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Recherche:Genèse et duplication des gènes des tRNAs/Annexe/Tableaux

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Annexe 1
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Genèse et duplication des gènes des tRNAs/Annexe/Tableaux  », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.



Paris le 01.08.18

Bases de données

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  • Les gènes de tRNAs: gtRNAdb [1]
  • La base Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG: [2]

Liste des génomes

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Les fichiers fasta de la base gtRNAdb nécessaires pour les décomptes des tRNAs sont sous forme txt, compressés et localisés dans mon blog Blogooolife [3]. On peut les télécharger [4].

E79

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E79: Eucaryotes non champignon, prélevés de la base gtRNAdb le 27.10.17

79 eucaryotes + zebrafish: Liste des génomes
n tRNAs KEGG Génome
1463 aml Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009)
211 acs Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010)
414 aga Anopheles gambiae
684 ath Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011)
7080 bacu Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1)
4040 bta Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8)
639 bdi Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X)
1095 cbr* Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008)
743 cbr Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3)
596 cel Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010)
827 cja* Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008)
408 cjc Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009)
13727 cmk Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1)
906 cfa Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011)
383 cpo* Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008)
518 csi* Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1)
554 cpic Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1)
498 cge Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011)
1119 dno* Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3)
289 dme Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6)
256 dsi Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0)
326 dya Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1)
494 ecb Equus caballus (horse) (Sep 2007)
485 eeu* Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2)
3729 fca Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011)
1492 gmo* Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1)
283 gga Gallus gallus (galGal4 Nov 2011)
2489 gac* Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006)
203 gfr Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1)
738 gmx Glycine max (soybean) (Wm82.a2)
435 ggo Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011)
367 hgl Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2)
622 hsa Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013)
373 lcm Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1)
82 lma Leishmania major
2002 lav Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009)
458 mcc Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3)
353 meu* Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2)
582 mtr Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0)
155 mgp Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009)
191 mun* Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1)
258 mmr* Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003)
481 mdo Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006)
469 mmu Mus musculus (mm10 Dec 2011)
749 mpu* Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1)
252 mlu* Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2)
421 nle Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3)
338 opr* Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3)
674 oni* Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2)
856 oaa Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007)
506 ocu Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009)
738 osa Oryza sativa
326 oga* Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3)
1176 oas Ovis aries (sheep) (Feb 2010)
503 ptr Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4)
476 pan* Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2)
411 pha* Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008)
2485 pma* Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2)
418 ppp Physcomitrella patens
35 pfa Plasmodium falciparum
517 ppy* Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2)
618 pop Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0)
407 rno Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012)
334 sbq Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1)
446 shr Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1)
374 san* Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2)
578 sbi Sorghum bicolor (Version 1.0)
804 str* Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2)
1065 spu Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin)
807 ssc Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3)
230 tgu Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2)
575 tru Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3)
455 tsy* Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2)
540 tng Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007)
2017 tma* Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1)
5845 ttr* Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2)
499 vvi Vitis vinifera (Grapevine 12X)
2639 xtr Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009)
1198 zma Zea mays (Version 5b.60)
12258 dre Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009)

C42

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C42: Eucaryotes, champignons, prélevés de la base gtRNAdb le 27.10.17

42 champignons: Liste des génomes
n tRNAs KEGG Génome
181 ani Aspergillus nidulans FGSC A4
242 aor Aspergillus oryzae RIB40
212 bfu Botrytis cinerea B05.10
125 cal Candida albicans WO-1
207 cgr Candida glabrata CBS 138
82 cot Candida orthopsilosis Co 90-125
143 cneg* Cryptococcus neoformans var. grubii H99
191 cjd* Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988
214 dha Debaryomyces hansenii CBS767
46 ecu Encephalitozoon cuniculi GB-M1
53 ede* Exophiala dermatitidis NIH/UT8656
273 fve* Flammulina velutipes KACC42780
270 fgr5 Fusarium graminearum CS3005
305 fgr Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084
285 fvr Fusarium verticillioides 7600
266 kaf Kazachstania africana CBS 2517
158 kna* Kazachstania naganishii CBS 8797
162 kla Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140
123 kpa* Komagataella pastoris CBS 7435
258 lkl* Lachancea kluyveri NRRL Y-12651
229 lth Lachancea thermotolerans CBS 6340
190 mgr Magnaporthe oryzae 70-15
288 mfa* Millerozyma farinosa CBS 7064
192 mth* Myceliophthora thermophila ATCC 42464
270 ncs Naumovozyma castellii CBS 4309
396 ncr Neurospora crassa OR74A
80 opa* Ogataea parapolymorpha DL-1
192 pch* Penicillium chrysogenum P2niaD18
275 sce Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011)
205 sas* Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri
170 pic Scheffersomyces stipitis CBS 6054
168 spo Schizosaccharomyces pombe 972h-
96 sre* Sporisorium reilianum SRZ2
328 tbl Tetrapisispora blattae CBS 6284
206 tpf Tetrapisispora phaffii CBS 4417
154 ttt Thielavia terrestris NRRL 8126
192 tdl Torulaspora delbrueckii CBS 1146
111 uma Ustilago maydis 521
156 vma* Valsa mali 03-8
225 vda Verticillium dahliae VdLs.17
510 yli Yarrowia lipolytica CLIB122
272 zro Zygosaccharomyces rouxii CBS 732

B42

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B42: bactéries prélevées de la base gtRNAdb le 02.06.18

42 bactéries: Liste des génomes
n tRNAs KEGG Génome
75 bae Bacillus atrophaeus 1942
91 bcef Bacillus cereus FT9
84 bcoh* Bacillus coagulans HM-08
39 bbd Belliella baltica
111 blr Brevibacillus laterosporus LMG 15441
81 cbl Clostridium botulinum A3 Loch Maree
88 dzc Dickeya zeae EC1
85 eclx Enterobacter cloacae 34399
83 eno Enterobacter cloacae subsp. cloacae ENHKU01
85 eal Escherichia albertii KF1
87 eco Escherichia coli K-12 MG1655
91 gmc Geobacillus sp Y41MC1
109 hmo Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547
49 hmr Hippea maritima
78 ksk Kitasatospora setae KM-6054
86 kpn Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578
81 ksa Kosakonia sacchari SP1
73 lpl Lactobacillus plantarum WCFS1
81 mme Marinomonas mediterranea MMB-1
131 mvs Moritella viscosa
109 ppoy Paenibacillus polymyxa Sb3-1
83 pdi Parabacteroides distasonis ATCC 8503
90 pdix Peptoclostridium difficile 630 cultivar NCTC_13307_/strain
84 pge Pluralibacter gergoviae FB2
106 pha Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125
88 pse Pseudogulbenkiania sp NH8B
85 sbz Salmonella bongori N268-08
79 sty Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi CT18
108 sbn Shewanella baltica OS195
97 sfr Shewanella frigidimarina NCIMB 400
147 spl Shewanella pealeana ATCC 700345
61 sep Singulisphaera acidiphila
71 saci Staphylococcus epidermidis ATCC 12228
71 sma Streptomyces avermitilis MA-4680
73 sho Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis TL01
105 vag Vibrio alginolyticus NBRC 15630 ATCC 17749
93 vau Vibrio anguillarum NB10
121 vha Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 BB120
130 vpf Vibrio parahaemolyticus O1_Kuk str.FDA_R31
112 vvm Vibrio vulnificus MO6-24/O
70 ype Yersinia pestis CO92 (biovar Orientalis)
82 yrb Yersinia ruckeri Big Creek 74

A10

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A10: 10 archées prélevées de la base gtRNAdb le 13.07.18

10 archées: Liste des génomes
introns n tRNAs KEGG Génome
2 49 fpl Ferroglobus placidus DSM 10642
3 52 hbo Halogeometricum borinquense DSM 11551 PR 3
2 59 mru Methanobrevibacter ruminantium M1
6 55 mmet Methanococcoides methylutens MM1
4 58 mac Methanosarcina acetivorans C2A
4 62 mbw Methanosarcina barkeri str. Wiesmoor
4 60 mhor Methanosarcina horonobensis HB-1 JCM 15518
4 57 mls Methanosarcina lacustris Z-7289
3 56 mpl Methanosphaerula palustris E1-9c
3 54 nou Natronococcus occultus SP4
71 46 pcl Pyrobaculum calidifontis JCM 11548

Méthode pour compter les duplications

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  • copier le fasta de gtRNAdb dans un txt. Exemple [5].
  • Sauvegarde dans Eklablog avec la date de prélèvement de la base, [6]
  • copier ce txt dans éditeur writer odt
  • remplacer tout "0$" par "0 " jusqu'à "9$" par "9 " (ctrl+H et cocher expression régulière)
  • remplacer tout "$" par ""
  • remplacer tout ">" par "\n"
  • utiliser la macro tRNA en la mettant à jour.
  • Créer un raccourci clavier:"gérer macro"/assigner/catégorie/"Macros Libreoffice"/"Mes macros"/standard/Module1/tRNA
  • choisir un raccourci dans "Raccourcis clavier". "Modifier" et le raccourci apparait dans "Touches".
  • copier le tout dans un txt
  • copier le tout de ce txt dans un nouveau classeur ods avec largeur de colonne de 1,3 cm.

Décomptes

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  • illustration avec l'image du tableur Image:GD-tRNA-methode.png
  • À la copie le texte s'étalle de la colonne I à U, avec le contenu de U recouvrant les colonnes suivantes.
  • Écrire dans une cellule un * puis couper la cellule, sélectionner la cellule W28 puis "ctrl+shift+fin", réduire la sélection à la colonne W, puis coller. On obtient les cellules avec *.
  • Sans déplacer le curseur ailleurs sélectionner le dernier *, puis "ctrl+shift+début", réduire la sélection au rectangle commençant par la cellule I28.
  • données/trier : 1ère clé P28 2ème clé U28, tri croissant. Chercher les codons indéfinis (UND), déplacer leurs lignes à part et retrier avec "ctrl+shift+fin" sur la clé P28 croissant.
  • En G28 insérer la fonction =exact(U28,U29), qui donne comme résultat TRUE ou FALSE (ou 1 ou 0).
  • Couper puis "ctrl+shift+fin", réduire la sélection à la colonne G, coller. Puis sans deselectionner copier et sélectionner ensuite la cellule E28.
  • Coller avec (ctrl+V, texte nombre format). Tout en gardant la sélection il faut noter le nombre de lignes copiées, c'est le total des codons (ici écrit 123 dans la cellule G27).
  • Tout en gardant la sélection données/trier croissant. Rechercher le total des FALSE dans la sélection avec (ctrl+H et cocher sélection active). Ce total est marqué en E27 (67).
  • Coller avec (ctrl+V, texte nombre format) en sélectionnant la cellule X28, la copie de la colonne G28 est restée en mémoire.
  • Ne pas déselectionner et rechercher FALSE avec (ctrl+H et cocher sélection active), puis colorer les cellules (ici FALSE en jaune).
  • Sélectionner les colonnes O28 et P28 avec "ctrl+shift+fin", réduire la sélection. Copier et coller en Y28 et Z28.
  • Sélectionner les colonnes X28 Y28 Z28 avec "ctrl+shift+fin", réduire la sélection. Données/trier 1ère clé Z28 2ème clé X28: Les séquences identiques ont la valeur TRUE, les autres FALSE.
  • Copier la colonne Z28 en AD28 avec "ctrl+shift+fin".
  • En AE28 insérer la fonction =exact(Z28,Z29). Les sélections dans l'image sur les colonnes AD AE correspondent aux codons identiques par le nom seulement. Ces cellules sont supprimées.
  • Le décompte met le total du codon en AB28 et le nombre de séquences non identiques (FALSE) en AC28 pour le codon (AAC) dont on a gardé la cellule AD du nom.
  • Les séquences identiques (TRUE) ne nous renseignent pas sur leur identité qui appartient aux séquences FALSE.
  • Une fois le décompte terminé supprimer la colonne AE et copier AB AC AD en AF AG AH en sélectionnant avec "ctrl+shift+fin".
  • Sans déselectionner données/trier croissant sur la clé AH. Faire le total des codons et des FALSE. Controler avec les totaux en E27 et G27. Corriger au cas par cas.
  • le code KEGG est écrit en AF27.

Constitution des tableaux de travail

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  • Les décomptes E79 C42 B42 A10 qui ne sont représentés que dans le tableur, prêts à être copier sans formatage, ont été triés sur le code KEGG. D'après la méthode des décomptes, les génomes n'ont pas le même nombre de noms de codons. Pour travailler sur des tableaux homogènes les décomptes sont normalisés à 64 noms de codons. Le tableau suivant détaille cette normalisation pour 4 génomes représentés par leur code KEGG.
  • Création et utilisation de la première ligne du tableau: =concat() et copie par blocs.
  • Recherche des codons faibles (2ème partie du tableau, en bas) dans la 1ère partie (les décomptes à proprement parler): 18 recherches "ctrl+H" et coloration des cellules trouvées.
  • Tri croissant pour chaque génome sur la colonne des codons (acs3). Auparavant enlever les 2 totaux.
  • Mais certains génomes leur manquent d'autres codons: rechercher ces codons par la fonction =exact() que l'on insère en acs4 et qui compare la colonne acs3 avec la colonne de référence (fixer la colonne par $ pour pouvoir copier la fonction =exact() dans les colonnes acs4) des noms des codons (1ère colonne). Le "drag and drop" de la fonction =exact() permet de repérer les FALSE et de corriger au fur et à mesure. Compléter par des zéros les effectifs de ces codons manquants.
  • Constitution du tableau de travail: refaire la 1ère ligne, toujours avec la fonction concat, en omettant acs3 et acs4, copie par blocs puis copie de toute la ligne avec "ctrl+V, texte nombre format). Tri sur cette ligne. Le tableau est constitué. Supprimer la 1ère ligne et les lignes et colonnes inutiles.
Préparation des décomptes pour la constitution des tableaux de travail
acs1 acs2 acs3 acs4 aga1 aga2 aga3 aga4 aml1 aml2 aml3 aml4 ath1 ath2 ath3
KEGG acs aga aml ath
(AAA) 5 3 (AAC) 31 7 (AAC) 10 2 (AAC) 15 3 (AAC)
(AAC) 4 2 (AAG) 5 2 (AAG) 7 5 (AAG) 12 3 (AAG)
(AAG) 6 2 (AAT) 12 2 (AAT) 12 5 (AAT) 17 2 (AAT)
(AAT) 4 2 (ACG) 10 1 (ACG) 8 3 (ACG) 11 7 (ACG)
(ACA) 5 1 (AGA) 6 2 (AGA) 2 2 (ACT) 37 11 (AGA)
(ACC) 12 6 (AGC) 17 4 (AGC) 10 4 (AGA) 16 3 (AGC)
(ACG) 3 1 (AGG) 7 5 (AGG) 17 14 (AGC) 16 5 (AGG)
(ACT) 4 3 (AGT) 8 1 (AGT) 9 2 (AGG) 10 3 (AGT)
(AGA) 2 1 (CAA) 4 4 (CAA) 10 6 (AGT) 12 6 (CAA)
(AGC) 3 1 (CAC) 29 8 (CAC) 1 1 (ATC) 8 2 (CAC)
(AGG) 4 2 (CAG) 10 2 (CAG) 6 6 (ATT) 3 1 (CAG)
(AGT) 12 8 (CAT) 18 5 (CAT) 9 7 (CAA) 32 16 (CAT)
(ATA) 7 4 (CCA) 6 1 (CCA) 9 2 (CAC) 16 5 (CCA)
(ATC) 2 1 (CCC) 2 2 (CCT) 7 5 (CAG) 5 1 (CCC)
(ATG) 1 1 (CCG) 8 1 (CGA) 24 13 (CAT) 4 3 (CCG)
(ATT) 3 3 (CCT) 6 2 (CGC) 10 7 (CCA) 8 4 (CCT)
(CAA) 2 2 (CGA) 13 6 (CGG) 7 5 (CCC) 7 4 (CGA)
(CAC) 3 3 (CGC) 6 3 (CGT) 7 5 (CCG) 7 3 (CGC)
(CAG) 2 1 (CGG) 15 3 (CTC) 45 44 (CCT) 5 3 (CGG)
(CAT) 1 1 (CGT) 11 6 (CTG) 4 4 (CGA) 6 4 (CGT)
(CCA) 5 4 (CTC) 17 2 (CTT) 5 4 (CGC) 13 4 (CTC)
(CCC) 5 3 (CTG) 9 1 (GAA) 5 2 (CGG) 9 5 (CTG)
(CCG) 6 3 (CTT) 5 1 (GCA) 10 10 (CGT) 19 5 (CTT)
(CCT) 5 1 (GAA) 15 1 (GCC) 10 10 (CTA) 21 5 (GAA)
(CGA) 12 4 (GCA) 6 2 (GCT) 37 34 (CTC) 2 1 (GAC)
(CGC) 7 2 (GCC) 22 21 (GTA) 25 21 (CTG) 1 1 (GAG)
(CGG) 5 3 (GCT) 20 2 (GTC) 772 760 (CTT) 2 1 (GAT)
(CGT) 1 1 (GGG) 21 5 (GTG) 11 3 (GAA) 18 14 (GCA)
(CTA) 6 6 (GTA) 12 2 (GTT) 25 12 (GCA) 25 9 (GCC)
(CTC) 8 2 (GTC) 6 5 (TAA) 10 2 (GCC) 16 9 (GCT)
(CTG) 5 2 (GTG) 3 1 (TAC) 1 1 (GCG) 3 2 (GGA)
(CTT) 10 4 (GTT) 3 2 (TAG) 13 10 (GCT) 1 1 (GGT)
(GAA) 2 2 (TAA) 2 2 (TAT) 11 10 (GTA) 83 33 (GTA)
(GAC) 2 2 (TAC) 8 1 (TCC) 11 6 (GTC) 29 8 (GTC)
(GAG) 3 3 (TAG) 8 4 (TCG) 8 1 (GTG) 12 6 (GTG)
(GAT) 1 1 (TAT) 2 2 (TCT) 28 18 (GTT) 19 9 (GTT)
(GCA) 1 1 (TCA) 2 1 (TGA) 5 4 (TAA) 6 3 (TAA)
(GCC) 8 3 (TCC) 3 2 (TGC) 7 7 (TAC) 7 3 (TAC)
(GCG) 3 3 (TCG) 8 2 (TGG) 5 5 (TAG) 11 5 (TAG)
(GCT) 3 3 (TCT) 2 1 (TGT) 6 6 (TAT) 5 2 (TAT)
(GGA) 1 1 (TGA) 1 1 (TTA) 2 2 (TCA) 13 2 (TCC)
(GGC) 6 6 (TGC) 11 3 (TTC) 7 4 (TCC) 6 2 (TCG)
(GGG) 3 1 (TGG) 4 2 (TTG) 84 82 (TCG) 10 9 (TCT)
(GGT) 3 2 (TGT) 8 5 (TTT) 17 17 (TCT) 12 6 (TGA)
(GTA) 7 2 (TTC) 422 138 6 6 (TGA) 10 3 (TGC)
(GTC) 3 3 (TTG) 9 7 (TGC) 47 6 (TGG)
(GTG) 5 3 (TTT) 11 8 (TGG) 9 5 (TGT)
(GTT) 211 119 9 8 (TGT) 1 1 (TTA)
(TAA) 1 1 (TTA) 16 9 (TTC)
(TAC) 11 7 (TTC) 10 4 (TTG)
(TAG) 43 42 (TTG) 16 6 (TTT)
(TAT) 55 50 (TTT) 699 268
(TCA) 1474 1302
(TCC)
(TCG)
(TCT)
(TGA)
(TGC)
(TGG)
(TGT)
(TTA)
(TTC)
(TTG)
(TTT)
0 0 (AAA) 0 0 (AAA) 0 0 (AAA) 0 0 (AAA)
0 0 (ACA) 0 0 (ACA) 0 0 (ACA) 0 0 (ACA)
0 0 (ACC) 0 0 (ACC) 0 0 (ACC) 0 0 (ACC)
0 0 (ACT) 0 0 (ACT) 0 0 (ACT) 0 0 (ACT)
0 0 (ATA) 0 0 (ATA) 0 0 (ATA) 0 0 (ATA)
0 0 (ATC) 0 0 (ATC) 0 0 (ATC) 0 0 (ATC)
0 0 (ATG) 0 0 (ATG) 0 0 (ATG) 0 0 (ATG)
0 0 (ATT) 0 0 (ATT) 0 0 (ATT) 0 0 (ATT)
0 0 (CTA) 0 0 (CTA) 0 0 (CTA) 0 0 (CTA)
0 0 (GAC) 0 0 (GAC) 0 0 (GAC) 0 0 (GAC)
0 0 (GAG) 0 0 (GAG) 0 0 (GAG) 0 0 (GAG)
0 0 (GAT) 0 0 (GAT) 0 0 (GAT) 0 0 (GAT)
0 0 (GCG) 0 0 (GCG) 0 0 (GCG) 0 0 (GCG)
0 0 (GGA) 0 0 (GGA) 0 0 (GGA) 0 0 (GGA)
0 0 (GGC) 0 0 (GGC) 0 0 (GGC) 0 0 (GGC)
0 0 (GGG) 0 0 (GGG) 0 0 (GGG) 0 0 (GGG)
0 0 (GGT) 0 0 (GGT) 0 0 (GGT) 0 0 (GGT)
0 0 (TTA) 0 0 (TTA) 0 0 (TTA) 0 0 (TTA)

Construction des tableaux des duplications

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  • Ne laisser que la colonne ttt des codons, enlever la dernière, total.
  • Copie transposer le tableau
  • '=concat(codon,1) au-dessus de chaque codon, ce qui donne ttt1 par exemple
  • Couper coller cette ligne en ctrl V à la suite des codons, sans suffixe.
  • Trier par colonne avec la nouvelle ligne de codons avec et sans suffixe, on obtient une colonne (codon avec suffixe) à blanc intercalée entre 2 codon non suffixés.
    Avant le tri ajouter une colonne à blanc au début du tableau.
  • Décaler la nouvelle ligne de codons d’une cellule à droite. Sur la ligne au-dessus, au niveau de codon1(aaa1)
    écrire double, au niveau de aaa =cellule de aaa. Copier par bloc sur toute la ligne nouvelle.
    couper coller ctrl+v pour écraser la ligne des codons
  • La cellule (génome, codon) faire = la cellule diff qui est sous la cellule génome : =(ani, diff).
  • Copier par blocs toutes ces cellules du codon aaa. Ou bien
  • Executer la macro CopieM en la mettant à jour la cellule de la dernière ligne de la colonne,
    Avant de lancer la macro positionner le tableau comme indiqué dedans.
  • Couper tout le tableau et coller ctrl+V. Trier par ligne avec la colonne des génomes qui contient les cellules diff.
    enlever les lignes diff.
  • Copier la ligne et la colonne des en-têtes pour un nouveau tableau,
    pour calculer les doublons et les distincts autres que le 1er gène d’un codon.
  • À la cellule correspondant à double d’un génome, faire =double-codon,
  • À la cellule correspondant à codon faire =codon-1.
  • Copier par blocs sur tout le tableau. Ou bien utiliser la macro CopieM2 en la mettant à jour comme CopieM.
  • Rechercher les cellules -1 et remplacer par un tiret −.

Tableaux des effectifs

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  • C'est le format 1 issu des décomptes. Deux colonnes par génome, tot pour le total du codon, diff le total des codons différents, à séquence non identique. Le total du codon est la somme des duplicata à séquence non identiques et des doublons de ces dernières. Donc les doublons obtenus par la différence tot-diff ne sont pas identiques entre eux. Ces doublons sont nommés dans les tableaux suivants, double. Il y a 3 processus en cours, celui qui, à partir d'une séquence donnée initiale, donne des duplicata différents qui à leur tour, par un 2ème processus, produisent des doublons (séquence identique au duplicata). Le 1er processus concerne les duplicata et son effectif est donc diff-1. Le 2ème processus est la somme des séquences identiques à chaque duplicata donné et donc son effectif est tot-diff. Le 3ème processus est la genèse ou non d'une 1ère séquence, son effectif est l'unité.

E79 effectifs

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79 eucaryotes + zebrafish: Effectifs des tRNAs
dre diff E79 acs diff aga diff aml diff ath diff bacu diff bdi diff bta diff cbr diff cbre diff cel diff cfa diff cge diff cjap diff cjc diff cmk diff cpic diff cpo diff csi diff dme diff dno diff dsi diff dya diff ecb diff eeu diff fca diff gac diff gfr diff gga diff ggo diff gmo diff gmx diff hgl diff hsa-18 diff lav diff lcm diff lma diff mcc diff mdo diff meu diff mgp diff mlu diff mmr diff mmu diff mpu diff mtr diff mun diff nle diff oaa diff oas diff ocu diff oga diff oni diff opr diff osa diff pan diff pfa diff pha diff pma diff pop diff ppp diff ppy diff ptr diff rno diff san diff sbi diff sbq diff shr diff spu diff ssc diff str diff tgu diff tma diff tng diff tru diff tsy diff ttr diff vvi diff xtr diff zma
10 10 Phe ttt AAA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 3 3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 6 5 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 2 2 2 2 1 1
232 86 Val gtt AAC 5 3 31 7 10 2 15 3 14 9 16 5 20 13 25 7 33 3 19 4 6 4 13 9 23 4 7 4 22 16 16 15 6 2 11 6 6 2 12 8 7 2 7 2 12 5 7 4 8 4 21 12 2 2 7 5 9 7 21 13 22 7 12 11 10 6 41 34 3 3 2 1 10 7 9 3 8 3 3 3 5 2 4 2 8 6 8 5 17 6 4 3 11 7 23 16 7 4 12 8 6 3 8 2 7 5 18 7 9 5 1 1 9 4 166 70 17 4 13 3 10 6 11 5 8 5 7 2 16 7 6 4 8 1 20 3 10 6 18 14 9 8 11 8 10 7 19 11 6 5 8 7 15 7 55 19 22 11
270 146 Leu ctt AAG 4 2 5 2 7 5 12 3 6 2 14 7 11 5 26 5 32 3 20 6 4 1 5 2 26 4 8 4 20 14 2 2 5 2 6 3 4 1 5 2 5 1 5 1 7 2 6 2 6 1 49 18 4 3 3 3 9 5 33 22 16 1 5 3 9 4 22 18 4 3 3 1 9 7 8 3 5 3 1 1 3 2 5 2 5 3 6 2 9 6 3 3 10 6 8 5 6 3 5 3 4 1 14 9 5 3 15 4 8 4 1 1 9 5 112 56 49 36 6 1 16 10 11 6 1 1 6 2 15 4 7 3 9 3 18 13 8 3 6 3 2 2 8 5 15 13 11 8 6 3 6 1 10 5 38 18 29 10
258 129 Ile att AAT 6 2 12 2 12 5 17 2 12 6 20 7 18 4 21 4 33 2 21 2 9 5 13 3 26 6 13 8 31 23 11 9 10 3 13 6 10 2 12 6 9 3 10 2 20 7 9 2 10 2 101 17 6 2 7 1 14 9 26 21 31 19 8 3 15 10 43 30 7 6 3 1 12 8 13 1 6 2 3 2 10 4 4 2 12 5 10 4 23 9 5 2 13 9 27 17 6 3 11 5 10 4 25 13 8 2 18 4 14 9 1 1 12 7 110 63 20 6 12 3 16 9 17 11 12 7 15 8 17 3 11 5 11 1 69 12 13 1 14 8 40 35 13 8 18 10 12 3 8 3 11 6 15 6 63 18 69 37
9 9 Cys tgt ACA 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 143 134 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 5 0 0 2 2 4 4 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 16 16 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 4 4 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 5 5 0 0 0 0 1 1 6 5 1 1 2 2 1 1
11 11 Gly ggt ACC 0 0 0 0 0 0 0 0 12 11 0 0 20 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 24 24 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 7 1 1 9 9 0 0 0 0 0 0 19 18 0 0 0 0 0 0
203 56 Arg cgt ACG 4 2 10 1 8 3 11 7 9 6 16 4 13 6 22 5 32 4 18 4 6 5 6 3 21 4 6 2 9 5 7 5 7 3 10 6 10 1 10 5 9 1 12 1 10 4 6 3 9 4 49 12 6 5 8 4 7 4 31 23 13 2 5 3 7 2 14 10 4 2 4 1 6 3 5 5 7 5 2 2 6 5 6 4 6 3 6 3 12 7 3 2 7 3 12 8 2 2 7 3 6 4 16 4 7 3 24 7 7 3 0 0 7 4 85 30 12 8 8 3 7 3 7 2 6 3 9 5 15 4 6 2 4 4 29 9 7 2 6 3 6 4 8 5 14 4 16 3 6 3 7 5 11 10 33 13 35 10
14 11 Ser agt ACT 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 11 0 0 0 0 2 2 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 3 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 26 9 0 0 0 0 3 2 5 5 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
336 176 Ser tct AGA 5 1 6 2 10 4 37 11 10 7 11 3 13 5 17 3 20 4 15 4 10 5 6 1 19 5 9 4 26 14 24 22 8 2 13 5 8 3 10 3 8 3 9 3 12 4 7 2 8 3 52 14 2 1 9 5 11 5 30 18 15 5 7 5 9 4 29 20 3 3 1 1 9 4 12 6 8 2 5 3 6 2 7 6 10 5 8 3 12 5 4 4 10 7 0 0 2 1 10 3 6 4 10 4 7 2 12 5 10 4 1 1 9 3 22 8 14 6 13 3 11 8 12 6 11 9 8 4 11 3 9 3 10 3 0 0 10 4 15 9 3 1 14 10 14 9 11 6 7 4 12 9 13 9 40 17 13 5
92 26 Ala gct AGC 12 6 17 4 17 14 16 3 20 18 19 3 31 19 29 7 35 2 22 6 14 11 22 17 31 8 15 13 75 56 11 10 28 24 23 16 12 2 23 16 9 1 18 4 27 16 14 10 18 14 53 22 16 7 24 11 23 20 55 31 24 3 46 45 26 16 54 40 5 2 2 1 22 18 15 6 13 9 7 3 8 5 11 8 23 19 15 13 25 10 9 2 19 17 83 51 18 11 21 14 13 8 18 7 15 11 20 4 20 16 1 1 19 16 106 44 20 2 19 9 22 19 31 26 36 31 10 8 27 13 15 12 18 8 32 11 23 18 256 252 18 10 20 16 20 13 12 5 12 10 19 14 11 2 67 17 66 32
315 138 Pro cct AGG 3 1 7 5 9 2 16 5 7 2 15 4 13 2 6 4 25 12 6 4 8 1 7 1 9 2 7 1 12 11 12 8 8 2 10 2 7 1 7 1 6 1 6 1 10 1 10 2 8 2 63 5 4 1 7 1 10 5 55 30 21 5 13 9 9 2 16 7 12 10 2 1 8 2 11 1 7 3 7 2 6 1 7 1 8 3 9 1 7 1 3 3 9 4 19 6 4 1 9 1 7 1 14 4 8 1 14 4 9 4 1 1 7 2 54 18 14 2 13 2 11 3 11 7 33 23 8 1 14 5 9 4 10 2 19 5 9 1 12 5 6 3 11 4 13 9 10 3 7 2 7 3 15 6 60 18 15 4
359 182 Thr act AGT 4 3 8 1 10 6 10 3 13 9 9 7 14 10 22 2 31 5 17 3 8 6 8 7 24 7 10 9 24 17 17 16 10 10 10 7 9 3 11 10 8 1 8 1 9 7 9 7 9 6 99 50 5 3 4 4 9 7 30 20 9 6 15 15 9 6 14 13 11 8 3 1 10 7 12 6 8 5 4 4 5 3 3 3 11 9 10 8 10 2 5 4 12 9 23 16 5 5 8 6 9 8 18 12 7 6 11 3 11 7 0 0 10 6 62 33 7 5 10 2 12 8 10 8 9 7 8 6 12 9 9 7 9 5 27 13 13 7 34 32 8 6 16 15 26 17 18 11 9 7 9 7 10 6 151 75 20 13
5 4 Tyr tat ATA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 11 11 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 3 3 0 0 2 2 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 5 5 0 0 0 0 1 1 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 4 4 1 1 0 0 1 1 4 4 0 0 0 0
11 7 Asp gat ATC 0 0 0 0 1 1 0 0 20 19 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 1 1 6 6 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 2 2 0 0 1 1 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 2 1 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 10 9 6 6 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 10 10 3 3 0 0 1 1
0 0 His cat ATG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 4 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 5 5 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1
24 15 Asn aat ATT 0 0 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 5 5 1 1 1 1 0 0 2 2 2 2 2 2 0 0 0 0 4 4 3 3 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 48 44 0 0 3 3 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 2 1 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 3 3 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0
241 118 Leu ttg CAA 2 1 4 4 9 7 12 6 8 8 16 7 14 14 11 10 14 12 7 7 5 5 4 4 7 7 7 7 31 30 7 6 6 6 6 6 4 4 8 7 4 4 4 4 6 6 6 6 8 8 7 6 2 2 3 3 9 9 15 15 18 8 5 5 7 7 17 14 4 4 1 1 9 8 4 3 8 8 2 2 3 3 3 3 4 4 6 6 14 9 3 3 6 6 10 10 7 7 3 3 5 5 7 7 4 4 19 5 9 9 1 1 7 6 42 24 3 3 6 3 7 7 7 7 0 0 4 4 9 5 7 7 3 3 18 12 6 5 10 10 4 4 10 10 12 12 10 10 4 4 7 7 14 10 22 16 20 8
227 96 Val gtg CAC 3 1 29 8 9 2 8 2 32 24 11 3 39 27 6 3 15 8 6 2 8 3 9 6 13 5 11 7 1540 1503 6 6 6 3 15 11 7 2 81 76 6 2 11 3 15 6 4 2 9 3 18 11 3 2 7 5 11 6 28 19 13 2 6 3 13 6 35 26 4 3 2 1 12 8 9 3 7 4 3 3 5 1 5 2 12 8 7 4 7 5 4 2 13 9 10 5 9 7 14 4 5 2 9 2 7 2 11 4 12 6 1 1 12 6 71 25 11 5 11 9 18 11 14 10 7 5 7 4 11 3 8 6 10 4 0 0 12 5 39 36 1 1 16 13 16 9 29 13 6 4 22 19 11 5 53 28 16 3
300 139 Leu ctg CAG 4 2 10 2 7 5 3 1 7 4 8 1 6 3 7 5 8 5 5 2 7 3 10 5 12 7 12 9 25 20 6 4 6 2 4 2 8 1 10 4 9 1 8 1 3 2 6 4 5 3 9 3 7 5 7 5 5 4 47 34 7 1 5 4 9 2 10 6 8 8 2 1 6 4 11 6 6 5 4 3 5 2 7 3 10 4 5 3 4 2 6 6 9 6 18 13 2 2 16 6 9 4 16 8 11 3 10 2 12 6 1 1 6 5 75 38 7 2 5 2 11 8 9 7 5 3 13 10 11 4 5 3 9 4 5 3 5 2 4 2 7 4 5 4 37 19 21 7 7 4 6 5 7 3 32 15 13 3
522 174 Met atg CAT 12 8 18 5 24 13 32 16 21 13 56 31 35 19 23 5 29 5 19 3 23 17 16 9 30 5 20 13 94 74 16 11 15 10 26 15 12 4 30 20 12 4 15 4 25 13 16 6 24 15 286 65 6 4 14 6 17 7 154 112 36 14 14 8 20 9 50 34 11 8 4 2 19 14 25 11 14 7 11 4 14 6 14 6 19 11 20 14 41 23 9 3 17 10 32 18 18 14 18 10 13 8 27 7 15 4 60 29 19 11 2 2 15 6 278 91 26 8 24 9 22 13 23 14 13 6 15 8 39 30 15 7 22 8 73 30 23 11 14 7 5 3 21 14 20 12 36 12 12 5 17 11 26 20 138 39 79 48
44 22 Trp tgg CCA 7 4 6 1 10 7 16 5 256 243 18 6 178 173 13 1 22 3 12 3 6 6 6 4 18 4 11 10 30 20 10 9 8 7 8 4 8 2 15 12 9 2 8 2 7 4 7 5 23 22 74 27 3 3 6 3 9 7 29 19 18 3 6 5 7 5 23 17 15 13 1 1 9 6 9 6 8 7 5 3 4 2 6 4 8 6 11 9 14 7 4 3 10 10 14 9 47 45 10 7 6 6 12 5 6 4 18 7 10 6 0 0 8 5 9 8 14 2 9 1 10 9 8 5 8 7 6 5 13 3 8 7 8 5 18 13 7 4 7 4 3 3 13 11 12 7 17 10 6 4 217 208 10 1 33 12 27 7
268 181 Gly ggg CCC 2 1 0 0 7 5 5 1 2148 2045 9 1 1295 1266 5 5 25 14 3 1 9 7 7 5 2 2 5 4 81 74 2 1 6 5 9 6 0 0 326 322 0 0 1 1 8 5 5 3 6 5 4 3 4 3 4 2 9 5 18 14 9 3 3 2 5 3 72 70 2 1 1 1 8 5 8 2 5 3 3 2 3 2 2 2 7 5 4 3 3 2 1 1 10 9 9 5 341 339 16 11 3 1 9 7 5 2 9 5 9 6 0 0 8 5 6 2 7 1 11 8 13 11 16 14 5 4 2 1 6 2 4 4 6 3 4 3 6 4 20 19 4 4 90 88 6 5 4 3 7 6 1766 1696 6 3 105 35 11 2
59 35 Arg cgg CCG 1 1 0 0 7 5 4 3 21 20 6 4 16 13 0 0 24 11 1 1 4 3 3 3 1 1 4 3 2 2 3 3 3 3 4 2 0 0 5 5 0 0 0 0 4 2 3 2 24 24 2 2 0 0 2 2 5 3 10 7 5 4 4 4 4 2 3 3 1 1 1 1 4 2 4 3 3 3 2 2 2 2 2 2 3 3 5 3 3 2 1 1 3 2 14 11 6 6 4 3 3 3 6 6 4 3 8 5 4 2 0 0 4 2 10 6 6 5 5 3 7 3 5 3 3 3 3 2 7 3 3 2 3 3 1 1 3 1 3 3 0 0 7 6 2 2 4 4 3 2 12 12 6 6 8 6 6 3
104 29 Arg agg CCT 3 3 2 2 45 44 8 4 67 67 10 6 116 114 2 1 11 7 4 3 29 28 6 5 3 1 5 4 12 7 10 10 5 4 7 7 3 1 47 46 3 2 4 2 7 6 7 6 53 52 26 5 2 2 3 3 6 5 28 21 13 3 5 4 5 5 16 14 8 8 1 1 7 6 5 4 4 4 3 2 5 5 3 3 5 4 21 21 6 4 4 3 5 4 9 7 33 32 6 5 5 5 18 6 6 5 11 5 5 4 0 0 5 4 50 25 11 4 10 5 9 7 5 4 8 6 6 4 10 3 5 4 4 3 19 12 4 4 6 5 2 2 13 13 11 5 10 5 4 4 54 53 8 4 27 9 11 6
80 44 Ser tcg CGA 2 2 8 1 4 4 7 4 4 4 5 1 7 7 8 4 9 6 6 3 8 7 3 3 15 5 4 4 48 48 10 9 4 3 4 4 4 1 6 6 3 1 5 1 4 4 3 3 5 5 29 6 1 1 2 1 5 5 14 13 6 2 3 3 4 4 4 3 3 3 1 1 4 4 3 3 2 2 1 1 2 2 3 3 3 3 4 4 2 1 2 2 5 5 8 7 3 3 5 4 3 3 6 5 4 3 9 6 3 3 1 1 3 3 35 17 5 4 7 2 6 5 4 4 3 3 4 4 10 6 3 3 3 3 6 5 4 4 6 6 1 1 4 3 3 2 5 5 3 3 4 4 3 1 23 10 6 3
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66 42 Thr acg CGT 1 1 6 3 10 10 6 4 4 4 6 4 7 7 9 4 10 4 7 5 5 5 4 4 11 3 4 4 137 133 5 5 3 3 5 5 3 1 7 7 4 2 5 1 3 3 4 4 9 9 23 9 1 1 2 2 6 5 30 23 4 2 4 4 5 5 10 10 2 2 2 1 4 4 3 3 3 3 0 0 3 3 2 2 4 4 5 5 1 1 0 0 5 5 10 8 3 3 5 5 3 3 8 7 7 7 5 2 7 7 1 1 6 6 23 12 4 2 6 3 7 7 6 6 4 4 5 5 6 3 5 5 2 2 9 5 4 4 7 7 2 2 4 4 13 10 8 7 4 4 3 3 3 2 29 14 6 2
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953 463 Lys aag CTT 6 3 17 2 772 760 19 5 29 24 18 2 40 25 40 4 49 4 30 6 408 398 86 75 37 7 16 12 36 25 9 7 26 19 22 16 13 1 43 30 11 1 16 4 16 8 149 121 887 879 97 23 7 6 6 2 19 14 43 23 22 2 15 11 15 10 36 22 13 9 4 2 16 9 19 9 11 3 3 2 11 7 6 2 26 19 271 266 16 3 13 10 20 14 25 15 16 11 29 20 9 5 43 21 11 7 20 5 17 11 0 0 12 6 23 10 17 2 16 5 27 19 26 18 19 9 13 7 22 7 10 7 32 23 42 12 16 9 12 5 6 5 16 9 21 11 20 7 7 7 19 16 16 11 97 23 127 91
197 87 Phe ttc GAA 5 1 9 1 11 3 21 5 13 9 18 5 30 18 22 6 24 6 15 5 10 6 8 4 24 5 8 4 35 25 22 20 8 3 13 6 8 1 12 7 8 3 9 1 12 4 8 3 12 8 35 12 6 2 10 5 13 8 36 24 22 5 6 2 10 5 32 19 7 6 2 1 10 5 12 4 10 7 6 4 5 2 8 2 7 3 11 5 26 6 6 4 17 13 24 18 6 4 14 8 6 2 23 14 10 6 20 7 14 5 1 1 12 3 57 23 18 3 14 3 18 13 16 11 8 4 10 5 21 5 10 5 13 7 0 0 21 10 10 4 10 4 11 8 19 10 23 13 6 5 12 8 23 12 58 18 25 8
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252 139 Arg aga TCT 3 3 2 2 17 17 10 9 55 55 9 7 44 44 10 3 13 3 8 3 9 9 5 5 12 3 6 6 14 14 26 25 5 5 6 6 3 3 9 9 4 4 3 3 5 5 5 5 54 54 68 25 3 3 4 4 5 5 21 19 18 8 6 6 6 6 90 90 9 9 1 1 6 6 6 6 7 6 3 3 5 4 5 5 6 6 16 15 8 6 4 4 7 7 6 6 22 22 6 6 4 4 27 26 5 5 12 6 6 6 1 1 6 6 18 10 11 6 7 3 8 6 6 6 6 6 6 6 8 6 6 6 5 5 18 9 7 6 5 5 4 4 123 122 10 10 13 12 6 6 48 48 6 3 105 53 9 6
209 117 Ser tca TGA 1 1 2 1 6 6 12 6 5 5 10 5 7 7 8 5 14 7 9 7 5 5 3 3 7 3 5 4 54 51 15 15 3 2 5 3 2 2 6 5 2 2 2 2 4 4 3 3 14 13 62 19 3 3 4 3 5 5 18 15 11 5 3 3 4 4 7 7 6 6 1 1 20 16 6 5 4 2 3 3 2 2 2 2 3 2 4 4 8 4 5 4 6 6 6 6 4 4 4 4 3 2 10 9 3 3 17 7 9 9 1 1 5 5 20 10 9 5 5 3 8 8 9 9 4 4 3 3 13 6 6 5 5 5 15 9 5 5 7 7 4 4 6 6 9 9 8 8 5 5 6 6 8 3 41 19 11 5
368 103 Ala gca TGC 6 6 3 2 9 7 10 3 42 42 13 6 35 31 14 1 11 4 9 2 11 8 15 14 11 5 6 5 5898 3009 15 12 9 7 13 12 2 2 66 64 0 0 2 1 11 9 10 10 10 9 53 17 5 5 7 4 7 6 24 20 17 5 5 4 8 7 53 47 20 19 1 1 11 11 9 6 6 6 6 4 1 1 5 5 11 8 8 7 16 8 5 5 11 11 17 11 12 12 9 9 7 5 11 6 7 6 10 1 10 10 1 1 9 9 31 10 21 8 9 2 9 7 10 9 9 6 8 7 13 5 8 7 7 4 17 7 14 12 39 39 7 5 40 37 11 9 8 5 4 4 36 36 37 21 47 18 15 7
205 97 Pro cca TGG 3 1 8 2 11 8 47 6 5 3 18 10 9 3 41 11 54 6 31 8 8 7 6 2 43 10 6 3 51 44 4 3 4 2 7 3 5 1 7 2 5 2 8 1 7 3 5 2 68 64 29 7 5 4 4 3 7 4 21 15 27 7 5 4 7 3 14 12 10 7 1 1 10 7 8 3 4 1 2 2 3 3 4 3 8 5 7 6 11 3 4 3 5 3 12 9 6 4 5 3 4 3 11 5 4 3 14 9 6 4 1 1 6 4 43 14 23 10 8 2 9 6 10 6 6 2 6 4 11 5 5 3 6 1 21 6 4 2 7 5 1 1 8 5 14 10 9 5 32 32 5 3 16 8 53 17 31 18
290 139 Thr aca TGT 3 2 2 1 9 8 9 5 8 7 10 8 10 8 10 4 15 3 11 2 4 3 4 3 12 5 7 7 206 157 18 17 4 3 8 6 6 2 8 7 5 2 6 2 7 5 6 6 13 12 35 16 4 4 4 3 6 5 30 24 10 5 4 4 6 6 22 17 9 8 1 1 6 6 7 2 6 3 2 2 5 3 3 3 4 3 7 6 10 7 2 2 6 6 18 16 5 4 7 6 6 5 25 22 6 5 16 7 8 8 1 1 7 7 19 9 11 6 5 4 4 4 6 5 5 4 5 5 12 8 7 6 7 3 21 10 8 5 6 4 4 3 18 17 12 9 7 6 4 4 6 5 8 6 91 43 14 6
6 5 Stp taa TTA 0 0 1 1 1 1 1 1 24 24 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 36 0 0 0 0 0 0 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 2 32 30 1 1 3 3 3 3 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 1 1 2 1 1 1 0 0 1 1 2 2 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 3 3 20 20 1 1 2 2 0 0
225 97 Glu gaa TTC 7 2 11 3 11 7 16 9 2368 2321 15 7 435 424 19 4 36 9 17 3 15 11 7 5 20 4 21 18 66 59 17 17 6 4 11 7 6 1 20 15 5 3 7 2 11 6 8 5 15 11 46 24 4 4 9 7 16 13 51 39 16 4 6 4 8 5 114 107 11 9 1 1 12 10 14 4 12 6 5 4 5 4 9 6 8 3 7 6 22 9 3 3 14 12 16 13 139 136 18 9 5 4 14 8 7 4 16 6 13 6 1 1 13 7 12 9 14 1 7 2 24 15 18 12 10 5 10 9 13 5 21 17 15 5 26 8 235 205 5 3 2 2 114 112 16 13 13 9 9 7 1901 1872 15 10 84 24 22 10
105 46 Gln caa TTG 3 3 4 2 43 42 10 4 10 8 15 8 20 18 24 5 40 11 20 5 43 42 5 4 14 3 7 7 7 6 16 15 4 2 5 3 4 2 5 3 4 2 4 1 6 4 4 3 782 777 60 13 2 2 2 2 11 10 11 8 13 3 3 3 6 4 14 11 10 9 1 1 16 15 7 7 4 3 1 1 3 3 4 3 7 6 37 35 20 10 2 1 10 8 11 8 7 7 5 3 5 4 6 5 5 3 21 12 14 12 1 1 6 4 44 21 11 1 10 7 13 13 20 17 6 5 5 3 11 8 8 8 45 29 17 7 9 6 4 2 2 2 8 6 9 5 10 7 64 51 16 12 10 7 28 8 22 14
525 250 Lys aaa TTT 5 3 8 5 55 50 16 6 86 82 12 9 78 68 16 5 29 9 14 1 34 28 15 10 30 7 16 11 43 38 36 32 11 7 15 11 6 2 18 14 4 2 6 3 15 8 11 5 50 45 61 31 4 2 6 4 14 11 63 46 20 5 8 5 12 8 60 46 20 13 1 1 19 13 13 4 10 7 4 2 3 2 5 2 14 6 31 25 20 13 3 2 23 15 32 25 22 17 12 8 11 7 16 7 9 6 12 8 19 13 0 0 12 6 24 7 18 5 8 4 23 15 20 14 1 1 8 3 11 8 18 14 14 6 57 20 38 23 10 5 4 1 31 26 15 11 20 13 10 6 74 70 11 6 72 21 82 68
dre E79 acs aga aml ath bacu bdi bta cbr cbre cel cfa cge cjap cjc cmk cpic cpo csi dme dno dsi dya ecb eeu fca gac gfr gga ggo gmo gmx hgl hsa-18 lav lcm lma mcc mdo meu mgp mlu mmr mmu mpu mtr mun nle oaa oas ocu oga oni opr osa pan pfa pha pma pop ppp ppy ptr rno san sbi sbq shr spu ssc str tgu tma tng tru tsy ttr vvi xtr zma
12273 5704 total 211 119 422 138 1474 1302 699 268 7113 6771 648 267 4057 3737 743 213 1095 278 596 180 912 773 498 325 827 220 492 346 13732 10330 557 483 384 244 519 358 293 98 1119 929 258 97 332 104 494 300 485 322 3778 3620 2489 795 203 140 283 169 508 379 1497 1045 738 237 367 282 433 269 2004 1751 377 318 83 49 530 398 481 222 353 209 155 105 252 142 258 153 470 285 756 632 684 365 201 149 508 383 859 583 1179 1100 506 281 327 203 674 401 338 188 750 312 531 357 35 35 412 256 2488 1087 647 260 430 181 613 438 613 452 407 247 375 229 628 294 396 279 448 218 1066 427 808 572 804 658 279 201 2019 1908 614 409 616 345 458 323 5873 5642 583 347 2642 1054 1202 601

C42 effectifs

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  • Lien tableur: C42.
  • Légende:
    −   6  , pour mgr aac, les décomptes à partir du fichier fasta donne 140 au total (tot) et 13 séquences différentes (diff). Le nombre total de tRNAs représenté dans le tableau récapitulatif de la base gtRNAdb [7] donne seulement 6 pour aac au lieu de 140. Ceci est du aux nombreux pseudo-gènes de ce génome. En comparaison avec les décomptes des autres tRNAs de ce génome, la plupart ont tot=diff. Aussi j'ai décidé d'attribuer au codon acc tot=diff=6. Attention auparavant j’avais mis 6* pour le signaler, ceci a pu provoquer des erreurs.
42 champignons: Effectifs des tRNAs
C42 ani aor bfu cal cgr cjd cneg cot dha ecu ede fgr fgr5 fve fvr kaf kpa kla kna lkl lth mfa mgr mth ncr ncs opa pch pic sas sce spo sre tbl tdl tpf ttt uma vda vma yli zro
aa gène tRNA tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff
Phe ttt AAA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Val gtt AAC 8 2 10 2 8 8 6 3 10 1 9 2 7 6 4 2 10 2 1 1 2 2 19 8 16 6 7 2 13 2 13 2 5 2 7 1 7 1 14 1 11 2 12 2 6 6 7 3 19 1 13 3 3 1 9 5 7 3 7 2 14 2 9 2 4 4 18 3 12 2 10 1 6 3 4 3 11 9 7 7 24 3 12 2
Leu ctt AAG 6 6 0 0 6 5 2 2 0 0 4 1 6 4 1 1 2 2 1 1 1 1 13 2 6 1 6 4 12 5 2 2 2 2 0 0 1 1 0 0 4 2 7 6 7 7 17 15 2 2 1 1 6 1 3 1 0 0 0 0 5 2 4 4 0 0 0 0 0 0 5 4 4 3 8 2 5 2 21 12 0 0
Ile att AAT 7 5 10 5 8 8 6 6 9 1 6 1 6 5 4 1 9 1 1 1 2 2 13 5 11 5 11 2 11 7 13 1 5 1 7 1 7 1 12 2 10 1 12 2 8 8 8 8 17 17 12 1 4 1 10 3 7 1 9 1 13 1 8 2 4 4 17 4 8 1 10 1 6 6 4 2 9 1 7 7 26 12 11 2
Cys tgt ACA 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly ggt ACC 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
Arg cgt ACG 9 3 12 2 6 5 2 2 4 1 6 3 3 3 2 2 5 2 1 1 2 2 10 2 10 2 13 11 10 2 4 2 2 2 3 1 3 2 5 1 4 2 4 3 6 6 7 7 21 2 5 2 2 2 10 1 3 1 4 1 6 2 8 1 4 4 4 1 4 1 3 1 6 6 4 4 9 5 6 6 1 1 5 2
Ser agt ACT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser tct AGA 5 1 7 3 7 1 4 1 9 1 7 1 6 5 2 2 6 1 1 1 1 1 11 6 11 6 7 4 10 4 11 3 4 1 6 1 7 1 11 7 9 1 10 3 4 4 5 4 14 2 12 2 2 1 7 4 6 1 7 1 11 2 7 1 2 2 16 3 7 1 8 1 3 1 3 3 6 3 5 3 21 4 12 1
Ala gct AGC 8 1 10 2 8 1 6 1 10 1 6 1 8 8 3 1 7 1 1 1 2 2 14 9 13 9 13 3 14 13 12 1 5 1 7 1 7 3 13 2 10 1 12 2 9 9 7 7 19 13 12 2 3 1 8 1 7 1 7 1 11 1 6 1 3 3 19 3 8 1 9 2 7 7 5 4 11 9 7 7 30 2 12 1
Pro cct AGG 6 5 9 6 4 4 1 1 1 1 0 0 6 6 1 1 1 1 1 1 0 0 10 6 10 6 4 4 10 9 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 5 4 6 6 12 4 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 2 1 6 1 3 3 1 1 1 1 1 1 4 4 4 4 8 4 1 1 21 6 3 2
Thr act AGT 6 2 10 2 6 4 4 2 9 1 6 1 5 5 4 1 8 2 1 1 2 2 11 4 11 4 7 7 11 7 11 3 5 2 6 1 7 1 12 3 9 2 10 1 6 5 6 5 12 3 11 1 3 1 12 6 7 1 7 2 11 1 7 2 4 4 15 4 9 2 9 3 4 4 4 1 8 2 4 4 22 1 10 1
Tyr tat ATA 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
Asp gat ATC 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
His cat ATG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asn aat ATT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu ttg CAA 2 2 0 0 5 5 6 5 8 5 7 1 3 3 1 1 4 1 1 1 1 1 3 3 3 3 4 4 4 4 2 2 3 3 7 3 5 3 11 7 8 7 14 2 2 2 2 2 5 5 9 9 3 1 0 0 8 1 7 3 10 5 4 1 0 0 9 6 8 5 2 1 1 1 0 0 2 2 3 3 3 3 10 10
Val gtg CAC 2 2 3 3 2 2 1 1 1 1 3 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 3 2 3 3 1 1 1 1 2 2 2 2 3 1 3 1 4 2 2 2 3 3 4 4 2 1 1 1 3 1 1 1 4 3 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 3 1 1 2 2 2 2 8 5 4 1
Leu ctg CAG 3 3 4 4 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 3 5 3 2 1 5 4 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 3 3 2 1 4 4 4 4 6 6 0 0 1 1 3 3 1 1 1 1 0 0 1 1 2 2 0 0 0 0 0 0 4 4 2 2 4 4 4 4 13 7 0 0
Met atg CAT 7 5 8 8 8 5 4 2 7 2 7 4 7 6 4 4 10 9 2 2 2 2 6 6 5 5 15 7 8 6 9 4 4 3 6 3 4 2 10 2 8 4 10 5 8 6 8 7 17 8 9 2 4 2 11 10 6 5 10 6 10 2 7 4 4 4 11 6 7 2 8 4 5 5 4 4 9 5 8 5 18 7 9 2
Trp tgg CCA 3 1 4 1 6 2 2 2 5 5 4 1 3 3 1 1 4 1 1 1 0 0 4 4 4 4 4 4 5 5 6 2 3 2 4 3 4 4 5 4 5 3 6 1 4 1 4 3 7 2 7 7 2 2 0 0 4 1 5 2 6 1 3 1 2 2 7 6 4 1 4 3 4 3 2 2 3 3 3 3 13 8 6 4
Gly ggg CCC 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 8 7 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 1 3 3 2 2 6 6 2 1 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 3 3 2 2 0 0 2 2
Arg cgg CCG 2 2 3 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 3 2 2 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 3 2 0 0 2 2 2 2 0 0 1 1
Arg agg CCT 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 3 3 6 4 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 3 2 2 5 4 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 3 3 1 1 2 1
Ser tcg CGA 2 2 3 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1 3 3 3 2 4 3 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 3 3 3 3 4 3 3 3 4 3 2 2
Ala gcg CGC 3 1 4 3 2 2 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 3 3 5 2 3 2 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 2 1 2 2 3 3 5 5 0 0 0 0 2 2 0 0 2 2 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 1 1 4 2 2 2 2 1 0 0
Pro ccg CGG 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 3 3 4 4 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 3 3 1 1 2 2 1 1 2 2 0 0
Thr acg CGT 2 2 2 2 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 3 2 4 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 3 3 3 3 2 2 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 3 3 2 2 2 2 2 2
Stp tag CTA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu gag CTC 8 3 11 3 9 9 1 1 3 1 9 1 10 10 1 1 1 1 1 1 2 2 19 7 13 5 12 11 16 12 2 1 4 1 2 1 3 1 3 2 11 3 8 2 9 9 8 8 24 12 1 1 3 2 10 1 2 1 8 1 2 1 6 1 4 4 1 1 4 2 1 1 7 6 5 5 12 2 9 9 27 16 4 1
Gln cag CTG 5 4 7 4 2 2 1 1 2 1 2 2 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7 1 7 1 6 6 8 2 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 5 1 4 1 6 6 5 5 11 10 1 1 1 1 5 1 2 2 4 3 1 1 2 1 2 2 1 1 2 1 1 1 4 4 3 3 6 3 4 4 15 15 3 2
Lys aag CTT 8 1 11 3 10 9 2 2 12 1 8 1 7 2 3 3 10 4 1 1 0 0 16 4 12 4 11 9 15 5 12 1 5 2 9 2 7 1 14 1 15 2 10 2 9 7 9 9 24 4 14 1 3 1 9 1 9 3 9 1 14 1 9 3 5 5 15 2 10 3 9 2 6 6 5 5 12 1 9 7 34 24 14 1
Phe ttc GAA 5 3 7 6 7 5 5 4 6 1 8 4 5 5 2 2 9 4 1 1 1 1 11 8 9 7 15 15 10 9 9 7 5 1 5 1 6 5 8 4 7 7 10 1 7 5 5 4 12 4 10 7 3 1 5 2 6 2 7 4 10 5 5 2 4 4 12 7 6 4 9 3 5 5 3 2 7 5 4 3 17 11 8 4
Val gtc GAC 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu ctc GAG 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 6 2 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
Ile atc GAT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
Cys tgc GCA 3 2 4 4 5 5 2 2 3 1 3 2 3 3 0 0 4 1 1 1 1 1 5 3 5 3 4 4 5 4 5 1 2 1 3 1 4 3 5 2 4 2 4 2 3 3 3 2 7 2 4 1 1 1 3 3 3 1 3 2 4 1 3 2 2 2 0 0 3 1 4 1 3 2 2 2 5 4 3 2 8 1 4 1
Gly ggc GCC 11 1 15 1 8 8 5 1 12 1 11 1 9 5 2 1 11 1 1 1 2 2 14 12 15 13 11 11 14 3 17 1 5 2 7 1 9 2 15 1 15 2 16 1 14 14 11 2 26 2 13 1 4 1 11 1 10 1 11 1 16 1 8 1 6 5 23 1 11 1 13 1 10 3 6 6 13 1 9 9 30 1 17 2
Arg cgc GCG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser agc GCT 4 4 6 5 5 5 2 2 3 2 3 1 2 2 1 1 3 2 1 1 1 1 8 7 8 7 4 1 7 6 4 2 2 2 2 2 3 1 4 4 3 3 6 3 3 3 5 5 6 6 4 3 2 1 4 3 2 2 4 3 4 2 3 1 0 0 6 6 3 1 3 3 3 3 2 1 5 3 3 3 6 6 5 5
Ser tcc GGA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0
Ala gcc GGC 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pro ccc GGG 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thr acc GGT 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Tyr tac GTA 6 5 13 11 6 5 4 4 6 1 6 4 4 4 3 2 6 3 1 1 1 1 8 4 6 3 6 6 8 7 9 3 4 4 5 1 5 4 7 7 6 5 10 2 5 5 6 4 10 6 9 2 2 2 5 3 5 4 5 3 8 2 4 3 2 2 9 7 7 4 6 2 4 4 3 1 6 6 5 3 14 10 7 1
Asp gac GTC 8 6 13 8 9 6 6 1 9 1 8 3 2 2 5 1 10 2 1 1 2 2 14 1 10 1 7 7 14 1 13 1 6 1 8 1 8 2 13 1 10 1 14 1 10 5 10 10 18 8 14 1 3 1 9 2 8 1 11 2 16 2 8 1 3 3 19 3 9 1 12 2 6 6 5 3 10 6 6 5 28 25 14 4
His cac GTG 5 2 8 7 4 4 3 3 6 2 6 2 4 4 1 1 6 2 1 1 2 2 7 5 7 5 7 7 6 5 6 1 3 1 4 1 4 1 6 1 5 3 8 1 4 1 4 4 9 6 8 1 2 1 11 5 4 1 6 3 7 1 4 1 2 2 7 1 4 1 5 1 3 3 1 1 6 1 6 6 12 5 6 2
Asn aac GTT 6 6 8 4 6 5 3 3 9 3 7 2 4 4 3 1 9 2 2 2 1 1 9 6 9 5 12 8 8 5 10 1 4 1 6 1 6 1 9 1 7 1 12 4 6 6 6 2 12 3 10 2 2 1 6 2 7 2 8 2 10 1 6 2 4 4 11 1 7 2 9 2 3 3 4 3 6 6 5 5 16 9 9 2
Leu tta TAA 1 1 3 3 2 2 5 2 3 1 1 1 1 1 3 1 10 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 14 3 1 1 3 2 3 1 3 1 2 1 4 2 1 1 1 1 1 1 7 2 1 1 2 2 3 1 3 2 7 1 2 2 0 0 12 2 3 1 9 1 7 7 0 0 1 1 0 0 1 1 4 1
Val gta TAC 1 1 2 2 2 2 1 1 2 2 2 2 0 0 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 2 2 2 2 0 0 1 1 2 2 3 2 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2
Leu cta TAG 2 2 1 1 1 1 0 0 4 1 3 2 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 3 2 3 3 3 3 0 0 1 1 1 1 2 2 3 3 1 1 0 0 0 0 4 3 3 2 1 1 1 1 2 2 4 4 2 2 1 1 2 2 1 1 3 3 2 2 5 5
Ile ata TAT 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 3 3 3 3 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 4 3 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1
SeC tga TCA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0
Gly gga TCC 3 3 4 2 7 4 2 1 2 1 4 2 3 2 1 1 5 3 1 1 1 1 6 6 5 5 9 5 5 2 4 3 3 3 2 2 1 1 2 1 3 1 6 2 3 3 4 3 4 2 3 1 2 2 5 4 3 2 2 1 3 1 3 3 2 2 3 2 2 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3 1 11 10 5 1
Arg cga TCG 2 2 2 1 4 3 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 0 0 1 1 2 2 9 7 9 7 8 4 7 6 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 1 1 2 2 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 3 3 2 2 2 1 25 11 0 0
Arg aga TCT 2 1 2 2 5 5 5 1 9 1 7 2 1 1 2 1 10 3 1 1 0 0 3 3 3 3 2 2 2 2 11 2 4 2 7 2 6 2 12 2 9 3 10 1 1 1 1 1 5 4 10 1 3 1 0 0 7 2 7 2 11 1 2 2 1 1 13 3 7 2 8 2 1 1 1 1 3 3 1 1 4 1 8 1
Ser tca TGA 1 1 1 1 4 3 3 2 2 1 3 3 1 1 2 2 4 3 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 4 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 4 1 2 2 3 3 3 3 4 2 1 1 1 1 2 1 3 3 3 1 2 2 1 1 4 1 2 1 2 1 1 1 1 1 3 3 1 1 2 2 3 3
Ala gca TGC 2 2 3 2 5 5 2 2 5 1 3 2 1 1 2 1 5 2 1 1 1 1 4 4 3 3 9 6 3 2 5 2 2 1 3 1 1 1 4 1 3 3 8 2 3 3 2 2 3 3 5 2 2 1 2 2 3 1 6 5 5 1 2 1 1 1 5 2 4 1 3 1 2 2 1 1 2 2 2 2 4 1 9 3
Pro cca TGG 2 2 3 3 8 8 4 4 7 2 7 1 1 1 3 3 7 5 1 1 1 1 3 3 3 3 4 3 3 3 10 9 4 1 7 6 6 4 10 5 8 7 8 6 2 2 2 2 4 3 10 8 3 2 0 0 6 4 8 5 10 7 2 2 1 1 13 13 6 2 7 7 2 2 1 1 3 3 2 2 3 1 10 1
Thr aca TGT 2 2 2 2 3 3 2 1 3 1 3 2 1 1 2 1 3 3 1 1 1 1 4 3 4 3 3 3 4 3 3 1 1 1 2 1 2 2 2 1 2 2 4 1 2 2 2 2 3 3 3 2 1 1 3 3 2 1 3 3 4 2 2 2 1 1 3 2 2 1 2 2 1 1 1 1 3 3 3 3 3 3 2 1
Stp taa TTA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu gaa TTC 3 3 6 5 6 6 6 5 9 1 5 2 3 3 2 2 9 2 1 1 1 1 5 4 4 3 6 5 5 5 15 1 5 2 8 1 6 2 13 1 6 2 8 2 3 2 2 2 5 2 13 2 2 1 3 3 8 1 4 2 14 2 4 1 2 2 16 5 8 1 11 3 2 2 2 2 2 2 3 3 6 3 10 2
Gln caa TTG 2 2 4 3 6 4 5 5 6 1 6 1 2 2 3 3 7 2 1 1 1 1 5 5 5 5 4 4 4 4 9 2 3 1 6 3 4 1 10 2 5 3 8 2 2 2 2 2 3 3 9 1 2 1 3 3 5 2 4 1 9 3 4 2 3 3 10 3 6 2 7 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 10 1
Lys aaa TTT 2 2 3 3 3 3 5 2 3 1 5 3 1 1 4 1 8 3 1 1 1 1 3 3 2 2 6 6 2 2 8 7 3 3 4 2 4 3 5 4 4 2 6 4 2 1 3 2 2 2 8 6 2 2 1 1 3 3 4 3 7 2 3 2 1 1 9 3 5 3 6 2 2 2 1 1 2 2 0 0 4 4 7 2
total 181 112 246 143 214 175 125 85 207 57 193 71 148 126 81 55 219 89 46 46 55 55 308 182 273 170 286 214 287 183 267 86 123 67 162 62 159 74 258 87 230 98 288 80 190 168 193 165 401 207 270 95 80 47 197 97 170 66 212 96 275 70 168 68 96 95 328 118 193 66 206 71 156 139 109 94 229 137 165 147 510 247 272 87

B42 effectifs

modifier
  • Lien tableur: B42.
42 bactéries: Effectifs des tRNAs
B42 cbl spl pdi ppoy sbn eal eco sbz eno kpn bcef bcoh blr dzc eclx gmc ksa mme mvs pge pha pse sfr vag vau vha vvm yrb bae saci sep hmr bbd lpl sty sma sho ksk ype pdix hmo vpf
aa tRNA gène tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff
Phe AAA ttt 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
Val AAC gtt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu AAG ctt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ile AAT att 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cys ACA tgt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly ACC ggt 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Arg ACG cgt 1 1 7 2 3 3 4 1 6 1 3 1 4 1 4 1 4 1 4 1 3 2 3 1 5 2 3 1 4 2 4 3 4 1 3 1 5 2 4 1 4 1 3 2 4 2 6 1 5 3 7 1 6 2 3 1 2 1 1 1 2 2 0 0 1 1 2 1 4 2 1 1 1 1 2 1 2 2 1 1 3 1 7 1
Ser ACT agt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser AGA tct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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Pro AGG cct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thr AGT act 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Tyr ATA tat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asp ATC gat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
His ATG cat 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asn ATT aat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu CAA ttg 1 1 1 1 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2
Val CAC gtg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 4 4 2 1 2 1 0 0 0 0 1 1 0 0
Leu CAG ctg 0 0 0 0 2 1 3 2 2 2 4 2 4 3 4 2 4 3 4 2 0 0 1 1 1 1 8 2 4 3 1 1 4 4 0 0 0 0 4 1 0 0 3 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 1 1 4 2 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 4 3 0 0
Met CAT atg 7 5 13 5 4 3 7 6 10 6 9 5 8 5 6 3 6 3 7 3 8 6 6 3 8 5 6 4 8 4 6 4 6 3 11 8 11 3 7 3 7 3 4 3 9 5 7 3 8 4 10 5 10 4 7 3 6 3 6 2 4 3 3 3 3 3 5 4 6 3 6 3 8 5 5 3 6 3 10 5 8 4 11 4
Trp CCA tgg 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 1
Gly CCC ggg 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 0 0 1 1 0 0
Arg CCG cgg 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 2 2 1 1
Arg CCT agg 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1
Ser CGA tcg 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 2 0 0 1 1 0 0 1 1 2 2 4 4 2 2 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0
Ala CGC gcg 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0
Pro CGG ccg 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0
Thr CGT acg 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0
Stp CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu CTC gag 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 3 1 3 2 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Gln CTG cag 1 1 0 0 2 1 0 0 0 0 2 1 2 1 2 1 2 2 2 1 0 0 0 0 0 0 2 1 2 2 0 0 2 2 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0
Lys CTT aag 2 2 0 0 2 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 3 1 3 1 4 1 1 1 0 0 0 0 0 0
Phe GAA ttc 3 1 4 1 2 2 3 1 3 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 3 2 3 3 3 2 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 4 1 2 2 3 2 2 1 2 1 4 2 3 2 4 2 4 2 2 1 3 2 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 3 2 4 2
Val GAC gtc 0 0 2 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 0 0 1 1 2 2 2 2 2 2 1 1 2 2 1 1 2 2 3 3 2 2 1 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 1 1 1 3 2 0 0 1 1 0 0 0 0 2 2 3 3 3 2 4 3 2 2 0 0 4 1 2 2
Leu GAG ctc 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 0 0 2 1 2 1
Ile GAT atc 2 2 3 1 7 1 3 2 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 4 1 3 2 4 2 3 1 3 1 4 3 3 1 3 1 11 1 3 1 2 1 8 1 4 2 7 1 3 1 5 1 8 1 3 1 3 2 2 2 2 1 2 1 1 1 3 1 3 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 4 1 3 1
Cys GCA tgc 2 2 4 1 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 1 1 2 2 4 1 2 2 5 3 3 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 4 4 1 1 2 1 3 3 4 2
Gly GCC ggc 3 1 8 1 3 1 5 2 6 1 3 1 4 1 4 1 4 1 4 1 4 2 4 1 5 1 4 1 4 1 5 3 4 1 4 1 5 1 4 1 6 2 2 1 5 2 9 1 7 2 10 1 8 1 4 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 1 3 1 3 2 3 1 4 2 2 1 2 1 7 5 11 1
Arg GCG cgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser GCT agc 2 1 3 1 1 1 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1
Ser GGA tcc 1 1 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1
Ala GGC gcc 0 0 2 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 0 0 1 1 1 1 6 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 0 0 2 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 2 1 2 1 2 1 4 2 2 1 0 0 5 1 1 1
Pro GGG ccc 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 2 2 0 0 2 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 3 1 3 1 1 1 1 1 0 0 3 2 0 0
Thr GGT acc 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 0 0 3 2 2 2
Tyr GTA tac 2 1 6 1 3 1 4 1 4 1 3 2 3 2 3 2 3 2 3 1 3 1 2 2 4 1 2 1 3 3 2 1 3 2 2 1 5 1 3 2 3 1 2 1 4 1 3 1 5 1 5 1 4 1 3 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 4 2 7 2
Asp GTC gac 4 2 6 1 3 2 5 1 4 1 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 6 1 4 4 6 2 3 1 3 1 4 3 3 1 7 2 5 1 3 1 11 1 7 2 4 2 6 1 5 1 6 1 7 1 3 2 4 1 2 1 3 3 1 1 3 2 3 1 3 1 2 1 2 1 2 1 3 2 4 2 4 2 7 1
His GTG cac 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 3 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 4 3 1 1 2 2 2 1 2 1 2 2 2 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 1
Asn GTT aac 3 2 7 1 3 2 6 1 5 1 4 1 4 1 4 1 4 1 4 1 5 2 4 2 5 2 3 1 5 2 4 3 4 1 2 1 6 1 4 1 4 1 3 1 5 3 5 1 4 1 5 3 5 1 3 1 4 2 2 1 3 2 1 1 1 1 5 3 5 2 2 1 2 1 2 2 3 1 4 2 4 1 5 3
Leu TAA tta 2 1 4 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 5 2 1 1 3 1 1 1 3 2 3 2 2 1 3 1 2 2 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 2 1 1 3 2
Val TAC gta 5 1 11 1 3 1 6 2 4 1 4 3 5 1 4 1 4 2 5 1 5 1 4 3 5 1 8 1 4 2 4 2 4 1 6 1 7 1 4 1 7 2 5 2 6 2 2 1 2 1 4 1 1 1 3 1 3 1 1 1 3 2 1 1 2 1 3 1 3 2 1 1 1 1 1 1 3 1 6 4 2 1 4 1
Leu TAG cta 2 1 5 1 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 2 4 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 5 1 1 1 4 2 1 1 2 2 3 2 4 3 5 2 7 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 1 1 11 3
Ile TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
SeC TCA tga 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0
Gly TCC gga 4 1 1 1 2 1 4 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 2 2 1 4 1 1 1 1 1 3 2 1 1 1 1 4 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 4 2 2 1 1 1 3 2 1 1 5 4 1 1 1 1 3 2 1 1 3 3 2 2 1 1 1 1 5 1 1 1 2 1
Arg TCG cga 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0
Arg TCT aga 3 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1
Ser TGA tca 2 1 4 2 2 2 1 1 4 2 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 3 3 2 2 3 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 8 2 1 1 4 2 1 1 3 1 4 1 3 1 4 1 3 1 2 2 2 2 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 2 2 3 1 1 1 4 1
Ala TGC gca 3 1 3 1 7 2 5 3 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 3 1 5 2 4 2 4 2 3 1 3 1 5 2 3 1 3 1 11 1 3 1 3 1 8 1 3 1 8 1 4 2 7 2 9 3 3 1 3 2 2 2 3 1 2 1 1 1 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1 3 1 5 1 2 1 5 1
Pro TGG cca 3 1 3 1 1 1 4 2 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 2 2 2 4 2 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 4 1 1 1 3 1 1 1 4 1 3 1 3 1 3 1 3 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 1 1 3 1
Thr TGT aca 4 3 4 1 3 1 4 2 3 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 2 2 2 6 1 1 1 1 1 3 2 1 1 4 2 4 1 1 1 3 1 1 1 2 1 5 1 4 2 5 1 4 1 2 1 3 3 1 1 3 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 5 1 2 2 5 1
Stp TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu TTC gaa 3 2 13 1 2 2 6 1 7 1 4 2 4 1 4 1 4 1 4 1 7 2 4 2 6 1 4 1 4 1 5 1 4 1 3 1 0 0 4 2 7 2 5 4 6 1 3 1 4 1 5 1 1 1 4 1 6 2 2 1 3 3 1 1 2 1 2 1 4 1 1 1 1 1 1 1 3 1 5 1 6 2 6 1
Gln TTG caa 2 1 5 1 1 1 4 1 3 2 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 5 2 3 3 4 2 1 1 2 1 4 3 2 1 3 1 4 1 1 1 4 1 1 1 3 1 1 1 2 2 2 2 5 1 2 1 4 3 3 3 2 2 1 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 4 1 6 2
Lys TTT aaa 4 1 12 1 2 2 6 2 10 4 4 1 6 1 5 1 5 1 6 1 6 2 4 2 6 1 3 1 5 1 4 2 5 1 4 1 7 1 5 1 8 2 2 1 6 1 2 1 2 1 4 1 1 1 5 1 3 1 0 0 3 2 1 1 2 1 2 1 4 2 1 1 1 1 1 1 4 2 5 1 5 1 4 1
total 81 47 147 44 83 56 109 55 108 49 85 52 87 50 85 49 83 48 86 45 92 47 84 64 113 53 89 47 86 52 91 61 82 49 81 42 132 41 85 48 106 44 89 52 97 50 105 41 93 49 121 47 112 46 83 47 75 48 71 61 61 48 49 47 40 36 70 50 81 53 77 63 74 59 77 58 70 48 90 39 109 65 131 47

A10 effectifs

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  • Lien tableur: A10.
10archées: Effectifs des tRNAs
A10 fpl hbo mac mbw mhor mls mmet mpl mru nou
aa tRNA gène tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff tot diff
Phe AAA ttt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Val AAC gtt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu AAG ctt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ile AAT att 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cys ACA tgt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly ACC ggt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Arg ACG cgt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0
Ser ACT agt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ser AGA tct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Ala AGC gct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pro AGG cct 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Thr AGT act 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Tyr ATA tat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asp ATC gat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
His ATG cat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Asn ATT aat 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Leu CAA ttg 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Val CAC gtg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Leu CAG ctg 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 1 1 0 0 1 1
Met CAT atg 3 3 3 3 4 3 5 3 4 4 4 3 4 3 3 3 3 3 4 4
Trp CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Gly CCC ggg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Arg CCG cgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Arg CCT agg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Ser CGA tcg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 1
Ala CGC gcg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Pro CGG ccg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Thr CGT acg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Stp CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu CTC gag 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Gln CTG cag 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Lys CTT aag 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1
Phe GAA ttc 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 2 1 1 2 2 1 1
Val GAC gtc 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Leu GAG ctc 2 2 1 1 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1
Ile GAT atc 1 1 1 1 2 1 2 1 2 2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Cys GCA tgc 1 1 1 1 3 3 4 3 4 4 3 3 4 3 8 6 1 1 1 1
Gly GCC ggc 1 1 2 1 3 1 3 2 3 2 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1
Arg GCG cgc 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Ser GCT agc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ser GGA tcc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ala GGC gcc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Pro GGG ccc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1
Thr GGT acc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2
Tyr GTA tac 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Asp GTC gac 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 2 2 2
His GTG cac 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Asn GTT aac 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Leu TAA tta 1 1 1 1 1 1 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Val TAC gta 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1
Leu TAG cta 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ile TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
SeC TCA tga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gly TCC gga 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Arg TCG cga 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Arg TCT aga 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ser TGA tca 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Ala TGC gca 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 3 2 4 1
Pro TGG cca 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Thr TGT aca 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1
Stp TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Glu TTC gaa 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Gln TTG caa 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
Lys TTT aaa 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1
total 49 49 52 47 58 50 62 52 60 55 57 51 55 48 56 52 59 57 53 49

Les introns des eucayotes

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Champignons, détails des introns

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Les introns des champignons
Génome KEGG tRNA total aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
Aspergillus nidulans FGSC A4 ani 181 93 2 6 0 0 2 0 2 1 0 4 2 0 1 0 3 4 2 0 5 0 2 0 1 6 2 0 2 0 2 0 3 6 2 8 1 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 6 0 0 1 0 2 0 0 3 0 0 1 5 2 0
Aspergillus oryzae RIB40 aor 242 114 3 0 11 0 2 0 2 0 2 6 2 0 2 0 4 0 4 7 0 0 3 0 0 9 0 0 1 0 1 0 4 0 3 13 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 3 0 0 13 0 0 1 0 3 0 0 4 0 1 0 7 0 0
Botrytis cinerea B05.10 bfu 212 161 1 6 8 0 2 0 0 3 5 5 0 0 1 0 4 8 0 4 0 0 8 0 1 4 4 0 0 4 1 0 1 6 6 9 9 0 5 0 2 0 0 8 2 0 2 0 2 8 0 6 0 0 4 0 2 0 0 5 1 0 2 7 5 0
Candida albicans WO-1 cal 125 67 1 3 2 0 0 0 1 0 0 2 1 0 1 0 0 6 5 3 0 0 4 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1 0 0 2 2 0 5 5 6 0
Candida glabrata CBS 138 cgr 207 45 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 5 0 0 6 8 0
Candida orthopsilosis Co 90-125 cot 82 35 0 0 3 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2 0 3 1 1 0 3 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 3 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 3 0 1 0
Cryptococcus neoformans var. grubii H99 cneg* 143 136 1 4 7 0 1 0 1 5 1 2 3 0 1 0 6 6 2 2 0 0 1 0 1 6 5 0 1 3 0 0 1 6 3 2 10 0 1 0 2 8 1 5 2 0 0 0 2 7 0 4 0 0 1 0 1 6 0 3 3 0 1 5 3 0
Cyberlindnera jadinii NBRC 0988 NBRC0988 cjd* 191 25 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 2 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 0
Debaryomyces hansenii CBS767 dha 214 54 7 0 10 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 4 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 8 0 0
Encephalitozoon cuniculi GB-M1 ecu 46 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Exophiala dermatitidis NIH/UT8656 ede* 53 47 1 1 0 0 0 0 0 2 0 1 1 0 1 0 2 2 1 2 1 0 1 0 1 0 2 0 1 1 1 1 0 1 1 2 0 0 1 0 1 2 0 2 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0
Flammulina velutipes KACC42780 fve* 273 201 6 12 11 1 2 0 0 5 0 0 6 0 2 0 6 0 4 7 6 0 4 0 2 4 5 0 2 11 2 0 2 6 4 7 10 1 8 0 1 2 3 10 7 0 2 0 3 0 0 6 0 0 2 0 3 3 0 1 3 0 1 12 4 2
Fusarium graminearum CS3005 fgr5 270 187 2 9 12 0 0 0 0 0 2 8 1 0 3 0 5 11 5 7 0 0 3 0 2 10 9 0 0 0 2 0 5 6 4 0 13 0 3 0 3 12 4 15 1 0 1 0 1 0 0 6 0 0 2 0 2 0 1 0 4 0 1 9 3 0
Fusarium graminearum PH-1 NRRL 31084 fgr 305 209 2 9 16 0 0 0 0 0 2 8 1 0 3 0 6 13 5 7 0 0 3 0 2 10 9 0 0 0 2 0 5 13 4 0 19 0 3 0 2 13 4 14 1 0 1 0 1 0 0 8 0 0 2 0 2 0 1 0 4 0 1 10 3 0
Fusarium verticillioides 7600 fvr 285 197 2 8 15 1 0 0 0 4 1 7 0 0 1 0 5 11 4 6 0 0 0 0 2 10 7 0 0 0 2 0 5 12 5 0 16 1 3 0 3 14 2 14 0 0 1 0 1 0 0 8 0 0 2 0 3 0 0 0 5 0 2 10 4 0
Kazachstania africana CBS 2517 kaf 266 53 8 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0 0 9 2 0
Kazachstania naganishii CBS 8797 kna* 158 40 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 6 5 0
Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 kla 162 39 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 7 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 7 0
Komagataella pastoris CBS 7435 kpa* 123 29 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 5 3 0
Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 lkl* 258 72 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 10 0 0 0 0 0 0 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1 11 0 0 5 0 0 8 11 0
Lachancea thermotolerans CBS 6340 lth 229 57 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 4 3 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 2 0 0 0 5 0 0 7 8 0
Magnaporthe oryzae 70-15 mgr 190 157 0 6 6 0 2 0 2 4 1 3 3 0 1 0 4 8 2 0 6 0 2 0 2 5 2 0 0 6 1 0 4 7 1 0 9 0 3 0 2 9 3 14 3 0 1 0 2 6 0 5 0 0 2 0 3 4 0 3 0 0 1 7 2 0
Millerozyma farinosa CBS 7064 mfa* 288 68 6 0 10 0 0 0 0 0 0 6 0 0 4 0 6 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0
Myceliophthora thermophila ATCC 42464 mth* 192 127 0 0 9 0 2 0 2 2 1 5 2 0 1 0 4 8 2 4 3 0 2 0 3 6 0 0 2 5 1 0 4 7 0 8 8 0 2 0 3 7 0 0 2 0 1 0 3 0 0 6 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 1 5 2 0
Naumovozyma castellii CBS 4309 ncs 270 63 8 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1 0 0 0 7 0 0 10 9 0
Neurospora crassa OR74A ncr 396 232 2 1 5 0 3 0 3 2 1 6 5 0 1 1 7 17 3 9 11 0 1 0 4 11 1 0 0 0 2 0 6 16 1 18 24 0 3 0 5 19 0 0 6 0 2 0 1 0 0 10 1 0 2 0 4 0 0 0 0 0 1 12 5 0
Ogataea parapolymorpha DL-1 opa* 80 7 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Penicillium chrysogenum P2niaD18 pch* 192 100 1 1 0 0 2 0 1 6 0 4 1 0 2 0 10 0 3 11 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 3 6 1 8 0 0 0 0 2 0 4 0 1 0 1 0 3 8 1 5 0 0 1 0 2 3 1 3 0 0 2 0 0 0
Saccharomyces cerevisiae (S288c Apr 2011) sce 275 61 7 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0 0 10 10 0
Saccharomycetaceae sp. Ashbya aceri sas* 205 52 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 7 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 3 0 0 0 5 0 0 6 7 0
Scheffersomyces stipitis CBS 6054 pic 170 42 3 0 9 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 6 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 6 0 0
Schizosaccharomyces pombe 972h- spo 168 44 0 0 9 0 0 0 0 0 0 3 1 0 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 4 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 0 4 0
Sporisorium reilianum SRZ2 sre* 96 91 1 0 5 0 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 4 4 3 3 2 0 1 0 1 3 2 0 0 4 1 0 2 4 2 3 4 0 1 0 1 3 1 6 1 0 1 0 1 4 0 2 0 0 1 0 2 2 1 2 2 0 1 4 0 0
Tetrapisispora blattae CBS 6284 tbl 328 71 9 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 2 0 0 0 7 0 0 12 9 0
Tetrapisispora phaffii CBS 4417 tpf 206 42 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 9 2 0
Thielavia terrestris NRRL 8126 ttt 154 117 1 3 6 0 1 0 2 4 0 3 2 0 1 0 2 6 2 3 4 0 2 0 3 4 1 0 1 6 1 0 4 5 0 6 7 0 2 0 3 7 1 0 2 0 1 0 3 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 7 5 1 0
Torulaspora delbrueckii CBS 1146 tdl 192 45 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 6 8 0
Ustilago maydis 521 uma 111 101 1 0 5 0 1 0 1 0 1 2 1 0 1 0 4 4 2 2 3 0 1 0 1 4 3 0 0 4 1 0 2 4 2 5 4 0 1 0 1 5 2 6 1 0 1 0 1 4 0 3 0 0 1 0 3 3 2 2 2 0 1 3 0 0
Valsa mali 03-8 vma* 156 130 0 3 9 0 3 0 2 3 0 3 2 0 1 0 3 7 2 4 3 0 2 0 1 1 2 0 2 5 3 0 4 5 2 3 8 0 2 0 2 7 0 8 1 1 1 0 2 5 0 4 0 0 1 0 2 2 0 0 3 0 0 4 2 0
Verticillium dahliae VdLs.17 vda 225 115 2 6 0 0 3 0 3 0 2 2 1 0 0 0 4 0 2 6 0 0 3 0 0 8 0 0 0 4 1 0 0 8 2 5 0 0 2 0 1 11 2 0 1 0 1 0 2 8 0 6 0 0 3 1 1 0 1 1 3 0 1 7 1 0
Yarrowia lipolytica CLIB122 yli 510 316 4 16 34 0 3 0 1 0 0 6 0 0 1 0 0 26 3 4 14 0 0 0 2 21 25 0 0 0 2 0 11 21 0 28 27 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 3 0 0 14 0 0 2 0 4 0 0 0 13 0 0 17 3 0
Zygosaccharomyces rouxii CBS 732 zro 272 54 7 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 3 0 2 0 0 0 6 0 0 8 10 0
 
total 131 94 202 2 30 0 25 42 20 144 36 0 59 1 104 141 59 92 65 0 168 0 31 125 80 0 17 91 68 2 71 143 50 125 170 2 43 0 36 119 42 102 33 1 25 1 37 59 1 250 1 0 43 1 66 35 9 30 124 1 35 261 151 2
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
zéros 6 26 21 40 27 42 27 29 30 4 24 42 1 41 18 26 22 23 27 42 9 42 24 22 26 42 30 20 10 40 22 21 24 27 26 40 26 42 24 28 28 31 26 41 21 41 22 33 41 0 41 42 18 41 5 33 35 30 12 41 23 7 10 41
42−zéros 36 16 21 2 15 0 15 13 12 38 18 0 41 1 24 16 20 19 15 0 33 0 18 20 16 0 12 22 32 2 20 21 18 15 16 2 16 0 18 14 14 11 16 1 21 1 20 9 1 42 1 0 24 1 37 9 7 12 30 1 19 35 32 1

79 Eucaryotes, détails des introns

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Les introns des 79 eucaryotes
Génome KEGG tRNA total aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
Ailuropoda melanoleuca (panda) (BGI-Shenzhen AilMel 1.0 Dec 2009) aml 1463 96 3 1 45 0 0 0 0 0 5 0 2 0 5 0 0 0 3 0 3 0 1 0 1 0 3 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0
Anolis carolinensis (lizard) (Broad AnoCar2.0 May 2010) acs 211 11 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Anopheles gambiae aga 414 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Arabidopsis thaliana (TAIR10 Feb 2011) ath 684 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Balaenoptera acutorostrata scammoni (Minke whale Oct. 2013 BalAcu1.0/balAcu1) bacu 7080 50 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 1 1 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0
Bos taurus (Cow Jun. 2014 Bos_taurus_UMD_3.1.1/bosTau8) bta 4040 57 0 0 1 0 0 0 1 0 6 0 0 0 5 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 3 1 5 2 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 6 0
Brachypodium distachyon (JGI v1.0 8X) bdi 639 36 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 1 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Caenorhabditis brenneri (WUGSC 6.0.1 Feb 2008) cbr* 1095 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 14 0
Caenorhabditis briggsae (C. briggsae Jan. 2007 WUGSC 1.0/cb3) cbr 743 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0
Caenorhabditis elegans (WS220 Oct 2010) cel 596 34 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Caenorhabditis japonica (WUGSC 3.0.2 Mar 2008) cja* 827 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Callithrix jacchus (marmoset) (WUGSC 3.2 Mar 2009) cjc 408 29 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 5 0
Callorhinchus milii (Elephant shark Dec. 2013 Callorhinchus_milii-6.1.3/calMil1) cmk 13727 177 35 0 0 0 0 0 0 3 12 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 13 3 8 12 22 0 0 0 1 0 1 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 34 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 9 0
Canis familiaris (dog) (CanFam3.1 Sept 2011) cfa 906 68 2 0 33 0 0 0 0 0 4 0 1 0 5 0 0 0 3 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Cavia porcellus (Guinea pig) (Broad Feb 2008) cpo* 383 28 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0
Ceratotherium simum (White rhinoceros May 2012 CerSimSim1.0/cerSim1) csi* 518 27 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Chrysemys picta bellii (Painted turtle Dec. 2011 v3.0.1/chrPic1) cpic 554 36 0 0 0 0 0 0 0 0 10 1 0 0 12 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Cricetulus griseus cell line CHO-K1 (Chinese hamster ovary CriGri 1.0 Aug 2011) cge 498 23 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Dasypus novemcinctus (Armadillo Dec. 2011 Baylor/dasNov3) dno* 1119 31 0 0 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0
Drosophila melanogaster (D. melanogaster Aug. 2014 BDGP Release 6 + ISO1 MT/dm6) dme 289 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Drosophila simulans (D. simulans Apr. 2005 WUGSC mosaic 1.0) dsi 256 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Drosophila yakuba (D. yakuba Nov. 2005 WUGSC 7.1) dya 326 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Equus caballus (horse) (Sep 2007) ecb 494 32 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Erinaceus europaeus (Hedgehog May 2012 EriEur2.0/eriEur2) eeu* 485 30 0 0 2 0 0 0 0 1 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Felis catus (cat) (Felis_catus-6.2 Sept 2011) fca 3729 487 4 2 214 1 0 0 1 0 5 0 9 0 6 0 0 0 75 2 7 0 7 1 1 0 102 0 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 1 0 1 0 2 0 1 1 0 0 0 0 3 10 4 0 4 0 0 0 2 0 2 0 3 0 7 0
Gadus morhua (Atlantic cod May 2010 Genofisk GadMor_May2010/gadMor1) gmo* 1492 105 1 0 0 0 2 0 0 0 19 0 0 0 16 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 50 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 2
Gallus gallus (galGal4 Nov 2011) gga 283 22 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Gasterosteus aculeatus (stickleback) (Broad 1.0 Feb 2006) gac* 2489 146 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 5 0
Geospiza fortis (Medium ground finch Apr. 2012 GeoFor_1.0/geoFor1) gfr 203 14 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Glycine max (soybean) (Wm82.a2) gmx 738 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gorilla gorilla gorilla (gorilla) (gorGor3.1 May 2011) ggo 435 34 0 0 0 0 0 0 2 0 4 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 13 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 0
Heterocephalus glaber (Naked mole-rat Jan. 2012 Broad HetGla_female_1.0/hetGla2) hgl 367 22 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0
Homo sapiens (hg38 - GRCh38 Dec 2013) hsa 622 34 0 0 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 5 0
Latimeria chalumnae (Coelacanth Aug. 2011 Broad/latCha1) lcm 373 21 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 0
Leishmania major lma 82 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Loxodonta africana (elephant) (Broad/July 2009) lav 2002 60 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 17 0
Macaca mulatta (Rhesus Oct. 2010 BGI CR_1.0/rheMac3) mcc 458 34 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
Macropus eugenii (Wallaby Sep. 2009 TWGS Meug_1.1/macEug2) meu* 353 26 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Medicago truncatula (March 2009 Version 3.0) mtr 582 40 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 13 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0
Meleagris gallopavo (turkey) (TGC Turkey_2.01 Dec 2009) mgp 155 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Melopsittacus undulatus (Budgerigar Sep. 2011 WUSTL v6.3/melUnd1) mun* 191 12 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Microcebus murinus (Mouse lemur) (Jun 2003) mmr* 258 18 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Monodelphis domestica (opossum) (Broad Oct 2006) mdo 481 30 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Mus musculus (mm10 Dec 2011) mmu 469 25 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 4 0
Mustela putorius furo (Ferret Apr. 2011 MusPutFur1.0/musFur1) mpu* 749 66 1 1 25 1 0 0 0 0 8 0 1 0 5 0 0 0 2 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Myotis lucifugus (Microbat Jul. 2010 Broad Institute Myoluc2.0/myoLuc2) mlu* 252 21 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Nomascus leucogenys (Gibbon Oct. 2012 GGSC Nleu3.0/nomLeu3) nle 421 31 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1
Ochotona princeps (Pika May 2012 OchPri3.0/ochPri3) opr* 338 22 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Oreochromis niloticus (Nile tilapia Jan. 2011 Broad oreNil1.1/oreNil2) oni* 674 76 0 0 0 0 0 0 0 2 22 0 0 0 24 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Ornithorhynchus anatinus (platypus) (WUGSC 5.0.1 Mar 2007) oaa 856 54 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 1 10 0
Oryctolagus cuniculus (rabbit) (Broad Apr 2009) ocu 506 27 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Oryza sativa osa 738 36 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 1 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0
Otolemur garnettii (Bushbaby Mar. 2011 Broad/otoGar3) oga* 326 41 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 10 9 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1
Ovis aries (sheep) (Feb 2010) oas 1176 29 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Pan troglodytes (Chimp Feb. 2011 CSAC 2.1.4/panTro4) ptr 503 34 0 0 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 13 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0
Papio anubis (Baboon Mar. 2012 Baylor Panu_2.0/papAnu2) pan* 476 35 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
Papio hamadryas (baboon) (Nov 2008) pha* 411 31 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0
Petromyzon marinus (Lamprey Sep. 2010 WUGSC 7.0/petMar2) pma* 2485 133 6 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 9 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0
Physcomitrella patens ppp 418 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Plasmodium falciparum pfa 35 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pongo pygmaeus abelii (Orangutan July 2007 WUGSC 2.0.2/ponAbe2) ppy* 517 40 0 0 0 0 0 0 1 0 7 0 0 0 6 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 5 0
Populus trichocarpa (Jan 2010 Version 2.0) pop 618 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6
Rattus norvegicus (rn5 Mar 2012) rno 407 15 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Saimiri boliviensis (Squirrel monkey Oct. 2011 Broad/saiBol1) sbq 334 26 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil Feb. 2011 WTSI Devil_ref v7.0/sarHar1) shr 446 22 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Sorex araneus (Shrew Aug. 2008 Broad/sorAra2) san* 374 25 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 9 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0
Sorghum bicolor (Version 1.0) sbi 578 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Spermophilus tridecemlineatus (Squirrel Nov. 2011 Broad/speTri2) str* 804 24 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0
Strongylocentrotus purpuratus (Sea urchin) spu 1065 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Sus scrofa (Pig Aug. 2011 SGSC Sscrofa10.2/susScr3) ssc 807 56 0 1 0 1 0 0 0 0 6 1 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0
Taeniopygia guttata (Zebra finch Feb. 2013 WashU taeGut324/taeGut2) tgu 230 18 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
Takifugu rubripes (Fugu Oct. 2011 FUGU5/fr3) tru 575 43 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0
Tarsius syrichta (Tarsier Sep. 2013 Tarsius_syrichta-2.0.1/tarSyr2) tsy* 455 114 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 60 0 0 1 26 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0
Tetraodon nigroviridis (tetraodon) (Genoscope 8.0 Mar 2007) tng 540 58 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 11 0 3 0 20 0 0 0 0 0 0 1 0 7 0
Trichechus manatus latirostris (Manatee Oct. 2011 Broad v1.0/triMan1) tma* 2017 41 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0
Tursiops truncatus (Dolphin Oct. 2011 Baylor Ttru_1.4/turTru2) ttr* 5845 47 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 7 1 1 0 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0
Vitis vinifera (Grapevine 12X) vvi 499 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 11 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
Xenopus tropicalis (frog) (JGI 4.2 Nov 2009) xtr 2639 275 0 0 0 0 0 0 0 0 103 0 0 0 43 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 105 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 19 0
Zea mays (Version 5b.60) zma 1198 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
 
total 54 8 321 4 5 0 7 10 469 9 14 2 454 14 149 5 148 11 17 6 50 5 11 18 131 3 4 0 2 1 7 45 28 18 13 4 2 1 4 4 21 7 15 4 5 0 6 3 8 1239 13 24 13 23 2 2 3 14 5 2 18 2 400 11
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
zéros 71 74 72 75 76 79 73 72 21 73 74 77 10 74 68 76 71 70 71 76 72 76 75 73 72 76 77 79 77 78 72 69 71 77 73 76 77 78 75 75 70 75 72 76 74 79 73 77 76 0 69 62 70 75 78 77 77 69 75 77 71 77 14 74
79−zéros 8 5 7 4 3 0 6 7 58 6 5 2 69 5 11 3 8 9 8 3 7 3 4 6 7 3 2 0 2 1 7 10 8 2 6 3 2 1 4 4 9 4 7 3 5 0 6 2 3 79 10 17 9 4 1 2 2 10 4 2 8 2 65 5
 
Danio rerio (Zebrafish) (Zv8 Apr 2009) dre aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
intron 813 3 247 61 2 1 7 8 4 1 2 3 2 225 4 8 234 1
tRNAs 12258 525 1,045 953 24 290 10 66 359 252 424 104 14 75 10 522 258 105 387 266 10 205 2 180 315 107 24 59 203 244 4 300 270 225 150 245 1 368 4 112 92 47 836 268 11 230 6 227 232 0 236 0 5 209 2 80 336 14 136 44 9 73 197 241 10

Tableaux des duplications

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  • C'est le format 2 issu des tableaux des effectifs. Il y a 3 processus en cours, celui qui, à partir d'une séquence donnée initiale, donne des duplicata différents qui à leur tour, par un 2ème processus, produisent des doublons (séquence identique au duplicata). Le 1er processus concerne les duplicata et son effectif est donc diff-1. Le 2ème processus est la somme des séquences identiques à chaque duplicata donné et donc son effectif est tot-diff. Le 3ème processus est la genèse ou non d'une 1ère séquence, son effectif est l'unité. Les tableaux des duplications qui suivent représentent les duplications réelles, à séquence identique à un codon initial nommées double=tot-diff (ce sont des doublons qui ne sont pas identiques entre eux), ou à séquences différentes nommées par le nom du gène du codon (aaa en minuscule) ou bien dif=diff-1 issues d'un 1er codon.

Tableaux des codons, corrélations et indice double

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  • voir méthode

E79-Codons. Correlations et indices des doublons

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79 eucaryotes: Codons, corrélation et indice des doublons
E79 Lys Asn Lys Asn Thr Thr Thr Thr Arg Ser Arg Ser Ile Ile Met Ile Gln His Gln His Pro Pro Pro Pro Arg Arg Arg Arg Leu Leu Leu Leu Glu Asp Glu Asp Ala Ala Ala Ala Gly Gly Gly Gly Val Val Val Val Stp Tyr Stp Tyr Ser Ser Ser Ser SeC Cys Trp Cys Leu Phe Leu Phe
TTT GTT CTT ATT TGT GGT CGT AGT TCT GCT CCT ACT TAT GAT CAT AAT TTG GTG CTG ATG TGG GGG CGG AGG TCG GCG CCG ACG TAG GAG CAG AAG TTC GTC CTC ATC TGC GGC CGC AGC TCC GCC CCC ACC TAC GAC CAC AAC TTA GTA CTA ATA TGA GGA CGA AGA TCA GCA CCA ACA TAA GAA CAA AAA
double aaa double aac double aag double aat double aca double acc double acg double act double aga double agc double agg double agt double ata double atc double atg double att double caa double cac double cag double cat double cca double ccc double ccg double cct double cga double cgc double cgg double cgt double cta double ctc double ctg double ctt double gaa double gac double gag double gat double gca double gcc double gcg double gct double gga double ggc double ggg double ggt double gta double gtc double gtg double gtt double taa double tac double tag double tat double tca double tcc double tcg double tct double tga double tgc double tgg double tgt double tta double ttc double ttg double ttt
acs 2 2 6 3 3 2 0 − 1 1 0 − 0 0 1 2 0 2 2 2 0 2 0 − 0 0 0 − 4 7 4 1 0 2 3 1 2 2 0 − 2 0 0 0 1 0 2 0 0 2 0 − 0 0 2 1 0 2 0 − 2 1 2 1 5 1 6 1 1 3 0 − 0 5 0 − 0 2 6 5 5 2 5 1 1 0 0 − 0 1 0 − 2 0 2 2 0 − 0 5 0 − 0 − 0 0 0 − 0 1 4 0 0 0 8 3 3 3 0 − 0 1 4 0 1 0 0 −
aga 3 4 10 1 15 1 0 − 1 0 0 − 3 2 7 0 0 1 4 1 0 1 0 − 0 1 0 − 13 4 10 1 2 1 16 4 5 5 0 − 6 1 0 − 7 5 2 4 4 3 0 − 0 − 9 0 1 1 0 − 8 1 3 1 8 2 18 1 12 2 0 − 1 1 0 − 4 1 13 3 7 0 14 0 0 − 0 − 2 0 0 − 21 7 24 6 0 0 1 20 0 − 0 − 1 0 0 − 7 0 4 1 0 − 4 0 5 0 0 − 1 4 8 0 0 3 0 −
aml 5 49 10 17 12 759 0 5 1 7 0 − 0 9 4 5 0 16 3 9 1 43 0 1 0 5 0 − 11 12 7 4 1 41 7 0 4 20 0 − 3 7 0 − 3 1 7 1 2 81 0 0 2 4 5 2 0 4 0 − 2 4 2 4 4 6 5 5 3 33 0 0 2 6 0 − 1 3 3 13 3 3 8 1 2 4 0 − 0 6 0 − 7 1 8 1 0 0 1 9 0 9 0 − 0 5 0 − 0 3 6 3 0 1 13 11 3 6 0 − 1 3 8 2 2 6 0 −
ath 10 5 10 8 14 4 0 − 4 4 0 0 2 3 7 2 1 8 7 8 4 3 0 − 3 1 1 0 16 15 15 1 6 3 6 5 4 4 0 − 41 5 0 − 2 2 11 4 4 1 0 − 1 2 4 6 6 4 0 0 2 0 9 2 7 8 21 7 9 3 0 − 7 2 0 − 4 2 13 2 11 1 16 8 4 0 0 − 4 2 1 0 6 1 12 2 0 0 50 32 0 − 0 − 6 5 1 1 3 3 26 10 0 − 4 13 11 4 0 − 3 2 16 4 6 5 0 −
bacu 4 81 17 6 5 23 0 − 1 6 0 − 0 3 4 8 0 54 3 9 0 66 0 − 0 7 0 0 8 12 6 5 2 7 7 3 4 15 0 − 2 2 0 − 2 1 5 1 1 7 0 − 1 19 3 5 0 3 0 − 3 3 4 1 47 2320 7 37 21 446 1 18 0 41 0 − 1 18 2 17 25 961 13 50 103 2044 1 10 0 17 0 0 8 23 5 8 0 23 0 13 0 8 0 − 0 4 0 0 0 3 3 6 0 16 5 18 13 242 0 1 1 11 4 8 0 7 0 −
bdi 3 8 10 5 16 1 0 − 2 7 2 0 2 3 2 6 2 6 12 5 4 5 0 − 1 2 0 1 25 30 13 6 7 7 14 6 8 2 0 2 8 9 0 − 5 2 11 3 4 0 0 0 2 3 12 3 6 3 0 − 7 0 7 6 8 6 21 4 16 2 0 − 7 5 0 − 9 1 16 2 6 2 19 8 8 0 0 − 2 2 2 1 8 2 11 4 0 − 3 13 0 − 0 0 5 4 1 2 4 0 8 2 0 − 6 8 12 5 0 − 2 1 13 4 9 6 0 −
bta 10 67 16 13 15 24 0 − 2 7 0 0 0 6 4 9 0 43 8 10 2 113 0 3 0 7 0 − 16 18 14 3 2 17 14 4 8 31 0 3 6 2 0 − 3 0 11 1 1 10 0 6 3 12 7 5 0 4 0 − 3 2 6 4 11 423 9 32 3 160 0 5 4 30 0 1 2 13 12 18 6 384 8 54 29 1265 0 19 2 18 0 − 12 26 7 12 0 3 1 37 0 12 0 10 0 6 4 27 0 6 8 4 0 28 25 312 5 172 9 133 0 9 12 17 0 13 0 5
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rno 0 0 8 6 10 8 0 − 1 3 0 − 0 3 2 6 0 5 5 6 2 5 0 0 0 2 0 − 7 5 5 6 1 4 9 0 4 5 0 − 4 1 0 − 2 0 10 22 1 3 0 − 0 2 3 2 0 0 0 − 2 2 0 0 5 4 12 2 5 2 1 0 3 5 0 1 0 3 5 30 6 2 7 3 1 3 0 − 1 1 0 − 2 4 3 4 0 − 0 1 0 − 0 − 0 3 0 − 0 2 2 8 0 0 26 13 1 6 0 − 0 2 4 3 0 − 0 0
san 5 2 8 3 6 6 0 − 0 4 0 − 0 4 2 5 0 5 4 3 2 3 0 − 0 4 0 − 7 7 7 7 2 2 6 0 4 2 0 − 2 3 0 − 1 0 7 0 0 4 0 − 1 1 4 4 0 1 0 0 3 9 4 1 1 8 9 9 9 4 0 − 1 6 0 − 1 1 2 7 5 6 11 10 1 0 0 − 0 4 0 − 3 3 5 1 0 − 0 8 0 0 0 − 0 2 0 − 0 3 4 3 0 1 13 11 1 4 0 − 0 3 5 4 0 3 0 −
sbi 3 7 9 6 15 6 0 0 4 7 0 1 3 2 3 8 2 5 7 5 7 2 0 − 1 3 0 − 9 29 14 2 3 7 8 6 5 7 0 1 6 4 0 1 4 3 9 4 3 0 0 − 4 2 11 3 3 5 0 − 7 3 11 3 8 4 20 3 17 8 0 1 8 4 4 6 9 1 14 12 7 2 18 5 4 1 0 − 2 1 0 2 8 2 9 6 0 0 0 13 0 1 0 0 7 5 0 2 4 5 8 2 0 0 6 6 10 2 0 − 0 3 16 4 4 4 0 −
sbq 4 13 5 6 3 6 0 − 1 5 0 − 0 4 2 6 0 5 3 3 1 3 0 − 0 5 0 0 8 6 6 4 0 7 5 3 3 7 0 − 2 2 0 − 3 0 5 3 0 3 0 − 1 1 4 1 0 3 0 − 2 2 4 2 4 16 6 4 3 6 0 0 1 6 0 − 1 3 3 11 2 3 7 4 0 3 0 − 1 3 0 0 2 5 2 3 0 0 0 14 0 − 0 1 1 4 0 0 0 2 6 2 0 2 10 10 1 6 0 0 0 8 5 4 0 6 0 −
shr 8 5 12 0 9 22 0 − 4 2 0 − 0 1 4 4 0 4 6 1 1 2 0 − 0 3 0 − 14 7 10 0 16 28 8 0 7 2 0 − 5 0 0 − 2 0 8 1 2 2 0 − 0 2 0 3 0 3 0 − 5 3 6 2 10 4 12 6 8 1 0 − 3 3 0 − 2 1 10 7 6 2 16 2 3 2 0 − 1 2 0 − 6 3 7 0 0 1 1 9 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 7 2 0 1 2 5 3 4 0 − 0 5 6 6 0 2 0 −
spu 37 19 30 8 30 11 0 − 11 9 0 − 4 4 14 12 9 8 14 2 7 11 17 8 6 15 0 1 43 29 57 11 10 6 17 8 10 10 0 − 15 5 0 − 4 4 14 4 9 9 0 − 0 0 20 8 2 5 0 − 2 2 5 12 18 7 62 19 19 9 0 − 10 6 0 − 4 2 21 10 19 13 26 15 1 2 0 − 5 5 0 − 0 − 17 2 0 0 7 16 0 − 0 − 6 8 0 − 1 4 0 − 0 − 20 10 5 12 0 − 5 8 0 − 6 11 0 1
ssc 15 22 10 7 7 8 0 1 3 4 0 − 0 3 6 6 1 5 6 3 0 3 0 − 1 3 0 − 12 10 12 0 3 5 7 2 4 7 0 − 2 1 0 − 2 0 8 0 2 2 0 − 2 0 5 1 2 2 0 − 3 1 5 2 30 204 14 82 5 7 1 8 2 11 0 − 1 5 5 17 2 7 9 9 2 3 0 − 2 8 0 0 7 4 4 5 0 0 3 13 0 − 0 − 0 4 0 − 0 3 6 3 0 − 10 12 3 3 0 0 0 3 11 9 1 4 0 −
str 5 4 7 1 7 4 0 0 2 3 0 4 0 6 2 31 0 4 2 4 1 4 0 − 0 3 0 5 7 6 6 7 2 1 4 1 4 1 0 − 2 4 0 0 2 0 7 4 0 4 0 − 0 2 3 2 0 2 0 − 2 1 3 2 2 2 5 2 3 3 0 5 0 38 1 29 1 16 4 251 2 2 7 5 1 18 0 6 1 3 0 2 3 35 4 13 0 − 0 8 0 − 0 − 0 6 0 0 0 5 6 8 0 0 29 18 3 3 0 − 0 2 6 3 0 9 0 0
tgu 3 0 3 4 1 4 0 2 1 2 0 4 0 1 2 5 0 3 2 2 0 1 1 1 0 0 0 4 2 2 5 34 0 1 2 2 4 1 0 − 0 0 0 − 1 0 3 2 0 2 0 − 0 − 2 3 0 0 0 − 3 3 0 1 0 1 3 3 1 1 0 − 2 4 0 − 0 2 8 9 4 2 7 4 0 3 0 0 0 1 0 1 0 0 1 7 0 − 3 9 0 − 0 − 0 3 0 − 0 0 2 0 0 0 5 3 0 2 0 0 1 2 6 3 0 3 0 1
tma 5 25 5 17 7 8 0 0 1 16 0 0 0 3 1 14 1 121 2 33 0 12 0 4 0 7 0 0 7 13 5 7 2 5 7 4 4 5 0 − 3 4 0 − 2 0 7 3 0 11 0 − 1 5 3 4 0 4 0 − 1 3 3 4 2 111 4 10 0 18 0 0 3 36 0 0 1 4 4 15 5 1067 5 17 2 87 0 8 0 25 0 − 3 12 3 7 0 1 0 14 0 − 0 0 0 5 0 − 1 2 4 9 0 17 2 19 2 10 0 4 0 5 3 7 0 9 0 0
tng 4 10 6 10 10 10 0 − 3 8 0 − 3 9 9 16 0 9 5 5 6 4 0 0 0 4 0 − 8 11 8 9 4 4 4 7 13 4 0 − 4 9 0 0 1 3 4 8 0 6 0 0 0 1 10 3 0 5 0 − 18 18 2 12 3 12 6 12 8 4 0 − 2 8 0 − 0 3 7 12 5 10 5 8 1 4 0 − 1 2 0 − 7 8 3 6 0 − 2 10 0 − 0 3 0 8 5 17 1 1 5 8 0 0 7 7 5 6 0 − 1 3 9 9 0 11 0 0
tru 7 12 10 12 13 6 0 − 1 5 0 − 1 6 7 10 1 11 6 12 5 4 0 − 0 5 0 − 24 11 9 2 3 6 10 8 8 5 0 1 4 4 0 − 2 3 7 2 0 6 0 0 0 3 13 2 0 3 0 − 14 6 3 7 4 8 18 5 14 6 0 0 3 4 0 − 0 5 7 4 7 4 15 2 1 2 0 − 2 6 0 − 16 12 8 10 0 − 1 13 0 − 0 0 0 7 0 − 0 4 5 5 0 0 5 9 7 9 0 − 0 6 10 12 0 9 0 0
tsy 4 5 6 8 0 6 0 0 0 3 0 − 0 3 2 6 0 5 2 6 0 3 0 − 0 3 0 − 7 4 5 2 13 50 5 4 3 2 0 0 0 31 0 0 1 2 5 1 0 4 0 − 1 1 3 2 1 3 0 − 3 3 3 2 2 6 6 6 3 6 0 0 0 3 0 − 1 1 2 9 2 3 9 4 1 5 0 − 1 2 0 − 2 3 1 4 0 2 0 9 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 3 3 0 0 6 18 2 3 0 0 29 12 1 4 0 3 0 −
ttr 4 69 7 5 3 15 0 − 1 4 0 0 0 2 2 6 0 47 3 7 1 52 0 − 0 4 0 − 6 10 5 5 4 11 4 4 7 7 0 − 2 2 0 − 2 1 4 2 0 6 0 0 0 11 2 4 0 3 0 − 1 4 5 0 29 1871 5 43 8 386 0 9 0 35 0 1 1 19 5 13 19 813 6 36 70 1695 1 17 0 15 0 2 3 18 1 6 0 19 1 16 0 7 0 0 0 5 0 − 0 3 3 8 0 20 2 19 9 207 1 4 0 5 4 7 0 6 0 −
vvi 5 5 7 13 5 10 0 0 2 5 0 1 1 1 4 5 3 2 7 1 4 3 0 − 3 5 0 1 6 19 9 5 3 6 5 8 3 7 0 0 8 7 0 − 1 2 9 5 3 2 0 − 0 5 1 9 4 6 0 − 4 2 5 4 5 9 11 11 12 13 0 2 16 20 0 − 3 1 9 1 7 11 11 5 3 2 0 − 1 3 0 0 6 4 8 6 0 0 0 18 0 − 0 3 5 2 0 0 2 0 4 8 0 0 5 5 9 0 0 0 2 6 11 11 4 9 0 1
xtr 51 20 28 18 74 22 0 0 48 42 0 − 15 13 76 74 52 52 40 58 18 8 0 − 26 24 0 4 99 38 45 17 20 7 24 17 30 9 0 0 36 16 0 0 19 16 42 17 25 7 0 2 2 5 20 12 15 9 1 0 17 14 20 17 60 23 46 12 32 18 0 − 29 17 0 − 15 20 50 16 53 26 70 14 70 34 0 − 17 18 0 − 25 27 36 18 0 1 59 47 0 0 0 − 22 18 1 1 13 9 23 16 0 0 46 45 21 11 0 1 11 34 40 17 6 15 0 1
zma 14 67 31 17 36 90 0 − 8 5 8 4 4 1 7 12 3 5 10 3 5 5 0 − 1 3 0 − 31 47 32 36 8 13 18 7 6 6 0 0 13 17 0 − 5 3 11 3 3 3 0 − 3 2 25 9 4 4 0 − 10 2 19 9 12 9 30 11 16 13 0 0 8 6 0 − 11 10 34 31 8 2 30 2 9 1 0 − 2 1 11 0 13 2 11 10 0 − 3 17 0 3 0 − 6 4 10 11 3 2 8 4 0 − 10 14 20 6 0 0 2 2 17 7 12 7 0 0
corrélation 0.19 0.70 -0.01 0.95 0.78 0.49 0.19 0.79 0.19 0.53 -0.01 0.78 0.54 -0.08 0.65 0.43 0.03 0.46 0.49 #DIV/0 ! 0.16 -0.10 0.30 0.45 0.06 -0.15 0.23 0.62 0.29 -0.13 0.70 0.69 0.53 0.39 0.20 0.59 1.00 0.61 0.90 0.06 0.10 0.10 0.83 0.41 0.82 0.06 0.51 0.75 0.60 0.51 -0.13 #DIV/0 ! 0.36 0.80 0.15 0.41 0.00 0.26 0.15 0.99 0.35 0.40 0.36 0.42
total 318 481 942 767 950 3242 5 75 295 595 25 39 118 414 477 646 193 899 443 554 212 745 25 37 153 395 6 41 1387 1152 850 539 360 1357 631 319 515 608 0 14 531 444 1 10 211 154 650 252 241 1618 2 18 84 214 543 299 122 288 1 1 368 338 491 366 601 5711 1070 715 697 2075 3 58 3200 3735 8 218 308 4099 822 1240 682 4374 916 569 444 6146 2 97 148 503 27 35 494 2030 594 480 5 126 307 1078 1 81 0 36 178 403 42 100 134 269 506 337 7 167 887 1309 430 1077 10 175 97 416 645 472 114 465 1 23
Indice doublons 0.66 1.23 0.29 0.07 0.50 0.64 0.29 0.74 0.21 0.80 0.28 0.68 0.39 0.15 1.20 1.58 0.27 1.98 0.85 0.00 1.20 0.10 1.37 2.58 0.15 0.11 0.39 1.82 0.42 1.00 1.09 1.34 0.11 1.50 0.34 0.05 0.86 0.04 0.08 0.66 0.16 1.61 0.07 0.02 0.29 0.77 0.24 1.24 0.04 0.28 0.01 0.00 0.44 0.42 0.50 1.50 0.04 0.68 0.40 0.06 0.23 1.37 0.25 0.04
double aaa double aac double aag double aat double aca double acc double acg double act double aga double agc double agg double agt double ata double atc double atg double att double caa double cac double cag double cat double cca double ccc double ccg double cct double cga double cgc double cgg double cgt double cta double ctc double ctg double ctt double gaa double gac double gag double gat double gca double gcc double gcg double gct double gga double ggc double ggg double ggt double gta double gtc double gtg double gtt double taa double tac double tag double tat double tca double tcc double tcg double tct double tga double tgc double tgg double tgt double tta double ttc double ttg double ttt
dre 275 249 575 469 490 462 9 14 151 138 0 − 24 41 177 181 113 138 161 262 75 28 3 10 22 52 1 8 348 173 129 128 59 45 224 162 143 122 0 − 108 96 4 7 89 90 177 137 57 49 17 6 24 34 147 55 110 133 2 1 161 138 124 145 128 96 107 42 158 86 4 6 265 102 1 2 86 25 66 25 24 22 391 444 87 180 0 10 171 58 2 3 131 95 146 85 1 4 136 99 3 5 1 3 92 116 0 1 36 43 160 175 2 11 98 37 22 21 0 8 19 53 110 86 123 117 0 9
E79 Repérage des effectifs supérieurs à 49
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  • Lien au tableur: E79 Repérage des effectifs supérieurs à 49
  • Méthode: Recherche dans calc, des cellules du tableau des corrélations et indices de doublons, contenant un nombre inférieur à 40 (ou bien le caractère −); les colorer. Avec la fonction concat() de calc les cellules non colorées ont leur nombre préfixé par * astérisque. Avec toujours la même fonction les codons faibles xyc/t, taa, tag et tga à effectif supérieur à 6 est préfixé par &. Ces préfixes aident à les changer sous writer en bgcolor="#xxxxxx"|.
  • Légende:
    aaa1, aaa2, respectivement doublons et gènes différents des gènes tRNAs du codon aaa
    Rouge pour effectif supérieur à 49, Sauf pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga.
    Cyan pour effectif supérieur à 39, Sauf pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga. Après le changement d'astérisque en rouge (bgcolor="#ff3300"|) rechercher (bgcolor="#ff3300"|4) et le remplacer par (bgcolor="#66ffff"|4). Cependant il faut rechercher 3 effectifs supérieurs à 400 et leur réattribuer le rouge.
    Jaune pour les codons faibles xyc/t, taa, tag, tga dont l'effectif est supérieur à 6.
    Som− pour somme des tirets qui correspondent au nombre −1 pour les codons à effectif nul lors des décomptes directs( colonne diff et tot). Ce qui permet de calculer ici la ligne diff.
    db,diff: db pour doublon et diff pour différent, tout 2 issus des décomptes directs. diff est calculé ici comme suite: total de la colonne + 79 − "Som−".
    total total des codons correspondant au "tot" du décompte direct, db+diff.
    db+dif: somme de db et des "diff−1", soit la somme des 2 colonnes aa1 et aa2, ou bien, total - 79 + "Som−".
Total des génomes par codon
Duplications des gènes de tRNAs E79-codons. Repérage des effectifs supérieurs à 49.
KEGG aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
acs 2 2 6 3 3 2 0 − 1 1 0 − 0 0 1 2 0 2 2 2 0 2 0 − 0 0 0 − 4 7 4 1 0 2 3 1 2 2 0 − 2 0 0 0 1 0 2 0 0 2 0 − 0 0 2 1 0 2 0 − 2 1 2 1 5 1 6 1 1 3 0 − 0 5 0 − 0 2 6 5 5 2 5 1 1 0 0 − 0 1 0 − 2 0 2 2 0 − 0 5 0 − 0 − 0 0 0 − 0 1 4 0 0 0 8 3 3 3 0 − 0 1 4 0 1 0 0 −
aga 3 4 10 1 15 1 0 − 1 0 0 − 3 2 7 0 0 1 4 1 0 1 0 − 0 1 0 − 13 4 10 1 2 1 16 4 5 5 0 − 6 1 0 − 7 5 2 4 4 3 0 − 0 − 9 0 1 1 0 − 8 1 3 1 8 2 18 1 12 2 0 − 1 1 0 − 4 1 13 3 7 0 14 0 0 − 0 − 2 0 0 − 21 7 24 6 0 0 1 20 0 − 0 − 1 0 0 − 7 0 4 1 0 − 4 0 5 0 0 − 1 4 8 0 0 3 0 −
aml 5 49 10 17 12 759 0 5 1 7 0 − 0 9 4 5 0 16 3 9 1 43 0 1 0 5 0 − 11 12 7 4 1 41 7 0 4 20 0 − 3 7 0 − 3 1 7 1 2 81 0 0 2 4 5 2 0 4 0 − 2 4 2 4 4 6 5 5 3 33 0 0 2 6 0 − 1 3 3 13 3 3 8 1 2 4 0 − 0 6 0 − 7 1 8 1 0 0 1 9 0 9 0 − 0 5 0 − 0 3 6 3 0 1 13 11 3 6 0 − 1 3 8 2 2 6 0 −
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pop 13 4 11 12 15 1 0 − 5 5 0 − 2 1 2 4 5 5 10 5 7 3 0 0 6 2 0 0 18 7 14 5 10 0 9 3 4 6 0 − 13 9 0 − 2 1 12 1 5 1 0 − 1 4 4 7 0 − 0 0 5 1 13 35 13 0 29 4 13 7 0 − 13 7 0 − 2 2 18 1 10 6 21 4 6 0 0 − 5 2 0 − 6 4 13 3 0 0 2 15 0 − 0 − 4 4 0 0 1 3 8 5 0 0 8 5 12 1 0 0 1 5 15 2 0 2 1 4
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ppy 8 14 11 29 8 18 1 0 0 3 0 − 0 6 4 7 2 5 4 3 2 6 0 − 0 5 3 2 9 12 7 8 0 12 7 3 4 19 0 − 3 5 0 0 3 1 8 2 1 4 0 − 4 2 4 2 0 2 0 0 3 7 6 9 9 14 7 5 5 5 0 0 2 6 0 0 1 2 3 18 3 4 8 5 2 10 0 − 2 4 0 0 7 10 4 5 0 0 1 27 0 1 0 1 0 7 0 1 1 4 3 7 0 2 9 24 1 8 0 − 0 7 5 12 0 6 0 −
ptr 6 13 9 23 8 17 0 1 1 4 0 − 0 5 2 7 0 5 3 5 1 3 0 2 0 4 0 2 9 13 6 10 3 16 8 1 7 13 0 − 4 5 0 0 3 1 4 6 0 5 0 0 2 2 5 1 0 3 0 0 2 6 5 5 6 11 7 9 6 6 0 0 1 8 0 0 0 4 5 25 2 4 6 6 2 13 0 − 0 9 0 0 4 9 6 4 0 1 2 28 0 3 0 4 0 8 1 2 0 3 6 5 0 1 9 23 3 4 0 0 2 8 5 10 0 6 0 −
rno 0 0 8 6 10 8 0 − 1 3 0 − 0 3 2 6 0 5 5 6 2 5 0 0 0 2 0 − 7 5 5 6 1 4 9 0 4 5 0 − 4 1 0 − 2 0 10 22 1 3 0 − 0 2 3 2 0 0 0 − 2 2 0 0 5 4 12 2 5 2 1 0 3 5 0 1 0 3 5 30 6 2 7 3 1 3 0 − 1 1 0 − 2 4 3 4 0 − 0 1 0 − 0 − 0 3 0 − 0 2 2 8 0 0 26 13 1 6 0 − 0 2 4 3 0 − 0 0
san 5 2 8 3 6 6 0 − 0 4 0 − 0 4 2 5 0 5 4 3 2 3 0 − 0 4 0 − 7 7 7 7 2 2 6 0 4 2 0 − 2 3 0 − 1 0 7 0 0 4 0 − 1 1 4 4 0 1 0 0 3 9 4 1 1 8 9 9 9 4 0 − 1 6 0 − 1 1 2 7 5 6 11 10 1 0 0 − 0 4 0 − 3 3 5 1 0 − 0 8 0 0 0 − 0 2 0 − 0 3 4 3 0 1 13 11 1 4 0 − 0 3 5 4 0 3 0 −
sbi 3 7 9 6 15 6 0 0 4 7 0 1 3 2 3 8 2 5 7 5 7 2 0 − 1 3 0 − 9 29 14 2 3 7 8 6 5 7 0 1 6 4 0 1 4 3 9 4 3 0 0 − 4 2 11 3 3 5 0 − 7 3 11 3 8 4 20 3 17 8 0 1 8 4 4 6 9 1 14 12 7 2 18 5 4 1 0 − 2 1 0 2 8 2 9 6 0 0 0 13 0 1 0 0 7 5 0 2 4 5 8 2 0 0 6 6 10 2 0 − 0 3 16 4 4 4 0 −
sbq 4 13 5 6 3 6 0 − 1 5 0 − 0 4 2 6 0 5 3 3 1 3 0 − 0 5 0 0 8 6 6 4 0 7 5 3 3 7 0 − 2 2 0 − 3 0 5 3 0 3 0 − 1 1 4 1 0 3 0 − 2 2 4 2 4 16 6 4 3 6 0 0 1 6 0 − 1 3 3 11 2 3 7 4 0 3 0 − 1 3 0 0 2 5 2 3 0 0 0 14 0 − 0 1 1 4 0 0 0 2 6 2 0 2 10 10 1 6 0 0 0 8 5 4 0 6 0 −
shr 8 5 12 0 9 22 0 − 4 2 0 − 0 1 4 4 0 4 6 1 1 2 0 − 0 3 0 − 14 7 10 0 16 28 8 0 7 2 0 − 5 0 0 − 2 0 8 1 2 2 0 − 0 2 0 3 0 3 0 − 5 3 6 2 10 4 12 6 8 1 0 − 3 3 0 − 2 1 10 7 6 2 16 2 3 2 0 − 1 2 0 − 6 3 7 0 0 1 1 9 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 7 2 0 1 2 5 3 4 0 − 0 5 6 6 0 2 0 −
spu 37 19 30 8 30 11 0 − 11 9 0 − 4 4 14 12 9 8 14 2 7 11 17 8 6 15 0 1 43 29 57 11 10 6 17 8 10 10 0 − 15 5 0 − 4 4 14 4 9 9 0 − 0 0 20 8 2 5 0 − 2 2 5 12 18 7 62 19 19 9 0 − 10 6 0 − 4 2 21 10 19 13 26 15 1 2 0 − 5 5 0 − 0 − 17 2 0 0 7 16 0 − 0 − 6 8 0 − 1 4 0 − 0 − 20 10 5 12 0 − 5 8 0 − 6 11 0 1
ssc 15 22 10 7 7 8 0 1 3 4 0 − 0 3 6 6 1 5 6 3 0 3 0 − 1 3 0 − 12 10 12 0 3 5 7 2 4 7 0 − 2 1 0 − 2 0 8 0 2 2 0 − 2 0 5 1 2 2 0 − 3 1 5 2 30 204 14 82 5 7 1 8 2 11 0 − 1 5 5 17 2 7 9 9 2 3 0 − 2 8 0 0 7 4 4 5 0 0 3 13 0 − 0 − 0 4 0 − 0 3 6 3 0 − 10 12 3 3 0 0 0 3 11 9 1 4 0 −
str 5 4 7 1 7 4 0 0 2 3 0 4 0 6 2 31 0 4 2 4 1 4 0 − 0 3 0 5 7 6 6 7 2 1 4 1 4 1 0 − 2 4 0 0 2 0 7 4 0 4 0 − 0 2 3 2 0 2 0 − 2 1 3 2 2 2 5 2 3 3 0 5 0 38 1 29 1 16 4 251 2 2 7 5 1 18 0 6 1 3 0 2 3 35 4 13 0 − 0 8 0 − 0 − 0 6 0 0 0 5 6 8 0 0 29 18 3 3 0 − 0 2 6 3 0 9 0 0
tgu 3 0 3 4 1 4 0 2 1 2 0 4 0 1 2 5 0 3 2 2 0 1 1 1 0 0 0 4 2 2 5 34 0 1 2 2 4 1 0 − 0 0 0 − 1 0 3 2 0 2 0 − 0 − 2 3 0 0 0 − 3 3 0 1 0 1 3 3 1 1 0 − 2 4 0 − 0 2 8 9 4 2 7 4 0 3 0 0 0 1 0 1 0 0 1 7 0 − 3 9 0 − 0 − 0 3 0 − 0 0 2 0 0 0 5 3 0 2 0 0 1 2 6 3 0 3 0 1
tma 5 25 5 17 7 8 0 0 1 16 0 0 0 3 1 14 1 121 2 33 0 12 0 4 0 7 0 0 7 13 5 7 2 5 7 4 4 5 0 − 3 4 0 − 2 0 7 3 0 11 0 − 1 5 3 4 0 4 0 − 1 3 3 4 2 111 4 10 0 18 0 0 3 36 0 0 1 4 4 15 5 1067 5 17 2 87 0 8 0 25 0 − 3 12 3 7 0 1 0 14 0 − 0 0 0 5 0 − 1 2 4 9 0 17 2 19 2 10 0 4 0 5 3 7 0 9 0 0
tng 4 10 6 10 10 10 0 − 3 8 0 − 3 9 9 16 0 9 5 5 6 4 0 0 0 4 0 − 8 11 8 9 4 4 4 7 13 4 0 − 4 9 0 0 1 3 4 8 0 6 0 0 0 1 10 3 0 5 0 − 18 18 2 12 3 12 6 12 8 4 0 − 2 8 0 − 0 3 7 12 5 10 5 8 1 4 0 − 1 2 0 − 7 8 3 6 0 − 2 10 0 − 0 3 0 8 5 17 1 1 5 8 0 0 7 7 5 6 0 − 1 3 9 9 0 11 0 0
tru 7 12 10 12 13 6 0 − 1 5 0 − 1 6 7 10 1 11 6 12 5 4 0 − 0 5 0 − 24 11 9 2 3 6 10 8 8 5 0 1 4 4 0 − 2 3 7 2 0 6 0 0 0 3 13 2 0 3 0 − 14 6 3 7 4 8 18 5 14 6 0 0 3 4 0 − 0 5 7 4 7 4 15 2 1 2 0 − 2 6 0 − 16 12 8 10 0 − 1 13 0 − 0 0 0 7 0 − 0 4 5 5 0 0 5 9 7 9 0 − 0 6 10 12 0 9 0 0
tsy 4 5 6 8 0 6 0 0 0 3 0 − 0 3 2 6 0 5 2 6 0 3 0 − 0 3 0 − 7 4 5 2 13 50 5 4 3 2 0 0 0 31 0 0 1 2 5 1 0 4 0 − 1 1 3 2 1 3 0 − 3 3 3 2 2 6 6 6 3 6 0 0 0 3 0 − 1 1 2 9 2 3 9 4 1 5 0 − 1 2 0 − 2 3 1 4 0 2 0 9 0 − 0 − 0 4 0 − 0 2 3 3 0 0 6 18 2 3 0 0 29 12 1 4 0 3 0 −
ttr 4 69 7 5 3 15 0 − 1 4 0 0 0 2 2 6 0 47 3 7 1 52 0 − 0 4 0 − 6 10 5 5 4 11 4 4 7 7 0 − 2 2 0 − 2 1 4 2 0 6 0 0 0 11 2 4 0 3 0 − 1 4 5 0 29 1871 5 43 8 386 0 9 0 35 0 1 1 19 5 13 19 813 6 36 70 1695 1 17 0 15 0 2 3 18 1 6 0 19 1 16 0 7 0 0 0 5 0 − 0 3 3 8 0 20 2 19 9 207 1 4 0 5 4 7 0 6 0 −
vvi 5 5 7 13 5 10 0 0 2 5 0 1 1 1 4 5 3 2 7 1 4 3 0 − 3 5 0 1 6 19 9 5 3 6 5 8 3 7 0 0 8 7 0 − 1 2 9 5 3 2 0 − 0 5 1 9 4 6 0 − 4 2 5 4 5 9 11 11 12 13 0 2 16 20 0 − 3 1 9 1 7 11 11 5 3 2 0 − 1 3 0 0 6 4 8 6 0 0 0 18 0 − 0 3 5 2 0 0 2 0 4 8 0 0 5 5 9 0 0 0 2 6 11 11 4 9 0 1
xtr 51 20 28 18 74 22 0 0 48 42 0 − 15 13 76 74 52 52 40 58 18 8 0 − 26 24 0 4 99 38 45 17 20 7 24 17 30 9 0 0 36 16 0 0 19 16 42 17 25 7 0 2 2 5 20 12 15 9 1 0 17 14 20 17 60 23 46 12 32 18 0 − 29 17 0 − 15 20 50 16 53 26 70 14 70 34 0 − 17 18 0 − 25 27 36 18 0 1 59 47 0 0 0 − 22 18 1 1 13 9 23 16 0 0 46 45 21 11 0 1 11 34 40 17 6 15 0 1
zma 14 67 31 17 36 90 0 − 8 5 8 4 4 1 7 12 3 5 10 3 5 5 0 − 1 3 0 − 31 47 32 36 8 13 18 7 6 6 0 0 13 17 0 − 5 3 11 3 3 3 0 − 3 2 25 9 4 4 0 − 10 2 19 9 12 9 30 11 16 13 0 0 8 6 0 − 11 10 34 31 8 2 30 2 9 1 0 − 2 1 11 0 13 2 11 10 0 − 3 17 0 3 0 − 6 4 10 11 3 2 8 4 0 − 10 14 20 6 0 0 2 2 17 7 12 7 0 0
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
Som− 1 0 1 46 0 56 2 1 0 1 1 61 1 52 0 0 0 1 0 57 0 61 0 0 0 65 8 1 3 70 0 0 0 0 0 44 1 55 0 0 0 1 4 61 0 42 1 0 41 0 53 52 0 52 0 2 16 1 1 48 0 1 1 52
db, diff 589 1168 942 846 950 3320 5 108 295 674 25 62 118 491 477 724 193 978 443 632 212 823 25 55 153 473 6 68 1387 1231 850 618 360 1436 631 397 515 687 0 36 531 523 1 28 211 233 650 331 241 1697 2 32 84 285 543 377 122 364 1 10 368 417 491 445 601 5790 1070 794 697 2154 3 93 3200 3813 8 242 308 4178 822 1319 682 4453 916 647 444 6221 2 115 148 582 27 72 494 2108 594 559 5 164 307 1157 1 107 0 63 178 482 42 127 134 348 506 414 7 230 887 1387 430 1155 10 206 97 495 645 550 114 543 1 50
total 1757 1788 4270 113 969 87 609 1201 1171 1075 1035 80 626 74 2618 1468 1796 1028 1202 36 1054 29 444 981 1938 34 369 920 486 11 785 936 6391 1864 2851 96 7013 250 4486 2141 5135 1563 6665 117 730 99 2602 1153 169 1464 108 63 660 169 482 920 237 2274 1585 216 592 1195 657 51
db+dif 1679 1709 4192 80 890 64 532 1123 1092 997 957 62 548 47 2539 1389 1717 950 1123 14 975 11 365 902 1859 20 298 842 410 2 706 857 6312 1785 2772 61 6935 226 4407 2062 5056 1485 6590 99 651 62 2524 1074 131 1385 82 36 581 142 403 843 174 2196 1507 185 513 1117 579 24
Méthode d'estimation des duplications pour les codons excessifs
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  • Image:Dupication des gènes tRNAs-E79-tri.png
  • Lien au tableur pour cette image: Méthode d'estimation des duplications pour les codons excessifs.
  • Lhypothèse de travail, pour ces 79 eucaryotes, c'est que les duplications décomptées sont la somme de 2 processus, un processus de base, modéré, analogue à celui des champignons et un autre processus qui décuple pour certains codons ces duplications. Comme il n'y a pas de corrélation entre les duplications à l'identique (doublons) et les duplications différentes entre elles (différents, dif, diff), lorsqu'on ne considère que le processus de base (sans les codons excessifs), il est difficile d'attribuer une valeur aléatoire à l'estimation. C'est ce qu'illustre les défauts des estimations en utilisant une courbe de tendance.
    Le diagramme de l'image, en tête de ce chapitre, représente les "différents" en fonction des "doublons" quand les excessifs contiennent des caractères non numériques ( _ ,). Le tableur n'en tient pas compte. La courbe de tendance est supposée passer par l'origine (option du tableur calc), ce qui permet de calculer l'estimation en divisant (différent) ou en multipliant (doublon) par le coefficient de x. Or j'ai obtenu 10 estimations qui égalent ou dépassent le critère d'excessivité que je vais détailler juste après. On peut les vérifier facilement à partir du tableau récapitulatif des estimations où est représentée la pente de la droite. Ainsi on a (cag 51) (cct 38) (cgt 83) (gac 77 112) (gct 60) (gga 45 59) (gta 50) (tgg 46). Par ailleurs l'estimation est impossible, par la méthode des courbes de tendance, quand les 2 coordonnées sont excessives et donc absentes.
  • Critères d'excessivité:
    1. Le 1er critère le plus important d'excessivité est que l'effectif d'un génome devient à peu près le double du précédent, quand on fait un tri croissant d'une colonne "doublon" ou d'une colonne "différent". Cependant je n'utilise ce critère que pour les effectifs supérieurs à 30, considérant que le maximum des champignons de 29 sert de limite pour le processus de base.
    2. Le 2ème critère est une limite statistique, la plupart des décrochages se font aux alentour de 50 et leur nombre est réduit (140 à peut près sur 6952 au total pour 79 génomes et 44 codons forts). Une exception cependant pour atg qui, chez les procaryotes, est 3 fois plus élevé que la moyenne des codons forts ( il est utilisé pour Met Ile et l'initiation) et reste 2 fois plus élevé que les codons forts chez les champignons. Pour atg donc j'utilise le 1er critère au-delà de 50. Le critère 50 est coloré en orange foncé.
    3. Le 3ème critère concerne la plage 30−50. Les effectifs qui décrochent, dans cette plage, sont rares. Je considère que cette plage est une frontière floue où il faut estimer cas par cas. Ainsi si le décrochage se fait entre 40 et 50 et que la somme des 2 effectifs du même codon est inférieure à 60 (double du max des champignons) je considère le processus de type basique, mais si la somme est supérieure alors il est de type excessif. Quand le décrochage se fait dans la plage 30−40 j'ai relevé la somme à 70 pour le considérer de type excessif. J'ai accepté une seule exception, celle de ata à 26, où le décrochage est très fort. Le tableau aga-3 montre le décrochage de l'ordonnée 43 du génome bta par rapport à 25 de celle du génome oni. Les excessifs de cette plage 30−50 sont colorés en cyan.
    4. Les codons faibles, xyc/t et les codons taa tag tga: Ces codons dupliquent très peu, relativement aux autres, mais beaucoup plus que ceux des champignons et présentent des décrochages quelque fois spectaculaires, analogues aux excès des codons forts, par exemple 164 pour (gcc cmk) et 133 pour (tgt bta). Mon critère de décrochage est alors basé sur les effectifs très faibles ne dépassant pas quelques unités, en général 5. Ce maximum peut être élevé jusqu'à 8 quand le nombre des effectifs supérieurs à ce maximum est lui-même élevé, 6 pour tga, 5 pour tag et 4 pour ggt taa tcc. Le critère des codons faibles est coloré en orange clair.
  • Estimations du processus de base: Pour les codons faibles j'utilise le maximum de quelques unités comme décrit précédemment, mais pour les autres j'utilise la moyenne des effectifs les plus proches de celui en excès. Détaillons en se référant à l'image du codon aga en début du chapitre.
    1. Cette méthode parait adaptée aux estimations aléatoires. En effet quand j'ai cherché à estimer le processus de base du "différent" (colonne 2), en excès, du codon aga du génome lav ( excès décompté à 89 dans le tableau aga-1 ), son effectif le plus probable est 5, car c'est le plus fréquent (16 sur 46) ayant le même effectif de "doublons" (colonne 1) que lav (0). Pour obtenir ce résultat j'ai du trier la colonne 1 en 1ère clé et la colonne 2 en seconde clé. Les tableaux triés de wikipédia ne permettent pas de trier facilement sur 2 clés. Aussi je l'ai fait sur le tableur calc et je l'ai exporté en image.
    2. Cependant le voisinage de l'effectif en excès est souvent peu fréquent (tma "différent" en excès de 121 et d'abscisse 1), et/ou éloigné (tableau aga-2, le génome gac, "doublon" en excès de 43 et d'ordonnée 24, avec un seul voisin d'ordonnée 24, le génome gga, et le voisin suivant, ppy avec 21).
    3. La méthode d'estimation que j'ai adoptée alors est la moyenne des effectifs des 4 génomes qui entourent l'effectif excessif dans le tri, 2 en amont et 2 en aval. Le cas idéal est celui du tableau aga-1, génome tma d'abscisse 1 et d'ordonnée 121 entouré des génomes cpic oni mtr ppy. Pour les génomes en fin de liste avec une seule coordonnée en excès, je prends les 4 génomes en amont.
    4. Pour améliorer l'estimation d'une coordonnée j'ai étendu la moyenne de sa colonne à tous les génomes dont les coordonnées de l'autre colonne correspondent à ceux de la moyenne à 4 génomes plus quatre autres suivants, s'ils existent. Le tableau aga-1 illustre 2 cas.
      Le génome tma (1,121) a été estimé avec les 4 génomes cpic oni d'abscisse 1, et mtr ppy d'abscisse 2. La moyenne est étendue aux génomes d'abscisses 1 et 0 d'un coté et aux génomes 2 et 3 de l'autre coté. Les génomes de la colonne 1 concernés sont colorés en jaune pour le cas tma.
      Le génome bta (0,43) a été estimé avec les 4 génomes aml oas d'abscisse 0, et mlu meu d'abscisse 1. La moyenne est étendue aux génomes d'abscisses 0 d'un coté et aux génomes 1 et 2 de l'autre coté. Les génomes de la colonne 1 concernés sont encadrés pour ce cas.
      Dans le tableau synthétique des estimations et dans l'image du codon aga, la moyenne à 4 génomes est présentée en 1er suivie de la moyenne étendue, tma (121−15,6) et bta (43−11,6). Seule la moyenne à 4 génomes est affichée si la moyenne étendue n'existe pas. En général les 2 moyennes diffèrent peu et j'ai choisi la moyenne de ces 2 estimations pour les calculs, colonne estim du tableau récapitulatif.
    5. En adoptant les moyennes des voisins proches on peut avoir une estimation de type aléatoire pour les codons aux 2 coordonnées excessives. Ces génomes sont en fin de liste (aga-1, xtr, excès de l'ordonnée) ou mélangés à la fin de la liste avec des génomes à une seule coordonnées non excessive (aga-2, xtr, excès de l'abscisse). Mettons nous dans le tableau aga-1, la moyenne de l'ordonnée des 4 proches est faite sur les génomes en amont comme dans l'alinéa précédent. Elle est de 5 pour le "différent" de xtr et placée avec l'ordonnée excessive (52−5), dans la colonne 2. Comme xtr n'a pas d'abscisse, aussi, son estimation se fait sur la moyenne des abscisses des mêmes génomes, elle est de 9 et placée avec l'abscisse excessive (52-9), dans la colonne 1. Plaçons nous ensuite dans le tableau aga-2 où on estime l'abscisse. Les 4 voisins en amont de xtr sont oni cpic oas gmo, la moyenne de l'abscisse de xtr est alors 1. Comme précédemment la moyenne des ordonnées de ces mêmes génomes est de 22. Ainsi on a 2 estimations des coordonnées de xtr, (9,5) tableau aga-1 et (1,22) tableau aga-2. J'ai opté pour les coordonnées qui donnent la même pente que le diagramme de aga, soit ordonnée/abscisse= 0.86, aussi le choix est (9,5). De même pour le codon tac avec le génome pma, aux 2 effectifs excessifs et une pente supérieure à l'unité (1.25), j'ai choisi l'estimation (40−3) pour l'abscisse et (49−35) pour l'ordonnée respectant la pente de ce codon. Voir les tableaux des estimations (ref.).
    6. Dans le récapitulatif des estimations des codons j'ai donné cette pente pour décider du choix de ces codons à 2 coordonnées excessives. De même j'ai donné les maxima pour repérer les excès et décider des estimations des codons faibles.
Estimations des effectifs de base. Codons a,c.
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I. Estimation des effectifs de base pour 79 Eucaryotes .
codons aax
double aaa moyn estim
x/R2 1.05 45
max 37 45
aml 5 49 22,13 17
bacu 4 81 12,11 11
bta 10 67 4,4 4
gmo 17 45 10,9 9
ttr 4 69 12,11 11
xtr 51 20 16 16
zma 14 67 19,13 16
 
double aac moyn estim
x/R2 0.98 42
max 31 40
gac 82 40 12 12
pma 100−29 67−12 − 29−12
 
double aag moyn estim
x/R2 0.52 36
max 45 29
aml 12 759 3,10 6
cfa 10 397 13,10 11
cge 11 74 8,9 8
eeu 28 120 11,9 10
fca 8 878 19,11 15
gac 74 22 11,12 11
mpu 5 265 12,9 10
xtr 74 22 11,12 11
zma 36 90 6 6
double aat − estim
x/R2 − −
max 4 5
mtr 4 43 5
 
 
 
codons acx
double aca moyn estim
x/R2 0.96 35 −
max 19 23 −
cmk 49−13 156−8 − 13−8
xtr 48−13 42−8 − 13−8
 
 
 
 
 
 
double acc − estim
x/R2 − − −
max 5 4 −
cmk 0 11 4
pma 8 10 5−4
zma 8 4 5
double acg moyn estim
x/R2 0.89 35 −
max 15 22 −
cmk 4 132 3,3 3
 
 
 
 
 
 
 
 
double act moyn estim
x/R2 0.77 37 −
max 29 32 −
gac 49−23 49−11 − 23−11
xtr 76−23 74−11 − 23−11
 
 
codons agx
double aga moyn estim
x/R2 0.86 11 −
max 10 25 −
bacu 0 54 11,6 8
bta 0 43 11,6 8
fca 0 53 11,6 8
gac 43 24 1 1
lav 0 89 11,6 8
tma 1 121 15,6 10
ttr 0 47 11,6 8
xtr 52−9 52−5 − 9−5
double agc moyn estim
x/R2 0.78 40 −
max 16 33 −
lav 7 68 7,5 6
pma 34 30 7 7
xtr 40−14 58−8 − 14−8
double agg
x/R2 0.78 16 −
max 25 45 −
bacu 0 66 8,6 7
bta 2 113 6,6 6
fca 1 51 22,6 14
ttr 1 52 22,6 14
 
 
 
 
 
double agt − estim
x/R2 − − −
max 1 4 −
oaa 7 10 1−4
spu 17 8 1−4
 
 
codons atx
double ata moyn estim
x/R2 1.48 37 −
max 13 24 −
gac 46 14 5,6 5
xtr 26 24 6,5 5
 
 
 
 
 
 
double atc − estim
x/R2 − − −
max 3 5 −
oga 0 8 5
 
 
double atg moyn estim
x/R2 1.12 62 −
max 43 111 −
gac 99 38 27 27
pma 221 64 27 27
xtr 187 90 23 23
 
 
 
 
 
 
double att − estim
x/R2 0.57 39 −
max 32 36 −
pma 47−25 62−11 − 25−11
xtr 45 17 10 10
spu 57 11 9,9 9
gac 84 16 10,10 10
codons cax
double caa moyn estim
x/R2 0.72 21 −
max 29 41 −
fca 5 776 6,7 6
gac 47 12 4,4 4
tsy 13 50 11,7 9
double cac moyn estim
x/R2 0.47 52 −
max 33 26 −
rien
 
double cag moyn estim
x/R2 0.92 38 −
max 30 47 −
gac 61 19 4,7 5
pma 60 47 9 9
double cat − estim
x/R2 − − −
max 0 4 −
rien    
 
codons ccx
double cca moyn estim
x/R2 0.35 26 −
max 48 43 −
fca 4 63 4,4 4
 
 
double ccc − estim
x/R2 − − −
max 0 5 −
rien    
 
double ccg moyn estim
x/R2 0.6 69 −
max 19 16 −
cmk 0 40 2,1 1
 
double cct moyn estim
x/R2 0.45 48 −
max 36 29 −
gac 58 4 13,8 10
xtr 42 17 17 17
codons cgx
double cga moyn estim
x/R2 0.58 17 −
max 25 27 −
aml 2 81 5,5 5
fca 7 1193 5,4 4
gac 65 13 1,2 1
double cgc − estim
x/R2 − − −
max 2 2 −
bta 0 6 2
fca 0 8 2
double cgg moyn estim
x/R2 1.1 23 −
max 13 23 −
rien
 
double cgt moyn estim
x/R2 0.35 45 −
max 37 29 −
pma 55 29 22,16 19
 
codons ctx
double cta moyn estim
x/R2 0.68 21 −
max 26 32 −
rien    
 
 
double ctc − estim
x/R2 − − −
max 1 1 −
rien    
 
double ctg moyn estim
x/R2 0.66 51 −
max 18 19 −
gmo 13 33 7 7
pma 37−15 37−11 − 15−11
double ctt moyn estim
x/R2 0.52 40 −
max 31 35 −
pma 56−26 55−6 − 26−6
 
Estimations des effectifs de base. Codons g,t.
modifier
II. Estimation des effectifs de base pour 79 Eucaryotes .
codons gax
double gaa moyn estim
x/R2 0.72 41 −
max 47 38 −
bacu 11 423 5,9 7
cbre 29 1871 10 10
cel 60 23 10,8 9
cjap 7 106 5,7 6
gac 3 135 10,7 8
spu 2 111 7,7 7
ssc 47 2320 10 10
ttr 30 204 10 10
xtr 7 58 5,7 6
 
double gac moyn estim
x/R2 0.43 30 −
max 46 48 −
gac 135 48 9 9
pma 56 33 8 8
spu 62 19 10 10
ssc 14 82 16,15 15
double gag moyn estim
x/R2 0.56 28 −
max 34 47 −
bacu 21 446 17 17
bta 3 160 22,8 15
cmk 22 405 17 17
csi 4 72 4,8 6
oas 3 56 22,8 15
ttr 8 386 4,6 5
 
 
 
double gat − estim
x/R2 − − −
max 1 5 −
bacu 1 18 5
ssc 1 8 5
ttr 0 9 5
 
 
codons gcx
double gca moyn estim
x/R2 0.72 17 −
max 36 46 −
cmk 2889−25 3008−15 − 25−15
dno 2 63 7,8 7
 
 
 
 
 
 
 
 
double gcc − estim
x/R2 − − −
max 4 6 −
cmk 3 164 6
str 1 29 6
 
 
double gcg moyn estim
x/R2 0.8 25 −
max 18 20 −
cmk 100−13 3757−9 − 13−9
gac 41 14 1 1
 
 
 
 
 
 
 
double gct moyn estim
x/R2 0.72 35 −
max 34 44 −
cmk 19 55 4,4 4
oaa 32 50 21 21
pma 62 43 18,16 17
str 4 251 15,13 14
xtr 50 16 3,6 4
codons ggx
double gga moyn estim
x/R2 0.44 27 −
max 36 45 −
bacu 25 961 11 11
bta 6 384 4,3 3
cbre 61 4 5,6 5
cmk 22 43 11 11
gac 40 20 12 12
lav 3 615 3,4 3
oas 1 131 2,4 3
tma 5 1067 4,3 3
ttr 19 813 11 11
xtr 53 26 12 12
double ggc moyn estim
x/R2 0.44 39 −
max 30 36 −
bacu 13 50 1,2 1
bta 8 54 3,4 3
xtr 70 14 18 18
 
double ggg moyn estim
x/R2 0.91 34 −
max 29 34 −
bacu 103−8 2044−4 8−4
bta 29 1265 4,3 3
cmk 7 73 1,2 1
dno 4 321 7,4 5
lav 2 69 6,4 5
oas 2 338 6,4 5
tma 2 87 6,4 5
ttr 70−8 1695−4 − 8−4
xtr 70 34 4 4
double ggt − estim
x/R2 − − −
max 1 8 −
bacu 1 10 8
bta 0 19 8
dno 0 23 8
ttr 1 17 8
 
codons gtx
double gta moyn estim
x/R2 1.71 40 −
max 29 38 −
cmk 29 115 20 20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
double gtc − estim
x/R2 − − −
max 2 3 −
cmk 0 15 3
osa 13 3 2
zma 11 0 2
 
double gtg moyn estim
x/R2 0.89 47 −
max 37 35 −
cmk 37 1502 12 12
dno 5 75 3,4 3
pma 46 24 9,8 8
 
 
 
 
 
 
double gtt moyn estim
x/R2 0.48 36 −
max 36 33 −
pma 96−27 69−7 − 27−7
 
 
 
 
codons tax
double taa − estim
x/R2 − − −
max 2 3 −
bacu 0 23 3
fca 1 35 3
mtr 2 29 3
ttr 0 19 3
 
 
double tac moyn estim
x/R2 1.25 14 −
max 22 47 −
ath 50 32 3,3 3
pma 40−3 49−35 − 3−35
xtr 59 47 3,3 3
 
double tag − estim
x/R2 − − −
max 1 4 −
aml 0 9 4
bacu 0 8 4
bta 0 12 4
fca 0 11 4
double tat − estim
x/R2 − − −
max 0 4 −
bta 0 10 4
 
codons tcx
double tca moyn estim
x/R2 0.92 38 −
max 22 18 −
cmk 3 50 6,5 5
gac 43 18 7 7
 
 
 
 
double tcc − estim
x/R2 − − −
max 5 3 −
bta 4 27 3
gmo 14 26 5−3
tng 5 17 3
zma 10 11 5−3
double tcg moyn estim
x/R2 0.53 32 −
max 23 16 −
cmk 0 47 3,3 3
 
 
 
double tct moyn estim
x/R2 0.51 53 −
max 38 21 −
rien    
 
codons tgx
double tga − estim
x/R2 − − −
max 3 4 −
bacu 0 16 4
bta 0 28 4
fca 0 17 4
lav 0 23 4
tma 0 17 4
ttr 0 20 4
double tgc moyn estim
x/R2 0.86 59 −
max 38 34 −
bta 25 312 14 14
gac 72 34 21 21
oas 5 55 14,10 12
xtr 46−32 45−22 − 32−22
double tgg moyn estim
x/R2 0.56 20 −
max 21 44 −
bacu 13 242 3,3 3
bta 5 172 5,5 5
gac 47 26 6 6
ttr 9 207 5,6 5
double tgt estim
x/R2 − − −
max 1 4 − −
bta 9 133 1−4
oas 0 15 4
codons ttx
double tta moyn estim
x/R2 0.91 22 −
max 29 34 −
rien    
 
 
 
 
 
double ttc moyn estim
x/R2 0.57 55 −
max 40 24 −
rien    
 
 
 
double ttg moyn estim
x/R2 1.06 27 −
max 18 29 −
rien    
 
 
 
double ttt − estim
x/R2 − − −
max 1 5 −
rien    
 
E79 codons. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base
modifier
  • Lien au tableur: E79 codons. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base.
  • Méthode: remplacement par la fonction concat de calc. S'il faut recalculer les corrélations et les totaux par colonne, il suffit de copier le "lien tableur" de ce tableau dans un tableur puis remplacer tout * $ § par rien (ctrl+H), récupérer les résultats et non le tableau. S'il est nécessaire de republier le tableau, reprendre "le lien tableur" sans supprimer les * $ §, puis faire les modifications nécessaires avant de publier.
  • Légende:
    aaa1, aaa2, respectivement doublons et gènes différents des gènes tRNAs du codon aaa
    Rouge pour effectif supérieur à 48 remplacé par l'estimation moyenne des proches voisins. Voir méthode
    Cyan pour effectif de la plage 30−48 remplacé par l'estimation moyenne des proches voisins.
    Orange pour les codons faibles excessifs remplacé par le maximum non excessif. Voir méthode.
    zéro: décompte des tirets (−) qui correspondent à zéro gènes tRNA.
    corel pour corrélation entre les 2 colonnes xy1 xy2, cont. pour contrôle du contrôle des maximas, ind. pour indice "total xy1 / total xy2"
E79 Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base
codons aax
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
acs 2 2 6 3 3 2 0 −
aga 3 4 10 1 15 1 0 −
aml 5 17 10 17 12 6 0 5
ath 10 5 10 8 14 4 0 −
bacu 4 11 17 6 5 23 0 −
bdi 3 8 10 5 16 1 0 −
bta 10 5 16 13 15 24 0 −
cbr 11 4 20 2 36 3 0 −
cbre 20 8 28 4 45 3 0 −
cel 13 0 17 2 24 5 0 −
cfa 6 27 8 12 10 11 0 0
cge 5 9 8 8 11 8 0 −
cjap 23 6 20 2 30 6 0 −
cjc 5 10 9 17 4 11 0 −
cmk 5 37 16 31 11 24 0 1
cpic 4 31 5 11 2 6 0 0
cpo 4 6 9 8 7 18 0 −
csi 4 10 10 3 6 15 0 1
dme 4 1 9 0 12 0 0 −
dno 4 13 17 5 13 29 0 −
dsi 2 1 5 0 10 0 0 −
dya 3 2 10 0 12 3 0 0
ecb 7 7 9 7 8 7 0 0
eeu 6 4 5 1 28 10 0 −
fca 5 44 7 20 8 15 0 4
gac 30 30 12 40 11 22 0 0
gfr 2 1 1 4 1 5 0 0
gga 2 3 5 5 4 1 0 −
ggo 3 10 9 19 5 13 0 1
gmo 17 9 16 17 20 22 0 1
gmx 15 4 12 9 20 1 0 1
hgl 3 4 5 3 4 10 0 −
hsa-18 4 7 8 16 5 9 0 −
lav 14 45 14 36 14 21 0 3
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bacu 0 4 5 18 13 3 0 1
bdi 0 − 6 8 12 5 0 −
bta 0 4 25 14 5 5 1 4
cbr 0 − 14 1 12 0 0 −
cbre 1 1 16 4 19 2 0 1
cel 0 1 11 1 9 2 0 −
cfa 0 0 9 11 0 5 0 −
cge 0 1 24 16 2 3 0 −
cjap 0 0 12 2 14 3 0 −
cjc 0 1 9 22 1 9 0 −
cmk 0 2 5 9 10 19 0 0
cpic 0 3 4 13 1 8 0 4
cpo 0 0 18 15 1 6 0 −
csi 0 0 4 19 4 3 0 −
dme 0 0 3 3 6 1 0 −
dno 0 0 9 12 3 11 0 −
dsi 0 0 4 2 7 1 0 −
dya 0 0 5 2 6 1 0 −
ecb 0 3 10 14 3 3 0 −
eeu 0 1 14 19 2 4 0 −
fca 0 4 13 18 1 21 0 0
gac 0 0 21 34 6 26 0 −
gfr 0 − 5 4 0 2 0 −
gga 0 0 6 4 3 2 0 −
ggo 0 2 5 29 2 6 0 0
gmo 0 1 8 18 10 18 0 −
gmx 0 − 13 0 15 2 0 −
hgl 3 3 5 17 1 4 0 −
hsa-18 0 1 6 22 2 4 0 −
lav 0 4 5 22 6 16 0 0
lcm 0 3 3 13 2 12 0 4
lma 0 − 0 0 0 0 0 −
mcc 0 1 8 19 3 5 0 1
mdo 0 − 31 14 3 5 0 3
meu 3 3 19 9 1 6 0 −
mgp 0 − 2 2 2 2 0 −
mlu 0 − 17 9 2 1 0 −
mmr 0 − 11 8 2 3 0 0
mmu 0 0 32 27 2 5 0 0
mpu 0 0 15 9 2 8 0 −
mtr 0 0 7 2 7 6 0 0
mun 0 0 0 4 1 2 0 −
nle 0 2 9 13 0 9 0 0
oaa 0 4 18 18 5 8 0 −
oas 0 3 5 12 2 44 0 4
ocu 0 0 9 15 3 6 0 −
oga 0 0 10 10 0 5 0 −
oni 0 0 8 33 7 4 0 0
opr 0 0 6 3 2 3 0 −
osa 0 − 8 8 11 6 0 0
pan 0 2 12 17 4 5 0 3
pfa 0 − 0 − 0 − 0 −
pha 0 0 13 14 3 4 0 1
pma 0 0 38 29 1 7 0 −
pop 0 0 8 5 12 1 0 0
ppp 0 0 2 4 8 0 0 −
ppy 0 2 9 24 1 8 0 −
ptr 0 1 9 23 3 4 0 0
rno 0 0 26 13 1 6 0 −
san 0 1 13 11 1 4 0 −
sbi 0 0 6 6 10 2 0 −
sbq 0 2 10 10 1 6 0 0
shr 0 1 2 5 3 4 0 −
spu 0 − 20 10 5 12 0 −
ssc 0 − 10 12 3 3 0 0
str 0 0 29 18 3 3 0 −
tgu 0 0 5 3 0 2 0 0
tma 0 4 2 19 2 10 0 4
tng 0 0 7 7 5 6 0 −
tru 0 0 5 9 7 9 0 −
tsy 0 0 6 18 2 3 0 0
ttr 0 4 2 19 9 5 1 4
vvi 0 0 5 5 9 0 0 0
xtr 0 0 32 22 21 11 0 1
zma 0 − 10 14 20 6 0 0
tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2
zéros 16 1 1 48
db,diff 7 133 822 1023 389 547 2 66
total.diff 140 1845 936 68
corel 0.24 0.37 -0.05 0.47
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total.dif 77 1767 858 37
indice 0.10 0.87 0.83 0.06
codons ttx
tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
acs 0 1 4 0 1 0 0 −
aga 1 4 8 0 0 3 0 −
aml 1 3 8 2 2 6 0 −
ath 3 2 16 4 6 5 0 −
bacu 1 11 4 8 0 7 0 −
bdi 2 1 13 4 9 6 0 −
bta 0 9 12 17 0 13 0 5
cbr 2 3 16 5 1 9 0 −
cbre 4 2 18 5 2 11 0 −
cel 1 2 10 4 0 6 0 −
cfa 0 3 4 5 0 4 0 −
cge 0 3 4 3 0 3 0 −
cjap 0 4 19 4 0 6 0 0
cjc 0 10 4 3 0 6 0 −
cmk 1 11 10 24 1 29 0 2
cpic 0 12 2 19 1 5 0 1
cpo 0 3 5 2 0 5 0 −
csi 0 4 7 5 0 5 0 −
dme 0 3 7 0 0 3 0 −
dno 0 7 5 6 1 6 0 −
dsi 0 2 5 2 0 3 0 −
dya 1 3 8 0 0 3 0 −
ecb 0 3 8 3 0 5 0 −
eeu 0 2 5 2 0 5 0 −
fca 0 18 4 7 0 7 0 0
gac 4 7 23 11 1 5 0 −
gfr 0 10 4 1 0 1 0 −
gga 0 2 5 4 0 2 0 −
ggo 1 7 5 7 0 8 0 −
gmo 1 14 12 23 0 14 0 5
gmx 4 4 17 4 10 7 0 −
hgl 0 3 4 1 0 4 0 −
hsa-18 0 3 5 4 0 6 0 −
lav 1 13 13 18 3 13 0 0
lcm 0 10 1 5 0 3 0 −
lma 0 0 1 0 0 0 0 −
mcc 1 14 5 4 1 7 0 −
mdo 0 1 8 3 1 2 0 −
meu 0 2 3 6 0 7 0 0
mgp 0 0 2 3 0 1 0 −
mlu 0 1 3 1 0 2 0 −
mmr 0 2 6 1 0 2 0 −
mmu 2 4 4 2 0 3 0 −
mpu 0 3 6 4 0 5 0 −
mtr 3 4 20 5 5 8 0 0
mun 1 2 2 3 0 2 0 −
nle 0 7 4 12 0 5 0 0
oaa 3 6 6 17 0 9 0 0
oas 0 4 2 3 0 6 0 0
ocu 1 4 6 7 0 2 0 −
oga 0 2 4 1 0 4 0 0
oni 0 11 9 13 0 6 0 −
opr 0 2 4 5 0 3 0 −
osa 1 2 13 6 14 4 0 −
pan 0 9 9 4 0 8 0 0
pfa 0 0 0 0 0 0 0 −
pha 0 6 9 2 1 5 0 −
pma 2 2 34 22 18 23 0 1
pop 1 5 15 2 0 2 1 4
ppp 1 0 11 2 3 2 0 1
ppy 0 7 5 12 0 6 0 −
ptr 2 8 5 10 0 6 0 −
rno 0 2 4 3 0 − 0 0
san 0 3 5 4 0 3 0 −
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spu 5 8 0 − 6 11 0 1
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tgu 1 2 6 3 0 3 0 1
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xtr 11 34 40 17 6 15 0 1
zma 2 2 17 7 12 7 0 0
tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
zéros 0 1 1 52
db,diff 97 495 645 550 114 543 1 50
total.diff 592 1195 657 51
corel 0.35 0.40 0.36 0.42
db,dif 97 416 645 472 114 465 1 23
total.dif 513 1117 579 24
indice 0.23 1.37 0.25 0.04
E79 codons. Les carrés
modifier
E79-tg. Effectifs, corrélations et indices doublons/différents des 79 eucaryotes
I1. E79fe-tg  db,dif  différents  mtri
g1 t1
ttt 23 tct 337 tat 30 tgt 35
atc 38 act 545 aat 37 agt 37
ctt 317 cct 252 cat 14 cgt 299
gtt 418 gct 923 gat 38 ggc 469
ttc 472 tcc 31 tac 1064 tgc 945
att 488 acc 26 aac 712 agc 442
ctc 1 ccc 10 cac 319 cgc 8
gtc 23 gcc 37 gac 648 ggt 60
tta 416 tca 358 taa 32 tga 70
ata 395 aca 413 aaa 781 aga 495
cta 288 cca 385 caa 546 cga 353
gta 408 gca 686 gaa 547 gga 405
ttg 465 tcg 225 tag 54 tgg 469
atg 1152 acg 285 aag 725 agg 504
ctg 286 ccg 115 cag 608 cgg 214
gtg 468 gcg 351 gag 625 ggg 286
I2. E79be-tg  db,dif  doublons  mtri
g1 t1
ttt 1 tct 506 tat 0 tgt 2
atc 6 act 398 aat 5 agt 25
ctt 461 cct 577 cat 0 cgt 507
gtt 525 gct 731 gat 3 ggc 864
ttc 645 tcc 28 tac 167 tgc 822
att 671 acc 19 aac 801 agc 390
ctc 1 ccc 1 cac 631 cgc 2
gtc 7 gcc 8 gac 844 ggt 2
tta 97 tca 142 taa 5 tga 7
ata 91 aca 224 aaa 554 aga 108
cta 122 cca 531 caa 317 cga 177
gta 148 gca 336 gaa 550 gga 557
ttg 114 tcg 134 tag 1 tgg 389
atg 957 acg 118 aag 824 agg 212
ctg 346 ccg 211 cag 408 cgg 84
gtg 456 gcg 181 gag 697 ggg 221
I3. E79e-tg   db,dif  db + dif  mtri
g1 t1
ttt 24 tct 843 tat 30 tgt 37
atc 44 act 943 aat 42 agt 62
ctt 778 cct 829 cat 14 cgt 806
gtt 943 gct 1654 gat 41 ggc 1333
ttc 1117 tcc 59 tac 1231 tgc 1767
att 1159 acc 45 aac 1513 agc 832
ctc 2 ccc 11 cac 950 cgc 10
gtc 30 gcc 45 gac 1492 ggt 62
tta 513 tca 500 taa 37 tga 77
ata 486 aca 637 aaa 1335 aga 603
cta 410 cca 916 caa 863 cga 530
gta 556 gca 1022 gaa 1097 gga 962
ttg 579 tcg 359 tag 55 tgg 858
atg 2109 acg 403 aag 1549 agg 716
ctg 632 ccg 326 cag 1016 cgg 298
gtg 924 gcg 532 gag 1322 ggg 507
II1. E79ft-tg  db,diff  différents  mtri+1
g1 t1
ttt 50 tct 414 tat 57 tgt 66
atc 65 act 623 aat 70 agt 55
ctt 396 cct 331 cat 36 cgt 377
gtt 497 gct 1002 gat 73 ggc 547
ttc 550 tcc 58 tac 1143 tgc 1023
att 567 acc 49 aac 791 agc 520
ctc 10 ccc 28 cac 397 cgc 22
gtc 60 gcc 61 gac 727 ggt 78
tta 495 tca 437 taa 70 tga 133
ata 473 aca 492 aaa 859 aga 574
cta 364 cca 464 caa 625 cga 432
gta 487 gca 764 gaa 626 gga 484
ttg 543 tcg 304 tag 80 tgg 547
atg 1231 acg 362 aag 803 agg 582
ctg 365 ccg 194 cag 687 cgg 285
gtg 546 gcg 430 gag 704 ggg 361
II2. E79bt-tg  db,diff  doublons  mtri+1
g1 t1
ttt 1 tct 506 tat 0 tgt 2
atc 6 act 398 aat 5 agt 25
ctt 461 cct 577 cat 0 cgt 507
gtt 525 gct 731 gat 3 ggc 864
ttc 645 tcc 28 tac 167 tgc 822
att 671 acc 19 aac 801 agc 390
ctc 1 ccc 1 cac 631 cgc 2
gtc 7 gcc 8 gac 844 ggt 2
tta 97 tca 142 taa 5 tga 7
ata 91 aca 224 aaa 554 aga 108
cta 122 cca 531 caa 317 cga 177
gta 148 gca 336 gaa 550 gga 557
ttg 114 tcg 134 tag 1 tgg 389
atg 957 acg 118 aag 824 agg 212
ctg 346 ccg 211 cag 408 cgg 84
gtg 456 gcg 181 gag 697 ggg 221
II3. E79t-tg   db,diff  db + diff  mtri+1
g1 t1
ttt 51 tct 920 tat 57 tgt 68
atc 71 act 1021 aat 75 agt 80
ctt 857 cct 908 cat 36 cgt 884
gtt 1022 gct 1733 gat 76 ggc 1411
ttc 1195 tcc 86 tac 1310 tgc 1845
att 1238 acc 68 aac 1592 agc 910
ctc 11 ccc 29 cac 1028 cgc 24
gtc 67 gcc 69 gac 1571 ggt 80
tta 592 tca 579 taa 75 tga 140
ata 564 aca 716 aaa 1413 aga 682
cta 486 cca 995 caa 942 cga 609
gta 635 gca 1100 gaa 1176 gga 1041
ttg 657 tcg 438 tag 81 tgg 936
atg 2188 acg 480 aag 1627 agg 794
ctg 711 ccg 405 cag 1095 cgg 369
gtg 1002 gcg 611 gag 1401 ggg 582
III1. E79f-tg  db,diff  différents  excès
g1 t1
ttt 50 tct 414 tat 63 tgt 206
atc 68 act 724 aat 108 agt 55
ctt 445 cct 331 cat 36 cgt 377
gtt 559 gct 1319 gat 93 ggc 647
ttc 550 tcc 127 tac 1157 tgc 1387
att 618 acc 62 aac 846 agc 632
ctc 10 ccc 28 cac 397 cgc 32
gtc 72 gcc 242 gac 794 ggt 115
tta 495 tca 482 taa 164 tga 230
ata 473 aca 674 aaa 1168 aga 978
cta 364 cca 523 caa 1436 cga 1697
gta 582 gca 3813 gaa 5790 gga 4453
ttg 543 tcg 348 tag 107 tgg 1155
atg 1231 acg 491 aag 3320 agg 823
ctg 417 ccg 233 cag 687 cgg 285
gtg 2108 gcg 4178 gag 2154 ggg 6221
III2. E79b-tg  db,diff  doublons  excès
g1 t1
ttt 1 tct 506 tat 0 tgt 10
atc 6 act 477 aat 5 agt 25
ctt 491 cct 650 cat 0 cgt 543
gtt 594 gct 822 gat 3 ggc 916
ttc 645 tcc 42 tac 307 tgc 887
att 850 acc 25 aac 942 agc 443
ctc 1 ccc 1 cac 631 cgc 2
gtc 27 gcc 8 gac 1070 ggt 2
tta 97 tca 178 taa 5 tga 7
ata 153 aca 295 aaa 589 aga 193
cta 122 cca 531 caa 360 cga 241
gta 148 gca 3200 gaa 601 gga 682
ttg 114 tcg 134 tag 1 tgg 430
atg 1387 acg 118 aag 950 agg 212
ctg 368 ccg 211 cag 515 cgg 84
gtg 494 gcg 308 gag 697 ggg 444
III3. E79-tg   db,diff  db + diff  excès
g1 t1
ttt 51 tct 920 tat 63 tgt 216
atc 74 act 1201 aat 113 agt 80
ctt 936 cct 981 cat 36 cgt 920
gtt 1153 gct 2141 gat 96 ggc 1563
ttc 1195 tcc 169 tac 1464 tgc 2274
att 1468 acc 87 aac 1788 agc 1075
ctc 11 ccc 29 cac 1028 cgc 34
gtc 99 gcc 250 gac 1864 ggt 117
tta 592 tca 660 taa 169 tga 237
ata 626 aca 969 aaa 1757 aga 1171
cta 486 cca 1054 caa 1796 cga 1938
gta 730 gca 7013 gaa 6391 gga 5135
ttg 657 tcg 482 tag 108 tgg 1585
atg 2618 acg 609 aag 4270 agg 1035
ctg 785 ccg 444 cag 1202 cgg 369
gtg 2602 gcg 4486 gag 2851 ggg 6665
IV1. E79fr-tg résonance différents excès−(mtr+1)
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 6 tgt 140
atc 3 act 101 aat 38 agt 0
ctt 49 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 62 gct 317 gat 20 ggc 100
ttc 0 tcc 69 tac 14 tgc 364
att 51 acc 13 aac 55 agc 112
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 10
gtc 12 gcc 181 gac 67 ggt 37
tta 0 tca 45 taa 94 tga 97
ata 0 aca 182 aaa 309 aga 404
cta 0 cca 59 caa 811 cga 1265
gta 95 gca 3049 gaa 5164 gga 3969
ttg 0 tcg 44 tag 27 tgg 608
atg 0 acg 129 aag 2517 agg 241
ctg 52 ccg 39 cag 0 cgg 0
gtg 1562 gcg 3748 gag 1450 ggg 5860
IV2. E79br-tg résonance doublons excès−(mtr+1)
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 8
atc 0 act 79 aat 0 agt 0
ctt 30 cct 73 cat 0 cgt 36
gtt 69 gct 91 gat 0 ggc 52
ttc 0 tcc 14 tac 140 tgc 65
att 179 acc 6 aac 141 agc 53
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 20 gcc 0 gac 226 ggt 0
tta 0 tca 36 taa 0 tga 0
ata 62 aca 71 aaa 35 aga 85
cta 0 cca 0 caa 43 cga 64
gta 0 gca 2864 gaa 51 gga 125
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 41
atg 430 acg 0 aag 126 agg 0
ctg 22 ccg 0 cag 107 cgg 0
gtg 38 gcg 127 gag 0 ggg 223
IV3. E79r-tg résonance total excès−(mtr+1)
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 6 tgt 148
atc 3 act 180 aat 38 agt 0
ctt 79 cct 73 cat 0 cgt 36
gtt 131 gct 408 gat 20 ggc 152
ttc 0 tcc 83 tac 154 tgc 429
att 230 acc 19 aac 196 agc 165
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 10
gtc 32 gcc 181 gac 293 ggt 37
tta 0 tca 81 taa 94 tga 97
ata 62 aca 253 aaa 344 aga 489
cta 0 cca 59 caa 854 cga 1329
gta 95 gca 5913 gaa 5215 gga 4094
ttg 0 tcg 44 tag 27 tgg 649
atg 430 acg 129 aag 2643 agg 241
ctg 74 ccg 39 cag 107 cgg 0
gtg 1600 gcg 3875 gag 1450 ggg 6083
V1. E79of-tg duplications différents excès-1
g1 t1
ttt 23 tct 337 tat 36 tgt 175
atc 41 act 646 aat 75 agt 37
ctt 366 cct 252 cat 14 cgt 299
gtt 480 gct 1240 gat 58 ggc 569
ttc 472 tcc 100 tac 1078 tgc 1309
att 539 acc 39 aac 767 agc 554
ctc 1 ccc 10 cac 319 cgc 18
gtc 35 gcc 218 gac 715 ggt 97
tta 416 tca 403 taa 126 tga 167
ata 395 aca 595 aaa 1090 aga 899
cta 288 cca 444 caa 1357 cga 1618
gta 503 gca 3735 gaa 5711 gga 4374
ttg 465 tcg 269 tag 81 tgg 1077
atg 1152 acg 414 aag 3242 agg 745
ctg 338 ccg 154 cag 608 cgg 214
gtg 2030 gcg 4099 gag 2075 ggg 6146
V2. E79ob-tg duplications doublons excès-1
g1 t1
ttt 1 tct 506 tat 0 tgt 10
atc 6 act 477 aat 5 agt 25
ctt 491 cct 650 cat 0 cgt 543
gtt 594 gct 822 gat 3 ggc 916
ttc 645 tcc 42 tac 307 tgc 887
att 850 acc 25 aac 942 agc 443
ctc 1 ccc 1 cac 631 cgc 2
gtc 27 gcc 8 gac 1070 ggt 2
tta 97 tca 178 taa 5 tga 7
ata 153 aca 295 aaa 589 aga 193
cta 122 cca 531 caa 360 cga 241
gta 148 gca 3200 gaa 601 gga 682
ttg 114 tcg 134 tag 1 tgg 430
atg 1387 acg 118 aag 950 agg 212
ctg 368 ccg 211 cag 515 cgg 84
gtg 494 gcg 308 gag 697 ggg 444
V3. E79o-tg  duplications  total  excès-1
g1 t1
ttt 24 tct 843 tat 36 tgt 185
atc 47 act 1123 aat 80 agt 62
ctt 857 cct 902 cat 14 cgt 842
gtt 1074 gct 2062 gat 61 ggc 1485
ttc 1117 tcc 142 tac 1385 tgc 2196
att 1389 acc 64 aac 1709 agc 997
ctc 2 ccc 11 cac 950 cgc 20
gtc 62 gcc 226 gac 1785 ggt 99
tta 513 tca 581 taa 131 tga 174
ata 548 aca 890 aaa 1679 aga 1092
cta 410 cca 975 caa 1717 cga 1859
gta 651 gca 6935 gaa 6312 gga 5056
ttg 579 tcg 403 tag 82 tgg 1507
atg 2539 acg 532 aag 4192 agg 957
ctg 706 ccg 365 cag 1123 cgg 298
gtg 2524 gcg 4407 gag 2772 ggg 6590
VI1. E79z-tg  zéros  −  mtri
g1 t1
ttt 52 tct 2 tat 52 tgt 48
atc 52 act 1 aat 46 agt 61
ctt 0 cct 0 cat 57 cgt 1
gtt 0 gct 0 gat 44 ggc 1
ttc 1 tcc 52 tac 0 tgc 1
att 0 acc 56 aac 0 agc 1
ctc 70 ccc 61 cac 1 cgc 65
gtc 42 gcc 55 gac 0 ggt 61
tta 0 tca 0 taa 41 tga 16
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 0
cta 3 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 1 gaa 0 gga 0
ttg 1 tcg 0 tag 53 tgg 1
atg 0 acg 2 aag 1 agg 1
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 8
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 4
VI2. E79ei-tg indice doublons/différents mtri
g1 t1
ttt 0.04 tct 1.50 tat 0.00 tgt 0.06
atc 0.16 act 0.73 aat 0.14 agt 0.68
ctt 1.45 cct 2.29 cat 0.00 cgt 1.70
gtt 1.26 gct 0.79 gat 0.08 ggc 1.84
ttc 1.37 tcc 0.90 tac 0.16 tgc 0.87
att 1.38 acc 0.73 aac 1.13 agc 0.88
ctc 1.00 ccc 0.10 cac 1.98 cgc 0.25
gtc 0.30 gcc 0.22 gac 1.30 ggt 0.03
tta 0.23 tca 0.40 taa 0.16 tga 0.10
ata 0.23 aca 0.54 aaa 0.71 aga 0.22
cta 0.42 cca 1.38 caa 0.58 cga 0.50
gta 0.36 gca 0.49 gaa 1.01 gga 1.38
ttg 0.25 tcg 0.60 tag 0.02 tgg 0.83
atg 0.83 acg 0.41 aag 1.14 agg 0.42
ctg 1.21 ccg 1.83 cag 0.67 cgg 0.39
gtg 0.97 gcg 0.52 gag 1.12 ggg 0.77
VI3. E79ec-tg  corel  corrélation  mtri
g1 t1
ttt 0.42 tct 0.41 tat − tgt 0.47
atc -0.08 act 0.25 aat 0.40 agt 0.78
ctt 0.39 cct 0.56 cat − cgt 0.39
gtt 0.19 gct 0.06 gat 0.37 ggc 0.13
ttc 0.40 tcc 0.65 tac -0.02 tgc 0.37
att 0.26 acc 0.49 aac 0.23 agc 0.14
ctc -0.13 ccc -0.10 cac 0.46 cgc -0.19
gtc 0.18 gcc 0.72 gac 0.03 ggt 0.50
tta 0.35 tca 0.49 taa 0.28 tga 0.24
ata 0.53 aca 0.27 aaa 0.29 aga -0.06
cta 0.29 cca 0.26 caa 0.16 cga 0.09
gta 0.48 gca 0.10 gaa 0.22 gga 0.30
ttg 0.36 tcg 0.42 tag -0.14 tgg -0.05
atg 0.65 acg 0.43 aag -0.03 agg 0.11
ctg 0.45 ccg 0.77 cag 0.18 cgg 0.23
gtg 0.36 gcg 0.23 gag 0.14 ggg 0.08
Zebra codons. Les carrés
modifier
dre-tg. Effectifs, corrélations et indices doublons/différents de zebrafish
I1. E79fz-tg  db,dif  différents
g1 t1
ttt 9 tct 175 tat 3 tgt 8
atc 8 act 181 aat 14 agt 10
ctt 145 cct 137 cat − cgt 55
gtt 85 gct 25 gat 6 ggc 444
ttc 86 tcc 1 tac 99 tgc 37
att 128 acc − aac 469 agc 262
ctc 1 ccc 7 cac 162 cgc 6
gtc 3 gcc 2 gac 42 ggt 10
tta 53 tca 116 taa 4 tga 11
ata 52 aca 138 aaa 249 aga 138
cta 133 cca 96 caa 45 cga 49
gta 58 gca 102 gaa 96 gga 22
ttg 117 tcg 43 tag 5 tgg 21
atg 173 acg 41 aag 462 agg 28
ctg 138 ccg 90 cag 122 cgg 34
gtg 95 gcg 25 gag 86 ggg 180
I2. E79bz-tg  db,dif  doublons
g1 t1
ttt 0 tct 160 tat 1 tgt 0
atc 1 act 177 aat 9 agt 3
ctt 124 cct 177 cat − cgt 147
gtt 146 gct 66 gat 4 ggc 391
ttc 110 tcc 0 tac 136 tgc 98
att 129 acc − aac 575 agc 161
ctc 2 ccc 4 cac 224 cgc 17
gtc 2 gcc 1 gac 107 ggt 0
tta 19 tca 92 taa 1 tga 2
ata 22 aca 151 aaa 275 aga 113
cta 110 cca 108 caa 59 cga 57
gta 171 gca 265 gaa 128 gga 24
ttg 123 tcg 36 tag 3 tgg 22
atg 348 acg 24 aag 490 agg 75
ctg 161 ccg 89 cag 143 cgg 24
gtg 131 gcg 86 gag 158 ggg 87
I3. E79zi-tg-tg indice doublons/différents
g1 t1
ttt 0 tct 0.91 tat 0.33 tgt 0
atc 0.13 act 0.98 aat 0.64 agt 0.30
ctt 0.86 cct 1.29 cat − cgt 2.67
gtt 1.72 gct 2.64 gat 0.67 ggc 0.88
ttc 1.28 tcc 0 tac 1.37 tgc 2.65
att 1.01 acc − aac 1.23 agc 0.61
ctc 2.00 ccc 0.57 cac 1.38 cgc 2.83
gtc 0.67 gcc 0.50 gac 2.55 ggt 0
tta 0.36 tca 0.79 taa 0.25 tga 0.18
ata 0.42 aca 1.09 aaa 1.10 aga 0.82
cta 0.83 cca 1.13 caa 1.31 cga 1.16
gta 2.95 gca 2.60 gaa 1.33 gga 1.09
ttg 1.05 tcg 0.84 tag 0.60 tgg 1.05
atg 2.01 acg 0.59 aag 1.06 agg 2.68
ctg 1.17 ccg 0.99 cag 1.17 cgg 0.71
gtg 1.38 gcg 3.44 gag 1.84 ggg 0.48

C42-Codons. Correlations et indices des doublons

modifier
42 champignonss: Codons, corrélation et indice des doublons
codons aax
C42 aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
ani 0 1 0 5 7 0 0 −
aor 0 2 4 3 8 2 0 −
bfu 0 2 1 4 1 8 0 −
cal 3 1 0 2 0 1 0 −
cgr 2 0 6 2 11 0 0 −
cjd 2 2 5 1 7 0 0 −
cneg 0 0 0 3 5 1 0 −
cot 3 0 2 0 0 2 0 −
dha 5 2 7 1 6 3 0 −
ecu 0 0 0 1 0 0 0 −
ede 0 0 0 0 0 − 0 −
fgr 0 2 3 5 12 3 0 −
fgr5 0 1 4 4 8 3 0 −
fve 0 5 4 7 2 8 0 0
fvr 0 1 3 4 10 4 0 0
kaf 1 6 9 0 11 0 0 −
kpa 0 2 3 0 3 1 0 −
kla 2 1 5 0 7 1 0 −
kna 1 2 5 0 6 0 0 −
lkl 1 3 8 0 13 0 0 −
lth 2 1 6 0 13 1 0 −
mfa 2 3 8 3 8 1 0 −
mgr 1 0 0 5 2 6 0 −
mth 1 1 4 1 0 8 0 −
ncr 0 1 9 2 20 3 0 −
ncs 2 5 8 1 13 0 0 −
opa 0 1 1 0 2 0 0 −
pch 0 0 4 1 8 0 0 −
pic 0 2 5 1 6 2 0 −
sas 1 2 6 1 8 0 0 −
sce 5 1 9 0 13 0 0 −
spo 1 1 4 1 6 2 0 −
sre 0 0 0 3 0 4 0 −
tbl 6 2 10 0 13 1 0 −
tdl 2 2 5 1 7 2 0 −
tpf 4 1 7 1 7 1 0 −
ttt 0 1 0 2 0 5 0 −
uma 0 0 1 2 0 4 0 −
vda 0 1 0 5 11 0 0 −
vma 0 − 0 4 2 6 0 −
yli 0 3 7 8 10 23 0 −
zro 5 1 7 1 13 0 0 −
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
zéros 1 0 1 40
db,diff 52 103 170 127 279 147 0 2
total.diff 155 297 426 2
corel 0.04 -0.31 -0.19 −
db,dif 52 62 170 85 279 106 0 0
total.dif 114 255 385 0
indice 0.84 2.00 2.63 −
max,29 6 6 10 8 20 23 0 0
codons acx
C42 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2
ani 0 1 0 − 0 1 4 1
aor 0 1 0 − 0 1 8 1
bfu 0 2 0 − 0 − 2 3
cal 1 0 0 − 0 0 2 1
cgr 2 0 0 − 0 0 8 0
cjd 1 1 0 − 0 0 5 0
cneg 0 0 0 − 0 0 0 4
cot 1 0 0 − 0 0 3 0
dha 0 2 0 − 0 0 6 1
ecu 0 0 0 − 0 0 0 0
ede 0 0 0 − 0 0 0 1
fgr 1 2 0 − 1 1 7 3
fgr5 1 2 0 − 1 1 7 3
fve 0 2 0 − 2 1 0 6
fvr 1 2 0 − 0 1 4 6
kaf 2 0 0 − 0 0 8 2
kpa 0 0 0 − 0 0 3 1
kla 1 0 0 − 0 0 5 0
kna 0 1 0 − 0 0 6 0
lkl 1 0 0 − 0 0 9 2
lth 0 1 0 − 0 0 7 1
mfa 3 0 0 − 1 0 9 0
mgr 0 1 0 − 0 1 1 4
mth 0 1 0 − 0 2 1 4
ncr 0 2 0 − 0 2 9 2
ncs 1 1 0 − 0 1 10 0
opa 0 0 0 − 0 0 2 0
pch 0 2 0 − 0 1 6 5
pic 1 0 0 − 0 0 6 0
sas 0 2 0 − 0 1 5 1
sce 2 1 0 − 0 0 10 0
spo 0 1 0 − 0 0 5 1
sre 0 0 0 − 0 0 0 3
tbl 1 1 0 − 0 0 11 3
tdl 1 0 0 − 0 0 7 1
tpf 0 1 0 − 0 0 6 2
ttt 0 0 0 − 0 1 0 3
uma 0 0 0 − 0 0 3 0
vda 0 2 0 − 0 2 6 1
vma 0 2 0 − 0 1 0 3
yli 0 2 0 − 0 1 21 0
zro 1 0 0 − 0 1 9 0
aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2
zéros 0 42 1 0
db,diff 22 78 0 0 5 61 221 111
total.diff 100 0 66 332
corel -0.31 − 0.15 -0.35
db,dif 22 36 0 0 5 20 221 69
total.dif 58 0 25 290
indice 0.61 − 0.25 3.20
max,29 3 2 0 0 2 2 21 6
codons agx
C42 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2
ani 1 0 0 3 0 1 0 −
aor 0 1 1 4 0 1 0 −
bfu 0 4 0 4 0 0 0 −
cal 4 0 0 1 0 0 0 −
cgr 8 0 1 1 0 0 0 −
cjd 5 1 2 0 0 − 0 −
cneg 0 0 0 1 0 2 0 −
cot 1 0 0 0 0 0 0 −
dha 7 2 1 1 0 0 0 −
ecu 0 0 0 0 0 0 0 −
ede 0 − 0 0 0 0 0 −
fgr 0 2 1 6 0 2 0 −
fgr5 0 2 1 6 0 2 0 −
fve 0 1 3 0 2 3 0 −
fvr 0 1 1 5 0 1 0 −
kaf 9 1 2 1 0 0 0 −
kpa 2 1 0 1 0 0 0 −
kla 5 1 0 1 0 0 0 −
kna 4 1 2 0 0 0 0 −
lkl 10 1 0 3 0 0 0 −
lth 6 2 0 2 0 0 0 −
mfa 9 0 3 2 1 0 0 −
mgr 0 0 0 2 0 2 0 −
mth 0 0 0 4 0 1 0 −
ncr 1 3 0 5 1 3 0 −
ncs 9 0 1 2 0 0 0 −
opa 2 0 1 0 0 0 0 −
pch 0 − 1 2 0 1 0 −
pic 5 1 0 1 0 0 0 −
sas 5 1 1 2 0 0 0 −
sce 10 0 2 1 0 0 0 −
spo 0 1 2 0 0 0 0 −
sre 0 0 0 − 0 0 0 −
tbl 10 2 0 5 0 0 0 −
tdl 5 1 2 0 0 0 0 −
tpf 6 1 0 2 0 0 0 −
ttt 0 0 0 2 0 1 0 −
uma 0 0 1 0 0 0 0 −
vda 0 2 2 2 0 1 0 −
vma 0 0 0 2 0 2 0 −
yli 3 0 0 5 0 0 0 −
zro 7 0 0 4 1 0 0 −
aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2
zéros 2 1 1 42
db,diff 134 73 31 124 5 64 0 0
total.diff 207 155 69 0
corel -0.04 -0.29 0.43 −
db,dif 134 33 31 83 5 23 0 0
total.dif 167 114 28 0
indice 4.06 0.37 0.22 −
max,29 10 4 3 6 2 3 0 0
codons atx
C42 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2
ani 0 0 0 − 2 4 2 4
aor 0 1 0 − 0 7 5 4
bfu 0 0 0 − 3 4 0 7
cal 0 0 0 − 2 1 0 5
cgr 0 1 0 − 5 1 8 0
cjd 0 0 0 0 3 3 5 0
cneg 0 0 0 − 1 5 1 4
cot 0 0 0 − 0 3 3 0
dha 0 1 0 0 1 8 8 0
ecu 0 0 0 − 0 1 0 0
ede 0 0 0 − 0 1 0 1
fgr 0 2 0 − 0 5 8 4
fgr5 0 2 0 − 0 4 6 4
fve 0 1 0 − 8 6 9 1
fvr 0 0 0 − 2 5 4 6
kaf 0 1 0 − 5 3 12 0
kpa 0 0 0 − 1 2 4 0
kla 0 0 0 − 3 2 6 0
kna 0 1 0 − 2 1 6 0
lkl 0 0 0 − 8 1 10 1
lth 0 0 0 − 4 3 9 0
mfa 1 2 0 − 5 4 10 1
mgr 0 0 0 − 2 5 0 7
mth 0 0 0 0 1 6 0 7
ncr 0 0 0 0 9 7 0 16
ncs 0 1 0 − 7 1 11 0
opa 0 0 0 − 2 1 3 0
pch 0 1 0 − 1 9 7 2
pic 0 0 0 − 1 4 6 0
sas 0 0 0 0 4 5 8 0
sce 0 1 0 − 8 1 12 0
spo 0 0 0 − 3 3 6 1
sre 0 0 0 − 0 3 0 3
tbl 0 1 0 − 5 5 13 3
tdl 0 0 0 − 5 1 7 0
tpf 1 0 0 − 4 3 9 0
ttt 0 0 0 − 0 4 0 5
uma 0 0 0 − 0 3 2 1
vda 0 − 0 − 4 4 8 0
vma 0 0 0 − 3 4 0 6
yli 0 0 0 − 11 6 14 11
zro 0 0 0 0 7 1 9 1
ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2
zéros 1 36 0 0
db,diff 2 57 0 6 132 192 231 147
total.diff 59 6 324 378
corel 0.22 − -0.07 -0.35
db,dif 2 16 0 0 132 150 231 105
total.dif 18 0 282 336
indice 0.13 − 0.88 2.20
max,29 1 2 0 0 11 9 14 16
codons cax
C42 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2
ani 0 1 3 1 1 3 0 −
aor 1 2 1 6 3 3 0 −
bfu 2 3 0 3 0 1 0 −
cal 0 4 0 2 0 0 0 −
cgr 5 0 4 1 1 0 0 −
cjd 5 0 4 1 0 1 0 −
cneg 0 1 0 3 2 0 0 −
cot 0 2 0 0 0 0 0 −
dha 5 1 4 1 0 0 0 −
ecu 0 0 0 0 0 0 0 −
ede 0 0 0 1 0 0 0 −
fgr 0 4 2 4 6 0 0 −
fgr5 0 4 2 4 6 0 0 −
fve 0 3 0 6 0 5 0 −
fvr 0 3 1 4 6 1 0 −
kaf 7 1 5 0 0 0 0 −
kpa 2 0 2 0 0 1 0 −
kla 3 2 3 0 0 0 0 −
kna 3 0 3 0 0 1 0 −
lkl 8 1 5 0 0 0 0 −
lth 2 2 2 2 4 0 0 −
mfa 6 1 7 0 3 0 0 −
mgr 0 1 3 0 0 5 0 −
mth 0 1 0 3 0 4 0 −
ncr 0 2 3 5 1 9 0 −
ncs 8 0 7 0 0 0 0 −
opa 1 0 1 0 0 0 0 −
pch 0 2 6 4 4 0 0 −
pic 3 1 3 0 0 1 0 −
sas 3 0 3 2 1 2 0 −
sce 6 2 6 0 0 0 0 −
spo 2 1 3 0 1 0 0 −
sre 0 2 0 1 0 1 0 −
tbl 7 2 6 0 0 0 0 −
tdl 4 1 3 0 1 0 0 −
tpf 5 1 4 0 0 0 0 −
ttt 0 1 0 2 0 3 0 −
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vda 0 1 5 0 3 2 0 −
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zro 9 0 4 1 1 1 0 −
caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2
zéros 0 0 0 42
db,diff 97 99 112 108 44 105 0 0
total.diff 196 220 149 0
corel -0.36 -0.31 -0.15 −
db,dif 97 57 112 66 44 63 0 0
total.dif 154 178 107 0
indice 1.70 1.70 0.70 −
max,29 9 4 7 6 6 14 0 0
codons ccx
C42 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2
ani 0 1 0 − 0 1 1 4
aor 0 2 0 − 0 − 3 5
bfu 0 7 0 − 0 0 0 3
cal 0 3 0 − 0 − 0 0
cgr 5 1 0 − 0 − 0 0
cjd 6 0 0 − 0 − 0 −
cneg 0 0 0 − 0 0 0 5
cot 0 2 0 − 0 − 0 0
dha 2 4 0 − 0 − 0 0
ecu 0 0 0 − 0 0 0 0
ede 0 0 0 − 0 0 0 −
fgr 0 2 0 − 0 1 4 5
fgr5 0 2 0 − 0 1 4 5
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kaf 1 8 0 − 0 − 0 0
kpa 3 0 0 − 0 0 1 0
kla 1 5 0 − 0 − 0 0
kna 2 3 0 − 0 − 0 0
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mgr 0 1 0 − 0 1 1 3
mth 0 1 0 − 0 2 0 5
ncr 1 2 0 − 0 3 8 3
ncs 2 7 0 − 0 − 0 0
opa 1 1 0 − 0 − 0 −
pch 0 − 0 − 0 0 0 −
pic 2 3 0 − 0 − 0 0
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sce 3 6 0 − 0 − 1 0
spo 0 1 0 − 0 0 5 0
sre 0 0 0 − 0 0 0 2
tbl 0 12 0 − 0 − 0 0
tdl 4 1 0 − 0 − 0 0
tpf 0 6 0 − 0 − 0 0
ttt 0 1 0 − 0 2 0 3
uma 0 0 0 − 0 0 0 3
vda 0 2 0 − 0 1 4 3
vma 0 1 0 − 0 0 0 0
yli 2 0 0 − 0 1 15 5
zro 9 0 0 − 0 − 1 1
cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2
zéros 1 41 21 4
db,diff 56 149 0 1 0 36 51 104
total.diff 205 1 36 155
corel -0.09 − − 0.39
db,dif 56 108 0 0 0 15 51 66
total.dif 164 0 15 117
indice 0.52 − 0.00 0.77
max,29 9 12 0 0 0 3 15 8
codons cgx
C42 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2
ani 0 1 0 − 0 1 6 2
aor 1 0 0 − 0 2 10 1
bfu 1 2 0 − 0 1 1 4
cal 0 − 0 − 0 0 0 1
cgr 0 − 0 − 0 0 3 0
cjd 0 − 0 − 0 0 3 2
cneg 4 0 0 − 0 0 0 2
cot 0 − 0 − 0 0 0 1
dha 0 − 0 − 0 0 3 1
ecu 0 0 0 − 0 − 0 0
ede 0 1 0 − 0 0 0 1
fgr 2 6 0 − 0 0 8 1
fgr5 2 6 0 − 0 0 8 1
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fvr 1 5 0 − 0 0 8 1
kaf 0 − 0 − 0 0 2 1
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kna 0 − 0 − 0 0 1 1
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ncs 0 − 0 − 0 1 3 1
opa 0 − 0 − 0 0 0 1
pch 0 1 0 − 1 0 9 0
pic 0 − 0 − 0 0 2 0
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uma 0 2 0 − 0 − 0 3
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vma 1 0 0 − 0 1 0 5
yli 14 10 0 − 0 − 0 0
zro 0 − 0 − 0 0 3 1
cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2
zéros 20 42 4 0
db,diff 30 62 0 0 5 50 126 112
total.diff 92 0 55 238
corel 0.75 − 0.06 -0.24
db,dif 30 40 0 0 5 12 126 70
total.dif 70 0 17 196
indice 0.75 − 0.42 1.80
max,29 14 10 0 0 1 2 19 10
codons ctx
C42 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2
ani 0 1 0 − 0 2 0 5
aor 0 0 0 − 0 3 0 −
bfu 0 0 0 − 0 0 1 4
cal 0 − 0 − 0 0 0 1
cgr 3 0 0 0 0 − 0 −
cjd 1 1 0 − 0 0 3 0
cneg 0 − 0 − 0 0 2 3
cot 0 − 0 − 0 0 0 0
dha 0 0 0 − 0 0 0 1
ecu 0 0 0 − 0 0 0 0
ede 0 0 0 0 0 0 0 0
fgr 0 1 0 − 2 2 11 1
fgr5 0 1 0 − 2 2 5 0
fve 0 1 0 − 1 0 2 3
fvr 0 1 0 − 1 3 7 4
kaf 0 1 0 − 0 − 0 1
kpa 0 0 0 − 0 1 0 1
kla 0 1 0 0 0 − 0 −
kna 1 1 0 − 0 − 0 0
lkl 0 2 0 0 0 − 0 −
lth 0 2 1 0 0 2 0 −
mfa 0 − 0 − 1 0 2 1
mgr 0 0 0 − 0 3 1 5
mth 0 0 0 − 0 3 0 6
ncr 0 1 0 − 0 5 2 14
ncs 0 2 0 − 0 − 0 1
opa 0 0 0 − 0 0 0 0
pch 0 − 0 0 0 2 5 0
pic 0 − 0 − 0 0 2 0
sas 1 2 0 0 0 0 0 −
sce 1 1 0 0 0 − 0 −
spo 0 0 0 − 0 0 3 1
sre 0 0 0 − 0 1 0 3
tbl 0 1 4 1 0 − 0 −
tdl 0 3 0 0 0 − 0 −
tpf 0 1 0 0 0 − 0 −
ttt 0 0 0 − 0 3 1 3
uma 0 1 0 − 0 1 1 2
vda 0 0 0 − 0 3 6 1
vma 0 2 0 − 0 3 3 1
yli 0 1 0 − 6 6 9 11
zro 0 4 0 0 0 − 0 −
cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2
zéros 6 30 11 11
db,diff 7 68 5 13 13 76 66 104
total.diff 75 18 89 170
corel -0.06 0.97 0.48 0.18
db,dif 7 32 5 1 13 45 66 73
total.dif 39 6 58 139
indice 0.22 5.00 0.29 0.90
max,29 3 4 4 1 6 6 11 14
codons gax
C42 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2
ani 0 2 2 5 5 2 0 −
aor 1 4 5 7 8 2 0 −
bfu 0 5 3 5 0 8 0 −
cal 1 4 5 0 0 0 0 −
cgr 8 0 8 0 2 0 0 −
cjd 3 1 5 2 8 0 0 −
cneg 0 2 0 1 0 9 0 −
cot 0 1 4 0 0 0 0 −
dha 7 1 8 1 0 0 0 −
ecu 0 0 0 0 0 0 0 −
ede 0 0 0 1 0 1 0 −
fgr 1 3 13 0 12 6 0 −
fgr5 1 2 9 0 8 4 0 −
fve 1 4 0 6 1 10 0 0
fvr 0 4 13 0 4 11 0 0
kaf 14 0 12 0 1 0 0 −
kpa 3 1 5 0 3 0 0 −
kla 7 0 7 0 1 0 0 −
kna 4 1 6 1 2 0 0 −
lkl 12 0 12 0 1 1 0 −
lth 4 1 9 0 8 2 0 −
mfa 6 1 13 0 6 1 0 −
mgr 1 1 5 4 0 8 0 −
mth 0 1 0 9 0 7 0 −
ncr 3 1 10 7 12 11 0 −
ncs 11 1 13 0 0 0 0 −
opa 1 0 2 0 1 1 0 −
pch 0 2 7 1 9 0 0 −
pic 7 0 7 0 1 0 0 −
sas 2 1 9 1 7 0 0 −
sce 12 1 14 1 1 0 0 −
spo 3 0 7 0 5 0 0 −
sre 0 1 0 2 0 3 0 −
tbl 11 4 16 2 0 0 0 −
tdl 7 0 8 0 2 1 0 −
tpf 8 2 10 1 0 0 0 −
ttt 0 1 0 5 1 5 0 −
uma 0 1 2 2 0 4 0 −
vda 0 1 4 5 10 1 0 −
vma 0 2 1 4 0 8 0 −
yli 3 2 3 24 11 15 0 −
zro 8 1 10 3 3 0 0 −
gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2
zéros 0 0 0 40
db,diff 150 102 267 142 133 163 0 2
total.diff 252 409 296 2
corel -0.29 -0.33 0.22 −
db,dif 150 60 267 100 133 121 0 0
total.dif 210 367 254 0
indice 2.50 2.67 1.10 −
max,29 14 5 16 24 12 15 0 0
codons gcx
C42 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2
ani 0 1 0 − 2 0 7 0
aor 1 1 0 − 1 2 8 1
bfu 0 4 0 − 0 1 7 0
cal 0 1 0 − 0 − 5 0
cgr 4 0 0 − 0 − 9 0
cjd 1 1 0 − 0 − 5 0
cneg 0 0 0 − 0 1 0 7
cot 1 0 0 − 0 − 2 0
dha 3 1 0 − 0 0 6 0
ecu 0 0 0 − 0 0 0 0
ede 0 0 0 − 0 0 0 1
fgr 0 3 0 − 0 1 5 8
fgr5 0 2 0 − 0 2 4 8
fve 3 5 0 − 3 1 10 2
fvr 1 1 0 − 1 1 1 12
kaf 3 1 0 − 0 − 11 0
kpa 1 0 0 − 0 − 4 0
kla 2 0 0 − 0 − 6 0
kna 0 0 0 − 0 0 4 2
lkl 3 0 0 − 0 − 11 1
lth 0 2 0 − 0 1 9 0
mfa 6 1 0 − 1 0 10 1
mgr 0 2 0 − 0 1 0 8
mth 0 1 0 − 0 2 0 6
ncr 0 2 0 − 0 4 6 12
ncs 3 1 0 − 0 − 10 1
opa 1 0 0 − 0 − 2 0
pch 0 1 0 − 0 1 7 0
pic 2 0 0 − 0 − 6 0
sas 1 4 0 − 0 1 6 0
sce 4 0 0 − 0 − 10 0
spo 1 0 0 − 0 0 5 0
sre 0 0 0 − 0 0 0 2
tbl 3 1 0 − 0 − 16 2
tdl 3 0 0 − 0 − 7 0
tpf 2 0 0 − 0 − 7 1
ttt 0 1 0 − 0 2 0 6
uma 0 0 0 − 0 0 1 3
vda 0 1 0 − 2 1 2 8
vma 0 1 0 − 0 1 0 6
yli 3 0 0 − 1 0 28 1
zro 6 2 0 − 0 − 11 0
gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2
zéros 0 42 16 0
db,diff 58 83 0 0 11 49 248 141
total.diff 141 0 60 389
corel -0.05 − -0.09 -0.36
db,dif 58 41 0 0 11 23 248 99
total.dif 99 0 34 347
indice 1.41 − 0.48 2.51
max,29 6 5 0 0 3 4 28 12
codons ggx
C42 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2
ani 0 2 10 0 0 0 0 −
aor 2 1 14 0 0 0 0 −
bfu 3 3 0 7 0 1 0 0
cal 1 0 4 0 0 0 0 −
cgr 1 0 11 0 0 0 0 −
cjd 2 1 10 0 0 0 0 −
cneg 1 1 4 4 0 1 0 −
cot 0 0 1 0 0 − 0 −
dha 2 2 10 0 0 0 0 −
ecu 0 0 0 0 0 0 0 −
ede 0 0 0 1 0 1 0 −
fgr 0 5 2 11 0 0 0 −
fgr5 0 4 2 12 0 0 0 −
fve 4 4 0 10 1 6 0 −
fvr 3 1 11 2 0 0 0 −
kaf 1 2 16 0 0 0 0 −
kpa 0 2 3 1 0 0 0 −
kla 0 1 6 0 0 0 0 −
kna 0 0 7 1 1 0 0 −
lkl 1 0 14 0 1 0 0 −
lth 2 0 13 1 0 1 0 −
mfa 4 1 15 0 1 0 0 −
mgr 0 2 0 13 0 2 0 −
mth 1 2 9 1 0 1 0 −
ncr 2 1 24 1 0 5 0 −
ncs 2 0 12 0 1 0 0 −
opa 0 1 3 0 0 − 0 −
pch 1 3 10 0 0 0 0 −
pic 1 1 9 0 0 0 0 −
sas 1 0 10 0 0 1 0 −
sce 2 0 15 0 0 1 0 −
spo 0 2 7 0 0 0 0 −
sre 0 1 1 4 0 0 0 −
tbl 1 1 22 0 0 0 0 −
tdl 1 0 10 0 0 0 0 −
tpf 0 1 12 0 0 0 0 −
ttt 0 1 7 2 0 1 0 −
uma 0 1 0 5 0 0 0 −
vda 0 2 12 0 0 2 0 −
vma 2 0 0 8 0 1 0 0
yli 1 9 29 0 0 − 0 −
zro 4 0 15 1 0 1 0 −
gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2
zéros 0 0 3 40
db,diff 46 100 360 127 5 64 0 2
total.diff 146 487 69 2
corel -0.03 -0.53 0.17 −
db,dif 46 58 360 85 5 25 0 0
total.dif 104 445 30 0
indice 0.79 4.24 0.20 −
max,29 4 9 29 13 1 6 0 0
codons gtx
C42 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2
ani 0 0 0 − 0 1 6 1
aor 0 1 0 0 0 2 8 1
bfu 0 1 0 − 0 1 0 7
cal 0 0 0 − 0 0 3 2
cgr 0 1 0 − 0 0 9 0
cjd 0 1 0 − 2 0 7 1
cneg 0 − 0 − 0 1 1 5
cot 0 0 0 − 0 0 2 1
dha 0 1 0 − 0 0 8 1
ecu 0 0 0 − 0 0 0 0
ede 0 0 0 − 0 0 0 1
fgr 0 1 0 − 0 2 11 7
fgr5 0 1 0 − 0 2 10 5
fve 0 2 0 − 1 1 5 1
fvr 0 1 0 − 0 2 11 1
kaf 0 1 0 − 0 0 11 1
kpa 0 0 0 − 0 0 3 1
kla 0 0 0 − 0 1 6 0
kna 0 0 0 − 0 1 6 0
lkl 0 0 0 − 2 0 13 0
lth 0 0 0 − 2 0 9 1
mfa 1 0 0 − 2 1 10 1
mgr 0 0 0 − 0 1 0 5
mth 0 1 0 − 0 2 4 2
ncr 0 1 0 − 0 3 18 0
ncs 0 1 0 − 1 0 10 2
opa 0 − 0 − 0 0 2 0
pch 0 0 0 − 2 0 4 4
pic 0 1 0 − 0 0 4 2
sas 1 1 0 − 1 2 5 1
sce 1 0 0 − 1 0 12 1
spo 1 0 0 − 0 0 7 1
sre 0 0 0 − 0 0 0 3
tbl 0 1 0 − 0 0 15 2
tdl 0 0 0 − 1 0 10 1
tpf 1 0 0 − 0 0 9 0
ttt 0 0 0 − 0 2 3 2
uma 0 0 0 − 0 0 1 2
vda 0 0 0 − 0 1 2 8
vma 0 0 0 − 0 1 0 6
yli 1 0 0 − 3 4 21 2
zro 0 1 0 − 3 0 10 1
gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2
zéros 2 41 0 0
db,diff 6 58 0 1 21 73 276 125
total.diff 64 1 94 401
corel -0.22 − 0.04 -0.31
db,dif 6 18 0 0 21 31 276 83
total.dif 24 0 52 359
indice 0.33 − 0.68 3.33
max,29 1 2 0 0 3 4 21 8
codons tax
C42 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2
ani 0 − 1 4 0 − 0 −
aor 0 − 2 10 0 − 0 0
bfu 0 − 1 4 0 − 0 −
cal 0 − 0 3 0 − 0 −
cgr 0 − 5 0 0 − 0 −
cjd 0 − 2 3 0 − 0 −
cneg 0 − 0 3 0 − 0 −
cot 0 − 1 1 0 − 0 −
dha 0 − 3 2 0 − 0 −
ecu 0 − 0 0 0 − 0 −
ede 0 − 0 0 0 − 0 −
fgr 0 − 4 3 0 − 0 −
fgr5 0 − 3 2 0 − 0 −
fve 0 − 0 5 0 − 0 −
fvr 0 − 1 6 0 − 0 −
kaf 0 − 6 2 0 − 0 −
kpa 0 − 0 3 0 − 0 −
kla 0 − 4 0 0 − 0 −
kna 0 − 1 3 0 − 0 −
lkl 0 − 0 6 0 − 0 −
lth 0 − 1 4 0 − 0 −
mfa 0 − 8 1 0 − 0 −
mgr 0 − 0 4 0 − 0 −
mth 0 − 2 3 0 − 0 −
ncr 0 − 4 5 0 0 0 −
ncs 0 − 7 1 0 − 0 −
opa 0 − 0 1 0 − 0 −
pch 0 0 2 2 0 − 0 −
pic 0 − 1 3 0 − 0 −
sas 0 − 2 2 0 − 0 −
sce 0 − 6 1 0 − 0 −
spo 0 − 1 2 0 − 0 −
sre 0 − 0 1 0 − 0 −
tbl 0 − 2 6 0 − 0 −
tdl 0 − 3 3 0 − 0 −
tpf 0 − 4 1 0 − 0 −
ttt 0 − 0 3 0 − 0 −
uma 0 − 2 0 0 − 0 −
vda 0 − 0 5 0 − 0 0
vma 0 − 2 2 0 − 0 −
yli 0 − 4 9 0 − 0 −
zro 0 − 6 0 0 − 0 −
taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2
zéros 41 0 41 40
db,diff 0 1 91 161 0 1 0 2
total.diff 1 252 1 2
corel − -0.24 − −
db,dif 0 0 91 119 0 0 0 0
total.dif 0 210 0 0
indice − 0.76 − −
max,29 0 0 8 10 0 0 0 0
codons tcx
C42 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2
ani 0 0 0 − 0 1 4 0
aor 0 0 0 − 0 2 4 2
bfu 1 2 0 − 0 1 6 0
cal 1 1 0 − 0 0 3 0
cgr 1 0 0 − 0 0 8 0
cjd 0 2 0 − 0 0 6 0
cneg 0 0 0 − 0 0 1 4
cot 0 1 0 − 0 0 0 1
dha 1 2 0 − 0 0 5 0
ecu 0 0 0 − 0 0 0 0
ede 0 0 0 − 0 0 0 0
fgr 0 1 0 − 0 1 5 5
fgr5 0 1 0 − 0 1 5 5
fve 0 1 0 − 0 2 3 3
fvr 0 1 0 − 0 2 6 3
kaf 3 0 0 − 0 0 8 2
kpa 1 0 0 − 0 0 3 0
kla 1 0 0 − 0 0 5 0
kna 0 0 0 − 0 0 6 0
lkl 1 0 0 − 0 0 4 6
lth 1 0 0 − 0 1 8 0
mfa 3 0 0 − 1 0 7 2
mgr 0 1 0 − 0 2 0 3
mth 0 2 0 − 1 1 1 3
ncr 0 2 0 − 1 2 12 1
ncs 2 1 0 − 0 0 10 1
opa 0 0 0 − 0 0 1 0
pch 0 0 0 − 0 1 3 3
pic 1 0 0 − 0 1 5 0
sas 0 2 0 − 0 2 6 0
sce 2 0 0 − 0 0 9 1
spo 0 1 0 − 0 0 6 0
sre 0 0 0 − 0 1 0 1
tbl 3 0 0 − 0 1 13 2
tdl 1 0 0 − 0 0 6 0
tpf 1 0 0 − 0 0 7 0
ttt 0 0 0 − 0 2 2 0
uma 0 0 0 − 0 2 0 2
vda 0 2 0 0 1 2 3 2
vma 0 0 0 − 0 2 2 2
yli 0 1 0 − 1 2 17 3
zro 0 2 0 − 0 1 11 0
tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2
zéros 0 41 0 0
db,diff 24 68 0 1 5 75 211 99
total.diff 92 1 80 310
corel -0.27 − 0.27 -0.05
db,dif 24 26 0 0 5 33 211 57
total.dif 50 0 38 268
indice 0.92 − 0.15 3.70
max,29 3 2 0 0 1 2 17 6
codons tgx
C42 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2
ani 0 − 1 1 2 0 0 −
aor 0 − 0 3 3 0 0 0
bfu 0 − 0 4 4 1 0 −
cal 0 − 0 1 0 1 0 −
cgr 0 − 2 0 0 4 0 −
cjd 0 0 1 1 3 0 0 −
cneg 0 − 0 2 0 2 0 −
cot 0 − 0 − 0 0 0 −
dha 0 0 3 0 3 0 0 −
ecu 0 − 0 0 0 0 0 −
ede 0 0 0 0 0 − 0 −
fgr 0 0 2 2 0 3 0 −
fgr5 0 0 2 2 0 3 0 −
fve 0 − 0 3 0 3 0 −
fvr 0 − 1 3 0 4 0 −
kaf 0 − 4 0 4 1 0 −
kpa 0 − 1 0 1 1 0 −
kla 0 − 2 0 1 2 0 −
kna 0 − 1 2 0 3 0 −
lkl 0 − 3 1 1 3 0 −
lth 0 − 2 1 2 2 0 −
mfa 0 − 2 1 5 0 0 −
mgr 0 − 0 2 3 0 0 −
mth 0 0 1 1 1 2 0 −
ncr 0 − 5 1 5 1 0 −
ncs 0 − 3 0 0 6 0 −
opa 0 − 0 0 0 1 0 −
pch 0 0 0 2 0 − 0 −
pic 0 − 2 0 3 0 0 −
sas 0 0 1 1 3 1 0 −
sce 0 − 3 0 5 0 0 −
spo 0 − 1 1 2 0 0 −
sre 0 0 0 1 0 1 0 −
tbl 0 − 0 − 1 5 0 −
tdl 0 − 2 0 3 0 0 −
tpf 0 − 3 0 1 2 0 −
ttt 0 − 1 1 1 2 0 −
uma 0 1 0 1 0 1 0 −
vda 0 0 1 3 0 2 0 −
vma 0 − 1 1 0 2 0 −
yli 0 − 7 0 5 7 0 −
zro 0 − 3 0 2 3 0 −
tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2
zéros 31 2 2 41
db,diff 0 12 61 82 64 109 0 1
total.diff 12 143 173 1
corel − -0.44 -0.28 −
db,dif 0 1 61 42 64 69 0 0
total.dif 1 103 133 0
indice 0.00 1.45 0.93 −
max,29 0 1 7 4 5 7 0 0
codons ttx
C42 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
ani 0 0 2 2 0 1 0 −
aor 0 2 1 5 0 − 0 −
bfu 0 1 2 4 0 4 0 −
cal 3 1 1 3 1 4 0 −
cgr 2 0 5 0 3 4 0 −
cjd 0 0 4 3 6 0 0 −
cneg 0 0 0 4 0 2 0 −
cot 2 0 0 1 0 0 0 −
dha 8 1 5 3 3 0 0 −
ecu 0 0 0 0 0 0 0 −
ede 0 0 0 0 0 0 0 −
fgr 0 1 3 7 0 2 0 −
fgr5 0 0 2 6 0 2 0 −
fve 0 0 0 14 0 3 0 1
fvr 0 1 1 8 0 3 0 −
kaf 11 2 2 6 0 1 0 −
kpa 0 0 4 0 0 2 0 −
kla 1 1 4 0 4 2 0 −
kna 2 0 1 4 2 2 0 −
lkl 2 0 4 3 4 6 0 −
lth 1 0 0 6 1 6 0 −
mfa 2 1 9 0 12 1 0 −
mgr 0 0 2 4 0 1 0 −
mth 0 0 1 3 0 1 0 −
ncr 0 0 8 3 0 4 0 −
ncs 5 1 3 6 0 8 0 −
opa 0 0 2 0 2 0 0 −
pch 0 1 3 1 0 − 0 −
pic 2 0 4 1 7 0 0 −
sas 1 1 3 3 4 2 0 −
sce 6 0 5 4 5 4 0 −
spo 0 1 3 1 3 0 0 −
sre 0 − 0 3 0 − 0 −
tbl 10 1 5 6 3 5 0 −
tdl 2 0 2 3 3 4 0 −
tpf 8 0 6 2 1 0 0 −
ttt 0 6 0 4 0 0 0 −
uma 0 − 1 1 0 − 0 −
vda 0 0 2 4 0 1 0 −
vma 0 − 1 2 0 2 0 −
yli 0 0 6 10 0 2 0 −
zro 3 0 4 3 0 9 0 −
tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
zéros 3 0 4 41
db,diff 71 61 111 185 64 126 0 2
total.diff 132 296 190 2
corel 0.10 -0.15 -0.11 −
db,dif 71 22 111 143 64 88 0 1
total.dif 93 254 152 1
indice 3.23 0.78 0.73 0.00
max,29 11 6 9 14 12 9 0 1
C42-Codons. Les carrés
modifier
C42-tg. Effectifs, corrélations et indices doublons/différents de 42 champignons
I1. C42fe-tg  db,dif  différents
g1 t1
ttt 1 tct 57 tat 0 tgt 0
atc 0 act 69 aat 0 agt 0
ctt 73 cct 66 cat 0 cgt 70
gtt 83 gct 99 gat 0 ggc 85
ttc 143 tcc 0 tac 119 tgc 42
att 105 acc 0 aac 85 agc 83
ctc 1 ccc 0 cac 66 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 100 ggt 0
tta 22 tca 26 taa 0 tga 1
ata 16 aca 36 aaa 62 aga 33
cta 32 cca 108 caa 57 cga 40
gta 18 gca 41 gaa 60 gga 58
ttg 88 tcg 33 tag 0 tgg 69
atg 150 acg 20 aag 106 agg 23
ctg 45 ccg 15 cag 63 cgg 12
gtg 31 gcg 23 gag 121 ggg 25
I2. C42be-tg  db,dif  doublons
g1 t1
ttt 0 tct 211 tat 0 tgt 0
atc 0 act 221 aat 0 agt 0
ctt 66 cct 51 cat 0 cgt 126
gtt 276 gct 248 gat 0 ggc 360
ttc 111 tcc 0 tac 91 tgc 61
att 231 acc 0 aac 170 agc 31
ctc 5 ccc 0 cac 112 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 267 ggt 0
tta 71 tca 24 taa 0 tga 0
ata 2 aca 22 aaa 52 aga 134
cta 7 cca 56 caa 97 cga 30
gta 6 gca 58 gaa 150 gga 46
ttg 64 tcg 5 tag 0 tgg 64
atg 132 acg 5 aag 279 agg 5
ctg 13 ccg 0 cag 44 cgg 5
gtg 21 gcg 11 gag 133 ggg 5
I3. C42e-tg   db,dif  db + dif
g1 t1
ttt 1 tct 268 tat 0 tgt 0
atc 0 act 290 aat 0 agt 0
ctt 139 cct 117 cat 0 cgt 196
gtt 359 gct 347 gat 0 ggc 445
ttc 254 tcc 0 tac 210 tgc 103
att 336 acc 0 aac 255 agc 114
ctc 6 ccc 0 cac 178 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 367 ggt 0
tta 93 tca 50 taa 0 tga 1
ata 18 aca 58 aaa 114 aga 167
cta 39 cca 164 caa 154 cga 70
gta 24 gca 99 gaa 210 gga 104
ttg 152 tcg 38 tag 0 tgg 133
atg 282 acg 25 aag 385 agg 28
ctg 58 ccg 15 cag 107 cgg 17
gtg 52 gcg 34 gag 254 ggg 30
II1. C42f-tg  db,diff  différents
g1 t1
ttt 2 tct 99 tat 2 tgt 1
atc 6 act 111 aat 2 agt 0
ctt 104 cct 104 cat 0 cgt 112
gtt 125 gct 141 gat 2 ggc 127
ttc 185 tcc 1 tac 161 tgc 82
att 147 acc 0 aac 127 agc 124
ctc 13 ccc 1 cac 108 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 142 ggt 2
tta 61 tca 68 taa 1 tga 12
ata 57 aca 78 aaa 103 aga 73
cta 68 cca 149 caa 99 cga 62
gta 58 gca 83 gaa 102 gga 100
ttg 126 tcg 75 tag 1 tgg 109
atg 192 acg 61 aag 147 agg 64
ctg 76 ccg 36 cag 105 cgg 50
gtg 73 gcg 49 gag 163 ggg 64
II2. C42b-tg  db,diff  doublons
g1 t1
ttt 0 tct 211 tat 0 tgt 0
atc 0 act 221 aat 0 agt 0
ctt 66 cct 51 cat 0 cgt 126
gtt 276 gct 248 gat 0 ggc 360
ttc 111 tcc 0 tac 91 tgc 61
att 231 acc 0 aac 170 agc 31
ctc 5 ccc 0 cac 112 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 267 ggt 0
tta 71 tca 24 taa 0 tga 0
ata 2 aca 22 aaa 52 aga 134
cta 7 cca 56 caa 97 cga 30
gta 6 gca 58 gaa 150 gga 46
ttg 64 tcg 5 tag 0 tgg 64
atg 132 acg 5 aag 279 agg 5
ctg 13 ccg 0 cag 44 cgg 5
gtg 21 gcg 11 gag 133 ggg 5
II3. C42-tg  db,diff  db + diff
g1 t1
ttt 2 tct 310 tat 2 tgt 1
atc 6 act 332 aat 2 agt 0
ctt 170 cct 155 cat 0 cgt 238
gtt 401 gct 389 gat 2 ggc 487
ttc 296 tcc 1 tac 252 tgc 143
att 378 acc 0 aac 297 agc 155
ctc 18 ccc 1 cac 220 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 409 ggt 2
tta 132 tca 92 taa 1 tga 12
ata 59 aca 100 aaa 155 aga 207
cta 75 cca 205 caa 196 cga 92
gta 64 gca 141 gaa 252 gga 146
ttg 190 tcg 80 tag 1 tgg 173
atg 324 acg 66 aag 426 agg 69
ctg 89 ccg 36 cag 149 cgg 55
gtg 94 gcg 60 gag 296 ggg 69
III1. C42z-tg  zéros  −
g1 t1
ttt 41 tct 0 tat 40 tgt 41
atc 36 act 0 aat 40 agt 42
ctt 11 cct 4 cat 42 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 40 ggc 0
ttc 0 tcc 41 tac 0 tgc 2
att 0 acc 42 aac 0 agc 1
ctc 30 ccc 41 cac 0 cgc 42
gtc 41 gcc 42 gac 0 ggt 40
tta 3 tca 0 taa 41 tga 31
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 2
cta 6 cca 1 caa 0 cga 20
gta 2 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 4 tcg 0 tag 41 tgg 2
atg 0 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 11 ccg 21 cag 0 cgg 4
gtg 0 gcg 16 gag 0 ggg 3
III2. C42ei-tg indice doublons/différents
g1 t1
ttt 0.00 tct 3.70 tat − tgt −
atc − act 3.20 aat − agt −
ctt 0.90 cct 0.77 cat − cgt 1.80
gtt 3.33 gct 2.51 gat − ggc 4.24
ttc 0.78 tcc − tac 0.76 tgc 1.45
att 2.20 acc − aac 2.00 agc 0.37
ctc 5.00 ccc − cac 1.70 cgc −
gtc − gcc − gac 2.67 ggt −
tta 3.23 tca 0.92 taa − tga 0.00
ata 0.13 aca 0.61 aaa 0.84 aga 4.06
cta 0.22 cca 0.52 caa 1.70 cga 0.75
gta 0.33 gca 1.41 gaa 2.50 gga 0.79
ttg 0.73 tcg 0.15 tag − tgg 0.93
atg 0.88 acg 0.25 aag 2.63 agg 0.22
ctg 0.29 ccg 0.00 cag 0.70 cgg 0.42
gtg 0.68 gcg 0.48 gag 1.10 ggg 0.20
III3. C42ec-tg  corel  corrélation
g1 t1
ttt − tct -0.05 tat − tgt −
atc − act -0.35 aat − agt −
ctt 0.18 cct 0.39 cat − cgt -0.24
gtt -0.31 gct -0.36 gat − ggc -0.53
ttc -0.15 tcc − tac -0.24 tgc -0.44
att -0.35 acc − aac -0.31 agc -0.29
ctc 0.97 ccc − cac -0.31 cgc −
gtc − gcc − gac -0.33 ggt −
tta 0.10 tca -0.27 taa − tga −
ata 0.22 aca -0.31 aaa 0.04 aga -0.04
cta -0.06 cca -0.09 caa -0.36 cga 0.75
gta -0.22 gca -0.05 gaa -0.29 gga -0.03
ttg -0.11 tcg 0.27 tag − tgg -0.28
atg -0.07 acg 0.15 aag -0.19 agg 0.43
ctg 0.48 ccg − cag -0.15 cgg 0.06
gtg 0.04 gcg -0.09 gag 0.22 ggg 0.17

B42-Codons. Correlations et indices des doublons

modifier
42 Bactéries: Codons, corrélation et indice des doublons
codons aax
B42 aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
bae 2 0 2 1 0 − 0 −
bbd 1 0 0 0 0 − 0 −
bcef 4 1 3 1 0 − 0 −
bcoh 2 1 2 1 0 0 0 −
blr 5 0 3 1 0 − 0 −
cbl 3 0 1 1 0 1 0 −
dzc 2 0 2 0 0 0 0 −
eal 3 0 3 0 0 − 0 −
eclx 4 0 3 1 0 − 0 −
eco 5 0 3 0 0 − 0 −
eno 4 0 3 0 0 − 0 −
gmc 2 1 1 2 0 − 0 −
hmo 4 0 3 0 0 − 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 5 0 3 0 0 − 0 −
ksa 4 0 3 0 0 − 0 −
ksk 0 0 0 1 3 0 0 −
lpl 1 0 2 2 0 0 0 −
mme 3 0 1 0 0 − 0 −
mvs 6 0 5 0 0 − 0 −
pdi 0 1 1 1 0 1 0 −
pdix 4 0 2 1 0 − 0 −
pge 4 0 3 0 0 0 0 −
pha 6 1 3 0 0 − 0 −
ppoy 4 1 5 0 0 0 0 −
pse 1 0 2 0 0 0 0 −
saci 0 − 1 0 0 0 0 −
sbn 6 3 4 0 0 − 0 −
sbz 4 0 3 0 0 − 0 −
sep 1 1 1 1 0 − 0 −
sfr 5 0 2 2 0 − 0 −
sho 0 0 1 0 2 0 0 −
sma 0 0 1 0 2 0 0 −
spl 11 0 6 0 0 − 0 −
sty 2 1 3 1 0 − 0 −
vag 1 0 4 0 0 − 0 −
vau 1 0 3 0 0 − 0 −
vha 3 0 2 2 0 − 0 −
vpf 3 0 2 2 0 − 0 −
vvm 0 0 4 0 0 − 0 −
ype 2 1 2 0 0 0 0 −
yrb 4 0 2 0 0 0 0 −
aaa1 aaa2 aac1 aac2 aag1 aag2 aat1 aat2
zéros 1 0 27 42
db,diff 122 53 100 63 7 17 0 0
total.diff 175 163 24 0
corel 0.10 -0.28 -0.19 −
db,dif 122 12 100 21 7 2 0 0
total.dif 134 121 9 0
indice 10.17 4.76 3.50 −
max,29 11 3 6 2 3 1 0 0
codons acx
B42 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2
bae 0 2 0 0 0 − 0 −
bbd 0 0 0 0 0 − 0 −
bcef 1 1 0 0 0 − 0 −
bcoh 0 1 0 0 0 0 0 −
blr 5 0 0 1 0 − 0 −
cbl 1 2 0 0 0 − 0 −
dzc 0 0 0 1 0 0 0 −
eal 1 0 0 1 0 0 0 −
eclx 0 0 1 0 0 0 0 −
eco 0 0 0 1 0 1 0 −
eno 0 0 1 0 0 0 0 −
gmc 1 1 0 0 0 0 0 −
hmo 0 1 1 1 0 0 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 0 0 1 0 0 0 0 −
ksa 0 0 1 0 0 0 0 −
ksk 0 0 1 0 0 1 0 0
lpl 0 0 0 0 0 0 0 0
mme 2 1 0 0 0 − 0 −
mvs 3 0 0 0 0 − 0 −
pdi 2 0 0 0 0 0 0 −
pdix 4 0 0 − 0 − 0 −
pge 0 0 1 0 0 0 0 −
pha 2 0 0 0 0 − 0 −
ppoy 2 1 0 0 0 0 0 −
pse 0 0 0 1 0 0 0 −
saci 0 0 0 0 0 0 0 −
sbn 2 0 0 1 0 − 0 −
sbz 0 0 0 1 0 0 0 −
sep 1 1 0 − 0 0 0 −
sfr 1 0 0 0 0 − 0 −
sho 0 0 0 1 0 0 0 −
sma 0 0 0 1 0 0 0 −
spl 3 0 0 0 0 − 0 −
sty 0 0 0 1 0 0 0 −
vag 4 0 0 1 0 − 0 −
vau 2 1 0 1 0 − 0 −
vha 4 0 0 1 0 − 0 −
vpf 4 0 0 1 0 − 0 −
vvm 3 0 0 1 0 − 0 −
ype 1 0 0 1 0 − 0 −
yrb 1 0 0 1 0 − 0 −
B42 aca1 aca2 acc1 acc2 acg1 acg2 act1 act2
zéros 0 2 19 40
db,diff 50 54 7 58 0 25 0 2
total.diff 104 65 25 2
corel -0.10 -0.28 − −
db,dif 50 12 7 18 0 2 0 0
total.dif 62 25 2 0
indice 4.17 0.39 0.00 −
max,29 5 2 1 1 0 1 0 0
codons agx
B42 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2
bae 0 0 1 0 0 1 0 −
bbd 0 0 0 0 0 0 0 −
bcef 0 − 1 0 0 − 0 −
bcoh 0 0 0 1 0 0 0 −
blr 1 0 1 0 0 − 0 −
cbl 2 0 1 0 0 0 0 −
dzc 0 0 0 0 0 0 0 −
eal 0 1 0 0 0 0 0 −
eclx 0 0 0 0 0 0 0 −
eco 0 0 0 0 0 0 0 −
eno 0 0 0 0 0 0 0 −
gmc 1 0 0 1 0 − 0 −
hmo 0 0 1 0 0 0 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 0 0 0 0 0 0 0 −
ksa 0 0 0 0 0 0 0 −
ksk 0 0 0 0 0 0 0 −
lpl 0 0 0 0 0 0 0 −
mme 0 0 0 0 0 0 0 −
mvs 0 0 1 0 0 0 0 −
pdi 0 0 0 0 0 0 0 −
pdix 2 1 1 0 0 − 0 −
pge 0 0 0 0 0 0 0 −
pha 0 0 1 0 0 0 0 −
ppoy 1 0 1 1 0 − 0 −
pse 0 0 0 0 0 0 0 −
saci 0 0 0 1 0 0 0 −
sbn 0 0 1 0 0 0 0 −
sbz 0 1 0 0 0 1 0 −
sep 0 0 0 0 0 − 0 −
sfr 0 0 1 0 0 0 0 −
sho 0 0 0 0 0 1 0 −
sma 0 0 0 1 0 1 0 −
spl 0 0 2 0 0 0 0 −
sty 0 1 0 0 0 1 0 −
vag 0 0 1 0 0 0 0 −
vau 0 1 1 0 0 0 0 −
vha 0 0 1 0 0 0 0 −
vpf 0 0 1 0 0 0 0 −
vvm 0 1 1 0 0 0 0 −
ype 0 0 0 0 0 0 0 −
yrb 0 0 0 0 0 0 0 −
B42 aga1 aga2 agc1 agc2 agg1 agg2 agt1 agt2
zéros 1 0 6 42
db,diff 7 47 18 47 0 41 0 0
total.diff 54 65 41 0
corel 0.14 -0.16 − −
db,dif 7 6 18 5 0 5 0 0
total.dif 13 23 5 0
indice 1.17 3.60 0.00 −
max,29 2 1 2 1 0 1 0 0
codons atx
B42 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2
bae 0 − 1 1 3 2 0 −
bbd 0 − 0 0 0 2 0 −
bcef 0 − 3 0 2 5 0 −
bcoh 0 − 1 1 3 2 0 −
blr 0 − 2 1 3 4 0 −
cbl 0 − 0 1 2 4 0 −
dzc 0 − 2 0 2 3 0 −
eal 0 − 2 0 4 4 0 −
eclx 0 − 2 0 4 3 0 −
eco 0 − 2 0 3 4 0 −
eno 0 − 2 0 3 2 0 −
gmc 0 − 1 2 2 3 0 −
hmo 0 − 3 0 4 3 0 −
hmr 0 − 1 0 0 2 0 −
kpn 0 − 2 0 4 2 0 −
ksa 0 − 2 0 3 2 0 −
ksk 0 − 0 0 2 2 0 −
lpl 0 − 2 0 1 3 0 −
mme 0 − 2 0 3 7 0 −
mvs 0 − 10 0 8 2 0 −
pdi 0 − 6 0 1 2 0 −
pdix 0 − 0 0 5 4 0 −
pge 0 − 2 0 4 2 0 −
pha 0 − 1 0 4 2 0 −
ppoy 0 − 1 1 1 5 0 −
pse 0 − 7 0 1 2 0 −
saci 0 − 0 1 4 1 0 −
sbn 0 − 2 0 4 5 0 −
sbz 0 − 2 0 3 2 0 −
sep 0 − 1 0 1 2 0 −
sfr 0 − 2 1 4 4 0 −
sho 0 − 0 0 3 4 0 −
sma 0 − 0 0 3 2 0 −
spl 0 − 2 0 8 4 0 −
sty 0 − 2 0 3 2 0 −
vag 0 − 6 0 4 2 0 −
vau 0 − 2 0 4 3 0 −
vha 0 − 4 0 5 4 0 −
vpf 0 − 2 0 7 3 0 −
vvm 0 − 7 0 6 3 0 −
ype 0 − 2 0 3 2 0 −
yrb 0 − 2 0 4 2 0 −
B42 ata1 ata2 atc1 atc2 atg1 atg2 att1 att2
zéros 42 0 0 42
db,diff 0 0 93 51 138 165 0 0
total.diff 0 144 303 0
corel − -0.27 0.09 −
db,dif 0 0 93 9 138 123 0 0
total.dif 0 102 261 0
indice − 10.33 1.12 −
max,29 0 0 10 2 8 7 0 0
codons cax
B42 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2
bae 1 2 1 0 0 − 0 −
bbd 0 0 0 0 0 − 0 −
bcef 3 1 0 0 0 − 0 −
bcoh 0 2 0 1 0 − 0 −
blr 2 1 1 1 0 − 0 −
cbl 1 0 1 0 0 0 0 −
dzc 0 0 0 0 1 0 0 −
eal 1 0 0 0 1 0 0 −
eclx 1 0 0 0 0 1 0 −
eco 1 0 0 0 1 0 0 −
eno 1 0 0 0 0 1 0 −
gmc 1 2 1 0 0 − 0 −
hmo 3 0 0 1 0 − 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 1 0 0 0 1 0 0 −
ksa 1 0 0 0 0 1 0 −
ksk 0 0 0 0 0 1 0 −
lpl 0 1 1 0 0 0 0 −
mme 2 0 0 0 0 − 0 −
mvs 3 0 1 2 0 − 0 −
pdi 0 0 1 0 1 0 0 −
pdix 2 0 1 0 0 − 0 −
pge 0 0 0 0 2 0 0 −
pha 3 0 0 1 0 − 0 −
ppoy 3 0 1 0 0 − 0 −
pse 0 0 1 0 0 − 0 −
saci 0 2 0 1 0 0 0 −
sbn 1 1 1 0 0 − 0 −
sbz 1 0 0 0 1 0 0 −
sep 0 1 0 1 0 − 0 −
sfr 2 0 1 0 0 − 0 −
sho 0 0 0 0 0 1 0 −
sma 0 0 0 0 0 1 0 −
spl 4 0 1 0 0 − 0 1
sty 1 0 0 0 0 0 0 −
vag 0 0 0 1 0 − 0 −
vau 0 1 1 0 0 − 0 −
vha 0 1 1 0 0 − 0 −
vpf 4 1 1 0 0 − 0 −
vvm 4 0 1 0 0 − 0 −
ype 0 0 0 0 0 0 0 −
yrb 1 0 0 0 0 0 0 −
B42 caa1 caa2 cac1 cac2 cag1 cag2 cat1 cat2
zéros 0 0 22 41
db,diff 48 58 17 51 8 26 0 2
total.diff 106 68 34 2
corel -0.12 -0.07 -0.45 −
db,dif 48 16 17 9 8 6 0 1
total.dif 64 26 14 1
indice 3.00 1.89 1.33 0.00
max,29 4 2 1 2 2 1 0 1
codons ccx
B42 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2
bae 0 0 0 − 0 − 0 −
bbd 0 1 0 0 0 − 0 −
bcef 1 1 0 − 0 − 0 −
bcoh 0 1 0 − 0 0 0 0
blr 2 1 0 0 0 − 0 −
cbl 2 0 0 − 0 − 0 −
dzc 0 0 0 0 0 0 0 −
eal 0 0 0 0 0 0 0 −
eclx 1 0 0 0 0 − 0 −
eco 0 0 0 0 0 0 0 −
eno 1 0 0 0 0 − 0 −
gmc 2 0 0 − 0 0 0 −
hmo 0 0 1 1 0 1 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 0 0 0 0 0 0 0 −
ksa 0 0 0 0 0 0 0 −
ksk 0 0 0 0 0 0 0 −
lpl 1 0 0 − 0 0 0 −
mme 1 0 0 0 0 − 0 −
mvs 3 0 0 − 0 − 0 −
pdi 0 0 0 0 0 0 0 −
pdix 2 0 0 − 0 − 0 −
pge 0 0 0 0 0 0 0 −
pha 2 0 0 0 0 − 0 −
ppoy 2 1 0 0 0 − 0 −
pse 0 0 0 0 1 0 0 −
saci 0 0 1 0 0 − 0 −
sbn 2 0 0 0 0 − 0 −
sbz 0 0 0 0 0 0 0 −
sep 0 1 0 − 0 − 0 −
sfr 3 0 0 0 0 − 0 −
sho 0 0 2 0 0 0 0 −
sma 0 0 2 0 0 0 0 −
spl 2 0 0 0 0 − 0 −
sty 0 0 0 0 0 0 0 −
vag 2 0 0 − 0 − 0 −
vau 2 0 0 0 0 − 0 −
vha 2 0 0 − 0 − 0 −
vpf 2 0 0 − 0 − 0 −
vvm 2 0 0 0 0 − 0 −
ype 1 0 0 0 0 − 0 −
yrb 1 0 0 1 0 − 0 −
B42 cca1 cca2 ccc1 ccc2 ccg1 ccg2 cct1 cct2
zéros 0 12 24 41
db,diff 39 48 6 32 1 19 0 1
total.diff 87 38 20 1
corel -0.04 0.15 -0.06 −
db,dif 39 6 6 2 1 1 0 0
total.dif 45 8 2 0
indice 6.50 3.00 1.00 −
max,29 3 1 2 1 1 1 0 0
codons cgx
B42 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2
bae 0 − 0 − 0 0 1 0
bbd 0 0 0 − 0 − 0 0
bcef 0 − 0 − 0 0 1 1
bcoh 0 − 0 − 0 0 2 0
blr 0 − 0 − 0 0 3 1
cbl 0 0 0 − 0 − 0 0
dzc 0 0 0 − 0 0 2 0
eal 0 − 0 − 0 0 2 0
eclx 0 − 0 − 0 0 2 1
eco 0 − 0 − 0 0 3 0
eno 0 − 0 − 0 0 3 0
gmc 0 − 0 − 0 0 1 2
hmo 0 − 0 − 0 1 2 0
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 0 − 0 − 0 0 3 0
ksa 0 − 0 − 0 0 3 0
ksk 2 0 0 − 0 0 1 0
lpl 0 − 0 − 0 0 1 0
mme 0 − 0 − 0 0 2 0
mvs 0 − 0 − 0 0 3 1
pdi 0 − 0 − 0 0 0 2
pdix 0 − 0 − 0 − 0 0
pge 0 − 0 − 0 0 3 0
pha 0 − 0 − 0 0 3 0
ppoy 0 − 0 − 0 0 3 0
pse 0 − 0 − 0 0 1 1
saci 0 1 0 0 0 0 0 0
sbn 0 − 0 − 0 0 5 0
sbz 0 − 0 − 0 0 3 0
sep 0 − 0 − 0 0 0 1
sfr 0 − 0 − 0 0 2 1
sho 0 − 0 − 0 0 0 0
sma 0 − 0 − 0 0 0 0
spl 0 − 0 − 0 0 5 1
sty 0 − 0 − 0 0 2 1
vag 0 − 0 − 0 0 5 0
vau 0 − 0 − 0 0 2 2
vha 0 − 0 − 0 0 6 0
vpf 0 − 0 − 0 0 6 0
vvm 0 − 0 − 0 0 4 1
ype 0 − 0 − 0 0 0 1
yrb 0 − 0 − 0 0 2 0
B42 cga1 cga2 cgc1 cgc2 cgg1 cgg2 cgt1 cgt2
zéros 36 40 3 1
db,diff 2 7 0 2 0 40 87 58
total.diff 9 2 40 145
corel -0.20 − − -0.17
db,dif 2 1 0 0 0 1 87 17
total.dif 3 0 1 104
indice 2.00 − 0.00 5.12
max,29 2 1 0 0 0 1 6 2
codons ctx
B42 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2
bae 1 0 0 0 0 − 0 −
bbd 0 0 0 0 0 − 0 −
bcef 1 0 0 0 0 − 0 −
bcoh 0 1 0 0 0 0 0 −
blr 3 0 0 0 0 0 0 −
cbl 1 0 0 0 0 − 0 −
dzc 0 0 0 0 6 1 0 −
eal 0 0 0 0 2 1 0 −
eclx 0 0 0 0 1 2 0 −
eco 0 0 0 0 1 2 0 −
eno 0 0 0 0 1 2 0 −
gmc 0 1 0 0 0 0 0 −
hmo 0 0 1 0 1 2 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 0 0 0 0 2 1 0 −
ksa 0 0 0 0 0 3 0 −
ksk 0 0 1 0 0 0 0 −
lpl 0 0 0 − 0 0 0 0
mme 1 0 0 0 0 − 0 −
mvs 4 0 0 0 0 − 0 −
pdi 0 0 0 0 1 0 0 −
pdix 1 1 0 − 0 − 0 −
pge 0 0 0 0 3 0 0 −
pha 2 1 0 0 0 − 0 −
ppoy 1 0 0 1 1 1 0 −
pse 0 0 0 0 2 0 0 −
saci 0 0 0 1 0 1 0 −
sbn 0 1 0 0 0 1 0 −
sbz 0 0 0 0 2 1 0 −
sep 0 0 0 0 0 − 0 −
sfr 0 1 0 0 0 0 0 −
sho 0 0 0 1 0 0 0 −
sma 0 0 1 0 0 0 0 −
spl 4 0 0 0 0 − 0 −
sty 0 0 0 0 2 1 0 −
vag 1 1 0 1 0 − 0 −
vau 1 2 0 0 0 − 0 −
vha 3 1 1 0 0 − 0 −
vpf 8 2 1 0 0 − 0 −
vvm 4 2 1 0 0 − 0 −
ype 0 0 0 0 0 1 0 −
yrb 0 0 0 0 2 1 0 −
B42 cta1 cta2 ctc1 ctc2 ctg1 ctg2 ctt1 ctt2
zéros 0 2 15 41
db,diff 36 56 6 44 27 48 0 1
total.diff 92 50 75 1
corel 0.51 -0.14 0.13 −
db,dif 36 14 6 4 27 21 0 0
total.dif 50 10 48 0
indice 2.57 1.50 1.29 −
max,29 8 2 1 1 6 3 0 0
codons gax
B42 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2
bae 4 1 3 0 0 − 0 −
bbd 1 0 1 1 0 − 0 −
bcef 5 1 5 0 0 − 0 −
bcoh 2 1 0 3 0 − 0 −
blr 5 0 4 1 0 − 0 −
cbl 1 1 2 1 0 0 0 −
dzc 3 0 2 0 0 − 0 −
eal 2 1 2 0 0 − 0 −
eclx 3 0 2 0 0 − 0 −
eco 3 0 2 0 0 − 0 −
eno 3 0 2 0 0 − 0 −
gmc 4 0 1 2 0 − 0 −
hmo 4 1 2 1 0 − 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 3 0 2 0 0 − 0 −
ksa 3 0 2 0 0 − 0 −
ksk 0 0 1 0 2 0 0 −
lpl 1 0 2 0 0 0 0 −
mme 2 0 5 1 0 − 0 −
mvs 0 − 4 0 0 − 0 −
pdi 0 1 1 1 0 0 0 −
pdix 4 0 2 1 0 − 0 −
pge 2 1 2 0 0 − 0 −
pha 5 1 10 0 0 − 0 −
ppoy 5 0 4 0 0 − 0 −
pse 1 3 5 1 0 − 0 −
saci 1 0 1 0 0 0 0 −
sbn 6 0 3 0 0 − 0 −
sbz 3 0 2 0 0 − 0 −
sep 0 2 0 2 0 − 0 −
sfr 5 0 2 1 0 − 0 −
sho 0 0 1 0 1 1 0 1
sma 0 0 1 0 2 0 0 −
spl 12 0 5 0 0 − 0 −
sty 3 0 2 0 0 − 0 −
vag 2 0 5 0 0 − 0 −
vau 3 0 4 0 0 − 0 −
vha 4 0 5 0 0 − 0 −
vpf 5 0 6 0 0 − 0 −
vvm 0 0 6 0 0 − 0 −
ype 2 0 1 1 0 − 0 −
yrb 3 0 1 1 0 − 0 −
B42 gaa1 gaa2 gac1 gac2 gag1 gag2 gat1 gat2
zéros 1 0 34 41
db,diff 115 55 113 60 5 9 0 2
total.diff 170 173 14 2
corel -0.19 -0.35 0.17 −
db,dif 115 14 113 18 5 1 0 1
total.dif 129 131 6 1
indice 8.21 6.28 5.00 0.00
max,29 12 3 10 3 2 1 0 1
codons gcx
B42 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2
bae 1 1 0 0 0 − 0 −
bbd 0 0 0 0 0 − 0 −
bcef 3 1 0 − 0 − 0 −
bcoh 2 1 0 0 0 0 0 −
blr 2 1 0 0 0 − 0 −
cbl 2 0 0 − 0 − 0 −
dzc 2 0 5 0 0 − 0 −
eal 2 0 1 0 0 − 0 −
eclx 2 0 0 1 0 − 0 −
eco 2 0 1 0 0 − 0 −
eno 2 0 1 0 0 − 0 −
gmc 3 1 0 0 0 0 0 −
hmo 1 0 4 0 0 0 0 −
hmr 1 0 0 0 0 0 0 −
kpn 2 0 1 0 0 − 0 −
ksa 2 0 1 0 0 − 0 −
ksk 0 0 2 1 0 0 0 −
lpl 1 0 0 − 0 0 0 −
mme 2 0 0 0 0 − 0 −
mvs 10 0 0 0 0 − 0 −
pdi 5 1 0 0 0 0 0 −
pdix 4 0 0 − 0 − 0 −
pge 2 0 1 0 0 − 0 −
pha 2 0 0 0 0 − 0 −
ppoy 2 2 0 0 0 − 0 −
pse 7 0 1 1 0 0 0 −
saci 0 1 0 0 1 1 0 −
sbn 2 0 1 0 0 − 0 −
sbz 2 0 1 0 0 − 0 −
sep 2 0 0 − 0 − 0 −
sfr 2 0 0 1 0 − 0 −
sho 0 0 1 0 0 0 0 −
sma 0 0 1 0 0 0 0 −
spl 2 0 1 0 0 − 0 −
sty 2 0 1 0 0 − 0 −
vag 7 0 0 0 0 − 0 −
vau 2 1 0 0 0 − 0 −
vha 5 1 0 0 0 − 0 −
vpf 4 0 0 0 0 − 0 −
vvm 6 2 0 − 0 − 0 −
ype 2 0 1 0 0 − 0 −
yrb 2 0 1 0 0 − 0 −
B42 gca1 gca2 gcc1 gcc2 gcg1 gcg2 gct1 gct2
zéros 0 6 31 42
db,diff 104 55 26 40 1 12 0 0
total.diff 159 66 13 0
corel 0.14 0.01 1.00 −
db,dif 104 13 26 4 1 1 0 0
total.dif 117 30 2 0
indice 8.00 6.50 1.00 −
max,29 10 2 5 1 1 1 0 0
codons ggx
B42 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2
bae 1 1 1 0 0 − 0 −
bbd 0 0 0 0 0 − 0 −
bcef 2 1 2 1 0 − 0 −
bcoh 1 0 3 0 0 0 0 −
blr 3 0 4 0 0 − 0 −
cbl 3 0 2 0 0 0 0 −
dzc 0 0 3 0 0 0 0 −
eal 1 0 2 0 0 0 0 −
eclx 0 0 3 0 0 0 0 −
eco 0 0 3 0 0 0 0 −
eno 0 0 3 0 0 1 0 −
gmc 1 1 2 2 0 0 0 −
hmo 0 0 2 4 0 0 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 0 0 3 0 0 0 0 −
ksa 0 0 3 0 0 0 0 −
ksk 0 0 2 1 0 1 0 −
lpl 1 1 1 0 0 0 0 −
mme 0 0 3 0 0 − 0 −
mvs 1 2 4 0 0 − 0 −
pdi 1 0 2 0 0 0 0 −
pdix 4 0 1 0 0 − 0 −
pge 0 0 3 0 0 0 0 −
pha 0 0 4 1 0 − 0 −
ppoy 2 1 3 1 0 − 0 −
pse 0 0 1 0 0 0 0 −
saci 0 0 0 1 0 0 0 −
sbn 0 0 5 0 0 − 0 −
sbz 0 0 3 0 0 0 0 −
sep 1 3 1 0 0 − 0 −
sfr 0 0 3 1 0 − 0 −
sho 0 1 2 0 0 0 0 −
sma 0 2 1 1 0 0 0 −
spl 0 0 7 0 0 − 0 1
sty 0 0 2 0 0 0 0 −
vag 1 0 8 0 0 − 0 −
vau 1 0 5 1 0 − 0 −
vha 2 1 9 0 0 − 0 −
vpf 1 0 10 0 0 − 0 −
vvm 1 0 7 0 0 − 0 −
ype 0 0 1 0 0 0 0 −
yrb 0 0 3 0 0 0 0 −
B42 gga1 gga2 ggc1 ggc2 ggg1 ggg2 ggt1 ggt2
zéros 0 0 18 41
db,diff 28 56 127 56 0 26 0 2
total.diff 84 183 26 2
corel 0.17 -0.15 − −
db,dif 28 14 127 14 0 2 0 1
total.dif 42 141 2 1
indice 2.00 9.07 0.00 0.00
max,29 4 3 10 4 0 1 0 1
codons gtx
B42 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2
bae 2 0 0 0 0 − 0 −
bbd 1 0 0 − 0 − 0 −
bcef 4 0 0 − 0 − 0 −
bcoh 1 2 0 0 0 − 0 −
blr 4 0 0 1 0 − 0 −
cbl 4 0 0 − 0 − 0 −
dzc 7 0 0 1 0 − 0 −
eal 1 2 0 1 0 − 0 −
eclx 2 1 0 1 0 − 0 −
eco 4 0 0 1 0 − 0 −
eno 2 1 0 1 0 − 0 −
gmc 2 1 0 0 0 − 0 −
hmo 1 0 3 0 0 0 0 −
hmr 0 0 0 0 0 0 0 −
kpn 4 0 0 2 0 − 0 −
ksa 3 0 0 1 0 − 0 −
ksk 0 0 1 2 1 0 0 −
lpl 2 0 0 − 0 − 0 −
mme 5 0 0 0 0 − 0 −
mvs 6 0 0 1 0 − 0 −
pdi 2 0 0 0 0 − 0 −
pdix 2 3 0 − 0 − 0 −
pge 3 0 0 2 0 − 0 −
pha 5 1 0 1 0 − 0 −
ppoy 4 1 0 0 0 − 0 −
pse 3 1 0 0 1 0 0 −
saci 0 0 1 1 0 0 0 −
sbn 3 0 1 0 0 − 0 −
sbz 3 0 0 1 0 − 0 −
sep 1 1 0 − 0 − 0 −
sfr 4 1 1 0 0 − 0 −
sho 0 0 1 1 1 0 0 −
sma 0 0 0 2 0 3 0 −
spl 10 0 1 0 0 − 0 −
sty 1 1 0 1 0 − 0 −
vag 1 0 0 1 0 − 0 −
vau 1 0 0 1 0 − 0 −
vha 3 0 0 1 0 − 0 −
vpf 3 0 0 1 0 − 0 −
vvm 0 0 0 1 0 − 0 −
ype 2 0 0 1 0 − 0 −
yrb 2 0 2 0 0 − 0 −
B42 gta1 gta2 gtc1 gtc2 gtg1 gtg2 gtt1 gtt2
zéros 0 6 35 42
db,diff 108 58 11 63 3 10 0 0
total.diff 166 74 13 0
corel -0.12 -0.28 -0.35 −
db,dif 108 16 11 27 3 3 0 0
total.dif 124 38 6 0
indice 6.75 0.41 1.00 −
max,29 10 3 3 2 1 3 0 0
codons tax
B42 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2
bae 0 − 1 0 0 − 0 −
bbd 0 − 0 0 0 − 0 −
bcef 0 − 2 0 0 − 0 −
bcoh 0 − 0 1 0 − 0 −
blr 0 − 3 0 0 − 0 −
cbl 0 − 1 0 0 − 0 −
dzc 0 − 1 0 0 − 0 −
eal 0 − 1 1 0 − 0 −
eclx 0 − 0 2 0 − 0 −
eco 0 − 1 1 0 − 0 −
eno 0 − 1 1 0 − 0 −
gmc 0 − 1 0 0 − 0 0
hmo 0 − 2 1 0 − 0 −
hmr 0 − 0 0 0 − 0 −
kpn 0 − 2 0 0 − 0 −
ksa 0 − 1 1 0 − 0 −
ksk 0 − 0 0 0 − 0 −
lpl 0 − 1 0 0 1 0 −
mme 0 − 1 0 0 − 0 −
mvs 0 − 4 0 0 − 0 −
pdi 0 − 2 0 0 − 0 −
pdix 0 − 2 0 0 − 0 −
pge 0 − 1 1 0 − 0 −
pha 0 − 2 0 0 − 0 −
ppoy 0 − 3 0 0 − 0 −
pse 0 − 1 0 0 − 0 −
saci 0 − 0 0 0 − 0 −
sbn 0 − 3 0 0 − 0 −
sbz 0 − 1 1 0 − 0 −
sep 0 − 1 0 0 − 0 −
sfr 0 − 3 0 0 − 0 0
sho 0 − 0 0 0 − 0 −
sma 0 − 0 0 0 − 0 −
spl 0 − 5 0 0 − 0 −
sty 0 − 0 1 0 − 0 −
vag 0 − 2 0 0 − 0 −
vau 0 − 4 0 0 − 0 −
vha 0 − 4 0 0 − 0 −
vpf 0 − 5 1 0 − 0 −
vvm 0 − 3 0 0 − 0 −
ype 0 − 1 0 0 − 0 −
yrb 0 − 2 0 0 − 0 −
B42 taa1 taa2 tac1 tac2 tag1 tag2 tat1 tat2
zéros 42 0 41 40
db,diff 0 0 68 54 0 2 0 2
total.diff 0 122 2 2
corel − -0.22 − −
db,dif 0 0 68 12 0 1 0 0
total.dif 0 80 1 0
indice − 5.67 0.00 −
max,29 0 0 5 2 0 1 0 0
codons tcx
B42 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2
bae 0 1 0 0 0 − 0
bbd 0 0 0 0 0 − 0
bcef 0 2 0 0 0 − 0
bcoh 0 1 0 0 0 0 0
blr 2 0 0 1 0 − 0
cbl 1 0 0 0 0 − 0
dzc 0 0 1 0 0 0 0
eal 0 0 1 0 0 0 0
eclx 1 0 1 0 0 − 0
eco 0 0 1 0 0 0 0
eno 0 1 1 0 0 − 0
gmc 1 0 0 0 0 0 0
hmo 0 0 0 1 0 0 0
hmr 0 0 0 0 0 0 0
kpn 0 0 1 0 0 0 0
ksa 0 0 0 1 0 0 0
ksk 0 0 0 0 0 0 0
lpl 0 0 0 0 0 0 0
mme 0 0 0 0 0 − 0
mvs 6 1 0 0 0 − 0
pdi 0 1 1 0 0 0 0
pdix 2 0 0 0 0 − 0
pge 0 0 1 0 0 0 0
pha 2 1 0 0 0 − 0
ppoy 0 0 2 0 0 0 0
pse 0 0 0 0 0 0 0
saci 0 0 0 1 0 1 0
sbn 2 1 0 0 0 − 0
sbz 0 1 1 0 0 0 0
sep 1 1 0 0 0 − 0
sfr 2 0 0 0 0 − 0
sho 0 0 0 0 0 1 0
sma 0 1 0 0 0 3 0
spl 2 1 0 0 0 − 0
sty 0 0 1 0 0 1 0
vag 3 0 0 0 0 − 0
vau 2 0 0 0 0 − 0
vha 3 0 0 0 0 − 0
vpf 3 0 0 0 0 − 0
vvm 2 0 0 0 0 − 0
ype 0 1 0 1 0 − 0
yrb 0 1 0 1 0 0 0
B42 tca1 tca2 tcc1 tcc2 tcg1 tcg2 tct1 tct2
zéros 0 0 21
db,diff 35 57 12 48 0 27 0
total.diff 92 60 27
corel 0.02 -0.23 − −
db,dif 35 15 12 6 0 6 0
total.dif 50 18 6
indice 2.33 2.00 0.00 −
max,29 6 2 2 1 0 3 0
codons tgx
B42 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2
bae 0 − 0 0 0 1 0 −
bbd 0 − 0 0 0 0 0 −
bcef 0 − 0 0 0 1 0 −
bcoh 0 − 0 0 0 0 0 −
blr 0 − 0 1 0 1 0 −
cbl 0 0 0 1 0 0 0 −
dzc 0 − 0 0 0 0 0 −
eal 0 0 0 0 0 0 0 −
eclx 0 0 0 0 0 0 0 −
eco 0 0 0 0 0 0 0 −
eno 0 0 0 0 0 0 0 −
gmc 0 − 0 1 0 0 0 −
hmo 0 0 0 2 0 1 0 −
hmr 0 − 0 0 0 0 0 −
kpn 0 0 0 0 0 0 0 −
ksa 0 0 0 0 0 0 0 −
ksk 0 − 0 3 0 0 0 −
lpl 0 − 0 0 0 1 0 −
mme 0 − 1 0 0 0 0 −
mvs 0 − 2 0 1 0 0 −
pdi 0 − 0 1 0 1 0 −
pdix 0 0 1 0 0 0 0 −
pge 0 0 0 0 0 0 0 −
pha 0 − 1 0 1 0 0 −
ppoy 0 − 0 1 0 0 0 −
pse 0 0 0 0 0 0 0 −
saci 0 − 0 1 0 0 0 0
sbn 0 0 1 0 0 0 0 −
sbz 0 0 0 0 0 0 0 −
sep 0 − 0 0 0 0 0 −
sfr 0 − 0 1 0 0 0 −
sho 0 0 0 1 0 0 0 −
sma 0 − 0 1 0 0 0 −
spl 0 0 3 0 1 0 0 −
sty 0 0 0 0 0 0 0 −
vag 0 − 3 0 1 0 0 −
vau 0 − 0 1 1 0 0 −
vha 0 − 2 2 1 0 0 −
vpf 0 − 2 1 1 0 0 −
vvm 0 − 1 1 1 0 0 −
ype 0 0 0 0 0 0 0 −
yrb 0 0 0 0 0 0 0 −
B42 tga1 tga2 tgc1 tgc2 tgg1 tgg2 tgt1 tgt2
zéros 24 0 0 41
db,diff 0 18 17 61 8 48 0 1
total.diff 18 78 56 1
corel − -0.03 -0.20 −
db,dif 0 0 17 19 8 6 0 0
total.dif 0 36 14 0
indice − 0.89 1.33 −
max,29 0 0 3 3 1 1 0 0
codons ttx
B42 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
bae 0 1 1 1 0 0 0 −
bbd 0 0 0 0 0 0 0 −
bcef 1 0 1 1 0 0 0 −
bcoh 0 1 0 2 1 0 0 −
blr 0 1 1 1 1 1 0 −
cbl 1 0 2 0 0 0 0 −
dzc 0 0 1 0 0 0 0 −
eal 0 0 1 0 0 0 0 −
eclx 0 0 1 0 0 1 0 −
eco 0 0 1 0 0 0 0 −
eno 0 0 1 0 0 0 0 −
gmc 1 0 1 0 0 0 0 −
hmo 0 0 1 1 0 0 0 0
hmr 0 0 0 0 0 1 0 −
kpn 0 0 1 0 0 0 0 −
ksa 0 0 1 0 0 0 0 −
ksk 0 0 0 0 0 0 0 −
lpl 1 0 1 0 0 0 0 −
mme 1 0 1 0 1 0 0 −
mvs 3 1 3 0 0 0 0 −
pdi 0 0 0 1 0 0 0 −
pdix 3 1 2 0 0 0 0 −
pge 0 0 0 1 0 0 0 −
pha 2 0 1 1 0 0 0 −
ppoy 0 0 2 0 1 1 0 −
pse 0 0 1 0 0 0 0 −
saci 0 0 0 0 0 1 0 −
sbn 2 0 2 0 0 0 0 0
sbz 0 0 1 0 0 0 0 −
sep 1 0 0 1 0 0 0 −
sfr 1 1 1 0 0 0 0 −
sho 0 0 0 0 0 0 0 −
sma 0 0 0 0 0 0 0 −
spl 3 0 3 0 0 0 0 −
sty 0 0 1 0 0 0 0 −
vag 1 1 2 1 0 0 0 −
vau 1 0 1 1 0 0 0 −
vha 2 0 2 1 0 0 0 −
vpf 1 1 2 1 0 1 0 −
vvm 0 1 2 1 0 0 0 −
ype 0 0 1 0 0 0 0 −
yrb 0 0 1 0 0 0 0 −
B42 tta1 tta2 ttc1 ttc2 ttg1 ttg2 ttt1 ttt2
zéros 0 0 0 40
db,diff 25 51 44 57 4 48 0 2
total.diff 76 101 52 2
corel 0.23 -0.10 0.33 −
db,dif 25 9 44 15 4 6 0 0
total.dif 34 59 10 0
indice 2.78 2.93 0.67 −
max,29 3 1 3 2 1 1 0 0
B42-Codons. Les carrés
modifier
B42-tg. Effectifs, corrélations et indices doublons/différents de 42 Bactéries
I1. B42fe-tg  db,dif  différents
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 1 cgc 0
gtt 0 gct 0 gat 1 ggt 1
ttc 15 tcc 6 tac 12 tgc 19
atc 9 acc 18 aac 21 agc 5
ctc 4 ccc 2 cac 9 cgt 17
gtc 27 gcc 4 gac 18 ggc 14
tta 9 tca 15 taa 0 tga 0
ata 0 aca 12 aaa 12 aga 6
cta 14 cca 6 caa 16 cga 1
gta 16 gca 13 gaa 14 gga 14
ttg 6 tcg 6 tag 1 tgg 6
atg 123 acg 2 aag 2 agg 5
ctg 21 ccg 1 cag 6 cgg 1
gtg 3 gcg 1 gag 1 ggg 2
I2. B42be-tg  db,dif  doublons
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgc 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 44 tcc 12 tac 68 tgc 17
atc 93 acc 7 aac 100 agc 18
ctc 6 ccc 6 cac 17 cgt 87
gtc 11 gcc 26 gac 113 ggc 127
tta 25 tca 35 taa 0 tga 0
ata 0 aca 50 aaa 122 aga 7
cta 36 cca 39 caa 48 cga 2
gta 108 gca 104 gaa 115 gga 28
ttg 4 tcg 0 tag 0 tgg 8
atg 138 acg 0 aag 7 agg 0
ctg 27 ccg 1 cag 8 cgg 0
gtg 3 gcg 1 gag 5 ggg 0
I3. B42e-tg   db,dif  db + dif
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 1 cgc 0
gtt 0 gct 0 gat 1 ggt 1
ttc 59 tcc 18 tac 80 tgc 36
atc 102 acc 25 aac 121 agc 23
ctc 10 ccc 8 cac 26 cgt 104
gtc 38 gcc 30 gac 131 ggc 141
tta 34 tca 50 taa 0 tga 0
ata 0 aca 62 aaa 134 aga 13
cta 50 cca 45 caa 64 cga 3
gta 124 gca 117 gaa 129 gga 42
ttg 10 tcg 6 tag 1 tgg 14
atg 261 acg 2 aag 9 agg 5
ctg 48 ccg 2 cag 14 cgg 1
gtg 6 gcg 2 gag 6 ggg 2
II1. B42f-tg  db,diff  différents
g1 t1
ttt 2 tct 1 tat 2 tgt 1
att 0 act 2 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 1 cat 2 cgc 2
gtt 0 gct 0 gat 2 ggt 2
ttc 57 tcc 48 tac 54 tgc 61
atc 51 acc 58 aac 63 agc 47
ctc 44 ccc 32 cac 51 cgt 58
gtc 63 gcc 40 gac 60 ggc 56
tta 51 tca 57 taa 0 tga 18
ata 0 aca 54 aaa 53 aga 47
cta 56 cca 48 caa 58 cga 7
gta 58 gca 55 gaa 55 gga 56
ttg 48 tcg 27 tag 2 tgg 48
atg 165 acg 25 aag 17 agg 41
ctg 48 ccg 19 cag 26 cgg 40
gtg 10 gcg 12 gag 9 ggg 26
II2. B42b-tg  db,diff  doublons
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgc 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 44 tcc 12 tac 68 tgc 17
atc 93 acc 7 aac 100 agc 18
ctc 6 ccc 6 cac 17 cgt 87
gtc 11 gcc 26 gac 113 ggc 127
tta 25 tca 35 taa 0 tga 0
ata 0 aca 50 aaa 122 aga 7
cta 36 cca 39 caa 48 cga 2
gta 108 gca 104 gaa 115 gga 28
ttg 4 tcg 0 tag 0 tgg 8
atg 138 acg 0 aag 7 agg 0
ctg 27 ccg 1 cag 8 cgg 0
gtg 3 gcg 1 gag 5 ggg 0
II3. B42-tg  db,diff  db + diff
g1 t1
ttt 2 tct 1 tat 2 tgt 1
att 0 act 2 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 1 cat 2 cgc 2
gtt 0 gct 0 gat 2 ggt 2
ttc 101 tcc 60 tac 122 tgc 78
atc 144 acc 65 aac 163 agc 65
ctc 50 ccc 38 cac 68 cgt 145
gtc 74 gcc 66 gac 173 ggc 183
tta 76 tca 92 taa 0 tga 18
ata 0 aca 104 aaa 175 aga 54
cta 92 cca 87 caa 106 cga 9
gta 166 gca 159 gaa 170 gga 84
ttg 52 tcg 27 tag 2 tgg 56
atg 303 acg 25 aag 24 agg 41
ctg 75 ccg 20 cag 34 cgg 40
gtg 13 gcg 13 gag 14 ggg 26
III1. B42z-tg  zéros  −
g1 t1
ttt 40 tct 41 tat 40 tgt 41
att 42 act 40 aat 42 agt 42
ctt 41 cct 41 cat 41 cgc 40
gtt 42 gct 42 gat 41 ggt 41
ttc 0 tcc 0 tac 0 tgc 0
atc 0 acc 2 aac 0 agc 0
ctc 2 ccc 12 cac 0 cgt 1
gtc 6 gcc 6 gac 0 ggc 0
tta 0 tca 0 taa 42 tga 24
ata 42 aca 0 aaa 1 aga 1
cta 0 cca 0 caa 0 cga 36
gta 0 gca 0 gaa 1 gga 0
ttg 0 tcg 21 tag 41 tgg 0
atg 0 acg 19 aag 27 agg 6
ctg 15 ccg 24 cag 22 cgg 3
gtg 35 gcg 31 gag 34 ggg 18
III2. B42ei-tg indice doublons/différents
g1 t1
ttt − tct − tat − tgt −
att − act − aat − agt −
ctt − cct − cat 0.00 cgc −
gtt − gct − gat 0.00 ggt 0.00
ttc 2.93 tcc 2.00 tac 5.67 tgc 0.89
atc 10.33 acc 0.39 aac 4.76 agc 3.60
ctc 1.50 ccc 3.00 cac 1.89 cgt 5.12
gtc 0.41 gcc 6.50 gac 6.28 ggc 9.07
tta 2.78 tca 2.33 taa − tga −
ata − aca 4.17 aaa 10.17 aga 1.17
cta 2.57 cca 6.50 caa 3.00 cga 2.00
gta 6.75 gca 8.00 gaa 8.21 gga 2.00
ttg 0.67 tcg 0.00 tag 0.00 tgg 1.33
atg 1.12 acg 0.00 aag 3.50 agg 0.00
ctg 1.29 ccg 1.00 cag 1.33 cgg 0.00
gtg 1.00 gcg 1.00 gag 5.00 ggg 0.00
III3. B42ec-tg  corel  corrélation
g1 t1
ttt − tct − tat − tgt −
att − act − aat − agt −
ctt − cct − cat − cgc −
gtt − gct − gat − ggt −
ttc -0.10 tcc -0.23 tac -0.22 tgc -0.03
atc -0.27 acc -0.28 aac -0.28 agc -0.16
ctc -0.14 ccc 0.15 cac -0.07 cgt -0.17
gtc -0.28 gcc 0.01 gac -0.35 ggc -0.15
tta 0.23 tca 0.02 taa − tga −
ata − aca -0.10 aaa 0.10 aga 0.14
cta 0.51 cca -0.04 caa -0.12 cga -0.20
gta -0.12 gca 0.14 gaa -0.19 gga 0.17
ttg 0.33 tcg − tag − tgg -0.20
atg 0.09 acg − aag -0.19 agg −
ctg 0.13 ccg -0.06 cag -0.45 cgg −
gtg -0.35 gcg 1.00 gag 0.17 ggg −

Total des génomes par codon, corrélations et indices des doublons

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Total des génomes par codon
I. 10 Archées
A10-tg Ab-tg Af-tg
ttt 0 0
gtt 0 0
ctt 0 0
att 0 0
tgt 0 0
ggt 0 0
cgt 0 0
agt 0 0
tct 0 0
gct 0 0
cct 0 0
act 0 0
tat 0 0
gat 0 0
cat 0 0
aat 0 0
gtg 0 0
ggg 0 0
cgg 0 0
agg 0 0
tcg 0 0
gcg 0 0
ccg 0 0
acg 0 0
tag 0 0
gag 0 0
gcc 0 0
ccc 0 0
cac 0 0
ata 0 0
tga 0 0
taa 0 0
tgg 0 1
cag 0 1
agc 0 1
tcc 0 1
acc 0 1
cta 0 1
cga 0 1
aga 0 1
tca 0 1
cca 0 1
aaa 0 1
ttg 0 2
ctg 0 2
gga 0 2
caa 0 2
tta 0 3
aag 1 0
cgc 1 0
gta 1 0
tac 1 1
gac 2 2
aca 2 2
ctc 2 4
atc 3 2
gtc 4 1
aac 4 1
gaa 4 1
ttc 4 2
tgc 4 16
atg *5 *22
ggc 6 3
gca 7 1
II. 42 Bactéries dif
B42-tg Bb-tg Bf-tg
ttt 0 0
gtt 0 0
ctt 0 0
att 0 0
tgt 0 0
agt 0 0
tct 0 0
gct 0 0
cct 0 0
act 0 0
tat 0 0
aat 0 0
cgc 0 0
ata 0 0
tga 0 0
taa 0 0
ggt 0 1
gat 0 1
cat 0 1
tag 0 1
cgg 0 1
ggg 0 2
acg 0 2
agg 0 5
tcg 0 6
gcg 1 1
ccg 1 1
cga 2 1
gtg 3 3
ttg 4 6
gag 5 1
ccc 6 2
ctc 6 4
aag 7 2
aga 7 6
acc 7 18
tgg 8 6
cag 8 6
gtc 11 27
tcc 12 6
cac 17 9
tgc 17 19
agc 18 5
tta 25 9
gcc 26 4
ctg 27 21
gga 28 14
tca 35 15
cta 36 14
cca 39 6
ttc 44 15
caa 48 16
aca 50 12
tac 68 12
cgt 87 17
atc 93 9
aac 100 21
gca 104 13
gta 108 16
gac 113 18
gaa 115 14
aaa 122 12
ggc 127 14
atg 138 123
III. 42 Champignons dif
C42-tg Cb-tg Cf-tg
tgt 0 0
ggt 0 0
agt 0 0
tat 0 0
gat 0 0
cat 0 0
aat 0 0
tag 0 0
gtc 0 0
atc 0 0
cgc 0 0
tcc 0 0
gcc 0 0
ccc 0 0
acc 0 0
taa 0 0
ttt 0 1
tga 0 1
ctc 5 1
cgg 5 12
ccg 0 15
ata 2 16
gta 6 18
acg 5 20
tta 71 22
agg 5 23
gcg 11 23
ggg 5 25
tca 24 26
gtg 21 31
cta 7 32
tcg 5 33
aga 134 33
aca 22 36
cga 30 40
gca 58 41
tgc 61 42
ctg 13 45
caa 97 57
tct 211 57
gga 46 58
gaa 150 60
aaa 52 62
cag 44 63
cct 51 66
cac 112 66
tgg 64 69
act 221 69
cgt 126 70
ctt 66 73
agc 31 83
gtt 276 83
aac 170 85
ggc 360 85
ttg 64 88
gct 248 99
gac 267 100
att 231 105
aag 279 106
cca 56 108
tac 91 119
gag 133 121
ttc 111 143
atg 132 150
IV. 79 Eucaryotes mtri dif.
Ee-tg Ebe-tg Efe-tg
cat 0 14
tat 0 30
ccc 1 10
ctc 1 1
tag 1 54
ttt 1 23
cgc 2 8
ggt 2 60
tgt 2 35
gat 3 38
aat 5 37
taa 5 32
atc 6 38
gtc 7 23
tga 7 70
gcc 8 37
acc 19 26
agt 25 37
tcc 28 31
cgg 84 214
ata 91 395
tta 97 416
aga 108 495
ttg 114 465
acg 118 285
cta 122 288
tcg 134 225
tca 142 358
gta 148 408
tac 167 1064
cga 177 353
gcg 181 351
ccg 211 115
agg 212 504
ggg 221 286
aca 224 413
caa 317 546
gca 336 686
ctg 346 286
tgg 389 469
agc 390 442
act 398 545
cag 408 608
gtg 456 468
ctt 461 317
tct 506 337
cgt 507 299
gtt 525 418
cca 531 385
gaa 550 547
aaa 554 781
gga 557 405
cct 577 252
cac 631 319
ttc 645 472
att 671 488
gag 697 625
gct 731 923
aac 801 712
tgc 822 945
aag 824 725
gac 844 648
ggc 864 469
atg 957 1152
V. 79 Eucaryotes mtri diff.
Eo-tg Ebo-tg Efo-tg
cat 0 36
tat 0 57
ctc 1 10
ccc 1 28
ttt 1 50
tag 1 80
cgc 2 22
tgt 2 66
ggt 2 78
gat 3 73
aat 5 70
taa 5 70
atc 6 65
gtc 7 60
tga 7 133
gcc 8 61
acc 19 49
agt 25 55
tcc 28 58
cgg 84 285
ata 91 473
tta 97 495
aga 108 574
ttg 114 543
acg 118 362
cta 122 364
tcg 134 304
tca 142 437
gta 148 487
tac 167 1,143
cga 177 432
gcg 181 430
ccg 211 194
agg 212 582
ggg 221 361
aca 224 492
caa 317 625
gca 336 764
ctg 346 365
tgg 389 547
agc 390 520
act 398 623
cag 408 687
gtg 456 546
ctt 461 396
tct 506 414
cgt 507 377
gtt 525 497
cca 531 464
gaa 550 626
aaa 554 859
gga 557 484
cct 577 331
cac 631 397
ttc 645 550
att 671 567
gag 697 704
gct 731 1,002
aac 801 791
tgc 822 1,023
aag 824 803
gac 844 727
ggc 864 547
atg 957 1,231
VI. 79 Eucaryotes total.
E-tg Eb-tg Ef-tg
cat 0 14
tat 0 36
ctc 1 1
ccc 1 10
ttt 1 23
tag 1 81
cgc 2 18
ggt 2 97
gat 3 58
aat 5 75
taa 5 126
atc 6 41
tga 7 167
gcc 8 218
tgt 10 175
agt 25 37
acc 25 39
gtc 27 35
tcc 42 100
cgg 84 214
tta 97 416
ttg 114 465
acg 118 414
cta 122 288
tcg 134 269
gta 148 503
ata 153 395
tca 178 403
aga 193 899
ccg 211 154
agg 212 745
cga 241 1618
aca 295 595
tac 307 1078
gcg 308 4099
caa 360 1357
ctg 368 338
tgg 430 1077
agc 443 554
ggg 444 6146
act 477 646
ctt 491 366
gtg 494 2030
tct 506 337
cag 515 608
cca 531 444
cgt 543 299
aaa 589 1090
gtt 594 480
gaa 601 5711
cac 631 319
ttc 645 472
cct 650 252
gga 682 4374
gag 697 2075
gct 822 1240
att 850 539
tgc 887 1309
ggc 916 569
aac 942 767
aag 950 3242
gac 1070 715
atg 1387 1152
gca 3200 3735
correl 0.42 0.27
total 46 58
indice 0.79
    0.66 0.55
1535 415
3.70
    0.71 0.60
4179 2781
1.50
    0.75 0.52
18969 22508
0.84
    0.76 0.52
18969 26546
0.71
    0.45 0.32
24801 56149
0.44

Comparaisons croisées par les corrélations entre totaux

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Les corrélations diff, intra groupe
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Les corrélations diff, intra groupe.
I. Eucaryotes E79t diff
ccF 0.518
cTc 0.759
E79t Ebt-tg Eft-tg
cat 0 36
tat 0 57
ctc 1 10
ccc 1 28
ttt 1 50
tag 1 80
cgc 2 22
tgt 2 66
ggt 2 78
gat 3 73
aat 5 70
taa 5 70
atc 6 65
gtc 7 60
tga 7 133
gcc 8 61
acc 19 49
agt 25 55
tcc 28 58
cgg 84 285
ata 91 473
tta 97 495
aga 108 574
ttg 114 543
acg 118 362
cta 122 364
tcg 134 304
tca 142 437
gta 148 487
tac 167 1,143
cga 177 432
gcg 181 430
ccg 211 194
agg 212 582
ggg 221 361
aca 224 492
caa 317 625
gca 336 764
ctg 346 365
tgg 389 547
agc 390 520
act 398 623
cag 408 687
gtg 456 546
ctt 461 396
tct 506 414
cgt 507 377
gtt 525 497
cca 531 464
gaa 550 626
aaa 554 859
gga 557 484
cct 577 331
cac 631 397
ttc 645 550
att 671 567
gag 697 704
gct 731 1,002
aac 801 791
tgc 822 1,023
aag 824 803
gac 844 727
ggc 864 547
atg 957 1,231
II. Champignons C42t diff
ccF 0.614
cTc 0.702
C42t Cbt-tg Cft-tg
acc 0 0
agt 0 0
cat 0 0
cgc 0 0
gcc 0 0
ccc 0 1
gtc 0 1
taa 0 1
tag 0 1
tcc 0 1
tgt 0 1
aat 0 2
gat 0 2
ggt 0 2
tat 0 2
ttt 0 2
atc 0 6
tga 0 12
ctc 5 13
ccg 0 36
gcg 11 49
cgg 5 50
ata 2 57
gta 6 58
acg 5 61
tta 71 61
cga 30 62
agg 5 64
ggg 5 64
cta 7 68
tca 24 68
gtg 21 73
aga 134 73
tcg 5 75
ctg 13 76
aca 22 78
tgc 61 82
gca 58 83
caa 97 99
tct 211 99
gga 46 100
gaa 150 102
aaa 52 103
cct 51 104
ctt 66 104
cag 44 105
cac 112 108
tgg 64 109
act 221 111
cgt 126 112
agc 31 124
gtt 276 125
ttg 64 126
aac 170 127
ggc 360 127
gct 248 141
gac 267 142
att 231 147
aag 279 147
cca 56 149
tac 91 161
gag 133 163
ttc 111 185
atg 132 192
III. Bactéries B42t diff
ccF 0.572
cTc 0.704
B42t Bbt-tg Bft-tg
aat 0 0
agt 0 0
ata 0 0
att 0 0
gct 0 0
gtt 0 0
taa 0 0
cct 0 1
ctt 0 1
tct 0 1
tgt 0 1
act 0 2
cat 0 2
cgc 0 2
gat 0 2
ggt 0 2
tag 0 2
tat 0 2
ttt 0 2
tga 0 18
acg 0 25
ggg 0 26
tcg 0 27
cgg 0 40
agg 0 41
gcg 1 12
ccg 1 19
cga 2 7
gtg 3 10
ttg 4 48
gag 5 9
ccc 6 32
ctc 6 44
aag 7 17
aga 7 47
acc 7 58
cag 8 26
tgg 8 48
gtc 11 63
tcc 12 48
cac 17 51
tgc 17 61
agc 18 47
tta 25 51
gcc 26 40
ctg 27 48
gga 28 56
tca 35 57
cta 36 56
cca 39 48
ttc 44 57
caa 48 58
aca 50 54
tac 68 54
cgt 87 58
atc 93 51
aac 100 63
gca 104 55
gta 108 58
gac 113 60
gaa 115 55
aaa 122 53
ggc 127 56
atg 138 165
Les corrélations diff, entre groupes
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Les corrélations croisées, diff.
I. Eucaryotes E79t − Champignons C42t
ccF 0.684 0.719 0.374 0.592
cTc 0.768 0.851 0.580 0.851
Eet-Ct Ebet-tg Efet-tg Cbt-tg Cft-tg
cat 0 36 0 0
tat 0 57 0 2
ctc 1 10 5 13
ccc 1 28 0 1
ttt 1 50 0 2
tag 1 80 0 1
cgc 2 22 0 0
tgt 2 66 0 1
ggt 2 78 0 2
gat 3 73 0 2
taa 5 70 0 1
aat 5 70 0 2
atc 6 65 0 6
gtc 7 60 0 1
tga 7 133 0 12
gcc 8 61 0 0
acc 19 49 0 0
agt 25 55 0 0
tcc 28 58 0 1
cgg 84 285 5 50
ata 91 473 2 57
tta 97 495 71 61
aga 108 574 134 73
ttg 114 543 64 126
acg 118 362 5 61
cta 122 364 7 68
tcg 134 304 5 75
tca 142 437 24 68
gta 148 487 6 58
tac 167 1,143 91 161
cga 177 432 30 62
gcg 181 430 11 49
ccg 211 194 0 36
agg 212 582 5 64
ggg 221 361 5 64
aca 224 492 22 78
caa 317 625 97 99
gca 336 764 58 83
ctg 346 365 13 76
tgg 389 547 64 109
agc 390 520 31 124
act 398 623 221 111
cag 408 687 44 105
gtg 456 546 21 73
ctt 461 396 66 104
tct 506 414 211 99
cgt 507 377 126 112
gtt 525 497 276 125
cca 531 464 56 149
gaa 550 626 150 102
aaa 554 859 52 103
gga 557 484 46 100
cct 577 331 51 104
cac 631 397 112 108
ttc 645 550 111 185
att 671 567 231 147
gag 697 704 133 163
gct 731 1,002 248 141
aac 801 791 170 127
tgc 822 1,023 61 82
aag 824 803 279 147
gac 844 727 267 142
ggc 864 547 360 127
atg 957 1,231 132 192
II. Bactéries B42t − Champignons C42t
ccF 0.353 0.378 0.236 0.432
cTc 0.492 0.553 0.494 0.760
Bt-Ct Bbt-tg Bft-tg Cbt-tg Cft-tg
agt 0 0 0 0
gcc 0 0 0 0
gtc 0 0 0 1
taa 0 0 0 1
aat 0 0 0 2
atc 0 0 0 6
ccc 0 1 0 1
tcc 0 1 0 1
tgt 0 1 0 1
ctc 0 1 5 13
acc 0 2 0 0
cat 0 2 0 0
cgc 0 2 0 0
tag 0 2 0 1
gat 0 2 0 2
ggt 0 2 0 2
tat 0 2 0 2
ttt 0 2 0 2
tga 0 18 0 12
acg 0 25 5 61
ggg 0 26 5 64
tcg 0 27 5 75
cgg 0 40 5 50
agg 0 41 5 64
gcg 1 12 11 49
ccg 1 19 0 36
cga 2 7 30 62
gtg 3 10 21 73
ttg 4 48 64 126
gag 5 9 133 163
cct 6 32 51 104
ctt 6 44 66 104
aag 7 17 279 147
aga 7 47 134 73
act 7 58 221 111
cag 8 26 44 105
tgg 8 48 64 109
gtt 11 63 276 125
tct 12 48 211 99
cac 17 51 112 108
tgc 17 61 61 82
agc 18 47 31 124
tta 25 51 71 61
gct 26 40 248 141
ctg 27 48 13 76
gga 28 56 46 100
tca 35 57 24 68
cta 36 56 7 68
cca 39 48 56 149
ttc 44 57 111 185
caa 48 58 97 99
aca 50 54 22 78
tac 68 54 91 161
cgt 87 58 126 112
att 93 51 231 147
aac 100 63 170 127
gca 104 55 58 83
gta 108 58 6 58
gac 113 60 267 142
gaa 115 55 150 102
aaa 122 53 52 103
ggc 127 56 360 127
atg 138 165 132 192
ata *0 *0 *2 *57
III. Bactéries B42t − Eucaryotes E79t
ccF 0.436 0.456 0.357 0.477
cTc 0.585 0.597 0.665 0.766
Eet-Bt Bbt-tg Bft-tg Ebet-tg Efet-tg
aat 0 0 5 70
taa 0 0 5 70
atc 0 0 6 65
gtc 0 0 7 60
gcc 0 0 8 61
agt 0 0 25 55
ctc 0 1 1 10
ccc 0 1 1 28
tgt 0 1 2 66
tcc 0 1 28 58
cat 0 2 0 36
tat 0 2 0 57
ttt 0 2 1 50
tag 0 2 1 80
cgc 0 2 2 22
ggt 0 2 2 78
gat 0 2 3 73
acc 0 2 19 49
tga 0 18 7 133
acg 0 25 118 362
ggg 0 26 221 361
tcg 0 27 134 304
cgg 0 40 84 285
agg 0 41 212 582
gcg 1 12 181 430
ccg 1 19 211 194
cga 2 7 177 432
gtg 3 10 456 546
ttg 4 48 114 543
gag 5 9 697 704
cct 6 32 577 331
ctt 6 44 461 396
aag 7 17 824 803
aga 7 47 108 574
act 7 58 398 623
cag 8 26 408 687
tgg 8 48 389 547
gtt 11 63 525 497
tct 12 48 506 414
cac 17 51 631 397
tgc 17 61 822 1,023
agc 18 47 390 520
tta 25 51 97 495
gct 26 40 731 1,002
ctg 27 48 346 365
gga 28 56 557 484
tca 35 57 142 437
cta 36 56 122 364
cca 39 48 531 464
ttc 44 57 645 550
caa 48 58 317 625
aca 50 54 224 492
tac 68 54 167 1,143
cgt 87 58 507 377
att 93 51 671 567
aac 100 63 801 791
gca 104 55 336 764
gta 108 58 148 487
gac 113 60 844 727
gaa 115 55 550 626
aaa 122 53 554 859
ggc 127 56 864 547
atg 138 165 957 1,231
ata *0 *0 91 473
IV. Totaux db + diff.
ccF 0.404 0.548 0.718
cTc 0.641 0.741 0.852
total B42t C42t E79t
ctc 1 18 11
cgc 2 0 24
ccc 1 1 29
cat 2 0 36
ttt 2 2 51
tat 2 2 57
gtc 0 1 67
acc 2 0 68
tgt 1 1 68
gcc 0 0 69
atc 0 6 71
taa 0 1 75
aat 0 2 75
gat 2 2 76
agt 0 0 80
ggt 2 2 80
tag 2 1 81
tcc 1 1 86
tga 18 12 140
cgg 40 55 369
ccg 20 36 405
tcg 27 80 438
acg 25 66 480
cta 92 75 486
ata *0 59 564
tca 92 92 579
ggg 26 69 582
tta 76 132 592
cga 9 92 609
gcg 13 60 611
gta 166 64 635
ttg 52 190 657
aga 54 207 682
ctg 75 89 711
aca 104 100 716
agg 41 69 794
ctt 50 170 857
cgt 145 238 884
cct 38 155 908
agc 65 155 910
tct 60 310 920
tgg 56 173 936
caa 106 196 942
cca 87 205 995
gtg 13 94 1002
act 65 332 1021
gtt 74 401 1022
cac 68 220 1028
gga 84 146 1041
cag 34 149 1095
gca 159 141 1100
gaa 170 252 1176
ttc 101 296 1195
att 144 378 1238
tac 122 252 1310
gag 14 296 1401
ggc 183 487 1411
aaa 175 155 1413
gac 173 409 1571
aac 163 297 1592
aag 24 426 1627
gct 66 389 1733
tgc 78 143 1845
atg 303 324 2188
Tableau synthétique des corrélations diff et dif
modifier
Tableau syntétique des corrélations croisées
I.
colonnes
corrélation
 
dif
groupes
ccF
cTc
 
diff
groupes
ccF
cTc
II. E79 / C42
a b c d
a-c a-d b-c b-d
 
E/C db dif
Ebe-tg Efe-tg Cb-tg Cf-tg
0.684 0.717 0.374 0.571
0.768 0.845 0.577 0.789
 
E/C db diff
Ebet-tg Efet-tg Cbt-tg Cft-tg
0.684 0.719 0.374 0.592
0.768 0.851 0.580 0.851
III. B42 / C42
a b c d
a-c a-d b-c b-d
 
B/C db dif
Bb-tg Bf-tg Cb-tg Cf-tg
0.353 0.358 0.175 0.410
0.492 0.537 0.310 0.513
 
B/C db diff
Bbt-tg Bft-tg Cbt-tg Cft-tg
0.353 0.378 0.236 0.432
0.492 0.553 0.494 0.760
IV. B42 / E79
a b c d
a-c a-d b-c b-d
 
E/B db dif
Bb-tg Bf-tg Ebe-tg Efe-tg
0.436 0.455 0.393 0.504
0.585 0.599 0.502 0.568
 
E/B db diff
Bbt-tg Bft-tg Ebet-tg Efet-tg
0.436 0.456 0.357 0.477
0.585 0.597 0.665 0.766
V. total E79 C42 B42
a b c
a-b a-c b-c
 
total db+dif
Be Ce Ee
0.391 0.572 0.713
0.549 0.673 0.821
 
total db+diff
B42t C42t E79t
0.404 0.548 0.718
0.641 0.741 0.852
100x(diff − dif)
ccF
cTc
E/C
− 0.2 0.1 2.1
− 0.6 0.3 6.2
B/C
− 2.0 6.1 2.2
− 1.6 18.4 24.7
E/B
− 0.1 -3.6 -2.7
− -0.2 16.3 19.8
total
1.3 -2.4 0.5
9.2 6.8 3.1

Comparaison par les indices de multiplicité

modifier
Bactéries de la base gtRNAdb et E79t diff
modifier
Comparaison entre les indices de multiplicité des bactéries et de ceux des 79 eucaryotes E79t
I. E79tm. Multiplicité de E79t-tg (ref.)
ttt 0.65 tcc 1.09 tat 0.72 tgt 0.86
atc 0.9 acc 0.86 aat 0.95 agt 1.01
ctc 0.14 ccc 0.37 cat 0.46 cgc 0.30
gtc 0.85 gcc 0.87 gat 0.96 ggt 1.01
ttc 15.13 tct 11.65 tac 16.58 tgc 23.35
att 15.67 act 12.92 aac 20.15 agc 11.52
ctt 10.85 cct 11.49 cac 13.01 cgt 11.19
gtt 12.94 gct 21.94 gac 19.89 ggc 17.86
tta 7.49 tca 7.33 taa 0.95 tga 1.77
ata 7.14 aca 9.06 aaa 17.89 aga 8.63
cta 6.15 cca 12.59 caa 11.92 cga 7.71
gta 8.04 gca 13.92 gaa 14.89 gga 13.18
ttg 8.32 tcg 5.54 tag 1.03 tgg 11.85
atg 27.7 acg 6.08 aag 20.59 agg 10.05
ctg 9.00 ccg 5.13 cag 13.86 cgg 4.67
gtg 12.68 gcg 7.73 gag 17.73 ggg 7.37
II. E79tm9. E79tm / 8.91
ttt 0.07 tcc 0.12 tat 0.08 tgt 0.10
atc 0.10 acc 0.10 aat 0.11 agt 0.11
ctc 0.02 ccc 0.04 cat 0.05 cgc 0.03
gtc 0.10 gcc 0.10 gat 0.11 ggt 0.11
ttc 1.70 tct 1.31 tac 1.86 tgc 2.62
att 1.76 act 1.45 aac 2.26 agc 1.29
ctt 1.22 cct 1.29 cac 1.46 cgt 1.26
gtt 1.45 gct 2.46 gac 2.23 ggc 2.00
tta 0.84 tca 0.82 taa − tga 0.20
ata 0.80 aca 1.02 aaa 2.01 aga 0.97
cta 0.69 cca 1.41 caa 1.34 cga 0.87
gta 0.90 gca 1.56 gaa 1.67 gga 1.48
ttg 0.93 tcg 0.62 tag − tgg 1.33
atg 3.11 acg 0.68 aag 2.31 agg 1.13
ctg 1.01 ccg 0.58 cag 1.56 cgg 0.52
gtg 1.42 gcg 0.87 gag 1.99 ggg 0.83
III. B4032m. Multiplicité des bactéries (ref.)
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
IV. Sensibilité relative en %. −10, 521.
ttt 27 tcc 93 tat 77 tgt 123
atc 77 acc 3 aat 81 agt 436
ctc -1 ccc 15 cat 48 cgc -1
gtc 40 gcc 187 gat − ggt 436
ttc 12 tct 17 tac 17 tgc 136
att -23 act 30 aac 4 agc 18
ctt 28 cct 90 cac 25 cgt -32.3
gtt 32.1 gct 138 gac 0 ggc -13
tta -29 tca -37.4 taa − tga -39
ata − aca -30 aaa -11 aga -19
cta -44 cca 5 caa -16 cga 293
gta -59 gca -38 gaa -30 gga 8
ttg -6 tcg -4 tag − tgg 23
atg -30 acg 0 aag 284 agg 31.8
ctg -21 ccg 6 cag 163 cgg -37
gtg 337 gcg 186 gag 478 ggg 47
Bactéries de la base gtRNAdb et champignons C42t diff
modifier
Comparaison entre les indices de multiplicité des bactéries et de ceux des champignons C42t
I. C42tm. Multiplicité de C42t-tg (ref.)
ttt 0.05 tcc 0.02 tat 0.05 tgt 0.02
atc 0.14 acc 0 aat 0.05 agt 0
ctc 0.43 ccc 0.02 cat 0 cgc 0
gtc 0.02 gcc 0 gat 0.05 ggt 0.05
ttc 7.05 tct 7.38 tac 6.00 tgc 3.40
att 9.00 act 7.90 aac 7.07 agc 3.69
ctt 4.05 cct 3.69 cac 5.24 cgt 5.67
gtt 9.55 gct 9.26 gac 9.74 ggc 11.6
tta 3.14 tca 2.19 taa 0.02 tga 0.29
ata 1.40 aca 2.38 aaa 3.69 aga 4.93
cta 1.79 cca 4.88 caa 4.67 cga 2.19
gta 1.52 gca 3.36 gaa 6.00 gga 3.48
ttg 4.52 tcg 1.90 tag 0.02 tgg 4.12
atg 7.71 acg 1.57 aag 10.14 agg 1.64
ctg 2.12 ccg 0.86 cag 3.55 cgg 1.31
gtg 2.24 gcg 1.43 gag 7.05 ggg 1.64
II. C42tm4. C42tm / 4.17
ttt 0.01 tcc 0.00 tat 0.01 tgt 0.00
atc 0.03 acc 0 aat 0.01 agt 0
ctc 0.10 ccc 0.00 cat 0 cgc 0
gtc 0.00 gcc 0 gat 0.01 ggt 0.01
ttc 1.69 tct 1.77 tac 1.44 tgc 0.82
att 2.16 act 1.89 aac 1.70 agc 0.88
ctt 0.97 cct 0.88 cac 1.26 cgt 1.36
gtt 2.29 gct 2.22 gac 2.34 ggc 2.78
tta 0.75 tca 0.53 taa 0.00 tga 0.07
ata 0.34 aca 0.57 aaa 0.88 aga 1.18
cta 0.43 cca 1.17 caa 1.12 cga 0.53
gta 0.36 gca 0.81 gaa 1.44 gga 0.83
ttg 1.08 tcg 0.46 tag 0.00 tgg 0.99
atg 1.85 acg 0.38 aag 2.43 agg 0.39
ctg 0.51 ccg 0.21 cag 0.85 cgg 0.31
gtg 0.54 gcg 0.34 gag 1.69 ggg 0.39
III. B4032m. Multiplicité des bactéries (ref.)
ttt 0.25 tct 0.12 tat 0.10 tgt 0.07
att 0.12 act 2.55 aat 0.12 agt 0.02
ctt 9.15 cct 0.25 cat 0.10 cgc 8.26
gtt 0.22 gct 0.05 gat 0 ggt 0.02
ttc 1.51 tcc 1.12 tac 1.59 tgc 1.11
atc 2.28 acc 1.12 aac 2.17 agc 1.10
ctc 0.95 ccc 0.68 cac 1.17 cgt 1.85
gtc 1.10 gcc 1.03 gac 2.24 ggc 2.30
tta 1.18 tca 1.31 taa − tga 0.33
ata 0.01 aca 1.46 aaa 2.26 aga 1.19
cta 1.23 cca 1.35 caa 1.58 cga 0.22
gta 2.20 gca 2.53 gaa 2.40 gga 1.37
ttg 0.99 tcg 0.65 tag − tgg 1.08
atg 4.47 acg 0.68 aag 0.60 agg 0.86
ctg 1.29 ccg 0.54 cag 0.59 cgg 0.83
gtg 0.33 gcg 0.30 gag 0.34 ggg 0.56
IV. Sensibilité relative en %. −123, 320.
ttt 4 tcc 3 tat 12 tgt 6
atc 29 acc -1 aat 10 agt -1
ctc 0 ccc 1 cat -1 cgc -1
gtc 1 gcc -1 gat - ggt 52
ttc 12 tct 58 tac -10 tgc -27
att -5 act 69 aac -22 agc -19
ctt 2 cct 30 cac 7 cgt -27
gtt 108 gct 115 gac 4 ggc 21
tta -36 tca -60 taa − tga -79
ata − aca -61 aaa -61 aga -1
cta -65 cca -13 caa -29 cga 139
gta -83 gca -68 gaa -40 gga -39
ttg 9 tcg -30 tag − tgg -9
atg -59 acg -45 aag 304 agg -54
ctg -60 ccg -62 cag 44 cgg -62
gtg 65 gcg 13 gag 391 ggg -30

Tableaux des génomes, corrélations et indice double

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  • voir méthode

E79-Genomes. Correlations et indices des doublons

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E79: Genomes, corrélation et indice des doublons
E79 acs dif aga dif aml dif ath dif bacu dif bdi dif bta dif cbr dif cbre dif cel dif cfa dif cge dif cjap dif cjc dif cmk dif cpic dif cpo dif csi dif dme dif dno dif dsi dif dya dif ecb dif eeu dif fca dif gac dif gfr dif gga dif ggo dif gmo dif gmx dif hgl dif homo-18 dif lav dif lcm dif lma dif mcc dif mdo dif meu dif mgp dif mlu dif mmr dif mmu dif mpu dif mtr dif mun dif nle dif oaa dif oas dif ocu dif oga dif oni dif opr dif osa dif pan dif pfa dif pha dif pma dif pop dif ppp dif ppy dif ptr dif rno dif san dif sbi dif sbq dif shr dif spu dif ssc dif str dif tgu dif tma dif tng dif tru dif tsy dif ttr dif vvi dif xtr dif zma dif dre dif
Phe AAA ttt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 5 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 2 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 5 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 1 1 4 0 1 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 1 0 1 0 0 0 9
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Ile AAT att 4 1 10 1 7 4 15 1 6 5 13 6 14 3 17 3 31 1 19 1 4 4 10 2 20 5 5 7 8 22 2 8 7 2 7 5 8 1 6 5 6 2 8 1 13 6 7 1 8 1 84 16 4 1 6 0 5 8 5 20 12 18 5 2 5 9 13 29 1 5 2 0 4 7 12 0 4 1 1 1 6 3 2 1 7 4 6 3 14 8 3 1 4 8 10 16 3 2 6 4 6 3 12 12 6 1 14 3 5 8 0 0 5 6 47 62 14 5 9 2 7 8 6 10 5 6 7 7 14 2 6 4 10 0 57 11 12 0 6 7 5 34 5 7 8 9 9 2 5 2 5 5 9 5 45 17 32 36 129 128
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Asp GTC gac 6 1 18 1 5 5 21 7 7 37 21 4 9 32 27 6 31 2 20 6 9 3 10 4 32 8 8 5 14 34 4 9 6 3 6 6 11 2 12 8 5 0 14 2 5 4 9 3 7 1 135 48 1 3 7 2 7 7 15 14 25 7 4 5 10 2 6 13 3 15 2 0 6 8 12 11 1 11 2 0 5 2 3 1 12 3 4 3 16 13 4 4 5 7 13 13 2 5 17 5 9 3 6 3 11 2 20 10 8 6 0 0 6 3 56 33 29 4 8 2 7 5 7 9 12 2 9 9 20 3 6 4 12 6 62 19 14 82 5 2 3 3 4 10 6 12 18 5 6 6 5 43 11 11 46 12 30 11 107 42
His GTG cac 3 1 16 4 7 0 6 5 7 3 14 6 14 4 18 2 21 4 13 5 7 1 11 2 12 4 5 3 10 26 2 7 6 1 8 1 4 0 6 3 4 1 4 0 8 2 4 0 8 7 33 18 0 3 2 3 6 0 10 15 15 2 5 1 8 0 14 12 2 2 1 0 10 3 8 0 6 0 0 2 4 2 3 2 7 2 5 1 10 7 0 3 7 3 4 19 3 4 8 0 7 0 9 13 4 0 16 9 9 0 0 − 9 0 15 11 9 3 6 2 7 3 8 1 9 0 6 0 8 6 5 3 8 0 17 8 7 2 4 1 2 2 7 4 4 7 10 8 5 4 4 4 5 8 24 17 18 7 224 162
Asn GTT aac 6 3 10 1 10 17 10 8 17 6 10 5 16 13 20 2 28 4 17 2 8 12 8 8 20 2 9 17 16 31 5 11 9 8 10 3 9 0 17 5 5 0 10 0 9 7 5 1 7 20 82 40 1 4 5 5 9 19 16 17 12 9 5 3 8 16 14 36 2 6 2 0 6 20 9 3 10 3 2 1 7 1 4 4 8 4 4 7 14 15 4 4 7 13 10 10 8 4 11 14 8 3 8 0 9 4 17 12 9 19 0 0 8 9 100 67 11 12 9 4 11 29 9 23 8 6 8 3 9 6 5 6 12 0 30 8 10 7 7 1 3 4 5 17 6 10 10 12 6 8 7 5 7 13 28 18 31 17 575 469
Leu TAA tta 0 1 1 4 1 3 3 2 1 11 2 1 0 9 2 3 4 2 1 2 0 3 0 3 0 4 0 10 1 11 0 12 0 3 0 4 0 3 0 7 0 2 1 3 0 3 0 2 0 18 4 7 0 10 0 2 1 7 1 14 4 4 0 3 0 3 1 13 0 10 0 0 1 14 0 1 0 2 0 0 0 1 0 2 2 4 0 3 3 4 1 2 0 7 3 6 0 4 1 4 0 2 0 11 0 2 1 2 0 9 0 0 0 6 2 2 1 5 1 0 0 7 2 8 0 2 0 3 0 3 0 8 0 5 5 8 0 3 0 2 1 2 0 5 1 3 0 6 29 12 0 5 2 6 11 34 2 2 19 53
Val TAC gta 0 1 2 0 0 6 4 2 0 17 2 2 2 18 2 3 3 4 1 3 0 4 1 3 2 4 1 4 29 115 0 4 1 1 0 6 1 0 0 15 1 0 1 0 0 5 0 5 0 5 4 7 0 0 0 2 0 7 0 8 5 3 1 2 1 3 11 38 0 6 0 0 1 5 1 3 0 0 0 1 0 2 0 1 2 0 0 5 2 4 0 0 0 5 2 12 0 7 3 4 1 1 2 6 0 3 3 0 2 4 0 0 2 4 7 18 5 2 1 0 2 4 0 9 1 1 0 4 2 1 1 3 1 2 5 5 2 8 1 3 0 1 0 25 1 2 2 6 1 2 0 15 1 3 17 18 2 1 171 58
Leu TAG cta 0 2 1 1 0 4 6 4 0 3 6 3 0 4 3 1 6 1 2 0 0 3 0 3 2 3 0 3 2 17 0 3 0 2 1 2 1 0 0 2 1 0 1 0 0 4 0 2 0 32 5 11 0 − 0 1 0 4 4 19 7 2 0 4 0 2 0 10 1 3 0 0 0 4 0 5 1 2 0 0 0 1 0 1 0 3 0 3 6 3 0 − 0 3 2 4 0 2 0 3 0 2 1 5 0 4 5 4 0 2 0 0 0 2 26 13 0 − 1 4 0 2 0 3 0 0 0 1 3 5 0 3 0 3 2 5 2 2 0 2 0 0 0 4 0 5 0 3 1 3 0 3 4 6 15 9 4 4 110 133
Ile TAT ata 0 0 0 1 0 5 3 1 0 7 1 2 0 7 8 15 13 12 3 3 0 4 0 4 2 4 0 4 4 18 0 12 0 4 0 4 0 1 0 5 0 − 0 1 0 4 0 3 0 8 46 14 0 1 0 1 0 5 2 15 5 2 0 2 0 4 0 6 0 6 0 0 0 6 0 6 0 5 0 0 0 2 1 1 0 4 0 4 7 6 0 0 0 4 2 7 0 4 0 6 0 10 5 19 0 3 2 2 0 6 0 0 0 3 3 6 6 2 2 2 0 5 0 4 0 2 0 4 1 3 0 5 0 3 6 15 1 3 0 3 0 0 0 7 0 4 0 5 0 3 0 4 3 5 26 24 1 3 22 52
SeC TCA tga 0 0 0 − 0 1 0 − 0 16 0 − 0 28 0 − 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1 0 17 0 0 0 − 0 0 0 2 0 1 0 − 3 3 0 1 0 23 0 3 0 − 0 1 0 − 3 3 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 2 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 0 1 0 − 0 − 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 − 2 11
Gly TCC gga 5 2 7 0 3 3 11 1 25 961 6 2 6 384 33 8 61 4 28 5 7 3 5 0 36 10 6 2 22 43 10 13 2 3 2 1 4 1 10 23 3 1 5 1 2 1 5 1 2 45 40 20 2 1 3 3 1 3 18 20 16 1 1 2 5 3 3 615 0 4 0 0 2 2 4 6 6 3 2 1 4 1 5 1 6 1 2 6 9 5 5 5 4 1 6 8 1 131 12 1 3 5 6 5 5 1 5 4 6 1 0 0 2 1 13 3 10 6 5 3 3 4 2 4 6 2 5 6 7 2 2 3 6 2 19 13 2 7 2 2 4 2 5 1067 5 10 7 4 2 3 19 813 7 11 53 26 8 2 24 22
Arg TCG cga 0 2 4 3 2 81 4 1 1 7 4 0 1 10 4 5 11 5 4 3 0 14 2 3 6 4 0 3 3 21 1 3 0 3 1 3 6 3 1 6 2 2 5 1 1 2 1 3 7 1193 65 13 0 1 0 1 1 4 2 14 6 2 0 3 0 5 4 13 0 3 0 0 0 4 2 2 2 2 0 0 1 3 1 1 1 3 1 27 3 1 0 0 0 6 2 4 0 5 2 2 0 3 0 6 1 4 2 1 0 4 0 0 1 4 17 8 5 1 2 4 1 4 0 5 1 3 0 4 3 0 0 3 2 2 9 9 2 2 0 4 0 2 0 11 0 6 0 6 0 4 0 6 3 2 25 7 3 3 57 49
Arg TCT aga 0 2 0 1 0 16 1 8 0 54 2 6 0 43 7 2 10 2 5 2 0 8 0 4 9 2 0 5 0 13 1 24 0 4 0 5 0 2 0 8 0 3 0 2 0 4 0 4 0 53 43 24 0 2 0 3 0 4 2 18 10 7 0 5 0 5 0 89 0 8 0 0 0 5 0 5 1 5 0 2 1 3 0 4 0 5 1 14 2 5 0 3 0 6 0 5 0 21 0 5 0 3 1 25 0 4 6 5 0 5 0 0 0 5 8 9 5 5 4 2 2 5 0 5 0 5 0 5 2 5 0 5 0 4 9 8 1 5 0 4 0 3 1 121 0 9 1 11 0 5 0 47 3 2 52 52 3 5 113 138
Ser TGA tca 0 0 1 0 0 5 6 5 0 4 5 4 0 6 3 4 7 6 2 6 0 4 0 2 4 2 1 3 3 50 0 14 1 1 2 2 0 1 1 4 0 1 0 1 0 3 0 2 1 12 43 18 0 2 1 2 0 4 3 14 6 4 0 2 0 3 0 6 0 5 0 0 4 15 1 4 2 1 0 2 0 1 0 1 1 1 0 3 4 3 1 3 0 5 0 5 0 3 0 3 1 1 1 8 0 2 10 6 0 8 0 0 0 4 10 9 4 4 2 2 0 7 0 8 0 3 0 2 7 5 1 4 0 4 6 8 0 4 0 6 0 3 0 5 0 8 0 7 0 4 0 5 5 2 22 18 6 4 92 116
Ala TGC gca 0 5 1 1 2 6 7 2 0 41 7 5 4 30 13 0 7 3 7 1 3 7 1 13 6 4 1 4 2889 3008 3 11 2 6 1 11 0 1 2 63 0 − 1 0 2 8 0 9 1 8 36 16 0 4 3 3 1 5 4 19 12 4 1 3 1 6 6 46 1 18 0 0 0 10 3 5 0 5 2 3 0 0 0 4 3 7 1 6 8 7 0 4 0 10 6 10 0 11 0 8 2 4 5 5 1 5 9 0 0 9 0 0 0 8 21 9 13 7 7 1 2 6 1 8 3 5 1 6 8 4 1 6 3 3 10 6 2 11 0 38 2 4 3 36 2 8 3 4 0 3 0 35 16 20 29 17 8 6 265 102
Pro TGG cca 2 0 6 1 3 7 41 5 2 2 8 9 6 2 30 10 48 5 23 7 1 6 4 1 33 9 3 2 7 43 1 2 2 1 4 2 4 0 5 1 3 1 7 0 4 2 3 1 4 63 22 6 1 3 1 2 3 3 6 14 20 6 1 3 4 2 2 11 3 6 0 0 3 6 5 2 3 0 0 1 0 2 1 2 3 4 1 5 8 2 1 2 2 2 3 8 2 3 2 2 1 2 6 4 1 2 5 8 2 3 0 0 2 3 29 13 13 9 6 1 3 5 4 5 4 1 2 3 6 4 2 2 5 0 15 5 2 1 2 4 0 0 3 4 4 9 4 4 0 31 2 2 8 7 36 16 13 17 108 96
Thr TGT aca 1 1 1 0 1 7 4 4 1 6 2 7 2 7 6 3 12 2 9 1 1 2 1 2 7 4 0 6 49 156 1 16 1 2 2 5 4 1 1 6 3 1 4 1 2 4 0 5 1 11 19 15 0 3 1 2 1 4 6 23 5 4 0 3 0 5 5 16 1 7 0 0 0 5 5 1 3 2 0 1 2 2 0 2 1 2 1 5 3 6 0 1 0 5 2 15 1 3 1 5 1 4 3 21 1 4 9 6 0 7 0 0 0 6 10 8 5 5 1 3 0 3 1 4 1 3 0 4 4 7 1 5 4 2 11 9 3 4 2 3 1 2 1 16 3 8 1 5 0 3 1 4 2 5 48 42 8 5 151 138
Stp TTA taa 0 − 0 0 0 0 0 0 0 23 0 − 0 3 0 − 0 − 0 − 0 2 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 1 35 0 − 0 − 0 − 1 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 1 0 0 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 1 2 29 0 0 0 2 0 2 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 2 0 − 0 0 1 0 0 0 0 − 0 0 0 1 0 − 0 − 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 2 0 19 0 0 0 1 0 − 1 4
Glu TTC gaa 5 1 8 2 4 6 7 8 47 2320 8 6 11 423 15 3 27 8 14 2 4 10 2 4 16 3 3 17 7 58 0 16 2 3 4 6 5 0 5 14 2 2 5 1 5 5 3 4 4 10 22 23 0 3 2 6 3 12 12 38 12 3 2 3 3 4 7 106 2 8 0 0 2 9 10 3 6 5 1 3 1 3 3 5 5 2 1 5 13 8 0 2 2 11 3 12 3 135 9 8 1 3 6 7 3 3 10 5 7 5 0 0 6 6 3 8 13 0 5 1 9 14 6 11 5 4 1 8 8 4 4 16 10 4 18 7 30 204 2 2 0 1 2 111 3 12 4 8 2 6 29 1871 5 9 60 23 12 9 128 96
Gln TTG caa 0 2 2 1 1 41 6 3 2 7 7 7 2 17 19 4 29 10 15 4 1 41 1 3 11 2 0 6 1 5 1 14 2 1 2 2 2 1 2 2 2 1 3 0 2 3 1 2 5 776 47 12 0 1 0 1 1 9 3 7 10 2 0 2 2 3 3 10 1 8 0 0 1 14 0 6 1 2 0 0 0 2 1 2 1 5 2 34 10 9 1 0 2 7 3 7 0 6 2 2 1 3 1 4 2 2 9 11 2 11 0 0 2 3 23 20 10 0 3 6 0 12 3 16 1 4 2 2 3 7 0 7 16 28 10 6 3 5 2 1 0 1 2 5 4 4 3 6 13 50 4 11 3 6 20 7 8 13 59 45
Lys TTT aaa 2 2 3 4 5 49 10 5 4 81 3 8 10 67 11 4 20 8 13 0 6 27 5 9 23 6 5 10 5 37 4 31 4 6 4 10 4 1 4 13 2 1 3 2 7 7 6 4 5 44 30 30 2 1 2 3 3 10 17 45 15 4 3 4 4 7 14 45 7 12 0 0 6 12 9 3 3 6 2 1 1 1 3 1 8 5 6 24 7 12 1 1 8 14 7 24 5 16 4 7 4 6 9 6 3 5 4 7 6 12 0 − 6 5 17 6 13 4 4 3 8 14 6 13 0 0 5 2 3 7 4 13 8 5 37 19 15 22 5 4 3 0 5 25 4 10 7 12 4 5 4 69 5 5 51 20 14 67 275 249
corrélation 0.23 0.10 0.35 0.68 0.88 0.44 0.57 0.25 0.09 0.35 0.36 0.38 0.67 0.56 0.61 0.37 0.43 0.15 -0.11 0.06 -0.27 0.02 0.20 0.77 0.30 0.81 0.20 0.44 0.38 0.76 0.17 0.06 0.27 0.06 0.44 0.17 0.31 0.40 0.25 0.30 0.42 0.30 0.67 0.13 0.30 0.29 0.43 0.77 0.14 0.26 0.14 0.14 -0.11 0.63 0.34 − 0.35 0.91 0.22 0.23 0.53 0.56 0.44 0.43 0.25 0.26 0.36 0.63 0.76 0.07 0.43 0.19 0.52 0.32 0.40 0.88 0.53 0.71 0.60 0.91
total 92 72 284 94 172 1250 431 217 342 6717 381 215 320 3678 530 169 817 226 416 133 139 723 173 276 607 173 146 290 3402 10269 74 426 140 194 161 308 195 54 190 878 161 55 228 58 194 250 163 276 158 3561 1694 747 63 94 114 122 129 324 452 990 501 189 85 230 164 221 253 1695 59 266 34 4 132 341 259 175 144 160 50 60 110 96 105 107 185 230 124 582 319 308 52 102 125 327 276 529 79 1045 225 231 124 153 273 351 150 142 438 260 174 301 0 1 156 203 1401 1032 387 208 249 128 175 381 161 392 160 198 146 181 334 237 117 226 230 171 639 381 236 522 146 602 78 148 111 1851 205 357 271 294 135 271 231 5586 236 290 1588 997 601 548 6569 5642
idble 1.28 3.02 0.14 1.99 0.05 1.77 0.09 3.14 3.62 3.13 0.19 0.63 3.51 0.50 0.33 0.17 0.72 0.52 3.61 0.22 2.93 3.93 0.78 0.59 0.04 2.27 0.67 0.93 0.40 0.46 2.65 0.37 0.74 0.15 0.22 8.50 0.39 1.48 0.90 0.83 1.15 0.98 0.80 0.21 1.04 0.51 0.38 0.52 0.08 0.97 0.81 0.78 1.06 1.68 0.58 0.00 0.77 1.36 1.86 1.95 0.46 0.41 0.81 0.81 1.41 0.52 1.35 1.68 0.45 0.24 0.53 0.06 0.57 0.92 0.50 0.04 0.81 1.59 1.10 1.16
total tRNAs 164 378 1422 648 7059 596 3998 699 1043 549 862 449 780 436 13671 500 334 469 249 1068 216 286 444 439 3719 2441 157 236 453 1442 690 315 385 1948 325 38 473 434 304 110 206 212 415 706 627 154 452 805 1124 456 277 624 292 698 475 1 359 2433 595 377 556 553 358 327 571 343 401 1020 758 748 226 1962 562 565 406 5817 526 2585 1149
acs aga aml ath bacu bdi bta cbr cbre cel cfa cge cjap cjc cmk cpic cpo csi dme dno dsi dya ecb eeu fca gac gfr gga ggo gmo gmx hgl hsa-18 lav lcm lma mcc mdo meu mgp mlu mmr mmu mpu mtr mun nle oaa oas ocu oga oni opr osa pan pfa pha pma pop ppp ppy ptr rno san sbi sbq shr spu ssc str tgu tma tng tru tsy ttr vvi xtr zma dre
double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif
E79 génomes. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base
modifier
  • Lien au tableur: E79 génomes. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base
  • Méthode: méthode des 4 proches voisins. S'il faut recalculer les corrélations et les totaux par colonne, il suffit de copier le "lien tableur" de ce tableau dans un tableur puis remplacer tout symbole par rien (ctrl+H), récupérer les résultats et non le tableau. S'il nécessaire de republier le tableau, reprendre "le lien tableur" sans supprimer les symboles, puis faire les modifications nécessaires avant de publier.
  • Légende:
    Rouge * pour effectif supérieur à 49;  Orange § pour les excès des codons faibles xyc/t taa tag tga; Cyan § pour les excès entre 30 et 50.
    Zéros: somme des alpha-numériques tiret − correspondant à zéro tRNA.
    corel pour corrélation entre les 2 colonnes double et xyz (pour le nom ici du génome);  indice pour indice des doublons "total double / total xyz"
    db pour total double;  dif pour total de la colonne xyz;  diff (égale dif+1) pour total de la colonne xyz plus 79 moins le total Zéros;  total.dif et total.diff correspondent aux sommes respectivement db+dif et db+diff.
  • Total des codons par génome: Duplications des gènes de tRNAs. E79-codons. Remplacement des effectifs supérieurs à 49 par l'estimation de la méthode des 4 proches voisins.
    Les génomes: acs−cbr  cbre−cpic  cpo−eeu  fca−hgl  hsa−mgp  mlu−oaa  oas−pfa  pha−san  sbi−tma  tng−zma.
E79-génomes. Les duplications excessives remplacées par les estimations du processus de base
génomes acs − cbr
E79 double acs double aga double aml double ath double bacu double bdi double bta double cbr
aaa 2 2 3 4 5 17 10 5 4 11 3 8 10 5 11 4
aac 6 3 10 1 10 17 10 8 17 6 10 5 16 13 20 2
aag 3 2 15 1 12 6 14 4 5 23 16 1 15 24 36 3
aat 0 − 0 − 0 5 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
aca 1 1 1 0 1 7 4 4 1 6 2 7 2 7 6 3
acc 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 2 0 0 0 0 −
acg 0 0 3 2 0 9 2 3 0 3 2 3 0 6 5 3
act 1 2 7 0 4 5 7 2 4 8 2 6 4 9 20 1
aga 0 2 0 1 0 16 1 8 0 8 2 6 0 8 7 2
agc 2 2 4 1 3 9 7 8 3 9 12 5 8 10 6 2
agg 0 2 0 1 1 43 4 3 0 7 4 5 2 6 1 0
agt 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 3 0 −
ata 0 0 0 1 0 5 3 1 0 7 1 2 0 7 8 15
atc 0 − 0 − 0 − 1 0 0 0 0 1 0 − 0 −
atg 4 7 13 4 11 12 16 15 8 12 25 30 16 18 18 4
att 4 1 10 1 7 4 15 1 6 5 13 6 14 3 17 3
caa 0 2 2 1 1 41 6 3 2 7 7 7 2 17 19 4
cac 3 1 16 4 7 0 6 5 7 3 14 6 14 4 18 2
cag 2 2 5 5 4 20 4 4 4 15 8 2 8 31 6 3
cat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 2 0 3 0 −
cca 2 0 6 1 3 7 41 5 2 2 8 9 6 2 30 10
ccc 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
ccg 1 0 7 5 3 1 2 2 2 1 5 2 3 0 2 1
cct 2 0 2 4 7 1 11 4 5 1 11 3 11 1 2 3
cga 0 2 4 3 2 5 4 1 1 7 4 0 1 10 4 5
cgc 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 2 0 −
cgg 0 0 0 − 2 4 1 2 1 19 2 3 3 12 0 −
cgt 2 1 9 0 5 2 4 6 3 5 12 3 7 5 17 4
cta 0 2 1 1 0 4 6 4 0 3 6 3 0 4 3 1
ctc 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 −
ctg 2 1 8 1 2 4 2 0 3 3 7 0 3 2 2 4
ctt 2 1 3 1 2 4 9 2 4 1 7 6 6 4 21 4
gaa 4 6 12 9 3 5 27 8 11 7 4 10 5 14 12 38
gac 6 1 18 1 5 5 21 7 7 37 21 4 9 32 27 6
gag 1 3 12 2 3 33 9 3 21 17 16 2 3 15 21 8
gat 0 − 0 − 0 0 0 − 1 5 0 − 0 5 0 −
gca 0 5 1 1 2 6 7 2 0 41 7 5 4 30 13 0
gcc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 −
gcg 0 2 4 1 1 3 4 2 1 18 9 1 2 13 2 4
gct 6 5 13 3 3 13 13 2 2 17 16 2 12 18 22 6
gga 5 2 7 0 3 3 11 1 25 11 6 2 6 3 33 8
ggc 5 1 14 0 8 1 16 8 13 1 19 8 8 3 16 4
ggg 1 0 0 − 2 4 4 0 8 4 8 0 29 3 0 4
ggt 0 − 0 − 0 − 0 − 1 8 0 − 0 8 0 −
gta 0 1 2 0 0 6 4 2 0 17 2 2 2 18 2 3
gtc 0 − 0 − 0 − 1 0 0 0 2 1 0 − 0 −
gtg 2 0 21 7 7 1 6 1 8 23 8 2 12 26 3 2
gtt 2 2 24 6 8 1 12 2 5 8 11 4 7 12 18 6
taa 0 − 0 0 0 0 0 0 0 3 0 − 0 3 0 −
tac 0 5 1 20 1 9 3 32 0 13 3 13 1 37 13 5
tag 0 − 0 − 0 4 0 − 0 4 0 − 0 4 0 −
tat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 4 0 −
tca 0 0 1 0 0 5 6 5 0 4 5 4 0 6 3 4
tcc 0 − 0 − 0 − 1 1 0 0 1 2 4 3 0 −
tcg 0 1 7 0 0 3 3 3 0 3 4 0 0 6 4 3
tct 4 0 4 1 6 3 26 10 3 6 8 2 8 4 14 2
tga 0 0 0 − 0 1 0 − 0 4 0 − 0 4 0 −
tgc 8 3 4 0 13 11 4 13 5 18 6 8 25 14 14 1
tgg 3 3 5 0 3 6 11 4 13 3 12 5 5 5 12 0
tgt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 1 4 0 −
tta 0 1 1 4 1 3 3 2 1 11 2 1 0 9 2 3
ttc 4 0 8 0 8 2 16 4 4 8 13 4 12 17 16 5
ttg 1 0 0 3 2 6 6 5 0 7 9 6 0 13 1 9
ttt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 5 0 −
E79-tc double acs double aga double aml double ath double bacu double bdi double bta double cbr
zéros 17 20 12 13 10 12 5 20
db,diff 91 124 288 145 171 435 404 268 211 525 377 271 306 614 527 248
total.diff 215 433 606 672 736 648 920 775
corel 0.28 0.14 -0.02 0.21 0.11 0.42 0.21 0.12
db,dif 91 77 288 101 171 383 404 217 211 471 377 219 306 555 527 204
total.dif 168 389 554 621 682 596 861 731
indice 1.18 2.85 0.45 1.86 0.45 1.72 0.55 2.58
génomes cbre − cpic
E79 double cbre double cel double cfa double cge double cjap double cjc double cmk double cpic
aaa 20 8 13 0 6 27 5 9 23 6 5 10 5 37 4 31
aac 28 4 17 2 8 12 8 8 20 2 9 17 16 31 5 11
aag 45 3 24 5 10 11 11 8 30 6 4 11 11 24 2 6
aat 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 1 0 0
aca 12 2 9 1 1 2 1 2 7 4 0 6 13 8 1 16
acc 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 4 0 −
acg 6 3 2 4 0 4 0 3 8 2 0 3 4 3 0 4
act 26 4 14 2 2 5 1 6 17 6 1 8 7 16 1 15
aga 10 2 5 2 0 8 0 4 9 2 0 5 0 13 1 24
agc 9 4 6 2 2 5 3 5 12 2 3 4 10 22 1 18
agg 4 6 1 2 1 27 1 4 2 0 1 3 5 6 0 9
agt 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 2
ata 13 12 3 3 0 4 0 4 2 4 0 4 4 18 0 12
atc 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 2 0 − 0 0
atg 24 4 16 2 6 16 7 8 25 4 7 12 20 73 5 10
att 31 1 19 1 4 4 10 2 20 5 5 7 8 22 2 8
caa 29 10 15 4 1 41 1 3 11 2 0 6 1 5 1 14
cac 21 4 13 5 7 1 11 2 12 4 5 3 10 26 2 7
cag 6 4 4 2 4 15 5 5 11 4 5 7 8 9 1 9
cat 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 −
cca 48 5 23 7 1 6 4 1 33 9 3 2 7 43 1 2
ccc 1 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 5 0 0
ccg 4 4 3 0 2 1 2 0 7 0 3 0 0 1 0 1
cct 13 11 2 3 7 0 6 0 7 1 6 0 1 10 4 7
cga 11 5 4 3 0 14 2 3 6 4 0 3 3 21 1 3
cgc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 2 0 0 − 0 −
cgg 13 10 0 0 1 2 0 2 0 0 1 2 0 1 0 2
cgt 28 3 14 3 1 4 3 2 17 3 4 1 4 4 2 4
cta 6 1 2 0 0 3 0 3 2 3 0 3 2 17 0 3
ctc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 0
ctg 3 4 3 1 4 2 5 4 5 6 3 8 5 19 2 3
ctt 29 2 14 5 3 0 3 1 22 3 4 3 6 13 0 1
gaa 29 10 9 23 7 5 1 3 7 6 10 4 5 9 5 1
gac 31 2 20 6 9 3 10 4 32 8 8 5 14 34 4 9
gag 34 2 19 4 6 15 6 13 31 8 6 8 22 17 2 2
gat 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 0 0 5 0 −
gca 7 3 7 1 3 7 1 13 6 4 1 4 25 15 3 11
gcc 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 1 3 6 0 0
gcg 2 3 0 3 0 3 1 4 7 0 1 2 13 9 0 3
gct 33 1 16 5 3 10 5 16 23 7 2 12 19 4 1 9
gga 5 4 28 5 7 3 5 0 36 10 6 2 22 11 10 13
ggc 25 13 10 3 8 2 9 4 24 9 9 5 12 6 5 5
ggg 11 13 2 0 2 6 2 4 0 1 1 3 7 1 1 0
ggt 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 1 0 −
gta 3 4 1 3 0 4 1 3 2 4 1 4 29 20 0 4
gtc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 2 0 3 0 −
gtg 7 7 4 1 5 2 3 5 8 4 4 6 37 12 0 5
gtt 30 2 15 3 2 3 4 8 19 3 3 3 6 15 1 14
taa 0 − 0 − 0 2 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0
tac 20 7 7 11 0 8 0 10 22 1 10 24 7 28 0 4
tag 0 − 0 − 0 2 0 − 0 − 0 2 0 3 0 1
tat 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0
tca 7 6 2 6 0 4 0 2 4 2 1 3 3 5 0 14
tcc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 −
tcg 3 5 3 2 1 6 0 2 10 4 0 3 0 3 1 8
tct 16 3 11 3 5 4 5 0 14 4 5 3 12 13 2 21
tga 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 2 0 3
tgc 16 4 11 1 9 11 24 16 12 2 9 22 5 9 4 13
tgg 19 2 9 2 0 5 2 3 14 3 1 9 10 19 1 8
tgt 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 4
tta 4 2 1 2 0 3 0 3 0 4 0 10 1 11 0 12
ttc 18 5 10 4 4 5 4 3 19 4 4 3 10 24 2 19
ttg 2 11 0 6 0 4 0 3 0 6 0 6 1 29 1 5
ttt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 2 0 1
E79 double cbre double cel double cfa double cge double cjap double cjc double cmk double cpic
zéros 12 17 14 15 17 8 3 7
db,diff 763 280 411 201 142 382 172 258 598 223 153 333 413 830 79 468
total.diff 1043 612 524 430 821 486 1243 547
corel 0.12 0.22 0.11 0.44 0.65 0.55 0.42 0.34
db,dif 763 228 411 154 142 332 172 209 598 176 153 277 413 769 79 411
total.dif 991 565 474 381 774 430 1182 490
indice 3.35 2.67 0.43 0.82 3.40 0.55 0.54 0.19
génomes cpo − eeu
E79 double cpo double csi double dme double dno double dsi double dya double ecb double eeu
aaa 4 6 4 10 4 1 4 13 2 1 3 2 7 7 6 4
aac 9 8 10 3 9 0 17 5 5 0 10 0 9 7 5 1
aag 7 18 6 15 12 0 13 29 10 0 12 3 8 7 28 10
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génomes hsa − mgp
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génomes mlu − oaa
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agg 7 2 1 3 1 2 7 11 0 3 1 4 0 1 0 12
agt 0 − 0 − 0 − 17 8 0 − 0 − 1 1 0 4
ata 1 3 0 5 0 3 6 15 1 3 0 3 0 0 0 7
atc 0 − 0 0 0 − 0 1 0 − 0 5 0 4 0 0
atg 9 29 8 6 14 7 43 29 12 10 7 6 2 2 7 13
att 14 2 6 4 10 0 9 11 12 0 6 7 5 34 5 7
caa 3 7 0 7 16 28 10 6 3 5 2 1 0 1 2 5
cac 8 6 5 3 8 0 17 8 7 2 4 1 2 2 7 4
cag 5 7 3 7 7 2 10 10 4 7 4 1 4 1 4 5
cat 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
cca 6 4 2 2 5 0 15 5 2 1 2 4 0 0 3 4
ccc 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 −
ccg 4 3 3 0 2 0 4 4 2 0 2 0 1 0 2 0
cct 9 4 5 3 8 1 14 4 8 0 7 4 3 2 7 3
cga 3 0 0 3 2 2 9 9 2 2 0 4 0 2 0 11
cgc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
cgg 4 2 1 1 0 2 0 0 2 0 0 2 0 − 1 5
cgt 11 3 4 1 0 3 20 8 5 1 3 2 2 3 3 4
cta 3 5 0 3 0 3 2 5 2 2 0 2 0 0 0 4
ctc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
ctg 7 3 2 2 5 3 2 2 3 1 2 1 3 3 1 3
ctt 11 3 4 2 6 2 5 12 5 2 3 2 0 1 3 4
gaa 4 10 2 6 3 12 2 7 47 10 8 2 5 0 10 3
gac 20 3 6 4 12 6 10 19 14 15 5 2 3 3 4 10
gag 17 8 3 6 8 1 19 9 5 7 3 3 1 1 0 18
gat 0 1 0 0 0 − 0 − 1 5 0 5 0 − 0 0
gca 8 4 1 6 3 3 10 6 2 11 0 38 2 4 3 36
gcc 4 6 0 − 0 − 0 − 0 − 1 6 0 − 0 0
gcg 9 1 1 3 2 1 4 2 1 5 1 16 0 2 1 4
gct 14 12 3 11 10 7 21 10 5 17 4 14 8 9 4 15
gga 7 2 2 3 6 2 19 13 2 7 2 2 4 2 5 3
ggc 18 5 7 4 16 2 26 15 9 9 7 5 7 4 5 17
ggg 4 1 0 3 3 2 1 2 2 3 1 18 0 3 2 5
ggt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 6 0 0 0 8
gta 2 1 1 3 1 2 5 5 2 8 1 3 0 1 0 25
gtc 0 2 0 0 0 − 0 − 0 0 0 2 0 1 0 −
gtg 8 2 2 5 6 3 0 − 7 4 3 35 0 0 3 12
gtt 9 6 2 3 7 0 17 2 4 5 4 13 1 7 3 7
taa 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 − 0 − 0 1
tac 0 13 0 14 1 9 7 16 3 13 0 8 3 9 0 14
tag 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
tat 0 0 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0
tca 7 5 1 4 0 4 6 8 0 4 0 6 0 3 0 5
tcc 0 2 0 0 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 −
tcg 4 5 0 2 0 2 1 4 0 3 0 5 0 0 1 2
tct 8 2 6 2 7 2 0 − 6 3 6 8 2 0 4 9
tga 0 0 0 2 0 1 0 − 0 − 0 0 0 0 0 4
tgc 6 6 10 10 2 5 20 10 10 12 29 18 5 3 2 19
tgg 10 2 1 6 3 4 5 12 3 3 3 3 0 2 2 10
tgt 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 4
tta 0 3 0 8 0 5 5 8 0 3 0 2 1 2 0 5
ttc 16 4 5 4 6 6 0 − 11 9 6 3 6 3 3 7
ttg 4 4 0 6 0 2 6 11 1 4 0 9 0 3 0 9
ttt 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 0 0 1 0 0
E79 double sbi double sbq double shr double spu double ssc double str double tgu double tma
zéros 7 11 17 18 14 8 11 7
db,diff 330 300 115 269 223 226 523 427 253 308 152 398 83 200 119 530
total.diff 630 384 449 950 561 550 283 649
corel 0.24 0.24 0.34 0.62 0.42 0.14 0.39 0.15
db,dif 330 243 115 216 223 179 523 381 253 258 152 342 83 147 119 473
total.dif 573 331 402 904 511 494 230 592
indice 1.36 0.53 1.25 1.37 0.98 0.44 0.56 0.25
génomes tng − zma
E79 double tng double tru double tsy double ttr double vvi double xtr double zma
aaa 4 10 7 12 4 5 4 11 5 5 16 20 14 16
aac 6 10 10 12 6 8 7 5 7 13 28 18 31 17
aag 10 10 13 6 0 6 3 15 5 10 11 22 36 6
aat 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 −
aca 3 8 1 5 0 3 1 4 2 5 13 8 8 5
acc 0 − 0 − 0 − 0 0 0 1 0 − 5 4
acg 3 9 1 6 0 3 0 2 1 1 15 13 4 1
act 9 16 7 10 2 6 2 6 4 5 23 11 7 12
aga 0 9 1 11 0 5 0 8 3 2 9 5 3 5
agc 5 5 6 12 2 6 3 7 7 1 14 8 10 3
agg 6 4 5 4 0 3 1 14 4 3 18 8 5 5
agt 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
ata 0 4 0 5 0 3 0 4 3 5 5 24 1 3
atc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 4 0 −
atg 8 11 24 11 7 4 6 10 6 19 23 38 31 47
att 8 9 9 2 5 2 5 5 9 5 10 17 32 36
caa 4 4 3 6 13 9 4 11 3 6 20 7 8 13
cac 4 7 10 8 5 4 4 4 5 8 24 17 18 7
cag 13 4 8 5 3 2 7 7 3 7 30 9 6 6
cat 0 − 0 1 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0
cca 4 9 4 4 0 31 2 2 8 7 36 16 13 17
ccc 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 −
ccg 1 3 2 3 1 2 2 1 1 2 19 16 5 3
cct 4 8 7 2 5 1 4 2 9 5 17 17 11 3
cga 0 6 0 6 0 4 0 6 3 2 25 7 3 3
cgc 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 2 0 −
cgg 0 1 0 3 1 1 0 11 0 5 2 5 3 2
cgt 10 3 13 2 3 2 2 4 1 9 20 12 25 9
cta 0 5 0 3 1 3 0 3 4 6 15 9 4 4
ctc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 1 0 0 −
ctg 18 18 14 6 3 3 1 4 4 2 17 14 10 2
ctt 2 12 3 7 3 2 5 0 5 4 20 17 19 9
gaa 8 4 6 5 1 3 30 10 1 8 7 6 0 16
gac 6 12 18 5 6 6 5 43 11 11 46 12 30 11
gag 8 4 14 6 3 6 8 5 12 13 32 18 16 13
gat 0 − 0 0 0 0 0 5 0 2 0 − 0 0
gca 2 8 3 4 0 3 0 35 16 20 29 17 8 6
gcc 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 −
gcg 0 3 0 5 1 1 1 19 3 1 15 20 11 10
gct 7 12 7 4 2 9 5 13 9 1 4 16 34 31
gga 5 10 7 4 2 3 19 11 7 11 12 26 8 2
ggc 5 8 15 2 9 4 6 36 11 5 18 14 30 2
ggg 1 4 1 2 1 5 8 4 3 2 4 34 9 1
ggt 0 − 0 − 0 − 1 8 0 − 0 − 0 −
gta 1 2 2 6 1 2 0 15 1 3 17 18 2 1
gtc 0 − 0 − 0 − 0 2 0 0 0 − 2 0
gtg 7 8 16 12 2 3 3 18 6 4 25 27 13 2
gtt 3 6 8 10 1 4 1 6 8 6 36 18 11 10
taa 0 − 0 − 0 2 0 3 0 0 0 1 0 −
tac 2 10 1 13 0 9 1 16 0 18 3 47 3 17
tag 0 − 0 − 0 − 0 4 0 − 0 0 0 3
tat 0 3 0 0 0 − 0 0 0 3 0 − 0 −
tca 0 8 0 7 0 4 0 5 5 2 22 18 6 4
tcc 5 3 0 − 0 − 0 − 0 0 1 1 5 3
tcg 1 1 0 4 0 2 0 3 2 0 13 9 3 2
tct 5 8 5 5 3 3 3 8 4 8 23 16 8 4
tga 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 −
tgc 7 7 5 9 6 18 2 19 5 5 32 22 10 14
tgg 5 6 7 9 2 3 9 5 9 0 21 11 20 6
tgt 0 − 0 − 0 0 1 4 0 0 0 1 0 0
tta 1 3 0 6 29 12 0 5 2 6 11 34 2 2
ttc 9 9 10 12 1 4 4 7 11 11 40 17 17 7
ttg 0 11 0 9 0 3 0 6 4 9 6 15 12 7
ttt 0 0 0 0 0 − 0 − 0 1 0 1 0 0
E79 double tng double tru double tsy double ttr double vvi double xtr double zma
zéros 12 13 12 8 7 7 11
db,diff 210 387 273 342 134 279 170 522 232 346 848 820 572 465
total.diff 597 615 413 692 578 1668 1037
corel 0.53 0.33 0.28 0.13 0.51 0.34 0.60
db,dif 210 335 273 291 134 227 170 466 232 289 848 763 572 412
total.dif 545 564 361 636 521 1611 984
indice 0.63 0.94 0.59 0.36 0.80 1.11 1.39

C42-Genomes. Correlations et indices des doublons

modifier
42 Champignons: Genomes, corrélation et indice des doublons
C42 ani aor bfu cal cgr cjd cneg cot dha ecu ede fgr fgr5 fve fvr kaf kpa kla kna lkl lth mfa mgr mth ncr ncs opa pch pic sas sce spo sre tbl tdl tpf ttt uma vda vma yli zro
double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif
Phe AAA ttt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Val AAC gtt 6 1 8 1 0 7 3 2 9 0 7 1 1 5 2 1 8 1 0 0 0 1 11 7 10 5 5 1 11 1 11 1 3 1 6 0 6 0 13 0 9 1 10 1 0 5 4 2 18 0 10 2 2 0 4 4 4 2 5 1 12 1 7 1 0 3 15 2 10 1 9 0 3 2 1 2 2 8 0 6 21 2 10 1
Leu AAG ctt 0 5 0 − 1 4 0 1 0 − 3 0 2 3 0 0 0 1 0 0 0 0 11 1 5 0 2 3 7 4 0 1 0 1 0 − 0 0 0 − 0 − 2 1 1 5 0 6 2 14 0 1 0 0 5 0 2 0 0 − 0 − 3 1 0 3 0 − 0 − 0 − 1 3 1 2 6 1 3 1 9 11 0 −
Ile AAT att 2 4 5 4 0 7 0 5 8 0 5 0 1 4 3 0 8 0 0 0 0 1 8 4 6 4 9 1 4 6 12 0 4 0 6 0 6 0 10 1 9 0 10 1 0 7 0 7 0 16 11 0 3 0 7 2 6 0 8 0 12 0 6 1 0 3 13 3 7 0 9 0 0 5 2 1 8 0 0 6 14 11 9 1
Cys ACA tgt 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Gly ACC ggt 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 −
Arg ACG cgt 6 2 10 1 1 4 0 1 3 0 3 2 0 2 0 1 3 1 0 0 0 1 8 1 8 1 2 10 8 1 2 1 0 1 2 0 1 1 4 0 2 1 1 2 0 5 0 6 19 1 3 1 0 1 9 0 2 0 3 0 4 1 7 0 0 3 3 0 3 0 2 0 0 5 0 3 4 4 0 5 0 0 3 1
Ser ACT agt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Ser AGA tct 4 0 4 2 6 0 3 0 8 0 6 0 1 4 0 1 5 0 0 0 0 0 5 5 5 5 3 3 6 3 8 2 3 0 5 0 6 0 4 6 8 0 7 2 0 3 1 3 12 1 10 1 1 0 3 3 5 0 6 0 9 1 6 0 0 1 13 2 6 0 7 0 2 0 0 2 3 2 2 2 17 3 11 0
Ala AGC gct 7 0 8 1 7 0 5 0 9 0 5 0 0 7 2 0 6 0 0 0 0 1 5 8 4 8 10 2 1 12 11 0 4 0 6 0 4 2 11 1 9 0 10 1 0 8 0 6 6 12 10 1 2 0 7 0 6 0 6 0 10 0 5 0 0 2 16 2 7 0 7 1 0 6 1 3 2 8 0 6 28 1 11 0
Pro AGG cct 1 4 3 5 0 3 0 0 0 0 0 − 0 5 0 0 0 0 0 0 0 − 4 5 4 5 0 3 1 8 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 3 0 5 8 3 0 0 0 − 0 − 0 0 0 0 1 0 5 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 3 4 3 0 0 15 5 1 1
Thr AGT act 4 1 8 1 2 3 2 1 8 0 5 0 0 4 3 0 6 1 0 0 0 1 7 3 7 3 0 6 4 6 8 2 3 1 5 0 6 0 9 2 7 1 9 0 1 4 1 4 9 2 10 0 2 0 6 5 6 0 5 1 10 0 5 1 0 3 11 3 7 1 6 2 0 3 3 0 6 1 0 3 21 0 9 0
Tyr ATA tat 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 −
Asp ATC gat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
His ATG cat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Asn ATT aat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Leu CAA ttg 0 1 0 − 0 4 1 4 3 4 6 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 3 0 3 0 1 0 2 4 2 2 2 4 6 1 6 12 1 0 1 0 1 0 4 0 8 2 0 0 − 7 0 4 2 5 4 3 0 0 − 3 5 3 4 1 0 0 0 0 − 0 1 0 2 0 2 0 9
Val CAC gtg 0 1 0 2 0 1 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 1 1 0 2 0 0 0 0 0 1 0 1 2 0 2 0 2 1 0 1 0 2 0 3 1 0 0 0 2 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 1 3 4 3 0
Leu CAG ctg 0 2 0 3 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 2 1 0 1 3 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 2 1 0 0 3 0 3 0 5 0 − 0 0 0 2 0 0 0 0 0 − 0 0 0 1 0 − 0 − 0 − 0 3 0 1 0 3 0 3 6 6 0 −
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Ala GGC gcc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
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Lys TTT aaa 0 1 0 2 0 2 3 1 2 0 2 2 0 0 3 0 5 2 0 0 0 0 0 2 0 1 0 5 0 1 1 6 0 2 2 1 1 2 1 3 2 1 2 3 1 0 1 1 0 1 2 5 0 1 0 0 0 2 1 2 5 1 1 1 0 0 6 2 2 2 4 1 0 1 0 0 0 1 0 − 0 3 5 1
corrélation -0.16 -0.04 -0.15 -0.18 -0.15 -0.07 0.03 -0.24 0.09 − − 0.19 0.17 -0.03 0.02 -0.15 -0.18 -0.10 -0.11 -0.09 -0.19 -0.05 0.02 -0.12 -0.03 -0.27 -0.19 -0.03 -0.12 -0.14 0.00 0.05 0.33 -0.01 0.08 0.03 -0.04 -0.04 -0.10 0.00 0.08 -0.23
total 69 67 103 98 39 130 40 44 150 16 122 29 22 83 26 16 130 44 0 2 0 12 126 136 103 124 72 166 104 136 181 45 56 23 100 21 85 32 171 45 132 55 208 38 22 123 28 118 194 160 175 54 33 8 100 55 104 25 116 51 205 29 100 23 1 53 210 78 127 25 135 30 17 94 15 51 92 90 18 103 263 204 185 45
indice doublons 1.03 1.05 0.30 0.91 9.38 4.21 0.27 1.63 2.95 0.00 0.00 0.93 0.83 0.43 0.76 4.02 2.43 4.76 2.66 3.80 2.40 5.47 0.18 0.24 1.21 3.24 4.13 1.82 4.16 2.27 7.07 4.35 0.02 2.69 5.08 4.50 0.18 0.29 1.02 0.17 1.29 4.11
ani aor bfu cal cgr cjd cneg cot dha ecu ede fgr fgr5 fve fvr kaf kapa kla kna lkl lth mfa mgr mth ncr ncs opa pch pic sas sce spo sre tbl tdl tpf ttt uma vda vma yli zro
double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif

B42-Genomes. Correlations et indices des doublons

modifier
42 bactéries: Genomes, corrélation et indice des doublons
B42 cbl spl pdi ppoy sbn eal eco sbz eno kpn bcef bcoh blr dzc eclx gmc ksa mme mvs pge pha pse sfr vag vau vha vvm yrb bae saci sep hmr bbd lpl sty sma sho ksk ype pdix hmo vpf
double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double dif double diff
Phe AAA ttt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 −
Val AAC gtt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Leu AAG ctt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Ile AAT att 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Cys ACA tgt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Gly ACC ggt 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Arg ACG cgt 0 0 5 1 0 2 3 0 5 0 2 0 3 0 3 0 3 0 3 0 1 1 2 0 3 1 2 0 2 1 1 2 3 0 2 0 3 1 3 0 3 0 1 1 2 1 5 0 2 2 6 0 4 1 2 0 1 0 0 0 0 1 0 − 0 0 1 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 2 0 6 0
Ser ACT agt 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Ser AGA tct 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Ala AGC gct 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Pro AGG cct 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Thr AGT act 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 −
Tyr ATA tat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Asp ATC gat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
His ATG cat 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Asn ATT aat 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Leu CAA ttg 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Val CAC gtg 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 1 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 3 1 0 1 0 0 − 0 − 0 0 0 −
Leu CAG ctg 0 − 0 − 1 0 1 1 0 1 2 1 1 2 2 1 1 2 2 1 0 − 0 0 0 0 6 1 1 2 0 0 0 3 0 − 0 − 3 0 0 − 2 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 2 1 0 − 0 1 0 − 0 0 0 − 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 − 1 2 0 −
Met CAT atg 2 4 8 4 1 2 1 5 4 5 4 4 3 4 3 2 3 2 4 2 2 5 3 2 3 4 2 3 4 3 2 3 3 2 3 7 8 2 4 2 4 2 1 2 4 4 4 2 4 3 5 4 6 3 4 2 3 2 4 1 1 2 0 2 0 2 1 3 3 2 3 2 3 4 2 2 3 2 5 4 4 3 7 3
Trp CCA tgg 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0
Gly CCC ggg 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 − 0 0 0 −
Arg CCG cgg 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 1 0 0
Arg CCT agg 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0
Ser CGA tcg 0 − 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 1 0 − 0 0 0 − 0 0 0 1 0 3 0 1 0 0 0 − 0 − 0 0 0 −
Ala CGC gcg 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 1 1 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 −
Pro CGG ccg 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 1 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 1 0 −
Thr CGT acg 0 − 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 − 0 − 0 0 0 −
Stp CTA tag 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Glu CTC gag 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 2 0 1 1 2 0 0 − 0 − 0 − 0 −
Gln CTG cag 0 0 0 − 1 0 0 − 0 − 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 − 0 − 0 − 1 0 0 1 0 − 0 1 0 − 0 − 2 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 − 0 − 0 −
Lys CTT aag 0 1 0 − 0 1 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 2 0 2 0 3 0 0 0 0 − 0 − 0 −
Phe GAA ttc 2 0 3 0 0 1 2 0 2 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 2 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 3 0 0 1 1 1 1 0 1 0 2 1 1 1 2 1 2 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 1 2 1
Val GAC gtc 0 − 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 2 0 − 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 2 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 1 2 0 0 0 1 1 0 − 0 0 0 − 0 − 0 1 0 2 1 1 1 2 0 1 0 − 3 0 0 1
Leu GAG ctc 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 − 1 0 1 0
Ile GAT atc 0 1 2 0 6 0 1 1 2 0 2 0 2 0 2 0 2 0 2 0 3 0 1 1 2 1 2 0 2 0 1 2 2 0 2 0 10 0 2 0 1 0 7 0 2 1 6 0 2 0 4 0 7 0 2 0 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3 0 2 0
Cys GCA tgc 0 1 3 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1 3 0 0 1 2 2 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 3 0 0 1 0 0 2 2 1
Gly GCC ggc 2 0 7 0 2 0 3 1 5 0 2 0 3 0 3 0 3 0 3 0 2 1 3 0 4 0 3 0 3 0 2 2 3 0 3 0 4 0 3 0 4 1 1 0 3 1 8 0 5 1 9 0 7 0 3 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 1 2 0 2 1 1 0 1 0 2 4 10 0
Arg GCG cgc 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Ser GCT agc 1 0 2 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0
Ser GGA tcc 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0
Ala GGC gcc 0 − 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 − 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 − 1 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 1 0 1 0 1 0 2 1 1 0 0 − 4 0 0 0
Pro GGG ccc 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 1 0 − 1 0 0 − 0 0 0 0 0 − 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 − 1 1 0 −
Thr GGT acc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 0 1 0 − 1 1 0 1
Tyr GTA tac 1 0 5 0 2 0 3 0 3 0 1 1 1 1 1 1 1 1 2 0 2 0 0 1 3 0 1 0 0 2 1 0 1 1 1 0 4 0 1 1 2 0 1 0 3 0 2 0 4 0 4 0 3 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 2 1 5 1
Asp GTC gac 2 1 5 0 1 1 4 0 3 0 2 0 2 0 2 0 2 0 2 0 5 0 0 3 4 1 2 0 2 0 1 2 2 0 5 1 4 0 2 0 10 0 5 1 2 1 5 0 4 0 5 0 6 0 1 1 3 0 1 0 0 2 0 0 1 1 2 0 2 0 1 0 1 0 1 0 1 1 2 1 2 1 6 0
His GTG cac 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0
Asn GTT aac 1 1 6 0 1 1 5 0 4 0 3 0 3 0 3 0 3 0 3 0 3 1 2 1 3 1 2 0 3 1 1 2 3 0 1 0 5 0 3 0 3 0 2 0 2 2 4 0 3 0 2 2 4 0 2 0 2 1 1 0 1 1 0 0 0 0 2 2 3 1 1 0 1 0 0 1 2 0 2 1 3 0 2 2
Leu TAA tta 1 0 3 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 3 1 0 0 2 0 0 0 1 1 1 1 1 0 2 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 1 1
Val TAC gta 4 0 10 0 2 0 4 1 3 0 1 2 4 0 3 0 2 1 4 0 4 0 1 2 4 0 7 0 2 1 2 1 3 0 5 0 6 0 3 0 5 1 3 1 4 1 1 0 1 0 3 0 0 0 2 0 2 0 0 0 1 1 0 0 1 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 0 2 3 1 0 3 0
Leu TAG cta 1 0 4 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 4 0 0 0 2 1 0 0 0 1 1 1 1 2 3 1 4 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 8 2
Ile TAT ata 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
SeC TCA tga 0 0 0 0 0 − 0 − 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 0 0 − 0 0 0 0 0 0 0 −
Gly TCC gga 3 0 0 0 1 0 2 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 1 0 3 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 3 0 0 0 0 1 1 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 1 0
Arg TCG cga 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 1 0 − 0 0 0 0 0 − 0 − 0 − 0 − 2 0 0 − 0 − 0 − 0 −
Arg TCT aga 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 − 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0
Ser TGA tca 1 0 2 1 0 1 0 0 2 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 2 0 1 2 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 6 1 0 0 2 1 0 0 2 0 3 0 2 0 3 0 2 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 3 0
Ala TGC gca 2 0 2 0 5 1 2 2 2 0 2 0 2 0 2 0 2 0 2 0 3 1 2 1 2 1 2 0 2 0 3 1 2 0 2 0 10 0 2 0 2 0 7 0 2 0 7 0 2 1 5 1 6 2 2 0 1 1 0 1 2 0 1 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 4 0 1 0 4 0
Pro TGG cca 2 0 2 0 0 0 2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 2 1 0 0 1 0 2 0 0 0 1 0 3 0 0 0 2 0 0 0 3 0 2 0 2 0 2 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 2 0
Thr TGT aca 1 2 3 0 2 0 2 1 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 5 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 1 3 0 0 0 2 0 0 0 1 0 4 0 2 1 4 0 3 0 1 0 0 2 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 4 0 0 1 4 0
Stp TTA taa 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 − 0 −
Glu TTC gaa 1 1 12 0 0 1 5 0 6 0 2 1 3 0 3 0 3 0 3 0 5 1 2 1 5 0 3 0 3 0 4 0 3 0 2 0 0 − 2 1 5 1 1 3 5 0 2 0 3 0 4 0 0 0 3 0 4 1 1 0 0 2 0 0 1 0 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 4 0 4 1 5 0
Gln TTG caa 1 0 4 0 0 0 3 0 1 1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 3 1 0 2 2 1 0 0 1 0 1 2 1 0 2 0 3 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 1 4 0 1 0 1 2 0 2 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 3 0 4 1
Lys TTT aaa 3 0 11 0 0 1 4 1 6 3 3 0 5 0 4 0 4 0 5 0 4 1 2 1 5 0 2 0 4 0 2 1 4 0 3 0 6 0 4 0 6 1 1 0 5 0 1 0 1 0 3 0 0 0 4 0 2 0 0 − 1 1 0 0 1 0 1 0 2 1 0 0 0 0 0 0 2 1 4 0 4 0 3 0
corrélation 0.08 0.19 0.00 0.03 0.31 0.42 0.15 0.04 0.07 0.19 0.12 0.18 -0.08 0.16 0.26 0.36 -0.01 0.31 0.05 0.18 0.32 0.14 0.33 -0.16 0.19 0.09 0.29 0.17 0.21 0.14 0.11 -0.05 0.11 0.22 0.33 0.04 0.43 0.20 0.20 0.35 0.18 0.25
total 34 12 103 8 27 14 54 19 59 13 33 12 37 10 36 9 35 10 41 5 45 19 20 24 60 20 42 6 34 14 30 23 33 9 39 9 91 10 37 7 62 11 37 10 47 15 64 9 44 16 74 15 66 14 36 8 27 16 10 17 13 19 2 3 4 4 20 9 28 13 14 19 15 14 19 13 22 10 51 12 44 23 84 15
indice doublons 2.83 12.88 1.93 2.84 4.54 2.75 3.70 4.00 3.50 8.20 2.37 0.83 3.00 7.00 2.43 1.30 3.67 4.33 9.10 5.29 5.64 3.70 3.13 7.11 2.75 4.93 4.71 4.50 1.69 0.59 0.68 0.67 1.00 2.22 2.15 0.74 1.07 1.46 2.20 4.25 1.91 5.60

Total des codons par génome, corrélations et indices des doublons

modifier
Total des codons par génome
I. 10 Archées
A10-tc Ab-tc Af-tc
fpl 0 5
hbo 5 3
mac 8 6
mbw 10 8
mhor 5 11
mls 6 7
mmet 7 5
mpl 4 8
mru 2 22
nou 4 5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
II. 42 Bactéries
B42-tc Bb-tc Bf-tc
hmr 2 3
bbd 4 4
saci 10 17
sep 13 19
sma 14 19
sho 15 14
ksk 19 13
lpl 20 9
bcoh 20 24
ype 22 10
pdi 27 14
bae 27 16
sty 28 13
gmc 30 23
ksa 33 9
eal 33 12
cbl 34 12
eclx 34 14
eno 35 10
yrb 36 8
sbz 36 9
pge 37 7
eco 37 10
pse 37 10
mme 39 9
kpn 41 5
dzc 42 6
vau 44 16
hmo 44 23
bcef 45 19
sfr 47 15
pdix 51 12
ppoy 54 19
sbn 59 13
blr 60 20
pha 62 11
vag 64 9
vvm 66 14
vha 74 15
vpf 84 15
mvs 91 10
spl 103 8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
III. 42 Champignons
C42-tc Cb-tc Cf-tc
ecu 0 2
ede 0 12
sre 1 53
uma 15 51
ttt 17 94
vma 18 103
cneg 22 83
mgr 22 123
cot 26 16
mth 28 118
opa 33 8
bfu 39 130
cal 40 44
kpa 56 23
ani 69 67
fve 72 166
kna 85 32
vda 92 90
kla 100 21
spo 100 23
pch 100 55
aor 103 98
fgr5 103 124
pic 104 25
fvr 104 136
sas 116 51
cjd 122 29
fgr 126 136
tdl 127 25
dha 130 44
lth 132 55
tpf 135 30
cgr 150 16
lkl 171 45
ncs 175 54
kaf 181 45
zro 185 45
ncr 194 160
sce 205 29
mfa 208 38
tbl 210 78
yli 263 204
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
IV. 79 Eucaryotes mtri dif.
Ee-tc Ebe-tc Efe-tc
acs 91 77
aga 288 101
aml 171 383
ath 404 217
bacu 211 471
bdi 377 219
bta 306 555
cbr 527 204
cbre 763 228
cel 411 154
cfa 142 332
cge 172 209
cjap 598 176
cjc 153 277
cmk 413 769
cpic 79 411
cpo 152 193
csi 162 241
dme 192 60
dno 187 413
dsi 164 55
dya 227 63
ecb 207 252
eeu 175 165
fca 164 535
gac 632 694
gfr 63 92
gga 113 119
ggo 129 316
gmo 435 883
gmx 498 200
hgl 83 230
hsa-18 177 220
lav 248 760
lcm 59 261
lma 34 4
mcc 132 335
mdo 252 184
meu 141 163
mgp 54 58
mlu 114 94
mmr 104 106
mmu 188 234
mpu 125 324
mtr 328 259
mun 65 100
nle 126 319
oaa 278 492
oas 77 359
ocu 218 234
oga 123 149
oni 274 352
opr 159 142
osa 420 267
pan 180 304
pfa 0 1
pha 154 205
pma 742 765
pop 377 225
ppp 250 133
ppy 172 378
ptr 164 389
rno 161 201
san 147 175
sbi 330 243
sbq 115 216
shr 223 179
spu 523 381
ssc 253 258
str 152 342
tgu 83 147
tma 119 473
tng 210 335
tru 273 291
tsy 134 227
ttr 170 466
vvi 232 289
xtr 848 763
zma 572 412
V. 79 Eucaryotes mtri diff.
Eo-tc Ebo-tc Efo-tc
acs 91 124
aga 288 145
aml 171 435
ath 404 268
bacu 211 525
bdi 377 271
bta 306 614
cbr 527 248
cbre 763 280
cel 411 201
cfa 142 382
cge 172 258
cjap 598 223
cjc 153 333
cmk 413 830
cpic 79 468
cpo 152 243
csi 162 291
dme 192 104
dno 187 464
dsi 164 97
dya 227 109
ecb 207 302
eeu 175 211
fca 164 594
gac 632 742
gfr 63 138
gga 113 166
ggo 129 371
gmo 435 938
gmx 498 248
hgl 83 282
hsa-18 177 268
lav 248 816
lcm 59 313
lma 34 49
mcc 132 392
mdo 252 231
meu 141 212
mgp 54 103
mlu 114 140
mmr 104 152
mmu 188 289
mpu 125 374
mtr 328 316
mun 65 147
nle 126 375
oaa 278 546
oas 77 414
ocu 218 284
oga 123 199
oni 274 402
opr 159 188
osa 420 319
pan 180 360
pfa 0 35
pha 154 258
pma 742 820
pop 377 277
ppp 250 186
ppy 172 435
ptr 164 449
rno 161 250
san 147 223
sbi 330 300
sbq 115 269
shr 223 226
spu 523 427
ssc 253 308
str 152 398
tgu 83 200
tma 119 530
tng 210 387
tru 273 342
tsy 134 279
ttr 170 522
vvi 232 346
xtr 848 820
zma 572 465
VI.79 Eucaryotes total dif
E-tc Eb-tc Ef-tc
acs 92 72
aga 284 94
aml 172 1250
ath 431 217
bacu 342 6717
bdi 381 215
bta 320 3678
cbr 530 169
cbre 817 226
cel 416 133
cfa 139 723
cge 173 276
cjap 607 173
cjc 146 290
cmk 3402 10269
cpic 74 426
cpo 140 194
csi 161 308
dme 195 54
dno 190 878
dsi 161 55
dya 228 58
ecb 194 250
eeu 163 276
fca 158 3561
gac 1694 747
gfr 63 94
gga 114 122
ggo 129 324
gmo 452 990
gmx 501 189
hgl 85 230
hsa-18 164 221
lav 253 1695
lcm 59 266
lma 34 4
mcc 132 341
mdo 259 175
meu 144 160
mgp 50 60
mlu 110 96
mmr 105 107
mmu 185 230
mpu 124 582
mtr 319 308
mun 52 102
nle 125 327
oaa 276 529
oas 79 1045
ocu 225 231
oga 124 153
oni 273 351
opr 150 142
osa 438 260
pan 174 301
pfa 0 1
pha 156 203
pma 1401 1032
pop 387 208
ppp 249 128
ppy 175 381
ptr 161 392
rno 160 198
san 146 181
sbi 334 237
sbq 117 226
shr 230 171
spu 639 381
ssc 236 522
str 146 602
tgu 78 148
tma 111 1851
tng 205 357
tru 271 294
tsy 135 271
ttr 231 5586
vvi 236 290
xtr 1588 997
zma 601 548
correl -0.26 −  
total 51 80  
indice 0.64
    0.00 −
1673 538
3.11
    0.14 −
4179 2781
1.50
    0.46 −
18969 22508
0.84
    0.46 −
18969 26546
0.71
    0.58 −
24801 56149
0.44

Distribution des fréquences des champignons C42 et des 79 eucaryotes E79

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Distribution des simples des eucaryotes E79

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E79-tg. Distribution des fréquences des "différents" ou diff ou simples 79.
I. Les effectifs des simples 79 (ref.)
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
acs 3 4 3 0 2 0 1 3 3 3 3 0 1 0 8 2 3 2 3 0 1 1 1 1 3 0 1 2 3 0 2 2 2 2 4 0 6 0 3 6 3 2 1 0 2 0 1 3 0 6 0 0 1 0 2 1 1 4 4 0 2 1 1 0
aga 5 2 2 0 1 0 3 1 2 2 2 0 2 0 5 2 2 5 6 0 2 0 6 5 4 0 0 1 2 0 2 2 3 2 3 0 2 0 2 4 1 1 0 0 1 0 8 7 1 21 0 0 1 0 1 2 0 1 1 0 5 1 4 0
aml 50 18 760 6 8 0 10 6 17 10 44 2 6 0 13 5 42 1 21 0 8 0 2 2 82 1 5 3 5 0 5 5 7 6 34 1 7 0 4 14 4 2 5 0 7 0 2 2 1 10 10 0 6 0 4 4 2 12 7 0 4 3 7 0
ath 6 9 5 0 5 1 4 3 9 9 4 0 2 1 16 2 4 6 5 0 6 0 3 5 2 0 3 7 5 1 1 3 9 8 4 0 3 0 3 3 2 9 1 0 3 1 2 3 1 33 0 0 6 2 4 11 0 14 5 0 3 5 6 0
bacu 82 7 24 0 7 0 4 9 55 10 67 0 8 1 13 6 8 4 16 0 3 0 2 2 8 0 20 6 4 0 4 2 2321 38 447 19 42 0 19 18 962 51 2045 11 18 1 24 9 24 14 9 0 5 1 4 7 17 19 243 2 12 9 8 0
bdi 9 6 2 0 8 1 4 7 7 6 6 0 3 2 31 7 8 7 3 3 10 0 3 4 1 1 4 4 4 0 1 7 7 5 3 0 6 0 2 3 3 9 1 0 3 2 3 5 0 14 0 1 5 3 1 3 0 9 6 0 2 5 7 0
bta 68 14 25 0 8 1 7 10 44 11 114 4 8 0 19 4 18 5 32 4 3 0 1 2 11 7 13 6 5 0 3 5 424 33 161 6 31 2 14 19 385 55 1266 20 19 0 27 13 4 38 13 11 7 28 7 5 29 313 173 134 10 18 14 6
cbr 5 3 4 0 4 0 4 2 3 3 1 0 16 0 5 4 5 3 4 0 11 0 2 4 6 0 0 5 2 0 5 5 4 7 9 0 1 0 5 7 9 5 5 0 4 0 3 7 0 6 0 0 5 0 4 3 0 2 1 0 4 6 10 0
cbre 9 5 4 0 3 1 4 5 3 5 7 0 13 1 5 2 11 5 5 1 6 1 5 12 6 0 11 4 2 0 5 3 9 3 3 0 4 0 4 2 5 14 14 0 5 0 8 3 0 8 0 2 7 0 6 4 2 5 3 2 3 6 12 0
cel 1 3 6 0 2 0 5 3 3 3 3 1 4 0 3 2 5 6 3 0 8 0 1 4 4 0 1 4 1 0 2 6 3 7 5 0 2 0 4 6 6 4 1 0 4 0 2 4 0 12 0 0 7 0 3 4 2 2 3 0 3 5 7 0
cfa 28 13 398 1 3 0 5 6 9 6 28 0 5 0 17 5 42 2 16 0 7 0 2 1 15 0 3 5 4 0 3 1 11 4 16 2 8 0 4 11 4 3 7 0 5 0 3 4 3 9 3 0 5 0 7 5 1 12 6 0 4 6 5 0
cge 10 9 75 0 3 1 4 7 5 6 5 0 5 0 9 3 4 3 6 0 2 0 1 1 4 0 3 3 4 0 5 2 5 5 14 0 14 1 5 17 1 5 5 1 4 0 6 9 0 11 0 0 3 0 3 1 2 17 4 0 4 4 4 0
cjap 7 3 7 0 5 0 3 7 3 3 1 0 5 0 5 6 3 5 5 0 10 0 1 2 5 0 1 4 4 0 7 4 4 9 9 0 5 0 1 8 11 10 2 0 5 0 5 4 0 2 0 0 3 0 5 5 1 3 4 0 5 5 7 1
cjc 11 18 12 0 7 1 4 9 6 5 4 0 5 3 13 8 7 4 8 1 3 0 1 1 4 1 3 2 4 0 9 4 18 6 9 1 5 2 3 13 3 6 4 0 5 3 7 4 1 25 3 1 4 0 4 4 2 23 10 0 11 4 7 0
cmk 38 32 25 2 157 12 133 17 14 23 7 0 19 0 74 23 6 27 10 1 44 6 41 11 22 0 2 5 18 2 20 14 59 35 406 6 3009 165 3758 56 44 7 74 2 116 16 1503 16 1 29 4 1 51 1 48 14 3 10 20 1 12 25 30 3
cpic 32 12 7 1 17 0 5 16 25 19 10 3 13 1 11 9 15 8 10 0 3 1 2 8 4 0 3 5 4 1 4 2 17 10 3 0 12 1 4 10 14 6 1 0 5 0 6 15 1 5 2 1 15 0 9 22 4 14 9 5 13 20 6 2
cpo 7 9 19 0 3 0 3 10 5 7 4 0 5 0 10 3 2 2 5 0 2 0 1 2 4 0 3 3 3 0 2 2 4 4 1 1 7 4 5 24 4 5 5 0 2 1 3 2 0 11 1 0 2 0 3 2 1 16 7 0 4 3 6 0
csi 11 4 16 2 6 0 5 7 6 6 7 0 5 0 15 6 3 2 8 0 3 0 2 2 4 0 2 6 3 0 2 3 7 7 73 1 12 0 5 16 2 2 6 0 7 1 11 6 0 11 1 0 3 0 4 5 1 20 4 0 5 6 6 0
dme 2 1 1 0 2 0 1 3 3 2 1 0 2 0 4 2 2 1 4 0 1 0 3 1 4 0 0 1 1 0 1 1 1 3 5 0 2 0 1 2 2 2 0 0 1 0 2 2 0 9 0 0 2 0 1 3 1 4 2 0 4 1 4 0
dno 14 6 30 0 7 0 7 10 9 7 46 0 6 1 20 6 3 4 7 1 2 0 3 1 7 0 5 5 3 0 4 2 15 9 38 0 64 2 16 16 24 9 322 24 16 1 76 8 0 11 0 0 5 0 6 3 1 13 12 0 8 7 7 0
dsi 2 1 1 0 2 0 2 1 4 2 2 0 0 0 4 3 2 2 4 0 2 0 3 1 3 0 0 1 1 0 1 1 3 1 4 0 0 0 2 1 2 2 0 0 1 0 2 2 0 10 0 0 2 0 1 3 1 3 2 0 3 3 4 0
dya 3 1 4 1 2 0 1 1 3 4 2 0 2 0 4 2 1 1 5 0 1 0 2 1 2 0 0 1 1 0 1 1 2 3 3 0 1 0 3 4 2 2 1 0 1 0 3 2 0 9 0 0 2 0 1 3 1 3 2 0 4 1 4 0
ecb 8 8 8 1 5 0 3 7 5 7 6 0 5 0 13 7 4 3 6 1 3 0 2 1 3 0 2 4 5 0 2 2 6 5 48 0 9 0 7 16 2 1 5 0 6 3 6 5 0 10 0 1 4 0 4 4 4 15 4 0 4 4 6 0
eeu 5 2 121 0 6 0 4 7 5 3 6 0 4 0 6 2 3 1 6 0 2 0 1 2 4 0 2 3 3 0 4 2 5 4 4 0 10 0 4 10 2 4 3 0 6 0 2 4 0 13 0 0 3 0 3 2 2 20 5 0 3 3 6 0
fca 45 21 879 5 12 0 9 6 54 8 52 2 9 0 15 2 777 8 45 2 64 1 5 2 1194 9 24 4 33 0 3 1 11 2 41 1 9 1 6 14 46 3 5 2 6 0 3 4 36 9 12 0 13 1 5 3 18 19 22 1 19 8 8 1
gac 31 41 23 1 16 0 9 50 25 16 5 0 15 0 65 17 13 19 20 0 7 0 5 5 14 0 2 12 12 0 3 18 24 49 25 0 17 0 15 22 21 2 3 0 8 1 11 12 0 13 0 0 19 0 6 14 1 35 27 0 8 12 6 0
gfr 2 5 6 1 4 0 1 3 3 3 2 0 2 1 4 2 2 4 2 0 4 0 1 1 2 0 0 5 0 0 5 3 4 4 2 0 5 0 2 7 2 1 3 0 1 1 2 2 0 8 0 0 3 0 1 1 0 5 3 0 11 2 2 0
gga 4 6 2 0 3 0 2 4 4 4 3 0 2 0 6 1 2 4 3 0 3 0 2 1 2 0 2 4 2 0 5 3 7 3 2 0 4 0 4 11 4 2 2 0 3 1 5 5 0 13 0 0 3 0 1 5 1 5 3 0 3 5 3 0
ggo 11 20 14 2 5 0 5 7 5 4 5 0 6 3 7 9 10 1 16 0 4 0 1 5 5 0 3 4 5 0 4 5 13 8 7 0 6 2 5 20 4 8 5 0 8 1 6 7 1 22 3 4 5 2 5 5 3 30 7 1 8 8 9 0
gmo 46 18 23 2 24 0 23 20 19 0 21 1 16 0 112 21 8 16 23 1 15 1 12 30 15 2 7 23 20 0 34 22 39 15 30 1 20 0 20 31 21 13 14 0 9 0 19 13 1 47 4 0 15 27 13 18 2 19 19 0 15 24 15 6
gmx 5 10 2 2 5 1 2 6 8 12 3 0 3 0 14 19 3 3 5 0 7 0 2 5 3 0 4 2 3 0 1 1 4 8 7 0 5 0 3 3 2 3 3 0 4 1 2 7 0 20 0 0 5 0 2 5 0 1 3 0 5 5 8 0
hgl 5 4 11 0 4 2 4 15 6 5 4 2 3 0 8 3 3 2 3 0 4 0 2 9 4 0 4 3 5 0 4 3 4 6 1 2 4 6 5 45 3 4 2 4 3 1 3 11 0 7 0 0 3 0 3 5 4 18 5 0 4 2 5 0
hsa-18 8 17 10 0 6 0 5 6 6 6 5 0 5 1 9 10 4 1 7 0 3 0 2 2 6 0 2 2 3 0 2 4 5 3 2 0 7 0 4 16 4 5 3 0 4 0 6 6 0 13 0 1 4 0 4 4 2 23 5 0 4 5 7 0
lav 46 37 22 4 17 1 10 13 90 69 14 3 7 0 34 30 11 13 23 3 12 0 1 7 14 0 3 10 11 0 6 18 107 14 18 0 47 0 15 40 616 26 70 4 39 1 26 34 2 19 0 1 7 0 3 20 24 23 17 1 14 19 14 1
lcm 13 7 9 3 8 0 2 8 9 7 8 0 7 0 8 6 9 3 7 0 7 0 4 10 4 0 1 2 4 0 8 3 9 16 6 1 19 0 2 2 5 5 1 0 7 0 3 3 1 8 2 2 6 0 3 3 4 14 13 5 11 6 4 0
lma 1 1 2 0 1 0 1 1 1 2 1 0 1 0 2 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 0 2 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0
mcc 13 21 9 2 6 0 4 7 6 4 6 0 7 6 14 8 15 4 10 0 7 1 1 2 5 0 2 3 5 0 4 7 10 9 4 1 11 1 4 18 3 9 5 0 6 3 8 7 2 31 2 1 16 2 4 4 2 20 6 2 15 5 8 0
mdo 4 4 9 0 2 0 3 6 6 2 4 0 7 0 11 1 7 1 3 0 3 0 1 1 3 0 3 5 6 0 6 3 4 12 3 1 6 0 4 6 7 5 2 0 4 0 3 3 0 13 0 0 5 0 3 6 0 15 6 4 2 4 3 0
meu 7 4 3 0 3 0 3 5 6 4 4 0 6 0 7 2 3 1 6 1 1 0 1 3 3 0 3 5 3 0 5 3 6 12 2 0 6 0 3 9 4 9 3 0 1 0 4 3 0 8 0 1 2 0 2 2 4 10 7 0 3 7 8 1
mgp 2 2 2 0 2 0 0 4 3 5 2 0 1 0 4 2 1 3 1 0 2 0 1 2 1 0 2 2 1 0 3 1 4 1 3 0 4 0 3 3 2 1 2 0 2 1 3 3 0 4 0 0 3 0 1 3 0 3 3 0 1 4 2 0
mlu 2 2 7 0 3 0 3 3 4 3 5 0 3 0 6 4 3 3 5 5 3 0 1 1 4 0 2 5 2 0 2 2 4 3 1 0 1 0 3 5 2 2 2 0 3 0 1 2 0 5 0 0 2 0 2 2 0 10 2 0 2 2 3 0
mmr 2 5 2 0 3 0 2 3 5 5 3 0 2 0 6 2 3 3 5 0 3 0 1 1 2 0 2 4 2 0 3 2 6 2 4 0 5 0 3 8 2 3 2 0 2 0 2 2 0 8 0 0 2 0 3 6 0 9 4 1 3 2 3 0
mmu 6 5 19 0 3 0 4 9 6 6 4 0 5 1 11 5 6 3 7 1 5 1 1 3 4 0 3 3 4 0 4 3 3 4 6 0 8 4 7 19 2 6 5 2 1 1 8 6 1 11 0 0 2 1 3 5 1 28 6 1 5 3 4 0
mpu 25 8 266 6 6 0 5 8 15 8 21 0 5 0 14 4 35 2 14 1 6 0 1 1 28 0 3 3 4 0 3 2 6 4 15 0 7 0 4 13 7 2 3 0 6 0 4 5 2 9 5 0 4 0 4 3 1 10 9 0 4 5 6 0
mtr 13 16 3 44 7 2 1 2 6 9 4 0 7 0 23 9 10 8 3 0 3 1 1 1 2 0 2 7 4 0 2 6 9 14 3 1 8 0 3 10 6 4 2 1 5 3 5 6 30 11 0 3 4 2 1 5 1 3 7 1 5 6 9 1
mun 2 5 10 0 2 0 0 4 4 8 3 0 1 0 3 2 1 4 5 0 3 0 2 3 1 0 1 2 0 0 6 3 3 5 1 0 5 0 2 2 6 6 1 0 1 1 2 3 1 5 0 0 4 1 2 4 1 5 3 0 3 4 3 0
nle 15 14 14 3 6 0 5 9 7 6 4 0 5 3 10 9 8 4 14 0 3 2 1 4 7 0 2 3 4 0 6 6 12 8 10 0 11 1 4 17 2 8 9 0 6 1 9 7 3 19 5 0 6 3 5 7 3 14 10 1 8 13 6 1
oaa 25 11 15 0 16 1 8 16 6 12 7 11 8 0 18 17 8 20 14 1 9 4 3 6 5 0 11 8 5 0 13 5 13 14 14 0 11 0 8 51 9 23 5 2 13 1 5 16 3 26 0 0 6 4 7 0 5 19 9 0 7 18 10 1
oas 17 5 11 0 4 0 3 5 22 6 32 0 5 0 14 3 7 5 6 0 4 0 1 1 6 2 6 2 3 0 2 3 136 6 57 2 12 3 6 11 132 27 339 5 8 0 7 4 0 16 3 2 4 3 3 1 4 56 45 16 5 4 7 1
ocu 8 15 20 1 6 1 5 6 6 3 5 0 7 1 10 5 3 1 7 0 3 0 1 1 3 0 3 3 4 0 6 3 9 6 5 1 9 0 4 14 2 3 11 0 5 0 4 8 0 12 0 0 4 0 4 3 1 16 7 0 5 8 3 0
oga 7 4 5 0 5 0 3 8 4 5 5 2 11 9 8 4 4 1 4 0 3 0 1 1 4 0 3 4 3 0 4 1 4 4 2 0 5 0 2 8 6 5 1 0 2 0 2 3 1 7 0 0 2 0 3 4 1 11 6 0 3 2 5 1
oni 7 1 21 0 22 1 7 12 26 5 6 2 20 0 7 13 5 14 4 0 5 0 2 4 7 0 6 4 6 0 8 9 8 4 2 0 6 0 8 7 6 5 7 0 7 0 2 2 0 18 0 3 9 0 5 4 1 34 5 1 12 14 7 0
opr 6 5 7 0 5 0 7 6 5 3 5 0 4 0 4 2 3 1 6 0 3 0 1 1 5 0 3 3 5 0 3 3 4 3 4 0 6 0 3 11 2 6 2 0 4 0 2 5 0 10 0 0 3 0 3 2 1 4 4 0 3 6 4 0
osa 8 13 5 0 7 3 2 3 6 6 5 0 3 0 29 4 12 10 7 0 9 0 6 4 2 0 5 7 5 0 2 4 6 11 11 1 1 1 5 4 5 9 5 0 1 4 4 7 0 17 0 2 7 1 6 5 0 9 7 1 3 7 5 0
pan 13 20 11 2 8 0 7 7 6 7 4 0 7 2 11 9 12 1 10 0 4 0 1 4 5 0 2 3 3 0 6 4 6 7 3 2 10 1 4 16 2 10 6 0 5 2 6 5 3 23 0 4 9 1 3 4 3 18 6 4 10 5 9 1
pfa 0 1 0 0 1 0 1 0 1 1 0 0 1 0 2 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 0
pha 6 10 6 1 7 0 6 6 6 5 4 0 4 2 6 7 4 1 7 0 4 0 1 2 5 0 2 4 3 0 5 5 7 4 1 1 9 1 4 16 2 7 5 0 5 1 6 4 1 13 0 0 5 0 3 3 1 15 5 2 7 3 6 0
pma 7 68 10 0 9 11 12 33 10 31 25 0 7 0 91 63 21 12 48 1 14 0 9 18 9 1 6 30 14 0 38 56 9 34 3 2 10 0 6 44 4 25 2 1 19 1 25 70 1 50 1 0 10 0 17 8 1 30 8 0 3 23 24 2
pop 5 13 2 0 6 0 2 5 6 6 4 1 3 1 8 6 1 4 7 0 10 0 2 2 2 0 5 8 0 1 2 36 1 5 8 0 8 0 3 2 7 5 1 0 3 0 5 4 1 16 0 0 5 1 4 6 1 6 2 1 6 3 3 5
ppp 4 5 5 1 4 0 3 2 3 3 5 0 3 0 9 3 7 3 2 0 2 0 5 2 5 1 3 3 5 1 2 1 2 3 8 1 2 0 2 9 4 3 8 1 1 0 9 3 0 7 2 0 3 0 2 3 1 5 1 0 1 3 3 2
ppy 15 30 19 1 4 0 7 8 6 4 7 0 6 3 13 9 13 4 20 0 6 1 2 3 5 0 3 3 3 1 8 10 15 6 6 1 7 1 3 19 5 6 11 0 5 1 11 6 1 28 2 2 8 2 5 8 3 25 9 0 8 13 7 0
ptr 14 24 18 2 5 0 6 8 6 6 4 3 5 3 14 11 17 2 14 0 6 1 2 7 6 1 3 2 4 1 7 6 12 10 7 1 9 1 5 26 5 7 14 0 10 1 10 5 2 29 4 5 9 3 4 6 2 24 5 1 9 11 7 0
rno 1 7 9 0 4 0 4 7 6 7 6 1 3 0 6 7 5 1 6 0 2 0 1 23 4 0 3 3 1 0 3 1 5 3 3 1 6 2 4 31 3 4 4 0 2 0 5 5 0 2 0 0 4 0 3 9 1 14 7 0 3 4 0 1
san 3 4 7 0 5 0 5 6 6 4 4 0 5 0 8 8 3 1 3 0 4 0 1 1 5 0 2 5 2 1 10 2 9 10 5 0 7 0 2 8 7 11 1 0 5 0 4 2 0 9 1 0 3 0 4 4 2 12 5 0 4 5 4 0
sbi 8 7 7 1 8 2 3 9 6 6 3 0 4 0 30 3 8 7 8 2 5 2 4 5 1 0 3 4 6 0 4 4 5 4 9 2 5 7 2 13 3 6 2 0 2 3 3 7 1 14 2 1 6 3 6 3 1 7 3 0 4 5 5 0
sbq 14 7 7 0 6 0 5 7 6 4 4 0 6 1 7 5 8 4 8 0 3 0 1 4 4 0 2 2 4 0 3 3 17 5 7 1 7 0 4 12 4 5 4 0 4 1 6 4 1 15 0 2 5 1 3 3 3 11 7 1 9 5 7 0
shr 6 1 23 0 3 0 2 5 5 2 3 0 4 0 8 1 29 1 3 0 1 0 1 2 3 0 3 4 4 0 4 3 5 7 2 0 4 0 2 8 3 3 3 0 3 0 4 1 2 10 0 0 5 0 3 3 2 6 5 0 6 7 3 0
spu 20 9 12 0 10 0 5 13 9 3 12 9 16 2 30 12 7 9 11 0 6 0 5 5 10 0 1 9 6 0 3 13 8 20 10 0 7 0 3 11 14 16 3 0 6 0 0 3 1 17 0 0 9 0 5 0 0 11 13 0 9 0 12 2
ssc 23 8 9 2 5 0 4 7 6 4 4 0 4 0 11 1 6 3 8 0 2 0 1 1 3 0 1 2 3 0 2 3 205 83 8 9 12 0 6 18 8 10 4 0 9 1 5 6 1 14 0 0 5 0 4 4 0 13 4 1 4 10 5 0
str 5 2 5 1 4 5 7 32 5 5 5 0 4 6 7 8 2 2 2 0 5 1 1 5 5 0 3 3 3 0 2 3 3 3 4 6 39 30 17 252 3 6 19 7 4 3 36 14 0 9 0 0 7 1 6 9 1 19 4 0 3 4 10 1
tgu 1 5 5 3 3 5 2 6 4 3 2 2 1 5 3 35 2 3 2 0 1 0 1 3 3 0 0 4 1 0 4 2 2 4 2 0 5 0 3 10 3 5 4 1 2 2 1 8 0 10 0 0 4 0 1 1 1 4 3 1 3 4 4 2
tma 26 18 9 1 17 1 4 15 122 34 13 5 8 1 14 8 6 5 6 0 5 0 1 4 12 0 6 5 5 0 4 5 112 11 19 1 37 1 5 16 1068 18 88 9 26 0 13 8 2 15 0 1 6 0 3 10 18 20 11 5 6 8 10 1
tng 11 11 11 0 9 0 10 17 10 6 5 1 5 0 12 10 5 8 5 0 10 1 4 9 7 1 2 4 6 0 19 13 13 13 5 0 9 0 4 13 11 9 5 0 3 0 9 7 0 11 0 4 9 18 2 9 1 8 7 0 4 10 12 1
tru 13 13 7 0 6 0 7 11 12 13 5 0 6 0 12 3 7 9 6 2 5 0 4 3 7 1 4 3 4 0 7 8 9 6 7 1 5 0 6 5 5 3 3 0 7 0 13 11 0 14 0 1 8 0 5 6 1 10 10 0 7 13 10 1
tsy 6 9 7 1 4 0 4 7 6 7 4 0 4 0 5 3 51 5 3 1 32 1 3 2 5 0 2 3 4 0 4 3 7 7 7 1 4 0 2 10 4 5 6 0 3 0 4 5 3 10 0 0 5 0 3 4 1 19 4 1 13 5 4 0
ttr 70 6 16 0 5 1 3 7 48 8 53 0 5 0 11 6 12 5 8 0 3 0 2 3 7 1 12 5 4 0 5 1 1872 44 387 10 36 2 20 14 814 37 1696 18 16 3 19 7 20 17 8 1 6 0 4 9 21 20 208 5 6 8 7 0
vvi 6 14 11 1 6 2 2 6 3 2 4 0 6 2 20 6 7 9 8 1 8 0 3 6 3 0 6 10 7 0 3 5 10 12 14 3 21 0 2 2 12 6 3 0 4 1 5 7 1 19 0 4 3 1 1 9 1 6 1 1 7 12 10 2
xtr 21 19 23 1 43 0 14 75 53 59 9 0 25 5 39 18 8 18 10 1 17 1 17 18 8 3 6 13 10 1 15 18 24 13 19 0 18 0 21 17 27 15 35 0 19 0 28 19 2 48 1 0 19 2 10 17 1 46 12 2 35 18 16 2
zma 68 18 91 0 6 5 2 13 6 4 6 0 4 0 48 37 14 8 7 1 18 0 4 4 4 0 3 10 5 0 3 10 10 12 14 1 7 0 11 32 3 3 2 0 2 1 3 11 0 18 4 0 5 12 3 5 0 15 7 1 3 8 8 1
II. Distribution des fréquences des simples 79
critère aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
0 1 0 1 46 0 56 2 1 0 1 1 61 1 52 0 0 0 1 0 57 0 61 0 0 0 65 8 1 3 70 0 0 0 0 0 44 1 55 0 0 0 1 4 61 0 42 1 0 41 0 53 52 0 52 0 2 16 1 1 48 0 1 1 52
1 4 7 2 16 3 13 7 4 2 1 4 5 6 12 0 6 6 17 3 15 8 14 37 24 6 9 8 5 9 8 8 13 4 4 7 22 6 11 4 3 4 5 12 5 12 25 5 3 21 1 5 13 4 11 13 7 32 3 5 18 4 6 3 16
2 7 5 8 9 8 4 11 3 1 7 6 6 7 5 2 15 8 9 4 3 10 2 18 16 8 2 19 11 7 1 15 14 4 4 8 6 4 6 13 6 18 10 12 4 9 3 13 10 7 3 6 6 9 6 7 6 12 2 5 5 4 5 2 7
3 3 3 3 3 11 1 12 8 11 12 8 3 8 5 3 9 13 12 10 2 19 0 8 7 11 1 23 18 15 0 13 19 6 10 11 1 1 1 15 4 11 9 11 0 9 7 12 11 5 0 4 2 12 5 21 16 6 5 9 0 17 8 9 1
4 3 7 3 1 9 0 15 3 6 10 18 1 10 0 6 6 6 11 5 1 7 1 5 10 17 0 4 16 19 0 14 6 11 11 8 0 6 2 18 3 11 5 5 2 10 1 7 10 1 1 4 4 10 1 16 14 6 4 10 2 15 10 11 0
5 7 9 6 1 11 3 12 5 9 9 13 1 16 2 5 5 5 8 10 1 6 0 5 8 12 0 4 12 13 0 9 8 6 6 5 0 10 0 9 2 6 12 13 1 11 0 8 9 0 3 2 1 15 0 8 12 1 5 9 4 8 14 6 1
6 7 4 3 2 12 0 2 12 24 13 7 0 8 2 6 8 4 2 10 0 6 1 2 2 5 0 6 3 5 0 6 4 6 7 3 3 8 1 5 3 5 9 3 0 7 0 8 6 0 2 0 0 8 0 6 5 0 3 7 0 4 7 10 2
7 6 5 9 0 6 0 8 14 2 7 5 0 8 0 5 4 7 2 9 0 5 0 0 2 6 1 1 3 1 0 3 2 6 6 6 0 9 1 2 3 4 3 2 1 5 0 2 11 0 3 0 0 6 0 3 2 0 1 11 0 4 4 13 0
8 5 3 1 0 6 0 1 5 1 4 1 0 4 0 7 5 8 5 7 0 3 0 0 1 2 0 0 2 0 0 3 1 2 4 3 0 4 0 2 5 1 2 1 0 3 0 4 4 0 5 1 0 2 0 0 2 0 1 1 0 5 6 6 0
9 2 5 6 0 2 0 2 5 5 2 1 1 1 1 3 6 1 3 0 0 2 0 1 2 1 1 0 1 0 0 1 1 8 3 4 1 6 0 0 2 2 7 1 1 2 0 3 2 0 7 1 0 5 0 1 5 0 3 4 0 3 1 3 0
10 1 2 3 0 1 0 3 3 2 2 1 0 0 0 3 2 2 1 5 0 4 0 0 1 1 0 0 3 1 0 1 2 3 3 2 1 3 0 0 5 0 3 0 0 1 0 1 0 0 7 1 0 1 0 1 1 0 5 3 0 2 2 6 0
11 4 2 5 0 0 1 0 1 0 1 0 1 1 0 6 1 2 0 1 0 1 0 0 1 1 0 2 0 1 0 0 0 2 2 1 0 3 0 1 5 2 1 2 1 0 0 3 3 0 7 0 1 0 0 0 1 0 3 1 0 3 1 0 0
12 0 1 2 0 1 1 1 1 1 2 1 0 0 0 2 1 3 1 0 0 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 2 4 0 0 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 2 1 0 0 1 0 0 0 3 2 0 3 2 3 0
13 5 4 0 0 0 0 0 3 0 1 1 0 2 0 5 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 2 3 2 0 0 0 0 0 4 0 1 0 0 1 0 2 2 0 6 1 0 1 0 1 0 0 2 2 0 2 3 0 0
14 3 3 2 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0 6 0 1 1 4 0 1 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 1 0 3 4 0 1 0 1 4 2 1 3 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 0 0 2 0 5 0 0 1 1 2 0
15 2 1 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1 0 2 0 2 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 0 2 1 1 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 2 0 0 0 0 4 0 0 2 0 1 0
16 0 1 2 0 2 0 0 2 0 1 0 0 3 0 1 0 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 7 0 1 0 0 2 1 0 2 0 2 0 0 1 0 0 0 0 2 0 1 0 0 1 0
17 1 1 0 0 3 0 0 2 1 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0
18 0 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 3 1 0 1 0 1 0 0 3 0 1 0 1 1 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 1 2 2 0 0 0 3 0 0
19 0 1 3 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1 1 0 1 3 0 0 1 0 3 0 2 1 0 3 0 0 2 0 0 0 0 6 1 0 1 1 0 0
20 1 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 2 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 5 1 0 0 1 0 0
21 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
22 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0
23 1 0 4 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0
24 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0
25 2 0 2 0 0 0 0 0 2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0
26 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
28 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
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35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0
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37 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
41 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
43 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
44 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
45 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
46 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
48 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
50 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Distribution des simples des champignons C42

modifier
C42-tg. Distribution des fréquences des "différents" ou diff ou simples C42.
I. Les effectifs des simples C42 (ref.)
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
ani 2 6 1 0 2 0 2 2 1 4 2 0 1 0 5 5 2 2 4 0 2 0 2 5 2 0 2 3 2 0 3 6 3 6 3 0 2 0 1 1 3 1 1 0 1 0 2 2 0 5 0 0 1 0 2 1 0 2 1 0 1 3 2 0
aor 3 4 3 0 2 0 2 2 2 5 2 0 2 0 8 5 3 7 4 0 3 0 0 6 1 0 3 2 1 0 4 0 5 8 3 0 2 0 3 2 2 1 1 0 2 1 3 2 0 11 0 1 1 0 3 3 0 4 1 1 3 6 0 0
bfu 3 5 9 0 3 0 0 4 5 5 1 0 1 0 5 8 4 4 2 0 8 0 1 4 3 0 2 5 1 0 1 5 6 6 9 0 5 0 2 1 4 8 2 1 2 0 2 8 0 5 0 0 3 0 2 1 0 5 2 0 2 5 5 0
cal 2 3 2 0 1 0 1 2 1 2 1 0 1 0 2 6 5 3 1 0 4 0 0 1 0 0 1 2 0 0 1 2 5 1 1 0 2 0 0 1 1 1 1 0 1 0 1 3 0 4 0 0 2 0 1 1 0 2 2 0 2 4 5 0
cgr 1 3 1 0 1 0 1 1 1 2 1 0 2 0 2 1 1 2 1 0 2 0 0 1 0 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 1 1 0 2 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 5 0 1 1 5 0
cjd 3 2 1 0 2 0 1 1 2 1 0 0 1 1 4 1 1 2 2 0 1 0 0 0 0 0 1 3 2 0 1 1 2 3 1 0 2 0 0 1 2 1 1 0 2 0 1 2 0 4 0 0 3 0 1 1 1 2 1 0 1 4 1 0
cneg 1 4 2 0 1 0 1 5 1 2 3 0 1 0 6 5 2 4 1 0 1 0 1 6 1 0 1 3 0 0 1 4 3 2 10 0 1 0 2 8 2 5 2 0 0 0 2 6 0 4 0 0 1 0 1 5 0 3 3 0 1 5 3 0
cot 1 1 3 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 4 1 3 1 1 0 3 0 0 1 0 0 1 2 0 0 1 1 2 1 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 1 0 1 2 0 2 0 0 2 0 1 2 0 0 1 0 1 2 1 0
dha 3 2 4 0 3 0 1 2 3 2 1 0 2 1 9 1 2 2 1 0 5 0 0 1 0 0 1 2 1 0 1 2 2 2 1 0 2 0 1 1 3 1 1 0 2 0 1 2 0 3 0 0 3 0 1 1 1 1 1 0 2 4 1 0
ecu 1 2 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 2 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 1 1 0
ede 1 1 0 0 1 0 1 2 0 1 1 0 1 0 2 2 1 2 1 0 1 0 1 0 2 0 1 2 1 1 1 1 1 2 2 0 1 0 1 2 1 2 2 0 1 0 1 2 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0
fgr 3 6 4 0 3 0 2 4 3 7 3 0 3 0 6 5 5 5 1 0 3 0 2 6 7 0 1 2 2 0 3 2 4 1 7 0 4 0 2 9 6 12 1 0 2 0 3 8 0 4 0 0 2 0 2 6 1 3 4 0 2 8 3 0
fgr5 2 5 4 0 3 0 2 4 3 7 3 0 3 0 5 5 5 5 1 0 3 0 2 6 7 0 1 2 2 0 3 1 3 1 5 0 3 0 3 9 5 13 1 0 2 0 3 6 0 3 0 0 2 0 2 6 1 3 4 0 1 7 3 0
fve 6 8 9 1 3 0 2 7 2 1 4 0 2 0 7 2 4 7 6 0 3 0 2 4 4 0 2 11 2 0 1 4 5 7 11 1 6 0 2 3 5 11 7 0 3 0 2 2 0 6 0 0 2 0 3 4 0 4 4 0 1 15 4 2
fvr 2 5 5 1 3 0 2 7 2 6 2 0 1 0 6 7 4 5 2 0 3 0 2 9 6 0 1 2 2 0 4 5 5 1 12 1 2 0 2 13 2 3 1 0 2 0 3 2 0 7 0 0 2 0 3 4 0 4 5 0 2 9 4 0
kaf 7 1 1 0 1 0 1 3 2 2 1 0 2 0 4 1 2 1 1 0 9 0 0 1 0 0 1 2 2 0 0 2 1 1 1 0 2 0 0 1 3 1 1 0 2 0 1 2 0 3 0 0 1 0 1 3 0 1 2 0 3 7 2 0
kapa 3 1 2 0 1 0 1 2 2 2 1 0 1 0 3 1 1 1 2 0 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 2 2 2 1 1 0 1 0 0 1 3 2 1 0 1 0 1 2 0 4 0 0 1 0 1 1 0 1 2 0 1 1 3 0
kla 2 1 2 0 1 0 1 1 2 2 1 0 1 0 3 1 3 1 1 0 6 0 0 1 0 0 1 1 2 1 0 0 1 1 1 0 1 0 0 1 2 1 1 0 1 0 2 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 3 0 2 1 3 0
kna 3 1 1 0 2 0 1 1 2 1 1 0 2 0 2 1 1 1 2 0 4 0 0 1 0 0 1 2 2 0 0 1 2 2 1 0 1 0 1 3 1 2 1 0 1 0 2 1 0 4 0 0 1 0 1 1 0 3 4 0 1 5 3 0
lkl 4 1 1 0 1 0 1 3 2 4 1 0 1 0 2 2 2 1 1 0 5 1 0 1 0 0 1 1 3 1 0 0 1 1 2 0 1 0 0 2 1 1 1 0 1 0 1 1 0 7 0 0 1 0 1 7 0 2 4 0 1 4 7 0
lth 2 1 2 0 2 0 1 2 3 3 1 0 1 0 4 1 3 3 1 0 7 0 0 1 0 0 1 2 3 1 3 0 2 1 3 0 3 0 2 1 1 2 2 0 1 0 1 2 0 5 0 0 1 0 2 1 0 2 3 0 1 7 7 0
mfa 4 4 2 0 1 0 1 1 1 3 1 0 3 0 5 2 2 1 1 0 6 0 0 1 0 0 1 3 0 0 1 2 2 1 2 0 2 0 1 2 2 1 1 0 1 0 2 2 0 2 0 0 1 0 1 3 0 2 1 0 2 1 2 0
mgr 1 13 7 0 2 0 2 5 1 3 3 0 1 0 6 8 2 1 6 0 2 0 2 4 2 0 2 6 1 0 4 6 2 5 9 0 3 0 2 9 3 14 3 0 1 0 2 6 0 5 0 0 2 0 3 4 0 3 1 0 1 5 2 0
mth 2 2 9 0 2 0 3 5 1 5 2 0 1 1 7 8 2 4 5 0 2 0 3 6 1 0 2 7 1 0 4 7 2 10 8 0 2 0 3 7 3 2 2 0 2 0 3 3 0 4 0 0 3 0 2 4 1 2 3 0 1 4 2 0
ncr 2 3 4 0 3 0 3 3 4 6 4 0 1 1 8 17 3 6 10 0 3 0 4 4 2 0 2 2 2 0 6 15 2 8 12 0 3 0 5 13 2 2 6 0 2 0 4 1 0 6 1 0 3 0 3 2 0 2 2 0 1 4 5 0
ncs 6 2 1 0 2 0 2 1 1 3 1 0 2 0 2 1 1 1 1 0 8 0 0 1 0 0 2 2 3 0 0 2 2 1 1 0 2 0 0 2 1 1 1 0 2 0 1 3 0 2 0 0 2 0 1 2 0 1 7 0 2 7 9 0
opa 2 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 2 1 1 1 1 0 2 0 0 0 0 0 1 2 1 0 1 1 1 1 2 0 1 0 0 1 2 1 0 0 0 0 1 1 0 2 0 0 1 0 1 1 0 1 2 0 1 1 1 0
pch 1 2 1 0 3 0 2 6 0 3 2 0 2 0 10 3 3 5 1 0 0 0 1 0 2 0 1 1 0 1 3 1 3 2 1 0 2 0 2 1 4 1 1 0 1 0 1 5 1 3 0 0 1 0 2 4 1 3 0 0 2 2 0 0
pic 3 2 3 0 1 0 1 1 2 2 1 0 1 0 5 1 2 1 2 0 4 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 0 1 2 1 1 0 2 0 1 3 0 4 0 0 1 0 2 1 0 1 1 0 1 2 1 0
sas 3 2 1 0 3 0 2 2 2 3 1 0 1 1 6 1 1 3 3 0 5 0 0 1 0 0 1 1 3 1 1 0 2 2 1 0 5 0 2 1 1 1 2 0 2 0 3 2 0 3 0 0 3 0 3 1 1 2 2 0 2 4 3 0
sce 2 1 1 0 2 0 1 1 1 2 1 0 2 0 2 1 3 1 1 0 7 0 0 1 0 0 1 2 2 1 0 0 2 2 1 0 1 0 0 1 1 1 2 0 1 0 1 2 0 2 0 0 1 0 1 2 0 1 1 0 1 5 5 0
spo 2 2 3 0 2 0 1 2 2 1 1 0 1 0 4 2 2 1 1 0 2 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 1 1 0 1 0 1 1 3 1 1 0 1 0 1 2 0 3 0 0 2 0 1 1 0 2 1 0 2 2 1 0
sre 1 4 5 0 1 0 1 4 1 0 1 0 1 0 4 4 3 2 2 0 1 0 1 3 1 0 0 4 1 0 2 4 2 3 4 0 1 0 1 3 2 5 1 0 1 0 1 4 0 2 0 0 1 0 2 2 1 2 2 0 0 4 0 0
tbl 3 1 2 0 2 0 1 4 3 6 1 0 2 0 6 4 3 1 1 0 13 0 0 1 0 0 1 1 2 2 0 0 5 3 1 0 2 0 0 3 2 1 1 0 2 0 1 3 0 7 0 0 1 0 2 3 0 0 6 0 2 7 6 0
tdl 3 2 3 0 1 0 1 2 2 1 1 0 1 0 2 1 2 1 1 0 2 0 0 1 0 0 1 1 4 1 0 0 1 1 2 0 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 1 2 0 4 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 4 5 0
tpf 2 2 2 0 2 0 1 3 2 3 1 0 1 0 4 1 2 1 1 0 7 0 0 1 0 0 1 1 2 1 0 0 3 2 1 0 1 0 0 2 2 1 1 0 1 0 1 1 0 2 0 0 1 0 1 1 0 1 3 0 1 3 1 0
ttt 2 3 6 0 1 0 2 4 1 3 2 0 1 0 5 6 2 3 4 0 2 0 3 4 1 0 2 6 1 0 4 4 2 6 6 0 2 0 3 7 2 3 2 0 1 0 3 3 0 4 0 0 1 0 3 1 0 2 3 0 7 5 1 0
uma 1 3 5 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 4 2 2 1 3 0 1 0 1 4 3 0 0 4 2 0 2 3 2 3 5 0 1 0 1 4 2 6 1 0 1 0 1 3 0 1 0 0 1 0 3 3 2 2 2 0 0 2 0 0
vda 2 6 1 0 3 0 3 2 3 3 2 0 0 0 5 1 2 1 3 0 3 0 2 4 2 0 2 5 1 0 4 2 2 6 2 0 2 0 2 9 3 1 3 0 1 0 2 9 0 6 0 1 3 1 3 3 1 4 3 0 1 5 2 0
vma 0 5 7 0 3 0 2 4 1 3 3 0 1 0 5 7 2 6 4 0 2 0 1 1 1 0 2 6 3 0 4 2 3 5 9 0 2 0 2 7 1 9 2 1 1 0 2 7 0 3 0 0 1 0 3 3 0 2 3 0 0 3 3 0
yli 4 9 24 0 3 0 2 1 1 6 1 0 1 0 7 12 3 5 15 0 1 0 2 6 11 0 0 1 2 0 7 12 3 25 16 0 1 0 1 2 10 1 0 0 1 0 5 3 0 10 0 0 2 0 3 4 0 1 8 0 1 11 3 0
zro 2 2 1 0 1 0 2 1 1 5 1 0 1 1 2 2 1 2 2 0 1 0 0 2 0 0 1 2 5 1 0 0 2 4 1 0 3 0 0 1 1 2 2 0 2 0 1 2 0 1 0 0 3 0 2 1 0 1 4 0 1 4 10 0
II. Distribution des fréquences des simples C42
critère aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
0 1 0 1 40 0 42 1 0 2 1 1 42 1 36 0 0 0 0 0 42 1 41 21 4 20 42 4 0 6 30 11 11 0 0 0 40 0 42 16 0 0 0 3 40 2 41 0 0 41 0 41 40 0 41 0 0 31 2 2 41 3 0 4 41
1 9 11 14 2 18 0 24 14 18 10 27 0 28 6 0 18 10 19 22 0 9 1 10 21 9 0 27 12 14 11 14 9 10 18 19 2 18 0 10 20 14 24 25 2 23 1 23 8 1 6 1 2 24 1 20 20 10 15 12 1 24 7 10 0
2 15 12 8 0 12 0 14 11 14 9 7 0 10 0 11 7 16 7 8 0 9 0 8 1 6 0 10 17 15 1 3 10 18 8 6 0 15 0 11 7 14 7 10 0 16 0 10 17 0 7 0 0 10 0 11 5 1 14 9 0 12 5 6 1
3 11 5 5 0 12 0 3 4 6 10 5 0 3 0 2 1 10 4 3 0 8 0 2 1 2 0 1 4 5 0 5 1 7 4 3 0 5 0 4 4 8 2 2 0 1 0 7 8 0 7 0 0 8 0 11 7 0 6 8 0 2 3 9 0
4 3 4 4 0 0 0 0 7 1 2 2 0 0 0 8 2 3 3 4 0 3 0 1 7 1 0 0 2 1 0 7 4 1 1 1 0 1 0 0 1 2 0 0 0 0 0 1 1 0 10 0 0 0 0 0 6 0 4 6 0 0 10 2 0
5 0 4 3 0 0 0 0 3 1 4 0 0 0 0 8 5 3 5 1 0 3 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 2 5 2 2 0 2 0 1 0 2 2 0 0 0 0 1 1 0 4 0 0 0 0 0 1 0 1 2 0 0 7 6 0
6 2 3 1 0 0 0 0 1 0 4 0 0 0 0 6 2 0 2 2 0 2 0 0 6 1 0 0 3 0 0 1 2 1 4 1 0 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 1 1 0
7 1 0 2 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 3 2 0 2 0 0 3 0 0 0 2 0 0 1 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 5 2 0
8 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
9 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 4 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0
10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
13 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
24 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Distribution des doublons des eucaryotes E79

modifier
E79-tg. Distribution des fréquences des doublons E79.
I. Les effectifs des doublons E79 (ref.)
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
acs 2 6 3 0 1 0 0 1 0 2 0 0 0 0 4 4 0 3 2 0 2 0 1 2 0 0 0 2 0 0 2 2 5 6 1 0 0 0 0 6 5 5 1 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 4 0 8 3 0 0 4 1 0
aga 3 10 15 0 1 0 3 7 0 4 0 0 0 0 13 10 2 16 5 0 6 0 7 2 4 0 0 9 1 0 8 3 8 18 12 0 1 0 4 13 7 14 0 0 2 0 21 24 0 1 0 0 1 0 7 4 0 4 5 0 1 8 0 0
aml 5 10 12 0 1 0 0 4 0 3 1 0 0 0 11 7 1 7 4 0 3 0 3 7 2 0 2 5 0 0 2 2 4 5 3 0 2 0 1 3 3 8 2 0 0 0 7 8 0 1 0 0 0 0 0 6 0 13 3 0 1 8 2 0
ath 10 10 14 0 4 0 2 7 1 7 4 0 3 1 16 15 6 6 4 0 41 0 2 11 4 0 1 4 6 0 2 9 7 21 9 0 7 0 4 13 11 16 4 0 4 1 6 12 0 50 0 0 6 1 3 26 0 4 11 0 3 16 6 0
bacu 4 17 5 0 1 0 0 4 0 3 0 0 0 0 8 6 2 7 4 0 2 0 2 5 1 0 1 3 0 0 3 4 47 7 21 1 0 0 1 2 25 13 103 1 0 0 8 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 5 13 0 1 4 0 0
bdi 3 10 16 0 2 2 2 2 2 12 4 0 1 0 25 13 7 14 8 0 8 0 5 11 4 0 2 12 6 0 7 7 8 21 16 0 7 0 9 16 6 19 8 0 2 2 8 11 0 3 0 0 5 1 4 8 0 6 12 0 2 13 9 0
bta 10 16 15 0 2 0 0 4 0 8 2 0 0 0 16 14 2 14 8 0 6 0 3 11 1 0 3 7 0 0 3 6 11 9 3 0 4 0 2 12 6 8 29 0 2 0 12 7 0 1 0 0 0 4 0 8 0 25 5 9 0 12 0 0
cbr 11 20 36 0 6 0 5 20 7 6 1 0 8 0 18 17 19 18 6 0 30 0 2 2 4 0 0 17 3 0 2 21 15 27 21 0 13 0 2 22 33 16 0 0 2 0 3 18 0 13 0 0 3 0 4 14 0 14 12 0 2 16 1 0
cbre 20 28 45 0 12 0 6 26 10 9 4 0 13 0 24 31 29 21 6 0 48 1 4 13 11 0 13 28 6 0 3 29 27 31 34 0 7 0 2 33 61 25 11 0 3 0 7 30 0 20 0 0 7 0 3 16 1 16 19 0 4 18 2 0
cel 13 17 24 0 9 0 2 14 5 6 1 0 3 0 16 19 15 13 4 0 23 0 3 2 4 0 0 14 2 0 3 14 14 20 19 0 7 0 0 16 28 10 2 0 1 0 4 15 0 7 0 0 2 0 3 11 0 11 9 0 1 10 0 0
cfa 6 8 10 0 1 0 0 2 0 2 1 0 0 0 6 4 1 7 4 0 1 0 2 7 0 0 1 1 0 0 4 3 4 9 6 0 3 0 0 3 7 8 2 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 1 5 0 9 0 0 0 4 0 0
cge 5 8 11 0 1 0 0 1 0 3 1 0 0 0 7 10 1 11 5 0 4 0 2 6 2 0 0 3 0 0 5 3 2 10 6 0 1 0 1 5 5 9 2 0 1 0 3 4 0 0 0 0 0 0 0 5 0 24 2 0 0 4 0 0
cjap 23 20 30 0 7 0 8 17 9 12 2 0 2 0 25 20 11 12 11 0 33 0 7 7 6 0 0 17 2 0 5 22 16 32 31 0 6 0 7 23 36 24 0 0 2 0 8 19 0 22 0 0 4 0 10 14 0 12 14 0 0 19 0 0
cjc 5 9 4 0 0 0 0 1 0 3 1 0 0 0 7 5 0 5 5 0 3 0 3 6 0 2 1 4 0 0 3 4 3 8 6 0 1 0 1 2 6 9 1 0 1 0 4 3 0 10 0 0 1 0 0 5 0 9 1 0 0 4 0 0
cmk 5 16 11 0 49 0 4 7 0 10 5 0 4 0 20 8 1 10 8 0 7 0 0 1 3 0 0 4 2 0 5 6 7 14 22 0 2889 3 100 19 22 12 7 0 29 0 37 6 0 7 0 0 3 0 0 12 0 5 10 0 1 10 1 0
cpic 4 5 2 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 5 2 1 2 1 0 1 0 0 4 1 0 0 2 0 0 2 0 0 4 2 0 3 0 0 1 10 5 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2 0 4 1 0 0 2 1 0
cpo 4 9 7 0 1 0 0 0 0 3 1 0 0 0 5 7 2 6 3 0 2 0 2 6 0 0 0 4 0 0 4 3 2 6 4 0 2 0 0 4 2 6 1 0 1 0 3 4 0 4 0 0 1 0 1 6 0 18 1 0 0 5 0 0
csi 4 10 6 0 2 0 0 3 0 7 0 0 0 0 11 7 2 8 4 0 4 0 2 8 1 0 2 4 1 0 2 3 4 6 4 0 1 0 1 7 2 8 3 0 0 0 4 5 0 0 0 0 2 0 0 8 0 4 4 0 0 7 0 0
dme 4 9 12 0 4 0 2 6 0 4 2 0 0 0 8 8 2 4 4 0 4 0 2 6 6 0 0 9 1 0 7 3 5 11 10 0 0 0 2 10 4 12 0 0 1 0 5 4 0 0 0 0 0 0 3 5 0 3 6 0 0 7 0 0
dno 4 17 13 0 1 0 0 1 0 3 1 0 0 0 10 6 2 6 3 0 5 0 1 6 1 0 0 5 0 0 6 3 5 12 7 0 2 0 1 7 10 10 4 0 0 0 5 4 0 3 0 0 1 0 0 7 0 9 3 0 0 5 1 0
dsi 2 5 10 0 3 0 2 7 0 1 1 0 0 0 8 6 2 4 4 0 3 0 2 5 2 0 0 8 1 0 8 4 2 5 6 0 0 0 3 8 3 13 0 0 1 0 4 5 0 0 0 0 0 0 2 5 0 4 7 0 0 5 0 0
dya 3 10 12 0 4 0 4 7 0 4 2 0 0 0 11 8 3 4 3 0 7 0 3 5 5 0 0 11 1 0 7 4 5 14 11 0 1 0 2 14 5 14 0 0 1 0 8 5 0 0 0 0 0 0 4 6 0 5 6 0 1 8 0 0
ecb 7 9 8 0 2 0 0 2 0 5 1 0 0 0 12 13 2 8 6 0 4 0 1 9 1 0 2 6 0 0 1 5 5 5 3 0 2 0 1 11 2 9 3 0 0 0 9 7 0 4 0 0 0 0 0 8 0 10 3 0 0 8 0 0
eeu 6 5 28 0 0 0 0 2 0 4 1 0 0 0 10 7 1 4 2 0 3 0 2 8 1 0 1 3 0 0 2 4 3 9 5 0 0 0 0 4 5 10 2 0 0 0 2 3 0 0 0 0 0 0 0 5 0 14 2 0 0 5 0 0
fca 5 7 8 0 1 0 0 3 0 4 1 0 0 0 9 8 5 8 2 0 4 0 2 6 7 0 0 5 0 0 2 5 4 7 3 0 1 0 1 4 2 7 1 0 0 0 6 4 1 1 0 0 1 0 0 5 0 13 1 0 0 4 0 0
gac 30 82 74 0 19 0 14 49 43 14 21 0 46 0 221 84 47 33 61 0 22 0 13 58 65 0 0 37 5 0 6 31 22 135 28 0 36 0 41 31 40 10 1 0 4 0 7 9 0 4 0 0 43 0 23 38 0 72 47 0 4 23 1 0
gfr 2 1 1 0 0 0 0 2 0 3 0 0 0 0 2 4 0 0 1 0 1 0 0 3 0 0 0 1 0 0 2 1 0 1 4 0 0 0 0 9 2 7 1 0 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 4 0 0
gga 2 5 4 0 1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 8 6 0 2 2 0 1 0 1 6 0 0 0 4 0 0 2 0 2 7 5 0 3 0 0 13 3 5 2 0 0 0 2 2 0 3 0 0 1 0 1 4 0 6 3 0 0 5 0 0
ggo 3 9 5 0 1 0 1 2 0 4 1 0 0 0 10 5 1 6 5 0 3 0 3 5 1 0 2 3 0 0 1 4 3 7 2 0 1 0 0 3 1 5 4 0 0 0 5 2 1 1 0 0 0 0 0 6 0 5 2 0 1 5 0 0
gmo 17 16 20 0 6 0 7 10 2 0 7 0 2 0 42 5 3 10 22 0 6 0 10 25 2 0 3 8 4 0 13 11 12 15 20 0 4 0 6 24 18 17 4 0 0 0 9 8 0 3 0 0 3 14 1 12 0 8 10 0 1 12 0 0
gmx 15 12 20 0 5 0 2 3 10 16 10 0 5 0 22 12 10 15 8 0 20 0 3 16 6 0 1 11 7 0 6 15 12 25 17 0 12 0 5 21 16 26 6 0 5 0 11 15 0 1 0 0 6 0 4 10 0 13 15 0 4 17 10 0
hgl 3 5 4 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 6 5 0 5 3 0 1 0 1 4 0 0 0 2 0 0 1 2 2 4 3 0 1 0 1 1 1 6 1 0 1 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 2 3 5 1 0 0 4 0 0
hsa-18 4 8 5 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 2 11 5 2 8 6 0 4 0 2 7 0 0 2 5 0 0 7 5 3 10 6 0 1 0 0 10 5 9 2 0 1 0 7 4 0 0 0 0 0 0 0 5 0 6 2 0 0 5 0 0
lav 14 14 14 0 5 0 0 1 0 7 2 0 0 0 16 13 3 14 5 0 2 0 2 9 4 0 0 4 0 0 4 4 7 6 6 0 6 0 0 14 3 7 2 0 11 0 9 7 0 0 0 0 0 0 1 9 0 5 6 0 1 13 3 0
lcm 7 2 4 0 1 0 0 3 0 1 0 0 0 0 3 1 1 2 2 0 3 0 0 2 0 0 0 2 1 0 0 1 2 3 2 0 1 0 1 3 0 2 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 1 0 0
lma 0 2 2 0 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 2 2 0 1 2 0 0 0 1 1 0 0 0 3 0 0 1 2 0 2 1 0 0 0 1 1 0 3 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
mcc 6 6 7 0 0 0 0 3 0 4 1 0 0 0 5 4 1 10 4 0 3 0 2 6 0 0 2 3 0 0 2 2 2 6 2 0 0 0 1 4 2 6 3 0 1 0 4 3 0 0 0 0 4 0 0 5 0 8 3 0 1 5 1 0
mdo 9 9 10 0 5 0 0 6 0 7 1 0 0 0 14 12 0 8 8 0 5 0 2 10 2 0 1 0 0 0 5 5 10 12 10 0 3 0 2 9 4 19 6 0 1 0 6 6 0 2 0 0 1 0 0 6 0 31 3 0 0 8 1 0
meu 3 10 8 0 3 0 0 3 1 6 0 0 0 0 7 4 1 6 1 0 3 0 1 4 2 0 0 2 1 0 1 2 6 1 5 0 0 0 2 4 6 7 2 0 0 0 3 5 0 0 0 0 2 0 0 6 3 19 1 0 0 3 0 0
mgp 2 2 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 7 1 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1 0 1 2 3 0 2 0 0 4 2 4 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 2 2 0 0 2 0 0
mlu 1 7 4 0 2 0 0 2 1 2 0 0 0 0 8 6 0 4 2 0 0 0 2 5 1 0 0 1 0 0 3 1 1 5 5 0 0 0 0 3 4 6 1 0 0 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 17 2 0 0 3 0 0
mmr 3 4 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 8 2 1 3 7 0 1 0 2 6 1 0 0 2 0 0 4 3 3 3 4 0 0 0 0 3 5 8 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 11 2 0 0 6 0 0
mmu 8 8 7 0 1 0 0 2 0 2 1 0 0 0 8 7 1 7 5 0 3 0 2 5 1 0 0 3 0 0 6 2 5 12 8 0 3 0 3 4 6 9 2 0 2 0 4 2 0 0 0 0 1 0 0 5 0 32 2 0 2 4 0 0
mpu 6 4 5 0 1 0 0 2 1 4 0 0 0 0 6 6 2 5 3 0 1 0 1 8 1 0 2 3 0 0 2 4 1 4 4 0 1 0 1 2 2 7 1 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 5 0 15 2 0 0 6 0 0
mtr 7 14 13 4 3 2 0 8 2 6 2 0 7 0 18 14 10 10 2 0 8 0 0 6 3 0 1 5 6 0 2 3 13 16 8 0 8 0 0 15 9 19 1 0 2 0 2 11 2 2 0 0 4 1 1 7 0 7 7 0 3 20 5 0
mun 1 4 3 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 6 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 7 5 4 0 0 0 0 2 1 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 2 0 0
nle 8 7 6 0 0 0 0 3 0 3 1 0 0 0 7 4 2 7 3 0 2 0 3 5 0 0 1 4 0 0 3 4 2 5 7 0 0 0 1 2 4 5 1 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 1 0 3 0 9 0 0 0 4 0 0
oaa 7 10 10 0 2 0 2 7 0 6 2 7 2 0 14 10 3 4 5 0 3 0 4 13 2 0 3 4 2 0 5 3 3 13 13 0 6 0 3 32 6 17 4 0 2 0 5 7 0 2 0 0 0 0 1 0 0 18 5 0 3 6 0 0
oas 5 8 5 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 4 3 0 3 3 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 3 2 3 0 0 0 1 7 1 3 2 0 0 0 2 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 5 2 0 0 2 0 0
ocu 4 11 9 0 1 0 0 2 0 7 1 0 0 0 8 6 2 8 8 0 2 0 3 8 2 0 1 4 0 0 10 2 9 17 14 0 0 0 0 7 12 18 5 0 3 0 10 4 0 0 0 0 0 0 1 7 0 9 3 0 1 6 0 0
oga 4 8 4 0 1 0 0 1 0 2 0 0 0 0 5 6 1 7 5 0 1 0 2 6 0 0 0 2 0 0 5 3 1 9 6 0 2 0 1 5 3 7 2 0 1 0 3 3 0 1 0 0 1 0 0 2 0 10 0 0 0 4 0 0
oni 9 8 22 0 3 0 1 6 1 5 12 0 5 0 20 12 1 9 7 0 6 0 2 10 0 0 0 12 1 0 8 5 6 6 13 0 5 0 4 11 6 8 2 0 2 0 7 6 0 0 0 0 1 0 1 6 0 8 7 0 0 9 0 0
opr 3 9 4 0 1 0 0 1 0 4 1 0 0 0 11 6 2 4 6 0 1 0 3 7 1 0 1 4 0 0 8 2 3 11 7 0 1 0 1 4 5 11 3 0 0 0 5 2 0 0 0 0 0 0 1 5 0 6 2 0 0 4 0 0
osa 4 17 15 0 9 5 3 8 6 14 6 0 2 0 31 14 9 16 3 0 5 0 3 10 2 0 3 17 5 0 8 11 10 20 14 0 9 0 8 16 5 19 4 0 3 13 7 11 0 3 0 0 10 3 3 7 0 8 11 0 1 13 14 0
pan 6 9 6 0 0 0 0 4 0 4 1 0 0 0 8 5 2 9 4 0 2 0 3 5 0 0 2 4 0 0 6 4 7 8 7 0 0 0 1 4 6 10 3 0 2 0 6 4 0 1 0 0 0 0 0 6 0 12 4 0 0 9 0 0
pfa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
pha 6 8 6 0 0 0 0 4 0 4 1 0 0 0 9 5 2 9 4 0 2 0 3 5 1 0 2 3 0 0 1 4 6 6 3 0 0 0 1 3 2 6 3 0 2 0 6 5 0 2 0 0 0 0 0 6 0 13 3 0 0 9 1 0
pma 17 100 13 0 10 8 11 29 8 34 25 0 3 0 187 47 23 15 60 0 29 0 12 36 17 0 4 55 26 0 37 56 3 56 8 0 21 0 18 62 13 29 4 0 7 0 46 96 1 40 0 0 10 0 18 14 0 38 1 0 2 34 18 0
pop 13 11 15 0 5 0 2 2 5 10 7 0 6 0 18 14 10 9 4 0 13 0 2 12 5 0 1 4 0 0 5 13 13 29 13 0 13 0 2 18 10 21 6 0 5 0 6 13 0 2 0 0 4 0 1 8 0 8 12 0 1 15 0 1
ppp 4 9 11 0 1 0 3 8 4 6 5 0 2 0 15 9 3 6 8 0 6 0 0 11 2 0 2 5 1 0 3 5 5 8 7 0 7 0 6 10 5 13 3 0 1 0 2 10 0 1 0 0 2 0 5 10 0 2 8 0 1 11 3 0
ppy 8 11 8 1 0 0 0 4 2 4 2 0 0 3 9 7 0 7 4 0 3 0 3 8 1 0 4 4 0 0 3 6 9 7 5 0 2 0 1 3 3 8 2 0 2 0 7 4 0 1 0 0 0 0 1 3 0 9 1 0 0 5 0 0
ptr 6 9 8 0 1 0 0 2 0 3 1 0 0 0 9 6 3 8 7 0 4 0 3 4 0 0 2 5 0 0 2 5 6 7 6 0 1 0 0 5 2 6 2 0 0 0 4 6 0 2 0 0 0 1 0 6 0 9 3 0 2 5 0 0
rno 0 8 10 0 1 0 0 2 0 5 2 0 0 0 7 5 1 9 4 0 4 0 2 10 1 0 0 3 0 0 2 0 5 12 5 1 3 0 0 5 6 7 1 0 1 0 2 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 26 1 0 0 4 0 0
san 5 8 6 0 0 0 0 2 0 4 2 0 0 0 7 7 2 6 4 0 2 0 1 7 0 0 1 4 0 0 3 4 1 9 9 0 1 0 1 2 5 11 1 0 0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 4 0 13 1 0 0 5 0 0
sbi 3 9 15 0 4 0 3 3 2 7 7 0 1 0 9 14 3 8 5 0 6 0 4 9 3 0 4 11 3 0 7 11 8 20 17 0 8 4 9 14 7 18 4 0 2 0 8 9 0 0 0 0 7 0 4 8 0 6 10 0 0 16 4 0
sbq 4 5 3 0 1 0 0 2 0 3 1 0 0 0 8 6 0 5 3 0 2 0 3 5 0 0 1 4 0 0 2 4 4 6 3 0 1 0 1 3 2 7 0 0 1 0 2 2 0 0 0 0 1 0 0 6 0 10 1 0 0 5 0 0
shr 8 12 9 0 4 0 0 4 0 6 1 0 0 0 14 10 16 8 7 0 5 0 2 8 2 0 0 0 0 0 5 6 10 12 8 0 3 0 2 10 6 16 3 0 1 0 6 7 0 1 0 0 0 0 0 7 0 2 3 0 0 6 0 0
spu 37 30 30 0 11 0 4 14 9 14 7 17 6 0 43 57 10 17 10 0 15 0 4 14 9 0 0 20 2 0 2 5 18 62 19 0 10 0 4 21 19 26 1 0 5 0 0 17 0 7 0 0 6 0 1 0 0 20 5 0 5 0 6 0
ssc 15 10 7 0 3 0 0 6 1 6 0 0 1 0 12 12 3 7 4 0 2 0 2 8 2 0 2 5 2 0 3 5 30 14 5 1 2 0 1 5 2 9 2 0 2 0 7 4 0 3 0 0 0 0 0 6 0 10 3 0 0 11 1 0
str 5 7 7 0 2 0 0 2 0 2 1 0 0 0 7 6 2 4 4 0 2 0 2 7 0 0 0 3 0 0 2 3 2 5 3 0 0 1 1 4 2 7 1 0 1 0 3 4 0 0 0 0 0 0 0 6 0 29 3 0 0 6 0 0
tgu 3 3 1 0 1 0 0 2 0 2 0 1 0 0 2 5 0 2 4 0 0 0 1 3 0 0 0 2 0 0 3 0 0 3 1 0 2 0 0 8 4 7 0 0 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 2 0 5 0 0 1 6 0 0
tma 5 5 7 0 1 0 0 1 1 2 0 0 0 0 7 5 2 7 4 0 3 0 2 7 0 0 1 3 0 0 1 3 2 4 0 0 3 0 1 4 5 5 2 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 1 4 0 2 2 0 0 3 0 0
tng 4 6 10 0 3 0 3 9 0 5 6 0 0 0 8 8 4 4 13 0 4 0 1 4 0 0 0 10 0 0 18 2 3 6 8 0 2 0 0 7 5 5 1 0 1 0 7 3 0 2 0 0 0 5 1 5 0 7 5 0 1 9 0 0
tru 7 10 13 0 1 0 1 7 1 6 5 0 0 0 24 9 3 10 8 0 4 0 2 7 0 0 0 13 0 0 14 3 4 18 14 0 3 0 0 7 7 15 1 0 2 0 16 8 0 1 0 0 0 0 0 5 0 5 7 0 0 10 0 0
tsy 4 6 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 7 5 13 5 3 0 0 0 1 5 0 0 1 3 1 0 3 3 2 6 3 0 0 0 1 2 2 9 1 0 1 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 3 0 6 2 0 29 1 0 0
ttr 4 7 3 0 1 0 0 2 0 3 1 0 0 0 6 5 4 4 7 0 2 0 2 4 0 0 0 2 0 0 1 5 29 5 8 0 0 0 1 5 19 6 70 1 0 0 3 1 0 1 0 0 0 0 0 3 0 2 9 1 0 4 0 0
vvi 5 7 5 0 2 0 1 4 3 7 4 0 3 0 6 9 3 5 3 0 8 0 1 9 3 0 0 1 4 0 4 5 5 11 12 0 16 0 3 9 7 11 3 0 1 0 6 8 0 0 0 0 5 0 2 4 0 5 9 0 2 11 4 0
xtr 51 28 74 0 48 0 15 76 52 40 18 0 26 0 99 45 20 24 30 0 36 0 19 42 25 0 2 20 15 1 17 20 60 46 32 0 29 0 15 50 53 70 70 0 17 0 25 36 0 59 0 0 22 1 13 23 0 46 21 0 11 40 6 0
zma 14 31 36 0 8 8 4 7 3 10 5 0 1 0 31 32 8 18 6 0 13 0 5 11 3 0 3 25 4 0 10 19 12 30 16 0 8 0 11 34 8 30 9 0 2 11 13 11 0 3 0 0 6 10 3 8 0 10 20 0 2 17 12 0
II. Distribution des fréquences des doublons E79.
critère aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
0 3 1 2 77 17 74 50 7 51 4 20 76 55 76 1 1 14 4 3 79 6 78 10 2 29 78 40 5 49 78 4 7 6 1 3 76 21 76 23 1 3 1 12 77 31 75 5 4 75 34 78 79 44 68 44 6 76 3 7 77 46 2 54 78
1 2 1 3 1 27 0 5 10 9 5 30 1 5 1 0 2 16 1 3 0 10 1 13 2 16 0 16 5 10 1 9 3 5 2 3 3 15 1 27 3 3 0 21 2 20 1 3 7 3 14 1 0 12 6 16 3 1 0 12 1 17 3 10 1
2 5 3 2 0 8 2 8 20 5 12 10 0 5 1 3 3 19 4 8 0 14 0 28 5 12 1 14 9 6 0 18 10 11 3 4 0 10 0 9 6 14 1 17 0 16 1 10 8 1 9 0 0 4 0 2 6 0 5 14 0 7 4 2 0
3 10 1 4 0 6 0 5 9 2 12 0 0 4 1 1 2 10 3 11 0 12 0 16 3 5 0 5 13 2 0 13 16 10 3 11 0 9 1 4 9 6 2 9 0 3 0 12 10 0 8 0 0 3 1 6 5 2 2 13 0 3 3 2 0
4 15 3 8 1 5 0 4 8 1 13 4 0 1 0 2 6 2 10 19 0 10 0 4 6 6 0 3 16 3 0 5 13 6 5 5 0 2 1 4 11 5 2 8 0 2 0 9 12 0 4 0 0 4 1 5 7 0 5 2 0 3 14 2 0
5 10 7 6 0 4 1 1 0 2 4 4 0 2 0 4 12 1 6 9 0 4 0 2 12 2 0 0 8 2 0 8 11 9 7 7 0 1 0 1 6 13 7 1 0 3 0 6 7 0 0 0 0 2 1 1 14 0 11 5 0 1 12 1 0
6 7 4 5 0 2 0 1 4 1 9 2 0 2 0 6 12 1 7 6 0 6 0 0 11 3 0 0 1 4 0 5 4 4 10 8 0 3 0 2 1 10 7 3 0 0 0 8 4 0 0 0 0 4 0 0 13 0 6 3 0 0 7 3 0
7 5 6 6 0 1 0 1 8 1 7 4 1 1 0 10 7 1 9 5 0 2 0 2 9 1 0 0 1 1 0 5 1 4 6 5 0 5 0 1 7 5 10 1 0 1 0 9 5 0 3 0 0 2 0 1 5 0 2 4 0 0 2 0 0
8 4 10 5 0 1 2 1 3 1 1 0 0 1 0 11 5 1 9 8 0 3 0 0 7 0 0 0 2 0 0 5 0 3 3 6 0 3 0 1 2 1 7 1 0 0 0 5 4 0 0 0 0 0 0 0 7 0 6 1 0 0 5 0 0
9 2 11 2 0 2 0 0 1 2 1 0 0 0 0 5 3 1 5 0 0 0 0 0 4 1 0 0 2 0 0 0 1 2 5 2 0 1 0 2 3 1 7 1 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 7 3 1 0 4 1 0
10 2 10 6 0 1 0 0 1 2 3 1 0 0 0 3 4 4 5 1 0 0 0 1 4 0 0 0 1 0 0 2 0 3 2 2 0 1 0 0 4 3 5 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 2 1 1 2 0 5 3 0 0 3 1 0
11 1 3 3 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 5 0 1 1 1 0 0 0 0 5 1 0 0 3 0 0 0 3 1 3 1 0 0 0 1 2 1 3 1 0 1 1 1 4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 2 0 1 3 0 0
12 0 2 3 0 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 2 4 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 2 0 0 0 0 3 5 2 0 1 0 0 1 1 2 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 3 0 0 2 1 0
13 2 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 3 1 1 1 0 2 0 1 2 0 0 1 1 0 0 1 1 2 1 3 0 2 0 0 3 1 3 0 0 0 1 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 5 1 0 0 3 0 0
14 2 2 2 0 0 0 1 2 0 3 0 0 0 0 3 5 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 1 3 3 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 3 0 2 1 0 0 0 1 0
15 2 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0
16 0 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 0 1 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 0 1 0 0 3 1 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 3 0 0
17 2 4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 3 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0
18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 2 0 0 0 0 1 1 1 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 1 1 0
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20 1 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0
21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 2 0 1 0 0 2 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
22 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
23 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0
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26 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0
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28 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
29 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0
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32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
36 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
37 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
43 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
45 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
48 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
49 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
51 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Distribution des doublons des champignons C42

modifier
C42-tg. Distribution des fréquences des doublons C42.
I. Les effectifs des doublons C42 (ref.)
aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
ani 0 0 7 0 0 0 0 4 1 0 0 0 0 0 2 2 0 3 1 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 2 7 0 10 0 0 0 0 0 6 0 1 0 0 0 0 0 4 0 1 2 0 0 2 0 0
aor 0 4 8 0 0 0 0 8 0 1 0 0 0 0 0 5 1 1 3 0 0 0 0 3 1 0 0 10 0 0 0 0 1 5 8 0 1 0 1 8 2 14 0 0 0 0 0 8 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 3 0 0 1 0 0
bfu 0 1 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 7 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 6 0 0 4 0 0 2 0 0
cal 3 0 0 0 1 0 0 2 4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 0 0 0 0 5 1 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 3 0 0 0 0 3 1 1 0
cgr 2 6 11 0 2 0 0 8 8 1 0 0 0 0 5 8 5 4 1 0 5 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 8 8 2 0 4 0 0 9 1 11 0 0 0 0 0 9 0 5 0 0 1 0 0 8 0 2 0 0 2 5 3 0
cjd 2 5 7 0 1 0 0 5 5 2 0 0 0 0 3 5 5 4 0 0 6 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 3 3 5 8 0 1 0 0 5 2 10 0 0 0 0 2 7 0 2 0 0 0 0 0 6 0 1 3 0 0 4 6 0
cneg 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
cot 3 2 0 0 1 0 0 3 1 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0
dha 5 7 6 0 0 0 0 6 7 1 0 0 0 0 1 8 5 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 7 8 0 0 3 0 0 6 2 10 0 0 0 0 0 8 0 3 0 0 1 0 0 5 0 3 3 0 8 5 3 0
ecu 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
ede 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
fgr 0 3 12 0 1 0 1 7 0 1 0 0 0 0 0 8 0 2 6 0 0 0 0 4 2 0 0 8 0 0 2 11 1 13 12 0 0 0 0 5 0 2 0 0 0 0 0 11 0 4 0 0 0 0 0 5 0 2 0 0 0 3 0 0
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fve 0 4 2 0 0 0 2 0 0 3 2 0 0 0 8 9 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 2 0 0 1 2 1 0 1 0 3 0 3 10 4 0 1 0 0 0 1 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0
fvr 0 3 10 0 1 0 0 4 0 1 0 0 0 0 2 4 0 1 6 0 0 0 0 1 1 0 0 8 0 0 1 7 0 13 4 0 1 0 1 1 3 11 0 0 0 0 0 11 0 1 0 0 0 0 0 6 0 1 0 0 0 1 0 0
kaf 1 9 11 0 2 0 0 8 9 2 0 0 0 0 5 12 7 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 14 12 1 0 3 0 0 11 1 16 0 0 0 0 0 11 0 6 0 0 3 0 0 8 0 4 4 0 11 2 0 0
kapa 0 3 3 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 0 1 4 2 2 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 3 0 1 0 0 4 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 3 0 1 1 0 0 4 0 0
kla 2 5 7 0 1 0 0 5 5 0 0 0 0 0 3 6 3 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 7 7 1 0 2 0 0 6 0 6 0 0 0 0 0 6 0 4 0 0 1 0 0 5 0 2 1 0 1 4 4 0
kna 1 5 6 0 0 0 0 6 4 2 0 0 0 0 2 6 3 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 4 6 2 0 0 0 0 4 0 7 1 0 0 0 0 6 0 1 0 0 0 0 0 6 0 1 0 0 2 1 2 0
lkl 1 8 13 0 1 0 0 9 10 0 0 0 0 0 8 10 8 5 0 0 5 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 12 12 1 0 3 0 0 11 1 14 1 0 0 0 2 13 0 0 0 0 1 0 0 4 0 3 1 0 2 4 4 0
lth 2 6 13 0 0 0 0 7 6 0 0 0 0 0 4 9 2 2 4 0 1 0 0 1 0 0 0 2 0 1 0 0 4 9 8 0 0 0 0 9 2 13 0 0 0 0 2 9 0 1 0 0 1 0 0 8 0 2 2 0 1 0 1 0
mfa 2 8 8 0 3 0 1 9 9 3 1 0 1 0 5 10 6 7 3 0 2 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 2 6 13 6 0 6 0 1 10 4 15 1 0 1 0 2 10 0 8 0 0 3 0 1 7 0 2 5 0 2 9 12 0
mgr 1 127 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0
mth 1 4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 9 0 0 0 0 0 4 0 2 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0
ncr 0 9 20 0 0 0 0 9 1 0 1 0 0 0 9 0 0 3 1 0 1 0 0 8 0 0 1 19 0 0 0 2 3 10 12 0 0 0 0 6 2 24 0 0 0 0 0 18 0 4 0 0 0 0 1 12 0 5 5 0 0 8 0 0
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pch 0 4 8 0 0 0 0 6 0 1 0 0 0 0 1 7 0 6 4 0 0 0 0 0 0 0 1 9 0 0 0 5 0 7 9 0 0 0 0 7 1 10 0 0 0 0 2 4 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0
pic 0 5 6 0 1 0 0 6 5 0 0 0 0 0 1 6 3 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 7 7 1 0 2 0 0 6 1 9 0 0 0 0 0 4 0 1 0 0 1 0 0 5 0 2 3 0 2 4 7 0
sas 1 6 8 0 0 0 0 5 5 1 0 0 0 0 4 8 3 3 1 0 3 0 0 0 0 0 1 3 1 0 0 0 2 9 7 0 1 0 0 6 1 10 0 0 1 0 1 5 0 2 0 0 0 0 0 6 0 1 3 0 1 3 4 0
sce 5 9 13 0 2 0 0 10 10 2 0 0 0 0 8 12 6 6 0 0 3 0 0 1 0 0 0 4 1 0 0 0 12 14 1 0 4 0 0 10 2 15 0 0 1 0 1 12 0 6 0 0 2 0 0 9 0 3 5 0 6 5 5 0
spo 1 4 6 0 0 0 0 5 0 2 0 0 0 0 3 6 2 3 1 0 0 0 0 5 0 0 0 7 0 0 0 3 3 7 5 0 1 0 0 5 0 7 0 0 1 0 0 7 0 1 0 0 0 0 0 6 0 1 2 0 0 3 3 0
sre 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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tdl 2 5 7 0 1 0 0 7 5 2 0 0 0 0 5 7 4 3 1 0 4 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 7 8 2 0 3 0 0 7 1 10 0 0 0 0 1 10 0 3 0 0 1 0 0 6 0 2 3 0 2 2 3 0
tpf 4 7 7 0 0 0 0 6 6 0 0 0 1 0 4 9 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 8 10 0 0 2 0 0 7 0 12 0 0 1 0 0 9 0 4 0 0 1 0 0 7 0 3 1 0 8 6 1 0
ttt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 0
uma 0 1 0 0 0 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
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vma 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0
yli 0 7 10 0 0 0 0 21 3 0 0 0 0 0 11 14 0 7 0 0 2 0 0 15 14 0 0 0 0 0 6 9 3 3 11 0 3 0 1 28 1 29 0 0 1 0 3 21 0 4 0 0 0 0 1 17 0 7 5 0 0 6 0 0
zro 5 7 13 0 1 0 0 9 7 0 1 0 0 0 7 9 9 4 1 0 9 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 8 10 3 0 6 0 0 11 4 15 0 0 0 0 3 10 0 6 0 0 0 0 0 11 0 3 2 0 3 4 0 0
II. Distribution des fréquences des doublons C42.
critère aaa aac aag aat aca acc acg act aga agc agg agt ata atc atg att caa cac cag cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctc ctg ctt gaa gac gag gat gca gcc gcg gct gga ggc ggg ggt gta gtc gtg gtt taa tac tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttc ttg ttt
0 21 9 8 42 25 42 38 7 18 22 38 42 40 42 9 10 20 12 26 42 22 42 42 27 33 42 37 14 37 40 36 24 14 7 15 42 19 42 35 8 17 7 37 42 36 42 30 6 42 12 42 42 26 42 37 6 42 14 18 42 24 8 25 42
1 7 3 1 0 13 0 3 2 3 11 3 0 2 0 6 1 2 3 7 0 6 0 0 8 4 0 5 3 4 1 3 4 7 1 8 0 8 0 4 2 12 2 5 0 6 0 5 2 0 8 0 0 11 0 5 3 0 11 7 0 3 7 3 0
2 7 1 4 0 3 0 1 3 2 7 1 0 0 0 6 2 4 4 1 0 6 0 0 0 2 0 0 6 0 0 2 5 1 3 3 0 3 0 2 3 8 2 0 0 0 0 5 3 0 8 0 0 2 0 0 2 0 8 4 0 7 8 2 0
3 2 3 1 0 1 0 0 3 1 2 0 0 0 0 5 2 4 9 3 0 3 0 0 1 0 0 0 8 1 0 0 3 5 2 2 0 8 0 1 0 2 2 0 0 0 0 2 3 0 3 0 0 3 0 0 5 0 6 7 0 2 5 5 0
4 1 6 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 4 2 1 5 2 0 1 0 0 3 2 0 0 3 0 1 0 0 2 2 1 0 2 0 0 3 3 2 0 0 0 0 0 3 0 5 0 0 0 0 0 3 0 1 2 0 0 6 3 0
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6 1 3 4 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0 0 0 5 2 3 3 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 0 2 0 0 5 0 1 0 0 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1 2 1 0
7 0 4 5 0 0 0 0 4 2 0 0 0 0 0 2 2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 4 4 1 0 0 0 0 5 0 3 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 1 0
8 0 3 5 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 0 3 5 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 3 3 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 1 0 0
9 0 3 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0 0 1 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 3 1 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0
10 0 1 2 0 0 0 0 2 3 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 4 0 6 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0
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12 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0
13 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
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21 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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Tableaux pour les diagrammes des simples, E79-C42

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Tableaux pour les diagrammes des simples E79-C42.
I. Phe   Leu   Ile   Met   Val
Phe Leu Leu Ile Met Val
critère s79-ttc s42-ttc s79-tta s42-tta s79-ttg s42-ttg s79-ctt s42-ctt s79-cta s42-cta s79-ctg s42-ctg s79-att s42-att s79-ata s42-ata s79-atg s42-atg s79-gtt s42-gtt s79-gta s42-gta s79-gtg s42-gtg
0 1 0 0 3 1 4 0 11 3 6 0 11 0 0 1 1 0 0 0 0 0 2 1 0
1 6 7 4 24 3 10 13 9 9 14 8 14 6 18 6 28 0 0 3 8 12 23 5 23
2 5 5 4 12 2 6 14 10 7 15 15 3 15 7 7 10 2 11 10 17 9 16 13 10
3 8 3 17 2 9 9 19 1 15 5 13 5 9 1 8 3 3 2 11 8 9 1 12 7
4 10 10 15 0 11 2 6 4 19 1 14 7 6 2 10 0 6 8 10 1 10 0 7 1
5 14 7 8 0 6 6 8 2 13 1 9 0 5 5 16 0 5 8 9 1 11 0 8 1
6 7 1 4 0 10 1 4 2 5 0 6 1 8 2 8 0 6 6 6 3 7 0 8 0
7 4 5 4 1 13 2 2 1 1 0 3 1 4 2 8 0 5 3 11 1 5 0 2 0
8 6 1 5 0 6 0 1 0 0 0 3 0 5 3 4 0 7 2 4 2 3 0 4 0
9 1 1 3 0 3 1 1 0 0 0 1 0 6 0 1 0 3 1 2 1 2 0 3 0
10 2 0 2 0 6 1 2 0 1 0 1 0 2 0 0 0 3 1 0 0 1 0 1 0
11 1 1 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 6 0 3 0 0 0 3 0
12 2 0 3 0 3 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0
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II. Ser   Pro   Thr   Ala
Ser Pro Thr Ala
critère s79-tct s42-tct s79-tca s42-tca s79-tcg s42-tcg s79-cct s42-cct s79-cca s42-cca s79-ccg s42-ccg s79-act s42-act s79-aca s42-aca s79-acg s42-acg s79-gct s42-gct s79-gca s42-gca s79-gcg s42-gcg
0 2 0 0 0 0 0 0 4 0 1 0 21 1 0 0 0 2 1 0 0 1 0 0 16
1 7 20 4 24 13 20 24 21 8 9 37 10 4 14 3 18 7 24 3 20 6 18 4 10
2 6 5 9 10 7 11 16 1 10 9 18 8 3 11 8 12 11 14 6 7 4 15 13 11
3 16 7 12 8 21 11 7 1 19 8 8 2 8 4 11 12 12 3 4 4 1 5 15 4
4 14 6 10 0 16 0 10 7 7 3 5 1 3 7 9 0 15 0 3 1 6 1 18 0
5 12 1 15 0 8 0 8 1 6 3 5 0 5 3 11 0 12 0 2 0 10 2 9 1
6 5 2 8 0 6 0 2 6 6 2 2 0 12 1 12 0 2 0 3 0 8 1 5 0
7 2 1 6 0 3 0 2 0 5 3 0 0 14 2 6 0 8 0 3 3 9 0 2 0
8 2 0 2 0 0 0 1 0 3 2 0 0 5 0 6 0 1 0 5 1 4 0 2 0
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III. Tyr   His   Gln   Asn   Lys   Asp   Glu
Tyr Stp His Gln Asn Lys Asp Glu
critère s79-tac s42-tac s79-taa s42-taa s79-tag s42-tag s79-cac s42-cac s79-caa s42-caa s79-cag s42-cag s79-aac s42-aac s79-aaa s42-aaa s79-aag s42-aag s79-gac s42-gac s79-gaa s42-gaa s79-gag s42-gag
0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0
1 1 6 17 19 6 10 3 22 7 11 4 9 2 14 4 18 4 10 7 19
2 3 7 9 7 8 16 4 8 5 12 7 15 8 8 4 8 4 18 8 6
3 0 7 12 4 13 10 10 3 3 5 3 11 3 5 10 4 6 7 11 3
4 1 10 11 3 6 3 5 4 7 4 3 3 3 4 11 1 11 1 8 1
5 3 4 8 5 5 3 10 1 9 4 7 0 6 3 6 2 6 5 5 2
6 2 3 2 2 4 0 10 2 4 3 7 2 3 1 7 4 6 1 3 1
7 3 3 2 2 7 0 9 0 5 0 6 1 9 2 6 1 6 0 6 1
8 5 0 5 0 8 0 7 0 3 1 5 0 1 0 4 2 2 0 3 1
9 7 0 3 0 1 0 0 0 5 1 2 0 6 3 3 0 8 0 4 3
10 7 1 1 0 2 0 5 1 2 0 1 0 3 0 3 1 3 0 2 1
11 7 1 0 0 2 0 1 0 2 0 4 0 5 0 2 0 2 0 1 1
12 2 0 1 0 3 0 0 0 1 0 0 0 2 0 4 0 2 0 0 2
13 6 0 1 0 2 0 0 0 4 1 5 0 0 0 2 0 3 0 0 0
14 5 0 1 0 1 0 4 0 3 0 3 0 2 0 3 0 0 0 4 0
15 2 0 0 0 2 0 0 1 1 0 2 0 1 0 1 0 2 0 1 0
16 2 0 1 0 0 0 3 0 1 0 0 0 2 0 1 0 0 0 1 1
17 3 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0
18 2 0 1 0 1 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0
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60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
IV. Cys   Sec   Arg   Ser   Gly
Cys SeC Trp Arg Ser Arg Gly
critère s79-tgc s42-tgc s79-tga s42-tga s79-tgg s42-tgg s79-cgt s42-cgt s79-cga s42-cga s79-cgg s42-cgg s79-agc s42-agc s79-aga s42-aga s79-agg s42-agg s79-ggc s42-ggc s79-gga s42-gga s79-ggg s42-ggg
0 1 2 16 2 1 2 1 0 0 20 8 4 1 1 0 2 1 1 1 0 0 0 4 3
1 3 15 32 12 5 12 5 12 6 9 8 27 1 10 2 18 4 27 5 24 4 14 12 25
2 2 14 12 9 5 9 11 17 8 6 19 10 7 9 1 14 6 7 10 7 18 14 12 10
3 5 6 6 8 9 8 18 4 11 2 23 1 12 10 11 6 8 5 9 2 11 8 11 2
4 4 4 6 6 10 6 16 2 17 1 4 0 10 2 6 1 18 2 5 0 11 2 5 0
5 5 1 1 2 9 2 12 2 12 0 4 0 9 4 9 1 13 0 12 2 6 2 13 0
6 3 0 0 1 7 1 3 3 5 1 6 0 13 4 24 0 7 0 9 1 5 1 3 1
7 1 0 0 1 11 1 3 1 6 2 1 0 7 2 2 0 5 0 3 0 4 0 2 1
8 1 0 0 1 1 1 2 0 2 0 0 0 4 0 1 0 1 0 2 1 1 0 1 0
9 3 0 0 0 4 0 1 0 1 0 0 0 2 0 5 0 1 0 7 1 2 0 1 0
10 5 0 0 0 3 0 3 0 1 0 0 0 2 0 2 0 1 0 3 0 0 1 0 0
11 3 0 0 0 1 0 0 1 1 1 2 0 1 0 0 0 0 0 1 1 2 0 2 0
12 3 0 0 0 2 0 1 0 1 0 1 0 2 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 0
13 2 0 0 0 2 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0
14 5 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1 2 0 3 0
15 4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0
16 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
17 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
18 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
19 6 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0
20 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
21 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0
22 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
23 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
24 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
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Tableaux pour les diagrammes des doublons, E79-C42

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Tableaux pour les diagrammes des doublons E79-C42.
I. Phe   Leu   Ile   Met   Val
Phe Leu Leu Ile Met Val
critère d79-ttc d42-ttc d79-tta d42-tta d79-ttg d42-ttg d79-ctt d42-ctt d79-cta d42-cta d79-ctg d42-ctg d79-att d42-att d79-ata d42-ata d79-atg d42-atg d79-gtt d42-gtt d79-gta d42-gta d79-gtg d42-gtg
0 2 8 46 24 54 25 7 24 49 37 4 36 1 10 55 40 1 9 4 6 31 36 5 30
1 3 7 17 3 10 3 3 4 10 4 9 3 2 1 5 2 0 6 7 2 20 6 3 5
2 4 8 7 7 2 2 10 5 6 0 18 2 3 2 5 0 3 6 8 3 16 0 10 5
3 3 5 3 2 2 5 16 3 2 1 13 0 2 2 4 0 1 5 10 3 3 0 12 2
4 14 6 3 0 2 3 13 0 3 0 5 0 6 2 1 0 2 4 12 3 2 0 9 0
5 12 4 1 1 1 1 11 2 2 0 8 0 12 2 2 0 4 5 7 2 3 0 6 0
6 7 2 0 1 3 1 4 1 4 0 5 1 12 5 2 0 6 0 4 3 0 0 8 0
7 2 0 0 0 0 1 1 1 1 0 5 0 7 2 1 0 10 2 5 2 1 0 9 0
8 5 1 0 2 0 0 0 0 0 0 5 0 5 5 1 0 11 3 4 2 0 0 5 0
9 4 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 3 4 0 0 5 1 2 3 0 0 3 0
10 3 0 0 1 1 0 0 0 0 0 2 0 4 2 0 0 3 0 1 5 0 0 1 0
11 3 0 1 1 0 0 3 1 0 0 0 0 0 1 0 0 5 1 4 3 1 0 1 0
12 2 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 2 0 1 1 0 0 1 0
13 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 3 1 1 0 1 0 1 1 0 0 1 0
14 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 5 1 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0
15 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 2 1 0 0 0 0
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17 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0
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21 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0
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II. Ser   Pro   Thr   Ala
Ser Pro Thr Ala
critère d79-tct d42-tct d79-tca d42-tca d79-tcg d42-tcg d79-cct d42-cct d79-cca d42-cca d79-ccg d42-ccg d79-act d42-act d79-aca d42-aca d79-acg d42-acg d79-gct d42-gct d79-gca d42-gca d79-gcg d42-gcg
0 6 6 44 26 44 37 2 27 6 22 10 42 7 7 17 25 50 38 1 8 21 19 23 35
1 3 3 12 11 16 5 2 8 10 6 13 0 10 2 27 13 5 3 3 2 15 8 27 4
2 6 2 4 2 2 0 5 0 14 6 28 0 20 3 8 3 8 1 6 3 10 3 9 2
3 5 5 3 3 6 0 3 1 12 3 16 0 9 3 6 1 5 0 9 0 9 8 4 1
4 7 3 4 0 5 0 6 3 10 1 4 0 8 2 5 0 4 0 11 3 2 2 4 0
5 14 5 2 0 1 0 12 1 4 2 2 0 0 4 4 0 1 0 6 4 1 0 1 0
6 13 7 4 0 0 0 11 0 6 1 0 0 4 6 2 0 1 0 1 5 3 2 2 0
7 5 2 2 0 1 0 9 0 2 0 2 0 8 4 1 0 1 0 7 5 5 0 1 0
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24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
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47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
48 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
III. Tyr   His   Gln   Asn   Lys   Asp   Glu
Tyr Stp His Gln Asn Lys Asp Glu
critère d79-tac d42-tac d79-taa d42-taa d79-tag d42-tag d79-cac d42-cac d79-caa d42-caa d79-cag d42-cag d79-aac d42-aac d79-aaa d42-aaa d79-aag d42-aag d79-gac d42-gac d79-gaa d42-gaa d79-gag d42-gag
0 34 12 4 12 14 20 3 26 1 9 3 21 2 8 1 7 6 14 3 15
1 14 8 1 3 16 2 3 7 1 3 2 7 3 1 2 1 5 7 3 8
2 9 8 4 4 19 4 8 1 3 1 5 7 2 4 3 3 11 1 4 3
3 8 3 3 9 10 4 11 3 1 3 10 2 4 1 3 2 10 5 11 2
4 4 5 10 5 2 1 19 2 3 6 15 1 8 0 5 2 6 2 5 1
5 0 1 6 3 1 4 9 0 7 5 10 3 6 1 7 5 9 0 7 2
6 0 3 7 3 1 2 6 3 4 3 7 1 5 4 10 1 4 1 8 1
7 3 1 9 3 1 2 5 0 6 4 5 0 6 5 6 4 4 4 5 1
8 0 1 9 0 1 2 8 0 10 3 4 0 5 5 3 3 3 3 6 4
9 0 0 5 0 1 1 0 0 11 3 2 0 2 0 5 3 2 0 2 1
10 1 0 5 0 4 0 1 0 10 1 2 0 6 2 2 3 3 0 2 1
11 0 0 1 0 1 0 1 0 3 0 1 0 3 3 3 0 1 2 1 1
12 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3 1 5 2 3 2 2 2
13 1 0 1 0 1 0 1 0 0 0 2 0 4 6 1 4 2 0 3 0
14 0 0 3 0 0 0 0 0 2 0 2 0 2 0 3 1 1 1 3 0
15 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 2 0 5 0 1 0 1 0 0 0
16 0 0 2 0 1 0 0 0 3 0 0 0 1 0 1 1 1 0 2 0
17 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 2 0 0 0 1 0 0 0 2 0
18 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0
19 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0
20 1 0 0 0 1 0 0 0 2 0 1 0 2 1 3 0 0 0 1 0
21 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0
22 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0
23 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
24 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0
28 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0
29 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0
30 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 2 0 1 0 1 0 0 0
31 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0
32 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0
33 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0
37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
40 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
47 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
59 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
IV. Cys   Sec   Arg   Ser   Gly
Cys SeC Trp Arg Ser Arg Gly
critère d79-tgc d42-tgc d79-tga d42-tga d79-tgg d42-tgg d79-cgt d42-cgt d79-cga d42-cga d79-cgg d42-cgg d79-agc d42-agc d79-aga d42-aga d79-agg d42-agg d79-ggc d42-ggc d79-gga d42-gga d79-ggg d42-ggg
0 3 14 76 42 7 18 5 14 29 33 40 37 4 22 51 18 20 38 1 7 3 17 12 37
1 0 11 1 0 12 7 5 3 16 4 16 5 5 11 9 3 30 3 0 2 3 12 21 5
2 5 8 0 0 14 4 9 6 12 2 14 0 12 7 5 2 10 1 1 2 14 8 17 0
3 2 6 2 0 13 7 13 8 5 0 5 0 12 2 2 1 0 0 2 2 6 2 9 0
4 5 1 0 0 2 2 16 3 6 2 3 0 13 0 1 2 4 0 2 2 5 3 8 0
5 11 1 0 0 5 4 8 0 2 0 0 0 4 0 2 5 4 0 7 0 13 0 1 0
6 6 0 0 0 3 0 1 1 3 0 0 0 9 0 1 2 2 0 7 1 10 0 3 0
7 2 1 0 0 4 0 1 1 1 0 0 0 7 0 1 2 4 0 10 3 5 0 1 0
8 6 0 0 0 1 0 2 3 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 7 0 1 0 1 0
9 7 0 0 0 3 0 2 1 1 0 0 0 1 0 2 3 0 0 7 2 1 0 1 0
10 5 0 0 0 3 0 1 1 0 0 0 0 3 0 2 3 1 0 5 6 3 0 0 0
11 2 0 0 0 2 0 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 1 0 1 0
12 2 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 2 3 1 0 0 0
13 5 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 3 1 1 0 0 0
14 2 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 3 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0
15 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0
16 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 1 1 0 0 0
17 1 0 0 0 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0
18 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 1 0 0 0
19 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2 0 0 0
20 1 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
21 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0
23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
24 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
25 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 1 0 0 0
26 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0
27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
28 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
29 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0
30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
31 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
32 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
37 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
38 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
46 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
47 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
55 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
58 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Les indices de multiplicité dans les 3 domaines

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Multiplicité Tableau I

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  • Lien au tableur:Multiplicité Tableau I.
  • Légende:
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ !!! Pour les E79 et les C42 voir La sensibilité relative par rapport aux bactéries. Ainsi l'indice de multiplicité de E79 est calculé comme ( effectif*100/(79*8.91) ) et celui de C42 comme ( effectif*100/(42*4.17) ). On peut repérer ainsi les codons qui sont semblables à ceux des procaryotes et ceux qui ont une duplication excessive. Tableaux I13 I14 I132 I142
    _ Les indices des procaryotes sont calculés comme il se doit, effectif*100/(total procaryote). Tableaux I11 I12 I112 I122
I1. Les indices de multiplicité dans les 3 domaines
I11. bacilli   Nombres   672
g1 t1
ttt 4 tct 2 tat 1 tgt 1
att 0 act 71 aat 2 agt 0
ctt 290 cct 4 cat 1 cgc 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 1642 tcc 723 tac 1 440 tgc 710
atc 1865 acc 559 aac 2 286 agc 960
ctc 451 ccc 38 cac 1 123 cgt 1741
gtc 316 gcc 178 gac 2 321 ggc 1874
tta 1252 tca 1 459 taa 1 tga 6
ata 13 aca 1 771 aaa 2 045 aga 726
cta 1204 cca 1 463 caa 1 803 cga 36
gta 2397 gca 2 677 gaa 2 823 gga 1669
ttg 752 tcg 309 tag 1 tgg 824
atg 3527 acg 290 aag 447 agg 446
ctg 370 ccg 115 cag 105 cgg 662
gtg 5 gcg 53 gag 98 ggg 112
I12. Bactéries   Nombres   4032
g1 t1
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
att 5 act 103 aat 5 agt 1
ctt 369 cct 10 cat 4 cgc 333
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
ttc 6105 tcc 4 520 tac 6 420 tgc 4473
atc 9203 acc 4 513 aac 8 764 agc 4422
ctc 3849 ccc 2 742 cac 4 715 cgt 7478
gtc 4430 gcc 4 166 gac 9 023 ggc 9273
tta 4749 tca 5 299 taa 12 tga 1315
ata 55 aca 5 878 aaa 9 105 aga 4804
cta 4940 cca 5 453 caa 6 388 cga 887
gta 8859 gca 10 185 gaa 9 679 gga 5515
ttg 3999 tcg 2622 tag 18 tgg 4366
atg 18026 acg 2760 aag 2427 agg 3452
ctg 5186 ccg 2183 cag 2389 cgg 3355
gtg 1313 gcg 1224 gag 1388 ggg 2266
I13. E79t-tg   Nombres  db + diff   79  !!!
g1 t1
ttt 51 tct 920 tat 57 tgt 68
atc 71 act 1021 aat 75 agt 80
ctt 857 cct 908 cat 36 cgt 884
gtt 1022 gct 1733 gat 76 ggc 1411
ttc 1195 tcc 86 tac 1310 tgc 1845
att 1238 acc 68 aac 1592 agc 910
ctc 11 ccc 29 cac 1028 cgc 24
gtc 67 gcc 69 gac 1571 ggt 80
tta 592 tca 579 taa 75 tga 140
ata 564 aca 716 aaa 1413 aga 682
cta 486 cca 995 caa 942 cga 609
gta 635 gca 1100 gaa 1176 gga 1041
ttg 657 tcg 438 tag 81 tgg 936
atg 2188 acg 480 aag 1627 agg 794
ctg 711 ccg 405 cag 1095 cgg 369
gtg 1002 gcg 611 gag 1401 ggg 582
I14. C42-tg   Nombres   db + diff   42   !!!
g1 t1
ttt 2 tct 310 tat 2 tgt 1
atc 6 act 332 aat 2 agt 0
ctt 170 cct 155 cat 0 cgt 238
gtt 401 gct 389 gat 2 ggc 487
ttc 296 tcc 1 tac 252 tgc 143
att 378 acc 0 aac 297 agc 155
ctc 18 ccc 1 cac 220 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 409 ggt 2
tta 132 tca 92 taa 1 tga 12
ata 59 aca 100 aaa 155 aga 207
cta 75 cca 205 caa 196 cga 92
gta 64 gca 141 gaa 252 gga 146
ttg 190 tcg 80 tag 1 tgg 173
atg 324 acg 66 aag 426 agg 69
ctg 89 ccg 36 cag 149 cgg 55
gtg 94 gcg 60 gag 296 ggg 69
I112. bacilli   Indices   672
g1 t1
ttt 0.6 tct 0.3 tat 0.1 tgt 0.1
att 0 act 11 aat 0.3 agt 0
ctt 43 cct 0.6 cat 0.1 cgc 0
gtt 0.1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 244 tcc 108 tac 214 tgc 106
atc 278 acc 83 aac 340 agc 143
ctc 67 ccc 5.7 cac 167 cgt 259
gtc 47 gcc 26 gac 345 ggc 279
tta 186 tca 217 taa 0.1 tga 0.9
ata 1.9 aca 264 aaa 304 aga 108
cta 179 cca 218 caa 268 cga 5.4
gta 357 gca 398 gaa 420 gga 248
ttg 112 tcg 46 tag 0.1 tgg 123
atg 525 acg 43 aag 67 agg 66
ctg 55 ccg 17 cag 16 cgg 99
gtg 0.7 gcg 7.9 gag 15 ggg 17
I122. Bactéries   Indices   4032
g1 t1
ttt 0.2 tct 0.1 tat 0.1 tgt 0.1
att 0.1 act 2.6 aat 0.1 agt 0.0
ctt 9.2 cct 0.2 cat 0.1 cgc 8.3
gtt 0.2 gct 0.0 gat 0 ggt 0.0
ttc 151 tcc 112 tac 159 tgc 111
atc 228 acc 112 aac 217 agc 110
ctc 95 ccc 68 cac 117 cgt 185
gtc 110 gcc 103 gac 224 ggc 230
tta 118 tca 131 taa 0.3 tga 33
ata 1.4 aca 146 aaa 226 aga 119
cta 123 cca 135 caa 158 cga 22
gta 220 gca 253 gaa 240 gga 137
ttg 99 tcg 65 tag 0.4 tgg 108
atg 447 acg 68 aag 60 agg 86
ctg 129 ccg 54 cag 59 cgg 83
gtg 33 gcg 30 gag 34 ggg 56
I132. E79t-tg Indices   db + diff   79   !!!
g1 t1
ttt 7.2 tct 131 tat 8.1 tgt 10
atc 10 act 145 aat 11 agt 11
ctt 122 cct 129 cat 5.1 cgt 126
gtt 145 gct 246 gat 11 ggc 200
ttc 170 tcc 12 tac 186 tgc 262
att 176 acc 10 aac 226 agc 129
ctc 1.6 ccc 4.1 cac 146 cgc 3.4
gtc 10 gcc 10 gac 223 ggt 11
tta 84 tca 82 taa 11 tga 20
ata 80 aca 102 aaa 201 aga 97
cta 69 cca 141 caa 134 cga 87
gta 90 gca 156 gaa 167 gga 148
ttg 93 tcg 62 tag 12 tgg 133
atg 311 acg 68 aag 231 agg 113
ctg 101 ccg 58 cag 156 cgg 52
gtg 142 gcg 87 gag 199 ggg 83
I142. C42-tg   Indices   db + diff   42   !!!
g1 t1
ttt 1.1 tct 177 tat 1.1 tgt 0.6
atc 3.4 act 190 aat 1.1 agt 0
ctt 97 cct 89 cat 0 cgt 136
gtt 229 gct 222 gat 1.1 ggc 278
ttc 169 tcc 0.6 tac 144 tgc 82
att 216 acc 0 aac 170 agc 89
ctc 10 ccc 0.6 cac 126 cgc 0
gtc 0.6 gcc 0 gac 234 ggt 1.1
tta 75 tca 53 taa 0.6 tga 6.9
ata 34 aca 57 aaa 89 aga 118
cta 43 cca 117 caa 112 cga 53
gta 37 gca 81 gaa 144 gga 83
ttg 108 tcg 46 tag 0.6 tgg 99
atg 185 acg 38 aag 243 agg 39
ctg 51 ccg 21 cag 85 cgg 31
gtg 54 gcg 34 gag 169 ggg 39

Multiplicité Tableau II

modifier
  • Lien au tableur:Multiplicité Tableau II.
  • Légende:
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
  • Notes: voir tableur et tableau suivant pour les cyano du 25.11.20. Il y a une modification importante en effectif de gca.
I2. Les indices de multiplicité dans les 3 domaines
I21. Archées   Nombres   184
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 215 tcc 190 tac 190 tgc 299
atc 212 acc 189 aac 214 agc 187
ctc 214 ccc 171 cac 185 cgc 187
gtc 212 gcc 184 gac 218 ggc 243
tta 191 tca 184 taa 0 tga 18
ata 2 aca 198 aaa 197 aga 186
cta 185 cca 184 caa 196 cga 185
gta 186 gca 256 gaa 230 gga 189
ttg 163 tcg 152 tag 1 tgg 184
atg 589 acg 169 aag 166 agg 165
ctg 160 ccg 151 cag 165 cgg 139
gtg 170 gcg 159 gag 160 ggg 155
I22. methanococci   Nombres   16
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 16 tcc 16 tac 16 tgc 16
atc 16 acc 16 aac 16 agc 16
ctc 16 ccc 15 cac 16 cgc 16
gtc 16 gcc 16 gac 25 ggc 16
tta 16 tca 16 taa 0 tga 16
ata 0 aca 16 aaa 25 aga 16
cta 16 cca 16 caa 16 cga 17
gta 17 gca 22 gaa 32 gga 17
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 16
atg 56 acg 1 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 7 gcg 0 gag 0 ggg 0
I23. alpha bactéries   Nombres   354
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 2 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 1 cat 0 cgc 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 362 tcc 343 tac 354 tgc 358
atc 827 acc 360 aac 379 agc 345
ctc 389 ccc 277 cac 348 cgt 368
gtc 356 gcc 332 gac 511 ggc 448
tta 321 tca 345 taa 1 tga 32
ata 4 aca 353 aaa 354 aga 345
cta 349 cca 354 caa 377 cga 30
gta 358 gca 814 gaa 471 gga 351
ttg 298 tcg 268 tag 0 tgg 347
atg 1536 acg 305 aag 263 agg 250
ctg 307 ccg 239 cag 221 cgg 358
gtg 196 gcg 196 gag 178 ggg 234
I24. cyanobactéries   Nombres   83
g1 t1
ttt 2 tct 0 tat 0 tgt 0
att 1 act 1 aat 3 agt 0
ctt 14 cct 0 cat 2 cgc 1
gtt 0 gct 1 gat 0 ggt 0
ttc 99 tcc 85 tac 101 tgc 94
atc 161 acc 88 aac 97 agc 94
ctc 77 ccc 83 cac 91 cgt 91
gtc 84 gcc 85 gac 100 ggc 92
tta 69 tca 93 taa 2 tga 0
ata 2 aca 96 aaa 97 aga 93
cta 97 cca 97 caa 94 cga 2
gta 90 gca 228 gaa 97 gga 91
ttg 91 tcg 87 tag 2 tgg 91
atg 264 acg 84 aag 31 agg 64
ctg 76 ccg 69 cag 11 cgg 83
gtg 35 gcg 68 gag 7 ggg 63
I212. Archées   Indices   184
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0.5 cct 0 cat 0 cgt 1.1
gtt 0.5 gct 0 gat 0 ggt 0.5
ttc 117 tcc 103 tac 103 tgc 163
atc 115 acc 103 aac 116 agc 102
ctc 116 ccc 93 cac 101 cgc 102
gtc 115 gcc 100 gac 118 ggc 132
tta 104 tca 100 taa 0 tga 10
ata 1.1 aca 108 aaa 107 aga 101
cta 101 cca 100 caa 107 cga 101
gta 101 gca 139 gaa 125 gga 103
ttg 89 tcg 83 tag 0.5 tgg 100
atg 320 acg 92 aag 90 agg 90
ctg 87 ccg 82 cag 90 cgg 76
gtg 92 gcg 86 gag 87 ggg 84
I222. methanococci   Indices   16
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 100 tcc 100 tac 100 tgc 100
atc 100 acc 100 aac 100 agc 100
ctc 100 ccc 94 cac 100 cgc 100
gtc 100 gcc 100 gac 156 ggc 100
tta 100 tca 100 taa 0 tga 100
ata 0 aca 100 aaa 156 aga 100
cta 100 cca 100 caa 100 cga 106
gta 106 gca 138 gaa 200 gga 106
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 100
atg 350 acg 6.3 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 44 gcg 0 gag 0 ggg 0
I232. alpha bactéries   Indices   354
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0.6 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0.3 cct 0.3 cat 0 cgc 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 102 tcc 97 tac 100 tgc 101
atc 234 acc 102 aac 107 agc 97
ctc 110 ccc 78 cac 98 cgt 104
gtc 101 gcc 94 gac 144 ggc 127
tta 91 tca 97 taa 0.3 tga 9.0
ata 1.1 aca 100 aaa 100 aga 97
cta 99 cca 100 caa 106 cga 8.5
gta 101 gca 230 gaa 133 gga 99
ttg 84 tcg 76 tag 0 tgg 98
atg 434 acg 86 aag 74 agg 71
ctg 87 ccg 68 cag 62 cgg 101
gtg 55 gcg 55 gag 50 ggg 66
I242. cyanobactéries   Indices   83
g1 t1
ttt 2.4 tct 0 tat 0 tgt 0
att 1.2 act 1.2 aat 3.6 agt 0
ctt 17 cct 0 cat 2.4 cgc 1.2
gtt 0 gct 1.2 gat 0 ggt 0
ttc 119 tcc 102 tac 122 tgc 113
atc 194 acc 106 aac 117 agc 113
ctc 93 ccc 100 cac 110 cgt 110
gtc 101 gcc 102 gac 120 ggc 111
tta 83 tca 112 taa 2.4 tga 0
ata 2.4 aca 116 aaa 117 aga 112
cta 117 cca 117 caa 113 cga 2.4
gta 108 gca 275 gaa 117 gga 110
ttg 110 tcg 105 tag 2.4 tgg 110
atg 318 acg 101 aag 37 agg 77
ctg 92 ccg 83 cag 13 cgg 100
gtg 42 gcg 82 gag 8.4 ggg 76

Multiplicité Tableau III

modifier
  • Lien au tableur:Multiplicité Tableau III.
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
  • Note: J'ai ajouté ces tableaux pour les clusters de gènes RNAs. Prélèvement le 27.5.20. Les tRNas Met sont déclinés en Met atgj, fMet atgf, ile2 atgi.
clade		génomes	tRNA	atgf	atgi
actino		434	21937	587	450
%			5055	135	104
clostridia	174	11144	326	277
%			6405	187	159
gamma		1183	86713	3454	1540
%			7330	292	130
bacteroides	146	7096	188	153
%			4860	129	105
I3. Les indices de multiplicité dans les 3 domaines
I31. Actinobacteria   Nombres   434
g1 t1
ttt 2 tct 1 tat 1 tgt 1
att 0 act 3 aat 0 agt 1
ctt 4 cct 2 cat 4 cgc 6
gtt 1 gct 1 gat 4 ggt 1
ttc 460 tcc 435 tac 451 tgc 510
atc 453 acc 480 aac 546 agc 450
ctc 489 ccc 462 cac 436 cgt 570
gtc 628 gcc 561 gac 598 ggc 798
tta 434 tca 434 taa 0 tga 82
ata 5 aca 432 aaa 452 aga 446
cta 433 cca 432 caa 429 cga 6
gta 427 gca 518 gaa 437 gga 470
ttg 455 tcg 543 tag 4 tgg 471
atgj 444 acg 453 aag 549 agg 450
ctg 436 ccg 428 cag 476 cgg 457
gtg 496 gcg 372 gag 619 ggg 451
I32. clostridia   Nombres   174
g1 t1
ttt 7 tct 2 tat 0 tgt 1
att 2 act 0 aat 0 agt 1
ctt 27 cct 4 cat 0 cgc 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 358 tcc 179 tac 326 tgc 263
atc 264 acc 178 aac 431 agc 232
ctc 141 ccc 108 cac 243 cgt 202
gtc 92 gcc 106 gac 421 ggc 383
tta 300 tca 247 taa 2 tga 95
ata 5 aca 380 aaa 472 aga 303
cta 257 cca 283 caa 272 cga 83
gta 498 gca 381 gaa 415 gga 422
ttg 188 tcg 144 tag 4 tgg 209
atgj 230 acg 134 aag 208 agg 167
ctg 133 ccg 111 cag 134 cgg 105
gtg 60 gcg 61 gag 144 ggg 122
I33. gamma bactéries   Nombres   1183
g1 t1
ttt 18 tct 20 tat 15 tgt 2
att 1 act 6 aat 2 agt 0
ctt 11 cct 1 cat 3 cgc 0
gtt 6 gct 0 gat 0 ggt 6
ttc 2075 tcc 1795 tac 2687 tgc 1345
atc 3369 acc 1829 aac 3679 agc 1256
ctc 1204 ccc 1012 cac 1362 cgt 3520
gtc 2046 gcc 1973 gac 3421 ggc 4151
tta 1422 tca 1662 taa 12 tga 762
ata 10 aca 1666 aaa 4457 aga 1784
cta 1516 cca 1671 caa 2239 cga 156
gta 3798 gca 3342 gaa 3829 gga 1347
ttg 1214 tcg 984 tag 32 tgg 1340
atgj 2015 acg 845 aag 282 agg 1298
ctg 2977 ccg 729 cag 1208 cgg 1182
gtg 98 gcg 82 gag 90 ggg 855
I34. bactéroidites   Nombres   146
g1 t1
ttt 2 tct 1 tat 1 tgt 1
att 1 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 2 cat 0 cgc 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 188 tcc 143 tac 222 tgc 174
atc 430 acc 149 aac 190 agc 161
ctc 144 ccc 84 cac 167 cgt 195
gtc 51 gcc 121 gac 252 ggc 221
tta 164 tca 182 taa 9 tga 3
ata 1 aca 235 aaa 271 aga 157
cta 159 cca 218 caa 165 cga 62
gta 269 gca 417 gaa 264 gga 206
ttg 147 tcg 31 tag 1 tgg 171
atgj 166 acg 47 aag 69 agg 99
ctg 72 ccg 44 cag 42 cgg 81
gtg 5 gcg 6 gag 37 ggg 50
I312. Actinobactéria   Indices   434
g1 t1
ttt 0,5 tct 0,2 tat 0,2 tgt 0,2
att 0 act 0,7 aat 0 agt 0,2
ctt 0,9 cct 0,5 cat 0,9 cgc 1,4
gtt 0,2 gct 0,2 gat 0,9 ggt 0,2
ttc 106 tcc 100 tac 104 tgc 118
atc 104 acc 111 aac 126 agc 104
ctc 113 ccc 106 cac 100 cgt 131
gtc 145 gcc 129 gac 138 ggc 184
tta 100 tca 100 taa 0 tga 19
ata 1,2 aca 100 aaa 104 aga 103
cta 100 cca 100 caa 99 cga 1,4
gta 98 gca 119 gaa 101 gga 108
ttg 105 tcg 125 tag 0,9 tgg 109
atgj 102 acg 104 aag 126 agg 104
ctg 100 ccg 99 cag 110 cgg 105
gtg 114 gcg 86 gag 143 ggg 104
I322. clostridia   Indices   174
g1 t1
ttt 4,0 tct 1,1 tat 0 tgt 0,6
att 1,1 act 0 aat 0 agt 0,6
ctt 16 cct 2,3 cat 0 cgc 0
gtt 0,6 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 206 tcc 103 tac 187 tgc 151
atc 152 acc 102 aac 248 agc 133
ctc 81 ccc 62 cac 140 cgt 116
gtc 53 gcc 61 gac 242 ggc 220
tta 172 tca 142 taa 1,1 tga 55
ata 2,9 aca 218 aaa 271 aga 174
cta 148 cca 163 caa 156 cga 48
gta 286 gca 219 gaa 239 gga 243
ttg 108 tcg 83 tag 2,3 tgg 120
atgj 132 acg 77 aag 120 agg 96
ctg 76 ccg 64 cag 77 cgg 60
gtg 34 gcg 35 gag 83 ggg 70
I332. gamma bactéries   Indices   1183
g1 t1
ttt 1,5 tct 1,7 tat 1,3 tgt 0,2
att 0,1 act 0,5 aat 0,2 agt 0
ctt 0,9 cct 0,1 cat 0,3 cgc 0
gtt 0,5 gct 0 gat 0 ggt 0,5
ttc 175 tcc 152 tac 227 tgc 114
atc 285 acc 155 aac 311 agc 106
ctc 102 ccc 86 cac 115 cgt 298
gtc 173 gcc 167 gac 289 ggc 351
tta 120 tca 140 taa 1,0 tga 64
ata 0,8 aca 141 aaa 377 aga 151
cta 128 cca 141 caa 189 cga 13
gta 321 gca 283 gaa 324 gga 114
ttg 103 tcg 83 tag 2,7 tgg 113
atgj 170 acg 71 aag 24 agg 110
ctg 252 ccg 62 cag 102 cgg 100
gtg 8,3 gcg 6,9 gag 7,6 ggg 72
I342. bactéroidites   Indices   146
g1 t1
ttt 1,4 tct 0,7 tat 0,7 tgt 0,7
att 0,7 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0,7 cct 1,4 cat 0 cgc 1,4
gtt 0,7 gct 0 gat 0 ggt 0,7
ttc 129 tcc 98 tac 152 tgc 119
atc 295 acc 102 aac 130 agc 110
ctc 99 ccc 58 cac 114 cgt 134
gtc 35 gcc 83 gac 173 ggc 151
tta 112 tca 125 taa 6,2 tga 2,1
ata 0,7 aca 161 aaa 186 aga 108
cta 109 cca 149 caa 113 cga 42
gta 184 gca 286 gaa 181 gga 141
ttg 101 tcg 21 tag 0,7 tgg 117
atgj 114 acg 32 aag 47 agg 68
ctg 49 ccg 30 cag 29 cgg 55
gtg 3,4 gcg 4,1 gag 25 ggg 34

Multiplicité Tableau IV

modifier
  • Lien au tableur:Multiplicité Tableau IV.
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
  • Note: J'ai ajouté ces tableaux pour les clusters de gènes RNAs. Prélèvement le 30.5.20 pour alpha et bacilli, et 16.1.21 pour les euryarchaeota. Les tRNas Met sont déclinés en Met atgj, fMet atgf, ile2 atgi. Pour les archées la dénomination de atgf est iMet (pour initiation).
    - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
clade		génomes	tRNA	atgf	atgi
bacilli		618	49366	1762	901
%			7988	285	146
alpha		347	16935	820	368
%			4880	236	106
I4. Les indices de multiplicité dans les 3 domaines
I41. Bacilli   Effectifs   618
g1 t1
ttt 1 tct 2 tat 3 tgt 0
att 1 act 71 aat 3 agt 0
ctt 292 cct 4 cat 1 cgc 1
gtt 1 gct 3 gat 0 ggt 0
ttc 1683 tcc 739 tac 1475 tgc 726
atc 1915 acc 567 aac 2337 agc 980
ctc 464 ccc 38 cac 1152 cgt 1779
gtc 328 gcc 185 gac 2384 ggc 1913
tta 1301 tca 1506 taa 7 tga 11
ata 13 aca 1818 aaa 2100 aga 736
cta 1227 cca 1501 caa 1846 cga 39
gta 2451 gca 2740 gaa 2895 gga 1884
ttg 770 tcg 292 tag 5 tgg 847
atgj 941 acg 293 aag 452 agg 446
ctg 372 ccg 115 cag 105 cgg 672
gtg 5 gcg 53 gag 98 ggg 114
I42. Alpha   Effectifs   347
g1 t1
ttt 2 tct 0 tat 3 tgt 1
att 0 act 1 aat 0 agt 0
ctt 4 cct 1 cat 0 cgc 1
gtt 0 gct 0 gat 2 ggt 0
ttc 378 tcc 351 tac 361 tgc 363
atc 838 acc 375 aac 384 agc 349
ctc 401 ccc 283 cac 353 cgt 387
gtc 363 gcc 337 gac 519 ggc 460
tta 327 tca 353 taa 4 tga 36
ata 6 aca 370 aaa 367 aga 356
cta 356 cca 360 caa 391 cga 32
gta 366 gca 829 gaa 489 gga 360
ttg 317 tcg 309 tag 1 tgg 355
atgj 403 acg 315 aag 278 agg 261
ctg 312 ccg 245 cag 225 cgg 370
gtg 203 gcg 203 gag 187 ggg 244
euryarchaeota. effectifs du 16.1.21 143 génomes
g1 t1 143 6935 0  0
atgi 142 tct tat atgf 181
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgc 1
gtt gct gat ggt 1
ttc 175 tcc 151 tac 149 tgc 259
atc 173 acc 149 aac 174 agc 149
ctc 174 ccc 133 cac 144 cgt 146
gtc 173 gcc 145 gac 177 ggc 202
tta 153 tca 145 taa tga 18
ata aca 157 aaa 158 aga 147
cta 147 cca 146 caa 155 cga 147
gta 148 gca 216 gaa 189 gga 148
ttg 124 tcg 124 tag tgg 146
atgj 145 acg 129 aag 124 agg 126
ctg 122 ccg 112 cag 125 cgg 102
gtg 130 gcg 120 gag 120 ggg 113
I412. Bacilli   Indices   618
g1 t1
ttt 0,2 tct 0,3 tat 0,5 tgt 0
att 0,2 act 11 aat 0,5 agt 0
ctt 47 cct 0,6 cat 0,2 cgc 0,2
gtt 0,2 gct 0,5 gat 0 ggt 0
ttc 272 tcc 120 tac 239 tgc 117
atc 310 acc 92 aac 378 agc 159
ctc 75 ccc 6,1 cac 186 cgt 288
gtc 53 gcc 30 gac 386 ggc 310
tta 211 tca 244 taa 1,1 tga 1,8
ata 2,1 aca 294 aaa 340 aga 119
cta 199 cca 243 caa 299 cga 6,3
gta 397 gca 443 gaa 468 gga 305
ttg 125 tcg 47 tag 0,8 tgg 137
atgj 152 acg 47 aag 73 agg 72
ctg 60 ccg 19 cag 17 cgg 109
gtg 0,8 gcg 8,6 gag 16 ggg 18
I422. Alpha   Indices   347
g1 t1
ttt 0,6 tct 0 tat 0,9 tgt 0,3
att 0 act 0,3 aat 0 agt 0
ctt 1,2 cct 0,3 cat 0 cgc 0,3
gtt 0 gct 0 gat 0,6 ggt 0
ttc 109 tcc 101 tac 104 tgc 105
atc 241 acc 108 aac 111 agc 101
ctc 116 ccc 82 cac 102 cgt 112
gtc 105 gcc 97 gac 150 ggc 133
tta 94 tca 102 taa 1,2 tga 10
ata 1,7 aca 107 aaa 106 aga 103
cta 103 cca 104 caa 113 cga 9,2
gta 105 gca 239 gaa 141 gga 104
ttg 91 tcg 89 tag 0,3 tgg 102
atgj 116 acg 91 aag 80 agg 75
ctg 90 ccg 71 cag 65 cgg 107
gtg 59 gcg 59 gag 54 ggg 70
euryarchaeota. indices du 16.1.21 143 génomes
g1 t1 143 6935 0  0
atgi 99 tct tat atgf 127
att act aat agt
ctt 0.7 cct cat cgc 0.7
gtt gct gat ggt 0.7
ttc 122 tcc 106 tac 104 tgc 181
atc 121 acc 104 aac 122 agc 104
ctc 122 ccc 93 cac 101 cgt 102
gtc 121 gcc 101 gac 124 ggc 141
tta 107 tca 101 taa tga 13
ata aca 110 aaa 110 aga 103
cta 103 cca 102 caa 108 cga 103
gta 103 gca 151 gaa 132 gga 103
ttg 87 tcg 87 tag tgg 102
atgj 101 acg 90 aag 87 agg 88
ctg 85 ccg 78 cag 87 cgg 71
gtg 91 gcg 84 gag 84 ggg 79

Multiplicité Tableau V

modifier
  • Lien au tableur:Multiplicité Tableau V.
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1 pour cyano et les nouvelles couleurs pour tener et spiro.
  • Les tRNas Met sont déclinés en Met atgj, fMet atgf, ile2 atgi.
  • Les tRNAs masqués, ttt tgt
    - cyano ttt effectif 3 et indice 3.6.
    - tener ttt effectif 1 et indice 0.9.
Cyanobacteria tenericutes spirochaete
Cyano1. Effectifs du 25.11.20. 84 génomes
g1 t1   
atgi 88 tct tat atgf 82
att 6 act 2 aat 3 agt
ctt 14 cct 2 cat 2 cgc 1
gtt gct 1 gat ggt
ttc 103 tcc 86 tac 99 tgc 95
atc 164 acc 89 aac 98 agc 96
ctc 79 ccc 85 cac 92 cgt 93
gtc 86 gcc 91 gac 100 ggc 91
tta 70 tca 96 taa 2 tga
ata 8 aca 96 aaa 97 aga 96
cta 99 cca 109 caa 96 cga 2
gta 93 gca 162 gaa 99 gga 93
ttg 100 tcg 95 tag 2 tgg 92
atgj 99 acg 86 aag 32 agg 65
ctg 77 ccg 71 cag 11 cgg 84
gtg 36 gcg 69 gag 7 ggg 64
tener1. Effectifs du 10.1.21 génomes 112
g1 t1   
atgi 97 tct tat atgf 107
att 1 act 22 aat agt
ctt 15 cct cat cgc 43
gtt gct gat ggt 1
ttc 116 tcc 45 tac 112 tgc 111
atc 115 acc 80 aac 116 agc 111
ctc 36 ccc cac 112 cgt 81
gtc 2 gcc 1 gac 114 ggc 63
tta 110 tca 112 taa tga 101
ata 10 aca 115 aaa 136 aga 115
cta 112 cca 111 caa 115 cga 42
gta 118 gca 116 gaa 117 gga 114
ttg 110 tcg 37 tag tgg 112
atgj 105 acg 28 aag 69 agg 25
ctg ccg cag cgg 3
gtg gcg gag ggg 1
spiro1. Effectifs du 11.1.21 génomes 73
g1 t1   
atgi 70 tct tat atgf 70
att act aat agt
ctt cct cat cgc 66
gtt gct gat ggt
ttc 91 tcc 73 tac 73 tgc 73
atc 73 acc 73 aac 73 agc 73
ctc 75 ccc 40 cac 73 cgt 9
gtc 40 gcc 43 gac 78 ggc 75
tta 73 tca 73 taa tga 12
ata 1 aca 73 aaa 73 aga 74
cta 73 cca 73 caa 73 cga 67
gta 74 gca 83 gaa 60 gga 73
ttg 73 tcg 30 tag tgg 73
atgj 71 acg 42 aag 57 agg 48
ctg 38 ccg 31 cag 31 cgg 34
gtg 25 gcg 30 gag 29 ggg 15
Cyano2. Indices
g1 t1
atgi 105 tct tat atgf 98
att 7.1 act 2.4 aat 3.6 agt
ctt 17 cct 2.4 cat 2.4 cgc 1.2
gtt gct 1.2 gat ggt
ttc 123 tcc 102 tac 118 tgc 113
atc 195 acc 106 aac 117 agc 114
ctc 94 ccc 101 cac 110 cgt 111
gtc 102 gcc 108 gac 119 ggc 108
tta 83 tca 114 taa 2.4 tga
ata 9.5 aca 114 aaa 115 aga 114
cta 118 cca 130 caa 114 cga 2.4
gta 111 gca 193 gaa 118 gga 111
ttg 119 tcg 113 tag 2.4 tgg 110
atgj 118 acg 102 aag 38 agg 77
ctg 92 ccg 85 cag 13 cgg 100
gtg 43 gcg 82 gag 8.3 ggg 76
tener2. indices
g1 t1   
atgi 87 tct tat atgf 96
att 1 act 20 aat agt
ctt 13 cct cat cgc 38
gtt gct gat ggt 1
ttc 104 tcc 40 tac 100 tgc 99
atc 103 acc 71 aac 104 agc 99
ctc 32 ccc cac 100 cgt 72
gtc 2 gcc 1 gac 102 ggc 56
tta 98 tca 100 taa tga 90
ata 9 aca 103 aaa 121 aga 103
cta 100 cca 99 caa 103 cga 38
gta 105 gca 104 gaa 104 gga 102
ttg 98 tcg 33 tag tgg 100
atgj 94 acg 25 aag 62 agg 22
ctg ccg cag cgg 3
gtg gcg gag ggg 1
spiro2. indices
g1 t1   
atgi 96 tct tat atgf 96
att act aat agt
ctt cct cat cgc 90
gtt gct gat ggt
ttc 125 tcc 100 tac 100 tgc 100
atc 100 acc 100 aac 100 agc 100
ctc 103 ccc 55 cac 100 cgt 12
gtc 55 gcc 59 gac 107 ggc 103
tta 100 tca 100 taa tga 16
ata 1 aca 100 aaa 100 aga 101
cta 100 cca 100 caa 100 cga 92
gta 101 gca 114 gaa 82 gga 100
ttg 100 tcg 41 tag tgg 100
atgj 97 acg 58 aag 78 agg 66
ctg 52 ccg 42 cag 42 cgg 47
gtg 34 gcg 41 gag 40 ggg 21

Multiplicité Tableau VI

modifier
beta delta epsilon
beta1. Effectifs du 11.1.21. 268 génomes
g1 t1   
atgi 264 tct 1 tat atgf 474
att 3 act 2 aat 1 agt 1
ctt 6 cct cat cgc 2
gtt 2 gct gat ggt
ttc 289 tcc 272 tac 288 tgc 380
atc 983 acc 273 aac 492 agc 271
ctc 383 ccc 267 cac 291 cgt 502
gtc 403 gcc 331 gac 660 ggc 599
tta 148 tca 266 taa tga 161
ata 1 aca 306 aaa 325 aga 306
cta 272 cca 366 caa 330 cga
gta 315 gca 1000 gaa 542 gga 272
ttg 274 tcg 297 tag 7 tgg 274
atgj 287 acg 257 aag 275 agg 264
ctg 513 ccg 247 cag 2 cgg 286
gtg 242 gcg 211 gag 1 ggg 220
delta1. Effectifs du 11.1.21 génomes 161
g1 t1   
atgi 159 tct tat 1 atgf 170
att act aat agt
ctt cct cat cgc 156
gtt 2 gct gat ggt
ttc 172 tcc 156 tac 166 tgc 162
atc 307 acc 159 aac 181 agc 162
ctc 162 ccc 89 cac 161 cgt 0
gtc 157 gcc 153 gac 224 ggc 225
tta 167 tca 163 taa tga 97
ata aca 174 aaa 241 aga 200
cta 162 cca 162 caa 175 cga 161
gta 224 gca 320 gaa 278 gga 178
ttg 163 tcg 1 tag 1 tgg 161
atgj 158 acg 3 aag 15 agg 154
ctg 2 ccg 1 cag 1 cgg 2
gtg gcg gag 40 ggg 3
epsilon1. Effectifs du 11.1.21 génomes 65
g1 t1   
atgi 63 tct tat atgf 97
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgc 6
gtt gct gat ggt
ttc 79 tcc 71 tac 77 tgc 70
atc 158 acc 77 aac 79 agc 68
ctc 84 ccc 69 cac 72 cgt 87
gtc 65 gcc 85 gac 107 ggc 114
tta 70 tca 70 taa 2 tga 56
ata aca 66 aaa 77 aga 69
cta 70 cca 68 caa 72 cga 42
gta 75 gca 152 gaa 117 gga 68
ttg 82 tcg 69 tag 1 tgg 72
atgj 73 acg 64 aag 55 agg 65
ctg 79 ccg 64 cag 57 cgg 60
gtg 54 gcg 51 gag 40 ggg 61
beta2. Indices
g1 t1   
atgi 99 tct 0.4 tat atgf 177
att 1.1 act 0.7 aat 0.4 agt 0.4
ctt 2.2 cct cat cgc 0.7
gtt 0.7 gct gat ggt
ttc 108 tcc 101 tac 107 tgc 142
atc 367 acc 102 aac 184 agc 101
ctc 143 ccc 100 cac 109 cgt 187
gtc 150 gcc 124 gac 246 ggc 224
tta 55 tca 99 taa tga 60
ata 0.4 aca 114 aaa 121 aga 114
cta 101 cca 137 caa 123 cga
gta 118 gca 373 gaa 202 gga 101
ttg 102 tcg 111 tag 2.6 tgg 102
atgj 107 acg 96 aag 103 agg 99
ctg 191 ccg 92 cag 0.7 cgg 107
gtg 90 gcg 79 gag 0.4 ggg 82
delta2. indices
g1 t1   
atgi 99 tct tat 0.6 atgf 106
att act aat agt
ctt cct cat cgc 97
gtt 1.2 gct gat ggt
ttc 107 tcc 97 tac 103 tgc 101
atc 191 acc 99 aac 112 agc 101
ctc 101 ccc 55 cac 100 cgt 0
gtc 98 gcc 95 gac 139 ggc 140
tta 104 tca 101 taa tga 60
ata aca 108 aaa 150 aga 124
cta 101 cca 101 caa 109 cga 100
gta 139 gca 199 gaa 173 gga 111
ttg 101 tcg 0.6 tag tgg 100
atgj 98 acg 1.9 aag 9 agg 96
ctg 1.2 ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2
gtg gcg gag 25 ggg 1.9
epsilon2. indices
g1 t1   
atgi 97 tct tat atgf 149
att act aat agt
ctt 1.5 cct cat cgc 9
gtt gct gat ggt
ttc 122 tcc 109 tac 118 tgc 108
atc 243 acc 118 aac 122 agc 105
ctc 129 ccc 106 cac 111 cgt 134
gtc 100 gcc 131 gac 165 ggc 175
tta 108 tca 108 taa 3.1 tga 86
ata aca 102 aaa 118 aga 106
cta 108 cca 105 caa 111 cga 65
gta 115 gca 234 gaa 180 gga 105
ttg 126 tcg 106 tag 1.5 tgg 111
atgj 112 acg 98 aag 85 agg 100
ctg 122 ccg 98 cag 88 cgg 92
gtg 83 gcg 78 gag 40 ggg 94

Cinq eucaryotes à effectifs élevés

modifier
Cinq eucaryotes à effectifs élevés
I1. cmkf   codons différents  dif,db
g1 t1
ttt 2 tct 13 tat 0 tgt 0
atc − act 16 aat 1 agt −
ctt 13 cct 10 cat 0 cgt 4
gtt 15 gct 55 gat 5 ggc 6
ttc 24 tcc 0 tac 28 tgc 9
att 22 acc 11 aac 31 agc 22
ctc 1 ccc 5 cac 26 cgc −
gtc 15 gcc 164 gac 34 ggt 1
tta 11 tca 50 taa 0 tga 2
ata 18 aca 156 aaa 37 aga 13
cta 17 cca 43 caa 5 cga 21
gta 115 gca 3008 gaa 58 gga 43
ttg 29 tcg 47 tag 3 tgg 19
atg 73 acg 132 aag 24 agg 6
ctg 19 ccg 40 cag 9 cgg 1
gtg 1502 gcg 3757 gag 405 ggg 73
I12. cmkb   codons doubles  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 12 tat 0 tgt 0
atc 0 act 7 aat 0 agt 0
ctt 6 cct 1 cat 0 cgt 4
gtt 6 gct 19 gat 0 ggc 12
ttc 10 tcc 0 tac 7 tgc 5
att 8 acc 0 aac 16 agc 10
ctc 0 ccc 0 cac 10 cgc 0
gtc 0 gcc 3 gac 14 ggt 0
tta 1 tca 3 taa 0 tga 0
ata 4 aca 49 aaa 5 aga 0
cta 2 cca 7 caa 1 cga 3
gta 29 gca 2889 gaa 7 gga 22
ttg 1 tcg 0 tag 0 tgg 10
atg 20 acg 4 aag 11 agg 5
ctg 5 ccg 0 cag 8 cgg 0
gtg 37 gcg 100 gag 22 ggg 7
I21. bacuf   codons différents  dif,db
g1 t1
ttt − tct 6 tat − tgt 1
atc 0 act 8 aat − agt −
ctt 1 cct 1 cat − cgt 5
gtt 8 gct 17 gat 18 ggc 50
ttc 8 tcc 0 tac 13 tgc 18
att 5 acc − aac 6 agc 9
ctc − ccc − cac 3 cgc −
gtc 0 gcc − gac 37 ggt 10
tta 11 tca 4 taa 23 tga 16
ata 7 aca 6 aaa 81 aga 54
cta 3 cca 2 caa 7 cga 7
gta 17 gca 41 gaa 2320 gga 961
ttg 7 tcg 3 tag 8 tgg 242
atg 12 acg 3 aag 23 agg 66
ctg 3 ccg 1 cag 15 cgg 19
gtg 23 gcg 18 gag 446 ggg 2044
I22. bacub   codons doubles  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 3 tat 0 tgt 0
atc 0 act 4 aat 0 agt 0
ctt 4 cct 5 cat 0 cgt 3
gtt 5 gct 2 gat 1 ggc 13
ttc 4 tcc 0 tac 0 tgc 5
att 6 acc 0 aac 17 agc 3
ctc 0 ccc 0 cac 7 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 7 ggt 1
tta 1 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 1 aaa 4 aga 0
cta 0 cca 2 caa 2 cga 1
gta 0 gca 0 gaa 47 gga 25
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 13
atg 8 acg 0 aag 5 agg 0
ctg 3 ccg 2 cag 4 cgg 1
gtg 8 gcg 1 gag 21 ggg 103
I31. ttrf   codons différents  dif,db
g1 t1
ttt − tct 8 tat 0 tgt 4
atc − act 6 aat − agt −
ctt 0 cct 2 cat − cgt 4
gtt 6 gct 13 gat 9 ggc 36
ttc 7 tcc − tac 16 tgc 19
att 5 acc 0 aac 5 agc 7
ctc − ccc − cac 4 cgc 0
gtc 2 gcc 1 gac 43 ggt 17
tta 5 tca 5 taa 19 tga 20
ata 4 aca 4 aaa 69 aga 47
cta 3 cca 2 caa 11 cga 6
gta 15 gca 35 gaa 1871 gga 813
ttg 6 tcg 3 tag 7 tgg 207
atg 10 acg 2 aag 15 agg 52
ctg 4 ccg 1 cag 7 cgg 11
gtg 18 gcg 19 gag 386 ggg 1695
I32. ttrb   codons doubles  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 3 tat 0 tgt 1
atc 0 act 2 aat 0 agt 0
ctt 5 cct 4 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 5 gat 0 ggc 6
ttc 4 tcc 0 tac 1 tgc 2
att 5 acc 0 aac 7 agc 3
ctc 0 ccc 0 cac 4 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 5 ggt 1
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 1 aaa 4 aga 0
cta 0 cca 2 caa 4 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 29 gga 19
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 9
atg 6 acg 0 aag 3 agg 1
ctg 1 ccg 2 cag 7 cgg 0
gtg 3 gcg 1 gag 8 ggg 70
I41. btaf   codons différents  dif,db
g1 t1
ttt 5 tct 4 tat 10 tgt 133
atc − act 9 aat − agt 3
ctt 4 cct 1 cat 3 cgt 5
gtt 12 gct 18 gat 5 ggc 54
ttc 17 tcc 27 tac 37 tgc 312
att 3 acc 0 aac 13 agc 10
ctc − ccc − cac 4 cgc 6
gtc − gcc 1 gac 32 ggt 19
tta 9 tca 6 taa 3 tga 28
ata 7 aca 7 aaa 67 aga 43
cta 4 cca 2 caa 17 cga 10
gta 18 gca 30 gaa 423 gga 384
ttg 13 tcg 6 tag 12 tgg 172
atg 18 acg 6 aag 24 agg 113
ctg 2 ccg 0 cag 31 cgg 12
gtg 26 gcg 13 gag 160 ggg 1265
I42. btab   codons doubles  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 8 tat 0 tgt 9
atc 0 act 4 aat 0 agt 0
ctt 6 cct 11 cat 0 cgt 7
gtt 7 gct 12 gat 0 ggc 8
ttc 12 tcc 4 tac 1 tgc 25
att 14 acc 0 aac 16 agc 8
ctc 0 ccc 0 cac 14 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 9 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 2 aaa 10 aga 0
cta 0 cca 6 caa 2 cga 1
gta 2 gca 4 gaa 11 gga 6
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 5
atg 16 acg 0 aag 15 agg 2
ctg 3 ccg 3 cag 8 cgg 3
gtg 12 gcg 2 gag 3 ggg 29
I51. fcaf   codons différents  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 2 tat − tgt 0
atc − act 5 aat 4 agt 1
ctt 0 cct 1 cat 1 cgt 3
gtt 3 gct 13 gat 0 ggc 2
ttc 7 tcc 0 tac 8 tgc 18
att 1 acc − aac 20 agc 7
ctc − ccc 0 cac 7 cgc 8
gtc − gcc 0 gac 1 ggt 1
tta 18 tca 12 taa 35 tga 17
ata 8 aca 11 aaa 44 aga 53
cta 32 cca 63 caa 776 cga 1193
gta 5 gca 8 gaa 10 gga 45
ttg 7 tcg 4 tag 11 tgg 21
atg 14 acg 8 aag 878 agg 51
ctg 2 ccg 4 cag 44 cgg 23
gtg 2 gcg 5 gag 40 ggg 4
I52. fcab   codons doubles  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 5 tat 0 tgt 0
atc 0 act 3 aat 0 agt 0
ctt 5 cct 6 cat 0 cgt 5
gtt 4 gct 4 gat 0 ggc 7
ttc 4 tcc 0 tac 1 tgc 13
att 8 acc 0 aac 7 agc 4
ctc 0 ccc 0 cac 8 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 7 ggt 0
tta 0 tca 1 taa 1 tga 0
ata 0 aca 1 aaa 5 aga 0
cta 0 cca 4 caa 5 cga 7
gta 0 gca 1 gaa 4 gga 2
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 1
atg 9 acg 0 aag 8 agg 1
ctg 2 ccg 2 cag 2 cgg 0
gtg 6 gcg 1 gag 3 ggg 1
I61. hsa-18f   codons différents  dif,db
g1 t1
ttt − tct 3 tat 0 tgt −
atc 0 act 5 aat − agt −
ctt 3 cct 1 cat − cgt 1
gtt 5 gct 15 gat − ggc 4
ttc 4 tcc − tac 12 tgc 22
att 9 acc − aac 16 agc 5
ctc − ccc − cac 0 cgc −
gtc − gcc − gac 2 ggt −
tta 3 tca 3 taa − tga 1
ata 4 aca 5 aaa 7 aga 5
cta 2 cca 2 caa 3 cga 5
gta 3 gca 6 gaa 4 gga 3
ttg 6 tcg 3 tag − tgg 4
atg 8 acg 4 aag 9 agg 4
ctg 1 ccg 1 cag 6 cgg 1
gtg 5 gcg 3 gag 1 ggg 2
I62. hsa-18b   codons doubles  dif,db
g1 t1
ttt 0 tct 5 tat 0 tgt 0
atc 2 act 3 aat 0 agt 0
ctt 5 cct 7 cat 0 cgt 5
gtt 4 gct 10 gat 0 ggc 9
ttc 5 tcc 0 tac 0 tgc 6
att 5 acc 0 aac 8 agc 2
ctc 0 ccc 0 cac 8 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 10 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 0 aaa 4 aga 0
cta 0 cca 4 caa 2 cga 0
gta 1 gca 1 gaa 3 gga 5
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 2
atg 11 acg 0 aag 5 agg 0
ctg 7 ccg 2 cag 6 cgg 2
gtg 7 gcg 0 gag 6 ggg 2

La genèse des tRNAs dans les 3 domaines

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La genèse des 4032 bactéries

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Les solitaires

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  • Lien au tableur:Les solitaires.
  • Légende: Voir le concept et la méthode des décomptes après le tableau. Prélèvement du 29.10.18.
    _ 1ère ligne: décompte sifter à 4 codons, ct décompte sifter à 2 codons xyc xyt, ag ceux de xya xyg.
    _ 2ème ligne: total des bactéries par décompte.
    _ de la 3ème à la 6ème ligne, nombres des solitaires du codon inscrit dans la 1ère colonne.
Les Solitaires des 4032 Bactéries de la base gtRNAdb
4 ct ag
total 3948 3938 3933
ttt 0 0
ttc 15 3928
tta 0 96
ttg 2 190
4 ct ag
total 3945 3825 3943
tct 0 3
tcc 2 3820
tca 85 1493
tcg 0 22
4 ct ag
total 3932 3932 29
tat 0 0
tac 3899 3928
taa 0 12
tag 0 16
4 ct ag
total 3947 3927 3934
tgt 0 0
tgc 12 3924
tga 0 15
tgg 17 2629
4 ct ag
total 3940 3832 3933
ctt 0 322
ctc 7 3501
cta 98 1151
ctg 0 17
4 ct ag
total 3940 2665 3937
cct 0 8
ccc 3 2656
cca 1173 1813
ccg 1 5
4 ct ag
total 3938 3933 3943
cat 0 0
cac 5 3930
caa 6 2130
cag 2 18
4 ct ag
total 3946 3930 3833
cgt 106 3610
cgc 1 307
cga 7 539
cgg 7 3026
4 ct ag
total 3949 3864 3947
att 0 1
atc 2 3856
ata 0 0
atg 81 3947
4 ct ag
total 3946 3775 3944
act 0 41
acc 2 3682
aca 152 1288
acg 3 13
4 ct ag
total 3949 3930 3941
aat 0 0
aac 2 3925
aaa 5 1899
aag 1 9
4 ct ag
total 3944 3931 3928
agt 0 0
agc 1 3930
aga 0 780
agg 0 10
4 ct ag
total 3943 3212 3935
gtt 0 5
gtc 8 3200
gta 724 2724
gtg 1 2
4 ct ag
total 3934 3035 3902
gct 0 0
gcc 32 3033
gca 877 2721
gcg 7 11
4 ct ag
total 3949 3933 3928
gat 0 0
gac 5 3933
gaa 8 2808
gag 1 5
4 ct ag
total 3948 3880 3939
ggt 0 1
ggc 9 3879
gga 66 1699
ggg 0 11
  • Le concept: Un gène de tRNA solitaire sera modifié pour coder 2 4 ou 6 aas à la fois. Cette capacité de remplacer plusieurs gènes à la fois dénote des caractéristiques physiques propres au triplet codon et non à la séquence entière du gène. Les gènes solitaires apparaissent beaucoup chez les bactéries et presque pas du tout chez les archées où presque tous les codons sont présents souvent en un seul exemplaire, et chez les eucaryotes où les duplications sont très élevées.
    _ Les décomptes pour 4 anti-codons: Parce qu'un aa peut être codé par 4 codons et qu'un génome ne peut exister sans cet aa (ce qui est valable pour les 5 aas Ala Gly Pro Thr Val), j'ai opté pour le principe de ne faire les décomptes que pour les 4 codons des doublets xy* qu'ils codent pour un ou plusieurs aas. C'est ainsi que j'ai présenté à part les solitaires à 6 codons (Leu Ser Arg) qui presque inexistants. J'ai adjoint au décomptes des doublets ceux des demi-doublets codant pour un seul aa.
    _ Ce principe adopté a un sens au niveau de l'ARN et de l'organisation fonctionnelle par le rôle de l'aa, mais peut avoir un sens aussi au niveau de l'ADN si les doublets se comportaient indépendamment des aas qu'ils codent. C'est ce qui parait ressortir de la synthèse de ces décomptes comme on le verra dans les discussions. Cependant le décompte sur 4 codons ne tient pas compte des symbiotes qui mettent en commun leurs tRNAs de telle sorte que les 4 codons d'aa peuvent être tous absents. Ceci se manifeste dans mes décomptes par un total de génomes inférieur à celui donné par la base de données. C'est ainsi que pour les bactéries le total est compris entre 3932 et 3949, inférieur aux 4032 de la base de données.
  • Méthode pour compter les tRNAs solitaires, cas de la Thr, anti-codons xGT.
    _ Les décomptes se font avec la liste des tRNAs regroupés par génome. L'outil de recherche de la base gTRNAdb, "tRNA sifter", permet de lister un ensemble d'anti-codons pour un groupe de génomes donné. Les résultats sont regroupés par génome qui est séparé du génome suivant par une ligne. Ainsi si on pose une requête pour les 4 codons de la thréonine (Thr) la recherche d'un codon solitaire se fait facilement sur ses multiples.
    _ Sélectionner les anticodons pour la requête (ne pas oublier de mettre Bacteria dans Domain). Copier le résultat, ctrl+A, ctrl+C (pour faciliter la copie dans calc copier d'abord dans un txt puis dans calc et supprimer tout espace).
    _ Dans calc ctrl+V, supprimer le dessin en le sélectionnant, supprimer toutes les colonnes sauf la colonne des anticodons, sélectionner le 1er anticodon puis ctrl+schift+fin ce qui sélectionne tous les anticodons et les cellules à blanc. Il n'y a pas de cellule intercalée entre 2 anticodon de la même bactérie.
    _ Copier,ctrl+v, dans writer (texte non formaté), ctrl+h (expression régulière, $ en ; tout remplacer), ctrl+h (décocher expression régulière, ;; en *;;* tout remplacer). Le tout rechercher de *;;* donne le total de la requête (nombre total de bactéries moins 1). Mettre un * à la fin mais pas début (le logiciel déplace tout le texte pour insérer *, ce qui prend beaucoup de temps). Repérer le motif du début avant *;;*. Si le motif concerne une recherche ultérieure, en tenir compte.
    _ ctrl+h (*GGT* tout rechercher donne 2, *TGT* donne 21, *TGT;TGT* donne 34 . . . ). Poursuivre la recherche des multiples jusqu'à épuisement. En général il faut s’arrêter à l’obtention de 2 zéros consécutifs. Le nombre représenté dans le tableau est le total de tous les multiples comptés.

La genèse

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  • Lien au tableur:La genèse.
  • Schéma du code adénélique:
ADN	gène	T	C	G	tRNAg	A	G	C				
.	.	a	g	c	.	t	c	g				
ARNm	codon	t	c	g	tRNA	a	g	c
  • Légende: Prélèvement du 29.10.18
    _ Les tris g1 t1: Je trie les gènes de tRNAs de 2 façons, g1 où la 1ère base est variable et la 3ème constante ou inversement t1 où la 1ère base est fixe et la 3ème variable. Le tri t1 mime le code génétique, c'est-à-dire la traduction, il suffit de remplacer t par u. Ainsi le label tcg représente le gène du tRNA agc qui traduit le codon ucg du RNAm en Ser. Le tri g1 regroupe des gènes similaires se terminant par le même doublet, ici cg. J'appelle code adénélique le tri g1 des gènes de tRNA, car son importance se trouve dans l'ADN. Voir le schéma ci-dessus.
     Si, pour l’anticodon agc, l’importance des bases se fait dans le sens a g c ou bien u c g dans le RNAm, l'importance des bases du gène tRNA se ferait dans le sens contraire, g c t. Dans l’anticodon le doublet ag détermine l'acide aminé à fixer par les modificateurs des tRNAs. Ce qui donne le code génétique dégénéré que l'on connaît. Dans le gène de tRNA, le doublet gc subit les contraintes qu'imposent la réplication et les réparations de l'ADN à ce gène, dans le sens g c, contraintes qui provoquent la genèse, les duplications et les modifications (insertion d'introns) du gène.
     Pourquoi alors le triplet gct refléterait-il les propriétés du gène? C'est la structure en feuille de trèfle sous les contraintes de réplication et de réparation qui en est la cause: Quand le brin portant le triplet gct se casse ou est désapparié, les intra-appariements tendent à former la structure ce qui contrarie les processus de réparation et de réplication qui provoquent à leur tour des modifications. Dans la structure en feuille de trèfle le triplet se trouve en tête, suractivé par la quasi symétrie de la structure et par son état vibratoire libéré de l’appariement car il se trouve dans une boucle simple brin. Chaque gène tRNA est unique et l'ensemble de ceux portant le même triplet aura des propriétés statistiques (genèse, nombre des duplications et des modifications) différentes de l'ensemble des gènes d'un autre triplet. Mais les triplets ayant le même doublet adénélique (ici gcx) auront beaucoup de propriétés statistiques en commun.
     Cependant, comme pour l'hypothèse de la résonance du code génétique dans l'ADN, que j'ai traité dans l'article "Répétition des bases dans l'ADN des procaryotes", la résonance du triplet ou son état vibratoire, quand il n'est pas apparié, est exacerbée quand 2 ou les 3 bases sont identiques. On s'attend donc que pour un doublet donné, gcx par exemple, que gcc se distingue nettement de gcg et plus encore de gct et gca, tout en sachant que le doublet gcx aura des statistiques différentes d'un autre doublet.
    - Voir la nouvelle légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Les couleurs +++++ ancienne légende ++++++++++++++++++++++++++++++
    1. Sans, codons forts xya xyc cgt tgg
    2. bleu, codons faibles xyt cgc;   bleu cadré, les codons stops.
    3. jaune, les codons xcg viennent après les forts
    4. orange, les codons gxg xag sont plus faibles que les xcg.
    5. rouge, les comportements anormaux
      + rouge cadré, 2 codons constitutifs, ata absent et atg comporte en fait 3 tRNAs, Met Ini Ile avec le même anti-codon.
      + Ce sont essentiellement les codons des doublets accompagnant ceux des aas à 6 codons: tta ttg (Leu), aga agg (Arg) et agc (Ser). J'ai ajouté le demi doublet cgg cga (Arg) qui adopte un basculement comme pour l'autre demi-doublet cgc cgt (Arg).
      + On a peut être la même bascule chez la Leu avec cta ctg à cause de la genèse élevée de ctt. J'ai mis cta en rouge, il faut voir pourquoi? Parce que du point de vue genèse il est fort. Par contre il faut ajouter ctg à genèse faible comme acg.
      + Il faut ajouter ccc qui a une genèse très faible pour un codon du groupe fort. ++++++++++++++++++
  • Concept et méthode:
    _ Le concept: Pour un génome, un aa et un codon donnés, le zéro correspond à l’absence de gènes tRNA le codant. Sur la totalité des génomes concernés, le total de ce zéro correspond à un seul processus génétique, celui de l'incapacité de créer le gène de ce codon. La différence "total des génomes concernés" moins "total des génomes sans ce codon" correspond alors au 1er gène créé avant duplication. C'est ce que j'appelle la genèse d'un gène de tRNA donné. Le décompte direct des gènes de tRNA correspond à au moins 3 processus génétiques, la création du 1er gène puis sa duplication à l'identique ou non. L'étude de ces 3 processus dans cet article sont d'égale importance.
    _ Méthode du décompte de la genèse: Les décomptes des tRNAs absents ne peuvent se faire qu'indirectement du fait que les bases de données ne donnent que des effectifs recensés. Dans la base de données gtRNAdb la liste de search/sifter pour un codon donné présente un gène par ligne et les lignes se suivent sans interruption pour un génome donné. Deux génomes successifs sont séparés par une ligne à blanc. En copiant la liste dans le tableur, en supprimant toutes les colonnes sauf celle des codons et en sélectionnant le premier codon, il suffit alors de sélectionner tous les codons en faisant la combinaison des touches "ctrl+shift+fin" puis entrer. Le nombre de cellules sélectionnées moins le nombre de gènes affiché par sifter plus un donne la genèse totale de ce codon pour un domaine donné.
Bactéries 4032 Genèse
I. Bactéries 4032 Genèse
g1 t1
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
att 5 act 92 aat 5 agt 1
ctt 331 cct 10 cat 3 cgc 318
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
ttc 3938 tcc 3 822 tac 3 932 tgc 3927
atc 3863 acc 3 732 aac 3 930 agc 3931
ctc 3510 ccc 2 657 cac 3 933 cgt 3623
gtc 3207 gcc 3 035 gac 3 933 ggc 3879
tta 3741 tca 3 921 taa 12 tga 1304
ata 48 aca 3 929 aaa 3 930 aga 3916
cta 3916 cca 3 932 caa 3 924 cga 807
gta 3931 gca 3 889 gaa 3 923 gga 3926
ttg 3835 tcg 2449 tag 17 tgg 3918
atg 3945 acg 2655 aag 2040 agg 3147
ctg 2782 ccg 2124 cag 1811 cgg 3292
gtg 1209 gcg 1181 gag 1121 ggg 2238
II. Bactéries 4032 Effectifs
g1 t1
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
att 5 act 101 aat 5 agt 1
ctt 368 cct 10 cat 4 cgc 333
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
ttc 6100 tcc 4 517 tac 6 416 tgc 4471
atc 9193 acc 4 511 aac 8 758 agc 4419
ctc 3848 ccc 2 741 cac 4 712 cgt 7473
gtc 4426 gcc 4 164 gac 9 017 ggc 9265
tta 4746 tca 5 296 taa 12 tga 1314
ata 55 aca 5 874 aaa 9 100 aga 4802
cta 4937 cca 5 449 caa 6 385 cga 887
gta 8853 gca 10 177 gaa 9 673 gga 5511
ttg 3997 tcg 2621 tag 18 tgg 4364
atg 18014 acg 2759 aag 2425 agg 3449
ctg 5182 ccg 2182 cag 2387 cgg 3353
gtg 1313 gcg 1224 gag 1387 ggg 2264
III. Bactéries 4032 genèse duplication %
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 10 aat 0 agt 0
ctt 11 cct 0 cat 33 cgc 5
gtt 0 gct 0 gat - ggt 0
ttc 55 tcc 18 tac 63 tgc 14
atc 138 acc 21 aac 123 agc 12
ctc 10 ccc 3 cac 20 cgt 106
gtc 38 gcc 37 gac 129 ggc 139
tta 27 tca 35 taa 0 tga 1
ata 15 aca 50 aaa 132 aga 23
cta 26 cca 39 caa 63 cga 10
gta 125 gca 162 gaa 147 gga 40
ttg 4 tcg 7 tag 6 tgg 11
atg 357 acg 4 aag 19 agg 10
ctg 86 ccg 3 cag 32 cgg 2
gtg 9 gcg 4 gag 24 ggg 1

Distribution des duplications

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  • Lien au tableur:Distribution des duplications.
  • Légende: Décompte du 04.12.18
    1. Cyan,   2  , codons à faible effectif de tRNAs, xyc/t tga taa tag.
    2. Jaune,   3945  , genèse de 3945 à 3822.
    3. Bleu,   3510  , genèse de 3510 à 3035.
    4. Vert,   2782  , genèse de 2782 à 1811.
    5. Rouge,   1304  , genèse de 1304 à 807.
    6. gris,   ctc  , codons associés à la colonne 2 dans la représentation en codons obligatoires (ref.).
    7. vert clair,   ttc  , codons associés à la colonne 3 dans la représentation en codons obligatoires (ref.).
  • Méthode: Pour la méthode des décomptes voir l'article sur les corrélations entre gènes tRNAs. Ici la recherche des gènes ne se fait que sur un seul codon.
Spectre des gènes de tRNAs des 4032 bactéries
I11. ctt gtt   xct   cgc ggt
occur. ctt gtt tct act cct gct cgc ggt
1 295 9 5 83 10 2 304 1
2 35 9 13
3 1 1
genèse 331 9 5 92 10 2 318 1
Dup % 11 0 0 10 0 0 5 0
I12. ttt att   xat   tgt agt
occur. ttt att tat aat cat gat tgt agt
1 10 5 4 5 2 0 3 1
2 1
3
genèse 10 5 4 5 3 0 3 1
Dup % 0 0 0 0 33 − 0 0
I21. ctc gtc   xcc   cgt ggc
occur. ctc gtc tcc acc ccc gcc cgt ggc
1 3192 2189 3165 2965 2586 2055 1623 1359
2 307 849 624 755 58 884 910 1008
3 7 152 29 12 13 61 551 565
4 1 6 3 20 429 741
5 2 7 1 12 50 110
6 0 4 3 45 48
7 1 5 23
8 6 11
9 2 4
10 0 4
11 0 4
12 0 2
13 1
27 1
genèse 3510 3207 3822 3732 2657 3035 3623 3879
Dup % 10 38 18 21 3 37 106 139
I22. ttc atc   xac   tgc agc
occur. ttc atc tac aac cac gac tgc agc
1 2281 1329 2373 1753 3208 1402 348 3471
2 1304 832 826 770 686 889 377 435
3 217 1,055 630 466 31 1,087 52 22
4 125 391 52 706 4 363 12 3
5 7 135 27 189 2 65 4
6 3 77 14 31 1 104 1
7 1 26 7 10 1 17 1
8 14 2 3 3
9 1 1 2 1
10 2 0
11 0 1
12 0 1
13 1
14
genèse 3938 3863 3932 3930 3933 3933 3927 3931
Dup % 55 138 63 123 20 129 14 12
I31. cta gta   xca   cga gga
occur. cta gta tca aca cca gca cga gga
1 3277 1957 2982 2824 2822 1343 772 3018
2 436 475 654 612 794 582 13 475
3 133 596 165 253 241 1000 8 250
4 27 525 101 150 64 482 9 141
5 24 258 13 73 7 250 1 28
6 2 90 3 17 3 167 4 10
7 7 20 2 1 43 3
8 2 6 0 16 1
9 0 2 0 2
10 4 0 0 1
11 4 2 1 3
12
13
14
genèse 3916 3931 3921 3929 3932 3889 807 3926
Dup % 26 125 35 50 39 162 10 40
I32. tta ata   xaa   tga aga
occur. tta ata taa aaa caa gaa tga aga
1 2969 44 12 193 2289 1566 1294 3314
2 576 2 724 1,162 837 10 449
3 167 1 416 185 523 97
4 22 1 204 235 569 25
5 6 393 42 168 13
6 1 197 10 117 5
7 38 1 118 4
8 16 17 5
9 9 3 4
10 1 1
11 0 2
12 1 1
13 0 1
14 1
genèse 3741 48 12 3930 3924 3923 1304 3916
Dup % 27 15 0 132 63 147 1 23
I41. ctg gtg   xcg   cgg ggg
occur. ctg gtg tcg acg ccg gcg cgg ggg
1 1668 1114 23 2556 2069 1145 3241 2214
2 440 88 129 95 53 30 45 22
3 119 5 17 3 1 5 4 2
4 530 2 3 1 1 1 1
5 5 0
6 15 1
7 1
8 2
9 1
10 1
genèse 2782 1209 2449 2655 2124 1181 3292 2238
Dup % 86 9 7 4 3 4 2 1
I42. ttg atg   xag   tgg agg
occur. ttg atg tag aag cag gag tgg agg
1 3696 - 16 1746 1247 915 3539 2846
2 119 - 1 219 556 152 321 300
3 17 - 65 6 50 51 1
4 3 - 6 1 3 5
5 2 0 0 2
6 2 1 1
7
8
9
10
genèse 3835 - 17 2040 1811 1121 3918 3147
Dup % 4 - 6 19 32 24 11 10

Distribution des gènes de tRNAs du codon atg

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Distribution des gènes de tRNAs du codon atg
occur . atg fMet Met Ile
0 0 0 0 9
1 7 55 78 85
2 54 19 22 6
3 1567 15 1 1
4 848 8
5 368 1
6 534 1
7 238 1
8 151 0
9 64 1
10 45
11 21
12 20
13 17
14 4
15 2
16 2
17 2
18 1
genèse 3945 101 101 92
Dup % 357 95 24 9
génomes 3945 101 101 101

Les zéros des 79 eucaryotes

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  • Lien au tableur:Les zéros des 79 eucaryotes.
  • Légende:
    - Voir la nouvelle légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Le 1er tableau correspond à la ligne zéros du tableau des tRNAs des 79 eucaryotes E79
    _ La genèse dans le 2ème tableau est la différence "79 - zéros". Le concept est expliqué chez les bactéries.
    _ Le 3ème tableau représente le total des codons estimés débarrassés des duplications excessives. Voir Multiplicité, tableau I13.
    _ Le taux de duplication du 4ème tableau est affiché en pourcentage, "total codon/genèse".
    _ Les solitaires: voir le concept et la méthode chez les bactéries. A cause du grand nombre de duplications, les solitaires sont rares chez les eucaryotes. Sur 5 doublets, ctx ccx acx agx gtx, et pour la totalité des eucaryotes (151), champignons compris, il n'y a qu'un seul solitaire, ccg, pour 4 codons. Les solitaires sur 2 codons existent mais relativement peu par rapport à ceux des bactéries. Chez les bactéries les solitaires sur 4 codons arrivent jusqu'à 20% du total des bactéries, pour gta cca aca.
E79. La genèse des 79 Eucaryotes E79
I1. E79z-tg. Les zéros des 79 eucaryotes E79.
g1 t1
ttt 52 tct 2 tat 52 tgt 48
atc 52 act 1 aat 46 agt 61
ctt 0 cct 0 cat 57 cgt 1
gtt 0 gct 0 gat 44 ggc 1
ttc 1 tcc 52 tac 0 tgc 1
att 0 acc 56 aac 0 agc 1
ctc 70 ccc 61 cac 1 cgc 65
gtc 42 gcc 55 gac 0 ggt 61
tta 0 tca 0 taa 41 tga 16
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 0
cta 3 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 1 gaa 0 gga 0
ttg 1 tcg 0 tag 53 tgg 1
atg 0 acg 2 aag 1 agg 1
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 8
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 4
I2. E79g. La genèse 79 Eucaryotes E79.
g1 t1
ttt 27 tct 77 tat 27 tgt 31
atc 27 act 78 aat 33 agt 18
ctt 79 cct 79 cat 22 cgt 78
gtt 79 gct 79 gat 35 ggc 78
ttc 78 tcc 27 tac 79 tgc 78
att 79 acc 23 aac 79 agc 78
ctc 9 ccc 18 cac 78 cgc 14
gtc 37 gcc 24 gac 79 ggt 18
tta 79 tca 79 taa 38 tga 63
ata 78 aca 79 aaa 78 aga 79
cta 76 cca 79 caa 79 cga 79
gta 79 gca 78 gaa 79 gga 79
ttg 78 tcg 79 tag 26 tgg 78
atg 79 acg 77 aag 78 agg 78
ctg 79 ccg 79 cag 79 cgg 71
gtg 78 gcg 79 gag 79 ggg 75
II3. E79t-tg   db,diff  db + diff  mtri+1
g1 t1
ttt 51 tct 920 tat 57 tgt 68
atc 71 act 1021 aat 75 agt 80
ctt 857 cct 908 cat 36 cgt 884
gtt 1022 gct 1733 gat 76 ggc 1411
ttc 1195 tcc 86 tac 1310 tgc 1845
att 1238 acc 68 aac 1592 agc 910
ctc 11 ccc 29 cac 1028 cgc 24
gtc 67 gcc 69 gac 1571 ggt 80
tta 592 tca 579 taa 75 tga 140
ata 564 aca 716 aaa 1413 aga 682
cta 486 cca 995 caa 942 cga 609
gta 635 gca 1100 gaa 1176 gga 1041
ttg 657 tcg 438 tag 81 tgg 936
atg 2188 acg 480 aag 1627 agg 794
ctg 711 ccg 405 cag 1095 cgg 369
gtg 1002 gcg 611 gag 1401 ggg 582
I4. E79d. Taux de duplication des E79.
g1 t1
ttt 89 tct 1095 tat 111 tgt 119
atc 163 act 1209 aat 127 agt 344
ctt 985 cct 1049 cat 64 cgt 1033
gtt 1194 gct 2094 gat 117 ggc 1709
ttc 1432 tcc 219 tac 1558 tgc 2265
att 1467 acc 196 aac 1915 agc 1067
ctc 22 ccc 61 cac 1218 cgc 71
gtc 81 gcc 188 gac 1889 ggt 344
tta 649 tca 633 taa 97 tga 122
ata 623 aca 806 aaa 1712 aga 763
cta 539 cca 1159 caa 1092 cga 671
gta 704 gca 1310 gaa 1389 gga 1218
ttg 742 tcg 454 tag 212 tgg 1100
atg 2670 acg 523 aag 1986 agg 918
ctg 800 ccg 413 cag 1286 cgg 420
gtg 1185 gcg 673 gag 1673 ggg 676

Les zéros des 42 champignons

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  • Lien au tableur:Les zéros des 42 champignons.
  • Légende:
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Le 1er tableau correspond à la ligne zéros du tableau des tRNAs des 42 champignons C42
    _ La genèse dans le 2ème tableau est la différence "42 - zéros". Le concept est expliqué chez les bactéries.
    _ Le 3ème tableau représente le total des codons estimés débarrassés des duplications excessives. Voir Multiplicité, tableau I14.
    _ Le taux de duplication du 4ème tableau est affiché en pourcentage, "total codon/genèse".
    _ Les solitaires: voir le concept et la méthode chez les bactéries. A cause du grand nombre de duplications, les solitaires sont rares chez les eucaryotes. Sur 5 doublets, ctx ccx acx agx gtx, et pour la totalité des eucaryotes (151), champignons compris, il n'y a qu'un seul solitaire, ccg, pour 4 codons. Les solitaires sur 2 codons existent mais relativement peu par rapport à ceux des bactéries. Chez les bactéries les solitaires sur 4 codons arrivent jusqu'à 20% du total des bactéries, pour gta gca cca aca.
C42. Genèse des 42 champignons
I1. C42z-tg. Les zéros des 42 champignons C42.
g1 t1
ttt 41 tct 0 tat 40 tgt 41
atc 36 act 0 aat 40 agt 42
ctt 11 cct 4 cat 42 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 40 ggc 0
ttc 0 tcc 41 tac 0 tgc 2
att 0 acc 42 aac 0 agc 1
ctc 30 ccc 41 cac 0 cgc 42
gtc 41 gcc 42 gac 0 ggt 40
tta 3 tca 0 taa 41 tga 31
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 2
cta 6 cca 1 caa 0 cga 20
gta 2 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 4 tcg 0 tag 41 tgg 2
atg 0 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 11 ccg 21 cag 0 cgg 4
gtg 0 gcg 16 gag 0 ggg 3
I12. C42g. La genèse des 42 champignons C42.
g1 t1
ttt 1 tct 42 tat 2 tgt 1
atc 6 act 42 aat 2 agt 0
ctt 31 cct 38 cat 0 cgt 42
gtt 42 gct 42 gat 2 ggc 42
ttc 42 tcc 1 tac 42 tgc 40
att 42 acc 0 aac 42 agc 41
ctc 12 ccc 1 cac 42 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 42 ggt 2
tta 39 tca 42 taa 1 tga 11
ata 41 aca 42 aaa 41 aga 40
cta 36 cca 41 caa 42 cga 22
gta 40 gca 42 gaa 42 gga 42
ttg 38 tcg 42 tag 1 tgg 40
atg 42 acg 41 aag 41 agg 41
ctg 31 ccg 21 cag 42 cgg 38
gtg 42 gcg 26 gag 42 ggg 39
I3. C42-tg  db,diff  db + diff
g1 t1
ttt 2 tct 310 tat 2 tgt 1
atc 6 act 332 aat 2 agt 0
ctt 170 cct 155 cat 0 cgt 238
gtt 401 gct 389 gat 2 ggc 487
ttc 296 tcc 1 tac 252 tgc 143
att 378 acc 0 aac 297 agc 155
ctc 18 ccc 1 cac 220 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 409 ggt 2
tta 132 tca 92 taa 1 tga 12
ata 59 aca 100 aaa 155 aga 207
cta 75 cca 205 caa 196 cga 92
gta 64 gca 141 gaa 252 gga 146
ttg 190 tcg 80 tag 1 tgg 173
atg 324 acg 66 aag 426 agg 69
ctg 89 ccg 36 cag 149 cgg 55
gtg 94 gcg 60 gag 296 ggg 69
I14. C42d. Taux de duplication des C42.
g1 t1
ttt 100 tct 638 tat 0 tgt 0
atc 0 act 690 aat 0 agt -
ctt 448 cct 308 cat - cgt 467
gtt 855 gct 826 gat 0 ggc 1060
ttc 605 tcc 0 tac 500 tgc 258
att 800 acc - aac 607 agc 278
ctc 50 ccc 0 cac 424 cgc -
gtc 0 gcc - gac 874 ggt 0
tta 238 tca 119 taa 0 tga 9
ata 44 aca 138 aaa 278 aga 418
cta 108 cca 400 caa 367 cga 318
gta 60 gca 236 gaa 500 gga 248
ttg 400 tcg 90 tag 0 tgg 333
atg 671 acg 61 aag 939 agg 68
ctg 187 ccg 71 cag 255 cgg 45
gtg 124 gcg 131 gag 605 ggg 77

La genèse des 184 archées

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Les effectifs des tRNAs des archées

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  • Lien au tableur:Les effectifs des tRNAs des archées.
  • Légende: Les archées ont très peu de duplications et les codons se terminant par g ont un indice de multiplicité proche de l'unité. Cependant la famille des methanococci n'a pratiquement pas de codons se terminant par g. Ce qui fait que pour ces codons, le reste des archées, l'indice de multiplicité est encore plus proche de l'unité. Voir les tableaux des archées.
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
I. Les effectifs des tRNAs des archées
I21. Archées   Nombres   184
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 215 tcc 190 tac 190 tgc 299
atc 212 acc 189 aac 214 agc 187
ctc 214 ccc 171 cac 185 cgc 187
gtc 212 gcc 184 gac 218 ggc 243
tta 191 tca 184 taa 0 tga 18
ata 2 aca 198 aaa 197 aga 186
cta 185 cca 184 caa 196 cga 185
gta 186 gca 256 gaa 230 gga 189
ttg 163 tcg 152 tag 1 tgg 184
atg 589 acg 169 aag 166 agg 165
ctg 160 ccg 151 cag 165 cgg 139
gtg 170 gcg 159 gag 160 ggg 155
II. Methanococci   Nombres   16
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 16 tcc 16 tac 16 tgc 16
atc 16 acc 16 aac 16 agc 16
ctc 16 ccc 15 cac 16 cgc 16
gtc 16 gcc 16 gac 25 ggc 16
tta 16 tca 16 taa 0 tga 16
ata 0 aca 16 aaa 25 aga 16
cta 16 cca 16 caa 16 cga 17
gta 17 gca 22 gaa 32 gga 17
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 16
atg 56 acg 1 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 7 gcg 0 gag 0 ggg 0
III. methanopyri   Nombres   1
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgc 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa 0 tga 1
ata 0 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 1
atg 3 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0

La genèse des archées

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  • Lien au tableur:La genèse des archées.
  • Légende:
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ 1er tableau. La genèse des archées a été décomptée comme pour les bactéries.
    _ Le 2ème tableau représente le total des codons. Voir Multiplicité.
    _ Le taux de duplication du 4ème tableau est affiché en pourcentage, "total codon/genèse".
    _ Les solitaires: voir le concept et la méthode chez les bactéries. Du fait que chez les archées les indices de multiplicité les plus faibles sont proches de l'unité, les solitaires sont rares. Les décomptes ont été faits sur tous les doublets, et pour la totalité des archées (183), il n'y a que 4 codons à solitaires.Pour les décomptes à 4 codons il y a 1 solitaire pour cta gcc ggg et 12 pour cca. Notons l'exceptionnalité du doublet ccx qui se répète encore. Les solitaires sur 2 codons existent mais relativement peu par rapport à ceux des bactéries. Chez les bactéries les solitaires sur 4 codons arrivent jusqu'à 20% du total des bactéries, pour gta gca cca aca.
Archées 184 Genèse
I. Archées 184 Genèse
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 183 tcc 183 tac 183 tgc 183
atc 183 acc 182 aac 183 agc 183
ctc 180 ccc 170 cac 183 cgc 183
gtc 183 gcc 182 gac 183 ggc 181
tta 183 tca 182 taa 0 tga 18
ata 2 aca 183 aaa 182 aga 183
cta 183 cca 183 caa 182 cga 183
gta 183 gca 182 gaa 183 gga 182
ttg 158 tcg 151 tag 1 tgg 183
atg 183 acg 166 aag 160 agg 164
ctg 154 ccg 149 cag 164 cgg 139
gtg 168 gcg 155 gag 157 ggg 153
II. Archées 184 Effectifs
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 215 tcc 190 tac 190 tgc 299
atc 212 acc 189 aac 214 agc 187
ctc 214 ccc 171 cac 185 cgc 187
gtc 212 gcc 184 gac 218 ggc 243
tta 191 tca 184 taa 0 tga 18
ata 2 aca 198 aaa 197 aga 186
cta 185 cca 184 caa 196 cga 185
gta 186 gca 256 gaa 230 gga 189
ttg 163 tcg 152 tag 1 tgg 184
atg 589 acg 169 aag 166 agg 165
ctg 160 ccg 151 cag 165 cgg 139
gtg 170 gcg 159 gag 160 ggg 155
III. Archées 184 genèse duplication %
g1 t1
ttt - tct - tat - tgt -
att - act - aat - agt -
ctt 0 cct - cat - cgt 0
gtt 0 gct - gat - ggt 0
ttc 17 tcc 4 tac 4 tgc 63
atc 16 acc 4 aac 17 agc 2
ctc 19 ccc 1 cac 1 cgc 2
gtc 16 gcc 1 gac 19 ggc 34
tta 4 tca 1 taa - tga 0
ata 0 aca 8 aaa 8 aga 2
cta 1 cca 1 caa 8 cga 1
gta 2 gca 41 gaa 26 gga 4
ttg 3 tcg 1 tag 0 tgg 1
atg 222 acg 2 aag 4 agg 1
ctg 4 ccg 1 cag 1 cgg 0
gtg 1 gcg 3 gag 2 ggg 1

Les taux de genèse dans les 3 domaines

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I. Les taux de genèse dans les 3 domaines
I1. Taux de genèse des 42 champignons C42
g1 t1
ttt 2 tct 100 tat 5 tgt 2
atc 14 act 100 aat 5 agt 0
ctt 74 cct 90 cat 0 cgt 100
gtt 100 gct 100 gat 5 ggc 100
ttc 100 tcc 2 tac 100 tgc 95
att 100 acc 0 aac 100 agc 98
ctc 29 ccc 2 cac 100 cgc 0
gtc 2 gcc 0 gac 100 ggt 5
tta 93 tca 100 taa 2 tga 26
ata 98 aca 100 aaa 98 aga 95
cta 86 cca 98 caa 100 cga 52
gta 95 gca 100 gaa 100 gga 100
ttg 90 tcg 100 tag 2 tgg 95
atg 100 acg 98 aag 98 agg 98
ctg 74 ccg 50 cag 100 cgg 90
gtg 100 gcg 62 gag 100 ggg 93
I2. Taux de genèse des 79 Eucaryotes E79
g1 t1
ttt 34 tct 97 tat 34 tgt 39
atc 34 act 99 aat 42 agt 23
ctt 100 cct 100 cat 28 cgt 99
gtt 100 gct 100 gat 44 ggc 99
ttc 99 tcc 34 tac 100 tgc 99
att 100 acc 29 aac 100 agc 99
ctc 11 ccc 23 cac 99 cgc 18
gtc 47 gcc 30 gac 100 ggt 23
tta 100 tca 100 taa 48 tga 80
ata 99 aca 100 aaa 99 aga 100
cta 96 cca 100 caa 100 cga 100
gta 100 gca 99 gaa 100 gga 100
ttg 99 tcg 100 tag 33 tgg 99
atg 100 acg 97 aag 99 agg 99
ctg 100 ccg 100 cag 100 cgg 90
gtg 99 gcg 100 gag 100 ggg 95
I3. Taux de genèse des 183 archées
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 100 tcc 100 tac 100 tgc 100
atc 100 acc 99 aac 100 agc 100
ctc 98 ccc 93 cac 100 cgc 100
gtc 100 gcc 99 gac 100 ggc 99
tta 100 tca 99 taa 0 tga 10
ata 1 aca 100 aaa 99 aga 100
cta 100 cca 100 caa 99 cga 100
gta 100 gca 99 gaa 100 gga 99
ttg 86 tcg 83 tag 1 tgg 100
atg 100 acg 91 aag 87 agg 90
ctg 84 ccg 81 cag 90 cgg 76
gtg 92 gcg 85 gag 86 ggg 84
I4. Taux de genèse des 3949 Bactéries
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 2 aat 0 agt 0
ctt 8 cct 0 cat 0 cgc 8
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 100 tcc 97 tac 100 tgc 99
atc 98 acc 95 aac 100 agc 100
ctc 89 ccc 67 cac 100 cgt 92
gtc 81 gcc 77 gac 100 ggc 98
tta 95 tca 99 taa 0 tga 33
ata 1 aca 99 aaa 100 aga 99
cta 99 cca 100 caa 99 cga 20
gta 100 gca 98 gaa 99 gga 99
ttg 97 tcg 62 tag 0 tgg 99
atg 100 acg 67 aag 52 agg 80
ctg 70 ccg 54 cag 46 cgg 83
gtg 31 gcg 30 gag 28 ggg 57

Les introns des eucaryotes

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Synthèse des comparaisons

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  • Lien au tableur:Les introns des eucaryotes.
  • Légende: Les codons sont regroupés en faibles qui sont les codons xyc/t à faible effectif en tRNAs, autres pour les codons autres que les faibles. Génomes, eucaryotes ayant des introns. Les pourcentages élevés en introns ou en génomes du tableau sont séparés des pourcentages peu élevés par la bordure en gras. Les codons à fort pourcentage sont listés à droite dans l'ordre croissant. Les pourcentages sont ceux du tableau des comparaisons ci-dessous. Les codons en jaune ont un pourcentage peu élevé dans leur tableau mais élevé dans les autres tableaux.
Synthèse des comparaisons
I1. C42 Introns
faibles % autres
18 <5
tga 21
13 40-88 aga 48
13 100-190 ata 140
16 217-405 ttg 360
3 481-621 aag tac ttc
 
 
I2. E79 Introns
faibles % autres
11 0-6 14
5 8-19 14
tcc tat 22-30 5
tga 4
4 35-68 gaa ctt cca aaa
3 166-189 cga caa atg
4 406-594 aag ttg ata aga
1 1568 tac
I3. C42 Génomes
faibles % autres
18 <5
tga 17
19 21-38 aga 29
16 43-57 aag 50
8 71-90 ttc ttg
2 98 100 ata tac
 
 
I4. E79 Génomes
faibles % autres
16 0-6 19
1 8-14 22
tat 22
tga 3
3 73-87 aga ttg ata
1 100 tac
 
 
  • Analyse:
    _ Dans l'article des répétitions des bases (ref.), pour expliquer le changement des gènes de tRNAs des codons xyc chez les procaryotes en xyt chez les eucaryotes, j'ai proposé l'intervention des introns. Cette intervention serait possible grâce à la protection de la membrane nucléaire contre les enzymes qui détruiraient les transcrits avant leur modification en tRNAs partiellement appariés, plus résistants aux attaques de ces enzymes.
    _ Dans l'étude détaillée des gènes de tRNAs, avant cet article sur leur genèse et duplications, j'ai voulu confronté cette hypothèse. Le résultat flagrant du comportement exceptionnel des champignons par rapport au reste des eucaryotes m'a poussé à les étudier à part. D'où les groupes étudiés C42 pour les champignons et E79 pour les autres eucaryotes.
    _ Le comportement exceptionnel des champignons se traduit par le fait que les 45 codons forts en tRNAs, xya/g, (ct at gt tc cc ac gc cg)t et (tt ta ca aa ga tg ag gg)c, ont beaucoup de génomes à introns. Tous ces codons ont plus de 21% de génomes ayant au moins un intron (tableau I3) et 26/45 codons ont plus de 43%, alors que les E79 n'ont que 4 de ces codons avec un pourcentage de génomes supérieur à 73%, les 41 autres ayant moins de 14% (tableau I4).
    _ L'hypothèse donc de l'action des introns sur la genèse des gènes de tRNA semble être écartée. Je m'attendais à ce qu'il y ait une différence, dans le nombre de génomes à introns, entre les codons forts xyc et xyt. Or cette différence ne se manifeste ni pour les champignons (C42, tableau I2 des comparaisons ref.), où les introns sont abondants pour tous les codons forts, ni pour les autres eucaryotes (E79, tableau I4 des comparaisons ref.), où ces introns sont très rares. En plus, dans les 2 cas et sauf le cas des 4 codons aag ata ttg aga, les génomes se comportent de la même façon pour les autres codons forts xya/g.
    _ Si l’action des introns n’influence pas la genèse des gènes, influence-t-elle leurs duplications? La distinction même entre les 2 groupes laisse penser que c’est le cas. Ainsi cette action serait négative: Les champignons ont un taux de multiplicité 2 fois plus faibles que les autres eucaryotes (4,17 contre 8,91 ref.) mais 6 fois plus d’introns (6721) répartis sur 40 codons forts (sans ttc cca tac aag gag, comparaison I1 et I2), que les autres eucaryotes (1125) répartis aussi sur 40 codons forts (sans tac ata ttg aag aga, comparaison I3 et I4).
    _ J'ai étudié alors la corrélation entre introns et tRNAs. Apparemment il y aurait une forte corrélation pour le groupe des champignons C42, diagramme C42, et non pour le groupe E79, diagramme E79. Cependant cette corrélation est due surtout au fait que le total tRNAs contient déjà les tRNAs à introns et plus cette part est grande (C42) plus la corrélation est forte et vis versa (E79). Aussi la corrélation entre tRNAs avec ou sans introns montre bien dans les 2 cas, diagramme C42s et E79s, qu'il n'y a pas corrélation pour le groupe des champignons aussi. Dans le tableau numérique de ces diagrammes j'ai ajouté la colonne %sans qui indique la proportion des tRNAs sans introns. Cette colonne conforte bien ce que l'on devine sur le diagramme C42s: un groupe de 16 codons avec beaucoup d'introns séparé des autres (32 codons) avec très peu d'introns. Le tri sur la colonne %sans permet de voir que le 1er groupe commence avec le codon ata et se termine avec ttg (21%) puis suivent tga(25%) et tgg(28%). La rupture est nette quand on passe à gcg(40%) gag(43%) du 2ème groupe qui s'étale de façon continue de agg (48%) jusqu'à aga(90%). De même dans le diagramme E79s, où j'ai exclu 11 effectifs élevés en introns, les codons faibles en tRNAs (sauf gtc acc gcc agt) se distinguent par leurs introns des autres codons non exclus. Trois codons à tRNAs faibles sont remarquables, par leurs introns, en effectifs et en génomes respectivement (Tableau des effectifs II3 et II4): tat (24 17) tag (13 10) tcc (23 4).
    _

Les introns des eucaryotes. Effectifs

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I. Les introns des eucaryotes. Effectifs
I1. Introns des C42. Introns
g1 t1
ttt 2 tct 35 tat 0 tgt 1
atc 1 act 42 aat 2 agt 0
ctt 143 cct 125 cat 0 cgt 91
gtt 59 gct 119 gat 2 ggc 102
ttc 261 tcc 1 tac 250 tgc 30
att 141 acc 0 aac 94 agc 144
ctc 2 ccc 0 cac 92 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 125 ggt 1
tta 35 tca 43 taa 1 tga 9
ata 59 aca 30 aaa 131 aga 20
cta 68 cca 168 caa 59 cga 80
gta 25 gca 43 gaa 50 gga 42
ttg 151 tcg 66 tag 1 tgg 124
atg 104 acg 25 aag 202 agg 36
ctg 71 ccg 31 cag 65 cgg 17
gtg 37 gcg 36 gag 170 ggg 33
I2. Introns des C42. Génomes
g1 t1
ttt 1 tct 9 tat 0 tgt 1
atc 1 act 13 aat 2 agt 0
ctt 21 cct 20 cat 0 cgt 22
gtt 9 gct 14 gat 2 ggc 11
ttc 35 tcc 1 tac 42 tgc 12
att 16 acc 0 aac 16 agc 38
ctc 2 ccc 0 cac 19 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 15 ggt 1
tta 19 tca 24 taa 1 tga 7
ata 41 aca 15 aaa 36 aga 12
cta 32 cca 33 caa 20 cga 16
gta 21 gca 16 gaa 18 gga 14
ttg 32 tcg 37 tag 1 tgg 30
atg 24 acg 15 aag 21 agg 18
ctg 20 ccg 18 cag 15 cgg 12
gtg 20 gcg 18 gag 16 ggg 16
I3. Introns des E79. Introns
g1 t1
ttt 11 tct 2 tat 24 tgt 2
atc 14 act 10 aat 4 agt 2
ctt 45 cct 18 cat 6 cgt 0
gtt 3 gct 4 gat 4 ggc 7
ttc 2 tcc 23 tac 1239 tgc 14
att 5 acc 0 aac 8 agc 9
ctc 1 ccc 5 cac 11 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gac 18 ggt 4
tta 18 tca 13 taa 8 tga 3
ata 454 aca 5 aaa 54 aga 469
cta 2 cca 50 caa 148 cga 131
gta 5 gca 2 gaa 28 gga 21
ttg 400 tcg 2 tag 13 tgg 5
atg 149 acg 7 aag 321 agg 14
ctg 7 ccg 11 cag 17 cgg 4
gtg 6 gcg 4 gag 13 ggg 15
I4. Introns des E79. Génomes
g1 t1
ttt 5 tct 2 tat 17 tgt 2
atc 5 act 7 aat 4 agt 2
ctt 10 cct 6 cat 3 cgt 0
gtt 2 gct 4 gat 3 ggc 4
ttc 2 tcc 4 tac 79 tgc 10
att 3 acc 0 aac 5 agc 6
ctc 1 ccc 3 cac 9 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gac 2 ggt 3
tta 8 tca 9 taa 3 tga 2
ata 69 aca 3 aaa 8 aga 58
cta 2 cca 7 caa 8 cga 7
gta 5 gca 2 gaa 8 gga 9
ttg 65 tcg 1 tag 10 tgg 4
atg 11 acg 6 aag 7 agg 5
ctg 7 ccg 4 cag 8 cgg 2
gtg 6 gcg 4 gag 6 ggg 7

Les introns des eucaryotes. Comparaisons

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I. Les introns des eucaryotes. Effectifs %
I1. Introns des C42. Introns %
g1 t1
ttt 5 tct 83 tat 0 tgt 2
atc 2 act 100 aat 5 agt 0
ctt 340 cct 298 cat 0 cgt 217
gtt 140 gct 283 gat 5 ggc 243
ttc 621 tcc 2 tac 595 tgc 71
att 336 acc 0 aac 224 agc 343
ctc 5 ccc 0 cac 219 cgc 0
gtc 2 gcc 0 gac 298 ggt 2
tta 83 tca 102 taa 2 tga 21
ata 140 aca 71 aaa 312 aga 48
cta 162 cca 400 caa 140 cga 190
gta 60 gca 102 gaa 119 gga 100
ttg 360 tcg 157 tag 2 tgg 295
atg 248 acg 60 aag 481 agg 86
ctg 169 ccg 74 cag 155 cgg 40
gtg 88 gcg 86 gag 405 ggg 79
I2. Introns des C42. Génomes %
g1 t1
ttt 5 tct 21 tat 0 tgt 2
atc 2 act 31 aat 5 agt 0
ctt 50 cct 48 cat 0 cgt 52
gtt 21 gct 33 gat 5 ggc 26
ttc 83 tcc 2 tac 100 tgc 29
att 38 acc 0 aac 38 agc 90
ctc 5 ccc 0 cac 45 cgc 0
gtc 2 gcc 0 gac 36 ggt 2
tta 45 tca 57 taa 2 tga 17
ata 98 aca 36 aaa 86 aga 29
cta 76 cca 79 caa 48 cga 38
gta 50 gca 38 gaa 43 gga 33
ttg 76 tcg 88 tag 2 tgg 71
atg 57 acg 36 aag 50 agg 43
ctg 48 ccg 43 cag 36 cgg 29
gtg 48 gcg 43 gag 38 ggg 38
I3. Introns des E79. Introns %
g1 t1
ttt 14 tct 3 tat 30 tgt 3
atc 18 act 13 aat 5 agt 3
ctt 57 cct 23 cat 8 cgt 0
gtt 4 gct 5 gat 5 ggc 9
ttc 3 tcc 29 tac 1568 tgc 18
att 6 acc 0 aac 10 agc 11
ctc 1 ccc 6 cac 14 cgc 4
gtc 0 gcc 1 gac 23 ggt 5
tta 23 tca 16 taa 10 tga 4
ata 575 aca 6 aaa 68 aga 594
cta 3 cca 63 caa 187 cga 166
gta 6 gca 3 gaa 35 gga 27
ttg 506 tcg 3 tag 16 tgg 6
atg 189 acg 9 aag 406 agg 18
ctg 9 ccg 14 cag 22 cgg 5
gtg 8 gcg 5 gag 16 ggg 19
I4. Introns des E79. Génomes %
g1 t1
ttt 6 tct 3 tat 22 tgt 3
atc 6 act 9 aat 5 agt 3
ctt 13 cct 8 cat 4 cgt 0
gtt 3 gct 5 gat 4 ggc 5
ttc 3 tcc 5 tac 100 tgc 13
att 4 acc 0 aac 6 agc 8
ctc 1 ccc 4 cac 11 cgc 4
gtc 0 gcc 1 gac 3 ggt 4
tta 10 tca 11 taa 4 tga 3
ata 87 aca 4 aaa 10 aga 73
cta 3 cca 9 caa 10 cga 9
gta 6 gca 3 gaa 10 gga 11
ttg 82 tcg 1 tag 13 tgg 5
atg 14 acg 8 aag 9 agg 6
ctg 9 ccg 5 cag 10 cgg 3
gtg 8 gcg 5 gag 8 ggg 9

Les introns des eucaryotes. Corrélation introns/tRNAs

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  • Lien au tableur:Les introns des eucaryotes. Corrélation introns/tRNAs.
  • Légende:
    _ Le tableau de C42 vient des totaux des tRNAs C42, tableau II3, et des totaux des introns C42, tableau I1. Les 100 sont artificiels pour qu'au tri ils soient au même niveau que les codons faibles. La bordure horizontale sépare, avec le tri sur la colonne tRNAs, les codons faibles en tRNAs des codons forts. Le diagramme C42, introns en fonction des tRNAs, ne contient que les codons forts en tRNAs, soit 45 codons au total. L'option "passage forcé par l'origine" de calc a été cochée. Le diagramme C42s, tRNAs sans introns (colonne sans in) en fonction des introns, ne contient que les codons forts en tRNAs, soit 45 codons au total. Le diagramme C42s a les 2 droites avec ou sans l'option "passage forcé par l'origine" de calc.
    _ Le tableau de E79 vient des totaux des tRNAs E79, tableau II3, et des totaux des introns E79, tableau I3. Les nombres en cyan ne font pas partie du diagramme E79. Ce sont les effectifs en introns très élevés, ils sont au nombre de 11. Les diagrammes E79 et E79s sont faits donc de 53 points dont 16 codons xyc/t faibles en tRNAs. Le diagramme E79, introns en fonction des tRNAs, a l'option "passage forcé par l'origine" de calc cochée. Le diagramme E79s, tRNAs sans introns (colonne sans in) en fonction des introns, a les 2 droites avec ou sans l'option "passage forcé par l'origine" de calc.
  • Les paramètres des diagrammes, corrélation tRNAs/introns, C42 E79. Les 11 codons exclus sont ceux colorés en cyan dans le tableau des diagrammes. Les codons tat et tcc ont été exclus, en plus, pour essayer d'améliorer le coefficient R2. Les valeurs très faibles (0.032 et 0.048) de ce coefficient pour E79, quand on ne force pas la droite à passer par l'origine, laissent penser qu'il y a une très mauvaise corrélation malgré les bons coefficients quand on force à passer par l'origine (0.628 et 0.467). Pour C42, les R2 de 0.25 et 0.49 élevés, quand on ne passe pas par l'origine, confortent la bonne corrélation (0.72 et 0.72) quand on passe par l'origine. La colonne diagramme indique les valeurs reportées sur les diagrammes C42 et E79.
E79			origine	codons exclus	droite		R2	diagramme
sans codons faibles	non	11		0,003x+6,174	0,032	
avec codons faibles	non	11		0,003x+6,461	0,048	*
sans codons faibles	oui	11		0,009x		0,628	
avec codons faibles	oui	11		0,009x		0,467	
avec codons faibles	non	13		0,004x+4,871	0,128	
avec codons faibles	oui	13		0,009x		0,559	
C42									
sans codons faibles	non	0		0,25x+37,67	0,25	
sans codons faibles	oui	0		0,39x		0,72	*
avec codons faibles	non	0		0,33x+15,08	0,49	
avec codons faibles	oui	0		0,39x		0,72
  • Les paramètres des diagrammes, corrélation des tRNAs avec/sans introns, C42s E79s. Ces diagrammes éliminent la part de corrélation artificielle apportée par le choix des valeurs à corréler. En effet le nombre total de tRNAs contient déjà les tRNAs à introns que j'essaie de comparer aux introns. C'est ce qu'on nomme des variables non indépendantes en statistique. Nous voyons alors que pour C42 la corrélation est aussi mauvaise que E79 pour lequel on a les mêmes valeurs qu'au paragraphe précédent, due expressément aux faibles effectifs des introns. Voir le paragraphe précédent pour la lecture cette liste.
E79s			origine	codons exclus	droite		R2	diagramme
avec codons faibles	non	11		15.86x+495.94	0.04	*
avec codons faibles	oui	11		51.59x		0.46	*
C42s									
sans codons faibles	non	0		-0,02x+109,14	0,00	*
sans codons faibles	oui	0		0,84x		0,35	*
avec codons faibles	non	0		0.46x + 48.25	0,09	
avec codons faibles	oui	0		0,84x		0,35
  • Les diagrammes: C42  E79  C42s  E79s permettent de visualiser les positions relatives des codons.
I. Les introns des eucaryotes. Corrélations introns/tRNAs.
I1. Introns des C42
C42 tRNAs introns sans in %sans
acc 0 0 0 100
agt 0 0 0 100
cat 0 0 0 100
cgc 0 0 0 100
gcc 0 0 0 100
gtc 1 1 0 0
taa 1 1 0 0
tag 1 1 0 0
tcc 1 1 0 0
tgt 1 1 0 0
ccc 1 0 1 100
aat 2 2 0 0
gat 2 2 0 0
ttt 2 2 0 0
ggt 2 1 1 50
tat 2 0 2 100
atc 6 1 5 83
tga 12 9 3 25
ctc 18 2 16 89
ccg 36 31 5 14
cgg 55 17 38 69
ata 59 59 0 0
gcg 60 36 24 40
gta 64 25 39 61
acg 66 25 41 62
agg 69 36 33 48
ggg 69 33 36 52
cta 75 68 7 9
tcg 80 66 14 18
ctg 89 71 18 20
cga 92 80 12 13
tca 92 43 49 53
gtg 94 37 57 61
aca 100 30 70 70
tta 132 35 97 73
gca 141 43 98 70
tgc 143 30 113 79
gga 146 42 104 71
cag 149 65 84 56
agc 155 144 11 7
aaa 155 131 24 15
cct 155 125 30 19
ctt 170 143 27 16
tgg 173 124 49 28
ttg 190 151 39 21
caa 196 59 137 70
cca 205 168 37 18
aga 207 20 187 90
cac 220 92 128 58
cgt 238 91 147 62
tac 252 250 2 1
gaa 252 50 202 80
ttc 296 261 35 12
gag 296 170 126 43
aac 297 94 203 68
tct 310 35 275 89
atg 324 104 220 68
act 332 42 290 87
att 378 141 237 63
gct 389 119 270 69
gtt 401 59 342 85
gac 409 125 284 69
aag 426 202 224 53
ggc 487 102 385 79
I2. Introns des E79
E79 tRNAs introns sans in %sans
ctc 11 1 10 91
cgc 24 3 21 88
ccc 29 5 24 83
cat 36 6 30 83
ttt 51 11 40 78
tat 57 24 33 58
gtc 67 0 67 100
tgt 68 2 66 97
acc 68 0 68 100
gcc 69 1 68 99
atc 71 14 57 80
taa 75 8 67 89
aat 75 4 71 95
gat 76 4 72 95
ggt 80 4 76 95
agt 80 2 78 98
tag 81 13 68 84
tcc 86 23 63 73
tga 140 3 137 98
cgg 369 4 365 99
ccg 405 11 394 97
tcg 438 2 436 100
acg 480 7 473 99
cta 486 2 484 100
ata 564 454 110 20
tca 579 13 566 98
ggg 582 15 567 97
tta 592 18 574 97
cga 609 131 478 78
gcg 611 4 607 99
gta 635 5 630 99
ttg 657 400 257 39
aga 682 469 213 31
ctg 711 7 704 99
aca 716 5 711 99
agg 794 14 780 98
ctt 857 45 812 95
cgt 884 0 884 100
cct 908 18 890 98
agc 910 9 901 99
tct 920 2 918 100
tgg 936 5 931 99
caa 942 148 794 84
cca 995 50 945 95
gtg 1 002 6 996 99
act 1 021 10 1011 99
gtt 1 022 3 1019 100
cac 1 028 11 1017 99
gga 1 041 21 1020 98
cag 1 095 17 1078 98
gca 1 100 2 1098 100
gaa 1 176 28 1148 98
ttc 1 195 2 1193 100
att 1 238 5 1233 100
tac 1 310 1239 71 5
gag 1 401 13 1388 99
ggc 1 411 7 1404 100
aaa 1 413 54 1359 96
gac 1 571 18 1553 99
aac 1 592 8 1584 99
aag 1 627 321 1306 80
gct 1 733 4 1729 100
tgc 1 845 14 1831 99
atg 2 188 149 2039 93

Les introns des champignons: genèse duplications et introns

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Principe du codon obligatoire

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Modèles de l'ordre obligatoire. genèses.
I. Bactéries 4032, genèse des codons.
g1 t1
ttt 10 tct 5 tat 4 tgt 3
att 5 act 92 aat 5 agt 1
ctt 331 cct 10 cat 3 cgc 318
gtt 9 gct 2 gat 0 ggt 1
ttc 3 938 tcc 3 822 tac 3 932 tgc 3 927
atc 3 863 acc 3 732 aac 3 930 agc 3 931
ctc 3 510 ccc 2 657 cac 3 933 cgt 3 623
gtc 3 207 gcc 3 035 gac 3 933 ggc 3 879
tta 3 741 tca 3 921 taa 12 tga 1 304
ata 48 aca 3 929 aaa 3 930 aga 3 916
cta 3 916 cca 3 932 caa 3 924 cga 807
gta 3 931 gca 3 889 gaa 3 923 gga 3 926
ttg 3 835 tcg 2 449 tag 17 tgg 3 918
atg 3 945 acg 2 655 aag 2 040 agg 3 147
ctg 2 782 ccg 2 124 cag 1 811 cgg 3 292
gtg 1 209 gcg 1 181 gag 1 121 ggg 2 238
II.Bacilli 678, genèse des codons.
g1 t1
ttt 4 tct 2 tat 1 tgt 1
att 0 act 62 aat 2 agt 0
ctt 262 cct 4 cat 1 cgc 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 663 tcc 648 tac 663 tgc 659
atc 649 acc 540 aac 661 agc 658
ctc 396 ccc 38 cac 659 cgt 661
gtc 292 gcc 165 gac 663 ggc 658
tta 658 tca 660 taa 1 tga 6
ata 12 aca 662 aaa 662 aga 646
cta 656 cca 659 caa 663 cga 35
gta 661 gca 656 gaa 663 gga 662
ttg 657 tcg 263 tag 1 tgg 653
atg 663 acg 275 aag 368 agg 437
ctg 287 ccg 106 cag 105 cgg 658
gtg 5 gcg 52 gag 93 ggg 109
III. E79 Eucaryotes
g1 t1
ttt 27 tct 77 tat 27 tgt 31
atc 27 act 78 aat 33 agt 18
ctt 79 cct 79 cat 22 cgt 78
gtt 79 gct 79 gat 35 ggc 78
ttc 78 tcc 27 tac 79 tgc 78
att 79 acc 23 aac 79 agc 78
ctc 9 ccc 18 cac 78 cgc 14
gtc 37 gcc 24 gac 79 ggt 18
tta 79 tca 79 taa 38 tga 63
ata 78 aca 79 aaa 78 aga 79
cta 76 cca 79 caa 79 cga 79
gta 79 gca 78 gaa 79 gga 79
ttg 78 tcg 79 tag 26 tgg 78
atg 79 acg 77 aag 78 agg 78
ctg 79 ccg 79 cag 79 cgg 71
gtg 78 gcg 79 gag 79 ggg 75
IV. Archées 184
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 183 tcc 183 tac 183 tgc 183
atc 183 acc 182 aac 183 agc 183
ctc 180 ccc 170 cac 183 cgc 183
gtc 183 gcc 182 gac 183 ggc 181
tta 183 tca 182 taa 0 tga 18
ata 2 aca 183 aaa 182 aga 183
cta 183 cca 183 caa 182 cga 183
gta 183 gca 182 gaa 183 gga 182
ttg 158 tcg 151 tag 1 tgg 183
atg 183 acg 166 aag 160 agg 164
ctg 154 ccg 149 cag 164 cgg 139
gtg 168 gcg 155 gag 157 ggg 153
V. Methanococci 16
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 16 tcc 16 tac 16 tgc 16
atc 16 acc 16 aac 16 agc 16
ctc 16 ccc 15 cac 16 cgc 16
gtc 16 gcc 16 gac 16 ggc 16
tta 16 tca 16 taa 0 tga 16
ata 0 aca 16 aaa 16 aga 16
cta 16 cca 16 caa 16 cga 16
gta 16 gca 15 gaa 16 gga 16
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 16
atg 16 acg 1 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 7 gcg 0 gag 0 ggg 0
VI. C42 Champignons
g1 t1
ttt 1 tct 42 tat 2 tgt 1
atc 6 act 42 aat 2 agt 0
ctt 31 cct 38 cat 0 cgt 42
gtt 42 gct 42 gat 2 ggc 42
ttc 42 tcc 1 tac 42 tgc 40
att 42 acc 0 aac 42 agc 41
ctc 12 ccc 1 cac 42 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 42 ggt 2
tta 39 tca 42 taa 1 tga 11
ata 41 aca 42 aaa 41 aga 40
cta 36 cca 41 caa 42 cga 22
gta 40 gca 42 gaa 42 gga 42
ttg 38 tcg 42 tag 1 tgg 40
atg 42 acg 41 aag 41 agg 41
ctg 31 ccg 21 cag 42 cgg 38
gtg 42 gcg 26 gag 42 ggg 39


  • Le codon obligatoire: Jusqu'à maintenant dans l’affichage par groupe de gènes ou par aas je cherchais à colorer les groupes homogènes et les codons exceptionnels comme je les soupçonnais d'après la réflexion sur le code adénélique dans la genèse. L'origine de ce classement vient du tableau des effectifs des gènes de tRNA des 4032 bactéries (tableaux I12 et I122) de la base de données gtRNAdb, notamment grâce au grand nombre de génomes. Pour repérer facilement l’aa dans l’ordre adénélique j’ai conservé l'ordre de la base variable, c'est-à-dire tcag (xytcag pour l'ordre aa et tcagxy pour l’ordre adénélique). Ainsi l'ordre adénélique (tri g1) divise le tableau en 5 groupes homogènes et plusieurs codons exceptionnels suivant de nombreux critères que j'ai repéré dans plusieurs processus. J'ai appliqué ce format de couleurs pour tout processus et pour les domaines de génomes pour repérer la constance ou la variance de ces groupes et exceptions.
     Devant le grand nombre de processus étudiés avec les gènes de tRNA dans le chapitre GDI (genèse, duplications identiques et non identiques, et ces mêmes duplications appliquées aux introns), j'ai du repenser mon classement en groupes et exceptions. Il fallait trouver un groupe toujours existant, c'est-à-dire à genèse toujours totale. Ce groupe servira de référence. Il est vrai que l'absolu en biologie n'existe pas mais les 4 codons xac paraissent remplir ce contrat du point de vue de la quasi absence des gènes xat dans les 3 domaines et du point de vue de la sélection naturelle qui n'a qu'un seul codon à sa disposition pour traduire l’aa attaché au codon xac.
  • Le principe du codon obligatoire: Le groupe obligatoire xac a 2 caractéristiques principales, c'est un groupe adénélique très homogène à cause des 2 bases ac communes et en même temps tous ses codons sont obligatoires. Si l'on ne tenait compte que de la caractéristique "obligatoire" on aura 2 groupes assymétriques, l'un réduit à 8 codons obligatoires (xac ttc tgc tgg atg) mais qui va être nécessairement hétérogène dans le classement adénélique et l'autre englobant tous les autres codons non obligatoires mais regroupés en groupes adénéliques.
     Le principe du codon obligatoire est d'assouplir ces 2 caractéristiques des codons pour pouvoir les regroupés en groupes moins homogènes en termes d'ordre adénélique mais qui sont plus ou moins obligatoires. Pour assouplir la caractéristique "obligatoire" je fait intervenir le nombre de codons par aa, les aas à 2 codons seront plus "obligatoires" que ceux à 4 ou 6 codons; puis je tiens compte du degré de genèse du codon qui, dans le groupe xac, est totale et garantit le caractère obligatoire. Pour rendre moins homogènes les groupes il suffit d'étendre le groupe adénélique à 1 seule base commune en prévilégiant la 3ème base par rapport à la 2ème, la base c sur la base a du groupe xac. Ceci est tout à fait en accord avec l'ordre adénélique (la genèse) où on a montré que les processus de réparation et de réplication se font dans le sens cax et donnent du coup plus d'importance à la base c qu'à la base a.
  • L'ordre obligatoire: C'est l'ordre des codons du plus obligatoire au moins obligatoire et du groupe le plus homogène au moins homogène. Pour simplifier la réflexion je vais suffixer les groupes par B, Bxac, pour groupe obligatoire xac et par D, Dxac Dxyc Dxay pour respectivement groupe adénélique xac, grand groupe adénélique xyc et grand groupe adénélique xay.
    − Groupe obligatoire xac, Bxac: tac aac cac gac, ttc agc tgc atc.
    1. Bxac: Bxac inclut le groupe adénélique Dxac homogène de 4 codons obligatoires au sens strict. Nous avons vu qu'à lui seul ce groupe ne répond pas au principe du codon obligatoire. Donc le groupe obligatoire Bxac doit incorporer d'autres codons moins obligatoires ou rendant le groupe moins homogène.
    2. ttc tgc:Deux codons obligatoires au sens strict, ttc et tgc, appartenant au grand groupe adénélique Dxyc répondent à ces 2 conditions. Ce sont en effet les seuls codons obligatoires au sens strict et les plus proches du point de vue homogénéité de Dxac. Les 2 derniers codons obligatoires au sens strict que sont tgg et atg n'ont aucun lien d'homogénéité avec Dxac puisqu'ils appartiennent au grand groupe adénélique Dxyg et tout codon du grand groupe adélénique Dxya ressemble moins à Dxac que ne le sont les codons ttc et tgc puisque cette ressemblance est soutenue par sa 2ème base qui ne vient qu'en 2ème position d'importance pour l'homogénéité adénélique.
    3. Le codon agc: Il a la particularité de se comporter comme ttc et tgc. Comme tgc il appartient au groupe Dxgc et comme ttc il appartient à un doublet codant pour 2 aas. Mais alors que ttc est obligatoire, agc ne l'est pas puiqu'il appartient au groupe de 6 codons codant la Ser. Cependant sa genèse est totale dans les 3 domaines (archées bactéries champignons E9 eucaryotes) comme ttc. Avec ces 2 caractéristiques les codons ttc et agc sont équivalents. On peut dire que agc est un codon quasi obligatoire. Et comme il appartient au groupe Dxgc comme tgc et que ce dernier a été incorporé au groupe Bxac, agc doit être aussi incorporé dans ce groupe.
    4. Le codon atc: En raisonant au niveau des procaryotes seuls, ce codon est obligatoire puisque att est inexistant et que le doublet atx ne code que pour 2 aas, Ile et Met. Mais on sait que les tRNAs Met avec le même anticodon CAT et après modifications et traduction produisent 3 aas, Met Ile (en plus de celui produit par atc) et le codon Ini (initiation de la traduction). Cependant, comme agc, sa genèse est quasi totale et appartient au groupe Dxtc de ttc, malgré la genèse totale du codon ata chez les archées et chez les eucaryotes (champignons E9 eucaryotes) où il est remplacé par le codon att. Chez les bactéries, sa genèse est à 98% seulement mais elle n'est dépassée que par celle de ggc (3863 contre 3879) dans le grand groupe adénélique Dxyc. On peut dire comme pour agc, que atc est un codon quasi obligatoire et doit être incorporé au groupe Bxac. En raisonnant au niveau des eucaryotes le codon atc diminue drastiquement l'homogénéité adénélique du groupe. C'est la 1ère exception dans l'ordre obligatoire.
    5. Après Bxac. La caractéristique obligatoire des 56 codons restant après le groupe Bxac: Ce groupe est constitué d'un sous-groupe de 4 codons très homogènes, dans le sens adénélique avec les bases c et a, dans cet ordre. A ces 4 codons sont associés 4 codons qui sont certes obligatoires, mais se rapprochent fortement et non totalement au sous-groupe, au sens adénélique, par la 1ère base adénélique c. Comme les 2 derniers codons obligatoires tgg et atg appartiennent à 2 groupes adénéliques, Dxgg et Dxtg différents, je ne peux pas construire un groupe obligatoire homogène constitué que d'un seul codon. Aussi, bien que ces 2 codons soient obligatoires au sens strict, ils ne seront qu'associés, chacun, à un groupe obligatoire plus faible du point de vue de cette caractéristique mais ayant un groupe adénélique de 4 codons, homogène par la définition de l'ordre adénélique même. Tous les groupes obligatoires qui vont suivre seront constitués d'un groupe adénélique auquel seront associés des codons proches du point de vue homogénéité. L'ordre obligatoire ne se définira plus que par la somme des caractéristiques obligatoires de ses codons. Le degré d'obligatoire sera élevé pour les aas à 2 codons que les aas à 4 codons. Viendra ensuite la genèse du codon, plus sa genèse est élevée plus son degré obligatoire est élevé. On pourra affecté le coefficient 2 pour les codons à 2 aas et 1 pour les codons à 4 aas.
    6. Analogie du groupe Bxac avec le code génétique défini par la résonance dans l'ADN.
      Je parle du code génétique de la traduction. L'hypothèse de la résonance dans l’ADN concerne les codons des gènes protéiques et ceux-ci mêmes. A priori les gènes de tRNA ne sont pas constitués de ces codons. Mais le groupe Bxac s'est formé de la même façon que ce code défini par la résonance dans l'ADN. Ainsi,
       Avec l'hypothèse de la résonance j'attribue une forte résonance et un faible appariement à la colonne 3, une faible résonance et un fort appariement à la colonne 2. J'ai conclu alors que l'homogénéité des 2 colonnes est due à la 2ème base de leurs codons et comme les colonnes 1 et 4 sont hétérogènes ( acides aminés à 1 2 4 codons pour les 2 et pour la colonne 4 bascule de cgc en cgt plus le comportement anormal du codon SeC à la fois codon stop et codant), j’ai associé les lignes 1 et 3 à la colonne 3 avec une résonance moyenne et un appariement faible, et les lignes 2 et 4 à la colonne 2 avec une résonance faible et un appariement moyen. Ces attributions des forces expliquent alors pourquoi les croisements des lignes 1 3 avec les colonnes 1 4 donnent des aas à 2 codons et celui des lignes 2 4 avec les colonnes 1 4 donnent des aas à 4 codons.
       Le principe du codon obligatoire nous oblige à choisir 4 codons de la colonne 3 (Dxac) et d'associer les 2 codons ttc atc issus du croisement des lignes 1 3 (avec l'affichage tcagx) avec la colonne 1, et les 2 codons tgc agc issus du croisement des lignes 2 4 avec la colonne 4. Par commodité d'affichage j'ai juxtaposé les lignes 1 3 de l'affichage tcag-c du grand groupe adénélique Dxyc en lignes 1 2 de l'affichage tacg-c. J'ai fait de même avec les lignes 2 4 en 3 4. Ce faisant je retrouve l’appariement at et cg de l'ADN, sans qu'il y ait un vrai appariement. En effet les gènes de tRNA par leur longueur et l’asymétrie de leur structure ne sont pas appariés à un autre gène tRNA. Son complément n'est pas un gène de tRNA. Par contre les codons des gènes protéiques, leur complément peut être un codon protéique. C'est pour cela après la déclinaison des 8 groupes de l'ordre obligatoire, pour renforcer le parallélisme, je considérerai l'hypothèse de la résonance des gènes de tRNA.
    − Les 8 groupes de l'ordre obligatoire:
    1. Groupe Bxac: tac aac cac gac, ttc agc tgc atc.
    2. Groupe Bxcc: tcc acc ccc gcc ctc gtc cgc ggc.
      Après la construction du groupe Bxac le reste du grand groupe adénélique Dxyc est constitué du groupe adénélique Dxcc et des codons ctc gtc cgc ggc. Ces derniers sont les plus proches du groupe Dxcc d'après le principe du codon obligatoire et de l'hypothèse de la résonance dans l’ADN. En effet d'après cette dernière hypothèse ils appartiennent aux doublets traductionnels ctx gtx cgx ggx, tous ne codant que pour un seul aa. Et ils sont proches du point de vue homogénéité adénélique du groupe Dxcc par leur 3ème base, comme pour la construction du groupe obligatoire Bxac. Ainsi par construction au groupe Bxac sera associé le groupe Bxcc beaucoup moins obligatoire que lui mais très homogène. Les groupes obligatoires suivant vont être construits par le même processus, d'abord un groupe à caractéristique obligatoire forte avec 4 codons issus de la colonne 3 (aas à 2 codons) et 4 codons issus des colonnes 1 4 (aas à 2 codons), puis son groupe associé issu du même grand groupe adénélique avec 4 codons de la colonne 2 (aas à 4 codons) et 4 codons issus des colonnes 1 4 (aas à 4 codons). Nous voyons que par ce processus on ne parle plus d'aas à 6 codons, puisque je considère que les doublets traductionnels ttx et agx sont à 2 aas.
    3. Groupe Bxaa: taa aaa caa gaa, tta ata tga aga.
      C'est un groupe obligatoire fort mais il lui manque un codon, taa. Les codons stop, du point de vue genèse de gène de tRNA, n'existent pas. Ce n'est pas une hétérogénéité. Par contre le gène du codon tga existe du point de vue fonctionnel (aa SeC) et pourrait introduire une hétérogénéité dans les effectifs mais il introduit obligatoirement une hétérogénéité adénélique puisqu'il ne code qu'un seul aa comme si c'était un codon obligatoire xac et en même temps c'est un codon stop. Le codon ata pose à peu près le même problème. Mais si tga a 2 fonctions concomitantes, une quand il est absent et l'autre quand il est présent, le codon ata existe toujours avec la même fonction mais avec 2 gènes différents avec 2 triplets différents. Ces comportements sont le reflet de la sensibilité de ces 3 codons aux contraintes de la traduction et de la réplication.
    4. Groupe Bxca: tca aca cca gca, cta gta cga gga.
      C'est le groupe associé au groupe Bxaa. Il est remarquable par sa constance bien qu'il soit exempte d'aas à 2 codons. Il ressemble étrangement au groupe le plus fort Bxac sauf qu'il a un seul codon cga qui est tès faible chez les bactéries et les champignons.
    5. Groupe Bxag: tag aag cag gag, ttg atg tgg agg.
      C'est un groupe obligatoire fort comme Bxaa et se comporte comme lui, avec un codon stop, un codon obligatoire tgg le pendant de tga et un autre obligatoire atg le pendant de ata et qui code un gène qui, modifié, traduit les codons ata. Cependant on est dans le grand groupe adénélique Dxyg qui se manifeste, à part les 2 codons obligatoires tgg et atg, par une très grande variabilité de la genèse dans les 3 domaines.
    6. Groupe Bxcg: tcg acg ccg gcg, ctg gtg cgg ggg. Groupe associé au groupe Bxag.
    7. Groupe Bxat: tat aat cat gat, ttt att tgt agt. Ce n'est pas un groupe obligatoire mais défini par construction.
    8. Groupe Bxct: tct act cct gct ctt gtt cgt ggt. Ce groupe est obligatoire chez les eucaryotes mais pas chez les procaryotes.
  • La résonance des gènes de tRNA

C42.GDI Les carrés

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  • Lien au tableur:C42.GDI Les carrés.
  • Note: Ici les tableaux des genèses, des duplications et des introns des tRNAs sont présentés sous forme de carrés plus faciles à lire pour contrôler les tableaux de synthèse.
  • Légende: Voir le principe du codon obligatoire (ref.). Le nouveau affichage respecte ce principe et diffère légèrement de l'affichage adénélique précédent (ref.).
    − Les couleurs
    1. Cyan,   2  , codons à faible effectif de tRNAs, xyc/t tga taa tag. Les codons stop sont encadrés en bleu.
    2. Sans couleur,   310  , codons obligatoires de la 2ème colonne, xct xca et les codons obligatoires de la 3ème colonne, xac xaa.
    3. Bleu,      , signale que le bleu des colonnes 1 et 4 se rapporte aux codons obligatoires (blanc) de la 2ème colonne xct xca.
    4. Bleu,   170  , effectif des codons accompagnant les codons de la 2ème colonne: ctt gtt cgt ggc accompagnent xct, cta gta cga gga accompagnent xca.
    5. Vert,      , signale que le vert des colonnes 1 et 4 se rapporte aux codons obligatoires (blanc) de la 3ème colonne xac xaa.
    6. Vert,   296  , effectif des codons accompagnant les codons de la 3ème colonne: ttc att tgc agc accompagnent xac, tta ata aga accompagnent xaa. Le codon ata est encadré en bleu.
    7. Jaune,   80  , codons à faible effectif de tRNAs, xcg de la 2ème colonne. Bien que non obligatoire, ces codons sont accompagnés avec les codons correspondant des colonnes 1 et 4 comme je l'ai fait pour les codons obligatoires xct xca, soit ctg gtg cgg ggg.
    8. Orange,   190  , codons à faible effectif de tRNAs, xag de la 3ème colonne. Bien que non obligatoire, ces codons sont accompagnés avec les codons correspondant des colonnes 1 et 4 comme je l'ai fait pour les codons obligatoires xac xaa, soit ttg atg agg tgg. Du point de vue de la traduction tgg et atg sont obligatoires. En plus atg est particulier puisqu'il contient 2 types de codons, un pour l'initiation et un pour Met, je l'ai encadré en bleu.
    − Les tris des codons:
    1. g1 permet le tri adénélique ou génique, avec la 1ère base variable mais dans l'ordre txy axy cxy gxy, différemment de l’ancien (ref.) qui avait l'ordre t c a g.
    2. t1 permet le tri de la traduction sous forme de codon et non d'anti-codon.
    3. Codons encadrés, en bleu. Ce sont att atc pour la 1ère colonne et ggt ggc pour la colonne 4. Ce n'est valable que pour les eucaryotes. Les afficher selon leur tri pose un problème de mosaïc qui rend difficile le rapprochement entre effectifs puisqu'on se retrouve avec 2 codons juxtaposés de force très différente. Aussi j'ai interverti leurs positions et je les ai encadrés.
C42.GDI tRNAs et introns
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  • Lien au tableur:C42.GDI tRNAs et introns.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les tableaux
    1. tRNA: se trouve au niveau1 de la méthode au 1er tableau, tot, dernière colonne.
    2. intron: se trouve au niveau2 de la méthode au 1er tableau, intron, dernière colonne.
    3. sin_t: différence entre tRNA et intron. Il vient de la colonne sin_t du tableau de synthèse.
    4. sin_t/tot: rapport multiplié par 100 de sin_t/tRNA. Il vient de la colonne sin_t/tot du tableau de synthèse.
I. C42−GDI tRNAs et introns
I1.tRNA tRNAs
g1 t1
ttt 2 tct 310 tat 2 tgt 1
atc 6 act 332 aat 2 agt 0
ctt 170 cct 155 cat 0 cgt 238
gtt 401 gct 389 gat 2 ggc 487
ttc 296 tcc 1 tac 252 tgc 143
att 378 acc 0 aac 297 agc 155
ctc 18 ccc 1 cac 220 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 409 ggt 2
tta 132 tca 92 taa 1 tga 12
ata 59 aca 100 aaa 155 aga 207
cta 75 cca 205 caa 196 cga 92
gta 64 gca 141 gaa 252 gga 146
ttg 190 tcg 80 tag 1 tgg 173
atg 324 acg 66 aag 426 agg 69
ctg 89 ccg 36 cag 149 cgg 55
gtg 94 gcg 60 gag 296 ggg 69
I2.sin_t/tRNA taux des tRNAs sans intron X100
g1 t1
ttt 0 tct 89 tat 0 tgt 0
atc 83 act 87 aat 0 agt 0
ctt 20 cct 19 cat 0 cgt 62
gtt 85 gct 69 gat 0 ggc 79
ttc 12 tcc 0 tac 2 tgc 79
att 63 acc 0 aac 68 agc 7
ctc 89 ccc 0 cac 59 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 69 ggt 0
tta 75 tca 53 taa 0 tga 33
ata 2 aca 70 aaa 15 aga 90
cta 9 cca 18 caa 70 cga 14
gta 61 gca 70 gaa 80 gga 71
ttg 21 tcg 18 tag 0 tgg 28
atg 69 acg 62 aag 54 agg 48
ctg 20 ccg 14 cag 56 cgg 69
gtg 61 gcg 42 gag 45 ggg 52
I3.in_t introns
g1 t1
ttt 2 tct 35 tat 0 tgt 1
atc 1 act 42 aat 2 agt 0
ctt 136 cct 125 cat 0 cgt 91
gtt 59 gct 119 gat 2 ggc 101
ttc 260 tcc 1 tac 248 tgc 30
att 139 acc 0 aac 94 agc 144
ctc 2 ccc 0 cac 90 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 125 ggt 1
tta 33 tca 43 taa 1 tga 8
ata 59 aca 30 aaa 131 aga 20
cta 68 cca 168 caa 59 cga 79
gta 25 gca 43 gaa 50 gga 42
ttg 151 tcg 66 tag 1 tgg 124
atg 102 acg 25 aag 198 agg 36
ctg 71 ccg 31 cag 65 cgg 17
gtg 37 gcg 35 gag 164 ggg 33
I4.sin_t sans introns
g1 t1
ttt 0 tct 275 tat 2 tgt 0
atc 5 act 290 aat 0 agt 0
ctt 34 cct 30 cat 0 cgt 147
gtt 342 gct 270 gat 0 ggc 386
ttc 36 tcc 0 tac 4 tgc 113
att 239 acc 0 aac 203 agc 11
ctc 16 ccc 1 cac 130 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 284 ggt 1
tta 99 tca 49 taa 0 tga 4
ata 0 aca 70 aaa 24 aga 187
cta 7 cca 37 caa 137 cga 13
gta 39 gca 98 gaa 202 gga 104
ttg 39 tcg 14 tag 0 tgg 49
atg 222 acg 41 aag 228 agg 33
ctg 18 ccg 5 cag 84 cgg 38
gtg 57 gcg 25 gag 132 ggg 36
C42.GDI Genèse
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  • Lien au tableur:C42.GDI Genèse.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − La genèse, c'est le résultat de la fonction NB.SI(ligne,0) et NB.VIDE(ligne) du tableur calc. gen_xx = 42 − NB.SI − NB.VIDE.
    1. gen_in: se trouve au niveau4 de la méthode au 1er tableau, in tot, 1ère colonne.
    2. gen_sin: se trouve au niveau7 de la méthode au 1er tableau, sin tot, 1ère colonne.
    3. gen_isi: se trouve au niveau6 de la méthode au 1er tableau, isi tot, 1ère colonne.
    4. zéros: se trouve au niveau1 de la méthode au 1er tableau, tot, dernière colonne. C'est le résultat de la fonction NB.SI(ligne,0).
II. C42−GDI Genèse
II1.gen_in avec intron
g1 t1
ttt 1 tct 6 tat 0 tgt 1
atc 1 act 3 aat 2 agt 0
ctt 19 cct 19 cat 0 cgt 14
gtt 6 gct 12 gat 2 ggc 7
ttc 31 tcc 1 tac 39 tgc 10
att 14 acc 0 aac 13 agc 36
ctc 2 ccc 0 cac 15 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 11 ggt 1
tta 16 tca 21 taa 1 tga 7
ata 41 aca 12 aaa 29 aga 7
cta 31 cca 31 caa 20 cga 13
gta 13 gca 14 gaa 9 gga 4
ttg 30 tcg 35 tag 1 tgg 26
atg 4 acg 12 aag 17 agg 13
ctg 18 ccg 17 cag 12 cgg 10
gtg 14 gcg 14 gag 11 ggg 12
II2.gen_sin sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 33 tat 2 tgt 0
atc 5 act 29 aat 0 agt 0
ctt 10 cct 18 cat 0 cgt 20
gtt 33 gct 28 gat 0 ggc 31
ttc 7 tcc 0 tac 0 tgc 28
att 26 acc 0 aac 26 agc 3
ctc 10 ccc 1 cac 23 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 27 ggt 1
tta 22 tca 18 taa 0 tga 4
ata 0 aca 27 aaa 5 aga 28
cta 4 cca 8 caa 22 cga 6
gta 19 gca 26 gaa 24 gga 28
ttg 6 tcg 5 tag 0 tgg 10
atg 18 acg 26 aag 20 agg 23
ctg 11 ccg 3 cag 27 cgg 26
gtg 22 gcg 8 gag 26 ggg 23
II3.gen_isi mélange in et sin
g1 t1
ttt 0 tct 3 tat 0 tgt 0
atc 0 act 10 aat 0 agt 0
ctt 2 cct 1 cat 0 cgt 8
gtt 3 gct 2 gat 0 ggc 4
ttc 4 tcc 0 tac 3 tgc 2
att 2 acc 0 aac 3 agc 2
ctc 0 ccc 0 cac 4 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 4 ggt 0
tta 1 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 3 aaa 7 aga 5
cta 1 cca 2 caa 0 cga 3
gta 8 gca 2 gaa 9 gga 10
ttg 2 tcg 2 tag 0 tgg 4
atg 20 acg 3 aag 4 agg 5
ctg 2 ccg 1 cag 3 cgg 2
gtg 6 gcg 4 gag 5 ggg 4
II4.zéros Pas de tRNA
g1 t1
ttt 41 tct 0 tat 40 tgt 41
atc 36 act 0 aat 40 agt 42
ctt 10 cct 4 cat 42 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 40 ggc 0
ttc 0 tcc 41 tac 0 tgc 2
att 0 acc 42 aac 0 agc 1
ctc 30 ccc 41 cac 0 cgc 42
gtc 41 gcc 42 gac 0 ggt 40
tta 3 tca 0 taa 41 tga 31
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 2
cta 6 cca 1 caa 0 cga 20
gta 2 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 4 tcg 0 tag 41 tgg 2
atg 0 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 11 ccg 21 cag 0 cgg 4
gtg 0 gcg 16 gag 0 ggg 3
C42.GDI Absence de duplication
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  • Lien au tableur:C42.GDI Absence de duplication.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les codons à tRNA unique. La compilation des codons à tRNA unique permet de calculer l'efficacité de la duplication en présence d'intron ou non. J'ai utilisé la fonction du tableur calc pour décompter ces codons, NB.SI(ligne,1).
    1. unit1: se trouve au niveau1 de la méthode au 1er tableau, tot, dernière colonne.
    2. sin_1: se trouve au niveau7 de la méthode au 1er tableau, sin tot, dernière colonne.
    3. in_1: se trouve au niveau4 de la méthode au 1er tableau, in tot, dernière colonne.
    4. erreurs à corriger: 11 dont 6 à effectifs faibles.
III. C42−GDI Absence de duplication
III1.unit1 codon à tRNA unique
g1 t1
ttt 0 tct 2 tat 2 tgt 1
atc 6 act 1 aat 2 agt 0
ctt 5 cct 16 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 1 gat 2 ggc 1
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 3
att 1 acc 0 aac 1 agc 3
ctc 10 ccc 1 cac 3 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 1 ggt 2
tta 14 tca 12 taa 1 tga 10
ata 27 aca 8 aaa 6 aga 8
cta 13 cca 5 caa 2 cga 6
gta 18 gca 6 gaa 2 gga 4
ttg 4 tcg 19 tag 1 tgg 2
atg 0 acg 23 aag 1 agg 25
ctg 12 ccg 10 cag 13 cgg 24
gtg 15 gcg 7 gag 7 ggg 21
III2.in_1 codon à tRNA unique avec intron
g1 t1
ttt 0 tct 1 tat 0 tgt 1
atc 2 act 0 aat 2 agt 0
ctt 3 cct 4 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 2 ggc 0
ttc 1 tcc 2 tac 2 tgc 1
att 0 acc 0 aac 1 agc 2
ctc 2 ccc 0 cac 2 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 0 ggt 2
tta 8 tca 7 taa 2 tga 6
ata 26 aca 4 aaa 5 aga 5
cta 9 cca 4 caa 1 cga 2
gta 10 gca 4 gaa 1 gga 0
ttg 3 tcg 17 tag 2 tgg 1
atg 0 acg 5 aag 0 agg 5
ctg 3 ccg 8 cag 4 cgg 5
gtg 4 gcg 4 gag 1 ggg 5
III3.sin_1 codon à tRNA unique sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 1 tat 2 tgt 0
atc 5 act 1 aat 0 agt 0
ctt 2 cct 12 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 1 gat 0 ggc 1
ttc 1 tcc 0 tac 0 tgc 2
att 1 acc 0 aac 0 agc 1
ctc 8 ccc 1 cac 1 cgc 0
gtc 1 gcc 0 gac 1 ggt 1
tta 5 tca 3 taa 0 tga 4
ata 0 aca 4 aaa 1 aga 3
cta 3 cca 1 caa 1 cga 4
gta 8 gca 2 gaa 1 gga 4
ttg 1 tcg 2 tag 0 tgg 1
atg 0 acg 18 aag 1 agg 20
ctg 9 ccg 2 cag 9 cgg 19
gtg 11 gcg 3 gag 6 ggg 15
C42.GDI Les duplications
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  • Lien au tableur:C42.GDI Les duplications.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − La méthode de compilation permet de séparer les duplications ayant uniquement des introns, des duplications sans introns et celles contenant les 2. La méthode part des tableaux dble et dif du niveau1 obtenus à partir du tableau des décomptes des duplications initial à 2 colonnes par génome (tot, diff), situé aussi au niveau1. Le tableau des duplications identiques est égal à, dble = tot − diff; le tableau des duplications non identiques est égal à, dif = diff − 1. La méthode permet de compiler les duplications identiques et non identiques pour un même type de codon.
    1. in dblei: duplications identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode au 2ème tableau, in dble, dernière colonne.
    2. in difi: duplications non identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode au 3ème tableau, in dif, dernière colonne.
    3. sin dbles: duplications identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau7 de la méthode au 2ème tableau, sin dble, dernière colonne.
    4. sin difs: duplications non identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau7 de la méthode au 3ème tableau, sin dif, dernière colonne.
    5. isi dbleisi: duplications identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau6 de la méthode au 2ème tableau, isi dble, dernière colonne.
    6. isi difisi: duplications non identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau6 de la méthode au 3ème tableau, isi dif, dernière colonne.
    7. tRNAi: duplications identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode après le 3ème tableau, in dif. Voir le détail du calcul dans la méthode.
    8. tRNAs: duplications non identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode après le 3ème tableau, in dif. Voir le détail du calcul dans la méthode.
IV. C42−GDI Les duplications
IV1.in dblei doublons avec intron
g1 t1
ttt 0 tct 5 tat 0 tgt 0
atc 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 43 cct 33 cat 0 cgt 14
gtt 9 gct 14 gat 0 ggc 14
ttc 84 tcc 0 tac 83 tgc 1
att 27 acc 0 aac 22 agc 24
ctc 0 ccc 0 cac 19 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 25 ggt 0
tta 5 tca 2 taa 0 tga 0
ata 2 aca 0 aaa 35 aga 0
cta 6 cca 31 caa 1 cga 25
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 34 tcg 2 tag 0 tgg 32
atg 0 acg 0 aag 71 agg 3
ctg 6 ccg 0 cag 3 cgg 1
gtg 3 gcg 1 gag 36 ggg 0
IV2.in difi duplications différentes, avec intron
g1 t1
ttt 1 tct 16 tat 0 tgt 0
atc 0 act 8 aat 0 agt 0
ctt 52 cct 62 cat 0 cgt 24
gtt 23 gct 79 gat 0 ggc 43
ttc 110 tcc 0 tac 111 tgc 17
att 83 acc 0 aac 54 agc 79
ctc 0 ccc 0 cac 39 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 65 ggt 0
tta 11 tca 14 taa 0 tga 1
ata 16 aca 12 aaa 48 aga 5
cta 30 cca 98 caa 38 cga 34
gta 2 gca 17 gaa 20 gga 13
ttg 84 tcg 26 tag 0 tgg 59
atg 11 acg 9 aag 79 agg 14
ctg 35 ccg 13 cag 30 cgg 4
gtg 12 gcg 15 gag 81 ggg 11
IV3.sin dbles doublons sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 198 tat 0 tgt 0
atc 0 act 194 aat 0 agt 0
ctt 10 cct 10 cat 0 cgt 99
gtt 261 gct 219 gat 0 ggc 340
ttc 16 tcc 0 tac 0 tgc 59
att 194 acc 0 aac 135 agc 4
ctc 5 ccc 0 cac 85 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 230 ggt 0
tta 66 tca 22 taa 0 tga 0
ata 0 aca 22 aaa 6 aga 133
cta 1 cca 21 caa 96 cga 1
gta 5 gca 54 gaa 141 gga 36
ttg 30 tcg 2 tag 0 tgg 27
atg 85 acg 5 aag 173 agg 2
ctg 1 ccg 0 cag 41 cgg 3
gtg 15 gcg 4 gag 79 ggg 4
IV4.sin difs duplications différentes, sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 33 tat 0 tgt 0
atc 0 act 24 aat 0 agt 0
ctt 6 cct 1 cat 0 cgt 13
gtt 42 gct 10 gat 0 ggc 8
ttc 6 tcc 0 tac 0 tgc 19
att 14 acc 0 aac 24 agc 0
ctc 1 ccc 0 cac 9 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 16 ggt 0
tta 10 tca 6 taa 0 tga 0
ata 0 aca 18 aaa 2 aga 18
cta 1 cca 4 caa 19 cga 1
gta 7 gca 16 gaa 20 gga 21
ttg 1 tcg 3 tag 0 tgg 3
atg 40 acg 7 aag 7 agg 1
ctg 3 ccg 1 cag 12 cgg 5
gtg 5 gcg 2 gag 10 ggg 4
IV5.isi dbleis doublons dans le mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 8 tat 0 tgt 0
atc 0 act 27 aat 0 agt 0
ctt 13 cct 8 cat 0 cgt 13
gtt 6 gct 15 gat 0 ggc 6
ttc 11 tcc 0 tac 8 tgc 1
att 10 acc 0 aac 13 agc 3
ctc 0 ccc 0 cac 8 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 12 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 0 aaa 11 aga 1
cta 0 cca 4 caa 0 cga 4
gta 0 gca 3 gaa 7 gga 9
ttg 0 tcg 1 tag 0 tgg 5
atg 47 acg 0 aag 35 agg 0
ctg 6 ccg 0 cag 0 cgg 1
gtg 3 gcg 6 gag 18 ggg 1
IV6.isi difis duplications différentes, dans isi
g1 t1
ttt 0 tct 8 tat 0 tgt 0
atc 0 act 37 aat 0 agt 0
ctt 15 cct 3 cat 0 cgt 33
gtt 18 gct 10 gat 0 ggc 34
ttc 27 tcc 0 tac 8 tgc 6
att 8 acc 0 aac 7 agc 4
ctc 0 ccc 0 cac 18 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 19 ggt 0
tta 1 tca 6 taa 0 tga 0
ata 0 aca 6 aaa 12 aga 10
cta 1 cca 6 caa 0 cga 5
gta 9 gca 8 gaa 20 gga 24
ttg 3 tcg 4 tag 0 tgg 7
atg 99 acg 4 aag 20 agg 8
ctg 7 ccg 1 cag 21 cgg 3
gtg 14 gcg 6 gag 30 ggg 10
IV7.tRNAi tRNA avec intron dans le mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 5 tat 0 tgt 0
atc 0 act 21 aat 0 agt 0
ctt 20 cct 10 cat 0 cgt 31
gtt 18 gct 12 gat 0 ggc 33
ttc 31 tcc 0 tac 12 tgc 0
att 13 acc 0 aac 2 agc 3
ctc 0 ccc 0 cac 13 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 20 ggt 0
tta 0 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 3 aaa 12 aga 3
cta 0 cca 6 caa 0 cga 4
gta 1 gca 9 gaa 10 gga 14
ttg 1 tcg 1 tag 0 tgg 3
atg 67 acg 1 aag 27 agg 1
ctg 10 ccg 0 cag 17 cgg 0
gtg 2 gcg 1 gag 31 ggg 6
IV8.tRNAs tRNA sans intron dans le mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 11 tat 0 tgt 0
atc 5 act 43 aat 0 agt 0
ctt 8 cct 1 cat 0 cgt 15
gtt 6 gct 13 gat 0 ggc 7
ttc 7 tcc 0 tac 4 tgc 7
att 0 acc 0 aac 18 agc 4
ctc 0 ccc 0 cac 13 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 11 ggt 0
tta 1 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 3 aaa 11 aga 8
cta 1 cca 4 caa 0 cga 5
gta 8 gca 2 gaa 17 gga 19
ttg 2 tcg 4 tag 0 tgg 9
atg 79 acg 3 aag 28 agg 7
ctg 3 ccg 1 cag 4 cgg 4
gtg 15 gcg 11 gag 17 ggg 5
C42.GDI Les rapports des duplications doublons-différents
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  • Lien au tableur:Les rapports des duplications doublons-différents.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les rapports sont calculés dans le tableau de synthèse avec les mêmes nom des colonnes. Les rapports en gras 11 ont un dénominateur zéro ramené à l'unité, ce qui signifie que ce rapport est probablement est supérieur à la valeur affichée.
    1. ri, rapport des duplications non identiques sur les identiques des tRNAs avec intron, seuls: difi/dblei.
    2. 1/rs, rapport des duplications identiques sur les non identiques des tRNAs sans intron, seuls: dbles/difs.
    3. ris, rapport des duplications non identiques sur les identiques des tRNAs du mélange: difisi/dbleisi
    4. s/i, rapport des tRNAs avec intron sur les tRNAs sans intron du mélange: tRNAs/tRNAi.
V. C42−GDI Les rapports des duplications doublons/différents
V1.ri difi/dblei avec intron
g1 t1
ttt 0 tct 3.2 tat 0 tgt 0
atc 0 act 8 aat 0 agt 0
ctt 1.2 cct 1.9 cat 0 cgt 1.7
gtt 2.6 gct 5.6 gat 0 ggc 3.1
ttc 1.3 tcc 0 tac 1.3 tgc 17
att 3.1 acc 0 aac 2.5 agc 3.3
ctc 0 ccc 0 cac 2.1 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 2.6 ggt 0
tta 2.2 tca 7.0 taa 0 tga 0
ata 8.0 aca 12 aaa 1.4 aga 5
cta 5.0 cca 3.2 caa 38 cga 1.4
gta 2.0 gca 17 gaa 10 gga 13
ttg 2.5 tcg 13 tag 0 tgg 1.8
atg 11 acg 9 aag 1.1 agg 4.7
ctg 5.8 ccg 13 cag 10 cgg 4.0
gtg 4.0 gcg 15 gag 2.3 ggg 11
V2.1/rs dbles/difs sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 6.0 tat 0 tgt 0
atc 0 act 8.1 aat 0 agt 0
ctt 1.7 cct 10 cat 0 cgt 7.6
gtt 6.2 gct 22 gat 0 ggc 43
ttc 2.7 tcc 0 tac 0 tgc 3.1
att 14 acc 0 aac 5.6 agc 4
ctc 5.0 ccc 0 cac 9.4 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 14 ggt 0
tta 6.6 tca 3.7 taa 0 tga 0
ata 0 aca 1.2 aaa 3.0 aga 7.4
cta 1.0 cca 5.3 caa 5.1 cga 1.0
gta 0.7 gca 3.4 gaa 7.1 gga 1.7
ttg 30 tcg 0.7 tag 0 tgg 9.0
atg 2.1 acg 0.7 aag 25 agg 2.0
ctg 0.3 ccg 0 cag 3.4 cgg 0.6
gtg 3.0 gcg 2.0 gag 7.9 ggg 1.0
V3.rsi difisi/dbleisi mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 1.0 tat 0 tgt 0
atc 0 act 1.4 aat 0 agt 0
ctt 1.2 cct 0.4 cat 0 cgt 2.5
gtt 3.0 gct 0.7 gat 0 ggc 5.7
ttc 2.5 tcc 0 tac 1.0 tgc 6.0
att 0.8 acc 0 aac 0.5 agc 1.3
ctc 0 ccc 0 cac 2.3 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 1.6 ggt 0
tta 1 tca 6 taa 0 tga 0
ata 0 aca 6 aaa 1.1 aga 10
cta 1 cca 1.5 caa 0 cga 1.3
gta 9 gca 2.7 gaa 2.9 gga 2.7
ttg 3 tcg 4.0 tag 0 tgg 1.4
atg 2.1 acg 4 aag 0.6 agg 8
ctg 1.2 ccg 1 cag 21 cgg 3.0
gtg 4.7 gcg 1.0 gag 1.7 ggg 10
V4.tRNAis ts/ti dans le mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 2.2 tat 0 tgt 0
atc 0 act 2.0 aat 0 agt 0
ctt 0.4 cct 0.1 cat 0 cgt 0.5
gtt 0.3 gct 1.1 gat 0 ggc 0.2
ttc 0.2 tcc 0 tac 0.3 tgc 7
att 0.4 acc 0 aac 9.0 agc 1.3
ctc 0 ccc 0 cac 1.0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0.6 ggt 0
tta 1 tca 1.0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 1.0 aaa 0.9 aga 2.7
cta 1 cca 0.7 caa 0 cga 1.3
gta 8.0 gca 0.2 gaa 1.7 gga 1.4
ttg 2.0 tcg 4.0 tag 0 tgg 3.0
atg 1.2 acg 3.0 aag 1.0 agg 7.0
ctg 0.3 ccg 1 cag 0.2 cgg 4
gtg 7.5 gcg 11 gag 0.5 ggg 0.8
C42.GDI Total duplications
modifier
  • Lien au tableur:C42.GDI Total duplications.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les tableaux sont issus du tableau de synthèse avec les mêmes nom des colonnes.
    1. in, dblei+difi: somme des 2 colonnes dblei et difi, total des duplications des tRNAs avec intron, seuls.
    2. sin, dbles+difs: somme des 2 colonnes dbles et difs, total des duplications des tRNAs sans intron, seuls.
    3. isi, dbleisi+difisi: somme des 2 colonnes dbleisi et difisi, total des duplications des tRNAs dans le mélange.
    4. in%, sin%, isi% : Pourcentage de in sin isi par rapport au total in+sin+isi.
VI. C42−GDI Total duplications
VI1.in (dblei+difi) avec intron
g1 t1
ttt 0 tct 21 tat 0 tgt 0
atc 0 act 8 aat 0 agt 0
ctt 95 cct 95 cat 0 cgt 38
gtt 32 gct 93 gat 0 ggc 57
ttc 194 tcc 0 tac 194 tgc 18
att 110 acc 0 aac 76 agc 103
ctc 0 ccc 0 cac 58 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 90 ggt 0
tta 16 tca 16 taa 0 tga 1
ata 18 aca 12 aaa 83 aga 5
cta 36 cca 129 caa 39 cga 59
gta 3 gca 18 gaa 22 gga 14
ttg 118 tcg 28 tag 0 tgg 91
atg 11 acg 9 aag 150 agg 17
ctg 41 ccg 13 cag 33 cgg 5
gtg 15 gcg 16 gag 117 ggg 11
VI2.sin (dbles+difs) sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 231 tat 0 tgt 0
atc 0 act 218 aat 0 agt 0
ctt 16 cct 11 cat 0 cgt 112
gtt 303 gct 229 gat 0 ggc 348
ttc 22 tcc 0 tac 0 tgc 78
att 208 acc 0 aac 159 agc 4
ctc 0 ccc 0 cac 94 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 246 ggt 0
tta 76 tca 28 taa 0 tga 0
ata 0 aca 40 aaa 8 aga 151
cta 2 cca 25 caa 115 cga 2
gta 12 gca 70 gaa 161 gga 57
ttg 31 tcg 5 tag 0 tgg 30
atg 125 acg 12 aag 180 agg 3
ctg 4 ccg 1 cag 53 cgg 8
gtg 20 gcg 6 gag 89 ggg 8
VI3.isi (dbleisi+difisi) mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 16 tat 0 tgt 0
atc 0 act 64 aat 0 agt 0
ctt 28 cct 11 cat 0 cgt 46
gtt 24 gct 25 gat 0 ggc 40
ttc 38 tcc 0 tac 16 tgc 7
att 18 acc 0 aac 20 agc 7
ctc 0 ccc 0 cac 26 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 31 ggt 0
tta 1 tca 6 taa 0 tga 0
ata 0 aca 6 aaa 23 aga 11
cta 1 cca 10 caa 0 cga 9
gta 9 gca 11 gaa 27 gga 33
ttg 3 tcg 5 tag 0 tgg 12
atg 146 acg 4 aag 55 agg 8
ctg 13 ccg 1 cag 21 cgg 4
gtg 17 gcg 12 gag 48 ggg 11
VI4.in% (dblei+difi) avec intron
g1 t1
ttt 0 tct 8 tat 0 tgt 0
atc 0 act 3 aat 0 agt 0
ctt 68 cct 81 cat 0 cgt 19
gtt 9 gct 27 gat 0 ggc 13
ttc 76 tcc 0 tac 92 tgc 17
att 33 acc 0 aac 30 agc 90
ctc 0 ccc 0 cac 33 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 25 ggt 0
tta 17 tca 32 taa 0 tga 100
ata 100 aca 21 aaa 73 aga 3
cta 92 cca 79 caa 25 cga 84
gta 13 gca 18 gaa 10 gga 13
ttg 78 tcg 74 tag 0 tgg 68
atg 4 acg 36 aag 39 agg 61
ctg 71 ccg 87 cag 31 cgg 29
gtg 29 gcg 47 gag 46 ggg 37
VI5.sin% (dbles+difs) sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 86 tat 0 tgt 0
atc 0 act 75 aat 0 agt 0
ctt 12 cct 9 cat 0 cgt 57
gtt 84 gct 66 gat 0 ggc 78
ttc 9 tcc 0 tac 0 tgc 76
att 62 acc 0 aac 62 agc 4
ctc 0 ccc 0 cac 53 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 67 ggt 0
tta 82 tca 56 taa 0 tga 0
ata 0 aca 69 aaa 7 aga 90
cta 5 cca 15 caa 75 cga 3
gta 50 gca 71 gaa 77 gga 55
ttg 20 tcg 13 tag 0 tgg 23
atg 44 acg 48 aag 47 agg 11
ctg 7 ccg 7 cag 50 cgg 47
gtg 38 gcg 18 gag 35 ggg 27
VI6.isi% (dbleisi+difisi) mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 6 tat 0 tgt 0
atc 0 act 22 aat 0 agt 0
ctt 20 cct 9 cat 0 cgt 23
gtt 7 gct 7 gat 0 ggc 9
ttc 15 tcc 0 tac 8 tgc 7
att 5 acc 0 aac 8 agc 6
ctc 0 ccc 0 cac 15 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 8 ggt 0
tta 1 tca 12 taa 0 tga 0
ata 0 aca 10 aaa 20 aga 7
cta 3 cca 6 caa 0 cga 13
gta 38 gca 11 gaa 13 gga 32
ttg 2 tcg 13 tag 0 tgg 9
atg 52 acg 16 aag 14 agg 29
ctg 22 ccg 7 cag 20 cgg 24
gtg 33 gcg 35 gag 19 ggg 37

C42.GDI Synthèse

modifier
  • Lien au tableur:C42.GDI Synthèse.
  • Note: Ici les tableaux des genèses, des duplications et des introns des tRNAs sont présentés sous forme de carrés plus faciles à lire pour contrôler les tableaux de synthèse du chapitre suivant.
  • Méthode: Seules les données tableur sont fournies. Les recopier dans un tableur pour suivre la méthode (ici tableur calc de LibreOffice). Voir le tableur pour C42.
    − Voir la correspondance entre code KEGG et le nom du génome.
    − Voir le tableau des décomptes détaillés des duplications de tRNA par génome: effectifs C42. Ce tableau contient 2 colonnes par génome, une pour le total des tRNAs, tot, et la 2ème, diff, le nombre de tRNAs différents entre eux pour un même codon du génome. Selon la méthode de décompte (ref.) la notation diff est attribuée au 1er tRNA de la comparaison quand tous les tRNAs d'un génome sont triés en 1er sur le nom du codon et en 2ème sur la séquence du tRNA. Donc la notation du dernier tRNA d'un codon est toujours diff et par conséquent le nombre de duplications non identiques pour un codon est égal à diff − 1 et le nombre de duplications identiques est égale à tot − diff que j'ai appelé par la suite double ou dble ou doublon.
    − Voir le tableau des décomptes détaillés des introns par génome.
    Les données pour le tableur sont faites de 7 niveaux de tableaux.
    1. Le niveau 1 est constitué de 4 tableaux: tot, diff, double (tot − diff) et dif (diff − 1).
      − corriger les incohérences des prélèvements: 6*? pour le codon aac de mgr, voir les décomptes des duplications.
      − trier sur ligne et colonne les tableaux issus des tRNAs: tot, diff, double (tot − diff), dif (diff − 1).
      − du tableau tot on fait la somme des lignes (colonne tRNA du tableau de synthèse), on applique la fonction NB.SI(ligne,1) sur chaque ligne ( colonne unit1) et la fonction NB.SI(ligne,0) sur chaque ligne (colonne zéros).
    2. Le niveau 2 est constitué du tableau des introns.
      − trier sur ligne et colonne le tableau des introns. On fait la somme des lignes (colonne in_t du tableau de synthèse).
    3. Le niveau 3 est le formatage des seuls codons ne contenant que des tRNAs à intron. Chaque cellule du tableur de ce type de codon contient le symbole &.
      − Tableau format:
      1. différence tot − intron, couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. rechercher zéros, cellule entière. Remplacer par &0. Colorer les cellules &0.
      3. rechercher le signe moins − et effacer la cellule. Voir chapitre Erreurs ci-dessous.
      4. supprimer tous les décimaux, avec recherche ^[:digit:] expression régulière.
      5. copier le tableau pour le niveau suivant in.
    4. Le niveau 4 est constitué des 3 tableaux des seuls codons ne contenant que des tRNAs à intron, correspondant au total in_tot, aux duplications identique in_dble, et aux duplications non identiques in_dif.
      − Tableau in (tot): (à faire aussi pour dble dif).
      1. Concat & du format et tot, couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. supprimer tous les décimaux, ^[:digit:] expression régulière.
      3. Recherche &0 cellule entière, supprimer. Pour in dif rechercher &− remplacer par rien. Dans dif le tiret − remplace -1 lors de sa construction.
      4. Rechercher & et remplacer par rien.
      5. La fonction NB.SI(ligne,1) sur chaque ligne donne la colonne in_1 du tableau de synthèse. La colonne gen-in est obtenue en appliquant la fonction NB.VIDE(ligne) sur chaque ligne: gen-in = 42 − NB.VIDE. La somme sur les lignes du tableau in dble donne la colonne dblei, celle sur le tableau in dif donne la colonne difi, celle sur le tableau in tot donne in.
      6. tRNAis: Les colonnes tRNAi et tRNAs du tableau de synthèse sont au niveau 4 du tableur. Je fais in_isi = in_t − in, puis
        − tRNAi = in_isi − gen_isi. Ainsi je ne retire pas l'unité (-1) du tableau diff du niveau 1, mais des tRNAs à intron. Car ma méthode des décomptes diff se fait à la rupture entre 2 codons, et pour isi (mélange de tRNA avec et sans intron) la rupture se fait nécessairement avec le tRNA à intron du 1er codon puisque les tRNAs à intron sont toujours plus grands que ceux sans, et donc sont triés en dernier.
        − tRNAs = dbleisi + difisi − tRNAi.
    5. Le niveau 5 est constitué des 3 tableaux intermédiaires pour le niveau6. Ils sont suffixés par le chiffre 1.
      − Tableau isi tot 1 (à faire aussi pour isi dble et isi dif 1).
      1. faire tot*intron/intron, couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. supprimer tout #DIV/0 !, et tout #VALEUR ! pour isi dif 1.
    6. Le niveau 6 est constitué de 3 tableaux des seuls codons contenant un mélange de tRNAs avec et sans intron, correspondant au total isi_tot, aux duplications identique isi_dble, et aux duplications non identiques isi_dif. Ils sont suffixés par le chiffre 2.
      − Tableau isi tot 2 (à faire aussi pour isi dble 2 et isi dif 2).
      1. concat format (&) puis isi tot 1. Couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. Rechercher & et effacer les cellules.
      3. Rechercher 0, cellule entière, effacer les cellules.
      4. copier dans txt (texte et chiffres) puis copier ce txt.
      5. coller sur isi tot 2
      6. colorer ^[:digit:] expression régulière.
      7. La colonne gen-isi est obtenue en appliquant la fonction NB.VIDE(ligne) sur chaque ligne: gen_isi = 42 − NB.VIDE. La somme sur les lignes du tableau isi dble 2 donne la colonne dbleisi, celle sur le tableau isi dif 2 donne la colonne difisi.
    7. Le niveau 7 est constitué de 3 tableaux des seuls codons ne contenant que des tRNAs sans intron, correspondant au total sin_tot, aux duplications identique sin_dble, et aux duplications non identiques sin_dif.
      − Tableau sin tot (à faire aussi pour sin dble, sin dif).
      1. copier isi tot 2 pour sin tot
      2. faire tot − in − isi tot 2.
      3. Rechercher 0, cellule entière, effacer les cellules. Pour sin dif supprimer tout #VALEUR !.
      4. La fonction NB.SI(ligne,1) sur chaque ligne donne la colonne sin_1 du tableau de synthèse. La colonne gen-sin est obtenue en appliquant la fonction NB.VIDE(ligne) et NB.SI(ligne,0) sur chaque ligne: gen-sin = 42 − NB.VIDE − NB.SI. La somme sur les lignes du tableau sin dble donne la colonne dbles, celle sur le tableau sin dif donne la colonne difs.
  • Erreurs dans les décomptes des introns:
    − C42: 5 génomes sont concernés fgr fgr5 ede* sre* uma lors des anciens prélèvements, dues soit par la base soit par mes fausses lectures. En relisant les bases les erreurs n'existent plus, les effectifs tRNA et intron sont identiques. On peut donc remplacer les différences négatives de la méthode précédente par des zéros. Le tableau détaillé des effectifs des introns n’est pas modifié encore car il peut impacter les calculs d'autres chapitres. Les codons impactés sont fgr5 (aag atg att ctt gag tac ttc), fgr (gcg ggc), ede* (atg tgc), sre* (cga cac tta) et uma (cac tta).
  • Légende:
    − Couleurs
    Rose,   ttc  , codons obligatoires.
    Vert,   35  , codons avec intron en majorité, rapport sin_t/tot < 0.41.
    Bleu,   92  , rapport sin_t/tot compris entre 0.41 − 0.59 et blanc au-delà.
    Cyan,   42  , codons faibles xyc ou xyt.
    − Tris des codons: oo aa Trad ADN alpha, respectivement tri sur ordre obligatoire ( aas à 2 codons), tri sur acides aminés, traduction (3ème base variable), adénilique (1ère base variable, ttc et cgt sont mis avec les codons forts xyc et xyt) et alphabétique.
    − Colonnes: in sin isi respectivement tRNAs avec intron, sans et mélange des 2. dble dif pour duplications respectivement identiques et non identiques: dblei difi dbles difs dbleisi difisi.
    • En utilisant les tableaux dont les liens sont sur la 1ère ligne.
    • R: les rapports dif/dble ce qui donne ri rs ris s/i pour respectivement in sin isi et tRNAs/tRNAi. Les rapports en gras 11 ont un dénominateur zéro ramené à l'unité, ce qui signifie que ce rapport est probablement supérieur à la valeur affichée.
    • total et %: respectivement somme (dble+dif) de in sin isi, pourcentage de in sin isi par rapport à leur somme (in+sin+isi).
    • tRNAis: tRNA avec ou sans intron pour les codons isi: Ce tableau donne le nombre total de tRNAs avec introns (ligne ti) et sans intron (ligne ts) contenus dans les codons de type isi contenant des tRNAs sans et avec intron. Voir le niveau4 de la méthode ci-dessus pour le calcul des tRNAis. Le rapport s/i pour tRNAs/tRNAi est signalé avec les rapports R.
I.C42-GDI Synthèse
C42 zéros unique tRNA intron unique genèse in sin isi tRNAis R total %
oo aa Trad ADN alpha zéros unit1 sin_t/tot tRNA sin_t in_t sin_1 in_1 gen_isi gen_sin gen_in dblei difi dbles difs dbleisi difisi tRNAi tRNAs ri 1/rs rsi s/i in sin isi in% sin% isi% codon
57 Met 12 15 atg 0 0 0.69 324 222 102 0 0 20 18 4 0 11 85 40 47 99 67 79 11 2.1 2.1 1.2 11 125 146 4 44 52 atg
17 Ile 9 7 att 0 1 0.63 378 239 139 1 0 2 26 14 27 83 194 14 10 8 13 5 3.1 14 0.8 0.4 110 208 18 33 62 5 att
13 Asn 42 39 aac 0 1 0.68 297 203 94 0 1 3 26 13 22 54 135 24 13 7 2 18 2.5 5.6 0.5 9.0 76 159 20 30 62 8 aac
24 Ala 29 24 gct 0 1 0.69 389 270 119 1 0 2 28 12 14 79 219 10 15 10 12 13 5.6 22 0.7 1.1 93 229 25 27 66 7 gct
14 Asp 46 40 gac 0 1 0.69 409 284 125 1 0 4 27 11 25 65 230 16 12 19 20 11 2.6 14 1.6 0.6 90 246 31 25 67 8 gac
28 Gly 62 56 ggc 0 1 0.79 487 386 101 1 0 4 31 7 14 43 340 8 6 34 33 7 3.1 43 5.7 0.2 57 348 40 13 78 9 ggc
27 Val 13 8 gtt 0 1 0.85 401 342 59 1 0 3 33 6 9 23 261 42 6 18 18 6 2.6 6.2 3.0 0.3 32 303 24 9 84 7 gtt
23 Thr 25 23 act 0 1 0.87 332 290 42 1 0 10 29 3 0 8 194 24 27 37 21 43 8 8.1 1.4 2.0 8 218 64 3 75 22 act
11 Tyr 34 37 tac 0 2 0.02 252 4 248 0 2 3 0 39 83 111 0 0 8 8 12 4 1.3 0 1.0 0.3 194 0 16 92 0 8 tac
15 Phe 2 5 ttc 0 2 0.12 296 36 260 1 1 4 7 31 84 110 16 6 11 27 31 7 1.3 2.7 2.5 0.2 194 22 38 76 9 15 ttc
26 Arg 53 54 cgt 0 2 0.62 238 147 91 2 0 8 20 14 14 24 99 13 13 33 31 15 1.7 7.6 2.5 0.5 38 112 46 19 57 23 cgt
32 Gln 39 42 caa 0 2 0.70 196 137 59 1 1 0 22 20 1 38 96 19 0 0 0 0 38 5.1 0 0 39 115 0 25 75 0 caa
34 Glu 47 44 gaa 0 2 0.80 252 202 50 1 1 9 24 9 2 20 141 20 7 20 10 17 10 7.1 2.9 1.7 22 161 27 10 77 13 gaa
21 Ser 17 21 tct 0 2 0.89 310 275 35 1 1 3 33 6 5 16 198 33 8 8 5 11 3.2 6.0 1.0 2.2 21 231 16 8 86 6 tct
12 His 38 38 cac 0 3 0.59 220 130 90 1 2 4 23 15 19 39 85 9 8 18 13 13 2.1 9.4 2.3 1.0 58 94 26 33 53 15 cac
48 Gly 63 60 gga 0 4 0.71 146 104 42 4 0 10 28 4 1 13 36 21 9 24 14 19 13 1.7 2.7 1.4 14 57 33 13 55 32 gga
44 Ala 31 28 gca 0 6 0.70 141 98 43 2 4 2 26 14 1 17 54 16 3 8 9 2 17 3.4 2.7 0.2 18 70 11 18 71 11 gca
54 Glu 48 48 gag 0 7 0.45 296 132 164 6 1 5 26 11 36 81 79 10 18 30 31 17 2.3 7.9 1.7 0.5 117 89 48 46 35 19 gag
43 Thr 27 27 aca 0 8 0.70 100 70 30 4 4 3 27 12 0 12 22 18 0 6 3 3 12 1.2 6 1.0 12 40 6 21 69 10 aca
41 Ser 19 25 tca 0 12 0.53 92 49 43 3 7 3 18 21 2 14 22 6 0 6 3 3 7.0 3.7 6 1.0 16 28 6 32 56 12 tca
52 Gln 40 46 cag 0 13 0.56 149 84 65 9 4 3 27 12 3 30 41 12 0 21 17 4 10 3.4 21 0.2 33 53 21 31 50 20 cag
67 Val 16 16 gtg 0 15 0.61 94 57 37 11 4 6 22 14 3 12 15 5 3 14 2 15 4.0 3.0 4.7 7.5 15 20 17 29 38 33 gtg
61 Ser 20 29 tcg 0 19 0.18 80 14 66 2 17 2 5 35 2 26 2 3 1 4 1 4 13 0.7 4.0 4.0 28 5 5 74 13 13 tcg
53 Lys 44 47 aag 1 1 0.54 426 228 198 1 0 4 20 17 71 79 173 7 35 20 27 28 1.1 25 0.6 1.0 150 180 55 39 47 14 aag
18 Ser 58 55 agc 1 3 0.07 155 11 144 1 2 2 3 36 24 79 4 0 3 4 3 4 3.3 4 1.3 1.3 103 4 7 90 4 6 agc
42 Pro 23 26 cca 1 5 0.18 205 37 168 1 4 2 8 31 31 98 21 4 4 6 6 4 3.2 5.3 1.5 0.7 129 25 10 79 15 6 cca
33 Lys 43 43 aaa 1 6 0.15 155 24 131 1 5 7 5 29 35 48 6 2 11 12 12 11 1.4 3.0 1.1 0.9 83 8 23 73 7 20 aaa
63 Thr 28 31 acg 1 23 0.62 66 41 25 18 5 3 26 12 0 9 5 7 0 4 1 3 9 0.7 4 3.0 9 12 4 36 48 16 acg
58 Arg 60 63 agg 1 25 0.48 69 33 36 20 5 5 23 13 3 14 2 1 0 8 1 7 4.7 2.0 8 7.0 17 3 8 61 11 29 agg
37 Ile 11 11 ata 1 27 0.02 59 0 59 0 26 0 0 41 2 16 0 0 0 0 0 0 8.0 0 0 0 18 0 0 100 0 0 ata
56 Trp 52 61 tgg 2 2 0.28 173 49 124 1 1 4 10 26 32 59 27 3 5 7 3 9 1.8 9.0 1.4 3.0 91 30 12 68 23 9 tgg
16 Cys 50 53 tgc 2 3 0.79 143 113 30 2 1 2 28 10 1 17 59 19 1 6 0 7 17 3.1 6.0 7 18 78 7 17 76 7 tgc
38 Arg 59 59 aga 2 8 0.90 207 187 20 3 5 5 28 7 0 5 133 18 1 10 3 8 5 7.4 10 2.7 5 151 11 3 90 7 aga
47 Val 15 12 gta 2 18 0.61 64 39 25 8 10 8 19 13 1 2 5 7 0 9 1 8 2.0 0.7 9 8.0 3 12 9 13 50 38 gta
35 Leu 3 9 tta 3 14 0.75 132 99 33 5 8 1 22 16 5 11 66 10 0 1 0 1 2.2 6.6 1 1 16 76 1 17 82 1 tta
68 Gly 64 64 ggg 3 21 0.52 69 36 33 15 5 4 23 12 0 11 4 4 1 10 6 5 11 1.0 10 0.8 11 8 11 37 27 37 ggg
55 Leu 4 13 ttg 4 4 0.21 190 39 151 1 3 2 6 30 34 84 30 1 0 3 1 2 2.5 30 3 2.0 118 31 3 78 20 2 ttg
22 Pro 21 22 cct 4 16 0.19 155 30 125 12 4 1 18 19 33 62 10 1 8 3 10 1 1.9 10 0.4 0.1 95 11 11 81 9 9 cct
66 Arg 56 62 cgg 4 24 0.69 55 38 17 19 5 2 26 10 1 4 3 5 1 3 0 4 4.0 0.6 3.0 4 5 8 4 29 47 24 cgg
45 Leu 7 10 cta 6 13 0.09 75 7 68 3 9 1 4 31 6 30 1 1 0 1 0 1 5.0 1.0 1 1 36 2 1 92 5 3 cta
25 Leu 5 6 ctt 10 5 0.20 170 34 136 2 3 2 10 19 43 52 10 6 13 15 20 8 1.2 1.7 1.2 0.4 95 16 28 68 12 20 ctt
65 Leu 8 14 ctg 11 12 0.20 89 18 71 9 3 2 11 18 6 35 1 3 6 7 10 3 5.8 0.3 1.2 0.3 41 4 13 71 7 22 ctg
64 Ala 32 32 gcg 16 7 0.42 60 25 35 3 4 4 8 14 1 15 4 2 6 6 1 11 15 2.0 1.0 11 16 6 12 47 18 35 gcg
46 Arg 55 58 cga 20 6 0.14 92 13 79 4 2 3 6 13 25 34 1 1 4 5 4 5 1.4 1.0 1.3 1.3 59 2 9 84 3 13 cga
62 Pro 24 30 ccg 21 10 0.14 36 5 31 2 8 1 3 17 0 13 0 1 0 1 0 1 13 0 1 1 13 1 1 87 7 7 ccg
85 Leu 6 2 ctc 30 10 0.89 18 16 2 8 2 0 10 2 0 0 5 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 ctc
36 SeC 51 57 tga 31 10 0.33 12 4 8 4 6 0 4 7 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 100 0 0 tga
77 Ile 10 3 atc 36 6 0.83 6 5 1 5 2 0 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 atc
71 Tyr 33 33 tat 40 2 0 2 2 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 tat
73 Asn 41 35 aat 40 2 0 2 0 2 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 aat
74 Asp 45 36 gat 40 2 0 2 0 2 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 gat
88 Gly 61 52 ggt 40 2 0 2 1 1 1 2 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ggt
75 Phe 1 1 ttt 41 0 0 2 0 2 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ttt
82 Pro 22 18 ccc 41 1 0 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ccc
76 Cys 49 49 tgt 41 1 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 tgt
87 Val 14 4 gtc 41 1 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 gtc
81 Ser 18 17 tcc 41 1 0 1 0 1 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 tcc
31 Stp 35 41 taa 41 1 0 1 0 1 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 taa
51 Stp 36 45 tag 41 1 0 1 0 1 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 tag
83 Thr 26 19 acc 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 acc
84 Ala 30 20 gcc 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 gcc
72 His 37 34 cat 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 cat
86 Arg 54 50 cgc 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 cgc
78 Ser 57 51 agt 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 agt

Les introns des E79 eucaryotes: genèse duplications et introns

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E79.GDI Les carrés

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  • Lien au tableur:E79.GDI Les carrés.
  • Note: Ici les tableaux des genèses, des duplications et des introns des tRNAs sont présentés sous forme de carrés plus faciles à lire pour contrôler les tableaux de synthèse du chapitre suivant.
  • Légende:
E79.GDI tRNAs et introns
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  • Lien au tableur:E79.GDI tRNAs et introns.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les tableaux
    1. tRNA: se trouve au niveau1 de la méthode au 1er tableau, tot, dernière colonne.
    2. intron: se trouve au niveau2 de la méthode au 1er tableau, intron, dernière colonne.
    3. sin_t: différence entre tRNA et intron. Il vient de la colonne sin_t du tableau de synthèse.
    4. sin_t/tot: rapport multiplié par 100 de sin_t/tRNA. Il vient de la colonne sin_t/tot du tableau de synthèse.
I. E79−GDI tRNAs et introns
I1.tRNA tRNAs
g1 t1
ttt 51 tct 920 tat 63 tgt 216
atc 74 act 1201 aat 113 agt 80
ctt 936 cct 981 cat 36 cgt 920
gtt 1153 gct 2141 gat 96 ggc 1563
ttc 1195 tcc 169 tac 1464 tgc 2274
att 1468 acc 87 aac 1788 agc 1075
ctc 11 ccc 29 cac 1028 cgc 34
gtc 99 gcc 250 gac 1864 ggt 117
tta 592 tca 660 taa 169 tga 237
ata 626 aca 969 aaa 1757 aga 1171
cta 486 cca 1054 caa 1796 cga 1938
gta 730 gca 7013 gaa 6391 gga 5135
ttg 657 tcg 482 tag 108 tgg 1585
atg 2618 acg 609 aag 4270 agg 1035
ctg 785 ccg 444 cag 1202 cgg 369
gtg 2602 gcg 4486 gag 2851 ggg 6665
I2.sin_t/tRNA taux des tRNAs sans intron X100
g1 t1
ttt 78 tct 100 tat 63 tgt 100
atc 81 act 99 aat 96 agt 98
ctt 95 cct 98 cat 83 cgt 100
gtt 100 gct 100 gat 96 ggc 100
ttc 100 tcc 86 tac 15 tgc 99
att 100 acc 100 aac 100 agc 99
ctc 91 ccc 83 cac 99 cgc 91
gtc 100 gcc 100 gac 99 ggt 97
tta 97 tca 98 taa 95 tga 99
ata 27 aca 99 aaa 97 aga 60
cta 100 cca 95 caa 92 cga 93
gta 99 gca 100 gaa 100 gga 100
ttg 39 tcg 100 tag 89 tgg 100
atg 94 acg 99 aag 92 agg 99
ctg 99 ccg 98 cag 99 cgg 99
gtg 100 gcg 100 gag 100 ggg 100
I3.in_t introns
g1 t1
ttt 11 tct 2 tat 23 tgt 1
atc 14 act 10 aat 4 agt 2
ctt 45 cct 17 cat 6 cgt 0
gtt 3 gct 4 gat 4 ggc 7
ttc 2 tcc 23 tac 1239 tgc 13
att 5 acc 0 aac 8 agc 9
ctc 1 ccc 5 cac 11 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gac 18 ggt 4
tta 18 tca 13 taa 8 tga 3
ata 454 aca 5 aaa 54 aga 469
cta 2 cca 50 caa 148 cga 131
gta 5 gca 2 gaa 28 gga 21
ttg 400 tcg 2 tag 12 tgg 5
atg 149 acg 6 aag 321 agg 14
ctg 7 ccg 11 cag 17 cgg 4
gtg 6 gcg 4 gag 13 ggg 15
I4.sin_t sans introns
g1 t1
ttt 40 tct 918 tat 40 tgt 215
atc 60 act 1191 aat 109 agt 78
ctt 891 cct 964 cat 30 cgt 920
gtt 1150 gct 2137 gat 92 ggc 1556
ttc 1193 tcc 146 tac 225 tgc 2261
att 1463 acc 87 aac 1780 agc 1066
ctc 10 ccc 24 cac 1017 cgc 31
gtc 99 gcc 249 gac 1846 ggt 113
tta 574 tca 647 taa 161 tga 234
ata 172 aca 964 aaa 1703 aga 702
cta 484 cca 1004 caa 1648 cga 1807
gta 725 gca 7011 gaa 6363 gga 5114
ttg 257 tcg 480 tag 96 tgg 1580
atg 2469 acg 603 aag 3949 agg 1021
ctg 778 ccg 433 cag 1185 cgg 365
gtg 2596 gcg 4482 gag 2838 ggg 6650
E79.GDI Genèse
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  • Lien au tableur:E79.GDI Genèse.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − La genèse. C'est le résultat de la fonction NB.SI(ligne,0) et NB.VIDE(ligne) du tableur calc. gen_xx = 79 − NB.SI − NB.VIDE.
    1. gen_in: se trouve au niveau4 de la méthode au 1er tableau, in tot, 1ère colonne.
    2. gen_sin: se trouve au niveau7 de la méthode au 1er tableau, sin tot, 1ère colonne.
    3. gen_isi: se trouve au niveau6 de la méthode au 1er tableau, isi tot, 1ère colonne.
    4. zéros: se trouve au niveau1 de la méthode au 1er tableau, tot, dernière colonne. C'est le résultat de la fonction NB.SI(ligne,0).
II. E79−GDI Genèse
II1.gen_in avec intron
g1 t1
ttt 4 tct 0 tat 8 tgt 1
atc 4 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 1 cat 1 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 1 ggc 0
ttc 0 tcc 2 tac 38 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 1 ccc 2 cac 0 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gac 0 ggt 1
tta 0 tca 0 taa 2 tga 1
ata 34 aca 0 aaa 0 aga 1
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 33 tcg 0 tag 2 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
II2.gen_sin sans intron
g1 t1
ttt 22 tct 76 tat 10 tgt 30
atc 22 act 71 aat 29 agt 16
ctt 69 cct 73 cat 19 cgt 78
gtt 77 gct 75 gat 32 ggc 74
ttc 76 tcc 23 tac 0 tgc 68
att 76 acc 23 aac 74 agc 72
ctc 8 ccc 15 cac 69 cgc 11
gtc 37 gcc 23 gac 77 ggt 15
tta 71 tca 70 taa 35 tga 61
ata 9 aca 76 aaa 70 aga 21
cta 74 cca 72 caa 71 cga 72
gta 74 gca 76 gaa 71 gga 70
ttg 13 tcg 78 tag 18 tgg 74
atg 68 acg 71 aag 71 agg 73
ctg 72 ccg 75 cag 71 cgg 69
gtg 72 gcg 75 gag 73 ggg 68
II3.gen_isi mélange in et sin
g1 t1
ttt 1 tct 1 tat 8 tgt 0
atc 1 act 7 aat 4 agt 2
ctt 10 cct 4 cat 2 cgt 0
gtt 2 gct 4 gat 2 ggc 4
ttc 2 tcc 2 tac 41 tgc 9
att 3 acc 0 aac 5 agc 6
ctc 0 ccc 1 cac 9 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 2 ggt 2
tta 8 tca 9 taa 1 tga 1
ata 35 aca 3 aaa 8 aga 57
cta 2 cca 7 caa 8 cga 7
gta 5 gca 2 gaa 8 gga 9
ttg 32 tcg 1 tag 7 tgg 4
atg 11 acg 5 aag 7 agg 5
ctg 7 ccg 4 cag 8 cgg 2
gtg 6 gcg 4 gag 6 ggg 7
II4.zéros Pas de tRNA
g1 t1
ttt 52 tct 2 tat 52 tgt 48
atc 52 act 1 aat 46 agt 61
ctt 0 cct 0 cat 57 cgt 1
gtt 0 gct 0 gat 44 ggc 1
ttc 1 tcc 52 tac 0 tgc 1
att 0 acc 56 aac 0 agc 1
ctc 70 ccc 61 cac 1 cgc 65
gtc 42 gcc 55 gac 0 ggt 61
tta 0 tca 0 taa 41 tga 16
ata 1 aca 0 aaa 1 aga 0
cta 3 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 1 gaa 0 gga 0
ttg 1 tcg 0 tag 53 tgg 1
atg 0 acg 2 aag 1 agg 1
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 8
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 4
E79.GDI Absence de duplication
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  • Lien au tableur:E79.GDI Absence de duplication.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les codons à tRNA unique. La compilation des codons à tRNA unique permet de calculer l'efficacité de la duplication en présence d'intron ou non. J'ai utilisé la fonction du tableur calc pour décompter ces codons, NB.SI(ligne,1).
    1. unit1: se trouve au niveau1 de la méthode au 1er tableau, tot, dernière colonne.
    2. sin_1: se trouve au niveau7 de la méthode au 1er tableau, sin tot, dernière colonne.
    3. in_1: se trouve au niveau4 de la méthode au 1er tableau, in tot, dernière colonne.
III. E79−GDI Absence de duplication
III1.unit1 codon à tRNA unique
g1 t1
ttt 16 tct 2 tat 13 tgt 18
atc 10 act 0 aat 15 agt 5
ctt 3 cct 1 cat 15 cgt 0
gtt 1 gct 1 gat 21 ggc 0
ttc 1 tcc 10 tac 1 tgc 1
att 1 acc 12 aac 1 agc 1
ctc 7 ccc 13 cac 0 cgc 8
gtc 23 gcc 11 gac 1 ggt 5
tta 3 tca 3 taa 19 tga 32
ata 6 aca 2 aaa 2 aga 2
cta 5 cca 3 caa 3 cga 4
gta 5 gca 3 gaa 2 gga 2
ttg 2 tcg 5 tag 5 tgg 1
atg 0 acg 4 aag 0 agg 1
ctg 1 ccg 5 cag 2 cgg 7
gtg 2 gcg 1 gag 2 ggg 3
III2.in_1 codon à tRNA unique avec intron
g1 t1
ttt 3 tct 0 tat 6 tgt 1
atc 2 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 1 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggc 0
ttc 0 tcc 2 tac 1 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 1 ccc 2 cac 0 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gac 0 ggt 1
tta 0 tca 0 taa 0 tga 1
ata 4 aca 0 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg 0 tag 2 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
III3.sin_1 codon à tRNA unique sans intron
g1 t1
ttt 13 tct 2 tat 6 tgt 17
atc 8 act 0 aat 15 agt 5
ctt 3 cct 1 cat 14 cgt 0
gtt 1 gct 1 gat 21 ggc 0
ttc 1 tcc 8 tac 0 tgc 1
att 1 acc 12 aac 1 agc 1
ctc 6 ccc 11 cac 0 cgc 5
gtc 23 gcc 10 gac 1 ggt 4
tta 3 tca 3 taa 19 tga 31
ata 2 aca 2 aaa 2 aga 2
cta 5 cca 3 caa 3 cga 4
gta 5 gca 3 gaa 2 gga 2
ttg 2 tcg 5 tag 4 tgg 1
atg 0 acg 4 aag 0 agg 1
ctg 1 ccg 5 cag 2 cgg 7
gtg 2 gcg 1 gag 2 ggg 3
E79.GDI Les duplications
modifier
  • Lien au tableur:E79.GDI Les duplications.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − La méthode de compilation permet de séparer les duplications ayant uniquement des introns, des duplications sans introns et celles contenant les 2. La méthode part des tableaux dble et dif du niveau1 obtenus à partir du tableau des décomptes des duplications initial à 2 colonnes par génome (tot, diff), situé au niveau1 aussi. Le tableau des duplications identiques est égal à, dble = tot − diff; le tableau des duplications non identiques est égal à, dif = diff − 1. La méthode permet de compiler les duplications identiques et non identiques pour un même type de codon.
    1. in dblei: duplications identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode au 2ème tableau, in dble, dernière colonne.
    2. in difi: duplications non identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode au 3ème tableau, in dif, dernière colonne.
    3. sin dbles: duplications identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau7 de la méthode au 2ème tableau, sin dble, dernière colonne.
    4. sin difs: duplications non identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau7 de la méthode au 3ème tableau, sin dif, dernière colonne.
    5. isi dbleisi: duplications identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau6 de la méthode au 2ème tableau, isi dble, dernière colonne.
    6. isi difisi: duplications non identiques pour des tRNAs sans intron, seuls. La liste se trouve au niveau6 de la méthode au 3ème tableau, isi dif, dernière colonne.
    7. tRNAi: duplications identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode après le 3ème tableau, in dif. Voir le détail du calcul dans la méthode.
    8. tRNAs: duplications non identiques pour des tRNAs avec intron, seuls. La liste se trouve au niveau4 de la méthode après le 3ème tableau, in dif. Voir le détail du calcul dans la méthode.
IV. E79−GDI Les duplications
IV1.in dblei doublons avec intron
g1 t1
ttt 1 tct 0 tat 0 tgt 0
atc 1 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 1 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 1 ggc 0
ttc 0 tcc 0 tac 79 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 1 tga 0
ata 2 aca 0 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 12 tcg 0 tag 0 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
IV2.in difi duplications différentes, avec intron
g1 t1
ttt 4 tct 0 tat 3 tgt 0
atc 8 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 10 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggc 0
ttc 0 tcc 0 tac 352 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 2 tga 0
ata 93 aca 0 aaa 0 aga 4
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 135 tcg 0 tag 0 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
IV3.sin dbles doublons sans intron
g1 t1
ttt 0 tct 501 tat 0 tgt 10
atc 5 act 458 aat 1 agt 8
ctt 431 cct 623 cat 0 cgt 543
gtt 580 gct 798 gat 0 ggc 891
ttc 621 tcc 37 tac 0 tgc 795
att 827 acc 25 aac 811 agc 394
ctc 1 ccc 1 cac 541 cgc 2
gtc 27 gcc 8 gac 1051 ggt 2
tta 75 tca 150 taa 3 tga 7
ata 15 aca 271 aaa 521 aga 78
cta 120 cca 512 caa 303 cga 228
gta 119 gca 3191 gaa 427 gga 557
ttg 73 tcg 133 tag 1 tgg 406
atg 1154 acg 117 aag 859 agg 205
ctg 341 ccg 205 cag 485 cgg 84
gtg 424 gcg 205 gag 653 ggg 230
IV4.sin difs duplications différentes, sans intron
g1 t1
ttt 14 tct 333 tat 13 tgt 175
atc 32 act 583 aat 22 agt 28
ctt 281 cct 225 cat 9 cgt 299
gtt 474 gct 931 gat 32 ggc 463
ttc 450 tcc 82 tac 0 tgc 851
att 490 acc 39 aac 649 agc 512
ctc 1 ccc 5 cac 271 cgc 18
gtc 35 gcc 218 gac 590 ggt 77
tta 321 tca 346 taa 89 tga 150
ata 15 aca 565 aaa 846 aga 74
cta 267 cca 288 caa 369 cga 275
gta 349 gca 3720 gaa 863 gga 434
ttg 65 tcg 263 tag 48 tgg 634
atg 823 acg 385 aag 770 agg 599
ctg 296 ccg 107 cag 455 cgg 186
gtg 470 gcg 317 gag 981 ggg 469
IV5.isi dbleis doublons dans le mélange isi
g1 t1
ttt 0 tct 5 tat 0 tgt 0
atc 0 act 19 aat 4 agt 17
ctt 60 cct 26 cat 0 cgt 0
gtt 14 gct 24 gat 2 ggc 25
ttc 24 tcc 5 tac 228 tgc 92
att 23 acc 0 aac 131 agc 49
ctc 0 ccc 0 cac 90 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 19 ggt 0
tta 22 tca 28 taa 1 tga 0
ata 136 aca 24 aaa 68 aga 115
cta 2 cca 19 caa 57 cga 13
gta 29 gca 9 gaa 174 gga 125
ttg 29 tcg 1 tag 0 tgg 24
atg 233 acg 1 aag 91 agg 7
ctg 27 ccg 6 cag 30 cgg 0
gtg 70 gcg 103 gag 44 ggg 214
IV6.isi difis duplications différentes, dans isi
g1 t1
ttt 5 tct 4 tat 20 tgt 0
atc 1 act 63 aat 53 agt 9
ctt 85 cct 17 cat 5 cgt 0
gtt 6 gct 309 gat 26 ggc 106
ttc 22 tcc 18 tac 726 tgc 458
att 49 acc 0 aac 118 agc 42
ctc 0 ccc 5 cac 48 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 125 ggt 20
tta 95 tca 57 taa 35 tga 17
ata 287 aca 30 aaa 244 aga 821
cta 21 cca 156 caa 988 cga 1343
gta 154 gca 15 gaa 4848 gga 3940
ttg 265 tcg 6 tag 33 tgg 443
atg 329 acg 29 aag 2472 agg 146
ctg 42 ccg 47 cag 153 cgg 28
gtg 1560 gcg 3782 gag 1094 ggg 5677
IV7.tRNAi tRNA avec intron dans le mélange isi
g1 t1
ttt 1 tct 1 tat 4 tgt 0
atc 0 act 3 aat 0 agt 0
ctt 35 cct 1 cat 3 cgt 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggc 3
ttc 0 tcc 19 tac 729 tgc 4
att 2 acc 0 aac 3 agc 3
ctc 0 ccc 2 cac 2 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 16 ggt 1
tta 10 tca 4 taa 2 tga 1
ata 290 aca 2 aaa 46 aga 407
cta 0 cca 43 caa 140 cga 124
gta 0 gca 0 gaa 20 gga 12
ttg 188 tcg 1 tag 3 tgg 1
atg 138 acg 1 aag 314 agg 9
ctg 0 ccg 7 cag 9 cgg 2
gtg 0 gcg 0 gag 7 ggg 8
IV8.tRNAs tRNA sans intron dans le mélange isi
g1 t1
ttt 4 tct 8 tat 16 tgt 0
atc 1 act 79 aat 57 agt 26
ctt 110 cct 42 cat 2 cgt 0
gtt 19 gct 333 gat 28 ggc 128
ttc 46 tcc 4 tac 225 tgc 546
att 70 acc 0 aac 246 agc 88
ctc 0 ccc 3 cac 136 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 128 ggt 19
tta 107 tca 81 taa 34 tga 16
ata 133 aca 52 aaa 266 aga 529
cta 23 cca 132 caa 905 cga 1232
gta 183 gca 24 gaa 5002 gga 4053
ttg 106 tcg 6 tag 30 tgg 466
atg 424 acg 29 aag 2249 agg 144
ctg 69 ccg 46 cag 174 cgg 26
gtg 1630 gcg 3885 gag 1131 ggg 5883
E79.GDI Les rapports des duplications doublons-différents
modifier
  • Lien au tableur:Les rapports des duplications doublons-différents.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les rapports sont calculés dans le tableau de synthèse avec les mêmes nom des colonnes. Les rapports en gras 11 ont un dénominateur zéro ramené à l'unité, ce qui signifie que ce rapport est probablement est supérieur à la valeur affichée.
    1. ri, rapport des duplications non identiques sur les identiques des tRNAs avec intron, seuls: difi/dblei.
    2. rs, rapport des duplications identiques sur les non identiques des tRNAs sans intron, seuls: difs/dbles.
    3. rsi, rapport des duplications non identiques sur les identiques des tRNAs du mélange: difisi/dbleisi
    4. s/i, rapport des tRNAs avec intron sur les tRNAs sans intron du mélange: tRNAs/tRNAi.
V. E79−GDI Les rapports des duplications doublons/différents
V1.ri difi/dblei avec intron
g1 t1
ttt 4.0 tct 0 tat 3 tgt 0
atc 8.0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 10 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggc 0
ttc 0 tcc 0 tac 4.5 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 2.0 tga 0
ata 47 aca 0 aaa 0 aga 4
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 11 tcg 0 tag 0 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
V2.rs dbles/difs sans intron
g1 t1
ttt 14 tct 0.7 tat 13 tgt 18
atc 6.4 act 1.3 aat 22 agt 3.5
ctt 0.7 cct 0.4 cat 9 cgt 0.6
gtt 0.8 gct 1.2 gat 32 ggc 0.5
ttc 0.7 tcc 2.2 tac 0 tgc 1.1
att 0.6 acc 1.6 aac 0.8 agc 1.3
ctc 1.0 ccc 5.0 cac 0.5 cgc 9.0
gtc 1.3 gcc 27 gac 0.6 ggt 39
tta 4.3 tca 2.3 taa 30 tga 21
ata 1.0 aca 2.1 aaa 1.6 aga 0.9
cta 2.2 cca 0.6 caa 1.2 cga 1.2
gta 2.9 gca 1.2 gaa 2.0 gga 0.8
ttg 0.9 tcg 2.0 tag 48 tgg 1.6
atg 0.7 acg 3.3 aag 0.9 agg 2.9
ctg 0.9 ccg 0.5 cag 0.9 cgg 2.2
gtg 1.1 gcg 1.5 gag 1.5 ggg 2.0
V3.rsi difisi/dbleisi mélange isi
g1 t1
ttt 5 tct 0.8 tat 20 tgt 0
atc 1 act 3.3 aat 13 agt 0.5
ctt 1.4 cct 0.7 cat 5 cgt 0
gtt 0.4 gct 13 gat 13 ggc 4.2
ttc 0.9 tcc 3.6 tac 3.2 tgc 5.0
att 2.1 acc 0 aac 0.9 agc 0.9
ctc 0 ccc 5 cac 0.5 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 6.6 ggt 20
tta 4.3 tca 2.0 taa 35 tga 17
ata 2.1 aca 1.3 aaa 3.6 aga 7.1
cta 11 cca 8.2 caa 17 cga 103
gta 5.3 gca 1.7 gaa 28 gga 32
ttg 9.1 tcg 6.0 tag 33 tgg 18
atg 1.4 acg 29 aag 27 agg 21
ctg 1.6 ccg 7.8 cag 5.1 cgg 28
gtg 22 gcg 37 gag 25 ggg 27
V4.tRNAis ts/ti dans le mélange isi
g1 t1
ttt 4.0 tct 8.0 tat 4.0 tgt 0
atc 1 act 26 aat 57 agt 26
ctt 3.1 cct 42 cat 0.7 cgt 0
gtt 19 gct 333 gat 28 ggc 43
ttc 46 tcc 0.2 tac 0.3 tgc 137
att 35 acc 0 aac 82 agc 29
ctc 0 ccc 1.5 cac 68 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 8.0 ggt 19
tta 11 tca 20 taa 17 tga 16
ata 0.5 aca 26 aaa 5.8 aga 1.3
cta 23 cca 3.1 caa 6.5 cga 9.9
gta 183 gca 24 gaa 250 gga 338
ttg 0.6 tcg 6.0 tag 10 tgg 466
atg 3.1 acg 29 aag 7.2 agg 16
ctg 69 ccg 6.6 cag 19 cgg 13
gtg 1630 gcg 3885 gag 162 ggg 735
E79.GDI Total duplications
modifier
  • Lien au tableur:E79.GDI Total duplications.
  • Légende: Nouvel affichage avec l’ordre obligatoire. Voir la légende en début de chapitre.
    − Les tableaux sont issus du tableau de synthèse avec les mêmes nom des colonnes.
    1. in, dblei+difi: somme des 2 colonnes dblei et difi, total des duplications des tRNAs avec intron, seuls.
    2. sin, dbles+difs: somme des 2 colonnes dbles et difs, total des duplications des tRNAs sans intron, seuls.
    3. isi, dbleisi+difisi: somme des 2 colonnes dbleisi et difisi, total des duplications des tRNAs dans le mélange.
    4. in%, sin%, isi% : Pourcentage de in sin isi par rapport au total in+sin+isi.
VI. E79−GDI Total duplications
VI1.in (dblei+difi) avec intron
g1 t1
ttt 5 tct 0 tat 3 tgt 0
atc 9 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 11 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 1 ggc 0
ttc 0 tcc 0 tac 431 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 3 tga 0
ata 95 aca 0 aaa 0 aga 4
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 147 tcg 0 tag 0 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
VI2.sin (dbles+difs) sans intron
g1 t1
ttt 14 tct 834 tat 13 tgt 185
atc 37 act 1041 aat 23 agt 36
ctt 712 cct 848 cat 9 cgt 842
gtt 1054 gct 1729 gat 32 ggc 1354
ttc 1071 tcc 119 tac 0 tgc 1646
att 1317 acc 64 aac 1460 agc 906
ctc 2 ccc 6 cac 812 cgc 20
gtc 62 gcc 226 gac 1641 ggt 79
tta 396 tca 496 taa 92 tga 157
ata 30 aca 836 aaa 1367 aga 152
cta 387 cca 800 caa 672 cga 503
gta 468 gca 6911 gaa 1290 gga 991
ttg 138 tcg 396 tag 49 tgg 1040
atg 1977 acg 502 aag 1629 agg 804
ctg 637 ccg 312 cag 940 cgg 270
gtg 894 gcg 522 gag 1634 ggg 699
VI3.isi (dbleisi+difisi) mélange isi
g1 t1
ttt 5 tct 9 tat 20 tgt 0
atc 1 act 82 aat 57 agt 26
ctt 145 cct 43 cat 5 cgt 0
gtt 20 gct 333 gat 28 ggc 131
ttc 46 tcc 23 tac 954 tgc 550
att 72 acc 0 aac 249 agc 91
ctc 0 ccc 5 cac 138 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 144 ggt 20
tta 117 tca 85 taa 36 tga 17
ata 423 aca 54 aaa 312 aga 936
cta 23 cca 175 caa 1045 cga 1356
gta 183 gca 24 gaa 5022 gga 4065
ttg 294 tcg 7 tag 33 tgg 467
atg 562 acg 30 aag 2563 agg 153
ctg 69 ccg 53 cag 183 cgg 28
gtg 1630 gcg 3885 gag 1138 ggg 5891
VI4.in% (dblei+difi) avec intron
g1 t1
ttt 21 tct 0 tat 8 tgt 0
atc 19 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 1 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 2 ggc 0
ttc 0 tcc 0 tac 31 tgc 0
att 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggt 0
tta 0 tca 0 taa 2 tga 0
ata 17 aca 0 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 25 tcg 0 tag 0 tgg 0
atg 0 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
VI5.sin% (dbles+difs) sans intron
g1 t1
ttt 58 tct 99 tat 36 tgt 100
atc 79 act 93 aat 29 agt 58
ctt 83 cct 94 cat 64 cgt 100
gtt 98 gct 84 gat 52 ggc 91
ttc 96 tcc 84 tac 0 tgc 75
att 95 acc 100 aac 85 agc 91
ctc 100 ccc 55 cac 85 cgc 100
gtc 100 gcc 100 gac 92 ggt 80
tta 77 tca 85 taa 70 tga 90
ata 5 aca 94 aaa 81 aga 14
cta 94 cca 82 caa 39 cga 27
gta 72 gca 100 gaa 20 gga 20
ttg 24 tcg 98 tag 60 tgg 69
atg 78 acg 94 aag 39 agg 84
ctg 90 ccg 85 cag 84 cgg 91
gtg 35 gcg 12 gag 59 ggg 11
VI6.isi% (dbleisi+difisi) mélange isi
g1 t1
ttt 21 tct 1 tat 56 tgt 0
atc 2 act 7 aat 71 agt 42
ctt 17 cct 5 cat 36 cgt 0
gtt 2 gct 16 gat 46 ggc 9
ttc 4 tcc 16 tac 69 tgc 25
att 5 acc 0 aac 15 agc 9
ctc 0 ccc 45 cac 15 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 8 ggt 20
tta 23 tca 15 taa 27 tga 10
ata 77 aca 6 aaa 19 aga 86
cta 6 cca 18 caa 61 cga 73
gta 28 gca 0 gaa 80 gga 80
ttg 51 tcg 2 tag 40 tgg 31
atg 22 acg 6 aag 61 agg 16
ctg 10 ccg 15 cag 16 cgg 9
gtg 65 gcg 88 gag 41 ggg 89

E79.GDI Synthèse

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  • Lien au tableur:E79.GDI Synthèse.
  • Méthode: Seules les données tableur sont fournies. Les recopier dans un tableur pour suivre la méthode (ici tableur calc de LibreOffice). Voir le tableur pour E79.
    − Voir la correspondance entre code KEGG et le nom du génome.
    − Voir le tableau des décomptes détaillés des duplications de tRNA par génome: effectifs E79. Ce tableau contient 2 colonnes par génome, une pour le total des tRNAs, tot, et la 2ème, diff, le nombre de tRNAs différents entre eux pour un même codon du génome. Selon la méthode de décompte (ref.) la notation diff est attribuée au 1er tRNA de la comparaison quand tous les tRNAs d'un génome sont triés en 1er sur le nom du codon et en 2ème sur la séquence du tRNA. Donc la notation du dernier tRNA d'un codon est toujours diff et par conséquent le nombre de duplications non identiques pour un codon est égal à diff − 1 et le nombre de duplications identiques est égale à tot − diff que j'ai appelé par la suite double ou dble ou doublon.
    − Voir le tableau des décomptes détaillés des introns par génome.
    Les données pour le tableur sont faites de 7 niveaux de tableaux.
    1. Le niveau 1 est constitué de 4 tableaux: tot, diff, double (tot − diff) et dif (diff − 1).
      − corriger les incohérences des prélèvements: 6*? pour le codon aac de mgr, voir les décomptes des duplications.
      − trier sur ligne et colonne les tableaux issus des tRNAs: tot, diff, double (tot − diff), dif (diff − 1).
      − du tableau tot on fait la somme des lignes (colonne tRNA du tableau de synthèse), on applique la fonction NB.SI(ligne,1) sur chaque ligne ( colonne unit1) et la fonction NB.SI(ligne,0) sur chaque ligne (colonne zéros).
    2. Le niveau 2 est constitué du tableau des introns.
      − trier sur ligne et colonne le tableau des introns. On fait la somme des lignes (colonne in_t du tableau de synthèse).
    3. Le niveau 3 est le formatage des seuls codons ne contenant que des tRNAs à intron. Chaque cellule du tableur de ce type de codon contient le symbole &.
      − Tableau format:
      1. différence tot − intron, couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. rechercher zéros, cellule entière. Remplacer par &0. Colorer les cellules &0.
      3. rechercher le signe moins − et effacer la cellule. Voir chapitre Erreurs ci-dessous.
      4. supprimer tous les décimaux, avec recherche ^[:digit:] expression régulière.
      5. copier le tableau pour le niveau suivant in.
    4. Le niveau 4 est constitué des 3 tableaux des seuls codons ne contenant que des tRNAs à intron, correspondant au total in_tot, aux duplications identique in_dble, et aux duplications non identiques in_dif.
      − Tableau in (tot): (à faire aussi pour dble dif).
      1. Concat & du format et tot, couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. supprimer tous les décimaux, ^[:digit:] expression régulière.
      3. Recherche &0 cellule entière, supprimer. Pour in dif rechercher &− remplacer par rien. Dans dif le tiret − remplace -1 lors de sa construction.
      4. Rechercher & et remplacer par rien.
      5. La fonction NB.SI(ligne,1) sur chaque ligne donne la colonne in_1 du tableau de synthèse. La colonne gen-in est obtenue en appliquant la fonction NB.VIDE(ligne) sur chaque ligne: gen-in = 42 − NB.VIDE. La somme sur les lignes du tableau in dble donne la colonne dblei, celle sur le tableau in dif donne la colonne difi, celle sur le tableau in tot donne in.
      6. tRNAis: Les colonnes tRNAi et tRNAs du tableau de synthèse sont au niveau 4 du tableur. Je fais in_isi = in_t − in, puis
        − tRNAi = in_isi − gen_isi. Ainsi je ne retire pas l'unité (-1) du tableau diff du niveau 1, mais des tRNAs à intron. Car ma méthode des décomptes diff se fait à la rupture entre 2 codons, et pour isi (mélange de tRNA avec et sans intron) la rupture se fait nécessairement avec le tRNA à intron du 1er codon puisque les tRNAs à intron sont toujours plus grands que ceux sans, et donc sont triés en dernier.
        − tRNAs = dbleisi + difisi − tRNAi.
    5. Le niveau 5 est constitué des 3 tableaux intermédiaires pour le niveau6. Ils sont suffixés par le chiffre 1.
      − Tableau isi tot 1 (à faire aussi pour isi dble et isi dif 1).
      1. faire tot*intron/intron, couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. supprimer tout #DIV/0 !, et tout #VALEUR ! pour isi dif 1.
    6. Le niveau 6 est constitué de 3 tableaux des seuls codons contenant un mélange de tRNAs avec et sans intron, correspondant au total isi_tot, aux duplications identique isi_dble, et aux duplications non identiques isi_dif. Ils sont suffixés par le chiffre 2.
      − Tableau isi tot 2 (à faire aussi pour isi dble 2 et isi dif 2).
      1. concat format (&) puis isi tot 1. Couper et coller sur place (ctrl+v, format).
      2. Rechercher & et effacer les cellules.
      3. Rechercher 0, cellule entière, effacer les cellules.
      4. copier dans txt (texte et chiffres) puis copier ce txt.
      5. coller sur isi tot 2
      6. colorer ^[:digit:] expression régulière.
      7. La colonne gen-isi est obtenue en appliquant la fonction NB.VIDE(ligne) sur chaque ligne: gen_isi = 79 − NB.VIDE. La somme sur les lignes du tableau isi dble 2 donne la colonne dbleisi, celle sur le tableau isi dif 2 donne la colonne difisi.
    7. Le niveau 7 est constitué de 3 tableaux des seuls codons ne contenant que des tRNAs sans intron, correspondant au total sin_tot, aux duplications identique sin_dble, et aux duplications non identiques sin_dif.
      − Tableau sin tot (à faire aussi pour sin dble, sin dif).
      1. copier isi tot 2 pour sin tot
      2. faire tot − in − isi tot 2.
      3. Rechercher 0, cellule entière, effacer les cellules. Pour sin dif supprimer tout #VALEUR !.
      4. La fonction NB.SI(ligne,1) sur chaque ligne donne la colonne sin_1 du tableau de synthèse. La colonne gen-sin est obtenue en appliquant la fonction NB.VIDE(ligne) et NB.SI(ligne,0) sur chaque ligne: gen-sin = 79 − NB.VIDE − NB.SI. La somme sur les lignes du tableau sin dble donne la colonne dbles, celle sur le tableau sin dif donne la colonne difs.
  • Erreurs dans les décomptes des introns:
    − E79: 1 seul génome est concerné, hsa-18, avec les codons acg cct tat tgc tag tgt. J'ai mis par erreur ou bien la base gtRNAdb a changée, un intron pour chacun de ces codons alors qu'au 30.1.19 ils n'en ont pas du tout.
  • Légende: Voir légende de C42-GDI.
II.E79-GDI Synthèse
E79 zéros unique tRNA intron unique genèse in sin isi tRNAis R total %
oo aa Trad ADN alpha zéros unit1 sin_t/tot tRNA sin_t in_t sin_1 in_1 gen_isi gen_sin gen_in dblei difi dbles difs dbleisi difisi tRNAi tRNAs ri rs rsi s/i in sin isi in% sin% isi% codon
57 Met 12 15 atg 0 0 0.94 2618 2469 149 0 0 11 68 0 0 0 1154 823 233 329 138 424 0 0.7 1.4 3.1 0 1977 562 0 78 22 atg
11 Tyr 34 37 tac 0 1 0.15 1464 225 1239 0 1 41 0 38 79 352 0 0 228 726 729 225 4.5 0 3.2 0.3 431 0 954 31 0 69 tac
22 Pro 21 22 cct 0 1 0.98 981 964 17 1 0 4 73 1 1 10 623 225 26 17 1 42 10 0.4 0.7 42 11 848 43 1 94 5 cct
14 Asp 46 40 gac 0 1 0.99 1864 1846 18 1 0 2 77 0 0 0 1051 590 19 125 16 128 0 0.6 6.6 8.0 0 1641 144 0 92 8 gac
65 Leu 8 14 ctg 0 1 0.99 785 778 7 1 0 7 72 0 0 0 341 296 27 42 0 69 0 0.9 1.6 69 0 637 69 0 90 10 ctg
13 Asn 42 39 aac 0 1 1.00 1788 1780 8 1 0 5 74 0 0 0 811 649 131 118 3 246 0 0.8 0.9 82 0 1460 249 0 85 15 aac
17 Ile 9 7 att 0 1 1.00 1468 1463 5 1 0 3 76 0 0 0 827 490 23 49 2 70 0 0.6 2.1 35 0 1317 72 0 95 5 att
27 Val 13 8 gtt 0 1 1.00 1153 1150 3 1 0 2 77 0 0 0 580 474 14 6 1 19 0 0.8 0.4 19 0 1054 20 0 98 2 gtt
24 Ala 29 24 gct 0 1 1.00 2141 2137 4 1 0 4 75 0 0 0 798 931 24 309 0 333 0 1.2 13 333 0 1729 333 0 84 16 gct
64 Ala 32 32 gcg 0 1 1.00 4486 4482 4 1 0 4 75 0 0 0 205 317 103 3782 0 3885 0 1.5 37 3885 0 522 3885 0 12 88 gcg
38 Arg 59 59 aga 0 2 0.60 1171 702 469 2 0 57 21 1 0 4 78 74 115 821 407 529 4 0.9 7.1 1.3 4 152 936 0 14 86 aga
52 Gln 40 46 cag 0 2 0.99 1202 1185 17 2 0 8 71 0 0 0 485 455 30 153 9 174 0 0.9 5.1 19 0 940 183 0 84 16 cag
43 Thr 27 27 aca 0 2 0.99 969 964 5 2 0 3 76 0 0 0 271 565 24 30 2 52 0 2.1 1.3 26 0 836 54 0 94 6 aca
54 Glu 48 48 gag 0 2 1.00 2851 2838 13 2 0 6 73 0 0 0 653 981 44 1094 7 1131 0 1.5 25 162 0 1634 1138 0 59 41 gag
34 Glu 47 44 gaa 0 2 1.00 6391 6363 28 2 0 8 71 0 0 0 427 863 174 4848 20 5002 0 2.0 28 250 0 1290 5022 0 20 80 gaa
48 Gly 63 60 gga 0 2 1.00 5135 5114 21 2 0 9 70 0 0 0 557 434 125 3940 12 4053 0 0.8 32 338 0 991 4065 0 20 80 gga
32 Gln 39 42 caa 0 3 0.92 1796 1648 148 3 0 8 71 0 0 0 303 369 57 988 140 905 0 1.2 17 6.5 0 672 1045 0 39 61 caa
25 Leu 5 6 ctt 0 3 0.95 936 891 45 3 0 10 69 0 0 0 431 281 60 85 35 110 0 0.7 1.4 3.1 0 712 145 0 83 17 ctt
42 Pro 23 26 cca 0 3 0.95 1054 1004 50 3 0 7 72 0 0 0 512 288 19 156 43 132 0 0.6 8.2 3.1 0 800 175 0 82 18 cca
35 Leu 3 9 tta 0 3 0.97 592 574 18 3 0 8 71 0 0 0 75 321 22 95 10 107 0 4.3 4.3 11 0 396 117 0 77 23 tta
41 Ser 19 25 tca 0 3 0.98 660 647 13 3 0 9 70 0 0 0 150 346 28 57 4 81 0 2.3 2.0 20 0 496 85 0 85 15 tca
46 Arg 55 58 cga 0 4 0.93 1938 1807 131 4 0 7 72 0 0 0 228 275 13 1343 124 1232 0 1.2 103 9.9 0 503 1356 0 27 73 cga
62 Pro 24 30 ccg 0 5 0.98 444 433 11 5 0 4 75 0 0 0 205 107 6 47 7 46 0 0.5 7.8 6.6 0 312 53 0 85 15 ccg
47 Val 15 12 gta 0 5 0.99 730 725 5 5 0 5 74 0 0 0 119 349 29 154 0 183 0 2.9 5.3 183 0 468 183 0 72 28 gta
61 Ser 20 29 tcg 0 5 1.00 482 480 2 5 0 1 78 0 0 0 133 263 1 6 1 6 0 2.0 6.0 6.0 0 396 7 0 98 2 tcg
53 Lys 44 47 aag 1 0 0.92 4270 3949 321 0 0 7 71 0 0 0 859 770 91 2472 314 2249 0 0.9 27 7.2 0 1629 2563 0 39 61 aag
12 His 38 38 cac 1 0 0.99 1028 1017 11 0 0 9 69 0 0 0 541 271 90 48 2 136 0 0.5 0.5 68 0 812 138 0 85 15 cac
23 Thr 25 23 act 1 0 0.99 1201 1191 10 0 0 7 71 0 0 0 458 583 19 63 3 79 0 1.3 3.3 26 0 1041 82 0 93 7 act
28 Gly 62 56 ggc 1 0 1.00 1563 1556 7 0 0 4 74 0 0 0 891 463 25 106 3 128 0 0.5 4.2 43 0 1354 131 0 91 9 ggc
26 Arg 53 54 cgt 1 0 1.00 920 920 0 0 0 0 78 0 0 0 543 299 0 0 0 0 0 0.6 0 0 0 842 0 0 100 0 cgt
58 Arg 60 63 agg 1 1 0.99 1035 1021 14 1 0 5 73 0 0 0 205 599 7 146 9 144 0 2.9 21 16 0 804 153 0 84 16 agg
18 Ser 58 55 agc 1 1 0.99 1075 1066 9 1 0 6 72 0 0 0 394 512 49 42 3 88 0 1.3 0.9 29 0 906 91 0 91 9 agc
16 Cys 50 53 tgc 1 1 0.99 2274 2261 13 1 0 9 68 0 0 0 795 851 92 458 4 546 0 1.1 5 137 0 1646 550 0 75 25 tgc
56 Trp 52 61 tgg 1 1 1.00 1585 1580 5 1 0 4 74 0 0 0 406 634 24 443 1 466 0 1.6 18 466 0 1040 467 0 69 31 tgg
15 Phe 2 5 ttc 1 1 1.00 1195 1193 2 1 0 2 76 0 0 0 621 450 24 22 0 46 0 0.7 0.9 46 0 1071 46 0 96 4 ttc
55 Leu 4 13 ttg 1 2 0.39 657 257 400 2 0 32 13 33 12 135 73 65 29 265 188 106 11 0.9 9.1 0.6 147 138 294 25 24 51 ttg
33 Lys 43 43 aaa 1 2 0.97 1757 1703 54 2 0 8 70 0 0 0 521 846 68 244 46 266 0 1.6 3.6 5.8 0 1367 312 0 81 19 aaa
67 Val 16 16 gtg 1 2 1.00 2602 2596 6 2 0 6 72 0 0 0 424 470 70 1560 0 1630 0 1.1 22 1630 0 894 1630 0 35 65 gtg
44 Ala 31 28 gca 1 3 1.00 7013 7011 2 3 0 2 76 0 0 0 3191 3720 9 15 0 24 0 1.2 1.7 24 0 6911 24 0 100 0 gca
37 Ile 11 11 ata 1 6 0.27 626 172 454 2 4 35 9 34 2 93 15 15 136 287 290 133 47 1.0 2.1 0.5 95 30 423 17 5 77 ata
21 Ser 17 21 tct 2 2 1.00 920 918 2 2 0 1 76 0 0 0 501 333 5 4 1 8 0 0.7 0.8 8.0 0 834 9 0 99 1 tct
63 Thr 28 31 acg 2 4 0.99 609 603 6 4 0 5 71 0 0 0 117 385 1 29 1 29 0 3.3 29 29 0 502 30 0 94 6 acg
45 Leu 7 10 cta 3 5 1.00 486 484 2 5 0 2 74 0 0 0 120 267 2 21 0 23 0 2.2 11 23 0 387 23 0 94 6 cta
68 Gly 64 64 ggg 4 3 1.00 6665 6650 15 3 0 7 68 0 0 0 230 469 214 5677 8 5883 0 2.0 27 735 0 699 5891 0 11 89 ggg
66 Arg 56 62 cgg 8 7 0.99 369 365 4 7 0 2 69 0 0 0 84 186 0 28 2 26 0 2.2 28 13 0 270 28 0 91 9 cgg
36 SeC 51 57 tga 16 32 0.99 237 234 3 31 1 1 61 1 0 0 7 150 0 17 1 16 0 21 17 16 0 157 17 0 90 10 tga
31 Stp 35 41 taa 41 19 0.95 169 161 8 19 0 1 35 2 1 2 3 89 1 35 2 34 2.0 30 35 17 3 92 36 2 70 27 taa
87 Val 14 4 gtc 42 23 1.00 99 99 0 23 0 0 37 0 0 0 27 35 0 0 0 0 0 1.3 0 0 0 62 0 0 100 0 gtc
74 Asp 45 36 gat 44 21 0.96 96 92 4 21 0 2 32 1 1 0 0 32 2 26 0 28 0 32 13 28 1 32 28 2 52 46 gat
73 Asn 41 35 aat 46 15 0.96 113 109 4 15 0 4 29 0 0 0 1 22 4 53 0 57 0 22 13 57 0 23 57 0 29 71 aat
76 Cys 49 49 tgt 48 18 1.00 216 215 1 17 1 0 30 1 0 0 10 175 0 0 0 0 0 18 0 0 0 185 0 0 100 0 tgt
77 Ile 10 3 atc 52 10 0.81 74 60 14 8 2 1 22 4 1 8 5 32 0 1 0 1 8.0 6.4 1 1 9 37 1 19 79 2 atc
81 Ser 18 17 tcc 52 10 0.86 169 146 23 8 2 2 23 2 0 0 37 82 5 18 19 4 0 2.2 3.6 0.2 0 119 23 0 84 16 tcc
71 Tyr 33 33 tat 52 13 0.63 63 40 23 6 6 8 10 8 0 3 0 13 0 20 4 16 3 13 20 4.0 3 13 20 8 36 56 tat
75 Phe 1 1 ttt 52 16 0.78 51 40 11 13 3 1 22 4 1 4 0 14 0 5 1 4 4.0 14 5 4.0 5 14 5 21 58 21 ttt
51 Stp 36 45 tag 53 5 0.89 108 96 12 4 2 7 18 2 0 0 1 48 0 33 3 30 0 48 33 10 0 49 33 0 60 40 tag
84 Ala 30 20 gcc 55 11 1.00 250 249 1 10 1 0 23 1 0 0 8 218 0 0 0 0 0 27 0 0 0 226 0 0 100 0 gcc
83 Thr 26 19 acc 56 12 1.00 87 87 0 12 0 0 23 0 0 0 25 39 0 0 0 0 0 1.6 0 0 0 64 0 0 100 0 acc
72 His 37 34 cat 57 15 0.83 36 30 6 14 1 2 19 1 0 0 0 9 0 5 3 2 0 9 5 0.7 0 9 5 0 64 36 cat
88 Gly 61 52 ggt 61 5 0.97 117 113 4 4 1 2 15 1 0 0 2 77 0 20 1 19 0 39 20 19 0 79 20 0 80 20 ggt
78 Ser 57 51 agt 61 5 0.98 80 78 2 5 0 2 16 0 0 0 8 28 17 9 0 26 0 3.5 0.5 26 0 36 26 0 58 42 agt
82 Pro 22 18 ccc 61 13 0.83 29 24 5 11 2 1 15 2 0 0 1 5 0 5 2 3 0 5.0 5 1.5 0 6 5 0 55 45 ccc
86 Arg 54 50 cgc 65 8 0.91 34 31 3 5 3 0 11 3 0 0 2 18 0 0 0 0 0 9.0 0 0 0 20 0 0 100 0 cgc
85 Leu 6 2 ctc 70 7 0.91 11 10 1 6 1 0 8 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1.0 0 0 0 2 0 0 100 0 ctc

GDI Genèse duplication intron, synthèse

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Les introns des archées

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  • Article sur les introns des archées 2014[1]
  • Article mini revue sur 16S 2007[2]

Liste des noms et des codes KEGG

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  • Lien au tableur:Liste des noms et des codes KEGG.
  • Légende: Certains archées ne se trouve pas dans la base KEGG, aussi je leurs ai attribué un code à 3 lettre suivi de * comme hme*
Correspondance entre code KEGG et nom
KEGG Nom gtRNAdb
aho Acidianus hospitalis W1
asc Acidilobus saccharovorans 345-15
abi Aciduliprofundum boonei T469
acf Aciduliprofundum sp. MAR08-339
ape Aeropyrum pernix K1
afu Archaeoglobus fulgidus DSM 4304
afg Archaeoglobus fulgidus DSM 8774
apo Archaeoglobus profundus DSM 5631
ast Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1
ave Archaeoglobus veneficus SNP6
cma Caldivirga maquilingensis IC-167
kcr Candidatus Korarchaeum cryptofilum
mer Candidatus Methanomassiliicoccus intestinalis Issoire-Mx1
mear Candidatus Methanoplasma termitum MpT1
dka Desulfurococcus kamchatkensis 1221n
dmu Desulfurococcus mucosus DSM 2162
fpl Ferroglobus placidus DSM 10642
fac Ferroplasma acidarmanus fer1
gac Geoglobus acetivorans SBH6
hje Halalkalicoccus jeotgali B3
hhi Haloarcula hispanica ATCC 33960 CGMCC 1.2049
hhn Haloarcula hispanica N601
hma Haloarcula marismortui ATCC 43049
hab Haloarcula sp. CBA1115
hsl Halobacterium salinarum R1 DSM 671
hdl Halobacterium sp. DL1
hal Halobacterium sp. NRC-1
hme Haloferax mediterranei ATCC 33500
hme* Haloferax mediterranei ATCC 33500 CGMCC 1.2087
hvo Haloferax volcanii DS2
hbo Halogeometricum borinquense DSM 11551 PR 3
hmu Halomicrobium mukohataei DSM 12286
hxa Halopiger xanaduensis SH-6
hwc Haloquadratum walsbyi C23
hwa Haloquadratum walsbyi DSM 16790 HBSQ001
hti Halorhabdus tiamatea SARL4B
hut Halorhabdus utahensis DSM 12940
hla Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239
hlr Halostagnicola larsenii XH-48
htu Haloterrigena turkmenica DSM 5511
hru Halovivax ruber XH-70
hbu Hyperthermus butylicus DSM 5456
iho Ignicoccus hospitalis KIN4/I
iag Ignisphaera aggregans DSM 17230
mcn Metallosphaera cuprina Ar-4
mse Metallosphaera sedula DSM 5348
mfi Methanobacterium formicicum
mfc Methanobacterium formicicum BRM9
mel Methanobacterium lacus AL-21
mew Methanobacterium paludis SWAN1
meth Methanobacterium sp. MB1
mru Methanobrevibacter ruminantium M1
msi Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 PS DSMZ 861
meb Methanobrevibacter sp. AbM4
mfe Methanocaldococcus fervens AG86
mif Methanocaldococcus infernus ME
mja Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
mfs Methanocaldococcus sp. FS406-22
mjh* Methanocaldococcus sp. JH146
mvu Methanocaldococcus vulcanius M7
rci Methanocella arvoryzae MRE50
mez Methanocella conradii HZ254
mpd Methanocella paludicola SANAE
mbu Methanococcoides burtonii DSM 6242
mmet Methanococcoides methylutens MM1
mae Methanococcus aeolicus Nankai-3
mmq Methanococcus maripaludis C5
mmx Methanococcus maripaludis C6
mmz Methanococcus maripaludis C7
mmp Methanococcus maripaludis S2
mmd Methanococcus maripaludis X1
mvn Methanococcus vannielii SB
mvo Methanococcus voltae A3
mla Methanocorpusculum labreanum Z
mbg Methanoculleus bourgensis MS2 MS2T
mem Methanoculleus marisnigri JR1
mev Methanohalobium evestigatum Z-7303
mmh Methanohalophilus mahii DSM 5219
mpi Methanolacinia petrolearia DSM 11571
mta* Methanolinea tarda NOBI-1
mpy Methanolobus psychrophilus R15
mhz Methanomethylovorans hollandica DSM 15978
mka Methanopyrus kandleri AV19
mbn Methanoregula boonei 6A8
mfo Methanoregula formicica SMSP
mco* Methanosaeta concilii GP6
mhi Methanosaeta harundinacea 6Ac
mth* Methanosaeta thermophila PT
mzh Methanosalsum zhilinae DSM 4017
mac Methanosarcina acetivorans C2A
mbar Methanosarcina barkeri 227
mbak Methanosarcina barkeri 3
mby Methanosarcina barkeri MS
mba Methanosarcina barkeri str. Fusaro
mbw Methanosarcina barkeri str. Wiesmoor
mhor Methanosarcina horonobensis HB-1 JCM 15518
mls Methanosarcina lacustris Z-7289
mmac Methanosarcina mazei C16
mma Methanosarcina mazei Go1
mml* Methanosarcina mazei LYC
mmj Methanosarcina mazei S-6
mma* Methanosarcina mazei SarPi
mmaz Methanosarcina mazei Tuc01
mmw* Methanosarcina mazei WWM610
msj Methanosarcina siciliae C2J
msz Methanosarcina siciliae HI350
msw Methanosarcina siciliae T4/M
mek Methanosarcina sp. Kolksee
metm Methanosarcina sp. MTP4
mef Methanosarcina sp. WH1
meq Methanosarcina sp. WWM596
mthe Methanosarcina thermophila CHTI-55
mthr Methanosarcina thermophila TM-1
mvc Methanosarcina vacuolata Z-761
mst Methanosphaera stadtmanae DSM 3091
mpl Methanosphaerula palustris E1-9c
mhu Methanospirillum hungatei JF-1
mmg Methanothermobacter marburgensis str. Marburg
metc Methanothermobacter sp. CaT2
mth Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H
mok Methanothermococcus okinawensis IH1
mfv Methanothermus fervidus DSM 2088
mig Methanotorris igneus Kol 5
neq Nanoarchaeum equitans Kin4-M
nmg Natrialba magadii ATCC 43099
npe Natrinema pellirubrum DSM 15624
nat Natrinema sp. J7-2
nge Natronobacterium gregoryi SP2
nou Natronococcus occultus SP4
nmo Natronomonas moolapensis 8.8.11
nph Natronomonas pharaonis DSM 2160 Gabara
nmr Nitrosopumilus maritimus SCM1
ppac Palaeococcus pacificus DY20341
pto Picrophilus torridus DSM 9790
pai Pyrobaculum aerophilum str. IM2
pas Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514
pcl Pyrobaculum calidifontis JCM 11548
pis Pyrobaculum islandicum DSM 4184
pog Pyrobaculum oguniense TE7
p18* Pyrobaculum sp. 1860
pfi Pyrococcus furiosus COM1
pfu Pyrococcus furiosus DSM 3638
pho Pyrococcus horikoshii OT3
pyn Pyrococcus sp. NA2
pys Pyrococcus sp. ST04
pya Pyrococcus yayanosii CH1
sali Salinarchaeum sp. Harcht-Bsk1
shc Staphylothermus hellenicus DSM 12710
smr Staphylothermus marinus F1
sai Sulfolobus acidocaldarius DSM 639
sii Sulfolobus islandicus L.D.8.5
sis Sulfolobus islandicus L.S.2.15
sia Sulfolobus islandicus M.14.25
sim Sulfolobus islandicus M.16.27
sid Sulfolobus islandicus M.16.4
sir Sulfolobus islandicus REY15A
siy Sulfolobus islandicus Y.G.57.14
sin Sulfolobus islandicus Y.N.15.51
ss9* Sulfolobus solfataricus 98/2
ssp* Sulfolobus solfataricus P2
sto* Sulfolobus tokodaii str. 7
tba Thermococcus barophilus MP
teu Thermococcus eurythermalis A501
tga Thermococcus gammatolerans EJ3 DSM 15229
tko Thermococcus kodakarensis KOD1
tlt Thermococcus litoralis DSM 5473
tnu Thermococcus nautili 30-1
ton Thermococcus onnurineus NA1
tsi Thermococcus sibiricus MM 739
the Thermococcus sp. 4557
tha Thermococcus sp. AM4
thc* Thermococcus sp. CL1
ths* Thermococcus sp. ES1
tpe Thermofilum pendens Hrk 5
tac Thermoplasma acidophilum DSM 1728
tvo Thermoplasma volcanium GSS1
tar Thermoplasmatales archaeon BRNA1
tne* Thermoproteus neutrophilus V24Sta
ttn Thermoproteus tenax Kra 1
tuz Thermoproteus uzoniensis 768-20
tag Thermosphaera aggregans DSM 11486
vdi Vulcanisaeta distributa DSM 14429
vmo Vulcanisaeta moutnovskia 768-28

Liste des introns par codon

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  • Lien au tableur:Liste des introns par codon.
  • Légende: La recherche des introns se fait par la fonction sifter de gtRNAdb en notant le nombre d'introns, de 0 à 3, portés par le même tRNA, à la case Number of introns in each tRNA. Le décompte par génome est récupéré du chapitre qui suit.
    I0 à I3 0 à 3 introns portés par le même tRNA.
    tpe, colonne erreurs. Ce génome affiche 2 valeurs différentes: Recherche sur tpe, la liste des introns donne 2 pour GTA alors que dans la liste des tRNAs il n’y a qu’un seul GTA. Mais la recherche sur GTA-I2 n’affiche pas tpe et affiche 7 introns avec 2 introns, au lieu de 8 attendus. Les décomptes par génomes auront donc 1 intron de moins que le décompte par codon.
    ape, colonne erreurs. Ce génome affiche 2 valeurs différentes: Recherche sur GTC-I1 affiche 2 pour ape. Recherche sur ape affiche 1 pour GTC.
I. Décompte des introns des tRNAs archées
I1. Décompte par codon
codon gene tRNAs I3 I2 I1 I0 total introns
CAA ttg 163 0 0 25 138 163 25
CAC gtg 170 0 2 7 161 170 9
CAG ctg 160 0 1 8 151 160 9
CAT atg 589 0 11 217 361 589 228
CCA tgg 184 0 11 163 10 184 174
CCC ggg 155 0 0 11 144 155 11
CCG cgg 139 0 0 11 128 139 11
CCT agg 165 1 2 26 136 165 29
CGA tcg 152 0 2 35 115 152 37
CGC gcg 159 0 2 6 151 159 8
CGG ccg 151 1 6 22 122 151 29
CGT acg 169 0 5 37 127 169 42
CTA tag 1 0 0 0 1 1 0
CTC gag 160 4 6 20 130 160 30
CTG cag 165 1 3 10 151 165 14
CTT aag 166 0 3 25 138 166 28
GAA ttc 215 0 0 12 203 215 12
GAC gtc 212 0 2 11 199 212 13
GAG ctc 214 0 0 3 211 214 3
GAT atc 212 0 5 23 184 212 28
GCA tgc 299 1 17 23 258 299 41
GCC ggc 243 0 1 14 228 243 15
GCG cgc 187 0 1 16 170 187 17
GCT agc 187 0 0 4 183 187 4
GGA tcc 190 0 0 17 173 190 17
GGC gcc 184 0 1 4 179 184 5
GGG ccc 171 1 7 35 128 171 43
GGT acc 189 0 1 14 174 189 15
GTA tac 190 0 7 99 84 190 106
GTC gac 218 1 8 7 202 218 16
GTG cac 185 0 1 11 173 185 12
GTT aac 214 0 7 32 175 214 39
TAA tta 191 0 1 21 169 191 22
TAC gta 186 0 6 12 168 186 18
TAG cta 185 0 0 3 182 185 3
TAT ata 2 0 0 2 0 2 2
TCA tga 18 0 0 1 17 18 1
TCC gga 189 0 3 14 172 189 17
TCG cga 185 0 0 42 143 185 42
TCT aga 186 0 0 34 152 186 34
TGA tca 184 0 1 15 168 184 16
TGC gca 256 0 3 13 240 256 16
TGG cca 184 3 2 12 167 184 17
TGT aca 198 2 6 32 158 198 40
TTA taa 0 0 0 0 0 0 0
TTC gaa 230 4 7 22 197 230 33
TTG caa 196 1 3 27 165 196 31
TTT aaa 197 0 2 23 172 197 25
AAA ttt 0 0 0 0 0 0 0
AAC gtt 1 0 0 1 0 1 1
AAG ctt 0 0 0 0 0 0 0
AAT att 0 0 0 0 0 0 0
ACA tgt 0 0 0 0 0 0 0
ACC ggt 1 0 0 1 0 1 1
ACG cgt 1 0 0 1 0 1 1
ACT agt 0 0 0 0 0 0 0
AGA tct 0 0 0 0 0 0 0
AGC gct 0 0 0 0 0 0 0
AGG cct 0 0 0 0 0 0 0
AGT act 0 0 0 0 0 0 0
ATA tat 0 0 0 0 0 0 0
ATC gat 0 0 0 0 0 0 0
ATG cat 0 0 0 0 0 0 0
ATT aat 0 0 0 0 0 0 0
I2. Décompte par génome
codon gene zéros génomes introns erreurs
CAA ttg 158 25 25
CAC gtg 174 9 9
CAG ctg 174 9 9
CAT atg 10 173 228
CCA tgg 9 174 174
CCC ggg 172 11 11
CCG cgg 172 11 11
CCT agg 154 29 29
CGA tcg 146 37 37
CGC gcg 175 8 8
CGG ccg 154 29 29
CGT acg 141 42 42
CTA tag 183 0 0
CTC gag 153 30 30
CTG cag 169 14 14
CTT aag 156 27 28
GAA ttc 171 12 12
GAC gtc 170 13 13
GAG ctc 180 3 3
GAT atc 155 28 28
GCA tgc 143 40 41
GCC ggc 168 15 15
GCG cgc 166 17 17
GCT agc 179 4 4
GGA tcc 166 17 17
GGC gcc 178 5 5
GGG ccc 140 43 43
GGT acc 168 15 15
GTA tac 78 105 105 tpe
GTC gac 168 15 15 ape
GTG cac 171 12 12
GTT aac 146 37 39
TAA tta 162 21 22
TAC gta 165 18 18
TAG cta 180 3 3
TAT ata 181 2 2
TCA tga 182 1 1
TCC gga 166 17 17
TCG cga 141 42 42
TCT aga 149 34 34
TGA tca 167 16 16
TGC gca 167 16 16
TGG cca 166 17 17
TGT aca 143 40 40
TTA taa 183 0 0
TTC gaa 151 32 33
TTG caa 152 31 31
TTT aaa 158 25 25
AAA ttt 183 0 0
AAC gtt 182 1 1
AAG ctt 183 0 0
AAT att 183 0 0
ACA tgt 183 0 0
ACC ggt 182 1 1
ACG cgt 182 1 1
ACT agt 183 0 0
AGA tct 183 0 0
AGC gct 183 0 0
AGG cct 183 0 0
AGT act 183 0 0
ATA tat 183 0 0
ATC gat 183 0 0
ATG cat 183 0 0
ATT aat 183 0 0

Liste des introns par génomes

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  • Distribution sur 142 génomes Euryarchaeota (sauf pour les codons xyt qui ont 3 introns): total de ces introns, 523.
occurrence	2	3	4	5	6	7	8	11	15	16
Euryarchaeota	48	31	37	13	4	3	1	2	2	1
  • Distribution sur 44 codons Euryarchaeota (sauf pour les codons xyt qui ont 3 introns): total de ces introns, 523.
occurrence	0	1	2	3	4	5	7-17	36	64	142	148
codons		9	6	6	5	3	6	5	1	1	1	1

Thermococci Methanococci

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  • Lien au tableur:Thermococci Methanococci.
  • Légende:
  • Détail des tRNAs des 16 Methanococci  19 Thermococci
  • Résultats notables: Ils illustrent les 2 groupes différents des euryarchaeota, ceux avec une très faible genèse des codons xyg (sauf tgg et atg) regroupant les 13 Methanobactéria, les méthanococci et 1 Methanopyri, et ceux avec une multiplicité égale ou supérieure à l'unité de ces codons et regroupant les 6 autres familles.
    1. Du point de vue des introns, méthanococci et thermococci sont homogènes et tous les génomes ont les codons atg et tgg qui portent un seul intron.
    2. Méthanococci: ils se distinguent des Méthanobactéria par une très faible variation du nombre de tRNAs par génome due à 12 codons xyg à 0 tRNAs (sur 14) et par l'unique codon xyg gtg à forte genèse (7 tRNAs pour 16 génomes). Parmi les autres codons non xyg il y en a 3 dont la multiplicité est supérieure à 1.5, gca gaa gac aaa. Le codon atg a 48 (16*3) + 8 tRNAs et un seul avec intron par génome (16). Je suppose que c'est celui de Ile. Tous les tRNAs (16) du codon tgg ont 1 et 1 seul intron (16), ils sont donc tous protégés par l'intron.
      _ J'ai vérifié le 11.12.18 que les 7 gtg appartiennent à 7 génomes différents et que 'Methanocaldococcus infernus ME' a 1 gtg et 1 acg. Ce qui fait qu'il reste 10 génomes sans aucun xyg (sauf atg et tgg).
    3. Thermococci: Le nombre de tRNAs par génome est quasiment constant. De même du nombre de tRNAs par codon variant de plus ou moins un tRNA pour 19 génomes. Mêmes remarques pour les codons atg tgg, respectivement 57 tRNAs (19*3) et 19 génomes à intron correspondant à Ile supposé; 19 tRNAs et 19 génomes à introns correspondant à une protection totale de tgg par intron.
I1. Liste des introns par génome. Euryarchaeota
I11. Thermococci 19
pfi pfu pho ppac pya pyn pys tba teu tga tha thc* the ths* tko tlt tnu ton tsi moyenne
CAT atg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
autres - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
tRNAs - 46 46 46 47 46 46 46 46 46 46 46 46 47 46 46 46 46 46 46 46,1
I12. Methanococci 16
mae mfe mfs mif mig mja mjh* mmd mmp mmq mmx mmz mok mvn mvo mvu moyenne
CAT atg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
autres - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
tRNAs - 39 37 37 38 35 37 37 38 38 38 38 38 38 38 39 37 37,6

Methanobacteria

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  • Lien au tableur:Methanobacteria.
  • Légende: cyan, (mth,ggg) est un gène avec 2 introns
    _ Détail des tRNAs des 13 Methanobacteria. Le codon cgt, se terminant par t, existe mais n'a pas d'intron.
  • Distribution sur 13 génomes
occurrence	2	3	4	
Methanobacteria	4	8	1
  • Résultats notables:
    1. 1 seul tRNA à 2 introns, ce qui est rare chez les euryarchaeota et concerne le codon ccc.
    2. Tous les génomes ont un codon atg et un codon tgg avec un intron.
    3. Le codon caa a 7 génomes à intron
    4. Tous les autres codons n'ont pas d'introns.
    5. Le nombre de tRNAs par génome est très variable comme les 47 Methanomicrobia. Seulement ici cette variation est portée par la très faible genèse des codons xyg. Sur 13 de ces codons (sans tgg atg tag) 3 seulement ont une multiplicité qui se rapproche de l'unité propre aux archées, acg cag agg. Les 10 autres ressemblent aux mêmes codons des 16 Methanococci.
      _ Une très faible genèse apparaît aussi avec le codon ccc, 2 tRNAs pour 13 génomes, un contenant 2 introns et l’autre 1 intron.
      _ 2 codons ont une multiplicité supérieure à 1.5, caa gca.
    6. Protection par intron:
      _ atg, 39 tRNAs (13*3) avec 13 ayant chacun un intron que je j’attribue à Ile. Protection 100%.
      _ tgg, 1 seul tRNA (14) n'a pas d'intron (13). La protection reste très forte, 93%.
      _ caa, 7 tRNAs avec 1 intron chacun sur 21 tRNAs. La protection existe mais faible, 33%.
      _ ccc, 2 tRNAs pour 13 génomes, un contenant 2 introns et l’autre 1 intron. Donc contrainte forte (2 tRNAs et 1 avec 2 introns) et protection totale de 100%.
I1. Liste des introns par génome. Euryarchaeota
I13. Methanobacteria 13
meb mel metc meth mew mfc mfi mfv mmg mru msi mst mth Total
CAT atg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13
CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 13
GGG ccc 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 2
GTA tac 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
TTG caa 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 7
autres - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
moyenne
tRNA - 38 43 39 44 48 46 47 41 40 59 36 42 39 43,2
total - 2 3 3 3 4 3 3 3 3 2 2 2 3 2,8

Methanomicrobia

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  • Lien au tableur:Methanomicrobia.
  • Légende: Il n'y a que des tRNAs à un seul intron. Le cas de (mth*,tgc) représente 2 tRNAs à un seul intron chacun.
    _ Lien de la colonne Total des codons.
    _ Détail des tRNAs des 47 Methanomicrobia
  • Distribution sur 47 génomes
occurence	2	3	4	5	6	7	11	15
Methanomicrobia	1	9	25	5	3	1	2	1
  • Résultats notables:
    1. Aucun codon ne porte plus de 1 intron
    2. 3 codons, tgg atg tac, portent un intron pour tous les génomes (respectivement 47 46 47) et un codon, cga, en porte pour 36 génomes.
    3. 3 génomes ont plus de 11 codons avec un intron, mco* mhi mth*, avec respectivement 11 11 15. Seulement 2 génomes mev et mzh ont 7 codons avec un intron soit 3 en plus de tac atg tgg cga.
    4. Le codon ccg a 6 génomes différents de mco* mhi mth*, avec un intron; et le codon tcc de même en a 5.
    5. au total 5 génomes ont plus de 7 codons avec un intron et un génome avec 2 codons. Les 41 génomes restants ont entre 3 et 6 codons avec un intron.
    6. Le seul codon se terminant par t, gtt, porte un intron, génome mev.
    7. Le nombre de tRNAs par génome est très variable. Les décomptes des tRNAs tableau I1 montrent que cette variation est portée seulement par 10 codons, xtc tgc ggc aac aca gca gaa, différents donc des codons portant systématiquement un intron.
I1. Liste des introns par génome. Euryarchaeota
I14. Methanomicrobia 47
archée mac mba mbak mbar mbg mbn mbu mbw mby mco* mef mek mem meq metm mev mez mfo mhi mhor mhu mhz mla mls mma mma* mmac mmaz mmet mmh mmj mml* mmw* mpd mpi mpl mpy msj msw msz mta* mth* mthe mthr mvc mzh rci Total archée
CAA ttg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CAA ttg
CAC gtg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 CAC gtg
CAG ctg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CAG ctg
CAT atg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 46 CAT atg
CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 47 CCA tgg
CCC ggg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CCC ggg
CCG cgg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 CCG cgg
CCT agg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CCT agg
CGA tcg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CGA tcg
CGC gcg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CGC gcg
CGG ccg 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 6 CGG ccg
CGT acg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 CGT acg
CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTA tag
CTC gag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTC gag
CTG cag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTG cag
CTT aag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTT aag
GAA ttc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 GAA ttc
GAC gtc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAC gtc
GAG ctc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAG ctc
GAT atc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAT atc
GCA tgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 3 GCA tgc
GCC ggc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GCC ggc
GCG cgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 GCG cgc
GCT agc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GCT agc
GGA tcc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 5 GGA tcc
GGC gcc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 GGC gcc
GGG ccc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GGG ccc
GGT acc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GGT acc
GTA tac 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 47 GTA tac
GTC gac 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GTC gac
GTG cac 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GTG cac
GTT aac 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 GTT aac
TAA tta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAA tta
TAC gta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 TAC gta
TAG cta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAG cta
TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAT ata
TCA tga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TCA tga
TCC gga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 TCC gga
TCG cga 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 36 TCG cga
TCT aga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TCT aga
TGA tca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 TGA tca
TGC gca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TGC gca
TGG cca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TGG cca
TGT aca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 TGT aca
TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TTA taa
TTC gaa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TTC gaa
TTG caa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TTG caa
TTT aaa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 TTT aaa
AAC gtt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 AAC gtt
moyenne
tRNA 58 62 60 61 47 49 51 62 59 48 56 62 49 58 57 50 50 49 46 60 51 52 53 57 57 57 58 42 55 54 57 57 57 50 48 56 53 58 57 57 47 47 58 58 62 50 54 54,4 tRNA
total 4 4 4 4 3 3 5 4 4 11 4 4 3 4 4 7 6 3 11 4 3 5 2 4 4 4 4 4 6 5 4 4 4 4 3 3 5 5 4 4 3 15 4 4 4 7 3 4,6 total
archée mac mba mbak mbar mbg mbn mbu mbw mby mco* mef mek mem meq metm mev mez mfo mhi mhor mhu mhz mla mls mma mma* mmac mmaz mmet mmh mmj mml* mmw* mpd mpi mpl mpy msj msw msz mta* mth* mthe mthr mvc mzh rci archée

Halobacteria

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  • Lien au tableur:Halobacteria.
  • Légende: Le vert, cas de (hal,atg) représente 2 tRNAs à un seul intron chacun.
    _ Lien de la colonne Total des codons.
    _ Détail des tRNAs tableau I2.
  • Distribution sur 30 génomes
occurrence	2	3	4	5	6	7
Halobacteria	5	11	8	5	0	1
  • Résultats notables:
    1. Il n'y a pas de codons à plus d'un intron.
    2. Tous les génomes ont un codon tgg avec un intron.
    3. Tous les génomes ont 1 à 3 codons atg avec un intron: 19 génomes à un intron, 10 à 2 introns et 1 génome, nmo, à 3 introns.
    4. Le codon aga a 11 génomes avec intron, caa en a 8 et aac a 6 génomes à 1 intron dont 4 avec 1 tRNA chacun et 2 avec 2 tRNAs.
    5. Les 2 codons se terminant par t, cgt ggt, existent et ont chacun un intron.
    6. Au total 12 codons ont au moins un génome avec intron
    7. Les introns sont répartis régulièrement dans les génomes, de 2 à 5 introns par génomes avec un seul génome nmg à 7 introns.
    8. Le nombre de tRNAs par génome varie régulièrement de 45 à 57, avec un maximum de 8 génomes à 49 tRNAs. Le détail des tRNAs par codon affiche 37 codons sur les 43 forts (sauf atg) dans une gamme de 30 à 35 tRNAs. Seulement 4 codons se détachent nettement de ce lot: gac gca ggc avec un indice de multiplicité supérieur à 1.5 et cgg à très faible genèse avec un indice de 0.6.
I1. Liste des introns par génome. Euryarchaeota
I19. Halobacteria 30
archée hab hal hbo hdl hhi hhn hje hla hlr hma hme hme* hmu hru hsl hti htu hut hvo hwa hwc hxa nat nge nmg nmo nou npe nph sali Total archée
CAA ttg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CAA ttg
CAC gtg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CAC gtg
CAG ctg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CAG ctg
CAT atg 1 2 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 3 1 1 2 2 42 CAT atg
CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 30 CCA tgg
CCC ggg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CCC ggg
CCG cgg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CCG cgg
CCT agg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CCT agg
CGA tcg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CGA tcg
CGC gcg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CGC gcg
CGG ccg 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 CGG ccg
CGT acg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CGT acg
CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTA tag
CTC gag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTC gag
CTG cag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTG cag
CTT aag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 CTT aag
GAA ttc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAA ttc
GAC gtc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAC gtc
GAG ctc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAG ctc
GAT atc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GAT atc
GCA tgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GCA tgc
GCC ggc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 3 GCC ggc
GCG cgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GCG cgc
GCT agc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GCT agc
GGA tcc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GGA tcc
GGC gcc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GGC gcc
GGG ccc 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 GGG ccc
GGT acc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GGT acc
GTA tac 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GTA tac
GTC gac 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GTC gac
GTG cac 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 GTG cac
GTT aac 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 8 GTT aac
TAA tta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAA tta
TAC gta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAC gta
TAG cta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAG cta
TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TAT ata
TCA tga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TCA tga
TCC gga 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 TCC gga
TCG cga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TCG cga
TCT aga 1 0 0 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 0 0 1 0 11 TCT aga
TGA tca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TGA tca
TGC gca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TGC gca
TGG cca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TGG cca
TGT aca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TGT aca
TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TTA taa
TTC gaa 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 TTC gaa
TTG caa 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 1 8 TTG caa
TTT aaa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 TTT aaa
ACC ggt 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 ACC ggt
ACG cgt 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 ACG cgt
moyenne
tRNA 49 47 52 47 49 49 50 51 48 49 55 57 48 47 47 49 50 46 53 45 45 50 52 49 49 46 54 49 46 47 49,2 tRNA
total 3 3 3 4 3 3 5 3 5 3 5 5 3 4 3 2 3 2 4 2 2 5 4 4 7 5 3 3 4 4 3,6 total
archée hab hal hbo hdl hhi hhn hje hla hlr hma hme hme* hmu hru hsl hti htu hut hvo hwa hwc hxa nat nge nmg nmo nou npe nph sali archée

Crenarchaeota

modifier
  • Lien au tableur:Crenarcheota.
  • Lien de la dernière colonne.
  • Lien détail des tRNAs tableau I5. Le seul tRNA tga qui existe a un intron.
  • Liens pour la représentation des introns en carré: Total introns tableau I2,   Introns 3 + 2 tableau I3,   Introns pour 100 génomes tableau I2,   Génomes par codon tableau I2,   Taux des génomes à introns tableau I2,   Taux des tRNAs avec introns tableau I2.
  • Légende:
    Chaque tRNA avec, rouge 3 introns, cyan 2 introns, blanc et jaune 1 intron
    I0 I1 I2 I3 pour un tRNA avec 0 1 2 3 introns. Le décompte est obtenu en mettant dans la case Number of introns in each tRNA de sifter de la base de donnée gtRNAdb (ref.) 0 1 2 3.
    Exceptions, représentées par @
    _ (atg,pcl tuz) ont 6 introns chacun pour 3 tRNAs ce qui fait 3 tRNAs à 2 introns chacun.
    _ (atg,pog tpe) ont 4 introns chacun pour 3 tRNAs ce qui fait 1 tRNA à 2 introns chacun et 2 tRNAs à 1 intron.
    _ (atg,p18*) a 5 introns pour 3 tRNAs ce qui fait 2 tRNAs à 2 introns chacun et 1 tRNA à 1 intron.
    _ (atg,tag) a 3 introns pour 3 tRNAs. Après contrôle j'ai 1 tRNAs à 2 introns et 1 tRNA à 1 intron, donc 2 tRNAs à introns.
    _ (ape,gac), ambiguité dans la base de données. Recherche sur GTC avec I1 affiche 2 pour ape. Recherche sur ape avec I1 affiche 1 pour GTC.
    _ (tpe,tac), ambiguïté dans la base de données. Recherche sur tpe, la liste des introns donne 2 pour GTA alors que dans la liste des tRNAs il n’y a qu’un seul GTA. Mais la recherche sur GTA I2 n’affiche pas tpe et affiche 7 introns avec 2 modifications, au lieu de 8 attendus. Les décomptes par génomes auront donc 1 tRNA modifié de moins que le décompte par codon.
    _ (cma,tRNA), ambiguité dans la base de données. Recherche sur total des tRNAs de cma donne 55 mais l'affichage du tableau des tRNAs par codon (recherche sur un tRNA de la liste des 55) donne 47.
    Exceptions, représentées par *: ce sont les génomes n'ayant pas d'équivalent dans KEGG. C'est un pseudo code KEGG avec *, ce qui permet de les trier avec les autres.
  • Distribution des introns sur 38 génomes:
freq	0	1	2	3	4	5	6								
I3	30	4	1	0	2	0	1								
−
freq	0	1	2	3	4	5	6	9	12	14	15	19			
I2	6	18	3	0	3	1	0	1	2	2	1	1			
−
freq	9-11	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26		
I1	4	5	2	2	10	6	0	1	1	0	3	4	0		
−
freq	10-12	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	32-35	40-42
total	4	2	2	1	0	9	2	3	2	1	2	1	2	4	3
  • Résultats notables: Voir la comparaison avec la distribution des génomes Euryarchaeota et les résultats notables par codon.
    _ atg: Chez les Euryarchaeota dans 95% des cas il n'y a qu'un seul tRNA avec 1 seul intron, chez les Crenarchaeota sur 38 un seul génome n’a pas d'introns dans ce codon et 6 génomes ont 1 seul tRNA avec un intron, et donc 31 génomes ont 2 ou 3 tRNAs avec 1 à 3 introns chacun.
    _ Les tRNAs à introns:Tous les génomes ont au moins 10 codons avec intron et se répartissent régulièrement sur la gamme de 10 à 41 sur un maximum de 44 codons, ce qui est loin des 2 à 5 codons des 91% des génomes Euryarchaeota.
    _ Les tRNAs à 2 introns: 6 génomes n'ont pas ces tRNAs et les autres se répartissent en 25 entre 1 et 5 tRNAs et 7 entre 9 et 19 tRNAs. Alors que chez les Euryarchaeota il n'y a que 2 génomes sur 142 qui en ont.
    _ Les tRNAs à 3 introns: Ils sont rares et semblent être proportionnels au total des tRNAs à introns. Au total il y en a 20 et 3 génomes en ont 4 ou 6. 8 génomes sur 38 les possèdent: tne* tpe ttn tuz p18* pai pis pog.
I2. Liste des introns par génome. Crenarchaeota
I21. Crenarchaeota 38
aho ape asc cma dka dmu hbu iag iho mcn mse p18* pai pas pcl pis pog sai shc sia sid sii sim sin sir sis siy smr ss9* ssp* sto* tag tne* tpe ttn tuz vdi vmo introns zéros génomes I3 I2 I1 I3+I2
CAA ttg 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 21 17 21 0 0 21 0 CAA ttg
CAC gtg 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 7 31 7 0 2 5 2 CAC gtg
CAG ctg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 1 1 9 29 9 0 1 8 1 CAG ctg
CAT atg 2 2 1 0 1 1 1 1 1 2 2 3@ 3 3 3@ 2 3@ 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2@ 2 3@ 3 3@ 2 2 77 1 37 0 11 66 11 CAT atg
CCA tgg 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 29 9 29 0 9 20 9 CCA tgg
CCC ggg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 9 29 9 0 0 9 0 CCC ggg
CCG cgg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 7 31 7 0 0 7 0 CCG cgg
CCT agg 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 27 11 27 1 2 24 3 CCT agg
CGA tcg 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 34 4 34 0 2 32 2 CGA tcg
CGC gcg 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 8 30 8 0 2 6 2 CGC gcg
CGG ccg 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 19 19 19 1 6 12 7 CGG ccg
CGT acg 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 37 1 37 0 5 32 5 CGT acg
CTA tag 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 CTA tag
CTC gag 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 30 8 30 4 6 20 10 CTC gag
CTG cag 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 12 26 12 1 3 8 4 CTG cag
CTT aag 1 1 1 0 0 0 1 1 2 1 1 1 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 28 11 27 0 3 25 3 CTT aag
GAA ttc 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 1 0 10 28 10 0 0 10 0 GAA ttc
GAC gtc 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 13 25 13 0 2 11 2 GAC gtc
GAG ctc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 3 35 3 0 0 3 0 GAG ctc
GAT atc 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 25 13 25 0 5 20 5 GAT atc
GCA tgc 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 36 2 36 1 17 18 18 GCA tgc
GCC ggc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 12 26 12 0 1 11 1 GCC ggc
GCG cgc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 1 0 0 0 12 26 12 0 1 11 1 GCG cgc
GCT agc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 35 3 0 0 3 0 GCT agc
GGA tcc 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 11 27 11 0 0 11 0 GGA tcc
GGC gcc 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 35 3 0 1 2 1 GGC gcc
GGG ccc 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 38 0 38 1 6 31 7 GGG ccc
GGT acc 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 1 15 23 15 0 1 14 1 GGT acc
GTA tac 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2@ 1 1 1 1 39 0 38 0 7 32 7 GTA tac
GTC gac 0 2@ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 11 28 10 1 8 2 9 GTC gac
GTG cac 0 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 11 27 11 0 1 10 1 GTG cac
GTT aac 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 0 26 12 26 0 7 19 7 GTT aac
TAA tta 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 1 0 1 19 19 19 0 0 19 0 TAA tta
TAC gta 0 0 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 17 21 17 0 6 11 6 TAC gta
TAG cta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 3 35 3 0 0 3 0 TAG cta
TAT ata 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 TAT ata
TCA tga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 37 1 0 0 1 0 TCA tga
TCC gga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 13 25 13 0 3 10 3 TCC gga
TCG cga 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 6 32 6 0 0 6 0 TCG cga
TCT aga 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 23 15 23 0 0 23 0 TCT aga
TGA tca 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 13 25 13 0 1 12 1 TGA tca
TGC gca 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 1 1 1 0 16 22 16 0 3 13 3 TGC gca
TGG cca 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 15 23 15 3 2 10 5 TGG cca
TGT aca 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 36 2 36 2 6 28 8 TGT aca
TTA taa 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 TTA taa
TTC gaa 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 25 13 25 4 5 16 9 TTC gaa
TTG caa 0 0 1 0 1 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 14 24 14 1 3 10 4 TTG caa
TTT aaa 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 22 16 22 0 2 20 2 TTT aaa
archée aho ape asc cma dka dmu hbu iag iho mcn mse p18* pai pas pcl pis pog sai shc sia sid sii sim sin sir sis siy smr ss9* ssp* sto* tag tne* tpe ttn tuz vdi vmo archée
moyenne
tRNA 47 46 46 55@ 47 46 46 46 47 46 46 46 46 46 46 46 48 46 46 46 46 46 46 46 48 46 47 46 46 46 46 47 46 46 47 47 46 47 46,6
total 16 15 12 10 16 17 10 11 15 23 25 41 24 22 40 32 21 21 26 19 19 19 19 19 19 19 20 26 19 19 24 20 33 42 35 34 22 21 22,2
I0 33 35 36 38 32 31 38 37 34 26 24 9 26 28 10 17 29 28 23 30 30 30 30 30 30 30 29 23 30 30 26 29 16 9 15 16 27 28 I0
I1 16 15 11 9 15 15 10 9 15 22 24 25 19 17 15 16 17 21 25 18 18 18 18 18 18 18 19 25 18 18 24 19 19 24 25 19 18 19 I1
I2 0 0 1 1 1 2 0 2 0 1 1 15 4 5 19 12 4 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 12 14 9 14 4 2 I2
I3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 1 1 0 0 I3

Archaeoglobi Thermoplasmata

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occurrence	2	3	4	5	6	7	8	15	16
Archaeo. .	3	3	3	3	1	1	1	1	1
  • Résultats notables:
    1. Les archaeoglobi n'ont pas d'intron dans leur codon atg. Dans tous les 183 génomes des archées seuls 10 n'ont pas d'intron dans ce codon, 7 pour les archaeoglobi, mla des Méthanomicrobia, mer des thermoplasmata et cma des crenarchaeota.
    2. Trois clades, ici, ont tous leurs génomes avec un intron dans le codon tac, comme tous les archées sauf 5 clades: Halobacteria (30) Methanococci (16) Methanobacteria (13) Thermococci (19) Methanopyri (1). Au total 105 archées ont au moins un intron dans leur codon tac .
    3. Seul le Methanopyri a 2 tRNAs dans le codon gaa avec 2 introns chacun. C'est le 2ème génome des 142 Euryarchaeota, après mth des Methanobacteria (codon ccc), qui a 2 introns par tRNA. Il faut rappeler qu'il n'y a que 3 tRNAs de 3 bactéries qui ont un intron: Rhizobium etli bv. mimosae str. IE4771 (gac), Rhizobium etli bv. phaseoli str. IE4803 (gac) et Spirosoma linguale DSM 74 (gag), d'après la base gtRNAdb du 11.12.18. Mais aussi que, chez les Crenarchaeota, le doublet gax contient 27 tRNAs à 2 ou 3 introns, le 2ème de ce genre après tgx, avec 10 9 9 tRNAs pour, respectivement, gag gaa gac. Par contre chez les Euryarchaeota il ne donne que très peu de tRNAs à un intron, respectivement 0 7 5.
    4. Pour le nombre de tRNAs par codon, mka appartient au groupe à genèse très faible des codons xyg et les 3 autres appartiennent au groupe à genèse complète pour ces codons.
    5. Comme les autres clades des euryarchaeota, ici, peu de codons contiennent un intron, respectivement 10 10 7 15 pour Archaeoglobi Thermoplasmata Methanopyri Aciduliprofundum.
I1. Liste des introns par génome. Euryarchaeota
I15. Archaeoglobi 7
archée afg afu apo ast ave fpl gac Total
CAA ttg 1 1 0 1 0 0 0 3
CAC gtg 0 0 0 0 0 0 0
CAG ctg 0 0 0 0 0 0 0
CAT atg 0 0 0 0 0 0 0
CCA tgg 1 1 1 1 1 1 1 7
CCC ggg 0 0 0 0 0 0 0
CCG cgg 0 0 0 0 0 0 0
CCT agg 0 0 0 0 0 0 0
CGA tcg 0 0 0 1 0 0 0 1
CGC gcg 0 0 0 0 0 0 0
CGG ccg 0 0 0 0 0 0 0
CGT acg 0 0 0 0 0 0 0
CTA tag 0 0 0 0 0 0 0
CTC gag 0 0 0 0 0 0 0
CTG cag 0 0 0 0 0 0 0
CTT aag 0 0 0 0 0 0 0
GAA ttc 0 0 0 0 0 0 0
GAC gtc 0 0 0 0 0 0 0
GAG ctc 0 0 0 0 0 0 0
GAT atc 0 0 0 0 1 0 0 1
GCA tgc 0 0 0 0 0 0 0
GCC ggc 0 0 0 0 0 0 0
GCG cgc 0 0 0 0 0 0 0
GCT agc 0 0 0 1 0 0 0 1
GGA tcc 0 0 0 0 0 0 0
GGC gcc 0 0 0 0 0 0 0
GGG ccc 0 0 0 1 0 0 0 1
GGT acc 0 0 0 0 0 0 0
GTA tac 1 1 1 1 1 1 1 7
GTC gac 1 1 0 0 1 0 0 3
GTG cac 0 0 0 0 0 0 0
GTT aac 0 0 0 0 0 0 0
TAA tta 0 0 0 0 1 0 0 1
TAC gta 0 0 0 0 0 0 0
TAG cta 0 0 0 0 0 0 0
TAT ata 0 0 0 0 0 0 0
TCA tga 0 0 0 0 0 0 0
TCC gga 0 0 0 0 0 0 0
TCG cga 0 0 0 0 0 0 0
TCT aga 0 0 0 0 0 0 0
TGA tca 0 0 0 0 0 0 0
TGC gca 0 0 0 0 0 0 0
TGG cca 0 0 0 0 0 0 0
TGT aca 0 0 0 0 0 0 0
TTA taa 0 0 0 0 0 0 0
TTC gaa 1 1 0 0 0 0 0 2
TTG caa 0 0 0 0 0 0 0
TTT aaa 0 0 0 0 0 0 0
moyenne
tRNA 46 46 47 51 46 49 48 47,6
total 5 5 2 6 5 2 2 3,9
archée afg afu apo ast ave fpl gac
I16. Thermoplasmata 7
tac tvo pto fac tar mer mear Total
ttg 0 0 0 0 0 0 0
gtg 0 0 0 0 0 0 0
ctg 0 0 0 0 0 0 0
atg 1 1 1 1 1 0 1 6
tgg 1 1 1 1 1 1 1 7
ggg 1 1 0 0 0 0 0 2
cgg 0 0 0 0 0 1 0 1
agg 0 0 0 0 0 1 0 1
tcg 0 0 0 0 0 1 0 1
gcg 0 0 0 0 0 0 0
ccg 0 0 0 0 0 0 0
acg 0 0 0 0 0 0 0
tag 0 0 0 0 0 0 0
gag 0 0 0 0 0 0 0
cag 0 0 0 0 0 0 0
aag 0 0 0 0 0 0 0
ttc 0 0 0 0 0 0 0
gtc 0 0 0 0 0 0 0
ctc 0 0 0 0 0 0 0
atc 0 0 0 0 0 0 0
tgc 0 0 0 0 0 1 0 1
ggc 0 0 0 0 0 0 0
cgc 0 0 0 0 0 0 0
agc 0 0 0 0 0 0 0
tcc 0 0 0 0 0 0 0
gcc 0 0 0 0 0 0 0
ccc 0 0 0 0 0 0 0
acc 0 0 0 0 0 0 0
tac 1 1 1 1 1 1 1 7
gac 0 0 0 0 0 0 0
cac 0 0 0 0 0 0 0
aac 0 0 0 0 0 1 0 1
tta 0 0 0 0 0 0 1 1
gta 0 0 0 0 0 0 0
cta 0 0 0 0 0 0 0
ata 0 0 0 0 0 0 0
tga 0 0 0 0 0 0 0
gga 0 0 0 0 0 0 0
cga 0 0 0 0 0 0 0
aga 0 0 0 0 0 0 0
tca 0 0 0 0 0 0 0
gca 0 0 0 0 0 0 0
cca 0 0 0 0 0 0 0
aca 0 0 0 0 0 0 0
taa 0 0 0 0 0 0 0
gaa 0 0 0 0 0 0 0
caa 0 0 0 0 0 0 0
aaa 0 0 0 0 0 0 0
moyenne
46 46 47 46 46 45 46 46,0
4 4 3 3 3 7 4 4,0
tac tvo pto fac tar mer mear
I17.Pyri 1
mka
ttg 0
gtg 0
ctg 0
atg 1
tgg 1
ggg 0
cgg 0
agg 0
tcg 0
gcg 0
ccg 0
acg 0
tag 0
gag 0
cag 0
aag 0
ttc 1
gtc 0
ctc 0
atc 0
tgc 1
ggc 0
cgc 0
agc 0
tcc 0
gcc 0
ccc 1
acc 0
tac 0
gac 0
cac 0
aac 1
tta 0
gta 0
cta 0
ata 0
tga 0
gga 0
cga 0
aga 0
tca 0
gca 0
cca 0
aca 0
taa 0
gaa 2
caa 0
aaa 0
 
35
8
mka
I18. Aciduliprofundum 2
abi acf archée
0 0 ttg CAA
0 0 gtg CAC
0 0 ctg CAG
2 3 atg CAT
1 1 tgg CCA
0 0 ggg CCC
1 1 cgg CCG
0 0 agg CCT
0 0 tcg CGA
0 0 gcg CGC
1 1 ccg CGG
1 1 acg CGT
0 0 tag CTA
0 0 gag CTC
1 0 cag CTG
0 0 aag CTT
0 0 ttc GAA
0 0 gtc GAC
0 0 ctc GAG
1 1 atc GAT
0 0 tgc GCA
0 0 ggc GCC
1 1 cgc GCG
0 0 agc GCT
0 0 tcc GGA
0 0 gcc GGC
0 0 ccc GGG
0 0 acc GGT
1 1 tac GTA
1 1 gac GTC
1 0 cac GTG
0 1 aac GTT
0 0 tta TAA
0 0 gta TAC
0 0 cta TAG
0 0 ata TAT
0 0 tga TCA
0 0 gga TCC
0 0 cga TCG
0 0 aga TCT
0 0 tca TGA
0 0 gca TGC
1 1 cca TGG
0 1 aca TGT
0 0 taa TTA
1 1 gaa TTC
1 1 caa TTG
0 0 aaa TTT
 
46 46 tRNA
15 16 total
abi acf archée

Nano Thaum Kor archaeota

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  • Lien au tableur:Nano Thaum Kor archaeota.
  • Lien à la dernière colonne.
  • Légende: cyan, (nmr,tgg) est un gène avec 2 introns, jaune (neq,tgg) est un gène avec 1 intron, bleu codon ata rare.
  • Résultats notables:
    1. On retrouve les codons qui ont toujours au moins un intron, atg tgg tac.
    2. Nano se comporte comme les euryarchaeota, avec un intron par tRNA
    3. Thaum et Kor se comportent comme les crenarchaeota avec 3 codons à 2 introns
    4. Les 2 seuls codons ata des 183 archées ont un intron chacun, comme chez tous les eucaryotes. Ceci est à mettre en parallèle avec les introns des codons atg des archées:
      _ Le nombre de tRNAs de atg est le triple de celui d'un codon obligatoire comme tgg.
      _ Chez les bactéries, gtRNAdb attribue un des 3 tRNAs au tRNA de l'isoleucine (Ile) (ref.), donc avec un anticodon CAT au lieu de TAT. Les 2 autres tRNAs sont attribués à Met et à Ini (initiation de la traduction).
      _ Ce qui laisse penser que le seul tRNA du codon atg, ayant systématiquement un intron, serait attribuable à l'isoleucine.
      _ Chez les bactéries il n'y a que 48 espèces qui ont le codon ata sur 4032 de la base gtRNAdb.
      _ Chez les bactéries il n'y a que 3 bactéries, sur 4032 de la base gtRNAdb, qui totalisent 3 tRNAs avec 1 intron: (rel rep, gac) et (sli, gag). rel (Rhizobium etli bv. mimosae str. IE4771), rep (Rhizobium etli bv. phaseoli str. IE4803) et sli (Spirosoma linguale DSM 74), prélevées le 12.12.18.
III. Liste des introns par génome. Nanoarcheota Thaumarchaeota Korarchaeota
III1. Autres archées 3
CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
abrégé archée ttg gtg ctg atg tgg ggg cgg agg tcg gcg ccg acg tag gag cag aag ttc gtc ctc atc tgc ggc cgc agc tcc gcc ccc acc tac gac cac aac tta gta cta ata tga gga cga aga tca gca cca aca taa gaa caa aaa tRNA total archée
nano neq 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 4 neq
thaum nmr 1 1 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 44 10 nmr
kor kcr 0 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 5 kcr

Les totaux des crenarchaeota et des euryarchaeota

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II. Décompte des introns des tRNAs archées
II1. Décompte des crenarchaeota par génome 38
codon gene introns zéros génomes I3 I2 I1 I3+I2
CAA ttg 21 17 21 0 0 21 0
CAC gtg 7 31 7 0 2 5 2
CAG ctg 9 29 9 0 1 8 1
CAT atg 77 1 37 0 11 66 11
CCA tgg 29 9 29 0 9 20 9
CCC ggg 9 29 9 0 0 9 0
CCG cgg 7 31 7 0 0 7 0
CCT agg 27 11 27 1 2 24 3
CGA tcg 34 4 34 0 2 32 2
CGC gcg 8 30 8 0 2 6 2
CGG ccg 19 19 19 1 6 12 7
CGT acg 37 1 37 0 5 32 5
CTA tag 0 38 0 0 0 0 0
CTC gag 30 8 30 4 6 20 10
CTG cag 12 26 12 1 3 8 4
CTT aag 28 11 27 0 3 25 3
GAA ttc 10 28 10 0 0 10 0
GAC gtc 13 25 13 0 2 11 2
GAG ctc 3 35 3 0 0 3 0
GAT atc 25 13 25 0 5 20 5
GCA tgc 36 2 36 1 17 18 18
GCC ggc 12 26 12 0 1 11 1
GCG cgc 12 26 12 0 1 11 1
GCT agc 3 35 3 0 0 3 0
GGA tcc 11 27 11 0 0 11 0
GGC gcc 3 35 3 0 1 2 1
GGG ccc 38 0 38 1 6 31 7
GGT acc 15 23 15 0 1 14 1
GTA tac 39 0 38 0 7 32 7
GTC gac 11 28 10 1 8 2 9
GTG cac 11 27 11 0 1 10 1
GTT aac 26 12 26 0 7 19 7
TAA tta 19 19 19 0 0 19 0
TAC gta 17 21 17 0 6 11 6
TAG cta 3 35 3 0 0 3 0
TAT ata 0 38 0 0 0 0 0
TCA tga 1 37 1 0 0 1 0
TCC gga 13 25 13 0 3 10 3
TCG cga 6 32 6 0 0 6 0
TCT aga 23 15 23 0 0 23 0
TGA tca 13 25 13 0 1 12 1
TGC gca 16 22 16 0 3 13 3
TGG cca 15 23 15 3 2 10 5
TGT aca 36 2 36 2 6 28 8
TTA taa 0 38 0 0 0 0 0
TTC gaa 25 13 25 4 5 16 9
TTG caa 14 24 14 1 3 10 4
TTT aaa 22 16 22 0 2 20 2
AAA ttt 0 38 0 0 0 0 0
AAC gtt 0 38 0 0 0 0 0
AAG ctt 0 38 0 0 0 0 0
AAT att 0 38 0 0 0 0 0
ACA tgt 0 38 0 0 0 0 0
ACC ggt 0 38 0 0 0 0 0
ACG cgt 0 38 0 0 0 0 0
ACT agt 0 38 0 0 0 0 0
AGA tct 0 38 0 0 0 0 0
AGC gct 0 38 0 0 0 0 0
AGG cct 0 38 0 0 0 0 0
AGT act 0 38 0 0 0 0 0
ATA tat 0 38 0 0 0 0 0
ATC gat 0 38 0 0 0 0 0
ATG cat 0 38 0 0 0 0 0
ATT aat 0 38 0 0 0 0 0
II2. Décompte des euryarchaeota par génome 142
codon gene introns zéros génomes I3 I2 I1 I3+I2
CAA ttg 3 139 3 0 0 3 0
CAC gtg 1 141 1 0 0 1 0
CAG ctg 0 142 0 0 0 0 0
CAT atg 148 9 133 0 0 148 0
CCA tgg 142 0 142 0 0 142 0
CCC ggg 2 140 2 0 0 2 0
CCG cgg 4 138 4 0 0 4 0
CCT agg 1 141 1 0 0 1 0
CGA tcg 2 140 2 0 0 2 0
CGC gcg 0 142 0 0 0 0 0
CGG ccg 10 132 10 0 0 10 0
CGT acg 5 137 5 0 0 5 0
CTA tag 0 142 0 0 0 0 0
CTC gag 0 142 0 0 0 0 0
CTG cag 1 141 1 0 0 1 0
CTT aag 0 142 0 0 0 0 0
GAA ttc 2 140 2 0 0 2 0
GAC gtc 0 142 0 0 0 0 0
GAG ctc 0 142 0 0 0 0 0
GAT atc 3 139 3 0 0 3 0
GCA tgc 5 138 4 0 0 5 0
GCC ggc 3 139 3 0 0 3 0
GCG cgc 5 137 5 0 0 5 0
GCT agc 1 141 1 0 0 1 0
GGA tcc 5 137 5 0 0 5 0
GGC gcc 2 140 2 0 0 2 0
GGG ccc 5 137 5 0 1 4 1
GGT acc 0 142 0 0 0 0 0
GTA tac 64 78 64 0 0 64 0
GTC gac 5 137 5 0 0 5 0
GTG cac 1 141 1 0 0 1 0
GTT aac 13 131 11 0 0 13 0
TAA tta 2 141 2 0 0 2 0
TAC gta 1 141 1 0 0 1 0
TAG cta 0 142 0 0 0 0 0
TAT ata 0 142 0 0 0 0 0
TCA tga 0 142 0 0 0 0 0
TCC gga 4 138 4 0 0 4 0
TCG cga 36 106 36 0 0 36 0
TCT aga 11 131 11 0 0 11 0
TGA tca 3 139 3 0 0 3 0
TGC gca 0 142 0 0 0 0 0
TGG cca 2 140 2 0 0 2 0
TGT aca 4 138 4 0 0 4 0
TTA taa 0 142 0 0 0 0 0
TTC gaa 7 136 6 0 2 5 2
TTG caa 17 125 17 0 0 17 0
TTT aaa 3 139 3 0 0 3 0
AAA ttt 0 142 0 0 0 0 0
AAC gtt 1 141 1 0 0 1 0
AAG ctt 0 142 0 0 0 0 0
AAT att 0 142 0 0 0 0 0
ACA tgt 0 142 0 0 0 0 0
ACC ggt 1 141 1 0 0 1 0
ACG cgt 1 141 1 0 0 1 0
ACT agt 0 142 0 0 0 0 0
AGA tct 0 142 0 0 0 0 0
AGC gct 0 142 0 0 0 0 0
AGG cct 0 142 0 0 0 0 0
AGT act 0 142 0 0 0 0 0
ATA tat 0 142 0 0 0 0 0
ATC gat 0 142 0 0 0 0 0
ATG cat 0 142 0 0 0 0 0
ATT aat 0 142 0 0 0 0 0

Comparaison entre archées

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Total introns

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total introns	3-5	10	15	20	25	30	35	40	total
fréquence	4	7	12	4	5	5	1	5	43
-
introns 3+2	0	1	2	3-5	6-10	18	total
fréquence	11	7	5	9	10	1	43
  • Résultats notables : Voir aussi les taux de tRNAs à introns et pour comparaison voir les résultats notables des Euryarchaeota et des Crenarchaeota.
    _ Crenarchaeota, tri sur t1, nombre de codons ayant plus de 19 tRNAs avec introns: Parmi les codons   txy 6/10,   cxy 2/12,   axy 9/11,  gxy 2/12. Je note encore l'exception du codon ccc avec 38 alors que les codons cxy n'en contiennent qu'un autre avec 19. Tous les codons sont impactés: aucun codon sans introns; 4 codons ont 3 tRNAs avec intron chacun, soit 8% des génomes; et le codon qui suit commence à 18%; 18 codons sur 44 ont plus de 50%.
    _ Euryarchaeota, pour le tri t1, on ne retrouve pas les résultats avec les Crenarchaeota. Deux seuls codons font 100%, atg tgg, 36 codons ont moins de 5%, les 6 autres ne dépassent pas 43% de tac. Voir les tRNAs à introns. Il faut remarquer cependant le maintien entre les 2 groupes de atg tgg tac, la disparition de l'exception de ccc et l'apparition de l'exception de cga avec 25%.
    _ Le codon atg: Son total en tRNAs fait toujours un multiple de 3 comme chez les bactéries avec un pour Met un pour Ile (absence de ata) et un pour Ini. Chez les Crenarchaeota apparemment Ile et Met sont protégés par intron, on a 77 introns pour 38 génomes. Chez les Euryarchaeota apparemment il n'y a que Ile qui serait protégé avec toujours (dans 95% des cas) 1 et 1 seul intron pour le codon atg.
    _ Les introns 3 + 2: Comme avec la distribution des introns chez les génomes, les tRNAs à plus de 1 intron semblent proportionnels à leur total par codon. Aussi la dissemblance entre doublets txy axy d'une part et cxy gxy d'autre part, que j'ai relevée au paragraphe précédent, persiste. Cependant 2 exceptions se renforcent et 2 apparaissent. Les doublets ccx gax ont leurs 3 codons fortement impactés alors qu'ils faisaient exception avec 2 codons au paravent; Apparaît une exception inattendue, tgc avec 18, 2 fois plus de tRNAs à 2 ou 3 introns que les codons les plus impactés (atg gag gaa gac); enfin gta avec 6 qui apparaît alors que son total, 17, est à la limite des 50%. Chez les Euryarchaeota où les tRNAs à 2 introns sont très rares, 3 pour 142 génomes, ce sont les exceptions ccc et gaa qui persistent avec 1 et 2 tRNAs respectivement.
I. Les introns des archées. Total introns
I1. Archées 183
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 12 tcc 17 tac 106 tgc 41
atc 28 acc 15 aac 39 agc 4
ctc 3 ccc 43 cac 12 cgc 17
gtc 13 gcc 5 gac 16 ggc 15
tta 22 tca 16 taa 0 tga 1
ata 2 aca 40 aaa 25 aga 34
cta 3 cca 17 caa 31 cga 42
gta 18 gca 16 gaa 33 gga 17
ttg 25 tcg 37 tag 0 tgg 174
atg 228 acg 42 aag 28 agg 29
ctg 9 ccg 29 cag 14 cgg 11
gtg 9 gcg 8 gag 30 ggg 11
I2. Crenarchaeota 38
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 10 tcc 11 tac 39 tgc 36
atc 25 acc 15 aac 26 agc 3
ctc 3 ccc 38 cac 11 cgc 12
gtc 13 gcc 3 gac 11 ggc 12
tta 19 tca 13 taa 0 tga 1
ata 0 aca 36 aaa 22 aga 23
cta 3 cca 15 caa 14 cga 6
gta 17 gca 16 gaa 25 gga 13
ttg 21 tcg 34 tag 0 tgg 29
atg 77 acg 37 aag 28 agg 27
ctg 9 ccg 19 cag 12 cgg 7
gtg 7 gcg 8 gag 30 ggg 9
I3. Crenarchaeota 38. 3 + 2
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 0 tcc 0 tac 7 tgc 18
atc 5 acc 1 aac 7 agc 0
ctc 0 ccc 7 cac 1 cgc 1
gtc 2 gcc 1 gac 9 ggc 1
tta 0 tca 1 taa 0 tga 0
ata 0 aca 8 aaa 2 aga 0
cta 0 cca 5 caa 4 cga 0
gta 6 gca 3 gaa 9 gga 3
ttg 0 tcg 2 tag 0 tgg 9
atg 10 acg 5 aag 3 agg 3
ctg 1 ccg 7 cag 4 cgg 0
gtg 2 gcg 2 gag 10 ggg 0
I4. Euryarchaeota 142
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 2 tcc 5 tac 64 tgc 5
atc 3 acc 0 aac 13 agc 1
ctc 0 ccc 5 cac 1 cgc 5
gtc 0 gcc 2 gac 5 ggc 3
tta 2 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 4 aaa 3 aga 11
cta 0 cca 2 caa 17 cga 36
gta 1 gca 0 gaa 7 gga 4
ttg 3 tcg 2 tag 0 tgg 142
atg 148 acg 5 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 10 cag 1 cgg 4
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 2

Introns pour 100 génomes

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  • Lien au tableur:Introns pour 100 génomes.
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Détails des introns des Crenarchaeota et Euryarchaeota   Archées
    _ Détails des tRNAs des euryarchaeota
  • Résultats notables:
    _ Le fait que dans la majorité des cas il n'y a qu'un tRNA avec introns par codon les observations faites pour le total des introns restent valables pour 100 génomes, sauf pour atg que j'ai détaillé aussi dans total introns.
    _ atg: pour les Crenarchaeota il y a 2 tRNAs avec introns par génome impliquant apparemment atg (Ile) et atg (Met); pour les Euryarchaeota on n'a qu'un seul tRNA avec introns par génome, vraisemblablement atg (Ile).
II. Les introns des archées. Introns pour 100 génomes
I1. Archées 183
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 7 tcc 9 tac 58 tgc 22
atc 15 acc 8 aac 21 agc 2
ctc 2 ccc 23 cac 7 cgc 9
gtc 7 gcc 3 gac 9 ggc 8
tta 12 tca 9 taa 0 tga 1
ata 1 aca 22 aaa 14 aga 19
cta 2 cca 9 caa 17 cga 23
gta 10 gca 9 gaa 18 gga 9
ttg 14 tcg 20 tag 0 tgg 95
atg 125 acg 23 aag 15 agg 16
ctg 5 ccg 16 cag 8 cgg 6
gtg 5 gcg 4 gag 16 ggg 6
I2. Crenarchaeota 38
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 26 tcc 29 tac 103 tgc 95
atc 66 acc 39 aac 68 agc 8
ctc 8 ccc 100 cac 29 cgc 32
gtc 34 gcc 8 gac 29 ggc 32
tta 50 tca 34 taa 0 tga 3
ata 0 aca 95 aaa 58 aga 61
cta 8 cca 39 caa 37 cga 16
gta 45 gca 42 gaa 66 gga 34
ttg 55 tcg 89 tag 0 tgg 76
atg 205 acg 97 aag 74 agg 71
ctg 24 ccg 50 cag 32 cgg 18
gtg 18 gcg 21 gag 79 ggg 24
I3. Euryarchaeota 142
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 1 tcc 4 tac 45 tgc 4
atc 2 acc 0 aac 9 agc 1
ctc 0 ccc 4 cac 1 cgc 4
gtc 0 gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 1 tca 2 taa 0 tga 0
ata 0 aca 3 aaa 2 aga 8
cta 0 cca 1 caa 12 cga 25
gta 1 gca 0 gaa 5 gga 3
ttg 2 tcg 1 tag 0 tgg 100
atg 104 acg 4 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 7 cag 1 cgg 3
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 1
I4. Archées 183 tRNAs
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 215 tcc 190 tac 190 tgc 299
atc 212 acc 189 aac 214 agc 187
ctc 214 ccc 171 cac 185 cgc 187
gtc 212 gcc 184 gac 218 ggc 243
tta 191 tca 184 taa 0 tga 18
ata 2 aca 198 aaa 197 aga 186
cta 185 cca 184 caa 196 cga 185
gta 186 gca 256 gaa 230 gga 189
ttg 163 tcg 152 tag 1 tgg 184
atg 589 acg 169 aag 166 agg 165
ctg 160 ccg 151 cag 165 cgg 139
gtg 170 gcg 159 gag 160 ggg 155
I5. Crenarchaeota 38 tRNAs
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 38 tcc 38 tac 39 tgc 38
atc 38 acc 39 aac 39 agc 38
ctc 38 ccc 38 cac 38 cgc 40
gtc 38 gcc 38 gac 40 ggc 40
tta 38 tca 38 taa 0 tga 1
ata 0 aca 38 aaa 39 aga 39
cta 38 cca 38 caa 38 cga 38
gta 38 gca 39 gaa 40 gga 40
ttg 38 tcg 38 tag 0 tgg 38
atg 115 acg 38 aag 40 agg 38
ctg 39 ccg 37 cag 38 cgg 38
gtg 38 gcg 39 gag 38 ggg 40
I6. Euryarchaeota 142 tRNAs
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 174 tcc 149 tac 148 tgc 258
atc 171 acc 147 aac 172 agc 146
ctc 173 ccc 130 cac 143 cgc 144
gtc 171 gcc 143 gac 175 ggc 200
tta 150 tca 143 taa 0 tga 17
ata 0 aca 157 aaa 155 aga 144
cta 144 cca 143 caa 154 cga 144
gta 145 gca 214 gaa 186 gga 146
ttg 122 tcg 111 tag 1 tgg 143
atg 466 acg 128 aag 122 agg 124
ctg 119 ccg 112 cag 124 cgg 100
gtg 129 gcg 117 gag 118 ggg 112

Génomes par codon

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  • Lien au tableur:Génomes par codon.
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Détails Crenarchaeota et Euryarchaeota   Archées
  • Résultats notables:
    _ Le fait que dans la majorité des cas il n'y a qu'un tRNA avec introns par codon les observations faites pour le total des introns restent valables pour le nombre de génomes par codon, sauf pour atg que j'ai détaillé aussi dans total introns.
    _ atg: pour les Crenarchaeota et les Euryarchaeota la totalité des génomes ont des tRNAs à introns. Le total des introns (77) des Crenarchaeota montre alors que chaque génome en a 2, impliquant apparemment atg (Ile) et atg (Met); Le total des introns (148) des Euryarchaeota montre qu'il n’y a qu'un seul tRNA avec introns par génome, vraisemblablement atg (Ile).

il y a 37 génomes avec des tRNAs à introns par génome impliquant apparemment atg (Ile) et atg (Met); pour les Euryarchaeota on n'a

III. Les introns des archées. Génomes par codon
I1. Archées 183
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 12 tcc 17 tac 105 tgc 40
atc 28 acc 15 aac 37 agc 4
ctc 3 ccc 43 cac 12 cgc 17
gtc 13 gcc 5 gac 15 ggc 15
tta 22 tca 16 taa 0 tga 1
ata 2 aca 40 aaa 25 aga 34
cta 3 cca 17 caa 31 cga 42
gta 18 gca 16 gaa 32 gga 17
ttg 25 tcg 37 tag 0 tgg 174
atg 173 acg 42 aag 27 agg 29
ctg 9 ccg 29 cag 14 cgg 11
gtg 9 gcg 8 gag 30 ggg 11
I2. Crenarchaeota 38
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 10 tcc 11 tac 38 tgc 36
atc 25 acc 15 aac 26 agc 3
ctc 3 ccc 38 cac 11 cgc 12
gtc 13 gcc 3 gac 10 ggc 12
tta 19 tca 13 taa 0 tga 1
ata 0 aca 36 aaa 22 aga 23
cta 3 cca 15 caa 14 cga 6
gta 17 gca 16 gaa 25 gga 13
ttg 21 tcg 34 tag 0 tgg 29
atg 37 acg 37 aag 27 agg 27
ctg 9 ccg 19 cag 12 cgg 7
gtg 7 gcg 8 gag 30 ggg 9
I3. Euryarchaeota 142
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 2 tcc 5 tac 64 tgc 4
atc 3 acc 0 aac 11 agc 1
ctc 0 ccc 5 cac 1 cgc 5
gtc 0 gcc 2 gac 5 ggc 3
tta 2 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 4 aaa 3 aga 11
cta 0 cca 2 caa 17 cga 36
gta 1 gca 0 gaa 6 gga 4
ttg 3 tcg 2 tag 0 tgg 142
atg 133 acg 5 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 10 cag 1 cgg 4
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 2

Taux des génomes à introns

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  • Lien au tableur:Taux des génomes à introns.
  • Légende:Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Ce taux est égal au nombre de génomes d'un codon ayant des introns sur le total des génomes étudiés. Voir les tableaux carrés des Génomes par codon.
    _ Détails Crenarchaeota et Euryarchaeota   Archées
  • Résultats notables:
    _ Le fait que dans la majorité des cas il n'y a qu'un tRNA avec introns par codon les observations faites pour le total des introns restent valables pour le nombre de génomes par codon, sauf pour atg que j'ai détaillé aussi dans total introns.
    _ atg: pour les Crenarchaeota et les Euryarchaeota la totalité des génomes ont des tRNAs à introns. Le total des introns (77) des Crenarchaeota montre alors que chaque génome en a 2, impliquant apparemment atg (Ile) et atg (Met); Le total des introns (148) des Euryarchaeota montre qu'il n’y a qu'un seul tRNA avec introns par génome, vraisemblablement atg (Ile).
IV. Les introns des archées. Taux des génomes à introns
I1. Archées 183
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 7 tcc 9 tac 57 tgc 22
atc 15 acc 8 aac 20 agc 2
ctc 2 ccc 23 cac 7 cgc 9
gtc 7 gcc 3 gac 8 ggc 8
tta 12 tca 9 taa 0 tga 1
ata 1 aca 22 aaa 14 aga 19
cta 2 cca 9 caa 17 cga 23
gta 10 gca 9 gaa 17 gga 9
ttg 14 tcg 20 tag 0 tgg 95
atg 95 acg 23 aag 15 agg 16
ctg 5 ccg 16 cag 8 cgg 6
gtg 5 gcg 4 gag 16 ggg 6
I2. Crenarchaeota 38
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 26 tcc 29 tac 100 tgc 95
atc 66 acc 39 aac 68 agc 8
ctc 8 ccc 100 cac 29 cgc 32
gtc 34 gcc 8 gac 26 ggc 32
tta 50 tca 34 taa 0 tga 3
ata 0 aca 95 aaa 58 aga 61
cta 8 cca 39 caa 37 cga 16
gta 45 gca 42 gaa 66 gga 34
ttg 55 tcg 89 tag 0 tgg 76
atg 97 acg 97 aag 71 agg 71
ctg 24 ccg 50 cag 32 cgg 18
gtg 18 gcg 21 gag 79 ggg 24
I3. Euryarchaeota 142
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 1 tcc 4 tac 45 tgc 3
atc 2 acc 0 aac 8 agc 1
ctc 0 ccc 4 cac 1 cgc 4
gtc 0 gcc 1 gac 4 ggc 2
tta 1 tca 2 taa 0 tga 0
ata 0 aca 3 aaa 2 aga 8
cta 0 cca 1 caa 12 cga 25
gta 1 gca 0 gaa 4 gga 3
ttg 2 tcg 1 tag 0 tgg 100
atg 94 acg 4 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 7 cag 1 cgg 3
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 1

Taux des tRNAs avec introns

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  • Lien au tableur:Taux des tRNAs avec introns.
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
    _ Ce taux est égal au nombre de tRNAs d'un codon ayant des introns sur le total des tRNAs de ce codon. Voir les tableaux carrés des Totaux des introns et des tRNAs.
    _ Détails Crenarchaeota et Euryarchaeota   Archées
  • Résultats notables:
    _ Le fait que dans la majorité des cas il n'y a qu'un tRNA avec introns par codon les observations faites pour le total des introns restent valables pour le nombre de génomes par codon, sauf pour atg que j'ai détaillé aussi dans total introns.
    _ atg: Comme chez les procaryotes il y a 3 tRNAs par codon atg, le taux de 67% des Crenarchaeota montre que 2 tRNAs ont des introns, impliquant apparemment atg (Ile) et atg (Met); le taux de 32% des Euryarchaeota montre qu'il n’y a qu'un seul tRNA avec introns, vraisemblablement atg (Ile).
IV. Les introns des archées. Taux des tRNAs avec introns
I1. Archées 183
g1 t1
ttt − tct − tat − tgt −
att − act − aat − agt −
ctt 0 cct − cat − cgt 50
gtt 100 gct − gat − ggt 100
ttc 6 tcc 9 tac 56 tgc 14
atc 13 acc 8 aac 18 agc 2
ctc 1 ccc 25 cac 6 cgc 9
gtc 6 gcc 3 gac 7 ggc 6
tta 12 tca 9 taa − tga 6
ata 100 aca 20 aaa 13 aga 18
cta 2 cca 9 caa 16 cga 23
gta 10 gca 6 gaa 14 gga 9
ttg 15 tcg 24 tag 0 tgg 95
atg 39 acg 25 aag 17 agg 18
ctg 6 ccg 19 cag 8 cgg 8
gtg 5 gcg 5 gag 19 ggg 7
I2. Crenarchaeota 38
g1 t1
ttt − tct − tat − tgt −
att − act − aat − agt −
ctt − cct − cat − cgt −
gtt − gct − gat − ggt −
ttc 26 tcc 29 tac 100 tgc 95
atc 66 acc 38 aac 67 agc 8
ctc 8 ccc 100 cac 29 cgc 30
gtc 34 gcc 8 gac 28 ggc 30
tta 50 tca 34 taa − tga 100
ata − aca 95 aaa 56 aga 59
cta 8 cca 39 caa 37 cga 16
gta 45 gca 41 gaa 63 gga 33
ttg 55 tcg 89 tag − tgg 76
atg 67 acg 97 aag 70 agg 71
ctg 23 ccg 51 cag 32 cgg 18
gtg 18 gcg 21 gag 79 ggg 23
I3. Euryarchaeota 142
g1 t1
ttt − tct − tat − tgt −
att − act − aat − agt −
ctt 0 cct − cat − cgt 50
gtt 100 gct − gat − ggt 100
ttc 1 tcc 3 tac 43 tgc 2
atc 2 acc 0 aac 8 agc 1
ctc 0 ccc 4 cac 1 cgc 3
gtc 0 gcc 1 gac 3 ggc 2
tta 1 tca 2 taa − tga 0
ata − aca 3 aaa 2 aga 8
cta 0 cca 1 caa 11 cga 25
gta 1 gca 0 gaa 4 gga 3
ttg 2 tcg 2 tag 0 tgg 99
atg 32 acg 4 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 9 cag 1 cgg 4
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 2

Les tRNAs des euryarchaeota

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V. Les introns des archées. tRNAs des eurycharaeota
I1. Methanomicrobia 47
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 72 tcc 47 tac 47 tgc 158
atc 73 acc 47 aac 71 agc 47
ctc 78 ccc 47 cac 47 cgc 47
gtc 72 gcc 47 gac 51 ggc 94
tta 53 tca 46 taa 0 tga 0
ata 0 aca 60 aaa 48 aga 47
cta 48 cca 47 caa 48 cga 47
gta 48 gca 73 gaa 71 gga 47
ttg 48 tcg 40 tag 1 tgg 47
atg 167 acg 49 aag 48 agg 46
ctg 51 ccg 47 cag 47 cgg 47
gtg 47 gcg 47 gag 47 ggg 46
I2. Halobacteria 30
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 34 tcc 32 tac 34 tgc 30
atc 30 acc 35 aac 32 agc 31
ctc 30 ccc 31 cac 31 cgc 31
gtc 33 gcc 32 gac 49 ggc 41
tta 30 tca 30 taa 0 tga 0
ata 0 aca 31 aaa 31 aga 31
cta 30 cca 30 caa 31 cga 30
gta 30 gca 54 gaa 31 gga 31
ttg 33 tcg 30 tag 0 tgg 30
atg 96 acg 30 aag 30 agg 29
ctg 30 ccg 30 cag 30 cgg 18
gtg 30 gcg 33 gag 32 ggg 28
I3. Thermococci 19
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 19 tcc 19 tac 19 tgc 19
atc 19 acc 19 aac 19 agc 19
ctc 19 ccc 18 cac 19 cgc 19
gtc 19 gcc 19 gac 19 ggc 19
tta 19 tca 19 taa 0 tga 0
ata 0 aca 19 aaa 19 aga 19
cta 19 cca 19 caa 19 cga 19
gta 19 gca 20 gaa 19 gga 19
ttg 19 tcg 19 tag 0 tgg 19
atg 57 acg 19 aag 19 agg 19
ctg 18 ccg 19 cag 18 cgg 19
gtg 20 gcg 19 gag 19 ggg 19
I4. Methanococci 16
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 16 tcc 16 tac 16 tgc 16
atc 16 acc 16 aac 16 agc 16
ctc 16 ccc 15 cac 16 cgc 16
gtc 16 gcc 16 gac 25 ggc 16
tta 16 tca 16 taa 0 tga 16
ata 0 aca 16 aaa 25 aga 16
cta 16 cca 16 caa 16 cga 17
gta 17 gca 22 gaa 32 gga 17
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 16
atg 56 acg 1 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 7 gcg 0 gag 0 ggg 0
I5. Methanobacteria 13
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 15 tcc 18 tac 15 tgc 18
atc 15 acc 13 aac 16 agc 16
ctc 13 ccc 2 cac 13 cgc 13
gtc 14 gcc 12 gac 14 ggc 13
tta 15 tca 15 taa 0 tga 0
ata 0 aca 13 aaa 16 aga 14
cta 14 cca 14 caa 21 cga 13
gta 14 gca 28 gaa 15 gga 15
ttg 7 tcg 6 tag 0 tgg 14
atg 39 acg 12 aag 9 agg 13
ctg 4 ccg 0 cag 12 cgg 0
gtg 9 gcg 2 gag 4 ggg 3
I6. Archaeoglobi 7
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 8 tcc 7 tac 7 tgc 7
atc 8 acc 7 aac 7 agc 7
ctc 8 ccc 7 cac 7 cgc 8
gtc 7 gcc 7 gac 7 ggc 7
tta 7 tca 7 taa 0 tga 0
ata 0 aca 8 aaa 7 aga 7
cta 7 cca 7 caa 9 cga 8
gta 7 gca 7 gaa 7 gga 7
ttg 7 tcg 7 tag 0 tgg 7
atg 21 acg 8 aag 7 agg 7
ctg 7 ccg 7 cag 8 cgg 7
gtg 7 gcg 7 gag 7 ggg 7
I7. Thermoplasmata 7
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 7 tcc 7 tac 7 tgc 7
atc 7 acc 7 aac 8 agc 7
ctc 6 ccc 7 cac 7 cgc 7
gtc 7 gcc 7 gac 7 ggc 7
tta 7 tca 7 taa 0 tga 0
ata 0 aca 7 aaa 6 aga 7
cta 7 cca 7 caa 7 cga 7
gta 7 gca 7 gaa 7 gga 7
ttg 6 tcg 7 tag 0 tgg 7
atg 21 acg 7 aag 7 agg 8
ctg 7 ccg 7 cag 7 cgg 7
gtg 7 gcg 7 gag 7 ggg 7
I8. aciduliprofundum 2
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 2 tcc 2 tac 2 tgc 2
atc 2 acc 2 aac 2 agc 2
ctc 2 ccc 2 cac 2 cgc 2
gtc 2 gcc 2 gac 2 ggc 2
tta 2 tca 2 taa 0 tga 0
ata 0 aca 2 aaa 2 aga 2
cta 2 cca 2 caa 2 cga 2
gta 2 gca 2 gaa 2 gga 2
ttg 2 tcg 2 tag 0 tgg 2
atg 6 acg 2 aag 2 agg 2
ctg 2 ccg 2 cag 2 cgg 2
gtg 2 gcg 2 gag 2 ggg 2
I9. Methanopyri 1
g1 t1
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgc 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa 0 tga 1
ata 0 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 1
atg 3 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0

Protection contre les duplications par les introns

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  • Les Crenarchaeota ont un nombre élevé d'introns qui touchent tous les codons (ref. total introns). Pourtant le décompte de leurs tRNAs (ref. tRNAs) montrent très peu de duplications d'où l'idée de refaire les décomptes des duplications et des introns associés de tous les archées. Les résultats de ce chapitre seront comparés à ceux des eucaryotes en ce qui concerne l’association duplication, à l'identique ou non, et intron.

Décompte des duplications de tous les archées

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  • Les décomptes ont été faits suivant la méthode appliquée aux eucaryotes (ref. méthode) après avoir repéré les codons à doublons. N'ont pas été faits les archées qui n’avaient que le codon atg dupliqué normalement, c'est-à-dire 3 fois (Met Ini Ile). Aussi le résultat anormal de ce codon trouvé chez le génome mmaz ( 2 tRNAs identiques pour un total de 3, ref. future) n'a pas été vérifié pour les archées non décomptés.
  • Les décomptes  Methanomicrobia 47  Halobacteria 30  Methanococcus 16  Methanobacteria 13 Autres 36  Crenarchaeota  qui ne sont représentés que dans le tableur, prêts à être copier sans formatage, ont été triés sur le code KEGG. Pour autres Eury et crenarchaetoa je n'ai décompté que les génomes ayant des duplications pour tout tRNA sauf pour atg qui doit avoir au moins 4 duplications et plus ( 3 pour Met Ini Ile).
Synthèse des protections par les introns
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  • Methanomicrobia 47
    Lien tableur: Methanomicrobia
    Légende: Voir les décomptes des duplications des Methanomicrobia 47, total pour total du décompte et diff pour le décompte des tRNAs différents entre eux. Pour les introns voir le décompte des introns des Methanomicrobia.
    _ double, pour doublon, tRNAs à séquence identique à celle d'un tRNA diff. Les doublons de différents diff pour un même codon sont indistincts entre-eux.
    _ dif, pour le nombre de séquences différentes entre elles et entre la séquence initiale à l'origine des duplications. Donc dif = diff − 1 pour tous les codons sauf CAT (atg) qui contient en principe 3 codons différents (Met Ini Ile) et alors dif est calculé en soustrayant 3; dif CAT = diff − 3.
    _ effectif, pour le total des génomes ayant les caractéristiques des autres colonnes.
    _ -1, anomalie du génome mmaz. 2, 2 tRNAs à 1 intron chacun.
I1. Synthèse Protection. Methanomicrobia 45/47
intron total diff double dif effectif
0 2 2 CAA 0 1 1
1 2 2 CAC 0 1 1
0 2 2 CAG 0 1 5
1 3 2 CAT 1 -1 1
1 4 3 CAT 1 0 18
1 5 3 CAT 2 0 2
1 4 4 CAT 0 1 4
0 2 2 CGA 0 1 1
0 2 1 CGT 1 0 1
0 2 2 CGT 0 1 1
0 2 1 CTT 1 0 1
0 2 1 GAA 1 0 23
0 2 2 GAA 0 1 1
1 2 2 GAA 0 1 1
0 2 1 GAC 1 0 22
0 2 2 GAC 0 1 3
0 2 1 GAG 1 0 11
0 2 2 GAG 0 1 19
0 3 2 GAG 1 1 1
0 2 1 GAT 1 0 9
0 2 2 GAT 0 1 17
0 2 1 GCA 1 0 2
0 3 1 GCA 2 0 2
0 7 1 GCA 6 0 1
0 2 2 GCA 0 1 3
2 2 2 GCA 0 1 1
0 3 2 GCA 1 1 1
0 4 2 GCA 2 1 1
0 3 3 GCA 0 2 13
0 4 3 GCA 1 2 7
0 5 3 GCA 2 2 2
0 4 4 GCA 0 3 2
0 5 4 GCA 1 3 1
0 5 5 GCA 0 4 2
0 6 5 GCA 1 4 2
0 8 6 GCA 2 5 1
0 2 1 GCC 1 0 1
0 3 1 GCC 2 0 5
0 2 2 GCC 0 1 2
0 3 2 GCC 1 1 16
0 3 3 GCC 0 2 2
0 2 2 GGT 0 1 1
0 2 1 GTC 1 0 4
0 2 1 GTT 1 0 22
0 2 2 GTT 0 1 2
0 2 2 TAA 0 1 2
0 3 3 TAA 0 2 2
1 2 2 TAC 0 1 1
0 2 2 TAG 0 1 1
0 2 2 TCC 0 1 1
0 2 1 TGC 1 0 10
0 3 1 TGC 2 0 6
0 4 1 TGC 3 0 1
0 2 2 TGC 0 1 1
0 2 2 TGT 0 1 5
1 2 2 TGT 0 1 3
0 4 2 TGT 2 1 1
0 3 3 TGT 0 2 1
0 2 1 TTC 1 0 23
0 2 2 TTC 0 1 1
0 2 2 TTG 0 1 2
0 2 1 TTT 1 0 1
  • Halobacteria 30, Methanobacteria 13
    Lien tableur:  Halobacteria Methanobacteria
    Légende: Voir les décomptes des duplications des Halobacteria 30 et des Methanobacteria 13, total pour total du décompte et diff pour le décompte des tRNAs différents entre eux. Pour les introns voir le décompte des introns des Halobacteria et des Methanobacteria.
    _ double, pour doublon, tRNAs à séquence identique à celle d'un tRNA diff. Les doublons de différents diff pour un même codon sont indistincts entre-eux.
    _ dif, pour le nombre de séquences différentes entre elles et entre la séquence initiale à l'origine des duplications. Donc dif = diff − 1 pour tous les codons sauf CAT (atg) qui contient en principe 3 codons différents (Met Ini Ile) et alors dif est calculé en soustrayant 3; dif CAT = diff − 3.
    _ effectif, pour le total des génomes ayant les caractéristiques des autres colonnes.
    _ -2, anomalie du génome nat.
II. Protection des duplications par les introns. Halobacteria Methanobacteria
II1.Synthèse Protection. Halobacteria 28/30
intron total diff double dif effectif
0 2 2 CAA 0 1 3
2 4 1 CAT 3 -2 1
1 4 3 CAT 1 0 3
3 4 3 CAT 1 0 1
1 4 4 CAT 0 1 1
0 2 1 CGC 1 0 3
0 2 2 CGG 0 1 1
1 2 2 CGG 0 1 1
0 2 2 CTC 0 1 2
0 2 1 GAA 1 0 3
0 2 2 GAA 0 1 1
0 2 1 GAC 1 0 3
0 2 2 GAG 0 1 1
0 2 1 GCC 1 0 4
0 2 2 GCC 0 1 3
1 2 2 GCC 0 1 2
1 3 2 GCC 1 1 1
0 2 1 GCG 1 0 1
0 2 2 GCT 0 1 1
0 2 2 GGA 0 1 2
0 2 1 GGC 1 0 2
1 2 2 GGG 0 1 1
0 2 2 GGT 0 1 5
0 2 1 GTA 1 0 4
0 2 1 GTC 1 0 16
0 3 1 GTC 2 0 1
0 2 2 GTC 0 1 1
0 2 2 GTG 0 1 1
2 2 2 GTT 0 1 2
1 2 2 TCC 0 1 1
0 2 2 TCT 0 1 1
0 2 1 TGC 1 0 7
0 3 1 TGC 2 0 6
0 4 1 TGC 3 0 1
0 3 2 TGC 1 1 1
0 2 2 TGT 0 1 1
0 2 2 TTC 0 1 1
0 2 2 TTG 0 1 1
0 2 2 TTT 0 1 1
II2.Synthèse Protection. Methanobacteria 13/13
intron total diff double dif effectif
0 2 2 CAA 0 1 1
1 2 2 CCA 0 1 1
0 2 1 CTT 1 0 1
0 2 1 GAA 1 0 1
0 2 2 GAA 0 1 1
0 2 2 GAC 0 1 1
0 2 1 GAT 1 0 1
0 2 2 GAT 0 1 1
0 2 2 GCA 0 1 5
0 2 2 GCT 0 1 3
0 2 1 GGA 1 0 2
0 2 2 GGA 0 1 1
0 3 2 GGA 1 1 1
0 2 2 GTA 0 1 1
1 2 2 GTA 0 1 1
0 2 2 GTC 0 1 1
0 2 1 GTT 1 0 1
0 2 2 GTT 0 1 2
0 2 1 TAA 1 0 1
0 2 2 TAA 0 1 1
0 2 1 TAC 1 0 1
0 2 2 TAG 0 1 1
0 2 1 TCC 1 0 1
0 2 2 TCC 0 1 1
0 2 2 TCT 0 1 1
0 2 1 TGA 1 0 1
0 2 2 TGA 0 1 1
0 2 1 TGC 1 0 9
0 3 1 TGC 2 0 2
0 3 2 TGC 1 1 1
0 2 2 TGG 0 1 1
0 2 1 TTC 1 0 1
0 2 2 TTC 0 1 1
1 2 2 TTG 0 1 8
0 2 2 TTT 0 1 3
 
 
 
 
  • Methanococci 16, autres Euryarchaeota, Crenarchaeota
    Lien tableur:  Methanococci autres Euryarchaeota Crenarchaeota
    Légende: Voir les décomptes des duplications des autres Euryarchaeota,  Methanococci 16  et des Crenarchaeota 38, total pour total du décompte et diff pour le décompte des tRNAs différents entre eux. Pour les introns voir le décompte des introns des Crenarchaeota, des Thermococci Methanococci  et des Archaeoglobi Thermoplasmata Methanopyri Aciduliprofundum.
    _ double, pour doublon, tRNAs à séquence identique à celle d'un tRNA diff. Les doublons de différents diff pour un même codon sont indistincts entre-eux.
    _ dif, pour le nombre de séquences différentes entre elles et entre la séquence initiale à l'origine des duplications. Donc dif = diff − 1 pour tous les codons sauf CAT (atg) qui contient en principe 3 codons différents (Met Ini Ile) et alors dif est calculé en soustrayant 3; dif CAT = diff − 3.
    _ effectif, pour le total des génomes ayant les caractéristiques des autres colonnes.
III. Protection des duplications par les introns. Methanococci, autres Euryarchaeota, Crenarchaeota
III1.Synthèse Protection. autres Eury 9/36
n clade génome intron total diff double dif effectif
7 globi apo 0 2 2 GAT 0 1 1
globi ast 0 2 2 CGT 0 1 1
globi ast 0 2 2 GCG 0 1 1
globi ast 0 2 2 TGT 0 1 1
globi ast 0 2 2 TTG 0 1 1
globi fpl 0 2 2 CTG 0 1 1
globi fpl 0 2 2 GAG 0 1 1
globi fpl 0 2 2 TCG 0 1 1
globi gac 0 2 2 GAA 0 1 1
globi gac 0 2 2 TTG 0 1 1
1 Mpyri mka 2*2 2 2 TTC 0 1 1
19 Tcocci ppac 0 2 1 TGC 1 0 1
Tcocci tko 0 2 2 CAC 0 1 1
7 Tplasma mer 1 2 2 CCT 0 1 1
Tplasma pto 0 2 2 GTT 0 1 1
2 aciduli néant
III2.Synthèse Protection. Methanococci 16/16
intron total diff double dif effectif
1 4 3 CAT 1 0 6
1 4 4 CAT 0 1 2
0 2 1 GTC 1 0 9
0 2 1 TAC 1 0 1
0 2 1 TCC 1 0 1
0 2 1 TCG 1 0 1
0 2 1 TGC 1 0 7
0 2 1 TTC 1 0 14
0 2 2 TTC 0 1 2
0 2 1 TTT 1 0 9
 
 
 
 
 
 
III3.Synthèse Protection. Crenarchaeota 7/38
intron total diff double dif effectif
1 2 2 CAG 0 1 1
0 2 1 CCC 1 0 1
1 2 2 CCC 0 1 1
0 2 1 CGC 1 0 1
2 2 1 CTT 1 0 1
0 3 1 GCC 2 0 1
0 2 2 GCG 0 1 1
0 2 2 GGT 0 1 1
0 2 2 GTT 0 1 1
0 3 1 TCC 2 0 1
0 2 1 TCT 1 0 1
0 2 1 TGC 1 0 1
0 2 1 TTC 1 0 1
1 2 2 TTC 0 1 1
0 2 2 TTT 0 1 1
 
Rapports duplication à l'identique, duplication différente
modifier
  • Méthode:
    _ Pour éviter la division par zéro, au lieu de faire le rapport j'ai procédé par pourcentage, total des effectifs des duplications à l'identique divisé par le total des effectifs des duplications et de même pour les duplications différentes. Dans le cas ou un génome produit les 2 types de duplications, la somme des 2 pourcentages est supérieure à 100%. C'est le cas de GCA et GCC des methanomicrobia.
    _ Chaque groupe d'archées est représenté par 8 carrés de code génétique: carré I1 pour le total des génomes ayant des duplications à comparer avec le total des tRNAs du carré I5 se trouvant juste en dessous; carré I2 pour le total des génomes ayant des duplications avec introns à comparer avec le total des génomes à introns du carré I6 se trouvant juste en dessous; carré I3 pour le total des génomes ayant des duplications à l'identique, double, à comparer avec celui des duplications différentes, dif du carré I7 se trouvant juste en dessous; et enfin les carrés I4 et I8 correspondant aux carrés I3 et I7 en pourcentage après division par le total du carré I1.
    _ Les carrés I1 à I4 et I7 I8 n'affichent que les codons impactés par la duplication, les autres codons affichent un point pour bien mettre en valeur la duplication.
Taux Crenarchaeota 38
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  • Lien au tableur: Cren
  • Légende: Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
  • Interprétations:
    _ Les codons gaa et ggg ont 2 génomes chacun avec duplication et 1 seul génome à introns chacun. Après recherche dans les décomptes des crenarchaeota, recherche des noms complets dans la liste des archées et vérification dans la base gtRNAdb, les 2 introns se trouvent dans 2 génomes à duplications différentes.
    Sulfolobus islandicus Y.G.57.14     1 2 2 CCC siy
    Caldivirga maquilingensis IC-167     0 2 1 CCC cma
    Sulfolobus islandicus Y.G.57.14     1 2 2 TTC sir
    Caldivirga maquilingensis IC-167    0 2 1 TTC cma
    _ Le codon ctg ayant 1 seul génome avec introns et à duplication différente doit se présenter comme les génomes siy et sir ci-dessus.
    _ Le codon aag par contre, ayant 1 seul génome avec introns et à duplication à l'identique pourait avoir 1 ou 2 introns. Après verification, chaque gène a un intron.
    Ignicoccus hospitalis KIN4/I     2 2 1 CTT iho
I1. Taux de duplication et introns   Crenarchaeota 38
I11. Cren38. Multiples tRNAs  15
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc 1 aac 1 agc .
ctc . ccc . cac . cgc 1
gtc . gcc . gac . ggc 1
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 1 aga 1
cta . cca . caa . cga .
gta . gca 1 gaa 2 gga 1
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg . aag 1 agg .
ctg 1 ccg . cag . cgg .
gtg . gcg 1 gag . ggg 2
I12. Cren38. Introns   4
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc 0 aac 0 agc .
ctc . ccc . cac . cgc 0
gtc . gcc . gac . ggc 0
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga 0
cta . cca . caa . cga .
gta . gca 0 gaa 1 gga 0
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg . aag 1 agg .
ctg 1 ccg . cag . cgg .
gtg . gcg 0 gag . ggg 1
I13. Cren38. Doublons   8
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc 0 aac 0 agc .
ctc . ccc . cac . cgc 0
gtc . gcc . gac . ggc 1
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga 1
cta . cca . caa . cga .
gta . gca 1 gaa 1 gga 1
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg . aag 1 agg .
ctg 0 ccg . cag . cgg .
gtg . gcg 1 gag . ggg 1
I14. Cren38. Doublons pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc 0 aac 0 agc .
ctc . ccc . cac . cgc 0
gtc . gcc . gac . ggc 100
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga 100
cta . cca . caa . cga .
gta . gca 100 gaa 50 gga 100
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg . aag 100 agg .
ctg 0 ccg . cag . cgg .
gtg . gcg 100 gag . ggg 50
I15. Cren38. tRNAs   1771
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 38 tcc 38 tac 39 tgc 38
atc 38 acc 39 aac 39 agc 38
ctc 38 ccc 38 cac 38 cgc 40
gtc 38 gcc 38 gac 40 ggc 40
tta 38 tca 38 taa 0 tga 1
ata 0 aca 38 aaa 39 aga 39
cta 38 cca 38 caa 38 cga 38
gta 38 gca 39 gaa 40 gga 40
ttg 38 tcg 38 tag 0 tgg 38
atg 115 acg 38 aag 40 agg 38
ctg 39 ccg 37 cag 38 cgg 38
gtg 38 gcg 39 gag 38 ggg 40
I16. Cren38. Introns génomes   802
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 10 tcc 11 tac 38 tgc 36
atc 25 acc 15 aac 26 agc 3
ctc 3 ccc 38 cac 11 cgc 12
gtc 13 gcc 3 gac 10 ggc 12
tta 19 tca 13 taa 0 tga 1
ata 0 aca 36 aaa 22 aga 23
cta 3 cca 15 caa 14 cga 6
gta 17 gca 16 gaa 25 gga 13
ttg 21 tcg 34 tag 0 tgg 29
atg 37 acg 37 aag 27 agg 27
ctg 9 ccg 19 cag 12 cgg 7
gtg 7 gcg 8 gag 30 ggg 9
I17. Cren38. tRNAs dif   7
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc 1 aac 1 agc .
ctc . ccc . cac . cgc 1
gtc . gcc . gac . ggc 0
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 1 aga 0
cta . cca . caa . cga .
gta . gca 0 gaa 1 gga 0
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg . aag 0 agg .
ctg 1 ccg . cag . cgg .
gtg . gcg 0 gag . ggg 1
I18. Cren38. tRNAs dif pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc 100 aac 100 agc .
ctc . ccc . cac . cgc 100
gtc . gcc . gac . ggc 0
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 100 aga 0
cta . cca . caa . cga .
gta . gca 0 gaa 50 gga 0
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg . aag 0 agg .
ctg 100 ccg . cag . cgg .
gtg . gcg 0 gag . ggg 50
Taux Euryarchaeota 142
modifier
I2. Taux de duplication et introns   Euryarchaeota 142
I21. Eury142. Multiples tRNAs  521
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 32 tcc 6 tac 6 tgc 46
atc 29 acc 6 aac 30 agc 4
ctc 33 ccc 1 cac 1 cgc 2
gtc 29 gcc 2 gac 32 ggc 36
tta 6 tca 2 taa . tga .
ata . aca 12 aaa 14 aga 2
cta 2 cca 1 caa 13 cga 2
gta 3 gca 53 gaa 44 gga 5
ttg 5 tcg 1 tag . tgg 1
atg 39 acg 3 aag 2 agg 1
ctg 5 ccg 2 cag 1 cgg 0
gtg 2 gcg 3 gag 2 ggg 0
I22. Eury142. Introns   65
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc 0 tac 1 tgc 1
atc 0 acc 0 aac 2 agc 0
ctc 0 ccc 1 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggc 3
tta 0 tca 0 taa . tga .
ata . aca 3 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 7 cga 0
gta 1 gca 0 gaa 1 gga 1
ttg 0 tcg 0 tag . tgg 1
atg 39 acg 0 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 1 cag 0 cgg 0
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 0
I23. Eury142. Doublons   330
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 27 tcc 3 tac 4 tgc 20
atc 10 acc 0 aac 23 agc 0
ctc 12 ccc 0 cac 0 cgc 1
gtc 25 gcc 2 gac 30 ggc 27
tta 1 tca 1 taa . tga .
ata . aca 1 aaa 10 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga 1
gta 2 gca 52 gaa 38 gga 2
ttg 0 tcg 0 tag . tgg 0
atg 32 acg 1 aag 2 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 3 gag 0 ggg 0
I24. Eury142. Doublons pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 84 tcc 50 tac 67 tgc 43
atc 34 acc . aac 77 agc .
ctc 36 ccc 0 cac 0 cgc 50
gtc 86 gcc 100 gac 94 ggc 75
tta 17 tca 50 taa . tga −
ata − aca 8 aaa 71 aga .
cta . cca 0 caa 0 cga 50
gta 67 gca 98 gaa 86 gga 40
ttg . tcg 0 tag . tgg 0
atg 82 acg 33 aag 100 agg 0
ctg . ccg . cag 0 cgg −
gtg . gcg 100 gag . ggg −
I25. Eury142. tRNAs   6 839
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 2
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 174 tcc 149 tac 148 tgc 258
atc 171 acc 147 aac 172 agc 146
ctc 173 ccc 130 cac 143 cgc 144
gtc 171 gcc 143 gac 175 ggc 200
tta 150 tca 143 taa 0 tga 17
ata 0 aca 157 aaa 155 aga 144
cta 144 cca 143 caa 154 cga 144
gta 145 gca 214 gaa 186 gga 146
ttg 122 tcg 111 tag 1 tgg 143
atg 466 acg 128 aag 122 agg 124
ctg 119 ccg 112 cag 124 cgg 100
gtg 129 gcg 117 gag 118 ggg 112
I26. Eury142. Introns génomes   507
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 2 tcc 5 tac 64 tgc 4
atc 3 acc 0 aac 11 agc 1
ctc 0 ccc 5 cac 1 cgc 5
gtc 0 gcc 2 gac 5 ggc 3
tta 2 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 4 aaa 3 aga 11
cta 0 cca 2 caa 17 cga 36
gta 1 gca 0 gaa 6 gga 4
ttg 3 tcg 2 tag 0 tgg 142
atg 133 acg 5 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 10 cag 1 cgg 4
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 2
I27. Eury142. tRNAs dif   228
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 5 tcc 4 tac 2 tgc 41
atc 19 acc 6 aac 7 agc 4
ctc 22 ccc 1 cac 1 cgc 1
gtc 4 gcc 0 gac 2 ggc 26
tta 5 tca 1 taa . tga .
ata . aca 12 aaa 4 aga 2
cta 2 cca 1 caa 13 cga 1
gta 1 gca 3 gaa 6 gga 3
ttg 5 tcg 1 tag . tgg 1
atg 7 acg 2 aag 0 agg 1
ctg 5 ccg 2 cag 1 cgg 0
gtg 2 gcg 0 gag 2 ggg 0
I28. Eury142. tRNAs dif pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 16 tcc 67 tac 33 tgc 89
atc 66 acc 100 aac 23 agc 100
ctc 67 ccc 100 cac 100 cgc 50
gtc 14 gcc . gac 6 ggc 72
tta 83 tca 50 taa . tga −
ata − aca 100 aaa 29 aga 100
cta 100 cca 100 caa 100 cga 50
gta 33 gca 6 gaa 14 gga 60
ttg 100 tcg 100 tag . tgg 100
atg 18 acg 67 aag . agg 100
ctg 100 ccg 100 cag 100 cgg −
gtg 100 gcg . gag 100 ggg −
Taux Euryarchaeota 36
modifier
I3. Taux de duplication et introns   Euryarchaeota 36
I31. Eury36. Multiples tRNAs  15
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc . tac . tgc .
atc 1 acc . aac 1 agc .
ctc 1 ccc . cac . cgc 1
gtc . gcc . gac . ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 1 aaa . aga .
cta . cca . caa 2 cga 1
gta . gca 1 gaa 1 gga .
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg 1 aag . agg 1
ctg . ccg . cag 1 cgg .
gtg 1 gcg . gag . ggg .
I32. Eury36. Introns   2
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 0 tcc . tac . tgc .
atc 0 acc . aac 0 agc .
ctc 0 ccc . cac . cgc 0
gtc . gcc . gac . ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 0 aaa . aga .
cta . cca . caa 0 cga 0
gta . gca 0 gaa 1 gga .
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg 0 aag . agg 1
ctg . ccg . cag 0 cgg .
gtg 0 gcg . gag . ggg .
I33. Eury36. Doublons   1
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 0 tcc . tac . tgc .
atc 0 acc . aac 0 agc .
ctc 0 ccc . cac . cgc 0
gtc . gcc . gac 0 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 0 aaa . aga .
cta . cca . caa 0 cga 0
gta . gca 1 gaa 0 gga .
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg 0 aag . agg 0
ctg . ccg . cag 0 cgg .
gtg 0 gcg . gag . ggg .
I34. Eury36. Doublons pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 0 tcc . tac . tgc .
atc 0 acc . aac 0 agc .
ctc 0 ccc . cac . cgc 0
gtc . gcc . gac . ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 0 aaa . aga .
cta . cca . caa 0 cga 0
gta . gca 100 gaa 0 gga .
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg 0 aag . agg 0
ctg . ccg . cag 0 cgg .
gtg 0 gcg . gag . ggg .
I35. Eury36. tRNAs   1 654
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 1 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 37 tcc 36 tac 36 tgc 36
atc 37 acc 36 aac 37 agc 36
ctc 36 ccc 35 cac 36 cgc 37
gtc 36 gcc 36 gac 36 ggc 36
tta 36 tca 36 taa 0 tga 1
ata 0 aca 37 aaa 35 aga 36
cta 36 cca 36 caa 38 cga 37
gta 36 gca 37 gaa 37 gga 36
ttg 34 tcg 35 tag 0 tgg 36
atg 108 acg 36 aag 35 agg 36
ctg 34 ccg 35 cag 35 cgg 35
gtg 36 gcg 35 gag 35 ggg 35
I36. Eury36. Introns génomes   128
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 1 tcc 0 tac 16 tgc 2
atc 3 acc 0 aac 3 agc 1
ctc 0 ccc 2 cac 1 cgc 2
gtc 0 gcc 0 gac 5 ggc 0
tta 2 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 1 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 2 caa 2 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 5 gga 0
ttg 3 tcg 2 tag 0 tgg 36
atg 28 acg 2 aag 0 agg 1
ctg 0 ccg 2 cag 1 cgg 3
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 2
I37. Eury36. tRNAs dif   14
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc . tac . tgc .
atc 1 acc . aac 1 agc .
ctc 1 ccc . cac . cgc 1
gtc . gcc . gac . ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 1 aaa . aga .
cta . cca . caa 2 cga 1
gta . gca 0 gaa 1 gga .
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg 1 aag . agg 1
ctg . ccg . cag 1 cgg .
gtg 1 gcg . gag . ggg .
I38. Eury36. tRNAs dif pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 100 tcc . tac . tgc .
atc 100 acc . aac 100 agc .
ctc 100 ccc . cac . cgc 100
gtc . gcc . gac . ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 100 aaa . aga .
cta . cca . caa 100 cga 100
gta . gca 0 gaa 100 gga .
ttg . tcg . tag . tgg .
atg . acg 100 aag . agg 100
ctg . ccg . cag 100 cgg .
gtg 100 gcg . gag . ggg .
Taux Methanococci 16
modifier
I4. Taux de duplication et introns   Methanococci 16
I41. Mcocci16. Multiples tRNAs  52
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc . aac . agc .
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc . gcc . gac 9 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 9 aga .
cta . cca . caa . cga 1
gta 1 gca 7 gaa 16 gga 1
ttg . tcg . tag . tgg .
atg 8 acg . aag . agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I42. Mcocci16. Introns   8
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc . aac . agc .
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc . gcc . gac 0 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga .
cta . cca . caa . cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg . tcg . tag . tgg .
atg 8 acg . aag . agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I43. Mcocci16. Doublons   48
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc . aac . agc .
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc . gcc . gac 9 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 9 aga .
cta . cca . caa . cga 1
gta 1 gca 7 gaa 14 gga 1
ttg . tcg . tag . tgg .
atg 6 acg . aag . agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I44. Mcocci16. Doublons pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc . aac . agc .
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc . gcc . gac 100 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 100 aga .
cta . cca . caa . cga 100
gta 100 gca 100 gaa 88 gga 100
ttg . tcg . tag . tgg .
atg 75 acg . aag . agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I45. Mcocci16. tRNAs   602
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 16 tcc 16 tac 16 tgc 16
atc 16 acc 16 aac 16 agc 16
ctc 16 ccc 15 cac 16 cgc 16
gtc 16 gcc 16 gac 25 ggc 16
tta 16 tca 16 taa 0 tga 16
ata 0 aca 16 aaa 25 aga 16
cta 16 cca 16 caa 16 cga 17
gta 17 gca 22 gaa 32 gga 17
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 16
atg 56 acg 1 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 7 gcg 0 gag 0 ggg 0
I46. Mcocci16. Introns génomes   32
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 0 tcc 0 tac 0 tgc 0
atc 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggc 0
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 0 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 16
atg 16 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
I47. Mcocci16. tRNAs dif   4
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc . aac . agc .
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc . gcc . gac 0 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga .
cta . cca . caa . cga 0
gta 0 gca 0 gaa 2 gga 0
ttg . tcg . tag . tgg .
atg 2 acg . aag . agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I48. Mcocci16. tRNAs dif pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc . tcc . tac . tgc .
atc . acc . aac . agc .
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc . gcc . gac 0 ggc .
tta . tca . taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga .
cta . cca . caa . cga 0
gta 0 gca 0 gaa 13 gga 0
ttg . tcg . tag . tgg .
atg 25 acg . aag . agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
Taux Methanobacteria 13
modifier
I5. Taux de duplication et introns   Methanobacteria 13
I51. Mbacteria13. Multiples tRNAs  61
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 2 tcc 4 tac 2 tgc 5
atc 2 acc . aac 3 agc 3
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc 1 gcc . gac 1 ggc .
tta 2 tca 2 taa . tga .
ata . aca . aaa 3 aga 1
cta 1 cca 1 caa 8 cga .
gta 1 gca 12 gaa 2 gga 2
ttg 1 tcg . tag . tgg 1
atg . acg . aag 1 agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I52. Mbacteria13. Introns   9
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 0 tcc 0 tac 1 tgc 0
atc 0 acc . aac 0 agc 0
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc 0 gcc . gac 0 ggc .
tta 0 tca 0 taa . tga .
ata . aca 0 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 7 cga .
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg . tag . tgg 1
atg . acg . aag 0 agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I53. Mbacteria13. Doublons   24
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc 3 tac 0 tgc 0
atc 1 acc . aac 1 agc 0
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc 0 gcc . gac 0 ggc .
tta 1 tca 1 taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga .
gta 1 gca 12 gaa 1 gga 1
ttg 0 tcg . tag . tgg 0
atg . acg . aag 1 agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I54. Mbacteria13. Doublons pourcent %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 50 tcc 75 tac 0 tgc 0
atc 50 acc . aac 33 agc 0
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc 0 gcc . gac 0 ggc .
tta 50 tca 50 taa . tga .
ata . aca . aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga .
gta 100 gca 100 gaa 50 gga 50
ttg 0 tcg . tag . tgg 0
atg . acg . aag 100 agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I55. Mbacteria13. tRNAs   562
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 15 tcc 18 tac 15 tgc 18
atc 15 acc 13 aac 16 agc 16
ctc 13 ccc 2 cac 13 cgc 13
gtc 14 gcc 12 gac 14 ggc 13
tta 15 tca 15 taa 0 tga 0
ata 0 aca 13 aaa 16 aga 14
cta 14 cca 14 caa 21 cga 13
gta 14 gca 28 gaa 15 gga 15
ttg 7 tcg 6 tag 0 tgg 14
atg 39 acg 12 aag 9 agg 13
ctg 4 ccg 0 cag 12 cgg 0
gtg 9 gcg 2 gag 4 ggg 3
I56. Mbacteria13. Introns génomes   36
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 0 tcc 0 tac 1 tgc 0
atc 0 acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 2 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggc 0
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 0 aaa 0 aga 0
cta 0 cca 0 caa 7 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 13
atg 13 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 0
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
I57. Mbacteria13. tRNAs dif   39
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc 2 tac 2 tgc 5
atc 1 acc . aac 2 agc 3
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc 1 gcc . gac 1 ggc .
tta 1 tca 1 taa . tga .
ata . aca . aaa 3 aga 1
cta 1 cca 1 caa 8 cga .
gta 0 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg . tag . tgg 1
atg . acg . aag 0 agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
I58. Mbacteria13. tRNAs dif pourcent %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 50 tcc 50 tac 100 tgc 100
atc 50 acc . aac 67 agc 100
ctc . ccc . cac . cgc .
gtc 100 gcc . gac 100 ggc .
tta 50 tca 50 taa . tga .
ata . aca . aaa 100 aga 100
cta 100 cca 100 caa 100 cga .
gta 0 gca 8 gaa 50 gga 50
ttg 100 tcg . tag . tgg 100
atg . acg . aag 0 agg .
ctg . ccg . cag . cgg .
gtg . gcg . gag . ggg .
Taux Halobacteria 30
modifier
I6. Taux de duplication et introns   Halobacteria 30
I61. Halo30. Multiples tRNAs  92
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 4 tcc 2 tac 4 tgc .
atc . acc 5 aac 2 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgc 1
gtc 3 gcc 2 gac 18 ggc 10
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 1 aaa 1 aga 1
cta . cca . caa 1 cga .
gta . gca 15 gaa 1 gga 1
ttg 3 tcg . tag . tgg .
atg 6 acg . aag . agg .
ctg . ccg 2 cag . cgg .
gtg . gcg 3 gag 2 ggg .
I62. Halo30. Introns   14
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 0 tcc 0 tac 0 tgc .
atc . acc 0 aac 2 agc 0
ctc 0 ccc 1 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 0 ggc 3
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 0 aaa 0 aga 0
cta . cca . caa 0 cga .
gta . gca 0 gaa 0 gga 1
ttg 0 tcg . tag . tgg .
atg 6 acg . aag . agg .
ctg . ccg 1 cag . cgg .
gtg . gcg 0 gag 0 ggg .
I63. Halo30. Doublons   58
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 3 tcc 0 tac 4 tgc .
atc . acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 1
gtc 3 gcc 2 gac 17 ggc 5
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 0 aaa 0 aga 0
cta . cca . caa 0 cga .
gta . gca 15 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg . tag . tgg .
atg 5 acg . aag . agg .
ctg . ccg 0 cag . cgg .
gtg . gcg 3 gag 0 ggg .
I64. Halo30. Doublons pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 75 tcc 0 tac 100 tgc .
atc . acc 0 aac 0 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 100
gtc 100 gcc 100 gac 94 ggc 50
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 0 aaa 0 aga 0
cta . cca . caa 0 cga .
gta . gca 100 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg . tag . tgg .
atg 83 acg . aag . agg .
ctg . ccg 0 cag . cgg .
gtg . gcg 100 gag 0 ggg .
I65. Halo30. tRNAs   1 465
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 34 tcc 32 tac 34 tgc 30
atc 30 acc 35 aac 32 agc 31
ctc 30 ccc 31 cac 31 cgc 31
gtc 33 gcc 32 gac 49 ggc 41
tta 30 tca 30 taa 0 tga 0
ata 0 aca 31 aaa 31 aga 31
cta 30 cca 30 caa 31 cga 30
gta 30 gca 54 gaa 31 gga 31
ttg 33 tcg 30 tag 0 tgg 30
atg 96 acg 30 aag 30 agg 29
ctg 30 ccg 30 cag 30 cgg 18
gtg 30 gcg 33 gag 32 ggg 28
I66. Halo30. Introns génomes   100
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 1
gtt 0 gct 0 gat 0 ggt 1
ttc 0 tcc 0 tac 0 tgc 0
atc 0 acc 0 aac 6 agc 0
ctc 0 ccc 1 cac 0 cgc 0
gtc 0 gcc 3 gac 0 ggc 3
tta 0 tca 0 taa 0 tga 0
ata 0 aca 0 aaa 0 aga 11
cta 0 cca 0 caa 8 cga 0
gta 0 gca 0 gaa 1 gga 1
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 30
atg 30 acg 0 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 2 cag 0 cgg 2
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0
I67. Halo30. tRNAs dif   36
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc 2 tac 0 tgc .
atc . acc 5 aac 2 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 1 ggc 6
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 1 aaa 1 aga 1
cta . cca . caa 1 cga .
gta . gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 3 tcg . tag . tgg .
atg 1 acg . aag . agg .
ctg . ccg 2 cag . cgg .
gtg . gcg 0 gag 2 ggg .
I68. Halo30. tRNAs dif pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 25 tcc 100 tac 0 tgc .
atc . acc 100 aac 100 agc 100
ctc 100 ccc 100 cac 100 cgc 0
gtc 0 gcc 0 gac 6 ggc 60
tta . tca . taa . tga .
ata . aca 100 aaa 100 aga 100
cta . cca . caa 100 cga .
gta . gca 7 gaa 100 gga 100
ttg 100 tcg . tag . tgg .
atg 17 acg . aag . agg .
ctg . ccg 100 cag . cgg .
gtg . gcg 0 gag 100 ggg .
Taux Methanomicrobia 47
modifier
I7. Taux de duplication et introns   Methanomicrobia 47
I71. Microbia47. Multiples tRNAs  301
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 25 tcc . tac . tgc 41
atc 26 acc 1 aac 24 agc .
ctc 31 ccc . cac . cgc .
gtc 25 gcc . gac 4 ggc 26
tta 4 tca . taa . tga .
ata . aca 10 aaa 1 aga .
cta 1 cca . caa 2 cga .
gta 1 gca 18 gaa 24 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag . tgg .
atg 25 acg 2 aag 1 agg .
ctg 5 ccg . cag . cgg .
gtg 1 gcg . gag . ggg .
I72. Microbia47. Introns   32
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 1 tcc . tac . tgc 1
atc 0 acc 0 aac 0 agc .
ctc 0 ccc . cac . cgc .
gtc 0 gcc . gac 0 ggc 0
tta 0 tca . taa . tga .
ata . aca 3 aaa 0 aga .
cta 0 cca . caa 0 cga .
gta 1 gca 0 gaa 0 gga 0
ttg 0 tcg 0 tag . tgg .
atg 25 acg 0 aag 0 agg .
ctg 0 ccg . cag . cgg .
gtg 1 gcg . gag . ggg .
I73. Microbia47. Doublons   199
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 23 tcc . tac . tgc 20
atc 9 acc 0 aac 22 agc .
ctc 12 ccc . cac . cgc .
gtc 22 gcc . gac 4 ggc 22
tta 0 tca . taa . tga .
ata . aca 1 aaa 1 aga .
cta 0 cca . caa 0 cga .
gta 0 gca 17 gaa 23 gga 0
ttg 0 tcg 0 tag . tgg .
atg 21 acg 1 aag 1 agg .
ctg 0 ccg . cag . cgg .
gtg 0 gcg . gag . ggg .
I74. Microbia47. Doublons pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 92 tcc . tac . tgc 49
atc 35 acc 0 aac 92 agc .
ctc 39 ccc . cac . cgc .
gtc 88 gcc . gac 100 ggc 85
tta 0 tca . taa . tga .
ata . aca 10 aaa 100 aga .
cta 0 cca . caa 0 cga .
gta 0 gca 94 gaa 96 gga 0
ttg 0 tcg 0 tag . tgg .
atg 84 acg 50 aag 100 agg .
ctg 0 ccg . cag . cgg .
gtg 0 gcg . gag . ggg .
I75. Microbia47. tRNAs   2 554
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 72 tcc 47 tac 47 tgc 158
atc 73 acc 47 aac 71 agc 47
ctc 78 ccc 47 cac 47 cgc 47
gtc 72 gcc 47 gac 51 ggc 94
tta 53 tca 46 taa 0 tga 0
ata 0 aca 60 aaa 48 aga 47
cta 48 cca 47 caa 48 cga 47
gta 48 gca 73 gaa 71 gga 47
ttg 48 tcg 40 tag 1 tgg 47
atg 167 acg 49 aag 48 agg 46
ctg 51 ccg 47 cag 47 cgg 47
gtg 47 gcg 47 gag 47 ggg 46
I76. Microbia47. Introns génomes   216
g1    t1         
ttt 0 tct 0 tat 0 tgt 0
att 0 act 0 aat 0 agt 0
ctt 0 cct 0 cat 0 cgt 0
gtt 1 gct 0 gat 0 ggt 0
ttc 1 tcc 5 tac 47 tgc 2
atc 0 acc 0 aac 2 agc 0
ctc 0 ccc 0 cac 0 cgc 3
gtc 0 gcc 2 gac 0 ggc 0
tta 0 tca 3 taa 0 tga 0
ata 0 aca 3 aaa 3 aga 0
cta 0 cca 0 caa 0 cga 36
gta 1 gca 0 gaa 0 gga 3
ttg 0 tcg 0 tag 0 tgg 47
atg 46 acg 3 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 6 cag 0 cgg 1
gtg 1 gcg 0 gag 0 ggg 0
I77. Microbia47. tRNAs dif   135
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 2 tcc . tac . tgc 36
atc 17 acc 1 aac 2 agc .
ctc 20 ccc . cac . cgc .
gtc 3 gcc . gac 0 ggc 20
tta 4 tca . taa . tga .
ata . aca 10 aaa 0 aga .
cta 1 cca . caa 2 cga .
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag . tgg .
atg 4 acg 1 aag 0 agg .
ctg 5 ccg . cag . cgg .
gtg 1 gcg . gag . ggg .
I78. Microbia47. tRNAs dif pourcent   %
g1    t1         
ttt . tct . tat . tgt .
att . act . aat . agt .
ctt . cct . cat . cgt .
gtt . gct . gat . ggt .
ttc 8 tcc . tac . tgc 88
atc 65 acc 100 aac 8 agc .
ctc 65 ccc . cac . cgc .
gtc 12 gcc . gac 0 ggc 77
tta 100 tca . taa . tga .
ata . aca 100 aaa 0 aga .
cta 100 cca . caa 100 cga .
gta 100 gca 6 gaa 4 gga 100
ttg 100 tcg 100 tag . tgg .
atg 16 acg 50 aag 0 agg .
ctg 100 ccg . cag . cgg .
gtg 100 gcg . gag . ggg .

Duplications chez les bactéries par les opérons d'ARNs

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3.5.19 Paris

  • Les opérons polycistroniques n'existent pas chez les eucaryotes et les duplications sont très rares chez les archées. Je compare ici les séquences de 2 génomes, bsu et lmo, pour 3 opérons d'ARNs très étendus de 21, 16 et 9 tRNAs. Les différences entre les tRNAs et entre les séquences intercalaires confirment mes hypothèses sur les processus de genèse et des duplications des gènes de tRNAs.

Les duplications par opérons contenant des rRNAs: bsu lmo

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Position des codons

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  • Lien au tableur: position des codons
  • J'ai listé les adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal.
  • Légende des couleurs: Les couleurs permettent de visualiser les réarrangements en intra et inter génomes.
    - Les codons de l'opéron 9aas bsu, Vert,   gta  . L'opéron a 2 groupes identiques de rRNAs.
    + L'opéron 9aas est identique dans bsu et lmo, pour le nombre et l'ordre des rRNAs et des aas.
    - Les codons de l'opéron 16aas bsu. Il a un seul groupe rRNA identique à ceux du 9aas et dans le même sens qu'eux. Les codons se répartissent en 5 groupes. 4 de ces groupes sont des blocs de 3 codons chacun que je nomme aa1 aa2 aa3 aa4 et sont plus ou moins conservés dans l'opéron 21aas bsu. Les groupes de codons se répartissent ainsi:
    1. Bloc aa1, ses 3 codons sont conservés, Cyan,   atgf gac ttc  . Ne contient pas de codon long.
    2. Bloc aa2, 2 de ses codons sont conservés le 3ème conserve la longueur avec 2 Ser différentes (tcc agc), Magenta,   aac tcc glu  .
    3. Bloc aa3, 1 seul codon conservé cac, Jaune,   tac tgg cac  . Contient un codon long, tac.
    4. Bloc aa4, aucun codon conservé et les 3 sont séparés par les codons verts ggc tta de 9aas, Blanc,   caa tgc ttg  . Contient un codon long, ttg.
    5. Le 5ème groupe est constitué de 4 codons de l'opéron 9aas et conservent leur ordre relatif de ce dernier opéron,   gta aca gcc tta  . Ils s'intercalent entre les codons des 4 blocs: gta et aca s'intercalent entre les 3 blocs aa1-aa2 et aa1-aa3, gcc et tta s'intercalent entre les 3 codons du bloc aa4.
    + L'opéron 16aas de lmo:
    1. + Il est inversé par rapport à celui de bsu (complément).
    2. + Sa partie ribosomale est remplacée par celle de l'opéron 4aas, 16-atc gca-23-5-aac acc, voir tous les opérons de lmo.
    3. + Ses blocs aax sont identiques et dans le même ordre que celui de 16aas bsu, mais inversé comme l'opéron lui-même.
    4. + Le 5ème groupe de bsu est réduit à 2 codons du 9aas et gardent leurs positions établies dans l'opéron 16aas bsu, gta entre aa1-aa2 et gcc dans aa4.
    - Les codons de l'opéron 21aas bsu. Cet opéron apparaît comme un réarrangement intra génome de 9aas et 16aas.
    1. L'opéron est inversé par rapport aux opérons d'origine.
    2. L'opéron 9aas perd son groupe rRNA distal.
    3. L'opéron 16aas perd son unique groupe rRNA
    4. Les codons intercalaires du 16aas, provenant du 9aas, disparaissent et sont remplacés au début par l'opéron 9aas entier.
    5. Les 4 blocs aax du 16aas sont plus ou moins modifiés et réarrangés:
      * Dans 16aas l'ordre est 2134 et dans 21aas il est 4132 à partir du groupe rRNA.
      * Le bloc aa3 perd son codon long, tac, pour un codon court.
      * Voir ci-dessus la description des blocs au paragraphe 16aas bsu.
    + L'opéron 21aas de lmo: il est identique à celui de bsu. Dans lmo c'est le groupe rRNA du 16aas,16-atc gca-23-5, qui disparaît comme celui de bsu, 16-23-5 dans 21aas bsu.
Positions des codons dans les opérons de bsu et lmo
I1. bsu Bacillus subtilus 168
21aas 16aas 9aas
comp direct direct
gaa 16s 16s
agc 23s 23s
aac 5s 5s
atc aac gta
gga tcc aca
cac gaa aaa
ttc gta cta
gac atgf ggc
atgf gac tta
tca ttc cgt
atgi aca cca
atg tac gca
gca tgg 16s
cca cac 23s
cgt caa 5s
tta ggc
ggc tgc
ctg tta
aaa ttg
aca
gta
5s
23s
16s
I2. lmo Listeria monocytogène
21aas 16aas 9aas
comp comp direct
gaa ttg 16s
agc tgc 23s
aac ggc 5s
atc caa gta
gga cac aca
cac tgg aaa
ttc tac cta
gac ttc ggc
atgf gac tta
tca atgf cgt
atgi gta cca
atg gaa gca
gca tcc 16s
cca aac 23s
cgt 5s 5s
tta 23s
ggc gca
cta atc
aaa 16s
aca
gta
5s
23s
16s

bsu lmo: Les séquences prélevées des bases de données

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  • Les tableaux qui suivent sont construits à partir des séquences prélevées sur le site NCBI sous format FASTA (70 bases). Les séquences des opérons sont réduites à l'opéron plus 2 séquences de sécurité, une avant et l'autre après. Pour colorer les gènes il faut utiliser l’adressage prélevé de GenBank des 2 génomes aidé par le fasta de gtRNAdb qui permet d'initialiser la recherche en prenant une partie du gène et permet de confirmer l’adressage NCBI. Les rRNAs sont recherchés en affichant à partir de GenBank leur gène sous forme Fasta.
    Liens: KEGG[3] puis Assembly/genome.   bsu, NCBI[4]   gtRNAdb[5]   génome[6].   lmo, NCBI[7]   gtRNAdb[8]   génome[9].
  • Pour retrouver une séquence "complement" dans le génome sous format fasta de GenBank,
    - Il faut copier la séquence fasta de gtRNAdb du tRNA dans une cellule de calc, appliquer la fonction STXT(Z;n;1), où Z est la cellule contenant la séquence (fixer avec $) et n la position d'une base (sans $) dans la séquence. Dupliquer la fonction jusqu'à épuisement.
    - Copier, coller (ctrl+v,format) les 2 colonnes obtenues (position et résultat) ailleurs et trier décroissant sur la colonne position.
    - Copier, coller (ctrl+v,format) la colonne des bases obtenue à gauche de la colonne de l'appariement obtenue avec la fonction calc SI(X=A;T;SI(X=T;A;SI(X=G;C;SI(X=C;G;)))) où X est la cellule à gauche (sans $) et A T G C sont les cellules contenant ces caractères (fixer avec $). Calc peut donner une erreur comme #NOM?, utiliser alors la formule SI(X="A";"T";SI(X="T";"A";SI(X="G";"C";SI(X="C";"G";)))) où X est la cellule à tester.
    - Copier, coller (ctrl+v,format, transposer) la colonne résultat ailleurs et couper coller dans un éditeur txt, changer (ctrl+H) \t en rien.
    - La séquence obtenue peut être utilisée alors pour la recherche dans le génome.
  • J'ai listé les adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal.
  • J'ai archivé les séquences Fasta NCBI en indiquant par *** le début et la fin de l'adressage: bsu 21aas   bsu 16aas   bsu 9aas     lmo 21aas   lmo 16aas   lmo 9aas.
  • J'ai archivé aussi les fasta de gtRNAdb: lmo gtRNAdb   bsu gtRNAdb

Les séquences intercalaires

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- Les séquences entre gènes de tRNAs, d'après les repérages du fasta NCBI, ne peuvent être déterminées qu'après avoir marqué les gènes. Les séquences intercalaires sont représentées ici en gras après le gène coloré et le nom de son codon. La coloration alternée sert uniquement de repérage. La séquence rouge représente le RNAr 5s.
- Les anti-codons: Ils ne sont pas repérés ici car ce sont les intercalaires qui sont l'objet de ce chapitre. On peut cependant les localiser dans les tableaux en tenant compte des séquences "direct" ou "complement" (voir l’adressage de NCBI). Quand l'adresse est sous forme de "complement" la lecture du tRNA se fait de droite à gauche et à la 33 position l'anti-codon se lit de gauche à droite et est égal au nom du codon. Quand l'adresse est sous forme de "direct" la lecture du tRNA se fait de gauche à droite et à la 33 position l'anti-codon se lit de gauche à droite et est égal au nom de l'anti-codon.
- Les décomptes des bases: En début de chaque génome sont indiqués les décomptes pour le total, gènes plus intercalaires en gras. Le %GC du génome entier est indiqué en 1er d'après NCBI. Les décomptes des intercalaires sont faits sur le lien tableur où les intercalaires sont extraites. Les décomptes du total sont faits sur les séquences du tableur. Les décomptes des gènes sont faits par différence, total moins intercalaires. Pour l'opéron 16aas du génome lmo ne sont tenus en compte que les 14 aas consécutifs.
Opérons à 21 aas
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  • Lien au tableur:Opérons à 21 aas
  • Liste des adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal. Les séquences Fasta NCBI: bsu 21aas  lmo 21aas. Les fasta de gtRNAdb: lmo gtRNAdb bsu gtRNAdb.
  • Notes: Les longueurs des intercalaires varient beaucoup entre bsu et lmo. Leurs taux de G+C est de 19% maximum nettement inférieurs à ceux des génomes bsu et lmo avec respectivement 44% et 38%, et encore plus à ceux des gènes des tRNAs avec un minimum de 58%.
  • Légende: voir la légende des intercalaires et la méthode pour marquer la séquence des codons.

bsu 43,6 %GC   21aas    1919pb    A 488 T 414 G 485 C 532    complément
AAACAAAAAAACCTTGCAGGATATGCAAGGCTTCTGGA
TGACCCGTACGGGATTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAACGGGCCgaa GATAATTATGATATCTGTAATCATA
TGGCGGAGAAGGAGGGATTTGAACCCTCGCGCCGCTTACACGACCTACACCCTTAGCAGGGGCGCCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCTCCagc ATT
TGGCTCCACAGGCAGGATTCGAACCTGCGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCACTGAGCTACTGTGGAaac ACAAAAGTCA
TGGTGGGCCTGAATGGACTCGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTACAGGCCCatc ATGACGATATAGAAA
TGGAGCGGGTGATGGGAATCGAACCCACGACATCAGCTTGGAAGGCTGAGGTTTTACCACTAAACTACACCCGCgga AATTTTTATT
TGGGGCGATTGATGGGAATCGAACCCACGAATGCCAGAGCCACAATCTGGTGCGTTAACCACTTCGCCACAACCGCcac CAAAGCATATTGATAAA
TGGTGGCTCGGGACGGAATCGAACCGCCGACACACGGATTTTCAGTCCGTTGCTCTACCAACTGAGCTACCGAGCCttc TAAGTATTTAAA
TGGCGGTCCGGACGGGACTCGAACCCGCGACCTCCTGCGTGACAGGCAGGCATTCTAACCAACTGAACTACCGGACCgac ATTTTAAAATT
TGGTTGCGGGGGCAGGATTTGAACCTGCGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCGAACTGCTCCACCCCGCGatg ATGATTAGGAATATGTA
TGGCGGAGGAAGAGGGATTCGAACCCCCGCGGGCTTTGACACCCCTGTCGGTTTTCAAGACCGATCCCTTCAGCCAGACTTGGGTATTCCTCCtca GTATAG
TGGTGGACCTTGTAGGACTCGAACCTACGACCGGACGGTTATGAGCCGTCTGCTCTAACCAACTGAGCTAAAGGTCCatg AT
TGGTAGCGGCGGAGGGGATCGAACCCCCGACCTCACGGGTATGAACCGTACGCTCTAGCCAGCTGAGCTACACCGCCatg AAATATTTTTGAAATCAAG
TGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCgca AAGAA
TGGTCGGGAAGACAGGATTCGAACCTGCGACCCCATGGTCCCAAACCATGTGCTCTACCAAGCTGAGCTACTTCCCGcca ATTTCATATAGATCA
TGGCGCGCCCGAGAGGAGTCGAACCCCTAACCTTTTGATCCGTAGTCAAACGCTCTATCCAATTGAGCTACGGGCGCcgt AAAACTTAA
TGCCGAGGGCCGGACTTGAACCGGCACGGTAGTCACCTACCGCAGGATTTTAAGTCCTGTGTGTCTGCCAATTCCACCACCCCGGCtta GTGGATGGTATAGT
TGGAGCGGAAGACGGGATTCGAACCCGCGACCCCCACCTTGGCAAGGTGGTGTTCTACCACTGAACTACTTCCGCggc AGAAA
TGGTGCGGATGAAGGGACTTGAACCCCCACGTCTGTAAAGACACTAGAGCCTGATTCTAGCGCGTCTGCCAATTCCGCCACATCCGCctg AACATGTAAA
TGGTGAGCCATGAAGGACTCGAACCTTCGACCCTCTGATTAAAAGTCAGATGCTCTACCAACTGAGCTAATGGCTCaaa TTCTTACAATAGACTTGAATATTATATCATATAAAAG
TGGTGCCGGCAAGAGGACTTGAACCCCCAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTACACCGGCaca ATATATGTAAAACCGATATGTATAATGAAAAA
TGGTGGAGGATGACGGGCTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATCCTCCgta ATACTTGCACTAACGTGCAA
TTGCTTGGCGGCGTCCTACTCTCACAGGGGGAAACCCCCGACTACCATCGGCGCTGAAGAGCTTAACTTCCGTGTTCGGTATGGGAACGGGTGTGACCTCTTCGCTATCGCCACCAAACAAAT

 

lmo 37,9 %GC   21aas    1971pb    A 556 T 419 G 461 C 535    complément
ACATTGTTTTTAGGA
TGACCCGTACGGGATTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAACGGGCCgaa ATATC
TGGCGGAGAAGGAGGGATTTGAACCCTCGCGCCGCGCGAGCGACCTACACCCTTAGCAGGGGCGCCTCTTCAGCCACTTGAGTACTTCCCCagc AGATATAAAAAGCTTATTCTCTTTTAAAGAATAA
CTCCACAGGCAGGACTCGAACCTGCGACCGATCGGTTAACAGCCGATTGCTCTACCAACTGAGCTACTGTGGAaac ATAAAA
TGGGCCTAAATGGACTCGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTATAGGCCCatc CAGTAAAACTATATTCATGGTAAAA
AGCGGGTGATGGGAATCGAACCCACGACAACAGCTTGGAAGGCTGTAGTTTTACCACTAAACTACACCCGCgga ATAATATAATTTTAAAAACAAAG
GGCGGATAATGGGAATCGAACCCACGAATGCCTGAACCACAATCAGGTGCGTTAACCACTTCGCCATATCCGCcac CATAAGGCAAAAATGTTTAAAAAAAGAA
TGGCTTGGGACAGAATCGAACTGCCGACACCTTGAGCTTCAATCAAGTGCTCTACCAACTGAGCTACCAAGCCttc ATAA
TGGCGGTCCCGACGGGATTTGAACCCGCGATCTCCTGCGTGACAGGCAGGCATGTTAACCCCTACACCACGGAACCgac ACTA
TTGCGGGGGCAGGATTTGAACCTACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGACTGCTCCACCCCGCGatg ACAATAATATTAAATTTTAGTCCACATATCACAAGTGAAAAA
CGGAGGAAGAGGGATTCGAACCCCCGCGCGGTATTACCCGCCTGTCGGTTTTCAAGACCGATCCCTTCAGCCAGACTTGGGTATTCCTCCtca ATGATAATAATAAAGTGACAAG
TGGACCTTGCAGGACTCGAACCTGCGACCGGACGGTTATGAGCCGTCTGCTCTAACCAACTGAGCTAAAGGTCCatg AAGATTGAAAA
TAGCGGCGGAGGGAGTCGAACCCACGACCTTTCGGGTATGAACCGAATGCTCTAGCCAGCTGAGCTACACCGCCatg ATAATAATAAGGCAACTATTTTCTACTTAAATGTGAAACAAG
TGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCgca TTAATAATAAGGGATTAAACTA
TCGGGAAGACAGGATTCGAACCTGCGACCCCTTGGTCCCAAACCAAGTGCTCTACCAAGCTGAGCTACTTCCCGcca TTTAATAAAG
TGCGCCCAAGAGGAGTCGAACCTCTAACCGCTTGATTCGTAGTCAAGTACTCTATCCAGTTGAGCTATGGGCGCcgt AAATATAAG
TGCCGAGGACCGGAATCGAACCGGTACGGATATCACTATCCGCAGGATTTTAAGTCCTGTGCGTCTGCCAGTTCCGCCACCCCGGCtta GTTGCTATAAAATA
TGGAGCGGAAGACGGGGTTCGAACCCGCGACCCCCACCTTGGCAAGGTGATGTTCTACCACTGAACTACTTCCGCggc ATATTCCATAATAAG
TGCGGGTGAAGGGACTTGAACCCCCACGCCTCGCGGCGCCAGATCCTAAATCTGGTGCGTCTGCCAATTCCGCCACACCCGCcta AAAAG
TGAGCCGTGCTGGGTTCGAACCAGCGACCCTCTGATTAAAAGTCAGATGCTCTACCAACTGAGCTAACGGCTCaaa TCTACAATAAAAAATATGTATTATTATAAAGTTAATATTAA
TGGTGCCGGCTGCAAGAGTCGAACTCGCGACCTACTGATTACAAATCAGTTGCTCTACCAACTGAGCTAAGCCGGCaca ATAAAAAA
TGGAGGTTAACGGGATCGAACCGCTGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAAACCTCCgta AGAAATACTGCCC
GGCAGCGACCTACTCTCGCAGGGGGAAGCCCCCAACTACCATTGGCGCAGAGAAGCTTAACTACCGTGTTCGGGATGGGAACGGGTGTGACCTTCTCGCCATAACTACCAGACAATATTGAAGTTGTTGAAAGATTGCTCTCTCAAAACTAGAGAAGAAAGTGTTCAGTTA

 
  • bsu 21aas, séquences entre aas
inter aas

A 129 T 92 G 35 C 18   Total 274   19 %GC

Total, aas + inter

A 488 T 414 G 485 C 532

tRNAs

A 359 T 322 G 450 C 514   Total 1645   59 %GC

 
  • lmo 21aas, séquences entre aas
inter aas

A 197 T 108 G 36 C 29   Total 370   18 %GC

Total, aas + inter

A 556 T 419 G 461 C 535

tRNAs

A 359 T 311 G 425 C 506   Total 1601   58 %GC

Opérons à 16 aas
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  • Lien au tableur:Opérons à 16 aas
  • Liste des adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal. Les séquences Fasta NCBI: bsu 16aas  lmo 16aas. Les fasta de gtRNAdb: lmo gtRNAdb bsu gtRNAdb.
  • Notes: Les longueurs des intercalaires varient beaucoup entre bsu et lmo. Leurs taux de G+C est de 19% maximum (15 aas seulement), nettement inférieurs à ceux des génomes bsu et lmo avec respectivement 44% et 38%, et encore plus à ceux des gènes des tRNAs avec un minimum de 58%. Dans bsu le dernier intercalaire fait de 265 pb avec un taux de 27% de G+C, alors que dans lmo il ressemble aux autres. Le taux de G+C des intercalaires de lmo descend à 14%.
  • Légende: voir la légende des intercalaires et la méthode pour marquer la séquence des codons. Ici, pour le génome lmo, les 2 derniers aas ne sont pas en continuité d'adressage. Aussi leurs intercalaires ne sont pas en gras et ne rentrent pas dans les calculs du %GC.

bsu 43,6 %GC   16aas    1713pb    A 398 T 471 G 438 C 406
TCCGCAGTAGCTCAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAATCCTACCTGCGGAGCCAaac TTATT
GGAGAGCTGTCCGAGTGGTCGAAGGAGCACGATTGGAAATCGTGTAGGCGGTCAACTCCGTCTCAAGGGTTCGAATCCCTTGCTCTCCGCCAtcc CTGATACTTATACATAATTACAATTGAAAGTCTG
GGCCCGTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAATCCCGTACGGGTCAgaa TTATATGAT
GGAGGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAGCCCGTCATCCTCCACCAgta TTATATCAT
CGCGGGGTGGAGCAGTTCGGTAGCTCGTCGGGCTCATAACCCGAAGGTCGCAGGTTCAAATCCTGCCCCCGCAACCAatg AATTTTAAAAT
GGTCCGGTAGTTCAGTTGGTTAGAATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGGACCGCCAgac TTTGAATACTTA
GGCTCGGTAGCTCAGTTGGTAGAGCAACGGACTGAAAATCCGTGTGTCGGCGGTTCGATTCCGTCCCGAGCCACCAttc CCTAT
GCCGGTGTAGCTCAATTGGTAGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTTGCCGGCAaca CTGTTTTTTCAAAATTTAATGT
GGAGGGGTAGCGAAGTGGCTAAACGCGGCGGACTGTAAATCCGCTCCCTCAGGGTTCGGCAGTTCGAATCTGCCCCCCTCCACCAtac TTTAT
AGGGGCATAGTTTAACGGTAGAACAGAGGTCTCCAAAACCTCCGGTGTGGGTTCGATTCCTACTGCCCCTGCCAtgg AATTTATGACATCTTGAGATTATG
GCGGTTGTGGCGAAGTGGTTAACGCACCAGATTGTGGCTCTGGCACTCGTGGGTTCGATTCCCATCAATCGCCCCAcac TATTATCAT
TGGGCTATAGCCAAGCGGTAAGGCAACGGACTTTGACTCCGTCATGCGTTGGTTCGAATCCAGCTAGCCCAGcaa TCTCACTTTTTATATCAACTGCATATAATGTATTAAGTCCATTAAAAAT
GCGGAAGTAGTTCAGTGGTAGAACACCACCTTGCCAAGGTGGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCTTCCGCTCCAggc ATTAC
GGCGGCATAGCCAAGTGGTAAGGCAGAGGTCTGCAAAACCTTTATCCCCGGTTCGAATCCGGGTGTCGCCTtgc TCTTATT
GCCGGGGTGGTGGAATTGGCAGACACACAGGACTTAAAATCCTGCGGTAGGTGACTACCGTGCCGGTTCAAGTCCGGCCCTCGGCACCAtta ATTTTACTTACATGGTAAGTTGAATTGGTGTTTGTGTTTTATCATTATAACTAATCATATTAATGATC
TACATAAGTAGATCATTTTTTTAATGCTTTGATTTATCATAACAAGTTAAGTTCCGA
 GGCCTATTATAAAGCGGCTGTATAGCTAGTCTTTCAACACTTTTATTTTATATTTCCATAAAAACTTTTTT
 GAAATACGTTGACACTTTATGAGATCCATGATATATTTATATTCGTCGGTTAGATACGACGTAAAACTT
GCCGGTGTGGCGGAATTGGCAGACGCGCACGACTCAAAATCGTGTTCCTTCTGGAGTGTCGGTTCGACCCCGACCACCGGTAttg

 

lmo 37,9 %GC   14aas    1335pb    A 372 T 296 G 310 C 357    complément
TACCGGCGGCCGGGGTCGAACCGGCACGCCCTTGCGGGCACAGGATTTTGAGTCCAGCGCGTCTGCCAATTCCGCCACGCCGGCttg GTAACAATATAATAAATTATAACTTTAAAACATTAATTATGCAAA
TGGAGGCGCCAACCGGATTTGAACCGGTGATAAAGGTTTTGCAGACCTCTGCCTTACCACTTGGCTATGGCGCCtgc GTACAATGTTCAATTTAAA
AGCGGAAGACGGGGTTCGAACCCGCGACCCCCACCTTGGCAAGGTGATGTTCTACCGCTGAACTACTTCCGCggc ATTAA
CTGGGCCAGCTGGATTCGAACCAACGCATGACGGAGTCAAAGTCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTATGGCCCAcaa ACAATTATATTAGAATTAAAAACAAAAAG
GGCGGATGATGGGAATCGAACCCACGAATGCCTGAACCACAATCAGGTGCGTTAACCACTTCGCCACATCCGCcac CATTATTTTAATATA
TGGCAGGGGCAGTAGGAATCGAACCCACACTGGAGGTTTTGGAGACCTCAGTTCTACCTTTAAACTATGCCCCTtgg ATAATAA
TGGTGGAGGGGAGTGGATTCGAACCACCGAACCCGAAGGAGCGGATTTACAGTCCGCCGCGTTTAGCCACTTCGCTACCCCTCCtac ATATTAAAAAAGAAAAAAAG
TGGCTTGGGACAGAATCGAACTGCCGACACCTTGAGCTTCAATCAAGTGCTCTACCAACTGAGCTACCAAGCCttc ATAA
TGGCGGTCCCGACGGGATTTGAACCCGCGATCTCCTGCGTGACAGGCAGGCATGTTAACCCCTACACCACGGAACCgac ACTCTA
TTGCGGGGGCAGGATTTGAACCTACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGACTGCTCCACCCCGCGatg ACAATATTATTATAAAATTAA
TGGTGGAGGTTAACGGGATCGAACCGCTGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAAACCTCCgta ATAATTACTATTCTACTCTAAAAACATAAAAATGTCTCTAGTAGATTAATAATAAA
TGACCCGTACGGGATTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAACGGGCCgaa TAAGAAAAAATATGATTCTTTATTACGTGTAAA
CGGAGAGCAAGGGATTCGAACCCTTGAGACAGCTTACACCGCCTACACGGTTTCCAACCGTGCTCCTTCGGCCACTCGGACAGCTCTCCtcc AGAAAA
TGGCTCCACAGGCAGGACTCGAACCTGCGACCGATCGGTTAACAGCCGATTGCTCTACCAACTGAGCTACTGTGGAaac ATAATAAATTGCCC
TGGTGGAGCCTAGCGGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGGCCCCgca ATAAAAGGATATGATTATTTGTATTTCTTGCGTCAGAAAGAAAAAG
TGGGCCTAAATGGACTCGAACCATCGACCTCACGCTTATCAGGCGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTATAGGCCatc

 
  • bsu 16aas, séquences entre aas
inter aas

A 152 T 208 G 52 C 59   Total 471   24 %GC 16aas
A 70 T 97 G 15 C 24   Total 206   19 %GC 15aas
A 82 T 111 G 37 C 35   Total 265   27 %GC dernier aa

Total, aas + inter

A 398 T 471 G 438 C 406

tRNAs

A 246 T 263 G 386 C 347   Total 1242   59 %GC 16aas

 
  • lmo 14aas, séquences entre aas
inter aas

A 143 T 86 G 16 C 21   Total 266   14 %GC

Total, aas + inter

A 372 T 296 G 310 C 357

tRNAs

A 229 T 210 G 294 C 336   Total 1069   59 %GC

Opérons à 9 aas
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  • Lien au tableur:Opérons à 9 aas
  • Liste des adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal. Les séquences Fasta NCBI: bsu 9aas  lmo 9aas. Les fasta de gtRNAdb: lmo gtRNAdb bsu gtRNAdb.
  • Notes: Les longueurs des intercalaires varient beaucoup entre bsu et lmo. Leurs taux de G+C, comme pour l'opéron 16aas, varient entre bsu 24% et lmo 11%, nettement inférieurs à ceux des génomes bsu et lmo avec respectivement 44% et 38%, et encore plus à ceux des gènes des tRNAs avec un minimum de 58%.
  • Légende: voir la légende des intercalaires et la méthode pour marquer la séquence des codons.

bsu 43,6 %GC   9aas    847pb    A 188 T 219 G 239 C 201
TTAGTGCAATTAT
GGAGGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAGCCCGTCATCCTCCACCAgta TTAT
GCCGGTGTAGCTCAATTGGTAGAGCAACTGACTTGTAATCAGTAGGTTGGGGGTTCAAGTCCTCTTGCCGGCACCAaca CTTTTATATGATATAATACTCAAGTCTCTTGTAGAA
GAGCCATTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGAAGGTTCGAGTCCTTCATGGCTCACCAaaa TTTTAC
GCGGGTGTGGCGGAATTGGCAGACGCGCTAGACTTAGGATCTAGTGTCTTTATGACGTGGGGGTTCAAGTCCCTTCACCCGCActa TTATATAGGATAACAGTTAGAAAAACTGGACATCCTGTCT
GCGGAAGTAGTTCAGTGGTAGAACACCACCTTGCCAAGGTGGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCTTCCGCTCCAggc ACTATACCATCCAC
GCCGGGGTGGTGGAATTGGCAGACACACAGGACTTAAAATCCTGCGGTAGGTGACTACCGTGCCGGTTCAAGTCCGGCCCTCGGCAtta TTATGTTTT
GCGCCCGTAGCTCAATTGGATAGAGCGTTTGACTACGGATCAAAAGGTTAGGGGTTCGACTCCTCTCGGGCGCGCCAcgt TATCTTTTAATAGAATAGATAGGAAAT
CGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACATGGTTTGGGACCATGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGACCAcca TTTTTTTAT
GGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAgca AAAGTTTTTAAAAAA

 

lmo 37,9 %GC   9aas    816pb    A 178 T 225 G 225 C 188
GGGCAGTATTTCT
GGAGGTTTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCAGCGGTTCGATCCCGTTAACCTCCAgta TTTTTTAT
GCCGGCTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAACTGATTTGTAATCAGTAGGTCGCGAGTTCGACTCTTGCAGCCGGCACCAaca TTAATATTAACTTTATAATAATACATATTTTTTATTGTAGA
GAGCCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCATCTGACTTTTAATCAGAGGGTCGCTGGTTCGAACCCAGCACGGCTCAaaa CTTTT
GCGGGTGTGGCGGAATTGGCAGACGCACCAGATTTAGGATCTGGCGCCGCGAGGCGTGGGGGTTCAAGTCCCTTCACCCGCActa CTTATTTTAAATAT
GCGGAAGTAGTTCAGTGGTAGAACATCACCTTGCCAAGGTGGGGGTCGCGGGTTCGAACCCCGTCTTCCGCTggc TGTTTACAAAAGTTCCAATAT
GCCGGGGTGGCGGAACTGGCAGACGCACAGGACTTAAAATCCTGCGGATAGTGATATCCGTACCGGTTCGATTCCGGTCCTCGGCAtta TTATTTTTATAT
GCGCCCATAGCTCAACTGGATAGAGTACTTGACTACGAATCAAGCGGTTAGAGGTTCGACTCCTCTTGGGCGCAcgt CTTTATTAAA
CGGGAAGTAGCTCAGCTTGGTAGAGCACTTGGTTTGGGACCAAGGGGTCGCAGGTTCGAATCCTGTCTTCCCGAcca TTGTTTTGAATTTTATTAT
GGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCACCAgca AATTATTTCTAAAAA

 
  • bsu 9aas, séquences entre aas
inter aas

A 48 T 62 G 16 C 19   Total 145   24 %GC

Total, aas + inter

A 188 T 219 G 239 C 201

tRNAs

A 140 T 157 G 223 C 182   Total 702   58 %GC

 
  • lmo 9aas, séquences entre aas
inter aas

A 41 T 75 G 6 C 8   Total 130   11 %GC

Total, aas + inter

A 178 T 225 G 225 C 188

tRNAs

A 137 T 150 G 219 C 180   Total 686   58 %GC

bsu opérons 7 6 5 aas
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  • Lien au tableur:bsu opérons 7 6 5 aas
  • Liste des adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal. Les séquences Fasta NCBI: Opérons à 7 6 5 aas. Les fasta de gtRNAdb: bsu gtRNAdb.
  • Notes: Les 2 opérons sans rRNAs, 7aas et 5aas, se comportent comme l'opéron 16aas avec un long intercalaire de 80 pb et un taux de G+C de 35% toujours nettement inférieur à celui du génome de 44%. Les taux des autres intercalaires cumulés est de 20%. L'opéron 6aas avec rRNA se comporte comme les 3 autres opérons à rRNAs de bsu, avec 23% de G+C et pas d'intercalaire long.
  • Légende: voir la légende des intercalaires et la méthode pour marquer la séquence des codons.
intercalaires %GC
7 5 aas	A	T	G	C	total	%GC 
	56	87	19	32	194	26
	29	23	10	18	80	35
	27	64	9	14	114	20
6aas r	42	54	18	11	125	23

Les duplications des tRNAs

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Comparaison intra génome
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  • Lien au tableur: Comparaison intra génome,   archivage.
  • Liste des adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal. Les fasta de gtRNAdb: lmo gtRNAdb bsu gtRNAdb.
  • Notes:
    - Il y a très peu de mutations sans compter la comparaison cta/ctg: sur 43 comparaisons (22 pour bsu et 21 pour lmo) il y a une comparaison avec 4 substitutions et 3 avec 1 ou 2 substitutions. Soit un taux de substitution maximum de 0.3% pour 8 substitutions sur un total de 43 X 75 paires de bases comparées.
    - CCA diff, les différences par la terminaison CCA sont plus nombreuses, 13 différences pour 44 comparaisons et sont rarement associées à des substitutions (cas de ggc), soit 30% des comparaisons contre 5 différences par des substitutions, soit 11%.
    - ctg (opéron 21aas) de bsu pose un réel problème, c'est soit un remaniement drastique (1 insertion et 6 substitutions) ou carrément un remplacement du tRNA cta par le tRNA ctg.
    - Sur 22 comparaisons bsu, seulement 1 aac et 1 cac portent des substitution, respectivement 4 et 1.
    - Sur 21 comparaisons lmo, seulement 1 ggc (opéron 16aas) et 1 cac portent des substitution, respectivement 1 et 2 ( soit un total de 4 pour les comparaisons, gcc étant comparé 2 fois).
    - cac est modifié dans les 2 génomes.
    - agc/tcc, ayant la même longueur j’ai voulu voir s'ils se ressemblaient beaucoup: bsu, CCA + +, substitutions 33, insertion 1; lmo, CCA - +, substitutions 34, insertion 1.
  • Légende: CCA, CCA diff, beaucoup de tRNAs diffèrent ici par cette terminaison qui est facultative. Substitut, pour substitution et insert, pour insertion, d'une base.
bsu lmo. Comparaisons intra génome
I1. bsu Bacillus subtilus 168
opéron codon CCA CCA diff subtitut insert
9aas aca - 1
16aas + 1
21aas +
9aas tta - 1
16aas + 1
21aas -
9aas cta - 1
21aas + 6 1
9aas gca ++ 1
21aas +
16aas aac + 0
21aas + 4
16aas cac + 0
21aas + 1
tRNAs identiques
3 gta ++ 0
2 aaa + 0
3 ggc + 0
2 cgt + 0
2 cca + 0
2 gaa - 0
2 atgf + 0
2 gac + 0
2 ttc ++ 0
 
Comparaisons
Total 23 6 11 1
I2. lmo Listeria monocytogène
opéron codon CCA CCA diff subtitut insert
9aas gta + 1
16aas ++ 1
21aas +
9aas gca + 1
16aas ++ 1
21aas +
9aas ggc - 1
16aas - 1 1
21aas +
 
16aas aac + 1
21aas -
16aas cac - 0
21aas - 2
tRNAs identiques
2 aca + 0
2 aaa - 0
2 cta - 0
2 tta - 0
2 cgt - 0
2 cca - 0
2 gaa - 0
2 atgf + 0
2 gac + 0
2 ttc + 0
Comparaisons
Total 21 7 3 0
Comparaison entre génomes
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Comparaison entre opérons
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  • Lien au tableur: Comparaison entre opérons
  • Liens aux archives: 21aas,  16aas,  9aas.
  • Liste des adresses à partir de Genbank: adressage bsu lmo eco eal. Les fasta de gtRNAdb: lmo gtRNAdb bsu gtRNAdb.
  • Notes:
  • Légende: Le nombre de modifications sont tirées des archives ci-dessus où je compare (fonction exact(x;y) de calc) base à base les 2 séquences issues de la base gtRNAdb.
    - avant, après, bsu, lmo, CCA, modifs, respectivement nombre de modifications avant le codon, après, nombre de triplets CCA de bsu, de lmo à la fin de chaque séquence, total CCA et total des modifications sans CCA.
    - 1i,10s en gras présence d'insertions (i) et le reste ce sont des substitutions (s). Quand les nombres ne sont pas en gras ce sont des substitutions.
    - Encadrés bleus: codons ayant des modifications en comparaison intra génome.
bsu lmo. Comparaison entre opérons
I1. Comparaison entre opérons
bsu x lmo , opérons 21aas
21aas avant après bsu lmo CCA modifs
gaa 0 0 0 0 0 0
agc 1 5 1 1 0 6
aac 1i,1s 1 1 0 1 3
atc 1 1 2 1 1 2
gga 2 1 1 0 1 3
cac 3 5 1 0 1 8
ttc 5 8 2 1 1 13
gac 1i,10s 4 1 1 0 15
atgf 2 1 2 1 1 3
tca 0 6 1 0 1 6
atgi 0 2 2 1 1 2
atg 2 5 1 0 1 7
gca 0 0 1 1 0 0
cca 1 1 1 0 1 2
cgt 5 6 1 0 1 11
tta 3 10 0 0 0 13
ggc 1 1 1 1 0 2
ctg/cta 5 2i,9s 1 0 1 16
aaa 1 7 1 0 1 8
aca 4 9 1 1 0 13
gta 1 4 2 1 1 5
total 50 88 24 10 14 138
9 21 49 9 4 5 70
12 29 39 15 6 9 68
Modifs 0 2-3 5-8 11-16 total
fréquence 4 13 14 13 44
CCA 0 10 10 5 25
I2. Comparaison entre opérons
bsu x lmo , opérons 16aas
16aas avant après bsu lmo CCA modifs
aac 1i,2s 4 1 1 0 7
tcc 3 5 1 0 1 8
gaa 0 0 0 0 0 0
gta 1 4 2 2 0 5
atgf 2 1 2 1 1 3
gac 1i,10s 4 1 1 0 15
ttc 5 8 2 1 1 13
tac 0 2i,6s 2 2 0 8
tgg 2 1 1 1 0 3
cac 2 5 1 0 1 7
caa 1 1 0 0 0 2
ggc 2 1 1 0 1 3
tgc 1 4 0 1 1 5
ttg 3 2i,10s 0 0 0 15
total 36 58 14 10 6 94
bsu x lmo , opérons 9aas
9aas avant après bsu lmo CCA modifs
gta 1 4 2 1 1 5
aca 4 9 1 1 0 13
aaa 1 7 1 0 1 8
cta 3 1i,7s 0 0 0 11
ggc 1 1 1 0 1 2
tta 3 10 0 0 0 13
cgt 5 6 1 0 1 11
cca 1 1 1 0 1 2
gca 0 0 0 0 0 0
total 19 46 7 2 5 65
Spectre des comparaisons entre opérons
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I1. Spectre des modifications entre opérons
Opérons 21aas Opérons 16aas opérons 9aas fréquence occurrence
gaa gca gaa gca 4 0
atc atgi cca ggc caa ggc cca 7 2
aac gga atgf tgg ggc atgf 6 3
gta tgc gta gta 4 5
agc tca 2 6
atg aac cac 3 7
cac aaa tcc tac aaa 5 8
cgt cta cgt 3 11
ttc tta aca ttc tta aca 6 13
gac ttg gac 3 15
ctg/cta 1 16
Duplications avec le triplet CCA chez les bactéries
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  • Lien au tableur: Duplications avec le triplet CCA chez les bactéries
  • Note: Nous venons de voir au chapitre précédent que 2 tRNAs peuvent différer par le triplet final CCA seul, qui est de toute façon ajouté après transcription quand il est absent. Il aurait ainsi un rôle uniquement au niveau de l'ADN, comme pour contrer les modifications dans le reste du gène. Dans l'étude des duplications chez les bactéries il serait intéressant de revoir les effectifs des doublons en intégrant ces gènes qui ne diffèrent que par le triplet CCA final. D'ailleurs les bactéries se distinguent des 2 autres domaines par leur propension à produire les doublons: Tableau VI2 des 79 eucaryotes, tableau III2 des 42 champignons et tableau III2 des bactéries. Les archées, quand à eux, ont très peu de duplications.
    - ajouter la colonne de tri aa, Arg par exemple. Le tri est fait en clé 1, Arg et clé 2, ACG.
  • Légende:
bsu lmo. Indices doublons/différents avec ou sans CCA
I1. bsu Bacillus subtilus 168
Exact bsu gtRNAdb tri modifs
VRAI Arg-ACG-1-1 ACG
VRAI Arg-ACG-1-2 ACG
VRAI Arg-ACG-1-3 ACG
FAUX Arg-ACG-1-4 ACG
FAUX Leu-CAA-1-1 CAA
FAUX Leu-CAG-1-1 CAG
VRAI fMet-CAT-1-1 CAT
VRAI fMet-CAT-1-2 CAT
FAUX fMet-CAT-1-3 CAT
FAUX Ile2-CAT-1-1 CAT
VRAI Met-CAT-1-1 CAT
FAUX Met-CAT-1-2 CAT
FAUX Trp-CCA-1-1 CCA
FAUX Arg-CCG-1-1 CCG
FAUX Arg-CCT-1-1 CCT
FAUX Phe-GAA-2-1 GAA -
VRAI Phe-GAA-1-1 GAA +
FAUX Phe-GAA-1-2 GAA
FAUX Val-GAC-1-1 GAC
FAUX Leu-GAG-1-1 GAG
FAUX Ile-GAT-1-1 GAT 2
VRAI Ile-GAT-2-1 GAT
FAUX Ile-GAT-2-2 GAT
FAUX Cys-GCA-1-1 GCA
VRAI Gly-GCC-1-1 GCC
VRAI Gly-GCC-1-2 GCC
VRAI Gly-GCC-1-3 GCC
FAUX Gly-GCC-1-4 GCC
FAUX Ser-GCT-1-1 GCT 1
FAUX Ser-GCT-2-1 GCT
FAUX Ser-GGA-1-1 GGA
FAUX Ala-GGC-1-1 GGC
FAUX Thr-GGT-1-1 GGT
VRAI Tyr-GTA-1-1 GTA
FAUX Tyr-GTA-1-2 GTA
VRAI Asp-GTC-1-1 GTC
VRAI Asp-GTC-1-2 GTC
VRAI Asp-GTC-1-3 GTC
FAUX Asp-GTC-1-4 GTC
FAUX His-GTG-2-1 GTG 1
FAUX His-GTG-1-1 GTG
VRAI Asn-GTT-2-1 GTT
FAUX Asn-GTT-2-2 GTT
VRAI Asn-GTT-1-1 GTT 4
FAUX Asn-GTT-1-2 GTT
VRAI Leu-TAA-2-1 TAA
FAUX Leu-TAA-2-2 TAA +
FAUX Leu-TAA-1-1 TAA -
VRAI Val-TAC-1-1 TAC
VRAI Val-TAC-1-2 TAC
VRAI Val-TAC-1-3 TAC
FAUX Val-TAC-1-4 TAC
FAUX Leu-TAG-1-1 TAG 1i2s
FAUX Leu-TAG-2-1 TAG
VRAI Gly-TCC-2-1 TCC
FAUX Gly-TCC-2-2 TCC
FAUX Gly-TCC-1-1 TCC 2
FAUX Arg-TCT-1-1 TCT
FAUX Ser-TGA-2-1 TGA
FAUX Ser-TGA-1-1 TGA 1
FAUX Ala-TGC-2-1 TGC -
VRAI Ala-TGC-1-1 TGC +
VRAI Ala-TGC-1-2 TGC
VRAI Ala-TGC-1-3 TGC
FAUX Ala-TGC-1-4 TGC
VRAI Pro-TGG-1-1 TGG
VRAI Pro-TGG-1-2 TGG
FAUX Pro-TGG-1-3 TGG
VRAI Thr-TGT-2-1 TGT
FAUX Thr-TGT-2-2 TGT -
VRAI Thr-TGT-1-1 TGT +
FAUX Thr-TGT-1-2 TGT
VRAI Glu-TTC-2-1 TTC
VRAI Glu-TTC-2-2 TTC
VRAI Glu-TTC-2-3 TTC
VRAI Glu-TTC-2-4 TTC
FAUX Glu-TTC-2-5 TTC -
FAUX Glu-TTC-1-1 TTC +
VRAI Gln-TTG-2-1 TTG
FAUX Gln-TTG-2-2 TTG -
FAUX Gln-TTG-1-1 TTG +
FAUX Gln-TTG-3-1 TTG 1d3s
VRAI Lys-TTT-1-1 TTT
VRAI Lys-TTT-1-2 TTT
VRAI Lys-TTT-1-3 TTT
FAUX Lys-TTT-1-4 TTT
I2. lmo Listeria monocytogène
Exact lmo gtRNAdb tri modifs
VRAI Arg-ACG-1-1 ACG
FAUX Arg-ACG-1-2 ACG
FAUX Leu-CAA-1-1 CAA
VRAI fMet-CAT-1-1 CAT
FAUX fMet-CAT-1-2 CAT
FAUX Ile2-CAT-1-1 CAT
FAUX Met-CAT-1-1 CAT
FAUX Trp-CCA-1-1 CCA
FAUX Arg-CCG-1-1 CCG
FAUX Arg-CCT-1-1 CCT
FAUX Ser-CGA-1-1 CGA
FAUX Thr-CGT-1-1 CGT
FAUX Lys-CTT-1-1 CTT
VRAI Phe-GAA-1-1 GAA
FAUX Phe-GAA-1-2 GAA
FAUX Val-GAC-1-1 GAC
FAUX Leu-GAG-1-1 GAG
VRAI Ile-GAT-1-1 GAT
VRAI Ile-GAT-1-2 GAT
FAUX Ile-GAT-1-3 GAT
FAUX Cys-GCA-1-1 GCA
FAUX Gly-GCC-3-1 GCC 1
FAUX Gly-GCC-2-1 GCC -
FAUX Gly-GCC-1-1 GCC +
FAUX Ser-GCT-1-1 GCT
FAUX Ser-GCT-2-1 GCT 2
FAUX Ser-GGA-1-1 GGA
FAUX Thr-GGT-1-1 GGT
VRAI Tyr-GTA-1-1 GTA
FAUX Tyr-GTA-1-2 GTA
FAUX Asp-GTC-2-1 GTC -
VRAI Asp-GTC-1-1 GTC +
FAUX Asp-GTC-1-2 GTC
FAUX His-GTG-2-1 GTG
FAUX His-GTG-1-1 GTG 2
VRAI Asn-GTT-2-1 GTT
FAUX Asn-GTT-2-2 GTT -
VRAI Asn-GTT-1-1 GTT +
FAUX Asn-GTT-1-2 GTT
VRAI Leu-TAA-1-1 TAA
FAUX Leu-TAA-1-2 TAA
VRAI Val-TAC-2-1 TAC
FAUX Val-TAC-2-2 TAC -
FAUX Val-TAC-1-1 TAC +
VRAI Leu-TAG-1-1 TAG
FAUX Leu-TAG-1-2 TAG
VRAI Gly-TCC-1-1 TCC
FAUX Gly-TCC-1-2 TCC
FAUX Arg-TCT-1-1 TCT
FAUX Ser-TGA-1-1 TGA
FAUX Ala-TGC-2-1 TGC -
VRAI Ala-TGC-1-1 TGC +
VRAI Ala-TGC-1-2 TGC
FAUX Ala-TGC-1-3 TGC
VRAI Pro-TGG-1-1 TGG
FAUX Pro-TGG-1-2 TGG
VRAI Thr-TGT-1-1 TGT
FAUX Thr-TGT-1-2 TGT
VRAI Glu-TTC-1-1 TTC
VRAI Glu-TTC-1-2 TTC
VRAI Glu-TTC-1-3 TTC
FAUX Glu-TTC-1-4 TTC
FAUX Gln-TTG-2-1 TTG
FAUX Gln-TTG-1-1 TTG 5
VRAI Lys-TTT-1-1 TTT
VRAI Lys-TTT-1-2 TTT
FAUX Lys-TTT-1-3 TTT
 
 
Synthèse bsu
total 86
diff 49
dble 37
dif 14
CCA 6
avec 37/14 2,6
sans 43/8 5,4
 
Synthèse lmo
total 67
diff 45
dble 22
dif 9
CCA 5
avec 22/9 2,4
sans 27/4 6,8

Les duplications par opérons sans rRNAs: eco eal

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  • Introduction: bsu et lmo ont un faible taux de GC respectivement 44 et 38 %GC. Pour essayer de retrouver les résultats avec ces 2 bactéries j’ai commencé à décompter les tRNAs chez E.Coli dont le %GC est de 51%. Très vite je me suis rendu compte que E.coli avait très peu d'aas dans leurs opérons à rRNA et que les intercalaires avaient un %GC très élevé par rapport à ceux de bsu et lmo. Aussi dans ce chapitre je vais présenté l'évolution, du point de vue mutations, entre E.Coli et une bactérie proche, E.Albertii, en espérant qu'elles aient les mêmes spectres de tRNAs comme entre bsu et lmo. Ceci me permettra, alors, de comparer entre ces 2 architectures l'une avec des duplications à dominante rRNA et l'autre avec des duplications sans rRNAs.

eco eal: Les séquences prélevées des bases de données

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  • Le pourcentage de GC, %GC, de eal est de 49,6 et celui de eco est de 50,6.
    Liens: KEGG[10] puis Assembly/genome.   eco,   NCBI[11]   gtRNAdb[12]   génome[13].   eal,   NCBI[14]   gtRNAdb[15]   génome[16].

Opérons à 7 aas

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aas	1 substitution dans caa, les 6 autres sont identiques 2 à 2.
entres	atg	cta	caa	caa	atg	cag	cag
modifs	2i	0	0	0	1i5s	faux	-
long	9	23	34	15	48	37	-
Pourcentage de GC des intercalaires / tRNAs :							
base		a	t	g	c	%GC	total
aas		230	237	305	306	57	1078
intercalaires	95	104	57	69	39	325
  • Commentaires:
    - Un seul aa long, cta de 85 pb, non dupliqué. Les 6 autres font 3 paires identiques. Une seule paire est obligatoire, atg, sur 3 paires et 7 aas.
    - 3 intercalaires sur 6 ont de fortes modifications. Les intercalaires sans modification sont courts, moins de 34 pb. Entre atg-cta l’intercalaire est très court avec 1C8T avec 2 insertions T. C'est comme le 1er intercalaire de l'opéron 5aas avec 4T et sans modification et 4aas2 avec 8T et une insertion. Le 1er intercalaire de 4aas1 fait 58 de long.
    - Les modifications les plus prononcées se trouvent à la fin et le dernier intercalaire est très modifié par rapport à celui qui le précède. Ceci va dans le sens de l'hypothèse de la direction des réparations, voir les commentaires de l'opéron 5aas.

Opérons à 5 aas

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  • Lien au tableur: Opérons à 5 aas   archivage 5aas   adressage bsu lmo eco eal   eal 5aas   eco 5aas   eco gtRNAdb   eal gtRNAdb
  • L'idée d'étudier 2 opérons apparemment différents en nombre d'aas (eco_5aas avec agc 4cgt, et eal_5aas avec agc 3cgt, voir le spectre en codons des 4 génomes étudiés), vient de la constatation que le 18ème aa de l'opéron 21aas est modifié entre bsu et lmo, voir la position des codons. Je présumais alors qu'un codon cgt a été modifié et ne représente plus un tRNA pour le scanner de la base NCBI.
  • Quand j'ai commencé à chercher les séquences des aas dans NCBI, eal 5aas et eco 5aas, avec l'aide des séquences fasta de eco gtRNAdb et eal gtRNAdb, le nombre de séquences se terminant par CCA ou commençant par TGG est plus élevé que le nombre d'aas de l'opéron. En plus, 2 de ces séquences se trouvent entre les aas de l'opéron et une à l'extérieur.
  • La coloration alternée des aas pour distinguer les répétitions m'a suggéré alors qu'il y avait une répétition régulière de codons se terminant par CCA ou commençant par TGG dont ceux absents du scanner. Pour obtenir cette régularité il fallait attribuer 77 pb pour les codons hors scanner, ce qui donne
    - Pour eal   agc 4 cgt 61 tcg 61 cgt 61 tcg 61 cgt 61 tcg
    - Pour eco   agc 4 cgt 61 tcg 61 cgt 61 cgt 61 tcg 61 cgt 61 tcg
    - Dans cette configuration les intercalaires forment avec les codons adjacents des répétitions de grandes longueurs. Pour eal et eco on a 2 blocs 61+tcg+61 de 198 pb; Pour eco seulement on a 2 blocs cgt+61+tcg+61+cgt de 352 pb qui sont séparés par un intercalaire de 61 pb; Chez eal manque cet intercalaire et un cgt ce qui fait que les 2 blocs de 352 pb se chevauchent.
  • tcg est le codon trouvé à la position 35 à partir du début des séquences absentes au scaner. C'est une sérine et 77 donc ne correspond à sa longueur habituelle de 90 pb environ. En prenant une longueur de 78 pb, et non 76, le gène commence par GC, comme pour les gènes cgt scannés. Le codon trouvé à la position 35 est alors cgg, c'est de l'arginine avec une longueur de 78 au lieu de 77 dans gtRNAdb. Cependant la position 34 est une base C et non une base T comme pour les cgt scannés ou les 2 cgg de eal et eco (voir fasta de gtRNAdb ci-dessus). En position 41 on devrait trouver une base C ou G. Je trouve C pour les cgt scannés et G pour le agc scanné comme pour les cgg non scannés et ceux de gtRNAdb. Est-ce que les cgg non scannés ont eu leur position 34 mutée en C?

GCATCCGTAGCTCAGCTGGATAGAGTACTCGGCTACGAACCGAGCGGTCGGAGGTTCGAATCCTCCCGGATGCACCA cgt scanné
GGTGAGGTGGCCGAGAGGCTGAAGGCGCTCCCCTGCTAAGGGAGTATGCGGTCAAAAGCTGCATCCGGGGTTCGAATCCCCGCCTCACCGCCA agc scanné
TATTCTCCGTAATCTTCAGCGATGAAGATTACGGAAGAGGTGGC avant de agc1 de eal non scanné
GGTAACAACCGCCTGCACCAGGAAGGATAACGTTGCTTCAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGCCGCAAGGCGAGTAATCCTCCCGGATGCACCA agc1 de eal non scanné. En gras et encadrés l'anti-codon de tcg1 et son début (+34); en gras l'anti-codon de agc1 et son début (+34).

  • agc non scanné: j'ai voulu cherché un codon, dans ces gènes non scannés, dont la position 34 soit un T, la position 41 C ou G et dont le début commence par G ou C. Ceci placerait ailleurs la modification qui empêcherait le scanner de détecter le gène en tant que tRNA. Le seul codon répondant à ces 3 critères est agc, c'est une sérine et a une longueur adéquate de 92 pb. Cela ressemble étrangement au agc scanné. Ils débutent tous les 2 par GG. Y a-t-il une relation entre eux? Serait-ce une caractéristique de cet opéron avec 4 cgt et 4 agc? Cependant la comparaison avec la fonction exact(), entre l'agc scanné et non scanné, donne 30 vrai sur 92 ce qui est largement différent des répétitions exactes des codons scannés.
  • Néanmoins j'ai gardé agc non scanné pour les comparaisons, voir les archives archivage 5aas. Il faut cependant voir le nombre de modifications sur 14 pb entre le début de agc non scanné et celui de cgg non scanné. Le tableau1 suivant laisse pensé que cgg est mieux conservé que acg: 13s sur 21s substitutions se trouvent entre le début de agc et cgg, entre tcg1 et tcg2 et non pour tcg3. Pour eco tcg3, aucune possibilité de repérer un codon et seulement 25 bases sont identiques à tcg2 de CCA vers le début.
Tableau1
		tcg1/tcg2	cgg-agc 14	tcg2/tcg3	cgg-agc 14
eal		2s		2s		2i6s		1s
eco		4s		2s		faux		-
		tcg1/tcg1	cgg-agc 14	tcg2/tcg2	cgg-agc 14
eal-eco		5s		3s		10s		6s
  • Résultats
  • - Les modifications dans les gènes des codons scannés par NCBI: Les 7 cgt sont tous identiques, ainsi que les 2 agc. Ce qui n'est pas le cas des intercalaires qui suivent.
  • - Comparaison entre les segments avant (av) et après (ap) des tcg. Intra pour intra génome, eal-eco entre génomes. Tableau2, seuls tcg1 et tcg2 sont comparés. Dans la comparaison eal-eco les modifications cgg-agc du tableau1 sont du même ordre que les séquences avant av1 et av2. Ce qui renforce l'idée que le gène du codon cgg est protégé comme ceux scannés de cgt et agc: si on intègre cgg-agc dans av1 et av2 on aura 2i7s pour av1, 2s pour cgg1, 11s pour av2 et 4s pour cgg2.
Tableau2
intra eal	av1/av2		tcg1/tcg2	ap1/ap2		intra eco	av1/av2		tcg1/tcg2	ap1/ap2
		1i1s		2s		1s				1i6s		4		1i18s
long		44		92		62				44		92		62
eal-eco		av1/av1		tcg1/tcg1	ap1/ap1		eal/eco		av2/av2		tcg2/tcg2	ap2/ap2
		2i4s		5s		2i6s				5s		10s		1i4s
long		44		92		62				44		92		62
  • - Comparaison tcg2 et tcg3, Tableau3: comme tcg1 et tcg2 sont presque identiques, je compare ici tcg2 à tcg3. eco352 est le segment qui sépare le 2ème et le 3ème cgt de eco et fait 61 de long: agc 4 cgt 61 tcg 61 cgt eco352 cgt 61 tcg 61 cgt 61 tcg. Pour tcg3/tcg3* du Tableau3 une des 9 substitutions touche le codon agc et le transforme en cgc qui représente une Arg d'une longueur de 77 pb, voir l'archivage 5aas.
Tableau3
intra eal	av2/av3		tcg2/tcg3	ap2/ap3		intra eco	av2/av3		tcg2/tcg3	ap2/ap3
		1s		2i6s		faux 2x5A			3s		2i12s		faux 2x5A
long		44		92		62				44		92		62
eal-eco		av3/av3		tcg3/tcg3*	ap3/ap3		eco352		ap1		ap2	
		7s		9s		2i7s				2i20s		1i4s	
long		44		92		62		62		62		62
  • - Pourcentage de GC des intercalaires et des gènes de codon, cumul eco+eal :
    + scan, pour codon identifié par le scanner de NCBI, voir agc ci-dessus.
bases		a	t	g	c	%GC	total
cgt		119	98	161	161	60	539
agc scan	36	30	64	56	65	186
agc non scan	147	73	165	163	60	548
intercalaires	168	184	122	97	38	571
ap3		38	54	2	32	27	126
  • - Commentaires
    + Hypothèse de la direction de réparation: Je suppose que les modifications des intercalaires et les duplications des codons se font lors des réparations ou des réplications. Les gènes de tRNAs, de par leurs séquences subissant les contraintes des appariements quand elles sont en simples brins, réagissent fortement, au début, à ces contraintes et dupliquent à l'identique les gènes de codons et de façon moindre les intercalaires. Quand la réparation évolue le long de l'ADN les contraintes s'accumulent et les duplications se font de plus en plus mal.
    + agc se présente comme un gène de tRNA subissant la direction de la réparation chez tcg3. Dans eal et eco tcg1/tcg2 sont presque identiques, mais dans tcg2/tcg3 ils sont très différents, 2i6s et 2i12s (tableau3) contre 2s et 5s (tableau2) . Et dans eco tcg3 ne correspond plus au gène de agc, il est muté en cgc dont la longueur devrait être de 77 (Arg) au lieu de 92.
    + Les intercalaires, agc non scannés compris mais dans une moindre mesure, sont tous impactés par des insertions et subissent la direction de réparation. Cependant cette contrainte sur les intercalaires est très prononcée chez eco avec 1i6s pour av1/av2 et 1i18s pour ap1/ap2 (tableau2), ainsi qu'avec la séquence inter blocs eco352 comparée à ap1 et ap2, respectivement 2i20s et 1i4s (tableau3). Elle est très peu prononcée chez eal avec respectivement 1is et 1s. Cette différence de contrainte apparaît quand on compare eal-eco et elle reflète l'accumulation des modifications par ces contraintes dans chaque génome, après la création de l'opéron.
    + Les 2 opérons se ressemblent beaucoup et semblent être constitués de 7 et 8 codons si on intègre les agc non scannés. Dans ce cas les agc non scannés semblent répondre aux contraintes de la direction de réparation: la contrainte progresse de agc scanné (long de 93) puis au 1er cgt scanné (long de 77) et au 1er agc non scanné (long de 92) affaibli par la distance et sa longueur. Le 2ème agc non scanné ressemble au 1er mais le 3ème est relativement très modifié.
    + L’intercalaire final ressemble à des zones de contrôle et aux intercalaires de bsu-lmo (ref.) avec un %GC de 27 au lieu de 38 pour les autres intercalaires. En effet ap3 est complètement différent de ap2 en intra génome (tableau3, faux 2x5A) par contre les 2 ap3 entre eal-eco se ressemblent entre eux (tableau3, 2i7s) comme les ap1 et les ap2, respectivement 2i6s et 1i4s (tableau2).
    - Analogies avec les opérons 7aas et 4aas:
    - Un seul aa long et obligatoire (voir le principe du codon obligatoire), agc de 92 pb sur 5 ou 4. Les autres aas sont des duplicata de cgt, non obligatoire.
    - Les intercalaires sont très longs, 198 pb, et semblent contenir le codon agc ou cgg modifié et dupliqué 3 fois comme je l'ai indiqué ci-dessus. Le 1er intercalaire agc-gt est très court avec 4T et sans modification. C'est comme 7aas avec 1C8T et les 2 insertions sont 2T; 4aas2 avec 8T et 1i. Le 1er intercalaire de 4aas1 fait 58 de long.

Opérons à 4 aas

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aas	Les 8 tRNAs sont identiques 2 à 2								
4aas1					4aas2				
entres	cgg	cac	ctg	cca	entres	aca	tac	gga	acc
modifs	0	0	2i1s	-	modifs	1i	0	0	-
long	58	20	42	-	long	8	116	6	-						
Pourcentage de GC des intercalaires / tRNAs, pour les 2 opérons									
		a	t	g	c	%GC	total			
aas		246	280	378	354	58	1258			
intercalaires	148	132	123	95	44	498			
int long	64	52	62	54	50	232			
int courts	84	80	61	41	38	266
  • Commentaires:
    - Un seul aa long, ctg de 87 pb, sur 4 pour 4aas1 et de même pour 4aas2 avec tac de 85 de long. Un seul aa obligatoire par opéron, cac et tac.
    - 2 intercalaires sur 6 ont de fortes modifications. Les intercalaires sont courts, sauf tac-gga qui fait 116 pb, non modifié et se rapproche de ceux de l'opéron 5aas. Entre aca-cac l’intercalaire est très court avec 8T et 1i. C'est comme l'opéron 5aas avec 4T et sans modification, l'opéron 7aas avec 1C8T et les 2 insertions sont 2T. Le 1er intercalaire de 4aas1 fait 58 de long.
    - Un seul intercalaire modifié sur 3 de 4aas1 se trouve en dernier. Dans 4aas2 le dernier intercalaire est très court mais sans modification, alors que celui qui le précède est très long et sans modification aussi. Ceci ne contredit pas l'hypothèse de la direction des réparations, voir les commentaires de l'opéron 5aas.

Synthèse sur les 4 opérons de eal-eco

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  • Tous les codons scannés sont identiques entre eal et eco sauf 1 dans 7aas qui porte une seule modification.
  • Le 1er intercalaire est très court et porte 1 à 2 insertions dans 2 cas sur 3. Il est constitué principalement de bases T. Il est assez long, 58 pb, chez 4aas2.
  • Chaque opéron a un seul codon long placé au milieu (tac est un codon long).
  • L'opéron 5aas a ce codon, agc, placé au début.
  • L'opéron 5aas semble être fait de 7 codons dont 3 sont des agc modifiés, mais beaucoup moins que les intercalaires ce qui les rapproches des codons scannés.
  • Les intercalaires de 5aas sont tous modifiés alors que chez les 3 autres opérons la première moitié contient des codons courts et non modifiés (sauf celui de 4aas2 avec 116 pb non modifié).
  • L'hypothèse de la direction de réparation semble commune aux 4 opérons, voir le commentaire du 5aas. C'est-à-dire que les modifications des intercalaires augmentent quand ceux-ci s'éloignent du début de l'opéron.

Autres procaryotes

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vpb Vibrio parahaemolyticus BB22OP
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tgg gac-5s-23s-gta gca aaa gaa-16s-5s-23s-16s
16s-gaa aaa gca gta-23s-5s

gac-5s-23s-gta aaa gaa-16s
16s-gaa aaa gta-23s-5s

tgg gac-5s-23s-gaa-16s

16s-gcc gaa-23s-5s-gac tgg

gac-5s-acc-5s-23s-gca atc-16s
tca-5s-23s-gca atc-16s

gac-5s-23s-16s
5s-23s-16s

longueur	effectif	total
1		11		11
2		6		12
4		3		12
5		2		10
7		1		7
9		1		9
13		1		13
19		1		19
				93
  • Intercalaires des opérons sans rRNAs
Opéron 19aas	cta	cta	atg	cta	caa	cta	atg	cta	caa	cta	caa	cta	caa	cta	cta	atg	caa	cta	atg
10cta 4atg 5caa	32	50	27	55	32	56	27	55	32	57	32	38	51	34	80	80	34	43	
																				
Opéron 13aas	atgf	ggc	atgf	ggc	ggc	ggc	ggc	atgf	ggc	atgf	ggc	atgf	ggc						
8ggc 5atgf	59	21	38	53	52	52	33	58	33	42	22	38
mja Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
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  • archives: mja
  • Notes: Euryarchaeota
  • Opérons avec rRNAs
ttc	aac	atg	gaa	cta	cac	16s	gca	23s	5s
10	32	21	39	14	299	65	207	106	
									
aca	cca	tac	aaa	5s	gac				
17	11	86							
									
23s	gca	16s
  • Opérons sans rRNAs: 16 tRNAs solitaires et 4 opérons à 2 tRNAs sans doublons.
pab Pyrococcus abyssi
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  • archives: pab
  • Notes: Euryarcheota, total 46 tRNAs.
    - 7s RNA component of the signal recognition particle. Dans An integrated analysis of the genome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi (Georges N. Cohen, Valérie Barbe ....2003)[17]., voir §1 chapitre Translation. 390 pb à comparer au 5s avec 132 pb.
    - Détermination des codons: les séquences des tRNAs listées en bas de l'archive m'ont permis de déterminer les codons
    - pcl, Pyrobaculum calidifontis JCM 11548, Crenarcheota, 71 introns, 46 tRNAs. NCBI[18]. Beaucoup de pseudos, 1 seul 16s-23s et 1 seul 5s sans tRNAs, les opérons sans rRNAs ne dépassent pas 2 gènes.
  • Opérons à rRNAs
16s	gca	23s
7s		
5s
  • Opérons sans rRNAs
	
32	tRNAs solitaires 	
5	opérons à 2 tRNAS, sans doublons
1	opérons à 3 tRNAs, sans doublons

16 bactéries avec taux GC

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  • archives: 16 bactéries
  • Légende: Voici le récapitulatif des opérons pour chaque génome. Les symboles + pour codons doubles dans un opéron, @ pour opérons remarquables.
avec rRNA	total		opérons avec rRNA
		16 23 5s 0	Les 3 types de rRNA existent dans cette séquence et l’opéron ne contient pas de codons.
		16 atc gca	16s suivi des 2 codons atc gca puis 23s et 5s, avec ou sans autres codons en dehors de cette séquence.
		16 23 5s a	Les 3 types de rRNA existent dans cette séquence et les codons peuvent être des 2 côtés.
		max a		opéron ayant le maximum de codons.
		a doubles	Opérons avec rRNA contenant des codons doubles. Notés avec le signe +
		spéciaux	Opérons avec rRNA ne répondant pas aux critères précédents.
		total aas	Total des codons pour l’ensemble des opérons avec rRNA.
sans 		total		Opérons sans rRNA
		1 aa		Codon solitaire
		max a		Opéron ayant le maximum de codons.
		a doubles	Opérons avec des codons doubles. Notés avec le signe +
		total aas	Total des codons pour l’ensemble des opérons sans rRNA.
total aas	-		Total des codons pour l’ensemble du génome
remarques	:		Noté par @
		:		Opérons spéciaux
		:		Intercalaire distinct pour des opérons à rRNAs qui se répètent.
		:		intercalaire excédent 210 pb pour les opérons sans rRNA

Tableaux cbc* cbn cle lam*

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I Bactéries. Opérons de gènes RNA
cbc* 28%GC
avec rRNA
opérons 5
16 23 5s 0 1
16 atc gca 0
16 23 5s a 3
max a 2
a doubles 1
spéciaux 1
total aas 6
sans rRNA
opérons 17
1 aa 10
max a 11
a doubles 4
total aas 46
génome
total aas 52
remarques 4
cbn 28%GC
avec rRNA
opérons 10
16 23 5s 0 3
16 gca atc 2
16 23 5s a 4
max a 8
a doubles 1
spéciaux 1
total aas 22
sans rRNA
opérons 18
1 aa 12
max a 22
a doubles 6
total aas 64
génome
total aas 86
remarques 5
cle 34.3%GC
avec rRNA
opérons 19
16 5 aa 23 5
16 5 atc gca 2
solo 11
max a 14
a doubles 2
indéterminé 1
total aas 46
sans rRNA
opérons 29
1 aa 19
max a 10
a doubles 2
total aas 59
génome
total aas 105
remarques 4
lam* 37.9%GC
avec rRNA
opérons 4
16 23 5s 0 0
16 atc gca 2
16 23 5s a 0
max a 18
a doubles 0
spéciaux 2
total aas 24
sans rRNA
opérons 20
1 aa 12
max a 11
a doubles 1
total aas 39
génome
total aas 63
remarques 2

cbc 28

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  • archives: cbc.   Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium; Clostridium botulinum CDC_297.
  • Remarques:
    1. @1 Les 4 blocs 16.23.5.aa ont des intercalaires identiques à 1 base près.
      - 1 a 0aas, 2 ont 1aa et 1 a 2aas (@3).
    2. @2 C’est 1 bloc 16.23.5.aa qui a perdu 23s.
      - L'intercalaire 5s-aa est le même que pour les 4 blocs de @1.
      - Il a 2aas dont le 1er est atgi, rare avec les rRNAs.
      - Il est précédé d'une protéine de 36 aas avec un intercalaire de 117, cela ressemble au facteur EF-TU de eco.
      - Est-ce qu'elle appartient à l'opéron?
    3. @3 C’est 1 bloc 16.23.5.aa de @1 avec 1 aa double.
      - L'intercalaire 23-5 est très faible, 14% de moins par rapport à @1, 15/108.
    4. @4 Dépassement de la règle des intercalaires, 306 bases, au lieu de 210.
      - Il se trouve entre 2 séquences de 2 aas.
      - Est-ce 2 opérons?
    5. Séquences des doubles :
      - 1 opéron à 1 doublet.
      - 2 opérons à 2 séquences de 2 aas chacun.
      - 1 opéron de 11 aas, le max, avec 4 séquences de 3 aas, moins 1 aa.
  • Notes: L'article du projet[19] étudie 6 espèces pour la toxine. cbc* n’a que 5 opérons contenant les rRNAs. Alors que cbn, un botullinum aussi, en a 10, et que cbe[20], un clostridium, mais pas un botullinum en a 18 dont 16 avec 16s.

cbn 28

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  • archives: cbn.   Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium; Clostridium botulinum BKT015925.
  • Remarques:
    1. @1 Les 3 opérons 16-23-5s ont les mêmes intercalaires, 233-31 bases.
    2. @2 Les 4 opérons 16-23-5s-aa ont tous à peu près les mêmes intercalaires 233-95-5.
      - Mais ils sont tous différents:
      + 1 seul opéron répond au critère des intercalaires, il a 1aa.
      + 1 seul opéron ne répond pas strictement au critère des intercalaires. Ses 3aas sont du côté du 16s et l’intercalaire avec le 1er aa est très élevé, 464.
      + L'opéron à 2aas a l'intercalaire 23-5s très faible de 23% inférieur à 95, 22/95.
      + L'opéron à 3aas répondant aux critères a un 5s en plus.
    3. @3 Le critère d’un intercalaire entre 2aas, supérieur à 210 bases, se trouve dans le 4ème opéron à rRNA, mais il est accompagné d’un intercalaire très élevé entre 5s et le 1er aa, comme pour le 2ème opéron à rRNA.
    4. @4 C’est un opéron à rRNA atypique : 2aas double entourant le 5s.
      - Mais conserve l’intercalaire 16-23s de 233 bases comme les 7 opérons de ce type.
    5. @5 Les 2 opérons à 16-atc gca présentent, ici, la particularité d’inverser ses 2 aas, gca-atc.
      - Ils ont aussi, à peu près, les mêmes intercalaires 16-gca-atc-23s, 74 4 94.
      - L'opéron à rRNA présentant le max d'aas, au nombre de 8, est de ce type. Il a le même intercalaire 23-5s que tous les autres opérons à rRNA, 97 bases.
    6. Séquences des doubles : tous les opérons à plus de 3aas ont des doubles, 6/6.
      - Les répétitions vont de 5 à 2.
      - 3 opérons sur 6 ont des séquences qui se répètent, avec 22aas et 2 avec 8aas.
      - L'opéron contenant le max d'aas, 22, a 2 séquences de 6 aas qui se répètent. On peut repérer dans cet opéron d'autres séquences de 3aas. Ces séquences sont séparées par 1 ou 2 aas différents.
  • Notes:
    - L'article du projet[21] parle des 5 plasmides et de nombreux éléments mobiles d'insertion. *: - La phrase suivante m'interpelle sur la puissance des réarrangements dus à la réplication et qui serait à l'origine de la création de nouveaux tRNAs: "Replication-directed translocations were rare and conservation of synteny was high."
    - L'article[22] de l'année 2000 confirme l'importance de la réplication dans l'évolution des génomes procaryotes, "Our observations suggest that replication has a major role in directing genome evolution."
    - L'article considère aussi que les 4 groupes de C.Botullinum sont des espèces différentes parce qu'ils divergent beaucoup (introduction). J'ai retrouvé cependant 3 opérons de rRNAs qui se ressemblent beaucoup entre cbc et cbn. Ainsi l'opéron 16s-23s-aac-5s-aac de cbn est conservé sous la forme 16s-23s-5s-aac-aac chez cbc; l'opéron cbc 2cca 2gga aga aag cga se retrouve entièrement dans celui de 22 aas de cbn avec conservation d'une séquence de 4 aas; et enfin l'opéron de cbn 2gaa 2gta 2gac 2aca se retrouve entièrement dans le max a de cbc de 11 aas ave conservation d'une séquence de 7 aas.

cle 34

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  • archives: cle.   Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Lachnospiraceae; Cellulosilyticum; Cellulosilyticum lentocellum DSM 5427.
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s ni de séquence 16-atc-gca-23.
    1. @1 5 blocs 16-5-aa-23s avec les mêmes intercalaires, à peu près, 72 4 280.
      - 4 blocs avec gca dont 3 à 1aa et 1 avec 9aas.
      - Le bloc à 9aas a un aa avant le 16s, compatible.
      - 1 bloc avec atc seul et les intercalaires modifiées, 138 7 258.
    2. @2 2 blocs 16-5-atc-gca-23s, avec les mêmes intercalaires, 72 7 53 261.
      - Les 2 blocs contiennent des doubles, 2 paires chacun avec 7 et 14aas.
      - Le bloc contenant le max de 14aas a 2aas avant le 16s compatibles.
    3. @3 Les solos ne contiennent qu’un seul rRNA avec ou sans aas.
      - 5s-1aa, il y en a 4 et l'intercalaire est équivalente de celle des blocs.
      - 23s, il y en a 4 dont 1 seul avec 4aas.
      - 16s, 2 sans aas et 1 du 16s5s avec une intercalaire comme le bloc atc, 137.
    4. @4 Apparemment un trio de solos. Les 3 intercalaires supérieures à 450 permettent de diviser le groupe en 3 opérons, 5saa avec une intercalaire semblable aux autres 5saa, 23s avec 3aas aux petites intercalaires et 1 16s sasns aas.
    5. Séquences des doubles : très peu de doublons.
      - 2 opérons avec rRNAs ont des doublons sur 5 possédant au moins 2 aas.
      - 2 opérons sans rRNAs ont des doublons sur 10 possédant au moins 2 aas.
      - 4 doublons pour chaque type d'opérons.
      - 1 seule paire répétée chez les opérons sans rRNAs.
  • Notes: Rien à signaler à partir de l'article de séquençage.
    - Ce génome a 2 spécificités qu'il ne partage pas avec les 15 autres génomes étudiés ici.
    1. 16s 23s 5s ne forment pas de blocs. Ils sont séparés et forment 11 opérons correspondant à 4 blocs, avec 4*23s 4*5s 3*16s plus 16s5s. Seul le génome cbc* présente un seul 16s5s suivi de 2aas (ref.).
    2. Le génome contient 7 blocs analogues aux 16s-atc-gca-23s-5s mais les aas dans le bloc ne se trouvent plus entre 16s et 23s mais dans la séquence 16s-5s-aas-23s. Cette particularité est renforcée par la similitude des aas intermédiaires avec les autres génomes, c.a.d 2 blocs 16s-5s-atc-gca-23s, 1 bloc 16s-5s-atc-23s et 4 blocs 16s-5s-gca-23s, comme si atc-gca avait été divisé. Chez eal-eco et vpb les autres analogues des blocs 16s-atc-gca-23s-5s, les aas intermédiaires commencent par gaa (13 cas) et 1 seul commence par gcc (références): 9 blocs n'ont qu'un seul aa qui est gaa, 1 blocs a 2aas (gcc-gaa) et 4 blocs ont 4 aas. Par ailleurs ces blocs se comportent de la même façon que ceux des autres génomes, c.a.d qu'ils peuvent contenir, après le 23s beaucoup d'aas ( 9 pour gca-23s, et 14 pour atc-gca-23s) comme les autres génomes le font après le 5s ( 16 pour lam* et 14 pour lmo).
    - En plus de ces 2 spécificités qui font penser à un dérèglement d'un processus ordonné chez les 15 autres génomes, cle partage avec eux les quelques déviations de ce processus ordonné:
    + Deux seuls opérons à rRNA ayant seulement 2aas et ces 2aas étant doubles, existent 1 chez cbc* et 1 chez cbn. Ces 2 génomes présentent déjà des anomalies, l'opéron 16s-5s-2aas déjà signalé ci-dessus et les 2 opérons atc-gca de cbn où ces 2 aas sont inversés, 16s-gca-atc-23s-5s. Le doublon de cbn n'est pas classique aussi. Il est sous la forme 16s-23s-aac-5s-aac, alors qu'il est sous la forme classique, 16s-23s-5s-aac-aac, chez cbc*.
    + Le rRNA 5s se comporte comme un aa. Chez cle il y a 4 5s-aa; Il est collé en surplus chez un opéron à 3 rRNAs de cvi comme le fait le couple aa-5s dans un opéron de chacun des génomes cbn spl vpb eal et eco.
    + Des aas au-dessus du 16s sont rares. Un cas chez bsu avec 2aas et 2 cas chez cle avec 2aas et 1aa.

lam 38

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  • archives: lam.   Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus; Lactobacillus amylovorus.
  • Remarques : pratiquement pas de doublons, 1 seul triplet dans 1 opéron sur 11. Que des blocs de type 16 atc gca, il y en a 4.
    1. @1 Les 2 blocs 16 atc gca sont standard comme dans bsu et lmo (ref.).
      - Ils ont les mêmes intercalaires du début, 125 52 115 68 13.
      - un opéron avec 1 aa en plus, aac comme dans bsu-lmo.
      - un opéron à 18 aas plus grand que celui de lmo avec 16.
    2. @2 Les 2 blocs 16s-protéine-23s-5s. Ressemblance avec EFTU.
      - très petite protéine, 62 aas.
      - Dans les 2 cas les intercalaires sont les mêmes, 9 -3 68 13
      - Notez le -3 pour le stop.
      - les intercalaires 25s-5s-aac sont à peu près les mêmes que les blocs 16 atc gca 23-5s-aa, 68 13.
    3. Séquences des doubles : pratiquement pas de doublons, 1 seul triplet dans 1 opéron sur 11 opérons à plus de 2 aas.
  • Notes: Aucun article en référence. La ressemblance entre lmo bsu et lma* est peut-être due à leur filiation bacilli: blocs classiques et quasi absence de doublons.
    - Ressemblance avec EF-TU de eco: on a un opéron avec 3 à 4 gènes tRNAs différents et à la suite une protéine comme dans eco, mais ici il y a en plus les 3 rRNAs. C'est comme si eco avait perdu les rRNAs.

Tableaux lmo spl bsu vpb

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II Bactéries. Opérons de gènes RNA
lmo 37.9%GC
avec rRNA
opérons 5
16 23 5s 0 1
16 atc gca 2
16 23 5s a 2
max a 21
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 50
sans rRNA
opérons 11
1 aa 8
max a 5
a doubles 0
total aas 17
génome
total aas 67
remarques 2
spl 39.1%GC
avec rRNA
opérons 11
16 23 5s 0 6
16 atc gca 3
16 23 5s a 2
max a 3
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 9
sans rRNA
opérons 29
1 aa 8
max a 15
a doubles 15
total aas 133
génome
total aas 142
remarques 3
bsu 43.6%GC
avec rRNA
opérons 7
16 23 5s 0 0
16 atc gca 2
16 23 5s a 5
max a 21
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 60
sans rRNA
opérons 12
1 aa 8
max a 7
a doubles 0
total aas 26
génome
total aas 86
remarques 3
vpb 45.3%GC
avec rRNA
opérons 9
16 23 5s 0 0
16 atc gca 2
16 23 5s a 1
max a 6
a doubles 0
spéciaux 6
total aas 33
sans rRNA
opérons 25
1 aa 11
max a 19
a doubles 8
total aas 93
génome
total aas 126
remarques 5

lmo 38

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  • archives: lmo.   Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria; Listeria monocytogenes EGD-e.
  • Comparaison bsu-lmo: duplications par opérons contenant des rRNAs
  • Remarques : lmo-bsu (ref.) sont les 1ers génomes de cette étude qui m’ont poussé à étendre l’échantillon. Lma* lmo et bsu sont des bacilli et donc ont des points communs en termes d’opréons à RNAs avec des taux %GC très proches 38-44 %.
    1. @1 Blocs 16-23-5s : il y en a 4 dont 1 sans aas et 2 réunis dans un opéron.
      - Dans la 1ère étude ces blocs paraissaient arborer les séquences les plus longues d’aas et j’attribuait la longueur de 16 aas de l’opéron 16-act-gca à un remaniement entre opérons. Ce n’est plus le cas puisqu’il s’est avéré que ces derniers sont plus courants et peuvent être aussi long que les premiers avec 18 aas chez lam (ref.).
      - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 blocs 16-23-5s, 244 80 13.
      - L'opéron à 2 blocs: le 2ème n'ayant pas d'aa à la suite de 5s et ayant une intercalaire du côté de 16s, très élevée, 341 bases, pourrait être un solitaire.
    2. @2 Blocs 16-atc-gca : il y en a 2 dont un le fameux 16aas et l’autre avec 4 aas.
      - Les intercalaires sont les mêmes pour les 2 opérons, 127 46 172 80 14.
      - Ils partagent les mêmes intercalaires 5s-aa avec les blocs 16-23-5s-aa, 80 13.
    3. Séquences des doubles : aucun double sur 7 opéronsà 2 aas et plus. Comme bsu.
  • Notes: L'article de référence date de 2009[23]

spl 39

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  • archives: spl.   Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella; Shewanella pealeana ATCC 700345.
  • Remarques :
    1. @1 8 blocs 16-23-5s. Ils ont tous les mêmes intercalaires, 338 113 68.
      - 6 blocs sont solo avec un dont l'intercalaire 16s-23s fait 11% de plus que le reste, 36/338.
      - 2 blocs avec 1 aa dont un possède en plus un 5s, gac et acc-5s.
    2. @2 Les 2 blocs 16-atc-gca ont les mêmes intercalaires, 71 65 364 112. L’intercalaire 23s-5s est le même que les 6 autres blocs.
      - Les 2 blocs n'ont que 5 aas, soit pour les 8 opérons à rRNA 7 aas au total. Ce qui est quasiment nul.
    3. @3 Les intercalaires élevés ne touchent que 3 opérons sans rRNAs et ne modifient pas beaucoup le tableau récapitulatif ci-dessus
      - Nouveau tableau récapitulatif:
					
	-		anciens	-		nouveaux	-
	intercalires	aas	doubles		doubles		opérons
	1172		2	1,2		0		2
	539		4	2,2		0		2
	634, 479	6	3,2		0		3
					
	résultat	ancien 	nouveau		
	total opérons	29	33		
	1 aa		8	10		
	max aa		15	15		
	doubles		15	12
  • Séquences des doubles : Les intercalaires excessives ne changent pas fondamentalement le spectre des doubles et leurs séquences. Ainsi les répétitions suivantes sont caractéristiques de ce génome.
    - opéron à 13 gaa avec 11 intercalalires identiques de 102 bases, soit 11 répétitions d’une séquence de 180 bases environ, longueur de gaa+102.
    - Les répétitions de séquences sont nombreuses. La plus longue est celle de l’opéron à 5 cta 5 caa 3 atg. Ce sont 5 séquences caa-cta avec un intercalaire de 50 interrompues par 2 atg et 2 intercalaires de 100 bases environ.
    - Les 2 autres opérons à séquences répétées sont, 4atgf 2gtc (2 atgf-gtc) et 6 ggc (2 ggc-ggc séparées par des intercalaires longs).
    - Répétitions du même codon avec son intercalaire comme pour le cas de l'opéron à 15 codons,
	codon	répétition	intercalaire		
	gaa		13		102		
	gta		11		37		
	tac		5		100		
	aac		7		35		
	gac		4		97		
	aaa		12		58		
	atgf		4		40
  • Notes: L'article de référence date de 1999[24]

bsu 44

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  • archives: bsu.   Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168.
  • Comparaison bsu-lmo: duplications par opérons contenant des rRNAs
  • Remarques : lmo-bsu (ref.) sont les 1ers génomes de cette étude qui m’ont poussé à étendre l’échantillon. Lma* lmo et bsu sont des bacilli et donc ont des points communs en termes d’opréons à RNAs avec des taux %GC très proches 38-44 %.
    1. @1 Blocs 16-23-5s : il y en a 8 avec 2 dans l’opéron 9aas et 3 dans 6aas. Soit le double de lmo.
      - Dans la 1ère étude ces blocs paraissaient arborer les séquences les plus longues d’aas et j’attribuait la longueur de 16 aas de l’opéron 16-act-gca à un remaniement entre opérons. Ce n’est plus le cas puisqu’il s’est avéré que ces derniers sont plus courants et peuvent être aussi long que les premiers avec 18 aas chez lam (ref.).
      - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 blocs 16-23-5s, 164 55 20.
      - L'opéron 16aas a un intercalaire 23s-5s double des autres blocs, 111 contre 55.
      - L'opéron 4aas contient 2 aas avant le 16s et 2 après le 5s. L'intercalaire aa-16s est à peu près égale à celui de 16s-23s, 159 contre 167.
      - Les intercalaires qui séparent les blocs surnuméraires sont aussi du même ordre que celui de 16s-23s, 170 171 183 contre 164 pour le 16s-23s.
      - Les 5 opérons avec ces blocs ont 4 6 9 16 21 aas.
    2. @2 Blocs 16-atc-gca : il y en a 2 et n’ont pas d’autres aas comme l’opéron 16aas de lmo.
      - Les intercalaires sont les mêmes pour les 2 opérons, 99 11 81, sauf pour celui de 23s-5s, 55 bases pour l’un, comme 7 blocs 16-23-5s, et le double pour l’autre, 113 comme pour l’opéron 16aas.
    3. @3 intercalaire élevé pour 2 aas. Est-ce que le dernier aa est solitaire ?
    4. Séquences des doubles : aucun double sur 7 opérons à 2 aas et plus. Comme lmo.
  • Notes: L'article du projet date de 2018 et traite de 20 ans d'annotations manuelles sur B.subtilus[25]. Référence à Piotr Slonemski (en conclusion). Article à étudier et permet de confirmer la complexité des opérons de B.subtilus. Il mentionne CRISPR.

vpb 45

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  • archives: vpb.   Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Vibrio; Vibrio parahaemolyticus BB22OP.
  • 1ère synthèse: vpb
  • Remarques : 2 chromosomes circulaires. Une protéine analogue au EFTU et beaucoup de doubles.
    1. @1 Blocs 16-23-5s, il y en a 3 dont 2 sont sur un opéron avec 1 aa. Le 4ème appartient à un opéron spécial.
      - Les 3 ont les mêmes Intercalaires, 73 261. L’intercalaire 23-5s se retrouve dans tout les autres opérons.
      - Les 2 blocs accolés sont séparés du reste par de grands intercalaires, 320 bases.
    2. @2 Les opérons 16-atc-gca sont au nombre de 2 avec 3 aas en plus.
      - 4 de leurs intercalaires, 73 257 41 56, sont identiques et le 5ème est du même ordre de grandeur, 100 69.
      - Un opéron est clasisque et a un aa en plus, le 2ème a la séquence 5s-aa-5s-aa donc 2 aa en +.
    3. @3 Les opérons analogues aux 16-atc-gca sont au nombre de 3 et ont 2 intercalaires en commun avec eux, 257 73 correspondant à aa-23s-5s.
      - Un opéron 16-gcc-gaa-23s-5s avec 2 aas entre les 2 rRNAs. Il a 4 aas.
      - Un opéron 16-gaa-23s-5s avec 1 aa entre les 2 rRNAs. Il a 3 aas.
      - Un opéron 16-gaa-3aas-23s-5s avec 4 aas entre les 2 rRNAs. Il a 6 aas.
    4. @4 Les opérons analogues aux 16-atc-gca avec une protéine sont au nombre de 3 et ont l’intercalaire 73 du 23s-5s comme tous les autres opérons.
      - Différence importante avec lam qui a des opérons analogues, la protéine est dans le brin complémentaire du brin des RNAs. Alors que dans lam protéine et RNAs sont sur le même brin.
      - La séquence est 16s-gaa-aaa-xxx-gta-protéine-23s-5s et les 3 opérons ont en commun les 4 mêmes intercalaires, 16s-80-aaa-2-xxx-gta-55-protéine-23s-73-5s.
      - Deux opérons, sans xxx, sont identiques en aas, intercalaires et protéines mais un a un aa en plus après 5s. Ils ont respectivement 3 et 4 aas.
      - Un opéron a une protéine plus petite, 180 aas au lieu de 198, avec xxx=gca entre les rRNAs, plus 1 au-delà du 5s, soit 5 aas au total.
    5. @5 L’opéron 9cgt 2agc a une intercalaire élevée, 320 bases.
    6. Séquences des doubles : beaucoup de doubles et de séquences répétées comme cbn.
      - 8 opérons sur 14 à 2aas et plus sont remarquables :
	opéron			n*séquence
	cgg+4			2*2
	10cta 5caa 4atg		3*4
	4 tac			4*1
	2 gtc			2*1
	9cgt 2agc		8*1
	ttc+6			2*3
	ttc+4			2*2
	8ggc 5atgf		5*2
  • Notes: L'article du projet date de 2012[26]
    - Ressemblance avec EF-TU de eco: on a un opéron avec 3 à 4 gènes tRNAs différents et à la suite une protéine comme dans eco, mais ici il y a en plus les 3 rRNAs. C'est comme si eco avait perdu les rRNAs. Pourquoi cette ressemblance avec lma* alors qu'ici la protéine est sur le brin complément des gènes tRNAs? Quel est le rôle alors du complément du CDS? Et c'est lui qui est co-transcrit avec les tRNAs. Est-ce un répresseur du CDS par appariement des RNAs?

Tableaux eal eco afn blo

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III Bactéries. Opérons de gènes RNA
eal 49.6%GC
avec rRNA
opérons 7
16 23 5s 0 0
16 atc gca 3
16 23 5s a 0
max a 3
a doubles 0
spéciaux 4
total aas 13
sans rRNA
opérons 38
1 aa 23
max a 7
a doubles 10
total aas 72
génome
total aas 85
remarques 3
eco 50.6%GC
avec rRNA
opérons 7
16 23 5s 0 0
16 atc gca 3
16 23 5s a 0
max a 3
a doubles 0
spéciaux 4
total aas 14
sans rRNA
opérons 36
1 aa 23
max a 7
a doubles 10
total aas 72
génome
total aas 86
remarques 3
afn 56.1%GC
avec rRNA
opérons 6
16 23 5s 0 4
16 atc gca 2
16 23 5s a 0
max a 2
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 4
sans rRNA
opérons 29
1 aa 20
max a 6
a doubles 2
total aas 56
génome
total aas 60
remarques 2
blo 60%GC
avec rRNA
opérons 4
16 23 5s 0 4
16 atc gca 0
16 23 5s a 0
max a 0
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 0
sans rRNA
opérons 41
1 aa 31
max a 5
a doubles 4
total aas 55
génome
total aas 55
remarques 1

eal 50

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  • archives: eal.   Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia; Escherichia albertii KF1.
  • Comparaison eal-eco: duplications par opérons sans rRNAs
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, un nouveau bloc 16-gaa-23-5s, beaucoup de doubles.
  1. @1 Les blocs 16-atc gca-23-5s sont au nombre de 3 avec 1 seul aa en plus.
    - Les intercalaires sont les mêmes pour les 3 opérons, 70 45 186 169.
    - Un seul opéron a un aa en plus.
  2. @2 4 nouveaux blocs analogues aux précédents, 16-gaa-23-5s.
    - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 opérons, 85 198 169.
    - Elles sont, dans le même ordre, analogue à celles des blocs 16-atc gca-23-5s.
    - Les aas suplémentaires sont absents pour 2 opérons et sont 2 pour un autre.
    - Le 4ème opéron a 1 aa et 1 5s en supplément.
  3. @3 2 opérons tRNAs+protéine : tactac-tpr et acatacggaacc-tufB. Comme eco mais tpr est absent.
  4. Séquences des doubles : beaucoup de doubles mais peu de séquences répétées.
    - 5 opérons à 2 aas répétés
    - 3 opérons à 3 aas répétés
    - L'opéron au maximum de 7 aas a 2 répétitions de 2 aas en séquence et la 3ème a ses 2 aas séparés : atg cta 2caa atg 2cag.
    - Un opéron à 5 aas a une séquence répétée, aaa + 2*2.
    - 5 opérons sans répétitions
		
		eco				eal
		Opérons sans rRNAs avec doubles		
		2tac				2tac
		2gtc				2gtc
		2gcc				2gcc
		3ctg				3ctg
		3atgf				3atgf
		atg cta 2caa atg 2cag		atg cta 2caa atg 2cag
		Remaniements des répétitions		
		3ggc				2ggc
		aaa 3gta			aaa 2gta
		agc 4cgt			agc 3cgt
		5aaa 2gta			3aaa 2gta
		Opérons sans rRNAs sans doubles		
		tta tgc ggc			tta tgc ggc
		cgg cac ctg cca			cgg cac ctg cca
		aca tac gga acc			aca tac gga acc
		Disparition de 2 opérons chez eco		
		-				atgi aga
		-				gga aca
  • Notes :
    - tufB[27]:, dans tRNA gene structures in bacteria (B.M. Fredrik Pettersson, Uppsala 2009). Page 16, "In B, the E. coli tufB operon is shown as an example of an operon with both tRNA and protein coding genes." (Inokuchi, H. and Yamao, F. (1995) Structure and expression of prokaryotic tRNA genes. In: tRNA: structure, biosynthesis, and function. Söll, D. and RajB-handary, U. (eds), ASM Press, Washington, ISBN 1-55581-073-X.) La protéine est le facteur d'élongation des procaryotes EF-TU2, adresse comp(2042057..2043241) et l'intercalaire entre elle et le tRNA acc est de 114 pb. Voir ici lam, vpb et cbc pour des protéines candidates analogues.
    - La protéine trp: voir EcoCyc dans les notes de eco 51 ci-dessous et les opérons à 5 aas de eco-eal. Voir l'organisation de l'opéron tac-tac-tpr chez eco-eal.

eco 51

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  • archives: eco.   Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.
  • Comparaison eal-eco: duplications par opérons sans rRNAs
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, un nouveau bloc 16-gaa-23-5s, beaucoup de doubles. Comme eal.
  1. @1 Les blocs 16-atc gca-23-5s sont au nombre de 3 avec 1 seul aa en plus.
    - Les intercalaires sont les mêmes pour les 3 opérons, 68 42 183 93.
    - Cependant les 3 1ers intercalaires diminuent de 3 bases chacun et le 4ème est divisé par 2.
    - Par rapport à eal un opéron sans aa de plus, s'est transformé avec 1 aa et 1 5s en plus. Son intercalaire gca-23s a diminué de 5 % par rapport aux 2 autres, 9/183.
  2. @2 4 nouveaux blocs analogues aux précédents, 16-gaa-23-5s, comme eal.
    - Les intercalaires sont les mêmes pour 2 opérons sans aa supplémentaire, 171 193 92.
    - Pour les 2 autres opérons le 1er intrcalaire est divisé par 2, 85 193 92.
    - Elles sont, dans le même ordre, analogue à celles des blocs 16-atc gca-23-5s.
    - Par rapport à eal, l'opéron avec 1 aa et 1 5s a perdu ces suppléments, et l’on a 3 opérons sans et 1 opéron avec 2 aas en supplément
  3. @3 2 opérons tRNAs+protéine : tactac-tpr et acatacggaacc-tufB
  4. Séquences des doubles : beaucoup de doubles mais peu de séquences répétées.
    - Il y a 4 remaniements qui consistent tous en une ou 2 répétions de plus des répétitions déjà existantes.
    - 2 opérons sans rRNAs et sans doubles ont été perdus de eal à eco.
    - Pour eco il y a toujours 10 opérons avec répétition et 3 sans répétitions:
    - 3 opérons à 2 aas répétés
    - 4 opérons à 3 aas répétés
    - 1 opéron à 4 aas répétés.
    - L'opéron au maximum de 7 aas a 2 répétitions de 2 aas en séquence et la 3ème a ses 2 aas séparés : atg cta 2caa atg 2cag.
    - Un opéron à 7 aas a une séquence répétée, 3aaa + 2*2.
	
	eco					eal
	Opérons sans rRNAs avec doubles		
	2tac					2tac
	2gtc					2gtc
	2gcc					2gcc
	3ctg					3ctg
	3atgf					3atgf
	atg cta 2caa atg 2cag			atg cta 2caa atg 2cag
	Remaniements des répétitions		
	3ggc					2ggc
	aaa 3gta				aaa 2gta
	agc 4cgt				agc 3cgt
	5aaa 2gta				3aaa 2gta
	Opérons sans rRNAs sans doubles		
	tta tgc ggc				tta tgc ggc
	cgg cac ctg cca				cgg cac ctg cca
	aca tac gga acc				aca tac gga acc
	Disparition de 2 opérons chez eco		
	-					atgi aga
	-					gga aca
  • Notes :
    - tufB[28]:, dans tRNA gene structures in bacteria (B.M. Fredrik Pettersson, Uppsala 2009). Page 16, "In B, the E. coli tufB operon is shown as an example of an operon with both tRNA and protein coding genes." (Inokuchi, H. and Yamao, F. (1995) Structure and expression of prokaryotic tRNA genes. In: tRNA: structure, biosynthesis, and function. Söll, D. and RajB-handary, U. (eds), ASM Press, Washington, ISBN 1-55581-073-X.) La protéine est le facteur d'élongation des procaryotes EF-TU2, adresse 4175944..4177128 et l'intercalaire entre elle et le tRNA acc est de 114 pb. EcoCyc montre bien l'opéron[29]. Voir ici lam, vpb et cbc pour des protéines candidates analogues.
    - tpr: Une revue de 1981 parle d'un autre opéron avec protéine, tac-tac-tpr[30], Andrew Travers, Nature Vol. 294, 3 December 1981. EcoCyc montre bien l'opéron[31]. Voir l'organisation de l'opéron tac-tac-tpr chez eco-eal.

afn 56

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  • archives: afn.   Bacteria; Firmicutes; Negativicutes; Acidaminococcales; Acidaminococcaceae; Acidaminococcus; Acidaminococcus fermentans DSM 20731.
  • Remarques : 4 blocs 16-23-5s sans aas et très peu de doubles. Très simple, avec une moyenne de 4 aas différents par opéron (9 opérons pour 36 aas sans RNA).
    1. @1 4 blocs 16-23-5s sans aas .
      - 3 opérons ont leurs intercalaires identiques, 359 228.
      - 1 opéron a son intercalaire 16s-23s diminué de 30%, 108/359, l’autre intercalaire est commune aux 4 opérons.
    2. @2 2 blocs 16-atc gca 23s-5s, classiques mais sans aas en plus.
      - 3 intercallaires sont identiques et celui entre 23s-5s varie du simple au double, 994 66 298 228 et 94 66 273 139.
    3. Séquences des doubles : Très peu de doubles, 2 opérons à 2aas et plus sur 11 ont des doubles.
      - 2 doublets au total: opéron ctc + 2ctg et opéron gag + 2cag.
  • Notes : L'article du projet date de 2010[32]

blo 60

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  • archives: blo.   Bacteria; Actinobacteria; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium; Bifidobacterium longum NCC2705.
  • Remarques : 4 blocs 16-23-5s sans aas, en tout, et très peu de doubles. Très simple, comme afn 56, mais avec une moyenne de 2.4 aas différents par opéron (10 opérons pour 24 aas sans RNA).
  1. @1 4 blocs 16-23-5s sans aas .
    - Leurs intercalaires sont identiques, 428 168.
  2. Séquences des doubles : Très peu de doubles, 4 opérons à 2aas et plus sur 10 ont des doubles.
    - 4 doublets au total: 2aac 2cgt 2gcc et (3aas + 2ggc).
  • Notes : L'article du projet date de 2002[33]

Tableaux cvi sma ksk ade

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IV Bactéries. Opérons de gènes RNA
cvi 65%GC
avec rRNA
opérons 8
16 23 5s 0 0
16 atc gca 8
16 23 5s a 0
max a 2
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 16
sans rRNA
opérons 37
1 aa 22
max a 12
a doubles 12
total aas 82
génome
total aas 98
remarques 2
sma 70%GC
avec rRNA
opérons 6
16 23 5s 0 6
16 atc gca 0
16 23 5s a 0
max a 0
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 0
sans rRNA
opérons 56
1 aa 48
max a 5
a doubles 3
total aas 72
génome
total aas 72
remarques 1
ksk 74.2%GC
avec rRNA
opérons 9
16 23 5s 0 9
16 atc gca 0
16 23 5s a 0
max a 0
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 0
sans rRNA
opérons 49
1 aa 37
max a 5
a doubles 7
total aas 70
génome
total aas 70
remarques 2
ade 74.8%GC
avec rRNA
opérons 2
16 23 5s 0 0
16 atc gca 2
16 23 5s a 0
max a 2
a doubles 0
spéciaux 0
total aas 4
sans rRNA
opérons 33
1 aa 27
max a 5
a doubles 0
total aas 45
génome
total aas 49
remarques 2

cvi 65

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  • archives: cvi.   Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Chromobacteriaceae; Chromobacterium; Chromobacterium violaceum ATCC 12472.
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s et 8 blocs 16-atc gca 23-5s. Beaucoup de doubles.
    1. @1 8 blocs 16-atc gca 23-5s tous sans aas supplémentaires.
      - Les intercalaires gca-23s-5s sont tous identiques, 250 122.
      - Un groupe de 2 opérons aux intercalaires 16s-atc-gca 79 12 très différent du suivant
      - Un groupe de 6 opérons aux intercalaires 16s-atc-gca 179 86, respectivement 2 et 7 fois plus grands.
      - Un opéron présente 1 5s supplémentaire collé au 1er.
    2. @2 Un intercallaire très élevé, 557 bases, entre 2 aas d’un opéron à 4aas.
    3. Séquences des doubles : 12 opérons sur 23 à 2aas et plus ont des doubles. 3 opérons à séquences répétées.
      - 12 opérons sans rRNAs sur 15 à 2aas et plus ont des doubles.
      - 4 opérons avec 1 doublet chacun
      - 1 opéron au doublet séparé (gcc gaa gcc)
      - 4 opérons à répétitions multiples non séparées, voir ci-dessous.
      - 3 opérons avec répétition de séquences
      + 2gaa 2cgt avec 2*2
      + 3aaa 2aag avec 2*2
      + 4gta 6gac 2gtg avec 4*2 + 2*2.
						
2ttc			3aac		2gaa 2cgt	2*2
2tcc			cca aga 3cac	3aaa 2aag	2*2
2atg			4ctg		4gta 6gac 2gtg	4*2 + 2*2
caa acg 2ccg		tgc 5ggc	-		-
gcc gaa gcc		-		-		-
  • Notes: L'article du projet date de 2003[34]

sma 70

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  • archives: sma.   Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Streptomyces; Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893.
  • Remarques : 6 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires.
  1. @1 6 blocs 16-23-5s sans aas.
    - 5 opérons ont les mêmes intercalaires, 288 84
    - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 58% plus élevée, 49/84. L'autre est commune aux 6 opérons, 284.
  2. Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Il n'y a que 3 opérons contenant des doubles:
    - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2
    - (ggc tgc 3gtc), répétition triple
    - atgi 2aac avec 1 doublet
    - Au total 2 doublets et 3 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 72. C’est donc, que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 6 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.
  • Notes:

ksk 74

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  • archives: ksk.   Bacteria; Actinobacteria; Streptomycetales; Streptomycetaceae; Kitasatospora; Kitasatospora setae KM-6054.
  • Remarques : 9 blocs 16-23-5s. Beaucoup de tRNAs solitaires. Analogue à sma.
  1. @1 9 blocs 16-23-5s sans aas.
    - 8 opérons ont des intercalaires identiques, 267 73.
    - 1 opéron a l'intercalaire 23s-5s 45% plus élevée, 33/73. L'autre est commune aux 9 opérons, 267.
  2. @2 Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 269 et 240.
  3. Séquences des doubles : 48 des 56 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Il n'y a que 7 opérons contenant des doubles:
    - (3gag 2cag) avec une répétition de séquence 2*2 , comme sma.
    - (ggc tgc 3gtc), répétition triple comme sma, plus (3gcc).
    - (atgi 2aac) est remplacé par 4 doublets, 2gtg 2aac 2ggc et (agc 2cgt).
    - Au total 5 doublets et 3 triplets. Ce qui est très peu, alors que le total des tRNAs est de 70. C’est donc que ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 9 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.
  • Notes:

ade 75

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  • archives: ade.   Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Anaeromyxobacteraceae; Anaeromyxobacter; Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1.
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, 2 blocs 16-atc-gca-23-5s, pas de doubles.
    1. @1 2 blocs 16-atc-gca-23-5s sans aas supplémentaires.
      - Intercalaires identiques, 187 22 194 152.
    2. @2 Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 278 et 248. Comme ksk.
    3. Séquences des doubles : 27 des 33 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
      - Analogue à ksk
      - Pas de doubles du tout
      - Ce sont les opérons qui se répètent et non les tRNAs. Les opérons à rRNAs font de même, avec 2 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.
  • Notes:

Organisation de l'opéron tac-tac-tpr chez eco-eal

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  • Lien au tableur: Organisation de l'opéron tac-tac-tpr chez eco-eal.
  • Lien aux archives des comparaisons: comparaisons.
  • Liens NCBI:   eco[35]   eal[36].
  • Légende:
    - Adresses, 1er tac de eal 219063..219144, 2ème tac de eal 219357..219438, 1er tpr de eco complement ( 1287087..1287176 ). Le tpr de eal n'est pas annoté dans NCBI.
    - GGTGGG  tRNA tac,  ATGAG  gène protéique tpr,   CGGGGA   +   TCACTT   +   GTAATC   +   CCACCA   répétitions.
    - Différences en gras entre tpr0 et tpr1   GCGAAG
    - Fin de l'opéron de eal: La séquence qui suit TCACTC est le complément du gène linoleoyl-CoA desaturase dont l'adresse est complement(219815..220912). L'intercalaire entre intc21 et le gène protéique est de 15 pb et couvre l'intercalaire intc22 (bleu).
    - Fin de l'opéron de eco: C'est l'intercalaire de 42 pb entre le gène codant pour le CDS YchS d'adresse directe (1286709..1286984) et la 'repeat region' d'adresse directe (1286637..1286666). Le complément de YchS commence à la 14ème base de tpr2 et se termine à la 1ère base de intc32 (bleu). Les intercalaires intc22 (eal) et intc32 (eco) sont donc représentés en adresse directe et donc comparables.


eco 51 opéron tac-tac-tpr: L'ordre avec les intercalaires est tac1-intc01-tpr0-intc02-intc03-tac2-intc2-tpr1-intc11-intc12-tpr2-intc21-intc22-tpr3-intc31-intc32
 
AGCAGGCCAGTAAAAAGCATTACCCCGT GGTGGGGTTCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACTGTAAATCTGCCGTCATCG
ACTTCGAAGGTTCGAATCCTTCCCCCACCACCA TAATTCACCACAGCGATGTGGTAACTTCGGTGAGATTGTGAAAGTTT
GCACTCAT CGGGGAAGG GTGAGAACCTTCGACTAAGGTTCGATTCGAGCGAAAGCGAGAGAACGTTGCCACAGGCAACGG
CCCGAAGGGTGAGGAGCGAAGCGACGA ATAATCCTTCCCCCACCACCA TCTCAAGCATTACCTCAAAATTTGAATTACCC
CT GGTGGGGTTCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACTGTAAATCTGCCGTCATCGACTTCGAAGGTTCGAATCCTTCCCCC
ACCACCA TCACTTTCAAAAGTCCCTGAACTTCCCAACGAATCCGCAATTAAATATTCTGCCCATG CGGGGAAGG ATGAGA
AGCTTCGACCAAGGTTCGACTCGAGCGCCAGCGAGAGAGCGTTGCCGCAGGCAACGACCCGAAGGGCGAAGCGCGCAGCG
CTGA GTAATCCTTCCCCCACCACCA TCACTTTCAAAAGTCCCTGAACTCTCAAGCGAATCCGCAATCAAATATTCTGCCC
ATG CGGGGAAGG ATGAGAAGCTTCGACTAAGGTTCGGCTCGAGCGTCAGCGAGAGAGCGTTGCCGCAGGCAACGACCCGA
AGGGCGAAGCGCGCAGCGCTGA GTAATCCTTCCCCCACCACCA TCACTTTCAAAAGCCCCGGAATTCTCAAACGAATCCG
CAATCAAATATTCTGCCCAAG CGGGGAAGG ATGAGAAGCTTCGACCAAGGTTCGACTTGAGCGCCAGCGAGAGAGCGTTG
CCGCAGGCAACGACCCGAAGGGCGAAGCGCGCAGCGCTGA GTCATCCTTCCCCCACCACCA TCGCTT CCTTAAATAATCA
 
eal 50 opéron tac-tac-tpr: L'ordre avec les intercalaires est tac1-intc01-tpr0-intc02-intc03-tac2-intc2-tpr1-intc11-intc12-tpr2-intc21-intc22
 
AAGGGAGCAGGCCAATAAAAGCATTACCCCGT GGTGGGGTTCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACTGTAAATCTGCCGTC
ACAGACTTCGAAGGTTCGAATCCTTCCCCCACCA CCATTATTCATCACAGCGATGTGGTAACTTCGGTGAGATTGTTAAA
GTTTGCACTCAT CGGGGAAGG GTGAGAGCCTTCGATTAAGGTTCGACTCGAGCAAAAGCGAGAGAACGTTGCCGCAGGCA
ACGGCCCGAAGGGTGAGGAGCGAAGCGACGA ATAATCCTTCCCCCACCACCA TCTCAAGCATTATCTCAAAATTTGAATT
ACCCTT GGTGGGGTTCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACTGTAAATCTGCCGTCATCGACTTCGAAGGTTCGAATCCTTC
CCCCACCACCA TTACTTTCAAAAATCCCTGAATTTCCCAAACAAATCCGTAATTGAATATTCTGCCTATA CGGGGAAGG A
CGAGAAGCTTCGACTAAGGTTCGACTCGAGCGCCAGCGAGAGAGCGTTGCCGTAGGCAACGACCCGCAGGGCGAAGCGCG
CAGCGCTGA GTCATCCTTCCCCCACCACCA TTACTTTCAAAAATCCCTGAACTCTCAAACAAATCTGTAATTAAATATTC
TCCCCATA CGGGAAAGG ATGAGAAGCTTCGACTAAGGTTCGACTCGAGCGCCAGCGAGAGAGCGTTGCCGCAGGCAACGA
CCCGCAGGGCGAAGCGCGCAGCGCTGA GTCATCCTTCCCCCACCACCA TTACTT GATTCCATTC TCACTCCTTCGGCTTT
TCCCCCATTCGCCGTAAAAACTGCTGCTGTAGCCTCAACAAATCCGCTAACGTTAACAACCGATAATCCAGCCCTTTTTG
CCGGGCGATACCTGCAATAATGCGACTTAACGCAGGGTAATGGCGATGATGCCAGTGAGGGAAAAGATGATGAGTAAGAT

Comparaison entre les 2 types de duplications avec et sans rRNAs

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Spectre en opérons des 4 génomes bsu lmo eco eal

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  • Lien au tableur:Spectre en opérons des 4 génomes bsu lmo eco eal
  • Adressage bsu lmo eco eal: NCBI
  • Archivage:   vpa   mja   pab
  • Notes:
    - Les opérons à rRNAs n'ont pas d'aas doubles dans les 4 génomes, mais dans eco et eal ces opérons ne dépassent pas 3 aas et sont au nombre de 9 contre 11 pour bsu et lmo.
    - Les opérons sans rRNAs de bsu et lmo n'ont pas d'aas doubles
    - Par contre, dans les opérons sans rRNAs de eco-eal, il y a beaucoup de doubles: 19 opérons sur 28 ont des doubles avec un maximum de 5 aaa dans le 7aas de eco.
    - La bactérie vpa n'a pas de doublons dans ses 10 opérons à rRNAs et les opérons sans rRNAs peuvent être très long (19) et avec beaucoup de doublons.
    - Chez les archées, quand les opérons à rRNAs existent, il n'y a pas de doublons mja, par contre les opérons sans rRNAs ne dépassent pas 3 tRNAs et ne contiennent pas de doublons mja pba pcl.
  • Légende: avec r, sans r, opéron contenant des rRNAs ou non. En gras opérons communs entre bsu et lmo, et entre eco et eal. atgf et atgi pour respectivement fMet et Ile2.
I. Opérons RNAs bactériens. Synthèse des 4 génomes bsu lmo eco eal
I1. Synthèse bsu
bsu avec r
21aas 21 voir
16aas 16 voir
9aas 9 voir
6aas 6 aac acc ggc cgt cca gca
4aas 4 cgt gga atgf gac
2aas*2 4 atc gca atc gca
total 60
bsu sans r
7aas 7 aac agc gaa caa aaa cta ctc
5aas 5 gaa gta aca tac caa
4aas 4 aaa gaa gac ttc
2aas 2 atg gaa
1aa*8 8 aga agg caa cgg gcc gga gtc tca
total 26
I3. Synthèse eco
eco avec r
3aas*3 9 atc gca gac atc gca acc gaa gac tgg
2aas 2 atc gca
1aa*3 3 3gaa
total 14
 
eco sans r
7aas*2 14 5aaa 2gta 2cag 2atg 2caa cta
5aas 5 4cgt agc
4aas*3 12 3gta aaa cgg cac ctg cca aca tac gga acc
3aas*4 12 3atgf 3ggc 3ctg tta tgc ggc
2aas*3 6 2tac 2gtc 2gcc
1aa*23 23 4aac 2atgi 2tcc 2ttc
acg aga agg atgf ccc ccg ctc gac ggg tca tcg tga ttg
total 72
I2. Synthèse lmo
lmo avec r
21aas 21 voir
16aas 16 voir
9aas 9 voir
4aas 4 atc gca aac acc
total 50
 
 
 
lmo sans r
5aas 5 gaa acg tac caa aaa
2aas*2 4 aac agc gaa gac
1aa*8 8 aga agg caa cgg gcc gga gtc tca
total 17
I4. Synthèse eal
eal avec r
3aas*2 6 atc gca gac tgg gac gaa
2aas*3 6 gaa acc atc gca atc gca
1aa*2 2 2gaa
total 14
eal sans r
7aas 7 2atg cta 2caa 2cag
5aas 5 3aaa 2gta
4aas*3 12 3cgt agc acc gga tac aca cca ctg cac cgg
3aas*4 12 3ctg 3atgf 2gta aaa ggc tgc tta
2aas*6 12 2tac 2gtc 2gcc 2ggc gga aca atgi aga
1aa*23 23 4aac 2atgi 2tcc 2ttc
acg aga agg atgf ccc ccg ctc gac ggg tca tcg tga ttg
total 71

Position des rRNAs dans les opérons

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  • Lien au tableur:Position des rRNAs dans les opérons
  • Adressage bsu lmo eco eal: NCBI
  • Archivage:   vpa   mja   pab
  • Notes: Le triplet 16-23-5, sans interruption, paraît très important pour avoir un opéron avec de nombreux aas.
    - Chez bsu-lmo 7 opérons sur 11 répondent à ce critère de 4 à 21 aas, seul le 14aas de lmo fait exception et répond à un remaniement important entre bsu et lmo.
    - Chez eco-eal aucun opéron ne répond à ce critère et tous ont le triplet discontinu entre 16s et 23s, avec au plus 3 aas.
    - Les intercalaires en aas entre 16s et 23s se répartissent en 2 groupes:
    1. La succession atc-gca entre 16s et 23s est présente sur la totalité des opérons discontinus de bsu-lmo, 4 sur 11, et 6 sur les 14 opérons de eco-eal.
    2. La présence du seul codon gaa entre 16s et 23s est présent dans les 8 opérons restants de eco-eal.
    - Chez vpa: 10 opérons à rRNAs. Il y a une similitude avec eco.
    1. 16-23-5: 2 opérons seulement ont cette séquence dont un porte 1 seul codon
    2. 16-xxx-23-5: 8 opérons ont cette séquence où xxx est une séquence de codons au nombre variable. Ils se répartissent en 4 groupes
      + 2 opérons avec 4 codons xxx, commençant par gaa aaa gca gta: 6 codons et 4 codons.
      + 2 opérons avec 3 codons xxx, commençant par gaa aaa gta:  4 codons et 3 codons.
      + 1 opéron avec 2 codons xxx se terminant par gaa gcc gaa: 4 codons.
      + 1 opéron avec 1 codons xxx gaa : 3 codons.
      + 2 opérons avec les codons xxx atc gca:  4 codons et 3 codons.
    - Chez mja
    - Chez pba
  • Légende:Les rRNAs 5s 16s 23s sont abrégés en 5 16 23. 6aas 9aas 16aas 21aas sont les noms des opérons avec respectivement 6 9 16 21 acides aminés. On peut avoir leurs listes en cliquant sur le lien ou bien dans le spectre ci-dessus pour 6aas. atgf et atgi pour respectivement fMet et Ile2.
I. Position des rRNAs dans les opérons de bsu lmo eco eal
I1. rRNAs bsu
aas opéron
2 16-atc gca-23-5
2 16-atc gca-23-5
9 16-23-5-9aas-16-23-5
6 16-23-5-6aas-16-23-5-16-23-5
4 cgt gga-16-23-5-atgf gac
16 16-23-5-16aas
21 16-23-5-21aas
60
I3. rRNAs eco
aas opéron
3 16-atc gca-23-5-gac
1 16-gaa-23-5
3 16-atc gca-23-5-acc-5
3 16-gaa-23-5-gac tgg
2 16-atc gca-23-5
1 16-gaa-23-5
1 16-gaa-23-5
14
I2. rRNAs lmo
 
 
 
aas opéron
9 16-23-5-9aas-16-23-5
21 16-23-5-21aas
16 16-atc gca-23-5-14aas
4 16-atc gca-23-5-aac acc
50
I4. rRNAs eal
aas opéron
3 16-atc gca-23-5-gac
2 16-atc gca-23-5
2 16-atc gca-23-5
1 16-gaa-23-5
3 16-gaa-23-5-gac tgg
2 16-gaa-23-5-acc-5
1 16-gaa-23-5
14

Longueurs des intercalaires bsu lmo eal eco

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Opérons à rRNAs		Opérons sans rRNAs	Variation des longueurs		Opérons sans rRNAs	
bsu+lmo 21 16 9 6aas	bsu+lmo			% 200*(bsu-lmo)/(bsu+lmo)	eal+eco		Longueurs constantes
gamme	fréquence	gamme	fréquence	gamme	fréquence		gamme	fréquence
5	17		5	4		-150	2			5	6
10	22		10	3		-120	4			10	3
15	14		15	3		-90	3			15	1
20	6		20	0		-60	5			20	1
25	9		25	1		-30	4			25	1
30	5		30	2		0	6			30	0
35	4		35	1		30	2			35	1
40	3		40	0		60	6			40	1
45	5		45	0		90	1			45	5
50	2		50	0		120	5			50	4
 	3			3		150	2				9
 	90			17			0				32
							40

Évolution interne des longueurs bsu lmo

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  • Lien aux tableur: Évolution interne des longueurs bsu lmo
  • Liens aux longueurs: bsu adresses    lmo adresses
  • Notes:
    - Les variations sont inversées, en intensité, entre bsu et lmo sauf pour aca. Cela se voit dans la symétrie des fréquences par rapport au zéro.
    - ctg/ctg - cta/cta suit le même schéma que les autres et même il est l'opposé de gta/gta bien qu'il change d'aa avec cependant la même longueur des 2 tRNAs.
    - Les intercalaires qui ont la même longueur à peu près ne sont pas toujours identiques: 1 sur 3 chez bsu et 4 sur 7 chez lmo.
  • Légende: exact(), fonction calc pour les comparaisons des séquences à différence de longueur inférieure à 4. Voir le lien tableur ci-dessus.
  • - II. Fréquence des longueurs des intercalaires et leur variation en interne pour bsu et lmo.
exact()		(21-9)/(21+9)	évolution interne des intercalaires en longueur							
vrai		# %		bsu-21	long	bsu-9	long		plage	gamme	fréquence
-		156		gta	32	gta	4		156	-150	1
1i2s		3		aca	37	aca	36		3	-120	0
-		50		aaa	10	aaa	6		50	-90	0
-		-156		ctg	5	cta	40		-156	-60	0
0		0		ggc	14	ggc	14		0	-30	3
1s		0		tta	9	tta	9		0	0	7
-		-57		cgt	15	cgt	27		-57	30	3
-		-57		cca	5	cca	9		-57	60	1
				gca		gca				90	0
										120	0
				lmo-21	long	lmo-9	long			150	0
0		0		gta	8	gta	8		0		1
0		0		aca	41	aca	41		0		
0		0		aaa	5	aaa	5		0		
faux		7		cta	15	cta	14		7		
-		-40		ggc	14	ggc	21		-40		
faux		-29		tta	9	tta	12		-29		
0		0		cgt	10	cgt	10		0		
faux		15		cca	22	cca	19		15		
				gca		gca

Cumuls des pourcentages GC

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 %GC							Longueur des intercalaires longs			
opérons		bsu r	lmo r	bsu	eal	eco	bsu r tgc-tta	bsu cta-ctc	eal aca-tac	  agc nscan
génome		43,6	37,9	-	49,6	51,6		-		-		-		-
tRNAs		59	61	-	58	-		-		-		-		-
intercalaires									
courts		21	15	20	38	-		-		-		-		-
longs		27	-	35	50	-		265		80		116		-
agc nscan	-	-	-	60	-		-		-		-		92
									
rRNA 21aas	54	53
opérons 21aas	53	51

Cumuls des modifications des intercalaires eal-eco

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cumul modifs des intercalaires	eal-eco	
Opéron	sub	insert	Longueur
7aas			
atg	0	2	9
cta	0		23
caa	0		34
caa	0		15
atg	5	1	48
cag	faux		37
cag	-	-	
5aas			
agc	0		4
cgt1	15	4	198
cgt2	19	1	198
cgt3	16		136
4aas			
cgg	0		58
cac	0		20
ctg	1	2	42
cca	-	-	
aca	0	1	8
tac	0		116
gga	0		6
acc	-	-	
Total	56	11	952
5aas	50	5	536
autres	6	6	416

Synthèse des modifications des génomes bsu lmo eal eco

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* Cumul modifs	bsu-lmo				
tRNAs	sub	insert	cca	n aas		sub/aa	total/aa
21aas	134	4	14	21		
16aas	88	6	6	14		
9aas	64	1	5	9		
total	286	11	25	44		6,5	7,3
						
* Cumul modifs	internes de bsu et lmo			
tRNAs	sub	insert	cca	n aas		sub/aa	total/aa
bsu	11	2	6	15		
lmo	2	0	7	18		
total	13	2	13	33		0,4	0,8
						
* Cumul modifs	eal-eco				
tRNAs	sub	insert	cca	n aas		sub/aa	total/aa
7aas	1			7		
5aas	0			9		
4aas	0			8		
total	1	0	0	24		-	0,04
						
* Cumul modifs des intercalaires  eal-eco				
	sub	insert	-	Longueur	-	total/aa (75)
Total	56	11		952			5,3
5aas	50	5		536			7,7
autres	6	6		416			2,2
						
* Cumul modifs des intercalaires  bsu-lmo				
Les modifications ont des longueurs variables

Synthèse des 2 types de duplications avec et sans rRNAs

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Comparaison avec les duplications des archées et des eucaryotes

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  1. ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4090602/pdf/fgene-05-00213.pdf
  2. ↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2045242/
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