Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/génomes synthèse

Liste NCBI des 51 génomes sauvegardés

• Lien tableur: Liste NCBI des 51 génomes sauvegardés
• Liste de la pré-étude de 21 génomes sauvegardés avant la nouvelle méthode et avec les fréquences des intercalaires CDS-CDS des chapitres “génome, intercalaires entre CDS”.

NCBI.1 21 génomes

KEEG	date NCBI	longueur pb	nom	lien NCBI
Artb
rtb	7.12.20	1112957 bp	Rickettsia typhi str. B9991CWPP	NCBI [1]
pub	24.01.21	1308759 bp	Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062	NCBI [2]
abra	13.12.20	1877792 bp	Acholeplasma brassicae	NCBI [3]
mja	09.04.20	1664970 bp	Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661	NCBI [4]
pmg	08.02.21	1641879 bp	Prochlorococcus marinus str. MIT 9301	NCBI [5]
blo	25.10.20	2256640 bp	Bifidobacterium longum NCC2705	NCBI [6]
scc	16.07.20	2227296 bp	Sphaerochaeta coccoides DSM 17374	NCBI [7]
afn	30.08.20	2329769 bp	Acidaminococcus fermentans DSM 20731	NCBI [8]
Acbn
cbn	31.01.14	2773157 bp	Clostridium botulinum BKT015925	NCBI [9]
ant	24.09.20	3192235 bp	Arcobacter nitrofigilis DSM 7299	NCBI [10]
myr	18.01.21	4155464 bp	Myroides sp. A21	NCBI [11]
rru	10.03.20	4352825 pb	Rhodospirillum rubrum ATCC 11170	NCBI [12]
mba	17.12.20	4837408 bp	Methanosarcina barkeri str. Fusaro	NCBI [13]
Aspl
spl	24.09.20	5174581 bp	Shewanella pealeana ATCC 700345	NCBI [14]
cvi	25.12.20	4751080 bp	Chromobacterium violaceum ATCC 12472	NCBI [15]
bsu	08.02.18	4215606 bp	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168	NCBI [16]
ade	16.07.20	5029329 bp	Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C	NCBI [17]
eco	23.09.20	4641652 bp	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655	NCBI [18]
Apmq
pmq	07.02.21	8739048 bp	Paenibacillus mucilaginosus 3016	NCBI [19]
cbei	31.07.20	6485394 bp	Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988	NCBI [20]
ase	17.12.20	9239851 bp	Actinoplanes sp. SE50/110	NCBI [21]

• Liste des 30 génomes en complément étudiés avec la méthode et sauvegardés après. Je les étudiés sommairement avant, en 2019, sans les fréquences des intercalaires CDS-CDS.

NCBI.2 30 génomes

KEEG	date NCBI	longueur pb	nom	lien NCBI
alpha
oan	1.8.21	2887297 bp	Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 1	NCBI [22]
oan2	1.8.21	1895911 bp	Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 2	NCBI [23]
rpm	12.3.21	3876289 bp	Pararhodospirillum photometricum DSM 122 chromosome DSM 122	NCBI [24]
rpl	20.01.22	1109301 bp	Rickettsia prowazekii str. Breinl	NCBI [25]
abqp	26.4.22	1901707 pb	Azospirillum brasilense strain Az39 plasmid AbAZ39_p1	NCBI [26]
abq	25.4.21	3064393 bp	Azospirillum brasilense strain Az39 chromosome	NCBI [27]
absp	11.4.22	1766028 bp	Azospirillum baldaniorum plasmid AZOBR_p1	NCBI [28]
abs	25.4.21	3023440 bp	Azospirillum baldaniorum	NCBI [29]
auap	12.4.22	9393 bp	Aureimonas sp. AU20 plasmid pAU20rrn	NCBI [30]
aua	12.4.21	3742793 bp	Aureimonas sp. AU20 chromosome	NCBI [31]
gama
ecoN	11.5.21	5441200 pb	Escherichia coli Nissle 1917 chromosome	NCBI [32]
vpb1	20.02.22	3297305 bp	Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 1	NCBI [33]
vpb2	20.02.22	1806219 bp	Vibrio parahaemolyticus BB22OP chromosome 2	NCBI [34]
eal	28.2.14	4701875 bp	Escherichia albertii KF1	NCBI [35]
vha1	12.12.21	3765351 bp	Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 chromosome I	NCBI [36]
vha2	12.12.21	2204018 bp	Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 chromosome II	NCBI [37]
alpha gama
eco	7.3.22	4641652 bp	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655	NCBI [38]
amed	15.1.22	4777154 bp	Aeromonas media WS chromosome	NCBI [39]
agr l	19.4.21	2148289 bp	Agrobacterium fabacearum chromosome linear	NCBI [40]
agr c	24.4.22	2823930 bp	Agrobacterium fabacearum chromosome circular	NCBI [41]
bacilli
lmo	27.2.15	2944528 bp	Listeria monocytogenes EGD-e	NCBI [42]
lam	6.3.22	2078001 bp	Lactobacillus amylovorus	NCBI [43]
lbu	13.2.22	1856951 bp	Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365	NCBI [44]
ban	21.1.22	5321900 bp	Bacillus anthracis strain 2002013094 chromosome	NCBI [45]
ppm	10.11.21	5728392 bp	Paenibacillus polymyxa SC2	NCBI [46]
ppmp	10.11.21	510118 bp	Paenibacillus polymyxa SC2, plasmid pSC2.	NCBI [47]
clostridia
psor	8.1.18	3550458 bp	Paeniclostridium sordellii strain AM370 chromosome	NCBI [48]
cdc	6.2.22	4110554 bp	Clostridioides difficile CD196	NCBI [49]
cdc8	6.2.22	4308325 bp	Clostridioides difficile M68	NCBI [50]
cbc	14.4.15	3892029 bp	Clostridium botulinum CDC_297	NCBI [51]
cle	19.3.21	4714237 bp	Cellulosilyticum lentocellum DSM 5427	NCBI [52]
hmo	6.3.22	3075407 bp	Heliomicrobium modesticaldum Ice1	NCBI [53]
actino
sma	20.4.21	9025608 bp	Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893	NCBI [54]
ksk	15.12.21	8783278 bp	Kitasatospora setae KM-6054	NCBI [55]
apal
npu	6.2.22	8234322 bp	Nostoc punctiforme PCC 73102	NCBI [56]
apal	14.12.21	1554229 bp	Alteracholeplasma palmae J233	NCBI [57]
mfe	11.12.21	3914091 bp	Methanosarcina sp. WH1 chromosome	NCBI [58]
mfi	25.9.19	2478074 bp	Methanobacterium formicicum genome assembly DSM1535, chromosome : chrI	NCBI [59]
fps	14.12.21	2860382 bp	Flavobacterium psychrophilum JIP02/86	NCBI [60]

Les blocs à tRNA

Les cds dans les blocs à tRNA

• Lien tableur: cds
• Légende:

fréquences intercalaires	fréquences cds en aa	
autour du cds				
	9				2
10	20			50	20
50	21			100	9
90	21			150	10
130	21			200	4
170	5			250	5
210	6			300	3
250	2			350	8
290	8			400	9
	113				70

génomes. Les cds dans les blocs à tRNA

génome	sens	adresse	nom	cds aa	intercal
gamma	autres rien
eal	comp	2042057..2043241	tuf1	395	117
	comp	2043359..2043431		acc gga tac aca
eco	comp	1287087..1287176	tpr	30	67
	comp	1287244..1287328		tac tac
		4175754..4175829		acc aca tac gga	114
		4175944..4177128	tufb	395
ecoN	comp	2192566..2192655		tcg	93
		2192749..2193546	DgsA	266	100
		2193647..2193722		aac
	comp	2236186..2236261		aac	4
		2236266..2237909	YeeO	548	100
		2238010..2238085		aac
amed	comp	3913378..3913454		tgg	52
	comp	3913507..3914691	cds	395	171
	comp	3914863..3914937		gga
alpha
rpm	comp	659042..659116		gtc	155
	comp	659272..660159	hydrolase	296	106
	comp	660266..660340		gtc
	comp	2114823..2114899		aga	55
	comp	2114955..2115251	ETC	96	71
	comp	2115323..2115399		cca
		2632171..2632246		gcc	166
	<	2632413..2632965	transposase	184	-41
		2632925..2633473	hp	183	30
	comp	2633504..2633579		aca	93
	comp	2633673..2634200	transferase	176	271
	comp	2634472..2634561		tcg
		2863981..2864056	aca		15
		2864072..2864317	DUF2829	82	8
		2864326..2864401	aaa
rru		1934224..1934300		cca	63
		1934364..1934663	ETC	100	12
		1934676..1934752		aga
	comp	3124836..3125033	translocase	66	151
	comp	3125185..3125260		tgg	343
	comp	3125604..3126794	ef tu	397	93
	comp	3126888..3126961		gga
	comp	3126989..3127074		tac	37
		3127112..3128158	RlmB	349	57
		3128216..3128291		aca	127
		3128419..3128652	hp	78
		3378495..3378569		acc	237
		3378807..3379370	hp	188	234
oan	comp	2040234..2040453	hp	73	91
		2040545..2040629		tac
		2040654..2040727		gga	6
	comp	2040734..2040916	hp	61	-50
		2040867..2042042	ef Tu	392	65
		2042108..2042183		tgg	420
		2042604..2042804	translocase	67
	comp	2697238..2697314		aga	123
	comp	2697438..2697743	ETC	102	156
	comp	2697900..2697976		cca
abq	comp	748703..749161	hp	153	38
	comp	749200..749275		aca	91
	comp	749367..750221	RlmB	285	144
		750366..750451		tac
		750512..750585		gga	81
		750667..751857	ef Tu	397	153
		752011..752086		tgg	69
		752156..752353	Translocase	66
		872533..872608		atgi	5
	comp	872614..873093	GNAT	160	134
	comp	873228..873304		cgt
		1354014..1354091		cca	49
		1354141..1354437	ETC	99	10
		1354448..1354524		aga
abs	comp	1500772..1501110	P-II	113	338
		1501449..1501524		cac
		1501634..1501709		cac	129
		1501839..1503305	epimerase	489	106
		1503412..1504977	Manolyl CoA	522	173
		1505151..1505235		cta	91
		1505327..1506661	trigger factor	445
		1808815..1808892		cca	49
		1808942..1809238	ETC	99	10
		1809249..1809325		aga
		2293805..2293881		cgt	137
		2294019..2294495	GNAT	159	5
	comp	2294501..2294576		atgi
	comp	2418203..2418400	translocase	66	69
	comp	2418470..2418545		tgg	152
	comp	2418698..2419888	ef Tu	397	81
	comp	2419970..2420043		gga
	comp	2420104..2420189		tac	144
		2420334..2421188	RlmB	285	91
		2421280..2421355		aca	137
		2421493..2423187	integrase	565
agr		1532381..1532455		gaa	121
		1532577..1532818	P-hp	81	89
		1532908..1532982		gaa
		1770727..1772280	integrase	518	91
	comp	1772372..1772448		cca	265
		1772714..1773019	ETC	102	51
		1773071..1773147		aga	7
	comp	1773155..1773892	DUF429	246
aua		2368353..2368429		cca	43
		2368473..2368778	cds	102	36
		2368815..2368890		aga
	comp	2641950..2642023		tgc	153
	comp <	2642177..2642443	cds	89	296
		2642740..2642814		aac
beta	néant
delta	néant
bacilli	autres rien
pmq		20252..21532	cds	427	47
		21580..21666		tca	140
		21807..22157	hp	117	17
		22175..22357	hp	61	23
		22381..22524	hp	48	86
	comp	22611..22796	hp	62	138
	comp	22935..25265	replicase	777	156
		25422..26165	hp	248	220
	comp	26386..26460		cgg	183
		26644..27168	replicase	175
clostridia	autres rien
hmo	comp	105958..106044		ctg	321
	comp	106366..106929	cds	188	241
	comp	107171..107246		aca
		1172120..1172196		agg	181
		1172378..1172812	cds	145	62
		1172875..1172966		tcg
		1764087..1764161		ggc	92
	comp	1764254..1764493	cds	80	72
		1764566..1764641		tgc
	comp	2496451..2496527		gtc
	comp	2496532..2496609		atgj	175
		2496785..2497120	cds	112	217
	comp	2497338..2497420		ctc
	*** Suivent 5 tRNAs comp ***
	comp	2497882..2497958		gtg	-10
	comp	2497949..2498185	cds	79	66
		2498252..2498328		ccg
actino	autres rien
ase		1520472..1520544		aac	315
		1520860..1522122	cds	421	236
		1522359..1522432		atg
	comp	4901908..4901981		gcg	19
	comp	4902001..4902321	cds	107	23
	comp	4902345..4902417		gac
	*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***
		6400506..6400577		ggc	25
		6400603..6401055	cds	151	35
		6401091..6401163		cag
bacteroide	fps rien
myr	comp	719769..719842		tgg	60
	comp	719903..721090	cds	396	58
	comp	721149..721220		acc
	omp	1929840..1929925		tta	147
	comp	1930073..1930444	cds	124	108
	comp	1930553..1930638		tta
	comp	2208797..2208872		atgf	106
	comp	2208979..2209605	cds	209	147
	comp	2209753..2209829		atgj
cyano	npu rien
pmg	comp	435678..435751		gac	149
	comp	435901..436095	cds	65	35
	comp	436131..436203		tgg
tenericutes
abra	comp	1540706..1540780		tgg	47
	comp	1540828..1541754	cds	309	137
		1541892..1541967		cac
apal	comp	205299..205373		tgg	73
	comp	205447..206382	cds	312	133
		206516..206591		cac
	comp	1457388..1457463		gac	40
	comp	1457504..1458355	cds	284	154
	comp	1458510..1458585		ttc
	*** 10 tRNAs 5s23s ***
archeo	mfi mfe rien
mja		862590..862661		cga	41
		862703..863392	cds	230	86
		863479..863555		aca
	*** 3 tRNAs 5s gac ***
mba		4618540..4618617		gaa	351
		4618969..4619190	hp	74	377
		4619568..4619645		gaa

Les totaux des génomes par type

• Les six types sont: les solitaires, les multiples, les duplicata, avant 5s, après 5s >3, après 5s <4, avant 16s et après 16s. En abrégé, respectivement, 1aa >1aa dup -5s +5s >3, 5s <4 (ou 1-3aas), -16s +16s.
• Note : le tableau de contrôle est dans le tableur
• Lien tableur : Les totaux des génomes par type

Les totaux des types

• Lien tableur: Les totaux des types

Les totaux des types

actino	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
total	1047	912	13	751	11	304	493	135	3666

• Note: le -16s long de 33 est compté dans les +5s >3.

La référence +5s >3

• Lien tableur : La référence +5s >3
• Ce sont ceux des bacilli plus ceux des clostridia parce qu'ils sont nombreux et réduits à 2 clades, donc homogènes. Tenericutes en possèdent 2 fois 11. Les archées en possèdent aussi, mais seulement 1 de 6aas. Voir les études plus détaillées dans les fiches qui ne concernent que les blocs à rRNA.
• Légende:

  - Cyan pour les valeurs faibles, total 19 pour 21 tRNAs.

  - Jaune pour les valeurs fortes et en gras les plus fortes, total 474 pour 14 tRNAs

  - blanc pour les valeurs intermédiaires, gca et atc le sont aussi, total 236 pour 16 tRNAs.

  - Le rouge pour l'emplacement des +16s occupés, gca et atc.

  - Les encadrés sont les emplacements des 1-3aas des +5s de alpha + gamma.

  - Le -16s de 33 aas est compté ici comme un +5s long (inversion).

Bacilli + clostridia. Les +5s >3 de référence.

g1		t1
a atgi	12	a tct		tat		atgf	29
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	26	b tcc	10	tac	26	tgc	17
f atc	15	j acc	9	aac	38	agc	15
g ctc	4	f ccc	2	cac	20	cgc	30
h gtc	5	n gcc	1	gac	39	ggc	38
i tta	22	c tca	17	taa		tga
j ata		k aca	31	aaa	39	aga	15
k cta	20	g cca	33	caa	29	cga
l gta	49	o gca	15	gaa	42	gga	25
m ttg	7	d tcg	2	tag		tgg	12
n atgj	21	l acg	2	aag		agg
o ctg	9	h ccg	1	cag		cgg
p gtg		p gcg		gag	1	ggg	1
5s-bc	inter		min		max		total
total	236		19		474		729

totaux par rapport au groupe de référence

• Lien tableur : totaux par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence : voir la référence
• Légende :

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

bacts. Comparaison avec la référence

tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
	bacts	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
21	faible	317	124	114	19	2	7	583
16	moyen	345	327	80	246	43	253	1294
14	fort	250	596	299	486	90	68	1789
		912	1047	493	751	135	328	3666
10	g+cga	151	68	57	7			283
2	agg+cgg	55	11		12	1		79
4	carre ccc	93	41	55		1	7	197
5	autres	18	4	2				24
		317	124	114	19	2	7	583
		total tRNAs ‰
	bacts	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	bacts ‰	ref.‰
21	faible	86	34	31	5	1	2	159	26
16	moyen	94	89	22	67	12	69	353	324
14	fort	68	163	82	133	25	19	488	650
		249	286	134	205	37	89	3666	729
10	g+cgg	41	19	16	2			77	10
2	agg+cga	15	3		3	0.3		22
4	carre ccc	25	11	15		0.3	2	54	16
5	autres	5	1.1	0.5				7
		86	34	31	5	0.5	2	159
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	bacts	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	129	51	46	226	26	35	12	23
16	moyen	141	133	33	307	324	38	31	16
14	fort	102	243	122	467	650	27	57	61
		372	427	201	2452	729	912	1047	493
10	g+cgg	62	28	23	113	10	48	55	50
2	agg+cga	22	4		27		17	9
4	carre ccc	38	17	22	77	16	29	33	48
5	autres	7	2	0.8	10		6	3	2
		129	51	46	226		317	124	114

Caractérisation des tRNAs

Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication

• Lien tableur: Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication
• Le groupe de référence: voir la référence. Ici les intermédiaires sont remplacés par le vert au lieu du blanc. La colonne +5s représente la référence (729) plus ceux des tenericutes (22, 2*11) ce qui ne change pas l'ordre de son classement: atgijf ttc tta gta aaa tca aca gca gac.
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Synthèse des 44 génomes. Caractérisation de chaque tRNA par les 4 processus: +5s 1aa >1aa duplication

Caractérisation par les effectifs g1 +5s 1aa >1aa dup t1 +5s 1aa >1aa dup +5s 1aa >1aa dup +5s 1aa >1aa dup a atgi 14 30 7 2 a tct tat atgf 31 30 36 30 b att i act 3 aat agt 1 c ctt 4 3 2 e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 28 21 35 9 b tcc 10 37 6 2 tac 26 7 44 28 tgc 17 16 38 4 f atc 15 4 7 2 j acc 9 18 22 5 aac 38 28 35 22 agc 15 18 34 g ctc 4 30 15 2 f ccc 2 28 1 cac 20 14 34 11 cgt 30 15 19 49 h gtc 5 19 11 28 n gcc 1 16 14 25 gac 41 14 54 13 ggc 38 17 59 43 i tta 24 18 31 2 c tca 19 36 12 4 taa tga 9 j ata 1 1 0 k aca 33 19 43 7 aaa 41 17 44 25 aga 15 29 21 2 k cta 20 21 32 8 g cca 33 20 39 4 caa 29 19 37 12 cga 3 7 l gta 51 13 54 26 o gca 17 4 7 gaa 42 15 52 25 gga 25 15 45 6 m ttg 7 34 8 2 d tcg 2 26 5 tag tgg 12 31 13 2 n atgj 23 15 39 6 l acg 2 28 5 aag 18 12 16 agg 31 1 o ctg 9 20 16 28 h ccg 1 15 4 8 cag 9 14 10 cgg 24 10 p gtg 10 5 8 p gcg 13 5 3 gag 1 9 5 12 ggg 1 20 6

Caractérisation par la relativité des 4 processus: chaque processus est rapporté à 1000 tRNAs. g1 +5s 1aa >1aa dup t1 +5s 1aa >1aa dup +5s 1aa >1aa dup +5s 1aa >1aa dup a atgi 19 33 7 4 a tct tat atgf 41 33 34 61 b att i act 0 3 0 0 aat agt *1 c ctt 0 4 3 4 e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 37 23 33 18 b tcc 13 41 6 4 tac 35 8 42 57 tgc 23 18 36 8 f atc 20 4 7 4 j acc 12 20 21 10 aac 51 31 33 45 agc 20 20 32 0 g ctc 5 33 14 4 f ccc 3 31 1 0 cac 27 15 32 22 cgt 40 16 18 99 h gtc 7 21 11 57 n gcc 1 18 13 51 gac 55 15 52 26 ggc 51 19 56 87 i tta 32 20 30 4 c tca 25 39 11 8 taa tga 0 10 0 0 j ata *1 *1 k aca 44 21 41 14 aaa 55 19 42 51 aga 20 32 20 4 k cta 27 23 31 16 g cca 44 22 37 8 caa 39 21 35 24 cga 0 3 7 0 l gta 68 14 52 53 o gca 23 4 7 0 gaa 56 16 50 51 gga 33 16 43 12 m ttg 9 37 8 4 d tcg 3 29 5 0 tag tgg 16 34 12 4 n atgj 31 16 37 12 l acg 3 31 5 0 aag 0 20 11 32 agg 0 34 1 0 o ctg 12 22 15 57 h ccg 1 16 4 16 cag 0 10 13 20 cgg 0 26 10 0 p gtg 0 11 5 16 p gcg 0 14 5 6 gag 1 10 5 24 ggg 1 22 6 0

Construction du tableau avec les sous-totaux

• Lien tableur : Construction du tableau avec les sous-totaux

Définition des classes pour les 4 types

• Notes : Dans le tableau ci-dessus de la caractérisation des tRNAs rapportée à 1000 pour chaque type, 2ème tableau, les nombres en gras commencent à partir de 26 et sont au nombre de 64. Ce sont les plus élevés, ils incluent les nombres non gras des +5s colorés en jaune. On peut les diviser en

  - forts (les jaunes sans gras de la référence) de 26 à 37 au nombre de 32.

  - très forts (les gras jaunes de la références) de 39/1000 et plus, au nombre de 32

  - Les valeurs les plus faibles seraient inférieures à 10/1000 et sont au nombre de 68 dont 23 zéros. Les tRNAs ata et agt ne sont pas pris en compte (*). Le reste est divisé en

  - moyen faibles de 10 à 16 au nombre de 33, et en

  - moyen forts de 18 à 25 au nombre de 31.

  - Les nombres en gras du 1^er tableau sont ceux de la référence (+5s) relativisés pour les duplications qui ont un total 50% inférieur à la référence. Les ruptures des types rapportés à 1000 tRNAs confirment et harmonisent le 1^er tableau.

  - NB.SI, fonction calc utilisée.

0	23		16	9		32	5		48	0	
1	6		17	0		33	6		49	0	
2	0		18	4		34	3		50	1	
3	6		19	3		35	2		51	5	
4	13		20	9		36	1		52	2	
5	6		21	4		37	4		53	1	
6	3		22	4		38	0		54	0	
7	5		23	4		39	2		55	2	
8	5		24	2		40	1		56	2	
9	1		25	1		41	3		57	3	
10	5		26	2		42	2		61	1	
11	4		27	2		43	1		68	1	
12	5		28	0		44	2		87	1	
13	3		29	1		45	1		99	1	
14	4		30	1		46	0				
15	3		31	5		47	0				
	92			51			33			20	196

Les processus +16s -16s -5s 1-3aas

Récapitulatifs

• D'après les distributions des totaux: liens

gama alpha baci clos bact actino cyano tener

• Légendes : alpha* pour alpha+beta+delta, btc pour bacteroide tenericutes cyano

+16s	gca	atc	aaa	gta	gcc	gaa	total
gama	29	23	8	8	2	33	103
clos	26	11			5		42
afn	2	2					4
baci	16	15					31
alpha*	37	43					80
b t c	21	23					44
actino	0	0	0	0	0	0	0
total	131	117	8	8	7	33	304

total 1-3aas					
	alpha	gama	baci	clos	tener
atgf	23		2	2	
gac		23	2	1	
aac			4	7	6
acc		9	1	1	
tgg		8		1	
tca		4			
gaa		1		2	
tcc			1		
total	23	45	10	14	6
autres				37	

-16s	2gga 2tac aac agc atc cgt gca tca tcc		
-5s	3aca 5gga 5aac

Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence

• Lien tableur: Les processus +16s -16s 1-3aas -5s comparés à la référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

  - Les soulignés du 1^er tableau sont la somme de 2 à 3 clades : voir le récapitulatif ci-dessus.

Distribution des totaux 1-3aas +16s -16s -5s.

Total 1-3aas g1    t1          a atgi 8 a tct tat atgf 27 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc 1 tac tgc 1 f atc j acc 11 aac 17 agc g ctc 1 f ccc cac cgc h gtc n gcc gac 26 ggc 4 i tta 4 c tca 4 taa tga j ata k aca aaa 6 aga 1 k cta g cca caa cga l gta o gca 4 gaa 3 gga 1 m ttg d tcg tag tgg 9 n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg 1 p gtg p gcg gag ggg baci clos clos alpha tener gama total 10 47 4 23 6 45 135

Total 1-3aas avec la référence +5s g1    t1          a atgi 8 a tct tat atgf 27 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc 6 b tcc 1 tac tgc 1 f atc j acc 11 aac 17 agc g ctc 1 f ccc cac 0 cgc h gtc n gcc gac 26 ggc 4 i tta 4 c tca 4 taa tga j ata k aca aaa 6 aga 1 k cta g cca caa cga l gta o gca 4 gaa 3 gga 1 m ttg d tcg tag tgg 9 n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg 1 p gtg p gcg gag ggg inter max min total 43 90 2 135

Total +16s avec la référence +5s g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 117 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgc h gtc n gcc 7 gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 8 aga k cta g cca caa cga l gta 8 o gca 131 gaa 33 gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg inter max min total 248 49 7 304

Total -16s -5s avec la référence +5s g1    t1          a atgi a tct tat atgf b att i act aat agt c ctt e cct cat cgt d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc 1 tac 2 tgc f atc 1 j acc aac 6 agc 1 g ctc f ccc cac cgc 1 h gtc n gcc gac ggc i tta c tca 1 taa tga j ata k aca 3 aaa aga k cta g cca caa cga l gta o gca 1 gaa gga 7 m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg inter max min total 5 19 0 24

Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires

• Lien tableur : Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires
• Le groupe de référence : voir la référence
• Légend e:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

• Note : Ces 2 processus ont été comptabilisés sur de plus grands effectifs dans les fiches mémoires par clade. La comparaison des effectifs avec ceux des annexes montrent qu'ils sont semblables statistiquement. Voir la synthèse des +16s et des 1-3aas.

Distribution des +16s et des 1-3aas des fiches mémoires, avec la référence +5s.

Effectifs des +16s g1    t1          a atgi a cds 121 16s 1039 atgf 2 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 1235 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc 11 gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 11 aga k cta g cca 4 caa cga l gta 13 o gca 1249 gaa 272 gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg inter max min total 2484 302 11 2797

Les +16s rapportés à 1000 tRNAs. g1    t1          a atgi a tct tat atgf 1 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc b tcc tac tgc f atc 442 j acc aac agc g ctc f ccc cac cgt h gtc n gcc 4 gac ggc i tta c tca taa tga j ata k aca aaa 4 aga k cta g cca 1 caa cga l gta 5 o gca 447 gaa 97 gga m ttg d tcg tag tgg n atgj l acg aag agg o ctg h ccg cag cgg p gtg p gcg gag ggg inter max min total 888 108 4 1000

Effectifs des 1-3aas g1    t1          a atgi 15 a tct tat atgf 172 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 21 b tcc 2 tac 12 tgc 7 f atc 3 j acc 82 aac 73 agc 1 g ctc 2 f ccc cac 2 cgt 4 h gtc n gcc gac 172 ggc 12 i tta 5 c tca 5 taa tga j ata k aca 1 aaa 17 aga 1 k cta g cca 1 caa 1 cga l gta 5 o gca 14 gaa 7 gga 12 m ttg d tcg tag tgg 78 n atgj 1 l acg 1 aag agg o ctg 1 h ccg cag cgg 2 p gtg 1 p gcg gag ggg 2 inter max min total 218 510 8 736

Les 1-3aas rapportés à 1000 tRNAs. g1    t1          a atgi 20 a tct tat atgf 234 b att i act aat agt c ctt e cct cat cgc d gtt m gct gat ggt e ttc 29 b tcc 3 tac 16 tgc 10 f atc 4 j acc 111 aac 99 agc 1 g ctc 3 f ccc cac 3 cgt 5 h gtc n gcc gac 234 ggc 16 i tta 7 c tca 7 taa tga j ata k aca 1 aaa 23 aga 1 k cta g cca 1 caa 1 cga l gta 7 o gca 19 gaa 10 gga 16 m ttg d tcg tag tgg 106 n atgj 1 l acg 1 aag agg o ctg 1 h ccg cag cgg 3 p gtg 1 p gcg gag ggg 3 inter max min total 296 693 11 1000

Classement des tRNAs avec les 8 processus

• Lien tableur : Classement des tRNAs avec les 8 processus
• Liens aux indices des clades : alpha bacilli   gamma actino clostridia bacteroide   cyano tener spiro   beta epsilon delta   bactéries

Classement des tRNAs rapportés à 1000 par processus

Classement avec les processus +5s et >1aa. tRNA +5s 1aa >1aa dup 1-3aas +16s atgf 41 33 34 61 234 1 aac 51 31 33 45 99 -  I gaa 56 16 50 51 10 97 gac 55 15 52 26 234 - gta 68 14 52 53 7 5 aaa 55 19 42 51 23 4 ggc 51 19 56 87 16 - tac 35 8 42 57 7 -  II aca 44 21 41 14 1 - cca 44 22 37 8 1 2 caa 39 21 35 24 1 - ttc 37 23 33 18 29 - gga 33 16 43 12 16 - tta 32 20 30 4 7 - atgj 31 16 37 12 1 - cta 27 23 31 16 - - cac 27 15 32 22 3 -  III tgc 23 18 36 8 10 - agc 20 20 32 0 1 -  IV cgt 40 16 18 99 5 -  V gca 23 4 7 0 19 447 atc 20 4 7 4 4 442    VI acc 12 20 21 10 111 - tgg 16 34 12 4 106 -

Classement avec les processus 1aa et dup tRNA +5s 1aa >1aa dup 1-3aas +16s tca 25 39 11 8 7 - aga 20 32 20 4 1 - atgi 19 33 7 4 20 - tcc 13 41 6 4 3 - ttg 9 37 8 4 - - ctc 5 33 14 4 3 -  I ccc 3 31 1 0 - - tcg 3 29 5 0 - - acg 3 31 5 0 1 - agg 0 34 1 0 - - cgg 0 26 10 0 3 - ggg 1 22 6 0 3 -  II ctg 12 22 15 57 1 - gtc 7 21 11 57 - - gcc 1 18 13 51 - 4 aag 0 20 11 32 - - gag 1 10 5 24 - - cag 0 10 13 20 - - ccg 1 16 4 16 - - gtg 0 11 5 16 1 - gcg 0 14 5 6 - -  III cga 0 3 7 0 - - ata 0 1 1 0 - - tga 0 10 0 0 - -  IV ctt 0 4 3 4 - - act 0 3 0 0 - - agt 0 1 0 0 - -

Les intercalaires dans les genome.cumuls

• Lien tableur : Les intercalaires dans les genome.cumuls
• Récapitulatif des chapitres cumuls
• - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes)
• - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas.
• fréquences des intercalaires tRNA-tRNA avec ou sans rRNA et des tRNA-cds

tRNA-tRNA			tRNA-cds	
	avec	sans			cds
20	19	19		50	1
30	7	6		100	1
40	2	10		150	8
50		4		200	17
60		7		250	6
70		0		300	1
80		2		350	1
86	3			total	35
138		3			
total	31	51		pub	50
				pmg	93
rru		119		oan	258
aua		131		cbei	350
oan		138			
cvi	86				
rru	66				
agr	59				

Les intercalaires entre cds d'un génome

• Note : Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

Méthode de prélèvement

• Modèle de calculs avec mja NCBI [61] et eco NCBI [62], des intercalaires entre CDS, c+ c- x+ x-, et entre autres gènes.

*Modèle de calcul avec mja après suppression des commentaires dans NCBI
     repeat_region   378..2126
     gene            complement(2216..3343)
     CDS             complement(2216..3343)
     gene            complement(3340..4071)
     CDS             complement(3340..4071)
     gene            <4252..4566
     CDS             <4252..4566
     gene            4911..5381
     CDS             4911..5381
après mise en forme j'obtiens
	repeat_region  378..2126      intercalaire ax+ = 2216 - 2126 - 1 = 89  pbs	intercalaire type autre-cds discontinu
comp	CDS            2216..3343     intercalaire c-  = 3340 - 3343 - 1 = -4  pbs	intercalaire type cds-cds négatif continu
comp	CDS            3340..4071     intercalaire x+  = 4252 - 4071 - 1 = 182 pbs	intercalaire type cds-cds positif discontinu
	CDS            4252..4566     intercalaire c+  = 4911 - 4566 - 1 = 346 pbs	intercalaire type cds-cds positif continu
	CDS            4911..5381
		
* Modèle de calcul avec eco présentant 2 pseudo gènes où la ligne "gene" n'est pas suivie de la ligne "CDS"
comp	gene		238257..238736
comp	CDS		238257..238736
comp	gene		238746..239084		/pseudo
     	gene		239190..239378		/pseudo
comp	gene		239419..240189
comp	CDS		239419..240189

• Traitement par lots

  - Sauvegarder le NCBI sans ses commentaires

  1. Afficher le NCBI et relever taille et date
  2. Copier dans un txt puis dans un calc temporaire pour faciliter les sélections début ou fin.
  3. Sélectionner la 1^ère cellule puis select ctrl+Maj+fin et trier croissant. Le curseur est à la fin. Rechercher (ctrl+H) " tRNA " précédent.
  4. Descendre le curseur d'une cellule puis select ctrl+Maj+fin et supprimer.
  5. Se positionner au début ctrl+début et rechercher (ctrl+H) "CDS" suivant sans les cotes.
  6. Monter le curseur d'une cellule et puis le mettre loin à droite et effacer le début, ctrl+Maj+début.
  7. Le curseur est au début rechercher CDS suivant puis sélectionner ctrl+Maj+fin et coller au début de la feuille en H9.
  8. Le fichier est alors sauvegardé dans un txt en remplaçant la tabulation par le caractère de séparation § (ctrl+H, remplacer \t par §). Au moment de la récupération ne doit exister qu'un seul caractère de séparation, ici le §. J'ai sauvegardé plusieurs génomes dans un même lien de wikipédia comme suit :
     • Artb rtb pub abra mja pmg blo scc afn
     • Acbn cbn ant myr rru mba
     • Aspl spl cvi bsu ade eco
     • Apmq pmq cbei ase
     • Liens à l'article genèse pour les autres génomes:  alpha   gama   alpha gama   actino   apal   bacilli   clostridia
     • Liste NCBI des 51 génomes

  - Formatage en 4 colonnes : complement gène adresse1 adresse2

  1. Retour au tableur. Rechercher "join(", résoudre ses adresses en adresses uniques et sauvegarder le join sur la même ligne.
  2. Sans sélection remplacer CDS gene rRNA tRNA en ajoutant (;)
  3. Rechercher tRNA; suivant, vérifier s’il n’y a pas d’autres gènes entre "CDS;" et "gene;" et les suffixer avec ";", comme ncRNA misc regulatory...
  4. Supprimer la ligne où le gène est ‘source’ puis tri croissant sur la colonne gène à partir de la ligne au-dessus de "source".
  5. Sélectionner tout ctrl+Maj+fin, copier dans txt puis dans le calc temporaire: à ce moment j'ai 3 colonnes, une contenant le nom du gène, CDS tRNA ..., à côté la colonne des adresses et à côté la note de join sauvegardée au 1^er alinéa. Sauvegarder la note join dans le commentaire de la cellule correspondante de la colonne des gènes. Supprimer la note.
  6. Pour la discontinuité "complement-non complement", ajouter une colonne à gauche contenant comp pour les adresses avec "complement".
  7. Enlever les blancs dans le fichier, ctrl+H et remplacer " " par rien.
  8. Sélectionner la colonne contenant les adresses, ctrl+H et enlever les caractères ( <)> et les caractères alphabétiques avec l'expression régulière [:alpha:].
  9. Remplacer les 2 points des adresses .. en ; en copiant la colonne dans txt et ctrl H . Il ne doit y avoir qu'un seul caractère de séparation qui est le ;.
  10. Puis copier le tout en 2 colonnes dans calc en écrasant la colonne des adresses modifiée.

  - Traitement des pseudo gènes

  1. Sur la colonne à gauche de comp, numéroter en séquence gene puis CDS puis le reste : à la 1^ère occurrence écrire 1 puis, à la 2ème, écrire la formule, cellule de la 1ère occurrence + 1. Couper la formule et select la plage, coller et couper coller format.
  2. Trier d’abord sur la colonne 1 des numéros, puis trier sur 1^ère et 2^ème adresse. À ce moment gene et CDS sont dans ce sens pour la même adresse.
  3. Dans certains cas la ligne gene n'est pas suivie par sa ligne CDS. À droite de la colonne 2^ème adresse je crée une colonne de formule, "1^èrme e adresse de la ligne suivante - (moins) celle de la ligne de la formule". Pour un couple "gene CDS" qui se suivent la différence est nulle. Pour un couple "CDS gene" ou "gene gene" qui se suivent la différence n'est pas nulle. Ensuite je fais la même chose sur la colonne suivante mais pour les 2^èrmes adresses. Couper les 1^ères cellules des 2 dernières colonnes puis select ctrl+H+fin à partir de ces cellules coupées, coller et couper coller format.
  4. En triant sur les 2 dernières colonnes à droite, toutes les lignes "gene" avec 0 et 0 dans les 2 dernières colonnes sont à supprimer.
  5. Supprimer les 2 colonnes des différences ainsi que la 1ère colonne de numérotation.

  - Calcul des intercalaires

  1. Trier le reste sur 1^ère et 2^ème adresse. Calculer les intercalaires avec la formule, 1^ère adresse de la ligne suivante moins 2^èrme adresse de la ligne moins 1. Couper la formule, sélecter ctrl+Maj+fin, coller puis couper et coller format.
  2. Rechercher et colorer les CDS de la colonne des gènes, "ctrl+H CDS". Les gènes différents de CDS apparaissent en clair.

  - Marquage des intercalaires types

  1. Marquage des discontinus : Soit G9 la cellule de la colonne comp, G, et de ligne 9, que je vais tester dans une cellule L9 dont la colonne est libre.

     + Initialiser la cellule L9 avec la fonction =SI(G9=G10,1,0). Couper la formule, sélecter ctrl+Maj+fin, coller puis couper et coller format.

     + Sélectionner la colonne résultat et supprimer les 1 avec ctrl+H, remplacer 1 par rien. La colonne des discontinus doit être en 1^er et l'écraser par la colonne des * (autres gènes ci-dessous) en ignorant les cellules vides (choix dans ctrl+v).

  2. Marquage des gènes autres que CDS:

     + On peut marquer les gènes différents de CDS dans la cellule M9 avec la fonction =SI en comparant le contenu de la cellule H9 à la cellule contenant, $CDS$: =SI(($CDS$=H9) et (H9=H10),0,2). Avec cette formule un CDS suivi d'un autre gène a pour résultat un 2 qui correspondra plus loin au deb (pour début du pavé clair).

     + Faire sur la colonne adjacente N9, la formule =SI(($CDS$=H9) et (H9=H8),0,3). Avec cette formule un CDS précédé d'un gène différent de CDS a pour résultat un 3 qui correspondra plus loin à fin (pour fin du pavé clair).

  3. Cadrage des types "autres gènes" par une colonne deb-fin:

     + Dans la cellule F9 tester les cellules H9 et M9, =SI(($CDS$=H9) et (M9=2),7,0). Un résultat 7 correspond au résultat 2 de la colonne L.

     + Dans la cellule E9 tester les cellules M9 et N9, =SI((M9=0) et (N9=3),9,0). Un résultat 9 correspond au résultat 3 de la colonne N.

     + Supprimer les 0 des colonnes E et F, couper coller la colonne E sur F en ignorant les cellules vides et remplacer 7 par deb et 9 par fin.

  4. Compléter la colonne des intercalaires types: Compléter la colonne L pour les types d'intercalaires x+ x- c+ c- et * pour discontinus positifs négatifs, continus positifs négatifs et autres intercalaires. Pour cela supprimer les 0 de la colonnes M et effacer la colonne N. Remplacer les 2 dans la colonne M par * et couper coller M sur L en ignorant les cellules vides.

  - Calcul de la fréquence des intercalaires:

  1. Le tri : En triant dans l'ordre croissant, la colonne de marquage puis la colonne des intercalaires, apparaissent les discontinus négatifs suivis des discontinus positifs. Je colorie, pour repérer les erreurs lors des contrôles, les x- en vert et les x+ en cyan. Pour les x- je remplace les 0 par des 1. Ainsi après les mêmes tris j'obtiens les 0 qui sont des x+ colorés en cyan, les x- colorés en vert, les * en clair, les c- que je colorie en jaune sans caractère sur la colonne de marquage et les c+ que je laisse en clair en clair, sans caractère sur la colonne de marquage.
  2. Les fréquences : sur ces plages j'applique la fonction "fréquence" de calc pour créer les diagrammes 400 et les diagrammes 40.

  - Traitement des "autres gènes":

  1. deb-fin : Plusieurs "autres gènes" peuvent être en une séquence longue comme pour les tRNA. Ces pavés sont encadrés la colonne deb-fin.
  2. Sur la totalité du génome, trier les colonnes F G H adresse1 adresse2 intercalaire type, en 1er sur la colonne deb-fin (F) et en 2ème la colonne CDS (H),
  3. Copier les lignes avec deb et fin en supprimant les intercalaires (K) des lignes "fin", et les sauvegarder plus loin.
  4. Copier les lignes en clair qui se trouvent à la fin du génome et les coller sous les lignes du pavé deb-fin sauvegardé. Trier ce pavé sur adresse 1 puis 2.
  5. Les tableaux deb-fin sont publiés dans les chapitres "autres intercalaires" de chaque génome.

Intergen51. Décompte des autres intercalaires

• Image:  taas
• Regroupement des intercalaires autres que CDS-CDS. Voir le tableur de amed autres intercalaires aas.
• Formatage du tableur (voir l'image ci-dessus pour le formatage et les calculs): La colonne des gènes est colorée comme suite,

  - tRNA en jaune

  - rRNA en orange

  - CDS en cyane

  - gene en bleu (voir eco)

  - les gènes non RNA sont en clair (blanc): ncRNA misc regulatory repeat_region ....

• Les intercalaires tRNA-CDS. Les regroupements des intercalaires continus (c) et des discontinus (x) séparément sont faits en six colonnes avec la fonction SI() de calc au format suivant

  deb fin

  tRNA

  deb c  deb x  fin c  fin x  deb-c  deb-x

  1. - où deb fin sont recherchés sur la 1ère colonne et tRNA sur la 2ème colonne
  2. - où l'intercalaire continu "deb c" est reporté avec AT3 de la colonne des intercalaires. La colonne des deb fin est AO, la colonne des tRNAs est AQ et la colonne des comps (discontinuités) est AP. La formule appliquée est SI(($AX$1=AO3) ET ($AX$2=AQ4) ET (AP3=AP4),AT3,).
  3. - où l'intercalaire discontinu "deb x" est calculé avec la formule analogue SI(($AX$1=AO3) ET ($AX$2=AQ4) ET (AP3<>AP4),AT3,).
  4. - où l'intercalaire continu "fin c" est calculé avec la formule analogue SI(($AY$1=AO4) ET ($AX$2=AQ3) ET (AP4=AP3),AT3,)
  5. - où l'intercalaire discontinu "fin x" est calculé avec la formule analogue SI(($AY$1=AO4) ET ($AX$2=AQ3) ET (AP4<>AP3),AT3,).
  6. - deb-c et deb-x ont le label deb à l'intérieur d'un paquet "deb ...fin" sans le label fin correspondant. Leurs formules se trouvent à la fin de la série suivante qui regroupe les 6 formules

  deb c   SI(($AX$1=AO3) ET ($AX$2=AQ4) ET (AP3=AP4),AT3,)

  deb x   SI(($AX$1=AO3) ET ($AX$2=AQ4) ET (AP3<>AP4),AT3,)

  fin c   SI(($AY$1=AO4) ET ($AX$2=AQ3) ET (AP3=AP4),AT3,)

  fin x   SI(($AY$1=AO4) ET ($AX$2=AQ3) ET (AP3<>AP4),AT3,)

  deb-c   SI(($AX$1=AO4) ET ($AX$2=AQ3) ET (AP3=AP4),AT3,)

  deb-x   SI(($AX$1=AO4) ET ($AX$2=AQ3) ET (AP3<>AP4),AT3,)

• Les intercalaires contenant les rRNA et les intercalaires tRNA-tRNA: Peu nombreux mais très variés ils sont relevés manuellement.

Intergen51. Formatage des autres intercalaires

Lien tableur: Voir le tableur pour les données intercalaires de amed.

• Légende:

  - Les décomptes sont faits pour chaque génome à partir de son tableau autres intercalaires aas, voir le chapitre précédent.

  - Les résultats sont ajoutés aux intercalaires CDS-CDS dans les données intercalaires de chaque génome.

  - Le tableau ci-dessous représente l'exemple de amed avec ses autres intercalaires plus le formatage des intercalaires CDS-CDS supérieurs à 400 pdbs pour les positifs (400-600 et sup 600).

  - De même les CDS-CDS inférieurs à -50 sont ajoutés à part dans 2 colonnes partiellement vides, CDS-CDS inf 50.

  - A la suite de inf 50, j'ai ajouté le décompte des non RNA et le total de tous les intercalaires positifs, total intercalaires, et leurs taux par rapport à la longueur des l'ADN de l'élément (donné par NCBI), ADN long.

  - A part les tRNA-CDS, j'ai ajouté une colonne (aa) pour le tRNA de l'intercalaire rRNA-tRNA, et les 2 tRNAs successifs de l'intercalaire tRNA-tRNA.

  - Les intercalaires tRNA-tRNA sont de 3 types: à l'intérieur du cluster rRNA (tRNA intra ou tRNA in), contigu au cluster (tRNA contig, non présenté ici) et enfin en dehors du cluster (tRNA hors ou tRNAh).

int51.2 Amed. Exemple du format des autres intercalaires.

tRNA CDS		rRNA CDS		rRNA bloc		tRNA tRNA		tRNA tRNA		CDS-CDS	400-600		Sup 600
intercalaire		intercalaire		intercalaire		intercalaire		intercalaire		frequence	effectif		long
c	x	c	x	c	aa	c	aa	c	aa	amed	fx	fc	fx	fc
47	244	CDS 16s		23s 5s		tRNA tRNA	hors bloc	tRNA tRNA	suite	400	1233	2273	602	602
252	64	518	516	2* 120		52	ttc	40	tta	410	5	6	609	605
103	363	424	596	2* 126		3	aca	35	tgc	420	8	7	612	608
116	195	432	627	2* 123		45	ttc	**	ggc	430	5	3	616	609
190	556	469	626	127		**	aac	30	tac	440	6	6	645	613
881	203	599	481	124		71	ctg	**	tac	450	7	6	646	613
177	132		516	122		46	ctg	104	gga	460	6	6	662	621
236	104	5s CDS		16s tRNA		46	ctg	**	ggg	470	4	6	665	624
9	271	386	268	3* 72	atc	51	ctg	57	tgc	480	4	2	669	624
166	126	275	99	2* 274	gaa	**	ctg	**	ggc	490	1	1	674	631
235	121	164		2* 198	gaa	5	aac	32	tac	500	4	2	686	639
173	119			2* 224	gaa	**	ttc	45	tac	510	4	3	700	642
131	75			tRNA 23s		29	ggc	25	cgt	530	2	1	733	660
226	248			3* 238	gca	38	ggc	25	cgt	540	6	4	740	668
301	133			252	gaa	25	ggc	26	cgt	550	5	3	744	681
460	380			3* 236	gaa	23	ggc	98	cgt	560	3	2	761	693
425	198			237	gaa	**	ggc	4	cgt	570	2	1	803	695
181	126			238	gaa	28	gcc	**	agc	580	2	2	887	703
83	142			5s tRNA		66	gcc	38	gga	590	1	1	907	709
83	369			98	gac	58	gcc	**	tac	600	3	3	935	716
177	302			2* 106	acc	40	gcc	58	cca		28	41	938	722
146	263			98	gac	**	gcc	20	ctg				1001	724
127	202			95	gac	91	ctc	49	cac				1018	724
163	258			tRNA 5s		**	atgf	**	cgg				1028	753
438				23	acc	8	cta	18	gta				1275	760
151				tRNA tRNA	intra	38	atgj	34	aaa				1406	781
772				3* 10	atc	47	caa	18	gta				1663	794
170				**	gca	17	caa	23	aaa					815
145						35	atgj	18	gta					838
268						47	caa	23	aaa					840
350						13	caa	18	gta					881
181						**	atgj	34	aaa					884
259						2	aac	22	gta					913
87						**	gga	46	aag					936
114			CDS-CDS inf 50			123	cac	22	gta					940
318			intercalaire			36	aga	46	aag					1098
50			c-	x-		**	cca	32	gta					1211
230			-89	-75		36	gtc	**	aaa					1501
135			-83	-71		26	gtc							2076
113			-82	-58		15	gtc							2281
213			-80	-57		11	gtc
60			-65			**	gtc
52			-53			110	atgf
171			total intercalaires			102	atgf
306				601,332		101	atgf
658			ADN long	4,777,154		101	atgf
140			%	12.6		103	atgf
174						102	atgf
233			non RNA	38		102	atgf
167						92	atgf
153						**	atgf
174
344

Intergen51. Formatage des autres intercalaires aas

• amed Le prélèvement: alpha gama
• amed données intercalaires
• amed autres intercalaires aas
• Note : c'est un ancien tableau. Le refaire avec la sauvegarde du tableur ci-dessus.
• Tableau des autres intercalaires aas : C'est un tableau détaillé des autres intercalaires que ceux des CDS-CDS auxquels j'ai ajouté les noms des tRNA tirés du tableau de la première étude axée principalement sur les clusters à RNA, parfois sans CDS, et nommé amed opérons. La correspondance entre les 2 tableaux pour le nom du tRNA est basée sur l’exacte adresse entre celle de tRNA du 1er tableau à celle du codon de l'acide aminé du second.
• Légende :

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

  - misc_f, pour misc_feature

  - regul, pour regulatory

• Totaux : 10 regulatory 3 ncRNA 2 misc_f 1 tmRNA : à adapter à amed

tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
46	34	1	141			22	6	2	252	1 acdsx-

• Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

amed Les autres intercalaires.

deb fin	comp	gene	adresse1	adresse2	intercalaire	autre	aas
deb	comp	CDS	7163	8359	516	*
		rRNA	8876	10415	72	*	1540
		tRNA	10488	10564	10	*	atc
		tRNA	10575	10650	238	*	gca
		rRNA	10889	13778	120	*	2890
		rRNA	13899	14013	386	*	115
fin		CDS	14400	14717
deb		CDS	45743	46576	187	*
		ncRNA	46764	47150	46	*
fin		CDS	47197	48777		0
deb		CDS	117188	117850	47	*
		tRNA	117898	117973	52	*	ttc
		tRNA	118026	118101	3	*	aca
		tRNA	118105	118180	45	*	ttc
		tRNA	118226	118301	252	*	aac
fin		CDS	118554	119573
deb	comp	CDS	170063	170329	103	*
	comp	tRNA	170433	170518	71	*	ctg
	comp	tRNA	170590	170675	46	*	ctg
	comp	tRNA	170722	170807	46	*	ctg
	comp	tRNA	170854	170939	51	*	ctg
	comp	tRNA	170991	171076	116	*	ctg
fin	comp	CDS	171193	172653
deb		CDS	318836	320692	190	*
		tRNA	320883	320959	244	*	atgi
fin	comp	CDS	321204	323780
deb		CDS	386382	386732	518	*
		rRNA	387251	388796	274	*	1546
		tRNA	389071	389146	252	*	gaa
		rRNA	389399	392290	126	*	2892
		rRNA	392417	392531	268	*	115
fin	comp	CDS	392800	394413		0
deb		CDS	476261	476482	64	*
	comp	tRNA	476547	476622	5	*	aac
	comp	tRNA	476628	476703	881	*	ttc
fin	comp	CDS	477585	478565
deb		CDS	500269	500814	177	*
		tRNA	500992	501067	24	*	ggc
		tRNA	501092	501167	29	*	ggc
		tRNA	501197	501272	38	*	ggc
		tRNA	501311	501386	25	*	ggc
		tRNA	501412	501487	23	*	ggc
		tRNA	501511	501586	363	*	ggc
fin	comp	CDS	501950	502159
deb		CDS	505552	507110	236	*
		tRNA	507347	507422	28	*	gcc
		tRNA	507451	507526	66	*	gcc
		tRNA	507593	507668	58	*	gcc
		tRNA	507727	507802	40	*	gcc
		tRNA	507843	507918	471	*	gcc
		regulatory	508390	508473	148	*
fin		CDS	508622	511627		0
deb		CDS	642476	642802	9	*
		tRNA	642812	642896	91	*	ctc
		tRNA	642988	643064	166	*	atgf
fin		CDS	643231	643689
deb		CDS	772218	774050	195	*
	comp	tRNA	774246	774329	8	*	cta
	comp	tRNA	774338	774414	38	*	atgj
	comp	tRNA	774453	774527	47	*	caa
	comp	tRNA	774575	774649	17	*	caa
	comp	tRNA	774667	774743	35	*	atgj
	comp	tRNA	774779	774853	47	*	caa
	comp	tRNA	774901	774975	13	*	caa
	comp	tRNA	774989	775065	235	*	atgj
fin	comp	CDS	775301	776392
deb	comp	CDS	779541	780488	173	*
	comp	tRNA	780662	780736	-21	*	caa
fin	comp	CDS	780716	781630
deb	comp	CDS	1154914	1155384	131	*
	comp	tRNA	1155516	1155592	226	*	ccc
fin	comp	CDS	1155819	1157162		0
deb	comp	CDS	1224854	1226290	301	*
	comp	tRNA	1226592	1226667	2	*	aac
	comp	tRNA	1226670	1226744	460	*	gga
fin	comp	CDS	1227205	1228818
deb	comp	CDS	1240786	1241733	425	*
	comp	tRNA	1242159	1242234	556	*	aac
deb		CDS	1242791	1244527	181	*
		tRNA	1244709	1244796	83	*	tcc
fin		CDS	1244880	1246145		0
deb	comp	CDS	1407358	1408665	83	*
	comp	tRNA	1408749	1408836	177	*	tcc
fin	comp	CDS	1409014	1409631
deb		CDS	1444233	1444688	146	*
		tRNA	1444835	1444922	127	*	tcc
fin		CDS	1445050	1446834
deb	comp	CDS	1461184	1462401	163	*
	comp	tRNA	1462565	1462640	438	*	cac
fin	comp	CDS	1463079	1464389
deb	comp	CDS	1526374	1527606	151	*
	comp	tRNA	1527758	1527833	123	*	cac
	comp	tRNA	1527957	1528033	36	*	aga
	comp	tRNA	1528070	1528146	203	*	cca
fin		CDS	1528350	1529207		0
deb	comp	CDS	1587325	1589010	772	*
	comp	tRNA	1589783	1589858	132	*	aac
fin		CDS	1589991	1592003
deb		CDS	1649438	1651867	104	*
	comp	tRNA	1651972	1652048	36	*	gtc
	comp	tRNA	1652085	1652161	26	*	gtc
	comp	tRNA	1652188	1652264	15	*	gtc
	comp	tRNA	1652280	1652356	11	*	gtc
	comp	tRNA	1652368	1652444	170	*	gtc
fin	comp	CDS	1652615	1653994
deb	comp	CDS	1734629	1735525	28	*
	comp	misc_f	1735554	1735678	185	*
fin		CDS	1735864	1736109
deb	comp	CDS	1931438	1932934	145	*
	comp	tRNA	1933080	1933156	110	*	atgf
	comp	tRNA	1933267	1933343	102	*	atgf
	comp	tRNA	1933446	1933522	101	*	atgf
	comp	tRNA	1933624	1933700	101	*	atgf
	comp	tRNA	1933802	1933877	103	*	atgf
	comp	tRNA	1933981	1934057	102	*	atgf
	comp	tRNA	1934160	1934236	102	*	atgf
	comp	tRNA	1934339	1934415	92	*	atgf
	comp	tRNA	1934508	1934584	268	*	atgf
fin	comp	CDS	1934853	1935572
deb		CDS	1977322	1978332	353	*
	comp	ncRNA	1978686	1978779	94	*
fin		CDS	1978874	1979143		0
deb	comp	CDS	1980394	1981206	97	*
	comp	ncRNA	1981304	1981397	269	*
fin		CDS	1981667	1981849		0
deb	comp	CDS	1997119	1998258	85	*
	comp	ncRNA	1998344	1998440	102	*
fin	comp	CDS	1998543	1999331
deb		CDS	2154455	2154631	277	*
		ncRNA	2154909	2155037	-9	*
fin	comp	CDS	2155029	2155319		0
deb		CDS	2234810	2235142	16	*
		ncRNA	2235159	2235341	133	*
fin	comp	CDS	2235475	2236674
deb	comp	CDS	2426470	2427675	350	*
	comp	tRNA	2428026	2428112	40	*	tta
	comp	tRNA	2428153	2428226	35	*	tgc
	comp	tRNA	2428262	2428337	181	*	ggc
fin	comp	CDS	2428519	2429073
deb	comp	CDS	2546995	2547534	271	*
		tRNA	2547806	2547882	259	*	ccc
fin		CDS	2548142	2548282
deb		CDS	2658354	2659094	87	*
		tRNA	2659182	2659257	114	*	acg
fin		CDS	2659372	2659665		0
deb	comp	CDS	2827175	2828170	-13	*
	comp	regulatory	2828158	2828297	79	*
fin		CDS	2828377	2830089
deb	comp	CDS	2858527	2859036	126	*
		tRNA	2859163	2859247	30	*	tac
		tRNA	2859278	2859362	121	*	tac
fin	comp	CDS	2859484	2863335
deb		CDS	2953473	2953961	121	*
		tmRNA	2954083	2954442	177	*
fin		CDS	2954620	2955903
deb		CDS	2978639	2979358	119	*
	comp	tRNA	2979478	2979552	104	*	gga
	comp	tRNA	2979657	2979730	201	*	ggg
fin		CDS	2979932	2981701
deb		CDS	3023194	3023487	75	*
	comp	tRNA	3023563	3023636	57	*	tgc
	comp	tRNA	3023694	3023769	248	*	ggc
fin		CDS	3024018	3027455		0
deb		CDS	3044891	3045361	133	*
	comp	tRNA	3045495	3045584	380	*	tcg
fin		CDS	3045965	3046882
deb	comp	CDS	3052964	3053617	105	*
	comp	regulatory	3053723	3053869	209	*
fin		CDS	3054079	3054915		0
deb	comp	CDS	3093394	3094776	249	*
	comp	regulatory	3095026	3095141	508	*
fin		CDS	3095650	3096798		0
deb	comp	CDS	3268030	3268398	318	*
	comp	tRNA	3268717	3268804	198	*	tca
fin		CDS	3269003	3269752		0
deb	comp	CDS	3286866	3287465	164	*
		misc_f	3287630	3287752	38	*
fin		CDS	3287791	3288963		0
deb		CDS	3290470	3291624	50	*
		tRNA	3291675	3291751	126	*	agg
fin	comp	CDS	3291878	3292798		0
deb		CDS	3334670	3335758	230	*
		tRNA	3335989	3336073	32	*	tac
		tRNA	3336106	3336190	45	*	tac
		tRNA	3336236	3336320	135	*	tac
fin		CDS	3336456	3336731
deb	comp	CDS	3382564	3385161	111	*
	comp	regulatory	3385273	3385359	203	*
fin	comp	CDS	3385563	3389024
deb	comp	CDS	3497173	3497463	91	*
		regulatory	3497555	3497645	99	*
fin		CDS	3497745	3498725
deb	comp	CDS	3505823	3506272	275	*
	comp	rRNA	3506548	3506662	123	*	115
	comp	rRNA	3506786	3509675	236	*	2890
	comp	tRNA	3509912	3509987	224	*	gaa
	comp	rRNA	3510212	3511756	596	*	1545
fin		CDS	3512353	3515220
deb	comp	CDS	3676304	3677323	113	*
	comp	tRNA	3677437	3677521	142	*	ttg
fin		CDS	3677664	3678182		0
deb		CDS	3688045	3688872	369	*
	comp	tRNA	3689242	3689318	25	*	cgt
	comp	tRNA	3689344	3689420	25	*	cgt
	comp	tRNA	3689446	3689522	26	*	cgt
	comp	tRNA	3689549	3689625	98	*	cgt
	comp	tRNA	3689724	3689800	4	*	cgt
	comp	tRNA	3689805	3689897	213	*	agc
fin	comp	CDS	3690111	3690299
deb		CDS	3886846	3887601	302	*
	comp	tRNA	3887904	3887980	98	*	gac
	comp	rRNA	3888079	3888193	127	*	115
	comp	rRNA	3888321	3891210	238	*	2890
	comp	tRNA	3891449	3891524	10	*	gca
	comp	tRNA	3891535	3891611	72	*	atc
	comp	rRNA	3891684	3893228	424	*	1545
fin	comp	CDS	3893653	3894195
deb	comp	CDS	3912946	3913317	60	*
	comp	tRNA	3913378	3913454	52	*	tgg
deb	comp	CDS	3913507	3914691	171	*
	comp	tRNA	3914863	3914937	38	*	gga
	comp	tRNA	3914976	3915060	263	*	tac
fin		CDS	3915324	3916262		0
deb	comp	CDS	3962163	3963533	306	*
	comp	tRNA	3963840	3963916	202	*	tgg
fin		CDS	3964119	3964703
deb	comp	CDS	4024345	4026816	658	*
	comp	tRNA	4027475	4027551	140	*	ccg
fin	comp	CDS	4027692	4028417
deb		CDS	4109413	4111986	99	*
	comp	rRNA	4112086	4112200	123	*	115
	comp	rRNA	4112324	4115213	238	*	2890
	comp	tRNA	4115452	4115527	198	*	gaa
	comp	rRNA	4115726	4117269	627	*	1544
fin		CDS	4117897	4118388		0
deb	comp	CDS	4119290	4121155	51	*
	comp	regulatory	4121207	4121385	207	*
fin		CDS	4121593	4122102
deb	comp	CDS	4149775	4150278	174	*
	comp	tRNA	4150453	4150529	58	*	cca
	comp	tRNA	4150588	4150673	20	*	ctg
	comp	tRNA	4150694	4150769	49	*	cac
	comp	tRNA	4150819	4150895	258	*	cgg
fin		CDS	4151154	4151744
deb		CDS	4226547	4227725	432	*
		rRNA	4228158	4229702	198	*	1545
		tRNA	4229901	4229976	236	*	gaa
		rRNA	4230213	4233102	126	*	2890
		rRNA	4233229	4233343	106	*	115
		tRNA	4233450	4233525	23	*	acc
		rRNA	4233549	4233663	164	*	115
fin		CDS	4233828	4234793
deb	comp	CDS	4354145	4355686	626	*
		rRNA	4356313	4357857	274	*	1545
		tRNA	4358132	4358207	237	*	gaa
		rRNA	4358445	4361342	124	*	2898
		rRNA	4361467	4361581	106	*	115
		tRNA	4361688	4361763	233	*	acc
fin		CDS	4361997	4363241
deb		CDS	4434674	4435198	469	*
		rRNA	4435668	4437211	225	*	1544
		tRNA	4437437	4437512	236	*	gaa
		rRNA	4437749	4440638	122	*	2890
		rRNA	4440761	4440875	98	*	115
		tRNA	4440974	4441050	167	*	gac
fin		CDS	4441218	4442054		0
deb	comp	CDS	4481974	4482513	481	*
		rRNA	4482995	4484539	547	*	1545
		misc_f	4485087	4486108	236	*
	comp	tRNA	4486345	4486419	224	*	gaa
	comp	rRNA	4486644	4488189	559	*	1546
fin	comp	CDS	4488749	4489795
deb	comp	CDS	4560642	4561715	153	*
	comp	tRNA	4561869	4561944	18	*	gta
	comp	tRNA	4561963	4562038	34	*	aaa
	comp	tRNA	4562073	4562148	18	*	gta
	comp	tRNA	4562167	4562242	23	*	aaa
	comp	tRNA	4562266	4562341	18	*	gta
	comp	tRNA	4562360	4562435	23	*	aaa
	comp	tRNA	4562459	4562534	18	*	gta
	comp	tRNA	4562553	4562628	34	*	aaa
	comp	tRNA	4562663	4562738	22	*	gta
	comp	tRNA	4562761	4562836	46	*	aag
	comp	tRNA	4562883	4562958	22	*	gta
	comp	tRNA	4562981	4563056	46	*	aag
	comp	tRNA	4563103	4563178	32	*	gta
	comp	tRNA	4563211	4563286	174	*	aaa
fin	comp	CDS	4563461	4564267
deb		CDS	4626091	4627785	262	*
		regulatory	4628048	4628133	65	*
fin		CDS	4628199	4629623
deb	comp	CDS	4635172	4636104	344	*
	comp	tRNA	4636449	4636525	95	*	gac
	comp	rRNA	4636621	4636735	120	*	115
	comp	rRNA	4636856	4639749	238	*	2894
	comp	tRNA	4639988	4640063	10	*	gca
	comp	tRNA	4640074	4640150	72	*	atc
	comp	rRNA	4640223	4641767	516	*	115
fin		CDS	4642284	4643480		0
deb	comp	CDS	4698779	4700680	360	*
	comp	regulatory	4701041	4701154	88	*
fin		CDS	4701243	4702160

Intergen51. Formatage des intercalaires CDS-CDS et tRNA-CDS

• Lien au tableur : amed_données_intercalaires.
• Note: tableau de amed en exemple
• Légende: Ce sont des effectifs bruts des

  - intercalaires entre un tRNA et un CDS, fxt pour les discontinus et fct pour les continus.

  - intercalaires entre 2 CDS, pour les fréquences de 10 en 10 fx discontinu et fc continu, pour les fréquences par unité fx40 et fc40, pour les fréquences par unité négative fx- et fc-.

  - total des intercalaires pour un diagramme, diagr, de 1 à 400, 1 à 40 et de -6 à -50.

  - total des intercalaires de 1 à 30: t30 et %t30 par rapport au total.

  - total des intercalaires qui reste après le diagramme: reste et %reste par rapport au total.

int51.1 amed. Formatage des intercalaires CDS-CDS et tRNA-CDS

CDS-tRNA			CDS-CDS			CDS-CDS			CDS-CDS
frequence	effectif		frequence	effectif		frequence	effectif		frequence	effectif
amed	fxt	fct	amed	fx	fc	amed	fx40	fc40	amed	fx-	fc-
0		1	0	2	12	0	2	12	-1	0	91
10		1	10	38	225	1	2	26	-2	1	0
20		0	20	20	167	2	0	41	-3	0	0
30		0	30	23	110	3	4	34	-4	8	212
40		0	40	34	92	4	9	18	-5	0	0
50		2	50	43	75	5	0	12	-6	1	0
60		2	60	76	92	6	6	6	-7	0	10
70	1	0	70	90	111	7	4	12	-8	3	47
80	1	0	80	100	99	8	6	17	-9	1	0
90		3	90	59	120	9	3	34	-10	0	2
100		0	100	54	90	10	4	25	-11	2	31
110	1	1	110	58	112	11	1	21	-12	0	0
120	1	3	120	50	96	12	3	18	-13	2	6
130	3	1	130	35	81	13	2	20	-14	1	7
140	2	3	140	30	74	14	2	22	-15	1	0
150	1	2	150	25	72	15	1	14	-16	0	8
160		2	160	33	70	16	3	13	-17	0	4
170		4	170	29	32	17	2	20	-18	1	0
180		6	180	35	50	18	1	17	-19	1	1
190		3	190	25	44	19	2	6	-20	1	7
200	2	0	200	37	53	20	3	16	-21	1	0
210	3	0	210	39	48	21	3	11	-22	2	1
220		1	220	25	34	22	0	8	-23	0	1
230		2	230	30	26	23	1	16	-24	0	0
240		3	240	26	30	24	3	10	-25	1	2
250	2	0	250	20	26	25	3	13	-26	0	1
260	1	2	260	21	25	26	1	7	-27	0	0
270	1	1	270	22	36	27	4	10	-28	0	0
280	1	0	280	25	28	28	2	11	-29	1	1
290		0	290	13	24	29	2	15	-30	0	0
300		0	300	8	14	30	4	9	-31	0	1
310	1	2	310	19	17	31	3	9	-32	0	0
320		1	320	12	14	32	3	11	-33	2	0
330		0	330	8	15	33	4	11	-34	0	2
340		0	340	9	8	34	1	9	-35	2	2
350		2	350	13	13	35	1	12	-36	1	0
360		0	360	15	8	36	1	5	-37	0	0
370	2	0	370	7	5	37	5	4	-38	1	0
380	1	0	380	8	7	38	7	13	-39	0	0
390		0	390	7	9	39	7	10	-40	0	0
400		0	400	10	9	40	2	8	-41	0	0
reste	1	6	reste	110	109	reste	1226	1776	-42	0	0
total	25	54	total	1343	2382	total	1343	2382	-43	0	0
%reste	4.0	11.1	%reste	8.2	4.6	diagr	115	594	-44	0	1
t30	0	1	t30	81	502				-45	0	0
%t30	0	1.9	%t30	6.0	21.1				-46	3	0
diagr	24	47	diagr	1231	2261				-47	0	0
									-48	0	0
	Récapitulatif des effectifs								-49	0	0
	>0	<0	zéro	total	*				-50	1	0
x	1341	42	2	1385					reste	4	6
c	2370	444	12	2826					total	42	444
				4211	239				%reste	9.5	1.4
				total	4450				diagr	29	135

Les intercalaires tRNA-cds

Les intercalaires en continu-discontinu

comparaison continu-discontinu

• Lien tableur: comparaison continu-discontinu
• Légende:

  - Tableau tRNA-cds01, les intercalaires tRNA-cds positifs : Ils sont comptabilisés pour chaque génome dans intercalaires tRNA, par exemple abra. Les intercalaires inférieurs à 201 sont reportés dans les colonnes deb, fin (début et fin d'une transition continue cds-tRNA, complement ou non) et les colonnes deb'-fin' (changement de sens entre cds et tRNAs, direct-complement ou complement-direct). La colonne total est la somme de tous les intercalaires, les >200 aussi.

  - Tableau tRNA-cds01, les intercalaires cds-cds négatifs, l'ensemble: 3 colonnes sont extraites du tableau des fréquences cds-cds (exemple abra, cds le total des intercalaires cds-cds, <0 (continu + discontinu) le total des négatifs et r32 correspondant au reste du label fréquence-1. Deux colonnes sont des rapports extraits du tableau des détails tRNA-cds02, comp'% (discontinu sur les négatifs) et min% (200*différence/somme, en valeur absolue, de min-min').

  - Tableau tRNA-cds02, détail des cds-cds négatifs: Les effectifs sont tirés du tableur au paragraphe intercalaires négatifs de chaque génome exemple abra. Pour les continus con et les discontinus comp' j'ai mis 3 colonnes total, le minimum (min' pour comp') et le reste des effectifs après la fréquence (-50), r50. Pour les continus seulement, car con1 des comp' est toujours nul, j'ai ajouté 2 colonnes, les effectifs de la fréquence (-1), con1, et ceux de la fréquence (-4), con4.

• Note : erreur sur eco, intercalaire 233 (voir eco intercalaires tRNA). corrigé ici.
• MAJ du 23.2.22: les 2 colonnes ensemble sont maj d'après le tableau positif-négatif. Restent les autres colonnes de négatifs à faire avec les maj de tous les négatifs.

tRNAs-cds0. Comparaison continu-discontinu des intercalaires des tRNA-cds positifs et des cds-cds négatifs.

tRNAs-cds01. Détail des tRNA-cds et l'ensemble des cds-cds négatifs. détail tRNA-cds positifs ensemble cds-cds négatifs gen deb fin deb’ fin’ total cds <0 r32 r32% comp’% min% abra 7 12 5 4 41 1 667 417 20 4,8 1,4 117 ade 20 16 7 9 69 4 464 815 40 4,9 11,9 6 afn 20 17 2 5 53 2 038 307 21 6,8 1,3 31 ant 11 12 4 1 34 3 095 762 17 2,2 10,9 11 ase 18 16 12 12 101 8 197 1 652 128 7,7 19,3 1 blo 15 15 5 6 78 1 772 228 8 3,5 7,0 17 bsu 3 5 7 5 28 4 213 608 52 8,7 4,9 182 cbei 9 5 4 1 47 5 622 400 24 6,0 2,8 59 cbn 12 12 2 2 40 2 491 176 6 3,4 4,5 54 cvi 22 20 7 9 78 4 282 756 26 3,4 8,2 5 eco 10 11 5 7 65 4 024 738 55 7,5 12,3 107 mba 9 8 7 4 90 3 943 329 26 7,9 5,5 23 mja 6 15 8 1 43 1 729 219 17 7,8 24,2 29 myr 18 15 12 10 79 3 555 302 12 4,0 6,6 37 pmg 16 17 13 8 67 1 800 253 12 4,7 36,0 3 pmq 8 11 2 5 42 7 223 795 52 6,5 4,3 45 pub 13 14 11 11 50 1 307 473 14 3,0 19,0 41 rru 15 18 10 11 83 3 786 683 32 4,7 10,1 12 rtb 9 12 0 2 56 793 102 7 6,9 2,9 35 scc 13 8 11 5 67 1 805 347 14 4,0 7,8 47 spl 9 9 4 3 62 4 213 426 10 2,3 2,8 61 total 263 268 138 121 1 273 72 019 10 788 593 5,5 10,6

tRNAs-cds02. Détail des cds-cds négatifs. con cds-cds négatifs continus comp’ cds-cds négatifs discontinus gen total min con1 con4 c1/c4 r50 r50% total min’ r50 r50% abra 411 -92 68 142 0,48 13 3,2 6 -24 0 ade 718 -109 70 540 0,13 10 1,4 97 -116 14 14,4 afn 303 -113 38 129 0,29 9 3,0 4 -83 1 25,0 ant 679 -71 164 221 0,74 6 0,9 83 -79 1 1,2 ase 1333 -119 168 892 0,19 32 2,4 319 -120 49 15,4 blo 212 -86 52 109 0,48 2 0,9 16 -102 2 12,5 bsu 578 -7 616 72 233 0,31 17 2,9 30 -361 7 23,3 cbei 389 -110 71 82 0,87 4 1,0 11 -60 1 9,1 cbn 168 -47 34 28 1,21 0 8 -27 0 cvi 694 -97 118 377 0,31 4 0,6 62 -102 6 9,7 eco 647 -2 400 163 261 0,62 22 3,4 91 -723 11 12,1 mba 311 -59 33 119 0,28 7 2,3 18 -74 2 11,1 mja 166 -83 25 52 0,48 7 4,2 53 -62 0 myr 282 -47 71 60 1,18 0 20 -68 1 5,0 pmg 162 -65 36 72 0,50 2 1,2 91 -67 2 2,2 pmq 761 -119 80 387 0,21 17 2,2 34 -75 4 11,8 pub 383 -65 152 81 1,88 3 0,8 90 -43 0 rru 614 -137 81 396 0,20 13 2,1 69 -122 7 10,1 rtb 99 -50 10 33 0,30 0 3 -35 0 scc 320 -74 39 156 0,25 6 1,9 27 -120 1 3,7 spl 414 -98 126 136 0,93 5 1,2 12 -52 1 8,3 total 9 644 1 671 4 506 0,37 179 1,9 1 144 110 9,6

Notes, comparaison continu-discontinu

• Les intercalaires tRNA-cds: tableau tRNA-cds01

  - Pour les intercalaires positifs les totaux deb et fin sont à égalité de même que les deb' et les fin' (notation des intercalaires tRNA, par exemple abra). Cependant les deb-fin sont 2 fois plus nombreux que les deb'-fin' car les plages des adresses direct ou complement sont très étendues, sous-tendues par l'architecture globale du chromosome et la discontinuité ne concerne que le passage d'une plage à l'autre. Dans les intercalaires négatifs, qui sont rares, ce sont les discontinus qui prennent l'avantage comme si la discontinuité ajoutée à la difficulté de réparation due aux appariements des tRNAs provoquait le chevauchement, il y a 2 continus contre 6 discontinus négatifs (voir 1er petit tableau parmi ceux qui suivent). C'est ce résultat partiel qui m’a poussé à étudier les intercalaires cds-cds négatifs.

  - Les intercalaires tRNA-cds négatifs, 8/1273 soit 0.6%, sont rares alors que les négatifs représentent environ 15% (10 788/72 023) des intercalaires cds-cds. Je les ai comparés à la rareté des tRNA-cds nuls: il semblerait que ceux-ci soient aussi rares, 4/1273 soit 0.3% (voir le 2ème petit tableau parmi ceux qui suivent). Mais les nuls sont aussi très faibles chez les cds-cds. Le décompte des nuls des 21 génomes avec cds donne 510 nuls pour 72 023 intercalaires cds-cds, soit 0,7% (voir "génome" les fréquences: exemple abra) et la comparaison des nuls/négatifs des cds-cds pour 8 génomes donne 210/24482 soit 0.9%, et en plus le rapport comp'/con égale à 39/171 soit 0.23 est du même ordre de grandeur et même 2 fois plus élevé que celui des cds-cds négatifs de 0.11 = 346/3035 (Les effectifs des nuls sont obtenus en même temps que les relevés des négatifs, mais seulement pour ces 8 génomes. Les effectifs des négatifs sont extraits du tableau tRNA-cds02).

Fin cds01

tRNA-cds intercalaires négatifs
gen 	deb 	fin 	deb’ 	fin’ 	total 
mba	-	-	-12	-	1
spl	-	-	-23	-	1
myr	-	-	-38	-	1
pmg	-30	-	-	-	1
ase	-	-	-	-12	1
blo	-17	-	-39	-8	3

tRNA-cds intercalaires nuls
mba	-	1	-	-	1
pmg	-	-	1	-	1
pub	-	-	2	-	2
total	-	1	3	-	4

cds-cds intercalaires nuls/négatifs
nuls 	-	-	<0	-	-
gen	con	comp’	con	comp’	cds
myr	14	4	282	20	3 555
pmg	34	12	162	91	1 800
pmq	26	5	761	34	7 223
pub	58	13	383	90	1 307
rru	11	2	614	69	3 786
rtb	4	1	99	3	793
scc	7	1	320	27	1 805
spl	17	1	414	12	4 213
total	171	39	3035	346	24 482

• Les intercalaires cds-cds négatifs: tableau tRNA-cds01 partie de droite pour les caractéristiques de l'ensemble des négatifs et tableau tRNA-cds02 pour les détails.
  1. Les intercalaires négatifs tRNAs-cds sont très rares par rapport aux cds-cds négatifs

     - Suite à la constatation de la quasi absence des intercalaires négatifs chez les tRNA-cds (note du début) j'ai entamé l'étude détaillée des cds-cds, positifs-négatifs, continus-discontinus. J'ai regroupé le tout dans le tableau récapitulatif des taux discontinu/continu, dans le tableau par classe génomique et dans le tableau des cds-cds positifs-négatifs.

     + Les intercalaires cds-cds négatifs S-: Le taux Sx-% des discontinus négatifs varie beaucoup d'un génome à l'autre et suit le classement par génome basé notamment sur le taux de négativité, S-%. Cependant la corrélation n'est pas totale puisque abra a le taux parmi les plus faibles, 1.4%, alors qu'il a un taux élevé de négativité de 25%; de même pour afn de la classe moyenne (II) a respectivement 1.3% et 15%. La classe I regroupe donc 4 forts en Sx-% et 1 génome très faible, la classe II est un mélange de 4 forts de 3 moyens et de 2 faibles et la classe III 2 faibles et 5 moyens. La classe III est l'opposée de la classe I puisqu'elle regroupe aussi les plus faibles taux S-%. Au total les Sx- sont 10 fois plus faibles que les Sc- varient fortement avec un écart supérieur à 50% par rapport à la moyenne.

     + Les intercalaires cds-cds positifs S+: Le taux Sx+% par contre est très homogène avec un écart de seulement de 10% par rapport à la moyenne. Au total les Sx+ ne sont que 3 fois plus faibles que les continus Sc+.

     + Les intercalaires tRNA-cds positifs R+: Ils se comportent exactement comme les S+, le taux Rx+% est homogène avec un écart de 20% par rapport à la moyenne et il y a 3 fois plus de continus que de discontinus. Cependant leur moyenne de 37% est supérieure de 20% à la moyenne des Sx+% de 31%.

     - Les tRNAs-cds négatifs pour 43 génomes restent très rares, 0.7%, mais le rapport c- / x- tend vers l'unité, 9/10. Si les cds-cds négatifs sont beaucoup plus abondants que les tRNA-cds négatifs, 15% contre 0.7%, ce sont surtout les Sc- qui les représentent. En ramenant au total des S, les Sx- ne représentent que 1144/72023 soit 1.6% et en ramenant au total des R, les Rx- représentent 10/2688 soit 0.4% et donc les Sx- sont peu fréquents mais sont 4 fois plus abondants que les Rx- dans leur catégories respectives.

     - Les intercalaires tRNA-tRNA discontinus positifs x+ (1% pour 50 génomes et 1745 intercalaires) sont aussi rares que les tRNA-cds négatifs et les x- sont quasi inexistants, 1 seul cas et d'une seule paire de base. En plus sur 18 intercalaires discontinus relevés 5 sont tellement grands (supérieurs à 400 pbs) qu'ils résulteraient plutôt d'un remaniement du chromosome que d'une propriété des blocs à tRNAs seuls, 9 entre 130 et 290 pbs et 4 entre 50 et 90 pbs. Voir le tableur du même lien.

     - Les intercalaires discontinus dans les blocs à rRNAs sont inexistants pour 50 génomes et 1984 intercalaires.

     - Les intercalaires positifs de 1 à 40 pbs:

     + La comparaison des tRNA-cds aux cds-cds (tRNA-cds1), avec intervalle de confiance, m'a montré que les 1ers ont un comportement propre aux tRNA et surtout que la fréquence attendue des "petit" était inférieure à la borne inférieure de l'intervalle. Cela veut dire que les petits intervalles sont moins fréquents que les grands, relativement aux cds-cds. Ceci m'a poussé à comparer les moyennes des cds-cds et des tRNA-cds dans le sous tableau tRNA-cds2 (même lien). Et effectivement les moyennes des tRNA-cds sont toujours et nettement supérieures à celles des cds-cds (colonne diff). De même les grands intercalaires (grd%) sont encore plus grands que la moyenne cds-cds et les petits intercalaires (pet%) plus petits (14 génomes) qu'elle, ou égaux (4) et pour 3 génomes légèrement supérieurs (bsu spl scc).

     + Ce résultat va dans le même sens que la faible fréquence des tRNA-cds négatifs et donc de l'orientation des blocs à tRNAs seuls, sans rRNA. Aussi j'ai comparé les fréquences des petits intercalaires positifs cds-cds (S) et tRNA-cds (R) de 1 à 40 pbs. Les R sont au moins 3 fois plus faibles que les S (colonne taux) pour 13 génomes et 7 ont si peu de R (0 1 2) que leur taux doit être supérieur à 3. Un seul génome pub a un taux proche de l'unité, mais son taux approche 3 quand je compare les 10 plus petits intercalaires. J'ai calculé aussi le taux des R40 discontinus R40x% sur le total R40, il est du même ordre de grandeur que celui des Sx+% et Rx+% calculés sur la totalité des intercalaires, 26% contre respectivement 31 et 37 %. Donc la rareté des petits tRNA-cds positifs, taux s40%/R40% égale 2.9, ne s'explique pas par la contrainte des changements de brin qui est la même que pour les cds-cds, mais par les caractéristiques propres aux tRNAs c'est à dire l'auto-appariement et la petitesse. Cette constatation me ramène à la problématique de l'orientation des blocs de tRNAs sans rRNA, orientation effective dans les blocs à rRNAs grâce à ces derniers, car le bloc à tRNAs aura à une extrémité un intercalaire plus petit donc plus difficile à réaliser et de l'autre un intercalaire plus grand donc plus facile à réaliser.

     - En conclusion:

     • Les intercalaires tRNA-tRNA, à l’intérieur des blocs à tRNA, avec rRNA ou non, sont toujours continus. Ils peuvent être discontinus dans les blocs sans rRNA, jusqu'à 1%, sous la forme positive Rx+ seule et sont souvent très longs. Ceci suggèrent qu'ils sont plutôt le résultat des remaniements du chromosome que du processus de la formation du bloc.
     • Les intercalaires tRNA-cds, en contact avec les gènes protéiques, orientent les blocs à tRNAs seuls. L'orientation n'est pas définie par la disposition des tRNA dans le bloc comme le font les rRNAs dans les blocs les contenant, mais par la difficulté (faible fréquence) à réaliser des intercalaires courts d'un côté et la facilité à en réaliser des longs de l'autre côté (forte fréquence). La différence avec les blocs à rRNA, comme je le montrerai plus loin, c'est que le côté long varie peu en longueur pour ceux-ci alors qu'il est très variable pour les blocs sans rRNA.

  2. Comparaison entre les intercalaires cds-cds négatifs continus et discontinus:

     - Comparaison avec les positifs: quand on voit les minima des négatifs on a l'impression que leur étendue est très grande, mais en fait les négatifs ont des intercalaires inférieures à 32 pbs dans 95% des cas alors que les positifs ne dépassent pas les 27% dans la plage 1-40 pbs. Voir ici les comparaisons positifs-négatifs dans le 1er sous-tableau. Les négatifs supérieurs à 140 pbs ne représentent que 0.2% du total, 21/10788, et ne concernent que 2 génomes dans mon étude de 21, bsu et eco. Voir en fin de chapitre la liste des intercalaires négatifs supérieurs à 140 pbs.

     - Comparaison entre continus et discontinus: Maintenant, quand on voit les minima des négatifs entre continus et discontinus (voir la comparaison dans les colonnes min et min' dans le 2ème sous-tableau et leurs taux dans le 1er sous-tableau ainsi que leur liste en fin de chapitre), on a l'impression qu'ils sont similaires, 9 de plus de 360 pbs chez les continus et 5 chez les discontinus. Et même les négatifs seraient plus fréquents puisque le rapport c-/x- est de 2 alors qu'il est de 10 pour le total des négatifs. Or des recouvrements longs pour les discontinus me posaient problème: à l'instar d'un tRNA où son complément n'est pas un tRNA à cause de la dissymétrie des tRNAs, je pensais que le complément d'un cds ne pouvait être que rarement un cds et que s'il y avait recouvrement il ne pourrait être que court. C'est ce qui expliquerait par ailleurs la rareté des discontinus.

     - Aussi j'ai étudié les recouvrements réels chez les continus et les discontinus. Ce qui en ressort c'est que les intercalaires longs ont un recouvrement total et les courts ont un recouvrement partiel. Et ceci que les intercalaires soient continus ou non. Et il y a ainsi 2 intercalaires discontinus à recouvrement total long, 297 et 486 pbs, et un 3ème discontinu partiel de 210 pbs. Sur 6 discontinus les autres ont un recouvrement inférieur à 75 pbs. Le taux des recouvrements longs pour les discontinus parait donc très élevé, 33 à 50%. Mais sur les 10788 de négatifs ils sont extrêmement rares 2 à 3 pour 10 000 intercalaires. On pourrait suggérer que ce sont des accidents dus aux remaniements du chromosome mais l'étude des fréquences de tous les négatifs qui suit montre que le processus sous-tendu par les intercalaires continus s'apparente au processus de traduction et de transcription basé sur une périodicité de 3 bases ou triplet qui défini les aas, et que le processus sous-tendus par les intercalaires discontinus s'apparente au processus de réparation qui ne concerne que les propriétés physiques de l'ADN double brin mais qui néanmoins fait apparaître une périodicité de 3 paires de bases différente de celle ces continus.

  3. Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds, c- et x-

     - Les c- reproduisent dans l'ADN le processus traductionnel des triplets mais décalés.

     - Les x- mettent en évidence 2 processus de réparation, un qui reproduit partiellement le processus traductionnel des triplets auquel se superpose le 2ème par des triplets décalés

• Les intercalaires cds-cds négatifs inférieurs à -140

Les intercalaires cds-cds négatifs inférieurs à -140 pbs: continu, le chevauchement se fait sur le même brin et comp' pour discontinu, le chevauchement se fait sur 2 brins.
continu		continu		comp’
eco		bsu		eco
-2400		-7616		-723
-2130		-500		-530
-1295		-492		-527
-897		-164		-436
-729		-154		-210
-448		-143		-
-242		-		bsu
-212		-		-361
-153		-		-

Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs

• Lien tableur: Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs.
• Légende:
  1. Les tRNA-cds négatifs: Les décomptes et la dénomination du tRNA sont faits à partir des "génome"-opérons quand ils ont des cds sinon à partir de "génome"-autres-intercalaires. Aux 21 génomes étudiés avec les discontinuités (comp') s'ajoute 22 autres génomes avec un total de 11 intercalaires négatifs. Ces derniers sont en gras et le total de tRNA-cds négatifs, 1407 pbs, est reporté dans le tableur (lien ci-dessus). Le taux des négatifs passe donc à 19 pour un total de 2688 intercalaires (1407 plus ceux des 21 génomes, 1281), soit 0.7%, 2 fois plus faible que les discontinus positifs entre tRNA dans les blocs sans rRNA.

     - Note: le rapport c-/x- maintenant est proche de l'unité, 9c- / 10x- pour 43 génomes. Voir les 1ères estimations avec les 21 génomes.Ce rapport et la rareté des tRNA-cds négatif suggèrent que le processus est aléatoire avec une probabilité de 0.5.

     - tga*, cette adresse n'apparaît pas dans spl opérons du 30.6.19 mais apparaît dans fréquences de spl du 24.9.20 dont est issu spl-autres-intercalaires.

     - blo*, dans blo opérons il n'y a pas de cds. Voir dans blo autres intercalaires qui est du 15.10.20 (voir blo-fréquences) alors que blo-opérons est du 30.6.19.

  2. Les tRNA-cds positifs: les génomes gen pointent sur les intercalaires des tRNA-cds des 21 étudiés pour les discontinuités.

     - S40% voir les intercalaires cds-cds 1-40 colonne 1-40% du 1er tableau, pourcentage des Sx+ sur le total, (100*Sx+ / S+).

     - total, total des tRNA-cds du génome reporté dans l'encadré au-dessus de son tableau.

     - R40 est le total des intercalaires positifs de 1 à 40 pbs des 2 parties du tableau de chaque génome (gen): continu pour Rc+ et comp' ou discontinu pour Rx+. Le pourcentage du total des Rx+, Rx+%, égale à (100*Rx+ / R+), est le même que celui des Sx+% et Rx+% calculés sur le total, soit 100*33/129 = 25,6 contre respectivement 31 et 36 %. Donc la rareté des petits tRNA-cds positifs, taux s40%/R40% égale 2.9, ne s'explique pas par la contrainte des changements de brin qui est la même que pour les cds-cds, mais par les caractéristiques propres aux tRNAs c'est à dire l'auto-appariement et la petitesse. Cette constatation me ramène à la problématique de l'orientation des blocs de tRNAs sans rRNA, orientation effective dans les blocs à rRNAs grâce à ces derniers, car le bloc à tRNAs aura à une extrémité un intercalaire plus petit donc plus difficile à réaliser et de l'autre un intercalaire plus grand donc plus facile à réaliser. En effet quand je compare les moyennes (tableau tRNA-cds2) des intercalaires positifs des cds-cds à celles des tRNA-cds ces dernières sont toujours et nettement plus élevées que les 1ères. Et quand j'oriente les blocs de tRNA sans rRNA les grands sont donc normalement tous plus élevés que cds-cds mais pour les petits 7 génomes à égalité ou presque (spl et bsu), 7 sont nettement plus petits ( différence supérieure à 40%) 7 moyennement petits (différence de 16 à 40%).

     - R40%, pourcentage des 1-40 par rapport au total des tRNA-cds;   taux, S40% / R40%.

     - Note:

     + les taux de cbn et bsu sont calculés avec R40=1. Quand j'enlève pub le taux du total passe à 3.6 au lieu de 2.9 et le pourcentage à 7.5 pour un cumulé de 1213 et un R40 total de 91.

     + Ce tableau est à comparer aux moyennes des tRNA-cds.

génomes. Rareté des tRNA-cds négatifs et des petits positifs

génomes. Les tRNA-cds négatifs genome adresse tRNA inter Intercalaire continu nc vha chrII 1842556 ctc -36 amed 779541 caa -21 oan 1945985 aag -38 oan 34057 gcc -40 ppm plasm 7953 gac -24 hmo 2497882 gtg -10 mfi 314088 caa -1 pmg 1600898 gta -30 blo* 207388 tgg -17 Intercalaire discontinu xc comp’ rpm 1941413 agc -30 oan 1639492 atgj -44 aua 1350534 cgt -30 npu 3439846 gca -19 mba 1315521 cgc -12 spl 552630 tga* -23 myr 1926118 tta -38 ase 1249593 aag -12 blo* 440078 aac -39 blo* 1424907 gag -8 total 19

génomes. Les poisitifs de 1 à 40 gen S40% total R40 R40% taux Rc+ Rx+ abra 37,3 41 2 4,9 7,6 2 ade 32,6 69 8 11,6 2,8 7 1 afn 35,8 53 4 7,5 4,7 4 ant 45,1 34 5 14,7 3,1 3 2 ase 23,9 100 14 14,0 1,7 11 3 blo 19,1 75 1 1,3 14,4 1 bsu 34,6 28 0 0 9,7 cbei 19,0 47 3 6,4 3,0 1 2 cbn 29,3 40 0 0 11,7 cvi 26,9 78 8 10,3 2,6 8 eco 29,1 65 4 6,2 4,7 1 3 mba 13,3 88 4 4,5 2,9 2 2 mja 39,4 43 5 11,6 3,4 5 myr 30,8 78 7 9,0 3,4 5 2 pmg 42,9 65 11 16,9 2,5 8 3 pmq 19,1 42 1 2,4 8,0 1 pub 59,6 48 27 56,3 1,1 18 9 rru 26,1 83 3 3,6 7,2 1 2 rtb 20,3 56 6 10,7 1,9 6 scc 31,0 67 4 6,0 5,2 2 2 spl 20,0 61 1 1,6 12,2 1 total 27,1 1261 118 9,4 2,9 86 32

Les cds-cds positif-négatif

• Lien tableur: Les cds-cds positif-négatif
• Légende:
  1. Les intercalaires cds-cds positifs de 1 à 40: Les liens des génomes gen pointent sur les fréquences des intercalaires cds-cds.

     - <0%: intercalaires négatifs / total des intercalaires cds-cds, extrait du sous-tableau génomes3. De même total est extrait du sous-tableau génomes2.

     - <1 reste: sont extraits du tableau des fréquences de chaque génome (lien dans la colonne gen de gauche) et concernent la colonne frequence1. <1 est la somme des fréquences (-1) et (0), et reste est à la fin de la colonne. Leur somme est soustraite du total pour donner le total des intercalaires positifs (>0).

     - >0: total des intercalaires positifs, égale à total - <1.

     - 1-40 et 1-40%: 1-40, le total des intercalaires positifs de 1 à 40 est égale à >0 - reste et son taux, 1-40%, à 1-40 / >0.

     - 1-32%: taux des négatifs de -1 à -32, extrait du tableau tRNA-cds02, après avoir retranché la colonne reste32% de 100%.

     - Note: Tous les taux calculés pour chaque génome (lien à la colonne gen) sont faits par rapport au total des intercalaires cds-cds. Dans le tableau tRNA-cds02 reste32% est calculé par rapport au total des négatifs seuls. Pour ne pas refaire tous les calculs des intercalaires positifs de 1 à 32 la comparaison de 1-40% à 1-32% me paraît pertinente puisque leur différence est très forte, que la différence des effectifs est très faible (40 contre 32) et que leurs calculs sont faits de la même façon, par rapports à leur totaux.

  2. Les intercalaires continu-discontinu: voir ici la méthode de ces décomptes.

     - S R a pour intercalaires cds-cds, tRNA-cds, autres

     - c x + - % pour continu, discontinu, positif, négatif, taux x/(c+x) ou (S-)/S.

     - total, total de tous les gènes

     - nc, intercalaires entre 2 gènes non marqués CDS

     - lien a, vers autres intercalaires, lien S vers les décomptes sous forme de nombres séparés par des points virgules à remplacer lors de la copie vers le tableur.

  3. tRNA-cds positifs: mêmes notations que précédemment. Les liens des génomes gen pointent sur les intercalaires tRNA-cds. Les génomes avec * (ase*) ont des R- contenus dans les R+ pour retrouver les totaux de tRNA-cds01 précédents.

     - attention correction pour eco, 37 28 et non 37 27. corrigée ici.

génomes. Les intercalaires cds-cds, comparaison positif négatif.

gen1. Les intercalaires cds-cds positifs de 1 à 40 gen <0 % <1 reste total 1-40 >0 1-40% 1-32% abra 25 430 776 1667 461 1237 37 95 ade 18 844 2440 4464 1180 3620 33 95 afn 15 318 1104 2038 616 1720 36 93 ant 25 827 1246 3095 1022 2268 45 98 ase 20 1687 4956 8197 1554 6510 24 92 blo 13 231 1246 1772 295 1541 19 97 bsu 14 635 2341 4213 1237 3578 35 91 cbei 7 419 4214 5622 989 5203 19 94 cbn 7 187 1628 2491 676 2304 29 97 cvi 18 771 2566 4282 945 3511 27 97 eco 18 767 2310 4024 947 3257 29 93 mba 8 351 3113 3943 479 3592 13 92 mja 13 240 902 1729 587 1489 39 92 myr 9 320 2239 3555 996 3235 31 96 pmg 14 298 857 1800 645 1502 43 95 pmq 11 826 5173 7223 1224 6397 19 94 pub 36 544 308 1307 455 763 60 97 rru 18 696 2285 3786 805 3090 26 95 rtb 13 107 547 793 139 686 20 93 scc 19 355 1001 1805 449 1450 31 96 spl 10 444 3017 4213 752 3769 20 98 total 11297 72019 16453 60722 27 94.5 écart 27±7 95±3

gen2. Les intercalaires cds-cds, continu - discontinu lien a total nc ac ax lien S Sc- Sx- Sx-% Sc+ Sx+ Sx+% S-% total S abra 1795 37 78 13 abra 409 8 1.9 979 271 22 25 1667 ade 4569 22 57 26 ade 713 102 12.5 2339 1310 36 18 4464 afn 2192 44 88 22 afn 303 4 1.3 1385 346 20 15 2038 ant 3190 47 37 11 ant 679 83 10.9 1702 631 27 25 3095 ase 8380 65 69 49 ase 1300 352 21.3 3866 2679 41 20 8197 blo 1900 24 71 33 blo 210 18 7.9 1045 499 32 13 1772 bsu 4537 99 205 20 bsu 573 35 5.8 2515 1090 30 14 4213 cbei 5814 106 68 18 cbei 390 10 2.5 4010 1212 23 7 5622 cbn 2638 87 45 15 cbn 167 9 5.1 1773 542 23 7 2491 cvi 4487 79 85 41 cvi 687 69 9.1 2424 1102 31 18 4282 eco 4700 65 580 31 eco 644 94 12.7 2211 1075 33 18 4024 mba 4071 22 54 52 mba 307 22 6.7 2381 1233 34 8 3943 mja 1828 21 41 37 mja 163 56 25.6 1071 439 29 13 1729 myr 3754 87 69 43 myr 282 20 6.6 2274 979 30 8 3555 pmg 1884 v5 45 34 pmg 158 95 37.5 950 597 39 14 1800 pmq 7479 185 51 20 pmq 753 42 5.3 4543 1885 29 11 7223 pub 1386 7 44 28 pub 381 92 19.5 599 235 28 36 1307 rru 3946 23 79 58 rru 614 69 10.1 2140 963 31 18 3786 rtb 868 5 51 19 rtb 98 4 3.9 506 185 27 13 793 scc 1909 20 47 37 scc 319 28 8.1 1001 457 31 19 1805 spl 4466 141 70 42 spl 414 12 2.8 2486 1301 34 10 4213 total 75793 1191 1934 649 9564 1224 11.3 42200 19031 31 15 72019 écart 10±9 30±5 16±7

gen3. tRNA-cds positifs gen Rc+ Rx+ Rx% abra 31 10 24 ade 47 22 32 afn 43 10 19 ant 29 5 15 ase* 60 41 41 blo* 52 26 33 bsu 12 16 57 cbei 35 12 26 cbn 30 10 25 cvi 52 26 33 eco 37 28 43 mba* 48 42 47 mja 25 18 42 myr* 48 31 39 pmg* 41 26 39 pmq 27 15 36 pub 28 22 44 rru 49 34 41 rtb 40 16 29 scc 35 32 48 spl* 39 23 37 total 808 465 37 écart 37±7

Récapitulatif des taux discontinu/continu

• Lien tableur: Récapitulatif des taux discontinu/continu.
• Légende: >0, intercalaires positifs zéro compris. <0, intercalaires négatifs

  - S R a nc pour intercalaires cds-cds, tRNA-cds, autres cds et non cds.

  - c x + - % pour continu, discontinu, positif, négatif, taux x/(c+x) ou (S-)/S

  - Liens: S RS t1,  Scx- RS t2,  Scx+ S+ t2,  nc,acx a t2,  Rcx R+ t3  et  R-. (t1 t2 t3 pour les sous-tableaux des liens).

  - Voir les tRNA-cds négatifs, Rcx-, dans Notes.

• Note: Les autres intercalaires contiennent ceux des tRNA-tRNA qui ne produisent pas de discontinuités. En enlevant ces intercalaires, environ 500 (spl 133, bsu 60, pmq 138, cbn 22, cbei 140) j'arrive à un rapport ax% de 463/1500 soit 31%, celui de Sx+%. En plus eco contient 129 pseudo-gènes comptés dans autres intercalaires et qui se comportent comme les cds S+. Donc sans eco et les tRNAs le reste doit avoir un rapport ax% semblable à celui des Sx%.

Récapitulatif continu - discontinu

>0			<0			total	taux <0
tRNA-cds			tRNA-cds
Rc+	Rx+	Rx+ %	Rc-	Rx-	Rx- %		R- %
808	465	36,5	2	6	75	1 281	0,6
cds-cds			cds-cds
Sc+	Sx+	Sx+ %	Sc-	Sx-	Sx- %		S- %
42 200	19 031	31,08	9 564	1 224	11,3	72 019	15,0
nc	ac	ax	ax%	a%	intercal		Sx%
1 191	1 934	649	25,1	3,4	75 793		28,1

Les taux de discontinus par classe génomique

• Lien tableur: Les taux de discontinus par classe génomique.
• Légende: couleurs, jaune pour élevé, cyan pour faible, rouge pour la classe
• Liens: les classes   les taux

génomes. Les taux de discontinus par classe génomique

gen	Sx-%	Sx+%	S-%	Rx+%	ax%
I
abra	1,4	22	25	24	6
ant	10,9	27	25	15	8
mja	24,2	30	13	42	36
pmg	36,0	39	14	39	41
pub	19,0	29	36	44	45
II
ade	11,9	36	18	32	13
afn	1,3	20	15	19	11
ase	19,3	42	20	41	11
bsu	4,9	30	14	57	16
cbn	4,5	23	7	25	5
cvi	8,2	32	18	33	18
eco	12,3	33	18	43	35
rru	10,1	31	18	41	33
spl	2,8	34	10	37	11
III
blo	7,0	32	13	33	18
cbei	2,8	23	7	26	6
mba	5,5	34	8	47	28
myr	6,6	30	8	39	9
pmq	4,3	29	11	36	4
rtb	2,9	27	13	29	25
scc	7,8	32	19	48	18
total	10,6	31	15	37	19
écart	10±6	31±4	15±5	37±7	19±10

Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds

Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Tableau

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Voir aussi les détails à la suite du tableau dans le tableur.
• Légende: inter, intercalaire; comp', pour discontinu.

  - nc, nombre de continus; nc%, proportion par rapport au total des continus; pc%, rapport de la somme des 2 faibles par rapport au maximum du pas de trois des continus.

  - xc, nombre de discontinus; xc%, proportion par rapport au total des discontinus; px%, rapport de la somme des 2 faibles par rapport au maximum du pas de trois des discontinus.

  - Le 1er pas de 3 intercalaires comprend les fréquences, inter, 6 7 8. Le rapport des continus est alors pc%=(4 + 139)/945=0.15. Pour les discontinus px%=(35+19)/51=1.06.

  - diff différence entre la fréquence 6 et 7.

cds-cds. Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds

	continu			comp’
inter	nc	nc%	pc%	nx	nx%	px%	diff
-1	1671	17.5		0	0
-2	4	0.0		40	3.3
-3	5	0.1		0	0
-4	4476	46.8	0.38	410	33.5	0.10
-5	9	0.1		3	0.2
-6	4	0.0		35	2.9		16
-7	139	1.5		19	1.6
-8	945	9.9	0.15	51	4.2	1.06
-9	3	0.0		25	2.0		14
-10	93	1.0		11	0.9
-11	498	5.2	0.19	52	4.3	0.69
-12	2	0.0		23	1.9		8
-13	94	1.0		15	1.2
-14	329	3.4	0.29	45	3.7	0.84
-15	1	0.0		25	2.0		12
-16	58	0.6		13	1.1
-17	235	2.5	0.25	42	3.4	0.90
-18	5	0.1		13	1.1		1
-19	43	0.4		12	1.0
-20	162	1.7	0.30	24	2.0	1.04
-21	0	0		11	0.9		3
-22	22	0.2		8	0.7
-23	107	1.1	0.21	20	1.6	0.95
-24	1	0.0		19	1.6		8
-25	34	0.4		11	0.9
-26	101	1.1	0.35	21	1.7	1.43
-27	2	0.0		6	0.5		-2
-28	19	0.2		8	0.7
-29	61	0.6	0.34	10	0.8	1.40
-30	0	0		5	0.4		-3
-31	16	0.2		8	0.7
-32	45	0.5	0.36	18	1.5	0.72
-33	0	0		3	0.2		-4
-34	15	0.2		7	0.6
-35	35	0.4	0.43	19	1.6	0.53
-36	0	0		3	0.2		0
-37	9	0.1		3	0.2
-38	31	0.3	0.29	12	1.0	0.50
-39	0	0		3	0.2		-4
-40	5	0.1		7	0.6
-41	34	0.4	0.15	8	0.7	1.25
-42	0	0		4	0.3		-2
-43	16	0.2		6	0.5
-44	24	0.3	0.67	4	0.3	2.50
-45	0	0		2	0.2		-1
-46	5	0.1		3	0.2
-47	11	0.1	0.45	4	0.3	1.25
-48	0	0		2	0.2		-2
-49	11	0.1		4	0.3
-50	9	0.1	1.22	6	0.5	1.00
reste	169	1.8		120	9.8
total	9558	100.0		1223	100.0

• Totaux: voir les restes des cds-cds négatifs (14.8.21).

14.8.21	c50	creste	ctotal	x50	xreste	x80	xtotal
6 mod3	18	2	20	179	14	16	209
7 mod3	579	65	644	135	12	19	166
8 mod3	2627	87	2714	336	19	34	389
autres	-	15	15	-	6	-	6
1 à 5			6165				453
total			9558				1223

• Notes:

  - Exception pour les discontinus: si les continus ont des pas avec les 2 1ères fréquences toujours très faibles par rapport à la 3ème fréquence, chez les discontinus les 2 1ères sont toujours plus faibles que la 3ème mais leur somme peut être supérieure à elle, ce qui donne des px% supérieurs à l'unité et un seul cas (fréquence 44) où la 3ème n'est pas la plus grande. Le dernier pas des continus, 48 49 50, 49 et 50 sont égaux.

  - Les fréquences 1 2 3 4 5: Les 2 lots continu et comp' ont en commun les fréquences 3 4 5, avec la proportion la plus élevée de la fréquence 4 (47% en continu et 34% en discontinu), les fréquences 3 et 5 sont quasiment nuls. Par contre les 2 lots se différencient nettement pour les fréquences 1 et 2: la 1 des continus a la 2ème proportion la plus élevée et rivalise avec le 1er pas (17% contre 10%) et la fréquence 2 est quasiment nulle et portée par un seul génome, bsu (effectif de 4 en gras); la 1 des discontinus est nulle, par contre la fréquence 2 rivalise avec le 1er pas avec un effectif de 40 contre 47.

  - Les restes après la fréquence 50: D'après la 1ère note la progression des continus est plus rapide que celle des comp' ce qui fait que les restes sont 5 fois plus élevés chez les comp' 9,6% contre 1.9% pour les continu. Mais la progression s'annule presque au-delà de la fréquence 100, voir le tableau des caractéristiques globales de ces 2 lots (tRNA-cds02 les colonnes des minima).

  - Chez les discontinus une seconde périodicité apparaît avec les -8 (modulo 3): les 3 1ères sont constantes entre 44 et 48 puis 39, suivent 3 autres de 17 à 22 puis 10, suivent 3 autres de 12 à 17 puis 8 et enfin la queue qui diminue lentement avec des 3 et 4, dépassant rarement 7 (voir la suite dans -80).

  - Les courbes de progression de chaque fréquence modulo 3 sont des exponentielles.

• périodicité supérieure des discontinus, modulo 9.

-6	35 25 23	-7	19 11 15	-8	51 52 45	-8	51 52 45   42
-15	25 13 11	-16	13 12 8		-17	42 24 20	-20	24 20 21   10
-24	19 6 5		-25	11 8 8		-26	21 10 18	-32	18 19 12
-33	3 3 3		-34	7 3 7		-35	19 12 8		-41	8 4 4
-42	4 2 2		-43	6 3 4		-44	4 4 6		-50	6 3 5
-51	5 1 2		-52	1 2 5		-53	4 5 7		-59	7 3 6
-60	1 1 1		-61	2 1 4		-62	3 6 3		-68	3 1 3
-69	2 2 1		-70	1 1 0		-71	1 3 0		-77	0 2 ?
-78	0 ? ?		-79	2 ? ?		-80	2 ? ?		-86	-

Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes. Voir aussi les détails à la suite du tableau dans le tableur.
• Légende:

  - droite exp p4 coefficient de détermination R2 de la courbe de tendance, respectivement, d'une droite, de la fonction exponentielle, du polynôme de d° 4.

  - Paramètre des courbes, -a pente b constante pour la droite; -x exposant multiplié par 1000, x' constante pour l'exponentiel; w constante du polynôme.

  - fréquence: 6 6' 6" pour les fréquences -6 modulo 3; 7 7' 7" pour -7 modulo 3; et 8 8' 8" pour -8 modulo 3. Les diagrammes sont faits avec la valeur absolue de la fréquence.

  - abscisse modulo 3, abscisse 1: abscisse des diagrammes pour modulo 3 de fréquence ci-dessus, et abscisse modulo 1 de 1 à 15 pour les fréquences jusqu'à 50 et de 1 à 25 pour les fréquences jusqu'à 80. -x1 et x'1 pour l'exponentielle en abscisse1, à comparer avec les exponentielles des génomes.

  - moyennes: pour m e m/e respectivement moyenne écart type et leur rapport des fréquences modulo 3.

  - continu 50 et discontinu 50 80, diagrammes pour les cds-cds continus jusqu'à la fréquence 50 et les cds-cds discontinus jusqu'aux fréquences 50 et 80.

• Note: Les fréquences des continus 8 et 7 progressent rapidement par rapport aux discontinus qui s'étalent sur une plus grande plage. Aussi les diagrammes sur 80 fréquences améliorent les paramètres des courbes des discontinus. En effet les R2 des droites 6" et 8" sont nettement inférieures à ceux de leurs exponentielles avec les facteurs x1 élevés quoiqu'ils aient diminués par rapport à la série -50. Par contre pour 7" les R2 des 2 courbes sont identiques ce qui milite pour une courbe de tendance linéaire quoique le facteur -x1 et le m/e soient supérieurs à ceux des génomes en discontinu.

cds-cds. Diagrammes des fréquences des intercalaires négatifs cds-cds

	R2			abscisses modulo 3					abscisses 1		moyennes
fréquence	droite	exp	p4	-a	b	-x	x’	w	-x1	x’1	m	e	m/e
continu 50
6	537	190	585	0,1	4	36	4	6	107	3.5	1.2	1.66	0.72
7	735	855	971	2,6	111	72	176	245	215	132	38.6	40.2	0.96
8	608	973	987	14,8	603	100	1389	2611	301	841	175.1	253.9	0.69
discontinu 50
6’	820	912	913	0.7	32	72	54	45	217	43	11.9	10.8	1.11
7’	806	779	835	0.3	17	36	22	26	109	19	9.0	4.5	1.99
8’	857	888	933	1.2	56	61	97	56	184	71	22.4	17.0	1.32
discontinu 80
6”	667	834	931	0.4	23	51	32	45	152	28	7.8	9.76	0.80
7”	806	769	887	0.2	15	38	22	21	115	19	6.2	5.04	1.22
8”	739	874	949	0.6	42	48	70	80	144	55	14.8	16.14	0.92

Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements

• Lien tableur: Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements.
• Légende:

  - add1 add2 adresse du début et de fin d'un cds. Je nomme pour les opérations qui suivent add11 add12 le 1er cds de la 1ère ligne. La ligne suivante contient les adresses du cds suivant que je nomme add21 add22.

  - Les opérations:

  + intercal, intercalaire entre un cds et le suivant. Il est calculé comme add12-add21-1.

  + shift, différence entre les extrémités des 2 cds, add22-add12. Quand le shift est nul (à droite ou à gauche) il est coloré en jaune.

  + couvre, le recouvrement des 2 cds. Quand le shift est négatif (cyan) le cds est complètement recouvert et la longueur du recouvrement est égale à la longueur du 2ème cds, soit add22-add21+1, inférieure à l'intercalaire. Si le shift est positif le recouvrement est partiel et sa longueur est add12-add21+1, égale à l'intercalaire. Si le shift est nul (à droite ou à gauche) le recouvrement d'un des 2 cds est total.

• Note:

  - Donc la longueur du recouvrement ne peut pas être supérieure à l'intercalaire.

  - Tous les longs intercalaires ont un recouvrement total. Sur les 21 intercalaires de longueur supérieure à 140 pbs, 17 ont un recouvrement total dont 16 ont des intercalaires supérieurs à 212 pbs et 4 ont un recouvrement partiel avec des intercalaires inférieurs à 210 pbs. J'ai étudié plusieurs cds-cds négatifs de plus en plus courts, inférieurs à 140 pbs, que je n'ai pas représentés ici, et à part le -127 de bsu tous se sont révélés des recouvrements partiels comme certainement les 97% des intercalaires négatifs de moins de 50 pbs.

  - Les continus ont de longs recouvrements allant jusqu'à 2400 et ne descendent pas en dessous de 140. 9 sur 15 génomes ont plus de 200 pbs de recouvrement.

  - Les discontinus, à l'inverse, ne dépassent pas les 500 pbs de recouvrement et 5 sur 8 sont en dessous de 100 pbs. 3 sur 8 génomes ont plus de 200 pbs.

cds-cds0. Les intercalaires cds-cds négatifs, les recouvrements.

cds-cds01. Recouvrements chez bsu intercal add1 add2 shift couvre intercalaire continu -7616 387744 398495 -7475 141 390880 391020   -500 3717238 3717825 -20 480 3717326 3717805   -492 2909520 2910011 735 492 2909520 2910746   -164 1252815 1253021 52 164 1252858 1253073   -154 2466721 2467953 209 154 2467800 2468162   -143 1916663 1917097 205 143 1916955 1917302   intercalaire discontinu -361 2601528 2603339 -64 297 2602979 2603275   -127 3666841 3667059 -43 84 3666933 3667016   -93 2652993 2653463 1410 93 2653371 2654873

cds-cds02. Recouvrements chez eco intercal add1 add2 shift couvre intercalaire continu -2400 164730 167264 0 2400 164865 167264 -2130 2731600 2733729 444 2130 2731600 2734173 -1295 492092 493386 637 1295 492092 494023 -897 4577958 4578854 483 897 4577958 4579337 -729 1179520 1180359 0 729 1179631 1180359 -448 1639030 1639527 -193 255 1639080 1639334 -242 578107 578568 -59 183 578327 578509 -212 508875 511379 0 212 511168 511379 -153 16751 16903 57 153 16751 16960 intercalaire discontinu -723 3111128 3111988 -663 60 3111266 3111325 -530 3838248 3839171 -470 60 3838642 3838701 -527 10643 11356 -41 486 10830 11315 -436 3796948 3798207 -361 75 3797772 3797846 -210 3993739 3994059 276 210 3993850 3994335

Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus

• Lien tableur: Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus.
• Légende:

  - couleurs,

  + Les colonnes en jaunes: rouge pour les rapports non significatifs, jaune pour valeurs supérieures, cyan pour faibles, sans pour moyennes et soulignées pour les extrêmes.

  + Le classement, ordre décroissant de x6 x7 x8: vert clair x8 x6 x7, vert foncé x8 x7 x6, bleu x6 x8 x7.

  - clde, ordre des génomes en 9 forts et 12 faibles par rapport à x‰. Ils sont séparés par la ligne très grasse.

  - r80, total des effectifs des fréquences négatives supérieures à 80.

  - "5, somme des effectifs des fréquences -1 -2 -3 -4 -5.

  - "6 "7 "8, somme des effectifs des fréquences -6 -7 -8 modulo 3 jusqu'à -80.

  - "p pour périodique, somme des 3 modulo 3, "6 "7 "8

  - "80, somme des effectifs de ("5 "6 "7 "8)

  - cds, total des intercalaires cds-cds décomptés pour un génome, gen.

  -x5, % par rapport au total ("80 + r80).

  - x6 x7 x8, pourcentage d'un modulo 3 par rapport au total "p des 3 modulo 3, "6 "7 "8.

  - x‰, pour 1000 cds-cds, somme de "80 et r80 divisée par la colonne cds

cds-cds-x. Intercalaires négatifs discontinus. Classement

clde	gen	r80	“6	“7	“8	“p	x6	x7	x8	x‰	cds	“5	x5	“80
1	pub	0	17	3	25	45	38	7	56	70.4	1307	47	51	92
2	pmg	0	16	9	30	55	29	16	55	48.9	1800	33	38	88
3	ase	17	48	55	123	226	21	24	54	42.9	8197	109	31	335
4	mja	0	19	3	8	30	63	10	27	32.4	1730	26	46	56
5	ant	0	20	5	18	43	47	12	42	26.8	3095	40	48	83
6	eco	10	15	6	18	39	38	15	46	23.4	4024	45	48	84
7	ade	9	4	17	36	57	7	30	63	22.8	4464	36	35	93
8	rru	5	6	13	22	41	15	32	54	19.5	3786	28	38	69
9	cvi	1	7	16	20	43	16	37	47	16.1	4282	25	36	68
10	scc	1	9	3	12	24	38	13	50	15.5	1805	3	11	27
11	blo	2	1	4	8	13	8	31	62	10.2	1772	3	17	16
12	bsu	4	5	7	5	17	29	41	29	8.3	4215	14	40	31
13	myr	0	5	1	5	11	45	9	45	5.6	3555	9	45	20
14	pmq	1	8	5	14	27	30	19	52	5.8	7223	14	33	41
15	mba	0	3	3	10	16	19	19	63	5.6	3943	6	27	22
16	rtb	0	0	0	3	3	0	0	100	5.0	793	1	25	4
17	abra	0	3	0	3	6	50	0	50	4.8	1667	2	25	8
18	cbn	0	5	0	4	9	56	0	44	3.6	2491	0	0	9
19	spl	0	1	1	3	5	20	20	60	2.8	4213	7	58	12
20	cbei	0	2	2	3	7	29	29	43	2.0	5622	4	36	11
21	afn	1	1	1	0	2	50	50	0	2.0	2039	1	25	3
	total	51	195	154	370	719	27	21	51	17.0	72023	453	37	1172

• Note: Le tableau est construit à partir du tableau détaillé dans le tableur ainsi que les restes des cds-cds négatifs (14.8.21).

  - Classement: Le classement est fait suivant l'ordre décroissant de x6 x7 x8. Il y a ainsi 3 catégories: vert clair x8 x6 x7, vert foncé x8 x7 x6, bleu x6 x8 avec x7 quelconque. Chaque catégorie est divisée en x‰ fort, faible et rouge ou incetain. Ainsi le classement indique la couleur, l'ordre, l'effectif de la sous-catégorie et la fourchette du taux de x6.

  - Les forts x‰: Le taux de négatifs discontinus x‰ dépasse pour 8/9 le taux du total, 17.0 et le 9ème fait 16.1‰; 4 taux sont les plus élevés des 21, dépassant les 30‰. Le total de cds ne les impacte pas, il y a 5 grands cds pour 4 petits (inférieurs à 3100). Le taux des fréquences 1-5 varie peu et est très élevé, entre 31 et 51%. Chaque génome est suivi de son taux de négatifs discontinus en ‰ et du total de cds.

  1. bleu ordre x6 x8, deux, 47-64:   mja 32‰   1730  ant 27‰   3095
  2. v.clair ordre x8 x6 x7, trois, 29-38:   pub 70‰   1 307   pmg 49‰   1 800   eco 23‰   4 024
  3. v.foncé ordre x8 x7 x6, quatre, 7-21:   ase 43‰   8 197   ade 23‰   4 464   rru 19‰   3 786   cvi 16‰   4 282

  - Les faibles x‰: Le taux de négatifs discontinus x‰ ne dépasse pas 7‰ pour 10/12 d'entre eux; blo fait 10‰ et seul scc égale celui du fort cvi; j'ai gardé scc parmi les faibles à cause du faible taux des fréquences 1-5. Le total de cds ne les impacte pas, il y a 6 grands cds pour 6 petits (inférieurs à 2 500). Le taux des fréquences 1-5 varie beaucoup, est impacté par le total de cds; les 6 taux 1-5 les plus petits ont un cds inférieur à 2500; tandis que 5 grands ont un cds supérieur à 3555 et rtb est ambigu du à sa faiblesse en cds. Le taux des "6 par rapport au total des "p n'est impacté ni par le total cds ni par le taux des 1-5. Chaque génome est suivi de son taux de négatifs discontinus en ‰ et du total de cds accompagné par le taux des 1-5 en %.

  1. v.clair ordre x8 x6 x7, trois, 30-45:   scc 15‰   1 805-11   myr 6‰   3 555-45   pmq 6‰   7 223-33
  2. v.foncé ordre x8 x7 x6, cinq, 8-29:   blo 10‰   1 772-17   mba 6‰   3 943-27   spl 3‰   4 213-58   cbei 2‰   5 622-36   bsu 8‰   4 215-40

  - Les rouges ou incertains, en x‰: Les effectifs sont très faibles d'où les ? pour zéro. Leurs cds ne dépassent pas 2500. Chaque génome est suivi de son taux de négatifs discontinus en ‰ et du total de cds accompagné par l'effectif des 1-5.

  1. bleu ordre x6 x8, trois, 50-56:   afn 2‰   2 039-1   abra 5‰   1 667-2   cbn 4‰   2 491-?
  2. v.clair ordre x8 x6 x7, un ?, 0:   rtb 5‰   793-1

• Coefficient de détermination, moyenne et corrélation des taux des périodiques par rapport au total des cds-cds. Les colonnes ‰. (pour 10 000) sont à faire d'après le tableau ci-joint extrait des discontinus et des continus, x6‰. pour "6/cds des discontinus et c7‰. pour "7/cds pour les continus par exemple. Ainsi le coefficient de détermination R2 (ici multiplié par 1000 et correspond à la progression croissante de 1 à 21 des taux) est nettement à l'avantage d'une exponentielle chez les discontinus avec une différence minimale de 106 points pour x7‰. et plus de 200 points pour les 4 autres; la fonction exponentielle est très prononcée avec une constante de l'exposant a, b*exp(-ax), proche de 0.2. Les variances très élevées des taux vont dans le même sens avec des rapports moyenne/écartype, m/e, inférieurs à l'unité. Chez les continus l'avantage vers la linéarité est très prononcé en comparaison avec les discontinus: R2 linéaire supérieur à celui de l'exponentielle pour c7‰. et c5‰. avec le coefficient a 4 fois inférieur pour c7‰. et 2 fois inférieur pour c5‰.; pour c8‰. et c‰. très grande ressemblance avec x8‰. et x‰. pour le R2 mais les coefficients a sont analogues à ceux de c7‰. et c5‰. militant plutôt pour la linéarité car plus a tend vers zéro plus l'exponentielle tend vers 1+ax [63]; enfin les très faibles variances des taux, m/e entre 1.7 et 3.9 vont dans le même sens. On retrouve ces comportements de l'exponentielle avec les fréquences des intercalaires où -x1 et x'1 correspondent à -a et b avec les mêmes abscisses que les génomes après tri (suite de 1 à 15 ou 25). Cependant le classement des continus en fonction de c‰, pour 1000, (voir cds-cds-cx) avait montré au moins 4 groupes dont un plateau et 2 pentes de progression élevées, une de 7 et l'autre de 37 (voir note) et apparemment cette hétérogénéité est supportée par les c5‰ (pas de classe avec un intrus) et c8‰ (une seule avec blo comme intrus) mais pas par c7‰ (les 4 classes ont au moins un intrus, dans l'ordre, cbei mja (ade eco) abra ). Enfin les fortes corrélations entre 2 colonnes de taux des discontinus et celles très faibles entre les taux des continus confirment respectivement leur parentés à la fonction exponentielle et à la fonction linéaire.

14.8.21		discontinu					continu				
		x6‰.	x7‰. 	x8‰. 	x5‰. 	x‰. 		c7‰. 	c8‰. 	c5‰. 	c‰. 
moyenne		32.4	18.2	52.8	69.5	178.3		84.2	427.9	859.9	1398.9
écart		37.6	18.2	53.8	86.6	181.3		22.4	248.2	422.8	592.4
m/e		0.9	1.0	1.0	0.8	1.0		3,9	1,7	2,0	2,4
R2 progrès											
droite		753	850	758	687	783		978	793	967	888
exponentiel	980	956	961	969	986		975	941	957	967
a		0.195	0.183	0.165	0.202	0.171		0.043	0.081	0.089	0.065
b		1.98	1.44	5.37	3.75	16.4		50	153	283	629
corrélation, pour coefficient de détermination de 2 colonnes.											
5-6	5-7	5-8	6-7	6-8	7-8			5-7	5-8	7-8	
788	244	728	154	569	555			37	176	177	

Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus

• Lien tableur: Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus.
• Légende: voir le tableau des détails dans le tableur ainsi que les restes des cds-cds négatifs.
  1. Les continus

  - couleurs des continus, jaune pour valeurs supérieures, cyan pour faibles, sans pour moyennes, gras pour très faibles et soulignées pour les extrêmes.

  1. - c5, en %: somme des effectifs des fréquences -1 -2 -3 -4 -5 sur le total des négatifs continus.

     - c‰ pour 1000 cds-cds, total des intercalaires négatifs continus divisé par cds (total des cds-cds).

     - cont, total des continus négatifs

     - r50, reste des continus après la fréquence -50.

     - "6 "7 "8, somme des effectifs continus des fréquences -6 -7 -8 modulo 3 jusqu'à -50.

     - "5, somme des effectifs des fréquences -1 -2 -3 -4 -5.

     - "p, somme de "6 "7 "8

     - c7 en % somme des effectifs continus de la fréquence -7 modulo3 jusqu'à -50, sur la somme des mêmes sommes -6 -7 -8 modulo 3.

     - c1/c4, en %, rapport de la fréquence -1 sur la fréquence -4 des négatifs continus, tiré du tableau comparaison continu-discontinu

  2. Les discontinus voir leur chapitre

     - c‰ c5‰ c7‰ c8‰ pour 1000 cds-cds, total des intercalaires négatifs continus divisé par cds (total des cds-cds).

     - x5, en %: somme des effectifs des fréquences -1 -2 -3 -4 -5 sur le total des négatifs discontinus.

     - x‰, pour 1000 cds-cds, total des intercalaires négatifs discontinus divisé par cds (total des cds-cds). Pour x5 et x‰ les couleurs sont celles des continus avec le rouge pour les effectifs peu significatifs.

     - x6 en %, somme des effectifs des discontinus de la fréquence -6 modulo 3 jusqu'à -80, sur la somme des mêmes sommes -6 -7 -8 modulo 3. Les couleurs des 3 classes de discontinus basés sur x6, sont dans l'ordre décroissant, bleu (x6 x8 x7), vert clair (x8 x6 x7) et vert foncé (x8 x7 x6).

cds-cds. Intercalaires négatifs. Classements

cds-cds-c. Intercalaires négatifs continus. Classement gen r50 cont “6 “7 “8 “p c8 c7 “5 c5 c‰ cds cbn 0 167 23 82 105 78 21.9 62 37 67 2 491 cbei 4 389 32 200 232 86 13.8 153 39 69 5 622 mba 6 307 7 34 108 149 77 22.8 152 50 78 3 943 myr 0 282 22 127 149 85 14.8 133 47 79 3 555 pmg 2 158 10 41 51 80 19.6 105 66 88 1 800 mja 6 163 17 62 79 79 21.5 78 48 94 1 730 spl 5 414 30 117 147 80 20.4 262 63 98 4 213 pmq 16 753 1 44 226 271 84 16.2 466 62 104 7 223 blo 2 210 1 10 36 47 79 21.3 161 77 119 1 772 rtb 0 98 9 46 55 84 16.4 43 44 124 793 bsu 17 573 42 209 251 83 16.7 305 53 136 4 215 afn 9 303 2 20 105 127 84 15.7 167 55 149 2 039 ase 28 1300 3 70 145 218 68 32.1 1054 81 158.6 8 197 ade 9 713 25 72 97 74 25.8 607 85 159.7 4 464 eco 22 644 47 152 199 76 23.6 423 66 160.0 4 024 cvi 4 687 38 152 190 80 20.0 493 72 160.4 4 282 rru 11 609 26 97 123 79 21.1 475 78 160.9 3 786 scc 6 319 1 22 95 118 81 18.6 195 61 177 1 805 ant 6 679 1 33 252 286 89 11.5 387 57 219 3 095 abra 13 409 11 174 185 94 5.9 211 52 245 1 667 pub 3 381 2 14 129 145 90 9.7 233 61 292 1 307 total 169 9558 18 579 2627 3224 82 18.0 6165 64 134 72 023

cds-cds-cx. Intercalaires négatifs. Classement gen c5‰ c7‰ c8‰ c‰ c1/c4 cds x6 x5 x‰ cbn 25 9.2 33 67 121 2 491 56 0 3.6 cbei 27 5.7 36 69 87 5 622 29 36 2.0 mba 39 8.6 27 78 28 3555 19 27 5.6 myr 37 6.2 36 79 118 3943 45 45 5.6 pmg 58 5.6 23 88 52 1 800 29 38 48.9 mja 45 9.8 36 94 49 1 730 63 46 32.4 spl 62 7.1 28 98 93 4213 20 58 2.8 pmq 65 6.1 31 104 21 7 223 30 33 5.8 blo 91 5.6 20 119 48 1 772 8 17 10.2 rtb 54 11.3 58 124 30 793 0 25 5.0 bsu 72 10.0 50 136 31 4215 29 40 8.3 afn 82 9.8 51 149 29 2 039 50 25 2.0 ase 129 8.5 18 158.6 19 8 197 21 31 42.9 ade 136 5.6 16 159.7 13 4464 7 35 22.8 eco 105 11.7 38 160.0 63 4024 38 48 23.4 cvi 115 8.9 35 160.4 31 3786 16 36 16.1 rru 125 6.9 26 160.9 21 4282 15 38 19.5 scc 108 12.2 53 177 25 1 805 38 11 15.5 ant 125 10.7 81 219 74 3095 47 48 26.8 abra 127 6.6 104 245 48 1 667 50 25 4.8 pub 178 10.7 99 292 190 1 307 38 51 70.4 total 86 8.0 36 134 37 72023 27 37 17.0

• Note: voir la note des discontinus seuls. Ici les couleurs ont été harmonisées pour le tri et pour comparer rapidement 2 génomes: jaune pour valeurs supérieures, cyan pour faibles, sans pour moyennes, en gras pour très faibles et soulignées pour les extrêmes.

  - Les négatifs continus se distinguent des discontinus par 3 points essentiels:

  1. Le taux des intercalaires, voir le petit tableau en bas de cette note.

     - c‰: La courbe de détermination des négatifs continus triés est une droite à forte pente de 9. Elle a un palier à pente nul de 5 génomes avec un taux de 160 ‰. Ce palier sépare une queue de 12 génomes avec une droite de pente 7 (R2 99), d'une tête de 4 génomes de pente 37 (R2 97). Les cds ne semblent pas impacter ce taux, la queue a 6 faibles cds contre 6 forts, le palier est un palier aussi pour 4 cds moyens et le 5ème fort extrême, la tête de la courbe a un cds moyen pour 3 faibles. Les c5 impactent différemment les 3 parties, les 4 1ers c‰ de la queue semblent être corrélés positivement aux c5 alors que la tête est corrélée négativement, le palier est aussi un palier c5 et les 8 génomes restant ne semblent pas être corrélés entre eux.

     - x‰: La courbe de détermination des négatifs discontinus triés est une exponentielle nette et régulière. J'ai détaillé ses fréquences dans le chapitre précédent. La fonction exponentielle dénote la difficulté physique d’établir la discontinuité entre 2 cds, on passe d'un état vibratoire à l'autre en les chevauchant. Les intercalaires négatifs continus répondent, eux, à une logique fonctionnelle, le chevauchement ne peut pas être à l'identique (0 modulo 3) sinon on tombe dans les domaines protéiques communs à plusieurs gènes et qui ont un rôle fonctionnel; le chevauchement doit être décalé (-1 -2 modulo 3) et c'est pour cela qu'on n'a que rarement des -6 modulo 3 ("6).

  2. Les intercalaires de -1 à -5: voir le petit tableau en bas de cette note et les fréquences périodiques. Ces intercalaires ont une moyenne de 60% et 33% par rapport au total respectivement des continus et des discontinus négatifs, avec des écarts identiques faibles. Ceci s'explique par la difficulté des discontinus à s'ancrer avec une seule paire de bases, ils n'ont aucun intercalaire de ce genre, alors qu'il y en a 17% chez les continus (le rapport c1/c4 ne concerne donc que les continus et varie beaucoup d'un génome à l'autre). Par contre les discontinus ont un taux de fréquence -2 équivalent à celui de -8 comme s'ils initialisaient cette périodicité, alors que les continus malgré qu'ils soient 10 fois plus nombreux n'en présentent que 4 et pour le seul génome bsu.
  3. Les intercalaires périodiques - 6 -7 -8 modulo 3

     - "6 continu (voir le tableur): cas de mba avec 7 occurrences 1 pour 9 27 et 5 pour 18. Au total les continus ont 26 occurrences jusqu'à -50 et 5 sur les 179 restants avec eco (66 75) ase (51 57) et mba (51) pour les occurrences inférieures à 140. Pour les discontinus, les 6 modulo 3 apparaissent régulièrement, ainsi pour ase il y a 7 au-delà de -80 jusqu'à une occurrence de -120 soit 40 aas! De même pour eco 2 occurrences après -80, 102 129 avant les plus grands; de même bsu a une occurrence à 93, mais ade qui a 9 au-delà de -80 n'en a pas. Jusqu'à -50 il y a 171 discontinus et 13 de -51 à -80.

     - Les rapports entre les périodiques "6 "7 "8: Chez les continus ils sont complémentaires puisque "6 est quasi nul (26 contre 171 chez les discontinus). Ils sont très homogènes (m/e de 3.2 et 14 respectivement et un R2 de 91) avec une pente de progression de 0.89 contre 2.15 et 2.70 pour les discontinus. Ces pentes fortes et leur faible homogénéité (m/e 1.7 1.4 2.6 pour "6 "7 "8 respectivement et un R2 des "8 de 79) rapprochent les discontinus des courbes exponentielles en pourcentage du total.

     - Les pourcentages par rapport au total des cds: Dans cette comparaison on retrouve l'homogénéité des continus avec un m/e entre 1.7 et 3.9 et l'hétérogénéité des discontinus avec un m/e inférieur à 1.0. Par contre les courbes de tendance de progression des discontinus sont nettement exponentielles (R2 de la droite très inférieur à celui de l'exponentielle sauf pour x7‰) alors que celles des continus sont nettement linéaires (R2 de la droite supérieur ou presque égale à celui de l'exponentielle). Cette tendance à l'exponentielle explique la corrélation forte, comparaison entre 2 à 2 colonnes, chez les discontinus (80 76 58 54 27 15) et très faible chez les continus (5 15 18) où la corrélation entre ces derniers est réduite à leurs différences de pente. Il ne faut confondre l'exponentielle des fréquences qui est fonction de la longueur des recouvrements valable pour les continus et les discontinus, des tendances des génomes qui reflètent chez les continus la facilité à établir le recouvrement et sa difficulté chez les discontinus.

  - Le classement des continus voir en bas du chapitre: Les classes sont ordonnées sur le taux par rapport au total c‰. Il est suivi de /pas pour l'écart entre 2 taux successifs, ça correspond à la pente que j'ai signalé au paragraphe ci-dessus c‰. On remarque le palier de 5 génomes avec un /pas de 1. Il y a ainsi 5 classes dont 4 sont quasiment des paliers et la dernière avec une pente très forte. Les colonnes c5 et c7 présentent une plage avec éventuellement une exception après la virgule. Cette exception ne s'écarte réellement de l'homogénéité que dans 2 cas sur 5 pour c5 dans les classes 3 (43-55,76) et 5 (6-12,18). Cette écart est du à l'hétérogénéité du c1/c4. La colonne cds montre clairement que les cds n'impactent pas l'homogénéité d'une classe tant l'écart dans une classe est très grand. Le classement des 21 génomes en continu et discontinu (2ème tableau) montre la différence entre les 2 types de négatifs: dans chaque classe de continus il y a au moins 2 classes de discontinus sur les 3, v.clair v.foncé et bleu. Le palier de 5 en continus a 4 v.foncés et 1 v.clair, ce qui confirme sa grande homogénéité en plus de ses 4 cds.

  - Les caractéristiques communes aux continu-discontinu: Voir le récapitulatif en fin de chapitre.

  + Ces 2 types d'intercalaires ont en commun la périodicité modulo 3 des occurrences -6 -7 -8, les occurrences uniques -3 -4 -5 et les taux de ces occurrences cumulées pour -8 (respectivement continu discontinu 28 32 %), pour -4 (respectivement continu discontinu 47 34 %) et enfin -3 et -5 qui sont quasiment nulles.

  + Ils diffèrent par les taux des occurrences cumulées des -6 d'un facteur 50 (respectivement continu discontinu 0.3 17 %), des occurrences cumulées -7 d'un facteur 2 (respectivement continu discontinu 6.8 13 %), des occurrences -1 (respectivement continu discontinu 17 0 %) et des occurrences -2 (respectivement continu discontinu 0 3.5 %) et enfin ils diffèrent par les totaux des effectifs d'un facteur 10 (respectivement continu discontinu 9644 1144).

  + Une caractéristique commune entre les 2 types d'intercalaires apparaît après une analyse approfondie de la corrélation entre -7 et -8: Le taux moyen en % des continus, c7, ("7)/("7+"8) et celui des discontinus, x7, ("7)/("6+"7+"8) sont équivalents 18.6% contre 19.2%. Certes les c7 sont plus beaucoup plus homogènes (m/e de 3.2) que les x7 (m/e de 1.4) mais ceci est du au fait que les taux individuels en (‰.) par rapport au total des cds des c7 ont une progression linéaire alors que les x7 ont une progression exponentielle. Et la corrélation entre les taux individuels x7-x8 est forte avec un coefficient de détermination de 0.54. C'est comme si, quelque soit la longueur de l'intercalaire, le taux "7/"8 était toujours le même. Ce rapport commun aux 2 types d'intercalaires renforce l'idée que la périodicité commune aux deux est un processus lié aux propriétés physiques de l'ADN et non aux fonctionnalités des 2 cds. Les corrélations fortes chez les discontinus, 5-6 (0.80) 5-8 (0.76) 6-8 (0.58) vont aussi dans ce sens grâce aux coefficients de détermination de leurs courbes exponentielles de progression listés dans le même tableau. Chez les continus les corrélations sont très faibles parce que leurs moyennes sont très homogènes ou autrement dit leurs taux sont presque constants. Ce qui va toujours dans le même sens de la propriété physique de l'ADN pour 2 processus différents, un linéaire pour les continus et l'autre exponentiel pour les discontinus.

• Les taux entre périodiques: Les calculs sont faits à partir du tableau des continus. Comme c7 et c8 sont complémentaires ils ont même ecartype, même pente et même R2. Avec une moyenne de 81.5 (100-18.5) c8 obtient donc un m/e de 14.

14.8.21	c5	c7	c‰	x5	x6	x7	x8	x‰ 
moyenne	59,7	18,6	140,9	34,0	30,8	19,6	49,6	17,8
ecart	13,4	5,9	59,5	14,0	17,2	13,9	18,5	18,1
m/e	4,4	3,2	2,4	2,4	1,8	1,4	2,7	1,0
a	2,16	0,88	9	2,17	2,74	2,19	2,55	x0,17
b	35,9	8,82	40,91	10,17	0,62	-4,47	21,46	1,64
r2	98	91	89	92	98	96	74	99
			pal 5	pal 5				expo

• Les classes des continus,14.8.21

classe				c‰ /pas			c5		c7		cds
					
cbn cbei mba myr:  		67-79 /3		37-50		14-23		2 491 - 5 622
					
pmg mja spl pmq:		88-104 /4		62-66,48	16-21		1 730 - 7 223
					
blo rtb bsu afn: 		119-149 /7		44-55,77	16-21		 793 - 4 215
					
eco ade rru cvi ase:		159-161 /1		72-85,66	20-26,32	3 786 - 8 197
					
scc ant abra pub: 		177-292 /29		52-61		6-12,19		1 307 - 3 095

• Récapitulatif continus discontinus du 14.8.21: Les compilations sont tirées des -50 des continus, des -80 des discontinus et les occurrences négatives supérieures à 130 dans les restes. Période: "6 "7 "8 pour les -6 -7 -8 modulo 3; 1,2 pour -1 -2; 4 pour -4; et 3,5 pour -3 et -5; reste pour les occurrences négatives supérieures à 130.

période	cont	%	discont	%
6	20	0.21	209	17.09
7	644	6.74	166	13.57
8	2714	28.4	389	31.8
reste	15	0.16	6	0.49
1	1671	17.5	0	0
2	4	0.04	40	3.27
3,5	14	0.15	3	0.25
4	4476	46.8	410	33.5
total	9558	100	1223	100

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400.
• Légende: Ces tableaux sont suivis par les corrélations et fréquences faibles, cds-cds.31 et cds-cds.32.

  - gen: pour génome. Le 1er tableau cds-cds.11 pointe sur le génome au chapitre "gen intercalaires positifs S+". Au lien du tableur de ce dernier se trouvent les effectifs, dont eff eff3 teff de ces diagrammes 400. Le total eff représente le total de la fréquence 1 à 400 (cds-cds.11 et 21), eff3 de 31 à 400 (cds-cds.12 et 22) et de 51 à 400 pour bsu (colonne f3, tF51) et teff le total du génome, positifs, zéros et négatifs compris. Le total teff est la somme des 2 colonnes x et c du tableau cds-cds.32 sous la rubrique teff. Le x+ correspond aux diagrammes des discontinus et le c+ aux continus. La colonne "gen de cds-cds.11" pointe sur la fiche du génome pour ses diagrammes. La colonne "gen de cds-cds.12" pointe sur ses diagrammes. Sur les diagrammes sont indiqués eff et eff3.

  - Pour la construction des diagrammes et leurs symboles,   -7  -5  R2  flex   R2’  f3, pour les corrélations du tableau cds-cds.31 et les fréquences faibles du tableau cds-cds.32, voir la légende de cvi.

  - m50x: Les polynômes Sx+ présentent soit un maximum (max) soit un minimum (min) à l'abscisse 50 (ou bien proches de 50,40 60) soit ni l'un ni l'autre et ils paraissent réguliers.

  - m50c: comme m50x mais ce sont tous des minima.

  - f3: c'est la forme de la courbe du polynôme. Quand le coefficient de la variable x3 est négatif (colonne -7) la courbe a la forme d'un S majuscule, d'abord concave ensuite convexe. Quand ce coefficient est positif la forme est un tilde (t), convexe puis concave. Si la forme f3 est nette avec un R2' élevé, elle est suivie de F pour fort, de m si R2' est moyen et de f si R2' est faible.

  - clx+: c'est le classement des génomes à partir du tableau cds-cds.11, d'abord avec R2' puis f3. Dans la classe a les génomes ont un minimum et de forme S. Dans la classe b les génomes sont réguliers et de forme tilde. Dans la classe c les génomes ont un mmaximum et de forme tilde sauf pour bsu dont la forme Sf (R2' 18) très faible peut être confondue avec un tilde. Ce classement est reporté tel quel dans les autres tableaux.

cds-cds-d. Diagrammes 400 des intercalaires cds-cds.

cds-cds.11 Intercalaires positifs discontinus. Fréquences Sx+ 1-400 Polynome de d°3 gen m50x -7 -5 R2 flex x+ R2’ eff f3 clx+ rru min 50 -13 90 818 231 20 874 Sf 6 b1 rtb max 80 45 -332 496 246 191 118 tF 14 c3 pub min 20 -58 495 853 284 249 218 SF 1 a1 cvi max 70 29 -174 611 200 30 1008 tf 8 b2 ade min 50 -20 145 782 242 39 1229 Sf 5 b1 ant min 50 -25 209 680 279 70 601 Sm 4 a2 eco max 50 22 -151 532 230 43 1003 tm 11 c2 spl max 80 47 -333 611 236 336 1071 tF 16 c5 bsu max 40 -6.4 69 458 359 18 1028 Sf 9 c1 pmq régulier 31 -283 878 304 813 1614 tF 19 d2 cbn max 50 16 -109 454 227 27 489 tf 10 c1 cbei régulier 32 -258 712 269 708 946 tF 18 d2 afn max 4-14 29 -227 486 261 183 328 tF 15 c4 ase max 70 19 -108 872 189 25 2398 tf 7 b2 blo régulier 33 -233 728 235 138 448 tF 21 d3 mja min 50 -16 150 660 313 78 406 Sm 3 a2 mba régulier 4.9 -71 350 483 348 705 tF 17 d1 myr max 70 33 -213 708 215 68 828 tm 12 c2 pmg min 40 -67 515 607 256 179 559 SF 2 a1 abra max 50 53 -314 734 197 96 256 tF 13 c3 scc régulier 30 -200 690 222 71 416 tm 20 d3

cds-cds.21 Intercalaires positifs continus. Fréquences Sc+ 1-400 Polynome de d°3 gen m50c -7 -5 R2 flex c+ R2’ eff clx+ rru 50 -34 275 878 270 139 2056 6 b1 rtb 50 -36 279 569 258 82 Sm 402 14 c3 pub 50 -236 1732 559 245 338 537 1 a1 cvi 50 -44 372 852 282 203 2320 8 b2 ade 50 -61 489 843 267 232 2242 5 b1 ant 40 -135 1021 664 252 306 1616 4 a2 eco 50 -74 565 805 255 265 2130 11 c2 spl 50 -47 363 806 257 192 2215 16 c5 bsu 50 -41 352 790 286 173 2444 9 c1 pmq 70 -29 229 946 263 140 4164 19 d2 cbn 50 -50 394 855 263 203 1701 10 c1 cbei 50 -46 338 779 245 213 3399 18 d2 afn 50 -95 712 722 250 297 1323 15 c4 ase 50 -43 352 910 273 216 3558 7 b2 blo 40 -5.7 69 868 404 41 Sf 993 21 d3 mja 50 -94 719 856 255 319 1047 3 a2 mba 50 -50 359 823 239 287 1651 17 d1 myr 50 -94 717 742 254 290 2081 12 c2 pmg 60 -107 844 869 263 368 895 2 a1 abra 60 -99 750 702 253 277 934 13 c3 scc 60 -86 660 830 256 331 961 20 d3

cds-cds.12 Intercalaires positifs discontinus. Fréquences Sx+ 31-400 Polynome de d°3 gen teff -7 -5 R2 flex x+ R2’ eff3 f3 clx+ rru 3786 12 -97 833 269 36 726 tf 6 b1 rtb 793 14 c3 pub 1307 -49 437 918 297 256 149 SF 1 a1 cvi 4282 8 b2 ade 4464 32 -228 874 238 67 958 tm 5 b1 ant 3095 60 -400 785 222 112 432 tF 4 a2 eco 4024 11 c2 spl 4213 16 c5 bsu 4216 48 -359 861 249 167 645 tF 51 9 c1 pmq 7223 19 d2 cbn 2493 10 c1 cbei 5623 18 d2 afn 2039 15 c4 ase 8197 7 b2 blo 1773 21 d3 mja 1729 47 -300 711 213 88 309 tF 3 a2 mba 3943 17 d1 myr 3555 12 c2 pmg 1800 23 -124 774 180 48 377 tm 2 a1 abra 1667 13 c3 scc 1805 20 d3

cds-cds.22 Intercalaires positifs continus. Fréquences Sc+ 31-400 Polynome de d°3 gen f3 -7 -5 R2 flex c+ R2’ eff3 clx+ rru tm 13 -61 957 156 41 1509 6 b1 rtb tF 70 -478 788 228 190 284 14 c3 pub SF -48 403 945 280 365 200 1 a1 cvi tF 5.3 22 915 -138 107 1621 8 b2 ade tF 2.5 38 957 -507 103 1490 5 b1 ant tF 4.8 28 888 -194 142 833 4 a2 eco tm 7.6 -18 934 79 61 1389 11 c2 spl tf 10.3 -50 915 162 30 1618 16 c5 bsu tF 12 -27 954 75 104 1424 9 c1 pmq Sm -13 112 937 287 51 3257 19 d2 cbn tm 8.8 -32 932 121 41 1171 10 c1 cbei Sf -13 15 935 38 8 2571 18 d2 afn tm 9.5 -42 904 147 45 791 15 c4 ase SF -18 182 976 337 149 2619 7 b2 blo tf 28 -174 897 207 36 786 21 d3 mja SF -6.2 87 964 468 105 623 3 a2 mba SF -6.7 100 789 495 209 2156 17 d1 myr tF 7.8 -12 897 51 86 1265 12 c2 pmg SF -35 327 973 311 286 510 2 a1 abra tF 21 -104 912 165 85 548 13 c3 scc SF -17 162 949 318 162 622 20 d3

• Diagrammes 400 note: Cette note analyse le tableau des diagrammes 400 et son annexe des corrélations et faibles fréquences.
• Classement: J’ai classé les 21 génomes suivant la pente des fréquences faibles des x+ de 1 à 30 pbs et suivant la forme de leurs diagrammes après la fréquence 30. J'ai obenu 4 groupes a b c d.
  1. Le groupe a: La pente des fréquences faibles est fortement négative et aboutit au minimum local d'abscisse 40 50. Il n'y a pas de maximum local supérieur à celui des faibles fréquences au-delà de ce minmum. La forme des 4 polynomes de d°3 sont tous de forme S, de force supérieure à 70, égale à la différence R2', R2 polynome moins R2 droite. Ce sont les génomes pub pmg mja ant. Les 2 1ers sont de forme S forte et les autres de forme S moyenne. Les génomes mja et ant ont un maximum à la fréquence 10 avec les taux respectifs de 121 et 136 ‰ et le maximum local à la fréquence 90 avec respectivement 69 et 58 ‰. Leur taux total des 1-30 ‰ sont respectivement 239 et 281 ‰ bien plus faibles que ceux de pub et pmg avec 317 et 326.
  2. Le groupe b: Ce sont dans l'ordre ade rru ase cvi. Ils présentent tous un minimum local vers 40-50 après une forte pente négatve comme le groupe a. Je les présentent ici comme mja et ant, fréquence du maximum des faibles suivie de son taux puis fréquence du maximum local au-delà du minimum des faibles suivie de son taux puis total du taux des faibles (1-30‰) puis la forme S ou tilde du diagramme suivi de sa force:

     - groupe a2, mja 10-121 90-69 239 Sm78, ant 10-136 90-58 281 Sm70.

     - groupe b1, ade 20-85 80-48 221 Sf39, rru 30-58 110-43 169 Sf20.

     - groupe b2, ase 10-59 70-57 135 tf25, cvi 10-62 70-91 112 tf30.

     + Note: dans la colonne m50x j'ai mis un minimum pour les b1 qui correspond au local 40-50 et un maximum pour les b2 qui ont aussi un minimum local à 40-50 mais leur maximum à 70 dépasse ou égalise celui des faibles. Ensuite les b2 changent de forme en passant du Sf des b1 au tf. Les formes faibles peuvent être rassemblées parce que très proches les unes des autres, il suffit d'un petit changement dans les effectifs pour passer de l'une à l'autre.

  3. Le groupe c: Ils sont caractérisés par un taux 1-30 ‰ très faible, inférieur à 71 ou par une pente positive des faibles, comme bsu et abra, quand le taux est élevé respectivement, 140 et 94 ‰. A ces taux très bas des fréquences faibles sont associés des pyramides à 3 ou 4 fréquences supérieures ou égales à 40 avec des taux maximum. Le groupe c est classé par la forme du diagramme dans l'ordre croissant Sf tf tm tF et non par la différence R2' entre le R2 du polynome et le R2 de la droite. R2' n'est pas adéquat pour ordonner la totalité des 21 génomes car il ne peut distinguer entre une forme S et une forme t, il ne représente que la force de la forme. Ainsi les ruptures naturelles apparaissent quand on change de forme, entre rru Sf et ase tf, entre cvi tf et bsu Sf et entre pmq tF et scc tm. Dans ce dernier cas la rupture est due au changement du classement de scc et blo (en gras) basé sur le taux élevé des fréquences faibles, 1-30 ‰, au lieu d'être nul comme pour les autres de la classe d. J'interprête scc et blo comme ayant leur pyramide à la fréquence 20, cad que les fréquences 10 et 30 ont des taux élevés aussi, ce qui les rend aussi réguliers comme mba cbei pmq. J'ai provoqué volontairement une seule rupture, celle entre rtb et afn, qui sont tous les 2 tF, mais afn se distingue par 2 pyramides au lieu d'une seule.

     - groupe c1, bsu cbn. Pyramide à 40 et 50. Taux 1-30 ‰ fort pour bsu à 140 mais avec une pente des 1-30 positive, taux faible pour cbn à 65 ‰. Le R2' est très faible, respectivement 18 Sf et 27 tf.

     - groupe c2, eco myr. Pyramide à 50 et 70. Taux 1-30 ‰ faibles 63 et 71 ‰. Le R2' est moyen, tm, respectivement 43 et 68.

     - groupe c3, abra rtb. Pyramide à 50 et 80. Taux 1-30 ‰ fort pour abra à 94 mais avec une pente des 1-30 positive, taux faible pour rtb à 51 ‰. Le R2' est fort, tF, respectivement 96 et 191.

     - c4 afn. Caractérisé par 2 pyramides à 40 et 140 au taux de 64 ‰ alternant avec 2 trous à 70 et 180 avec des taux très faibles, respectivement 15 et 6 ‰. Taux 1-30 ‰ faible 46 et R2' fort tF de 193.

     - c5 spl. Caractérisé par une pyramide à 80 et une forme régulière comme le groupe d puisque le passage de la fréquence 30 à 80 se fait doucement au contraire de tous les autres génomes du groupe c. Taux 1-30 ‰ faible 37 et un R2' le plus fort du groupe, tF, de 336 juste avant le 348 de mba du groupe d régulier, ce qui confirme sa régularité.

  4. Le groupe d: se caractérise par une abscence de pyramide et une progression lente de la fréquence 10 à la fréquence du maximum.

     - d1 mba. Il se caractérise par des déterminants du polynome et de la droite très faibles, 350 et 2, d'où le R2' de 348. Ceci est du au reste très élevé des effectifs au-delà de 400, 527 contre 705 pour 1-400. Le diagramme de 1 à 600 donne des valeurs plus conséquentes, respectivement, 465 156 309, avec un reste de 295 contre 937 pour 1-600. Ce dernier diagramme améliore le point d'inflexion qui devient normal avec un effectif de 354 pour 4823 sur 1-400. Le génome associe une forme tilde forte de 309, qui dénote sa régularité, tout en ayant un R2 très faible de 465 qui dénote une grande variabilité au contraire de cbei, qui a aussi un reste élevé au-delà de la fréquence 400, mais un R2' de 708 et un R2 de 712 sur 1-400 et 783 sur 1-600. Taux 1-30 ‰ faible de 45 seulement.

     - groupe d2, cbei pmq. Ils vont de pair, clostridia bacilli, comme pour le groupe c1 de cbn bsu, mêmes clades. Ces 2 paires se distinguent par leurs effectifs doubles en d2 par rapport à c1, respectivement, 946 1614 contre 489 1028. Alors que les c1 ont une pyramide chacun, les d2 n'en ont pas et sont réguliers avec des R2 élevés 712 878 contre 454 458. De même pour R2' qui passent de tF 708 813 à tf 27 pour cbn et Sf 18 pour bsu. Mais les taux 1-30 ‰ sont tous faibles sauf pour bsu qui a une pente positive, respectivement, 26 32 et 65 140.

     - groupe d3, scc blo. J'ai regroupé ces 2 génomes avec le groupe d à cause de leur régularité mais leurs taux 1-30 ‰ sont forts 118 89, non pas à cause d'une pente positive comme bsu et abra, mais parce que blo a une pyramide à 10 et scc à 30. C'est ce qui donne l'impression de régularité avec un R2 moyen, 690 728, malgré un R2' faible pour scc, tm 71 et fort pour blo, tF 138.

• mnemo

  - forme: Classement par la forme de la courbe, à la place du classement génomique par la pente a37 de la droite. L'utilisation du polynôme de d°3 sert à repérer un renflement après le minimum local des diagrammes c+ 1-400. J'obtiens alors les diagrammes c+ 31-400 que je peux comparer à ceux de x+ 31-400. Les diagrammes c+ 40 montrent la préférence de certaines longueurs autour de 12 pbs pour les contrôles des gènes. C'est dans les diagrammes 31-400 qu'on peut deviner qu'il y a d'autres séquences privilégiées pour d'autres types de contrôle, cela se présente par des pointes au niveau des renflements mais ne désigne pas une fréquence déterminée parce que les abscisses sont des plages de 10 fréquences.

  + détailler chaque classe et comparer les classes.

  - formes du tableau 22, c+31-400: Les c+1-400 sont toutes S, sur ce tableau 8 conservent cette forme, mja pmg pub scc mba pmq ase et cbei avec un R2' de 8, les 13 autres génomes sont de forme tilde. Le taux des x+ sont nettement améliorés dans les diagrammes 31-400 par rapport à celui des 1-400. Et avec la forme tilde chez 13/21 de 31-400, ceci montre que c+ apporte aussi des renflements comme les x+.

  - Le classement effectué lors de l'étude des pentes a37 et fait sur les 3 critères suivants:

  + in%, %positifs/total ADN

  + moy, moyenne des fréquences sur 0-200

  + rap, rapport des totaux des fréquences 10-370/0-100

  + a donné l'équivalent des classes a b c d des formes x+1-400, suivant l'ordre du critère moy: à la classe inférieure de a37, pub pmg ant mja correspond la classe a, pub pmg ant mja; à la classe supérieure de a37, myr rtb spl - cbei mba blo pmq, correspondent les classes c - d, myr rtb spl - mba cbei pmq blo; à la classe intermédiaire de a37, rru ase cvi ade - eco bsu cbn afn - scc, correspondent, respectivement, la classe b ade rru ase cvi, la classe c bsu cbn eco afn et la classe d avec scc.

  - bornes: pourquoi la plage de 1 à 400, alors que j'ai étudié 1 à 600 pour les courbes puissances, 1 à 370 pour le classement génomique? Au delà de 400 le profile ne change pas et 400 est la plupart du temps un intercalaire cds-rRNA23.

  - statistiques: Les diagrammes 400 ne cherchent pas à définir une statistique mais juste à nommer et comparer 2 génomes avec le signe du coefficient de x3 (forme S ou tilde), R2' obtenu en faisant la différence de R2 du polynôme avec celui de la droite et enfin le point d'inflexion du polynôme. Les diagrammes d'un génome reflète une organisation de l'ADN qui devrait restée la même de génération en génération. Ceci est à confirmer en analysant plusieurs séquençages puisque j’ai pu constater avec bsu et lmo que les intercalaires entre gènes de tRNA varient beaucoup entre les 2 génomes alors que les clusters des gènes rRNA et tRNA ont la même configuration.

  - corrélations: Une forte corrélation c+/x+ indique que le changement de brin pour constituer le complément ne modifie la longueur des intercalaires, une corrélation nulle qu'il y a beaucoup de modifications et une corrélation fortement négative que le processus de changement de brin prélève un intercalaire cds-cds en continu et le met en discontinu.

  - Conséquences pour les clusters rRNA-tRNA, intercalaires tRNA-cds et cds-rRNA23

  - au départ les cumuls des intercalaires tRNA-cds par génome, et recherche de cds intra cluster rRNA-tRNA.

  - comparaison entre 2 génomes semblables:   rru ade   rtb cvi   pub seul   cvi ase   ade pmg   ant ade   eco cbn   spl myr   bsu eco   pmq cbei   cbn cvi   cbei afn   afn rtb   ase pmg   blo abra   mja pmg   mba cbei  myr abra  pmg pub  abra pmg  scc ase.

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences.
• Légende: ces tableaux sont la suite de ceux des diagrammes 400, cds-cds.11 12 21 22.

  - gen: pour génome. Le 1er tableau cds-cds.31 pointe sur le génome au chapitre "gen intercalaires positifs S+". Au lien du tableur de ce dernier se trouvent les effectifs, dont eff eff3 teff de ces diagrammes 400. Le total eff représente le total de la fréquence 1 à 400 (cds-cds.11 et 21), eff3 de 31 à 400 (cds-cds.12 et 22) et de 51 à 400 pour bsu (colonne f3, tF51) et teff le total du génome, positifs, zéros et négatifs compris. Le total teff est la somme des 2 colonnes x et c du tableau cds-cds.32 sous la rubrique teff. Le x+ correspond aux diagrammes des discontinus et le c+ aux continus. La colonne "gen de cds-cds.11" pointe sur la fiche du génome pour ses diagrammes. La colonne "gen de cds-cds.32" pointe sur son diagramme 40 de la fréquence 1 à 40, voir le tableau synthétique des diagrammes 40 des cds-cds positifs continus.

  - pour les corrélations du tableau cds-cds.31 et les fréquences faibles du tableau cds-cds.32, voir la légende de cvi.

  - clx+: c'est le classement des génomes à partir du tableau cds-cds.11, d'abord avec R2' puis f3. Dans la classe a les génomes ont un minimum et de forme S. Dans la classe b les génomes sont réguliers et de forme tilde. Dans la classe c les génomes ont un mmaximum et de forme tilde sauf pour bsu dont la forme Sf (R2' 18) très faible peut être confondue avec un tilde. Ce classement est reporté tel quel dans les autres tableaux.

• Calculs des corrélations: Le coefficient de corrélation est fait avec LibreOffice calc sur les colonnes fx fc des effectifs du lien du génome, de la ligne 50 à ligne n ce qui va de la fréquence 41 à n, avec n égale 200 250 400 600. Les colonnes effectifs ici correspondent à la ligne diagr de fx et fc. Les références à ce tableau utilisent surtout la colonne 250.

  - J’ai fait les corrélations pour les 21 génomes entre c+/x+ 41-400, 41-250 et 41-200. Avec 41-400 les corrélations peuvent être très fortes car elles font intervenir la queue de la courbe où les effectifs sont faibles et la distance par rapport à la discontinuité direct/complement est si grande que le mécanisme de formation a peu d’influence. Avec 41-200 le nombre de points de comparaison, de 16, est faible. Aussi j’utilise les corrélations entre c+/x+ 41-250 avec 21 lignes de comparaison. Il y a ainsi 13 génomes faiblement corrélés ou carrément anti corrélés avec un coefficient inférieur à 0.611 et 8 fortement corrélés avec un coefficient supérieur à 0.758.

cds-cds-c. Diagrammes 400 des intercalaires cds-cds. Corrélations et faibles fréquences.

cds-cds.31 Intercalaires positifs. Diagrammes 400. Corrélations x+/c+. eff Corrélations gen x+ c+ 41-250 41-200 diff 1-250 mini clx+ rru 874 2056 611 193 418 792 min40 6 b1 rtb 118 402 148 -105 253 -165 min30 14 c3 pub 218 537 883 857 26 852 min20 1 a1 cvi 1008 2320 891 858 33 549 min30 8 b2 ade 1229 2242 758 624 134 897 min50 5 b1 ant 601 1616 538 271 267 886 min40 4 a2 eco 1003 2130 440 296 144 -64 min20 11 c2 spl 1071 2215 784 735 49 -202 min10 16 c5 bsu 1028 2444 282 8 274 257 min10 9 c1 pmq 1614 4164 -651 -832 181 -825 min10 19 d2 cbn 489 1701 508 548 -40 -112 min20 10 c1 cbei 946 3399 -377 -510 133 -646 min10 18 d2 afn 328 1323 101 -26 127 -407 min10 15 c4 ase 2398 3558 940 922 18 725 min40 7 b2 blo 448 993 537 406 131 255 min20 21 d3 mja 406 1047 571 326 245 857 min30 3 a2 mba 705 1651 -221 -330 109 -477 min10 17 d1 myr 828 2081 764 649 115 41 min20 12 c2 pmg 559 895 802 728 74 915 min40 2 a1 abra 256 934 797 716 81 59 min10 13 c3 scc 416 961 530 440 90 49 min10 20 d3

cds-cds.32 Intercalaires positifs. Diagrammes 400. Faibles fréquences. 1-30 ‰ teff 0 ‰ <0 ‰ eff40 corel40 classe gen x+ c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+ clx+ rru 169 266 0.64 1037 2749 1 4 71 222 175 630 17 6 b1 rtb 51 294 0.17 189 604 5 7 21 162 8 131 -81 14 c3 pub 317 628 0.50 327 980 40 59 281 389 88 367 715 1 a1 cvi 112 301 0.37 1171 3111 4 3 59 221 130 815 582 8 b2 ade 221 335 0.66 1412 3052 8 6 72 234 304 876 459 5 b1 ant 281 485 0.58 714 2381 13 24 116 285 186 836 575 4 a2 eco 63 348 0.18 1169 2855 11 6 80 226 126 821 -119 11 c2 spl 37 270 0.14 1313 2900 1 6 9 143 69 683 -342 16 c5 bsu 140 333 0.42 1125 3091 2 8 31 186 302 936 -432 9 c1 pmq 32 218 0.15 1927 5296 3 5 22 140 68 1156 -207 19 d2 cbn 65 312 0.21 553 1940 2 5 17 86 56 620 -382 10 c1 cbei 26 244 0.11 1219 4404 0 4 9 88 35 954 272 18 d2 afn 46 402 0.11 350 1689 6 5 11 179 36 580 -369 15 c4 ase 135 264 0.51 3031 5166 7 3 116 252 389 1165 346 7 b2 blo 89 208 0.43 518 1255 4 1 35 167 54 241 -109 21 d3 mja 239 405 0.59 495 1234 20 9 113 132 113 474 502 3 a2 mba 45 214 0.21 1255 2688 1 8 18 114 51 428 -74 17 d1 myr 71 392 0.18 999 2556 5 5 20 110 97 899 -78 12 c2 pmg 326 430 0.76 692 1108 16 31 137 143 196 449 703 2 a1 abra 94 413 0.23 279 1388 4 9 29 295 41 420 -243 13 c3 scc 118 353 0.33 485 1320 4 5 58 242 60 389 -177 20 d3

• Note:

  - corrélations fortes

  - ade cvi ase min40 les corrélations sont élevées et constantes ade Sf39 ase tf25 cvi tf30

  - pmg pub idem mais SF

  - myr abra spl corrélations fortes mais nulles avec 1-30 myr tm68 abra tF96 spl tF336. Donc myr est à la limite des tF parce que avant eco tm43

  - corrélations 500

  + rru ant mja S 20 70 78

  + scc blo t 71 138

  + cbn eco t 27 43

  - corrélations faibles

  + bsu afn rtb 282 148 101 Sf18 tF328 tF118

  - corrélations négatives

  + mba cbei pmq 221 377 651 tF > 348

  - Les fréquences faibles

  + Classe a: Par la construction de la classe a le rapport x+/c+ de leurs fréquences faibles est très élevé compris entre 0.50 et 0.76. Les taux des zéros suivent avec un maximum de 99 ‰ pour pub, puis 47 37 29 pour pmg ant mja

  + Classe b: Se comporte comme la classe a pour le rapport x+/c+, très élevé 0.66 0.64 0.51 pour ade rru ase, seul cvi descend à 0.37. Par contre les zéros ne suivent pas, leurs taux sont inférieurs à 14 ‰ (ade) contre 29 ‰ pour le plus bas de la classe a, et descendent jusqu'à 5 ‰ pour rru.

  + Classe c: Les x+/c+ sont tous faibles, inférieurs à 0.23 sauf pour bsu avec 0.42 mais qui s'explique par la pente positive des 1-30. Les zéros ne suivent pas, tous inférieurs à 17 ‰ (eco) et 2 sur 8 ont 7 ‰, cbn et spl.

  + Classe d: Les sous classes d1 d2 se comportent comme les c1 puisqu'ils des taux des fréquences 1-30 peu élevé comme eux. Le rapport x+/c+ est inférieur à 0.21 et les zéros ne suivent pas, moins de 9 ‰. La sous classe d3 se comporte comme la sous classe b2 avec des rapports x+/c+ équivalents, 0.43 0.33 contre 0.51 0.37 pour b2. La différence avec b2 c'est que les 1-30 constituent une pyramide alors que celles de b2 sont sur une pente négative. Pour les d3 et b2 les zéros ne suivent pas, moins de 10 ‰.

Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400.
• Légende: Les effectifs x+ et c+ des 1-400 (x+% 1) sont les colonnes eff des tableaux 11 et 21 des diagrammes 400. Ceux des 31-400 (x+% 31) sont les colonnes eff3 des tableaux 12 et 22. Pour les génomes n'ayant pas de 31-400 voir leur tableur au paragraphe des effectifs (derrière ligne, t30) en point sur le lien de la colonne gen du tableau 11. Les effectifs x+ et c+ des totaux (x+% t) sont extraits du tableau des positifs et négatifs.
• Note:

  - colonne t-1, différence des taux calculés sur le total et non de la fréquence 1-400. Les génomes rtb et mba ont beaucoup d'intercalaires supérieurs à 400, voir leurs fiches.

  - colonne 31-1, différence des taux calculés sur les fréquences 1-400 et 31-400: Le génome pub a la différence la plus élevée parce que le taux de x+1 est affaibli par les faibles fréquences et notamment les zéros, voir sa fiche. En 31-400 il se comporte comme pmg de la même classe a3, mais aussi comme ase et eco. Après pub ce sont les classes c2 et c3 qui sont affaiblies par les fréquences faibles, différence 31-1 de 8.2 à 9.3.

cds-cds-t.23 Diagrammes 400 des intercalaires cds-cds. Taux des x+

gen	x+	c+	%x+ 1	x+	c+	%x+ 31	x+	c+	%x+ t	t-1	31-1	clx+
rru	874	2056	30	726	1509	32	972	2131	31	1.5	2.7	6 b1
rtb	118	402	23	112	284	28	189	505	27	4.5	5.6	14 c3
pub	218	538	29	149	200	43	239	595	29	-0.2	13.9	1 a1
cvi	1008	2320	30	895	1621	36	1115	2410	32	1.3	5.3	8 b2
ade	1229	2242	35	958	1490	39	1320	2325	36	0.8	3.7	5 b1
ant	601	1616	27	432	833	34	639	1694	27	0.3	7.0	4 a2
eco	1003	2130	32	940	1389	40	1076	2210	33	0.7	8.3	11 c2
spl	1071	2215	33	1031	1618	39	1304	2482	34	1.8	6.3	16 c5
bsu	1028	2444	30	884	1629	35	1092	2513	30	0.7	5.6	9 c1
pmq	1614	4164	28	1562	3257	32	1893	4535	29	1.5	4.5	19 d2
cbn	489	1701	22	457	1171	28	543	1776	23	1.1	5.7	10 c1
cbei	946	3399	22	921	2571	26	1213	4011	23	1.4	4.6	18 d2
afn	328	1323	20	313	791	28	349	1386	20	0.2	8.5	15 c4
ase	2398	3558	40	2072	2619	44	2726	3819	42	1.4	3.9	7 b2
blo	448	993	31	408	786	34	502	1044	32	1.4	3.1	21 d3
mja	406	1047	28	309	623	33	447	1063	30	1.7	5.2	3 a2
mba	705	1651	30	673	1297	34	1237	2378	34	4.3	4.2	17 d1
myr	828	2081	28	769	1265	38	981	2270	30	1.7	9.3	12 c2
pmg	559	895	38	377	510	43	604	942	39	0.6	4.1	2 a1
abra	256	934	22	232	548	30	273	977	22	0.3	8.2	13 c3
scc	416	961	30	367	622	37	462	993	32	1.5	6.9	20 d3

Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40.
• Diagrammes:   pro   pro1   bac   bac1   pr-bc1   total   Les données.
• Légende:

  - ase: mini3, tous les modulos 3 de 6 à 33 sont des minina locaux.

  - pub: Sa courbe de tendance est comme celle du diagramme Sc+ 400, un polynôme de d° 3 avec un R2 de 899 et un coefficient de la variable x3 de -0.0039 donc de forme S.

  - Les polynômes de d° 15: sont propres aux fc40 et présentent un creux brutal à l'abscisse 7 environ, min1 et de coordonnée min, suivi d'un sommet élevé d'abscisse max1 et de coordonnée max. La pente entre ces 2 points varie peu d'un génome à l'autre avec une moyenne de 7.8 et un écart de 2.4 (m/e=3.2). Sont écartés de cette moyenne blo rtb et pub. Le génome ant présente un max très élevé, ramené à l'abscisse 10 au lieu de 9 son ordonnée baisse à 48 au lieu de 88 pour l'abscisse 9 et la pente devient moyenne comme pour les autres génomes à 11.3. L'autre versant du creux est aussi abrupt de pente pente0, avec un sommet élevé d'abscisse mx1 et de coordonnée mx.

  - type: c'est le type de courbe de tendance, pro ou pr pour proteobacteria, bac ou bc pour les bacilli et les clostridia.

  - R2: coefficient de détermination de la courbe de tendance.

cds-cds.2 Intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40

Sc+ 40	Diagrammes polynôme de d° 15												Pourcentage des tranches de 7 fréquences					Effectif des tranches de 7 fréquences
gen	R2	min1	max1	min	max	pente	mx1	mx	pente0	diagr	type	gen	1-7	8-14	15-21	22-28	29-35	1-7	8-14	15-21	22-28	29-35	total
rtb	721	5	8	2	7	1.7	4	13	-10.7	131	pr1	rtb	39	27	18	10	6	48	33	22	13	8	124
pub	981	6	8	13	13	0	2	58	-11.0	367	pr2	pub	63	17	8	6	6	223	61	27	21	20	352
rru	882	7	11	11	34	5.8	4	43	-11.3	630	pro1	rru	32	28	13	15	11	191	167	78	86	66	588
cvi	897	6	10	13	50	9.3	1	58	-9.0	815	pro	cvi	30	30	17	11	11	230	232	133	80	86	761
ade	929	5	9	19	51	8.0	2	63	-14.7	876	pro	ade	30	32	15	12	11	247	267	122	95	93	824
ant	923	7	9	14	88	37.0	1	109	-15.8	836	pro	ant	37	39	14	5	6	297	316	112	40	45	810
eco	894	5	9	13	61	12.0	2	54	-13.7	902	pro	eco	27	35	17	12	8	232	295	146	103	71	847
spl	881	6	10	13	33	5.0	2	53	-10.0	683	pro1	spl	30	31	15	13	11	193	202	94	86	73	648
bsu	897	8	12	7	53	11.5	1	41	-4.9	935	bac	bsu	22	25	28	15	11	189	220	245	128	96	878
pmq	758	9	14	10	45	7.0	1	52	-5.3	1155	bac1	pmq	25	19	22	18	17	255	192	224	181	177	1029
cbn	891	8	12	9	32	5.8	1	37	-4.0	620	bac1	cbn	23	24	23	18	12	134	136	133	101	67	571
cbei	873	7	12	8	51	8.6	1	55	-7.8	954	bac	cbei	22	27	25	15	11	194	242	220	138	101	895
afn	829	7	12	5	46	8.2	1	38	-5.5	580	bac	afn	25	30	26	13	7	138	167	143	71	37	556
ase	827	6	10	28	67	9.8	1	60	-6.4	1165	bac-a	ase	29	28	15	12	16	307	298	158	131	166	1060
blo	636	7	10	4	11	2.3	2	15	-2.2	241	bc1	blo	28	23	22	17	10	62	52	50	37	23	224
mja	670	6	9	4	32	9.3	4	32	-14.0	474	pro-a	mja	23	31	22	13	10	104	143	102	61	45	455
mba	732	7	10	4	19	5.0	2	31	-5.4	428	bac1-a	mba	32	22	20	13	12	124	87	79	50	48	388
myr	922	7	12	23	46	4.6	2	78	-11.0	899	pro1-a	myr	42	25	16	11	7	355	213	133	93	61	855
pmg	776	7	9	10	27	8.5	2	27	-3.4	449	bac-b	pmg	35	25	16	12	11	146	105	65	50	46	412
abra	895	7	12	4	33	5.8	1	58	-9.0	420	pro1	abra	41	30	14	10	6	165	119	56	39	24	403
scc	855	6	9	4	20	5.3	1	31	-5.4	389	bac1-b	scc	31	30	18	13	8	113	110	66	46	29	364

Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40

• Lien tableur: Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40.
• Légende:
• Diagrammes:   ase ade bsu pmg   ant rru cvi eco
• diagrammes fx40: Cc pour parabole concave et le flex correspond à son minimum, pour le reste voir diagrammes 400.

Poly 3	-	-4	-4	-	-
fx40	R2	x3	x2	flex	f3°
rru	253	3	-289	32	t
cvi	499	3	-108	12	t
ade	443	4	-337	28	t
ant	574	-2	167	28	S
eco	646	202	-7426	18	Cc
bsu	789	7	-231	11	S
ase	315	71	-5211	37	Cc
mja	467	-4	313	26	S
pmg	831	-10	808	27	S

cds-cds.1 Intercalaires cds-cds positifs discontinus, Diagrammes 40

gen	poly3	mod3	tot	diagr	note
rru	253	5	12	175
rtb				8
pub				88
cvi	499	8	11	130
ade	443	8	11	304
ant	574	1	9	186
eco	647	6	11	129	parabole
spl				69
bsu	789	5	9	302	croit
pmq				68
cbn				56
cbei				35
afn				36
ase	315	10	17	389	P15 611
blo				54
mja	467	4	12	113
mba				51
myr				97
pmg	831	5	7	196	décroit
abra				41
scc				60

Les intercalaires tRNA-cds synthèse

1. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir cheminement de ma réflexion dans la genèse des gènes de tRNA et la référence à E.Coli dans Notes.
2. Une autre idée c'est que les cds-rRna-cds sont orientés, est-ce que c'est le cas des cds-tRNA-cds aussi? Il ne faut pas oublié que les tRNAs s'auto apparient ce qui crée des contraintes lors de la gestion de l'ADN: réplication transcription réparation recombinaison et insertion des éléments mobiles contenant des tRNAs.

Les intercalaires tRNA-cds, dans les cumuls des génomes

- Exemple de vha

- Quand j'ai commencé à étudier les tRNAs (voir le cheminement ci-dessus) je listais séquentiellement juste les blocs de tRNAs avec ou sans rRNA, sans les cds bordant ces blocs.

- Les caractéristiques des blocs à rRNAs m'ont poussé augmenter de plus en plus le nombre de génomes à étudier et du coup j'ai commencé à trouver des cds à l'intérieur de ces blocs. Mais souvent c'était de petites protéines hypothétiques. Le lien avec l'opéron d'E.coli associant une protéine et un tRNA devenait évident. La 1ère question qui s'est imposée à moi, alors, est: est-ce que les gènes protéiques ne seraient pas créées dans ces blocs lors des remaniements chromosomiques? De nombreux remaniements des blocs à rRNAs me sont apparus quand j'ai trouvé 2 génomes très proches dont l'un des 2 présente de nombreux blocs identiques avec l'autre, mais cassés et souvent les séquences de tRNAs sont conservées. Ceci me confortait dans mon hypothèse de genèse. Et les tRNAs peuvent, aussi, intervenir dans ce processus puisqu'ils peuvent créer des contraintes comme les rRNAs puisqu'ils peuvent s'auto apparier. Aussi j'ai commencé à border mes blocs de tRNAs, avec ou sans rRNAs avec 2 cds.

- Du coup, étant donné que les blocs à rRNA sont orientés dans le sens 16s-23s-5s, qu'ils soient en direct ou en complément, j'ai pu constater rapidement que les intercalaires cds-16s étaient quasiment, tout le temps, plus grands que les intercalaires avec le cds dans 5s-aas-cds, où aas désigne l'absence ou la présence d'un ou plusieurs gènes de tRNAs.

- Comme les blocs à tRNAs, seuls, présentaient aussi cette dissymétrie des intercalaires avec les 2 cds, les bordant, se posait aussi la question de leur orientation. Mais on ne peut pas décider de cette orientation puisqu'il n'y a pas de repère interne au bloc comme pour les blocs avec les 3 rRNAs.

- Au début j'ai commencé à faire la moyenne de ces intercalaires et à établir leurs fréquences pour chaque génome. Puis j'ai fait de même avec les petits intercalaires en supposant que l'orientation allait du grand au petit comme pour les blocs à rRNAs. C'est ainsi que j'ai créé la colonne cds pour les 2 intercalaires confondus et la colonne cdsd des petits seulement, pour cds dirigé. A l'époque je ne prenais pas en compte les négatifs, ne distinguais pas les continus des discontinus et les tRNA-cds des rRNA-cds. Voici l'exemple de vha.

- Quand j'ai voulu synthétiser les résultats de ces intercalaires avec les moyennes je trouvais de grandes variations entre les génomes (voir ici le récapitulatif des 51 génomes). Ces intercalaires semblaient dépendre des génomes, donc de leurs processus de gestion de l'ADN, et du coup l'orientation que je supposait n'avait plus de sens. Il fallait à tout prix comparer ces intercalaires à tout autre intercalaire et notamment les plus nombreux, les intercalaires cds-cds.

Les intercalaires tRNA-cds, récapitulatif

Les méthodes de prélèvement dans NCBI

Le lien du texte NCBI avec sa date est indiqué dans chaque "génome.fréquences". J'applique la méthode sur ce texte pour ne laisser qu'une ligne par gène, ce qui correspond à l'étape 8 de cette méthode. J'ai sauvegardé ces textes épurés dans les annexes Artb génomes (rtb pub abra mja pmg blo scc afn), Acbn génomes (cbn ant myr rru mba), Aspl génomes (spl cvi bsu ade eco), Apmq génomes (pmq cbei ase).

1. - méthode initiale: méthode sans tenir des compléménts. Ce sont les 1ers tableaux,
   • Fréquences des intercalaires cds-cds: les classes de fréquences,
   • le classement des génomes.
2. - méthode des discontinus, méthode avec les compléments. Elle est utilisée dans tous les autres tableaux ainsi que pour la comparaison cds-cds / tRNA-cds.
   • Les intercalaires cds-cds continu discontinu et ses Notes. Contient un sous tableau de tRNA-cds positifs et la 1ère note sur les tRNA-cds négatifs rares.
   • les recouvrements,
   • les périodiques et leurs courbes,
   • les taux continu/discontinu par classe génomique,
   • comparaison cds-cds et tRNA-cds, comparaison des fréquences des intercalaires, calculs puis comparaison statistique, comparaison avec les intercalaires tRNA-tRNA; génomes sans relevés cds-cds.
   • rareté des intercalaires tRNA-cds négatifs et petits positifs avec les tRNAs-cds positifs continus et discontinus
3. - méthode pour tout intercalaire: autres, cds-cds et tRNAs-cds (+ - c x). Le tableau de la méthode. Les tableaux contenant les autres intercalaires (ac ax):
   • récapitulatif,
   • les taux discontinu/continu des classes génomiques.

Les intercalaires cds-cds

Classement des génomes, périodicité et recouvrement chez les négatifs.

1. - Les fréquences par génome: intercalaires positifs et négatifs, continu-discontinu confondus
   • Exemple rtb après traitement par la méthode initiale, jusqu'à l'étape 24. Ce tableau "genome les fréquences" contient

     + La date du NCBi se trouve à la fin de la légende,

     + Sous tableau des plages des intercalaires (leurs historiques sont dans la légende 2 du tableau des fréquences) avec leurs effectifs, pourcentages, moyennes et variances. Ce sous-tableau contient aussi la taille du chromosome en pbs (ADN) et le total et pourcentage des intercalaires cds-cds positifs, indiquant les espaces inutilisés.

     + 3 colonnes de fréquences avec leurs 3 colonnes des effectifs par fréquence. Ces fréquences m'ont permis d'apprécier leurs courbes et notamment j'ai repéré la tranche de fréquences 26-370 (fréquence5) qui caractérise par une droite le génome et non par une courbe puissance. En utilisant le tableur on peut reproduire la droite et les puissances jusqu'à la fréquence 600 (fréquence6) ou 1200 (fréquencez) suivant l'importance du génome. Une colonne de pourcentage est accolée à frequence6 qui reprend ceux du sous-tableau, et j'y ait ajouté le pourcentage des intercalaires de 1 à 100 qui est utilisé pour le classement des génomes qui suivent.

     + 2 colonnes des fréquences unité avec leurs 2 colonnes des effectifs. Fréquence-1 m'a permis de repérer la périodicité ternaire des négatifs et la fréquence1 dont j'ai cherché la périodicité mais paraît plutôt apériodique, elle me servira plus tard pour comparer ces effectifs à ceux des tRNA-cds positifs dans la même gamme.

     + 2 colonnes d'adresses avec leurs intercalaires, pour les extrêmes des positifs et des négatifs. Les négatifs comportent une colonne de discontinuité (comp). Ils m'ont permis d'aborder les recouvrements de 2 cds étudiés plus en détail dans le chapitre suivant des discontinuités. Pour compléter toutes les adresses j'ai ajouté une colonne, fréquencef, qui fait le lien entre les extrêmes positifs et les fréquences de frequencez ou frequence6.

   • Les droites des diagrammes fréquence5: Pendant la construction des tableaux des fréquences de chaque génome, comme indiqué ci-dessus, j'ai fait les diagrammes frequence6 et il m'est apparu rapidement que je pouvais les diviser la courbe de tendance, proche d'une hyperbole, en 3 parties distinctes: la gamme de 0 à 30 de pente très élevée et proche de la branche de l'hyperbole, la gamme de 30 à 370 très accidentée ressemblant plutôt à une droite qu'au milieu de l'hyperbole, et enfin la gamme à partir de 370 jusqu'à 600 de pente très faible et proche de la branche de l'hyperbole. Comme cette dernière gamme peut être prolongée au-delà de 600 et même de 1200 pour certains génomes, la gamme du milieu existe pour tous les génomes, c'est une droite facile à comparer avec sa pente et pourrait contenir la plupart des séquences de contrôle et donc avoir un sens fonctionnel. Effectivement d'après le tableau des fréquences,

     + Les coefficients de détermination de ces droites sont très confortables puisque 18 sont supérieurs à 0.75 jusqu'à 0.91 et seulement 3 sont inférieurs à 0.64, 0.63 pour pub, 0.58 pour rtb et 0.46 pour mba.

     + Cinq clades à 2 génomes chacun ont souvent des pentes très proches. Le seul clade à 2 génomes avec les 2 pentes très différentes est celui des actinomycètes, ase pente 43 et blo pente 10. Trois clades ont les 2 pentes presque identiques, gamma 20 (eco spl), bacilli 29 (bsu pmq) et clostridia 15 (cbn cbei). Deux clades diffèrent légèrement pour leurs pentes, alpha rtb 3 et pub 6, archées mja 10 et mba 6.

     + Sur les 6 clades à 2 génomes un seul, gamma, a les 2 nombres de cds (n-cds) presque équivalents, les 5 autres ont des cds très dissymétriques. Ce qui pourrait laisser croire que la pente est indépendante de la taille du génome, en tout cas à l'intérieur de chaque clade.

     + Une seule discordance à ce schéma, dans le clade alpha, rru (pente 19) est très différent de pub (6) et rtb (3).

     + En considérant la totalité des 21 génomes la pente se révèle en fait proportionnelle à la taille du génome

     + Les courbes puissance

   • Le classement des génomes.
2. - Les fréquences par génome: intercalaires négatifs continus et discontinus, symboles Sc- Sx- .
   • Caractéristiques et comparaison avec les tRNA-cds, Notes
   • Les recouvrements
   • La périodicité ternaire des petits intercalaires inférieurs à 80 paires de bases met en exergue l'état vibratoire des 2 cds en recouvrement.
3. - Les fréquences par génome: intercalaires positifs continus et discontinus, symboles Sc+ Sx+ .
   • Les intercalaires positifs
   • Les taux continu/discontinu par classe génomique
4. - Récapitulation de tous les intercalaires

Les intercalaires tRNA-tRNA

Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu

• Lien tableur: Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu.
• Légende

  - c x + - % pour continu, discontinu, positif, négatif, x+/total ou nombre de génomes à x+ et c- sur le total.

  note: c-, 1 seul continu négatif, son intercalaire est d'une paire de base seulement (-1)

  - type:

  tRNA, intercalaires entre tRNAs dans un bloc sans rRNA;

  t-rRNA, intercalaires entre tRNAs à l'extérieur d'un bloc rRNA

  rRNA, intercalaires rRNA-rRNA et tRNA-rRNA d'un bloc rRNA

  aa interne, tRNA-tRNA interne d'un bloc rRNA

  4*: Ces 4 intercalaires x+ sont dus au grand nombre de remaniements des blocs rRNA du génome cdc8. 23s' et 16s' sont des rRNA fonctionnels mais tronqués.

tRNA. Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu

tRNA1. Les totaux de 50 génomes type total c+ x+ c- x- x+% tRNA 1745 1714 19 1 0 1,1 t-rRNA 814 810 4* 0 0 rRNA 1043 1043 0 0 0 aa interne 127 127 0 0 0 genomes 50 50 13 26 4* cdc8 aaa-5s 23s’-16s 16s’-16s’ 16s-5s adresse 4229303 4229975 4189696 4179150

tRNA2. discontinus gen x+ gen x+ ase 1 - ksk 1 vpb 1 mja 2 rtb 2 mba 1 rpl 2 mfe 1 agr 2 fps 1 aua 4 npu c- lbu 1

Intergen51. Intercalaires entre gènes pour 51 génomes

Intergen51. Introduction

• Liens aux réflexions sur la genèse des gènes tRNA:

  - Réflexion sur la genèse des gènes tRNA

  - genèse et duplication dans les 3 domaines

  - Duplications dans les clusters RNA chez les bactéries, étude de 16 génomes. L'étude de départ avec la comparaison bsu-lmo et eco-eal auxquels j'ai ajouté 12 autres regroupés par leur taux de %GC,   cbc cbn cle lam  spl lmo bsu vpb  eal eco afn blo  cvi ade sma ksk.

  - organisation de l'opéron tac-tac-tpr chez eco-eal

  - Comparaison entre les 2 types de duplication.

  - Similitude des comportements des codons dans les 3 domaines

  - tRNA-cds: recherche de l'équivalent de l'opéron tac-tac-tpr. D'où les génomes avec les cds autres que les 1ers 16 étudiés pour les duplication cités ci-dessus. Exemple de rru avec la note que j'ai copié pour tous ces nouveaux génomes:

  + Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

  - tRNA-cds dans les cumuls: voir les réflexions dans Les intercalaires tRNA-cds synthèse et les cumuls.

  - Les calculs: La faiblesse des tRNA-cds est abordée dans comparaison continu-discontinu et sa note ainsi que le chapitre sur leurs raretés. Les calculs sont faits dans tRNA-cds calcul suivi de la comparaison avec les moyennes. J'ai supprimé ces calculs puisqu'ils se fondaient sur l'hypothèse que les intercalaires CDS-CDS et tRNA-CDS étaient analogues.Ce qui n'est pas le cas puisque les courbes montrent clairement la gamme de fréquence de 1 à 30 pdbs est quasiment nulle chez les seconds et majoritaires chez les 1ers. En plus les CDS-CDS sont la somme de continus et de discontinus.

• Intercalaires entre gènes pour 51 génomes:

  - J'ai commencé à étudier les intercalaires entre gènes quand je me suis intéressé aux longs clusters de rRNA et tRNA chez bsu et lmo, 2 génomes qui reproduisaient à peu près les mêmes séquences dans leurs clusters mais dont les intercalaires courts entre gènes tRNA variaient beaucoup d'un génome à l'autre. J'attribuais ce comportement à la structure en trèfle des tRNAs dont les gènes pourraient s'auto-apparier lors des réparations, des transcriptions et de la réplication. La contrainte pour conserver le gène et éviter l'auto appariement devrait se résoudre par la modification des intercalaires entre les gènes de tRNA. Article qui introduit les opérons longs de tRNA et les opérons mixtes de tRNA et de protéines, page 17 [64].

  - Cette étude des clusters de rRNA et tRNA est la suite de ma réflexion sur les 1ères étapes de l'évolution moléculaire à l'origine de l'émergence de la vie. Le cheminement qui m'a conduit à l'étude de ces clusters est détaillé dans l'article sur la genèse des gènes de tRNA.

  - L'étude des clusters de tRNA et rRNA comprend l'étude de ces séquences, c'est ce que j'ai fait dans les fiches, mais aussi l'étude des intercalaires que j'ai fait dans les annexes. Or l'article qui m'a poussé à étudier ces clusters s'intéressait au fait qu'un opéron chez E.Coli contenait 2 tRNAs et un gène protéique. Ceci m'a poussé à étendre mes investigations sur les intercalaires, à ceux entre tRNA et CDS. Et pour apprécier les longueurs des intercalaires tRNA-CDS j'ai du les comparer à ceux entre 2 CDS.

  - J'ai rencontré de nombreuses difficultés dans les décomptes des intercalaires car au début je ne savais pas ce que je devais rechercher et donc les décomptes étaient au début manuels, puis petit à petit j'utilisais de plus en plus les traitements par lot. Et l'erreur qui m'a obligé à tout refaire, pour les décomptes que je présente dans ce chapitre, c'est que je ne distinguais pas entre les décomptes avec ou sans complément. Or la rareté des intercalaires tRNA-CDS de petites tailles et nuls ou négatifs m'a poussé à considérer la discontinuité lors du passage au complément. Et en étendant cette notion de discontinuité il s'est avéré qu'il peut y avoir modifications des intercalaires lors du changement de brin. C'est ce qui me paraît maintenant évident puisqu'il doit y avoir de nombreux processus de réparation à ce moment là.

  - Tous les gènes d'un génome ne sont pas considérés ici, notamment les gènes de contrôle, les pseudo gènes et ceux non définis par NCBI (miscellaneous). Leurs intercalaires ne représentent que 1% du total.

Intergen51. Historique des pré-études

Intergen51. Les clusters avec les intercalaires tRNA-CDS

• Ce sont 43 génomes, 8 génomes du début n'ont pas été encadrés par des CDS: vpb eal lmo lam cbc cle sma ksk. Les 8 autres du début ont été sélectionnés pour les 21 génomes à intercalaires CDS-CDS: bsu spl eco cbn cbei afn ase blo. Donc j'ai ajouté 22 génomes, en plus, encadrés avec des CDS.
• Les 51 génomes ont servis à étudier le typage des clusters à rRNA et l'étude des clusters à tRNAs seuls qui n'ont pas été inclus dans les fiches et présentent des processus de duplication différent des 1ers.
• Les 43 génomes encadrés par des CDS ont permis de repérer des cds dans les 2 types de clusters, cds candidats pour l'étude de leur création par la contrainte des clusters à RNA.
• Les 43 ont permis de mettre en évidence la faible fréquence des intercalaires tRNA-CDS nuls, négatifs et petits positifs. C'est ce qui m'a poussé à les comparer aux intercalaires CDS-CDS.
• Les génomes du début avaient permis d'étudier les remaniements des clusters sans créer de chaos: eal eco et bsu lmo
• Avec l'encadrement par CDS sont apparus des génomes avec des remaniements chaotiques:  rpm  abq-abs  cdc-cdc8. Ce sont les annotations de bouts de rRNA, alors que la localisation des tRNAs est maintenue, qui m'ont permis d'émettre l'hypothèse de la création de gènes protéiques lors de ces remaniements provoqués par le comportement des rRNAs.

Intergen51. Les 21 génomes avec les intercalaires CDS-CDS

• Cette étude des intercalaires m'a permis de mettre en évidence une périodicité chez les petits négatifs malgré le mélange continu/discontinu et de pouvoir interpréter les grands négatifs qui correspondent à des recouvrements. La périodicité sera reprise en séparant les continus des discontinus et les grands intercalaires, positifs et négatifs, qui constituent les restes des diagrammes, seront étudiés ou simplement listés dans chaque génome.
• Cette étude m'a permis aussi d'apprécier le taux des séquences non protéiques et différentes des clusters à RNA, en calculant le taux de la somme des intercalaires positifs par rapport à la longueur total du génome donné par NCBI. Pour calculer ce taux avec l'intergen51 il faudrait refaire la somme des intercalaires positifs, mais avant, je vais reprendre les taux calculés pour seulement les 21 génomes traités pour les intercalaires CDS-CDS.
• Tout le reste du formatage de chaque génome des 21 sera éliminé puisque c'est un mélange de continu et de discontinu, notamment les diagrammes.
• Les 21 génomes de cette 1ère étude d'intercalaires CDS-CDS sont: abra myr pmg scc mba mja cvi ade ant rtb rru pub pmq bsu spl eco cbn cbei afn ase blo.

Intergen51. Vue de l'ensemble

Intergen51. La longueur totale des intercalaires d'un génome

• Note: 46 génomes ont entre 8.9 et 16.3% du génome en intercalaires, soit 79% des cas étudiés avec une médiane de 12.6%. Il reste 4 faibles, 3.4 6.4 8.1 8.3 et 8 forts, 5 de 22.8 à 27.7 et 3 de 17.9 à 18.8%.

Nom	intercalaires	génome		taux en %	Nom	intercalaires	génome		taux en %	Fréquence des taux	
alpha							clostridia							
abq	356,439		3,064,393	11.6		cbc	696,513		3,892,029	17.9		taux	effectif
abqp	217,409		1,901,707	11.4		cbei	1,199,672	6,485,394	18.5		6	1
abs	363,304		3,023,440	12.0		cbn	330,729		2,773,157	11.9		7	1
absp	211,208		1,766,028	12.0		cdc	636,447		4,110,554	15.5		8	0
agrc	332,177		2,823,930	11.8		cdc8	663,874		4,308,325	15.4		9	3
agrl	225,474		2,148,289	10.5		cle	615,068		4,714,237	13.0		10	3
aua	449,307		3,742,793	12.0		hmo	396,940		3,075,407	12.9		11	9
auap	-						psor	450,598		3,550,458	12.7		12	10
oan	364,228		2,887,297	12.6		negativicutes						13	10
oan2	199,249		1,895,911	10.5		afn	242,270		2,329,769	10.4		14	5
pub	44,276		1,308,759	3.4		actino							15	4
rpl	252,952		1,109,301	22.8		ase	1,100,127	9,239,851	11.9		16	3
rpm	461,433		3,876,289	11.9		blo	267,098		2,256,640	11.8		17	1
rru	461,427		4,352,825	10.6		ksk	1,255,749	8,783,278	14.3		18	1
rtb	264,633		1,112,957	23.8		sma	1,241,224	9,025,608	13.8		19	2
beta							archeo							20	0
cvi	481,477		4,751,080	10.1		mba	1,341,425	4,837,408	27.7		21	0
ade	445,108		5,029,329	8.9		mfe	987,074		3,914,091	25.2		22	0
ant	203,179		3,192,235	6.4		mfi	403,834		2,478,074	16.3		23	1
gama							mja	168,865		1,664,970	10.1		24	2
amed	601,332		4,777,154	12.6		bacilli							25	0
eal	594,081		4,701,875	12.6		ban	749,857		5,321,900	14.1		26	1
eco	501,283		4,641,652	10.8		bsu	434,723		4,215,606	10.3		27	0
ecoN	646,219		5,441,200	11.9		lam	210,907		2,078,001	10.1		28	1
spl	789,212		5,174,581	15.3		lbu	222,489		1,856,951	12.0			0
vha1	499,733		3,765,351	13.3		lmo	288,032		2,944,528	9.8			58
vha2	317,649		2,204,018	14.4		pmq	1,228,719	8,739,048	14.1			
vpb1	403,530		3,297,305	12.2		ppm	791,310		5,728,392	13.8			
vpb2	242,529		1,806,219	13.4		ppmp	119,608		510,118		23.4			
bacteriodites						cyano							
fps	351,518		2,860,382	12.3		pmg	149,500		1,641,879	9.1			
myr	538,974		4,155,464	13.0		npu	1,547,626	8,234,322	18.8			
tenericutes						spirochete							
abra	151,700		1,877,792	8.1		scc	214,658		2,227,296	9.6			
apal	128,786		1,554,229	8.3

Intergen51. Formatage des résultats pour 51 génomes

• Lien au tableur: Intergen51. Formatage des résultats pour 51 génomes.
• Légende: Ce sont des effectifs brutes des

  - intercalaires entre un tRNA et un CDS, fxt pour les discontinus et fct pour les continus

  - intercalaires entre 2 CDS, pour les fréquences de 10 en 10 fx discontinu et fc continu, pour les fréquences par unité fx40 et fc40, pour les fréquences par unité négative fx- et fc-.

  - total des intercalaires pour un diagramme, diagr, de 1 à 400, 1 à 40 et de -6 à -50.

  - total des intercalaires de 1 à 30: t30 et %t30 par rapport au total.

  - total des intercalaires qui reste après le diagramme: reste et %reste par rapport au total.

int51.1 Total des effectifs des intercalaires de 51 génomes

CDS-tRNA			CDS-CDS			CDS-CDS			CDS-CDS
frequence	effectif		frequence	effectif		frequence	effectif		frequence	effectif
	fxt	fct		fx	fc		fx40	fc40		fx-	fc-
0	14	14	0	228	919	0	228	919	-1	4	4,140
10	15	29	10	1746	12728	1	173	1972	-2	85	11
20	19	37	20	1378	11017	2	157	2034	-3	3	12
30	6	32	30	1475	6338	3	248	1557	-4	717	10,938
40	38	47	40	1715	4716	4	213	1317	-5	5	19
50	25	50	50	1838	3974	5	125	1057	-6	59	6
60	32	54	60	1877	4135	6	174	736	-7	41	351
70	34	75	70	1855	4194	7	205	641	-8	89	2,362
80	42	76	80	1880	4182	8	125	836	-9	47	7
90	25	74	90	1723	3967	9	169	1265	-10	29	213
100	57	84	100	1734	3737	10	157	1313	-11	94	1,255
110	32	84	110	1605	3690	11	115	1404	-12	39	3
120	27	79	120	1594	3438	12	149	1577	-13	35	242
130	41	72	130	1599	3154	13	131	1218	-14	97	788
140	56	71	140	1489	2883	14	116	1282	-15	43	6
150	30	78	150	1406	2828	15	154	1126	-16	28	123
160	35	75	160	1466	2552	16	133	939	-17	68	537
170	27	64	170	1338	2356	17	116	904	-18	35	9
180	36	54	180	1211	2127	18	154	969	-19	29	107
190	37	44	190	1304	2031	19	181	785	-20	51	408
200	25	46	200	1201	1818	20	129	813	-21	17	2
210	43	45	210	1163	1656	21	168	774	-22	21	61
220	32	31	220	1074	1602	22	165	701	-23	42	264
230	26	33	230	979	1470	23	127	652	-24	28	5
240	28	32	240	914	1363	24	177	716	-25	22	91
250	30	33	250	896	1206	25	125	597	-26	43	246
260	30	25	260	847	1139	26	119	617	-27	13	3
270	19	35	270	842	1144	27	173	615	-28	21	54
280	14	25	280	741	984	28	155	546	-29	43	158
290	17	20	290	658	927	29	115	550	-30	17	0
300	20	20	300	632	881	30	151	570	-31	20	48
310	25	14	310	586	823	31	135	559	-32	39	125
320	17	21	320	595	703	32	122	518	-33	14	0
330	17	13	330	523	710	33	173	494	-34	15	32
340	17	6	340	507	595	34	167	457	-35	31	108
350	20	16	350	435	599	35	150	460	-36	9	0
360	14	15	360	447	567	36	165	481	-37	8	27
370	19	13	370	396	530	37	174	414	-38	27	71
380	10	15	380	398	497	38	187	442	-39	15	0
390	14	14	390	341	484	39	233	461	-40	14	21
400	6	13	400	334	429	40	209	430	-41	24	58
reste	182	267	reste	6,624	8,284	reste	45,052	77,659	-42	7	0
total	1,253	1,945	total	51,594	113,377	total	51,594	113,377	-43	10	31
%reste	14.5	13.7	%reste	12.8	7.3	diagr	6,314	34,799	-44	14	47
t30	40	98	t30	4,599	30,083				-45	6	0
%t30	3.2	5.0	%t30	8.9	26.5				-46	15	14
diagr	1,057	1,664	diagr	44,742	104,174				-47	19	43
									-48	12	0
	Récapitulatif des effectifs								-49	13	23
	>0	<0	zéro	total	* autres				-50	15	55
x	51,366	2,456	228	54,050					reste	264	420
c	112,458	23,544	919	136,921					total	2,456	23,544
				190,971	9,555				%reste	10.7	1.8
				total	200,526				diagr	1,378	8,004

Intergen51. Les différents types d'intercalaires

• Lien au tableur: Intergen51. Les différents types d'intercalaires.
• Légende:

  - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,

  - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)

  - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.

  - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30

  - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.

• Note:

  - total de tous les intercalaires étudiés ici, 190,971 + 9,555 + 6 = 200,532

  - taux des R-: c-/c = 100*8/1945 = 0.4 et x-/x = 100*11/1253 = 0.9.

Int51.2 Les différents types d'intercalaires entre gène de 51 génomes

Int51.21 Les différents types intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total c 112,458 23,544 919 136,921 2.5 3,136 348 3,484 x 51,366 2,456 228 54,050 18 196 214 t 163,824 26,000 1,147 190,971 3,154 544 3,698 % 85.8 13.6 0.6

Int51.22 Détail des * autres intercalaires intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires continu R+ R- R0 total c/x * autres total % c 1,931 8 6 1,945 1.6 tRNA-CDS 3,198 33 x 1,239 11 3 1,253 RNA-RNA 3,154 33 t 3,170 19 9 3,198 CDS-rRNA 544 6 % 99.1 0.6 0.3 non RNA 2,665 28 total 9,561 9,555+6 aua

Int51.23 Les taux remarquables taux %reste %t30 %t5 %0 type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+ gamme 400 400 6-50 - - - - - c 7.3 13.7 4.8 26.5 5.0 64 0.7 0.3 x 12.8 14.5 15.9 8.9 3.2 33 0.4 0.2

Intergen51. Détail des intercalaires RNA-RNA et CDS-rRNA

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		286			CDS 16s		210	93
16s 23s		150			5s CDS		101	89
16s tRNA	155			16 CDS		6	1
tRNA 23s	173			CDS 5s		2	4
5s tRNA		155	1		23s CDS		12	6
tRNA in		140			CDS 23s		5	1
tRNA contig	731			5s 16s		11	2
tRNA hors	1254 	17		16s16s		1	
tRNA 16s	20			total		348	196
23s tRNA	25					
tRNA 5s		23					
16s 5s		21					
5s 23s		1					
5s 5s		2					
total		3136	18				

Intergen51. Les intercalaires rares

• Note: Ce n'est pas la peine d'ajouter les adresses pointant sur le tableau autres intercalaires aas, je n'ai pas trouvé d’ambiguïté en cherchant sur l'intercalaire.

tRNA-CDS					tRNA hors		
gen	x-	c-	zéro x	zéro c	gen	x+	c-
oan1	-44				rtb	60	
oan2	-44					1051	
aua	-30				rpl	49	
pub			2			830	
spl	-23				agrl	793	
ecoN				2	aua	161	
vha2		-36				173	
amed		-21				270	
ppmp		-24				404	
cdc				1	lbu	151	
cdc8				1	hmo	293	
ase	-12				ase	130	
blo	-8, -39	-17			sma	153	
sma	-3	-10			ksk	151	
ksk	-3	-13			mfe	227	
mfi		-1			fps	296	
mba	-12			1	npu		-1
mfe				1	total	17	1
myr	-38				__	__	__
pmg		-30	1		5s tRNA		
total	11	8	3	6	cdc8	353	x+
__	__	__	__	__	16s16s		
5s5s					vha1	0	c+
cvi	89	c+			5s23s		
mfi	748	c+			hmo	230	c+

Intergen51. Les intercalaires non RNA

• Note: ce sont les intercalaires autres que CDS-CDS et ceux contenant un RNA. Ici leur décompte sert à vérifier le total des intercalaires. gen pour génome, l'astérisque pour le total de la colonne autres du tableau autres intercalaires aas du génome, ft pour le total des tRNA-CDS, RNA pour les intercalaires contenant un RNA. ft RNA et non RNA sont reportés dans le tableau des données intercalaires de chaque génome.

gen	 *	ft	RNA	non RNA		gen	 *	ft	RNA	non RNA
abq	104	64	20	20		ban	173	22	142	9
abqp	65	26	27	12		bsu	324	28	106	190
abs	110	66	14	30		lam	152	43	55	54
absp	54	25	23	6		lbu	198	48	108	42
agrc	109	66	15	28		lmo	101	25	76	0
agrl	40	15	19	6		pmq	256	42	202	12
aua	117	80	13	24		ppm	190	43	139	8
auap	6	0	6	0		ppmp	62	20	40	2
oan1	105	70	15	20						
oan2	46	24	12	10		cbc	88	38	50	0
pub	79	50	11	18		cbei	192	48	130	14
rpl	75	58	9	8		cbn	147	42	101	4
rpm	243	100	51	92		cdc	282	13	113	156
rru	160	83	28	49		cdc8	348	16	141	191
rtb	75	58	9	8		cle	273	69	120	84
						hmo	223	54	118	51
ade	105	65	24	16		psor	226	19	158	49
ant	95	34	53	8						
cvi	205	76	93	36		afn	154	57	55	42
										
amed	239	79	122	38		ase	183	101	74	8
eal	537	77	74	386		blo	128	82	30	16
eco	712	65	77	570		ksk	171	103	62	6
ecoN	217	104	101	12		sma	164	115	43	6
spl	253	62	159	32						
vbp1	203	47	124	32		fps	114	54	46	14
vbp2	32	13	11	8		myr	199	79	96	24
vha1	190	47	115	28		npu	156	96	52	8
vha2	33	15	12	6		pmg	84	67	7	10
						abra	128	41	40	47
mba	128	90	28	10		apal	96	29	27	40
mfe	122	79	28	15		scc	104	67	25	12
mfi	87	56	27	4						
mja	99	43	22	34		total	9 561	3 198	3 698	2 665

Intergen51. Les diagrammes de la totale

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs

• Lien au tableur: tableau des 51 génomes.
• Lien au tableur pour les diagrammes des tRNA-CDS ftc1 et ftx1: Diagrammes ftc1 ftx1.
• Diagrammes:  t1  t2
• Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc

Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs pour f.41 et autres R2 f.1		
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c	
0.974	1.57E-06	-1.06E-03	1.16E-01	30.0	fx1	abscisse	201.9	120.9
0.865	-4.49E-06	3.51E-03	-9.26E-01	93.9	fc1	ordonnée	22.7	28.8
									poly3/droite	22.9	27.9
0.995	7.53E-07	-4.56E-04	-1.81E-02	38.7	fx41			
0.989	8.19E-07	-2.97E-04	-1.12E-01	45.2	fc41	R2 f.1		x	c
									Poly 3		974	865
0.988					-9.43E-02	41.9	fx41	Poly 6		979	978
0.938					-1.06E-01	40.7	fc41	Poly 9		993	985
0.924					-8.21E-02	38.5	fx1
0.656					-1.60E-01	55.8	fc1

• Note CDS-CDS positifs (tableau des 51 génomes):

  - J'ai représenté en diagrammes les 6 courbes correspondants aux effectifs des colonnes fxt fct fx fc fx40 fc40 sans la fréquence 0 du tableau présenté pour le formatage. Chaque abscisse est le total des effectifs de 10 fréquences successives (freq 10) et va de 1 à 400 pour les 4 premiers tandis que pour fx40 et fc40 elle est réduite à une seule fréquence (freq 1) et va de 1 à 40. La légende est détaillée dans les images  t1  t2  de wikimédia. Les 2 derniers diagrammes de l'image t1, fx41 et fc41, vont de l'abscisse 50, qui regroupe les fréquences de 41 à 50, à l'abscisse 400. Je les ai présentés avec un polynôme de degré 6 pour montrer l'adéquation nette du diagramme fc41 avec sa courbe de tendance (R2 0.999). La courbe de tendance linéaire (R2 0.938) met en valeur sa courbure alors que celle de fx41 (R2 0.988) se confond avec son diagramme (R2 0.995). Je les ai comparés entre eux avec leurs équations de courbe de tendance de polynôme de d° 3, présentées ci-dessus avec des ordonnées en pour 1000 du total des effectifs (les données sont dans le tableur du tableau des 51 génomes).

  - La netteté de fc41 va de pair avec la netteté de fc40 comparées aux diagrammes en dents de scie de fx40 et à ceux des diagrammes fxt1 et fct1 (abscisse en unité de fréquence), non présentés mais dont les données sont dans le tableur.

  - Les calculs avec les polynômes de d° 3: les points d'inflexion de fc41 (120) et fx41 (200) montrent que fx41 est au-dessus de fc41 mais se rejoignent à la fin. L'équation de fc a le coefficient de x3 négatif alors que ceux de fct fxt fx fx41 fc41 sont tous positifs. Les fréquences en pour 1000 sont identiques, au ‰ près, de la freq10 50 à la freq10 130, entre fx et fc, avec un taux moyen de 33‰.

  - Le diagramme fx est une droite, nettement différent de ceux de fct et fxt. Ces derniers représentent un seul processus avec un seul mode d'un maximum d'abscisse 133 pour fxt et 113 pour fct à comparer aux points d'inflexion de fx41 et fc41. Leurs équations en effectifs sont:

  + f(x)= 3.16E-06*x3 - 2.46E-03*x2 + 0.487*x + 9.58, pour fxt et

  + f(x)= 1.04E-05*x3 - 7.10E-03*x2 + 1.21*x + 13.5 pour fct.

  - La variance de fct et fxt est due seulement aux génomes étudiés avec un processus commun alors que dans fx chaque génome devrait avoir son processus propre avec un mode différent. L'homogénéité de fc est le reflet d'un comportement de chaque génome qui varie peu à chaque fréquence. Alors que chaque génome, dans fx, a un mode propre à chaque fréquence.

  - L'homogénéité de fc se retrouve dans fc40 avec une adéquation nette à la courbe de tendance alors que fx40 présente un diagramme en dents de scie qui montre encore que chaque génome procède d'un processus différent. Le diagramme fc40 montre que tous les génomes ont le même processus. Et quand je compare fct1 et fxt1 (abscisse en unité de fréquence) à fx40, les dents de scie des 2 premiers ont leurs courbes de tendances des droites croissantes (voir les équations au tableur, R2 respectif de 0.347 0.239) qui sous-tendent un seul processus dont la variance est due à la variance des génomes, alors que les dents de scie de fx40 est une droite horizontale (R2 0.001) combinant la variance des processus et des génomes.

  - Le processus sous-tendant fc étant tout à fait différent de celui de fct les fréquences de fct ne peuvent être déduites statistiquement de celles de fc. On ne peut pas comparer 2 choses incomparables.

  - Le diagramme de fc40 laisse penser qu'il y a un mode prépondérant à la fréquence 12, cela correspondrait aux séquences de contrôle cis des gènes protéiques.

  - Le diagramme fct est régulier et présente des motifs avec un semblant de symétrie (R2 0.923) contrairement au chaos de fxt (R2 0.600). Les 3 diagrammes fc40 fc fct montrent la caractéristique régulière des intercalaires continus, bien que sous-tendus par 2 processus différents, comparée au chaos des intercalaires discontinus de fxt, fx40 et de probablement de fx comme je l'ai mentionné ci-dessus.

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs discontinus.

• Lien au tableur: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs discontinus..
• Légende:

  - Les classes sont séparées par une bordure bleue fine. Elles sont ordonnées sur x=0, intersection de la courbe avec l'axe oy.

  - Les clades sont séparés par une ligne à blanc

  - Courbures, représentées par la courbure calculée multipliée par 1000. En cyan les valeurs extrêmes.

  + courb1 est la courbure au sommet des courbes fx1 (fréquences regroupées par 10, freq10, de 1 à 400 pbs), d'abscisse soma et d'ordonnée somo. Quand fx1 est une hyperbole, constante négative de x3, la courbure courb1 n'est pas renseignée.

  + courb4 est celle des courbes fx41 de 41 à 400 pbs. Quand fx41 est une hyperbole, constante négative de x3, elle est remplacée par une courbe de constante positive. Ce paramètre est intéressant car en l'absence de courb1 il décroît avec %t20 dans la classe A et est très faible pour les classes B et C1 (sauf pour bsu lmo ban). Il y a une continuité progressive de A vers C (en valeur absolue). Une évolution progressive apparaît avec courb1 pour les classes C2 et D2 et dégressive dans les classes C1 D1. La classe A est très progressive. (voir diagrammes à venir des courbures par classe).

  + Les courbes différentes de fx1 sont indiquées dans la colonne courbe.

  - 1ères fréquences: long1 et long2 respectivement la somme des fréquences de 1 à 10 et de 11 à 20 en pourcentage. %t20 est la somme des 2. Elle sert aussi à caractériser les classe B et C en comparaison avec la colonne %dom.

  - fréquences dôme: Les classes B et C sont caractérisées, après %t20, par la somme très élevée de 2 fréquences freq10 das la colonne %dom et dont l'abscisse est adom.

  - évolution régulière des fréquences freq10: C'est le cas de la classe D.

  - Certains génomes sont caractérisés par des extrêmes,

  + ksk agrl colorés en jaune, ont des courbes de tendance sous forme de droites peu différentes des polynômes de d° 3. Leurs coefficients de détermination R2, poly3/droite, sont respectivement 922/911 et 762/756. Les 2 1ères fréquences sont quasiment identiques, différant de 2 et 4% alors que pour agrc oan1 aua ase j'obtiens 8 16 12 18% respectivement et le fossé se creuse encore pour les freq10 30 et 40.

  + Le %reste en cyane, taux des intercalaires au-delà des 400 pbs, est excessif pour mfe mba cbc npu rtb rpl de 23 à 43%, et très faible pour pub et apal 1.7 et 2.6%. le plasmide ppmp a 23.4% mais sa taille est la plus faible des 51 génomes étudiés. C'est pour cela que j'ai construis des diagrammes jusqu'à 900 pbs pour mfe mba pour comparer leurs x=0 dont l'ordre ne change pas, 17.7 pour mfe contre 9.77 pour mba (Dans le diagramme 400 j'ai respectivement 12.8 6.43).

  - Sommets des courbes en plus de celle de fx1. Elles sont colorées en gris. Leur courbure est indiquée dans la colonne courb4.

courbe	gen	soma	somo	courb4
51	psor	118.9	29.7	-1.586
61	ban	127.4	57.1	-2.317
31	cvi	-9.1	49.5	-1.943
21	eal	-75.3	49.6	-1.263
21	ecoN	11.5	37.8	-1.299
11	rpm	2.1	40.2	-1.555
11	cbn	-24.2	37.2	-0.731
11	eco	82.1	36.0	-1.881
21	myr	-51.3	46.1	-1.238
31	ksk	-128.7	49.7	-0.849
41	ksk	-749.1	130.7	-0.493
31	ase	33.9	40.3	-1.969
41	ase	33.9	40.3	-0.942
31	agrl	-431.0	72.3	-0.454

• Note: Pour revenir sur le tri par classe et %t20, cliquer 3 fois sur la colonne classe puis trois fois sur celle de %t20
• Les diagrammes par classes:

  cA0 A0 - A25  cA26 A26 - C11  cC12 C12 - C19  cC19a C19a - C25  cC26 C26 - D14  cD15 D15 - D23  cD24 D24 - D31  cD32 D32 D33  

Classement des courbes des intercalaires CDS-CDS positifs discontinus x+

clade	gen	taille	%reste	courb1	courbe	courb4	soma	somo	%dom	adom	long1	long2	%t20	x=0	classe
alp1	pub	234	1.7	-	-	-					167	64	231	127	A0
cya2	pmg	599	4.5	-	41	-1.109	10.8	39.4			194	65	259	110	A1
bde3	ant	633	3.5	-	41	-4.031	101.7	38.0			128	81	209	82.0	A20
arc4	mja	441	5.4	-	41	-3.400	97.9	34.7			111	70	181	71.5	A21
bde2	ade	1314	5.3	-	41	-2.325	92.1	34.6			78	80	158	64.4	A22
al4	absp	472	11.0	-	41	-1.720	108.2	29.2			81	59	140	62.4	A23
al1	abq	890	9.2	-	41	-1.870	111.4	29.9			73	61	134	59.8	A24
al2	abs	883	10.2	-	41	-1.841	94.7	30.6			74	46	120	58.8	A25
al3	abqp	497	8.7	-	41	-1.884	111.3	30.9			70	64	135	56.1	A26
al9	oan2	460	8.7	-	41	-1.613	46.9	34.4			63	54	117	49.5	A27
alp4	rru	967	9.3	-	41	-1.079	76.7	30.3			47	52	98	47.8	A28
al5	agrc	796	7.2	-	31	-0.790	-45.1	40.2	90	60	53	45	98	46.3	B10
al7	aua	975	9.9	-	31	-0.116	-875.6	76.3	91	60	51	39	90	45.3	B11
al8	oan1	771	9.1	-	21	-1.160	30.5	34.4	99	60	54	38	92	43.0	B12
bac2	bsu	1093	5.5	-	51	-3.143	135.7	29.9	219	40	26	41	67	62.5	C10
bac5	lmo	587	6.3	-	51	-2.188	126.7	26.3	271	40	17	34	51	59.1	C11
act1	ase	2691	9.7	-1.804	41	-0.942	20.6	41.1	99	70	52	34	86	40.7	C12
clo8	psor	693	9.1	-0.901	51	-1.586	-11.0	39.2	140	50	12	23	35	39.1	C13
bac1	ban	1579	10.3	-1.565	61	-2.317	23.3	38.5	138	40	10	26	36	38.1	C14
bde1	cvi	1114	8.0	-2.436	31	-1.943	53.3	41.6	146	70	56	30	85	37.7	C15
ga2	eal	1185	10.3	-1.902	21	-1.263	42.3	37.9	118	50	38	22	60	36.0	C16
ga4	ecoN	1382	10.3	-1.471	21	-1.299	34.8	36.3	134	50	32	16	48	35.3	C17
alp3	rpm	906	11.8	-2.175	11	-1.555	65.2	35.7	191	50	15	7	22	30.3	C18
clo3	cbn	540	9.6	-1.339	11	-0.731	68.8	33.3	113	50	19	6	24	29.7	C19
ga3	eco	1074	5.3	-1.834	11	-1.881	78.5	36.0	131	50	33	9	42	29.4	C19a
bct1	myr	980	14.9	-2.327	21	-1.238	76.6	35.7	107	70	27	12	39	27.6	C19b
bac3	lam	483	5.6	-3.737			85.8	43.6	155	60	17	6	23	26.7	C20
ga1	amed	1343	8.2	-3.171			90.6	39.3	141	80	28	15	43	23.2	C21
ga7	vha2	689	13.9	-2.925			96.5	35.1	103	80	20	20	41	17.8	C22
bac4	lbu	411	7.8	-4.193			98.5	42.9	141	70	2	5	7	17.0	C23
ga8	vpb1	782	11.5	-3.965			96.4	39.7	145	70	15	15	31	16.1	C24
ga6	vha1	934	13.4	-3.343			98.7	36.4	115	70	12	17	29	15.5	C25
ga9	vpb2	561	12.7	-3.667			104.6	38.2	127	80	20	11	30	12.1	C26
alp2	rpl	183	32.2	-2.604			108.0	28.1	104	80	11	22	33	8.12	C27
alp5	rtb	186	35.5	-2.195			117.3	27.0	97	80	11	16	27	7.33	C28
clo4	cdc	640	19.5	-1.942			176.9	31.0			5	0	5	-11.8	D10
clo5	cdc8	686	20.1	-1.748			175.5	29.9			7	4	12	-7.46	D11
bac6	pmq	1888	14.0	-2.305			160.2	34.2			8	8	16	-6.46	D12
clo2	cbei	1212	21.6	-1.691			156.0	27.6			5	10	15	-2.49	D13
bac7	ppm	1267	11.9	-3.106			133.9	37.0	86	90	13	16	28	-1.18	D14
clo6	cle	779	10.7	-2.811			133.5	35.8			12	8	19	1.51	D15
bac8	ppmp	107	23.4	-1.912			146.0	29.5			0	0	0	2.61	D16
clo1	cbc	719	23.9	-0.859			174.4	23.9			1	7	8	4.94	D17
arc3	mba	1235	42.8	-0.482			193.6	17.4			6	11	17	6.43	D18
arc1	mfe	1067	34.9	-0.779			119.8	20.2			10	14	24	12.8	D19
ga5	spl	1305	17.6	-2.662			120.1	32.4	93	80	6	15	21	6.45	D21
clo7	hmo	460	12.6	-1.900			135.5	31.6			20	22	41	8.01	D22
arc2	mfi	626	15.8	-1.820			123.8	29.8			19	10	29	11.2	D23
neg1	afn	346	4.6	-2.277			121.4	36.2			12	9	20	14.5	D24
cya1	npu	2307	23.2	-1.454			98.1	27.1			22	23	44	18.4	D25
bct2	fps	560	13.4	-2.683			91.5	35.2			32	16	48	21.3	D26
act2	blo	499	9.8	-2.403			98.7	36.0			34	16	50	21.4	D27
act4	sma	2581	11.6	-1.894			84.2	33.9			29	26	55	25.9	D28
spi1	scc	458	8.5	-2.273			81.0	37.2			20	33	52	28.3	D29
ter2	apal	191	2.6	-4.112			82.3	47.3			31	21	52	30.4	D30
ter1	abra	270	5.2	-3.934			65.0	47.0	137	50	19	33	52	37.3	D31
act3	ksk	2564	11.6	-1.185	31	-0.849	-10.8	39.5	87	80	38	36	74	39.4	D32
al6	agrl	499	8.4	-0.543	31	-0.454	-431.0	72.3	78	60	42	38	80	42.2	D33
act5
alp6
arc5
bac9
bct3
bde4
clo9
cya3
gam
neg2
ter3
totale	58	51,594	12.8	-1.520			63.7	33.5			34	27	61	30.0	D28

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs discontinus. Note

• Pour classer les diagrammes des discontinus, x+, j'ai utilisé 4 critères

  - %t20 et les colonnes associées long1 long2. Il dérive du taux %t30 que j'ai utilisé dans la comparaison x+ c+.

  • Long1 sert de repère par rapport au corps du diagramme. Il peut dépasser toutes les ordonnées et c'est le cas de la classe A, ou bien être plus ou moins bas par rapport au sommet du dôme et c'est le cas des classes B C D1. Dans la classe D2 où le x=0 remonte long1 le suivra.
  • La pente définie par long1 long2 va distinguer 2 taux %t20 identiques mais dont le signe de la pente est différent. C'est ainsi que j'ai pu analyser le cas des C1 bsu lmo psor ban. Mais cette pente positive va surtout caractériser la classe D2 dont la courbure ne dépend plus d'un dôme et long1 va suivre x=0.
  • A part le cas des 2 C1 sans minimum local, bsu lmo , l'évolution du taux %t20 va être parallèle à celle de x=0.

  - Les dômes. Ils sont caractérisés par l'abscisse du sommet, adom, et la somme des 2 taux du dôme, %dom. Ils appartiennent essentiellement aux classes B et C.

  • adom: Chez les B1 et C1 les abscisses sont faibles, autour de freq10 50, alors que les C2 tournent autour de 70. Les 2 classes C1 et C2 sont homogènes et les moyennes nettement distinctes. (voir le tableau des moyennes en fin de note).
  • %dom: C1 et C2 sont très homogènes d'après le tableau des moyennes mais bsu et lmo ny sont pas. Bien que les moyennes se chevauchent celle de C2 est plus faible, de 10%, par rapport à celle de C1 et celle de B1 est encore plus faible, autour de 90%.
  • conséquences: plus le dôme est proche de l'origine et son taux élevé plus la courbure sera faible, avec les B1 sans courbures (le coefficient de x3 étant négatif), les C1 aux courbures faibles et les C2 aux courbures fortes.
  • D1 et D2 n'ont pas de dôme sauf pour ppm spl et abra. Leurs courbes sont très étalées ce qui fait que le dôme est loin de l'origine et son taux faible ce qui donne une courbure très forte. Ainsi pour ppm spl abra j'ai respectivement pour adom %dom courb1, 90 86% -3.106, 80 93% -2.662, 50 137% -3.934.
  • + abra apal: ce sont 2 génomes différents en phylogénie, respectivement, Acholeplasmataceae Paracholeplasma brassicae et Acholeplasmataceae Alteracholeplasma palmae. Ils diffèrent en taille x+ de plus de 41%, respectivement 270 et 191 pbs. Si les caractéristiques c+ du tableau sont semblables le diagramme de abra x+ présente un dôme à l'abscisse 50 que apal x+ ne possède pas. J'ai donné la classe D31 à abra x+, parce que sa courbure est très forte, -3.934, comparée à celles de ban (-1.565) et psor (-0.901) qui ont un dôme semblable à abra x+ du à son minimum local, à l'abscisse 10, 2 fois supérieur (abra ban psor 19 10 12%) avec un %dom identique (abra ban psor 137 140 138%). Les caractéristiques x+ du tableau diffèrent nettement entre les 2 génomes pour %x+ %restex t30c/x et moins pour %t30x et corelaxc. Ils ont en commun la classe D3 (D31 D30) avec un x=0 de 37 et 30 respectivement. Les 2 génomes ont conservé une séquence de 11 gènes tRNA (aas) que j'ai notée dans les intercalaires extra bloc.

  - La courbure du sommet de poly3. C'est la comparaison entre x+ et c+ qui a mis en évidence pour certains diagrammes la forte pente négative t30 des c+ par rapport à la forte courbure des x+ pour cette plage. Quand je l'ai appliquée à tous les diagrammes j'ai pu regrouper les diagrammes sans dôme en 2 classes D1 et D2.

  • La classe D1 va se caractériser par une courbure très faible comparable à la classe C1, moyenne -1.763 contre -1.775. Les 2 classes se différencient par leur homogénéité, m/e 2.0, moyenne la plus hétérogènes des 5 classes, contre 3.8 pour C1 , 2ème homogène après C2. Elles se différencient plus par leur décroissance dans le diagramme en fonction de X=0, D1 est fortement décroissante (R2 0.495) et C1 à peine décroissante (R2 0.146), voir les diagrammes des courbures. D1 se différencie de C1 à cause des dômes qui font diminuer l'abscisse des C1, alors que les D1 s'étalent plus loin, soma 157 contre 45 pour C1.
  • Le passage de D1 à D2: mfe m'a posé un problème puisque D1 est décroissante, pour la courbure, et que D2 est croissante, son X=0 de 12.8 va se positionner après mfi qui a une courbure de -1.820 contre -0.779 pour mfe. Je l'ai alors mis en D1, en continuité de X=0, après mba. J'ai eu un doute à cause du %reste très élevé de mba et mfe. Peut être qu'en étendant les diagrammes x+ à 900 de mfe et mba, leurs places dans D1 ne seraient plus justifiées. Mais le fait que leur nouveau X=0 ne modifie pas leur ordre, mba 9.77, avant mfe 17.7 m'a conforté dans ce positionnement dans D1. J'ai comparé les x=0 des diagrammes étendus 800 et 400 des D1 à ceux des D2, dans le tableau en bas de la note. L'ordre de mba et mfe est respecté mais non ceux des autres D1. Par contre dans la colonne 800 les D1 restent largement inférieurs à celle des D2, sans aucun chevauchement. Les D2 800 respectent exactement l'ordre des 400 et le 1er, spl, reste supérieur au plus grand des D1 800, 23.8 contre 21.4 pour ppm. Ce dernier est un intrus dans D1 800.
  • La classe D2, de D21 à D31, ressemble beaucoup à C2 pour le sommet, soma 100.2 contre 99.6. Mais le sommet de C2 croît nettement (1 seul intrus) et passe de 86 à 108, alors que celui de D2 décroît rapidement par groupe de 3 génomes à la fois et passe de 135 à 65. La courbure de D2 a une moyenne 50% plus forte que celle de D1, -2.492 contre -1.763, mais 50% plus faible que celle de C2, -2.492 contre -3.311. La moyenne de D2 est moins homogène, m/e 3.0, que celle de C2 la plus homogène des 5 classes, m/e 5.1. Les 2 classes se ressemblent beaucoup dans les diagrammes des courbures, ils sont nettement croissants et de façon régulière avec un R2 de 0.612 pour D2 contre 0.730. Les 2 diagrammes diffèrent par leur forme.
  • La suite de la classe D2 est la limite de la courbure et du sommet de la courbe. D32 et D33 ressemblent à la classe B1 mais ils se distinguent tous les 2 par l’absence du minimum local à t30 (en plus long1 est presque égal à long2), un dôme très faible (%dom le plus faible, 87 et 78 contre 91 pour B11) et éloigné (80 pour ksk contre 60 pour agrl et les B1). L'ordonnée du sommet de D32 et D33 est élevée ce qui fait que la courbe de tendance est plus une droite qu'un polynôme qui a pourtant une courbure.

  - Les x=0 enfin que j'ai adoptés pour le classement et les 3 critères précédents définissent les grandes classes A B C D.

  • Classe A: Il n'y a pas de courbure. Le coefficient de x3 est négatif. J'ai établit alors la courbure du diagramme 41-400, courb4.

    + A0 a un coefficient toujours négatif quelque soit le début du diagramme.

    + A1 a une courb4, mais l'abscisse du sommet est tellement grande, -500, que la courbe est quasiment à coefficient négatif.

    + De A20 à A28 par contre les courbures sont grandes et nettement croissantes avec un R2 de 0.932. Les abscisses des sommets sont croissantes de façon irrégulières et passent de 77 47 à 111 92 102.

    + Le x=0 décroît régulièrement, sans intrus, de 127 à 48.

  • Classe B:

    + C'est la continuité de la classe A puisque le coefficient de x3 de 1-400 est négatif.

    + Il y a continuité aussi pour la courbure, courb4, puisque le coefficient de x3 de 41-400 est négatif faisant suite à la courbure la plus faible de la classe A (-1.079).

    + La seule différence avec la classe A est que les B ont un dôme. Et celui-ci a une ordonnée de même grandeur que celle de l'abscisse 10 (freq10) avec un minimum local en l'abscisse 40 ou 30.

    + Le minimum local m'a permis de calculer la courbure, courb4, des diagrammes 31 21 11-400 (colonne courbe) ce qui est possible puisque l'ordonnée de l'abscisse 40 ou 30 est inférieure à celle du dôme. Cette courbure est en continuité progressive, et non abrupte, avec celle de la classe A comme je l'ai notée ci-dessus. En plus elle est en continuité avec les courbures, courb4, de la classe C1 bien que celle-ci ait une courbure courb1, sauf pour bsu et lmo.

    + Les taux %dom des dômes de B sont plus faibles que tous ceux de la classe C et leurs abscisses, adom 60, sont supérieures à celles de C sauf pour ase cvi myr avec 70.

    + Le x=0 décroît régulièrement, sans intrus, à la suite de la classe A, de 46 à 43.

  • Classe C1

    + En excluant momentanément les 2 génomes bsu et lmo (C10 C11), le x=0 décroît régulièrement, sans intrus, à la suite et en continuité de la classe B, de 41 à 28.

    + En parallèle la courbure, courb1, décroît légèrement dans les diagrammes des courbures (R2 0.146), avec une moyenne homogène (m/e 3.8), -1.775, la 2ème très faible des 5 classes. Par contre les sommets, soma, croissent régulièrement de 21 à 77, avec une moyenne faible de 45 très hétérogène, m/e de 1.6, le plus faible de toutes les moyennes du tableau, conséquence de la forte croissance des sommets. Le %t20 qui suit globalement l'évolution de x=0, ici, dans C1 son évolution n'est pas homogène (m/e 2.1) et ne manifeste pas de croissance nette. Le diagramme des classes montre bien que le %t20 de C1 est très chaotique, différemment des autres classes. La courbure, courb1, différencie nettement B1 et C1.

    + Le classement de C12, ase. Ce génome ressemble beaucoup à oan1 avec un long1 au même niveau que le sommet du dôme, un x=0 du même ordre 41 contre 43 pour oan1 et un %t20 qui vient juste après celui de oan1, 86 contre 92. Le génome ase se distingue nettement de la classe B parce que c'est le 1er à avoir une courbure courb1 moyenne, -1.804, et vient juste après lmo et bsu. Donc il est logique de le classer avec les C1. Cependant ase se comporte aussi comme ksk qui est du même clade et qui a une classe D2. Les 2 diagrammes ont à peu près le même minimum local t30 à l'abscisse 40 pour ase , 23‰ contre 29‰ pour ksk à l'abscisse 50. Mais c'est la pente très négative de ase qui m'a poussé à le comparer aux B, -7.25 contre -1.79 pour ksk. Si je trie sur clade, toutes les autres colonnes sont à peu près identiques, sauf courb1, -1.804 contre -1.185 pour ksk, soma 21 contre -11, long1 et par conséquent %t20, 52 contre 38. Même la queue du diagramme est semblable et les fx41 fx31 aussi (voir tableau en bas de la légende du tableau de classeau). Il serait peut être logique de le mettre en D32 alors que leurs phylogénies sont complètement différentes.

    + Le minimum local à t30: j'ai montré dans la comparaison continus discontinus que ce minimum est caractéristique des continus qui l'arborent tous et se trouve dans la plupart des cas aux alentours de l'abscisse 30 de freq10. On le retrouve chez les discontinus mais il varie beaucoup d'une classe à l'autre et d'un génome à l'autre. Cependant, s'il se comporte de façon analogue dans les classes A et B, dans C1 seuls ase (abscisse 40) et cvi (30) font de même, avec la différence notable, pour ces 2 là, d'avoir une courbure courb1. Sinon 4 C1, bsu lmo psor ban, ont l'abscisse à 10 et les 6 autres à 20.

    + La courbure courb4: A part ase tous les C1 ont un coefficient négatif de x3 et donc n'ont pas de courbure, courb4. C'est la même situation qu'avec les B. En éliminant les 1ères abscisses, 10 20 30, j'arrive à trouver une courb4 aussi faible que celle des B, à part bsu lmo psor ban pour qui j'ai trouvé une forte courbure, courb4, en abscisse 70 (ban) ou 60 pour les 3 autres, et non pour des abscisses inférieures. Cette ressemblance entre les 2 classes renforce nettement la continuité entre elles. C'est ce qui m'a amener à classer ase, mais aussi bsu lmo, dans la classe C1 comme je le montre au chapitre suivant sur les dômes.

    + Les dômes: Ils agissent sur la courbure, courb1, par l'abscisse, adom, et le taux %dom. La courbure est d'autant plus faible que l'abscisse est faible et que le taux est élevé. Dans le cas de C1 adom et %dom sont très homogènes, avec les moyennes respectives de 55 et 132 avec le même m/e de 5.1. Par contre la courbure, courb1, et l'abscisse du sommet sont hétérogènes et faibles, respectivement -1.775 (m/e 3.8) et 45.3 (m/e 1.6). Comparés aux moyennes de C2, ces dernières sont très homogènes avec un m/e supérieur à 5.1, avec une courbure 2 fois plus élevée (-3.311 contre -1.775) et un sommet, soma, 2 fois plus éloigné (100 contre 45), dues au fait que adom est 50% plus éloignée (55 contre 74) avec un taux %dom presque équivalant mais plus faible (125 contre 132). Les moyennes des dômes différencient nettement les 3 classes B C1 C2.

    + Les diagrammes des courbures: La classe C1 est différente des 4 autres diagrammes parce qu'elle est homogène et à peine décroissante (R2 0.146), alors que les autres sont nettement croissants ou décroissants avec une homogénéité variable.

    + Le passage de B12 à C10, oan1 à bsu. Le x=0 décroît régulièrement de A0 jusqu'à B12 (43) puis au-delà de C12 (ase 41). Mais bsu et lmo arbore un x=0 très élevé (62 et 59), en rupture avec la décroissance. Ces 2 génomes présentent la particularité d'avoir un %t20 à pente positive qui fait partie du dôme. Ce qui est nettement différent des classes A et B qui ont des pentes négatives, avec un long1 des B au même niveau que le sommet de leur dôme. Or la particularité des C1 est d'avoir un long1 inférieur au sommet du dôme ce qui est le cas de bsu lmo psor ban, puisque long1 est leur minimum local. Une autre particularité des C1 est d'avoir une courbure courb1 sauf pour bsu et lmo. Mais le fait qu'ils partagent un long1 avec psor et ban qui ont, eux une courbure, autorise à les classer ensemble et à placer bsu lmo en 1er puisqu'ils n'ont pas de courbure qui est faible mais croissante chez les C1.

  • Classe C2

    + Le x=0 décroît régulièrement, sans intrus, à la suite et en continuité de la classe C1, de 27 à 7.

    + En parallèle la courbure, courb1, croît fortement dans les diagrammes des courbures (R2 0.730), avec une moyenne très homogène (m/e 5.1), -3.311, la plus élevée des 5 classes. Par contre les sommets, soma, croissent régulièrement de 86 à 117, avec une moyenne de 100 très homogène, m/e de 11, parmi les plus forts de toutes les moyennes du tableau, conséquence de la faible croissance des sommets. Le %t20 qui suit globalement l'évolution de x=0, ici, dans C2 son évolution est plus homogène que celui de C1(m/e 2.8 contre 2.1 pour C1) et ne manifeste pas, aussi, de croissance nette. Le diagramme des classes montre bien que le %t20 de C2 est régulier, avec un seul intrus, celui de lbu avec 7%. La courbure, courb1, différencie nettement C2 et C1.

    + Le minimum local à t30: La disparition du minimum local est encore plus accentuée chez les C2 que chez les C1. La moyenne de %t20 est 2 fois plus élevée chez C1 que chez C2, 47.7 contre 29.3 et beaucoup plus hétérogène (m/e 2.1 contre 2.8 pour C2 avec l'intrus); en omettant l'intrus, lbu, je trouve m e m/e 32.0 6.8 4.7 ce qui montre le maintient de la moyenne et l'augmentation nette de l'homogénéité de C2. Les diagrammes x+ montrent clairement que les t30 sont aussi insignifiants que chez les D1 par rapport à ceux de C1: cC12 C12 - C19  cC19a C19a - C25  cC26 C26 - D14.

    + Les dômes: Ils agissent sur la courbure, courb1, par l'abscisse, adom, et le taux %dom. La courbure est d'autant plus faible que l'abscisse est faible et que le taux est élevé. Dans le cas de C2 adom et %dom sont encore plus homogènes que chez C1, avec les moyennes respectives de 74 et 125 et les m/e de 10 et 5.9. Au contraire de C1, la courbure, courb1, et l'abscisse du sommet, soma, sont très homogènes et forts, respectivement -3.311 (m/e 5.1) et 99.6 (m/e 10.6). Comparés aux C1, les moyennes de C2 sont très homogènes avec un m/e supérieur à 5.1, avec une courbure 2 fois plus élevée (-3.311 contre -1.775) et un sommet, soma, 2 fois plus éloigné (100 contre 45), dues au fait que adom est 50% plus éloignée (55 contre 74) avec un taux %dom presque équivalant mais plus faible (125 contre 132). Les moyennes des dômes différencient nettement les 3 classes B C1 C2.

    + Les diagrammes des courbures: La classe C2 est nettement croissante (R2 0.730) comme la classe D2 (R2 0.612), alors que C1 est à peine décroissante mais très homogène et D1 est moyennement décroissante.

  • Classe D: voir le chapitre sur les courbures ci-dessus.

• Moyennes: ne sont pas compris dans ces moyennes bsu lmo (C1) et mba mfe (D1)

%t20	m	e	m/e	gen		courb1	m	e	m/e	gen
A-B	147.2	53.8	2.7	14		A41	-2.196	0.934	-2.4	9
C1	47.7	22.8	2.1	10		B	<0	-	-	
C2	29.3	10.4	2.8	9		C1	-1.775	0.473	-3.8	10
D1	14.4	8.7	1.7	10		C2	-3.311	0.655	-5.1	9
D2	42.3	13.0	3.2	11		D1	-1.763	0.862	-2.0	10
D32-33	77	-	-	2		D2	-2.492	0.843	-3.0	11
adom						%dom				
C1	55.0	10.8	5.1	10		C1	131.8	25.9	5.1	10
C2	74.4	7.3	10.2	9		C2	125.2	21.4	5.9	9
soma						somo				
A	93.4	20.6	4.5	9		A	32.5	3.0	10.9	9
B	<0	-	-			B	<0	-	-	
C1	45.3	28.8	1.6	10		C1	37.5	2.6	14.3	10
C2	99.6	9.4	10.6	9		C2	36.7	5.9	6.3	9
D1	157.0	23.5	6.7	10		D1	28.6	6.5	4.4	10
D2	100.2	22.2	4.5	11		D2	35.8	6.3	5.6	11

• Diagrammes fx% étendus à 800 des classes D1 et D2

gen	x+ 400	x+ 800
D1		
pmq	-6.46	10.4
cbei	-2.49	9.38
ppm	-1.18	21.4
cbc	4.94	9.72
mba	6.43	8.93
mfe	12.8	16.5
D2		
spl	6.45	23.8
npu	18.4	27.1
sma	25.9	36.6
ksk	39.4	44.7
ase	40.7	49.3

Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x.

• Lien au tableur: Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x..
• Diagrammes fx%:  alpha1  alpha2  bacilli  gamma  spl bde  clostridia  actino archeo  afn cyano tenericutes bacteroide spiro  fcp1  fcp2
• Légende:

  - Les colonnes

  + du tableau des effectifs: taille pour total, %reste reste au delà 400pbs / taille, %t30 somme des freq10 10 20 30 / taille, de même pour les intercalaires nuls.

  + du tableau des diagrammes: flexa pour abscisse du point d'inflexion de la courbe de tendance en polynôme de d°3 et R2 41 son coefficient de détermination du diagramme fc41; fcp pour abscisse (en freq10) des taux fc% pour laquelle la courbe de tendance commence à devenir positive (constante du monôme x3), pour une valeur de 2 la courbe de tendance démarre à 21 pbs c'est à dire l'abscisse freq10 de 30.

  + des rapports,

  - classe, c'est la classe des diagrammes fx% listée dans le chapitre des discontinus positifs.

  - %x+, taux des discontinus par rapport au total positifs, zéros compris, continus plus discontinus.

  - corelaxc, coefficient de corrélation entre les freq10 de 41 à 200 pbs des continus et des discontinus. J'ai fait le digramme corel freq1 (fréquences unitaires) en fonction de corel freq10 (fréquences regroupées par 10) pour la plage 41-200 pbs. La courbe de tendance qui passe par zéro a pour équation 0.340x avec un R2 de 0.811 et sans forcer à zéro 0.336x + 0.003 avec un R2 de 0.743. Lien au tableur.

  - t30c/x et restx/c sont les rapports des colonnes correspondantes.

  - Les valeurs remarquables sont indiquées en gras pour les maxima et en bleu pour les minima, en rouge pour les fcp qui représentent les courbes à constante négative quelque soit les tests effectués et en orange ses valeurs 0 et 1. En jaune ce sont les points d'inflexion anormaux et le vert ceux qui sont proches de l'extrémité 400 du diagramme.

• Note: les corrélations entre colonnes. Les coefficients sont calculés après tri sur toute colonne sauf clade.

c/x	t	r	30	0
ct	0.868	0.119	-0.306	-0.231
r	0.156	0.967	-0.492	-0.347
30	-0.480	-0.631	0.495	0.586
0	-0.281	-0.152	0.402	0.674
				
cc	t	r	30	0
t	*	0.180	-0.420	-0.234
r		*	-0.606	-0.142
30			*	0.588
0				*
				
xx	t	r	30	0
t	*	0.068	-0.098	-0.116
r		*	-0.523	-0.371
30			*	0.584
0				*

int51.cx Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x.

		c+							x+				Rapports
clade	gen	taille	%reste	%t30	%0	R2 41	flexa	fcp	taille	%reste	%t30	%0	classe	%x+	corelaxc	t30c/x	restx/c
act1	ase	3854	7.6	24.4	0.3	0.972	333.3	-1	2691	9.7	12.1	0.7	C12	41	0.918	2.0	1.3
act2	blo	1045	4.9	19.8	0.1	0.906	188.5	2	499	9.8	8.0	0.4	D27	32	0.406	2.5	2.0
act3	ksk	3995	7.9	12.9	0.1	0.955	193.3	0	2564	11.6	11.3	0.3	D32	39	0.766	1.1	1.5
act4	sma	3894	8.4	17.8	0.2	0.952	198.2	1	2581	11.6	8.8	0.3	D28	40	0.801	2.0	1.4
act5
al1	abq	1565	3.6	25.4	0.2	0.949	188.0	2	890	9.2	19.8	0.2	A24	36	0.227	1.3	2.5
al2	abqp	921	5.0	25.1	0.2	0.930	176.0	3	497	8.7	19.1	0.2	A26	35	0.302	1.3	1.7
al3	abs	1570	3.5	24.8	0.3	0.952	197.1	2	883	10.2	18.9	0.2	A25	36	0.412	1.3	2.9
al4	absp	873	5.0	26.0	0	0.910	168.6	3	472	11.0	19.7	0	A23	35	0.272	1.3	2.2
al5	agrc	1466	2.3	26.2	0.2	0.908	216.8	2	796	7.2	13.3	1.1	B10	35	0.034	2.0	3.1
al6	agrl	1040	3.9	32.7	0.1	0.924	507	3	499	8.4	12.0	0.2	D33	32	0.454	2.7	2.1
al7	aua	1803	5.1	25.1	0	0.931	201.3	1	975	9.9	12.9	0.3	B11	35	0.585	1.9	1.9
al8	oan1	1517	4.6	27.4	0.5	0.901	188.3	2	771	9.1	11.3	1.5	B12	34	0.310	2.4	2.0
al9	oan2	914	3.5	34.1	0.1	0.863	129.8	4	460	8.7	13.7	0.4	A27	33	0.189	2.5	2.5
alp1	pub	601	0.7	56.1	5.9	0.939	278.6	-1	234	1.7	29.5	4.0	A0	28	0.865	1.9	2.6
alp2	rpl	527	19.4	22.4	0.8	0.822	229.1	1	183	32.2	4.4	0	C27	26	0.051	5.1	1.7
alp3	rpm	1847	4.1	23.4	0.4	0.945	195.3	2	906	11.8	3.2	0.4	C18	33	0.395	7.2	2.9
alp4	rru	2136	3.3	25.7	0.4	0.963	52.4	2	967	9.3	15.2	0.1	A28	31	0.189	1.7	2.8
alp5	rtb	505	19.8	23.4	0.7	0.804	230.0	1	186	35.5	3.2	0.5	C28	27	-0.105	1.7	1.8
alp6
arc1	mfe	2011	23.2	15.9	0.8	0.872	4261.2	-1	1067	34.9	4.4	0.1	D19	35	0.327	3.6	1.5
arc2	mfi	1545	6.0	20.2	1.7	0.937	164.3	2	626	15.8	5.8	0	D23	29	-0.043	3.5	2.6
arc3	mba	2379	29.7	14.9	0.8	0.739	246.6	-1	1235	42.8	2.6	0.1	D18	34	-0.317	5.7	1.4
arc4	mja	1069	1.1	39.7	0.9	0.960	413.1	-1	441	5.4	22.0	2.0	A21	29	0.326	1.8	4.8
arc5
bac1	bsu	2512	2.0	32.4	0.8	0.936	166.0	3	1093	5.5	13.1	0.2	C10	30	0.005	2.5	2.8
bac2	ban	3289	5.1	25.9	0.9	0.900	198.3	3	1579	10.3	8.7	0	C14	32	0.106	3.0	2.0
bac3	lam	1248	2.0	34.8	1.1	0.875	-166.3	4	483	5.6	4.8	0.4	C20	28	0.490	7.3	2.8
bac4	lbu	1098	4.6	31.7	0.7	0.936	162.1	3	411	7.8	2.9	0.5	C23	27	0.558	10.9	1.7
bac5	lmo	1849	2.8	36.5	1.2	0.850	201.9	3	587	6.3	8.5	0.2	C11	24	-0.178	4.3	2.3
bac6	pmq	4540	7.8	20.0	0.5	0.950	387.5	5	1888	14.0	2.7	0.3	D12	29	-0.836	7.4	1.8
bac7	ppm	3176	7.0	21.3	0.5	0.956	201.3	2	1267	11.9	3.7	0	D14	29	-0.129	5.8	1.7
bac8	ppmp	438	12.3	14.8	0.6	0.726	196.4	0	107	23.4	3.7	0	D16	20	0.044	4.0	1.9
bac9
bct1	myr	2273	7.9	35.9	0.5	0.891	-134.8	3	980	14.9	6.0	0.5	C19b	30	0.642	6.0	1.9
bct2	fps	1628	6.2	29.7	0.8	0.943	319.8	2	560	13.4	7.9	1.2	D26	26	0.451	3.8	2.2
bct3
bde1	cvi	2412	3.9	29.0	0.3	0.915	1288.8	2	1114	8.0	10.1	0.4	C15	32	0.860	2.9	2.1
bde2	ade	2335	3.4	32.2	0.6	0.952	-975.1	2	1314	5.3	20.7	0.8	A22	36	0.591	1.6	1.5
bde3	ant	1700	1.7	46.2	2.4	0.925	437.1	2	633	3.5	26.4	1.2	A20	27	0.274	1.8	2.0
bde4
clo1	cbc	2572	12.7	25.5	0.8	0.885	164.9	4	719	23.9	2.5	0.1	D17	22	-0.676	10.2	1.9
clo2	cbei	4010	14.9	20.6	0.4	0.931	-3362	4	1212	21.6	2.1	0	D13	23	-0.509	10.0	1.5
clo3	cbn	1775	3.5	29.9	0.5	0.941	186.3	3	540	9.6	5.9	0.2	C19	23	0.552	5.0	2.8
clo4	cdc	2589	9.5	29.5	1.3	0.903	430.8	-1	640	19.5	0.5	0	D10	20	-0.587	62.9	2.1
clo5	cdc8	2727	8.9	30.0	1.3	0.905	551.3	-1	686	20.1	1.7	0	D11	20	-0.640	17.1	2.3
clo6	cle	2900	6.4	30.3	1.0	0.948	181.0	4	779	10.7	2.6	0	D15	21	0.269	11.8	1.7
clo7	hmo	1867	5.8	24.6	0.8	0.959	151.9	3	460	12.6	5.0	0	D22	20	0.180	4.9	2.2
clo8	psor	2350	5.6	32.0	0.9	0.926	219.5	3	693	9.1	9.5	0.1	C13	23	-0.473	3.4	1.6
clo9
cya1	npu	3999	14.7	11.9	0.3	0.913	169.8	0	2307	23.2	6.3	0.2	D25	37	0.428	1.9	1.6
cya2	pmg	948	2.2	40.7	3.1	0.963	318.2	-1	599	4.5	30.2	1.6	A1	39	0.739	1.3	2.0
cya3
ga1	amed	2382	4.6	33.8	0.4	0.902	186.0	2	1343	8.2	5.9	0.1	C21	36	0.717	5.8	1.8
ga2	eal	2286	6.0	32.7	0.6	0.966	349.1	3	1185	10.3	6.4	0.9	C16	34	0.673	5.1	1.7
ga3	eco	2204	2.9	31.2	0.6	0.938	-1789.2	3	1074	5.3	8.4	1.1	C19a	33	0.324	3.7	1.8
ga4	ecoN	2822	4.4	24.1	0.8	0.959	434.8	3	1382	10.3	3.1	1.2	C17	33	0.596	7.8	2.3
ga5	spl	2482	10.2	24.1	0.7	0.976	150.5	2	1305	17.6	3.1	0.1	D21	34	0.740	3.5	1.7
ga6	vha1	1945	7.5	27.5	0.4	0.929	189.7	2	934	13.4	4.6	0.3	C25	32	0.533	6.0	1.8
ga7	vha2	1075	7.8	25.1	1.2	0.877	3.6	2	689	13.9	6.1	0.1	C22	39	0.728	4.1	1.8
ga8	vpb1	1757	5.3	31.6	0.4	0.947	214.3	3	782	11.5	4.2	0.1	C24	31	0.600	7.5	2.2
ga9	vpb2	828	7.6	28.1	1.1	0.764	185.9	3	561	12.7	5.0	0.2	C26	40	0.516	5.6	1.7
gam
neg1	afn	1385	3.9	38.5	0.5	0.893	164.2	3	346	4.6	4.0	0.6	D24	20	-0.025	9.5	1.2
neg2
spi1	scc	1000	3.4	33.9	0.5	0.938	321.3	-1	458	8.5	10.7	0.4	D29	31	0.445	3.2	2.5
ter1	abra	980	3.4	39.4	0.9	0.909	148.9	2	270	5.2	8.9	0.4	D31	22	0.713	4.4	1.5
ter2	apal	919	4.1	38.8	0.8	0.951	-261.8	2	191	2.6	11.0	0	D30	17	0.549	3.5	0.6
ter3
totale	58	113,377	7.3	26.5	0.8	0.989	120.9	3	51,594	12.8	8.9	0.4	D28	31.3	0.975	3.0	1.8

Intergen51. Comparaison des diagrammes CDS-CDS positifs c / x. Note

• Les taux

  + %t30. Dans la compilation totale j'ai 26.5 et 8.9 pour c+ et x+, avec un rapport t30c/x de 3.0 et un coefficient de corrélation t30/t30 de 0.495.

  • %t30c: La plage moyenne regroupe 43 éléments avec des taux de 27.5±7.5. Les extrêmes sont au nombre de 15 allant de 36 à 56% (9) et de 12 à 18% (6). Les clades alpha (sans pub), gamma et clostridia sont homogènes, d'après le tableau en bas de la note, avec des rapports m/e supérieurs à 7 alors que celui de la totale est de 3.5 et que les bacilli le sont beaucoup moins (m/e de 3.5 et 4.4 en retirant ppmp).
  • %t30x: La plage moyenne regroupe 41 éléments avec des taux de 9.0±6.0. Les extrêmes sont au nombre de 17 allant de 19 à 30% (9) et de 0.5 à 2.9% (8). Les clades alpha- (sans rtb rpl et rpm) et gamma sont relativement homogènes, d'après le tableau en bas de la note, avec des rapports m/e supérieurs à 3 alors que celui de la totale est de 1.3, des bacilli 1.6 et des clostridia 1.3. Les alpha- se distinguent des gamma par une moyenne très élevée, 17% contre 5%. Et les clostridia réunissent les taux les plus bas (5 sur 8) alors que les bacilli en ont un peu moins (4 sur 8).
  • Importance des %t30: explique les colonnes R2 41, flexa, fcp, classe, corelaxc et les colonnes courbe et courb4 du chapitre sur le classement des discontinus, x+. Prendre un exemple de bacilli ou  clostridia x+ à comparer avec les c+ de fcp2, pmq lam cbc cbei tous fcp 4. Diviser un diagramme c+ ou x+ en t30, 41-200 au point d’inflexion qui contiendrait des séquences de contrôle cis et la queue après le point d'inflexion. Cette queue de grands intercalaires serait sans intérêt et augmenterait la corrélation corelaxc aussi j'ai réduit cette corrélation à la plage 41-200.

    + Cependant %t30x+ ne peut pas être utilisé pour le classement. Ainsi bsu et oan2 présentent le même taux mais la pente t30 de bsu est positive alors que celle de oan2 est négative. De même j'ai pu comparer ban psor lmo à eco eal et cvi.

    + Le dôme: je l'ai introduit pour justement différencier les pentes négatives des positives des %t30x+. Je l'ai caractérisé par son abscisse, adom, et son taux, %dom, qui est la somme des ordonnées de ses 2 abscisses proches l'une de l'autre. Et pour relativiser le dôme j'y ai adjoint son équivalant, à la colonne %t20, qui ne retient du %t30 que les 2 1ères abscisses.

    + Le %t20: c'est pour éviter le minimum local du %t30 ou sa pente positive comme dans le cas de bsu. En fait il fallait que je caractérise les diagrammes qui sont sans minimum local et sans dôme. C'est le cas de agrl ksk sma qui se sont révélés des chromosomes linéaires présentant cette caractéristique. Le %t20 va aussi caractériser les diagrammes à forte courbure du sommet du polynôme de d°3 et ne présentant ni minimum local ni dôme, comme npu apal sma blo dans cD24.

  + %reste. Dans la compilation totale j'ai 7.3 et 12.8 pour c+ et x+, avec un rapport restx/c de 1.8 et un coefficient de corrélation r/r de 0.967.

  + %0. Dans la compilation totale j'ai 0.8 et 0.4 pour c+ et x+, avec un coefficient de corrélation 0/0 de 0.674.

• Comparaison entre éléments d'un génome: le chromosome et son plasmide, entre 2 chromosomes circulaires et 1 circulaire l'autre linéaire (agrc agrl).

  + abq abs, sont tout les 2 des Azospirillum, les 4 éléments se ressemblent beaucoup. En plus la différence entre plasmide et chromosome se retrouve entre les 2 génomes. Ce qui fait que les chromosomes sont semblables entre eux, et de même pour les plasmides.

  + rpl rtb, sont tout les 2 des Rickettsia (typhus group). Les 2 génomes se comportent de la même façon.

  + oan1 oan2, sont 2 chromosomes circulaires mais de tailles différentes, resp. 1517..914 en c+ et 771..460 en x+. Dans les rapports ils sont semblables, %x+ %t30c/x %restx/c et la classe, sauf pour la corrélation 41-200 qui diffère nettement, 0.310 contre 0.190. Les 2 chromosomes diffèrent dans les taux, si oan1 est plus grand en taille il a plus de %reste et moins de %t30. Ils diffèrent aussi dans leurs courbes dans l'image alpha1 des discontinus, oan1 présentant un max à l'abscisse 60 tandis que oan2 le présente en 110. Du coup le point d'inflexion et le fcp sont très différents.

  + agrc agrl, agrc est un chromosome circulaire alors que agrl est linéaire. La courbe de agrc x+ est semblable à celle de oan1 x+ qui se trouve aussi dans l'image alpha1. C'est la même classe B1 avec un coefficient de x3 négatif, l'ordonnée de l'abscisse 10 est au même niveau que celle du dôme (abscisse 50 et 60 respectivement) et le minimum local est à l'abscisse 30 et 40 respectivement. C'est la définition même de la classe B1. Par contre agrl ressemble beaucoup à sma npu, avec un coefficient de x3 positif et l'absence du minmum local et du dôme aux abscisses supérieures à 40. Le chromosome de sma est linéaire et celui de npu circulaire. La classe de agrl est D33 quasiment identique à celle de ksk qui a un chromosome linéaire aussi. Ils ont les mêmes caractéristiques dans le tableau des classes et notamment un x=0 de 42 et 39 pour ksk. C'est avec les courbes c+ que agrl se distingue de sma npu ksk avec un fcp de 3 pour agrl contre respectivement 1 0 0 pour les 3 autres. En conclusion agrl se comporte bien comme un chromosome linéaire comme sont ksk et sma.

  + mfe mba, sont 2 Methanosarcina se ressemblent beaucoup dans le tableau mais diffèrent nettement dans les rapports (corrélation, t30c/x), par la taille (20% de plus pour c+ et x+) et les taux (%reste %t30). Ils sont de même classe (D19 D18) et les colonnes %x+ fcp restx/c sont presque identiques.

  + ppm ppmp: Une séquence de 31 aas comme ppm et la courbe, malgré un total représenté (diagr) de 82 intercalaires ressemble beaucoup à celle de ppm (voir l'image des bacilli).

  + cdc cdc8, sont identiques dans le tableau. Ce sont seulement 2 souches différentes du même génome, Clostridioides difficile CD196 et M68.

  + eal eco ecoN, ce sont 3 escherichia, 2 coli, eco ecoN, et une albertii, eal. Ils diffèrent par les tailles c+ avec eco = eal, ecoN+30%, et les tailles x+ avec eal eco+10% ecoN+30%. Ils ont en commun le rapport %x+ et la classe C1. Sinon tout le reste diffère entre eux.

  + vpb vha, ce sont 2 vibrio qui diffèrent par les tailles. Chacun a 2 chromosomes circulaires. Cependant les 2 génomes sont analogues si on ne tient compte que des taux et des rapports. Par contre dans chaque génome les 2 chromosomes se comportent différemment; ainsi flexa %t30x+ %x+ t30c/x diffèrent nettement, tout le reste étant semblable par ailleurs, notamment la classe qui est C2. Le comportement de 2 chromosomes de même taille est identique, il y a un parallélisme en fonction de la taille. Je penses que les 2 génomes sont semblables.

  + abra apal: ce sont 2 génomes différents en phylogénie, respectivement, Acholeplasmataceae Paracholeplasma brassicae et Acholeplasmataceae Alteracholeplasma palmae. Ils diffèrent en taille x+ de plus de 41%, respectivement 270 et 191 pbs. Si les caractéristiques c+ du tableau sont semblables le diagramme de abra x+ présente un dôme à l'abscisse 50 que apal x+ ne possède pas. J'ai donné la classe D31 à abra x+, parce que sa courbure est très forte, -3.934, comparée à celles de ban (-1.565) et psor (-0.901) qui ont un dôme semblable à abra x+. Les caractéristiques x+ du tableau diffèrent nettement entre les 2 génomes pour %x+ %restex t30c/x et moins pour %t30x et corelaxc. Ils ont en commun la classe D3 (D31 D30) avec un x=0 de 37 et 30 respectivement. Les 2 génomes ont conservé une séquence de 11 gènes tRNA (aas) que j'ai notée dans les intercalaires extra bloc.

• Les diagrammes

  - Le point d'inflexion à 200 pbs pour les courbes 41-400 des continus. Il permet d'introduire le coefficient de corrélation, dans la zone 41-200, entre c+ et x+. Dans la colonne flexa, 34 génomes ont l'abscisse du point d'inflexion contre entre 130 et 230, 8 génomes entre 250 et 390 et les 16 restants sont en dehors de la plage 130-400.

  - Le R2 41 permet de montrer l'homogénéité des courbes c+ par rapport à celles des x+. Seulement 3 génomes ont un R2 41 inférieur à 0.800, ppmp avec la plus petite taille c+ de l'étude (438 pbs), mba qui, malgré une grande taille (2379 pbs), est désavantagé par un %reste le plus élevé de 30%, enfin reste vpb2 qui a aussi une petite taille de 828 pbs juste après rpl et pub.

  - le fcp qui fait ressortir certaines courbes c+ sans le t30: les fcp 0 sont  ksk npu ppmp. Les fcp 1 sont  sma rpl rtb aua. Il y a 9 fcp-1, 19 fcp2, 17 fcp3, 5 fcp4 et 1 fcp5. Total 58 génomes. Voici 16 diagrammes, c+ x+ du même génome, avec leurs corrélations cx, corelaxc:   fcp1  fcp2.

• Les rapports qui permettent de mettre en valeur les classes.

  - t30c/x

  • + pour un rapport plus grand que 7.2 il y a 11 éléments dont 6 D1, 3 C2, 1 D2 (afn), 1 C1 (ecoN C17).
  • + pour un rapport plus petit que 2.5 il y a 21 éléments dont 14 sont de classe A et B, 4 de classe D et 3 de classe C.
  • + entre ces 2 limites il y a 26 éléments sans classes A et B. Avec 9 C1, 5 C2, 4 D1 et 8 D2.

  - restx/c: ce rapport n'est pas pertinent et le taux des restes, %reste est caractéristique de quelques génomes seulement comme rtb et mba. Voir l'étude de ces taux au début de la note.

  - %x+: le rapport de la compilation totale est égal à 31.3% avec un coefficient de corrélation t/t de 0.868. Les clades se distinguent par leurs moyennes nettement différentes les unes des autres dans le tableau en bas de la note, avec des rapports m/e supérieurs à 10 alors que celui de la totale est de 5 (clostridia+, les 8 plus afn (un négtivicutes) et apal abra qui se comportent comme les clostridia par ailleurs; bacilli, sans ppmp qui abaisse fortement m/e, 27.4 4.0 6.9, parce que ses effectifs sont les plus petits, total 545 contre 691 pour rtb),

  - La classe: tirée du classement des diagrammes des discontinus x+

  - corelaxc: J'ai présenté 3 diagrammes chacun représentant les 2 courbes de tendances c+ x+ du même génome. Le diagramme de pmq a une corrélation négative maximale de -0.836, celui de ase une corrélation positive maximale de 0.918 et celui de agrc de corrélation nulle, 0.034.

  • + Analyse de la corrélation positive: diagramme de la totale avec une corrélation proche de l'unité, formation de la discontinuité sans modification de la séquence d'ADN.
  • + Analyse de la corrélation négative: modification de la séquence d'ADN lors de la création de la discontinuité
  • + Intérêt de la colonne corelaxc: permet d'avoir une idée des modifications de l'ADN lors de la formation de la discontinuité sans passer à la visualisation des diagrammes.

%x+		m	e	m/e	gen		%t30c		m	e	m/e	gen		%t30x		m	e	m/e	gen
actino		38.1	3.9	9.7	4		actino		18.7	4.7	4.0	4		actino		10.0	2.0	5.2	4
alpha		32.6	3.4	9.5	14		alpha		26.3	3.4	7.6	13		alpha		14.0	7.3	1.9	14
archeo		31.7	3.1	10.1	4		archeo		22.7	11.6	2.0	4		archeo		8.7	9.0	1.0	4
bacilli		28.6	2.6	10.9	7		bacilli		29.0	6.6	4.4	7		bacilli		6.0	3.7	1.6	8
clostridia	21.5	1.5	14.3	8		clostridia	27.8	3.8	7.3	8		clostridia	3.7	2.9	1.3	8
gamma		34.8	3.2	10.9	9		gamma		28.7	3.8	7.6	9		gamma		5.2	1.7	3.0	9
clostri+	21.0	1.8	11.4	11		bacilli+	27.2	7.9	3.5	8		alpha-		16.9	5.3	3.2	11
total		30.3	6.2	4.9	58		total		28.2	8.1	3.5	58		total		9.3	7.1	1.3	58

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus.

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40

• Diagrammes fc40:  alpha1  alpha2  bacilli  gamma  spl bde  clostridia  actino archeo  afn cyano tenericutes bacteroide spiro  
• Diagrammes fc40 par clade: archeo  alpha  clostridia  bacilli  actino  gamma 
• Pense bête

  - Le diagramme en V: sur 58 étudiés, 14 non, 3 faibles et 41 forts.

  • alpha 14   5472 0.973 6-7 fort.

    + forts rpm 0.787 rru 0.876; 6-7 574 631; sup 0.817 oan1 oan2 agrc agrl, 6-7 sauf agrc 8, 463 361 440 374

    + faibles abs et p 0.726 0.450, 6, 466 271

    + non abq 193 et p 291, rtb 131 rpl 129 aua 149 pub 367 (0.977)

  • gamma 9 bacilli 8 clostridia 8; tous forts,   5728 0.908 6   6587 0.921 7   5583 0.916 8 .
  • actno 4,   2956 0.783 7 faible

    + forts ase 6 0.793 1166

    + non sma 0.761 862 ksk 0.620 687 blo 0.628 241

  • archeo 4,   1650 0.758 7 faible .

    + forts 6 mfi mja 0.749 368, 0.595 474

    + faible mfe 7 0.772 1166

    + non mba 0.581 428

  • reste, 11.

    + forts bde 6 sup 0.871 813 875 838

    + forts afn scc 6 sup 0.820 581 388

    + forts tener abar apal 6-7 sup 0.895 420 391

    + non bacteroide fps myr sup 0.917 561 899

    + non cyano npu pmg 0.555 607, 0.764 450

  - Le V n'existe pas chez les discontinus même quand il y a un effectif élevé dans la plage 1-40, et la plupart des cas, ces effectifs sont très faibles pour faire un diagramme.

• Lien au tableur: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40.
• Légende

  - maxp, 1-8-11 et de façon symbolique, a b x, abscisses 1 et 11 des maxima, 8 du minimum, choisis pour le calcul des pentes. J'ai essayé de coller le plus à la courbe de tendance des diagrammes publiés en admettant que les vrais extrêmes sont sujets aussi à des fluctuations comme tous les autres relevés. Dans l'exemple de cbn 1-8-11, je n'ai pas pris l'abscisse 12 qui a le vrai maximum. Pour

  - Pourcentage, 6 x 18 42 162 t162: En suivant les symboles de maxp, somme des pourcentages (ordonnées) de 1 à b, de b+1 à x-1, de x à 18, de 19 à 42 et de 43 à 162. t162 étant le total de ces sommes.

  - Pentes, p6 x 18 42 162: ce sont les pentes de a-b, b-x, x-18, 18-42 (sauf agrc avec 18-43), 42-162. Le calcul de p6 suis le maxp. Pour p162 il y a beaucoup de pentes nulles car la pente est calculée entre 2 points qui peuvent être égaux. Les pentes p42 et p162 sont multipliées par -1000.

  - Maxima, mx6 18 42 162: ce sont les vrais maxima de 1-b b-18 19-42 43-162. A comparer avec les symboles a et x où ce dernier se trouve dans b-18.

  - Minima: mn6.

  - La profondeur du V: Les diagrammes fc40 se présentent comme un zigzag commençant par un V, \/\. Pour caractériser numériquement l'importance de ce zigzag j'ai additionné les 2 pentes du V, en valeur absolue, colonne px-p6.

  - Classement: C'est la colonne Form, je l'ai construite sur l'ordre croissant de la colonne px. Puis j’ai caractérisé les diagrammes par leurs formes, S pour symétrique, D pour dissymétrique et X pour anomalie des ordonnées des fréquences de 1 à 6 qui peuvent dépasser les mx12. Les sous-divisions permettent de repérer facilement les pentes px. Les X2, associés à la pente p18 qui m'a permis de distinguer entre symétrie et dissymétrie, présentent un désordre (aua) ou un diagramme plat, npu sma ksk. Les X1 présentent surtout un excès des fréquences 6 et retrouvent la forme des diagrammes S ou D, sans cette fréquence. Diagrammes des X en pour 1000, ‰, du total des intercalaires positifs continus.

int51.40 Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc40.

clade	gen	c+	maxp	6	x	18	42	162	t162	p6	px	p18	p42	p162	mx6	mn6	mx12	mx18	mx162	px-p6	Form	gen
clo7	hmo	1,867	2-8-13	85	29	58	119	392	684	-2.8	1.821	-0.6	290	4.5	20.4	3.7	12.9	10.2	8.0	4.59	D10	hmo
arc2	mfe	2,011	1-7-10	61	7	44	86	265	463	-2.1	1.823	-0.4	-21	20.5	14.4	1.5	7.5	6.0	6.0	3.90	D11	mfe
bac6	pmq	4,540	1-9-12	61	10	57	136	355	619	-1.2	2.06	-0.1	174	7.3	11.5	2.2	9.9	9.9	5.3	3.21	D12	pmq
arc1	mba	2,379	2-7-10	52	5	52	77	224	410	-2.3	2.10	-0.3	105	3.5	13.0	1.7	8.0	6.3	5.0	4.37	D13	mba
clo4	cdc	2,589	1-6-11	68	26	103	158	294	647	-3.6	2.2	-0.3	306	22.5	21.2	2.3	17.4	9.7	5.8	5.79	D14	cdc
clo5	cdc8	2,727	1-6-11	65	24	107	164	297	657	-3.0	2.3	-0.4	290	24.4	19.4	2.6	16.9	10.3	5.5	5.28	D15	cdc8
clo1	cbc	2,572	1-7-11	60	17	95	131	292	596	-3.4	2.43	0.1	340	16.2	21.4	1.2	17.1	9.3	5.1	5.80	D16	cbc
clo3	cbn	1,775	1-8-11	81	16	100	159	376	732	-2.3	2.44	-0.2	423	-32.9	20.8	5.1	18.0	11.3	7.3	4.69	D17	cbn
clo2	cbei	4,010	1-7-11	48	14	80	102	294	539	-2.0	2.5	-0.4	239	4.2	13.7	2.0	12.7	8.0	5.0	4.45	D18	cbei
bac8	ppmp	438	2-7-13	34	11	50	112	379	587	-1.4	2.7	-1.4	190	0	9.1	0	16.0	13.7	9.1	4.03	D19	ppmp
clo8	psor	2,350	2-6-11	64	31	126	141	352	714	-5.2	3.5	-0.5	514	3.5	22.1	1.3	19.6	11.1	5.1	8.70	D20	psor
ter2	apal	919	1-6-10	123	27	164	111	369	794	-8.3	4.08	-0.2	725	9.1	45.7	4.4	25.0	14.1	8.7	12.35	D21	apal
clo6	cle	2,900	1-7-11	69	27	115	146	336	692	-2.8	4.14	-1.3	287	5.7	19.3	2.4	22.1	11.7	5.2	6.95	D22	cle
bac1	ban	3,289	1-8-12	62	18	101	126	389	696	-1.3	4.3	-1.2	355	15.2	12.2	2.8	19.2	9.7	6.4	5.60	D23	ban
bac2	bsu	2,512	1-8-12	78	27	125	147	440	817	-1.9	4.7	-0.7	630	-16.6	16.3	2.1	21.5	11.5	8.0	6.61	D24	bsu
bac5	lmo	1,849	2-7-12	84	29	147	144	383	787	-3.8	5.1	-0.8	901	4.5	21.6	2.7	28.1	16.2	6.5	8.87	D25	lmo
spi1	scc	1,000	1-6-9	105	19	141	134	358	757	-5.4	5.3	-0.6	417	33.3	31.0	4.0	20.0	12.0	8.0	10.73	D26	scc
bac7	ppm	3,176	1-8-12	62	13	57	134	376	642	-1.5	6.0	-0.5	144	7.9	14.5	3.8	9.8	8.2	6.0	7.51	D27	ppm
bac4	lbu	1,098	2-7-9	95	4	128	134	387	748	-6.0	6.38	-0.6	152	30.4	32.8	2.7	15.5	15.5	7.3	12.39	D28	lbu
bac3	lam	1,248	2-7-9	112	13	148	109	411	793	-5.0	6.41	-0.8	300	26.7	30.4	5.6	18.4	9.6	10.4	11.38	D29	lam
arc3	mfi	1,545	2-6-11	65	30	62	87	406	650	-2.9	1.3	-0.5	189	21.6	16.2	4.5	11.7	7.8	8.4	4.21	S10	mfi
alp3	rpm	1,847	2-6-12	81	44	73	120	306	624	-3.8	1.9	-1.5	152	9.0	19.5	4.3	15.7	9.2	5.4	5.68	S11	rpm
al3	abs	1,570	2-6-13	66	61	48	129	441	745	-1.4	2.2	-1.4	-27	5.3	15.3	5.7	14.6	8.3	10.2	3.66	S12	abs
act1	ase	3,854	1-6-9	72	17	91	133	401	714	-1.7	2.3	-1.6	-86	25.9	15.6	7.0	17.4	9.1	6.7	4.05	S13	ase
alp4	rru	2,136	2-7-11	90	24	78	112	432	736	-2.0	2.7	-1.7	-39	31.5	20.1	5.1	15.9	7.5	7.5	4.66	S14	rru
al6	agrl	1,040	1-6-12	102	57	93	114	386	752	-3.3	2.9	-0.6	521	8.1	24.0	7.7	19.2	10.6	9.6	6.15	S15	agrl
ter1	abra	980	1-7-11	168	44	115	107	377	811	-9.2	3.1	-0.8	340	8.5	59.2	4.1	33.7	14.3	9.2	12.24	S16	abra
bde2	ade	2,335	2-5-9	84	37	134	126	424	806	-6.3	3.426	-1.5	196	3.6	27.0	8.1	21.8	8.6	9.4	9.71	S17	ade
ga6	vha1	1,945	2-6-9	83	15	115	104	369	687	-3.7	3.428	-0.5	343	12.9	20.6	5.7	16.5	7.7	16.5	7.16	S18	vha1
bde1	cvi	2,412	1-6-10	88	30	109	118	440	785	-3.7	3.8	-1.7	155	13.9	24.0	5.4	20.7	7.5	8.3	7.57	S21	cvi
ga1	amed	2,382	2-6-9	58	12	86	101	453	709	-3.7	3.9	-0.8	122	35.0	17.2	2.5	14.3	6.7	7.1	7.59	S22	amed
al8	oan1	1,517	2-7-10	108	22	90	93	372	686	-4.6	3.96	-1.3	220	11.0	29.7	6.6	18.5	7.3	6.6	8.57	S23	oan1
ga5	spl	2,482	2-6-10	72	29	81	98	357	637	-4.0	4.03	-0.7	235	10.1	21.4	5.2	14.1	8.5	5.6	8.06	S24	spl
al5	agrc	1,466	1-8-11	98	20	83	104	427	732	-1.9	4.32	-2.0	-191	11.4	21.8	4.1	19.1	8.9	7.5	6.27	S25	agrc
al2	abqp	921	1-9-11	83	7	84	153	419	745	-0.5	4.34	-0.6	181	18.1	10.9	6.5	16.3	11.9	8.7	4.89	S26	abqp
ga2	eal	2,286	2-6-9	81	16	144	122	365	728	-2.6	4.7	-1.6	18	25.5	21.9	6.6	24.1	9.6	6.6	7.29	S27	eal
al9	oan2	914	1-6-10	112	38	118	135	374	777	-4.8	4.9	-2.5	91	0	28.4	4.4	28.4	10.9	9.8	9.74	S28	oan2
ga4	ecoN	2,822	2-6-9	82	14	151	126	378	752	-3.9	5.8	-1.3	369	17.7	21.6	6.0	23.4	9.6	6.4	9.69	S31	ecoN
neg1	afn	1,385	1-7-12	100	51	139	136	326	751	-4.0	5.9	-2.5	572	12.0	27.4	3.6	33.2	14.4	6.5	9.89	S32	afn
ga3	eco	2,204	2-6-9	87	18	155	121	376	756	-4.3	6.5	-1.9	227	22.7	23.1	5.9	26.3	10.4	8.2	10.81	S33	eco
ga8	vpb1	1,757	2-6-9	88	20	129	124	351	712	-5.3	6.8	-1.7	356	-9.5	25.6	4.6	25.0	11.4	7.4	12.09	S34	vpb1
arc4	mja	1,069	2-6-9	93	19	170	176	379	836	-5.6	8.7	-1.4	312	46.8	29.9	3.7	29.9	16.8	10.3	14.34	S35	mja
bde3	ant	1,700	1-7-10	175	79	150	96	371	871	-9.3	10.0	-1.7	368	19.6	64.1	8.2	51.8	9.4	7.6	19.31	S36	ant
ga7	vha2	1,075	1-7-9	62	10	120	81	387	660	-1.9	11.6	-2.2	78	0	13.0	1.9	25.1	9.3	15.8	13.49	S37	vha2
ga9	vpb2	828	1-7-9	74	10	130	103	333	650	-2.8	15.1	-2.7	403	0	21.7	4.8	35.0	8.5	7.2	17.91	S38	vpb2
bct1	myr	2,273	2-7-11	156	35	93	116	356	756	-4.8	2.0	-1.4	293	-3.7	34.3	10.1	20.2	9.2	7.9	6.82	x11	myr
act2	blo	1,045	2-7-10	59	13	71	93	449	685	-2.1	2.2	-0.7	40	0	14.4	3.8	13.4	8.6	10.5	4.34	x12	blo
bct2	fps	1,628	1-8-10	168	11	76	98	389	741	-3.9	4.6	-1.8	26	-5.1	36.9	9.8	19.0	10.4	7.4	8.47	x13	fps
al4	absp	873	2-6-13	61	54	65	139	419	738	-1.7	6.3	-0.5	334	9.5	18.3	3.4	17.2	10.3	10.3	8.02	x14	absp
cya2	pmg	948	2-7-9	155	12	146	170	382	864	-3.4	8.4	-1.9	264	35.2	28.5	11.6	28.5	13.7	9.5	11.81	x15	pmg
alp1	pub	601	2-6-8	351	20	125	126	243	865	-17.9	-0.4	-1.2	208	27.7	94.8	23.3	21.6	8.3	13.3	17.47	x21	pub
al1	abq	1,565	3-8-12	35	9	24	66	445	578	-0.5	0.3	-0.3	-53	-16.0	7.0	2.6	7.0	6.4	8.9	0.87	x22	abq
cya1	npu	3,999	2-9-14	43	16	18	83	380	540	-0.4	0.6	-0.4	-42	8.3	6.3	3.0	5.8	5.0	6.5	0.98	x23	npu
act4	sma	3,894	2-7-10	62	14	55	98	396	625	-1.1	1.2	-0.7	32	-10.7	12.1	5.6	9.2	6.9	5.6	2.33	x24	sma
alp5	rtb	505	2-7-12	95	42	51	71	339	598	-2.0	1.3	-0.4	248	0	25.7	5.9	9.9	7.9	11.9	3.30	x25	rtb
act3	ksk	3,995	2-8-10	51	5	36	93	450	634	-1.2	1.4	-0.5	-136	14.6	10.0	3.0	6.8	7.5	6.8	2.54	x26	ksk
alp2	rpl	527	2-7-12	93	34	47	74	366	615	-2.7	1.5	-0.9	237	-31.6	20.9	5.7	13.3	11.4	11.4	4.17	x27	rpl
al7	aua	1,803	3-7-9	19	2	21	48	420	509	-0.8	1.9	-0.4	-46	18.5	6.1	1.7	5.5	6.1	7.2	2.77	x28	aua
act5
alp6
arc5
bac9
bct3
bde4
clo9
cya3
gam
neg2
ter3
clade	gen	c+	maxp	6	x	18	42	162	t162	p6	px	p18	p42	P162	mx6	mn6	mx12	mx18	mx162	px-p6	Form	gen
m				79.4	22.1	97.8	116	373	697	-3.1	3.5	-1.1	255	14.7	20.8	4.3	18.6	9.8	8.0	7.2
e				26.0	9.6	32.9	23.7	50.7	96.9	1.3	1.6	0.5	90.8	6.7	6.7	1.8	6.8	2.6	2.5	3.1
m/e				3.1	2.3	3.0	4.9	7.4	7.2	-2.4	2.2	-2.2	2.8	2.2	3.1	2.4	2.7	3.8	3.2	2.3

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200

• Lien au tableur: Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200. Contient les équations des courbes de tendance en polynôme de d° 3.
• Légende: Tous les diagrammes, ici, ont leurs ordonnées en pour 1000, ‰, par rapport au total du génome en intercalaires positifs continus et les abscisses en fréquence unitaire, freq1.

  - Minima: xm ym, abscisse et ordonnée du point le plus bas avant le rebond dans le diagramme CDS-CDS aux fréquences par 10, freq10. Ce rebond se fait en général à l'abscisse 50 mais chez certains génomes, il peut commencer avant comme illustré dans la colonne fcp du tableau de comparaison c/x. Les diagrammes de ces génomes sont représentés ici dans les images fcp1  fcp2.

  - maxima: soma somo, le sommet de la courbe de rebond de tendance (freq1) s'il existe ( - pour son absence en jaune)

  - Calculs du dépassement des minima: yc yc- sup. L'abscisse xm de la courbe de tendance a une ordonnée yc. La somme des différences entre yc et les ordonnées des fréquences qui suivent jusqu'au point d'inflexion constitue yc-. Dans le tableur calc la colonne yc- est copiée sans sa formule et la recherche des signes - permet de supprimer les différences négatives. C'est la colonne sup dont la somme est reportée ici pour chaque génome. Dans le cas où le point d'inflexion n'existe pas, la colonne yc- est étendue jusqu'à sa limite de 200 (cellules en rouge).

  - Tangente au point d'inflexion: flexa flexo a' b', abscisse et ordonnée du point d'inflexion, a' b' coefficients de la tangente f(x)=a'x+b' (a' est multiplié par -1000).

  - pourcentage des régions de la courbe: %1 %flex %200 %rest, respectivement, sommation des pourcentages de la fréquence 1 à xm, de xm à flexa, de flexa à 200, et le reste pour atteindre 100%. La colonne teffect indique le total des intercalaires positifs continus du génome.

  - sup/flex: C'est le taux dépassement sup par rapport au cumul des pourcentages de xm à flexa, %flexa.

  - Les moyennes du bas du tableau: m e m/e exclus gen-m, moyenne ecarttype rapport m/e, les exclus de la moyenne et gen-m nombre de génomes pour la moyenne. Les exclus:

  •   t 0 <0 pour aucun exclu du total, les nuls, les négatifs
  •   <0*, <0 rpl pub.   <0**, <0 rtb rpl.   <0***, <0 rpl pub npu.
  •   -*, moyenne sur 193-425.   -** moyenne sur 828-3289.   -*** moyenne sur 7.2-48.6.

int51.200 Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus fc200, en abscisses unitaires freq1.

clade	gen	xm	ym	soma	somo	yc	yc-	sup	a’	b’	flexa	flexo	%1	%flex	%200	%rest	teffect	sup/flex	classe	gen
act1	ase	24	3.4	17	5.4	5.4	-54	16	35	6.9	98	3.5	211	347	218	224	3854	4.7	A3	ase
act2	blo	40	0	79	4.1	3.6	11	109.2	22	6.5	157	3.0	231	438	118	213	1045	24.9	F8	blo
act3	ksk	21	1.8	71	4.3	3.3	76	102	22	6.3	138	3.3	98	466	169	267	3995	22.0	F6	ksk
act4	sma	44	2.1	89	3.5	3.1	-17	54	41	10	307	-2.5	234	467	0	298	3894	11.5	D1	sma
act5
al1	abq	36	0.6	86	4.2	2.5	135	160	30	7.4	140	3.1	121	393	146	340	1565	40.7	G3	abq
al2	abqp	46	1.1	-	-	4.2	-169	68	12	4.8	69	3.9	337	101	383	179	921	66.9	E2	abqp
al3	abs	44	1.9	81	4.1	3.5	36	88	24	6.6	143	3.1	309	374	151	166	1570	23.5	F1	abs
al4	absp	46	2.3	-	-	4.6	-231	56	3	3.7	114	3.4	331	259	227	183	873	21.7	D3	absp
al5	agrc	45	0.7	94	4.2	2.1	152	161	30	7.5	142	3.2	314	357	148	180	1466	45.0	G4	agrc
al6	agrl	39	0	63	4.0	3.6	-6	71	32	6.6	120	2.8	360	293	163	184	1040	24.2	E4	agrl
al7	aua	38	0.6	86	4.1	2.3	128	143	32	7.4	140	3.0	80	363	139	418	1803	39.4	G2	aua
al8	oan1	39	0.7	79	3.6	2.7	51	81	22	5.7	131	2.8	303	307	158	233	1517	26.5	E8	oan1
al9	oan2	43	1.1	80	3.9	2.7	62	108.9	35	7.3	132	2.6	403	303	126	168	914	35.9	F7	oan2
alp1	pub	46	1.7	-525	44	4.2	-422	25	95	5.8	-176	22	651	233	0	116	601	10.9	B1	pub
alp2	rpl	46	0	119	3.6	1.4	212	268	156	43	526	-39	252	433	0	315	527	61.9	G7	rpl
alp3	rpm	47	1.1	79	2.9	2.5	20	49	18	4.7	131	2.3	328	232	130	310	1847	21.3	C8	rpm
alp4	rru	35	1.9	51	4.3	4.2	-36	39	23	6.1	131	3.1	274	375	170	181	2136	10.5	C3	rru
alp5	rtb	46	2.0	129	3.4	1.7	169	223	-36	0.01	22	0.8	261	428	0	311	505	52.0	G6	rtb
alp6
arc1	mba	47	2.1	-	-	2.5	-105	21	4	2.6	94	2.3	193	106	173	528	2379	20.1	A6	mba
arc2	mfe	46	2.0	-	-	2.5	-60	45	3	2.6	79	2.3	205	84	237	474	2011	53.7	C7	mfe
arc3	mfi	40	1.3	78	3.9	3.1	48	86	28	6.6	134	2.9	237	341	144	278	1545	25.3	E9	mfi
arc4	mja	35	0.9	50	4.0	3.9	-42	60	28	6.2	129	2.5	425	332	123	120	1069	17.9	D5	mja
arc5
bac1	ban	46	1.2	91	3.7	2.5	87	101.0	29	6.9	152	2.6	317	353	92	238	3289	28.6	F4	ban
bac2	bsu	47	1.2	81	4.4	3.5	36	75	37	8.1	139	2.9	395	359	126	121	2512	21.0	E6	bsu
bac3	lam	43	0.8	75	4.6	3.4	59	92	50	9.2	126	2.9	382	345	123	149	1248	26.7	F2	lam
bac4	lbu	37	1.8	-	-	3.7	-139	61	6	3.9	70	3.5	338	126	348	189	1098	48.6	D6	lbu
bac5	lmo	42	1.6	90	3.9	1.8	155	162	36	7.7	140	2.7	402	334	112	151	1849	48.4	G5	lmo
bac6	pmq	53	2.6	63	3.4	3.4	-12	15	19	5.0	118	2.7	306	211	184	299	4540	7.2	A2	pmq
bac7	ppm	57	1.9	83	3.3	3.1	9	31	14	4.8	129	2.9	322	235	183	260	3176	13.2	B6	ppm
bac8	ppmp	43	0	79	3.8	2.7	49	110	31	6.8	124	2.9	208	269	189	333	438	40.8	F9	ppmp
bac9
bct1	myr	46	1.8	76	3.9	3.1	26	62.7	39	7.5	128	2.5	409	283	113	196	2273	22.2	D7	myr
bct2	fps	25	1.8	55	4.4	3.8	10	66.4	35	7.0	121	2.8	281	380	137	203	1628	17.5	E1	fps
bct3
bde1	cvi	45	3.7	56	4.9	4.8	-43	35	40	8.0	121	3.2	355	328	164	153	2412	10.8	C1	cvi
bde2	ade	47	3.0	54	4.7	4.6	-40	27	35	7.3	122	3.1	400	314	154	132	2335	8.7	B3	ade
bde3	ant	44	1.2	63	4.4	4.1	-18	50	48	8.3	120	2.6	505	295	102	98	1700	16.9	C9	ant
bde4
clo1	cbc	46	1.6	-	-	2.8	-85	32.3	5	3.0	84	2.6	311	108	236	344	2572	29.8	B8	cbc
clo2	cbei	44	1.2	-	-	3.1	-116	12	4	2.7	136	2.2	247	232	132	390	4010	5.2	A1	cbei
clo3	cbn	42	1.1	-	-	3.7	-126	41.6	9	4.0	80	3.3	355	136	322	187	1775	30.5	C5	cbn
clo4	cdc	45	1.5	61	2.9	2.8	-7	31.6	17	4.3	126	2.2	359	226	121	294	2589	14.0	B7	cdc
clo5	cdc8	45	0.7	57	3.0	2.9	-13	28	16	4.2	127	2.2	365	230	121	284	2727	12.2	B4	cdc8
clo6	cle	45	1.4	-189	4.9	3.4	-41	20	11	4.0	129	2.5	360	251	150	238	2900	7.9	A5	cle
clo7	hmo	47	1.6	61	3.7	3.7	-37	37	21	5.7	152	2.5	307	356	94	243	1867	10.5	C2	hmo
clo8	psor	45	1.3	100	3.3	2.0	112	127	23	6.1	167	2.3	369	360	61	211	2350	35.4	G1	psor
clo9
cya1	npu	34	1.8	69	3.5	3.3	-61	42.1	27	7.0	262	0.04	128	492	0	380	3999	8.6	C6	npu
cya2	pmg	46	2.1	23	5.8	5.5	-62	30	49	8.2	105	3.1	500	267	121	112	948	11.1	B5	pmg
cya3
ga1	amed	45	1.3	83	4.6	3.1	87	101.4	41	8.7	133	3.3	262	366	155	217	2382	27.7	F5	amed
ga2	eal	44	2.2	-57	5.3	4.2	-40	17	22	5.3	103	3.0	366	213	200	221	2286	8.1	A4	eal
ga3	eco	46	0.9	48	4.1	4.1	-31	26	27	6.0	119	2.9	391	274	157	178	2204	9.3	B2	eco
ga4	ecoN	37	1.8	56	4.2	4.0	-13	41	34	6.8	118	2.8	353	313	144	190	2822	13.0	C4	ecoN
ga5	spl	37	2.4	78	3.5	2.7	49	73	23	5.7	138	2.5	263	322	120	294	2482	22.7	E5	spl
ga6	vha1	41	0.5	66	3.3	3.3	-74	63.4	39	10	396	-5.2	314	446	0	240	1945	14.2	D8	vha1
ga7	vha2	41	0.9	67	3.7	3.5	-54	79	28	6.6	172	1.8	269	413	38	280	1075	19.2	E7	vha2
ga8	vpb1	49	2.3	89	3.1	2.8	-10	69	18	5.3	194	1.8	385	397	11	207	1757	17.3	E3	vpb1
ga9	vpb2	47	2.4	-	-	3.8	-188	55	4	3.1	117	2.7	329	219	175	278	828	25.0	D2	vpb2
gam
neg1	afn	41	1.4	49	3.0	3.0	-95	57	-0.12	3.0	40	3.0	421	378	0	201	1385	15.0	D4	afn
neg2
spi1	scc	46	2.0	41	4.1	4.0	-35	34	29	5.9	111	2.7	417	232	160	191	1000	14.7	B9	scc
ter1	abra	39	2.0	64	3.5	3.4	-113	66.2	-50	6.4	-305	-8.8	424	436	0	140	980	15.2	D9	abra
ter2	apal	28	0	63	3.8	3.1	27	93	30	6.4	127	2.6	385	339	127	148	919	27.5	F3	apal
ter3
clade	gen	xm	ym	soma	somo	yc	yc-	sup	a’	b’	flexa	flexo	%1	%flex	%200	%rest	teffect	sup/flex	classe	gen
m		42	1.6	71	4.0	3.3	-14	64	25	6.1	135	2.8	325	308	156	236	1813	22
e		6.5	0.7	21	0.6	0.8	104	38	12	1.8	54	0.4	65	98	66	90	678	11
m/e		6.5	2.4	3.4	6.2	3.9	-0.13	1.7	2.0	3.3	2.5	6.6	5.0	3.1	2.4	2.6	2.7	2.0
exclus		t	0	<0	pub	t	t	rtb rpl	<0*	rtb rpl	<0**	<0***	-*	t	0	t	-**	-***
gen-m		58	53	46	48	58	58	56	53	56	54	51	51	58	50	58	48	52

Intergen51. Classement des courbes CDS-CDS positifs continus.Note

• Introduction: A la différence des diagrammes fc+ et fc41 dont les abscisses sont des lots de 10 fréquences consécutives (freq10), ici ce sont des fréquences unitaires (freq1). Les ordonnées sont en ‰ sauf pour les images des fc40 qui sont en effectifs (effect).
• Les diagrammes fc40: Les diagrammes fc+, en fréquences unitaires, sont apparus dès les 1ères investigations en comparaison des intercalaires négatifs fc- et fx- qui avaient très peu d'effectifs et ne nécessitaient pas de regroupement en lots de 10 fréquences consécutives. Dans les 1ères études j'avais essayé de retrouver des cycles ternaires comme avec les négatifs, mais ce n'était pas systématique. Aussi j'ai gardé ces diagrammes avec des ordonnées en effectifs et des étiquettes modulo 6 (exemple bacilli). Le classement des fc40 est fait dans le tableau correspondant avec des ordonnées en en ‰ et je n'ai représenté en image que la classe X qui est hétéroclite.

• Les diagrammes fc200: Les diagrammes fc+ (freq10) présentent un minimum local autour de l'abscisse 40 suivi d'un rebond puis d'une inflexion aux alentours de l'abscisse 200 (images  fcp1 fcp2). L'objectif de l'étude des diagrammes fc200 est de caractériser ce rebond pour déterminer les pics de fréquence susceptibles d'avoir des rôles de contrôle des CDS adjacents à ces intercalaires, comme les pics identifiés en 1er dans les diagrammes fc40 autour de la fréquence 12 .

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS négatifs

Intergen51. Les fréquences de -1 à -5

• Liens tableau des 51 génomes et le tableau avec des couleurs.
• Notes:

  - Les fréquences 1 2 3 4 5: Les 2 lots continu c- et discontinu x- ont en commun les fréquences 3 4 5, avec la proportion la plus élevée de la fréquence 4 (47% en continu et 29% en discontinu), les fréquences 3 et 5 sont quasiment nuls. Par contre les 2 lots se différencient nettement par les fréquences 1 et 2: la 1 des continus a la 2ème proportion la plus élevée et rivalise avec la fréquence 8 (18% contre 10%) et la fréquence 2 est quasiment nulle avec un effectif de 11 contre 814 attendus par rapport aux discontinus, 85*23512/2456; la 1 des discontinus est nulle, par contre la fréquence 2 rivalise avec la fréquence 8 (3.5% contre 3.6%).

  - Ainsi les 2 processus se comportent de façon inverse pour le taux des 5 1ères fréquences par rapport à leur total: 33% pour les discontinus et 64% pour les continus ce qui explique la forte proportion du reste chez les discontinus, 10.7% contre 1.8%, accentuée par la forte progression des continus par rapport aux discontinus comme je le détaille à la suite. A ce comportement s'ajoute la forte dissymétrie c/x des négatifs, 9.6 contre 2.5 pour la totalité des intercalaires.

Intergen51. La périodicité de 3

• Lien au tableur: les rapports pour t4.
• Liens: tableau des 51 génomes.
• Diagrammes:  t3.3  t4
• Légende du tableau: 2/1 pour effectif de la fréquence 8 modulo 3, sur effectif de celle de 7 modulo 3. x et c pour discontinu et continu

cds-cds. Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds

inter	fx-	‰x-	2/1x-	fc-	‰c-	2/1c-
-1	4	2		4,140	176
-2	85	35		11	0
-3	3	1		12	1
-4	717	292		10,938	465
-5	5	2		19	1
-6	59	24		6	0
-7	41	17		351	15
-8	89	36	2.20	2,362	100	6.73
-9	47	19		7	0
-10	29	12		213	9
-11	94	38	3.24	1,255	53	5.89
-12	39	16		3	0
-13	35	14		242	10
-14	97	39	2.77	788	33	3.26
-15	43	18		6	0
-16	28	11		123	5
-17	68	28	2.43	537	23	4.37
-18	35	14		9	0
-19	29	12		107	5
-20	51	21	1.76	408	17	3.81
-21	17	7		2	0
-22	21	9		61	3
-23	42	17	2.00	264	11	4.33
-24	28	11		5	0
-25	22	9		91	4
-26	43	18	1.95	246	10	2.70
-27	13	5		3	0
-28	21	9		54	2
-29	43	18	2.05	158	7	2.93
-30	17	7		0	0
-31	20	8		48	2
-32	39	16	1.95	125	5	2.60
-33	14	6		0	0
-34	15	6		32	1
-35	31	13	2.07	125	5	3.38
-36	9	4		0	0
-37	8	3		27	1
-38	27	11	3.40	71	3	2.63
-39	15	6		0	0
-40	14	6		21	1
-41	24	10	1.71	58	2	2.76
-42	7	3		0	0
-43	10	4		31	1
-44	14	6	1.40	47	2	1.52
-45	6	2		0	0
-46	15	6		14	1
-47	19	8	1.27	43	2	3.07
-48	12	5		0	0
-49	13	5		23	1
-50	15	6	1.15	55	2	2.39
reste	264	107		420	18
total	2,456	1000		23,544	1000

• Note1: Périodicité de 3

  Découverte de la périodicité: Elle est apparue dès les 1ères études des intercalaires négatifs qui ne tenaient pas compte des compléments. En séparant les discontinus des continus, les effectifs des fréquences continues 6 modulo 3 devenaient nulles à partir de la fréquence 15 sur 50 décomptées. Ce phénomène m'a fait penser immédiatement au code génétique à 3 bases. Ce qui m'a poussé à en faire une étude approfondie.

  Signification de cette périodicité pour les intercalaires continus: un intercalaire négatif entre 2 CDS est une partie commune entre eux. Ce qui fait que pour les intercalaires 6 modulo 3 les 2 CDS ont une séquence d'acides aminés identique. Mais pour les intercalaires 7 et 8 modulo 3 les séquences sont différentes, par décalage, entre les 2 CDS. Une différence de séquence ne pose de problème du point de vue fonctionnel pour 2 protéines, mais l'identité de séquence en pose. C'est ce qui explique l'absence d'intercalaires modulo 3 long. C'est ainsi qu'une longueur de 30 pbs limite correspond à 10 aas qui devrait avoir une fonction spécifique peu fréquente. Reste alors, pourquoi la fréquence 8 modulo 3 est avantagée à celle de 7? (voir les taux dans le petit tableau de fin de note) La 1ère explication est que les fréquences 1 et 4 qui appartiennent à la période 7 modulo 3 et qui représentent 64% des intercalaires continus, servent de barrage pour les intercalaires suivants de cette période. Les fréquences 2 et 5 étant de la période 8 modulo 3 et étant nuls laissent la voie libre aux suivants. Mais le problème n'est que reporté aux fréquences de 1 à 5. Je reprendrais la discussion à la fin de ce chapitre.

  La périodicité de 3 chez les discontinus: Celle des continus était très interessante mais celle des discontinus l'est encore plus, puisqu'un intercalaire négatif discontinu entre 2 CDS étant sur 2 brins différents leurs bases sont complémentaires et donc les 2 séquences d'aas sont totalement différentes. Ce qui est intéressant, c'est pourquoi y a-t-il une périodicité? Cela ne peut être qu'une conséquence de la physique de l'ADN au moment des réparations à l'origine de la création du complément. Les fréquences de 1 à 5 sont analogues aux continus,surtout la fréquence 4: est-ce qu'on peut en déduire que les continus subissent une contrainte physique lors du chevauchement? (Voir le petit tableau pour la périodicité le chapitre des fréquences de 1 à 5).

  Les processus probables à l'origine de la périodicité des continus.

  - Les fréquences de 1 à 5: Elles représentent 64% de tous les négatifs continus. Une explication qui me vient à l'esprit est le départ de la transcription d'une base ou plus à l'arrière du 2ème CDS quand les 2 gènes sont contigus. J'avais retrouvé cette situation quand je lisais les séquences publiées par le NCBI. Ceci expliquerait les fréquences 1 et 4, la 1ère crée un déphasage de la lecture ce qui donne une nouvelle séquence d'aas et la 2ème rajouterait, en plus, le codon d'initiation de la traduction Metf.

  - Les fréquences supérieures à 5: Les longs intercalaires ne peuvent pas être expliqués par le dé calage de lecture. Mon idée c'est qu'ils sont créés lors des réparations qui apparaissent avec les contraintes physiques de l'ADN créées lors des réparations de délétions ou lors des transcriptions et de la réplication. Le processus de réparation provoquerait un état vibratoire plus ou moins fort prologeant celui du 1er CDS. Cela se traduirait par un décalage d'une à 3 bases pour respecter la périodicité des 3 bases du code génétique. La force du prolongement de l'état vibratoire serait nulle pour un décalage de zéro bases, conséquent pour une base et très fort pour 2 bases. Et plus la force serait grande plus sera grand le décalage. Ce qui donnerait la périodicité constatée chez les intercalaires continus, effectifs quasiment nuls pour la période 6 et qui s'annulent rapidement, de faibles effectifs pour la période 7 et enfin de forts effectifs pour la période 8. Cependant la période 7 accompagne la 8 jusqu'à 116 pbs et peut prendre le dessus sur la 8 pour les faibles effectifs. Dans la liste des grands intercalaires négatifs continus (ref), sur les 22 supérieurs à 120 pbs, 9 les plus grands à partir de 729 sont des 6 modulo 3 (sauf 1295) et peuvent s'expliquer par la terminaison de la transcription ou de la traduction, un seul 7 modulo 3 le 310 et 12 sont des 8 modulo 3, le dernier étant 500.

  Les processus probables à l'origine de la périodicité des discontinus.

  - Appariement du recouvrement: étant donné la rareté des discontinus négatifs, 2456/200502 soit 1.2%, cela montre qu'un CDS a un état quantique propre, différent des autres gènes et que 2 CDS puissent difficilement s'apparier ou autrement dit, le brin compléméntaire d'un CDS est rarement un CDS. C'est comme si l'état quantique des intercalaires, en général, étaient moins solides que celui d'un CDS. La formation d'une discontinuité se ferait alors plus facilement dans un intercalaire continu positif. C'est effectivement le cas puisque j'ai recensé 2,456 x- contre 51,366 x+, soit 20 fois plus. Ce rapport est encore décuplé si l'on considère le rapport de la longueur totale des intercalaires positifs à la longueur du génome, rapport qui se situe en général autour de 10%.

  - Formation d'un intercalaire discontinu négatif: Sur le schéma suivant je suppose que le gène de séquence b est sur le brin complément du gène de séquence a.

  a  a  a  a  a=  a=  a=  =  =

  °  °  b°  b°  b  b   b   b  b

  Le signe = pour le brin opposé de b, le signe ° pour le brin oppsé de a; a= et b° sont détruits, les 2 brins opposés glissent l'un par rapport à l'autre et a= b° sont remplacées par une base qui maintient le même aa dans la protéine.

  La proximité de 2 CDS imposant chacun sa force quantique contraint le système de réparation à supprimer l'intercalaire qui est entre eux et qui a une faible force quantique et pour résoudre la nouvelle contrainte il détruit quelques bases des 2 gènes pour faire glisser les 2 brins entre eux, ce qui réduit le chromosome. La réduction totale du chromosome est certainement compenser par un allongement plus loin de certains intercalaires positifs de faible force quantique. Au niveau des 2 gènes impactés, ici, le système de réparation reproduit le morceau de chaque gène à l'identique (en aas) contraint par leurs grandes forces quantiques. L'opération ne réussit pas souvent parce que certains aas n'ont pas beaucoup de codons analogues pour changer d'appariement. D'où la rareté du processus. Cependant la réparation résoud les contraintes et renforce encore plus le chromosome qu'il ne l'est par un seul gène sans recouvrement.

  - Conséquence de ce processus sur le recouvrement:

  + Plus la contrainte créée par les 2 CDS est forte plus long sera le recouvrement.

  + Pour les contraintes faibles la périodicité de 3 des CDS n'apparaît pas encore car le recouvrement est court. La périodicité de 2 prend la place avec 2 4 6 et reflète le processus de la réparation qui procèderait par paires de bases. Ce que j'obtiens c'est 3.5% de 2, 29% de 4 et 2.4% de 6. Un recouvrement de 4 paraît comme un minimum pour la consolidation d'un appariemment à problème, comme aussi pour la majorité des CDS moyens ou à force quantique moyenne. La différence de taux de la fréquence 4 entre continus, 47%, et discontinus, 29%, dénote la différence des processus mis en oeuvre.

  + Pour les contraintes fortes, c'est à dire des CDS à grande force quantique, leur périodicité de 3 apparaît à partir de la fréquence 6. Ici la période 6 n'est pas inhibée par chevauchement comme dans les continus. Au total elle a le même effectif que la période 7 (voir les taux dans le petit tableau de fin de note): 431 contre 388.

  + La période 8, dans les discontinus, fait 50% et la 6 26% et la 24%. Dans le CDS la périodicité de 3 ne se révèle qu'à la traduction qui est sensible à l'état quantique de chaque base du codon. Qu'elle est la force de la 1ère base, de la 2ème et de la 3ème base du codon? Je penses que les 2 processus, chevauchement et recouvrement, ont révélés ces forces par leur périodicité de 3. Chez les discontinus, si on considère la 1ère base du codon comme la période 7 alors la 2ème base correspond à la période 8. Ce qui est conforme au code génétique où les 2 premières bases définissent 1 2 ou 4 aas. Ceci est vrai pour les continus, mais étant donné la complémentarité les 2 dernières bases sont à égalité chez les discontinus.

  La périodicité des intercalaires négatifs et les tRNAs.

  - La périodicité des continus rappelle la genèse des tRNAs avec l’absence totale de ceux dont le codon se termine par t, c'est à dire la 3ème base comme les continus. Est-ce la base t ou bien la position du 3ème rang? Ce dernier cas expliquerait le cas du codon cgc qui est absent remplacé par le codon cgt.

  - La périodicité des discontinus rappelle l’occurrence de tous les aas mais n'explique pas pourquoi la répartition des bases chez les intercalaires est de 1 2 1 pour respectivement la 1ère base la seconde et la 3ème. Si j'applique la même règle que pour les continus pour chaque brin, 0 1 1 pour un brin et 1 1 0 pour le complément et en additionnant j'ai bien 1 2 1.

  - Si la genèse des tRNAs utilise le rRNA 5s comme modèle, comme je le montrerais plus loin avec les intercalaires 5s-CDS analogues aux tRNA-CDS, alors le tRNA se formerait, comme pour les intercalaires continus, sur le 5s et non sur le brin opposé et donc devrait s'en séparé par glissement. Si cette hypothèse était vraie alors le mystère de la genèse chez les eucaryotes des tRNA au codon se terminant par t s'éclaircisserait: ils utiliseraient les 2 rRNA 5s et 5,8s comme modèle et le second produirait les tRNA se terminant par t comme font les intercalaires discontinus x-.

  - Dans le tableau qui suit je montre la grande différence de la périodicité 3, entre intercalaires CDS-CDS et tRNA-CDS. Les données des derniers sont dans les intercalaires rares. Ce sont surtout les R- continus qui sont complètement dissymétriques par aux S- continus. Mais la fréquence -4 est nulle pour les R- alors qu'elle représente 50% des S- continus et 30% des discontinus ( voir le tableau des S- ci-dessus).

Totaux des 3 périodes jusqu'à la fréquence 120 pour CDS-CDS					
S-	continus	 		discontinus	
période	effect	%		effect	%
6	43	5.1		431	264.6
7	1604	190.9		388	238.2
8	6755	804		810	497.2
total	8402	1000		1629	1000
-	-	-		-	-
Totaux des 3 périodes jusqu'à la fréquence 44 pour tRNA-CDS					
R-	continus	 		discontinus	
période	effect	%		effect	%
6	4	571		4	444
7	2	286		0	0
8	1	143		5	556
total	7	1000		9	1000

• Note2: Les diagrammes des périodes 3:  t3.3  t4   et les données dans le tableau des 51 génomes.

  - Construction du diagramme: J'ai représenté chaque période démarrant par 6 7 8 modulo3 (ou dans le titre 0 1 2 modulo 3) avec ses fréquences (freq -1) en abscisse et ses effectifs (effect) en ordonnée, jusqu'à la fréquence 50. J'ai ajouté le total des effectifs de chaque période avec le label diagr. Je ne suis pas allé jusqu'à la fréquence 120 que j'ai utilisée pour la périodicité 9 dans le chapitre suivant. Mais déjà on voit que les diagrammes x- pourraient être représentées par des droites avec des pentes négatives faibles et que les diagrammes c- sont mieux représentées par un polynôme de d° 6, notamment le diagramme 2 modulo3 avec un coefficient de détermination de 0.999. J'ai représenté cependant les 6 diagrammes avec le polynôme de d° 6. C'est ce qui permet de mettre en évidence la périodicité 9 des x- et pas des c-. Le tableau en fin de Note2 affiche les pentes et les effectifs des périodes successives de la périodicité 9 de 2 modulo3 x- (2x-) qu'on peut deviner aussi dans 1 modulo3 x-.

  - Les rapports entre périodes: J'ai représenté dans l'image t4 les rapports entre 2 périodes de x- entre celles de c-. Par exemple le diagramme 2/1x- est le rapport de l'effectif de la période 2 modulo3 sur celle de 1 modulo3 des x-. Il est indiqué dans le tableau coloré des négatifs en début de chapitre et on peut le retrouver en tableur au début aussi du chapitre. Pour les continus je n'est représenté que 2/1c-, la période 0 c- ayant beaucoup de valeurs nulles. Je retrouve avec ces diagrammes la périodicité 9 des x- avec 2/1x- où j'ai éliminé les rapports des fréquences 11 et 34 (j’ai donné le R2 avec ces 2 rapports). Il ressemble étonnamment à celui de la période 2 modulo3x-. Il montre la corrélation entre les périodes avec la pente de la droite et les séquences de la période 2 modulo. Les rapports de 1/0x- montre une pente faible mais pas de séquences périodiques avec un R2 faible de 0.504. Les rapports de 2/0x- ne montrent même de décroissent avec un R2 quasiment nul de 0.035. Le diagramme 2/1c- ne met pas en lumière la périodicité 9. Il a une décroissance polynomiale nette et ne présente pas de séquences périodiques comme 2/1x-.

  - Mise en évidence de la périodicité 9 chez les discontinus x- avec les droites des diagrammes t3.3. Pour les c- la pente est calculée entre les 2 1ères fréquences. J'ai ajouté les R2 des polynômes de d° 3 pour comparer à d'autres diagrammes du chapitre des négatifs.

 poly3	R2	pente	*mod3	8	14	23	35
							
2x-	930	-1.97	*2 x-	89	97	42	31
1x-	895	-0.64	*	94	68	43	27
0x-	926	-1.12	*	97	51	43	24
2c-	960	-369	*				
1c-	951	-46	*pente	1.33	-7.67	0.17	-1.17

Intergen51. La périodicité de 9

• Lien au tableur: les données pour t3.9
• Diagrammes:  t3.9
• Périodicité de 9 : Le tableur contient tous les négatifs au-delà de -51 ainsi que les 6 périodes de 9, 6c 7c 8c 6x 7x 8x. Ci-dessous sont représentées les périodes 7c et 7x des continus et des discontinus ainsi que les 3 types d'ordonnées commençant par 6 7 8 des 3 périodes de la périodicité 9..

  - Chaque colonne a b c est une périodicité de 9 et la colonne t est leur total. Une ligne correspond à 3 périodes de 3. Dans l’exemple ci-dessous la 1ère ligne correspond aux effectifs des fréquences 7 10 13 des colonnes 7a 7b 7c et 7t la somme des effectifs de ces 3 fréquences, la 2ème ligne correspond de même aux fréquences 16 19 22 et ainsi de suite.

  - La colonne 7a a les fréquences 7 modulo 9 c'est à dire 7 16 25 ...etc, et la colonne 7b les fréquences 10 modulo 9, 10 19 34 ...etc.

c-	7ca	7cb	7cc	7ct	*	x-	7xa	7xb	7xc	7xt	*	Les 3 périodes de 9		
7	351	213	242	806	*	7	41	29	35	105	*	6	7	8
16	123	107	61	291	*	16	28	29	21	78	*	15	16	17
25	91	54	48	193	*	25	22	21	20	63	*	24	25	26
34	32	27	21	80	*	34	15	8	14	37	*	33	34	35
43	31	14	23	68	*	43	10	15	13	38	*	42	43	44
52	16	13	6	35	*	52	7	3	8	18	*	51	52	53
61	10	14	17	41	*	61	4	5	8	17	*	60	61	62
70	5	9	5	19	*	70	2	2	2	6	*	69	70	71
79	5	13	7	25	*	79	3	5	2	10	*	78	79	80
88	6	9	9	24	*	88	2	2	1	5	*	87	88	89
97	7	3	1	11	*	97	2	0	1	3	*	96	97	98
106	3	2	2	7	*	106	2	3	0	5	*	105	106	107
115	4	0	0	4	*	115	2	1	0	3	*	114	115	116

• Les coefficients de détermination de toutes les courbes de tendance en polynôme de d°3, d°6 et leurs effectifs:

	R2	effect	d°6 		R2	effect	d°6 		R2	effect	d°6 
6ca	-	17		7ca	927	684	991	8ca	864	3372	995
6cb	-	19		7cb	969	478	999	8cb	908	2015	999
6cc	-	7		7cc	867	442	986	8cc	913	1368	999
6ct	-	43		7ct	928	1604	994	8ct	887	6755	997
											
6xa	990	173	994	7xa	997	140	998	8xa	993	287	996
6xb	966	129	979	7xb	908	123	930	8xb	975	271	989
6xc	893	129	975	7xc	970	125	988	8xc	953	253	984
6xt	994	431	997	7xt	988	388	988	8xt	987	811	994

• Note:

  - J'ai montré la construction des diagrammes à la 1ère note "Périodicité de 9" ci-dessus. Je n'ai représenté que les courbes de tendances de 7xa 7ca 7xt 7ct avec leurs R2 en bleu. Sont représentés, affichés aussi, les R2 des 7xb et 7cb (rouge) ainsi que ceux de 7xc et 7cc (en vert). J'ai ajouté le total des effectifs de 7xt et 7ct avec le symbole diagr.

  - Le tableau ci-dessus des R2 de toutes les périodes modulo9 montre que les diagrammes des c- sont mieux représentés en polynômes de d°6, avec les 8 R2 supérieurs à 0.986, que par les polynômes de d°3, avec 7 R2 inférieurs à 0.928 alors même que leurs effectifs sont 10 fois supérieurs à ceux des x-.

  - Le même tableau montre que les x- sont suffisamment représentés par un polynôme de d°3, avec 2 R2 seulement inférieurs à 0.953 (0.908 et 0.893). Les polynômes de d°6 n'améliorent pas la situation comme les c- puis que 5 R2 sont inférieurs à 0.986: 2 avec 0.984 et 0.979 0.975 0.930. On peut attribuer ceci à leurs faibles effectifs relativement à ceux des c-.

  - En conclusion des diagrammes t3.3 t4 et t3.9, les x- avec leur décroissance lente montre bien une périodicité de 9 et les c- ne la montre pas parce qu'il décroissent rapidement et sont mieux représentés par des polynômes de d°6 et non de d°3 qui sont adaptés aux x-.

Intergen51. Les grands négatifs inférieurs à -120

• Lien au tableur: les recouvrements.
• Les recouvrements

  - Légende

  - add1 add2 adresse du début et de fin d'un cds. Je nomme pour les opérations qui suivent add11 add12 le 1er cds de la 1ère ligne. La ligne suivante contient les adresses du cds suivant que je nomme add21 add22.

  - Les opérations:

  + intercal, intercalaire entre un cds et le suivant. Il est calculé comme add12-add21-1.

  + shift, différence entre les extrémités de droite, des 2 cds, add22-add12. S'il est nul, il est remplacé par celui des extrémités de gauche, add21-add11. Les extrémités identiques, de droite ou de gauche, sont surlignées en jaune.

  + couvre, le recouvrement des 2 cds. Quand le shift est négatif (cyan) le cds est complètement recouvert et la longueur du recouvrement est égale à la longueur du 2ème cds, soit add22-add21+1, inférieure à l'intercalaire. Si le shift est positif le recouvrement est partiel et sa longueur est add12-add21+1, égale à l'intercalaire. Si les extrémités, d'un des 2 côtés, sont identiques le recouvrement d'un des 2 cds est total.

  - Note:

  - Tous les shift ou adresses colorés, au nombre de 22, ont un recouvrement total et la longueur de leurs intercalaires est supérieure à 310 (eal continu partiel) sauf 3 de eco, continus (242 212 153), et un de bsu discontinu (127). Les 12 intercalaires restants, sans couleurs, ont une longueur inférieure à 311 et des recouvrements partiels comme certainement les 97% des intercalaires négatifs de moins de 50 pbs.

  - Les continus ont de longs recouvrements allant jusqu'à 2400 et 12 sur 22 ont un recouvrement supérieur à 310. Les adresses en jaune: la traduction démarre en retrait pour le plus petit gène et garde la même séquence d'aas (idco: la longueur de l'intercalaire est égale au recouvrement) sauf l'intercalaire 153 où le recouvrement est tout à fiat différent pour les 2 gènes (diff); il suit le processus des recouvrements partiels non colorés ou en cyan. Alors que les autres jaunes suivent les processus de la traduction et non ceux des réparations au niveau de l'ADN.

  - Les discontinus, à l'inverse, un seul a 486 pbs de recouvrement sur un total de 12 et 6 sont en dessous de 100 pbs, 5 ayant moins de 297 pbs.

  - Les processus des intercalaires continus sont à 95% des non multiples de 3 comme je l'ai montré dans le chapitre de la périodicité 3. C'est le cas de toutes les adresses en clair et de l'intercalaire 153 qui est en jaune. Les autres jaunes suivant les règles de la traduction sont des multiples de 3. Les 4 adresses en cyan ont des recouvrements multiples de 3 mais n'ont pas d'aas en commun (diff) avec l'autre gène, donc ils suivent les processus partiels des réparations.

  - Les recouvrements des intercalaires discontinus sont totalitaires ou partiels et multiples ou non de 3 bien qu'ils aient de grandes longueurs.

cds-cds-. Les grands intercalaires cds-cds négatifs, les recouvrements.

intercal	add1	add2	shift	couvre	multiple 3	intercal	add1	add2	shift	couvre	multiple 3
continu
bsu						eco
-7616	387744	398495	-7475	141	*diff	-2400	164730	167264	136	2400	*idco
	390880	391020					164865	167264
						-2202	3313342	3315543	470	2202	*idco
-500	3717238	3717825	-20	480	*diff		3313342	3316014
	3717326	3717805				-2181	3313342	3315522	20	2181	*idco
							3313342	3315543
-492	2909520	2910011	735	492	*idco	-2130	2731600	2733729	444	2130	*idco
	2909520	2910746					2731600	2734173
						-1674	1973360	1975033	290	1674	*idco
-164	1252815	1253021	52	164			1973360	1975324
	1252858	1253073				-1295	492092	493386	637	1295	idco
							492092	494023
-154	2466721	2467953	209	154		-897	4577958	4578854	483	897	*idco
	2467800	2468162					4577958	4579337
						-729	1179520	1180359	112	840	*idco
-143	1916663	1917097	205	143			1179631	1180359
	1916955	1917302				-448	1639030	1639527	-193	255	*diff
rru							1639080	1639334
-137	2068001	2069146	934	137		-242	578107	578568	-59	183	*diff
	2069010	2070080					578327	578509
lmo						-212	508875	511379	2292	212	*idco
-161	509400	510287	925	161			511168	511379
	510127	511212				-153	16751	16903	57	153	*diff
mfi							16751	16960
-161	515362	516138	142	161		eal
	515978	516280				-310	1869470	1869865	467	310	diff
							1869556	1870332
discontinu
bsu						eco
-361	2601528	2603339	-64	297	*	-723	3111128	3111988	-663	60	*
	2602979	2603275					3111266	3111325
						-530	3838248	3839171	-470	60	*
-127	3666841	3667059	-43	84	*		3838642	3838701
	3666933	3667016				-527	10643	11356	-41	486	*
							10830	11315
-93	2652993	2653463	1410	93	*	-495	234027	234782	-462	33	*
	2653371	2654873					234288	234320
eal						-436	3796948	3798207	-361	75	*
-189	3265916	3266143	1749	189	*		3797772	3797846
	3265955	3267892				-210	3993739	3994059	276	210	*
eal							3993850	3994335
-167	1123029	1123934	1507	167		-129	1240260	1240463	1608	129	*
	1123768	1125441					1240335	1242071

Intergen51. Les diagrammes CDS-rRNA

Intergen51. Les diagrammes CDS-16s

• Lien au tableur: Intergen51. Les diagrammes CDS-16s.
• Diagrammes:  t5
• Comparaison CDS16s 5sCDS

  - Les équations des polynômes de d°3

  CDS16sc f(x) = 1.06E-07 x3 – 2.31E-04 x2 + 1.37E-01 x - 1.28E+01

  CDS16sx f(x) = 2.38E-08 x3 – 5.97E-05 x2 + 4.11E-02 x - 4.25

  5sCDSc  f(x) = 1.86E-07 x3 - 2.41E-04 x2 + 7.56E-02 x + 1.12

  5sCDSx  f(x) = 1.28E-07 x3 – 1.54E-04 x2 + 3.86E-02 x + 4.50

  - Les caractéristiques des courbes: xs abscisse calculée du maximum de la courbe en pbs, plage des effectifs forts et max de l'effectif maximum et son abscisse.

		CDS16sc		CDS16sx		5sCDSc		5sCDSx
R2		0.687		0.456		0.655		0.592
xs		415.2		487.7		205.9		155.5
plage		180-780		330-750		90-330		60-300
total-p		181		69		75		69
%		86		74		74		78
queue		26		20		26		18
%		12		22		26		20
tête		3		4		3		2
%		1.5		4.3		3.0		2.2
max		450;22		480;9		180;13		120;16
total51		210		93		101		89
freq		30		30		30		30

Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS

• Lien au tableur: Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS.
• Diagrammes:  t5  et  t1  pour les tRNA-CDS
• Comparaison avec les tRNA-CDS

  - Les équations des polynômes de d°3

  fct    f(x) = 1.04E-05 x3 - 7.10E-03 x2 + 1.21E+00 x + 1.35E+01

  fxt    f(x) = 3.16E-06 x3 - 2.46E-03 x2 + 4.87E-01 x + 9.58

  5sCDSc f(x) = 1.86E-07 x3 - 2.41E-04 x2 + 7.56E-02 x + 1.12

  5sCDSx f(x) = 1.28E-07 x3 – 1.54E-04 x2 + 3.86E-02 x + 4.50

  - Les caractéristiques des courbes: xs abscisse calculée du maximum de la courbe en pbs, plage des effectifs forts et max de l'effectif maximum et son abscisse.

		fct		fxt		5sCDSc		5sCDSx
R2		0.923		0.600		0.655		0.592
xs		113.5		133.1		205.9		155.5
plage		40-210		40-260		90-330		60-300
total-p		1125		788		75		69
%		58		63		74		78
queue		708		411		26		18
%		36		33		26		20
tête		98		40		3		2
%		5.0		3.2		3.0		2.2
max		110;84		100;57		180;13		120;16
total51		1945		1253		101		89
freq		10		10		30		30

• Note:

Intergen51. Les CDS-rRNA rares

• Lien au tableur: Intergen51. Les CDS-rRNA rares.
• Note: le xs sans R2 est la moyenne de la plage

		5sCDSc		23sCDSc	5s16sc	23sCDSx	CDS5sx		CDS16sc	CDS23sc		23sCDSc	5s16sc
R2		0.655		-	-	-	-		0.687	-		188	183
xs		205.9		281	284	158	264		415.2	590		223	265
plage		90-330		90-330	90-330	90-330	90-330		210-780	210-780		237	266
total-p		75		8	7	6	4		181	5		299	267
%		74		67	64	100	100		86	100		313	317
queue		26		4	4	0	0		26	0		322	319
%		26		33	36	0	0		12	0		331	371
tête		3		0	0	0	0		3	0		336	866
%		3		0	0	0	0		1.5	0		357	1107
max		13;180		2;240	3;270	2;150	1;240		22;450	1;540		385	1125
total51		101		12	11	6	4		210	5		446	1319
freq		30		30	30	30	30		30	30		463	

															
23sCDSx	CDS5sx	CDS23sc		16sCDS	16sCDSx	5s16sx							
87	184	407		-3	228	161							
109	228	531		2	CDS23sx	340							
151	301	563		294	182	CDS5sc							
151	343	719		695	16s16sc	52							
188		736		1463	0	335							
260				2466										

Intergen51. Les diagrammes RNA-RNA

Intergen51. Les diagrammes rRNA-rRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Les diagrammes rRNA-rRNA.
• Diagrammes:  t6
• Comparaison entre les 4 rRNA-rRNA

  - Les équations des polynômes de d°3

  16s23sc  f(x) = 1.17E-06 x3 – 1.42E-03 x2 + 4.93E-01 x - 3.98E+01

  16stRNAc f(x) = 1.74E-06 x3 – 1.29E-03 x2 + 2.14E-01 x + 6.21

  tRNA23sc f(x) = 8.08E-07 x3 – 8.80E-04 x2 + 2.54E-01 x - 8.69

  23s5sc  f(x) = 1.74E-05 x3 – 1.00E-02 x2 + 1.55E-00 x - 3.11E+01

  - Les caractéristiques des courbes: xs abscisse calculée du maximum de la courbe en pbs, plage des effectifs forts et max de l'effectif maximum et son abscisse.

		16s23s		16stRNA		tRNA23s		23s5sc
R2		0.680		0.474		0.562		0.684
xs		252.2		105.4		198.7		107.9
plage		160-360		80-140		100-320		60-180
total-p		137		112		151		242
%		91		72		87		85
queue		11		35		16		27
%		7.3		23		9.2		9.4
tête		2		8		6		9
%		1.3		5.1		3.5		3.1
max		21;280		32;100		25;280		58;140
total51		150		155		173		286
freq		20		20		20		20

Intergen51. Les diagrammes tRNA-rRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Les diagrammes tRNA-rRNA.
• Diagrammes:  t6  t7

Intergen51. Les diagrammes tRNA-tRNA

• Lien au tableur: Intergen51. Les diagrammes tRNA-tRNA.

Les diagrammes

• Diagrammes:  t7

Comparaison entre 5stRNA et les 3 types de tRNA-tRNA

• - Les caractéristiques des 4 courbes, voir les discontinus rares x+.

type c		S40	%	R2	diag	total	reste	x+	restes	5stRNA	hors	hors	contig	in
hors		815	65	0.901	260	1254	17	17		155	261	439	138	6*161
contig		669	92	0.900	120	731	6	0		170	269	452	158	
in		72	51	0.454	120	140	6	0		175	278	479	265	
5stRNA		91	59	0.593	120	155	8	1		4*257	297	504	311	
										287	306	532	1472	
											341	539	2351	
											373	634		
											373	718		
												1172		

Les pourcentages des tRNA-tRNA extra bloc

• Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs

hors		gama	alpha	cvi	ade	ant	bacilli	clostri	afn	ase	3actino	archeo	bact	cyano	tener	scc
20		20.3	12.5	36.4	6.9	58.6	68.4	70.3	81.5	51.0	22.4	12.2	8.3	79.3	73.3	20.0
40		31.2	27.3	45.5	16.7	20.7	21.1	16.8	7.4	12.2	36.2	12.2	56.7	0	6.7	70.0
60		24.6	18.2	13.6	16.7	6.9	3.0	5.0	7.4	8.2	22.4	8.2	18.3	6.9	0	10.0
80		6.3	6.8	4.5	16.7	6.9	0.8	3.0	0	4.1	5.2	24.5	0	3.4	20.0	0
100		5.1	4.5	0	0	6.9	1.5	1.0	0	6.1	3.4	18.4	5.0	6.9	0	0
120		6.0	4.5	0	0	0	2.3	0	3.7	4.1	0	12.2	0	0	0	0
140		1.7	5.7	0	8.3	0	0	0	0	0	1.7	2.0	0	0	0	0
160		1.0	3.4	0	8.3	0	0.8	1.5	0	8.2	0	0	3.3	3.4	0	0
180		0.2	4.5	0	0	0	0	0	0	0	1.7	4.1	0	0	0	0
200		1.2	1.1	0	0	0	0	0.5	0	2.0	0	0	1.7	0	0	0
220		1.2	8.0	0	0	0	0	0	0	0	3.4	0	1.7	0	0	0
240		0	0	0	0	0	0.8	0.5	0	0	1.7	2.0	1.7	0	0	0
260		0.2	1.1	0	8.3	0	0.8	0.5	0	2.0	1.7	0	0	0	0	0
restes		1.0	2.3	0	8.3	0	0.8	1.0	0	2.0	0	4.1	3.3	0	0	0
total		414	88	44	12	29	133	202	27	49	58	49	60	29	15	10
																
repete		47.8	55.4	53.3	0	11.1	11.4	12.0	11.1	13.3	45	25.7	77.8	40	0	0
sequence	21.7	0	26.7	0	11.1	2.9	22.0	11.1	0	6	11.4	0	0	0	0
éclaté		-	-	-	-	0	5.7	0	0	0	-	-	-	0	0	-
sans		30.4	44.6	20.0	100.0	77.8	80.0	66.0	77.8	86.7	48	62.9	22.2	60	100	100
clusters	115	65	15	6	9	35	50	9	15	31	35	27	5	8	4
																
5		-	-	-	-	10.3	23.9	29.7	29.6	34.7	-	-	-	41.4	13.3	-
10		-	-	-	-	13.8	24.6	23.3	33.3	2.0	-	-	-	34.5	33.3	-
15		-	-	-	-	17.2	12.3	6.9	11.1	8.2	-	-	-	3.4	20.0	-
20		-	-	-	-	17.2	5.1	10.4	7.4	6.1	-	-	-	0	6.7	-

• Les intercalaires tRNA-tRNA contigus aux blocs

contig		bacilli	clostri	tener
20		77.4	85.3	70.0
40		13.4	8.7	5.0
60		4.9	2.7	20.0
80		1.0	0.7	5.0
100		1.0	2.0	0
120		1.0	0.3	0
140		0.8	0	0
160		0.3	0	0
180		0	0	0
200		0	0	0
220		0	0	0
240		0	0	0
260		0	0	0
restes		0.3	0.3	0
total		389	300	20
				
repete		0	3.2	0
sequence	0	9.7	0
éclaté		21.6	16.1	0
sans		78.4	71.0	100
clusters	37	31	2
				
5		26.2	24.0	20.0
10		23.9	41.0	30.0
15		15.7	15.3	15.0
20		11.6	5.0	5.0

Intergen51. Les RNA-RNA rares

• Lien au tableur: Intergen51. Les RNA-RNA rares.
• Diagrammes:  t8  t6
• Comparaison entre 5stRNA et tRNA5s

  - Les caractéristiques des 4 courbes, voir les discontinus rares x+.

type c		S40	%	R2	diag	total	reste	x+	
5stRNA		91	59	0.593	120	155	8	1	
tRNA5s		15	65	0.302	17	23	8	
******	
restes	
tRNA5s	tRNA16s	23stRNA	16s5s	5s23s	5s5s
149	459	476	néant	230	748
149	1063				89
336			
777			
1112			
1360			

• Comparaison avec les rRNA-rRNA analogues

  - Les équations des polynômes de d°3

  16stRNAc f(x) = 1.74E-06 x3 – 1.29E-03 x2 + 2.14E-01 x + 6.21

  tRNA16sc f(x) = 1.20E-06 x3 – 8.01E-04 x2 + 1.54E-01 x – 6.62E+00

  tRNA23sc f(x) = 8.08E-07 x3 – 8.80E-04 x2 + 2.54E-01 x - 8.69

  23stRNAc f(x) = -1.26E-05 x3 + 2.37E-03 x2 – 5.95E-02 x + 5.71E-01

  - Les caractéristiques des courbes: xs abscisse calculée du maximum de la courbe en pbs, plage des effectifs forts et max de l'effectif maximum et son abscisse.

		tRNA16sc	16stRNAc	23stRNAc	tRNA23sc
R2		0.532		0.474		0.681		0.562
xs		140.5		105.4		111.2		198.7
plage		80-220		80-140		60-140		100-320
total-p		16		112		23		151
%		80		72		92		87
queue		4		35		1		16
%		20		23		4		9.2
tête		0		8		1		6
%		0		5.1		4		3.5
max		4;120		32;100		8;120		25;280
total51		20		155		25		173
freq		20		20		20		20

• Comparaison de 5s16s et 16s5s: voir Les CDS-rRNA rares. bcts abrégé pour bacteroidites cyanobacterie tenericutes spirochete

  - Note. le xs sans R2 est la moyenne de la plage et bcts abrégé pour bacteroidites cyanobacterie tenericutes spirochete

	5sCDSc	5s16sc	16s5sc		effect	16s5sc			5s16sc			5s16sx	
R2	0.655	-	-		7	79	6cle 1cbc	183	bacilli		340	archeo
xs	205.9	284	198		1	102	ppm		265	bcts		161	clostridia
plage	90-330	90-330	90-330		1	117	ppm		266	bcts			
total-p	75	7	21		1	144	cle		267	bcts			
%	74	64	100		1	146	cle		317	gama			
queue	26	4	0		3	261	hmo		319	gama			
%	26	36	0		2	262	hmo		371	gama			
tête	3	0	0		1	336	hmo		866	actino			
%	3	0	0		4	337	hmo		1107	clostridia			
max	13;180	3;270	7;90						1125	clostridia			
total51	101	11	21						1319	gama			
freq	30	30	30