- un bloc avec 5s en plus, 16s-gcaatc-23s5s-5s-13aas

- un bloc icomplet gaa-5s-5aas-ncRNA-9aas, ce 5s n'est pas dans le décompte.

NA9-23. Negativicutes z9-23

NA9-23. Effectifs
tot	NA			atgf	atgi	5s	cds
93				3	1	1
ttt		tct		tat		tgt
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc	6	tcc	2	tac	3	tgc	2
atc	1	acc		aac	5	agc	2
ctc	2	ccc		cac	3	cgt	4
gtc		gcc		gac	7	ggc	3
tta	4	tca	1	taa		tga
ata		aca	5	aaa	5	aga
cta	1	cca	2	caa	5	cga
gta	7	gca		gaa	5	gga	4
ttg	2	tcg		tag		tgg	2
atgj	1	acg		aag	2	agg
ctg	2	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

NA9-23. pourcentages
tot	NA			atgf	atgi	5s	cds
1000	93			32	11	11
ttt		tct		tat		tgt
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc	65	tcc	22	tac	32	tgc	22
atc	11	acc		aac	54	agc	22
ctc	22	ccc		cac	32	cgt	43
gtc		gcc		gac	75	ggc	32
tta	43	tca	11	taa		tga
ata		aca	54	aaa	54	aga
cta	11	cca	22	caa	54	cga
gta	75	gca		gaa	54	gga	43
ttg	22	tcg		tag		tgg	22
atgj	11	acg		aag	22	agg
ctg	22	ccg		cag		cgg
gtg		gcg		gag		ggg

negativicutes type x-16235 avant 16s

Néant

Synthèse firmicutes

Caractérisation des clusters à rRNAs, 16s-y-23s5s, par la présence des gènes tRNAs, y, entre 16s et 23s.

Les liens internes: bacilli, sous tableaux bz1 bz2; clostridia, sous tableaux c1 c2 c3; negativicutes. À partir de ces liens on peut remonter aux liens des tableaux des décomptes des blocs à la base de ces sous tableaux.
Caractérisation par la présence des tRNAs y: 1635 pour un cluster sans y, av pour les clusters ayant des tRNAs avant 16s et pour le reste voir les liens internes ci-dessus.
- Conclusion: Les clostridia et les negativicutes sont semblables avec 1/3 de y alors que les bacilli ont 1/5 de y.

y1. Présence des y dans les clusters 16s-y-23s5s
	clostridia		bacilli		negativicutes
effectifs	1635	y	1635	y	1635	y
sans av	149	73	212	43	38	23
avec av	8	6	16	2
autres	3	13		15
incomplet	5	7			1
total	165	99	228	60	39	23
%	63	37	79	21	63	37

Caractérisation par les aas portés par les tRNAs y:
- Conclusion: là ce sont les clostridia qui diffèrent des bacilli et negativicutes qui sont semblables. Le tRNA y peut avoir 2 aas, atc-gca dans la majorité dans cet ordre ou seulement 1 seul atc ou gca. Les clostridia se distinguent donc des 2 autres clades par 1/2 de atcgca contre 3/4 et en plus ils ont 1/4 des aas solitaires différents de atc et gca, ggc et atgf (codon atg de formyl-Met).

y2. Les aas portés par les tRNAs y
y	clostridia			bacilli		negativicutes
effectifs	atcgca	atc,gca	gcc,atgf	atcgca	atc,gca	atcgca	atc,gca
sans av	38	35	-	43	-	18	5
avec av	4	1	1	1	1
autres	4	0	9		15
incomplet	5	2	0
total	51	38	10	44	16	18	5
%	52	38	10	73	27	78	22
détail		12 atc	2 atgf		1 atc		0 atc
-		26 gca	8 gcc		15 gca		5 gca

Caractérisation par les tRNAs externes x et z, des clusters x-16s-y-23s5s-z

Longueurs des chaînes des aas portés par les tRNAs x et z

Les liens internes: bacilli, sous tableaux bz1 bz2; clostridia, sous tableaux c1 c2 c3; negativicutes. À partir de ces liens on peut remonter aux liens des tableaux des décomptes des blocs à la base de ces sous tableaux.
Les chaînes z
- Les longueurs sont, 1-3, de 1 à 3 aas; 4-8, 4 à 8 aas; 9-23, 9 à 23 aas et plus.

- z' c'est la chaîne z dans un cluster x-16s23s5s-z, donc avec une chaîne x avant le 16s. Avec la comparaison des fréquences des aas des z et z' que je détaillerai plus loin, j'ai décidé de les additionner comme si c'était des chaînes z.

- Conclusion: Clostridia et bacilli diffèrent par les z1-3 et les z9-23, respectivement 38% 9% pour clostridia et inversement 8% 37% pour bacilli. Leurs clusters sans z sont égaux entre eux de même pour les z4-8. Les Negativicutes se rapprochent des clostridia par leurs z1-3 et les z9-23 avec respectivement 18% 10% contre 42% 9%, mais diffèrent des clostridia et des bacilli par les sans z, 72% contre 42 et 48%. Peut-être ce pourcentage est dû aux faibles effectifs.

z1. Les longueurs des chaînes z en aas
z effectifs	sans z	1-3	4-8	9-23	total	notes
Clostridia	118	94	16	24	252	avec les z’ des av-16s
incomplets	4	7		1	12
total clostridia	122	101	16	25	264
Bacilli	139	22	21	106	288	avec les z’ des av-16s
Negativicutes	44	11	0	6	61
z pourcents
Clostridia	42	38	6	9	264
Bacilli	48	8	7	37	288
Negativicutes	72	18	0	10	61

Les chaînes x avec leurs chaînes z'
- Conclusion: Encore les Clostridia et Bacilli diffèrent par les x1-3 et les x9-23, respectivement 12/14 x1-3 pour les clostridia et 12/18 x9-23 pour les bacilli.

x1. Les longueurs des chaînes x et z' en aas
av-16s x	x 1-3				x 4-8	x-9-23
ap-5s z’	sans z’	z’ 1-3	z’4-8	z’9-23	4-8	sans z’	z’ 1-3
Clostridia	4	4	2	2	1	1
Bacilli	1	5				2	10
Negativicutes	Les clusters x-16s23s5s n’existent pas

Caractérisation des classes de longueur par les aas portés par les tRNAs x et z

Notices:
- Quelquefois j'ai mis "cds" comme un élément à l'intérieur du cluster et je l'ai décompté dans les tableaux. Ici ce "cds" est compté comme un intercalaire et donc ne fait plus partie des effectifs.

- J'ai décompté, dans les décomptes originaux des blocs, les 5s en trop dans un cluster entier. Quelquefois le 5s n'est pas en trop mais il ne fait pas suite au 23s. Il en est séparé par un aa, je considère le cluster alors comme normal. Par exemple un cluster x-16s-y-23s-aa1-5s-aa2 est compté comme un z1-3 ou z4-8, z9-23 si la chaîne z est plus longue.

Firmicutes z9-23

Lien tableur: Firmicutes z9-23
Liens internes: bacilli, clostridia, negativicutes.
Légende du tableau:
- Couleurs, rouge pour les codons qui basculent entre bacilli et clostridia, jaune pour décors et cyan pour ressortir une faiblesse.

- Codons faibles, 4 xxc: ctc ccc gtc gcc, 11 xxg: gtg xcg xag xgg sauf tgg tag, cga tga ont été toujours absents.

- Effectifs: en dernière ligne du second tableau, eff.
Notices:
- Nombre de génomes étudiés: 32 bacilli, 43 clostridia, 9 negativicutes

- Nombres de blocs 16s: bacilli 288, clostridia 252 + 12 16s23s + 8 16s, negativicutes 61 + 1 16s23s + 1 16s.

- Blocs par génome: bacilli 288/32 = 9.0, clostridia 272/43 = 6.3, negativicutes 63/9 = 7.0.
- Total z9-23 de 9 tRNAs à 23 et plus
- Bacilli: avec les blocs en double, 97 blocs et 1471 tRNAs; sans les doubles, 45 blocs et 709 tRNAs
- Clostridia: avec les blocs en double, 24 blocs et 421 tRNAs; sans les doubles, 21 blocs et 351 tRNAs
- Negativicutes: avec les blocs en double, 7 blocs et 93 tRNAs; sans les doubles, 6 blocs et 81 tRNAs
- Comparaison avec les x9-23 des bacilli, colonne Bx9-23, et avec les z'4-23 des clostridia dans x-16s23s5s-z', colonne Cz'4-23. Les negativicutes n'ont pas de blocs avant 16s.
Note pour baicilli et clostridia: je les ai comparés avec et sans doublons dans le tableau des différences significatives. C'est ce qui m'a permis de colorier en rouge les 7 bascules des tRNAs: 4 forts chez les bacilli et faibles chez les clostridia, gca cgt tcc ttg, et dans l'autre sens, atgi atgj aga. Les autres tRNAs ne sont pas significativement différents. Dans le tableau ci-dessous, comparant les Bz9-23 Cz9-23 Nz9-23 Bx9-23 Cz'4-23, j'ai séparé les tRNAs représentés par un seul codon dans le 1er sous-tableau, et dans le tableau de droite les tRNAs forts à plusieurs codons suivis des tRNAs à faibles effectifs. Le tableau de gauche est trié sur les bacilli croissants ce qui me permet de repérer rapidement les différences avec les 4 autres colonnes et de regrouper les faibles fréquences, en jaune, des fortes fréquences, en blanc.
Note pour negativicutes: malgré un effectif total faible de 93 ils se comportent en bascules comme pour les bacilli, cgt tcc ttg forts et atgi atgj aga faibles, mais comme les clostridia, gca nul. Deux tRNAs sont devenus forts par rapport aux bacilli, tta et gga. Le gca nul peut-il être du à la faiblesse des effectifs comme gga tta? La bascule vers clostridia semble plus crédible car les 3 tRNAs ont le même ordre de grandeur chez les bacilli alors que gca devient nul chez les negativicutes quand gga et tta restent du même ordre de grandeurs dans les 2 autres clades.

z9-23. Comparaison entre les tRNAs z9-23 des firmicutes ‰

z9-23. Codon simples forts
tRNA	bacilli	clostri	negativ	Bx9-23	Cz'4-23
atgi	10	26	11	0	29
atgj	20	37	11	0	29
tgc	21	14	22	0	43
tgg	30	17	22	8	14
gca	31	0	0	16	14
cac	34	28	32	0	14
atc	34	23	11	24	14
ttc	38	48	65	8	43
tac	38	40	32	0	58
aac	39	37	54	73	58
cca	39	34	22	81	14
caa	41	37	54	73	29
aaa	45	54	54	73	58
atgf	48	57	32	24	43
gac	52	60	75	81	72
gaa	54	60	54	73	72
gta	55	60	75	57	72

z9-23. Codons multiples forts
tRNA	bacilli	clostri	negativ	Bx9-23	Cz’4-23
aga	1	37	0	0	14
cgt	42	17	43	81	14
gga	32	34	43	65	14
ggc	58	48	32	24	58
acc	13	11	0	0	0
aca	47	46	54	16	58
agc	18	20	22	65	29
tcc	20	3	22	0	0
tca	34	23	11	16	14
ctg	10	11	22	0	14
ttg	23	0	22	0	0
tta	27	28	43	24	29
cta	28	31	11	49	14
codons faibles
4xxc	11	29	22	57	29
11xxg	7	30	22	0	29
eff	709	351	93	123	69

Firmicutes x9-23

Différences en effectifs de blocs:
- J'ai déjà montré que les bacilli se différencient des clostridia par le rapport inverse des blocs courts sur les blocs longs avec des totaux équivalents, 252 et 288. Mais cette inversion existe aussi entre les x et les z' longs des blocs x-16235-z'. Ainsi ces blocs représentent 11% du total des blocs longs chez les 2 clades mais avec 11% de x et 0% de z' chez les bacilli contre respectivement 4% et 7% chez les clostridia et en effectifs 12/0 et 1/2. Il serait très difficile d'affirmer cette inversion avec des effectifs aussi faibles chez les clostridia. Pour arriver à un effectif de 12 x longs chez les clostridia il faudrait faire le décompte de 500 génomes au moins.

- Cette rareté du x long du clostridia est accompagnée par une caractéristique rare des clusters à rRNAs, celle des clusters 16s-5s-23s: Chez les bacilli il y en a 6 pour un total de 288 dont 3 sont longs z9-23 et chez les clostridia 23 pour un total de 264 dont 2 longs, un x9-23 et un z9-23. Voir bacilli, sous tableaux bz1 bz2; clostridia, sous tableaux c1 c2 c3.

type	Bz	Cz	Nz	Bx	Cx	Nx	Bz’	Cz’	Nz’	 clade	B 	C 	N  	clade		B 	C 	N
tblocs	97	24	7	12	1	0	0	2	0	 x %	11	4	0  	genomes		32	43	9
dblocs	45	21	6	9	1			2		 z’%	0	7	0  	blocsL		109	27	7
% diff	46	88	86	75	100			100		 z %	89	89	100  	blocsL/gen	3.4	0.6	0.8

Différences en effectifs de tRNAs:
- Le plus important dans ce paragraphe c'est l'importance des blocs doublons pour la comparaison entre fréquences des tRNAs que je vois au paragraphe suivant.
- Les bacilli z9-23: il y a quasiment doublement de tous les tRNAs, 1470 contre 709 différents, avec un doublement des blocs, 97 contre 45. Cependant j'ai comparé les pourcentages des totaux avec ou sans doublons et il en ressort 8 tRNAs qui franchement augmentent ou diminuent: tta -11% aca -9% gca -8% gta -7% gga +7% aac -5% gac +5% atc +5%.
- Les bacilli x9-23: A peine 22% de doublement, 158 contre 123 différents, avec 3 blocs doubles sur 12. Les doublons sont 3 fois [aac agc gaa gta gac caa aaa ctc cgt cca gga] et 2 fois atgf.
- Les clostridia z9-23: 3 blocs doubles sur 24 et 17% des tRNAs doubles, 421 contre 351 différents. Je n'ai pas repérés les tRNAs qui varient le plus.

type	Bz	Cz	Nz	Bx	Cx	Nx	Bz’	Cz’	Nz’
t-tRNAs	1471	421	93	158	15	0	0	31	0
d-tRNAs	709	351	81	123	15			31	
% diff	48	83	87	78	100			100

Différences en fréquences des tRNAs: Note pour les blocs avant Bx9-23 et Cz'4-23:
- Les 9 génomes des negativicutes n'ont pas donné de blocs avant 16s.

- Les blocs avant des bacilli, colonne Bx9-23 du tableau des fréquences.
+ Les blocs avant des bacilli sont homogènes puisqu'ils sont tous des x-16 longs de 9 à 23 comme leurs z9-23. Les Bx9-23 se comportent comme les z9-23, avec les bascules gca cgt forts et atgi atgj aga faibles. Le faible effectif de 123 explique les zéros de ttg et tcc. Cependant les Bx9-23 se distinguent par 4 tRNAs qui changent drastiquement des z9-23 aux x9-23, tac cac sont nuls et ttc réduit à un, par contre ctc (le seul représentant des 4xxc) a un effectif de 7 (57‰), tout à fait à l'inverse des z9-23. Respectivement, en ‰, j'ai 38 34 38 4 en z9-23 contre 0 0 8 57 en x9-23. Quand j'ai comptabilisé les doublons l'effectif de ctc est renforcé à 10 pour un total de 158 alors que tac cac et ttc restent nuls. Pour les z9-23 en passant de 709 à 1471 l'effectif de ctc ne change pas et reste à 3 et les taux de tac cac ttc ne changent pratiquement pas, c'est-à-dire que leurs effectifs sont doubles comme le total.

+ Les fréquences des tRNAS des bacilli x9-23 sont en grande partie significativement différents des z9-23: Dans le tableau des différences significatives sans doublons (123/709) je retrouve les différences visuelles citées précédemment, tac cac ctc, mais pas ttc. Par contre les écarts les plus forts par rapport aux bornes se retrouvent dans ctc et agc. Les écarts faibles sont au nombre de 5, tac cac cgt gga cca. Quand je tiens compte des doublons (158/1471) apparaissent 5 nouvelles différences, caa aca gac ggc ttc. Donc avec un total de 12 différences significatives les Bx9-23 apparaissent nettement différents des Bz9-23 d'autant plus qu'avec les doublons les différences significatives montrent les tRNAs qui ne doublent pas et cela concerne même les pourcentages les plus élevés, sur 16 tRNAs Bz9-23, à partir de 34‰, 9 sont significativement différents des Bx9-23: cac tac ttc gac caa cca et cgt gga ggc.

- Les blocs avant des clostridia, colonne Cz'4-23 du tableau des fréquences.
+ Les blocs avant longs des clostridia ne comportent que 2 x-16 et 6 z'4-23. L'effectif de 69 regroupe ces blocs, à prédominance z' donc. Ce groupe se comporte comme les z9-23 des clostridia avec un effectif de 351, même bascules (rouges) et même hiérarchie des pourcentages. Cependant il y a un excès de tgc avec 44‰ contre 14‰ et une faiblesse de cca 14‰ contre 34‰ ainsi que aga 14‰ contre 37‰. Le cas de gca est emblématique du rôle que joue le 5s comme tRNA, dans le cluster tcg-16s23s-gca-5s-12aas gca devrait se trouver entre 16s et 23s ou bien avec les 12aas. Est-ce là la cause de la non bascule de gca alors que les tRNAs des blocs avant des clostridia ressemblent à ceux des clostridia z9-23, notamment avec les 6 autres bascules (rouge)?
x9-23 discussion:
- Problématique du processus de création des blocs avant 16s: Après avoir analysé plusieurs génomes, la constance des clusters 16s-y-23s5s-z, les cassures et les réaménagements de ces blocs dans plusieurs couples de génomes proches dont l'un des 2 a subi beaucoup d'accidents, je me suis posé la question: est-ce que les blocs x-16s23s5s ne seraient pas un changement du x en z, 16s23s5s-z? C'est ainsi que j'ai étudié le couple cdc/cdc8 chez les clostridia et le couple bsu/lmo chez les bacilli. Et pour renforcer les typages j'ai intégré les blocs avant 16s avec les 16s en changeant le x en z: pour les clostridia les x-16s sont dans la 2ème ligne du tableau des notes et les inverses dans la dernière de ce tableau. Et j'obtiens le tableau de typage intégrant ces inversions.

- Le processus de la création des x9-23 chez les bacilli est nettement différent de celui des z9-23: C'est l’absence de certains tRNAs (tac cac ttc), l'abondance de certains d'autres (agc gga cca) et la présence de nouveaux (ctc) dans les x9-23 par rapport aux z9-23 qui prouvent que les x9-23 ne sont pas une inversion des z9-23. Les différences statistiques sont faites avec des effectifs sans doublons. Si je tiens compte du processus des doublons il y a, en tout, 12 tRNAs significativement différents.

- Cependant 10 des 12 x9-23 ont tous pour z' le couple atgf-gac dans cet ordre, couple que je retrouve dans cet ordre et non séparés dans 27 blocs z9-23, contre 8 blocs sans aucun des 2 tRNAs et 10 avec 1 seul tRNA ou les 2 tRNAs atgf et gac séparés par au moins 2 autres tRNAs différents. Chez les clostridia ce couple existe dans les z9-23, mais sur 21 blocs 1 seul bloc a le couple contigu, 16 blocs ont le couple mais les 2 tRNAs sont séparés par au moins 2 autres tRNAs différents. Enfin 2 blocs n'ont ni gac ni atgf et 2 autres ont 1 seul gac. Chez les Bx9-23, sur les 9 blocs différents, 3 ont le couple contigu, 5 n'ont qu'un seul tRNA gac et un ni atgf ni gac. Donc ce couple atgf-gac contigu, emblématique des blocs longs 9-23 chez les clostridia et les bacilli se comporte nettement différemment entre Bz9-23 et Bx9-23 puisque sur 45 blocs Bz9-23 différents, 37 ont le couple, contigu ou non, 8 blocs n'ont aucun des 2 tRNAs; alors que chez les 9 blocs Bx9-23 différents le rapport est l'inverse, 3 avec le couple contigu et 6 avec pas plus d'un seul tRNA, 5 gac et 1 sans.

- Les avants blocs des clostridia renforce cette idée: car les clostridia s'opposent dans les décomptes des z1-3/z9-23, dans les bascules des 7 tRNAs rouges et dans les x/z'. Pour les bascules, les x9-23 des bacilli ressemblent par les bascules aux z9-23 mais différent par les autres tRNAs; pour les clostridia les z'9-23 ressemblent en bascules et en tout tRNA aux z9-23. Les bacilli n'ont pas de z'9-23 et le seul x9-23 des clostridia est accompagné d'un processus encore plus complexe, celui de la création des 16s-5s-23s (cluster 15aas-16s5s23s). Ce dernier processus touche tous les types et j'ai 6 chez les bacilli et 23 chez les clostridia. Il faut ajouter le comportement différent des 2 clades par rapport au couple atgf-gac contigu, dans les chaînes longues 9-23 et dans les chaînes courtes 1-3.

- Les negativicutes: Chez les negativicutes sur 6 blocs différents, 1 a 2 atgf-gac contigu, 4 ont gac seul et 1 ni l’un ni l'autre.

- Pour consolider cette idée il faudrait décompter plusieurs centaines de génomes de clostridia en plus. Les décomptes sont faits sur les blocs sauvegardés dans le tableur de chaque clade.

Firmicutes z4-8

Liens internes: bacilli clostridia comparaison avec 9-23
La comparaison entre Bz4-8 et Cz4-8 montre que tous les tRNAs sont équivalents, il n'y a pas de différences significatives. Par ailleurs les tRNAs rouges se comportent normalement par rapport à leur origine, bacilli ou clostridia. Les bascules sont conservées dans le même sens entre Bz4-8 et Cz4-8 qu'entre Bz9-23 et Cz9-23 sauf pour atgj qui change de sens.
Les tRNAs en déficit net chez les z4-8 par rapport aux z9-23: En faisant la somme B+C des z4-8, sur un effectif de 193, 4 tRNAs ont un déficit net par rapport aux z9-23 (voir le tableau comparatif des z9-23 en %). En pourcentage pour les z9-23 et en effectif pour les z4-8 j'ai, respectivement, atgf 48-1 cac 34-0 tca 34-1 tgg 30-0. D'autres tRNAs semblent en déficit mais leurs taux en z9-23 sont faibles, ctg 10-0 tgc 21-1 tcc 20-1.
C'est cette constatation qui m'a amené à la comparaison de la somme des z4-8 à la somme des z9-23 sans doublons ou intégrant les z’. Étant donné qu'avec les z' les effectifs sont plus grands,1092 et 193, les 4 tRNAs nets en déficit sont significativement différents des z9-23, alors que tcc tgc et ctg ne le sont pas. Avec les effectifs sans z' plus faibles, 1060 et 176, tgg cac atgf sont différents et tca presque.
Synthèse de toutes les bascules rouges dans tout type de blocs z9-23 z4-8 x9-23: à noter la bascule très forte de cgt et le changement de sens de atgj entre z9-23 et z4-8.
Synthèse des bascules dans les comparaisons entre blocs longs: A noter l'importance aussi grande des bascules 9-23/4-8 que celles des B9-23/C9-23, 8 contre 7 tRNAs.

Firmicutes z1-3

Les décomptes des 1-3

z1-3	clostri		bacilli		negativ
1aa	54		5		1
2aas	26		14		3
3aas	5		1		2
2+5s	1				
3+5s	3				
total	89		20		6
z’1-3	clostri		bacilli		negativ
1aa	2		1		
2aas	2		14		
total	4		15		0
x1-3	clostri		bacilli		negativ
1aa	5		2		
2aas	4		5		
3aas	2				
2+5s	1				
3+5s	0				
total	12		7		0

Comparaison avec z4-8 et z9-23

Lien tableur: Comparaison avec z4-8 et z9-23
Liens internes: z9-23 / z4-8 z1-3 / z4-8 Bz9-23 / Bx9-23
Légende: Les comparaisons sont faites en ‰ par rapport à chaque effectif eff du total du type considéré. Les différences significatives sont colorées pour les taux faibles et les taux forts sont en gras.
- Les z1-3 sont comparés aux z4-8 contenant les z' avec un total de 209 contre 193 pour les z4-8. Les faibles des z1-3 sont colorés en bleu.

- Les Bx9-23 sont comparés aux Bz9-23 sans z' avec un total de 709 contre 123 pour les Bx. Les faibles des Bx9-23 sont colorés en vert.

- Les z9-23 sont comparés aux z4-8 contenant les z' avec un total de 1092 contre 193 pour les z4-8. Les faibles des z4-8 sont colorés en cyan.

- Couleur rouge pour rappel de la bascule entre Bz9-23 et Cz9-23, ici n'apparaissant pas puisque j'ai additionné les 2.

- Couleur jaune alternée pour distinguer les groupes de codons. La colonne z9-23 du 1er sous-tableau est ordonnée comme la colonne bacilli du 1er sous-tableau des Firmicutes z9-23 qui a été triée.

- Les codons faibles: les 4 codons xxc, ctc ccc gtc gcc; les 11 codons xxg, gtg, tcg acg ccg gcg, aag cag gag, agg cgg ggg.

- Autres, le codon rare cga et les non codons 5s et cds.

z1-3. B+C z+z', comparaison z1-3 z9-23 z4-8. Parallèle avec Bx9-23.

z9-23. Codon simples forts
tRNA	z9-23	z4-8	Bx9-23	z1-3
atgi	16	16		67
atgj	26	26
tgc	19	5		24
tgg	26		8	5
gca	21	26	16	67
cac	32
atc	30	10	24	14
ttc	41	26	8	91
tac	38	57
aac	38	88	73	239
cca	38	36	81
caa	39	47	73
aaa	49	52	73	81
atgf	50	5	24	105
gac	55	78	81	100
gaa	56	98	73	24
gta	57	93	57	14

z9-23. Codons multiples forts
tRNA	z9-23	z4-8	Bx9-23	z1-3
aga	14	16
cgt	33	36	81	10
gga	38	41	65	10
ggc	49	57	24	5
acc	14	31		57
aca	14	52	16	5
agc	19	10	65
tcc	14	5
tca	30	5	16	5
ctg	10			5
ttg	15
tta	27	16	24	14
cta	29	31	49
4 xxc	16		57	10
11 xxg	16	26		19
autres		10	8	29
eff	1092	193	123	209

Liste des chaînes de 2 et 3 aas des types 1-3

Lien tableur: Liste des chaînes de 2 et 3 aas des types 1-3
Liens internes: bacilli 1-3 clostridia 1-3 negativicutes 1-3
Légende
- Jaune chaîne contenant un tRNA rare, 4xxc ctc ccc gtc gcc, 11xxg gtg, tcg acg ccg gcg, aag cag gag, agg cgg ggg. Ils sont tous dans des chaînes de 2 ou 3 aas sauf 2 isolés ctc tcg.

- Cyan, répétition dans les clostridia

- Rouge, répétition dans les bacilli

z1-3. Types 1-3 z z’ x, longs de 2 ou 3 aas
clade type	tRNA	eff	clade type	tRNA	eff
negativ z	tgg-cgt	2	clostri z	atgi-gca	10
	cac-tgg			atc-gca	3
	tac-caa			ttc-tgc	3
	cac-tgg-agc			aac-ggg	2
	aac-gaa-acg			tta-atgi	2
				aac-aac
clostri z’	aac-atgf			aac-atgf
	aac-aac			gac-aca
				gta-tta
bacilli z’	atgf-gac	14		aac-5s-aac	2
				aaa-5s-aaa
bacilli x	cgt-gga	4		atgi-gca-aac
	ctc-gga			ttc-gac-gaa
	ctc			aac-gaa-tgc
				gtg-gaa-cgg
clostri x	tca-tcc			aaa-acc-ctc
	atgi-gca			ttc-5s-ttc-aaa	2
	cgg-tgg			aac-5s-ttc-tgc
	cag-gag
	gac-ttc-ggc		bacilli z	aac-acc	7
	gca-atc-gga			atgf-gac	5
	5s-atgi-gca			aac-cgt	2
	tcg			atgf-ctc-ctg

Comparaison z1-z2

Voir comparaison B+C z2/1

Firmicutes x1-3

Lien tableur: Firmicutes x1-3
Liens internes: bacilli 1-3 clostridia 1-3 comparaison z1-3 / z4-8
Note: dissymétrie entre z1-3 et x1-3
- majoritaires chez z1-3 (en gras): 169 z contre 10 x ou bien 81% contre 29%

- majoritaires chez x1-3 (en gras): 4 z contre 11 x ou bien 2% contre 32%

- restes: 36 z contre 13 x ou bien 17% contre 38%

- Les faibles 4xxc + 11xxg: sont à égalité, 6 6 en effectifs mais 3% z et 18% x.

B+C Les tRNA 1-3. Comparaison B+C des x1-3 aux z1-3

B+C.1 Les tRNA z1-3, effectifs. Total 209
atgi	14	cds	2	5s	4	atgf	22
ttc	19	tcc		tac		tgc	5
atc	3	acc	12	aac	50	agc
ctc	2	ccc		cac		cgt	2
gtc		gcc		gac	21	ggc	1
tta	3	tca	1	taa		tga
ata		aca	1	aaa	17	aga
cta		cca		caa		cga
gta	3	gca	14	gaa	5	gga	2
ttg		tcg		tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg	1	ccg		cag		cgg	1
gtg	1	gcg		gag		ggg	2

B+C.2 Les tRNA x1-3, effectifs. Total 34
atgi	2	cds	1	5s		atgf	1
ttc	2	tcc	2	tac		tgc
atc	1	acc	1	aac		agc	1
ctc	2	ccc		cac		cgt	4
gtc		gcc		gac	1	ggc
tta		tca	1	taa		tga
ata		aca		aaa		aga
cta		cca		caa		cga
gta		gca	3	gaa		gga	7
ttg		tcg	1	tag		tgg	1
atgj		acg		aag		agg
ctg		ccg		cag	1	cgg	1
gtg		gcg		gag	1	ggg

Noms firmicutes

Tableau des noms

Lien tableur: Noms firmicutes
Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le 2.9.19 Paris.
Légende
- notes
- - NCBI1: [1]
- - NCBI2: [2]
- - bmq et semblables, code KEGG à partir duquel on peut retrouver le NCBI
- - 2*95, à partir de gtRNAdb et la méthode de construction de la liste des noms, le même noms peut regrouper quelques échantillons ayant le même nombre de tRNAs.
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes bacilli, clostridia et autres firmicutes

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.

tRNAs           total           61644
génomes		ruptures	faits	total
total		324		86	850
bacilli		189		32	663
clostridia	123		43	174
autres		12		11	13

Construction de la liste des noms

F. Noms des firmicutes
ruptures	notes	rRNAs	fait	code	tRNAs	génomes
1		444	1	bc001	60	Aerococcus urinae ACS-120-V-Col10a
1		666	1	bc002	65	Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
				bc003	64	Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1
1		666	1	bc004	56	Amphibacillus xylanus NBRC 15112
1				bc005	77	Anoxybacillus flavithermus WK1
1				bc006	87	Bacillus amyloliquefaciens CC178
				bc007	94	Bacillus amyloliquefaciens DSM 7
		10,10,10	1	bc008	95	Bacillus amyloliquefaciens IT-45
				bc009	85	Bacillus amyloliquefaciens L-H15
				bc010	92	Bacillus amyloliquefaciens L-S60
				bc011	94	Bacillus amyloliquefaciens LFB112
				bc012	72	Bacillus amyloliquefaciens LL3
				bc013	72	Bacillus amyloliquefaciens SQR9
1		10,8,10	1	bc014	89	Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens KHG19
1		10,9,10	1	bc015	89	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum AS43.3
				bc016	95	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946
				bc017	90	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42
				bc018	92	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NAU-B3
				bc019	81	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NJN6
				bc020	77	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum TrigoCor1448
				bc021	86	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5033 UCMB-5033
				bc022	89	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5036
				bc023	89	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5113
				bc024	92	Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum YAU B9601-Y2
		666	1	bc025	70	Bacillus amyloliquefaciens TA208
				bc026	75	Bacillus amyloliquefaciens XH7
				bc027	88	Bacillus amyloliquefaciens Y2
1				bc028	96	Bacillus anthracis 2000031021
	NCBI 1	11,11,11	1	bc029	112	Bacillus anthracis 2002013094
				bc030	95	Bacillus anthracis A0157
				bc031	96	Bacillus anthracis A1144
				bc032	95	Bacillus anthracis Ames A0462
				bc033	98	Bacillus anthracis Ames BA1004
1		10,10,10	1	bc034	94	Bacillus anthracis BA1015
				bc035	96	Bacillus anthracis BA1035
				bc036	95	Bacillus anthracis BFV
				bc037	83	Bacillus anthracis Canadian bison
				bc038	95	Bacillus anthracis Cvac02
				bc039	107	Bacillus anthracis delta Sterne
				bc040	95	Bacillus anthracis Han
				bc041	96	Bacillus anthracis HYU01
				bc042	96	Bacillus anthracis K3
				bc043	101	Bacillus anthracis Ohio ACB
				bc044	98	Bacillus anthracis PAK-1
				bc045	96	Bacillus anthracis Pasteur
				bc046	95	Bacillus anthracis Pollino
				bc047	94	Bacillus anthracis RA3
				bc048	97	Bacillus anthracis SK-102
				bc049	95	Bacillus anthracis str. A0248
				bc050	93	Bacillus anthracis str. A16
				bc051	93	Bacillus anthracis str. A16R
				bc052	33	Bacillus anthracis str. A2012
				bc053	95	Bacillus anthracis str. Ames
				bc054	95	Bacillus anthracis str. Ames Ancestor A2084
				bc055	97	Bacillus anthracis str. CDC 684
				bc056	96	Bacillus anthracis str. H9401
	2*95			bc057	190	Bacillus anthracis str. Sterne
				bc058	96	Bacillus anthracis str. SVA11
				bc059	99	Bacillus anthracis str. Turkey32
				bc060	96	Bacillus anthracis str. V770-NP-1R
				bc061	95	Bacillus anthracis str. Vollum
				bc062	95	Bacillus anthracis Vollum 1B
1		777	1	bc063	75	Bacillus atrophaeus 1942
				bc064	81	Bacillus atrophaeus NRS 1221A
		888	1	bc065	80	Bacillus atrophaeus subsp. globigii BSS
1		13,13,13	1	bc066	95	Bacillus bombysepticus str. Wang
1		10,10,10	1	bc067	83	Bacillus cellulosilyticus DSM 2522
1	2*106			bc068	212	Bacillus cereus 03BB102
				bc069	105	Bacillus cereus 03BB108
				bc070	107	Bacillus cereus 03BB87
				bc071	108	Bacillus cereus 3a
				bc072	106	Bacillus cereus AH187
				bc073	97	Bacillus cereus AH820
		14,14,14	1	bc074	118	Bacillus cereus Al Hakam
				bc075	99	Bacillus cereus ATCC 10987
				bc076	108	Bacillus cereus ATCC 14579
				bc077	107	Bacillus cereus ATCC 4342
				bc078	108	Bacillus cereus B4264
				bc079	102	Bacillus cereus biovar anthracis str. CI
				bc080	105	Bacillus cereus D17
	96+103			bc081	199	Bacillus cereus E33L
				bc082	105	Bacillus cereus F837/76
				bc083	102	Bacillus cereus FM1
				bc084	106	Bacillus cereus FORC 005
				bc085	107	Bacillus cereus FRI-35
				bc086	92	Bacillus cereus FT9
				bc087	105	Bacillus cereus G9241
				bc088	99	Bacillus cereus G9842
				bc089	106	Bacillus cereus NC7401
		13,13,13	1	bc090	95	Bacillus cereus Q1
				bc091	106	Bacillus cereus S2-8
1				bc092	75	Bacillus clausii KSM-K16
1				bc093	73	Bacillus coagulans 2-6
				bc094	85	Bacillus coagulans 36D1
				bc095	86	Bacillus coagulans DSM 1 ATCC 7050
				bc096	85	Bacillus coagulans HM-08
1		13,13,13	1	bc097	107	Bacillus cytotoxicus NVH 391-98
1				bc098	78	Bacillus halodurans C-125
1				bc099	88	Bacillus infantis NRRL B-14911
1				bc100	69	Bacillus lehensis G1
1				bc101	73	Bacillus licheniformis 9945A
				bc102	73	Bacillus licheniformis BL-09
	74*2			bc103	148	Bacillus licheniformis DSM 13 ATCC 14580
1				bc104	116	Bacillus megaterium DSM 319
				bc105	128	Bacillus megaterium NBRC 15308 ATCC 14581
	bmq			bc106	142	Bacillus megaterium QM B1551
				bc107	119	Bacillus megaterium WSH-002
1				bc108	92	Bacillus methanolicus MGA3
1				bc109	82	Bacillus methylotrophicus JS25R
1	bmyc			bc110	118	Bacillus mycoides 219298
				bc111	107	Bacillus mycoides ATCC 6462
1				bc112	78	Bacillus pseudofirmus OF4
1				bc113	81	Bacillus pumilus MTCC B6033
				bc114	70	Bacillus pumilus SAFR-032
				bc115	70	Bacillus pumilus W3
1				bc116	69	Bacillus selenitireducens MLS10
1				bc117	91	Bacillus sp. 1NLA3E
1				bc118	87	Bacillus sp. BH072
1				bc119	86	Bacillus sp. BS34A
1				bc120	86	Bacillus sp. JS
1				bc121	86	Bacillus sp. LM 4-2
1				bc122	83	Bacillus sp. OxB-1
1				bc123	84	Bacillus sp. Pc3
1				bc124	81	Bacillus sp. WP8
1	gst	12,12,12	1	bc125	123	Bacillus sp. X12014
1				bc126	87	Bacillus sp. YP1
1				bc127	72	Bacillus subtilis ATCC 13952
				bc128	72	Bacillus subtilis ATCC 19217
				bc129	59	Bacillus subtilis B-1
				bc130	92	Bacillus subtilis BEST7003
	NCBI 2			bc131	130	Bacillus subtilis BEST7613
				bc132	86	Bacillus subtilis Bs-916
				bc133	86	Bacillus subtilis BS49
				bc134	83	Bacillus subtilis BSn5
				bc135	71	Bacillus subtilis HJ5
				bc136	86	Bacillus subtilis KCTC 1028
				bc137	86	Bacillus subtilis PS832
				bc138	86	Bacillus subtilis PY79
				bc139	86	Bacillus subtilis QB928
				bc140	84	Bacillus subtilis SG6
				bc141	88	Bacillus subtilis subsp. natto BEST195
				bc142	77	Bacillus subtilis subsp. spizizenii NRS 231
				bc143	77	Bacillus subtilis subsp. spizizenii str. W23
				bc144	92	Bacillus subtilis subsp. spizizenii TU-B-10
				bc145	86	Bacillus subtilis subsp. subtilis 3NA
				bc146	86	Bacillus subtilis subsp. subtilis 6051-HGW
	2*86	10,10,10	1	bc147	172	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
				bc148	86	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. AG1839
				bc149	89	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BAB-1
				bc150	86	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BSP1
				bc151	86	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. JH642 substr. AG174
				bc152	80	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. OH 131.1
				bc153	86	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. RO-NN-1
				bc154	77	Bacillus subtilis T30
				bc155	77	Bacillus subtilis XF-1
1				bc156	105	Bacillus thuringiensis 97-27
				bc157	104	Bacillus thuringiensis BMB171
	btg	14,14,14	1	bc158	142	Bacillus thuringiensis Bt407
				bc159	99	Bacillus thuringiensis HD-771
				bc160	122	Bacillus thuringiensis HD-789
				bc161	134	Bacillus thuringiensis HD1002
				bc162	104	Bacillus thuringiensis HD1011
				bc163	104	Bacillus thuringiensis HD571
				bc164	105	Bacillus thuringiensis HD682
		15,15,15	1	bc165	78	Bacillus thuringiensis MC28
				bc166	86	Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43
				bc167	108	Bacillus thuringiensis serovar finitimus YBT-020
				bc168	115	Bacillus thuringiensis serovar galleriae HD-29
				bc169	105	Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27
				bc170	108	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki HD 1
				bc171	98	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1
				bc172	104	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD73
	99+108			bc173	207	Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520
				bc174	98	Bacillus thuringiensis serovar morrisoni BGSC 4AA1
				bc175	86	Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056
				bc176	104	Bacillus thuringiensis str. Al Hakam
				bc177	95	Bacillus thuringiensis YBT-1518
1				bc178	98	Bacillus toyonensis BCT-7112
1				bc179	108	Bacillus weihenstephanensis KBAB4
				bc180	79	Bacillus weihenstephanensis WSBC 10204
1	bbe			bc181	127	Brevibacillus brevis NBRC 100599 NBRC 100599 47
1	blr			bc182	113	Brevibacillus laterosporus LMG 15441
1				bc183	59	Carnobacterium maltaromaticum LMA28
1				bc184	67	Carnobacterium sp. 17-4
1				bc185	74	Carnobacterium sp. WN1359
1				bc186	60	Enterococcus casseliflavus EC20
1				bc187	57	Enterococcus faecalis 62
				bc188	63	Enterococcus faecalis ATCC 29212
				bc189	65	Enterococcus faecalis D32
				bc190	64	Enterococcus faecalis DENG1
				bc191	60	Enterococcus faecalis OG1RF
				bc192	65	Enterococcus faecalis str. Symbioflor 1
				bc193	71	Enterococcus faecalis V583
1				bc194	47	Enterococcus faecium Aus0004
				bc195	76	Enterococcus faecium Aus0085 AUS0085
				bc196	64	Enterococcus faecium DO
				bc197	48	Enterococcus faecium NRRL B-2354
				bc198	65	Enterococcus faecium T110
1				bc199	72	Enterococcus hirae ATCC 9790
1				bc200	66	Enterococcus mundtii QU 25 QU25
1				bc201	33	Enterococcus sp. 7L76
1				bc202	67	Exiguobacterium antarcticum B7 Eab7
1				bc203	69	Exiguobacterium sibiricum 255-15
1				bc204	68	Exiguobacterium sp. AT1b
1				bc205	61	Exiguobacterium sp. MH3
1				bc206	88	Geobacillus kaustophilus HTA426
1				bc207	89	Geobacillus sp. C56-T3
1				bc208	88	Geobacillus sp. GHH01
1				bc209	89	Geobacillus sp. JF8
1				bc210	93	Geobacillus sp. WCH70
1				bc211	92	Geobacillus sp. Y4.1MC1
1				bc212	89	Geobacillus sp. Y412MC52
1				bc213	89	Geobacillus sp. Y412MC61
1				bc214	88	Geobacillus thermodenitrificans NG80-2
1				bc215	91	Geobacillus thermoglucosidasius C56-YS93
1				bc216	89	Geobacillus thermoleovorans CCB US3 UF5
1				bc217	69	Halobacillus halophilus DSM 2266
1	jeo			bc218	124	Jeotgalibacillus sp. D5
1				bc219	56	Jeotgalicoccus sp. 13MG44 air
1				bc220	60	Kyrpidia tusciae DSM 2912
1				bc221	63	Lactobacillus acidophilus 30SC
				bc222	61	Lactobacillus acidophilus FSI4
				bc223	61	Lactobacillus acidophilus La-14
				bc224	61	Lactobacillus acidophilus NCFM
1				bc225	60	Lactobacillus amylovorus GRL 1112
				bc226	62	Lactobacillus amylovorus GRL1118
1				bc227	65	Lactobacillus brevis ATCC 367
				bc228	49	Lactobacillus brevis BSO 464
				bc229	64	Lactobacillus brevis KB290
1				bc230	61	Lactobacillus buchneri CD034
				bc231	63	Lactobacillus buchneri NRRL B-30929
1				bc232	57	Lactobacillus casei 12A
				bc233	59	Lactobacillus casei ATCC 334
				bc234	61	Lactobacillus casei BD-II
				bc235	61	Lactobacillus casei BL23
				bc236	59	Lactobacillus casei LC2W
				bc237	61	Lactobacillus casei LOCK919
				bc238	60	Lactobacillus casei str. Zhang
				bc239	59	Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393
				bc240	61	Lactobacillus casei W56
1				bc241	64	Lactobacillus crispatus ST1
1				bc242	89	Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus 2038
				bc243	95	Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842 JCM 1002
		999	1	bc244	98	Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365
				bc245	98	Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ND02
1				bc246	58	Lactobacillus fermentum CECT 5716
				bc247	58	Lactobacillus fermentum F-6
				bc248	58	Lactobacillus fermentum IFO 3956
1				bc249	75	Lactobacillus gasseri ATCC 33323 JCM 1131
1				bc250	64	Lactobacillus helveticus CNRZ32
				bc251	61	Lactobacillus helveticus DPC 4571
				bc252	63	Lactobacillus helveticus H10
				bc253	61	Lactobacillus helveticus H9
				bc254	61	Lactobacillus helveticus KLDS1.8701
				bc255	61	Lactobacillus helveticus R0052
1				bc256	56	Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260
1				bc257	55	Lactobacillus johnsonii DPC 6026
				bc258	54	Lactobacillus johnsonii FI9785
				bc259	54	Lactobacillus johnsonii N6.2
				bc260	78	Lactobacillus johnsonii NCC 533
1				bc261	60	Lactobacillus kefiranofaciens ZW3
1				bc262	92	Lactobacillus mucosae LM1
1				bc263	61	Lactobacillus paracasei N1115
				bc264	59	Lactobacillus paracasei subsp. paracasei 8700 2
				bc265	61	Lactobacillus paracasei subsp. paracasei JCM 8130
1				bc266	69	Lactobacillus plantarum 16
				bc267	67	Lactobacillus plantarum B21
				bc268	62	Lactobacillus plantarum JDM1
				bc269	72	Lactobacillus plantarum subsp. plantarum P-8
				bc270	71	Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ST-III
				bc271	74	Lactobacillus plantarum WCFS1
				bc272	65	Lactobacillus plantarum ZJ316
1				bc273	68	Lactobacillus reuteri DSM 20016
				bc274	70	Lactobacillus reuteri I5007
				bc275	65	Lactobacillus reuteri JCM 1112
				bc276	70	Lactobacillus reuteri SD2112
				bc277	70	Lactobacillus reuteri TD1
1				bc278	60	Lactobacillus rhamnosus ATCC 8530
				bc279	59	Lactobacillus rhamnosus GG ATCC 53103
				bc280	57	Lactobacillus rhamnosus GG GG ATCC 53103
				bc281	61	Lactobacillus rhamnosus Lc 705
				bc282	59	Lactobacillus rhamnosus LOCK900
				bc283	62	Lactobacillus rhamnosus LOCK908
1				bc284	67	Lactobacillus ruminis ATCC 27782
1				bc285	65	Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K
1				bc286	77	Lactobacillus salivarius CECT 5713
				bc287	77	Lactobacillus salivarius JCM1046
1				bc288	61	Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304
1				bc289	56	Lactobacillus sp. wkB8
1				bc290	63	Lactococcus garvieae ATCC 49156
				bc291	63	Lactococcus garvieae Lg2
1				bc292	62	Lactococcus lactis AI06
1				bc293	64	Lactococcus lactis subsp. cremoris A76
				bc294	62	Lactococcus lactis subsp. cremoris KW2
				bc295	64	Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363
				bc296	64	Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000
				bc297	62	Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11
				bc298	61	Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9
1				bc299	66	Lactococcus lactis subsp. lactis CV56
				bc300	63	Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 IL1403
				bc301	65	Lactococcus lactis subsp. lactis IO-1
				bc302	69	Lactococcus lactis subsp. lactis KF147
				bc303	66	Lactococcus lactis subsp. lactis KLDS 4.0325
				bc304	69	Lactococcus lactis subsp. lactis NCDO 2118
				bc305	64	Lactococcus lactis subsp. lactis S0
1				bc306	65	Leuconostoc carnosum JB16
1				bc307	70	Leuconostoc citreum KM20
1				bc308	67	Leuconostoc gelidum JB7
				bc309	67	Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum LMG 18811
1				bc310	68	Leuconostoc kimchii IMSNU 11154
1				bc311	69	Leuconostoc mesenteroides KFRI-MG
				bc312	71	Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293
				bc313	71	Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides J18
1				bc314	67	Leuconostoc sp. C2
1				bc315	67	Listeria ivanovii subsp. ivanovii PAM 55
				bc316	67	Listeria ivanovii subsp. ivanovii WSLC 3010
				bc317	67	Listeria ivanovii subsp. londoniensis WSLC 30151
				bc318	67	Listeria ivanovii subsp. londoniensis WSLC 30167
				bc319	67	Listeria ivanovii WSLC3009
1				bc320	67	Listeria monocytogenes 07PF0776
				bc321	58	Listeria monocytogenes 08-5578
				bc322	58	Listeria monocytogenes 08-5923
				bc323	67	Listeria monocytogenes 10403S
				bc324	49	Listeria monocytogenes 6179
				bc325	67	Listeria monocytogenes ATCC 19117
				bc326	67	Listeria monocytogenes C1-387
				bc327	67	Listeria monocytogenes CFSAN006122
		666	1	bc328	67	Listeria monocytogenes EGD
				bc329	67	Listeria monocytogenes Finland 1998 Finland 1988
				bc330	67	Listeria monocytogenes FSL R2-561
				bc331	67	Listeria monocytogenes HCC23
				bc332	65	Listeria monocytogenes IZSAM Lm hs2008
				bc333	59	Listeria monocytogenes J0161
				bc334	67	Listeria monocytogenes J1-220
				bc335	67	Listeria monocytogenes J1776
				bc336	58	Listeria monocytogenes J1816
				bc337	67	Listeria monocytogenes J1817
				bc338	67	Listeria monocytogenes J1926
				bc339	67	Listeria monocytogenes J2-031
				bc340	58	Listeria monocytogenes J2-064
				bc341	67	Listeria monocytogenes J2-1091
				bc342	67	Listeria monocytogenes L312
				bc343	67	Listeria monocytogenes L99
				bc344	67	Listeria monocytogenes La111
				bc345	67	Listeria monocytogenes Lm60
				bc346	67	Listeria monocytogenes M7
				bc347	67	Listeria monocytogenes N1-011A
				bc348	67	Listeria monocytogenes N2306
				bc349	67	Listeria monocytogenes N53-1
				bc350	67	Listeria monocytogenes NE dc2014
				bc351	67	Listeria monocytogenes NTSN
				bc352	67	Listeria monocytogenes R2-502
				bc353	58	Listeria monocytogenes R479a
				bc354	67	Listeria monocytogenes serotype 4b str. CLIP 80459 Clip80459
				bc355	67	Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 4b F2365
				bc356	67	Listeria monocytogenes serotype 4b str. LL195
				bc357	67	Listeria monocytogenes serotype 7 str. SLCC2482
				bc358	67	Listeria monocytogenes SLCC2372
				bc359	67	Listeria monocytogenes SLCC2376
				bc360	67	Listeria monocytogenes SLCC2378
				bc361	65	Listeria monocytogenes SLCC2479
				bc362	67	Listeria monocytogenes SLCC2540
				bc363	67	Listeria monocytogenes SLCC2755
				bc364	67	Listeria monocytogenes SLCC5850
				bc365	68	Listeria monocytogenes SLCC7179
				bc366	67	Listeria monocytogenes WSLC1001
				bc367	67	Listeria monocytogenes WSLC1042
1				bc368	67	Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954
1				bc369	66	Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334
1				bc370	107	Lysinibacillus fusiformis RB-21
1				bc371	86	Lysinibacillus sphaericus C3-41
1				bc372	98	Lysinibacillus varians GY32
1				bc373	50	Macrococcus caseolyticus JCSC5402
1				bc374	61	Melissococcus plutonius ATCC 35311
				bc375	55	Melissococcus plutonius DAT561
1				bc376	71	Oceanobacillus iheyensis HTE831
1				bc377	45	Oenococcus kitaharae DSM 17330
1				bc378	46	Oenococcus oeni PSU-1
1				bc379	90	Paenibacillus beijingensis DSM 24997
1				bc380	86	Paenibacillus borealis DSM 13188
1				bc381	87	Paenibacillus durus DSM 1735
1				bc382	89	Paenibacillus graminis DSM 15220
1				bc383	81	Paenibacillus larvae subsp. larvae DSM 25430
1	pmq	14,14,14	1	bc384	175	Paenibacillus mucilaginosus 3016
	pmw			bc385	152	Paenibacillus mucilaginosus K02
				bc386	113	Paenibacillus mucilaginosus KNP414
1				bc387	88	Paenibacillus odorifer DSM 15391
1				bc388	107	Paenibacillus polymyxa CF05
				bc389	90	Paenibacillus polymyxa CR1
				bc390	91	Paenibacillus polymyxa E681
				bc391	111	Paenibacillus polymyxa M1
				bc392	109	Paenibacillus polymyxa Sb3-1
	ppm	14,13,13	1	bc393	165	Paenibacillus polymyxa SC2
				bc394	112	Paenibacillus polymyxa SQR-21 SQR21
1				bc395	82	Paenibacillus sabinae T27
1				bc396	86	Paenibacillus sp. FSL H7-0357
1				bc397	93	Paenibacillus sp. FSL H7-0737
1				bc398	87	Paenibacillus sp. FSL P4-0081
1				bc399	90	Paenibacillus sp. FSL R5-0345
1				bc400	90	Paenibacillus sp. FSL R5-0912
1				bc401	85	Paenibacillus sp. FSL R7-0273
1				bc402	85	Paenibacillus sp. FSL R7-0331
1				bc403	90	Paenibacillus sp. IHBB 10380
1				bc404	89	Paenibacillus sp. JDR-2
1				bc405	73	Paenibacillus sp. Y412MC10
1				bc406	88	Paenibacillus stellifer DSM 14472
1				bc407	90	Paenibacillus terrae HPL-003
1				bc408	57	Pediococcus claussenii ATCC BAA-344
1				bc409	55	Pediococcus pentosaceus ATCC 25745
1				bc410	51	Pediococcus pentosaceus SL4
				bc411	60	Planococcus sp. PAMC 21323
1				bc412	97	Solibacillus silvestris StLB046
1		755	1	bc413	63	Staphylococcus aureus 04-02981
				bc414	58	Staphylococcus aureus 08BA02176
				bc415	56	Staphylococcus aureus 144 S7
				bc416	62	Staphylococcus aureus 2395 USA500
				bc417	54	Staphylococcus aureus 25b MRSA
				bc418	54	Staphylococcus aureus 26b MRSA
				bc419	54	Staphylococcus aureus 27b MRSA
				bc420	54	Staphylococcus aureus 29b MRSA
				bc421	54	Staphylococcus aureus 31b MRSA
				bc422	54	Staphylococcus aureus 33b
				bc423	61	Staphylococcus aureus 502A
				bc424	31	Staphylococcus aureus 71A S11
				bc425	58	Staphylococcus aureus 79 S10
				bc426	31	Staphylococcus aureus 93b S9
				bc427	62	Staphylococcus aureus Bmb9393
				bc428	61	Staphylococcus aureus CA-347
				bc429	58	Staphylococcus aureus FCFHV36
				bc430	61	Staphylococcus aureus ILRI Eymole1/1
				bc431	58	Staphylococcus aureus M1
				bc432	53	Staphylococcus aureus NRS 100
				bc433	61	Staphylococcus aureus RF122
				bc434	52	Staphylococcus aureus SA17 S6
1				bc435	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus 11819-97
				bc436	53	Staphylococcus aureus subsp. aureus 55/2053
				bc437	58	Staphylococcus aureus subsp. aureus 6850
				bc438	58	Staphylococcus aureus subsp. aureus 71193
				bc439	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC 25923
				bc440	58	Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1
				bc441	53	Staphylococcus aureus subsp. aureus COL
				bc442	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus ECT-R 2
				bc443	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus ED133
				bc444	62	Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98
				bc445	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus FORC 001
				bc446	62	Staphylococcus aureus subsp. aureus Gv69
				bc447	59	Staphylococcus aureus subsp. aureus H-EMRSA-15
				bc448	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus HO 5096 0412
				bc449	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1
				bc450	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9
				bc451	58	Staphylococcus aureus subsp. aureus JKD6159
				bc452	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus LGA251
				bc453	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus M013
				bc454	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252
				bc455	59	Staphylococcus aureus subsp. aureus MSHR1132
				bc456	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476
				bc457	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3
				bc458	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
				bc459	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2
				bc460	63	Staphylococcus aureus subsp. aureus N315
				bc461	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325
				bc462	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus SA268
				bc463	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus SA40
				bc464	60	Staphylococcus aureus subsp. aureus SA957
				bc465	506	Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228
				bc466	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus ST398
				bc467	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus ST772-MRSA-V DAR4145
				bc468	84	Staphylococcus aureus subsp. aureus str. JKD6008
				bc469	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus str. Newman
				bc470	55	Staphylococcus aureus subsp. aureus T0131
				bc471	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60
				bc472	62	Staphylococcus aureus subsp. aureus TW20
				bc473	54	Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 FPR3757
				bc474	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 TCH1516
				bc475	61	Staphylococcus aureus subsp. aureus VC40
				bc476	62	Staphylococcus aureus subsp. aureus Z172
				bc477	61	Staphylococcus aureus UA-S391 USA300
				bc478	61	Staphylococcus aureus USA300-ISMMS1
				bc479	59	Staphylococcus aureus XN108
1				bc480	61	Staphylococcus carnosus subsp. carnosus TM300
1				bc481	58	Staphylococcus epidermidis 949 S8
				bc482	61	Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
				bc483	61	Staphylococcus epidermidis PM221
				bc484	61	Staphylococcus epidermidis RP62A
				bc485	60	Staphylococcus epidermidis SEI
1				bc486	62	Staphylococcus haemolyticus JCSC1435
				bc487	62	Staphylococcus haemolyticus Sh29/312/L2
1				bc488	59	Staphylococcus hyicus ATCC 11249
1				bc489	61	Staphylococcus lugdunensis HKU09-01
				bc490	56	Staphylococcus lugdunensis N920143
1				bc491	49	Staphylococcus pasteuri SP1
1				bc492	68	Staphylococcus pseudintermedius E140
				bc493	58	Staphylococcus pseudintermedius ED99
				bc494	59	Staphylococcus pseudintermedius HKU10-03
1				bc495	60	Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305
1				bc496	59	Staphylococcus warneri SG1
1				bc497	55	Staphylococcus xylosus HKUOPL8
				bc498	59	Staphylococcus xylosus SMQ-121
1		777	1	bc499	80	Streptococcus agalactiae 09mas018883
				bc500	72	Streptococcus agalactiae 138P
				bc501	71	Streptococcus agalactiae 138spar
				bc502	72	Streptococcus agalactiae 2-22
				bc503	80	Streptococcus agalactiae 2603V/R
				bc504	80	Streptococcus agalactiae A909
				bc505	80	Streptococcus agalactiae CNCTC 10/84
				bc506	80	Streptococcus agalactiae COH1
				bc507	82	Streptococcus agalactiae GBS1-NY
				bc508	80	Streptococcus agalactiae GBS2-NM
				bc509	80	Streptococcus agalactiae GBS6
				bc510	77	Streptococcus agalactiae GD201008-001
				bc511	81	Streptococcus agalactiae ILRI005
				bc512	79	Streptococcus agalactiae ILRI112
				bc513	81	Streptococcus agalactiae NGBS061
				bc514	81	Streptococcus agalactiae NGBS572
				bc515	80	Streptococcus agalactiae SA20-06
1				bc516	58	Streptococcus anginosus C1051
				bc517	58	Streptococcus anginosus C238
				bc518	59	Streptococcus anginosus SA1
				bc519	67	Streptococcus anginosus subsp. whileyi MAS624
1				bc520	59	Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C1050
				bc521	59	Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C232
				bc522	59	Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C818
1				bc523	57	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis 167
				bc524	57	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis AC-2713
				bc525	57	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis ATCC 12394
				bc526	57	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis GGS 124
				bc527	57	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis RE378
1				bc528	66	Streptococcus equi subsp. equi 4047
				bc529	57	Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ATCC 35246
				bc530	51	Streptococcus equi subsp. zooepidemicus CY
				bc531	57	Streptococcus equi subsp. zooepidemicus H70
1				bc532	57	Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10565 ATCC BAA1716
				bc533	61	Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ATCC 43143
				bc534	81	Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ATCC BAA-2069
				bc535	72	Streptococcus gallolyticus UCN34
1				bc536	60	Streptococcus gordonii str. Challis substr. CH1
1				bc537	69	Streptococcus infantarius subsp. infantarius CJ18
1				bc538	45	Streptococcus iniae ISET0901
				bc539	45	Streptococcus iniae ISNO
				bc540	47	Streptococcus iniae SF1
				bc541	58	Streptococcus iniae YSFST01-82
1				bc542	60	Streptococcus intermedius B196
				bc543	60	Streptococcus intermedius C270
				bc544	67	Streptococcus intermedius JTH08
1				bc545	60	Streptococcus lutetiensis 033
1				bc546	71	Streptococcus macedonicus ACA-DC 198
1				bc547	61	Streptococcus mitis B6
1				bc548	65	Streptococcus mutans GS-5
				bc549	65	Streptococcus mutans LJ23
				bc550	65	Streptococcus mutans NN2025
				bc551	65	Streptococcus mutans UA159
				bc552	65	Streptococcus mutans UA159-FR
1				bc553	51	Streptococcus oligofermentans AS 1.3089
1				bc554	61	Streptococcus oralis Uo5
1				bc555	62	Streptococcus parasanguinis ATCC 15912
				bc556	62	Streptococcus parasanguinis FW213
1				bc557	60	Streptococcus parauberis KCTC 11537
				bc558	58	Streptococcus parauberis NCFD 2020
1				bc559	60	Streptococcus pasteurianus ATCC 43144
1				bc560	60	Streptococcus pneumoniae 670-6B
				bc561	59	Streptococcus pneumoniae 70585
				bc562	59	Streptococcus pneumoniae A026
				bc563	58	Streptococcus pneumoniae AP200
				bc564	58	Streptococcus pneumoniae ATCC 700669
				bc565	58	Streptococcus pneumoniae CGSP14
				bc566	59	Streptococcus pneumoniae D39
				bc567	59	Streptococcus pneumoniae G54
				bc568	58	Streptococcus pneumoniae gamPNI0373
				bc569	59	Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6
				bc570	59	Streptococcus pneumoniae INV104
				bc571	59	Streptococcus pneumoniae INV200
				bc572	59	Streptococcus pneumoniae JJA
				bc573	60	Streptococcus pneumoniae NT 110 58
				bc574	59	Streptococcus pneumoniae OXC141
				bc575	59	Streptococcus pneumoniae P1031
				bc576	54	Streptococcus pneumoniae PCS8235
				bc577	59	Streptococcus pneumoniae R6
				bc578	59	Streptococcus pneumoniae SPN032672
				bc579	59	Streptococcus pneumoniae SPN033038
				bc580	59	Streptococcus pneumoniae SPN034156 SNP034156
				bc581	59	Streptococcus pneumoniae SPN034183 SNP034183
				bc582	59	Streptococcus pneumoniae SPN994038 SNP994038
				bc583	59	Streptococcus pneumoniae SPN994039 SNP994039
				bc584	59	Streptococcus pneumoniae SPNA45
				bc585	59	Streptococcus pneumoniae ST556
				bc586	59	Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14
				bc587	59	Streptococcus pneumoniae TCH8431/19A
				bc588	59	Streptococcus pneumoniae TIGR4
				bc589	59	Streptococcus pneumoniae TIGR4 ATCC BAA-334
1				bc590	42	Streptococcus pseudopneumoniae IS7493
1				bc591	67	Streptococcus pyogenes 1E1
				bc592	67	Streptococcus pyogenes 7F7
				bc593	67	Streptococcus pyogenes A20
				bc594	67	Streptococcus pyogenes Alab49
				bc595	68	Streptococcus pyogenes ATCC 19615
				bc596	69	Streptococcus pyogenes HKU QMH11M0907901
				bc597	69	Streptococcus pyogenes HKU360
				bc598	67	Streptococcus pyogenes HSC5
				bc599	57	Streptococcus pyogenes M1 476
	2*60			bc600	120	Streptococcus pyogenes M1 GAS SF370
				bc601	57	Streptococcus pyogenes M23ND
				bc602	67	Streptococcus pyogenes MGAS10270
				bc603	67	Streptococcus pyogenes MGAS10394
				bc604	67	Streptococcus pyogenes MGAS10750
				bc605	57	Streptococcus pyogenes MGAS15252
				bc606	57	Streptococcus pyogenes MGAS1882
				bc607	68	Streptococcus pyogenes MGAS2096
				bc608	67	Streptococcus pyogenes MGAS315
				bc609	67	Streptococcus pyogenes MGAS5005
				bc610	67	Streptococcus pyogenes MGAS6180
				bc611	68	Streptococcus pyogenes MGAS8232
				bc612	68	Streptococcus pyogenes MGAS9429
				bc613	67	Streptococcus pyogenes NZ131 ATCC BAA-1633
				bc614	57	Streptococcus pyogenes SSI-1
				bc615	66	Streptococcus pyogenes STAB1102
				bc616	67	Streptococcus pyogenes STAB901
				bc617	59	Streptococcus pyogenes STAB902
				bc618	66	Streptococcus pyogenes str. Manfredo
1				bc619	68	Streptococcus salivarius 57.I
				bc620	68	Streptococcus salivarius CCHSS3
				bc621	68	Streptococcus salivarius JIM8777
				bc622	68	Streptococcus salivarius NCTC 8618
1				bc623	61	Streptococcus sanguinis SK36
1				bc624	60	Streptococcus sp. I-G2
1				bc625	86	Streptococcus sp. I-P16
1				bc626	69	Streptococcus sp. VT 162
1				bc627	56	Streptococcus suis 05HAS68
				bc628	56	Streptococcus suis 05ZYH33
				bc629	59	Streptococcus suis 6407
				bc630	56	Streptococcus suis 98HAH33
				bc631	56	Streptococcus suis A7
				bc632	56	Streptococcus suis BM407
				bc633	56	Streptococcus suis D12
				bc634	54	Streptococcus suis D9
				bc635	49	Streptococcus suis GZ1
				bc636	62	Streptococcus suis JS14
				bc637	56	Streptococcus suis P1/7
				bc638	56	Streptococcus suis S735
				bc639	56	Streptococcus suis SC070731
				bc640	56	Streptococcus suis SC84
				bc641	59	Streptococcus suis SS12
				bc642	58	Streptococcus suis ST1
				bc643	56	Streptococcus suis ST3
				bc644	56	Streptococcus suis T15
				bc645	56	Streptococcus suis TL13
				bc646	56	Streptococcus suis YB51
1				bc647	55	Streptococcus thermophilus ASCC 1275
				bc648	67	Streptococcus thermophilus CNRZ1066
				bc649	67	Streptococcus thermophilus JIM 8232
				bc650	67	Streptococcus thermophilus LMD-9
				bc651	67	Streptococcus thermophilus LMG 18311
				bc652	57	Streptococcus thermophilus MN-ZLW-002
				bc653	57	Streptococcus thermophilus ND03
				bc654	67	Streptococcus thermophilus SMQ-301
1		555	1	bc655	59	Streptococcus uberis 0140J
1		888	1	bc656	56	Terribacillus aidingensis MP602
1		555	1	bc657	62	Tetragenococcus halophilus NBRC 12172
1		555	1	bc658	61	Thermobacillus composti KWC4
1		777	1	bc659	54	Virgibacillus sp. SK37
1		766	1	bc660	75	Weissella ceti WS08
				bc661	71	Weissella ceti WS105
				bc662	77	Weissella ceti WS74
1				bc663	56	Weissella koreensis KACC 15510
1				en001	55	Erysipelothrix rhusiopathiae str. Fujisawa
		433	1	en002	53	Erysipelothrix rhusiopathiae SY1027
1		111	1	en003	40	Faecalitalea cylindroides T2-87
1		777	1	en004	77	Lactobacillus salivarius UCC118
1		666	1	en005	60	Acidaminococcus fermentans DSM 20731
1		333	1	en006	53	Acidaminococcus intestini RyC-MR95
1				en007	51	Megamonas hypermegale ART12/1
1		777	1	en008	65	Megasphaera elsdenii DSM 20460
1		10,9,9	1	en009	77	Pelosinus fermentans JBW45
1		16,15,14	1	en010	99	Pelosinus sp. UFO1
1		777	1	en011	73	Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421
1		444	1	en012	55	Selenomonas sputigena ATCC 35185
1		444	1	en013	49	Veillonella parvula DSM 2008
1		655	1	cd001	62	Acetobacterium woodii DSM 1030
1		555	1	cd002	67	Acetohalobium arabaticum DSM 5501
1		11,10,10	1	cd003	110	Alkaliphilus metalliredigens QYMF
1				cd004	88	Alkaliphilus oremlandii OhILAs
1				cd005	51	Ammonifex degensii KC4
1				cd006	48	Anaerococcus prevotii DSM 20548
1				cd007	27	butyrate-producing bacterium SM4/1
				cd008	57	butyrate-producing bacterium SS3/4
				cd009	53	butyrate-producing bacterium SSC/2
1				cd010	60	Butyrivibrio fibrisolvens 16/4
1		666	1	cd011	51	Butyrivibrio proteoclasticus B316
1				cd012	56	Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4
1		333	1	cd013	52	Caldicellulosiruptor bescii DSM 6725
1				cd014	50	Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108
1				cd015	51	Caldicellulosiruptor kristjanssonii I77R1B
1				cd016	48	Caldicellulosiruptor kronotskyensis 2002
1				cd017	47	Caldicellulosiruptor lactoaceticus 6A
1				cd018	46	Caldicellulosiruptor obsidiansis OB47
1				cd019	49	Caldicellulosiruptor owensensis OL
1				cd020	48	Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903
1				cd021	41	Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-Japan
				cd022	40	Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL
				cd023	40	Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-Yit
1				cd024	39	Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit
1				cd025	47	Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C
1				cd026	53	Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901
1				cd027	75	Clostridium acetobutylicum ATCC 824
				cd028	75	Clostridium acetobutylicum DSM 1731
				cd029	77	Clostridium acetobutylicum EA 2018
1				cd030	69	Clostridium autoethanogenum DSM 10061
1				cd031	79	Clostridium baratii str. Sullivan
1		17,16,16	1	cd032	70	Clostridium beijerinckii 59B
				cd033	95	Clostridium beijerinckii ATCC 35702 SA-1
				cd034	95	Clostridium beijerinckii NCIMB 8052
1				cd035	84	Clostridium botulinum 111
				cd036	70	Clostridium botulinum 202F
				cd037	81	Clostridium botulinum A str. ATCC 19397
				cd038	80	Clostridium botulinum A str. ATCC 3502
				cd039	81	Clostridium botulinum A str. Hall
				cd040	81	Clostridium botulinum A2 str. Kyoto
				cd041	81	Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree
				cd042	77	Clostridium botulinum B str. Eklund 17B NRP
				cd043	82	Clostridium botulinum B1 str. Okra
				cd044	83	Clostridium botulinum Ba4 str. 657
		10,10,10	1	cd045	87	Clostridium botulinum BKT015925
				cd046	73	Clostridium botulinum CDC 1436
		554	1	cd047	53	Clostridium botulinum CDC 297
				cd048	79	Clostridium botulinum E3 str. Alaska E43
				cd049	72	Clostridium botulinum F str. 230613
				cd050	82	Clostridium botulinum F str. Langeland
				cd051	72	Clostridium botulinum H04402 065
				cd052	79	Clostridium botulinum NCTC 8266
				cd053	79	Clostridium botulinum NCTC 8550
				cd054	76	Clostridium botulinum Prevot 594
1		888	1	cd055	65	Clostridium cellulolyticum H10 ATCC 35319
1				cd056	60	Clostridium cellulosi
1		10,9,9	1	cd057	80	Clostridium cellulovorans 743B
1				cd058	50	Clostridium cf. saccharolyticum K10
1		666	1	cd059	61	Clostridium clariflavum DSM 19732
1		677	1	cd060	63	Clostridium kluyveri DSM 555
				cd061	63	Clostridium kluyveri NBRC 12016
1		999	1	cd062	74	Clostridium ljungdahlii DSM 13528
1		10,10,10	1	cd063	81	Clostridium novyi NT
1		999	1	cd064	77	Clostridium pasteurianum BC1
	2*81			cd065	162	Clostridium pasteurianum DSM 525 ATCC 6013
1				cd066	93	Clostridium perfringens ATCC 13124
		10,10,10	1	cd067	96	Clostridium perfringens str. 13
1				cd068	85	Clostridium saccharobutylicum DSM 13864
				cd069	68	Clostridium saccharolyticum WM1
1				cd070	71	Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4HMT
1		999	1	cd071	66	Clostridium scatologenes ATCC 25775
1				cd072	84	Clostridium sordellii ATCC9714
				cd073	85	Clostridium sordellii JGS6382
1				cd074	62	Clostridium sp. BNL1100
1				cd075	53	Clostridium sp. SY8519
1				cd076	81	Clostridium sporogenes NCIMB 10696
1	2*49			cd077	98	Clostridium stercorarium subsp. stercorarium DSM 8532
1				cd078	60	Clostridium sticklandii DSM 519
1		546	1	cd079	53	Clostridium tetani 12124569
				cd080	54	Clostridium tetani E88 Massachusetts substr. E88
1				cd081	46	Coprococcus catus GD/7
1				cd082	28	Coprococcus sp. ART55/1
1		222	1	cd083	48	Coprothermobacter proteolyticus DSM 5265
1		444	1	cd084	54	Dehalobacter restrictus DSM 9455 PER-K23
1				cd085	53	Dehalobacter sp. CF
1				cd086	53	Dehalobacter sp. DCA
1				cd087	76	Desulfitobacterium dehalogenans ATCC 51507
1				cd088	73	Desulfitobacterium dichloroeliminans LMG P-21439
1		555	1	cd089	76	Desulfitobacterium hafniense DCB-2
				cd090	63	Desulfitobacterium hafniense Y51
1				cd091	73	Desulfitobacterium metallireducens DSM 15288 853-15A
1		898	1	cd092	68	Desulfosporosinus acidiphilus SJ4
1				cd093	82	Desulfosporosinus meridiei DSM 13257
1				cd094	77	Desulfosporosinus orientis DSM 765
1		9,10,10	1	cd095	70	Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771
1				cd096	66	Desulfotomaculum carboxydivorans CO-1-SRB
1				cd097	67	Desulfotomaculum gibsoniae DSM 7213
1				cd098	49	Desulfotomaculum kuznetsovii DSM 6115
1				cd099	74	Desulfotomaculum reducens MI-1
1				cd100	67	Desulfotomaculum ruminis DSM 2154
1				cd101	60	Ethanoligenens harbinense YUAN-3
1		777	1	cd102	69	Eubacterium acidaminophilum DSM 3953
1				cd103	47	Eubacterium eligens ATCC 27750
1				cd104	60	Eubacterium limosum KIST612
1				cd105	60	Eubacterium rectale ATCC 33656
				cd106	44	Eubacterium rectale DSM 17629
				cd107	53	Eubacterium rectale M104/1
1				cd108	50	Eubacterium siraeum 70/3
				cd109	38	Eubacterium siraeum V10Sc8a
1				cd110	60	Faecalibacterium prausnitzii L2-6 L2/6
1				cd111	71	Faecalibacterium prausnitzii SL3/3
1		444	1	cd112	48	Filifactor alocis ATCC 35896
1		444	1	cd113	48	Finegoldia magna ATCC 29328
1		444	1	cd114	59	Halanaerobium hydrogeniformans
1				cd115	55	Halanaerobium praevalens DSM 2228
1		555	1	cd116	78	Halobacteroides halobius DSM 5150
1				cd117	57	Halothermothrix orenii H 168 DSM 9562
1	hmo	10,10,10	1	cd118	109	Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547
1				cd119	61	Lachnoclostridium phytofermentans ISDg
1				cd120	46	Mageeibacillus indolicus UPII9-5
1				cd121	51	Mahella australiensis 50-1 BON
1				cd122	52	Moorella thermoacetica ATCC 39073
1				cd123	52	Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF
1				cd124	72	Oscillibacter valericigenes Sjm18-20
1				cd125	42	Parvimonas micra KCOM 1535 ChDC B708
1				cd126	53	Pelotomaculum thermopropionicum SI
1				cd127	67	Peptoclostridium difficile 2007855
				cd128	89	Peptoclostridium difficile 630
				cd129	91	Peptoclostridium difficile 630 cultivar NCTC 13307 /strain
				cd130	91	Peptoclostridium difficile 630Derm
				cd131	80	Peptoclostridium difficile BI1
				cd132	22	Peptoclostridium difficile BI9
		9,10,10	1	cd133	85	Peptoclostridium difficile CD196
				cd134	66	Peptoclostridium difficile CF5
				cd135	88	Peptoclostridium difficile M120
		14,16,13	1	cd136	110	Peptoclostridium difficile M68
				cd137	67	Peptoclostridium difficile R20291
1				cd138	53	Peptoniphilus sp. 1-1
1				cd139	58	Roseburia hominis A2-183
1				cd140	52	Roseburia intestinalis M50/1
				cd141	66	Roseburia intestinalis XB6B4
1				cd142	57	Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405
				cd143	57	Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313
1				cd144	79	Ruminococcus albus 7 DSM 20455
1				cd145	57	Ruminococcus bicirculans 80/3
1				cd146	36	Ruminococcus bromii L2-63
1				cd147	45	Ruminococcus champanellensis 18P13 JCM 17042
1				cd148	46	Ruminococcus obeum A2-162
1				cd149	47	Ruminococcus sp. SR1/5
1				cd150	47	Ruminococcus torques L2-14
1				cd151	57	Sulfobacillus acidophilus DSM 10332
				cd152	56	Sulfobacillus acidophilus TPY
1		666	1	cd153	98	Symbiobacterium thermophilum IAM 14863 IAM14863
1		444	1	cd154	55	Syntrophobotulus glycolicus DSM 8271
1		533	1	cd155	48	Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen G311
1		222	1	cd156	47	Syntrophothermus lipocalidus DSM 12680
1	2*53	222	1	cd157	106	Tepidanaerobacter acetatoxydans Re1
1		333	1	cd158	53	Thermacetogenium phaeum DSM 12270
1		222	1	cd159	51	Thermaerobacter marianensis DSM 12885
1		333	1	cd160	53	Thermincola potens JR
1		444	1	cd161	57	Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1
1				cd162	56	Thermoanaerobacter italicus Ab9
1				cd163	58	Thermoanaerobacter kivui DSM 2030
1				cd164	59	Thermoanaerobacter mathranii subsp. mathranii str. A3
1				cd165	57	Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 39E
1				cd166	56	Thermoanaerobacter sp. X513
1				cd167	54	Thermoanaerobacter sp. X514
1				cd168	57	Thermoanaerobacter wiegelii Rt8.B1
1				cd169	58	Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
1		555	1	cd170	58	Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571
				cd171	58	Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum M0795
1				cd172	58	Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11
1		222	1	cd173	48	Thermodesulfobium narugense DSM 14796
1		333	1	cd174	53	Thermosediminibacter oceani DSM 16646

Noms méthode

17.8.19 Paris
Méthode pour lister les génomes avec leur total tRNAs

- à partir de gtRNAdb copier sans le dessin dans .txt

- puis de celui-ci dans .ods

- garder les 2 colonnes des anti-codons et du nom

-copier la colonne des anti-codons dans .odt (non formaté)

- Remplacer $ (régulière) en *

- Puis ** en ;

- Puis * en rien

- copier le tout dans .txt

- Remplacer ; en \n

- copier le tout dans .ods

- limiter à une colonne avec des *

- puis =NBCAR(cellule)/3, (ou 4 si l’ant-codon est suivi d’un blanc)

- sauvegarder

- copier la colonne des noms dans une page vierge (pour ctrl+schift+fin)

- sélectionner la plage des noms sans déplacer le curseur

- Taper 5 dans la cellule haut gauche sans déplacer le curseur

- alt+entrée

- puis ctrl+schift+v

- cocher “ignorer les cellules vides”

- entrée

- entrer un symbole dans une cellule

- Dans la cellule vide au-dessus de la colonne

- “=concat($symbole$, 1er cellule de la colonne)

- entrée

- copier la cellule du concat

- sélectionner la plage, ctrl+schift+fin

- Remplacer 5 par concat (cocher cellule entière)

- sauvegarder: ctrl+x, ctrl+schift+v (décocher “ignorer cellules vides”

- trier la plage ordre croissant.

- La liste des noms est prête, remplacer le symbole par rien.

- Mettre cote à cote les 2 colonnes de noms et du nombre de tRNAs par génome

génomes bacilli

Lien tableur: génomes bacilli

bc001 bc004 bc008 bc014 bc015 bc025 bc029 bc034 bc063 bc065 bc066 bc067 bc074 bc090 bc097 bc125 bc147 bc158 bc165 bc244 bc328 bc384 bc393 bc413 bc499 bc655 bc656 bc657 bc658 bc659 bc660

bc001

chromosome

bc001. Aerococcus urinae ACS-120-V-Col10a
bc001	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	444	60
16atcgca235-aac-acc
16atcgca235-22aas
16s23s5s-12aas
	interc		interc
	203	16s	16	gaa
	75	23s	12	ttc
	13	5s	22	gac
	34	aac	41	atgf
	13	tcc	9	gaa
	21	gaa	12	agc
	14	gta	10	atc
	12	gac	3	gga
	7	ttc	17	gac
	29	tac	11	atgf
	27	tgg	18	tca
	7	cac	9	atgi
	74	caa	14	atgj
	11	tgc	5	gca
	12	ttg	4	cca
			18	cgt
			32	tta
			11	ggc
			8	aca
			7	cta
			4	aaa
			10	gta
			75	5s
			165	23s
			34	gca
			75	atc
			24	16s

bc004

chromosome

bc004. Amphibacillus xylanus NBRC 15112
bc004	rRNAs	tRNAs
2*16s23s5s	666	56
16atcgca235-aac-acc
16s23s5s-atgf-gac
16s23s5s-9aas
16s23s5s-13aas
	interc		interc
	388	16s	483	16s
	186	23s	201	23s
	4	5s	11	5s
	3	gta	4	aac
	21	aca	43	tcc
	7	aaa	32	gaa
	18	cta	31	atgf
	45	ggc	26	gac
	3	tta	7	ttc
	4	cgt	28	tac
	24	cca	11	tgg
	9	gca	32	cac
			6	caa
			25	ggc
			5	tgc
			13	ttg

bc008

chromosome

bc008. Bacillus amyloliquefaciens IT-45
bc008	rRNAs	tRNAs
2*16atcgca235	10,10,10	95
2*16s23s5s
5*16s23s5s-21,16,9,9,5 aas
cgt gga 16s23s5s atgf gac
	interc		interc		interc		interc
	170	16s	246	ttg	4	gca	16	cca
	47	23s	7	tta	16	cca	32	cgt
	23	5s	6	tgc	11	cgt	296	ggc
	29	gta	53	ggc	14	tta	2	acc
	37	aca	9	caa	24	ggc	45	aac
	10	aaa	29	cac	6	cta	47	5s
	9	ctg	10	tgg	36	aaa	170	23s
	19	ggc	11	tac	5	aca	5	16s
	9	tta	3	aca	23	gta
	17	cgt	10	ttc	47	5s
	4	cca	7	gac	170	23s
	19	gca	7	atgf	9	16s
	2	atgj	10	gta
	7	atgi	36	gaa	4	gca	10	gac	comp
	19	tca	5	tcc	16	cca	19	atgf	comp
	7	atgf	9	aac	11	cgt	47	5s	comp
	10	gac	99	5s	14	tta	228	23s	comp
	20	ttc	228	23s	24	ggc	97	16s	comp
	8	cac	16	16s	6	cta	8	gga	comp
	15	gga			36	aaa	4	cgt	comp
	10	atc			5	aca
	3	aac			23	gta
	3	agc			47	5s
	21	gaa			170	23s
					9	16s

bc014

chromosome

bc014. Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens KHG19
bc014	rRNAs	tRNAs
4*16s23s5s	10,8,10	89
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
16s°atcgca235
16s23s5s-x aas
16atcgca235-x aas
	interc		interc		interc
	3	gaa	-2934	16s°	228	16s
	3	agc	98	23s	47	23s
	10	aac	9	5s	23	5s
	15	atc	5	aac	5	gta
	8	gga	36	tcc	36	aca
	20	cac	10	gaa	6	aaa
	10	ttc	7	gta	24	cta
	6	gac	9	atgf	14	ggc
	19	atgf	10	gac	11	tta
	7	tca	3	ttc	16	cgt
	2	atgi	11	aca	4	cca
	20	atgj	10	tac	9	gca
	4	gca	29	tgg
	17	cca	9	cac
	9	cgt	53	caa	170	16s
	19	tta	6	ggc	47	23s
	9	ggc	7	tgc	46	5s
	10	ctg	245	tta	2	aac
	37	aaa	16	ttg	342	acc
	29	aca			32	ggc
	23	gta			16	cgt
	47	5s			4	cca
	81	23s			20	gca
	14	gca			7	atgj
	96	atc
	23	16s

bc015

chromosome

bc015. Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum AS43.3
bc015	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	10,9,10	89
16atcgca235
16s23s5s-21,16,9,7 aas
16s23s5s-atgf-gac
16s°atcgca235
	interc		interc		interc
	3	gaa	170	16s	170	16s
	3	agc	97	23s	47	23s
	10	aac	9	5s	23	5s
	15	atc	5	aac	5	gta
	8	gga	36	tcc	36	aca
	20	cac	10	gaa	6	aaa
	11	ttc	7	gta	24	cta
	6	gac	7	atgf	14	ggc
	19	atgf	10	gac	11	tta
	7	tca	3	ttc	16	cgt
	2	atgi	11	aca	4	cca
	20	atgj	10	tac	9	gca
	4	gca	29	tgg
	17	cca	9	cac
	9	cgt	52	caa	170	16s
	19	tta	6	ggc	47	23s
	9	ggc	7	tgc	46	5s
	10	ctg	246	tta	2	aac
	37	aaa	16	ttg	342	acc
	29	aca			32	ggc
	23	gta			16	cgt
	47	5s			4	cca
	170	23s			20	gca
	21	16s			7	atgj

bc025

chromosome

bc025. Bacillus amyloliquefaciens TA208
bc025	rRNAs	tRNAs
2*16s23s5s	666	70
16atcgca235
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
16s23s5s-x aas
	interc		interc
	3	gaa	228	16s
	3	agc	98	23s
	10	aac	9	5s
	15	atc	5	aac
	9	gga	35	tcc
	21	cac	10	gaa
	11	ttc	7	gta
	6	gac	11	atgf
	19	atgf	12	gac
	7	tca	3	ttc
	2	atgi	11	aca
	20	atgj	10	tac
	4	gca	29	tgg
	18	cca	9	cac
	9	cgt	50	caa
	20	tta	6	ggc
	9	ggc	7	tgc
	10	ctg	242	tta
	37	aaa	16	ttg
	29	aca
	23	gta
	47	5s
	170	23s
	21	16s

bc029

chromosome

bc029. Bacillus anthracis 2002013094
bc029	rRNAs	tRNAs
4*16s23s5s	11,11,11	112
2*16atcgca235
4*16s23s5s-20,19,11,9 aas
33aas-16s23s5s-atgf-gac
	interc		interc		interc
	139	16s	10	gca	3	gac	comp
	97	23s	5	ggc	12	atgf	comp
	4	5s	5	aaa	46	5s	comp
	4	gta	65	caa	141	23s	comp
	9	aca	17	tac	75	16s	comp
	22	cac	5	gta	1	gga	comp
	29	cta	24	gaa	4	cca	comp
	16	ggc	4	acc	3	cgt	comp
	3	tta	9	aac	16	tta	comp
	10	cgt	82	5s	29	ggc	comp
	16	cca	141	23s	14	cta	comp
	20	gca	9	16s	5	aaa	comp
	54	tca			87	caa	comp
	20	cta	1	gaa	46	gac	comp
	1	atgf	8	aac	4	gta	comp
	12	gac	11	atc	1	gaa	comp
	14	ttc	6	tgg	8	aac	comp
	10	aca	9	aca	11	atc	comp
	13	aaa	9	ttc	6	tgg	comp
	10	gga	4	gac	9	aca	comp
	7	atc	20	atgf	8	ttc	comp
	7	aac	54	tca	4	gac	comp
	20	agc	20	tca	20	atgf	comp
			16	gca	54	tca	comp
	10	ttg	10	cca	20	tca	comp
	14	tgc	3	cgt	16	gca	comp
	5	ggc	16	tta	10	cca	comp
	63	caa	29	ggc	3	cgt	comp
	19	cac	22	cta	16	tta	comp
	7	tgg	9	cac	29	ggc	comp
	17	tac	4	aca	13	cta	comp
	5	gta	4	gta	5	aaa	comp
	24	gaa	97	5s	87	caa	comp
	4	acc	141	23s	46	gac	comp
	9	aac	19	16s	4	gta	comp
	96	5s			8	gaa	comp
	141	23s			3	agc	comp
	11	16s			35	aac	comp

bc034

chromosome

bc034. Bacillus anthracis BA1015
bc034	rRNAs	tRNAs
5*16s23s5s	10,10,10	94
16atcgca235-15aas
3*16s23s5s-22,20,9aas
11aas-16s23s5s-atgf-gac
	interc		interc		interc		interc
	10	ttg	140	16s	1	gaa	3	gac	comp
	14	tgc	97	23s	8	aac	12	atgf	comp
	5	ggc	4	5s	10	atc	45	5s	comp
	63	caa	4	gta	6	tgg	141	23s	comp
	19	cac	9	aca	9	aca	75	16s	comp
	7	tgg	22	cac	8	ttc	1	gga	comp
	10	tac	29	cta	4	gac	4	cca	comp
	18	aca	16	ggc	20	atgf	98	cgt	comp
	9	ttc	3	tta	54	tca	16	ctc	comp
	3	gac	10	cgt	20	tca	5	aaa	comp
	24	atgf	15	cca	16	gca	88	caa	comp
	5	gta	20	gca	10	cca	46	gac	comp
	17	gaa	4	atgj	3	cgt	4	gta	comp
	2	tcc	17	atgi	16	tta	8	gaa	comp
	8	aac	27	tca	29	ggc	3	agc	comp
	96	5s	1	atgf	14	cta	13	aac	comp
	77	23s	12	gac	4	aaa
	8	gca	14	ttc	11	caa	10	gca
	130	atc	10	aca	8	tac	5	ggc
	17	16s	13	aaa	5	gta	5	aaa
			10	gga	97	5s	65	caa
			7	atc	141	23s	17	tac
			7	aac	20	16s	5	gta
			6	agc			24	gaa
			22	gaa			4	acc
							9	aac
							82	5s
							141	23s
							9	16s

bc063

chromosome

bc063. Bacillus atrophaeus 1942
bc063	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	777	75
2*16atcgca235
16s23s5s-aac-acc
16s23s5s-atgf-gac
2*16s23s5s-21,16 aas
	interc		interc
	176	16s	4	gaa
	106	23s	3	agc
	9	5s	17	aac
	5	aac	15	atc
	35	tcc	9	gga
	10	gaa	24	cac
	7	gta	14	ttc
	38	atgf	39	gac
	15	gac	36	atgf
	5	ttc	6	tca
	18	aca	2	atgi
	10	tac	21	atgj
	25	tgg	6	gca
	9	cac	14	cca
	47	caa	11	cgt
	5	ggc	14	tta
	6	tgc	42	ggc
	673	tta	7	cta
	16	ttg	37	aaa
			41	aca
			22	gta
			54	5s
			176	23s
			21	16s

bc065

chromosome

bc065. Bacillus atrophaeus subsp. globigii BSS
bc065	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	888	80
16s23s5s-atgf-gac
16s23s5s-aac-acc
3*16s23s5s-21,16,9 aas
	interc		interc
	176	16s	4	gaa
	106	23s	3	agc
	9	5s	17	aac
	5	acc	15	atc
	35	tcc	9	gga
	10	gaa	24	cac
	7	gta	14	ttc
	38	atgf	39	gac
	15	gac	36	atgf
	5	ttc	6	tca
	18	aca	2	atgi
	10	tac	21	atgj
	25	tgg	6	gca
	9	cac	14	cca
	47	caa	11	cgt
	5	ggc	14	tta
	6	tgc	42	ggc
	673	tta	7	cta
	16	ttg	37	aaa
			41	aca
	176	16s	22	gta
	54	23s	54	5s
	22	5s	176	23s
	30	gta	21	16s
	37	aca
	8	aaa
	42	cta
	14	ggc
	9	tta
	14	cgt
	6	cca
	9	gca

bc066

chromosome

bc066. Bacillus bombysepticus str. Wang
bc066	rRNAs	tRNAs
8*16s23s5s	13,13,13	95
4*16s23s5s-22,19,15,8 aas
12aas-16s23s5s-atgf-gac
	interc		interc		interc		interc
	140	16s	140	16s	5	gaa	3	aac
	96	23s	97	23s	7	agc	8	agc
	8	5s	4	5s	7	aac	5	gaa
	2	aac	4	gta	10	atc	25	gta
	17	tcc	9	aca	13	gga	3	atgf
	4	gaa	22	cac	10	aaa	87	gac
	26	gta	29	cta	14	aca	5	caa
	3	atgf	16	ggc	13	ttc	16	aaa
	9	gac	3	tta	3	gac	93	ctc
	18	ttc	10	cgt	27	atgf	4	cgt
	10	aca	16	cca	62	tca	1	cca
	7	tac	20	gca	4	atgi	75	gga
	20	tgg	54	tca	20	atgj	140	16s
	63	cac	20	tca	15	gca	44	23s
	5	caa	3	atgf	10	cca	12	5s
	14	ggc	8	gac	3	cgt	3	atgf
	10	tgc	9	ttc	16	tta	174	gac
	15	ttg	3	aca	29	ggc	14
			10	tgg	22	cta
	140	16s	8	atc	9	cac
	86	23s	1	aac	4	aca
	9	5s	19	gaa	4	gta
	4	aac			97	5s
	24	acc			140	23s
	5	gaa			22	16s
	17	gta
	65	tac
	5	caa
	86	aaa
	8	gca

bc067

chromosome

bc067. Bacillus cellulosilyticus DSM 2522
bc067	rRNAs	tRNAs
7*16s23s5s	10,10,10	83
16atcgca235-9aas
2*16s23s5s-16,16aas
	interc		interc		interc
	159	16s	303	16s	71	aaa
	13	atc	67	23s	32	gaa
	176	gca	8	5s	5	agc
	67	23s	3	aac	1	aac
	8	5s	11	tcc	32	atc
	5	gta	150	gaa	39	gga
	18	aca	261	gta	3	cgt
	14	aaa	55	atgf	6	ggc
	48	cta	33	gac	10	caa
	25	ggc	10	ttc	19	cac
	3	tta	62	aca	6	tgg
	64	cgt	20	tac	28	tac
	7	cca	23	tgg	5	gac
	11	gca	10	cac	12	tca
			7	caa	25	atgj
			6	ggc	5	gca
			30	tgc	67	5s
			41	tta	316	23s
			16	ttg	16	16s

bc074

chromosome

bc074. Bacillus cereus Al Hakam
bc074	rRNAs	tRNAs
5*16s23s5s	14,14,14	118
16s23s5s-atgf-gac
2*16atcgca235
5*16s23s5s-22,20,15,9,9 aas
13aas-16s23s5s
	interc		interc			interc
	1	gaa	10	ttg		10	gca
	3	aac	14	tgc		9	cca
	10	atc	5	ggc		3	cgt
	3	tgg	65	caa		16	tta
	16	aca	12	cac		29	ggc
	10	ttc	14	tgg		13	cta
	3	gac	10	tac		13	aaa
	24	atgf	14	aca		5	aca
	93	tca	9	ttc		4	gta
	15	tca	3	gac		87	5s
	14	gca	24	atgf		139	23s
	10	cca	5	gta		9	16s
	3	cgt	10	gaa
	16	tta	5	tcc		140	16s
	29	ggc	9	aac		98	23s
	16	cta	92	5s		4	5s
	4	aaa	140	23s		6	gta
	11	caa	15	16s		9	aca
	9	tac				24	cac
	4	gta	45	5s	comp	29	cta
	98	5s	140	23s	comp	16	ggc
	140	23s	75	16s	comp	3	tta
	20	16s	1	gga	comp	10	cgt
			3	cca	comp	14	cca
	10	gca	92	cgt	comp	16	gca
	5	ggc	3	ctc	comp	4	atgj
	5	aaa	15	cta	comp	17	atgi
	65	caa	5	aaa	comp	24	tca
	16	tac	85	caa	comp	2	atgf
	5	gta	2	gac	comp	11	gac
	23	gaa	24	atgf	comp	14	ttc
	4	acc	5	gta	comp	10	aca
	8	aac	8	gaa	comp	12	aaa
	98	5s	3	agc	comp	11	gga
	141	23s	13	aac	comp	4	atc
	9	16s				8	aac
						6	agc
						22	gaa

bc090

chromosome

bc090. Bacillus cereus Q1
bc090	rRNAs	tRNAs
7*16s23s5s	13,13,13	95
16atcgca235
4*16s23s5s-22,20,15,9 aas
11aas-16s23s5s-atgf-gac
	interc		interc		interc		interc
	141	16s	140	16s	6	gaa	3	aac	dir
	96	23s	97	23s	7	agc	8	agc	dir
	8	5s	5	5s	7	aac	4	gaa	dir
	2	aac	8	gta	10	atc	46	gta	dir
	17	tcc	11	tac	13	gga	87	gac	dir
	5	gaa	4	caa	10	aaa	5	caa	dir
	24	gta	14	aaa	14	aca	17	aaa	dir
	3	atgf	29	cta	12	ttc	97	ctc	dir
	9	gac	16	ggc	1	gac	4	cgt	dir
	18	ttc	3	tta	27	atgf	1	cca	dir
	10	aca	10	cgt	17	tca	75	gga	dir
	7	tac	15	cca	4	atgi	141	16s	dir
	19	tgg	20	gca	20	atgj	45	23s	dir
	63	cac	51	tca	16	gca	12	5s	dir
	5	caa	27	tca	10	cca	3	atgf	dir
	14	ggc	3	atgf	3	cgt	13	gac	dir
	10	tgc	9	gac	16	tta
	15	ttg	9	ttc	29	ggc	140	16s
			6	aca	22	cta	82	23s
			10	tgg	9	cac	9	5s
			8	atc	4	aca	4	aac
			1	acc	4	gta	24	acc
			20	gaa	98	5s	5	gaa
					141	23s	17	gta
					22	16s	65	tac
							5	caa
							5	aaa
							10	ggc
							9	gca

bc097

chromosome
RND: efflux RND transporter permease subunit
SprT: SprT family protein
K-ligase: lysine--tRNA ligase
CBS: CBS domain-containing protein
TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE
gsp: group-specific protein
MgtC: MgtC/SapB family protein
HNH: HNH endonuclease
kinase: glycerate kinase

bc097. Bacillus cytotoxicus NVH 391-98
bc097	rRNAs	tRNAs
5*16s23s5s	13,13,13	107
2*16atcgca235
12aas-16s23s5s-atgf-gac
5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas
		interc
	comp	753	cds	RND
	dir	242	16s
	dir	222	23s			long	interc
	dir	4	5s		dir	465	101	cds	SprT
	dir	9	gta		dir	72	6	aac
	dir	10	tac		dir	91	6	agc			interc
	dir	5	caa		dir	75	5	gaa		dir	381	cds	K-ligase
	dir	13	aaa		dir	76	35	gta		dir	242	16s
	dir	29	cta		dir	76	74	gac		dir	144	23s
	dir	10	ggc		dir	75	5	caa		dir	4	5s
	dir	3	tta		dir	73	15	aaa		dir	5	gta
	dir	4	cgt		dir	81	3	cta		dir	10	aca
	dir	10	cca		dir	86	91	ctc		dir	14	aaa
	dir	14	gca		dir	77	4	cgt		dir	29	cta
	dir	59	tca		dir	77	1	cca		dir	10	ggc
	dir	19	tca		dir	71	71	gga		dir	3	tta
	dir	3	atgf		dir	1554	242	16s		dir	8	cgt
	dir	8	gac		dir	2926	92	23s		dir	10	cca
	dir	14	ttc		dir	116	10	5s		dir	9	gca	-
	dir	6	aca		dir	77	3	atgf
	dir	11	tgg		dir	76	176	gac
	dir	9	atc		dir	474	14	cds	TsaE
	dir	1	caa
	dir	167	gaa
	dir	20	cds	CBS

	< dir	273	cds	gsp
	comp	7	gaa
	comp	4	agc			interc
	comp	4	aac		comp	344	cds	hp
	comp	11	atc		dir	242	16s
	comp	13	gga		dir	149	23s			interc
	comp	10	aaa		dir	8	5s		dir	218	cds	hp
	comp	14	aca		dir	5	aac		dir	242	16s
	comp	9	ttc		dir	12	tcc		dir	145	23s
	comp	1	gac		dir	5	gaa		dir	8	5s
	comp	19	atgf		dir	23	gta		dir	4	aac
	comp	17	tca		dir	3	atgf		dir	23	acc
	comp	4	atgi		dir	8	gac		dir	5	gaa
	comp	17	atgj		dir	14	ttc		dir	9	gta
	comp	14	gca		dir	9	aca		dir	63	tac
	comp	8	cca		dir	7	tac		dir	5	caa
	comp	3	cgt		dir	10	tgg		dir	5	aaa
	comp	10	tta		dir	113	cac		dir	10	ggc
	comp	29	ggc		dir	4	caa		dir	97	gca
	comp	18	cta		dir	10	ggc		dir	9	cds	kinase
	comp	9	cac		dir	11	tgc
	comp	5	aca		dir	309	ttg
	comp	4	gta		dir	15	cds	HNH
	comp	144	5s
	comp	237	23s
	comp	366	16s
	dir	22	cds	MgtC

bc125

chromosome
Les blocs sont emboités. Ils sont tous 16s23s5s. Met avec atgj. Quand les blocs se suivent j’ajoute une ligne pour le 16s suivant.
- Première boîte, les blocs sont tous 16s23s5s-xaas, 21 16 12 9.

- Deuxième boîte, les blocs sont tous 16s23s5s-xaas, (14 10 12 9), sauf la boîte 12 qui est 10aas-16s23s5s-atgf-gac.
GlgB: 1,4-alpha-glucan branching protein GlgB
SIS: SIS domain-containing protein
kinase: kinase/pyrophosphorylase
exo III: exodeoxyribonuclease III
P3hi: 6-phospho-3-hexuloisomerase
MgtC: MgtC/SapB family protein
Y-rec: tyrosine-type recombinase/integrase
SprT: SprT family protein
TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE

bc125.
bc125	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	12,12,12	123
2*16atcgca235
suite3-16s23s5s
10aas-16s23s5s-atgf-gac
7*16s23s5s-21,16,14,12,10,9,9
	1ère bte
	comp	466	cds	GlgB
	comp	5	gaa			interc
	comp	3	agc		comp	808	cds	SIS
	comp	149	aac		comp	17	aac			interc
	comp	4	atc		comp	70	atc		comp	517	cds	kinase
	comp	17	gga		comp	9	tgc		comp	4	atc
	comp	22	cac		comp	31	caa		comp	9	gga		dir	351	cds	hp
	comp	38	ttc		comp	32	cac		comp	7	tgg		dir	307	16s
	comp	3	gac		comp	28	tac		comp	24	tac		dir	91	23s
	comp	29	atgf		comp	17	gac		comp	15	tca		dir	7	5s
	comp	17	tca		comp	104	tca		comp	19	atgj		dir	161	gta
	comp	12	atgi		comp	23	atgj		comp	9	gca		dir	19	aca
	comp	19	atgj		comp	17	cca		comp	9	cca		dir	9	aaa
	comp	17	gca		comp	12	cgt		comp	5	tta		dir	8	cta
	comp	5	cca		comp	11	ggc		comp	8	ggc		dir	5	ggc
	comp	7	cgt		comp	242	aaa		comp	10	cta		dir	13	tta
	comp	5	tta		comp	104	aca		comp	186	aca		dir	17	cgt
	comp	9	ggc		comp	4	gta		comp	91	5s		dir	18	cca
	comp	9	cta		comp	41	gaa		comp	307	23s		dir	9	gca
	comp	163	aaa		comp	91	5s		comp	555	16s		dir		16s	suite2
	comp	162	aca		comp	284	23s		comp	12	cds	exo III
	comp	8	gta		comp	437	16s
	comp	145	5s		comp	16	cds	P3hi
	comp	286	23s
	comp	506	16s
	dir	21	cds	MgtC
	2ème bte
	dir	271	cds	hp					dir	146	cds	SprT
	dir	284	16s			interc			dir	4	aac			interc
	dir	143	23s		dir	254	cds	hp	dir	15	agc		dir	307	16s	suite2
	dir	10	5s		dir	142	16s		dir	49	gaa		dir	91	23s
	dir	7	aac		dir	144	23s		dir	22	gac		dir	7	5s
	dir	18	tcc		dir	10	5s		dir	8	caa		dir	161	gta
	dir	4	gaa		dir	26	aac		dir	62	cta		dir	19	aca
	dir	20	gta		dir	18	acc		dir	60	ctc		dir	9	aaa
	dir	3	atgf		dir	7	gaa		dir	16	cgt		dir	8	cta
	dir	38	gac		dir	176	gta		dir	15	cca		dir	5	ggc
	dir	32	ttc		dir	8	aca		dir	106	gga		dir	13	tta
	dir	7	tac		dir	46	tac		dir	308	16s		dir	17	cgt
	dir	14	tgg		dir	8	caa		dir	91	23s		dir	18	cca
	dir	41	cac		dir	56	aaa		dir	165	5s		dir	9	gca
	dir	5	caa		dir	6	ggc		dir	3	atgf		dir		16s	suite3
	dir	8	ggc		dir	255	gca		dir	155	gac
	dir	6	tgc		dir	10	cds	arginase	dir	12	cds	TsaE
	dir	132	ttg
	dir	14	cds	Y-rec

bc147

chromosome

bc147. Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
bc147	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s encadrés	10,10,10	86
2*16atcgca235
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac
16s23s5s-21, 16, 9, 6aas
		interc		interc		interc
	16s	164	cgt	13	gaa	25
	23s	55	gga	159	agc	3
	5s	20	16s	167	aac	10
	gta	4	23s	55	atc	15
	aca	36	5s	13	gga	10
	aaa	6	atgf	60	cac	17
	cta	40	gac	4	ttc	12
	ggc	14			gac	11
	tta	9	16s	167	atgf	17
	cgt	27	23s	111	tca	6
	cca	9	5s	9	atgi	2
	gca	170	aac	5	atgj	19
	16s	164	tcc	34	gca	5
	23s	55	gaa	9	cca	15
	5s	9	gta	9	cgt	9
			atgf	11	tta	14
	16s	164	gac	12	ggc	5
	23s	55	ttc	5	ctg	10
	5s	46	aca	22	aaa	37
	aac	4	tac	5	aca	32
	acc	56	tgg	24	gta	20
	ggc	30	cac	9	16s	55
	cgt	27	caa	49	23s	167
	cca	8	ggc	5	5s	21
	gca	171	tgc	7
	16s	164	tta	265
	23s	55	ttg	16
	5s	183
	16s	164
	23s	55
	5s	6

bc158

chromosome
Les blocs sont emboités. Ils sont tous de type 16s23s5s-xaas, 22 20 15 9 9, sauf 14 avec 12aas-16s23s5s-atgf-gac.
lactate: L-lactate dehydrogenase
CBS: CBS domain-containing protein
SprT: SprT family protein
K-ligase: lysine--tRNA ligase
TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE
DUF3884: DUF3884 family protein
kinase: glycerate kinase

bc158. Bacillus thuringiensis Bt407
bc158	rRNAs	tRNAs
5*16s23s5s	14,14,14	142
2*16atcgca235
suite2-16s23s5s
5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas
12aas-16s23s5s-atgf-gac
		interc
	comp	680	cds	lactate		interc
	comp	6	gaa		dir	113	cds	hp
	comp	7	agc		dir	140	16s
	comp	7	aac		dir	97	23s
	comp	10	atc		dir	5	5s
	comp	13	gga		dir	8	gta
	comp	10	aaa		dir	11	tac
	comp	14	aca		dir	4	caa
	comp	9	ttc		dir	15	aaa
	comp	3	gac		dir	29	cta
	comp	28	atgf		dir	16	ggc
	comp	17	tca		dir	3	tta
	comp	4	atgi		dir	10	cgt
	comp	20	atgj		dir	15	cca
	comp	15	gca		dir	20	gca
	comp	10	cca		dir	53	tca
	comp	3	cgt		dir	19	tca
	comp	16	tta		dir	3	atgf
	comp	29	ggc		dir	8	gac
	comp	22	cta		dir	10	ttc
	comp	10	cac		dir	3	aca
	comp	4	aca		dir	10	tgg
	comp	4	gta		dir	8	atc
	comp	97	5s		dir	1	aac
	comp	140	23s		dir	129	gaa
	comp	103	16s		dir	20	cds	CBS
	comp	22	cds	hp
		interc
	dir	113	cds	SprT
	dir	3	aac			interc
	dir	8	agc		dir	372	cds	K-ligase
	dir	4	gaa		dir	140	16s
	dir	26	gta		dir	97	23s
	dir	3	atgf		dir	4	5s
	dir	86	gac		dir	4	gta
	dir	5	caa		dir	13	aca
	dir	17	aaa		dir	14	aaa
	dir	93	ctc		dir	29	cta
	dir	4	cgt		dir	16	ggc
	dir	1	cca		dir	3	tta
	dir	76	gga		dir	8	cgt
	dir	139	16s		dir	9	cca
	dir	46	23s		dir	9	gca
	dir	12	5s		dir	-	16s	suite2
	dir	3	atgf
	dir	174	gac
	dir	14	cds	TsaE
		interc
	dir	112	cds	hp
	dir	139	16s
	dir	97	23s			interc
	dir	8	5s		dir	103	cds	hp
	dir	2	aac		dir	140	16s
	dir	17	tcc		dir	86	23s
	dir	4	gaa		dir	9	5s
	dir	26	gta		dir	4	aac
	dir	3	atgf		dir	21	acc
	dir	9	gac		dir	5	gaa
	dir	18	ttc		dir	16	gta
	dir	10	aca		dir	65	tac
	dir	7	tac		dir	5	caa
	dir	19	tgg		dir	5	aaa
	dir	63	cac		dir	10	ggc
	dir	5	caa		dir	116	gca
	dir	14	ggc		dir	9	cds	kinase
	dir	10	tgc
	dir	144	ttg
	comp	15	cds	DUF3884

bc165

chromosome
Les blocs sont emboités. Ils sont tous de type 16s23s5s-xaas, 20 15 9, sauf 14 avec 12aas-16s23s5s-atgf-gac.
DUF3884: DUF3884 family protein
CBS: CBS domain-containing protein
SprT: SprT family protein
kinase: glycerate kinase
TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE

bc165. Bacillus thuringiensis MC28
bc165	rRNAs	tRNAs
10*16s23s5s	15,15,15	78
16s23s5s-gaa
3*16s23s5s-20,15,9
12aas-16s23s5s-atgf-gac
		interc
	dir	139	cds	hp
	dir	141	16s
	dir	97	23s			interc
	dir	4	5s		dir	403	cds	hp
	dir	8	gta		comp	141	16s
	dir	12	tac		comp	98	23s
	dir	4	caa		comp	8	5s
	dir	18	aaa fin		comp	2	aac
	dir	31	cta deb		comp	18	tcc
	dir	16	ggc		comp	4	gaa
	dir	3	tta		comp	26	gta
	dir	10	cgt		comp	3	atgf
	dir	15	cca		comp	11	gac
	dir	20	gca		comp	18	ttc
	dir	56	tca		comp	10	aca
	dir	20	tca		comp	7	tac
	dir	3	atgf		comp	19	tgg
	dir	8	gac		comp	63	cac
	dir	10	ttc		comp	5	caa
	dir	6	aca		comp	14	ggc
	dir	10	tgg		comp	10	tgc
	dir	9	atc		comp	152	ttg
	dir	1	aac		dir	15	cds	DUF3884
	dir	132	gaa
	dir	20	cds	CBS
		interc
	dir	114	cds	SprT
	dir	3	aac
	dir	8	agc			interc
	dir	4	gaa		dir	224	cds	hp
	dir	25	gta		dir	141	16s
	dir	3	atgf		dir	86	23s
	dir	87	gac		dir	9	5s
	dir	5	caa		dir	4	aac
	dir	16	aaa		dir	22	acc
	dir	98	ctc		dir	5	gaa
	dir	4	cgt		dir	16	gta
	dir	1	cca		dir	65	tac
	dir	76	gga		dir	5	caa
	dir	141	16s		dir	5	aaa
	dir	45	23s		dir	10	ggc
	dir	12	5s		dir	117	gca
	dir	2	atgf		dir	9	cds	kinase
	dir	174	gac
	dir	14	cds	TsaE

bc244

chromosome

bc244. Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365
bc244	rRNAs	tRNAs
4*16atcgca235	999	98
16atcgca235-5aas
2*16s23s5s
16s23s5s-6, 5aas
		interc		interc
	cds	161	cds	298
	gta	3	5s	68
	gaa	138	23s	208
	atgj	6	16s	436
	tcc	8	cds	-8
	aac	7	cds	138
	5s	69	gac	3
	23s	126	gta	2
	gca	69	cgt	35
	atc	105	ggc	19
	16s	547	cca	3
	cds	7	aac	7
			5s	68
	cds	200	23s	208
	gac	26	16s	501
	gaa	3	cds	6
	gta	2
	cgt	35
	ggc	36
	5s	68
	23s	208
	16s	153
	cds	5

bc328

chromosome

bc328. Listeria monocytogenes EGD
bc328	rRNAs	tRNAs
2*16s23s5s	666	67
2*16s23s5s-21,9
16atcgca235-14aas
16atcgca235-aac-acc
		interc		interc		interc
	16s	244	gaa	5	ttg	45
	23s	80	agc	34	tgc	19
	5s	13	aac	6	ggc	5
	gta	8	atc	25	caa	29
	aca	41	gga	23	cac	15
	aaa	5	cac	28	tgg	7
	cta	14	ttc	4	tac	20
	ggc	21	gac	4	ttc	4
	tta	12	atgf	42	gac	6
	cgt	10	tca	22	atgf	21
	cca	19	atgi	11	gta	56
	gca	341	atgj	42	gaa	33
	16s	244	gca	22	tcc	6
	23s	80	cca	10	aac	14
	5s	9	cgt	9	5s	80
			tta	14	23s	172
			ggc	15	gca	46
	acc	24	cta	5	atc	127
	aac	14	aaa	41	16s	16
	5s	80	aca	8
	23s	172	gta	13
	gca	46	5s	81
	atc	127	23s	244
	16s	4	16s	21

bc384

chromosome

bc384. Paenibacillus mucilaginosus 3016
bc384	rRNAs	tRNAs
5*16s23s5s	14,14,14	175
9*16s23s5s-23 22 19
17 16 12 11 9 9
		interc		interc		interc		interc		interc
	cds	342	cds	677	cds	537	cds	373	cds	324
	ctc	28	16s	268	16s	252	16s	260	16s	258
	tcc	12	23s	95	23s	94	23s	168	23s	166
	atgf	14	5s	55	5s	43	5s	9	5s	31
	atgj	14	atc	19	atc	19	aac	6	aac	6
	agc	8	gca	16	gca	17	tcc	38	tcc	38
	tcg	4	gaa	9	gaa	8	gaa	11	gaa	11
	acc	4	tac	20	gta	5	gta	17	gta	17
	gca	119	aac	3	aca	10	atgf	13	atgf	15
	ncRNA	36	gta	19	tac	18	gac	49	gac	67
	cca	6	gac	20	aac	4	ttc	4	acg	11
	cgt	104	ttc	15	gta	21	aca	13	cac	10
	ggc	7	aaa	10	atgf	12	tac	8	caa	5
	ctg	9	ctg	3	gac	34	tgg	13	aaa	17
	aaa	9	ggc	12	cac	13	cac	26	ggc	40
	caa	9	tgc	15	caa	8	caa	9	ggc	24
	cac	17	cgt	5	aaa	17	ggc	12	ttg	5
	gac	12	cca	158	ctc	13	tgc	10	cca	19
	gta	4	gca	4	ctg	5	tta	20	gga	1
	aac	15	acc	5	ggc	14	cgt	3	aga	187
	tac	8	tcg	19	tgc	10	ttg	147	cds	16
	aca	5	agc	17	cgt	5	cds	17
	gaa	15	gtc	5	cca	105			cds	83
	gcc	9	acg	39	cds	19	cds	797	gga	5
	atc	54	tcc	41			16s	261	cca	16
	5s	112	ctc	283	cds	298	23s	94	cgt	4
	23s	258	cds	22	16s	254	5s	43	ggc	8
	16s	403			23s	168	atc	11	cta	42
	cds	23	cds	104	5s	15	gaa	5	aaa	8
			ggg	5	agc	29	gtc	5	caa	9
			cca	106	atgj	39	atgf	4	tgg	4
			cgt	11	gta	15	tgg	9	atgf	5
			ggc	5	atgf	14	caa	8	gtc	5
			ctg	13	gac	48	aaa	18	gaa	11
			ctc	16	ttc	5	ctg	4	atc	43
			aaa	10	aca	9	ggc	11	5s	94
			tac	28	tac	15	cgt	12	23s	255
			ttc	12	aaa	183	cca	577	16s	306
			5s	159	cds	9	cds	11	cds	12
			23s	256
			16s	537
			cds	9

bc393

chromosome

bc393. Paenibacillus polymyxa SC2
bc393	rRNAs	tRNAs
7*16s23s5s	14,13,13	165
16s-gca-235
16s-5s-atcgca-23s-8aas
16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas
3*16s23s5s-11, 17, 21 aas
		interc		interc		interc
	cds	392	cds	1 116	cds	726
	16s	207	16s	207	gga	9
	23s	76	23s	76	cca	22
	5s	34	5s	82	cgt	5
	atc	22	gca	4	ggc	10
	gca	4	aac	3	cta	11
	aac	34	tcc	19	aaa	4
	atgj	3	gaa	9	caa	55
	agc	31	gta	29	gta	11
	gaa	6	atgf	25	gaa	11
	gta	10	gac	13	acc	3
	atgf	25	aca	4	aac	18
	gac	50	tac	102	5s	76
	ttc	22	caa	4	23s	129
	aca	5	aaa	12	gca	20
	tac	16	cta	10	atc	38
	cac	18	ggc	5	5s	93
	caa	4	cgt	12	16s	367
	aaa	15	ttg	7	cds	13
	ctg	6	cca	7
	ggc	10	gga	1 133	cds	107
	tgc	26	cds	17	cca	7
	cgt	22			ttg	12
	cca	9	cds	412	cgt	5
	gga	204	16s	108	ggc	35
	cds	21	5s	39	aaa	28
			atc	20	gac	26
			gca	128	atgf	30
			23s	130	gta	9
			agc	28	gaa	17
			atgj	10	tcc	3
			gta	4	aac	18
			aca	19	5s	76
			gac	77	23s	400
			ttc	6	16s	493
			tac	7	cds	11
			aaa	154
			cds	10

bc413

chromosome

bc413. Staphylococcus aureus 04-02981
bc413	rRNAs	tRNAs
16atcgca235	755	63
16atcgca-235-26aas
16s23s5s-6aas
5s-8aas-16s-atc-235
ctc-gga-16s23s5s
23s°5s
		interc		interc
	ttg	38	5s	70	comp
	gga	103	23s	468	comp
	gga	7	16s	118	comp
	tgc	5	gga	21	comp
	caa	11	ctc	2	comp
	cac	2
	tgg	15	5s	12	direct
	tac	5	gta	16	direct
	aca	7	aca	6	direct
	ttc	18	aaa	33	direct
	gac	21	ggc	7	direct
	atgf	14	tta	5	direct
	tca	38	cgt	20	direct
	gac	10	cca	23	direct
	tca	9	gca	121	direct
	atgi	28	16s	92	direct
	atgj	21	atc	166	direct
	gca	17	23s	70	direct
	cca	9	5s	9	direct
	cgt	18
	tta	10	aaa	3
	ggc	3	caa	9
	cta	3	tac	29
	aaa	5	gta	7
	aca	16	gaa	1
	gta	11	aac	10
	5s	70	5s	70
	23s	212	23s	468
	gca	18	16s	6
	atc	89
	16s	28

bc499

chromosome

bc499. Streptococcus agalactiae 09mas018883
bc499	rRNAs	tRNAs
2*16-gca-235-aac	777	80
5*16-gca-235-17,15,12,9,4 aas
		interc		interc
	16s	47	16s	47
	gca	153	gca	155
	23s	72	23s	72
	5s	3	5s	3
	gta	2	gta	2
	gac	2	gac	2
	aaa	9	aaa	9
	cta	10	cta	10
	aca	35	aca	28
	ggc	8	atc	10
	tta	11	gaa	13
	cgt	7	tca	10
	cca	15	atgf	2
	atgj	19	ttc	11
	atgi	15	tac	6
	tca	10	tgg	14
	atgf	2	cac	6
	ttc	20	caa	10
	gga	34	ttg	16
	atc	13
	agc	18	16s	47
			gca	153
	16s	47	23s	72
	gca	153	5s	3
	23s	72	gta	2
	5s	3	gac	2
	gta	5	aaa	9
	gga	36	cta	10
	atc	10	aca	35
	gaa	13	ggc	8
	tca	10	tta	11
	atgf	2	cgt	7
	ttc	11	cca	10
	tac	6
	tgg	14	16s	47
	cac	6	gca	153
	caa	10	23s	72
	ttg	13	5s	3
			gta	5
			gga	36
			atc	10
			gaa	5

bc655

chromosome
permease: amino acid permease
PL17: 50S ribosomal protein L17
AraC: AraC family transcriptional regulator
MreC: rod shape-determining protein MreC
RaiA: ribosome-associated translation inhibitor RaiA

bc655. Streptococcus uberis 0140J
bc655	rRNAs	tRNAs
2*16-gca-235-aac-cgt	555	59
16s-gca-235-17, 12, 7 aas
		interc
	dir	361	cds	permease
	dir	66	16s			interc
	dir	193	gca		dir	592	cds	PL17
	dir	200	23s		dir	66	16s
	dir	15	5s		dir	193	gca
	dir	18	gta		dir	200	23s
	dir	73	gac		dir	15	5s
	dir	5	aaa		dir	9	gta
	dir	10	cta		dir	31	gga
	dir	13	aca		dir	16	atc
	dir	8	ggc		dir	5	caa
	dir	18	tta		dir	10	tca
	dir	3	cgt		dir	21	atgf
	dir	5	cca		dir	17	ttc
	dir	24	atgj		dir	5	tac
	dir	6	atgi		dir	11	tgg
	dir	10	tca		dir	8	cac
	dir	21	atgf		dir	22	caa
	dir	11	ttc		dir	82	ttg
	dir	32	gga		<>dir	13	cds	AraC
	dir	7	atc
	dir	69	agc
	dir	18	cds	MreC
		interc
	dir	83	cds	hp
	comp	16	gaa
	comp	50	atc
	comp	10	aca
	comp	5	cta
	comp	73	aaa
	comp	18	gac
	comp	15	gta
	comp	200	5s
	comp	193	23s
	comp	66	gca
	comp	345	16s
	comp	8	cds	RaiA

bc656

chromosome
SprT: SprT family protein

bc656. Terribacillus aidingensis MP602
bc656	rRNAs	tRNAs
4*16s23s5s	888	56
16s23s5s-aac-acc
16atcgca235
11aas-16s23s5s-atgf-gac
16s23s5s-13aas
		interc				interc
	dir	167	cds	SprT	dir	393	cds	hp
	dir	2	aac		dir	173	16s
	dir	8	agc		dir	233	23s
	dir	30	gaa		dir	12	5s
	dir	5	gac		dir	1	aac
	dir	16	caa		dir	17	tcc
	dir	77	aaa		dir	20	gaa
	dir	58	ctc		dir	36	gta
	dir	9	cgt		dir	122	atgf
	dir	35	cca		dir	28	gac
	dir	20	gga		dir	8	ttc
	dir	97	atc		dir	1	tac
	dir	173	16s		dir	16	tgg
	dir	288	23s		dir	74	cac
	dir	21	5s		dir	5	ggc
	dir	70	atgf		dir	15	tgc
	dir	45	gac		dir	215	ttg
	comp	13	cds	hp	<>dir	13	cds	hp

bc657

chromosome
Met: methionine adenosyltransferase
integrase: site-specific integrase
K-ligase: lysine--tRNA ligase
ISL3: ISL3 family transposase
regulator: response regulator transcription factor

bc657. Tetragenococcus halophilus NBRC 12172
bc657	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	555	62
16s23s5s-aac
2*16s-gca-235-25, 8aas
16s23s5s-12aas
		interc
	comp	208	cds	Met
	comp	7	gaa
	comp	24	agc		dir	230	cds	integrase
	comp	19	atc		comp	18	ttg
	comp	9	gga		comp	41	tgc
	comp	4	ttc		comp	11	caa
	comp	43	gac		comp	2	cac
	comp	47	atgf		comp	5	tgg
	comp	16	tca		comp	4	tac
	comp	13	gaa		comp	22	ttc
	comp	17	atc		comp	3	gac
	comp	1	gga		comp	13	gta
	comp	40	gac		comp	11	gaa
	comp	47	atgf		comp	47	tcc
	comp	29	tca		comp	5	aac
	comp	16	atgi		comp	78	5s
	comp	22	atgj		comp	218	23s
	comp	14	gca		comp	406	16s
	comp	3	cca		comp	12	cds	hp
	comp	13	cgt
	comp	15	tta
	comp	11	ggc
	comp	11	aca
	comp	13	cta
	comp	2	aaa
	comp	7	gta
	comp	79	5s
	comp	181	23s
	comp	60	gca
	comp	538	16s
	comp	26	cds	K-ligase

	dir	40	cds	ISL3
	dir	69	rpr
	comp	3	cca
	comp	13	cgt
	comp	15	tta
	comp	11	ggc
	comp	11	aca
	comp	13	cta
	comp	2	aaa
	comp	7	gta
	comp	82	5s
	comp	181	23s
	comp	60	gca
	comp	596	16s
	dir	9	cds	regulator

bc658

chromosome
MFS: MFS transporter
Penol: phosphoenolpyruvate carboxylase
transferase: undecaprenyl/decaprenyl-phosphate alpha-N-acetylglucosaminyl 1-phosphate transferase
SigmaK: SigmaK-factor processing regulatory protein BofA

bc658. Thermobacillus composti KWC4
bc658	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	555	61
16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg
2*16s-5s-atcgca-23s-9,5aas
16s-5s-23s-14aas
		interc
	dir	368	cds	MFS
	dir	101	16s
	dir	63	5s		comp	132	cds	transferase
	dir	21	atc		comp	15	tac
	dir	179	gca		comp	10	ttc
	dir	85	23s		comp	21	gac
	dir	3	aac		comp	5	gta
	dir	24	acc		comp	156	atgj
	dir	40	gaa		comp	166	23s
	dir	6	caa		comp	22	gca
	dir	9	aaa		comp	63	atc
	dir	133	cta		comp	104	5s
	dir	9	ggc		comp	319	16s
	dir	7	cgt		comp	7	cds	SigmaK
	dir	157	gga
	dir	11	cds	Penol

	dir	94	cds	hp
	comp	21	ttg
	comp	15	cgt
	comp	11	tgc
	comp	6	ggc
	comp	10	caa
	comp	20	cac
	comp	39	tgg
	comp	89	aca
	comp	37	gac
	comp	41	atgf
	comp	82	gta
	comp	18	gaa
	comp	6	tcc
	comp	146	aac
	comp	97	23s
	comp	104	5s
	comp	378	16s
	comp	14	cds	hp

bc659

chromosome
SprT: SprT family protein
B1: thiamine-phosphate kinase
ISL3: ISL3 family transposase

bc659. Virgibacillus sp. SK37
bc659	rRNAs	tRNAs
4*16s23s5s	777	54
16atcgca235-aac-acc
12aas-16s23s5s-atgf-gac
16s23s5s-14aas
		interc				interc
	dir	175	cds	SprT	dir	528	cds	hp
	dir	3	aac		dir	329	16s
	dir	7	agc		dir	151	23s
	dir	25	gaa		dir	36	5s
	dir	5	gac		dir	2	aac
	dir	263	caa		dir	16	tcc
	dir	17	aaa		dir	4	gaa
	dir	34	cta		dir	24	gta
	dir	58	ctc		dir	46	atgf
	dir	5	cgt		dir	38	gac
	dir	33	cca		dir	21	ttc
	dir	5	gga		dir	22	tac
	dir	226	atc		dir	10	tgg
	dir	309	16s		dir	22	cac
	dir	119	23s		dir	3	caa
	dir	180	5s		dir	9	ggc
	dir	131	atgf		dir	7	tgc
	dir	211	gac		dir	219	ttg
	dir	14	cds	B1	dir	14	cds	ISL3

bc660

chromosome
K-ligase: lysine--tRNA ligase

bc660. Weissella ceti WS08
bc660	rRNAs	tRNAs
16atcgca235	766	75
16s23s5s
16s23s5s-6aas:gta-gac-tgg-cac-ttg-cca
2*16atcgca235-17aas, 4aas-5s-aac
gga-16atcgca235-gta
		interc
	dir	434	cds	K-ligase
	dir	84	16s
	dir	6	atc
	dir	202	gca			interc
	dir	103	23s		dir	452	cds	hp
	dir	4	5s		dir	84	16s
	dir	2	gta		dir	6	other
	dir	42	aaa		dir	203	gca
	dir	76	aca		dir	90	23s
	dir	8	tta		dir	5	5s
	dir	37	cgt		dir	8	aac
	dir	26	cca		dir	82	acg
	dir	24	atgj		dir	33	gta
	dir	35	tca		dir	139	aca
	dir	3	atgf		dir	5	5s
	dir	8	gac		dir	63	aac
	dir	40	ttc		dir	7	cds	hp
	dir	17	gga
	dir	17	gga
	dir	16	gga
	dir	4	gga
	dir	42	atc
	dir	71	agc
	dir	19	cds	hp

génomes clostridia

Lien tableur: génomes clostridia

cd001 cd002 cd003 cd011 cd032 cd045 cd047 cd063 cd064 cd079 cd084 cd092 cd102 cd112 cd113 cd114 cd116 cd118 cd133 cd136 cd153 cd155 cd160 cd161 cd170

Liens annexe clostridia: cd133 cd136

cd001

chromosome

cd001. Acetobacterium woodii DSM 1030
cd001	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	655	62
16s-gcaatc-235-6aas
5aas-16s-gcaatc-235-6aas
5s
	interc		interc
	226	aaa	169	aaa
	22	tac	23	tac
	77	aca	163	aca
	15	gac	15	gac
	53	gaa	53	gaa
	11	aac	11	aac
	346	5s	346	5s
	333	23s	330	23s
	18	atc	18	atc
	245	gca	92	gca
	268	16s	8	16s
	9	tgc
	6	ggc
	311	ttc
	12	gac
	13	gta

cd002

chromosome

cd002. Acetohalobium arabaticum DSM 5501
cd002	rRNAs	tRNAs
16atcgca235	555	67
16atcgca235-6aas
3*16s23s5s-12,9,4 aas
	interc		interc
	80	16s	109	16s
	20	atc	109	23s
	53	gca	28	5s
	109	23s	9	caa
	27	5s	117	gaa
	9	aac	5	gta
	132	caa	3	gac
	5	gta	8	aca
	3	gac	17	aaa
	8	aca	57	atgf
	8	aaa	16	ttc
			10	cta
	30	cca	8	gga
	56	gga	13	aga
	17	atgf	12	cac
	8	aaa
	3	aca	109	16s
	5	gac	109	23s
	132	gta	28	5s
	8	gaa	8	caa
	28	caa	139	gaa
	109	5s	7	tac
	109	23s	4	ggc
	9	16s

cd003

cd003 11,10,10 chromosome 110 tRNAs

3*16s23s5s

16-gca-2355

16-atc-235

3*16s23s5s-22,13,9aas

2*16-gca-235,22,13aas

beCoA: bifunctional enoyl-CoA hydratase/phosphate acetyltransferase

2pK: two pore domain potassium channel family protein

Aspam: aspartate aminotransferase family protein

cd003. Alkaliphilus metalliredigens QYMF
cd003	long	inter
comp	1538	315	16s	suite1
comp	74	8	gga
comp	76	13	aca
comp	77	12	gac			long	interc
comp	77	83	atgf		dir	909	505	cds	beCoA
comp	76	77	atgj		dir	1538	61	16s
comp	76	9	ttc		dir	76	290	gca
comp	77	5	atc		dir	2938	179	23s
comp	77	6	cca		dir	117	8	5s
comp	76	22	tgg		dir	75	5	aac
comp	77	14	atgi		dir	89	15	tta
comp	77	9	cca		dir	76	5	atgf
comp	92	14	agc		dir	77	9	atgj
comp	89	8	tca		dir	75	8	gaa
comp	76	4	aaa		dir	76	125	gta
comp	76	6	caa		dir	77	69	gac
comp	77	8	aga		dir	85	39	tac
comp	74	8	gga		dir	83	321	cta
comp	76	13	aca		dir	75	12	ggc
comp	77	125	gac		dir	76	12	cac
comp	76	12	gta		dir	75	4	tgc
comp	75	6	gaa		dir	77	642	cgt
comp	76	68	atgf		comp	261	14	cds	hp
comp	117	126	5s
comp	2938	248	23s
comp	1538	589	16s
dir	819	22	cds	2pK

	long	interc
dir	819	135	cds	2pK
comp	74	36	gga			long	interc
comp	77	83	atgj		comp	1422	126	cds	Aspam
comp	76	77	atgf		comp	76	9	ttc
comp	76	9	ttc		comp	77	5	atc
comp	77	5	atc		comp	76	4	aaa
comp	77	6	cca		comp	75	27	ggc
comp	76	22	tgg		comp	83	137	cta
comp	77	14	atgi		comp	85	12	tac
comp	77	9	cca		comp	76	13	aca
comp	92	14	agc		comp	77	126	gac
comp	89	8	cta		comp	76	12	gta
comp	76	4	aaa		comp	75	6	gaa
comp	75	27	ggc		comp	76	15	atgf
comp	83	84	cta		comp	89	5	tta
comp	85	12	tac		comp	75	8	aac
comp	76	13	aca		comp	117	126	5s
comp	77	125	gac		comp	2938	349	23s
comp	76	12	gta		comp	1538	13	16s	suite1
comp	75	6	gaa
comp	76	14	atgf		comp	1538	378	16s	suite2
comp	89	5	tta		comp	76	9	ttc
comp	75	8	aac		comp	77	4	atc
comp	117	179	5s		comp	76	4	aaa
comp	2938	166	23s		comp	76	6	caa
comp	76	61	gca		comp	77	8	aga
comp	1538	23	16s	suite2	comp	74	8	gga
					comp	76	133	aca
					comp	76	12	gta
					comp	75	4	gaa
					comp	117	161	5s
					comp	2938	381	23s
					comp	1538	472	16s
					comp	387	9	cds	hp

cd011

chromosome

cd011. Butyrivibrio proteoclasticus B316
cd011	rRNAs	tRNAs
16s5s23s	666	51
16s5s23s-gac-aca
16s5s-atc-23s
agc-16s5s23s-6aas
tca-tcc-16s5s23s-5aas
16s5s-gca-23s-aac-gaa-tgc
	interc		interc
	510	agc	59	tca
	61	16s	156	tcc
	256	5s	61	16s
	76	23s	256	5s
	34	gac	77	23s
	30	gta	41	aac
	6	aca	5	gaa
	66	tac	36	atgi
	6	atgf	57	gta
	7	ttc	7	tta

	61	16s
	5	5s
	212	gca
	113	23s
	43	aac
	13	gaa
	4	tgc

cd032

chromosome
tRNAs: 70 obsolète, c'est 93

cd032. Clostridium beijerinckii 59B
cd032	rRNAs	tRNAs
7*16s23s5s	17,16,16	70
NCBI et gtRNAdb ne concordent pas.
2*16s23s5s-atgi-gca
16s23s5s-ttc-gac-gaa
2*16s23s-aac-5s
16s-atc-23s-aac
5s-ttc
16s-gca-23s5s
16235-aaa-cds-5s-aaa
16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc
	interc	long aas
	190	250	cds	direct
	5		aaa	comp
	159		5s	comp
	294	316	cds	comp
	7		aaa	comp
	138		5s	comp
	339		23s	comp
	771		16s	comp
	2	371	cds	comp

	543	341	cds	comp
	140		16s	direct
	3		gca	direct
	111		atc	direct
	70		23s	direct
	5		5s	direct
	4		ttc	direct
	167		tgc	direct
	4	99	cds	direct

cd045

chromosome

cd045. Clostridium botulinum BKT015925
cd045	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	10,10,10	87
16s23s5s-atgi-gca
16s23s5s-aaa
16s23s-aac-5s-aac
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
16s-gca-atc-235-6aas
gca-atc-gga-16s23s5s
16s-gca-atc-23s-aac
	interc
	61	gag
	6	caa
	4	aga
	19	gga
	16	cta
	4	gaa
	97	5s
	94	23s
	3	atc
	74	gca
	8	16s

cd047

chromosome

cd047. Clostridium botulinum CDC 297
cd047	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	554	53
16s23s5s-aac
16s23s5s-ttc
16s23s5s-aac-aac
16s5s-atgi-gca
	interc		long
	3	gca
	8	atgi
	79	5s
	117	16s
	2	cds	108 pb

cd063

chromosome
SfsA: DNA/RNA nuclease SfsA

cd063. Clostridium novyi NT
cd063	rRNAs	tRNAs
4*16s23s5s	10,10,10	81
16s23s-aac-5s-aac
16-gca-atc-23-aac
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa
16s23s5s-aaa
16s23s5s-atgi-gca
16-gca-atc-235-6 aas
		interc
	comp	237	cds	SfsA
	comp	53	gag
	comp	6	caa
	comp	5	aga
	comp	14	gga
	comp	17	cta
	comp	6	gaa
	comp	24	5s
	comp	127	23s
	comp	3	atc
	comp	80	gca
	comp	405	16s
	comp	8	cds	hp

cd064

chromosome
sigmaK: pro-sigmaK processing inhibitor BofA
SfsA: DNA/RNA nuclease SfsA

cd064. Clostridium pasteurianum BC1
cd064	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	999	77
16s23s5s-atgi-gca
2*16s23s5s-aaa
16s23s5s-ttc
16-atc-235-ttc-tgc
16s23s5s-aac
atgi-gca-16s23s5s-aac
16s23s5s-5aas
		long	interc
	dir	255	844	cds	sigmaK
	dir	1513	235	16s
	dir	2907	118	23s
	dir	117	26	5s
	dir	75	62	gaa
	dir	84	7	cta
	dir	75	7	ggc
	dir	74	3	gga
	dir	77	509	aga
	dir	693	5	cds	SfsA

cd079

chromosome

cd079. Clostridium tetani 12124569
cd079	rRNAs	tRNAs
16s23s5s-atgi-gca	546	53
16s23s5s-aaa
16s23s5s-ttc
16s-atc-23s
16s°-atc-235-atgi-gca
23s5s-aaa
	interc	long
	200	2848	23s	comp
	66		atc	comp
	166	553	16s°	comp

	6		gca	comp
	6		atgi	comp
	107	117	5s	comp
	200	2822	23s	comp
	66		atc	comp
	3	1467	16s	comp

cd084

chromosome
cds: MLMPSVAHFNIAPSMARRSLSLFAIHGIAILEHPCSLKTAQREKQNAKCESKDNEMAFKF

cd084. Dehalobacter restrictus DSM 9455 PER-K23
cd084	rRNAs	tRNAs
2*16-gca-235	444	54
16s23s5s
16atcgca-cds-235

cd092

chromosome
cobI: cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase

cd092. Desulfosporosinus acidiphilus SJ4
cd092	rRNAs	tRNAs
5*16s23s5s	898	68
2*16atcgca235
16-gca-235
8aas-16s
	comp	456	cds	cobI
	comp	4	tta
	comp	11	tgc
	comp	1	gga
	comp	7	aac
	comp	61	agc
	comp	6	acc
	comp	6	tca
	comp	215	gac
	comp	47	16s
	dir	8	cds	hp

cd102

chromosome

cd102. Eubacterium acidaminophilum DSM 3953
cd102	rRNAs	tRNAs
2*16-gca-235	777	69
2*16s23s5s
2*16-gca-235-22,21aas
16s23s5s-8aas
	interc	long		interc	long		interc	long
	356	1911	cds	415	1605	cds	196	828	cds
	65	1534	16s	65	1534	16s	5		gga
	34		gca	34		gca	27		ggc
	93	2916	23s	93	2916	23s	79		cta
	5	117	5s	5	117	5s	11		tac
	17		aac	11		aac	6		aca
	7		atgf	15		tta	6		gac
	17		gaa	7		atgf	16		gta
	5		gta	17		gaa	5		gaa
	9		gac	5		gta	93	117	5s
	5		aca	49		gac	82	2916	23s
	7		tac	8		aca	510	1534	16s
	9		gga	24		cta	8	888	cds
	10		aga	9		ggc
	8		caa	23		aga
	34		aaa	9		caa
	7		tca	11		aaa
	25		ttc	24		tca
	4		atgj	5		agc
	29		atgi	7		cca
	9		cca	25		atc
	9		cac	40		atgi
	8		aaa	6		tgg
	16		tgc	47		cca
	22		cta	6		atgi
	88		cgt	34		ttc
	22	279	cds	23		atgj

cd112

chromosome
tcc-16s-cds-235-19aas hp ci-dessous
- MRKEGAYKRYVTDRRRNPTKKIPKSEARKVFLKRRRSVKHCNFTESKREQTKAIQSERKQAENNKFSKVKTFTRYFFVNSRRMMRREGVYINT
16s-cds-235 cds ci-dessous
- MRKEGAYKRYVTDRRRNPTKKIPKSEARKVFLKRRRSVKHCNFTESKREQTKAIQSERKQAENNKFSKVKTFTRYFFVNSRRMMRREGVYINT
tcg-16s23s-gca-5s-12aas
- 50S ribosomal protein L32 ci-dessous

- MAVPKRKTAKSATRSRRSANMKMTAKTLVKCSNCGEFALPHHVCAECGHYKGREVIAK
DUF2232: DUF2232 domain-containing protein
nucD: nucleoside deaminase
CDP-arc: CDP-archaeol synthase
PL32: 50S ribosomal protein L32

cd112. Filifactor alocis ATCC 35896
cd112	rRNAs	tRNAs
16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga	444	48
tcc-16s-cds-235-19aas
16s-cds-235
tcg-16s23s-gca-5s-12aas
		interc				interc
	comp	403	cds	DUF2232	comp	118	cds	CDP-arc
	comp	109	agg		comp	57	tgg
	comp	6	tgc		comp	6	atc
	comp	41	cac		comp	13	cca
	comp	9	atgi		comp	26	agc
	comp	14	atgj		comp	16	aag
	comp	4	ttc		comp	18	aaa
	comp	15	tca		comp	63	gga
	comp	4	aaa		comp	10	tac
	comp	10	caa		comp	28	aca
	comp	11	aga		comp	5	gac
	comp	6	ggc		comp	35	gta
	comp	6	cta		comp	5	gaa
	comp	28	aca		comp	172	5s
	comp	5	gac		comp	62	gca
	comp	35	gta		comp	606	23s
	comp	2	gaa		comp	495	16s
	comp	7	atgf		comp	200	tcg
	comp	8	tta		Comp	14	cds	PL32
	comp	29	aac
	comp	234	5s
	comp	54	23s
	comp	253	cds	hp
	comp	841	16s
	comp	54	tcc
	Comp	20	cds	nucD

cd113

chromosome
pepb: peptidoglycan-binding protein
prepilin: prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain-containing protein

cd113. Finegoldia magna ATCC 29328
cd113	rRNAs	tRNAs
16s-atc-235	444	48
16s23s5s
16s-gca-235-11 aas
16s-gca-235-18 aas
		interc				interc
	dir	337	cds	pepb	dir	430	cds	aminopeptidase
	dir	42	16s		dir	42	16s
	dir	124	gca		dir	124	gca
	dir	43	23s		dir	43	23s
	dir	318	5s		dir	193	5s
	dir	3	aac		dir	3	aac
	dir	4	tta		dir	4	tta
	dir	26	atgf		dir	129	atgf
	dir	101	atgj		dir	7	gaa
	dir	7	gaa		dir	41	gta
	dir	41	gta		dir	5	gac
	dir	5	gac		dir	23	aca
	dir	23	aca		dir	35	tac
	dir	11	tac		dir	5	gga
	dir	39	ggc		dir	7	aga
	dir	875	cgt		dir	4	gaa
	dir	12	cds	hp 4904 aas!!	dir	5	aaa
					dir	19	tca
					dir	20	agc
					dir	69	atgi
					dir	0	ttc
					dir	135	tgg
					dir	86	cgg
					comp	19	cds	prepilin

cd114

chromosome
Alag: alanine--glyoxylate aminotransferase family protein
D-alanyl: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase

cd114. Halanaerobium hydrogeniformans
cd114	rRNAs	tRNAs
16atcgca235	444	59
2*16atcgca235-acc
16s23s5s-13 aas
	comp	184	cds	Alag
	comp	4	ggc
	comp	48	tac
	comp	8	gcc
	comp	6	acc
	comp	74	gac
	comp	29	gta
	comp	11	gaa
	comp	11	agc
	comp	12	atgj
	comp	36	gga
	comp	8	atgf
	comp	20	aaa
	comp	29	caa
	comp	32	5s
	comp	94	23s
	comp	680	16s
	comp	13	cds	D-alanyl

cd116

chromosome
SppA : signal peptide peptidase SppA
MnmAa : tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA assembly pathway, ATPase PilB
MnmA : tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA

cd116. Halobacteroides halobius DSM 5150
cd116	rRNAs	tRNAs
16s23s5s-aac	555	78
16s23s5s-caa-gaa-tac-ggc
16atcgca235-acc
16s23s5s-8 aas
16s23s5s-21 aas
		interc
	comp	381	cds	hp
	dir	95	16s
	dir	89	23s
	dir	76	5s
	dir	22	caa
	dir	54	gaa
	dir	128	gta
	dir	4	gac
	dir	6	aca
	dir	18	aaa
	dir	4	gga
	dir	150	cca
	dir	8	cds	SppA

	comp	110	cds	MnmAa
	comp	131	riboswitch
	comp	133	cac
	comp	9	aga
	comp	13	gga
	comp	13	ttc
	comp	4	atgf
	comp	10	aaa
	comp	18	gcc
	comp	54	gta
	comp	39	gaa
	comp	133	cac
	comp	9	aga
	comp	7	gga
	comp	13	cta
	comp	13	ttc
	comp	4	atgf
	comp	6	aaa
	comp	4	aca
	comp	5	gac
	comp	55	gta
	comp	22	gaa
	comp	76	caa
	comp	90	5s
	comp	95	23s
	comp	404	16s
	comp	21	cds	MnmA

cd118

chromosome
blocs rares 16s5s-gcc-23s

cd118. Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547
cd118	rRNAs	tRNAs
2*16s5s-gcc-23s	10,10,10	109
16s5s-gcc-23s-19aas
16s5s-gcc-23s-5aas
16s5s23s-aaa-acc-ctc
16s5s-atc-23s-aac
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf
15aas-16s5s-atcgca-23s
cgg-tgg-16s5s-gcc-23s-5aas
ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf
	interc		interc		interc		interc
	541	cds	260	cds	219	cds	487	cds
	253	16s	5	gac	236	23s	252	16s
	64	5s	10	gta	6	gca	64	5s
	234	gcc	4	gaa	64	atc	6	atc
	119	23s	18	aaa	328	5s	229	gca
	6	tcc	103	caa	505	16s	112	23s
	10	ccg	237	23s	1	ggc	6	aac
	14	gga	64	gcc	32	ctg	243	atgf
	1	cac	328	5s	42	ccc	4	cds
	9	tgc	651	16s	4	cgt
	3	gtc	6	cds	120	ggc	155	cds
	6	ttc			42	atgj	213	ttc
	4	tac	439	cds	16	agc	563	cds
	17	caa	237	23s	6	atgf	252	16s
	4	aaa	64	gcc	7	aac	64	5s
	5	gaa	328	5s	4	gaa	141	atc
	5	gta	460	16s	18	aaa	100	23s
	7	gac	5	tgg	4	caa	6	aac
	43	agc	207	cgg	91	tac	102	atgf
	30	ccc	3	cds	7	gtc	4	cds
	3	ctg			325	tgc
	4	ggc	464	cds	17	cds	704	cds
	4	cgt	327	16s			252	16s
	352	acc	226	5s			64	5s
	20	cds	98	23s			194	atc
			4	aaa			112	23s
			8	acc			109	aac
			89	ctc			2	cds
			3	cds

cd133

chromosome
CwlD: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
glycosyl: glycosyl transferase
B6: pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
anar: anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
anara: anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
TIGR00159: TIGR00159 family protein

cd133.
cd133	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	9,10,10	85
2*16s-gca-235
16s23s-gga-5s
16s23s5s-43aas
16s23s5s-18aas
16s-gca-235-9aas
16s23s-aca
	long	interc			long	interc
	1206	505	cds	glycosyl	705	281	cds	CwlD
	1508	279	16s		1509	279	16s
	2900	180	23s		2901	131	23s
	117	6	5s		117	6	5s
	75	6	aac		75	4	aac
	86	15	tta		75	5	gaa
	76	7	atgf		76	5	gta
	75	9	gaa		77	10	gac
	74	5	gga		75	14	aca
	76	5	gta		85	9	tac
	77	9	gac		74	10	gga
	75	14	aca		77	9	aga
	85	8	tac		76	11	caa
	84	29	cta		76	2	aaa
	77	7	aga		89	17	tca
	76	88	caa		91	8	agc
	89	3	tca		77	85	cca
	76	6	ttc		76	60	tgg
	77	11	atgj		77	6	cca
	77	23	atgi		77	3	atc
	77	7	cca		76	7	ttc
	77	8	cac		77	114	atg	18
	76	7	aaa		1391	68	16s
	74	6	tgc		76	271	gca
	75	5	aac		2900	126	23s
	86	15	tta		117	213	5s
	76	7	atgf		1185	372	cds	B6
	75	9	gaa		2352	21	cds	anar
	74	5	gga		540	776	cds	anara
	76	5	gta		1508	52	16s
	77	9	gac		76	373	gca
	75	14	aca		2900	126	23s
	85	9	tac		117	7	5s
	84	23	cta		75	5	aac
	75	24	ggc		86	15	tta
	77	9	aga		76	7	atgf
	76	8	caa		75	14	gaa
	76	2	aaa		74	5	gga
	89	3	tca		76	5	gta
	76	6	ttc		77	10	gac
	77	11	atgj		75	9	ggc
	77	17	atgi		74	975	aga
	77	8	cac		840	10	cds	TIGR00159
	76	7	aaa
	74	7	tgc
	77	12	cgt
	76	75	gta
	414	43	cds	hp

cd136

chromosome
Légende
- s° ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- s’ possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends
Y-rec1: tyrosine-type recombinase/integrase
helix: helix-turn-helix domain-containing protein
SigB1: SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
xylose: xylose isomerase
NadR: transcription repressor NadR
A-1 chlor: type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
SigB2: B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
B6: pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
anar: anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
anara: anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
pyruvate: pyruvate carboxylase
Phagep: phage portal protein
CwlD: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
TIGR00159: TIGR00159 family protein

cd136. Peptoclostridium difficile M68
cd136	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	14,16,13	110
16s’-gca-23s°-16s°-23s 16s°-gca-23s’
16s23s-gga-5s
16s23s-aca
16s-cds-23s°-5s-43aas
cds-cds-23s°-5s-18aas
16s°-23s°-5s-9aas
16s23s5s-19aas	16s	14
16s23s5s-tta-atgi	16s’	2
16s23s5s	16s°	5
16’-gca-235-tta-atgi	23s	10
23s5s	23s’	3
16s	23s°	11
16s23s°-cds	5s	14
3*16s-23s°
16s°-23s°-23s’-5s
23s°-5s
16s°gca-23s°
		long	interc				long	interc
						dir	774	179	cds	SigB1
	dir	645	214	cds	Y-rec1	dir	1438	161	16s
	dir	459	554	cds	helix	comp	117	201	5s
	dir	1740	0	cds	hp	comp	2893	217	23s
	dir	204	168	cds	hp	comp	1508	108	16s
	dir	827	133	23s°		comp	77	11	atgi
	dir	117	7	5s		comp	89	5	tta
	dir	75	5	aac		comp	117	201	5s
	dir	75	6	gaa		comp	2900	375	23s
	dir	76	6	gta		comp	76	52	gca
	dir	77	12	gac		comp	1264	100	16s’
	dir	75	15	aca		dir	1166	52	16s’
	dir	85	10	tac		dir	76	248	gca
	dir	74	11	gga		dir	596	100	23s°
	dir	77	10	aga		dir	577	321	16s°
	dir	76	12	caa		dir	2228	100	23s
	dir	76	3	aaa		dir	568	320	16s°
	dir	89	19	tca		dir	1633	100	23s°
	dir	91	9	agc		dir	2449	126	23s’
	dir	77	86	cca		dir	117	127	5s
	dir	76	61	tgg		dir	510		cds	NadR
	dir	77	6	cca
	dir	77	4	atc		comp	660	228	cds	A-1 chlor
	dir	76	8	ttc		dir	1351	321	16s
	dir	77	115	atgj	18	dir	488	101	23s°
	dir	1198	1	16s		comp	1420	250	23s°
	dir	687	100	cds	xylose	comp	76	52	gca
	dir	796	182	23s°		comp	564	100	16s°
	dir	117	7	5s		comp	285	217	23s°
	dir	75	7	aac		comp	1508	179	16s
	dir	86	16	tta		>comp	446	386	cds	SigB2
	dir	76	8	atgf		dir	1508	321	16s
	dir	75	10	gaa		dir	2900	181	23s
	dir	74	6	gga		dir	117	6	5s
	dir	76	6	gta		dir	75	6	aac
	dir	77	10	gac		dir	86	15	tta
	dir	75	15	aca		dir	76	7	atgf
	dir	85	11	tac		dir	75	9	gaa
	dir	84	29	cta		dir	74	5	gga
	dir	77	8	aga		dir	76	5	gta
	dir	76	90	caa		dir	77	9	gac
	dir	89	4	tca		dir	75	14	aca
	dir	76	7	ttc		dir	85	10	tac
	dir	77	12	atgj		dir	84	28	cta
	dir	77	30	atgi		dir	77	7	aga
	dir	77	8	cca		dir	76	89	caa
	dir	77	9	aca		dir	89	3	tca
	dir	76	8	aaa		dir	76	6	ttc
	dir	74	7	tgc		dir	77	11	atgj
	dir	75	7	aac		dir	77	29	atgi
	dir	86	16	tta		dir	77	7	cca
	dir	76	8	atgf		dir	77	8	cac
	dir	75	10	gaa		dir	76	353	aaa	19
	dir	74	6	gga		comp	117	126	5s
	dir	76	6	gta		comp	2036	582	23s'
	dir	77	10	gac		dir	1506	217	16s
	dir	75	15	aca		dir	2900	126	23s
	dir	85	10	tac		dir	117	216	5s
	dir	84	25	cta		comp	1185	372	cds	B6
	dir	75	25	ggc		dir	2352	21	cds	anar
	dir	77	10	aga		dir	540	778	cds	anara
	dir	76	9	caa		dir	1537	261	16s
	dir	76	3	aaa		dir	2899	201	23s
	dir	89	4	tca		dir	117	5	5s
	dir	76	7	ttc		dir	89	11	tta
	dir	77	12	atgj		dir	77	108	atgi
	dir	77	18	atgi		dir	1508	184	16s
	dir	77	9	cac		dir	645	100	23s°
	dir	76	8	aaa		<dir	259	112	cds	hp
	dir	74	8	tgc		comp	2110	375	23s’
	dir	77	13	cgt		comp	76	52	gca
	dir	76	76	gta	43	comp	578	282	16s°
	dir	414	308	cds	hp	dir	204	12	cds	hp
	dir	3432		cds	pyruvate	dir	1278		cds	Phagep

	dir	705	281	cds	CwlD
	dir	977	100	16s°
	dir	1519	126	23s°
	dir	117	7	5s
	dir	75	6	aac
	dir	86	15	tta
	dir	76	7	atgf
	dir	75	8	gaa
	dir	74	4	gga
	dir	76	5	gta
	dir	77	10	gac
	dir	75	9	ggc
	dir	74	954	aga
	dir	840	9	cds	TIGR00159

cd153

chromosome
Glutl: glutamate--tRNA ligase
Polyamine: polyamine aminopropyltransferase
DUF1646: DUF1646 domain-containing protein
MFS:MFS transporter
ABC: ABC transporter permease

cd153. Symbiobacterium thermophilum IAM 14863 IAM14863
cd153	rRNAs	tRNAs
2*16s23s5s	666	98
16s23s5s-gtg-gaa-cgg
2*16s23s5s-12aas
16s23s5s-13aas
		interc				interc
	dir	463	cds	Glutl	comp	333	cds	MFS
	dir	212	16s		comp	80	ccg
	dir	46	23s		comp	6	ccc
	dir	58	5s		comp	4	gcc
	dir	3	aac		comp	8	cac
	dir	6	ggc		comp	7	tgg
	dir	95	atgj		comp	5	cgg
	dir	5	ttc		comp	34	cgt
	dir	6	tac		comp	5	acc
	dir	7	ggc		comp	4	ctg
	dir	116	gtc		comp	47	ctc
	dir	5	gac		comp	5	gag
	dir	3	ctg		comp	112	cag
	dir	18	atc		comp	44	5s
	dir	2	acg		comp	281	23s
	dir	145	tcg		comp	914	16s
	dir	12	cds	Polyamine	comp	12	cds	ABC

	dir	416	cds	DUF1646
	dir	280	16s
	dir	46	23s
	dir	6	5s
	dir	5	aag
	dir	25	gag
	dir	5	atgj
	dir	5	ttc
	dir	6	tac
	dir	7	ggc
	dir	31	gcc
	dir	19	gtc
	dir	5	gac
	dir	49	ctg
	dir	3	acc
	dir	9	atc
	Dir	13	atgf

cd155

chromosome
permease: sulfate permease
HAMP: HAMP domain-containing protein
YunB: sporulation protein YunB
hCyst: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase

cd155. Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen G311
cd155	rRNAs	tRNAs
16atcgca235	533	48
16s23s5s
16s23s°23s5s
16s23s°23s5s-5s-5s
		long	interc
	comp	1119	606	cds	permease
	dir	1706	-1607	16s
	dir	104	1767	23s°
	dir	3095	50	23s
	dir	114	602	5s
	dir	3084	0	cds	HAMP

	dir	660	232	cds	YunB
	dir	1656	-1583	16s
	dir	107	1859	23s°
	dir	3267	50	23s
	dir	114	330	5s
	dir	109	557	5s
	dir	109	564	5s
	dir	2277	0	cds	hCyst

cd160

chromosome
16-cds-atcgca-23s16s°5s cds 222 (1er bloc)
- MRSRKKVVQKRAWQGRQTDGTGGVLMYVEDDMRLADAVRRSFSTTGNPRSIDHLSQDCLAVTSHCSVLRDHSS
16-cds-atcgca-23s16s°5s cds 222 (2ème bloc)
- MRSRKKVVQKRAWQGRQTDGTGGVLMYVEDDMRLADAVRRSFSTTGNPRSIDHLSQDCLAVTSHCSVLRDHSS
16s-cds-16s°-23s-cds-5s le 1er cds 222 (3ème bloc)
- MRSRKKVVQKRAWQGRQTDGTGGVLMYVEDDMRLADAVRRSFSTTGNPRSIDHLSQDCLAVTSHCSVLRDHSS

cd160. Thermincola potens JR
cd160	rRNAs	tRNAs
16-cds-atcgca-23s16s°5s	333	53
16-cds-atcgca-23s16s°5s
16s-cds-16s°-23s-cds-5s
		long	interc
	<comp	411	185	cds	hp
	dir	1541	12	16s
	dir	222	207	cds	hp
	dir	77	94	atc
	dir	76	356	gca
	dir	3168	-2889	23s
	dir	102	3026	16s°
	dir	117	89	5s
	comp	1143	2	cds	peptidase C45

		long	interc
	comp	429	185	cds	hp
	dir	1541	12	16s
	dir	222	207	cds	hp
	dir	77	94	atc
	dir	76	186	gca
	dir	3166	-2889	23s
	dir	102	3026	16s°
	dir	117	336	5s
	comp	549	2	cds	cytochrome c3

		long	interc
	dir	1242	56	cds	hp
	comp	117	126	5s
	dir	210	29	cds	hp
	comp	3168	-381	23s
	comp	102	761	16s°
	comp	222	12	cds	hp
	comp	1541	185	16s
	dir	447	0	cds	hp

cd161

chromosome
PS9: 30S ribosomal protein S9
tetra: tetratricopeptide repeat protein
SDR: SDR family oxidoreductase
DUF1657: DUF1657 domain-containing protein

cd161. Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1
cd161	rRNAs	tRNAs
2*16s23s5s	444	57
16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas
23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg
		long	interc
	dir	393	324	cds	PS9
	dir	1622	-1554	16s
	dir	106	1501	23s°
	dir	76	1	gca
	dir	77	64	atc
	dir	3351	-3087	23s
	dir	86	3032	16s°
	dir	152	9	5s
	dir	75	6	aac
	dir	75	9	gaa
	dir	76	25	atgi
	dir	77	9	gac
	dir	76	29	ttc
	dir	75	254	acg
	dir	1287	8	cds	tetra

		long	interc
	comp	738	128	cds	SDR
	comp	75	13	ggg
	comp	75	10	aac
	comp	109	32	5s
	comp	3731	-350	23s
	comp	86	331	16s°
	comp	1790	-1696	16s
	comp	447	1614	23s°
	comp	264	2	cds	DUF1657

cd170

chromosome
PS9: 30S ribosomal protein S9
HlyD: HlyD family efflux transporter periplasmicadaptor subunit

cd170. Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571
cd170	rRNAs	tRNAs
3*16s23s5s	555	58
16s23s5s-aac-ggg
16-gcaatc-235-6aas
		interc
	dir	353	cds	PS9
	dir	273	16s
	dir	1	gca
	dir	74	atc
	dir	266	23s
	dir	6	5s
	dir	6	aac
	dir	7	gaa
	dir	18	atgi
	dir	13	gac
	dir	269	ttc
	comp	186	acg
	dir	8	cds	HlyD

génomes negativicutes

Lien tableur: génomes negativicutes

en004 en010 en011 en012

en004

chromosome Lactobacillus

en004. Lactobacillus salivarius UCC118
en004	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	777	77
16atcgca235-9aas
2*16atcgca235-12aas
16235-19aas
16s23s5s-cds-tac-caa
16235-aac-gaa-acg
	interc		interc		interc		interc
	331	cds	356	cds	3	caa	15	acg
	103	16s	13	16s	151	tac	4	gaa
	31	atc	244	23s	248	cds	5	aac
	126	gca	5	5s	35	5s	240	5s
	244	23s	3	gta	13	23s	13	23s
	5	5s	65	aaa	2	16s	3	16s
	14	aac	4	aca
	14	tcc	12	ggc	527	cds	30	ttg
	2	gaa	8	tta	103	16s	24	tgc
	9	gta	6	cgt	31	atc	10	caa
	25	gac	24	cca	126	gca	6	cac
	4	ttc	16	atg	244	23s	12	tgg
	12	tac	40	atg	5	5s	4	tac
	6	tgg	10	tca	3	gta	25	ttc
	11	cac	4	atg	15	aaa	9	gac
	9	caa	9	gac	8	cta	2	gta
	30	tgc	19	ttc	4	aca	14	gaa
	149	ttg	8	gga	9	ggc	14	tcc
	14	cds	3	atc	8	tta	5	aac
			4	agc	47	cgt	244	5s
			22	gaa	4	cgt	126	23s
			4	atg	403	cca	31	gca
			201	gac	11	cds	103	atc
			19	cds			14	16s

en010

chromosome Negativicutes
Lien en010 [3]
- Adresse ncRNA 1637178..1637505, taille 328 pbs. Nom, /product="RNase P RNA component class B".

en010. Pelosinus sp. UFO1
en010	rRNAs	tRNAs
6*16s23s5s	16,15,14	99
3*16atcgca235
16-gca-235
16s23s5s-5s
16-gca-235-aac
16atcgca235-aac
16s23s5s-acc
16s-23s°
gga-5s-5aas-ncRNA-9aas
	interc
	212	gga
	8	5s
	5	aac
	53	atg
	14	cac
	4	caa
	44	agc
	25	ncRNA
	6	cgt
	1	ttc
	9	aca
	11	tac
	2	aaa
	6	gaa
	20	gta
	3	gac
	15	ggc

en011

chromosome Negativicutes

en011. Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421
en011	rRNAs	tRNAs
4*16s23s5s	777	73
16-gcaatc-235-cac-tgg-agc
16-gcaatc-2355-13 aas
16s23s
	interc
	133	cds	comp
	87	16s
	4	gca
	168	atc
	70	23s
	4	5s
	26	5s
	24	aac
	6	caa
	8	aaa
	7	gaa
	6	aag
	6	gta
	39	gac
	10	ttc
	14	aca
	18	gga
	23	tta
	55	ctg
	102	ctc
	15	cds

en012

chromosome Negativicutes

en012. Selenomonas sputigena ATCC 35185
en012	rRNAs	tRNAs
16s23s5s	444	55
16-gca-atc-235
16s23s5s-cac-tgg
16s23s5s-12aas
	interc
	320	cds	comp
	27	ctc	comp
	31	ctg	comp
	10	tta	comp
	12	gga	comp
	8	aca	comp
	5	ttc	comp
	4	gac	comp
	61	gta	comp
	41	aag	comp
	4	aaa	comp
	18	caa	comp
	4	aac	comp
	174	5s	comp
	406	23s	comp
	159	16s	comp
	293	cds	dir
	24	cgt	comp
	74	atg	comp
	5	ggc	comp
	105	ggc	comp
	15	cds	comp

↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010086.2

[1] ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010086.2

[1]