Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Firmicutes
Fiche mémoire sur Firmicutes
- Fiche en préparation
Tanger le 02.11.19
Bacilli
modifierBacilli blocs
modifier- Lien tableur: bacilli blocs
- Légende:
- - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
- - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
- - 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
- - 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
lien | blocs | 16s | total aas | avec | sans | total page | Bc001-25 | Notes | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | atcgca | autres | avant | |||||||||
bc001 | 16s23s5s | 4 | 60 | 40 | 20 | sans | 19 | 4 | avant | |||
16atcgca235-aac-acc | 1-3 | 3 | 2 | 3 | 3*cgt gga 16s23s5s atgf gac | |||||||
16atcgca235-22aas | 4-8 | 3 | ||||||||||
16s23s5s-12aas | 9-23 | 13 | 2 | 1-3 | ||||||||
24-43 | 2*16atcgca235-aac-acc | |||||||||||
bc002 | 16s23s5s-tca | 6 | 65 | 1 | 64 | 49 | total | 38 | 8 | 0 | 3 | 2*16s23s5s-atgf-gac |
5*16s23s5s | 16s23s5s-tca | |||||||||||
bc004 | 2*16s23s5s | 6 | 56 | 28 | 28 | autres incomplets | ||||||
16atcgca235-aac-acc | 16s°atcgca235 | |||||||||||
16s23s5s-atgf-gac | 16s°23s5s-16 aas | |||||||||||
2*16s23s5s-13,9 aas | 16s°atcgca235 | |||||||||||
bc008 | 2*16atcgca235 | 10 | 95 | 68 | 27 | |||||||
2*16s23s5s | ||||||||||||
5*16s23s5s-21,16,9,9,5 aas | ||||||||||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
bc014 | 4*16s23s5s | 8 | 89 | 59 | 30 | |||||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
2*16s23s5s-9,7 aas | ||||||||||||
16atcgca235-21 aas | ||||||||||||
16s°atcgca235 | ||||||||||||
16s°23s5s-16 aas | ||||||||||||
bc015 | 3*16s23s5s | 9 | 89 | 52 | 37 | |||||||
16atcgca235 | ||||||||||||
4*16s23s5s-21,16,9,7 aas | ||||||||||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
16s°atcgca235 | ||||||||||||
bc025 | 2*16s23s5s | 6 | 70 | 41 | 29 | |||||||
16atcgca235 | ||||||||||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
2*16s23s5s-21,16 aas | 49 | |||||||||||
lien | blocs | 16s | total aas | avec | sans | total page | Bc029-74 | Notes | ||||
bc029 | 4*16s23s5s | 11 | 112 | 98 | 14 | 16s23s5s | atcgca | autres | avant | |||
2*16atcgca235 | sans | 33 | 6 | 1 | avant | |||||||
4*16s23s5s-20,19,11,9 aas | 1-3 | 5 | 3 | 3*33,12,11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
33aas-16s23s5s-atgf-gac | 4-8 | 1 | 13aas-16s23s5s | |||||||||
9-23 | 22 | 2 | ||||||||||
bc034 | 5*16s23s5s | 10 | 94 | 81 | 13 | 24-43 | 1-3 | |||||
16atcgca235-15aas | 73 | total | 61 | 8 | 0 | 4 | 3*16s23s5s-atgf-gac | |||||
3*16s23s5s-22,20,9aas | 2*16s23s5s-aac-acc | |||||||||||
11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
bc063 | 16s23s5s | 7 | 75 | 45 | 30 | |||||||
2*16atcgca235 | ||||||||||||
16s23s5s-aac-acc | ||||||||||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
2*16s23s5s-21,16 aas | ||||||||||||
bc065 | 3*16s23s5s | 8 | 80 | 50 | 30 | |||||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
16s23s5s-aac-acc | ||||||||||||
3*16s23s5s-21,16,9 aas | ||||||||||||
bc066 | 8*16s23s5s | 13 | 95 | 68 | 27 | |||||||
4*16s23s5s-22,19,15,8 aas | ||||||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
bc067 | 7*16s23s5s | 10 | 83 | 43 | 40 | |||||||
16atcgca235-9aas | ||||||||||||
2*16s23s5s-16,16aas | ||||||||||||
bc074 | 5*16s23s5s | 14 | 118 | 94 | 24 | |||||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
2*16atcgca235 | ||||||||||||
5*16s23s5s-22,20,15,9,9 aas | ||||||||||||
13aas-16s23s5s | 73 | |||||||||||
lien | blocs | 16s | total aas | avec | sans | total page | Bc090-244 | Notes | ||||
bc090 | 7*16s23s5s | 13 | 95 | 83 | 12 | 16s23s5s | atcgca | autres | avant | |||
16atcgca235 | sans | 35 | 13 | avant | ||||||||
4*16s23s5s-22,20,15,9 aas | 1-3 | 1 | 6 | 5*(3*12),11,10aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
11aas-16s23s5s-atgf-gac | 4-8 | 3 | 1 | cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
9-23 | 26 | |||||||||||
bc097 | 5*16s23s5s | 13 | 107 | 93 | 14 | 24-43 | 1-3 | |||||
2*16atcgca235 | 85 | total | 65 | 14 | 0 | 6 | 16s23s5s-gaa | |||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas | ||||||||||||
bc125 | 16s23s5s | 12 | 123 | 107 | 16 | |||||||
2*16atcgca235 | ||||||||||||
suite3-16s23s5s | ||||||||||||
10aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
7*16s23s5s-21,16,14,12,10,9,9 | ||||||||||||
bc147 | 3*16s23s5s encadrés | 9 | 86 | 60 | 26 | |||||||
2*16atcgca235 | ||||||||||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
3*16s23s5s-21, 16, 9, 6aas | ||||||||||||
bc158 | 5*16s23s5s | 14 | 142 | 93 | 49 | |||||||
2*16atcgca235 | ||||||||||||
suite2-16s23s5s | ||||||||||||
5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas | ||||||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
bc165 | 10*16s23s5s | 15 | 78 | 59 | 19 | |||||||
16s23s5s-gaa | ||||||||||||
3*16s23s5s-20,15,9 | ||||||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
bc244 | 4*16atcgca235 | 9 | 98 | 26 | 72 | |||||||
16atcgca235-5aas | ||||||||||||
2*16s23s5s dont un encadré ici | ||||||||||||
2*16s23s5s-6, 5aas | 85 | |||||||||||
lien | blocs | 16s | total aas | avec | sans | total page | Bc328-656 | Notes | ||||
bc328 | 2*16s23s5s dont un encadré ici | 67 | 50 | 17 | 16s23s5s | atcgca | autres | avant | ||||
2*16s23s5s-21,9 | 6 | sans | 18 | 2 | 1 | 2 | avant | |||||
16atcgca235-14aas | 1-3 | 1 | 1 | 4 | 1 | 5s-8aas-16s-atc-235 | ||||||
16atcgca235-aac-acc | 4-8 | 1 | 1 | 2 | ctc-gga-16s23s5s | |||||||
9-23 | 15 | 2 | 6 | 11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
bc384 | 5*16s23s5s | 14 | 175 | 138 | 37 | 24-43 | 1 | |||||
9*16s23s5s-23 22 19 17 | 58 | total | 35 | 7 | 13 | 3 | 1-3 | |||||
16 12 11 9 9 aas | 16atcgca235-aac-acc | |||||||||||
16s23s5s-aac-acc | ||||||||||||
bc393 | 7*16s23s5s | 13 | 165 | 73 | 92 | 2*16-gca-235-aac | ||||||
16s-gca-235 | 2*16-gca-235-aac-cgt | |||||||||||
16s-5s-atcgca-23s-8aas | ||||||||||||
16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas | autres | |||||||||||
3*16s23s5s-11, 17, 21 aas | 16s-gca-235 | |||||||||||
16s-5s-atcgca-23s-8aas | ||||||||||||
bc413 | 16atcgca235 | 5 | 63 | 47 | 16 | 16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas | ||||||
16atcgca-235-26aas | ||||||||||||
16s23s5s-6aas | 2*16-gca-235-aac | |||||||||||
5s-8aas-16s-atc-235 | 5*16-gca-235-17,15,12,9,4 aas | |||||||||||
ctc-gga-16s23s5s | 2*16-gca-235-aac-cgt | |||||||||||
23s°5s | 3*16s-gca-235-17, 12, 7 aas | |||||||||||
bc499 | 2*16-gca-235-aac | 7 | 80 | 66 | 14 | 5s en trop | ||||||
5*16-gca-235-17,15,12,9,4 aas | 16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas | |||||||||||
23s°5s | ||||||||||||
bc655 | 2*16-gca-235-aac-cgt | 5 | 59 | 45 | 14 | 5s-8aas-16s-atc-235 | ||||||
3*16s-gca-235-17, 12, 7 aas | ||||||||||||
bc656 | 4*16s23s5s | 8 | 56 | 30 | 26 | |||||||
16s23s5s-aac-acc | ||||||||||||
16atcgca235 | ||||||||||||
11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
16s23s5s-13aas | 58 | |||||||||||
lien | blocs | 16s | total aas | avec | sans | total page | Bc657-660 | Notes | ||||
bc657 | 16s23s5s | 5 | 62 | 36 | 26 | 16s23s5s | atcgca | autres | avant | |||
16s23s5s-aac | sans | 7 | 1 | avant | ||||||||
2*16s-gca-235-25, 8aas | 1-3 | 2 | 1 | 2 | 12aas-16s23s5s-atgf-gac | |||||||
16s23s5s-12aas | 4-8 | 1 | 2 | 1 | gga-16atcgca235-gta | |||||||
9-23 | 3 | 2 | ||||||||||
bc658 | 16s-5s-23s | 5 | 61 | 58 | 3 | 24-43 | 1 | 1-3 | ||||
16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg | 23 | total | 13 | 6 | 2 | 2 | 16s23s5s-aac | |||||
2*16s-5s-atcgca-23s-9,5aas | 16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg | |||||||||||
16s-5s-23s-14aas | 16atcgca235-aac-acc | |||||||||||
bc659 | 4*16s23s5s | 7 | 54 | 32 | 22 | autres | ||||||
16atcgca235-aac-acc | 16s-5s-23s-14aas | |||||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | 2*16s-5s-atcgca-23s-9,5aas | |||||||||||
16s23s5s-14aas | 2*16s-gca-235-25, 8aas | |||||||||||
bc660 | 16atcgca235 | 6 | 75 | 38 | 37 | 5s en trop | ||||||
16s23s5s | 16atcgca235-4aas-5s-aac | |||||||||||
16s23s5s-6aas:gta-gac-tgg-cac-ttg-cca | ||||||||||||
2*16atcgca235-17aas, 4aas-5s-aac | ||||||||||||
gga-16atcgca235-gta | ||||||||||||
23 | ||||||||||||
lien | blocs | 16s | total aas | avec | sans | total pages | Total | |||||
32 | 16s23s5s | atcgca | autres | avant | ||||||||
sans | 112 | 26 | 1 | 3 | ||||||||
Total | 2827 | 1902 | 925 | 1-3 | 12 | 4 | 4 | 15 | ||||
Moyenne | 88 | 59 | 29 | 4-8 | 9 | 4 | 3 | 0 | ||||
ecartype | 30 | 28 | 19 | 9-23 | 79 | 8 | 6 | 0 | ||||
max | 175 | 138 | 92 | 24-43 | 0 | 1 | 1 | 0 | ||||
min | 54 | 1 | 3 | 288 | total | 212 | 43 | 15 | 18 |
Bacilli notes
modifier- Lien tableur: bacilli notes
avant | 1-3 | |
33,5*12,3*11,10aas-16s23s5s-atgf-gac | 4*16atcgca235-aac-acc | |
4*cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | 2*16-gca-235-aac | |
13aas-16s23s5s | 2*16-gca-235-aac-cgt | |
5s-8aas-16s-atc-235 | ||
ctc-gga-16s23s5s | 5*16s23s5s-atgf-gac | |
3*16s23s5s-aac-acc | ||
gga-16atcgca235-gta | 16s23s5s-gaa | |
16s23s5s-tca | ||
autres | 16s23s5s-aac | |
16s-gca-235 | 16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg | |
2*16-gca-235-aac | ||
2*16-gca-235-aac-cgt | autres incomplets | |
9*16-gca-235-2*17,15,2*12,9,8,7,4 aas | 16s°atcgca235 | |
16s-gca-235-25aas | 16s°23s5s-16 aas | |
3*16s-5s-atcgca-23s-9,8,5aas | 16s°atcgca235 | |
16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas | ||
16s-5s-23s-14aas | 5s en trop | |
16atcgca235-4aas-5s-aac | ||
zéro cds | 16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas | |
5s-8aas-16s-atc-235 | ||
incomplets | 23s°5s |
Bacilli typage
modifierbacilli blocs 16s-y-23s5s-z
modifier- Lien tableur: bacilli blocs 16s-y-23s5s-z
- Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
- Légende:
- - 16s5s-*: Pour 16s5s-y-23s où le type y peut être absent et donne 16s5s23s.
|
|
bacilli blocs intégrés
modifier- Lien tableur: bacilli blocs intégrés
avant inversé | Total intégré | ||||||
16s23s5s | 16s23s5s | atcgca | gca | autres | atc | total | |
---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | sans | 112 | 26 | 1 | *0 | 139 | |
1 | 1-3 | 13 | 5 | 4 | *0 | 22 | |
4 | 4-8 | 13 | 4 | 3 | *2 | 1 | 21 |
10 | 9-23 | 89 | 8 | 6 | *3 | 103 | |
1 | 24-43 | 1 | 1 | 1 | *0 | 3 | |
16 | total | 228 | 44 | 15 | *5 | 1 | 288 |
0 | Dont 16s5s-*-23s | 1 | 4 | 0 | *5 | 5 |
bacilli blocs 1-3
modifier- Lien tableur: bacilli blocs 1-3
- Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
- x 1-3 avant 16s
x 1-3 bacilli types tRNAs cgt-gga 4 ctc 2 ctc-gga 1 gga 6 ctc 1 cgt 4 gga 1
- z 1-3 après 5s
type | effectif | tRNA | effectif | % |
---|---|---|---|---|
1-3 après | atgf | 20 | 31 | |
aac-acc | 7 | gac | 19 | 29 |
atgf-gac | 5 | aac | 12 | 18 |
aac | 3 | acc | 7 | 11 |
aac-cgt | 2 | cgt | 2 | |
atgf-ctc-ctg | 1 | ctc | 1 | |
gaa | 1 | ctg | 1 | |
tca | 1 | gaa | 1 | |
1-3 avant/ap | tca | 1 | ||
atgf-gac | 14 | gta | 1 | |
gta | 1 | |||
total | 35 | total | 65 | 89 |
bacilli blocs 4-8
modifier- Lien tableur: bacilli blocs 4-8
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- Liens internes: Bacilli blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
- Notes:
- - Il y a 15 blocs répartis en 1 5 3 3 3 de respectivement 4 5 6 7 8 blocs chacun.
- - Les blocs bc014 et bc015 sont identiques et les blocs bc008 (4) et bc147 (6) sont identiques à leur début.
- - Le bloc bc147 est bordé par 2 clusters rRNA, 16s23s5s-6aas-16s23s5s.
- - Le bloc bc060 (5) a 5s en 5ème position: 16s-other-gca-23s5s-aac-acg-gta-aca-5s-aac.
- - 9 blocs débutent par aac et 3 par gta.
- - Le bloc bc657 est analogue à un bloc 9 des blocs 9-23
bc014 bc657 7 8 aac gta acc aaa ggc cta cgt aca cca ggc gca tta atgj cgt cca
tot | atgf | atgi | 5s | cds | |||
---|---|---|---|---|---|---|---|
93 | 1 | ||||||
ttt | tct | tat | tgt | ||||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgc | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 2 | tcc | 1 | tac | 4 | tgc | |
atc | 2 | acc | 5 | aac | 10 | agc | 1 |
ctc | ccc | cac | cgt | 7 | |||
gtc | gcc | gac | 5 | ggc | 7 | ||
tta | 1 | tca | taa | tga | |||
ata | aca | 4 | aaa | 5 | aga | ||
cta | 2 | cca | 6 | caa | 2 | cga | |
gta | 11 | gca | 4 | gaa | 6 | gga | 1 |
ttg | tcg | tag | tgg | ||||
atgj | 5 | acg | 1 | aag | agg | ||
ctg | ccg | cag | cgg | ||||
gtg | gcg | gag | ggg |
bacilli blocs 9-23
modifier- Lien tableur: bacilli blocs 9-23
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- Liens internes: Bacilli blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
- Note1: il y a 97 blocs.
- - Sont inclus 1 bloc 25 et 1 bloc 26.
- - 25 blocs à 9aas dont 14 et 7 sont identiques entre eux.
- - 31 blocs de 12-16aas dont 23 ont la séquence de bc001 en commun. Identiques 12(2+2), 14(3), 15(7), 16(7).
- - blocs 17aas, 2 sont analogues aux 12-16aas et 3 contiennent la séquence de 9aas dont 2 sont identiques
- - blocs 19aas 2/3 identiques et incluent la séquence 9aas
- - blocs 20aas 4/7 identiques et incluent la séquence 9aas
- - blocs 21aas 5 et 4/10 identiques et incluent la séquence 9aas
- - blocs 22aas 6/8 identiques et incluent la séquence 9aas
- - les blocs 25 et 26aas contiennent la séquence de 9aas
- - le bloc bc393 a un 5s en plus 16s5s-atcgca-23s-5s-11aas
- - bc147 et bc328 sont identiques mais leurs tRNAs sont bordés par 2 clusters rRNA 16s23s5s-9aas-16s23s5s.
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 25 1 4 6 2 4 8 11 5 0 3 7 10 8 1
- Note2: En éliminant les blocs doublons, la comparaison entre les effectifs du tableau 97= et 45# montre les tRNAs qui les composent: tta (55-19) gta (91-39) aca (81-33) gca (57-22) aac (65-28) ggc (91-41). Le tRNA atgi (20-7) pourrait rentrer dans ce décompte mais ses effectifs sont petits. Le 5ème tableau, #, donne ces différences négatives en pourcentage inférieurs à -3%. Les différences positives montrent que les tRNAs étaient sous estimés à cause des doublons.
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|
tot | # | atgf | atgi | 5s | cds | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|
1000 | 3 | -4 | |||||
ttc | -3 | tcc | 0 | tac | 3 | tgc | 1 |
atc | 5 | acc | 2 | aac | -5 | agc | 1 |
ctc | 3 | ccc | cac | -2 | cgt | 2 | |
gtc | 2 | gcc | 1 | gac | 5 | ggc | -4 |
tta | -11 | tca | 3 | taa | tga | ||
ata | aca | -9 | aaa | 0 | aga | 1 | |
cta | -3 | cca | 0 | caa | 4 | cga | |
gta | -7 | gca | -8 | gaa | 3 | gga | 7 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 2 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | agg | ||
ctg | 2 | ccg | cag | cgg | |||
gtg | gcg | gag | ggg | 1 |
bacilli blocs avant
modifier- Lien tableur: bacilli blocs avant
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence. Les tRNAs xxt ne sont pas affichés ici sauf pour cgt qui est déplacé avec le groupe des xxc et du coup cgc n'est pas représenté aussi. Les xxt et cgc sont toujours nuls.
- Notes: Les x et z longs des blocs avec des tRNAs avant 16s. Voir la mise en forme des notes et le lien tableur ci-dessus pour les détails.
- - Les 2 blocs de 4 de la liste du tableur ne sont pas décomptés ici.
- - Tous les blocs longs sont de la forme n-aas-16s23s5s sauf le bloc bc413 qui a atc et un 5s en plus 5s-8aas-16s-atc-23s5s.
- - 10 blocs de 10-13, un de 9 et un de 33
- - Ils ont tous après le 5s, le couple atgf-gac sauf bc074 et bc413 qui n'ont rien.
- - Les 10 blocs 10-13 ont 3 séquences de 3 gènes en commun
- - Le génome bc413 a atc dans les rRNAs et est analogue aux blocs à 9 des blocs après 9-23.
- - Le génome bc029 à 33 aas a la séquence de 6 aas du début égale à celle des 10-13 aas, et a une séquence de 7 analogue à celle des blocs à 9 des blocs après 9-23. Il a en plus 2 séquences de 10 aas dupliquées, séparées par une séquence de 8 aas contenant 2 tca côte à côte, gaa-gta-gac-caa-aaa-cta-ggc-tta-cgt-cca (voir le tableur).
- - bc034 90 sont identiques, de même bc066 158 165. Les doublons sont donc 3 fois [aac agc gaa gta gac caa aaa ctc cgt cca gga] et 2 fois atgf. Il reste donc 123 sans doublons.
Fréquences 9 10 11 12 13 33 1 1 3 5 1 1
- Remarques: 4 tRNAs sont absents ou faiblement représentés dans ces x-16 longs, tgg cac tac ttc, effectifs 1 0 0 1, pourcentages sur 123, 8 0 0 8 à comparer aux forts pourcentages des z9-23 sans doublons (dernier sous tableau) 30 34 38 38. Ce sont les 4 aromatiques des 20 acides aminés et tgg cac sont aussi absents chez les z4-8 des bacilli. Les x-16 longs se distinguent aussi par le tRNA ctc très abondant alors qu'il est quasiment absent chez les z9-23, effectif 7/123 contre 4/709.
- Les différences significatives avec les z9-23 sans doublons: Je retrouve les remarques pour cac ctc tac mais pas pour ttc et tgg. agc se comporte comme ctc mais les effectifs sont faibles comme pour le 5s. Les différences significatives de tac et cac sont accentuées quand je calcule avec doublons 158 pour x-16 et 1471 pour les z9-23. J'obtiens 0.9_0_10.2 pour tac et 1_0_10.4 pour cac. Les autres tRNAs à effectifs élevés, cca cgt gga, ne sont plus significatifs en considérant les doublons.
- Les différences significatives avec les z9-23 avec doublons: voir les effectifs des z9-23 sans doublons d'un total de 1471.
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bacilli total blocs longs
modifier- Lien tableur: bacilli total blocs longs
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- - 20 : gca aga ttg s'inversent dans les blocs longs des clostridia, ttg et gca deviennent nuls et aga devient majoritaire.
- - cga gtg gcg ggg agg cag n'existent quasiment pas, ni chez les clostridia ni chez les bacilli. Si les 5 qui se terminent par g suivent l’exemple des autres du même type de la dernière rangée, cga ne suit pas les tRNAs de sa rangée et du coup il est particulièrement atypique.
- Notes: Les décomptes sont faits à partir des blocs précédents, 4-8 9-23 avant, dans tableur. Éliminer les 2 petits blocs de avant, bc008 bc147.
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clostridia
modifierclostridia blocs
modifier- Lien tableur: clostridia blocs
- Légende: NCBI # gtRNAdb, différence entre
- - 16s, nombre de 16s taas, total tRNAs avec, avec rRNA sans, sans rRNA tpage, total de la page correspondant à une en-tête av16s, avec des tRNAs avant 16s. Pour contrôle, tpage plus le nombre d' incomplets de Notes doit être égal au 16s de fin d'en-tête
- - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
- - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
- - 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
- - 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd001-32 | Notes 1 | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
cd001 | 3*16s23s5s | 5 | 62 | 21 | 41 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
16s-gcaatc-235-6aas | sans | 15 | 1 | 2 | 2 | 2 | avant | ||||||||
5aas-16s-gcaatc-235-6aas | 1-3 | 7 | 1 | 1 | 5aas-16s-gcaatc-235-6aas | ||||||||||
5s | 4-8 | 1 | 1 | 1 | 3 | agc-16s5s23s-6aas | |||||||||
9-23 | 5 | 2 | tca-tcc-16s5s23s-5aas | ||||||||||||
cd002 | 16atcgca235 | 5 | 67 | 34 | 33 | 24-43 | |||||||||
16atcgca235-6aas | 44 | total | 28 | 2 | 4 | 5 | 2 | 0 | 3 | autres | |||||
3*16s23s5s-12,9,4 aas | 16s5s-atc-23s | ||||||||||||||
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc | |||||||||||||||
cd003 | 3*16s23s5s | 10 | 110 | 83 | 27 | 16s5s23s-gac-aca | |||||||||
16-gca-2355 | 16s5s23s | ||||||||||||||
16-atc-235 | incomplet | ||||||||||||||
3*16s23s5s-22,13,9aas | 16s-atc-23s-aac | ||||||||||||||
2*16-gca-235-22,13aas | 1-3 | ||||||||||||||
16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc | |||||||||||||||
cd011 | 16s5s23s | 6 | 51 | 21 | 30 | 16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc | |||||||||
16s5s23s-gac-aca | 16235-aaa-cds-5s-aaa | ||||||||||||||
16s5s-atc-23s | 16s5s23s-gac-aca | ||||||||||||||
agc-16s5s23s-6aas | 2*16s23s5s-atgi-gca | ||||||||||||||
tca-tcc-16s5s23s-5aas | 16s23s5s-ttc-gac-gaa | ||||||||||||||
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc | 2*16s23s-aac-5s | ||||||||||||||
cd013 | 16s23s5s | 3 | 52 | 4 | 48 | différents | |||||||||
2*16-gca-atc-235 | 2*16s23s-aac-5s | ||||||||||||||
16235-aaa-cds-5s-aaa | |||||||||||||||
cd032 | NCBI # gtRNAdb | 93 | 18 | 75 | |||||||||||
7*16s23s5s | 16 | cds | |||||||||||||
2*16s23s5s-atgi-gca | 16235-aaa-cds-5s-aaa | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc-gac-gaa | |||||||||||||||
2*16s23s-aac-5s | 5s en trop | ||||||||||||||
16s-atc-23s-aac | 16235-aaa-cds-5s-aaa | ||||||||||||||
16s-gca-23s5s | 16-gca-2355 | ||||||||||||||
16235-aaa-cds-5s-aaa | 5s-ttc | ||||||||||||||
16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc | 5s | ||||||||||||||
5s-ttc | 45 | ||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd045-59 | Notes 2 | |||||||
cd045 | 3*16s23s5s | 10 | 87 | 22 | 65 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
16s23s5s-atgi-gca | sans | 8 | 4 | 2 | 1 | avant | |||||||||
16s23s5s-aaa | 1-3 | 15 | 1 | 2 | 1 | 1 | gca-atc-gga-16s23s5s | ||||||||
16s23s-aac-5s-aac | 4-8 | 1 | 5s-atgi-gca-16-gca-atc-235-aac-aac | ||||||||||||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 9-23 | ||||||||||||||
16s-gca-atc-235-6aas | 24-43 | 1-3 | |||||||||||||
gca-atc-gga-16s23s5s | 36 | total | 23 | 0 | 2 | 6 | 3 | 0 | 2 | 3*16s23s5s-aaa | |||||
16s-gca-atc-23s-aac | 3*16s23s5s-aac | ||||||||||||||
2*16s23s5s-ttc | |||||||||||||||
cd047 | 16s23s5s | 5 | 53 | 6 | 47 | 16s23s5s-ggc | |||||||||
16s23s5s-aac | 16s23s5s-ttc-tgc | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc | 16s23s5s-aac-aac | ||||||||||||||
16s23s5s-aac-aac | 2*16s23s5s-atgi-gca | ||||||||||||||
16s5s-atgi-gca | 16s23s-aac-5s-aac | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | |||||||||||||||
cd055 | 3*16-gca-235 | 8 | 65 | 9 | 56 | 2*16-gca-235-aac | |||||||||
16-gca-235-aac | 16-atc-235-tgg | ||||||||||||||
16-atc-235-tgg | 16-gca-atc-235-aac | ||||||||||||||
16-atc-235 | |||||||||||||||
16s23s5s-aac | incomplets | ||||||||||||||
16s23s5s | 16s5s-atgi-gca | ||||||||||||||
16s-gca-atc-23s-aac | |||||||||||||||
cd057 | 16s23s5s | 9 | 80 | 17 | 63 | ||||||||||
16s23s5s-atgi-gca | différents | ||||||||||||||
16s23s5s-ggc | 16s23s-aac-5s-aac | ||||||||||||||
2*16s23s5s-aaa | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc | |||||||||||||||
16s23s5s-ttc-tgc | 5s en trop | ||||||||||||||
16-gca-atc-235-aac | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | ||||||||||||||
5s-atgi-gca-16 – | 5s-atgi-gca-16-gca-atc-235-aac-aac | ||||||||||||||
gca-atc-235-aac-aac | |||||||||||||||
cd059 | 2*16s23s5s | 6 | 59 | 5 | 54 | ||||||||||
16-atc-235 | |||||||||||||||
16-gca-235 | |||||||||||||||
16s23s5s-aac | |||||||||||||||
16-gca-235-aac | 38 | ||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd060-64 | Notes 3 | |||||||
cd060 | 16s23s5s | 7 | 63 | 10 | 53 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
16s23s5s-atgi-gca | sans | 8 | 1 | avant | |||||||||||
16-gca-atc-235-atgi-gca | 1-3 | 16 | 2 | 2 | 1 | atgf-16s23s5s | |||||||||
16-atc-235-ttc | 4-8 | 1 | 1 | atgi-gca-16s23s5s-aac | |||||||||||
16s23s5s-aac | 9-23 | ||||||||||||||
16s23s5s-aaa | 24-43 | 1-3 | |||||||||||||
16s23s | 32 | total | 25 | 0 | 3 | 0 | 2 | 0 | 2 | 16s23s5s-atgi | |||||
2*16s23s5s-aac | |||||||||||||||
cd062 | 2*16s23s5s | 9 | 74 | 13 | 61 | 2*16s23s5s-ttc | |||||||||
16s23s5s-atgi | 5*16s23s5s-aaa | ||||||||||||||
16s23s5s-aaa | 3*16s23s5s-atgi-gca | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc | 16s23s-aac-5s-aac | ||||||||||||||
16-gca-atc-235-aac | 16s23s5s-atgi-gca-aac | ||||||||||||||
atgf-16s23s5s | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | ||||||||||||||
16s23s5s-atgi-gca-aac | 16-atc-235-ttc | ||||||||||||||
16-gca-atc-23s | 16-atc-235-ttc-tgc | ||||||||||||||
5s-ttc | 16-gca-atc-235-aac | ||||||||||||||
16-gca-atc-235-atgi-gca | |||||||||||||||
cd063 | 4*16s23s5s | 10 | 81 | 18 | 63 | ||||||||||
16s23s-aac-5s-aac | incomplets | ||||||||||||||
16-gca-atc-23-aac | 16s23s | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 16-gca-atc-23s | ||||||||||||||
16s23s5s-aaa | 16-gca-atc-23-aac | ||||||||||||||
16s23s5s-atgi-gca | |||||||||||||||
16-gca-atc-235-6 aas | différents | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | |||||||||||||||
cd064 | 16s23s5s | 9 | 77 | 17 | 60 | 16s23s-aac-5s-aac | |||||||||
16s23s5s-atgi-gca | |||||||||||||||
2*16s23s5s-aaa | 5s en trop | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc | 5s-ttc | ||||||||||||||
16-atc-235-ttc-tgc | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | ||||||||||||||
16s23s5s-aac | |||||||||||||||
atgi-gca-16s23s5s-aac | |||||||||||||||
16s23s5s-5aas | 35 | ||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd067-92 | Notes 4 | |||||||
cd067 | 2*16s23s5s-atc-gca | 10 | 96 | 16 | 80 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
16s23s5s-gaa, aaa, aac, ttc | sans | 9 | 5 | 0 | 5 | 1 | 1-3 | ||||||||
16-gca-atc-235-ttc, aaa | 1-3 | 16 | 4 | 3*16s23s5s-aaa | |||||||||||
16-gca-atc-23-aac | 4-8 | 3*16s23s5s-ttc | |||||||||||||
16-gca-atc-235 – | 9-23 | 4*16s23s5s-aac | |||||||||||||
aac-5s-ttc-tgc | 24-43 | 16s23s5s-gaa | |||||||||||||
40 | total | 25 | 5 | 4 | 5 | 0 | 1 | 0 | 2*16s23s5s-atgi-gca | ||||||
cd071 | 3*16s23s5s-aac | 9 | 66 | 12 | 54 | 3*16s23s5s-atc-gca | |||||||||
16-gca-atc-235-ttc | 16-gca-atc-235-aaa | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc, aaa | |||||||||||||||
16s23s5s | 2*16-gca-atc-235-ttc | ||||||||||||||
16s23s5s-atc-gca | 16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc | ||||||||||||||
16s23s5s-atgi-gca | |||||||||||||||
incomplets | |||||||||||||||
cd079 | 16s23s5s-atgi-gca | 4 | 53 | 9 | 44 | 8aas-16s | |||||||||
16s23s5s-aaa | 16s-atc-23s | ||||||||||||||
16s23s5s-ttc | 16-gca-atc-23-aac | ||||||||||||||
16s-atc-23s | |||||||||||||||
16s°-atc-235-atgi-gca | autres incomplets | ||||||||||||||
23s5s-aaa | 23s5s-aaa | ||||||||||||||
16s°-atc-235-atgi-gca | |||||||||||||||
cd083 | 16s23s5s | 2 | 48 | 2 | 46 | ||||||||||
16atcgca235 | différents | ||||||||||||||
16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc | |||||||||||||||
cd084 | 2*16-gca-235 | 4 | 54 | 4 | 50 | ||||||||||
16s23s5s | cds | ||||||||||||||
16atcgca-cds-235 | 16atcgca-cds-235 | ||||||||||||||
cd089 | 2*16atcgca235 | 5 | 76 | 6 | 70 | 5s en trop | |||||||||
2*16-gca-235 | 16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc | ||||||||||||||
16s23s5s | |||||||||||||||
autres | |||||||||||||||
cd092 | 5*16s23s5s | 9 | 68 | 13 | 55 | 16atcgca-cds-235 | |||||||||
2*16atcgca235 | |||||||||||||||
16-gca-235 | |||||||||||||||
8aas-16s | 43 | ||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd095-118 | Notes 5 | |||||||
cd095 | 3*16-5s-23s | 10 | 70 | 16 | 54 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
16s-5s-atcgca-23s-gta-tta | sans | 6 | 1 | 2 | 1 | 5 | 3 | avant | |||||||
16-5s-atcgca-23-aac | 1-3 | 2 | 6 | 1 | 1 | 1 | gac-ttc-ggc-16s-5s-23s | ||||||||
2*16-5s-atgf-23s | 4-8 | 4 | 1 | 0 | 15aas-16s5s-atcgca-23s | ||||||||||
16-gcc-235-gta | 9-23 | 2 | 4 | 1 | 2 | cgg-tgg-16s5s-gcc-23s | |||||||||
gac-ttc-ggc-16s-5s-23s | 24-43 | ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | |||||||||||||
16s-23s | 43 | total | 14 | 7 | 0 | 6 | 2 | 8 | 6 | tcc-16s-cds-235-19aas | |||||
tcg-16s23s-gca-5s-12aas | |||||||||||||||
cd102 | 2*16-gca-235 | 7 | 69 | 55 | 14 | ||||||||||
2*16s23s5s | autres | ||||||||||||||
2*16-gca-235-22,21aas | 16-gcc-235-gta | ||||||||||||||
16s23s5s-8aas | 2*16s5s-gcc-23s | ||||||||||||||
2*16s5s-gcc-23s-19, 5aas | |||||||||||||||
cd112 | 16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga | 2*16-5s-atgf-23s | |||||||||||||
tcc-16s-cds-235-19aas | 16s-cds-235 | ||||||||||||||
16s-cds-235 | 4 | 48 | 39 | 9 | 3*16-5s-23s | ||||||||||
tcg-16s23s-gca-5s-12aas | 16s-5s-atcgca-23s-gta-tta | ||||||||||||||
16-5s-atcgca-23-aac | |||||||||||||||
cd113 | 16s-atc-235 | 4 | 48 | 32 | 16 | 16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | |||||||||
16s23s5s | 16s5s-atc-23s-aac | ||||||||||||||
16s-gca-235-11 aas | |||||||||||||||
16s-gca-235-18 aas | 1-3 | ||||||||||||||
16-gcc-235-gta | |||||||||||||||
cd114 | 16atcgca235 | 4 | 59 | 21 | 38 | 16s5s-atc-23s-aac | |||||||||
2*16atcgca235-acc | 16-5s-atcgca-23-aac | ||||||||||||||
16s23s5s-13 aas | 3*16atcgca235-acc | ||||||||||||||
16s-5s-atcgca-23s-gta-tta | |||||||||||||||
cd116 | 16s23s5s-aac | 5 | 78 | 35 | 43 | 16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | |||||||||
16s23s5s-caa-gaa-tac-ggc | 16s23s5s-aac | ||||||||||||||
16atcgca235-acc | 16s5s23s-aaa-acc-ctc | ||||||||||||||
16s23s5s-8 aas | |||||||||||||||
16s23s5s-21 aas | incomplets | ||||||||||||||
16s-23s | |||||||||||||||
cd118 | 2*16s5s-gcc-23s | 10 | 109 | 61 | 48 | ||||||||||
16s5s-gcc-23s-19aas | cds | ||||||||||||||
16s5s-gcc-23s-5aas | 16s-cds-235 | ||||||||||||||
16s5s23s-aaa-acc-ctc | tcc-16s-cds-235-19aas | ||||||||||||||
16s5s-atc-23s-aac | ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | ||||||||||||||
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | |||||||||||||||
15aas-16s5s-atcgca-23s | 44 | différents | |||||||||||||
cgg-tgg-16s5s-gcc-23s | 16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga | ||||||||||||||
ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | |||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd133-153 | Notes 6 | |||||||
cd133 | 3*16s23s5s | 10 | 85 | 75 | 10 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
2*16s-gca-235 | sans | 9 | 2 | 1-3 | |||||||||||
16s23s-gga-5s | 1-3 | 4 | 1 | 16’-gca-235-tta-atgi | |||||||||||
16s23s5s-43aas | 4-8 | 2*16s23s-gga-5s | |||||||||||||
16s23s5s-18aas | 9-23 | 5 | 1 | 16s23s5s-tta-atgi | |||||||||||
16s-gca-235-9aas | 24-43 | 1 | 16s23s5s-gtg-gaa-cgg | ||||||||||||
16s23s-aca | 23 | total | 19 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | ||||||
incomplets | |||||||||||||||
cd136 | 3*16s23s5s | 16 | 110 | 99 | 11 | 2*16s23s-aca | |||||||||
16s’-gca-23s°-16s°-23s | 16s’-gca-23s°-16s°-23s | ||||||||||||||
16s°-gca-23s’ | 16s-cds-23s°-5s-43aas | ||||||||||||||
16s23s-gga-5s | 16s23s°-cds | ||||||||||||||
16s23s-aca | 3*16s-23s° | ||||||||||||||
16s-cds-23s°-5s-43aas | 16s | ||||||||||||||
cds-cds-23s°-5s-18aas | |||||||||||||||
16s°-23s°-5s-9aas | autres incomplets | ||||||||||||||
16s°-gca-23s’ | |||||||||||||||
16s23s5s-19aas | 23s5s | ||||||||||||||
16s23s5s-tta-atgi | 16s°-23s°-23s’-5s | ||||||||||||||
16s23s5s | 16s°gca-23s° | ||||||||||||||
16’-gca-235-tta-atgi | |||||||||||||||
cds | |||||||||||||||
23s5s | 16s-cds-23s°-5s-43aas | ||||||||||||||
16s | cds-cds-23s°-5s-18aas | ||||||||||||||
16s23s°-cds | |||||||||||||||
16s23s°-cds | |||||||||||||||
3*16s-23s° | différents | ||||||||||||||
2*16s23s-gga-5s | |||||||||||||||
16s°-23s°-23s’-5s | |||||||||||||||
23s°-5s | 5s en trop | ||||||||||||||
16s°gca-23s° | cds-cds-23s°-5s-18aas | ||||||||||||||
16s°-23s°-5s-9aas | |||||||||||||||
cd153 | 2*16s23s5s | 6 | 98 | 40 | 58 | 23s°-5s | |||||||||
16s23s5s-gtg-gaa-cgg | |||||||||||||||
2*16s23s5s-12aas | |||||||||||||||
16s23s5s-13aas | 32 | ||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpage | Cd154-174 | Notes 7 | |||||||
cd154 | 2*16s-gcc-235 | 4 | 55 | 6 | 49 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | |||
2*16atcgca235 | sans | 13 | 7 | 4 | avant | ||||||||||
1-3 | 2 | 1 | 2 | 2 | 1 | cag-gag-16atcgca235-aac | |||||||||
cd155 | 16atcgca235 | 4 | 48 | 2 | 46 | 4-8 | 1 | 1 | |||||||
16s23s5s | 9-23 | autres | |||||||||||||
16s23s°23s5s | 24-43 | 2*16s-gcc-235 | |||||||||||||
16s23s°23s5s-5s-5s | 34 | total | 15 | 8 | 3 | 0 | 0 | 7 | 1 | 2*16-cds-atcgca-23s16s°5s | |||||
16s-cds-16s°-23s-cds-5s | |||||||||||||||
cd156 | 16s23s5s | 2 | 47 | 2 | 45 | 16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas | |||||||||
16atcgca235 | 23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | ||||||||||||||
cd157 | 16s23s5s-aac | 2 | 106 | 4 | 102 | 1-3 | |||||||||
16-gcaatc-235-aac | 16s23s5s-aac | ||||||||||||||
16s23s5s-aac-ggg | |||||||||||||||
cd158 | 2*16s23s5s | 3 | 53 | 3 | 50 | 23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | |||||||||
16atcgca235-aac | 16atcgca235-aac | ||||||||||||||
2*16-gcaatc-235-aac | |||||||||||||||
cd159 | 16atcgca235 | 2 | 51 | 7 | 44 | 16s-cds-16s°-23s-cds-5s | |||||||||
cag-gag-16atcgca235-aac | cds | ||||||||||||||
2*16-cds-atcgca-23s16s°5s | |||||||||||||||
cd160 | 2*16-cds-atcgca-23s16s°5s | 53 | 4 | 49 | 16s-cds-16s°-23s-cds-5s | ||||||||||
16s-cds-16s°-23s-cds-5s | 3 | ||||||||||||||
différents | |||||||||||||||
cd161 | 2*16s23s5s | 4 | 57 | 10 | 47 | 16s23s°23s5s | |||||||||
16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas | 16s23s°23s5s-5s-5s | ||||||||||||||
23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | 16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas | ||||||||||||||
23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | |||||||||||||||
cd170 | 3*16s23s5s | 5 | 58 | 10 | 48 | ||||||||||
16s23s5s-aac-ggg | 5s en trop | ||||||||||||||
16-gcaatc-235-6aas | 16s23s°23s5s-5s-5s | ||||||||||||||
cd173 | 2*16atcgca235 | 2 | 48 | 4 | 44 | ||||||||||
cd174 | 2*16s23s5s | 3 | 53 | 3 | 50 | ||||||||||
16-gcaatc-235-aac | 34 | ||||||||||||||
lien | blocs | 16s | taas | avec | sans | tpages | Total | ||||||||
43 | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | autres | av16s | ||||||||
sans | 68 | 14 | 2 | 15 | 5 | 10 | 5 | ||||||||
Total | 2938 | 888 | 2050 | 1-3 | 62 | 7 | 10 | 4 | 4 | 3 | 4 | ||||
Moyenne | 68 | 21 | 48 | 4-8 | 6 | 1 | 4 | 0 | 0 | 2 | 3 | ||||
ecartype | 19 | 23 | 19 | 9-23 | 12 | 0 | 0 | 7 | 0 | 1 | 2 | ||||
max | 110 | 99 | 102 | 24-43 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | ||||
min | 47 | 2 | 9 | 252 | total | 149 | 22 | 16 | 26 | 9 | 16 | 14 |
clostridia Notes
modifierLiens aux notes
modifier- Lien tableur: liens aux notes
- Légende:
- - Ce tableau ne sert qu'aux contrôles avec clostridia blocs
1-3 | 1-3 | 1-3 | 1-3 | 1-3 | 1-3 | 1-3 |
---|---|---|---|---|---|---|
3*16s23s5s-aaa | 16s23s5s-atgi | 3*16s23s5s-aaa | 16-gcc-235-gta | 16’-gca-235-tta-atgi | 16s23s5s-aac | |
16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc | 3*16s23s5s-aac | 2*16s23s5s-aac | 3*16s23s5s-ttc | 16s5s-atc-23s-aac | 2*16s23s-gga-5s | 16s23s5s-aac-ggg |
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc | 2*16s23s5s-ttc | 2*16s23s5s-ttc | 4*16s23s5s-aac | 16-5s-atcgca-23-aac | 16s23s5s-tta-atgi | 23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg |
16235-aaa-cds-5s-aaa | 16s23s5s-ggc | 5*16s23s5s-aaa | 16s23s5s-gaa | 3*16atcgca235-acc | 16s23s5s-gtg-gaa-cgg | 16atcgca235-aac |
16s5s23s-gac-aca | 16s23s5s-ttc-tgc | 3*16s23s5s-atgi-gca | 2*16s23s5s-atgi-gca | 16s-5s-atcgca-23s-gta-tta | 2*16-gcaatc-235-aac | |
2*16s23s5s-atgi-gca | 16s23s5s-aac-aac | 16s23s-aac-5s-aac | 3*16s23s5s-atc-gca | 16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | 16s-cds-16s°-23s-cds-5s | |
16s23s5s-ttc-gac-gaa | 2*16s23s5s-atgi-gca | 16s23s5s-atgi-gca-aac | 16-gcaatc-235-aaa | 16s23s5s-aac | ||
2*16s23s-aac-5s | 16s23s-aac-5s-aac | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 16s5s23s-aaa-acc-ctc | |||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 16-atc-235-ttc | 2*16-gcaatc-235-ttc | ||||
2*16-gca-235-aac | 16-atc-235-ttc-tgc | 16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc | ||||
16-atc-235-tgg | 16-gcaatc-235-aac | |||||
16-gcaatc-235-aac | 16-gcaatc-235-atgi-gca | |||||
avant | avant | avant | avant | avant | avant | avant |
5aas-16s-gcaatc-235-6aas | gca-atc-gga-16s23s5s | atgf-16s23s5s | gac-ttc-ggc-16s-5s-23s | cag-gag-16atcgca235-aac | ||
agc-16s5s23s-6aas | 5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac | atgi-gca-16s23s5s-aac | 15aas-16s5s-atcgca-23s | |||
tca-tcc-16s5s23s-5aas | cgg-tgg-16s5s-gcc-23s | |||||
ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | ||||||
tcc-16s-cds-235-19aas | ||||||
tcg-16s23s-gca-5s-12aas | ||||||
autres | autres | autres | autres | autres | autres | autres |
16s5s-atc-23s | 16atcgca-cds-235 | 16-gcc-235-gta | 2*16s-gcc-235 | |||
16s5s-gca-23-aac-gaa-tgc | 2*16s5s-gcc-23s | 2*16-cds-atcgca-23s16s°5s | ||||
16s5s23s-gac-aca | 2*16s5s-gcc-23s-19, 5aas | 16s-cds-16s°-23s-cds-5s | ||||
16s5s23s | 2*16-5s-atgf-23s | 16s-23s°-gcaatc-23s-16s°-5s-6aas | ||||
16s-cds-235 | 23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | |||||
3*16-5s-23s | ||||||
16s-5s-atcgca-23s-gta-tta | ||||||
16-5s-atcgca-23-aac | ||||||
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | ||||||
16s5s-atc-23s-aac | ||||||
différents | différents | différents | différents | différents | différents | différents |
2*16s23s-aac-5s | 16s23s-aac-5s-aac | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc | 16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga | 2*16s23s-gga-5s | 16s23s°23s5s |
16235-aaa-cds-5s-aaa | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 16s23s-aac-5s-aac | 16s23s°23s5s-5s-5s | |||
16s-23s°-gcaatc-23s-16s°-5s-6aas | ||||||
23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | ||||||
incomplets | incomplets | incomplets | incomplets | incomplets | incomplets | incomplets |
16s-atc-23s-aac | 16s5s-atgi-gca | 16s23s | 8aas-16s | 16s-23s | 2*16s23s-aca | |
16s-gcaatc-23s-aac | 16-gcaatc-23s | 16s-atc-23s | 16s’-gca-23s°-16s°-23s | |||
16-gcaatc-23-aac | 16-gcaatc-23-aac | 16s-cds-23s°-5s-43aas | ||||
16s23s°-cds | ||||||
3*16s-23s° | ||||||
16s | ||||||
autres incomplets | autres incomplets | autres incomplets | autres incomplets | autres incomplets | autres incomplets | autres incomplets |
23s5s-aaa | 16s°-gca-23s’ | |||||
16s°-atc-235-atgi-gca | 23s5s | |||||
16s°-23s°-23s’-5s | ||||||
16s°gca-23s° | ||||||
cds | cds | cds | cds | cds | cds | cds |
16235-aaa-cds-5s-aaa | 16atcgca-cds-235 | 16s-cds-235 | 16s-cds-23s°-5s-43aas | 2*16-cds-atcgca-23s16s°5s | ||
tcc-16s-cds-235-19aas | cds-cds-23s°-5s-18aas | 16s-cds-16s°-23s-cds-5s | ||||
ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | 16s23s°-cds | |||||
5s en trop | 5s en trop | 5s en trop | 5s en trop | 5s en trop | 5s en trop | 5s en trop |
16235-aaa-cds-5s-aaa | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 5s-ttc | 16-gcaatc-235-aac-5s-ttc-tgc | cds-cds-23s°-5s-18aas | 16s23s°23s5s-5s-5s | |
16-gca-2355 | 5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac | 16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 16s°-23s°-5s-9aas | |||
5s-ttc | 23s°-5s | |||||
5s | ||||||
avant inversé | avant inversé | avant inversé | avant inversé | avant inversé | avant inversé | avant inversé |
16s-gcaatc-235-11aas | 16s23s5s-gca-atc-gga | 16s23s5s-atgf | 16s5s23s-gac-ttc-ggc | 16atcgca235-aac-cag-gag | ||
16s5s23s-7aas | 16-gcaatc-235-aac-aac-5s-atgi-gca | 16s23s5s-aac-atgi-gca | 16s5s-atcgca-23s-15aas | |||
16s5s23s-7aas | 16s5s-gcc-23s-2aas | |||||
16s5s-atc-23s-aac-atgf-ttc-cds | ||||||
16s-cds-235-20aas | ||||||
16s23s-gca-5s-13aas |
Cumuls notes
modifier- Lien tableur: cumuls notes
- C'est la mise en forme de clostridia notes
|
|
clostridia cds notes
modifier- Lien tableur: cds notes pour la séquence en aas des cds intra bloc.
- Liens NCBI: Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988[1]
24.7.20 Tanger cds contrôles date NCBI clostridia cd032 Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988 06/04/20 sens adresse gène intercal aas cds 6182670..6183419 cds 190 250 signal peptidase II comp 6183610..6183685 aaa 5 comp 6183691..6183807 5s 159 comp 6183967..6184914 cds 294 316 L-lactate dehydrogenase (voir tableur) comp 6185209..6185284 aag 7 comp 6185292..6185408 5s 138 comp 6185547..6188463 23s 339 comp 6188803..6190314 16s 776 comp 6191091..6192203 cds 371 glucose-1-phosphate adenylyltransferase subunit GlgD clostridia cd084 Dehalobacter restrictus DSM 9455 strain PER-K23 15/04/20 333741..334942 cds 406 401 tyrosine--tRNA ligase 335349..336923 16s 134 337058..337134 atc 61 337196..337271 gca 47 comp 337319..337477 cds 238 53 hp (voir tableur) 337716..341116 23s 154 341271..341375 5s 144 < 341520..341612 cds 558 31 transcriptional regulator 342171..343746 16s 417 344164..347563 23s 154 347718..347822 5s 111 347934..348683 cds 250 endoribonuclease L-PSP clostridia cd112 Filifactor alocis ATCC 35896 16/07/20 2 disparus clostridia cd118 Heliobacterium modesticaldum Ice1 strain Ice1 25/08/19 2342094..2342804 cds 158 237 FadR family transcriptional regulator comp 2342963..2343030 ttc 213 2343244..2343936 cds 563 231 heptaprenylglyceryl phosphate synthase (voir tableur) 2344500..2346019 16s 258 2346278..2346394 5s 64 2346459..2346535 atc 141 2346677..2349594 23s 100 2349695..2349769 aac 6 2349776..2349851 atgf 102 2349954..2350976 cds 341 polysaccharide deacetylase clostridia cd136 Peptoclostridium difficile M68 voir annexe 3 abimés clostridia cd160 Thermincola potens JR 21/12/19 3 disparus
clostridia typage
modifierclostridia blocs 16s-y-23s5s-z
modifier- Lien tableur: clostridia blocs 16s-y-23s5s-z
- Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
- Légende:
- - 1 , 15aas-16s5s-atcgca-23s est compté pour un z de 15aas.
- - 16s5s-*: Pour 16s5s-y-23s où le type y peut être absent et donne 16s5s23s.
- Notes: le tableau C3.autres ne concerne que les 16s5s23s comptés dans le tableau initial avec les autres du même type de ce tableau. Les autres du tableau initial qui ne sont pas du type 16s5s23s sont 7 et contiennent tous un cds ou équivalent et sont détaillés dans le tableau C1.Tableau des blocs dans la colonne cds. Cette colonne cds peut être différenciée avec ou sans y et est composée de 3 sans y et 4 16s-atccga-23s5s.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
clostridia blocs intégrés
modifier- Lien tableur: clostridia blocs intégrés
- Légende: voir pour 'avant inversé, gcc atgf autres-cds' clostridia notes, ligne avant inversé et ligne autres. Pour les 16s5s-*-23s voir les clusters en gras, toujours dans clostridia_notes.
- Notes: Dans l'hypothèse que les clusters 'avant 16s', ceux qui ont des tRNAs avant rRNA 16, sont des clusters inversés, j'ai copié tel quel l'avant ducluster vers sa fin. Quand il y a plus de 3 tRNAs ils sont intégrés dans le nombre total à la fin, par exemple 20aas au lieu de 19aas.
avant inversé | Total intégré | |||||||||
total | 16s23s5s | atcgca | gcaatc | gca | atc | gcc | atgf | autres-cds | total | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
- | sans | 68 | 14 | 2 | 15 | 5 | 4 | 2 | 5 | 115 |
5 | 1-3 | 63 | 7 | 10 | 4 | 5 | 1 | 0 | 1 | 91 |
5 | 4-8 | 6 | 1 | 4 | 0 | 1 | 1 | 13 | ||
4 | 9-23 | 12 | 7 | 1 | 20 | |||||
24-43 | 1 | 1 | ||||||||
14 | total | 150 | 22 | 16 | 26 | 10 | 7 | 2 | 7 | 240 |
6 | Dont 16s5s-*-23s | 5 | 3 | 0 | 1 | 2 | 4 | 2 | 0 | 17 |
clostridia blocs 1-3
modifierclostridia type 1-3
modifier- Lien tableur: clostridia type 1-3
- Légende:
- - §, 16-gcaatc-23-aac et 16-atc-23-aac sont des incomplets et ne rentrent pas dans ce décompte. J'ai mis à jour les tableaux qui les concernent le 15.5.20.
- - av1 av2 ap1 ap2 ap3, sont des blocs longs respectivement de 15 5 6 5 6 aas.
- av1, je ne l'ai pris en comparaison. Les autres sont en comparaison dans les colonnes 5,6aas dans la partie droite du tableau avant 16s.
- av2, tgc-ggc-ttc-gac-gta
- ap1, ttc-atgf-tac-aca-gta-gac
- ap2, tta-gta-atgi-gaa-aac
- ap3, aac-gaa-gac-aca-tac-aaa
- Liens internes: Ce chapitre est la remise en forme des blocs 1-3 du tableau des Cumuls notes
- Notice: Comparaison des 1-3 entre les blocs 1-3 et les blocs avant 16s. Dans le tableau de droite et à la fin, en rouge, "Totaux tRNAs avant 16s" je montre en couleurs bleues et avec les rapoorts en bas du tableau que:
- - Les avant/avant-16s, sont différents des 1-3 puisque 14/22 sont différents (parmi les plus faibles des blocs 1-3).
- - et les après/avant-16s, sont analogues aux 1-3 puisque 5/6 sont analogues (parmi les plus forts des blocs 1-3).
- - Les blocs 5,6aas sont différents des 1-3 qu'ils soient dans les blocs 1-3 ou dans les blocs avant-16s.
1-3 | avant 16s | Types | |||||||
16s23s5s | 16s*235s | 16s*235s | blocs | 1-3 avant | 1-3 après | ||||
16s23s5s-aaa | 11 | type | tRNAs | agc-16s5s23s-6aas | agc | ap1 | |||
16s23s5s-aaa-cds-5s-aaa | 1 | aac | 17 | aac | 23 | tca-tcc-16s5s23s-5aas | tca-tcc | ap2 | |
aaa | 12 | ttc | 19 | gac-ttc-ggc-16s5s23s | gac-ttc-ggc | ||||
16s23s5s-aac | 11 | atgi-gca | 10 | aaa | 16 | cgg-tgg-16s5s-gcc-23s | cgg-tgg | ||
16s23s5s-aac-aac | 1 | ttc | 10 | atgi | 14 | ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | ttc-cds | aac-atgf | |
16s23s5s-aac-ggg | 1 | acc | 4 | gca | 14 | ||||
atc-gca | 3 | 5s | 4 | gca-atc-gga-16s23s5s | gca-atc-gga | ||||
16s23s5s-atc-gca | 3 | ttc-tgc | 3 | tgc | 4 | atgf-16s23s5s | atgf | ||
aac-ggg | 2 | acc | 4 | atgi-gca-16s23s5s-aac | atgi-gca | aac | |||
16s23s5s-atgi | 1 | tta-atgi | 2 | atc | 3 | tcg-16s23s-gca-5s-12aas | tcg | ||
16s23s5s-atgi-gca | 9 | ttc-5s-ttc-aaa | 2 | gaa | 3 | ||||
16s23s5s-atgi-gca-aac | 1 | aac-aac | 1 | ggg | 2 | cag-gag-16atcgca235-aac | cag-gag | aac | |
atgi | 1 | tta | 2 | 5s-atgi-gca-16-gcaatc-235-aac-aac | 5s-atgi-gca | aac-aac | |||
16s23s5s-gaa | 1 | atgi-gca-aac | 1 | cds | 1 | tcc-16s-cds-235-19aas | tcc | ||
16s23s5s-ggc | 1 | gaa | 1 | cgg | 1 | ||||
16s23s5s-gtg-gaa-cgg | 1 | ggc | 1 | gac | 1 | 15aas-16s5s-atcgca-23s | av1 | ||
16s23s5s-tta-atgi | 1 | gta | 1 | ggc | 1 | 5aas-16s-gcaatc-235-6aas | av2 | ap3 | |
gtg-gaa-cgg | 1 | gta | 1 | Les 1-3 avant, des avant 16s, sont différents des 1-3 | |||||
16s23s5s-ttc | 7 | tgg | 1 | gtg | 1 | ||||
ttc-gac-gaa | 1 | tgg | 1 | Les 1-3 après, des avant 16s, sont analogues aux 1-3 | |||||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | 2 | aaa-cds-5s-aaa | 1 | 115 | |||||
16s23s5s-ttc-gac-gaa | 1 | aac-5s-ttc-tgc | 1 | ||||||
16s23s5s-ttc-tgc | 1 | 76 | total 1-3 | Totaux tRNAs avant 16s | |||||
reste | tRNAs | Avant / avant 16s | Après / avant 16s | ||||||
16s-*-23s5s | 16s23s-*-5s | 1-3 | 5,6aas | 1-3 | 5,6aas | ||||
16-atc-235-tgg | 1 | cds-5s | 1 | aac | 33 | 5 | 2 | ||
16-atc-235-ttc | 1 | aac-5s | 2 | ttc | 19 | 2 | 1 | 1 | |
16-atc-235-ttc-tgc | 1 | aac-5s-aac | 2 | aaa | 17 | 1 | |||
16-atc-gca-235-acc | 4 | gga-5s | 2 | atgi | 14 | 2 | 1 | ||
7 | gca | 14 | 3 | ||||||
16s’-gca-235-tta-atgi | 1 | 16s5s-*-23s | acc | 5 | 1 | ||||
16-gca-235-aac | 2 | type | tgc | 5 | |||||
16-gca-atc-235-aaa | 1 | aaa-acc-ctc | 1 | 5s | 4 | 1 | |||
16-gca-atc-235-aac | 4 | aac | 2 | gaa | 4 | 2 | |||
16-gca-atc-235-aac-5s-ttc-tgc | 1 | aac-atgf | 1 | atc | 3 | 1 | |||
16-gca-atc-235-atgi-gca | 1 | aac-gaa-tgc | 1 | tta | 3 | 1 | |||
16-gca-atc-235-ttc | 2 | gac-aca | 1 | gac | 2 | 1 | 1 | 2 | |
16-gca-atc-235-ttc-tgc | 1 | gta-tta | 1 | gga | 2 | 1 | |||
7 | ggg | 2 | |||||||
16-gcc-235-gta | 1 | reste | gta | 2 | 1 | 2 | |||
23s°-16s-16s°-23s5s-aac-ggg | 1 | tRNAs | aca | 1 | 2 | ||||
aaa | 1 | atgf | 1 | 1 | 1 | 1 | |||
16s5s-*-23s | aac | 10 | cds | 2 | 1 | ||||
16s5s-23s-gac-aca | 1 | gga | 2 | cgg | 1 | 1 | |||
16s5s-23s-aaa-acc-ctc | 1 | acc | 1 | ctc | 1 | ||||
16s5s-atcgca-23s-gta-tta | 1 | ctc | 1 | ggc | 1 | 1 | |||
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | 1 | atgf | 1 | gtg | 1 | ||||
16s5s-atcgca-23s-aac | 1 | gaa | 1 | tgg | 1 | 1 | |||
16s5s-atc-23s-aac | 1 | tgc | 1 | agc | 1 | ||||
16s5s-gca-23s-aac-gaa-tgc | 1 | gac | 1 | cag | 1 | ||||
16s23s-*-5s | aca | 1 | gag | 1 | |||||
16s-cds-16s°-23s-cds-5s | 1 | gta | 1 | tca | 1 | ||||
16s23s-aac-5s | 2 | tta | 1 | tcc | 2 | ||||
16s23s-aac-5s-aac | 2 | cds | 1 | tcg | 1 | ||||
16s23s-gga-5s | 2 | 23 | tac | 2 | |||||
90 | total | 138 | 22 | 5 | 6 | 17 | |||
16-gcaatc-23s-aac | § | rapports | |||||||
16s-atc-23s-aac | § | 14/22 | 1/5 | 5/6 | 12/17 |
clostridia tRNA 1-3
modifier- Lien tableur: clostridia tRNA 1-3
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- Notice: aux 138 tRNAs des blocs 1-3 (voir le tableau précédent) j'ai ajouté les 6 tRNAs 1-3 après des blocs avant-16s.
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clostridia blocs 4-8
modifier- Lien tableur: clostridia blocs 4-8
- Légende:
- - Pour les couleurs voir le tableau référence.
- Liens internes: clostridia blocs, total des blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
- - Clostridia C4-8 total 100: Le total 100 correspond aux 83 des z4-8 + 17 des z'4-8. Voir le tableur des avant 16s, le tableau correspondant montre une analogie avec le référentiel contrairement aux avant-16s des bacilli. Aussi j'ai admis que les z'4-8 des x-16s23s5s-z', des clostridia, peuvent être ajoutés aux z4-8 du clade avec la seule exception de atgf des z'4-8 qui est absent dans les 83 aas des z4-8.
- Notes: décompte avec NB.SI(plage;aa)
- - 14 blocs dont 6 de 6, 3 de 8, 3 de 5 et 2 de 4
- - 2 fois 2 blocs identiques, cd045-cd063 et cd0161-cd0170
- - Le bloc cd092 a un seul rRNA, le 16s. Il est ambigu car on peut le considérer comme ayant perdu 23s5s avant ou après 16s.
- - Le bloc cd112 a un aa entre 23s et 5s et cga très rare: 16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga; à ne pas compter en un 5s de trop.
Fréquences z4-8 4 5 6 7 8 z'4-8 5 6 2 3 6 0 3 1 2
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clostridia blocs 9-23
modifier- Lien tableur: clostridia blocs 9-23
- Légende: pour les couleurs voir le tableau référence
- Liens internes: clostridia blocs, total des blocs, détails dans le lien au tableur ci-dessus.
- Notes: décompte avec NB.SI(plage;aa). Sont intégrés dans ce décompte 3 blocs du génome cd136, 2 de "5s entrop" 9 18 aas, et 1 "incomplet" 43 aas.
- - 24 blocs dont 2 identiques de 43, cd133 et cd136 (voir annexe). Les 22 autres se décomposent en 4 à 9aas, 8 à 11-13aas, 5 à 18-19aas et 5 à 21-22aas.
- - La proximité phylogénique de cd133 et cd136 se retrouve dans l'identité des blocs 9aas, 18aas et 43aas. Restent donc 21 blocs différents (#).
- - La séquence des 7 1ers tRNAs du bloc 9-cd133 se retrouve en tête dans 7 blocs différents: 11-cd113 13-cd003 18-cd113 19-cd136 22-cd003 22-cd102 43-cd133, soit 7 sur un total de 20 blocs, en tenant compte que les 2 13-cd003 sont quasi identiques (9 en commun séquentiellement).
- - Le grand groupe de 8 blocs des 11-13aas a 6 blocs tous différents, les 3 blocs 11-cd113 et 2*13-cd003 étant quasiment identiques (9 en commun séquentiellement).
- - pas de 5s en plus
9 11 12 13 18 19 21 22 43 4 1 3 4 3 2 2 3 2
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clostridia blocs avant
modifier- Lien tableur: clostridia blocs avant
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- Liens internes: Voir la mise en forme des notes et le lien tableur ci-dessus pour les détails.
- Notes: décompte avec NB.SI(plage;aa). Total des x et z' supérieurs à 4, types x-16s23s5s-z'.
- - Il y a 6 blocs avec des tRNAs à l'avant de 16s. 3 n'ont qu'un seul tRNA à l'avant avec 6, 12 et 19 devant 5s. Parmi ces derniers, on pourrait comparer les 2 blocs longs aux blocs 9-23.
- - J'ai comparé 20-cd112 avec un tRNA à l'avant à 19-cd136 des 9-23 blocs. Les 19aas devant 5s sont quasiment identiques séquentiellement (15/19).
- - J'ai comparé 14-cd112 avec un tRNA à l'avant à 12-cd002 des 9-23 blocs. Les 12aas devant le 5s, ont 5 tRNAs identiques séquentiellement.
- - cd112 a un aa entre 23s et 5s et aag un aa rare: tcg-16s23s-gca-5s-12aas. Le cas de ce gca est emblématique du rôle que joue le 5s comme tRNA, il devrait se trouver entre 16s et 23s ou bien avec les 12aas. Est-ce là la cause de la non bascule de gca alors que les tRNAs des blocs avant des clostridia ressemblent à ceux des clostridia z9-23, notamment avec les 6 autres bascules (rouge)?
- - Les 4 autres blocs avant sont très différents des blocs devant le 5s et entre eux: 17-cd118 n'a rien devant et 13-cd001 a 5 en avant et 6 devant; cd011 a 2 blocs 4-8, avec 6 et 5 devant le 5s.
- Parallèle avec x-16 bacilli: sur 7 blocs longs seuls 2 sont x-16, 1 de 15aas et 1 de 5aas. Restent 48 aas longs qui sont après 5s que j'ai nommés ailleurs des z'. Le long x-16 de 15aas a 6 tRNAs (tac tgc ccc ctg gtc atgj) absents chez les bacilli x-16 dont atgj qui bascule chez les clostridia, 6 tRNAs (caa aaa gaa aac agc cgt) très fréquents chez les bacilli x-16 et seulement 2 faibles (atgf ggc ggc). Ces 15aas se trouvent tous chez les z9-23 des clostridia, les plus rares compris, ccc gtc, et donc le bloc x-16 de 15aas est semblable aux z9-23 des clostridia et différent des x9-23 des bacilli. De même le x-16 à 5aas diffère des x-16 bacilli, gta-gac-ttc-ggc-tgc (cd001), où tgc est absent et ttc avec 1 seul représentant sur 158 tRNAs, alors que ces 5aas sont abondants chez les z9-23.
fréquences 5 6 11 15 13 19 1 1 1 1 1 1 les z z' x 4-8 cd011 agc-16s-5s-23s-gac-gta-aca-tac-atgf-ttc (6) cd011 tca-tcc-16s-5s-23s-aac-gaa-atgi-gta-tta (5) cd001 gta-gac-ttc-ggc-tgc-16s-gca-atc-23s-5s-aac-gaa-gac-aca-tac-aaa (11)
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clostridia total blocs longs
modifier- Lien tableur: clostridia total blocs longs
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- - 1 : gca aga ttg s'inversent dans les blocs longs des bacilli, ttg et gca sont majoritaires et aga est réduit à l'unité.
- - cga gtg gcg ggg agg cag n'existent quasiment pas, ni chez les clostridia ni chez les bacilli. Si les 5 qui se terminent par g suivent l’exemple des autres du même type de la dernière rangée, cga ne suit pas les tRNAs de sa rangée et du coup il est particulièrement atypique.
- Notes:
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bacilli-clostridia
modifierB-C blocs avant
modifier- Voir dans synthèse par clade: bacilli et clostridia.
B-C blocs avec cds internes
modifierB-C blocs 1-3
modifier- Voir la synthèse des z1-3 par clade. Les 2 clades sont très différents en nombres et en types.
Comparaison B/C z1-3
modifier- Lien tableur: Comparaison B/C z1-3
- Légende:
- Liens: C1-3 et B1-3
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Comparaison B+C z2/z1
modifier- Lien tableur: Comparaison B+C z2/z1
- Légende: ici je ne fais pas de comparaison binomiale, j'indique en couleur seulement les bascules entre z2 et z1 (z1 z2 pour les z1-3 avec 1 et 2 tRNAs).
- Les décomptes: voir bacilli 1-3, blocs avant des bacilli pour les 1-3 avant/après 16s et clostridia 1-3 pour les clostridia (colonne 2, aac-5s-aac et gga-5s compris (pas le 2ème libellé reste en rouge) et la colonne 6 pour les 1-3 avant/après 16s).
- Note: comparaison analogue à celle de z9/z4 somme B+C des z9-23 comparée à celle des z4-8. 7 bascules
- - 4 bascules directes fortes: atgf atgi gac gca
- - 3 bascules inverses fortes: ttc aaa aac (aac attendus 47 contre 19)
- - 1 différences non significative, acc attendus 7 contre 7.
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Comparaison B+C z4-8/z1-3
modifier- Lien tableur: Comparaison B+C z4-8/z1-3
- Légende: Comparaison binomiale comme entre z4-8 et z9-23 (voir tableur)
- Couleurs: jaune et vert calcul sur le total 193, cyan et blanc calcul sur 209. Vert et cyan différences significatives. Voir le calcul avec la binomiale.
- Note: comparaison analogue à celle de z9/z4 somme B+C des z9-23 comparée à celle des z4-8. Les bascules se répartissent en
- - 4 bascules nettes mais à faibles effectifs, supérieurs à 6: cgt gga cca caa, bascule inverse de z4-8 à z1-3. ( caa(0 9) et cca (0 7) ne sont pas testés mais sont équivalents à gga( 2 8) cgt (2 7)).
- - 3 bascules très faibles, différences non significatives et à effectifs élevés: gac aaa acc, bascule directe
- - 5 bascules fortes directes à effectifs élevés, supérieurs à 13: atgf atgi ttc aac gca
- - 5 bascules fortes inverses à effectifs élevés, supérieurs à 9: tac ggc aca gta gaa (tac (0 11) n'est pas testé mais est équivalent à gcc (1 11).
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B-C blocs longs
modifierB-C total blocs longs
modifier- Lien tableur: B-C total blocs longs
- Légende: pour les couleurs vour le tableau référence.
- Tableaux B2 C2 en pour 1000 issus des effectifs B2 C2.
- - En jaune, les valeurs élevées dans les 2 clades. Sur 21 jaunes 15 ont plus de 28‰ (gga) dans les 2 clades, les 6 autres plus de 14‰ (tgg). ctg et acc en jaune ont des valeurs faiblement moyennes autour de 10‰ ( par rapport aux tRNA en clair tous inférieures à 8‰ ).
- - En rouge, les valeurs s'inversent entre bacilli et clostridia. Les plus forts sont gca 37-2 aga 1-37 ttg 19-0. De même, mais moins spectaculaires sont tcc cgt atgi atgj. Dans les effectifs des bacilli, gca est majoritaire, 63, et aga est réduit à l'unité.
- - En clair, les valeurs faibles dans les 2 clades. Ce sont les tRNA de la rangée se terminant par g sauf atgj ttg tgg et ctg (valeur moyenne en clair) et 5 tRNAs anormalement faibles par rapport à leur rangée, ctc cc, gtc gcc et gca, l'unique de sa rangée, est particulièrement atypique.
- Tableau BC: plus grande variation en % des variations en pour 1000 de B2 moins C2, le dénominateur étant le plus faible entre B2 et C2 pour un tRNA donné.
- - En rouge les très grandes variations pour gca aga ttg (pour un dénominateur nul, il est remplacé par l'unité). Comme ces derniers cgt tcc passent d'une valeur forte à une valeur très faible, leurs variations triplent (200%). Le tRNA atgi double seulement sa valeur. Le tRNA ctc quadruple sa valeur mais il passe d'une valeur moyenne à faible et ses effectifs sont faibles.
- - En jaune les variations sont proches de 50%, sauf trois tRNAs remarquables (70%) sont parmi les obligatoires, atgj tgg gga. Les variations inférieures à 30% contiennent la plupart des tRNAs obligatoires, aac cac gac tac tgc ttc, et leurs semblables agc atc (voir la définition du code obligatoire).
- - En clair, les valeurs faibles des bacilli qui le restent chez les clostridia. Ils sont représentées par une différence et non par la plus grande variation. De même pour les valeurs nulles ou égales à l'unité des effectifs.
- Tableaux B2 C2 en pour 1000 issus des effectifs B2 C2.
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B-C blocs longs différences significatives
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs différences significatives
- Légende:
- - 2σ est calculé comme suite, (RACINE(351*(x/709)*(1-x/709)))*2. Les bornes sont x*351/709 ± 2σ. Sont indiquées en gras les valeurs des clostridia.
- - Les différences significatives sont en cyan clair dans le total et les sans doubles. Le cyan foncé n’indique des différences significatives que dans le total. Il y en a 3 et seul gga a la valeur clostridia loin des 2 bornes, les 2 autres gtc ggc leurs valeurs clostridia sont très proches de l'une des 2 bornes.
- Notes:
- - Les clostridia se distinguent aussi par l'abondance des tRNAs rares que sont ccc, cga et xcg xag xgg (tableau B-C.2).
- - Les différences significatives les plus emblématiques sont (tableau B-C.6)
- . ttg gca aga avec respectivement 2.4 4.4 11.1 d'écart avec la borne la plus proche et avec les valeurs attendues 16 8/0 22 11/0 1 13/0. Viennent ensuite les bascules fortes (voir Bascules en bas de Notes)
- . atgi 7 9/3 tcc 14 1/7 cgt 30 6/15 avec les intervalles réduits respectifs de 20 70 22. Ensuite sont les bascules faibles mais nettes
- . ggc 41 12/20 gga 23 17/11 atgj 14 13/7 avec les intervalles réduits respectifs de -3 -6 7.
- - Bascules, l'ordre est celui de Cz'B-C9-23
aa aga gca ttg cgt atgi tcc atgj ggc gga B709 1 22 16 30 7 14 14 41 23 attendu 0,5 10,9 7,9 14,9 3,5 6,9 6,9 20,3 11,4 C351 13 0 0 6 9 1 13 12 17 écart 11,1 4,4 2,4 1,3 2,4 0,7 0,9 -0,4 -1,0 sens i d d d i d i d i bascule 26 10,9 7,9 2,5 2,6 6,9 1,9 1,7 1,5
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B-C blocs longs référence
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs référence
- Légende: pour les couleurs voir ci-dessous les "fréquences du tableau de référence".
- Note: Le tableau de référence B-C.8 est la somme des tableaux B-C.4 et B-C.5 rapportée à 1000. L'intervalle réduit (tableau B-C.7) est le rapport de la différence entre la valeur de 21# et la borne de l'intervalle de confiance la plus proche (en %), dans le tableau B-C.6. Quand la valeur estimée est zéro, la différence est divisée par la borne, ce qui donne 100%. Ce que j'appelle bascule est une différence significative nette révélée par l'intervalle réduit négatif. La bascule est directe quand les tRNAs existent chez les bacilli et très peu chez les clostridia, la bascule inverse se fait dans l'autre sens.
- Fréquences du tableau référence.
jaune 21>19‰ 2 19 agc tgc 2 25-27 tgg tta 4 29-32 cta atc tca cac 6 38-42 cca gga aac tac caa ttc 4 46-51 aca aaa ggc atgf 3 55-57 gac gaa gta 21 2 10-12‰ acc ctg faibles rouge 7 bascules dont ttg gca tcc cgt, directs, et aga atgi atgj inversés. clair 15 très faibles inférieurs à 6‰, dont gtg gcg agg nuls. cyan cga ata tga quasi absents
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B-C blocs longs 4-8
modifierB-C blocs longs 4-8 somme
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 somme
- Légende:
- - Pour les couleurs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8.
- - Effectifs, voir C4-8 et B4-8.
- Notes:
- - Les bascules fortes constatées, dont atgi, entre les 9-23 sont respectées chez les 4-8: gca 4-1 cgt 7-0 tcc 1-0 ttg 0-0 aga 0-3 atgi 0-3; ttg avec un taux de 2% chez les bacilli 9-23 est attendu pour 2 occurrences sur 93, statistiquement proche de zéro. Cependant atgj change de sens 5-0 au lieu de 0-5 et, peut être, disparaît même des clostridia; pourtant atgj est une bascule 9-23, renforcée par le fait que atgi+atgj fait dans 9-23, 21 bacilli sur 709, contre 22 clostridia sur 351.
- - Déficience nette en atgf tca, et probablement aussi en cac tgg (bleu).
- - bascules des z4-8, sens B vers C: direct, acc 5-1 cca 6-1 gta 11-7 aac 10-7 gcc 7-4 inverse, tac 4-7 gac 5-10 caa 2-7 gaa 6-13 gga 1-7. Et 3 tRNAs à faible différence aaa 5-5 aca 4-6 cta 2-4. Les autres tRNAs sont incertains.
- - Les bascules franches des z4-8 seraient alors: acc cca gaa caa gga atgj.
- - Les bascules 9-23 cgt atgi (ata) et aga se trouvent sur les lignes sans bascule des 4-8. Par contre gca est sur la même ligne de 3 bascules z4-8 ce qui lui donne un rôle de plus en plus centrale.
- - Ces bascules sont constatées sans faire de calculs. Voir le chapitre suivant pour les calculs des différences significatives entre B et C. Les faibles effectifs n'ont pas permis de faire ressortir des différences significatives. Cela permet la comparaison entre les sommes 4-8 et 9-23.
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B-C blocs longs 4-8 différences significatives
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 différences significatives B-C
- Légende:
- - Pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8.
- - Pour le vert les différences ne sont pas calculées par rapport à l'effectif 100 mais à 93 puisque les clostridia n'ont pas ces tRNAs, atc tcc agc atgj.
- - Les effectifs sont ceux du chapitre somme B+C.
- Notes:
- - Pour les calculs de 2σ voir les mêmes au tableau des 9-23.
- - Les bascules propres aux 4-8: Il n'y a aucune différence significative entre les z4-8 des bacilli et des clostridia. Sur douze différences visuelles supérieures à 2, 5 propres aux z4-8 (gaa acc cca caa gga) et 3 qui appartiennent déjà aux z9-23 (gca cgt atgj).
- - bascules propres aux z4-8 chapitre précédent: aac 10-7 gta 11-7 gaa 6-13 acc 5-1 cca 6-1 caa 2-7 gga 1-7 atgj 5-0 ggc 7-4 gac 5-10 cgt 7-0 gca 4-1 aga 0-3.
- - Les tRNAs en gras dans les 3ème tableaux B-C et B-C.2 des intervalles sont les bascules propres des z4-8: acc cca gaa caa gga atgj.
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B-C blocs longs 4-8 différences significatives, 9-23/4-8
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 différences significatives, 9-23/4-8
- Légende: pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8. Pour les différences significatives j'ai gardé les mes couleurs sauf pour les astérisques * qui sont les tRNAs absents des 9-23 et sont donc non comparables. Dans ce dernier tableau le cyan souligne la différence significative, cad une valeur de 4-8 en dehors de l'intervalle de confiance.
- N.B: L'intervalle de confiance de gta a la borne supérieure à la limite de la différence significative à 2σ. Elle de 16,0936 exactement. Dans le tableau Cz' B-C9-4 elle est de 0,6 et elle est significative.
- Notes: Voir Bascules en bas de Notes
- - Les effectifs en excès des 4-8 (cyan) sont ceux qui sont à droite de l'intervalle de confiance, acc aac gaa correspondant aux effectifs forts des 9-23 (jaune). Je ne commente pas ici le cas des effectifs faibles à droite de l'intervalle de confiance, acg gag. Le tRNA aac paraît le plus excentrique avec un intervalle réduit de -21% contre -7 et -15 pour gaa et acc.
- - Les effectifs en défaut des 4-8 (bleu) sont ceux qui sont à gauche de l'intervalle de confiance et dans ce cas, ils sont nulles aussi, atgf cac tgg correspondant aux effectifs forts des 9-23 (jaune), 54 34 27. Tous les effectifs les plus faibles des 9-23 (moins de 22), hors blancs, sont dans leur intervalle de confiance chez les 4-8. Les 2 bleus cac et tgg sont proches de la borne inférieur de leur intervalle de confiance. Avec une occurrence en plus (effectif 1) ils seraient semblables à tca qui a un effectif en 9-23 de 32, et ne seraient plus en défaut.
- - atgf semble être nettement atypique et il le resterait fort probablement si on augmentait la taille de l'échantillon. Pour qu'il soit à l'intérieur de son intervalle de confiance il lui faudrait 4 autres occurrences. La fréquence la plus faible obtenue par ses semblables (effectif supérieur à 40 chez les 9-23) est 4 pour tca. Le comportement atypique de atgf apparaît encore plus flagrant quand on le compare avec aac, nettement en excès dans les 4-8, dans leur comportement dans les z1-3. Le atgf est majoritaire chez les z1-3 des bacilli (20 atgf pour 12 aac) mais absent dans les z4-8. Le aac est majoritaire chez les z1-3 des clostridia (2 atgf pour 38 aac) et très en excès dans la somme z4-8. On s'attendrait, au contraire, qu'ils aient le même comportement. Mais plus encore, l'excès aac est du non pas aux clostridia mais aux bacilli: Ainsi dans la somme z4-8 les bacilli en apportent 10 alors que les clostridia n'en apportent que la moitié, 5, fréquence tout à fait moyenne chez les z4-8 des clostridia. Tout se passe comme si, chez les bacilli, l'absence des atgf est compensée par l'excès des aac et que les clostridia n'ont rien d'atypique.
- - En conclusion atgf et probablement cac et tgg seraient très peu présents chez les 4-8 et seraient une marque de ce type z. Les 4-8 se différencient aussi des 9-23 par leur rareté et parce qu'ils ont très peu de doubles, 121 blocs 9-23 contre 29 4-8. Voir les clostridia et bacilli. La rupture en effectifs est très nette entre les z-8 et les z-9, 6 blocs contre 29.
- - Les avant 16s des bacilli: Les 9-23 sont atypiques par leur façon de doubler partiellement et par la présence du ctc dans 10 cas sur 12. Les 4-8 sont absents. Chez les 9-23 atgf a une fréquence moyenne, 5 contre 10 pour une dizaine autres, cac n'existe pas et il y a un seul tgg. Étant donné la particularité des avant 16s cette situation est acceptable mais atgf cac et tgg se retrouvent seulement en minorité.
- - Les avant 16s des clostridia: Etant donné les faibles effectifs, on retrouve la comparaison 4-8 / 9-23. Voici ci-dessous la présence de 5 tRNAs atgf cac tgg chez les clostridia. Ceci confirme la nette ressemblance entre les Cz9-23 et les Cz'9-23 et leur différence avec les Cz4-8. Voir la synthèse par clade des x-16s
- - Les bascules constatées entre les 9-23 est respectée chez les avant 16s.
- - Les tRNAs en gras dans les 3ème tableaux B-C et B-C.2 des intervalles sont les bascules entre z9-23 et z4-8: atgf cac tgg acc aac gta tca gaa.
type z total aas tRNA 4-8 17 atgf 4-8 avant 5 néant 9-23 32 atgf cac tgg 9-23 avant 15 atgf
- Bascules
total aa atgf cac tgg tca aac gta gaa acc 1060 Z9-23 54 34 27 32 41 60 59 13 176 Z4-8 0 0 0 1 15 16 17 6 - attendu 9,0 5,6 4,5 5,3 6,8 10,0 9,8 2,2 - bascule 9,0 5,6 4,5 5,3 2,2 1,6 1,7 2,8 - écart 3.1 1.0 0.3 -0,2 3.1 -0.1 1,1 0.9 - sens d d d d i i i i
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B-C blocs longs 4-8 comparaison 9-23
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs 4-8 comparaison 9-23
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B-C blocs longs bascules z9-23 dans tout type
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs bascules z9-23 dans tout type
- Légende: B9z, bacilli type z9-23. Le type z correspond aux séquences longues après 5s, x avant 16s et z' après 5s dans les blocs avant-16s écrits sous la forme x-16s-z'. Les tRNAs sont regroupés en ceux majoritaires chez les bacilli, à gauche, et ceux majoritaires chez les clostridia.
- Note: Dans tous les types les bascules se font dans le même sens malgré les faibles effectifs. Sauf,
- - L'anomalie du type Bx9-23 ressort ici avec un effectif très élevé par rapport au taux de cgt des z9-23 sans doublons, 6.
- - atgj qui devient majoritaire chez les bacilli Bz4-8 au lieu qu'il le soit chez les clostridia.
type | ttg | gca | tcc | cgt | atgi | atgj | aga | total | aas | |
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B9z | 16 | 22 | 14 | 30 | 7 | 14 | 1 | 104 | 709 | |
C9z | 0 | 0 | 1 | 6 | 9 | 13 | 13 | 42 | 351 | |
B9z‰ | 23 | 31 | 20 | 42 | 10 | 20 | 1 | 147 | 1000 | |
C9z‰ | 0 | 0 | 3 | 17 | 26 | 37 | 37 | 120 | 1000 | |
B9x | 0 | 2 | 0 | 13 | 0 | 0 | 0 | 15 | 158 | |
C9x | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 2 | 15 | |
B9z’ | néant | néant | 0 | − | ||||||
C9z’ | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 4 | 32 | |
B4x-z’ | néant | néant | ||||||||
B4z | 0 | 4 | 1 | 7 | 0 | 5 | 0 | 17 | 93 | |
C4z | 0 | 1 | 0 | 0 | 3 | 0 | 3 | 7 | 100 |
B-C blocs longs comparaisons synthèse
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs comparaisons synthèse
- Légende: couleurs cyan comparaison B4-8 / C4-8, rouge B9-23 / C9-23, bleu clair et bleu foncé z9-23 / z4-8 et dans B-C9-4 Cz', jaune inchangés (sauf gac qui est une quasi bascule 5-10, ggc dans B-C9-23 Cz' à la limite de la différence significative), blanc faibles.
- - d pour direct et i pour inverse suivi d'un suffixe d4 i4 pour B4-8 / C4-8, d9 i9 pour B9-23 / C9-23, d9-4 i9-4 pour z9-23 / z4-8.
- Note: Ajout de la comparaison Bz9-23 Bx9-23 avec les symboles dx ix. Effectifs 709/123. Les propres et forts à cette comparaison sont ctc agc, suivent forts par leurs absence tac cac, et enfin, avec une faible différence significative, cgt cca gga.
tot | Bx | atgf | atgi | 5s | cds | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|
709 | 351 | 93 | 100 | d9-4 | i9 | ||
ttc | tcc | d9 | tac | dx | tgc | ||
atc | acc | i9-4 d4 | aac | i9-4 | agc | ix | |
ctc | ix | ccc | cac | d9-4 dx | cgt | d9 ix | |
gtc | gcc | gac | i4 | ggc | d9 | ||
tta | tca | d9-4 | taa | * | tga | * | |
ata | * | aca | aaa | aga | i9 | ||
cta | cca | d4 ix | caa | i4 | cga | * | |
gta | i9-4 | gca | d9 | gaa | i9-4 i4 | gga | i4 ix |
ttg | d9 | tcg | tag | * | tgg | d9-4 | |
atgj | i9 d4 | acg | aag | agg | |||
ctg | ccg | cag | cgg | ||||
gtg | gcg | gag | ggg |
B-C blocs longs Cz'
modifierB-C blocs longs Cz' B-C9-23
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs Cz’ B-C9-23
- Légende: pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence
- Note: z' correspondent aux z des avants 16s, x-16s23s5s-z'. Ils n'existent que chez les clostridia de cette étude, ce sont 2 clusters du génome cd112 d'un total de 32aas.
- - 2σ est calculé comme suite, (RACINE(383*(x/709)*(1-x/709)))*2. Les bornes sont x*383/709 ± 2σ pour l'estimation des clostridia et x*709/383 ± 2σ pour celle des bacilli à l'effectif nul. Ces derniers sont coloriés en vert pour les différencier des bacilli et n'ont pas de différence significative.
- - Les différences significatives sont en cyan clair.
- - Les clostridia se distinguent aussi par l'abondance des tRNAs rares que sont ccc, cga et xcg xag xgg (tableau B-C.2).
- - Les différences significatives les plus emblématiques sont
- . aga gca ttg avec respectivement 12.0 4.1 2.8 d'écart avec la borne la plus proche et avec les valeurs attendues 1 14/0.5 22 1/12 16 0/9. Les bascules sont fortes de sens B vers C (d) ou l'inverse (i), respectivement i 28 d 12 d 9.
- . 5 autres tRNAs suivent, le tout trié sur l'écart: 2 directs, cgt tcc, et 2 inverses atgi atgj, voir le tableau des bascules en bas de Note. Le 5ème tRNA est gcc, je ne l'ai pas détaillé car il est rare dans tous les types de cluster, sa somme ici des bacilli et des clostrida n'est que de 5 comme ctc et 6 pour gtc. La somme la plus faible parmi les tRNAs du référentiel (jaunes et rouges) est de 11 pou ctg. Il faut remarquer que les atg vont dans le même sens, que tcc a une forte bascule qu'il faudrait confirmer et que ggc est à la limite de la différence significative avec un écart de 0.01; ggc n'est pas dans le référentiel (rouge), tableau B-C.6, où il est limite avec un écart de 0.4.
- - Bascules
aa aga gca ttg cgt atgi tcc atgj ggc B709 1 22 16 30 7 14 14 41 attendu 0,5 11,9 8,6 16,2 3,8 7,6 7,6 22,1 C383 14 1 0 6 10 1 14 13 écart 12,0 4,1 2,8 2,3 2,3 1,1 1,0 0.01 sens i d d d i d i d bascule 28,0 11,9 8,6 2,7 2,6 7,6 1,8 1,7
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B-C blocs longs Cz' B-C9-4
modifier- Lien tableur: B-C blocs longs Cz’ B-C9-4
- Légende: pour les couleurs des effectifs voir le tableau référence, sauf le bleu foncé spécial pour les 4-8. Pour les différences significatives j'ai gardé les mes couleurs sauf pour les astérisques * qui sont les tRNAs absents des 9-23 et sont donc non comparables. Dans ce dernier tableau le cyan souligne la différence significative, cad une valeur de 4-8 en dehors de l'intervalle de confiance.
- Les effectifs: Le total z+z' des 9-23 est égal à 1060 des z9-23 des B+C et 32 des z'9-23 de C. Soit 1092. Le total z+z' des 4-8 est égal à 93 des z pour B et 83 des z pour C auxquels il faut ajouter 17 des z' pour C. Soit 193.
- Clostridia C4-8 total C100:
- - Les tRNAs en gras dans le 3ème tableau des intervalles de confiance sont les bascules entre z9-23 et z4-8: atgf cac tgg acc aac gta tca gaa.
- Bascules
total aa atgf cac tgg tca aac gta gaa acc 1092 Z9-23 55 35 28 33 42 62 61 13 193 Z4-8 1 0 0 1 17 18 19 6 - attendu 9,7 6,2 4,9 5,8 7,4 11,0 10,8 2,3 - bascule 9,7 6,2 4,9 5,8 2,3 1,6 1,8 2,6 - écart 2,6 1,3 0,6 0,1 4,2 0,6 1,8 0,7 - sens d d d d i i i i
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Autres firmicutes
modifierAutres firmicutes blocs
modifier- Lien tableur: Autres firmicutes blocs
- Légende:
- - 16s, nombre de 16s taas, total tRNAs avec, avec rRNA sans, sans rRNA tpage, total de la page correspondant à une en-tête av16s, avec des tRNAs avant 16s. Pour contrôle, tpage plus le nombre d' incomplets de Notes doit être égal au 16s de fin d'en-tête
- - 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
- - 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
- - 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.
- - 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short
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autres firmicutes notes
modifier- Notes: § pour Erysipelotrichia et Lactobacillales
1-3 9-23 16s23s5s-cds-tgc-tta§ 16atcgca235-9aas 16s23s5s-cds-tac-caa 2*16atcgca235-12aas 2*16s23s5s-aac 16-gcaatc-2355-13aas 16235-aac-gaa-acg 16235-19aas 16s23s5s-cac-tgg 16s23s5s-12aas 16-gca-235-aac gga-5s-5aas-ncRNA-9aas 16-gcaatc-235-cac-tgg-agc 2*16atcgca235-aac incomplets 2*16atcgca235-tgg-cgt 16s23s 16s-23s° cds 16s23s5s-cds-tgc-tta§ 5s en trop 16s23s5s-cds-tac-caa 2*16s23s5s-5s gga-5s-5aas-ncRNA-9aas 16-gcaatc-2355-13aas 5s§
negativicutes typage
modifiernegativicutes type 16-y-235 après 16s
modifier- Type
- Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
Type tableau incomplet total % 16s23s5s 38 1 39 65 atcgca 18 18 30 gca 3 3 5 total 59 1 60 100
negativicutes type 16235-z après 5s
modifiernegativicutes 1-3
modifier- Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets.
tRNA total % type total % aac 6 30 aac 5 45 tgg 4 20 tgg-cgt 2 18 cac 2 10 cac-tgg 1 9 cds 1 5 cds-tac-caa 1 9 cgt 2 10 aac-gaa-acg 1 9 acg 1 5 cac-tgg-agc 1 9 agc 1 5 11 100 caa 1 5 gaa 1 5 tac 1 5 20 100
negativicutes 4-8
modifierNéant
negativicutes 9-23
modifier- Lien tableur: negativicutes 9-23
- Légende: pour les couleurs voir le tableau référence.
- Liens internes: tableau du total des blocs, détails dans notes des 1-3, avant 16s, autres, incomplets et le tableur ci-dessus.
- Notes: 7 blocs
- - 2 blocs identiques appartenant au même génome en004 16s-atcgca-23s5s-12aas
- - puis 16s-atcgca-23s5s-9aas, 16s23s5s-12aas, 16s23s5s-19aas
- - un bloc avec 5s en plus, 16s-gcaatc-23s5s-5s-13aas
- - un bloc icomplet gaa-5s-5aas-ncRNA-9aas, ce 5s n'est pas dans le décompte.
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negativicutes type x-16235 avant 16s
modifierNéant
Synthèse firmicutes
modifierCaractérisation des clusters à rRNAs, 16s-y-23s5s, par la présence des gènes tRNAs, y, entre 16s et 23s.
modifier- Les liens internes: bacilli, sous tableaux bz1 bz2; clostridia, sous tableaux c1 c2 c3; negativicutes. A partir de ces liens on peut remonter aux liens des tableaux des décomptes des blocs à la base de ces sous tableaux.
- Caractérisation par la présence des tRNAs y: 1635 pour un cluster sans y, av pour les clusters ayant des tRNAs avant 16s et pour le reste voir les liens internes ci-dessus.
- - Conclusion: Les clostridia et les negativicutes sont semblables avec 1/3 de y alors que les bacilli ont 1/5 de y.
clostridia | bacilli | negativicutes | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | 1635 | y | 1635 | y | 1635 | y |
sans av | 149 | 73 | 212 | 43 | 38 | 23 |
avec av | 8 | 6 | 16 | 2 | ||
autres | 3 | 13 | 15 | |||
incomplet | 5 | 7 | 1 | |||
total | 165 | 99 | 228 | 60 | 39 | 23 |
% | 63 | 37 | 79 | 21 | 63 | 37 |
- Caractérisation par les aas portés par les tRNAs y:
- - Conclusion: là ce sont les clostridia qui diffèrent des bacilli et negativicutes qui sont semblables. Le tRNA y peut avoir 2 aas, atc-gca dans la majorité dans cet ordre ou seulement 1 seul atc ou gca. Les clostridia se distinguent donc des 2 autres clades par 1/2 de atcgca contre 3/4 et en plus ils ont 1/4 des aas solitaires différents de atc et gca, ggc et atgf (codon atg de formyl-Met).
y | clostridia | bacilli | negativicutes | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | atcgca | atc,gca | gcc,atgf | atcgca | atc,gca | atcgca | atc,gca |
sans av | 38 | 35 | - | 43 | - | 18 | 5 |
avec av | 4 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||
autres | 4 | 0 | 9 | 15 | |||
incomplet | 5 | 2 | 0 | ||||
total | 51 | 38 | 10 | 44 | 16 | 18 | 5 |
% | 52 | 38 | 10 | 73 | 27 | 78 | 22 |
détail | 12 atc | 2 atgf | 1 atc | 0 atc | |||
- | 26 gca | 8 gcc | 15 gca | 5 gca |
Caractérisation par les tRNAs externes x et z, des clusters x-16s-y-23s5s-z
modifierLongueurs des chaînes des aas portés par les tRNAs x et z
modifier- Les liens internes: bacilli, sous tableaux bz1 bz2; clostridia, sous tableaux c1 c2 c3; negativicutes. A partir de ces liens on peut remonter aux liens des tableaux des décomptes des blocs à la base de ces sous tableaux.
- Les chaînes z
- - Les longueurs sont, 1-3, de 1 à 3 aas; 4-8, 4 à 8 aas; 9-23, 9 à 23 aas et plus.
- - z' c'est la chaîne z dans un cluster x-16s23s5s-z, donc avec une chaîne x avant le 16s. Avec la comparaison des fréquences des aas des z et z' que je détaillerai plus loin, j'ai décidé de les additionner comme si c'était des chaînes z.
- - Conclusion: Clostridia et bacilli diffèrent par les z1-3 et les z9-23, respectivement 38% 9% pour clostridia et inversement 8% 37% pour bacilli. Leurs clusters sans z sont égaux entre eux de même pour les z4-8. Les Negativicutes se rapprochent des clostridia par leurs z1-3 et les z9-23 avec respectivement 18% 10% contre 42% 9%, mais diffèrent des clostridia et des bacilli par les sans z, 72% contre 42 et 48%. Peut-être ce pourcentage est dû aux faibles effectifs.
z effectifs | sans z | 1-3 | 4-8 | 9-23 | total | notes |
---|---|---|---|---|---|---|
Clostridia | 118 | 94 | 16 | 24 | 252 | avec les z’ des av-16s |
incomplets | 4 | 7 | 1 | 12 | ||
total clostridia | 122 | 101 | 16 | 25 | 264 | |
Bacilli | 139 | 22 | 21 | 106 | 288 | avec les z’ des av-16s |
Negativicutes | 44 | 11 | 0 | 6 | 61 | |
z pourcents | ||||||
Clostridia | 42 | 38 | 6 | 9 | 264 | |
Bacilli | 48 | 8 | 7 | 37 | 288 | |
Negativicutes | 72 | 18 | 0 | 10 | 61 |
- Les chaînes x avec leurs chaînes z'
- - Conclusion: Encore les Clostridia et Bacilli diffèrent par les x1-3 et les x9-23, respectivement 12/14 x1-3 pour les clostridia et 12/18 x9-23 pour les bacilli.
av-16s x | x 1-3 | x 4-8 | x-9-23 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
ap-5s z’ | sans z’ | z’ 1-3 | z’4-8 | z’9-23 | 4-8 | sans z’ | z’ 1-3 |
Clostridia | 4 | 4 | 2 | 2 | 1 | 1 | |
Bacilli | 1 | 5 | 2 | 10 | |||
Negativicutes | Les clusters x-16s23s5s n’existent pas |
Caractérisation des classes de longueur par les aas portés par les tRNAs x et z
modifier- Notices:
- - Quelquefois j'ai mis "cds" comme un élément à l'intérieur du cluster et je l'ai décompté dans les tableaux. Ici ce "cds" est compté comme un intercalaire et donc ne fait plus partie des effectifs.
- - J'ai décompté, dans les décomptes originaux des blocs, les 5s en trop dans un cluster entier. Quelquefois le 5s n'est pas en trop mais il ne fait pas suite au 23s. Il en est séparé par un aa, je considère le cluster alors comme normal. Par exemple un cluster x-16s-y-23s-aa1-5s-aa2 est compté comme un z1-3 ou z4-8, z9-23 si la chaîne z est plus longue.
Firmicutes z9-23
modifier- Lien tableur: Firmicutes z9-23
- Liens internes: bacilli, clostridia, negativicutes.
- Légende du tableau:
- - Couleurs, rouge pour les codons qui basculent entre bacilli et clostridia, jaune pour décors et cyan pour ressortir une faiblesse.
- - Codons faibles, 4 xxc: ctc ccc gtc gcc, 11 xxg: gtg xcg xag xgg sauf tgg tag, cga tga ont été toujours absents.
- - Effectifs: en dernière ligne du second tableau, eff.
- Notices:
- - Nombre de génomes étudiés: 32 bacilli, 43 clostridia, 9 negativicutes
- - Nombres de blocs 16s: bacilli 288, clostridia 252 + 12 16s23s + 8 16s, negativicutes 61 + 1 16s23s + 1 16s.
- - Blocs par génome: bacilli 288/32 = 9.0, clostridia 272/43 = 6.3, negativicutes 63/9 = 7.0.
- - Total z9-23 de 9 tRNAs à 23 et plus
- Bacilli: avec les blocs en double, 97 blocs et 1471 tRNAs; sans les doubles, 45 blocs et 709 tRNAs
- Clostridia: avec les blocs en double, 24 blocs et 421 tRNAs; sans les doubles, 21 blocs et 351 tRNAs
- Negativicutes: avec les blocs en double, 7 blocs et 93 tRNAs; sans les doubles, 6 blocs et 81 tRNAs
- - Comparaison avec les x9-23 des bacilli, colonne Bx9-23, et avec les z'4-23 des clostridia dans x-16s23s5s-z', colonne Cz'4-23. Les negativicutes n'ont pas de blocs avant 16s.
- Note pour baicilli et clostridia: je les ai comparés avec et sans doublons dans le tableau des différences significatives. C'est ce qui m'a permis de colorier en rouge les 7 bascules des tRNAs: 4 forts chez les bacilli et faibles chez les clostridia, gca cgt tcc ttg, et dans l'autre sens, atgi atgj aga. Les autres tRNAs ne sont pas significativement différents. Dans le tableau ci-dessous, comparant les Bz9-23 Cz9-23 Nz9-23 Bx9-23 Cz'4-23, j'ai séparé les tRNAs représentés par un seul codon dans le 1er sous-tableau, et dans le tableau de droite les tRNAs forts à plusieurs codons suivis des tRNAs à faibles effectifs. Le tableau de gauche est trié sur les bacilli croissants ce qui me permet de repérer rapidement les différences avec les 4 autres colonnes et de regrouper les faibles fréquences, en jaune, des fortes fréquences, en blanc.
- Note pour negativicutes: malgré un effectif total faible de 93 ils se comportent en bascules comme pour les bacilli, cgt tcc ttg forts et atgi atgj aga faibles, mais comme les clostridia, gca nul. Deux tRNAs sont devenus forts par rapport aux bacilli, tta et gga. Le gca nul peut-il être du à la faiblesse des effectifs comme gga tta? La bascule vers clostridia semble plus crédible car les 3 tRNAs ont le même ordre de grandeur chez les bacilli alors que gca devient nul chez les negativicutes quand gga et tta restent du même ordre de grandeurs dans les 2 autres clades.
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Firmicutes x9-23
modifier- Différences en effectifs de blocs:
- - J'ai déjà montré que les bacilli se différencient des clostridia par le rapport inverse des blocs courts sur les blocs longs avec des totaux équivalents, 252 et 288. Mais cette inversion existe aussi entre les x et les z' longs des blocs x-16235-z'. Ainsi ces blocs représentent 11% du total des blocs longs chez les 2 clades mais avec 11% de x et 0% de z' chez les bacilli contre respectivement 4% et 7% chez les clostridia et en effectifs 12/0 et 1/2. Il serait très difficile d'affirmer cette inversion avec des effectifs aussi faibles chez les clostridia. Pour arriver à un effectif de 12 x longs chez les clostridia il faudrait faire le décompte de 500 génomes au moins.
- - Cette rareté du x long du clostridia est accompagnée par une caractéristique rare des clusters à rRNAs, celle des clusters 16s-5s-23s: Chez les bacilli il y en a 6 pour un total de 288 dont 3 sont longs z9-23 et chez les clostridia 23 pour un total de 264 dont 2 longs, un x9-23 et un z9-23. Voir bacilli, sous tableaux bz1 bz2; clostridia, sous tableaux c1 c2 c3.
type Bz Cz Nz Bx Cx Nx Bz’ Cz’ Nz’ clade B C N clade B C N tblocs 97 24 7 12 1 0 0 2 0 x % 11 4 0 genomes 32 43 9 dblocs 45 21 6 9 1 2 z’% 0 7 0 blocsL 109 27 7 % diff 46 88 86 75 100 100 z % 89 89 100 blocsL/gen 3.4 0.6 0.8
- Différences en effectifs de tRNAs:
- - Le plus important dans ce paragraphe c'est l'importance des blocs doublons pour la comparaison entre fréquences des tRNAs que je vois au paragraphe suivant.
- Les bacilli z9-23: il y a quasiment doublement de tous les tRNAs, 1470 contre 709 différents, avec un doublement des blocs, 97 contre 45. Cependant j'ai comparé les pourcentages des totaux avec ou sans doublons et il en ressort 8 tRNAs qui franchement augmentent ou diminuent: tta -11% aca -9% gca -8% gta -7% gga +7% aac -5% gac +5% atc +5%.
- Les bacilli x9-23: A peine 22% de doublement, 158 contre 123 différents, avec 3 blocs doubles sur 12. Les doublons sont 3 fois [aac agc gaa gta gac caa aaa ctc cgt cca gga] et 2 fois atgf.
- Les clostridia z9-23: 3 blocs doubles sur 24 et 17% des tRNAs doubles, 421 contre 351 différents. Je n'ai pas repérés les tRNAs qui varient le plus.
- - Le plus important dans ce paragraphe c'est l'importance des blocs doublons pour la comparaison entre fréquences des tRNAs que je vois au paragraphe suivant.
type Bz Cz Nz Bx Cx Nx Bz’ Cz’ Nz’ t-tRNAs 1471 421 93 158 15 0 0 31 0 d-tRNAs 709 351 81 123 15 31 % diff 48 83 87 78 100 100
- Différences en fréquences des tRNAs: Note pour les blocs avant Bx9-23 et Cz'4-23:
- - Les 9 génomes des negativicutes n'ont pas donné de blocs avant 16s.
- - Les blocs avant des bacilli, colonne Bx9-23 du tableau des fréquences.
- + Les blocs avant des bacilli sont homogènes puisqu'ils sont tous des x-16 longs de 9 à 23 comme leurs z9-23. Les Bx9-23 se comportent comme les z9-23, avec les bascules gca cgt forts et atgi atgj aga faibles. Le faible effectif de 123 explique les zéros de ttg et tcc. Cependant les Bx9-23 se distinguent par 4 tRNAs qui changent drastiquement des z9-23 aux x9-23, tac cac sont nuls et ttc réduit à un, par contre ctc (le seul représentant des 4xxc) a un effectif de 7 (57‰), tout à fait à l'inverse des z9-23. Respectivement, en ‰, j'ai 38 34 38 4 en z9-23 contre 0 0 8 57 en x9-23. Quand j'ai comptabilisé les doublons l'effectif de ctc est renforcé à 10 pour un total de 158 alors que tac cac et ttc restent nuls. Pour les z9-23 en passant de 709 à 1471 l'effectif de ctc ne change pas et reste à 3 et les taux de tac cac ttc ne changent pratiquement pas, c'est-à-dire que leurs effectifs sont doubles comme le total.
- + Les fréquences des tRNAS des bacilli x9-23 sont en grande partie significativement différents des z9-23: Dans le tableau des différences significatives sans doublons (123/709) je retrouve les différences visuelles citées précédemment, tac cac ctc, mais pas ttc. Par contre les écarts les plus forts par rapport aux bornes se retrouvent dans ctc et agc. Les écarts faibles sont au nombre de 5, tac cac cgt gga cca. Quand je tiens compte des doublons (158/1471) apparaissent 5 nouvelles différences, caa aca gac ggc ttc. Donc avec un total de 12 différences significatives les Bx9-23 apparaissent nettement différents des Bz9-23 d'autant plus qu'avec les doublons les différences significatives montrent les tRNAs qui ne doublent pas et cela concerne même les pourcentages les plus élevés, sur 16 tRNAs Bz9-23, à partir de 34‰, 9 sont significativement différents des Bx9-23: cac tac ttc gac caa cca et cgt gga ggc.
- - Les blocs avant des clostridia, colonne Cz'4-23 du tableau des fréquences.
- + Les blocs avant longs des clostridia ne comportent que 2 x-16 et 6 z'4-23. L'effectif de 69 regroupe ces blocs, à prédominance z' donc. Ce groupe se comporte comme les z9-23 des clostridia avec un effectif de 351, même bascules (rouges) et même hiérarchie des pourcentages. Cependant il y a un excès de tgc avec 44‰ contre 14‰ et une faiblesse de cca 14‰ contre 34‰ ainsi que aga 14‰ contre 37‰. Le cas de gca est emblématique du rôle que joue le 5s comme tRNA, dans le cluster tcg-16s23s-gca-5s-12aas gca devrait se trouver entre 16s et 23s ou bien avec les 12aas. Est-ce là la cause de la non bascule de gca alors que les tRNAs des blocs avant des clostridia ressemblent à ceux des clostridia z9-23, notamment avec les 6 autres bascules (rouge)?
- x9-23 discussion:
- - Problématique du processus de création des blocs avant 16s: Après avoir analysé plusieurs génomes, la constance des clusters 16s-y-23s5s-z, les cassures et les réaménagements de ces blocs dans plusieurs couples de génomes proches dont l'un des 2 a subi beaucoup d'accidents, je me suis posé la question: est-ce que les blocs x-16s23s5s ne seraient pas un changement du x en z, 16s23s5s-z? C'est ainsi que j'ai étudié le couple cdc/cdc8 chez les clostridia et le couple bsu/lmo chez les bacilli. Et pour renforcer les typages j'ai intégré les blocs avant 16s avec les 16s en changeant le x en z: pour les clostridia les x-16s sont dans la 2ème ligne du tableau des notes et les inverses dans la dernière de ce tableau. Et j'obtiens le tableau de typage intégrant ces inversions.
- - Le processus de la création des x9-23 chez les bacilli est nettement différent de celui des z9-23: C'est l’absence de certains tRNAs (tac cac ttc), l'abondance de certains d'autres (agc gga cca) et la présence de nouveaux (ctc) dans les x9-23 par rapport aux z9-23 qui prouvent que les x9-23 ne sont pas une inversion des z9-23. Les différences statistiques sont faites avec des effectifs sans doublons. Si je tiens compte du processus des doublons il y a, en tout, 12 tRNAs significativement différents.
- - Cependant 10 des 12 x9-23 ont tous pour z' le couple atgf-gac dans cet ordre, couple que je retrouve dans cet ordre et non séparés dans 27 blocs z9-23, contre 8 blocs sans aucun des 2 tRNAs et 10 avec 1 seul tRNA ou les 2 tRNAs atgf et gac séparés par au moins 2 autres tRNAs différents. Chez les clostridia ce couple existe dans les z9-23, mais sur 21 blocs 1 seul bloc a le couple contigu, 16 blocs ont le couple mais les 2 tRNAs sont séparés par au moins 2 autres tRNAs différents. Enfin 2 blocs n'ont ni gac ni atgf et 2 autres ont 1 seul gac. Chez les Bx9-23, sur les 9 blocs différents, 3 ont le couple contigu, 5 n'ont qu'un seul tRNA gac et un ni atgf ni gac. Donc ce couple atgf-gac contigu, emblématique des blocs longs 9-23 chez les clostridia et les bacilli se comporte nettement différemment entre Bz9-23 et Bx9-23 puisque sur 45 blocs Bz9-23 différents, 37 ont le couple, contigu ou non, 8 blocs n'ont aucun des 2 tRNAs; alors que chez les 9 blocs Bx9-23 différents le rapport est l'inverse, 3 avec le couple contigu et 6 avec pas plus d'un seul tRNA, 5 gac et 1 sans.
- - Les avants blocs des clostridia renforce cette idée: car les clostridia s'opposent dans les décomptes des z1-3/z9-23, dans les bascules des 7 tRNAs rouges et dans les x/z'. Pour les bascules, les x9-23 des bacilli ressemblent par les bascules aux z9-23 mais différent par les autres tRNAs; pour les clostridia les z'9-23 ressemblent en bascules et en tout tRNA aux z9-23. Les bacilli n'ont pas de z'9-23 et le seul x9-23 des clostridia est accompagné d'un processus encore plus complexe, celui de la création des 16s-5s-23s (cluster 15aas-16s5s23s). Ce dernier processus touche tous les types et j'ai 6 chez les bacilli et 23 chez les clostridia. Il faut ajouter le comportement différent des 2 clades par rapport au couple atgf-gac contigu, dans les chaînes longues 9-23 et dans les chaînes courtes 1-3.
- - Les negativicutes: Chez les negativicutes sur 6 blocs différents, 1 a 2 atgf-gac contigu, 4 ont gac seul et 1 ni l’un ni l'autre.
- - Pour consolider cette idée il faudrait décompter plusieurs centaines de génomes de clostridia en plus. Les décomptes sont faits sur les blocs sauvegardés dans le tableur de chaque clade.
Firmicutes z4-8
modifier- Liens internes: bacilli clostridia comparaison avec 9-23
- La comparaison entre Bz4-8 et Cz4-8 montre que tous les tRNAs sont équivalents, il n'y a pas de différences significatives. Par ailleurs les tRNAs rouges se comportent normalement par rapport à leur origine, bacilli ou clostridia. Les bascules sont conservées dans le même sens entre Bz4-8 et Cz4-8 qu'entre Bz9-23 et Cz9-23 sauf pour atgj qui change de sens.
- Les tRNAs en déficit net chez les z4-8 par rapport aux z9-23: En faisant la somme B+C des z4-8, sur un effectif de 193, 4 tRNAs ont un déficit net par rapport aux z9-23 (voir le tableau comparatif des z9-23 en %). En pourcentage pour les z9-23 et en effectif pour les z4-8 j'ai, respectivement, atgf 48-1 cac 34-0 tca 34-1 tgg 30-0. D'autres tRNAs semblent en déficit mais leurs taux en z9-23 sont faibles, ctg 10-0 tgc 21-1 tcc 20-1.
- C'est cette constatation qui m'a amené à la comparaison de la somme des z4-8 à la somme des z9-23 sans doublons ou intégrant les z’. Étant donné qu'avec les z' les effectifs sont plus grands,1092 et 193, les 4 tRNAs nets en déficit sont significativement différents des z9-23, alors que tcc tgc et ctg ne le sont pas. Avec les effectifs sans z' plus faibles, 1060 et 176, tgg cac atgf sont différents et tca presque.
- Synthèse de toutes les bascules rouges dans tout type de blocs z9-23 z4-8 x9-23: à noter la bascule très forte de cgt et le changement de sens de atgj entre z9-23 et z4-8.
- Synthèse des bascules dans les comparaisons entre blocs longs: A noter l'importance aussi grande des bascules 9-23/4-8 que celles des B9-23/C9-23, 8 contre 7 tRNAs.
Firmicutes z1-3
modifierLes décomptes des 1-3
modifierz1-3 clostri bacilli negativ 1aa 54 5 1 2aas 26 14 3 3aas 5 1 2 2+5s 1 3+5s 3 total 89 20 6 z’1-3 clostri bacilli negativ 1aa 2 1 2aas 2 14 total 4 15 0 x1-3 clostri bacilli negativ 1aa 5 2 2aas 4 5 3aas 2 2+5s 1 3+5s 0 total 12 7 0
Comparaison avec z4-8 et z9-23
modifier- Lien tableur: Comparaison avec z4-8 et z9-23
- Liens internes: z9-23 / z4-8 z1-3 / z4-8 Bz9-23 / Bx9-23
- Légende: Les comparaisons sont faites en ‰ par rapport à chaque effectif eff du total du type considéré. Les différences significatives sont colorées pour les taux faibles et les taux forts sont en gras.
- - Les z1-3 sont comparés aux z4-8 contenant les z' avec un total de 209 contre 193 pour les z4-8. Les faibles des z1-3 sont colorés en bleu.
- - Les Bx9-23 sont comparés aux Bz9-23 sans z' avec un total de 709 contre 123 pour les Bx. Les faibles des Bx9-23 sont colorés en vert.
- - Les z9-23 sont comparés aux z4-8 contenant les z' avec un total de 1092 contre 193 pour les z4-8. Les faibles des z4-8 sont colorés en cyan.
- - Couleur rouge pour rappel de la bascule entre Bz9-23 et Cz9-23, ici n'apparaissant pas puisque j'ai additionné les 2.
- - Couleur jaune alternée pour distinguer les groupes de codons. La colonne z9-23 du 1er sous-tableau est ordonnée comme la colonne bacilli du 1er sous-tableau des Firmicutes z9-23 qui a été triée.
- - Les codons faibles: les 4 codons xxc, ctc ccc gtc gcc; les 11 codons xxg, gtg, tcg acg ccg gcg, aag cag gag, agg cgg ggg.
- - Autres, le codon rare cga et les non codons 5s et cds.
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Liste des chaînes de 2 et 3 aas des types 1-3
modifier- Lien tableur: Liste des chaînes de 2 et 3 aas des types 1-3
- Liens internes: bacilli 1-3 clostridia 1-3 negativicutes 1-3
- Légende
- - Jaune chaîne contenant un tRNA rare, 4xxc ctc ccc gtc gcc, 11xxg gtg, tcg acg ccg gcg, aag cag gag, agg cgg ggg. Ils sont tous dans des chaînes de 2 ou 3 aas sauf 2 isolés ctc tcg.
- - Cyan, répétition dans les clostridia
- - Rouge, répétition dans les bacilli
clade type | tRNA | eff | clade type | tRNA | eff |
---|---|---|---|---|---|
negativ z | tgg-cgt | 2 | clostri z | atgi-gca | 10 |
cac-tgg | atc-gca | 3 | |||
tac-caa | ttc-tgc | 3 | |||
cac-tgg-agc | aac-ggg | 2 | |||
aac-gaa-acg | tta-atgi | 2 | |||
aac-aac | |||||
clostri z’ | aac-atgf | aac-atgf | |||
aac-aac | gac-aca | ||||
gta-tta | |||||
bacilli z’ | atgf-gac | 14 | aac-5s-aac | 2 | |
aaa-5s-aaa | |||||
bacilli x | cgt-gga | 4 | atgi-gca-aac | ||
ctc-gga | ttc-gac-gaa | ||||
ctc | aac-gaa-tgc | ||||
gtg-gaa-cgg | |||||
clostri x | tca-tcc | aaa-acc-ctc | |||
atgi-gca | ttc-5s-ttc-aaa | 2 | |||
cgg-tgg | aac-5s-ttc-tgc | ||||
cag-gag | |||||
gac-ttc-ggc | bacilli z | aac-acc | 7 | ||
gca-atc-gga | atgf-gac | 5 | |||
5s-atgi-gca | aac-cgt | 2 | |||
tcg | atgf-ctc-ctg |
Comparaison z1-z2
modifier- Voir comparaison B+C z2/1
Firmicutes x1-3
modifier- Lien tableur: Firmicutes x1-3
- Liens internes: bacilli 1-3 clostridia 1-3 comparaison z1-3 / z4-8
- Note: dissymétrie entre z1-3 et x1-3
- - majoritaires chez z1-3 (en gras): 169 z contre 10 x ou bien 81% contre 29%
- - majoritaires chez x1-3 (en gras): 4 z contre 11 x ou bien 2% contre 32%
- - restes: 36 z contre 13 x ou bien 17% contre 38%
- - Les faibles 4xxc + 11xxg: sont à égalité, 6 6 en effectifs mais 3% z et 18% x.
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Noms firmicutes
modifierTableau des noms
modifier- Lien tableur: Noms firmicutes
- Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le 2.9.19 Paris.
- Légende
- - notes
- - rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).
- - rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs
- - fait, dans génomes bacilli, clostridia et autres firmicutes
- - code, utilisé dans les génomes "fait"
- - tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
tRNAs total 61644 génomes ruptures faits total total 324 86 850 bacilli 189 32 663 clostridia 123 43 174 autres 12 11 13
- Construction de la liste des noms
ruptures | notes | rRNAs | fait | code | tRNAs | génomes |
---|---|---|---|---|---|---|
1 | 444 | 1 | bc001 | 60 | Aerococcus urinae ACS-120-V-Col10a | |
1 | 666 | 1 | bc002 | 65 | Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 | |
bc003 | 64 | Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 | ||||
1 | 666 | 1 | bc004 | 56 | Amphibacillus xylanus NBRC 15112 | |
1 | bc005 | 77 | Anoxybacillus flavithermus WK1 | |||
1 | bc006 | 87 | Bacillus amyloliquefaciens CC178 | |||
bc007 | 94 | Bacillus amyloliquefaciens DSM 7 | ||||
10,10,10 | 1 | bc008 | 95 | Bacillus amyloliquefaciens IT-45 | ||
bc009 | 85 | Bacillus amyloliquefaciens L-H15 | ||||
bc010 | 92 | Bacillus amyloliquefaciens L-S60 | ||||
bc011 | 94 | Bacillus amyloliquefaciens LFB112 | ||||
bc012 | 72 | Bacillus amyloliquefaciens LL3 | ||||
bc013 | 72 | Bacillus amyloliquefaciens SQR9 | ||||
1 | 10,8,10 | 1 | bc014 | 89 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens KHG19 | |
1 | 10,9,10 | 1 | bc015 | 89 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum AS43.3 | |
bc016 | 95 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 | ||||
bc017 | 90 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42 | ||||
bc018 | 92 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NAU-B3 | ||||
bc019 | 81 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum NJN6 | ||||
bc020 | 77 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum TrigoCor1448 | ||||
bc021 | 86 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5033 UCMB-5033 | ||||
bc022 | 89 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5036 | ||||
bc023 | 89 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5113 | ||||
bc024 | 92 | Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum YAU B9601-Y2 | ||||
666 | 1 | bc025 | 70 | Bacillus amyloliquefaciens TA208 | ||
bc026 | 75 | Bacillus amyloliquefaciens XH7 | ||||
bc027 | 88 | Bacillus amyloliquefaciens Y2 | ||||
1 | bc028 | 96 | Bacillus anthracis 2000031021 | |||
NCBI 1 | 11,11,11 | 1 | bc029 | 112 | Bacillus anthracis 2002013094 | |
bc030 | 95 | Bacillus anthracis A0157 | ||||
bc031 | 96 | Bacillus anthracis A1144 | ||||
bc032 | 95 | Bacillus anthracis Ames A0462 | ||||
bc033 | 98 | Bacillus anthracis Ames BA1004 | ||||
1 | 10,10,10 | 1 | bc034 | 94 | Bacillus anthracis BA1015 | |
bc035 | 96 | Bacillus anthracis BA1035 | ||||
bc036 | 95 | Bacillus anthracis BFV | ||||
bc037 | 83 | Bacillus anthracis Canadian bison | ||||
bc038 | 95 | Bacillus anthracis Cvac02 | ||||
bc039 | 107 | Bacillus anthracis delta Sterne | ||||
bc040 | 95 | Bacillus anthracis Han | ||||
bc041 | 96 | Bacillus anthracis HYU01 | ||||
bc042 | 96 | Bacillus anthracis K3 | ||||
bc043 | 101 | Bacillus anthracis Ohio ACB | ||||
bc044 | 98 | Bacillus anthracis PAK-1 | ||||
bc045 | 96 | Bacillus anthracis Pasteur | ||||
bc046 | 95 | Bacillus anthracis Pollino | ||||
bc047 | 94 | Bacillus anthracis RA3 | ||||
bc048 | 97 | Bacillus anthracis SK-102 | ||||
bc049 | 95 | Bacillus anthracis str. A0248 | ||||
bc050 | 93 | Bacillus anthracis str. A16 | ||||
bc051 | 93 | Bacillus anthracis str. A16R | ||||
bc052 | 33 | Bacillus anthracis str. A2012 | ||||
bc053 | 95 | Bacillus anthracis str. Ames | ||||
bc054 | 95 | Bacillus anthracis str. Ames Ancestor A2084 | ||||
bc055 | 97 | Bacillus anthracis str. CDC 684 | ||||
bc056 | 96 | Bacillus anthracis str. H9401 | ||||
2*95 | bc057 | 190 | Bacillus anthracis str. Sterne | |||
bc058 | 96 | Bacillus anthracis str. SVA11 | ||||
bc059 | 99 | Bacillus anthracis str. Turkey32 | ||||
bc060 | 96 | Bacillus anthracis str. V770-NP-1R | ||||
bc061 | 95 | Bacillus anthracis str. Vollum | ||||
bc062 | 95 | Bacillus anthracis Vollum 1B | ||||
1 | 777 | 1 | bc063 | 75 | Bacillus atrophaeus 1942 | |
bc064 | 81 | Bacillus atrophaeus NRS 1221A | ||||
888 | 1 | bc065 | 80 | Bacillus atrophaeus subsp. globigii BSS | ||
1 | 13,13,13 | 1 | bc066 | 95 | Bacillus bombysepticus str. Wang | |
1 | 10,10,10 | 1 | bc067 | 83 | Bacillus cellulosilyticus DSM 2522 | |
1 | 2*106 | bc068 | 212 | Bacillus cereus 03BB102 | ||
bc069 | 105 | Bacillus cereus 03BB108 | ||||
bc070 | 107 | Bacillus cereus 03BB87 | ||||
bc071 | 108 | Bacillus cereus 3a | ||||
bc072 | 106 | Bacillus cereus AH187 | ||||
bc073 | 97 | Bacillus cereus AH820 | ||||
14,14,14 | 1 | bc074 | 118 | Bacillus cereus Al Hakam | ||
bc075 | 99 | Bacillus cereus ATCC 10987 | ||||
bc076 | 108 | Bacillus cereus ATCC 14579 | ||||
bc077 | 107 | Bacillus cereus ATCC 4342 | ||||
bc078 | 108 | Bacillus cereus B4264 | ||||
bc079 | 102 | Bacillus cereus biovar anthracis str. CI | ||||
bc080 | 105 | Bacillus cereus D17 | ||||
96+103 | bc081 | 199 | Bacillus cereus E33L | |||
bc082 | 105 | Bacillus cereus F837/76 | ||||
bc083 | 102 | Bacillus cereus FM1 | ||||
bc084 | 106 | Bacillus cereus FORC 005 | ||||
bc085 | 107 | Bacillus cereus FRI-35 | ||||
bc086 | 92 | Bacillus cereus FT9 | ||||
bc087 | 105 | Bacillus cereus G9241 | ||||
bc088 | 99 | Bacillus cereus G9842 | ||||
bc089 | 106 | Bacillus cereus NC7401 | ||||
13,13,13 | 1 | bc090 | 95 | Bacillus cereus Q1 | ||
bc091 | 106 | Bacillus cereus S2-8 | ||||
1 | bc092 | 75 | Bacillus clausii KSM-K16 | |||
1 | bc093 | 73 | Bacillus coagulans 2-6 | |||
bc094 | 85 | Bacillus coagulans 36D1 | ||||
bc095 | 86 | Bacillus coagulans DSM 1 ATCC 7050 | ||||
bc096 | 85 | Bacillus coagulans HM-08 | ||||
1 | 13,13,13 | 1 | bc097 | 107 | Bacillus cytotoxicus NVH 391-98 | |
1 | bc098 | 78 | Bacillus halodurans C-125 | |||
1 | bc099 | 88 | Bacillus infantis NRRL B-14911 | |||
1 | bc100 | 69 | Bacillus lehensis G1 | |||
1 | bc101 | 73 | Bacillus licheniformis 9945A | |||
bc102 | 73 | Bacillus licheniformis BL-09 | ||||
74*2 | bc103 | 148 | Bacillus licheniformis DSM 13 ATCC 14580 | |||
1 | bc104 | 116 | Bacillus megaterium DSM 319 | |||
bc105 | 128 | Bacillus megaterium NBRC 15308 ATCC 14581 | ||||
bmq | bc106 | 142 | Bacillus megaterium QM B1551 | |||
bc107 | 119 | Bacillus megaterium WSH-002 | ||||
1 | bc108 | 92 | Bacillus methanolicus MGA3 | |||
1 | bc109 | 82 | Bacillus methylotrophicus JS25R | |||
1 | bmyc | bc110 | 118 | Bacillus mycoides 219298 | ||
bc111 | 107 | Bacillus mycoides ATCC 6462 | ||||
1 | bc112 | 78 | Bacillus pseudofirmus OF4 | |||
1 | bc113 | 81 | Bacillus pumilus MTCC B6033 | |||
bc114 | 70 | Bacillus pumilus SAFR-032 | ||||
bc115 | 70 | Bacillus pumilus W3 | ||||
1 | bc116 | 69 | Bacillus selenitireducens MLS10 | |||
1 | bc117 | 91 | Bacillus sp. 1NLA3E | |||
1 | bc118 | 87 | Bacillus sp. BH072 | |||
1 | bc119 | 86 | Bacillus sp. BS34A | |||
1 | bc120 | 86 | Bacillus sp. JS | |||
1 | bc121 | 86 | Bacillus sp. LM 4-2 | |||
1 | bc122 | 83 | Bacillus sp. OxB-1 | |||
1 | bc123 | 84 | Bacillus sp. Pc3 | |||
1 | bc124 | 81 | Bacillus sp. WP8 | |||
1 | gst | 12,12,12 | 1 | bc125 | 123 | Bacillus sp. X12014 |
1 | bc126 | 87 | Bacillus sp. YP1 | |||
1 | bc127 | 72 | Bacillus subtilis ATCC 13952 | |||
bc128 | 72 | Bacillus subtilis ATCC 19217 | ||||
bc129 | 59 | Bacillus subtilis B-1 | ||||
bc130 | 92 | Bacillus subtilis BEST7003 | ||||
NCBI 2 | bc131 | 130 | Bacillus subtilis BEST7613 | |||
bc132 | 86 | Bacillus subtilis Bs-916 | ||||
bc133 | 86 | Bacillus subtilis BS49 | ||||
bc134 | 83 | Bacillus subtilis BSn5 | ||||
bc135 | 71 | Bacillus subtilis HJ5 | ||||
bc136 | 86 | Bacillus subtilis KCTC 1028 | ||||
bc137 | 86 | Bacillus subtilis PS832 | ||||
bc138 | 86 | Bacillus subtilis PY79 | ||||
bc139 | 86 | Bacillus subtilis QB928 | ||||
bc140 | 84 | Bacillus subtilis SG6 | ||||
bc141 | 88 | Bacillus subtilis subsp. natto BEST195 | ||||
bc142 | 77 | Bacillus subtilis subsp. spizizenii NRS 231 | ||||
bc143 | 77 | Bacillus subtilis subsp. spizizenii str. W23 | ||||
bc144 | 92 | Bacillus subtilis subsp. spizizenii TU-B-10 | ||||
bc145 | 86 | Bacillus subtilis subsp. subtilis 3NA | ||||
bc146 | 86 | Bacillus subtilis subsp. subtilis 6051-HGW | ||||
2*86 | 10,10,10 | 1 | bc147 | 172 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 | |
bc148 | 86 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. AG1839 | ||||
bc149 | 89 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BAB-1 | ||||
bc150 | 86 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BSP1 | ||||
bc151 | 86 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. JH642 substr. AG174 | ||||
bc152 | 80 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. OH 131.1 | ||||
bc153 | 86 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. RO-NN-1 | ||||
bc154 | 77 | Bacillus subtilis T30 | ||||
bc155 | 77 | Bacillus subtilis XF-1 | ||||
1 | bc156 | 105 | Bacillus thuringiensis 97-27 | |||
bc157 | 104 | Bacillus thuringiensis BMB171 | ||||
btg | 14,14,14 | 1 | bc158 | 142 | Bacillus thuringiensis Bt407 | |
bc159 | 99 | Bacillus thuringiensis HD-771 | ||||
bc160 | 122 | Bacillus thuringiensis HD-789 | ||||
bc161 | 134 | Bacillus thuringiensis HD1002 | ||||
bc162 | 104 | Bacillus thuringiensis HD1011 | ||||
bc163 | 104 | Bacillus thuringiensis HD571 | ||||
bc164 | 105 | Bacillus thuringiensis HD682 | ||||
15,15,15 | 1 | bc165 | 78 | Bacillus thuringiensis MC28 | ||
bc166 | 86 | Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 | ||||
bc167 | 108 | Bacillus thuringiensis serovar finitimus YBT-020 | ||||
bc168 | 115 | Bacillus thuringiensis serovar galleriae HD-29 | ||||
bc169 | 105 | Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27 | ||||
bc170 | 108 | Bacillus thuringiensis serovar kurstaki HD 1 | ||||
bc171 | 98 | Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD-1 | ||||
bc172 | 104 | Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD73 | ||||
99+108 | bc173 | 207 | Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 | |||
bc174 | 98 | Bacillus thuringiensis serovar morrisoni BGSC 4AA1 | ||||
bc175 | 86 | Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 | ||||
bc176 | 104 | Bacillus thuringiensis str. Al Hakam | ||||
bc177 | 95 | Bacillus thuringiensis YBT-1518 | ||||
1 | bc178 | 98 | Bacillus toyonensis BCT-7112 | |||
1 | bc179 | 108 | Bacillus weihenstephanensis KBAB4 | |||
bc180 | 79 | Bacillus weihenstephanensis WSBC 10204 | ||||
1 | bbe | bc181 | 127 | Brevibacillus brevis NBRC 100599 NBRC 100599 47 | ||
1 | blr | bc182 | 113 | Brevibacillus laterosporus LMG 15441 | ||
1 | bc183 | 59 | Carnobacterium maltaromaticum LMA28 | |||
1 | bc184 | 67 | Carnobacterium sp. 17-4 | |||
1 | bc185 | 74 | Carnobacterium sp. WN1359 | |||
1 | bc186 | 60 | Enterococcus casseliflavus EC20 | |||
1 | bc187 | 57 | Enterococcus faecalis 62 | |||
bc188 | 63 | Enterococcus faecalis ATCC 29212 | ||||
bc189 | 65 | Enterococcus faecalis D32 | ||||
bc190 | 64 | Enterococcus faecalis DENG1 | ||||
bc191 | 60 | Enterococcus faecalis OG1RF | ||||
bc192 | 65 | Enterococcus faecalis str. Symbioflor 1 | ||||
bc193 | 71 | Enterococcus faecalis V583 | ||||
1 | bc194 | 47 | Enterococcus faecium Aus0004 | |||
bc195 | 76 | Enterococcus faecium Aus0085 AUS0085 | ||||
bc196 | 64 | Enterococcus faecium DO | ||||
bc197 | 48 | Enterococcus faecium NRRL B-2354 | ||||
bc198 | 65 | Enterococcus faecium T110 | ||||
1 | bc199 | 72 | Enterococcus hirae ATCC 9790 | |||
1 | bc200 | 66 | Enterococcus mundtii QU 25 QU25 | |||
1 | bc201 | 33 | Enterococcus sp. 7L76 | |||
1 | bc202 | 67 | Exiguobacterium antarcticum B7 Eab7 | |||
1 | bc203 | 69 | Exiguobacterium sibiricum 255-15 | |||
1 | bc204 | 68 | Exiguobacterium sp. AT1b | |||
1 | bc205 | 61 | Exiguobacterium sp. MH3 | |||
1 | bc206 | 88 | Geobacillus kaustophilus HTA426 | |||
1 | bc207 | 89 | Geobacillus sp. C56-T3 | |||
1 | bc208 | 88 | Geobacillus sp. GHH01 | |||
1 | bc209 | 89 | Geobacillus sp. JF8 | |||
1 | bc210 | 93 | Geobacillus sp. WCH70 | |||
1 | bc211 | 92 | Geobacillus sp. Y4.1MC1 | |||
1 | bc212 | 89 | Geobacillus sp. Y412MC52 | |||
1 | bc213 | 89 | Geobacillus sp. Y412MC61 | |||
1 | bc214 | 88 | Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 | |||
1 | bc215 | 91 | Geobacillus thermoglucosidasius C56-YS93 | |||
1 | bc216 | 89 | Geobacillus thermoleovorans CCB US3 UF5 | |||
1 | bc217 | 69 | Halobacillus halophilus DSM 2266 | |||
1 | jeo | bc218 | 124 | Jeotgalibacillus sp. D5 | ||
1 | bc219 | 56 | Jeotgalicoccus sp. 13MG44 air | |||
1 | bc220 | 60 | Kyrpidia tusciae DSM 2912 | |||
1 | bc221 | 63 | Lactobacillus acidophilus 30SC | |||
bc222 | 61 | Lactobacillus acidophilus FSI4 | ||||
bc223 | 61 | Lactobacillus acidophilus La-14 | ||||
bc224 | 61 | Lactobacillus acidophilus NCFM | ||||
1 | bc225 | 60 | Lactobacillus amylovorus GRL 1112 | |||
bc226 | 62 | Lactobacillus amylovorus GRL1118 | ||||
1 | bc227 | 65 | Lactobacillus brevis ATCC 367 | |||
bc228 | 49 | Lactobacillus brevis BSO 464 | ||||
bc229 | 64 | Lactobacillus brevis KB290 | ||||
1 | bc230 | 61 | Lactobacillus buchneri CD034 | |||
bc231 | 63 | Lactobacillus buchneri NRRL B-30929 | ||||
1 | bc232 | 57 | Lactobacillus casei 12A | |||
bc233 | 59 | Lactobacillus casei ATCC 334 | ||||
bc234 | 61 | Lactobacillus casei BD-II | ||||
bc235 | 61 | Lactobacillus casei BL23 | ||||
bc236 | 59 | Lactobacillus casei LC2W | ||||
bc237 | 61 | Lactobacillus casei LOCK919 | ||||
bc238 | 60 | Lactobacillus casei str. Zhang | ||||
bc239 | 59 | Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393 | ||||
bc240 | 61 | Lactobacillus casei W56 | ||||
1 | bc241 | 64 | Lactobacillus crispatus ST1 | |||
1 | bc242 | 89 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus 2038 | |||
bc243 | 95 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842 JCM 1002 | ||||
999 | 1 | bc244 | 98 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 | ||
bc245 | 98 | Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ND02 | ||||
1 | bc246 | 58 | Lactobacillus fermentum CECT 5716 | |||
bc247 | 58 | Lactobacillus fermentum F-6 | ||||
bc248 | 58 | Lactobacillus fermentum IFO 3956 | ||||
1 | bc249 | 75 | Lactobacillus gasseri ATCC 33323 JCM 1131 | |||
1 | bc250 | 64 | Lactobacillus helveticus CNRZ32 | |||
bc251 | 61 | Lactobacillus helveticus DPC 4571 | ||||
bc252 | 63 | Lactobacillus helveticus H10 | ||||
bc253 | 61 | Lactobacillus helveticus H9 | ||||
bc254 | 61 | Lactobacillus helveticus KLDS1.8701 | ||||
bc255 | 61 | Lactobacillus helveticus R0052 | ||||
1 | bc256 | 56 | Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260 | |||
1 | bc257 | 55 | Lactobacillus johnsonii DPC 6026 | |||
bc258 | 54 | Lactobacillus johnsonii FI9785 | ||||
bc259 | 54 | Lactobacillus johnsonii N6.2 | ||||
bc260 | 78 | Lactobacillus johnsonii NCC 533 | ||||
1 | bc261 | 60 | Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 | |||
1 | bc262 | 92 | Lactobacillus mucosae LM1 | |||
1 | bc263 | 61 | Lactobacillus paracasei N1115 | |||
bc264 | 59 | Lactobacillus paracasei subsp. paracasei 8700 2 | ||||
bc265 | 61 | Lactobacillus paracasei subsp. paracasei JCM 8130 | ||||
1 | bc266 | 69 | Lactobacillus plantarum 16 | |||
bc267 | 67 | Lactobacillus plantarum B21 | ||||
bc268 | 62 | Lactobacillus plantarum JDM1 | ||||
bc269 | 72 | Lactobacillus plantarum subsp. plantarum P-8 | ||||
bc270 | 71 | Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ST-III | ||||
bc271 | 74 | Lactobacillus plantarum WCFS1 | ||||
bc272 | 65 | Lactobacillus plantarum ZJ316 | ||||
1 | bc273 | 68 | Lactobacillus reuteri DSM 20016 | |||
bc274 | 70 | Lactobacillus reuteri I5007 | ||||
bc275 | 65 | Lactobacillus reuteri JCM 1112 | ||||
bc276 | 70 | Lactobacillus reuteri SD2112 | ||||
bc277 | 70 | Lactobacillus reuteri TD1 | ||||
1 | bc278 | 60 | Lactobacillus rhamnosus ATCC 8530 | |||
bc279 | 59 | Lactobacillus rhamnosus GG ATCC 53103 | ||||
bc280 | 57 | Lactobacillus rhamnosus GG GG ATCC 53103 | ||||
bc281 | 61 | Lactobacillus rhamnosus Lc 705 | ||||
bc282 | 59 | Lactobacillus rhamnosus LOCK900 | ||||
bc283 | 62 | Lactobacillus rhamnosus LOCK908 | ||||
1 | bc284 | 67 | Lactobacillus ruminis ATCC 27782 | |||
1 | bc285 | 65 | Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K | |||
1 | bc286 | 77 | Lactobacillus salivarius CECT 5713 | |||
bc287 | 77 | Lactobacillus salivarius JCM1046 | ||||
1 | bc288 | 61 | Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 | |||
1 | bc289 | 56 | Lactobacillus sp. wkB8 | |||
1 | bc290 | 63 | Lactococcus garvieae ATCC 49156 | |||
bc291 | 63 | Lactococcus garvieae Lg2 | ||||
1 | bc292 | 62 | Lactococcus lactis AI06 | |||
1 | bc293 | 64 | Lactococcus lactis subsp. cremoris A76 | |||
bc294 | 62 | Lactococcus lactis subsp. cremoris KW2 | ||||
bc295 | 64 | Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 | ||||
bc296 | 64 | Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 | ||||
bc297 | 62 | Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11 | ||||
bc298 | 61 | Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 | ||||
1 | bc299 | 66 | Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 | |||
bc300 | 63 | Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 IL1403 | ||||
bc301 | 65 | Lactococcus lactis subsp. lactis IO-1 | ||||
bc302 | 69 | Lactococcus lactis subsp. lactis KF147 | ||||
bc303 | 66 | Lactococcus lactis subsp. lactis KLDS 4.0325 | ||||
bc304 | 69 | Lactococcus lactis subsp. lactis NCDO 2118 | ||||
bc305 | 64 | Lactococcus lactis subsp. lactis S0 | ||||
1 | bc306 | 65 | Leuconostoc carnosum JB16 | |||
1 | bc307 | 70 | Leuconostoc citreum KM20 | |||
1 | bc308 | 67 | Leuconostoc gelidum JB7 | |||
bc309 | 67 | Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum LMG 18811 | ||||
1 | bc310 | 68 | Leuconostoc kimchii IMSNU 11154 | |||
1 | bc311 | 69 | Leuconostoc mesenteroides KFRI-MG | |||
bc312 | 71 | Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293 | ||||
bc313 | 71 | Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides J18 | ||||
1 | bc314 | 67 | Leuconostoc sp. C2 | |||
1 | bc315 | 67 | Listeria ivanovii subsp. ivanovii PAM 55 | |||
bc316 | 67 | Listeria ivanovii subsp. ivanovii WSLC 3010 | ||||
bc317 | 67 | Listeria ivanovii subsp. londoniensis WSLC 30151 | ||||
bc318 | 67 | Listeria ivanovii subsp. londoniensis WSLC 30167 | ||||
bc319 | 67 | Listeria ivanovii WSLC3009 | ||||
1 | bc320 | 67 | Listeria monocytogenes 07PF0776 | |||
bc321 | 58 | Listeria monocytogenes 08-5578 | ||||
bc322 | 58 | Listeria monocytogenes 08-5923 | ||||
bc323 | 67 | Listeria monocytogenes 10403S | ||||
bc324 | 49 | Listeria monocytogenes 6179 | ||||
bc325 | 67 | Listeria monocytogenes ATCC 19117 | ||||
bc326 | 67 | Listeria monocytogenes C1-387 | ||||
bc327 | 67 | Listeria monocytogenes CFSAN006122 | ||||
666 | 1 | bc328 | 67 | Listeria monocytogenes EGD | ||
bc329 | 67 | Listeria monocytogenes Finland 1998 Finland 1988 | ||||
bc330 | 67 | Listeria monocytogenes FSL R2-561 | ||||
bc331 | 67 | Listeria monocytogenes HCC23 | ||||
bc332 | 65 | Listeria monocytogenes IZSAM Lm hs2008 | ||||
bc333 | 59 | Listeria monocytogenes J0161 | ||||
bc334 | 67 | Listeria monocytogenes J1-220 | ||||
bc335 | 67 | Listeria monocytogenes J1776 | ||||
bc336 | 58 | Listeria monocytogenes J1816 | ||||
bc337 | 67 | Listeria monocytogenes J1817 | ||||
bc338 | 67 | Listeria monocytogenes J1926 | ||||
bc339 | 67 | Listeria monocytogenes J2-031 | ||||
bc340 | 58 | Listeria monocytogenes J2-064 | ||||
bc341 | 67 | Listeria monocytogenes J2-1091 | ||||
bc342 | 67 | Listeria monocytogenes L312 | ||||
bc343 | 67 | Listeria monocytogenes L99 | ||||
bc344 | 67 | Listeria monocytogenes La111 | ||||
bc345 | 67 | Listeria monocytogenes Lm60 | ||||
bc346 | 67 | Listeria monocytogenes M7 | ||||
bc347 | 67 | Listeria monocytogenes N1-011A | ||||
bc348 | 67 | Listeria monocytogenes N2306 | ||||
bc349 | 67 | Listeria monocytogenes N53-1 | ||||
bc350 | 67 | Listeria monocytogenes NE dc2014 | ||||
bc351 | 67 | Listeria monocytogenes NTSN | ||||
bc352 | 67 | Listeria monocytogenes R2-502 | ||||
bc353 | 58 | Listeria monocytogenes R479a | ||||
bc354 | 67 | Listeria monocytogenes serotype 4b str. CLIP 80459 Clip80459 | ||||
bc355 | 67 | Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 4b F2365 | ||||
bc356 | 67 | Listeria monocytogenes serotype 4b str. LL195 | ||||
bc357 | 67 | Listeria monocytogenes serotype 7 str. SLCC2482 | ||||
bc358 | 67 | Listeria monocytogenes SLCC2372 | ||||
bc359 | 67 | Listeria monocytogenes SLCC2376 | ||||
bc360 | 67 | Listeria monocytogenes SLCC2378 | ||||
bc361 | 65 | Listeria monocytogenes SLCC2479 | ||||
bc362 | 67 | Listeria monocytogenes SLCC2540 | ||||
bc363 | 67 | Listeria monocytogenes SLCC2755 | ||||
bc364 | 67 | Listeria monocytogenes SLCC5850 | ||||
bc365 | 68 | Listeria monocytogenes SLCC7179 | ||||
bc366 | 67 | Listeria monocytogenes WSLC1001 | ||||
bc367 | 67 | Listeria monocytogenes WSLC1042 | ||||
1 | bc368 | 67 | Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 | |||
1 | bc369 | 66 | Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334 | |||
1 | bc370 | 107 | Lysinibacillus fusiformis RB-21 | |||
1 | bc371 | 86 | Lysinibacillus sphaericus C3-41 | |||
1 | bc372 | 98 | Lysinibacillus varians GY32 | |||
1 | bc373 | 50 | Macrococcus caseolyticus JCSC5402 | |||
1 | bc374 | 61 | Melissococcus plutonius ATCC 35311 | |||
bc375 | 55 | Melissococcus plutonius DAT561 | ||||
1 | bc376 | 71 | Oceanobacillus iheyensis HTE831 | |||
1 | bc377 | 45 | Oenococcus kitaharae DSM 17330 | |||
1 | bc378 | 46 | Oenococcus oeni PSU-1 | |||
1 | bc379 | 90 | Paenibacillus beijingensis DSM 24997 | |||
1 | bc380 | 86 | Paenibacillus borealis DSM 13188 | |||
1 | bc381 | 87 | Paenibacillus durus DSM 1735 | |||
1 | bc382 | 89 | Paenibacillus graminis DSM 15220 | |||
1 | bc383 | 81 | Paenibacillus larvae subsp. larvae DSM 25430 | |||
1 | pmq | 14,14,14 | 1 | bc384 | 175 | Paenibacillus mucilaginosus 3016 |
pmw | bc385 | 152 | Paenibacillus mucilaginosus K02 | |||
bc386 | 113 | Paenibacillus mucilaginosus KNP414 | ||||
1 | bc387 | 88 | Paenibacillus odorifer DSM 15391 | |||
1 | bc388 | 107 | Paenibacillus polymyxa CF05 | |||
bc389 | 90 | Paenibacillus polymyxa CR1 | ||||
bc390 | 91 | Paenibacillus polymyxa E681 | ||||
bc391 | 111 | Paenibacillus polymyxa M1 | ||||
bc392 | 109 | Paenibacillus polymyxa Sb3-1 | ||||
ppm | 14,13,13 | 1 | bc393 | 165 | Paenibacillus polymyxa SC2 | |
bc394 | 112 | Paenibacillus polymyxa SQR-21 SQR21 | ||||
1 | bc395 | 82 | Paenibacillus sabinae T27 | |||
1 | bc396 | 86 | Paenibacillus sp. FSL H7-0357 | |||
1 | bc397 | 93 | Paenibacillus sp. FSL H7-0737 | |||
1 | bc398 | 87 | Paenibacillus sp. FSL P4-0081 | |||
1 | bc399 | 90 | Paenibacillus sp. FSL R5-0345 | |||
1 | bc400 | 90 | Paenibacillus sp. FSL R5-0912 | |||
1 | bc401 | 85 | Paenibacillus sp. FSL R7-0273 | |||
1 | bc402 | 85 | Paenibacillus sp. FSL R7-0331 | |||
1 | bc403 | 90 | Paenibacillus sp. IHBB 10380 | |||
1 | bc404 | 89 | Paenibacillus sp. JDR-2 | |||
1 | bc405 | 73 | Paenibacillus sp. Y412MC10 | |||
1 | bc406 | 88 | Paenibacillus stellifer DSM 14472 | |||
1 | bc407 | 90 | Paenibacillus terrae HPL-003 | |||
1 | bc408 | 57 | Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 | |||
1 | bc409 | 55 | Pediococcus pentosaceus ATCC 25745 | |||
1 | bc410 | 51 | Pediococcus pentosaceus SL4 | |||
bc411 | 60 | Planococcus sp. PAMC 21323 | ||||
1 | bc412 | 97 | Solibacillus silvestris StLB046 | |||
1 | 755 | 1 | bc413 | 63 | Staphylococcus aureus 04-02981 | |
bc414 | 58 | Staphylococcus aureus 08BA02176 | ||||
bc415 | 56 | Staphylococcus aureus 144 S7 | ||||
bc416 | 62 | Staphylococcus aureus 2395 USA500 | ||||
bc417 | 54 | Staphylococcus aureus 25b MRSA | ||||
bc418 | 54 | Staphylococcus aureus 26b MRSA | ||||
bc419 | 54 | Staphylococcus aureus 27b MRSA | ||||
bc420 | 54 | Staphylococcus aureus 29b MRSA | ||||
bc421 | 54 | Staphylococcus aureus 31b MRSA | ||||
bc422 | 54 | Staphylococcus aureus 33b | ||||
bc423 | 61 | Staphylococcus aureus 502A | ||||
bc424 | 31 | Staphylococcus aureus 71A S11 | ||||
bc425 | 58 | Staphylococcus aureus 79 S10 | ||||
bc426 | 31 | Staphylococcus aureus 93b S9 | ||||
bc427 | 62 | Staphylococcus aureus Bmb9393 | ||||
bc428 | 61 | Staphylococcus aureus CA-347 | ||||
bc429 | 58 | Staphylococcus aureus FCFHV36 | ||||
bc430 | 61 | Staphylococcus aureus ILRI Eymole1/1 | ||||
bc431 | 58 | Staphylococcus aureus M1 | ||||
bc432 | 53 | Staphylococcus aureus NRS 100 | ||||
bc433 | 61 | Staphylococcus aureus RF122 | ||||
bc434 | 52 | Staphylococcus aureus SA17 S6 | ||||
1 | bc435 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus 11819-97 | |||
bc436 | 53 | Staphylococcus aureus subsp. aureus 55/2053 | ||||
bc437 | 58 | Staphylococcus aureus subsp. aureus 6850 | ||||
bc438 | 58 | Staphylococcus aureus subsp. aureus 71193 | ||||
bc439 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC 25923 | ||||
bc440 | 58 | Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 | ||||
bc441 | 53 | Staphylococcus aureus subsp. aureus COL | ||||
bc442 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ECT-R 2 | ||||
bc443 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ED133 | ||||
bc444 | 62 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98 | ||||
bc445 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus FORC 001 | ||||
bc446 | 62 | Staphylococcus aureus subsp. aureus Gv69 | ||||
bc447 | 59 | Staphylococcus aureus subsp. aureus H-EMRSA-15 | ||||
bc448 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus HO 5096 0412 | ||||
bc449 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 | ||||
bc450 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9 | ||||
bc451 | 58 | Staphylococcus aureus subsp. aureus JKD6159 | ||||
bc452 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus LGA251 | ||||
bc453 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus M013 | ||||
bc454 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 | ||||
bc455 | 59 | Staphylococcus aureus subsp. aureus MSHR1132 | ||||
bc456 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476 | ||||
bc457 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3 | ||||
bc458 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 | ||||
bc459 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 | ||||
bc460 | 63 | Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 | ||||
bc461 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 | ||||
bc462 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus SA268 | ||||
bc463 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus SA40 | ||||
bc464 | 60 | Staphylococcus aureus subsp. aureus SA957 | ||||
bc465 | 506 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 | ||||
bc466 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ST398 | ||||
bc467 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus ST772-MRSA-V DAR4145 | ||||
bc468 | 84 | Staphylococcus aureus subsp. aureus str. JKD6008 | ||||
bc469 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus str. Newman | ||||
bc470 | 55 | Staphylococcus aureus subsp. aureus T0131 | ||||
bc471 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 | ||||
bc472 | 62 | Staphylococcus aureus subsp. aureus TW20 | ||||
bc473 | 54 | Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 FPR3757 | ||||
bc474 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 TCH1516 | ||||
bc475 | 61 | Staphylococcus aureus subsp. aureus VC40 | ||||
bc476 | 62 | Staphylococcus aureus subsp. aureus Z172 | ||||
bc477 | 61 | Staphylococcus aureus UA-S391 USA300 | ||||
bc478 | 61 | Staphylococcus aureus USA300-ISMMS1 | ||||
bc479 | 59 | Staphylococcus aureus XN108 | ||||
1 | bc480 | 61 | Staphylococcus carnosus subsp. carnosus TM300 | |||
1 | bc481 | 58 | Staphylococcus epidermidis 949 S8 | |||
bc482 | 61 | Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 | ||||
bc483 | 61 | Staphylococcus epidermidis PM221 | ||||
bc484 | 61 | Staphylococcus epidermidis RP62A | ||||
bc485 | 60 | Staphylococcus epidermidis SEI | ||||
1 | bc486 | 62 | Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 | |||
bc487 | 62 | Staphylococcus haemolyticus Sh29/312/L2 | ||||
1 | bc488 | 59 | Staphylococcus hyicus ATCC 11249 | |||
1 | bc489 | 61 | Staphylococcus lugdunensis HKU09-01 | |||
bc490 | 56 | Staphylococcus lugdunensis N920143 | ||||
1 | bc491 | 49 | Staphylococcus pasteuri SP1 | |||
1 | bc492 | 68 | Staphylococcus pseudintermedius E140 | |||
bc493 | 58 | Staphylococcus pseudintermedius ED99 | ||||
bc494 | 59 | Staphylococcus pseudintermedius HKU10-03 | ||||
1 | bc495 | 60 | Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 | |||
1 | bc496 | 59 | Staphylococcus warneri SG1 | |||
1 | bc497 | 55 | Staphylococcus xylosus HKUOPL8 | |||
bc498 | 59 | Staphylococcus xylosus SMQ-121 | ||||
1 | 777 | 1 | bc499 | 80 | Streptococcus agalactiae 09mas018883 | |
bc500 | 72 | Streptococcus agalactiae 138P | ||||
bc501 | 71 | Streptococcus agalactiae 138spar | ||||
bc502 | 72 | Streptococcus agalactiae 2-22 | ||||
bc503 | 80 | Streptococcus agalactiae 2603V/R | ||||
bc504 | 80 | Streptococcus agalactiae A909 | ||||
bc505 | 80 | Streptococcus agalactiae CNCTC 10/84 | ||||
bc506 | 80 | Streptococcus agalactiae COH1 | ||||
bc507 | 82 | Streptococcus agalactiae GBS1-NY | ||||
bc508 | 80 | Streptococcus agalactiae GBS2-NM | ||||
bc509 | 80 | Streptococcus agalactiae GBS6 | ||||
bc510 | 77 | Streptococcus agalactiae GD201008-001 | ||||
bc511 | 81 | Streptococcus agalactiae ILRI005 | ||||
bc512 | 79 | Streptococcus agalactiae ILRI112 | ||||
bc513 | 81 | Streptococcus agalactiae NGBS061 | ||||
bc514 | 81 | Streptococcus agalactiae NGBS572 | ||||
bc515 | 80 | Streptococcus agalactiae SA20-06 | ||||
1 | bc516 | 58 | Streptococcus anginosus C1051 | |||
bc517 | 58 | Streptococcus anginosus C238 | ||||
bc518 | 59 | Streptococcus anginosus SA1 | ||||
bc519 | 67 | Streptococcus anginosus subsp. whileyi MAS624 | ||||
1 | bc520 | 59 | Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C1050 | |||
bc521 | 59 | Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C232 | ||||
bc522 | 59 | Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C818 | ||||
1 | bc523 | 57 | Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis 167 | |||
bc524 | 57 | Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis AC-2713 | ||||
bc525 | 57 | Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis ATCC 12394 | ||||
bc526 | 57 | Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis GGS 124 | ||||
bc527 | 57 | Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis RE378 | ||||
1 | bc528 | 66 | Streptococcus equi subsp. equi 4047 | |||
bc529 | 57 | Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ATCC 35246 | ||||
bc530 | 51 | Streptococcus equi subsp. zooepidemicus CY | ||||
bc531 | 57 | Streptococcus equi subsp. zooepidemicus H70 | ||||
1 | bc532 | 57 | Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10565 ATCC BAA1716 | |||
bc533 | 61 | Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ATCC 43143 | ||||
bc534 | 81 | Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ATCC BAA-2069 | ||||
bc535 | 72 | Streptococcus gallolyticus UCN34 | ||||
1 | bc536 | 60 | Streptococcus gordonii str. Challis substr. CH1 | |||
1 | bc537 | 69 | Streptococcus infantarius subsp. infantarius CJ18 | |||
1 | bc538 | 45 | Streptococcus iniae ISET0901 | |||
bc539 | 45 | Streptococcus iniae ISNO | ||||
bc540 | 47 | Streptococcus iniae SF1 | ||||
bc541 | 58 | Streptococcus iniae YSFST01-82 | ||||
1 | bc542 | 60 | Streptococcus intermedius B196 | |||
bc543 | 60 | Streptococcus intermedius C270 | ||||
bc544 | 67 | Streptococcus intermedius JTH08 | ||||
1 | bc545 | 60 | Streptococcus lutetiensis 033 | |||
1 | bc546 | 71 | Streptococcus macedonicus ACA-DC 198 | |||
1 | bc547 | 61 | Streptococcus mitis B6 | |||
1 | bc548 | 65 | Streptococcus mutans GS-5 | |||
bc549 | 65 | Streptococcus mutans LJ23 | ||||
bc550 | 65 | Streptococcus mutans NN2025 | ||||
bc551 | 65 | Streptococcus mutans UA159 | ||||
bc552 | 65 | Streptococcus mutans UA159-FR | ||||
1 | bc553 | 51 | Streptococcus oligofermentans AS 1.3089 | |||
1 | bc554 | 61 | Streptococcus oralis Uo5 | |||
1 | bc555 | 62 | Streptococcus parasanguinis ATCC 15912 | |||
bc556 | 62 | Streptococcus parasanguinis FW213 | ||||
1 | bc557 | 60 | Streptococcus parauberis KCTC 11537 | |||
bc558 | 58 | Streptococcus parauberis NCFD 2020 | ||||
1 | bc559 | 60 | Streptococcus pasteurianus ATCC 43144 | |||
1 | bc560 | 60 | Streptococcus pneumoniae 670-6B | |||
bc561 | 59 | Streptococcus pneumoniae 70585 | ||||
bc562 | 59 | Streptococcus pneumoniae A026 | ||||
bc563 | 58 | Streptococcus pneumoniae AP200 | ||||
bc564 | 58 | Streptococcus pneumoniae ATCC 700669 | ||||
bc565 | 58 | Streptococcus pneumoniae CGSP14 | ||||
bc566 | 59 | Streptococcus pneumoniae D39 | ||||
bc567 | 59 | Streptococcus pneumoniae G54 | ||||
bc568 | 58 | Streptococcus pneumoniae gamPNI0373 | ||||
bc569 | 59 | Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6 | ||||
bc570 | 59 | Streptococcus pneumoniae INV104 | ||||
bc571 | 59 | Streptococcus pneumoniae INV200 | ||||
bc572 | 59 | Streptococcus pneumoniae JJA | ||||
bc573 | 60 | Streptococcus pneumoniae NT 110 58 | ||||
bc574 | 59 | Streptococcus pneumoniae OXC141 | ||||
bc575 | 59 | Streptococcus pneumoniae P1031 | ||||
bc576 | 54 | Streptococcus pneumoniae PCS8235 | ||||
bc577 | 59 | Streptococcus pneumoniae R6 | ||||
bc578 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPN032672 | ||||
bc579 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPN033038 | ||||
bc580 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPN034156 SNP034156 | ||||
bc581 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPN034183 SNP034183 | ||||
bc582 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPN994038 SNP994038 | ||||
bc583 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPN994039 SNP994039 | ||||
bc584 | 59 | Streptococcus pneumoniae SPNA45 | ||||
bc585 | 59 | Streptococcus pneumoniae ST556 | ||||
bc586 | 59 | Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14 | ||||
bc587 | 59 | Streptococcus pneumoniae TCH8431/19A | ||||
bc588 | 59 | Streptococcus pneumoniae TIGR4 | ||||
bc589 | 59 | Streptococcus pneumoniae TIGR4 ATCC BAA-334 | ||||
1 | bc590 | 42 | Streptococcus pseudopneumoniae IS7493 | |||
1 | bc591 | 67 | Streptococcus pyogenes 1E1 | |||
bc592 | 67 | Streptococcus pyogenes 7F7 | ||||
bc593 | 67 | Streptococcus pyogenes A20 | ||||
bc594 | 67 | Streptococcus pyogenes Alab49 | ||||
bc595 | 68 | Streptococcus pyogenes ATCC 19615 | ||||
bc596 | 69 | Streptococcus pyogenes HKU QMH11M0907901 | ||||
bc597 | 69 | Streptococcus pyogenes HKU360 | ||||
bc598 | 67 | Streptococcus pyogenes HSC5 | ||||
bc599 | 57 | Streptococcus pyogenes M1 476 | ||||
2*60 | bc600 | 120 | Streptococcus pyogenes M1 GAS SF370 | |||
bc601 | 57 | Streptococcus pyogenes M23ND | ||||
bc602 | 67 | Streptococcus pyogenes MGAS10270 | ||||
bc603 | 67 | Streptococcus pyogenes MGAS10394 | ||||
bc604 | 67 | Streptococcus pyogenes MGAS10750 | ||||
bc605 | 57 | Streptococcus pyogenes MGAS15252 | ||||
bc606 | 57 | Streptococcus pyogenes MGAS1882 | ||||
bc607 | 68 | Streptococcus pyogenes MGAS2096 | ||||
bc608 | 67 | Streptococcus pyogenes MGAS315 | ||||
bc609 | 67 | Streptococcus pyogenes MGAS5005 | ||||
bc610 | 67 | Streptococcus pyogenes MGAS6180 | ||||
bc611 | 68 | Streptococcus pyogenes MGAS8232 | ||||
bc612 | 68 | Streptococcus pyogenes MGAS9429 | ||||
bc613 | 67 | Streptococcus pyogenes NZ131 ATCC BAA-1633 | ||||
bc614 | 57 | Streptococcus pyogenes SSI-1 | ||||
bc615 | 66 | Streptococcus pyogenes STAB1102 | ||||
bc616 | 67 | Streptococcus pyogenes STAB901 | ||||
bc617 | 59 | Streptococcus pyogenes STAB902 | ||||
bc618 | 66 | Streptococcus pyogenes str. Manfredo | ||||
1 | bc619 | 68 | Streptococcus salivarius 57.I | |||
bc620 | 68 | Streptococcus salivarius CCHSS3 | ||||
bc621 | 68 | Streptococcus salivarius JIM8777 | ||||
bc622 | 68 | Streptococcus salivarius NCTC 8618 | ||||
1 | bc623 | 61 | Streptococcus sanguinis SK36 | |||
1 | bc624 | 60 | Streptococcus sp. I-G2 | |||
1 | bc625 | 86 | Streptococcus sp. I-P16 | |||
1 | bc626 | 69 | Streptococcus sp. VT 162 | |||
1 | bc627 | 56 | Streptococcus suis 05HAS68 | |||
bc628 | 56 | Streptococcus suis 05ZYH33 | ||||
bc629 | 59 | Streptococcus suis 6407 | ||||
bc630 | 56 | Streptococcus suis 98HAH33 | ||||
bc631 | 56 | Streptococcus suis A7 | ||||
bc632 | 56 | Streptococcus suis BM407 | ||||
bc633 | 56 | Streptococcus suis D12 | ||||
bc634 | 54 | Streptococcus suis D9 | ||||
bc635 | 49 | Streptococcus suis GZ1 | ||||
bc636 | 62 | Streptococcus suis JS14 | ||||
bc637 | 56 | Streptococcus suis P1/7 | ||||
bc638 | 56 | Streptococcus suis S735 | ||||
bc639 | 56 | Streptococcus suis SC070731 | ||||
bc640 | 56 | Streptococcus suis SC84 | ||||
bc641 | 59 | Streptococcus suis SS12 | ||||
bc642 | 58 | Streptococcus suis ST1 | ||||
bc643 | 56 | Streptococcus suis ST3 | ||||
bc644 | 56 | Streptococcus suis T15 | ||||
bc645 | 56 | Streptococcus suis TL13 | ||||
bc646 | 56 | Streptococcus suis YB51 | ||||
1 | bc647 | 55 | Streptococcus thermophilus ASCC 1275 | |||
bc648 | 67 | Streptococcus thermophilus CNRZ1066 | ||||
bc649 | 67 | Streptococcus thermophilus JIM 8232 | ||||
bc650 | 67 | Streptococcus thermophilus LMD-9 | ||||
bc651 | 67 | Streptococcus thermophilus LMG 18311 | ||||
bc652 | 57 | Streptococcus thermophilus MN-ZLW-002 | ||||
bc653 | 57 | Streptococcus thermophilus ND03 | ||||
bc654 | 67 | Streptococcus thermophilus SMQ-301 | ||||
1 | 555 | 1 | bc655 | 59 | Streptococcus uberis 0140J | |
1 | 888 | 1 | bc656 | 56 | Terribacillus aidingensis MP602 | |
1 | 555 | 1 | bc657 | 62 | Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 | |
1 | 555 | 1 | bc658 | 61 | Thermobacillus composti KWC4 | |
1 | 777 | 1 | bc659 | 54 | Virgibacillus sp. SK37 | |
1 | 766 | 1 | bc660 | 75 | Weissella ceti WS08 | |
bc661 | 71 | Weissella ceti WS105 | ||||
bc662 | 77 | Weissella ceti WS74 | ||||
1 | bc663 | 56 | Weissella koreensis KACC 15510 | |||
1 | en001 | 55 | Erysipelothrix rhusiopathiae str. Fujisawa | |||
433 | 1 | en002 | 53 | Erysipelothrix rhusiopathiae SY1027 | ||
1 | 111 | 1 | en003 | 40 | Faecalitalea cylindroides T2-87 | |
1 | 777 | 1 | en004 | 77 | Lactobacillus salivarius UCC118 | |
1 | 666 | 1 | en005 | 60 | Acidaminococcus fermentans DSM 20731 | |
1 | 333 | 1 | en006 | 53 | Acidaminococcus intestini RyC-MR95 | |
1 | en007 | 51 | Megamonas hypermegale ART12/1 | |||
1 | 777 | 1 | en008 | 65 | Megasphaera elsdenii DSM 20460 | |
1 | 10,9,9 | 1 | en009 | 77 | Pelosinus fermentans JBW45 | |
1 | 16,15,14 | 1 | en010 | 99 | Pelosinus sp. UFO1 | |
1 | 777 | 1 | en011 | 73 | Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 | |
1 | 444 | 1 | en012 | 55 | Selenomonas sputigena ATCC 35185 | |
1 | 444 | 1 | en013 | 49 | Veillonella parvula DSM 2008 | |
1 | 655 | 1 | cd001 | 62 | Acetobacterium woodii DSM 1030 | |
1 | 555 | 1 | cd002 | 67 | Acetohalobium arabaticum DSM 5501 | |
1 | 11,10,10 | 1 | cd003 | 110 | Alkaliphilus metalliredigens QYMF | |
1 | cd004 | 88 | Alkaliphilus oremlandii OhILAs | |||
1 | cd005 | 51 | Ammonifex degensii KC4 | |||
1 | cd006 | 48 | Anaerococcus prevotii DSM 20548 | |||
1 | cd007 | 27 | butyrate-producing bacterium SM4/1 | |||
cd008 | 57 | butyrate-producing bacterium SS3/4 | ||||
cd009 | 53 | butyrate-producing bacterium SSC/2 | ||||
1 | cd010 | 60 | Butyrivibrio fibrisolvens 16/4 | |||
1 | 666 | 1 | cd011 | 51 | Butyrivibrio proteoclasticus B316 | |
1 | cd012 | 56 | Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 | |||
1 | 333 | 1 | cd013 | 52 | Caldicellulosiruptor bescii DSM 6725 | |
1 | cd014 | 50 | Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 | |||
1 | cd015 | 51 | Caldicellulosiruptor kristjanssonii I77R1B | |||
1 | cd016 | 48 | Caldicellulosiruptor kronotskyensis 2002 | |||
1 | cd017 | 47 | Caldicellulosiruptor lactoaceticus 6A | |||
1 | cd018 | 46 | Caldicellulosiruptor obsidiansis OB47 | |||
1 | cd019 | 49 | Caldicellulosiruptor owensensis OL | |||
1 | cd020 | 48 | Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 | |||
1 | cd021 | 41 | Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-Japan | |||
cd022 | 40 | Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-NL | ||||
cd023 | 40 | Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-Yit | ||||
1 | cd024 | 39 | Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit | |||
1 | cd025 | 47 | Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C | |||
1 | cd026 | 53 | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 | |||
1 | cd027 | 75 | Clostridium acetobutylicum ATCC 824 | |||
cd028 | 75 | Clostridium acetobutylicum DSM 1731 | ||||
cd029 | 77 | Clostridium acetobutylicum EA 2018 | ||||
1 | cd030 | 69 | Clostridium autoethanogenum DSM 10061 | |||
1 | cd031 | 79 | Clostridium baratii str. Sullivan | |||
1 | 17,16,16 | 1 | cd032 | 70 | Clostridium beijerinckii 59B | |
cd033 | 95 | Clostridium beijerinckii ATCC 35702 SA-1 | ||||
cd034 | 95 | Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 | ||||
1 | cd035 | 84 | Clostridium botulinum 111 | |||
cd036 | 70 | Clostridium botulinum 202F | ||||
cd037 | 81 | Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 | ||||
cd038 | 80 | Clostridium botulinum A str. ATCC 3502 | ||||
cd039 | 81 | Clostridium botulinum A str. Hall | ||||
cd040 | 81 | Clostridium botulinum A2 str. Kyoto | ||||
cd041 | 81 | Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree | ||||
cd042 | 77 | Clostridium botulinum B str. Eklund 17B NRP | ||||
cd043 | 82 | Clostridium botulinum B1 str. Okra | ||||
cd044 | 83 | Clostridium botulinum Ba4 str. 657 | ||||
10,10,10 | 1 | cd045 | 87 | Clostridium botulinum BKT015925 | ||
cd046 | 73 | Clostridium botulinum CDC 1436 | ||||
554 | 1 | cd047 | 53 | Clostridium botulinum CDC 297 | ||
cd048 | 79 | Clostridium botulinum E3 str. Alaska E43 | ||||
cd049 | 72 | Clostridium botulinum F str. 230613 | ||||
cd050 | 82 | Clostridium botulinum F str. Langeland | ||||
cd051 | 72 | Clostridium botulinum H04402 065 | ||||
cd052 | 79 | Clostridium botulinum NCTC 8266 | ||||
cd053 | 79 | Clostridium botulinum NCTC 8550 | ||||
cd054 | 76 | Clostridium botulinum Prevot 594 | ||||
1 | 888 | 1 | cd055 | 65 | Clostridium cellulolyticum H10 ATCC 35319 | |
1 | cd056 | 60 | Clostridium cellulosi | |||
1 | 10,9,9 | 1 | cd057 | 80 | Clostridium cellulovorans 743B | |
1 | cd058 | 50 | Clostridium cf. saccharolyticum K10 | |||
1 | 666 | 1 | cd059 | 61 | Clostridium clariflavum DSM 19732 | |
1 | 677 | 1 | cd060 | 63 | Clostridium kluyveri DSM 555 | |
cd061 | 63 | Clostridium kluyveri NBRC 12016 | ||||
1 | 999 | 1 | cd062 | 74 | Clostridium ljungdahlii DSM 13528 | |
1 | 10,10,10 | 1 | cd063 | 81 | Clostridium novyi NT | |
1 | 999 | 1 | cd064 | 77 | Clostridium pasteurianum BC1 | |
2*81 | cd065 | 162 | Clostridium pasteurianum DSM 525 ATCC 6013 | |||
1 | cd066 | 93 | Clostridium perfringens ATCC 13124 | |||
10,10,10 | 1 | cd067 | 96 | Clostridium perfringens str. 13 | ||
1 | cd068 | 85 | Clostridium saccharobutylicum DSM 13864 | |||
cd069 | 68 | Clostridium saccharolyticum WM1 | ||||
1 | cd070 | 71 | Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4HMT | |||
1 | 999 | 1 | cd071 | 66 | Clostridium scatologenes ATCC 25775 | |
1 | cd072 | 84 | Clostridium sordellii ATCC9714 | |||
cd073 | 85 | Clostridium sordellii JGS6382 | ||||
1 | cd074 | 62 | Clostridium sp. BNL1100 | |||
1 | cd075 | 53 | Clostridium sp. SY8519 | |||
1 | cd076 | 81 | Clostridium sporogenes NCIMB 10696 | |||
1 | 2*49 | cd077 | 98 | Clostridium stercorarium subsp. stercorarium DSM 8532 | ||
1 | cd078 | 60 | Clostridium sticklandii DSM 519 | |||
1 | 546 | 1 | cd079 | 53 | Clostridium tetani 12124569 | |
cd080 | 54 | Clostridium tetani E88 Massachusetts substr. E88 | ||||
1 | cd081 | 46 | Coprococcus catus GD/7 | |||
1 | cd082 | 28 | Coprococcus sp. ART55/1 | |||
1 | 222 | 1 | cd083 | 48 | Coprothermobacter proteolyticus DSM 5265 | |
1 | 444 | 1 | cd084 | 54 | Dehalobacter restrictus DSM 9455 PER-K23 | |
1 | cd085 | 53 | Dehalobacter sp. CF | |||
1 | cd086 | 53 | Dehalobacter sp. DCA | |||
1 | cd087 | 76 | Desulfitobacterium dehalogenans ATCC 51507 | |||
1 | cd088 | 73 | Desulfitobacterium dichloroeliminans LMG P-21439 | |||
1 | 555 | 1 | cd089 | 76 | Desulfitobacterium hafniense DCB-2 | |
cd090 | 63 | Desulfitobacterium hafniense Y51 | ||||
1 | cd091 | 73 | Desulfitobacterium metallireducens DSM 15288 853-15A | |||
1 | 898 | 1 | cd092 | 68 | Desulfosporosinus acidiphilus SJ4 | |
1 | cd093 | 82 | Desulfosporosinus meridiei DSM 13257 | |||
1 | cd094 | 77 | Desulfosporosinus orientis DSM 765 | |||
1 | 9,10,10 | 1 | cd095 | 70 | Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771 | |
1 | cd096 | 66 | Desulfotomaculum carboxydivorans CO-1-SRB | |||
1 | cd097 | 67 | Desulfotomaculum gibsoniae DSM 7213 | |||
1 | cd098 | 49 | Desulfotomaculum kuznetsovii DSM 6115 | |||
1 | cd099 | 74 | Desulfotomaculum reducens MI-1 | |||
1 | cd100 | 67 | Desulfotomaculum ruminis DSM 2154 | |||
1 | cd101 | 60 | Ethanoligenens harbinense YUAN-3 | |||
1 | 777 | 1 | cd102 | 69 | Eubacterium acidaminophilum DSM 3953 | |
1 | cd103 | 47 | Eubacterium eligens ATCC 27750 | |||
1 | cd104 | 60 | Eubacterium limosum KIST612 | |||
1 | cd105 | 60 | Eubacterium rectale ATCC 33656 | |||
cd106 | 44 | Eubacterium rectale DSM 17629 | ||||
cd107 | 53 | Eubacterium rectale M104/1 | ||||
1 | cd108 | 50 | Eubacterium siraeum 70/3 | |||
cd109 | 38 | Eubacterium siraeum V10Sc8a | ||||
1 | cd110 | 60 | Faecalibacterium prausnitzii L2-6 L2/6 | |||
1 | cd111 | 71 | Faecalibacterium prausnitzii SL3/3 | |||
1 | 444 | 1 | cd112 | 48 | Filifactor alocis ATCC 35896 | |
1 | 444 | 1 | cd113 | 48 | Finegoldia magna ATCC 29328 | |
1 | 444 | 1 | cd114 | 59 | Halanaerobium hydrogeniformans | |
1 | cd115 | 55 | Halanaerobium praevalens DSM 2228 | |||
1 | 555 | 1 | cd116 | 78 | Halobacteroides halobius DSM 5150 | |
1 | cd117 | 57 | Halothermothrix orenii H 168 DSM 9562 | |||
1 | hmo | 10,10,10 | 1 | cd118 | 109 | Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 |
1 | cd119 | 61 | Lachnoclostridium phytofermentans ISDg | |||
1 | cd120 | 46 | Mageeibacillus indolicus UPII9-5 | |||
1 | cd121 | 51 | Mahella australiensis 50-1 BON | |||
1 | cd122 | 52 | Moorella thermoacetica ATCC 39073 | |||
1 | cd123 | 52 | Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF | |||
1 | cd124 | 72 | Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 | |||
1 | cd125 | 42 | Parvimonas micra KCOM 1535 ChDC B708 | |||
1 | cd126 | 53 | Pelotomaculum thermopropionicum SI | |||
1 | cd127 | 67 | Peptoclostridium difficile 2007855 | |||
cd128 | 89 | Peptoclostridium difficile 630 | ||||
cd129 | 91 | Peptoclostridium difficile 630 cultivar NCTC 13307 /strain | ||||
cd130 | 91 | Peptoclostridium difficile 630Derm | ||||
cd131 | 80 | Peptoclostridium difficile BI1 | ||||
cd132 | 22 | Peptoclostridium difficile BI9 | ||||
9,10,10 | 1 | cd133 | 85 | Peptoclostridium difficile CD196 | ||
cd134 | 66 | Peptoclostridium difficile CF5 | ||||
cd135 | 88 | Peptoclostridium difficile M120 | ||||
14,16,13 | 1 | cd136 | 110 | Peptoclostridium difficile M68 | ||
cd137 | 67 | Peptoclostridium difficile R20291 | ||||
1 | cd138 | 53 | Peptoniphilus sp. 1-1 | |||
1 | cd139 | 58 | Roseburia hominis A2-183 | |||
1 | cd140 | 52 | Roseburia intestinalis M50/1 | |||
cd141 | 66 | Roseburia intestinalis XB6B4 | ||||
1 | cd142 | 57 | Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 | |||
cd143 | 57 | Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313 | ||||
1 | cd144 | 79 | Ruminococcus albus 7 DSM 20455 | |||
1 | cd145 | 57 | Ruminococcus bicirculans 80/3 | |||
1 | cd146 | 36 | Ruminococcus bromii L2-63 | |||
1 | cd147 | 45 | Ruminococcus champanellensis 18P13 JCM 17042 | |||
1 | cd148 | 46 | Ruminococcus obeum A2-162 | |||
1 | cd149 | 47 | Ruminococcus sp. SR1/5 | |||
1 | cd150 | 47 | Ruminococcus torques L2-14 | |||
1 | cd151 | 57 | Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 | |||
cd152 | 56 | Sulfobacillus acidophilus TPY | ||||
1 | 666 | 1 | cd153 | 98 | Symbiobacterium thermophilum IAM 14863 IAM14863 | |
1 | 444 | 1 | cd154 | 55 | Syntrophobotulus glycolicus DSM 8271 | |
1 | 533 | 1 | cd155 | 48 | Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen G311 | |
1 | 222 | 1 | cd156 | 47 | Syntrophothermus lipocalidus DSM 12680 | |
1 | 2*53 | 222 | 1 | cd157 | 106 | Tepidanaerobacter acetatoxydans Re1 |
1 | 333 | 1 | cd158 | 53 | Thermacetogenium phaeum DSM 12270 | |
1 | 222 | 1 | cd159 | 51 | Thermaerobacter marianensis DSM 12885 | |
1 | 333 | 1 | cd160 | 53 | Thermincola potens JR | |
1 | 444 | 1 | cd161 | 57 | Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 | |
1 | cd162 | 56 | Thermoanaerobacter italicus Ab9 | |||
1 | cd163 | 58 | Thermoanaerobacter kivui DSM 2030 | |||
1 | cd164 | 59 | Thermoanaerobacter mathranii subsp. mathranii str. A3 | |||
1 | cd165 | 57 | Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 39E | |||
1 | cd166 | 56 | Thermoanaerobacter sp. X513 | |||
1 | cd167 | 54 | Thermoanaerobacter sp. X514 | |||
1 | cd168 | 57 | Thermoanaerobacter wiegelii Rt8.B1 | |||
1 | cd169 | 58 | Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 | |||
1 | 555 | 1 | cd170 | 58 | Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 | |
cd171 | 58 | Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum M0795 | ||||
1 | cd172 | 58 | Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 | |||
1 | 222 | 1 | cd173 | 48 | Thermodesulfobium narugense DSM 14796 | |
1 | 333 | 1 | cd174 | 53 | Thermosediminibacter oceani DSM 16646 |
Noms méthode
modifier17.8.19 Paris
Méthode pour lister les génomes avec leur total tRNAs
- - à partir de gtRNAdb copier sans le dessin dans .txt
- - puis de celui-ci dans .ods
- - garder les 2 colonnes des anti-codons et du nom
- -copier la colonne des anti-codons dans .odt (non formaté)
- - Remplacer $ (régulière) en *
- - Puis ** en ;
- - Puis * en rien
- - copier le tout dans .txt
- - Remplacer ; en \n
- - copier le tout dans .ods
- - limiter à une colonne avec des *
- - puis =NBCAR(cellule)/3, (ou 4 si l’ant-codon est suivi d’un blanc)
- - sauvegarder
- - copier la colonne des noms dans une page vierge (pour ctrl+schift+fin)
- - sélectionner la plage des noms sans déplacer le curseur
- - Taper 5 dans la cellule haut gauche sans déplacer le curseur
- - alt+entrée
- - puis ctrl+schift+v
- - cocher “ignorer les cellules vides”
- - entrée
- - entrer un symbole dans une cellule
- - Dans la cellule vide au-dessus de la colonne
- - “=concat($symbole$, 1er cellule de la colonne)
- - entrée
- - copier la cellule du concat
- - sélectionner la plage, ctrl+schift+fin
- - Remplacer 5 par concat (cocher cellule entière)
- - sauvegarder: ctrl+x, ctrl+schift+v (décocher “ignorer cellules vides”
- - trier la plage ordre croissant.
- - La liste des noms est prête, remplacer le symbole par rien.
- - Mettre cote à cote les 2 colonnes de noms et du nombre de tRNAs par génome
génomes bacilli
modifier- Lien tableur: génomes bacilli
bc001 bc004 bc008 bc014 bc015 bc025 bc029 bc034 bc063 bc065 bc066 bc067 bc074 bc090 bc097 bc125 bc147 bc158 bc165 bc244 bc328 bc384 bc393 bc413 bc499 bc655 bc656 bc657 bc658 bc659 bc660
bc001
modifier- chromosome
bc001 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
16s23s5s | 444 | 60 | ||
16atcgca235-aac-acc | ||||
16atcgca235-22aas | ||||
16s23s5s-12aas | ||||
interc | interc | |||
203 | 16s | 16 | gaa | |
75 | 23s | 12 | ttc | |
13 | 5s | 22 | gac | |
34 | aac | 41 | atgf | |
13 | tcc | 9 | gaa | |
21 | gaa | 12 | agc | |
14 | gta | 10 | atc | |
12 | gac | 3 | gga | |
7 | ttc | 17 | gac | |
29 | tac | 11 | atgf | |
27 | tgg | 18 | tca | |
7 | cac | 9 | atgi | |
74 | caa | 14 | atgj | |
11 | tgc | 5 | gca | |
12 | ttg | 4 | cca | |
18 | cgt | |||
32 | tta | |||
11 | ggc | |||
8 | aca | |||
7 | cta | |||
4 | aaa | |||
10 | gta | |||
75 | 5s | |||
165 | 23s | |||
34 | gca | |||
75 | atc | |||
24 | 16s |
bc004
modifier- chromosome
bc004 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
2*16s23s5s | 666 | 56 | ||
16atcgca235-aac-acc | ||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||
16s23s5s-9aas | ||||
16s23s5s-13aas | ||||
interc | interc | |||
388 | 16s | 483 | 16s | |
186 | 23s | 201 | 23s | |
4 | 5s | 11 | 5s | |
3 | gta | 4 | aac | |
21 | aca | 43 | tcc | |
7 | aaa | 32 | gaa | |
18 | cta | 31 | atgf | |
45 | ggc | 26 | gac | |
3 | tta | 7 | ttc | |
4 | cgt | 28 | tac | |
24 | cca | 11 | tgg | |
9 | gca | 32 | cac | |
6 | caa | |||
25 | ggc | |||
5 | tgc | |||
13 | ttg |
bc008
modifier- chromosome
bc008 | rRNAs | tRNAs | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2*16atcgca235 | 10,10,10 | 95 | ||||||||||
2*16s23s5s | ||||||||||||
5*16s23s5s-21,16,9,9,5 aas | ||||||||||||
cgt gga 16s23s5s atgf gac | ||||||||||||
interc | interc | interc | interc | |||||||||
170 | 16s | 246 | ttg | 4 | gca | 16 | cca | |||||
47 | 23s | 7 | tta | 16 | cca | 32 | cgt | |||||
23 | 5s | 6 | tgc | 11 | cgt | 296 | ggc | |||||
29 | gta | 53 | ggc | 14 | tta | 2 | acc | |||||
37 | aca | 9 | caa | 24 | ggc | 45 | aac | |||||
10 | aaa | 29 | cac | 6 | cta | 47 | 5s | |||||
9 | ctg | 10 | tgg | 36 | aaa | 170 | 23s | |||||
19 | ggc | 11 | tac | 5 | aca | 5 | 16s | |||||
9 | tta | 3 | aca | 23 | gta | |||||||
17 | cgt | 10 | ttc | 47 | 5s | |||||||
4 | cca | 7 | gac | 170 | 23s | |||||||
19 | gca | 7 | atgf | 9 | 16s | |||||||
2 | atgj | 10 | gta | |||||||||
7 | atgi | 36 | gaa | 4 | gca | 10 | gac | comp | ||||
19 | tca | 5 | tcc | 16 | cca | 19 | atgf | comp | ||||
7 | atgf | 9 | aac | 11 | cgt | 47 | 5s | comp | ||||
10 | gac | 99 | 5s | 14 | tta | 228 | 23s | comp | ||||
20 | ttc | 228 | 23s | 24 | ggc | 97 | 16s | comp | ||||
8 | cac | 16 | 16s | 6 | cta | 8 | gga | comp | ||||
15 | gga | 36 | aaa | 4 | cgt | comp | ||||||
10 | atc | 5 | aca | |||||||||
3 | aac | 23 | gta | |||||||||
3 | agc | 47 | 5s | |||||||||
21 | gaa | 170 | 23s | |||||||||
9 | 16s |
bc014
modifier- chromosome
bc014 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4*16s23s5s | 10,8,10 | 89 | ||||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
16s°atcgca235 | ||||||||
16s23s5s-x aas | ||||||||
16atcgca235-x aas | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
3 | gaa | -2934 | 16s° | 228 | 16s | |||
3 | agc | 98 | 23s | 47 | 23s | |||
10 | aac | 9 | 5s | 23 | 5s | |||
15 | atc | 5 | aac | 5 | gta | |||
8 | gga | 36 | tcc | 36 | aca | |||
20 | cac | 10 | gaa | 6 | aaa | |||
10 | ttc | 7 | gta | 24 | cta | |||
6 | gac | 9 | atgf | 14 | ggc | |||
19 | atgf | 10 | gac | 11 | tta | |||
7 | tca | 3 | ttc | 16 | cgt | |||
2 | atgi | 11 | aca | 4 | cca | |||
20 | atgj | 10 | tac | 9 | gca | |||
4 | gca | 29 | tgg | |||||
17 | cca | 9 | cac | |||||
9 | cgt | 53 | caa | 170 | 16s | |||
19 | tta | 6 | ggc | 47 | 23s | |||
9 | ggc | 7 | tgc | 46 | 5s | |||
10 | ctg | 245 | tta | 2 | aac | |||
37 | aaa | 16 | ttg | 342 | acc | |||
29 | aca | 32 | ggc | |||||
23 | gta | 16 | cgt | |||||
47 | 5s | 4 | cca | |||||
81 | 23s | 20 | gca | |||||
14 | gca | 7 | atgj | |||||
96 | atc | |||||||
23 | 16s |
bc015
modifier- chromosome
bc015 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3*16s23s5s | 10,9,10 | 89 | ||||||
16atcgca235 | ||||||||
16s23s5s-21,16,9,7 aas | ||||||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
16s°atcgca235 | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
3 | gaa | 170 | 16s | 170 | 16s | |||
3 | agc | 97 | 23s | 47 | 23s | |||
10 | aac | 9 | 5s | 23 | 5s | |||
15 | atc | 5 | aac | 5 | gta | |||
8 | gga | 36 | tcc | 36 | aca | |||
20 | cac | 10 | gaa | 6 | aaa | |||
11 | ttc | 7 | gta | 24 | cta | |||
6 | gac | 7 | atgf | 14 | ggc | |||
19 | atgf | 10 | gac | 11 | tta | |||
7 | tca | 3 | ttc | 16 | cgt | |||
2 | atgi | 11 | aca | 4 | cca | |||
20 | atgj | 10 | tac | 9 | gca | |||
4 | gca | 29 | tgg | |||||
17 | cca | 9 | cac | |||||
9 | cgt | 52 | caa | 170 | 16s | |||
19 | tta | 6 | ggc | 47 | 23s | |||
9 | ggc | 7 | tgc | 46 | 5s | |||
10 | ctg | 246 | tta | 2 | aac | |||
37 | aaa | 16 | ttg | 342 | acc | |||
29 | aca | 32 | ggc | |||||
23 | gta | 16 | cgt | |||||
47 | 5s | 4 | cca | |||||
170 | 23s | 20 | gca | |||||
21 | 16s | 7 | atgj |
bc025
modifier- chromosome
bc025 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
2*16s23s5s | 666 | 70 | |||
16atcgca235 | |||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | |||||
16s23s5s-x aas | |||||
interc | interc | ||||
3 | gaa | 228 | 16s | ||
3 | agc | 98 | 23s | ||
10 | aac | 9 | 5s | ||
15 | atc | 5 | aac | ||
9 | gga | 35 | tcc | ||
21 | cac | 10 | gaa | ||
11 | ttc | 7 | gta | ||
6 | gac | 11 | atgf | ||
19 | atgf | 12 | gac | ||
7 | tca | 3 | ttc | ||
2 | atgi | 11 | aca | ||
20 | atgj | 10 | tac | ||
4 | gca | 29 | tgg | ||
18 | cca | 9 | cac | ||
9 | cgt | 50 | caa | ||
20 | tta | 6 | ggc | ||
9 | ggc | 7 | tgc | ||
10 | ctg | 242 | tta | ||
37 | aaa | 16 | ttg | ||
29 | aca | ||||
23 | gta | ||||
47 | 5s | ||||
170 | 23s | ||||
21 | 16s |
bc029
modifier- chromosome
bc029 | rRNAs | tRNAs | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4*16s23s5s | 11,11,11 | 112 | |||||||
2*16atcgca235 | |||||||||
4*16s23s5s-20,19,11,9 aas | |||||||||
33aas-16s23s5s-atgf-gac | |||||||||
interc | interc | interc | |||||||
139 | 16s | 10 | gca | 3 | gac | comp | |||
97 | 23s | 5 | ggc | 12 | atgf | comp | |||
4 | 5s | 5 | aaa | 46 | 5s | comp | |||
4 | gta | 65 | caa | 141 | 23s | comp | |||
9 | aca | 17 | tac | 75 | 16s | comp | |||
22 | cac | 5 | gta | 1 | gga | comp | |||
29 | cta | 24 | gaa | 4 | cca | comp | |||
16 | ggc | 4 | acc | 3 | cgt | comp | |||
3 | tta | 9 | aac | 16 | tta | comp | |||
10 | cgt | 82 | 5s | 29 | ggc | comp | |||
16 | cca | 141 | 23s | 14 | cta | comp | |||
20 | gca | 9 | 16s | 5 | aaa | comp | |||
54 | tca | 87 | caa | comp | |||||
20 | cta | 1 | gaa | 46 | gac | comp | |||
1 | atgf | 8 | aac | 4 | gta | comp | |||
12 | gac | 11 | atc | 1 | gaa | comp | |||
14 | ttc | 6 | tgg | 8 | aac | comp | |||
10 | aca | 9 | aca | 11 | atc | comp | |||
13 | aaa | 9 | ttc | 6 | tgg | comp | |||
10 | gga | 4 | gac | 9 | aca | comp | |||
7 | atc | 20 | atgf | 8 | ttc | comp | |||
7 | aac | 54 | tca | 4 | gac | comp | |||
20 | agc | 20 | tca | 20 | atgf | comp | |||
16 | gca | 54 | tca | comp | |||||
10 | ttg | 10 | cca | 20 | tca | comp | |||
14 | tgc | 3 | cgt | 16 | gca | comp | |||
5 | ggc | 16 | tta | 10 | cca | comp | |||
63 | caa | 29 | ggc | 3 | cgt | comp | |||
19 | cac | 22 | cta | 16 | tta | comp | |||
7 | tgg | 9 | cac | 29 | ggc | comp | |||
17 | tac | 4 | aca | 13 | cta | comp | |||
5 | gta | 4 | gta | 5 | aaa | comp | |||
24 | gaa | 97 | 5s | 87 | caa | comp | |||
4 | acc | 141 | 23s | 46 | gac | comp | |||
9 | aac | 19 | 16s | 4 | gta | comp | |||
96 | 5s | 8 | gaa | comp | |||||
141 | 23s | 3 | agc | comp | |||||
11 | 16s | 35 | aac | comp |
bc034
modifier- chromosome
bc034 | rRNAs | tRNAs | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5*16s23s5s | 10,10,10 | 94 | ||||||||||
16atcgca235-15aas | ||||||||||||
3*16s23s5s-22,20,9aas | ||||||||||||
11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
interc | interc | interc | interc | |||||||||
10 | ttg | 140 | 16s | 1 | gaa | 3 | gac | comp | ||||
14 | tgc | 97 | 23s | 8 | aac | 12 | atgf | comp | ||||
5 | ggc | 4 | 5s | 10 | atc | 45 | 5s | comp | ||||
63 | caa | 4 | gta | 6 | tgg | 141 | 23s | comp | ||||
19 | cac | 9 | aca | 9 | aca | 75 | 16s | comp | ||||
7 | tgg | 22 | cac | 8 | ttc | 1 | gga | comp | ||||
10 | tac | 29 | cta | 4 | gac | 4 | cca | comp | ||||
18 | aca | 16 | ggc | 20 | atgf | 98 | cgt | comp | ||||
9 | ttc | 3 | tta | 54 | tca | 16 | ctc | comp | ||||
3 | gac | 10 | cgt | 20 | tca | 5 | aaa | comp | ||||
24 | atgf | 15 | cca | 16 | gca | 88 | caa | comp | ||||
5 | gta | 20 | gca | 10 | cca | 46 | gac | comp | ||||
17 | gaa | 4 | atgj | 3 | cgt | 4 | gta | comp | ||||
2 | tcc | 17 | atgi | 16 | tta | 8 | gaa | comp | ||||
8 | aac | 27 | tca | 29 | ggc | 3 | agc | comp | ||||
96 | 5s | 1 | atgf | 14 | cta | 13 | aac | comp | ||||
77 | 23s | 12 | gac | 4 | aaa | |||||||
8 | gca | 14 | ttc | 11 | caa | 10 | gca | |||||
130 | atc | 10 | aca | 8 | tac | 5 | ggc | |||||
17 | 16s | 13 | aaa | 5 | gta | 5 | aaa | |||||
10 | gga | 97 | 5s | 65 | caa | |||||||
7 | atc | 141 | 23s | 17 | tac | |||||||
7 | aac | 20 | 16s | 5 | gta | |||||||
6 | agc | 24 | gaa | |||||||||
22 | gaa | 4 | acc | |||||||||
9 | aac | |||||||||||
82 | 5s | |||||||||||
141 | 23s | |||||||||||
9 | 16s |
bc063
modifier- chromosome
bc063 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | 777 | 75 | |||
2*16atcgca235 | |||||
16s23s5s-aac-acc | |||||
16s23s5s-atgf-gac | |||||
2*16s23s5s-21,16 aas | |||||
interc | interc | ||||
176 | 16s | 4 | gaa | ||
106 | 23s | 3 | agc | ||
9 | 5s | 17 | aac | ||
5 | aac | 15 | atc | ||
35 | tcc | 9 | gga | ||
10 | gaa | 24 | cac | ||
7 | gta | 14 | ttc | ||
38 | atgf | 39 | gac | ||
15 | gac | 36 | atgf | ||
5 | ttc | 6 | tca | ||
18 | aca | 2 | atgi | ||
10 | tac | 21 | atgj | ||
25 | tgg | 6 | gca | ||
9 | cac | 14 | cca | ||
47 | caa | 11 | cgt | ||
5 | ggc | 14 | tta | ||
6 | tgc | 42 | ggc | ||
673 | tta | 7 | cta | ||
16 | ttg | 37 | aaa | ||
41 | aca | ||||
22 | gta | ||||
54 | 5s | ||||
176 | 23s | ||||
21 | 16s |
bc065
modifier- chromosome
bc065 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
3*16s23s5s | 888 | 80 | |||
16s23s5s-atgf-gac | |||||
16s23s5s-aac-acc | |||||
3*16s23s5s-21,16,9 aas | |||||
interc | interc | ||||
176 | 16s | 4 | gaa | ||
106 | 23s | 3 | agc | ||
9 | 5s | 17 | aac | ||
5 | acc | 15 | atc | ||
35 | tcc | 9 | gga | ||
10 | gaa | 24 | cac | ||
7 | gta | 14 | ttc | ||
38 | atgf | 39 | gac | ||
15 | gac | 36 | atgf | ||
5 | ttc | 6 | tca | ||
18 | aca | 2 | atgi | ||
10 | tac | 21 | atgj | ||
25 | tgg | 6 | gca | ||
9 | cac | 14 | cca | ||
47 | caa | 11 | cgt | ||
5 | ggc | 14 | tta | ||
6 | tgc | 42 | ggc | ||
673 | tta | 7 | cta | ||
16 | ttg | 37 | aaa | ||
41 | aca | ||||
176 | 16s | 22 | gta | ||
54 | 23s | 54 | 5s | ||
22 | 5s | 176 | 23s | ||
30 | gta | 21 | 16s | ||
37 | aca | ||||
8 | aaa | ||||
42 | cta | ||||
14 | ggc | ||||
9 | tta | ||||
14 | cgt | ||||
6 | cca | ||||
9 | gca |
bc066
modifier- chromosome
bc066 | rRNAs | tRNAs | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
8*16s23s5s | 13,13,13 | 95 | |||||||||
4*16s23s5s-22,19,15,8 aas | |||||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | |||||||||||
interc | interc | interc | interc | ||||||||
140 | 16s | 140 | 16s | 5 | gaa | 3 | aac | ||||
96 | 23s | 97 | 23s | 7 | agc | 8 | agc | ||||
8 | 5s | 4 | 5s | 7 | aac | 5 | gaa | ||||
2 | aac | 4 | gta | 10 | atc | 25 | gta | ||||
17 | tcc | 9 | aca | 13 | gga | 3 | atgf | ||||
4 | gaa | 22 | cac | 10 | aaa | 87 | gac | ||||
26 | gta | 29 | cta | 14 | aca | 5 | caa | ||||
3 | atgf | 16 | ggc | 13 | ttc | 16 | aaa | ||||
9 | gac | 3 | tta | 3 | gac | 93 | ctc | ||||
18 | ttc | 10 | cgt | 27 | atgf | 4 | cgt | ||||
10 | aca | 16 | cca | 62 | tca | 1 | cca | ||||
7 | tac | 20 | gca | 4 | atgi | 75 | gga | ||||
20 | tgg | 54 | tca | 20 | atgj | 140 | 16s | ||||
63 | cac | 20 | tca | 15 | gca | 44 | 23s | ||||
5 | caa | 3 | atgf | 10 | cca | 12 | 5s | ||||
14 | ggc | 8 | gac | 3 | cgt | 3 | atgf | ||||
10 | tgc | 9 | ttc | 16 | tta | 174 | gac | ||||
15 | ttg | 3 | aca | 29 | ggc | 14 | |||||
10 | tgg | 22 | cta | ||||||||
140 | 16s | 8 | atc | 9 | cac | ||||||
86 | 23s | 1 | aac | 4 | aca | ||||||
9 | 5s | 19 | gaa | 4 | gta | ||||||
4 | aac | 97 | 5s | ||||||||
24 | acc | 140 | 23s | ||||||||
5 | gaa | 22 | 16s | ||||||||
17 | gta | ||||||||||
65 | tac | ||||||||||
5 | caa | ||||||||||
86 | aaa | ||||||||||
8 | gca |
bc067
modifier- chromosome
bc067 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7*16s23s5s | 10,10,10 | 83 | ||||||
16atcgca235-9aas | ||||||||
2*16s23s5s-16,16aas | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
159 | 16s | 303 | 16s | 71 | aaa | |||
13 | atc | 67 | 23s | 32 | gaa | |||
176 | gca | 8 | 5s | 5 | agc | |||
67 | 23s | 3 | aac | 1 | aac | |||
8 | 5s | 11 | tcc | 32 | atc | |||
5 | gta | 150 | gaa | 39 | gga | |||
18 | aca | 261 | gta | 3 | cgt | |||
14 | aaa | 55 | atgf | 6 | ggc | |||
48 | cta | 33 | gac | 10 | caa | |||
25 | ggc | 10 | ttc | 19 | cac | |||
3 | tta | 62 | aca | 6 | tgg | |||
64 | cgt | 20 | tac | 28 | tac | |||
7 | cca | 23 | tgg | 5 | gac | |||
11 | gca | 10 | cac | 12 | tca | |||
7 | caa | 25 | atgj | |||||
6 | ggc | 5 | gca | |||||
30 | tgc | 67 | 5s | |||||
41 | tta | 316 | 23s | |||||
16 | ttg | 16 | 16s |
bc074
modifier- chromosome
bc074 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5*16s23s5s | 14,14,14 | 118 | ||||||
16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
2*16atcgca235 | ||||||||
5*16s23s5s-22,20,15,9,9 aas | ||||||||
13aas-16s23s5s | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
1 | gaa | 10 | ttg | 10 | gca | |||
3 | aac | 14 | tgc | 9 | cca | |||
10 | atc | 5 | ggc | 3 | cgt | |||
3 | tgg | 65 | caa | 16 | tta | |||
16 | aca | 12 | cac | 29 | ggc | |||
10 | ttc | 14 | tgg | 13 | cta | |||
3 | gac | 10 | tac | 13 | aaa | |||
24 | atgf | 14 | aca | 5 | aca | |||
93 | tca | 9 | ttc | 4 | gta | |||
15 | tca | 3 | gac | 87 | 5s | |||
14 | gca | 24 | atgf | 139 | 23s | |||
10 | cca | 5 | gta | 9 | 16s | |||
3 | cgt | 10 | gaa | |||||
16 | tta | 5 | tcc | 140 | 16s | |||
29 | ggc | 9 | aac | 98 | 23s | |||
16 | cta | 92 | 5s | 4 | 5s | |||
4 | aaa | 140 | 23s | 6 | gta | |||
11 | caa | 15 | 16s | 9 | aca | |||
9 | tac | 24 | cac | |||||
4 | gta | 45 | 5s | comp | 29 | cta | ||
98 | 5s | 140 | 23s | comp | 16 | ggc | ||
140 | 23s | 75 | 16s | comp | 3 | tta | ||
20 | 16s | 1 | gga | comp | 10 | cgt | ||
3 | cca | comp | 14 | cca | ||||
10 | gca | 92 | cgt | comp | 16 | gca | ||
5 | ggc | 3 | ctc | comp | 4 | atgj | ||
5 | aaa | 15 | cta | comp | 17 | atgi | ||
65 | caa | 5 | aaa | comp | 24 | tca | ||
16 | tac | 85 | caa | comp | 2 | atgf | ||
5 | gta | 2 | gac | comp | 11 | gac | ||
23 | gaa | 24 | atgf | comp | 14 | ttc | ||
4 | acc | 5 | gta | comp | 10 | aca | ||
8 | aac | 8 | gaa | comp | 12 | aaa | ||
98 | 5s | 3 | agc | comp | 11 | gga | ||
141 | 23s | 13 | aac | comp | 4 | atc | ||
9 | 16s | 8 | aac | |||||
6 | agc | |||||||
22 | gaa |
bc090
modifier- chromosome
bc090 | rRNAs | tRNAs | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7*16s23s5s | 13,13,13 | 95 | ||||||||||
16atcgca235 | ||||||||||||
4*16s23s5s-22,20,15,9 aas | ||||||||||||
11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||
interc | interc | interc | interc | |||||||||
141 | 16s | 140 | 16s | 6 | gaa | 3 | aac | dir | ||||
96 | 23s | 97 | 23s | 7 | agc | 8 | agc | dir | ||||
8 | 5s | 5 | 5s | 7 | aac | 4 | gaa | dir | ||||
2 | aac | 8 | gta | 10 | atc | 46 | gta | dir | ||||
17 | tcc | 11 | tac | 13 | gga | 87 | gac | dir | ||||
5 | gaa | 4 | caa | 10 | aaa | 5 | caa | dir | ||||
24 | gta | 14 | aaa | 14 | aca | 17 | aaa | dir | ||||
3 | atgf | 29 | cta | 12 | ttc | 97 | ctc | dir | ||||
9 | gac | 16 | ggc | 1 | gac | 4 | cgt | dir | ||||
18 | ttc | 3 | tta | 27 | atgf | 1 | cca | dir | ||||
10 | aca | 10 | cgt | 17 | tca | 75 | gga | dir | ||||
7 | tac | 15 | cca | 4 | atgi | 141 | 16s | dir | ||||
19 | tgg | 20 | gca | 20 | atgj | 45 | 23s | dir | ||||
63 | cac | 51 | tca | 16 | gca | 12 | 5s | dir | ||||
5 | caa | 27 | tca | 10 | cca | 3 | atgf | dir | ||||
14 | ggc | 3 | atgf | 3 | cgt | 13 | gac | dir | ||||
10 | tgc | 9 | gac | 16 | tta | |||||||
15 | ttg | 9 | ttc | 29 | ggc | 140 | 16s | |||||
6 | aca | 22 | cta | 82 | 23s | |||||||
10 | tgg | 9 | cac | 9 | 5s | |||||||
8 | atc | 4 | aca | 4 | aac | |||||||
1 | acc | 4 | gta | 24 | acc | |||||||
20 | gaa | 98 | 5s | 5 | gaa | |||||||
141 | 23s | 17 | gta | |||||||||
22 | 16s | 65 | tac | |||||||||
5 | caa | |||||||||||
5 | aaa | |||||||||||
10 | ggc | |||||||||||
9 | gca |
bc097
modifier- chromosome
- RND: efflux RND transporter permease subunit
- SprT: SprT family protein
- K-ligase: lysine--tRNA ligase
- CBS: CBS domain-containing protein
- TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE
- gsp: group-specific protein
- MgtC: MgtC/SapB family protein
- HNH: HNH endonuclease
- kinase: glycerate kinase
bc097 | rRNAs | tRNAs | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5*16s23s5s | 13,13,13 | 107 | |||||||||||
2*16atcgca235 | |||||||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | |||||||||||||
5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas | |||||||||||||
interc | |||||||||||||
comp | 753 | cds | RND | ||||||||||
dir | 242 | 16s | |||||||||||
dir | 222 | 23s | long | interc | |||||||||
dir | 4 | 5s | dir | 465 | 101 | cds | SprT | ||||||
dir | 9 | gta | dir | 72 | 6 | aac | |||||||
dir | 10 | tac | dir | 91 | 6 | agc | interc | ||||||
dir | 5 | caa | dir | 75 | 5 | gaa | dir | 381 | cds | K-ligase | |||
dir | 13 | aaa | dir | 76 | 35 | gta | dir | 242 | 16s | ||||
dir | 29 | cta | dir | 76 | 74 | gac | dir | 144 | 23s | ||||
dir | 10 | ggc | dir | 75 | 5 | caa | dir | 4 | 5s | ||||
dir | 3 | tta | dir | 73 | 15 | aaa | dir | 5 | gta | ||||
dir | 4 | cgt | dir | 81 | 3 | cta | dir | 10 | aca | ||||
dir | 10 | cca | dir | 86 | 91 | ctc | dir | 14 | aaa | ||||
dir | 14 | gca | dir | 77 | 4 | cgt | dir | 29 | cta | ||||
dir | 59 | tca | dir | 77 | 1 | cca | dir | 10 | ggc | ||||
dir | 19 | tca | dir | 71 | 71 | gga | dir | 3 | tta | ||||
dir | 3 | atgf | dir | 1554 | 242 | 16s | dir | 8 | cgt | ||||
dir | 8 | gac | dir | 2926 | 92 | 23s | dir | 10 | cca | ||||
dir | 14 | ttc | dir | 116 | 10 | 5s | dir | 9 | gca | - | |||
dir | 6 | aca | dir | 77 | 3 | atgf | |||||||
dir | 11 | tgg | dir | 76 | 176 | gac | |||||||
dir | 9 | atc | dir | 474 | 14 | cds | TsaE | ||||||
dir | 1 | caa | |||||||||||
dir | 167 | gaa | |||||||||||
dir | 20 | cds | CBS | ||||||||||
< dir | 273 | cds | gsp | ||||||||||
comp | 7 | gaa | |||||||||||
comp | 4 | agc | interc | ||||||||||
comp | 4 | aac | comp | 344 | cds | hp | |||||||
comp | 11 | atc | dir | 242 | 16s | ||||||||
comp | 13 | gga | dir | 149 | 23s | interc | |||||||
comp | 10 | aaa | dir | 8 | 5s | dir | 218 | cds | hp | ||||
comp | 14 | aca | dir | 5 | aac | dir | 242 | 16s | |||||
comp | 9 | ttc | dir | 12 | tcc | dir | 145 | 23s | |||||
comp | 1 | gac | dir | 5 | gaa | dir | 8 | 5s | |||||
comp | 19 | atgf | dir | 23 | gta | dir | 4 | aac | |||||
comp | 17 | tca | dir | 3 | atgf | dir | 23 | acc | |||||
comp | 4 | atgi | dir | 8 | gac | dir | 5 | gaa | |||||
comp | 17 | atgj | dir | 14 | ttc | dir | 9 | gta | |||||
comp | 14 | gca | dir | 9 | aca | dir | 63 | tac | |||||
comp | 8 | cca | dir | 7 | tac | dir | 5 | caa | |||||
comp | 3 | cgt | dir | 10 | tgg | dir | 5 | aaa | |||||
comp | 10 | tta | dir | 113 | cac | dir | 10 | ggc | |||||
comp | 29 | ggc | dir | 4 | caa | dir | 97 | gca | |||||
comp | 18 | cta | dir | 10 | ggc | dir | 9 | cds | kinase | ||||
comp | 9 | cac | dir | 11 | tgc | ||||||||
comp | 5 | aca | dir | 309 | ttg | ||||||||
comp | 4 | gta | dir | 15 | cds | HNH | |||||||
comp | 144 | 5s | |||||||||||
comp | 237 | 23s | |||||||||||
comp | 366 | 16s | |||||||||||
dir | 22 | cds | MgtC |
bc125
modifier- chromosome
- Les blocs sont emboités. Ils sont tous 16s23s5s. Met avec atgj. Quand les blocs se suivent j’ajoute une ligne pour le 16s suivant.
- - Première boîte, les blocs sont tous 16s23s5s-xaas, 21 16 12 9.
- - Deuxième boîte, les blocs sont tous 16s23s5s-xaas, (14 10 12 9), sauf la boîte 12 qui est 10aas-16s23s5s-atgf-gac.
- GlgB: 1,4-alpha-glucan branching protein GlgB
- SIS: SIS domain-containing protein
- kinase: kinase/pyrophosphorylase
- exo III: exodeoxyribonuclease III
- P3hi: 6-phospho-3-hexuloisomerase
- MgtC: MgtC/SapB family protein
- Y-rec: tyrosine-type recombinase/integrase
- SprT: SprT family protein
- TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE
bc125 | rRNAs | tRNAs | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | 12,12,12 | 123 | ||||||||||||||
2*16atcgca235 | ||||||||||||||||
suite3-16s23s5s | ||||||||||||||||
10aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||||||||||
7*16s23s5s-21,16,14,12,10,9,9 | ||||||||||||||||
1ère bte | ||||||||||||||||
comp | 466 | cds | GlgB | |||||||||||||
comp | 5 | gaa | interc | |||||||||||||
comp | 3 | agc | comp | 808 | cds | SIS | ||||||||||
comp | 149 | aac | comp | 17 | aac | interc | ||||||||||
comp | 4 | atc | comp | 70 | atc | comp | 517 | cds | kinase | |||||||
comp | 17 | gga | comp | 9 | tgc | comp | 4 | atc | ||||||||
comp | 22 | cac | comp | 31 | caa | comp | 9 | gga | dir | 351 | cds | hp | ||||
comp | 38 | ttc | comp | 32 | cac | comp | 7 | tgg | dir | 307 | 16s | |||||
comp | 3 | gac | comp | 28 | tac | comp | 24 | tac | dir | 91 | 23s | |||||
comp | 29 | atgf | comp | 17 | gac | comp | 15 | tca | dir | 7 | 5s | |||||
comp | 17 | tca | comp | 104 | tca | comp | 19 | atgj | dir | 161 | gta | |||||
comp | 12 | atgi | comp | 23 | atgj | comp | 9 | gca | dir | 19 | aca | |||||
comp | 19 | atgj | comp | 17 | cca | comp | 9 | cca | dir | 9 | aaa | |||||
comp | 17 | gca | comp | 12 | cgt | comp | 5 | tta | dir | 8 | cta | |||||
comp | 5 | cca | comp | 11 | ggc | comp | 8 | ggc | dir | 5 | ggc | |||||
comp | 7 | cgt | comp | 242 | aaa | comp | 10 | cta | dir | 13 | tta | |||||
comp | 5 | tta | comp | 104 | aca | comp | 186 | aca | dir | 17 | cgt | |||||
comp | 9 | ggc | comp | 4 | gta | comp | 91 | 5s | dir | 18 | cca | |||||
comp | 9 | cta | comp | 41 | gaa | comp | 307 | 23s | dir | 9 | gca | |||||
comp | 163 | aaa | comp | 91 | 5s | comp | 555 | 16s | dir | 16s | suite2 | |||||
comp | 162 | aca | comp | 284 | 23s | comp | 12 | cds | exo III | |||||||
comp | 8 | gta | comp | 437 | 16s | |||||||||||
comp | 145 | 5s | comp | 16 | cds | P3hi | ||||||||||
comp | 286 | 23s | ||||||||||||||
comp | 506 | 16s | ||||||||||||||
dir | 21 | cds | MgtC | |||||||||||||
2ème bte | ||||||||||||||||
dir | 271 | cds | hp | dir | 146 | cds | SprT | |||||||||
dir | 284 | 16s | interc | dir | 4 | aac | interc | |||||||||
dir | 143 | 23s | dir | 254 | cds | hp | dir | 15 | agc | dir | 307 | 16s | suite2 | |||
dir | 10 | 5s | dir | 142 | 16s | dir | 49 | gaa | dir | 91 | 23s | |||||
dir | 7 | aac | dir | 144 | 23s | dir | 22 | gac | dir | 7 | 5s | |||||
dir | 18 | tcc | dir | 10 | 5s | dir | 8 | caa | dir | 161 | gta | |||||
dir | 4 | gaa | dir | 26 | aac | dir | 62 | cta | dir | 19 | aca | |||||
dir | 20 | gta | dir | 18 | acc | dir | 60 | ctc | dir | 9 | aaa | |||||
dir | 3 | atgf | dir | 7 | gaa | dir | 16 | cgt | dir | 8 | cta | |||||
dir | 38 | gac | dir | 176 | gta | dir | 15 | cca | dir | 5 | ggc | |||||
dir | 32 | ttc | dir | 8 | aca | dir | 106 | gga | dir | 13 | tta | |||||
dir | 7 | tac | dir | 46 | tac | dir | 308 | 16s | dir | 17 | cgt | |||||
dir | 14 | tgg | dir | 8 | caa | dir | 91 | 23s | dir | 18 | cca | |||||
dir | 41 | cac | dir | 56 | aaa | dir | 165 | 5s | dir | 9 | gca | |||||
dir | 5 | caa | dir | 6 | ggc | dir | 3 | atgf | dir | 16s | suite3 | |||||
dir | 8 | ggc | dir | 255 | gca | dir | 155 | gac | ||||||||
dir | 6 | tgc | dir | 10 | cds | arginase | dir | 12 | cds | TsaE | ||||||
dir | 132 | ttg | ||||||||||||||
dir | 14 | cds | Y-rec |
bc147
modifier- chromosome
bc147 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3*16s23s5s encadrés | 10,10,10 | 86 | ||||||
2*16atcgca235 | ||||||||
cgt-gga-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
16s23s5s-21, 16, 9, 6aas | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
16s | 164 | cgt | 13 | gaa | 25 | |||
23s | 55 | gga | 159 | agc | 3 | |||
5s | 20 | 16s | 167 | aac | 10 | |||
gta | 4 | 23s | 55 | atc | 15 | |||
aca | 36 | 5s | 13 | gga | 10 | |||
aaa | 6 | atgf | 60 | cac | 17 | |||
cta | 40 | gac | 4 | ttc | 12 | |||
ggc | 14 | gac | 11 | |||||
tta | 9 | 16s | 167 | atgf | 17 | |||
cgt | 27 | 23s | 111 | tca | 6 | |||
cca | 9 | 5s | 9 | atgi | 2 | |||
gca | 170 | aac | 5 | atgj | 19 | |||
16s | 164 | tcc | 34 | gca | 5 | |||
23s | 55 | gaa | 9 | cca | 15 | |||
5s | 9 | gta | 9 | cgt | 9 | |||
atgf | 11 | tta | 14 | |||||
16s | 164 | gac | 12 | ggc | 5 | |||
23s | 55 | ttc | 5 | ctg | 10 | |||
5s | 46 | aca | 22 | aaa | 37 | |||
aac | 4 | tac | 5 | aca | 32 | |||
acc | 56 | tgg | 24 | gta | 20 | |||
ggc | 30 | cac | 9 | 16s | 55 | |||
cgt | 27 | caa | 49 | 23s | 167 | |||
cca | 8 | ggc | 5 | 5s | 21 | |||
gca | 171 | tgc | 7 | |||||
16s | 164 | tta | 265 | |||||
23s | 55 | ttg | 16 | |||||
5s | 183 | |||||||
16s | 164 | |||||||
23s | 55 | |||||||
5s | 6 |
bc158
modifier- chromosome
- Les blocs sont emboités. Ils sont tous de type 16s23s5s-xaas, 22 20 15 9 9, sauf 14 avec 12aas-16s23s5s-atgf-gac.
- lactate: L-lactate dehydrogenase
- CBS: CBS domain-containing protein
- SprT: SprT family protein
- K-ligase: lysine--tRNA ligase
- TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE
- DUF3884: DUF3884 family protein
- kinase: glycerate kinase
bc158 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5*16s23s5s | 14,14,14 | 142 | ||||||
2*16atcgca235 | ||||||||
suite2-16s23s5s | ||||||||
5*16s23s5s-22,20,15,9,9aas | ||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
interc | ||||||||
comp | 680 | cds | lactate | interc | ||||
comp | 6 | gaa | dir | 113 | cds | hp | ||
comp | 7 | agc | dir | 140 | 16s | |||
comp | 7 | aac | dir | 97 | 23s | |||
comp | 10 | atc | dir | 5 | 5s | |||
comp | 13 | gga | dir | 8 | gta | |||
comp | 10 | aaa | dir | 11 | tac | |||
comp | 14 | aca | dir | 4 | caa | |||
comp | 9 | ttc | dir | 15 | aaa | |||
comp | 3 | gac | dir | 29 | cta | |||
comp | 28 | atgf | dir | 16 | ggc | |||
comp | 17 | tca | dir | 3 | tta | |||
comp | 4 | atgi | dir | 10 | cgt | |||
comp | 20 | atgj | dir | 15 | cca | |||
comp | 15 | gca | dir | 20 | gca | |||
comp | 10 | cca | dir | 53 | tca | |||
comp | 3 | cgt | dir | 19 | tca | |||
comp | 16 | tta | dir | 3 | atgf | |||
comp | 29 | ggc | dir | 8 | gac | |||
comp | 22 | cta | dir | 10 | ttc | |||
comp | 10 | cac | dir | 3 | aca | |||
comp | 4 | aca | dir | 10 | tgg | |||
comp | 4 | gta | dir | 8 | atc | |||
comp | 97 | 5s | dir | 1 | aac | |||
comp | 140 | 23s | dir | 129 | gaa | |||
comp | 103 | 16s | dir | 20 | cds | CBS | ||
comp | 22 | cds | hp | |||||
interc | ||||||||
dir | 113 | cds | SprT | |||||
dir | 3 | aac | interc | |||||
dir | 8 | agc | dir | 372 | cds | K-ligase | ||
dir | 4 | gaa | dir | 140 | 16s | |||
dir | 26 | gta | dir | 97 | 23s | |||
dir | 3 | atgf | dir | 4 | 5s | |||
dir | 86 | gac | dir | 4 | gta | |||
dir | 5 | caa | dir | 13 | aca | |||
dir | 17 | aaa | dir | 14 | aaa | |||
dir | 93 | ctc | dir | 29 | cta | |||
dir | 4 | cgt | dir | 16 | ggc | |||
dir | 1 | cca | dir | 3 | tta | |||
dir | 76 | gga | dir | 8 | cgt | |||
dir | 139 | 16s | dir | 9 | cca | |||
dir | 46 | 23s | dir | 9 | gca | |||
dir | 12 | 5s | dir | - | 16s | suite2 | ||
dir | 3 | atgf | ||||||
dir | 174 | gac | ||||||
dir | 14 | cds | TsaE | |||||
interc | ||||||||
dir | 112 | cds | hp | |||||
dir | 139 | 16s | ||||||
dir | 97 | 23s | interc | |||||
dir | 8 | 5s | dir | 103 | cds | hp | ||
dir | 2 | aac | dir | 140 | 16s | |||
dir | 17 | tcc | dir | 86 | 23s | |||
dir | 4 | gaa | dir | 9 | 5s | |||
dir | 26 | gta | dir | 4 | aac | |||
dir | 3 | atgf | dir | 21 | acc | |||
dir | 9 | gac | dir | 5 | gaa | |||
dir | 18 | ttc | dir | 16 | gta | |||
dir | 10 | aca | dir | 65 | tac | |||
dir | 7 | tac | dir | 5 | caa | |||
dir | 19 | tgg | dir | 5 | aaa | |||
dir | 63 | cac | dir | 10 | ggc | |||
dir | 5 | caa | dir | 116 | gca | |||
dir | 14 | ggc | dir | 9 | cds | kinase | ||
dir | 10 | tgc | ||||||
dir | 144 | ttg | ||||||
comp | 15 | cds | DUF3884 |
bc165
modifier- chromosome
- Les blocs sont emboités. Ils sont tous de type 16s23s5s-xaas, 20 15 9, sauf 14 avec 12aas-16s23s5s-atgf-gac.
- DUF3884: DUF3884 family protein
- CBS: CBS domain-containing protein
- SprT: SprT family protein
- kinase: glycerate kinase
- TsaE: tRNA (adenosine(37)-N6)-threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE
bc165 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10*16s23s5s | 15,15,15 | 78 | ||||||
16s23s5s-gaa | ||||||||
3*16s23s5s-20,15,9 | ||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
interc | ||||||||
dir | 139 | cds | hp | |||||
dir | 141 | 16s | ||||||
dir | 97 | 23s | interc | |||||
dir | 4 | 5s | dir | 403 | cds | hp | ||
dir | 8 | gta | comp | 141 | 16s | |||
dir | 12 | tac | comp | 98 | 23s | |||
dir | 4 | caa | comp | 8 | 5s | |||
dir | 18 | aaa fin | comp | 2 | aac | |||
dir | 31 | cta deb | comp | 18 | tcc | |||
dir | 16 | ggc | comp | 4 | gaa | |||
dir | 3 | tta | comp | 26 | gta | |||
dir | 10 | cgt | comp | 3 | atgf | |||
dir | 15 | cca | comp | 11 | gac | |||
dir | 20 | gca | comp | 18 | ttc | |||
dir | 56 | tca | comp | 10 | aca | |||
dir | 20 | tca | comp | 7 | tac | |||
dir | 3 | atgf | comp | 19 | tgg | |||
dir | 8 | gac | comp | 63 | cac | |||
dir | 10 | ttc | comp | 5 | caa | |||
dir | 6 | aca | comp | 14 | ggc | |||
dir | 10 | tgg | comp | 10 | tgc | |||
dir | 9 | atc | comp | 152 | ttg | |||
dir | 1 | aac | dir | 15 | cds | DUF3884 | ||
dir | 132 | gaa | ||||||
dir | 20 | cds | CBS | |||||
interc | ||||||||
dir | 114 | cds | SprT | |||||
dir | 3 | aac | ||||||
dir | 8 | agc | interc | |||||
dir | 4 | gaa | dir | 224 | cds | hp | ||
dir | 25 | gta | dir | 141 | 16s | |||
dir | 3 | atgf | dir | 86 | 23s | |||
dir | 87 | gac | dir | 9 | 5s | |||
dir | 5 | caa | dir | 4 | aac | |||
dir | 16 | aaa | dir | 22 | acc | |||
dir | 98 | ctc | dir | 5 | gaa | |||
dir | 4 | cgt | dir | 16 | gta | |||
dir | 1 | cca | dir | 65 | tac | |||
dir | 76 | gga | dir | 5 | caa | |||
dir | 141 | 16s | dir | 5 | aaa | |||
dir | 45 | 23s | dir | 10 | ggc | |||
dir | 12 | 5s | dir | 117 | gca | |||
dir | 2 | atgf | dir | 9 | cds | kinase | ||
dir | 174 | gac | ||||||
dir | 14 | cds | TsaE |
bc244
modifier- chromosome
bc244 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
4*16atcgca235 | 999 | 98 | |||
16atcgca235-5aas | |||||
2*16s23s5s | |||||
16s23s5s-6, 5aas | |||||
interc | interc | ||||
cds | 161 | cds | 298 | ||
gta | 3 | 5s | 68 | ||
gaa | 138 | 23s | 208 | ||
atgj | 6 | 16s | 436 | ||
tcc | 8 | cds | -8 | ||
aac | 7 | cds | 138 | ||
5s | 69 | gac | 3 | ||
23s | 126 | gta | 2 | ||
gca | 69 | cgt | 35 | ||
atc | 105 | ggc | 19 | ||
16s | 547 | cca | 3 | ||
cds | 7 | aac | 7 | ||
5s | 68 | ||||
cds | 200 | 23s | 208 | ||
gac | 26 | 16s | 501 | ||
gaa | 3 | cds | 6 | ||
gta | 2 | ||||
cgt | 35 | ||||
ggc | 36 | ||||
5s | 68 | ||||
23s | 208 | ||||
16s | 153 | ||||
cds | 5 |
bc328
modifier- chromosome
bc328 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2*16s23s5s | 666 | 67 | ||||||
2*16s23s5s-21,9 | ||||||||
16atcgca235-14aas | ||||||||
16atcgca235-aac-acc | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
16s | 244 | gaa | 5 | ttg | 45 | |||
23s | 80 | agc | 34 | tgc | 19 | |||
5s | 13 | aac | 6 | ggc | 5 | |||
gta | 8 | atc | 25 | caa | 29 | |||
aca | 41 | gga | 23 | cac | 15 | |||
aaa | 5 | cac | 28 | tgg | 7 | |||
cta | 14 | ttc | 4 | tac | 20 | |||
ggc | 21 | gac | 4 | ttc | 4 | |||
tta | 12 | atgf | 42 | gac | 6 | |||
cgt | 10 | tca | 22 | atgf | 21 | |||
cca | 19 | atgi | 11 | gta | 56 | |||
gca | 341 | atgj | 42 | gaa | 33 | |||
16s | 244 | gca | 22 | tcc | 6 | |||
23s | 80 | cca | 10 | aac | 14 | |||
5s | 9 | cgt | 9 | 5s | 80 | |||
tta | 14 | 23s | 172 | |||||
ggc | 15 | gca | 46 | |||||
acc | 24 | cta | 5 | atc | 127 | |||
aac | 14 | aaa | 41 | 16s | 16 | |||
5s | 80 | aca | 8 | |||||
23s | 172 | gta | 13 | |||||
gca | 46 | 5s | 81 | |||||
atc | 127 | 23s | 244 | |||||
16s | 4 | 16s | 21 |
bc384
modifier- chromosome
bc384 | rRNAs | tRNAs | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5*16s23s5s | 14,14,14 | 175 | ||||||||||||
9*16s23s5s-23 22 19 | ||||||||||||||
17 16 12 11 9 9 | ||||||||||||||
interc | interc | interc | interc | interc | ||||||||||
cds | 342 | cds | 677 | cds | 537 | cds | 373 | cds | 324 | |||||
ctc | 28 | 16s | 268 | 16s | 252 | 16s | 260 | 16s | 258 | |||||
tcc | 12 | 23s | 95 | 23s | 94 | 23s | 168 | 23s | 166 | |||||
atgf | 14 | 5s | 55 | 5s | 43 | 5s | 9 | 5s | 31 | |||||
atgj | 14 | atc | 19 | atc | 19 | aac | 6 | aac | 6 | |||||
agc | 8 | gca | 16 | gca | 17 | tcc | 38 | tcc | 38 | |||||
tcg | 4 | gaa | 9 | gaa | 8 | gaa | 11 | gaa | 11 | |||||
acc | 4 | tac | 20 | gta | 5 | gta | 17 | gta | 17 | |||||
gca | 119 | aac | 3 | aca | 10 | atgf | 13 | atgf | 15 | |||||
ncRNA | 36 | gta | 19 | tac | 18 | gac | 49 | gac | 67 | |||||
cca | 6 | gac | 20 | aac | 4 | ttc | 4 | acg | 11 | |||||
cgt | 104 | ttc | 15 | gta | 21 | aca | 13 | cac | 10 | |||||
ggc | 7 | aaa | 10 | atgf | 12 | tac | 8 | caa | 5 | |||||
ctg | 9 | ctg | 3 | gac | 34 | tgg | 13 | aaa | 17 | |||||
aaa | 9 | ggc | 12 | cac | 13 | cac | 26 | ggc | 40 | |||||
caa | 9 | tgc | 15 | caa | 8 | caa | 9 | ggc | 24 | |||||
cac | 17 | cgt | 5 | aaa | 17 | ggc | 12 | ttg | 5 | |||||
gac | 12 | cca | 158 | ctc | 13 | tgc | 10 | cca | 19 | |||||
gta | 4 | gca | 4 | ctg | 5 | tta | 20 | gga | 1 | |||||
aac | 15 | acc | 5 | ggc | 14 | cgt | 3 | aga | 187 | |||||
tac | 8 | tcg | 19 | tgc | 10 | ttg | 147 | cds | 16 | |||||
aca | 5 | agc | 17 | cgt | 5 | cds | 17 | |||||||
gaa | 15 | gtc | 5 | cca | 105 | cds | 83 | |||||||
gcc | 9 | acg | 39 | cds | 19 | cds | 797 | gga | 5 | |||||
atc | 54 | tcc | 41 | 16s | 261 | cca | 16 | |||||||
5s | 112 | ctc | 283 | cds | 298 | 23s | 94 | cgt | 4 | |||||
23s | 258 | cds | 22 | 16s | 254 | 5s | 43 | ggc | 8 | |||||
16s | 403 | 23s | 168 | atc | 11 | cta | 42 | |||||||
cds | 23 | cds | 104 | 5s | 15 | gaa | 5 | aaa | 8 | |||||
ggg | 5 | agc | 29 | gtc | 5 | caa | 9 | |||||||
cca | 106 | atgj | 39 | atgf | 4 | tgg | 4 | |||||||
cgt | 11 | gta | 15 | tgg | 9 | atgf | 5 | |||||||
ggc | 5 | atgf | 14 | caa | 8 | gtc | 5 | |||||||
ctg | 13 | gac | 48 | aaa | 18 | gaa | 11 | |||||||
ctc | 16 | ttc | 5 | ctg | 4 | atc | 43 | |||||||
aaa | 10 | aca | 9 | ggc | 11 | 5s | 94 | |||||||
tac | 28 | tac | 15 | cgt | 12 | 23s | 255 | |||||||
ttc | 12 | aaa | 183 | cca | 577 | 16s | 306 | |||||||
5s | 159 | cds | 9 | cds | 11 | cds | 12 | |||||||
23s | 256 | |||||||||||||
16s | 537 | |||||||||||||
cds | 9 |
bc393
modifier- chromosome
bc393 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7*16s23s5s | 14,13,13 | 165 | ||||||
16s-gca-235 | ||||||||
16s-5s-atcgca-23s-8aas | ||||||||
16s-5s-atcgca-23s-5s-11aas | ||||||||
3*16s23s5s-11, 17, 21 aas | ||||||||
interc | interc | interc | ||||||
cds | 392 | cds | 1 116 | cds | 726 | |||
16s | 207 | 16s | 207 | gga | 9 | |||
23s | 76 | 23s | 76 | cca | 22 | |||
5s | 34 | 5s | 82 | cgt | 5 | |||
atc | 22 | gca | 4 | ggc | 10 | |||
gca | 4 | aac | 3 | cta | 11 | |||
aac | 34 | tcc | 19 | aaa | 4 | |||
atgj | 3 | gaa | 9 | caa | 55 | |||
agc | 31 | gta | 29 | gta | 11 | |||
gaa | 6 | atgf | 25 | gaa | 11 | |||
gta | 10 | gac | 13 | acc | 3 | |||
atgf | 25 | aca | 4 | aac | 18 | |||
gac | 50 | tac | 102 | 5s | 76 | |||
ttc | 22 | caa | 4 | 23s | 129 | |||
aca | 5 | aaa | 12 | gca | 20 | |||
tac | 16 | cta | 10 | atc | 38 | |||
cac | 18 | ggc | 5 | 5s | 93 | |||
caa | 4 | cgt | 12 | 16s | 367 | |||
aaa | 15 | ttg | 7 | cds | 13 | |||
ctg | 6 | cca | 7 | |||||
ggc | 10 | gga | 1 133 | cds | 107 | |||
tgc | 26 | cds | 17 | cca | 7 | |||
cgt | 22 | ttg | 12 | |||||
cca | 9 | cds | 412 | cgt | 5 | |||
gga | 204 | 16s | 108 | ggc | 35 | |||
cds | 21 | 5s | 39 | aaa | 28 | |||
atc | 20 | gac | 26 | |||||
gca | 128 | atgf | 30 | |||||
23s | 130 | gta | 9 | |||||
agc | 28 | gaa | 17 | |||||
atgj | 10 | tcc | 3 | |||||
gta | 4 | aac | 18 | |||||
aca | 19 | 5s | 76 | |||||
gac | 77 | 23s | 400 | |||||
ttc | 6 | 16s | 493 | |||||
tac | 7 | cds | 11 | |||||
aaa | 154 | |||||||
cds | 10 |
bc413
modifier- chromosome
bc413 | rRNAs | tRNAs | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
16atcgca235 | 755 | 63 | ||||
16atcgca-235-26aas | ||||||
16s23s5s-6aas | ||||||
5s-8aas-16s-atc-235 | ||||||
ctc-gga-16s23s5s | ||||||
23s°5s | ||||||
interc | interc | |||||
ttg | 38 | 5s | 70 | comp | ||
gga | 103 | 23s | 468 | comp | ||
gga | 7 | 16s | 118 | comp | ||
tgc | 5 | gga | 21 | comp | ||
caa | 11 | ctc | 2 | comp | ||
cac | 2 | |||||
tgg | 15 | 5s | 12 | direct | ||
tac | 5 | gta | 16 | direct | ||
aca | 7 | aca | 6 | direct | ||
ttc | 18 | aaa | 33 | direct | ||
gac | 21 | ggc | 7 | direct | ||
atgf | 14 | tta | 5 | direct | ||
tca | 38 | cgt | 20 | direct | ||
gac | 10 | cca | 23 | direct | ||
tca | 9 | gca | 121 | direct | ||
atgi | 28 | 16s | 92 | direct | ||
atgj | 21 | atc | 166 | direct | ||
gca | 17 | 23s | 70 | direct | ||
cca | 9 | 5s | 9 | direct | ||
cgt | 18 | |||||
tta | 10 | aaa | 3 | |||
ggc | 3 | caa | 9 | |||
cta | 3 | tac | 29 | |||
aaa | 5 | gta | 7 | |||
aca | 16 | gaa | 1 | |||
gta | 11 | aac | 10 | |||
5s | 70 | 5s | 70 | |||
23s | 212 | 23s | 468 | |||
gca | 18 | 16s | 6 | |||
atc | 89 | |||||
16s | 28 |
bc499
modifier- chromosome
bc499 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
2*16-gca-235-aac | 777 | 80 | |||
5*16-gca-235-17,15,12,9,4 aas | |||||
interc | interc | ||||
16s | 47 | 16s | 47 | ||
gca | 153 | gca | 155 | ||
23s | 72 | 23s | 72 | ||
5s | 3 | 5s | 3 | ||
gta | 2 | gta | 2 | ||
gac | 2 | gac | 2 | ||
aaa | 9 | aaa | 9 | ||
cta | 10 | cta | 10 | ||
aca | 35 | aca | 28 | ||
ggc | 8 | atc | 10 | ||
tta | 11 | gaa | 13 | ||
cgt | 7 | tca | 10 | ||
cca | 15 | atgf | 2 | ||
atgj | 19 | ttc | 11 | ||
atgi | 15 | tac | 6 | ||
tca | 10 | tgg | 14 | ||
atgf | 2 | cac | 6 | ||
ttc | 20 | caa | 10 | ||
gga | 34 | ttg | 16 | ||
atc | 13 | ||||
agc | 18 | 16s | 47 | ||
gca | 153 | ||||
16s | 47 | 23s | 72 | ||
gca | 153 | 5s | 3 | ||
23s | 72 | gta | 2 | ||
5s | 3 | gac | 2 | ||
gta | 5 | aaa | 9 | ||
gga | 36 | cta | 10 | ||
atc | 10 | aca | 35 | ||
gaa | 13 | ggc | 8 | ||
tca | 10 | tta | 11 | ||
atgf | 2 | cgt | 7 | ||
ttc | 11 | cca | 10 | ||
tac | 6 | ||||
tgg | 14 | 16s | 47 | ||
cac | 6 | gca | 153 | ||
caa | 10 | 23s | 72 | ||
ttg | 13 | 5s | 3 | ||
gta | 5 | ||||
gga | 36 | ||||
atc | 10 | ||||
gaa | 5 |
bc655
modifier- chromosome
- permease: amino acid permease
- PL17: 50S ribosomal protein L17
- AraC: AraC family transcriptional regulator
- MreC: rod shape-determining protein MreC
- RaiA: ribosome-associated translation inhibitor RaiA
bc655 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2*16-gca-235-aac-cgt | 555 | 59 | ||||||
16s-gca-235-17, 12, 7 aas | ||||||||
interc | ||||||||
dir | 361 | cds | permease | |||||
dir | 66 | 16s | interc | |||||
dir | 193 | gca | dir | 592 | cds | PL17 | ||
dir | 200 | 23s | dir | 66 | 16s | |||
dir | 15 | 5s | dir | 193 | gca | |||
dir | 18 | gta | dir | 200 | 23s | |||
dir | 73 | gac | dir | 15 | 5s | |||
dir | 5 | aaa | dir | 9 | gta | |||
dir | 10 | cta | dir | 31 | gga | |||
dir | 13 | aca | dir | 16 | atc | |||
dir | 8 | ggc | dir | 5 | caa | |||
dir | 18 | tta | dir | 10 | tca | |||
dir | 3 | cgt | dir | 21 | atgf | |||
dir | 5 | cca | dir | 17 | ttc | |||
dir | 24 | atgj | dir | 5 | tac | |||
dir | 6 | atgi | dir | 11 | tgg | |||
dir | 10 | tca | dir | 8 | cac | |||
dir | 21 | atgf | dir | 22 | caa | |||
dir | 11 | ttc | dir | 82 | ttg | |||
dir | 32 | gga | <>dir | 13 | cds | AraC | ||
dir | 7 | atc | ||||||
dir | 69 | agc | ||||||
dir | 18 | cds | MreC | |||||
interc | ||||||||
dir | 83 | cds | hp | |||||
comp | 16 | gaa | ||||||
comp | 50 | atc | ||||||
comp | 10 | aca | ||||||
comp | 5 | cta | ||||||
comp | 73 | aaa | ||||||
comp | 18 | gac | ||||||
comp | 15 | gta | ||||||
comp | 200 | 5s | ||||||
comp | 193 | 23s | ||||||
comp | 66 | gca | ||||||
comp | 345 | 16s | ||||||
comp | 8 | cds | RaiA |
bc656
modifier- chromosome
- SprT: SprT family protein
bc656 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4*16s23s5s | 888 | 56 | ||||||
16s23s5s-aac-acc | ||||||||
16atcgca235 | ||||||||
11aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
16s23s5s-13aas | ||||||||
interc | interc | |||||||
dir | 167 | cds | SprT | dir | 393 | cds | hp | |
dir | 2 | aac | dir | 173 | 16s | |||
dir | 8 | agc | dir | 233 | 23s | |||
dir | 30 | gaa | dir | 12 | 5s | |||
dir | 5 | gac | dir | 1 | aac | |||
dir | 16 | caa | dir | 17 | tcc | |||
dir | 77 | aaa | dir | 20 | gaa | |||
dir | 58 | ctc | dir | 36 | gta | |||
dir | 9 | cgt | dir | 122 | atgf | |||
dir | 35 | cca | dir | 28 | gac | |||
dir | 20 | gga | dir | 8 | ttc | |||
dir | 97 | atc | dir | 1 | tac | |||
dir | 173 | 16s | dir | 16 | tgg | |||
dir | 288 | 23s | dir | 74 | cac | |||
dir | 21 | 5s | dir | 5 | ggc | |||
dir | 70 | atgf | dir | 15 | tgc | |||
dir | 45 | gac | dir | 215 | ttg | |||
comp | 13 | cds | hp | <>dir | 13 | cds | hp |
bc657
modifier- chromosome
- Met: methionine adenosyltransferase
- integrase: site-specific integrase
- K-ligase: lysine--tRNA ligase
- ISL3: ISL3 family transposase
- regulator: response regulator transcription factor
bc657 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | 555 | 62 | ||||||
16s23s5s-aac | ||||||||
2*16s-gca-235-25, 8aas | ||||||||
16s23s5s-12aas | ||||||||
interc | ||||||||
comp | 208 | cds | Met | |||||
comp | 7 | gaa | ||||||
comp | 24 | agc | dir | 230 | cds | integrase | ||
comp | 19 | atc | comp | 18 | ttg | |||
comp | 9 | gga | comp | 41 | tgc | |||
comp | 4 | ttc | comp | 11 | caa | |||
comp | 43 | gac | comp | 2 | cac | |||
comp | 47 | atgf | comp | 5 | tgg | |||
comp | 16 | tca | comp | 4 | tac | |||
comp | 13 | gaa | comp | 22 | ttc | |||
comp | 17 | atc | comp | 3 | gac | |||
comp | 1 | gga | comp | 13 | gta | |||
comp | 40 | gac | comp | 11 | gaa | |||
comp | 47 | atgf | comp | 47 | tcc | |||
comp | 29 | tca | comp | 5 | aac | |||
comp | 16 | atgi | comp | 78 | 5s | |||
comp | 22 | atgj | comp | 218 | 23s | |||
comp | 14 | gca | comp | 406 | 16s | |||
comp | 3 | cca | comp | 12 | cds | hp | ||
comp | 13 | cgt | ||||||
comp | 15 | tta | ||||||
comp | 11 | ggc | ||||||
comp | 11 | aca | ||||||
comp | 13 | cta | ||||||
comp | 2 | aaa | ||||||
comp | 7 | gta | ||||||
comp | 79 | 5s | ||||||
comp | 181 | 23s | ||||||
comp | 60 | gca | ||||||
comp | 538 | 16s | ||||||
comp | 26 | cds | K-ligase | |||||
dir | 40 | cds | ISL3 | |||||
dir | 69 | rpr | ||||||
comp | 3 | cca | ||||||
comp | 13 | cgt | ||||||
comp | 15 | tta | ||||||
comp | 11 | ggc | ||||||
comp | 11 | aca | ||||||
comp | 13 | cta | ||||||
comp | 2 | aaa | ||||||
comp | 7 | gta | ||||||
comp | 82 | 5s | ||||||
comp | 181 | 23s | ||||||
comp | 60 | gca | ||||||
comp | 596 | 16s | ||||||
dir | 9 | cds | regulator |
bc658
modifier- chromosome
- MFS: MFS transporter
- Penol: phosphoenolpyruvate carboxylase
- transferase: undecaprenyl/decaprenyl-phosphate alpha-N-acetylglucosaminyl 1-phosphate transferase
- SigmaK: SigmaK-factor processing regulatory protein BofA
bc658 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | 555 | 61 | ||||||
16s-5s-23s-atgf-ctc-ctg | ||||||||
2*16s-5s-atcgca-23s-9,5aas | ||||||||
16s-5s-23s-14aas | ||||||||
interc | ||||||||
dir | 368 | cds | MFS | |||||
dir | 101 | 16s | ||||||
dir | 63 | 5s | comp | 132 | cds | transferase | ||
dir | 21 | atc | comp | 15 | tac | |||
dir | 179 | gca | comp | 10 | ttc | |||
dir | 85 | 23s | comp | 21 | gac | |||
dir | 3 | aac | comp | 5 | gta | |||
dir | 24 | acc | comp | 156 | atgj | |||
dir | 40 | gaa | comp | 166 | 23s | |||
dir | 6 | caa | comp | 22 | gca | |||
dir | 9 | aaa | comp | 63 | atc | |||
dir | 133 | cta | comp | 104 | 5s | |||
dir | 9 | ggc | comp | 319 | 16s | |||
dir | 7 | cgt | comp | 7 | cds | SigmaK | ||
dir | 157 | gga | ||||||
dir | 11 | cds | Penol | |||||
dir | 94 | cds | hp | |||||
comp | 21 | ttg | ||||||
comp | 15 | cgt | ||||||
comp | 11 | tgc | ||||||
comp | 6 | ggc | ||||||
comp | 10 | caa | ||||||
comp | 20 | cac | ||||||
comp | 39 | tgg | ||||||
comp | 89 | aca | ||||||
comp | 37 | gac | ||||||
comp | 41 | atgf | ||||||
comp | 82 | gta | ||||||
comp | 18 | gaa | ||||||
comp | 6 | tcc | ||||||
comp | 146 | aac | ||||||
comp | 97 | 23s | ||||||
comp | 104 | 5s | ||||||
comp | 378 | 16s | ||||||
comp | 14 | cds | hp |
bc659
modifier- chromosome
- SprT: SprT family protein
- B1: thiamine-phosphate kinase
- ISL3: ISL3 family transposase
bc659 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4*16s23s5s | 777 | 54 | ||||||
16atcgca235-aac-acc | ||||||||
12aas-16s23s5s-atgf-gac | ||||||||
16s23s5s-14aas | ||||||||
interc | interc | |||||||
dir | 175 | cds | SprT | dir | 528 | cds | hp | |
dir | 3 | aac | dir | 329 | 16s | |||
dir | 7 | agc | dir | 151 | 23s | |||
dir | 25 | gaa | dir | 36 | 5s | |||
dir | 5 | gac | dir | 2 | aac | |||
dir | 263 | caa | dir | 16 | tcc | |||
dir | 17 | aaa | dir | 4 | gaa | |||
dir | 34 | cta | dir | 24 | gta | |||
dir | 58 | ctc | dir | 46 | atgf | |||
dir | 5 | cgt | dir | 38 | gac | |||
dir | 33 | cca | dir | 21 | ttc | |||
dir | 5 | gga | dir | 22 | tac | |||
dir | 226 | atc | dir | 10 | tgg | |||
dir | 309 | 16s | dir | 22 | cac | |||
dir | 119 | 23s | dir | 3 | caa | |||
dir | 180 | 5s | dir | 9 | ggc | |||
dir | 131 | atgf | dir | 7 | tgc | |||
dir | 211 | gac | dir | 219 | ttg | |||
dir | 14 | cds | B1 | dir | 14 | cds | ISL3 |
bc660
modifier- chromosome
- K-ligase: lysine--tRNA ligase
bc660 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16atcgca235 | 766 | 75 | ||||||
16s23s5s | ||||||||
16s23s5s-6aas:gta-gac-tgg-cac-ttg-cca | ||||||||
2*16atcgca235-17aas, 4aas-5s-aac | ||||||||
gga-16atcgca235-gta | ||||||||
interc | ||||||||
dir | 434 | cds | K-ligase | |||||
dir | 84 | 16s | ||||||
dir | 6 | atc | ||||||
dir | 202 | gca | interc | |||||
dir | 103 | 23s | dir | 452 | cds | hp | ||
dir | 4 | 5s | dir | 84 | 16s | |||
dir | 2 | gta | dir | 6 | other | |||
dir | 42 | aaa | dir | 203 | gca | |||
dir | 76 | aca | dir | 90 | 23s | |||
dir | 8 | tta | dir | 5 | 5s | |||
dir | 37 | cgt | dir | 8 | aac | |||
dir | 26 | cca | dir | 82 | acg | |||
dir | 24 | atgj | dir | 33 | gta | |||
dir | 35 | tca | dir | 139 | aca | |||
dir | 3 | atgf | dir | 5 | 5s | |||
dir | 8 | gac | dir | 63 | aac | |||
dir | 40 | ttc | dir | 7 | cds | hp | ||
dir | 17 | gga | ||||||
dir | 17 | gga | ||||||
dir | 16 | gga | ||||||
dir | 4 | gga | ||||||
dir | 42 | atc | ||||||
dir | 71 | agc | ||||||
dir | 19 | cds | hp |
génomes clostridia
modifier- Lien tableur: génomes clostridia
cd001 cd002 cd003 cd011 cd032 cd045 cd047 cd063 cd064 cd079 cd084 cd092 cd102 cd112 cd113 cd114 cd116 cd118 cd133 cd136 cd153 cd155 cd160 cd161 cd170
cd001
modifier- chromosome
cd001 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
3*16s23s5s | 655 | 62 | ||
16s-gcaatc-235-6aas | ||||
5aas-16s-gcaatc-235-6aas | ||||
5s | ||||
interc | interc | |||
226 | aaa | 169 | aaa | |
22 | tac | 23 | tac | |
77 | aca | 163 | aca | |
15 | gac | 15 | gac | |
53 | gaa | 53 | gaa | |
11 | aac | 11 | aac | |
346 | 5s | 346 | 5s | |
333 | 23s | 330 | 23s | |
18 | atc | 18 | atc | |
245 | gca | 92 | gca | |
268 | 16s | 8 | 16s | |
9 | tgc | |||
6 | ggc | |||
311 | ttc | |||
12 | gac | |||
13 | gta |
cd002
modifier- chromosome
cd002 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
16atcgca235 | 555 | 67 | ||
16atcgca235-6aas | ||||
3*16s23s5s-12,9,4 aas | ||||
interc | interc | |||
80 | 16s | 109 | 16s | |
20 | atc | 109 | 23s | |
53 | gca | 28 | 5s | |
109 | 23s | 9 | caa | |
27 | 5s | 117 | gaa | |
9 | aac | 5 | gta | |
132 | caa | 3 | gac | |
5 | gta | 8 | aca | |
3 | gac | 17 | aaa | |
8 | aca | 57 | atgf | |
8 | aaa | 16 | ttc | |
10 | cta | |||
30 | cca | 8 | gga | |
56 | gga | 13 | aga | |
17 | atgf | 12 | cac | |
8 | aaa | |||
3 | aca | 109 | 16s | |
5 | gac | 109 | 23s | |
132 | gta | 28 | 5s | |
8 | gaa | 8 | caa | |
28 | caa | 139 | gaa | |
109 | 5s | 7 | tac | |
109 | 23s | 4 | ggc | |
9 | 16s |
cd003
modifier- cd003 11,10,10 chromosome 110 tRNAs
- 3*16s23s5s
- 16-gca-2355
- 16-atc-235
- 3*16s23s5s-22,13,9aas
- 2*16-gca-235,22,13aas
- beCoA: bifunctional enoyl-CoA hydratase/phosphate acetyltransferase
- 2pK: two pore domain potassium channel family protein
- Aspam: aspartate aminotransferase family protein
cd003 | long | inter | |||||||
comp | 1538 | 315 | 16s | suite1 | |||||
comp | 74 | 8 | gga | ||||||
comp | 76 | 13 | aca | ||||||
comp | 77 | 12 | gac | long | interc | ||||
comp | 77 | 83 | atgf | dir | 909 | 505 | cds | beCoA | |
comp | 76 | 77 | atgj | dir | 1538 | 61 | 16s | ||
comp | 76 | 9 | ttc | dir | 76 | 290 | gca | ||
comp | 77 | 5 | atc | dir | 2938 | 179 | 23s | ||
comp | 77 | 6 | cca | dir | 117 | 8 | 5s | ||
comp | 76 | 22 | tgg | dir | 75 | 5 | aac | ||
comp | 77 | 14 | atgi | dir | 89 | 15 | tta | ||
comp | 77 | 9 | cca | dir | 76 | 5 | atgf | ||
comp | 92 | 14 | agc | dir | 77 | 9 | atgj | ||
comp | 89 | 8 | tca | dir | 75 | 8 | gaa | ||
comp | 76 | 4 | aaa | dir | 76 | 125 | gta | ||
comp | 76 | 6 | caa | dir | 77 | 69 | gac | ||
comp | 77 | 8 | aga | dir | 85 | 39 | tac | ||
comp | 74 | 8 | gga | dir | 83 | 321 | cta | ||
comp | 76 | 13 | aca | dir | 75 | 12 | ggc | ||
comp | 77 | 125 | gac | dir | 76 | 12 | cac | ||
comp | 76 | 12 | gta | dir | 75 | 4 | tgc | ||
comp | 75 | 6 | gaa | dir | 77 | 642 | cgt | ||
comp | 76 | 68 | atgf | comp | 261 | 14 | cds | hp | |
comp | 117 | 126 | 5s | ||||||
comp | 2938 | 248 | 23s | ||||||
comp | 1538 | 589 | 16s | ||||||
dir | 819 | 22 | cds | 2pK | |||||
long | interc | ||||||||
dir | 819 | 135 | cds | 2pK | |||||
comp | 74 | 36 | gga | long | interc | ||||
comp | 77 | 83 | atgj | comp | 1422 | 126 | cds | Aspam | |
comp | 76 | 77 | atgf | comp | 76 | 9 | ttc | ||
comp | 76 | 9 | ttc | comp | 77 | 5 | atc | ||
comp | 77 | 5 | atc | comp | 76 | 4 | aaa | ||
comp | 77 | 6 | cca | comp | 75 | 27 | ggc | ||
comp | 76 | 22 | tgg | comp | 83 | 137 | cta | ||
comp | 77 | 14 | atgi | comp | 85 | 12 | tac | ||
comp | 77 | 9 | cca | comp | 76 | 13 | aca | ||
comp | 92 | 14 | agc | comp | 77 | 126 | gac | ||
comp | 89 | 8 | cta | comp | 76 | 12 | gta | ||
comp | 76 | 4 | aaa | comp | 75 | 6 | gaa | ||
comp | 75 | 27 | ggc | comp | 76 | 15 | atgf | ||
comp | 83 | 84 | cta | comp | 89 | 5 | tta | ||
comp | 85 | 12 | tac | comp | 75 | 8 | aac | ||
comp | 76 | 13 | aca | comp | 117 | 126 | 5s | ||
comp | 77 | 125 | gac | comp | 2938 | 349 | 23s | ||
comp | 76 | 12 | gta | comp | 1538 | 13 | 16s | suite1 | |
comp | 75 | 6 | gaa | ||||||
comp | 76 | 14 | atgf | comp | 1538 | 378 | 16s | suite2 | |
comp | 89 | 5 | tta | comp | 76 | 9 | ttc | ||
comp | 75 | 8 | aac | comp | 77 | 4 | atc | ||
comp | 117 | 179 | 5s | comp | 76 | 4 | aaa | ||
comp | 2938 | 166 | 23s | comp | 76 | 6 | caa | ||
comp | 76 | 61 | gca | comp | 77 | 8 | aga | ||
comp | 1538 | 23 | 16s | suite2 | comp | 74 | 8 | gga | |
comp | 76 | 133 | aca | ||||||
comp | 76 | 12 | gta | ||||||
comp | 75 | 4 | gaa | ||||||
comp | 117 | 161 | 5s | ||||||
comp | 2938 | 381 | 23s | ||||||
comp | 1538 | 472 | 16s | ||||||
comp | 387 | 9 | cds | hp |
cd011
modifier- chromosome
cd011 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
16s5s23s | 666 | 51 | ||
16s5s23s-gac-aca | ||||
16s5s-atc-23s | ||||
agc-16s5s23s-6aas | ||||
tca-tcc-16s5s23s-5aas | ||||
16s5s-gca-23s-aac-gaa-tgc | ||||
interc | interc | |||
510 | agc | 59 | tca | |
61 | 16s | 156 | tcc | |
256 | 5s | 61 | 16s | |
76 | 23s | 256 | 5s | |
34 | gac | 77 | 23s | |
30 | gta | 41 | aac | |
6 | aca | 5 | gaa | |
66 | tac | 36 | atgi | |
6 | atgf | 57 | gta | |
7 | ttc | 7 | tta | |
61 | 16s | |||
5 | 5s | |||
212 | gca | |||
113 | 23s | |||
43 | aac | |||
13 | gaa | |||
4 | tgc |
cd032
modifier- chromosome
- tRNAs: 70 obsolète, c'est 93
cd032 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
7*16s23s5s | 17,16,16 | 70 | ||
NCBI et gtRNAdb ne concordent pas. | ||||
2*16s23s5s-atgi-gca | ||||
16s23s5s-ttc-gac-gaa | ||||
2*16s23s-aac-5s | ||||
16s-atc-23s-aac | ||||
5s-ttc | ||||
16s-gca-23s5s | ||||
16235-aaa-cds-5s-aaa | ||||
16s-gcaatc-23s5s-ttc-tgc | ||||
interc | long aas | |||
190 | 250 | cds | direct | |
5 | aaa | comp | ||
159 | 5s | comp | ||
294 | 316 | cds | comp | |
7 | aaa | comp | ||
138 | 5s | comp | ||
339 | 23s | comp | ||
771 | 16s | comp | ||
2 | 371 | cds | comp | |
543 | 341 | cds | comp | |
140 | 16s | direct | ||
3 | gca | direct | ||
111 | atc | direct | ||
70 | 23s | direct | ||
5 | 5s | direct | ||
4 | ttc | direct | ||
167 | tgc | direct | ||
4 | 99 | cds | direct |
cd045
modifier- chromosome
cd045 | rRNAs | tRNAs |
---|---|---|
3*16s23s5s | 10,10,10 | 87 |
16s23s5s-atgi-gca | ||
16s23s5s-aaa | ||
16s23s-aac-5s-aac | ||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | ||
16s-gca-atc-235-6aas | ||
gca-atc-gga-16s23s5s | ||
16s-gca-atc-23s-aac | ||
interc | ||
61 | gag | |
6 | caa | |
4 | aga | |
19 | gga | |
16 | cta | |
4 | gaa | |
97 | 5s | |
94 | 23s | |
3 | atc | |
74 | gca | |
8 | 16s |
cd047
modifier- chromosome
cd047 | rRNAs | tRNAs | |
---|---|---|---|
16s23s5s | 554 | 53 | |
16s23s5s-aac | |||
16s23s5s-ttc | |||
16s23s5s-aac-aac | |||
16s5s-atgi-gca | |||
interc | long | ||
3 | gca | ||
8 | atgi | ||
79 | 5s | ||
117 | 16s | ||
2 | cds | 108 pb |
cd063
modifier- chromosome
- SfsA: DNA/RNA nuclease SfsA
cd063 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
4*16s23s5s | 10,10,10 | 81 | ||
16s23s-aac-5s-aac | ||||
16-gca-atc-23-aac | ||||
16s23s5s-ttc-5s-ttc-aaa | ||||
16s23s5s-aaa | ||||
16s23s5s-atgi-gca | ||||
16-gca-atc-235-6 aas | ||||
interc | ||||
comp | 237 | cds | SfsA | |
comp | 53 | gag | ||
comp | 6 | caa | ||
comp | 5 | aga | ||
comp | 14 | gga | ||
comp | 17 | cta | ||
comp | 6 | gaa | ||
comp | 24 | 5s | ||
comp | 127 | 23s | ||
comp | 3 | atc | ||
comp | 80 | gca | ||
comp | 405 | 16s | ||
comp | 8 | cds | hp |
cd064
modifier- chromosome
- sigmaK: pro-sigmaK processing inhibitor BofA
- SfsA: DNA/RNA nuclease SfsA
cd064 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | 999 | 77 | |||
16s23s5s-atgi-gca | |||||
2*16s23s5s-aaa | |||||
16s23s5s-ttc | |||||
16-atc-235-ttc-tgc | |||||
16s23s5s-aac | |||||
atgi-gca-16s23s5s-aac | |||||
16s23s5s-5aas | |||||
long | interc | ||||
dir | 255 | 844 | cds | sigmaK | |
dir | 1513 | 235 | 16s | ||
dir | 2907 | 118 | 23s | ||
dir | 117 | 26 | 5s | ||
dir | 75 | 62 | gaa | ||
dir | 84 | 7 | cta | ||
dir | 75 | 7 | ggc | ||
dir | 74 | 3 | gga | ||
dir | 77 | 509 | aga | ||
dir | 693 | 5 | cds | SfsA |
cd079
modifier- chromosome
cd079 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
16s23s5s-atgi-gca | 546 | 53 | ||
16s23s5s-aaa | ||||
16s23s5s-ttc | ||||
16s-atc-23s | ||||
16s°-atc-235-atgi-gca | ||||
23s5s-aaa | ||||
interc | long | |||
200 | 2848 | 23s | comp | |
66 | atc | comp | ||
166 | 553 | 16s° | comp | |
6 | gca | comp | ||
6 | atgi | comp | ||
107 | 117 | 5s | comp | |
200 | 2822 | 23s | comp | |
66 | atc | comp | ||
3 | 1467 | 16s | comp |
cd084
modifier- chromosome
- cds: MLMPSVAHFNIAPSMARRSLSLFAIHGIAILEHPCSLKTAQREKQNAKCESKDNEMAFKF
cd084 | rRNAs | tRNAs |
---|---|---|
2*16-gca-235 | 444 | 54 |
16s23s5s | ||
16atcgca-cds-235 |
cd092
modifier- chromosome
- cobI: cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase
cd092 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
5*16s23s5s | 898 | 68 | ||
2*16atcgca235 | ||||
16-gca-235 | ||||
8aas-16s | ||||
comp | 456 | cds | cobI | |
comp | 4 | tta | ||
comp | 11 | tgc | ||
comp | 1 | gga | ||
comp | 7 | aac | ||
comp | 61 | agc | ||
comp | 6 | acc | ||
comp | 6 | tca | ||
comp | 215 | gac | ||
comp | 47 | 16s | ||
dir | 8 | cds | hp |
cd102
modifier- chromosome
cd102 | rRNAs | tRNAs | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2*16-gca-235 | 777 | 69 | |||||||
2*16s23s5s | |||||||||
2*16-gca-235-22,21aas | |||||||||
16s23s5s-8aas | |||||||||
interc | long | interc | long | interc | long | ||||
356 | 1911 | cds | 415 | 1605 | cds | 196 | 828 | cds | |
65 | 1534 | 16s | 65 | 1534 | 16s | 5 | gga | ||
34 | gca | 34 | gca | 27 | ggc | ||||
93 | 2916 | 23s | 93 | 2916 | 23s | 79 | cta | ||
5 | 117 | 5s | 5 | 117 | 5s | 11 | tac | ||
17 | aac | 11 | aac | 6 | aca | ||||
7 | atgf | 15 | tta | 6 | gac | ||||
17 | gaa | 7 | atgf | 16 | gta | ||||
5 | gta | 17 | gaa | 5 | gaa | ||||
9 | gac | 5 | gta | 93 | 117 | 5s | |||
5 | aca | 49 | gac | 82 | 2916 | 23s | |||
7 | tac | 8 | aca | 510 | 1534 | 16s | |||
9 | gga | 24 | cta | 8 | 888 | cds | |||
10 | aga | 9 | ggc | ||||||
8 | caa | 23 | aga | ||||||
34 | aaa | 9 | caa | ||||||
7 | tca | 11 | aaa | ||||||
25 | ttc | 24 | tca | ||||||
4 | atgj | 5 | agc | ||||||
29 | atgi | 7 | cca | ||||||
9 | cca | 25 | atc | ||||||
9 | cac | 40 | atgi | ||||||
8 | aaa | 6 | tgg | ||||||
16 | tgc | 47 | cca | ||||||
22 | cta | 6 | atgi | ||||||
88 | cgt | 34 | ttc | ||||||
22 | 279 | cds | 23 | atgj |
cd112
modifier- chromosome
- tcc-16s-cds-235-19aas hp ci-dessous
- - MRKEGAYKRYVTDRRRNPTKKIPKSEARKVFLKRRRSVKHCNFTESKREQTKAIQSERKQAENNKFSKVKTFTRYFFVNSRRMMRREGVYINT
- 16s-cds-235 cds ci-dessous
- - MRKEGAYKRYVTDRRRNPTKKIPKSEARKVFLKRRRSVKHCNFTESKREQTKAIQSERKQAENNKFSKVKTFTRYFFVNSRRMMRREGVYINT
- tcg-16s23s-gca-5s-12aas
- - 50S ribosomal protein L32 ci-dessous
- - MAVPKRKTAKSATRSRRSANMKMTAKTLVKCSNCGEFALPHHVCAECGHYKGREVIAK
- DUF2232: DUF2232 domain-containing protein
- nucD: nucleoside deaminase
- CDP-arc: CDP-archaeol synthase
- PL32: 50S ribosomal protein L32
cd112 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s23s-gca-5s-gta-tac-gga-cga | 444 | 48 | ||||||
tcc-16s-cds-235-19aas | ||||||||
16s-cds-235 | ||||||||
tcg-16s23s-gca-5s-12aas | ||||||||
interc | interc | |||||||
comp | 403 | cds | DUF2232 | comp | 118 | cds | CDP-arc | |
comp | 109 | agg | comp | 57 | tgg | |||
comp | 6 | tgc | comp | 6 | atc | |||
comp | 41 | cac | comp | 13 | cca | |||
comp | 9 | atgi | comp | 26 | agc | |||
comp | 14 | atgj | comp | 16 | aag | |||
comp | 4 | ttc | comp | 18 | aaa | |||
comp | 15 | tca | comp | 63 | gga | |||
comp | 4 | aaa | comp | 10 | tac | |||
comp | 10 | caa | comp | 28 | aca | |||
comp | 11 | aga | comp | 5 | gac | |||
comp | 6 | ggc | comp | 35 | gta | |||
comp | 6 | cta | comp | 5 | gaa | |||
comp | 28 | aca | comp | 172 | 5s | |||
comp | 5 | gac | comp | 62 | gca | |||
comp | 35 | gta | comp | 606 | 23s | |||
comp | 2 | gaa | comp | 495 | 16s | |||
comp | 7 | atgf | comp | 200 | tcg | |||
comp | 8 | tta | Comp | 14 | cds | PL32 | ||
comp | 29 | aac | ||||||
comp | 234 | 5s | ||||||
comp | 54 | 23s | ||||||
comp | 253 | cds | hp | |||||
comp | 841 | 16s | ||||||
comp | 54 | tcc | ||||||
Comp | 20 | cds | nucD |
cd113
modifier- chromosome
- pepb: peptidoglycan-binding protein
- prepilin: prepilin-type N-terminal cleavage/methylation domain-containing protein
cd113 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s-atc-235 | 444 | 48 | ||||||
16s23s5s | ||||||||
16s-gca-235-11 aas | ||||||||
16s-gca-235-18 aas | ||||||||
interc | interc | |||||||
dir | 337 | cds | pepb | dir | 430 | cds | aminopeptidase | |
dir | 42 | 16s | dir | 42 | 16s | |||
dir | 124 | gca | dir | 124 | gca | |||
dir | 43 | 23s | dir | 43 | 23s | |||
dir | 318 | 5s | dir | 193 | 5s | |||
dir | 3 | aac | dir | 3 | aac | |||
dir | 4 | tta | dir | 4 | tta | |||
dir | 26 | atgf | dir | 129 | atgf | |||
dir | 101 | atgj | dir | 7 | gaa | |||
dir | 7 | gaa | dir | 41 | gta | |||
dir | 41 | gta | dir | 5 | gac | |||
dir | 5 | gac | dir | 23 | aca | |||
dir | 23 | aca | dir | 35 | tac | |||
dir | 11 | tac | dir | 5 | gga | |||
dir | 39 | ggc | dir | 7 | aga | |||
dir | 875 | cgt | dir | 4 | gaa | |||
dir | 12 | cds | hp 4904 aas!! | dir | 5 | aaa | ||
dir | 19 | tca | ||||||
dir | 20 | agc | ||||||
dir | 69 | atgi | ||||||
dir | 0 | ttc | ||||||
dir | 135 | tgg | ||||||
dir | 86 | cgg | ||||||
comp | 19 | cds | prepilin |
cd114
modifier- chromosome
- Alag: alanine--glyoxylate aminotransferase family protein
- D-alanyl: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
cd114 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
16atcgca235 | 444 | 59 | ||
2*16atcgca235-acc | ||||
16s23s5s-13 aas | ||||
comp | 184 | cds | Alag | |
comp | 4 | ggc | ||
comp | 48 | tac | ||
comp | 8 | gcc | ||
comp | 6 | acc | ||
comp | 74 | gac | ||
comp | 29 | gta | ||
comp | 11 | gaa | ||
comp | 11 | agc | ||
comp | 12 | atgj | ||
comp | 36 | gga | ||
comp | 8 | atgf | ||
comp | 20 | aaa | ||
comp | 29 | caa | ||
comp | 32 | 5s | ||
comp | 94 | 23s | ||
comp | 680 | 16s | ||
comp | 13 | cds | D-alanyl |
cd116
modifier- chromosome
- SppA : signal peptide peptidase SppA
- MnmAa : tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA assembly pathway, ATPase PilB
- MnmA : tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
cd116 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
16s23s5s-aac | 555 | 78 | ||
16s23s5s-caa-gaa-tac-ggc | ||||
16atcgca235-acc | ||||
16s23s5s-8 aas | ||||
16s23s5s-21 aas | ||||
interc | ||||
comp | 381 | cds | hp | |
dir | 95 | 16s | ||
dir | 89 | 23s | ||
dir | 76 | 5s | ||
dir | 22 | caa | ||
dir | 54 | gaa | ||
dir | 128 | gta | ||
dir | 4 | gac | ||
dir | 6 | aca | ||
dir | 18 | aaa | ||
dir | 4 | gga | ||
dir | 150 | cca | ||
dir | 8 | cds | SppA | |
comp | 110 | cds | MnmAa | |
comp | 131 | riboswitch | ||
comp | 133 | cac | ||
comp | 9 | aga | ||
comp | 13 | gga | ||
comp | 13 | ttc | ||
comp | 4 | atgf | ||
comp | 10 | aaa | ||
comp | 18 | gcc | ||
comp | 54 | gta | ||
comp | 39 | gaa | ||
comp | 133 | cac | ||
comp | 9 | aga | ||
comp | 7 | gga | ||
comp | 13 | cta | ||
comp | 13 | ttc | ||
comp | 4 | atgf | ||
comp | 6 | aaa | ||
comp | 4 | aca | ||
comp | 5 | gac | ||
comp | 55 | gta | ||
comp | 22 | gaa | ||
comp | 76 | caa | ||
comp | 90 | 5s | ||
comp | 95 | 23s | ||
comp | 404 | 16s | ||
comp | 21 | cds | MnmA |
cd118
modifier- chromosome
- blocs rares 16s5s-gcc-23s
cd118 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2*16s5s-gcc-23s | 10,10,10 | 109 | ||||||
16s5s-gcc-23s-19aas | ||||||||
16s5s-gcc-23s-5aas | ||||||||
16s5s23s-aaa-acc-ctc | ||||||||
16s5s-atc-23s-aac | ||||||||
16s5s-atcgca-23s-aac-atgf | ||||||||
15aas-16s5s-atcgca-23s | ||||||||
cgg-tgg-16s5s-gcc-23s-5aas | ||||||||
ttc-cds-16s5s-atc-23s-aac-atgf | ||||||||
interc | interc | interc | interc | |||||
541 | cds | 260 | cds | 219 | cds | 487 | cds | |
253 | 16s | 5 | gac | 236 | 23s | 252 | 16s | |
64 | 5s | 10 | gta | 6 | gca | 64 | 5s | |
234 | gcc | 4 | gaa | 64 | atc | 6 | atc | |
119 | 23s | 18 | aaa | 328 | 5s | 229 | gca | |
6 | tcc | 103 | caa | 505 | 16s | 112 | 23s | |
10 | ccg | 237 | 23s | 1 | ggc | 6 | aac | |
14 | gga | 64 | gcc | 32 | ctg | 243 | atgf | |
1 | cac | 328 | 5s | 42 | ccc | 4 | cds | |
9 | tgc | 651 | 16s | 4 | cgt | |||
3 | gtc | 6 | cds | 120 | ggc | 155 | cds | |
6 | ttc | 42 | atgj | 213 | ttc | |||
4 | tac | 439 | cds | 16 | agc | 563 | cds | |
17 | caa | 237 | 23s | 6 | atgf | 252 | 16s | |
4 | aaa | 64 | gcc | 7 | aac | 64 | 5s | |
5 | gaa | 328 | 5s | 4 | gaa | 141 | atc | |
5 | gta | 460 | 16s | 18 | aaa | 100 | 23s | |
7 | gac | 5 | tgg | 4 | caa | 6 | aac | |
43 | agc | 207 | cgg | 91 | tac | 102 | atgf | |
30 | ccc | 3 | cds | 7 | gtc | 4 | cds | |
3 | ctg | 325 | tgc | |||||
4 | ggc | 464 | cds | 17 | cds | 704 | cds | |
4 | cgt | 327 | 16s | 252 | 16s | |||
352 | acc | 226 | 5s | 64 | 5s | |||
20 | cds | 98 | 23s | 194 | atc | |||
4 | aaa | 112 | 23s | |||||
8 | acc | 109 | aac | |||||
89 | ctc | 2 | cds | |||||
3 | cds |
cd133
modifier- chromosome
- CwlD: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
- glycosyl: glycosyl transferase
- B6: pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
- anar: anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
- anara: anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
- TIGR00159: TIGR00159 family protein
cd133 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3*16s23s5s | 9,10,10 | 85 | ||||||
2*16s-gca-235 | ||||||||
16s23s-gga-5s | ||||||||
16s23s5s-43aas | ||||||||
16s23s5s-18aas | ||||||||
16s-gca-235-9aas | ||||||||
16s23s-aca | ||||||||
long | interc | long | interc | |||||
1206 | 505 | cds | glycosyl | 705 | 281 | cds | CwlD | |
1508 | 279 | 16s | 1509 | 279 | 16s | |||
2900 | 180 | 23s | 2901 | 131 | 23s | |||
117 | 6 | 5s | 117 | 6 | 5s | |||
75 | 6 | aac | 75 | 4 | aac | |||
86 | 15 | tta | 75 | 5 | gaa | |||
76 | 7 | atgf | 76 | 5 | gta | |||
75 | 9 | gaa | 77 | 10 | gac | |||
74 | 5 | gga | 75 | 14 | aca | |||
76 | 5 | gta | 85 | 9 | tac | |||
77 | 9 | gac | 74 | 10 | gga | |||
75 | 14 | aca | 77 | 9 | aga | |||
85 | 8 | tac | 76 | 11 | caa | |||
84 | 29 | cta | 76 | 2 | aaa | |||
77 | 7 | aga | 89 | 17 | tca | |||
76 | 88 | caa | 91 | 8 | agc | |||
89 | 3 | tca | 77 | 85 | cca | |||
76 | 6 | ttc | 76 | 60 | tgg | |||
77 | 11 | atgj | 77 | 6 | cca | |||
77 | 23 | atgi | 77 | 3 | atc | |||
77 | 7 | cca | 76 | 7 | ttc | |||
77 | 8 | cac | 77 | 114 | atg | 18 | ||
76 | 7 | aaa | 1391 | 68 | 16s | |||
74 | 6 | tgc | 76 | 271 | gca | |||
75 | 5 | aac | 2900 | 126 | 23s | |||
86 | 15 | tta | 117 | 213 | 5s | |||
76 | 7 | atgf | 1185 | 372 | cds | B6 | ||
75 | 9 | gaa | 2352 | 21 | cds | anar | ||
74 | 5 | gga | 540 | 776 | cds | anara | ||
76 | 5 | gta | 1508 | 52 | 16s | |||
77 | 9 | gac | 76 | 373 | gca | |||
75 | 14 | aca | 2900 | 126 | 23s | |||
85 | 9 | tac | 117 | 7 | 5s | |||
84 | 23 | cta | 75 | 5 | aac | |||
75 | 24 | ggc | 86 | 15 | tta | |||
77 | 9 | aga | 76 | 7 | atgf | |||
76 | 8 | caa | 75 | 14 | gaa | |||
76 | 2 | aaa | 74 | 5 | gga | |||
89 | 3 | tca | 76 | 5 | gta | |||
76 | 6 | ttc | 77 | 10 | gac | |||
77 | 11 | atgj | 75 | 9 | ggc | |||
77 | 17 | atgi | 74 | 975 | aga | |||
77 | 8 | cac | 840 | 10 | cds | TIGR00159 | ||
76 | 7 | aaa | ||||||
74 | 7 | tgc | ||||||
77 | 12 | cgt | ||||||
76 | 75 | gta | ||||||
414 | 43 | cds | hp |
cd136
modifier- chromosome
- Légende
- - s° ribosomal RNA rRNA prediction is too short
- - s’ possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends
- Y-rec1: tyrosine-type recombinase/integrase
- helix: helix-turn-helix domain-containing protein
- SigB1: SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor
- xylose: xylose isomerase
- NadR: transcription repressor NadR
- A-1 chlor: type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase
- SigB2: B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor
- B6: pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase
- anar: anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase
- anara: anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein
- pyruvate: pyruvate carboxylase
- Phagep: phage portal protein
- CwlD: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD
- TIGR00159: TIGR00159 family protein
cd136 | rRNAs | tRNAs | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3*16s23s5s | 14,16,13 | 110 | ||||||||
16s’-gca-23s°-16s°-23s 16s°-gca-23s’ | ||||||||||
16s23s-gga-5s | ||||||||||
16s23s-aca | ||||||||||
16s-cds-23s°-5s-43aas | ||||||||||
cds-cds-23s°-5s-18aas | ||||||||||
16s°-23s°-5s-9aas | ||||||||||
16s23s5s-19aas | 16s | 14 | ||||||||
16s23s5s-tta-atgi | 16s’ | 2 | ||||||||
16s23s5s | 16s° | 5 | ||||||||
16’-gca-235-tta-atgi | 23s | 10 | ||||||||
23s5s | 23s’ | 3 | ||||||||
16s | 23s° | 11 | ||||||||
16s23s°-cds | 5s | 14 | ||||||||
3*16s-23s° | ||||||||||
16s°-23s°-23s’-5s | ||||||||||
23s°-5s | ||||||||||
16s°gca-23s° | ||||||||||
long | interc | long | interc | |||||||
dir | 774 | 179 | cds | SigB1 | ||||||
dir | 645 | 214 | cds | Y-rec1 | dir | 1438 | 161 | 16s | ||
dir | 459 | 554 | cds | helix | comp | 117 | 201 | 5s | ||
dir | 1740 | 0 | cds | hp | comp | 2893 | 217 | 23s | ||
dir | 204 | 168 | cds | hp | comp | 1508 | 108 | 16s | ||
dir | 827 | 133 | 23s° | comp | 77 | 11 | atgi | |||
dir | 117 | 7 | 5s | comp | 89 | 5 | tta | |||
dir | 75 | 5 | aac | comp | 117 | 201 | 5s | |||
dir | 75 | 6 | gaa | comp | 2900 | 375 | 23s | |||
dir | 76 | 6 | gta | comp | 76 | 52 | gca | |||
dir | 77 | 12 | gac | comp | 1264 | 100 | 16s’ | |||
dir | 75 | 15 | aca | dir | 1166 | 52 | 16s’ | |||
dir | 85 | 10 | tac | dir | 76 | 248 | gca | |||
dir | 74 | 11 | gga | dir | 596 | 100 | 23s° | |||
dir | 77 | 10 | aga | dir | 577 | 321 | 16s° | |||
dir | 76 | 12 | caa | dir | 2228 | 100 | 23s | |||
dir | 76 | 3 | aaa | dir | 568 | 320 | 16s° | |||
dir | 89 | 19 | tca | dir | 1633 | 100 | 23s° | |||
dir | 91 | 9 | agc | dir | 2449 | 126 | 23s’ | |||
dir | 77 | 86 | cca | dir | 117 | 127 | 5s | |||
dir | 76 | 61 | tgg | dir | 510 | cds | NadR | |||
dir | 77 | 6 | cca | |||||||
dir | 77 | 4 | atc | comp | 660 | 228 | cds | A-1 chlor | ||
dir | 76 | 8 | ttc | dir | 1351 | 321 | 16s | |||
dir | 77 | 115 | atgj | 18 | dir | 488 | 101 | 23s° | ||
dir | 1198 | 1 | 16s | comp | 1420 | 250 | 23s° | |||
dir | 687 | 100 | cds | xylose | comp | 76 | 52 | gca | ||
dir | 796 | 182 | 23s° | comp | 564 | 100 | 16s° | |||
dir | 117 | 7 | 5s | comp | 285 | 217 | 23s° | |||
dir | 75 | 7 | aac | comp | 1508 | 179 | 16s | |||
dir | 86 | 16 | tta | >comp | 446 | 386 | cds | SigB2 | ||
dir | 76 | 8 | atgf | dir | 1508 | 321 | 16s | |||
dir | 75 | 10 | gaa | dir | 2900 | 181 | 23s | |||
dir | 74 | 6 | gga | dir | 117 | 6 | 5s | |||
dir | 76 | 6 | gta | dir | 75 | 6 | aac | |||
dir | 77 | 10 | gac | dir | 86 | 15 | tta | |||
dir | 75 | 15 | aca | dir | 76 | 7 | atgf | |||
dir | 85 | 11 | tac | dir | 75 | 9 | gaa | |||
dir | 84 | 29 | cta | dir | 74 | 5 | gga | |||
dir | 77 | 8 | aga | dir | 76 | 5 | gta | |||
dir | 76 | 90 | caa | dir | 77 | 9 | gac | |||
dir | 89 | 4 | tca | dir | 75 | 14 | aca | |||
dir | 76 | 7 | ttc | dir | 85 | 10 | tac | |||
dir | 77 | 12 | atgj | dir | 84 | 28 | cta | |||
dir | 77 | 30 | atgi | dir | 77 | 7 | aga | |||
dir | 77 | 8 | cca | dir | 76 | 89 | caa | |||
dir | 77 | 9 | aca | dir | 89 | 3 | tca | |||
dir | 76 | 8 | aaa | dir | 76 | 6 | ttc | |||
dir | 74 | 7 | tgc | dir | 77 | 11 | atgj | |||
dir | 75 | 7 | aac | dir | 77 | 29 | atgi | |||
dir | 86 | 16 | tta | dir | 77 | 7 | cca | |||
dir | 76 | 8 | atgf | dir | 77 | 8 | cac | |||
dir | 75 | 10 | gaa | dir | 76 | 353 | aaa | 19 | ||
dir | 74 | 6 | gga | comp | 117 | 126 | 5s | |||
dir | 76 | 6 | gta | comp | 2036 | 582 | 23s' | |||
dir | 77 | 10 | gac | dir | 1506 | 217 | 16s | |||
dir | 75 | 15 | aca | dir | 2900 | 126 | 23s | |||
dir | 85 | 10 | tac | dir | 117 | 216 | 5s | |||
dir | 84 | 25 | cta | comp | 1185 | 372 | cds | B6 | ||
dir | 75 | 25 | ggc | dir | 2352 | 21 | cds | anar | ||
dir | 77 | 10 | aga | dir | 540 | 778 | cds | anara | ||
dir | 76 | 9 | caa | dir | 1537 | 261 | 16s | |||
dir | 76 | 3 | aaa | dir | 2899 | 201 | 23s | |||
dir | 89 | 4 | tca | dir | 117 | 5 | 5s | |||
dir | 76 | 7 | ttc | dir | 89 | 11 | tta | |||
dir | 77 | 12 | atgj | dir | 77 | 108 | atgi | |||
dir | 77 | 18 | atgi | dir | 1508 | 184 | 16s | |||
dir | 77 | 9 | cac | dir | 645 | 100 | 23s° | |||
dir | 76 | 8 | aaa | <dir | 259 | 112 | cds | hp | ||
dir | 74 | 8 | tgc | comp | 2110 | 375 | 23s’ | |||
dir | 77 | 13 | cgt | comp | 76 | 52 | gca | |||
dir | 76 | 76 | gta | 43 | comp | 578 | 282 | 16s° | ||
dir | 414 | 308 | cds | hp | dir | 204 | 12 | cds | hp | |
dir | 3432 | cds | pyruvate | dir | 1278 | cds | Phagep | |||
dir | 705 | 281 | cds | CwlD | ||||||
dir | 977 | 100 | 16s° | |||||||
dir | 1519 | 126 | 23s° | |||||||
dir | 117 | 7 | 5s | |||||||
dir | 75 | 6 | aac | |||||||
dir | 86 | 15 | tta | |||||||
dir | 76 | 7 | atgf | |||||||
dir | 75 | 8 | gaa | |||||||
dir | 74 | 4 | gga | |||||||
dir | 76 | 5 | gta | |||||||
dir | 77 | 10 | gac | |||||||
dir | 75 | 9 | ggc | |||||||
dir | 74 | 954 | aga | |||||||
dir | 840 | 9 | cds | TIGR00159 |
cd153
modifier- chromosome
- Glutl: glutamate--tRNA ligase
- Polyamine: polyamine aminopropyltransferase
- DUF1646: DUF1646 domain-containing protein
- MFS:MFS transporter
- ABC: ABC transporter permease
cd153 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2*16s23s5s | 666 | 98 | ||||||
16s23s5s-gtg-gaa-cgg | ||||||||
2*16s23s5s-12aas | ||||||||
16s23s5s-13aas | ||||||||
interc | interc | |||||||
dir | 463 | cds | Glutl | comp | 333 | cds | MFS | |
dir | 212 | 16s | comp | 80 | ccg | |||
dir | 46 | 23s | comp | 6 | ccc | |||
dir | 58 | 5s | comp | 4 | gcc | |||
dir | 3 | aac | comp | 8 | cac | |||
dir | 6 | ggc | comp | 7 | tgg | |||
dir | 95 | atgj | comp | 5 | cgg | |||
dir | 5 | ttc | comp | 34 | cgt | |||
dir | 6 | tac | comp | 5 | acc | |||
dir | 7 | ggc | comp | 4 | ctg | |||
dir | 116 | gtc | comp | 47 | ctc | |||
dir | 5 | gac | comp | 5 | gag | |||
dir | 3 | ctg | comp | 112 | cag | |||
dir | 18 | atc | comp | 44 | 5s | |||
dir | 2 | acg | comp | 281 | 23s | |||
dir | 145 | tcg | comp | 914 | 16s | |||
dir | 12 | cds | Polyamine | comp | 12 | cds | ABC | |
dir | 416 | cds | DUF1646 | |||||
dir | 280 | 16s | ||||||
dir | 46 | 23s | ||||||
dir | 6 | 5s | ||||||
dir | 5 | aag | ||||||
dir | 25 | gag | ||||||
dir | 5 | atgj | ||||||
dir | 5 | ttc | ||||||
dir | 6 | tac | ||||||
dir | 7 | ggc | ||||||
dir | 31 | gcc | ||||||
dir | 19 | gtc | ||||||
dir | 5 | gac | ||||||
dir | 49 | ctg | ||||||
dir | 3 | acc | ||||||
dir | 9 | atc | ||||||
Dir | 13 | atgf |
cd155
modifier- chromosome
- permease: sulfate permease
- HAMP: HAMP domain-containing protein
- YunB: sporulation protein YunB
- hCyst: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase
cd155 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
16atcgca235 | 533 | 48 | |||
16s23s5s | |||||
16s23s°23s5s | |||||
16s23s°23s5s-5s-5s | |||||
long | interc | ||||
comp | 1119 | 606 | cds | permease | |
dir | 1706 | -1607 | 16s | ||
dir | 104 | 1767 | 23s° | ||
dir | 3095 | 50 | 23s | ||
dir | 114 | 602 | 5s | ||
dir | 3084 | 0 | cds | HAMP | |
dir | 660 | 232 | cds | YunB | |
dir | 1656 | -1583 | 16s | ||
dir | 107 | 1859 | 23s° | ||
dir | 3267 | 50 | 23s | ||
dir | 114 | 330 | 5s | ||
dir | 109 | 557 | 5s | ||
dir | 109 | 564 | 5s | ||
dir | 2277 | 0 | cds | hCyst |
cd160
modifier- chromosome
- 16-cds-atcgca-23s16s°5s cds 222 (1er bloc)
- - MRSRKKVVQKRAWQGRQTDGTGGVLMYVEDDMRLADAVRRSFSTTGNPRSIDHLSQDCLAVTSHCSVLRDHSS
- 16-cds-atcgca-23s16s°5s cds 222 (2ème bloc)
- - MRSRKKVVQKRAWQGRQTDGTGGVLMYVEDDMRLADAVRRSFSTTGNPRSIDHLSQDCLAVTSHCSVLRDHSS
- 16s-cds-16s°-23s-cds-5s le 1er cds 222 (3ème bloc)
- - MRSRKKVVQKRAWQGRQTDGTGGVLMYVEDDMRLADAVRRSFSTTGNPRSIDHLSQDCLAVTSHCSVLRDHSS
cd160 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
16-cds-atcgca-23s16s°5s | 333 | 53 | |||
16-cds-atcgca-23s16s°5s | |||||
16s-cds-16s°-23s-cds-5s | |||||
long | interc | ||||
<comp | 411 | 185 | cds | hp | |
dir | 1541 | 12 | 16s | ||
dir | 222 | 207 | cds | hp | |
dir | 77 | 94 | atc | ||
dir | 76 | 356 | gca | ||
dir | 3168 | -2889 | 23s | ||
dir | 102 | 3026 | 16s° | ||
dir | 117 | 89 | 5s | ||
comp | 1143 | 2 | cds | peptidase C45 | |
long | interc | ||||
comp | 429 | 185 | cds | hp | |
dir | 1541 | 12 | 16s | ||
dir | 222 | 207 | cds | hp | |
dir | 77 | 94 | atc | ||
dir | 76 | 186 | gca | ||
dir | 3166 | -2889 | 23s | ||
dir | 102 | 3026 | 16s° | ||
dir | 117 | 336 | 5s | ||
comp | 549 | 2 | cds | cytochrome c3 | |
long | interc | ||||
dir | 1242 | 56 | cds | hp | |
comp | 117 | 126 | 5s | ||
dir | 210 | 29 | cds | hp | |
comp | 3168 | -381 | 23s | ||
comp | 102 | 761 | 16s° | ||
comp | 222 | 12 | cds | hp | |
comp | 1541 | 185 | 16s | ||
dir | 447 | 0 | cds | hp |
cd161
modifier- chromosome
- PS9: 30S ribosomal protein S9
- tetra: tetratricopeptide repeat protein
- SDR: SDR family oxidoreductase
- DUF1657: DUF1657 domain-containing protein
cd161 | rRNAs | tRNAs | |||
---|---|---|---|---|---|
2*16s23s5s | 444 | 57 | |||
16s-23s°-gca-atc-23s-16s°-5s-6aas | |||||
23s°-16s-16s°-23s-5s-aac-ggg | |||||
long | interc | ||||
dir | 393 | 324 | cds | PS9 | |
dir | 1622 | -1554 | 16s | ||
dir | 106 | 1501 | 23s° | ||
dir | 76 | 1 | gca | ||
dir | 77 | 64 | atc | ||
dir | 3351 | -3087 | 23s | ||
dir | 86 | 3032 | 16s° | ||
dir | 152 | 9 | 5s | ||
dir | 75 | 6 | aac | ||
dir | 75 | 9 | gaa | ||
dir | 76 | 25 | atgi | ||
dir | 77 | 9 | gac | ||
dir | 76 | 29 | ttc | ||
dir | 75 | 254 | acg | ||
dir | 1287 | 8 | cds | tetra | |
long | interc | ||||
comp | 738 | 128 | cds | SDR | |
comp | 75 | 13 | ggg | ||
comp | 75 | 10 | aac | ||
comp | 109 | 32 | 5s | ||
comp | 3731 | -350 | 23s | ||
comp | 86 | 331 | 16s° | ||
comp | 1790 | -1696 | 16s | ||
comp | 447 | 1614 | 23s° | ||
comp | 264 | 2 | cds | DUF1657 |
cd170
modifier- chromosome
- PS9: 30S ribosomal protein S9
- HlyD: HlyD family efflux transporter periplasmicadaptor subunit
cd170 | rRNAs | tRNAs | ||
---|---|---|---|---|
3*16s23s5s | 555 | 58 | ||
16s23s5s-aac-ggg | ||||
16-gcaatc-235-6aas | ||||
interc | ||||
dir | 353 | cds | PS9 | |
dir | 273 | 16s | ||
dir | 1 | gca | ||
dir | 74 | atc | ||
dir | 266 | 23s | ||
dir | 6 | 5s | ||
dir | 6 | aac | ||
dir | 7 | gaa | ||
dir | 18 | atgi | ||
dir | 13 | gac | ||
dir | 269 | ttc | ||
comp | 186 | acg | ||
dir | 8 | cds | HlyD |
génomes negativicutes
modifier- Lien tableur: génomes negativicutes
en004
modifier- chromosome Lactobacillus
en004 | rRNAs | tRNAs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
16s23s5s | 777 | 77 | ||||||
16atcgca235-9aas | ||||||||
2*16atcgca235-12aas | ||||||||
16235-19aas | ||||||||
16s23s5s-cds-tac-caa | ||||||||
16235-aac-gaa-acg | ||||||||
interc | interc | interc | interc | |||||
331 | cds | 356 | cds | 3 | caa | 15 | acg | |
103 | 16s | 13 | 16s | 151 | tac | 4 | gaa | |
31 | atc | 244 | 23s | 248 | cds | 5 | aac | |
126 | gca | 5 | 5s | 35 | 5s | 240 | 5s | |
244 | 23s | 3 | gta | 13 | 23s | 13 | 23s | |
5 | 5s | 65 | aaa | 2 | 16s | 3 | 16s | |
14 | aac | 4 | aca | |||||
14 | tcc | 12 | ggc | 527 | cds | 30 | ttg | |
2 | gaa | 8 | tta | 103 | 16s | 24 | tgc | |
9 | gta | 6 | cgt | 31 | atc | 10 | caa | |
25 | gac | 24 | cca | 126 | gca | 6 | cac | |
4 | ttc | 16 | atg | 244 | 23s | 12 | tgg | |
12 | tac | 40 | atg | 5 | 5s | 4 | tac | |
6 | tgg | 10 | tca | 3 | gta | 25 | ttc | |
11 | cac | 4 | atg | 15 | aaa | 9 | gac | |
9 | caa | 9 | gac | 8 | cta | 2 | gta | |
30 | tgc | 19 | ttc | 4 | aca | 14 | gaa | |
149 | ttg | 8 | gga | 9 | ggc | 14 | tcc | |
14 | cds | 3 | atc | 8 | tta | 5 | aac | |
4 | agc | 47 | cgt | 244 | 5s | |||
22 | gaa | 4 | cgt | 126 | 23s | |||
4 | atg | 403 | cca | 31 | gca | |||
201 | gac | 11 | cds | 103 | atc | |||
19 | cds | 14 | 16s |
en010
modifier- chromosome Negativicutes
- Lien en010 [3]
- - Adresse ncRNA 1637178..1637505, taille 328 pbs. Nom, /product="RNase P RNA component class B".
en010 | rRNAs | tRNAs |
---|---|---|
6*16s23s5s | 16,15,14 | 99 |
3*16atcgca235 | ||
16-gca-235 | ||
16s23s5s-5s | ||
16-gca-235-aac | ||
16atcgca235-aac | ||
16s23s5s-acc | ||
16s-23s° | ||
gga-5s-5aas-ncRNA-9aas | ||
interc | ||
212 | gga | |
8 | 5s | |
5 | aac | |
53 | atg | |
14 | cac | |
4 | caa | |
44 | agc | |
25 | ncRNA | |
6 | cgt | |
1 | ttc | |
9 | aca | |
11 | tac | |
2 | aaa | |
6 | gaa | |
20 | gta | |
3 | gac | |
15 | ggc |
en011
modifier- chromosome Negativicutes
en011 | rRNAs | tRNAs | |
---|---|---|---|
4*16s23s5s | 777 | 73 | |
16-gcaatc-235-cac-tgg-agc | |||
16-gcaatc-2355-13 aas | |||
16s23s | |||
interc | |||
133 | cds | comp | |
87 | 16s | ||
4 | gca | ||
168 | atc | ||
70 | 23s | ||
4 | 5s | ||
26 | 5s | ||
24 | aac | ||
6 | caa | ||
8 | aaa | ||
7 | gaa | ||
6 | aag | ||
6 | gta | ||
39 | gac | ||
10 | ttc | ||
14 | aca | ||
18 | gga | ||
23 | tta | ||
55 | ctg | ||
102 | ctc | ||
15 | cds |
en012
modifier- chromosome Negativicutes
en012 | rRNAs | tRNAs | |
---|---|---|---|
16s23s5s | 444 | 55 | |
16-gca-atc-235 | |||
16s23s5s-cac-tgg | |||
16s23s5s-12aas | |||
interc | |||
320 | cds | comp | |
27 | ctc | comp | |
31 | ctg | comp | |
10 | tta | comp | |
12 | gga | comp | |
8 | aca | comp | |
5 | ttc | comp | |
4 | gac | comp | |
61 | gta | comp | |
41 | aag | comp | |
4 | aaa | comp | |
18 | caa | comp | |
4 | aac | comp | |
174 | 5s | comp | |
406 | 23s | comp | |
159 | 16s | comp | |
293 | cds | dir | |
24 | cgt | comp | |
74 | atg | comp | |
5 | ggc | comp | |
105 | ggc | comp | |
15 | cds | comp |