Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/Atableur
bacilli
modifierBacillus subtilis
modifierbsu
modifier- Lien tableau: bsu
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;;
bsu blocs
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bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;;
bsu données intercalaires
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;bsu;long;long fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;401;406 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;4;gta;9;atgj;402;411 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;36;aca;**;gaa;404;412 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;6;aaa;3;gaa;406;421 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;40;cta;4;gta;407;422 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;14;ggc;22;aca;407;422 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;9;tta;4;tac;408;423 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;27;cgt;**;caa;409;423 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;atc;9;cca;4;aac;410;423 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;**;gca;29;agc;410;426 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;gca;4;aac;11;gaa;411;427 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;56;acc;26;caa;413;442 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;gta;30;ggc;11;aaa;413;446 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;aac;27;cgt;80;cta;415;448 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;atgf;8;cca;**;ctc;415;463 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;aac;**;gca;35;ttc;425;463 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;intra;13;cgt;81;gac;434;465 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;atc gca;**;gga;9;gaa;435;471 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;60;atgf;**;aaa;438;471 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;gca;**;gac;;;442;480 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;gca;5;aac;;;442;481 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;gga;34;tcc;;;446;482 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;9;gaa;CDS-CDS;inf 50;448;485 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;9;gta;intercalaire;;459;503 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;11;atgf;c-;x-;463;518 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;12;gac;-7616;-361;464;521 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;5;ttc;-500;-127;471;531 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;22;aca;-492;-93;475;544 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;5;tac;-164;-86;482;548 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;24;tgg;-154;-71;484;552 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;9;cac;-143;-69;485;559 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;49;caa;-119;-58;487;560 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;5;ggc;-113;;490;567 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;7;tgc;-101;;494;573 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;265;tta;-95;;495;573 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;**;ttg;-94;;496;582 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;25;gaa;-92;;506;582 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;3;agc;-91;;515;619 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;10;aac;-82;;517;625 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;15;atc;-65;;520;627 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;10;gga;-59;;529;669 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;17;cac;-58;;529;682 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;12;ttc;total;intercalaires;533;731 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;11;gac;;434,723;538;777 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;17;atgf;ADN long;4,215,606;546;809 ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;6;tca;%;10.3;550;824 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;2;atgi;;;555;950 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;19;atgj;non RNA;190;558;1021 ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;5;gca;;;572;7511 ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;15;cca;;;577; ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;9;cgt;;;584; ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;14;tta;;;588; ;;;;;;;;;;;;;;;;;5;ggc;;;594; ;;;;;;;;;;;;;;;;;10;ctg;;;594; ;;;;;;;;;;;;;;;;;37;aaa;;;602; ;;;;;;;;;;;;;;;;;32;aca;;;623; ;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gta;;;783; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;783; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;952; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1306;
bsu autres intercalaires aas
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autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; 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deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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;;misc_RNA;1618161;1618277;26;*; deb;;CDS;1618304;1618849;3;*; ;;misc_RNA;1618853;1618970;52;*; deb;;CDS;1619023;1620330;0;*; ;;misc_RNA;1620331;1620445;30;*; fin;;CDS;1620476;1621390;;; deb;;CDS;1629320;1629970;144;*; ;;misc_RNA;1630115;1630220;161;*; fin;;CDS;1630382;1631083;;; deb;;CDS;1675171;1675902;78;*; ;;misc_RNA;1675981;1676022;19;*; fin;;CDS;1676042;1676389;;; deb;;CDS;1727133;1731446;10;*; ;;misc_RNA;1731457;1731674;101;*; fin;;CDS;1731776;1732246;;; deb;;CDS;1778337;1780220;183;*; ;comp;misc_RNA;1780404;1780554;63;*; fin;comp;CDS;1780618;1781073;;; deb;;CDS;1914630;1914995;-4;*; ;comp;misc_RNA;1914992;1915272;-52;*; fin;;CDS;1915221;1915979;;0; deb;;CDS;1916955;1917302;198;*; ;;misc_RNA;1917501;1917580;58;*; fin;comp;CDS;1917639;1918256;;0; deb;;CDS;2002637;2003182;93;*; ;comp;tRNA;2003276;2003348;52;*;agg fin;comp;CDS;2003401;2003946;;; deb;comp;CDS;2024042;2025076;83;*; ;comp;misc_RNA;2025160;2025251;148;*; fin;;CDS;2025400;2027442;;; deb;comp;CDS;2069262;2069561;170;*; ;comp;misc_RNA;2069732;2070115;-233;*; 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;comp;misc_RNA;2410581;2410888;197;*; fin;;CDS;2411086;2412663;;0; deb;comp;CDS;2430258;2431343;129;*; ;comp;misc_RNA;2431473;2431617;119;*; fin;comp;CDS;2431737;2432081;;; deb;comp;CDS;2471787;2472746;133;*; ;;misc_RNA;2472880;2473125;25;*; fin;;CDS;2473151;2473987;;0; deb;comp;CDS;2548245;2549333;73;*; ;comp;misc_RNA;2549407;2549606;168;*; fin;;CDS;2549775;2551448;;; deb;comp;CDS;2562966;2563802;86;*; ;;tRNA;2563889;2563959;66;*;caa fin;comp;CDS;2564026;2564406;;0; deb;comp;CDS;2607762;2608649;82;*; ;comp;misc_RNA;2608732;2608906;39;*; fin;comp;CDS;2608946;2609713;;; deb;comp;CDS;2624785;2625912;39;*; ;;misc_RNA;2625952;2626042;69;*; fin;comp;CDS;2626112;2627947;;; deb;comp;CDS;2646594;2647112;292;*; ;comp;misc_RNA;2647405;2647663;-208;*; fin;;CDS;2647456;2647614;;0; deb;;CDS;2678240;2678419;-77;*; ;comp;misc_RNA;2678343;2678565;233;*; deb;;CDS;2678799;2678888;-13;*; ;comp;misc_RNA;2678876;2679014;127;*; fin;comp;CDS;2679142;2679585;;; deb;;CDS;2773356;2773646;136;*; ;;misc_RNA;2773783;2773883;6;*; fin;comp;CDS;2773890;2777054;;; deb;comp;CDS;2798174;2800810;79;*; ;comp;misc_RNA;2800890;2801097;43;*; fin;comp;CDS;2801141;2802202;;0; deb;comp;CDS;2813643;2814407;83;*; ;comp;misc_RNA;2814491;2814691;51;*; fin;comp;CDS;2814743;2816521;;; deb;comp;CDS;2816535;2817809;89;*; ;comp;misc_RNA;2817899;2818131;59;*; fin;comp;CDS;2818191;2818361;;0; deb;comp;CDS;2855518;2855826;13;*; ;comp;misc_RNA;2855840;2855915;57;*; fin;comp;CDS;2855973;2856839;;; deb;comp;CDS;2866664;2869306;59;*; ;comp;misc_RNA;2869366;2869588;165;*; fin;;CDS;2869754;2869945;;0; deb;comp;CDS;2895248;2896972;121;*; ;comp;misc_RNA;2897094;2897340;447;*; fin;;CDS;2897788;2898123;;; deb;;CDS;2898931;2899752;63;*; ;comp;tRNA;2899816;2899889;130;*;aga fin;comp;CDS;2900020;2900529;;; deb;comp;CDS;2909520;2910746;125;*; ;comp;misc_RNA;2910872;2911051;64;*; fin;comp;CDS;2911116;2912888;;; deb;comp;CDS;2952828;2953349;61;*; ;comp;misc_RNA;2953411;2953550;244;*; fin;;CDS;2953795;2954460;;0; deb;comp;CDS;2959257;2961188;43;*; ;comp;misc_RNA;2961232;2961479;106;*; fin;comp;CDS;2961586;2962431;;; deb;comp;CDS;3033696;3035435;153;*; ;;misc_RNA;3035589;3035721;8;*; fin;;CDS;3035730;3036332;;0; deb;comp;CDS;3036603;3037871;23;*; ;comp;misc_RNA;3037895;3038168;44;*; fin;comp;CDS;3038213;3039931;;0; deb;comp;CDS;3102629;3105043;109;*; ;comp;misc_RNA;3105153;3105367;102;*; fin;comp;CDS;3105470;3105805;;0; deb;comp;CDS;3127825;3129027;167;*; ;comp;misc_RNA;3129195;3129333;196;*; fin;;CDS;3129530;3131113;;0; deb;comp;CDS;3169763;3171646;232;*; ;comp;tRNA;3171879;3171950;25;*;gaa ;comp;tRNA;3171976;3172066;3;*;agc ;comp;tRNA;3172070;3172144;10;*;aac ;comp;tRNA;3172155;3172231;15;*;atc ;comp;tRNA;3172247;3172320;10;*;gga ;comp;tRNA;3172331;3172406;17;*;cac ;comp;tRNA;3172424;3172499;12;*;ttc ;comp;tRNA;3172512;3172588;11;*;gac ;comp;tRNA;3172600;3172676;17;*;atgf ;comp;tRNA;3172694;3172786;6;*;tca ;comp;tRNA;3172793;3172869;2;*;atgi ;comp;tRNA;3172872;3172948;19;*;atgj ;comp;tRNA;3172968;3173040;5;*;gca ;comp;tRNA;3173046;3173122;15;*;cca ;comp;tRNA;3173138;3173214;9;*;cgt ;comp;tRNA;3173224;3173309;14;*;tta ;comp;tRNA;3173324;3173398;5;*;ggc ;comp;tRNA;3173404;3173490;10;*;ctg ;comp;tRNA;3173501;3173576;37;*;aaa ;comp;tRNA;3173614;3173689;32;*;aca ;comp;tRNA;3173722;3173797;20;*;gta ;comp;rRNA;3173818;3173935;55;*;5s ;comp;rRNA;3173991;3176918;167;*;23s ;comp;rRNA;3177086;3178640;464;*;16s ;;misc_RNA;3179105;3179206;99;*; fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0;
Intergen51. bsu. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. bsu les différents types d'intercalaires.
bsu intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: bsu intercalaires positifs S+
- Tableaux
bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, t30 t50.
- Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573
bsu distribution
modifier- Lien tableau: bsu distribution
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;;
bsu lmo
modifier- Lien tableau: bsu lmo
bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;;
Listeria monocytogenes
modifierlmo
modifier- Lien tableau: lmo
Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;;
lmo distribution
modifier- Lien tableau: lmo distribution
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;;
lmo données intercalaires
modifier- Lien tableau: lmo données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
- Note du 01/12/22: remaniement des tRNAin en 2*46 gca atc seulement. Le reste est mis dans contig.
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400 ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;lmo;long;long ;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc 0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;tRNA tRNA;contig;403;401 10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;gca;5;gaa;403;402 20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;34;agc;408;403 30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;atc;6;aac;422;405 40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;25;atc;424;411 50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;gca;23;gga;427;412 60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;28;cac;440;423 70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;gta;4;ttc;441;425 80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;aac;4;gac;447;428 90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;intra;42;atgf;447;429 100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;2* 46;gca;22;tca;449;432 110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;**;atc;11;atgi;450;440 120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;tRNA tRNA;;42;atgj;454;441 130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;3;aac;22;gca;464;451 140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;**;agc;10;cca;478;451 150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;27;gaa;9;cgt;484;454 160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;**;gac;14;tta;495;456 170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;157;gaa;15;ggc;498;460 180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;9;acg;5;cta;502;461 190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;11;tac;41;aaa;516;462 200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;6;caa;8;aca;534;464 210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;**;aaa;**;gta;536;480 220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;;;45;ttg;538;492 230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;;;19;tgc;543;493 240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;;;5;ggc;566;500 250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;;;29;caa;571;503 260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;;;15;cac;588;554 270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;;;7;tgg;602;573 280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;;;20;tac;618;580 290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;;;4;ttc;623;589 300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;;;6;gac;659;597 310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;;;21;atgf;679;600 320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;;;56;gta;691;634 330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;33;gaa;735;639 340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;6;tcc;817;666 350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;CDS-CDS;inf 50;;**;aac;833;673 360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;intercalaire;;;8;gta;1083;680 370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;c-;x-;;41;aca;;684 380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;-161;-71;;5;aaa;;692 390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;-97;;;14;cta;;705 400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;-88;;;21;ggc;;725 reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;-71;;;12;tta;;767 ;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;-59;;;10;cgt;;785 ;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;-56;;;19;cca;;793 ;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;-52;;;**;gca;;816 ;;;;;;;;;-46;;1;;total;intercalaires;;24;acc;;819 ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;288,032;;**;aac;;821 ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;ADN long;2,944,528;;;;;831 ;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;%;9.8;;;;;895 ;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;;913 ;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;non RNA;0;;;;;949 ;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;;
lmo autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
- Construction: remarque sur les nombreux regulatory
autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;;
Intergen51. lmo. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. lmo les différents types d'intercalaires.
lmo blocs
modifier- Lien tableau: lmo blocs
lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;;
lam
modifier- Lien tableau: lam
;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;;
lam blocs
modifier- Lien tableau: lam blocs
lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;;
lam distribution
modifier- Lien tableau: lam distribution
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;;
lam données intercalaires
modifier- Lien tableau: lam données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;lam;long;long fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;403;417 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;2;gta;111;ggc;404;423 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;13;aaa;112;ggc;408;431 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;23;cta;35;ggc;413;442 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;10;aca;**;ccg;419;453 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;atc;11;ggc;35;gaa;421;453 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;8;tta;9;tca;423;465 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;gca;5;cgt;3;atgf;429;481 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;29;cca;6;gac;435;489 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;aac;12;atgj;7;ttc;437;495 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;gta;27;atgi;4;tac;437;500 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;intra;3;atgf;12;tgg;439;505 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;atc gca;6;gac;7;cac;440;512 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;19;ttc;23;caa;449;523 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;5;gga;40;tgc;462;525 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;2;atc;**;ttg;466;529 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;**;agc;34;tac;467;548 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;10;tcc;**;caa;526;553 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;**;aac;6;tca;528;558 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;CDS-CDS;inf 50;;;;7;gac;578;646 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;intercalaire;;;;;4;cac;589;684 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;c-;x-;;;;**;gta;590;696 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;-64;néant;;;;5;gta;608;961 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;-53;;;;;**;gaa;617;1100 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;-53;;;;;8;cgt;688;1332 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;total;intercalaires;;;;**;cca;789; 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;210,907;;;;;;1405; 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;ADN long;2,078,001;;;;;;; 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;%;10.1;;;;;;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;; 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;non RNA;54;;;;;;; 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;; 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;; 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;; 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;; 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;; 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;; 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;; 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;; 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;; 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;; 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;; 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;; 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;; ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;; ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;; ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;
lam autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: lam autres intercalaires aas
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autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0;
Intergen51. lam. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. lam les différents types d'intercalaires.
ppm
modifieropérons
modifierppm chromosome
modifier- Lien tableau: ppm opérons
- Chromosome
45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; 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ppm plasmide
modifier- Plasmide
plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;;
ppm plasmide MAJ
modifierplasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;;
ppm cumuls
modifier- Lien tableau: ppm cumuls
- Chromosome
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;;
- Plasmide
Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;;
ppm blocs
modifier- Lien tableau: ppm blocs
ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;;
ppm distribution
modifier- Lien tableau: ppm distribution
- Chromosome
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68
- Plasmide
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45
ppm données intercalaires
modifier- Lien tableau: ppm données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;;CDS-CDS;400-600;;reste;Sup 700 ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;effectif;;;long;long ;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;ppm;fx;fc;fx;fc 0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;tRNA tRNA;contig;tRNA tRNA;suite;contig;400;1116;2955;708;702 10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;gca;28;agc;7;;cca;410;10;13;730;702 20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;10;atgj;12;;ttg;420;6;17;734;705 30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;gca;4;gta;5;;cgt;430;8;8;749;719 40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;gca;19;aca;38;;ggc;440;5;16;751;719 50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;gca;77;gac;28;;aaa;450;7;2;763;723 60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;9;ttc;26;;gac;460;8;8;764;728 70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;atc;7;tac;30;;atgf;470;6;9;770;736 80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;atc;**;aaa;9;;gta;480;4;3;778;740 90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;gca;22;atc;17;;gaa;490;3;7;794;743 100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;aac;4;gca;3;;tcc;500;5;7;800;743 110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;atc;34;aac;**;;aac;510;8;8;811;745 120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;3;atgj;9;;gga;520;5;8;836;751 130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;agc;31;agc;22;;cca;530;5;9;844;752 140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;intra;6;gaa;5;;cgt;540;2;7;854;755 150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;atc gca;10;gta;10;;ggc;550;5;5;855;761 160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;25;atgf;11;;cta;560;4;3;866;763 170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;aac;50;gac;4;;aaa;570;4;2;988;775 180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;agc;25;ttc;55;;caa;580;4;4;1042;786 190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;gaa;5;aca;11;;gta;590;5;2;1130;795 200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;aaa;16;tac;11;;gaa;600;1;3;1176;798 210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;ctc;18;cac;3;;acc;610;4;3;1244;801 220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;gcc;4;caa;**;;aac;620;1;1;1277;805 230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;aag;15;aaa;;;;630;1;4;1310;820 240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;ttg;6;ctg;;;;640;3;1;1482;824 250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;tgc;10;ggc;;;;650;0;0;1505;836 260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;ggc;26;tgc;;;;660;4;5;;840 270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;caa;22;cgt;;;;670;3;3;;847 280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;cac;9;cca;;;;680;2;1;;849 290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;tgg;**;gga;;CDS-CDS;inf 50;690;1;1;;857 300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;tac;4;gca;;intercalaire;;700;1;4;;866 310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;aca;3;aac;;c-;x-;;;;;867 320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;ttc;19;tcc;;-101;-87;;;;;888 330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;gac;9;gaa;;-80;-71;;;;;893 340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;atgf;29;gta;;-64;-68;;;;;898 350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;gta;25;atgf;;-55;;;;;;955 360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;gaa;13;gac;;-55;;;;;;977 370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;tcc;4;aca;;-53;;;;;;979 380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;aac;102;tac;;-53;;;;;;1005 390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;4;caa;;total;intercalaires;;;;;1018 400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;12;aaa;;;791,31;;;;;1020 reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;10;cta;;ADN long;5,728,392;;;;;1028 ;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;5;ggc;;%;13.8;;;;;1046 ;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;12;cgt;;;;;;;;1108 ;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;7;ttg;;non RNA;8;;;;;1110 ;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;7;cca;;;;;;;;1130 ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;**;gga;;;;;;;;1167 ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;;;;;1215 ;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;;;;;1237 ;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;;;;;1239 ;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;;;;;1303 ;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;;;;;1323 ;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;;;;;1390 ;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;;;;;1431 ;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;;;;;1479 ;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;;;;;1614 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2159
ppm autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: ppm autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;;
ppmp données intercalaires
modifier- Lien tableau: ppmp données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;;reste;Sup 400 ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;ppmp;long;long ;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;aa;fx;fc 0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;;404;401 10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;tta;420;401 20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;aca;427;402 30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;tcg;433;403 40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;tcc;438;406 50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;ctt;442;410 60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;tcg;466;423 70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;tca;480;427 80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;;512;439 90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;;514;439 100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;;546;440 110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;;560;446 120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;CDS-CDS;inf 50;565;448 130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;intercalaire;;582;470 140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;c-;x-;593;476 150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;-92;néant;602;476 160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;-56;;643;484 170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;total;intercalaires;654;490 180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;119,608;657;503 190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;ADN long;510,118;735;504 200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;%;23.4;753;521 210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;;933;524 220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;non RNA;2;1087;532 230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;;1108;562 240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;;1171;562 250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;;;576 260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;;;586 270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;;;598 280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;;;600 290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;;;608 300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;;;619 310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;;;620 320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;;;642 330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;;;672 340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;;;673 350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;;;719 360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;;;719 370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;;;719 380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;;;719 390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;;;720 400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;;;728 reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;;;743 ;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;;;755 ;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;;;804 ;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;;;857 ;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;863 ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;974 ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;981 ;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;;;1009 ;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;;;1013 ;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;;;1048 ;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;;;1053 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1137 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1882
ppmp autres intercalaires aas
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autres intercalaires ;;ppmp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3920;4174;536;*; ;;tRNA;4711;4803;5;*;agc ;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc ;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa ;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt ;;tRNA;5112;5186;101;*;cca ;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg ;;tRNA;5366;5441;7;*;tat ;;tRNA;5449;5522;6;*;caa ;;tRNA;5529;5605;5;*;cac ;;tRNA;5611;5686;125;*;gac ;;tRNA;5812;5887;10;*;gga ;;tRNA;5898;5973;4;*;aac ;;tRNA;5978;6066;9;*;tac ;;tRNA;6076;6153;82;*;ata ;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi ;;tRNA;6317;6392;4;*;aac ;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg ;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa ;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc ;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc ;;tRNA;6908;6980;7;*;cga ;;tRNA;6988;7065;5;*;cca ;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg ;;tRNA;7161;7235;4;*;atc ;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf ;;tRNA;7323;7398;109;*;gca ;;tRNA;7508;7584;3;*;cga ;;tRNA;7588;7668;13;*;cta ;;tRNA;7682;7758;8;*;atc ;;tRNA;7767;7841;4;*;aac ;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg deb;;CDS;7953;8324;-24;*; ;;tRNA;8301;8378;8;*;gac ;;tRNA;8387;8473;86;*;tac ;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa ;;tRNA;8647;8720;4;*;gga ;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc ;;tRNA;8808;8882;100;*;acg deb;comp;CDS;8983;9600;89;*; ;;tRNA;9690;9771;3;*;tta ;;tRNA;9775;9849;35;*;aca fin;comp;CDS;9885;10169;;; deb;comp;CDS;10320;10622;116;*; ;;tRNA;10739;10813;18;*;aca fin;comp;CDS;10832;11146;;; deb;comp;CDS;11363;11599;94;*; ;;tRNA;11694;11765;106;*;aga fin;;CDS;11872;12312;;0; deb;;CDS;13199;14083;226;*; ;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg ;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc ;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt ;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg ;;tRNA;14660;14751;119;*;tca fin;;CDS;14871;15080;;0; deb;comp;CDS;227125;227388;444;*; ;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga deb;comp;CDS;228152;228391;126;*; ;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other fin;comp;CDS;228741;229064;;; deb;comp;CDS;229793;229999;24;*; ;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca deb;comp;CDS;230872;231393;164;*; ;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta fin;;CDS;232618;233067;;0; deb;;CDS;369072;371174;102;*; ;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b fin;;CDS;371577;374243;;;
Intergen51. ppm. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. ppm les différents types d'intercalaires.
pmq
modifierpmq opérons
modifier- Lien tableau: pmq opérons
58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; ;261765..261854;tcg;;19;;;19;; ;261874..261961;agc;;17;;;17;; ;261979..262054;gtc;;5;;;5;; ;262060..262134;acg;;39;;;39;; ;262174..262262;tcc;;41;;;41;; ;262304..262386;ctc;;283;283;;;;*283 ;262670..263515;CDS;;314679;;;;282; ;;;;;;;;; ;578195..579055;CDS;;324;324;;;287; ;579380..580921;16s;;258;;;;; ;581180..584114;23s;;166;;;;; ;584281..584397;5s;;31;;;;; ;584429..584505;aac;;6;;;6;; ;584512..584600;tcc;;38;;;38;; ;584639..584710;gaa;;11;;;11;; ;584722..584797;gta;;17;;;17;; ;584815..584891;atgf;;15;;;15;; ;584907..584983;gac;;67;;;67;; ;585051..585125;acg;;11;;;11;; ;585137..585212;cac;;10;;;10;; ;585223..585297;caa;;5;;;5;; ;585303..585378;aaa;;17;;;17;; ;585396..585470;ggc;+;40;;;40;; ;585511..585585;ggc;2 ggc;24;;;24;; ;585610..585692;ttg;;5;;;5;; ;585698..585774;cca;;19;;;19;; ;585794..585867;gga;;1;;;1;; ;585869..585942;aga;;187;187;;;;187 ;586130..586885;CDS;;85587;;;;252; ;;;;;;;;; ;672473..672949;CDS;;18;18;;;159;18 ;672968..673043;aac;;7;;7;;; ;673051..673138;agc;@2;297;;297;;; ;673436..673507;gaa;;9;;9;;; ;673517..673599;ctc;;180;180;;;; ;673780..674199;CDS;;182;;;;140; ;;;;;;;;; ;674382..675278;CDS;;159;159;;;299; ;675438..675520;ctc;;64;64;;;;64 ;675585..675833;CDS;;18450;;;;83; ;;;;;;;;; ;694284..695636;CDS;;797;*797;;;451; ;696434..697974;16s;;261;;;;; ;698236..701170;23s;;94;;;;; ;701265..701381;5s;;43;;;;; ;701425..701498;atc;;11;;;11;; ;701510..701584;gaa;;5;;;5;; ;701590..701665;gtc;;5;;;5;; ;701671..701747;atgf;;4;;;4;; ;701752..701825;tgg;;9;;;9;; ;701835..701909;caa;;8;;;8;; ;701918..701990;aaa;;18;;;18;; ;702009..702095;ctg;;4;;;4;; ;702100..702174;ggc;;11;;;11;; ;702186..702259;cgt;;12;;;12;; ;702272..702348;cca;;577;*577;;;;*577 ;702926..703120;CDS;;370320;;;;65; ;;;;;;;;; ;1073441..1074214;CDS;;373;373;;;258; ;1074588..1076136;16s;;260;;;;; ;1076397..1079331;23s;;168;;;;; ;1079500..1079616;5s;;9;;;;; ;1079626..1079701;aac;;6;;;6;; ;1079708..1079796;tcc;;38;;;38;; ;1079835..1079906;gaa;;11;;;11;; ;1079918..1079993;gta;;17;;;17;; ;1080011..1080087;atgf;;13;;;13;; ;1080101..1080177;gac;;49;;;49;; ;1080227..1080302;ttc;;4;;;4;; ;1080307..1080382;aca;;13;;;13;; ;1080396..1080481;tac;;8;;;8;; ;1080490..1080560;tgg;;13;;;13;; ;1080574..1080649;cac;;26;;;26;; ;1080676..1080747;caa;;9;;;9;; ;1080757..1080831;ggc;;12;;;12;; ;1080844..1080917;tgc;;10;;;10;; ;1080928..1081016;tta;;20;;;20;; ;1081037..1081113;cgt;;3;;;3;; ;1081117..1081199;ttg;;147;147;;;;147 ;1081347..1081973;CDS;;128630;;;;209; ;;;;;;;;; ;1210604..1213519;CDS;;354;354;;;972; ;1213874..1213949;gca;;16;;16;;; ;1213966..1214037;gaa;;12;;12;;; ;1214050..1214125;gta;;16;;16;;; ;1214142..1214218;gac;;17;;17;;; ;1214236..1214311;cac;;9;;9;;; ;1214321..1214395;caa;;9;;9;;; ;1214405..1214477;aaa;;8;;8;;; ;1214486..1214572;ctg;;3;;3;;; ;1214576..1214647;ggc;;169;169;;;;169 comp;1214817..1215602;CDS;;378784;;;;262; ;;;;;;;;; ;1594387..1594665;CDS;;537;*537;;;93; ;1595203..1596743;16s;;252;;;;; ;1596996..1599930;23s;;94;;;;; ;1600025..1600141;5s;;43;;;;; ;1600185..1600261;atc;;19;;;19;; ;1600281..1600356;gca;;17;;;17;; ;1600374..1600445;gaa;;8;;;8;; ;1600454..1600529;gta;+;5;;;5;; ;1600535..1600610;aca;2 gta;10;;;10;; ;1600621..1600705;tac;;18;;;18;; ;1600724..1600799;aac;;4;;;4;; ;1600804..1600879;gta;;21;;;21;; ;1600901..1600977;atgf;;12;;;12;; ;1600990..1601066;gac;;34;;;34;; ;1601101..1601176;cac;;13;;;13;; ;1601190..1601264;caa;;8;;;8;; ;1601273..1601345;aaa;;17;;;17;; ;1601363..1601448;ctc;;13;;;13;; ;1601462..1601548;ctg;;5;;;5;; ;1601554..1601628;ggc;;14;;;14;; ;1601643..1601713;tgc;;10;;;10;; ;1601724..1601797;cgt;;5;;;5;; ;1601803..1601876;cca;;105;105;;;;105 ;1601982..1602245;CDS;;232535;;;;88; ;;;;;;;;; ;1834781..1835260;CDS;;106;106;;;160;106 ;1835367..1835439;gcc;;137;137;;;; comp;1835577..1835978;CDS;;371114;;;;134; ;;;;;;;;; comp;2207093..2208091;CDS;;192;192;;;333;192 ;2208284..2208367;ctg;+;49;;49;;; ;2208417..2208500;ctg;2 ctg;315;315;;;; ;2208816..2209952;CDS;;1246561;;;;379; ;;;;;;;;; ;3456514..3456786;CDS;;256;256;;;91; ;3457043..3457119;ccc;;142;142;;;;142 ;3457262..3457483;CDS;;1547757;;;;74; ;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; comp;7356325..7356396;ggc;;7;;;7;; comp;7356404..7356490;ctg;;9;;;9;; comp;7356500..7356572;aaa;;9;;;9;; comp;7356582..7356656;caa;;9;;;9;; comp;7356666..7356741;cac;;17;;;17;; comp;7356759..7356835;gac;;12;;;12;; comp;7356848..7356923;gta;;4;;;4;; comp;7356928..7357003;aac;;15;;;15;; comp;7357019..7357103;tac;;8;;;8;; comp;7357112..7357187;aca;;5;;;5;; comp;7357193..7357264;gaa;;15;;;15;; comp;7357280..7357355;gcc;;9;;;9;; comp;7357365..7357438;atc;;54;;;;; comp;7357493..7357609;5s;;112;;;;; comp;7357722..7360655;23s;;258;;;;; comp;7360914..7362454;16s;;403;*403;;;; ;7362858..7363397;CDS;;254752;;;;180; ;;;;;;;;; ;7618150..7618842;CDS;;280;280;;;231;*280 comp;7619123..7619193;ggg;;335;335;;;; ;7619529..7620461;CDS;;46171;;;;311; ;;;;;;;;; comp;7666633..7668069;CDS;;104;104;;;479;104 comp;7668174..7668244;ggg;;5;;;5;; comp;7668250..7668326;cca;;106;;;*106;; comp;7668433..7668506;cgt;;11;;;11;; comp;7668518..7668592;ggc;;5;;;5;; comp;7668598..7668684;ctg;;13;;;13;; comp;7668698..7668783;ctc;;16;;;16;; comp;7668800..7668872;aaa;;10;;;10;; comp;7668883..7668967;tac;;28;;;28;; comp;7668996..7669071;ttc;;12;;;;; comp;7669084..7669200;5s;;159;;;;; comp;7669360..7672297;23s;;256;;;;; comp;7672554..7674095;16s;;537;*537;;;; ;7674633..7675382;CDS;;177794;;;;250; ;;;;;;;;; comp;7853177..7853761;CDS;;57;57;;;195;57 comp;7853819..7853892;cac;;230;;230;;; comp;7854123..7854196;cac;;404;*404;;;; comp;7854601..7854801;CDS;;245639;;;;67; ;;;;;;;;; comp;8100441..8100854;CDS;;123;123;;;138;123 comp;8100978..8101094;5s;;167;;;;; comp;8101262..8104180;23s;;248;;;;; comp;8104429..8105969;16s;;325;325;;;; comp;8106295..8106636;CDS;;45281;;;;114; ;;;;;;;;; comp;8151918..8152448;CDS;;460;*460;;;177;*460 comp;8152909..8153031;5s;;94;;;;; comp;8153126..8156060;23s;;258;;;;; comp;8156319..8157859;16s;;456;*456;;;; ;8158316..8158642;CDS;;98285;;;;109; ;;;;;;;;; ;8256928..8257746;CDS;;83;83;;;273;83 comp;8257830..8257903;gga;;5;;;5;; comp;8257909..8257985;cca;;16;;;16;; comp;8258002..8258078;cgt;;4;;;4;; comp;8258083..8258157;ggc;;8;;;8;; comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd
pmq cumuls
modifier- Lien tableau: pmq cumuls
pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;;
pmq blocs
modifier- Lien tableau: pmq blocs
Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234
pmq distribution
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atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138
pmq données intercalaires
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;;Sup 800;Sup 1200 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;x;aa;c;aa;pmq;fx;fc;fx;fc;fc ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;1623;4186;804;807;1203 ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;29;agc;11;atc;28;;ctc;7;aac;410;14;15;810;811;1206 ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;39;atgj;5;gaa;12;;tcc;297;agc;420;10;15;823;814;1240 ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;15;gta;5;gtc;14;;atgf;9;gaa;430;16;19;826;815;1252 ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;14;atgf;4;atgf;14;;atgj;**;ctc;440;10;21;837;816;1263 ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;48;gac;9;tgg;8;;agc;16;gca;450;9;10;849;819;1270 ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;5;ttc;8;caa;4;;tcg;12;gaa;460;12;13;851;827;1276 ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;9;aca;18;aaa;4;;acc;16;gta;470;5;12;851;828;1276 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;15;tac;7;ctg;;119;gca;17;gac;480;7;14;856;828;1277 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;**;aaa;11;ggc;;36;ncRNA;9;cac;490;11;9;856;830;1351 ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;19;atc;12;cgt;6;;cca;9;caa;500;15;11;858;852;1352 ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;16;gca;**;cca;104;;cgt;8;aaa;510;6;7;858;863;1428 ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;9;gaa;6;aac;7;;ggc;3;ctg;520;7;7;873;868;1497 ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;20;tac;38;tcc;9;;ctg;**;ggc;530;5;9;875;885;1534 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;3;aac;11;gaa;9;;aaa;49;ctg;540;9;10;886;885;1546 ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;19;gta;17;gta;9;;caa;**;ctg;550;6;14;896;899;1576 ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;20;gac;13;atgf;17;;cac;40;ctc;560;2;10;906;900;1613 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;15;ttc;49;gac;12;;gac;13;tcc;570;6;9;910;903;1742 ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;10;aaa;4;ttc;4;;gta;19;atgj;580;3;6;921;912; 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;agc;3;ctg;13;aca;15;;aac;**;tcg;590;3;8;922;913; 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;atc;12;ggc;8;tac;8;;tac;7;tta;600;4;8;923;931; ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;atc;15;tgc;13;tgg;5;;aca;19;atgi;610;4;11;930;932; ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;atc;5;cgt;26;cac;15;;gaa;**;atgf;620;6;4;936;935; 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;aac;158;cca;9;caa;9;;gcc;230;cac;630;2;4;940;947; ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;aac;4;gca;12;ggc;**;;atc;**;cac;640;2;4;949;951; ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;ttc;5;acc;10;tgc;5;;ggg;;;650;4;6;959;962; ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;19;tcg;20;tta;106;;cca;;;660;6;2;963;989; 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;17;agc;3;cgt;11;;cgt;;;670;3;2;987;996; 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;5;gtc;**;ttg;5;;ggc;;;680;2;3;992;1006; ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;CDS-CDS;inf 50;;;39;acg;19;atc;13;;ctg;;;690;2;4;1007;1013; ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;intercalaire;;;;41;tcc;17;gca;16;;ctc;;;700;2;2;1027;1024; ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;c-;x-;;;**;ctc;8;gaa;10;;aaa;;;710;1;4;1038;1040; ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;-119;-89;;;10;aac;5;gta;28;;tac;;;720;3;2;1042;1045; ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;-119;-75;;;38;tcc;10;aca;**;;ttc;;;730;1;4;1054;1052; 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;-116;-73;;;11;gaa;18;tac;5;;gga;;;740;4;1;1055;1052; 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;-115;-65;;;17;gta;4;aac;16;;cca;;;750;3;1;1084;1077; ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;-113;-51;;;15;atgf;21;gta;4;;cgt;;;760;4;2;1087;1088; ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;-101;;;;67;gac;12;atgf;8;;ggc;;;770;2;3;1169;1095; ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;-101;;;;11;acg;34;gac;42;;cta;;;780;2;2;1211;1109; ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;-95;;;;10;cac;13;cac;8;;aaa;;;790;3;0;1277;1141; ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;-95;;;;5;caa;8;caa;9;;caa;;;800;2;3;1279;1157; 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;-74;;;;17;aaa;17;aaa;4;;tgg;;;;47;63;1318;1184; 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;-65;;;;40;ggc;13;ctc;5;;atgf;;;;;;1378;1186; 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;-65;;;;24;ggc;5;ctg;5;;gtc;;;;;;1521;1189; 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;-56;;;;8;ttg;14;ggc;11;;gaa;;;;;;1532;1200; ;;;;;;;;-46;0;1;;;-56;;;;19;cca;10;tgc;**;;atc;;;;;;1551;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;-55;;;;1;gga;5;cgt;;;;;;;;;1651;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;-53;;;;**;aga;**;cca;;;;;;;;;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;total;intercalaires;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;1,228,719;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;ADN long;8,739,048;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;%;14.1;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;non RNA;12;;;;;;;;;;;;;;;;;
pmq autres intercalaires aas
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; deb;;CDS;1834781;1835260;106;*; ;;tRNA;1835367;1835439;137;*;gcc fin;comp;CDS;1835577;1835978;;; deb;;CDS;2147627;2148466;89;*; ;;ncRNA;2148556;2148735;114;*; fin;;CDS;2148850;2149506;;0; deb;comp;CDS;2207093;2208091;192;*; ;;tRNA;2208284;2208367;49;*;ctg ;;tRNA;2208417;2208500;315;*;ctg fin;;CDS;2208816;2209952;;; deb;;CDS;3456514;3456786;256;*; ;;tRNA;3457043;3457119;142;*;ccc fin;;CDS;3457262;3457483;;; deb;comp;CDS;5004536;5005159;394;*; ;comp;tRNA;5005554;5005636;40;*;ctc ;comp;tRNA;5005677;5005765;13;*;tcc ;comp;tRNA;5005779;5005852;19;*;atgj ;comp;tRNA;5005872;5005958;167;*;tcg ;;ncRNA;5006126;5006220;132;*; fin;comp;CDS;5006353;5007825;;; deb;comp;CDS;6383256;6384173;228;*; ;;tRNA;6384402;6384474;72;*;gtc fin;comp;CDS;6384547;6385458;;; deb;comp;CDS;6390912;6391130;142;*; ;comp;tRNA;6391273;6391358;7;*;tta ;comp;tRNA;6391366;6391442;19;*;atgi ;comp;tRNA;6391462;6391538;75;*;atgf fin;comp;CDS;6391614;6391778;;; deb;;CDS;6561157;6563109;118;*; ;comp;ncRNA;6563228;6563648;95;*; fin;comp;CDS;6563744;6564859;;; deb;;CDS;7354507;7354737;342;*; ;comp;tRNA;7355080;7355162;28;*;ctc ;comp;tRNA;7355191;7355279;12;*;tcc ;comp;tRNA;7355292;7355368;14;*;atgf ;comp;tRNA;7355383;7355459;14;*;atgj ;comp;tRNA;7355474;7355561;8;*;agc ;comp;tRNA;7355570;7355659;4;*;tcg ;comp;tRNA;7355664;7355736;4;*;acc ;comp;tRNA;7355741;7355816;119;*;gca ;;ncRNA;7355936;7356030;36;*; ;comp;tRNA;7356067;7356140;6;*;cca ;comp;tRNA;7356147;7356220;104;*;cgt ;comp;tRNA;7356325;7356396;7;*;ggc ;comp;tRNA;7356404;7356490;9;*;ctg ;comp;tRNA;7356500;7356572;9;*;aaa ;comp;tRNA;7356582;7356656;9;*;caa ;comp;tRNA;7356666;7356741;17;*;cac ;comp;tRNA;7356759;7356835;12;*;gac ;comp;tRNA;7356848;7356923;4;*;gta ;comp;tRNA;7356928;7357003;15;*;aac ;comp;tRNA;7357019;7357103;8;*;tac ;comp;tRNA;7357112;7357187;5;*;aca ;comp;tRNA;7357193;7357264;15;*;gaa ;comp;tRNA;7357280;7357355;9;*;gcc ;comp;tRNA;7357365;7357438;54;*;atc ;comp;rRNA;7357493;7357609;113;*;5s ;comp;rRNA;7357723;7360652;269;*;23s ;comp;rRNA;7360922;7362458;399;*;16s fin;;CDS;7362858;7363397;;0; deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;;
Intergen51. pmq. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. pmq les différents types d'intercalaires.
pmq intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: pmq intercalaires positifs S+
- Tableaux
Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
- Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753
lbu
modifierlbu opérons
modifier- Lien tableau: lbu opérons
49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209;
lbu cumuls
modifier- Lien tableau: lbu cumuls
lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122
lbu blocs
modifier- Lien tableau: lbu blocs
lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;;
lbu distribution
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atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16
lbu données intercalaires
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;;reste;Sup 400 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;lam;long;long fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;fx;fc ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;hors bloc;408;403 ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;3;gta;4;;ggc;420;406 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;138;gaa;108;;ccg;430;409 ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;6;atgj;**;;ggc;437;409 ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;8;tcc;5;;tac;439;416 ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;**;aac;**;;caa;439;419 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;26;gac;5;;cag;445;420 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;atc;3;gaa;**;;gag;447;424 ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;atc;2;gta;3;;aac;460;427 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;35;cgt;24;;cca;461;429 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;gca;**;ggc;30;;ggc;481;429 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;gca;3;gac;2;;cgt;481;430 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;2;gta;3;;gta;481;446 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;aac;35;cgt;42;;gaa;485;449 ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;ggc;19;ggc;9;;tca;487;449 ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;intra;3;cca;3;;atgf;493;451 ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;atc gca;**;aac;6;;gac;506;452 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;8;;ttc;517;455 ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;4;;tac;517;461 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;13;;tgg;522;465 ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;29;;cac;540;473 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;28;;tgc;547;479 ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;;ttg;550;484 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;intercalaire;;;;;34;;aag;601;490 ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;c-;x-;;;;33;;aag;634;494 ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;-119;-99;;;;33;;aag;647;506 ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;-97;-99;;;;33;;aag;668;511 ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;-89;-98;;;;**;;aag;674;511 ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;-85;-76;;;;3;;gta;800;515 ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;-77;-54;;;;-;151;gaa;845;515 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;-67;-51;;;;**;;ctt;876;516 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;-67;;;;;17;;ttg;917;523 ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;-65;;;;;28;;ttg;;533 ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;-62;;;;;29;;tgc;;558 ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;-61;;;;;13;;cac;;559 ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;-59;;;;;4;;tgg;;560 ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;-56;;;;;8;;tac;;586 ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;-56;;;;;6;;ttc;;598 ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;-52;;;;;3;;gac;;642 ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;-52;;;;;9;;atgf;;669 ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;total;intercalaires;;;;42;;tca;;671 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;222,489;;;;261;;gaa;;693 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;ADN long;1,856,951;;;;2;;agc;;718 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;%;12.0;;;;3;;atc;;721 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;14;;gga;;755 ;;;;;;;;-46;;2;;;;non RNA;42;;;;17;;ttc;;755 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;11;;atgf;;841 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;12;;atgi;;844 ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;36;;atgj;;1005 ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;6;;cca;;1005 ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;5;;cgt;;1054 ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;15;;tta;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;
lbu autres intercalaires aas
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; deb;comp;CDS;1589221;1590557;156;*; ;comp;rRNA;1590714;1590830;70;*;117 ;comp;rRNA;1590901;1593808;127;*;2908 ;comp;tRNA;1593936;1594008;69;*;gca ;comp;tRNA;1594078;1594151;113;*;act ;comp;rRNA;1594265;1595828;295;*;1564 fin;;CDS;1596124;1596324;;0; deb;comp;CDS;1787130;1788440;298;*; ;comp;rRNA;1788739;1788855;70;*;117 ;comp;rRNA;1788926;1791833;217;*;2908 ;comp;rRNA;1792051;1793614;507;*;1564 fin;comp;CDS;1794122;1794325;;; deb;comp;CDS;1795068;1795472;102;*; ;comp;tRNA;1795575;1795648;3;*;gac ;comp;tRNA;1795652;1795724;2;*;gta ;comp;tRNA;1795727;1795800;35;*;cgt ;comp;tRNA;1795836;1795907;19;*;ggc ;comp;tRNA;1795927;1796000;3;*;cca ;comp;tRNA;1796004;1796076;7;*;aac ;comp;rRNA;1796084;1796200;70;*;117 ;comp;rRNA;1796271;1799178;217;*;2908 ;comp;rRNA;1799396;1800959;501;*;1564 fin;comp;CDS;1801461;1802087;;; deb;;CDS;1813522;1815336;60;*; ;;misc_f;1815397;1815445;52;*; fin;;CDS;1815498;1816658;;0;
Intergen51. lbu. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. lbu les différents types d'intercalaires.
ban*
modifierban opérons
modifier- Lien tableau: ban opérons
http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; comp;1104305..1104380;;aca;;4;;;4;; comp;1104385..1104460;;gta;;4;;;;; comp;1104465..1104580;;5s;;97;;;;; comp;1104678..1107604;;23s;;141;;;;; comp;1107746..1109299;;16s;;694;*694;;;; ;1109994..1113038;;CDS;;;;;;*1015; ;;;;;;;;;; comp;1306706..1307848;;CDS;;198;198;;;381; comp;1308047..1308120;;gga;;115;115;;;;115 comp;1308236..1308889;;CDS;;;;;;218; ;;;;;;;;;; ;1312025..1312345;;CDS;;207;207;;;107;207 comp;1312553..1312637;;ttg;;10;;;10;; comp;1312648..1312718;;tgc;;14;;;14;; comp;1312733..1312807;;ggc;;5;;;5;; comp;1312813..1312887;;caa;;63;;;63;; comp;1312951..1313026;;cac;;19;;;19;; comp;1313046..1313119;;tgg;;7;;;7;; comp;1313127..1313210;;tac;;17;;;17;; comp;1313228..1313303;;gta;;5;;;5;; comp;1313309..1313383;;gaa;;24;;;24;; comp;1313408..1313480;;acc;;4;;;4;; comp;1313485..1313559;;aac;;9;;;;; comp;1313569..1313684;;5s;;96;;;;; comp;1313781..1316709;;23s;;141;;;;; comp;1316851..1318405;;16s;;386;*386;;;; ;1318792..1319148;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1556278..1556507;;CDS;;57;57;;;77;57 comp;1556565..1556680;;5s;;49;;;;; comp;1556730..1560126;;23s;;173;;;;; comp;1560300..1562132;;16s;;476;*476;;;; ;1562609..1563322;;CDS;;;;;;238; ;;;;;;;;;; >;1566949..1567219;;CDS;;99;99;;;90;99 comp;1567319..1567434;;5s;;46;;;;; comp;1567481..1570409;;23s;;142;;;;; comp;1570552..1572115;;16s;;451;*451;;;; ;1572567..1574498;;CDS;;;;;;*644; ;;;;;;;;;; ;1579539..1580615;;CDS;;14;14;;;359;14 comp;1580630..1580745;;5s;;45;;;;; comp;1580791..1583912;;23s;;153;;;;; comp;1584066..1585720;;16s;;294;294;;;; comp;1586015..1587520;;CDS;;;;;;*502; ;;;;;;;;;; comp;1600693..1601166;;CDS;;174;174;;;158; comp;1601341..1601416;;gac;;3;;;3;; comp;1601420..1601496;;atgf;;12;;;;; comp;1601509..1601624;;5s;@1;46;;;;; comp;1601671..1604598;;23s;;141;;;;; comp;1604740..1606294;;16s;;75;;;;; comp;1606370..1606440;;gga;;1;;1;;; comp;1606442..1606518;;cca;+;4;;4;;; comp;1606523..1606599;;cgt;Séquence 10;3;;3;;; comp;1606603..1606691;;tta;;16;;16;;; comp;1606708..1606782;;ggc;;29;;29;;; comp;1606812..1606892;;cta;;14;;14;;; comp;1606907..1606982;;aaa;;5;;5;;; comp;1606988..1607062;;caa;;87;;*87;;; comp;1607150..1607225;;gac;;46;;46;;; comp;1607272..1607347;;gta;;4;;4;;; comp;1607352..1607426;;gaa;;1;;1;;; comp;1607428..1607502;;aac;2 aac;8;;8;;; comp;1607511..1607587;;atc;;11;;11;;; comp;1607599..1607669;;tgg;;6;;6;;; comp;1607676..1607748;;aca;;9;;9;;; comp;1607758..1607833;;ttc;;8;;8;;; comp;1607842..1607917;;gac;;4;;4;;; comp;1607922..1607998;;atgf;;20;;20;;; comp;1608019..1608111;;tca;2 tca;54;;54;;; comp;1608166..1608258;;tca;;20;;20;;; comp;1608279..1608351;;gca;;16;;16;;; comp;1608368..1608441;;cca;;10;;10;;; comp;1608452..1608525;;cgt;;3;;3;;; comp;1608529..1608617;;tta;;16;;16;;; comp;1608634..1608708;;ggc;;29;;29;;; comp;1608738..1608818;;cta;;13;;13;;; comp;1608832..1608907;;aaa;;5;;5;;; comp;1608913..1608987;;caa;;87;;*87;;; comp;1609075..1609150;;gac;;46;;46;;; comp;1609197..1609272;;gta;;4;;4;;; comp;1609277..1609351;;gaa;;8;;8;;; comp;1609360..1609450;;agc;;3;;3;;; comp;1609454..1609528;;aac;;114;114;;;;114 comp;1609643..1610101;;CDS;;;;;;153; ;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204;
ban cumuls
modifier- Lien tableau: ban cumuls
ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124
ban blocs
modifier- Lien tableau: ban blocs
ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;;
ban distribution
modifier- Lien tableau: ban distribution
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;;
ban données intercalaires
modifier- Lien tableau: ban données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
- Note du 2.12.22: correction des tRNA hors (-1, 139 tRNA-CDS) et tRNA cont (+1, 10 ttg)
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;400-600;;reste;Sup 600 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;effectif;;;long;long fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;ban;fx;fc;fx;fc ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;1416;3121;610;605 ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;1;gaa;20;atgf;13;gaa;410;13;11;612;605 ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;8;aac;54;tca;**;atgj;420;10;16;616;612 ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;11;atc;20;tca;13;aaa;430;7;11;624;617 ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;6;tgg;16;gca;21;gaa;440;9;8;627;617 ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;9;aca;10;cca;41;gac;450;9;8;630;619 ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;9;ttc;3;cgt;**;ttc;460;4;6;634;629 ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;4;gac;16;tta;1;gga;470;4;5;636;630 ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;20;atgf;29;ggc;**;aga;480;6;6;637;634 ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;54;tca;13;cta;;;490;6;9;638;636 ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;20;tca;5;aaa;;;500;6;7;648;641 ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;16;gca;87;caa;;;510;2;5;660;642 ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;10;cca;46;gac;;;520;8;2;665;645 ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;3;cgt;4;gta;;;530;1;4;697;646 ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;atc;16;tta;8;gaa;;;540;6;6;697;651 ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;gca;29;ggc;3;agc;;;550;9;3;698;651 ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;22;cta;**;aac;;;560;3;6;709;654 ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;9;cac;10;gca;;;570;5;2;734;668 ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;4;aca;5;ggc;;;580;5;2;744;670 ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;gta;**;gta;5;aaa;;;590;7;6;769;677 ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;aac;10;ttg;65;caa;;;600;2;2;777;677 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;atgf;14;tgc;17;tac;;;;;;783;685 ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;intra;5;ggc;5;gta;;;;;;814;691 ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;atc gca;63;caa;24;gaa;;;;;;825;692 ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;19;cac;4;acc;;;;;;834;696 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;gaa;7;tgg;**;aac;;;;;;836;709 ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;17;tac;4;gta;;;;;;853;721 ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;5;gta;9;aca;;;;;;856;734 ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;CDS-CDS;inf 50;;;24;gaa;22;cac;;;;;;870;737 ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;intercalaire;;;;4;acc;29;cta;;;;;;883;741 ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;c-;x-;;;**;aac;16;ggc;;;;;;897;744 ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;-95;-89;;;3;gac;3;tta;;;;;;902;770 ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;-65;;;;**;atgf;10;cgt;;;;;;956;827 ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;-59;;;;1;gga;16;cca;;;;;;963;831 ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;-59;;;;4;cca;20;gca;;;;;;1044;833 ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;-59;;;;3;cgt;54;tca;;;;;;1073;847 ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;-55;;;;16;tta;20;cta;;;;;;1140;871 ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;-53;;;;29;ggc;1;atgf;;;;;;1149;953 ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;total;intercalaires;;;14;cta;12;gac;;;;;;1159;963 ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;749,857;;;5;aaa;14;ttc;;;;;;1195;967 ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;ADN long;5,321,900;;;87;caa;10;aca;;;;;;1641;1004 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;%;14.1;;;46;gac;13;aaa;;;;;;;1078 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;4;gta;10;gga;;;;;;;1152 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;non RNA;9;;;1;gaa;7;atc;;;;;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;8;aac;7;aac;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;11;atc;6;agc;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;6;tgg;**;gaa;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;9;aca;;;;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;8;ttc;;;;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;4;gac;;;;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;suite;suite;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;;;
ban autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: ban autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;;
Intergen51. ban. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. ban les différents types d'intercalaires.
ban séquences
modifier33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;;
bacilli synthèse
modifierbacilli données intercalaires
modifier- Lien tableau: bacilli données intercalaires
- Note: hors/contig pour considérer certains tRNA hors bloc comme appartenant au processus des contig
Les bacilli;;ban;bsu;lbu;lam;lmo;pmq;ppm;ppmp;;;;;* Autres intercalaires: 1456;;;ft: 271;Ici: 868;Reste: 317;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; compilation du 18.10.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;fx%;fc%;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA hors;;Hors / contig;;;;;bacilli;HC ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;2;9;218;295;87;14;183;1;144;1;86;1;98;1;79;1;15;1;5;5;1;2;1;lam;;ppm;;bsu;;2;3 tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;13;85;224;349;123;34;;1;147;1;100;1;114;1;80;1;31;1;10;5;2;3;2;35;gaa;11;ttg;3;gaa;3;10 0;0;1;0;12;159;0;12;159;-1;1;525;20;114;230;387;130;36;;1;158;1;111;2;99;1;128;1;34;1;12;19;3;13;3;9;tca;11;tgc;4;gta;4;14 10;0;0;10;94;1534;1;7;264;-2;4;5;31;65;241;399;148;57;;1;177;1;113;2;127;1;129;1;36;1;14;30;4;16;4;3;atgf;6;ggc;22;aca;5;8 20;2;1;20;146;2063;2;10;262;-3;0;2;60;44;243;404;156;99;;1;231;1;133;2;132;1;130;1;38;1;19;38;5;12;5;6;gac;9;caa;4;tac;6;8 30;0;3;30;228;1179;3;9;210;-4;50;1371;47;36;258;452;175;208;;1;259;1;144;2;133;1;186;1;39;1;21;14;6;10;6;7;ttc;17;cac;*;caa;7;8 40;2;2;40;448;807;4;8;158;-5;0;1;31;33;272;477;178;277;;1;263;1;161;4;113;2;81;1;46;1;24;11;7;11;7;4;tac;7;tgg;4;aac;8;5 50;2;3;50;347;649;5;11;137;-6;5;2;27;38;289;513;190;296;;1;266;1;168;;;2;118;1;54;1;41;17;8;7;8;12;tgg;4;tac;29;agc;9;10 60;5;6;60;227;606;6;4;128;-7;1;29;29;39;291;533;206;176;;1;267;1;169;;;2;172;1;55;2;11;26;9;11;9;7;cac;22;aca;11;gaa;10;1 70;4;4;70;197;681;7;12;83;-8;5;448;28;36;295;547;237;183;;1;268;2;48;;;4;127;1;82;2;20;24;10;1;10;23;caa;35;ttc;26;caa;11;7 80;3;7;80;216;703;8;14;64;-9;5;0;33;33;298;570;298;236;;1;270;2;49;;;;;2;7;2;46;16;11;8;11;40;tgc;15;gac;11;aaa;12;4 90;9;5;90;211;646;9;9;105;-10;5;26;29;37;299;612;308;;;1;271;2;81;;;;;2;12;2;52;13;12;4;12;*;ttg;25;atgf;80;cta;13;5 100;7;4;100;245;606;10;10;123;-11;9;200;34;33;302;613;393;;;1;272;2;97;;;;;2;14;3;8;11;13;6;13;lbu;;58;gta;*;ctc;14;2 110;3;12;110;212;668;11;8;162;-12;2;0;36;29;309;649;460;;;1;290;2;101;;;;;2;18;5;69;10;14;2;14;3;aac;17;gaa;35;ttc;15;2 120;5;10;120;251;597;12;11;273;-13;1;29;30;26;318;695;767;;;1;353;2;145;;;;;2;20;;;12;15;3;15;24;cca;3;tcc;81;gac;16;2 130;6;13;130;270;531;13;15;222;-14;5;132;35;25;320;793;232;;;2;203;2;170;;;;;3;4;;;11;16;2;16;30;ggc;*;aac;9;gaa;17;5 140;4;7;140;221;470;14;21;240;-15;2;0;33;23;321;;343;;;2;218;3;50;;;;;3;43;;;12;17;5;17;2;cgt;ppmp;;*;aaa;18;0 150;2;6;150;261;458;15;15;263;-16;3;18;32;21;323;;216;;;2;280;3;71;;;;;4;9;;;3;18;0;18;3;gta;5;agc;pmq;;19;1 160;0;11;160;241;425;16;11;206;-17;4;97;28;21;344;;383;;;2;410;3;78;;;;;6;13;;;12;19;2;19;42;gaa;63;tgc;7;aac;20;0 170;3;8;170;234;388;17;17;174;-18;1;1;29;19;350;;163;;;3;167;4;69;;;;;;;;;10;20;0;20;9;tca;7;gaa;297;agc;21;1 180;3;3;180;204;376;18;18;214;-19;1;13;28;18;363;;;;;4;244;4;80;;;;;;;;;2;21;1;21;3;atgf;6;ctt;9;gaa;22;3 190;3;5;190;216;347;19;15;155;-20;3;78;27;16;364;;;;;4;269;6;70;;;;;;;;;8;22;3;22;6;gac;101;cca;*;ctc;23;1 200;2;4;200;206;327;20;15;154;-21;0;0;23;14;365;;;;;5;146;6;77;;;;;;;;;2;23;1;23;8;ttc;4;tgg;16;gca;24;1 210;6;3;210;199;293;21;10;165;-22;1;18;23;14;373;;;;;5;164;6;96;;;;;;;;;4;24;1;24;4;tac;7;tat;12;gaa;25;1 220;1;3;220;168;253;22;13;156;-23;1;55;20;13;376;;;;;7;217;8;55;;;;;;;;;5;25;1;25;13;tgg;6;caa;16;gta;26;1 230;4;7;230;169;255;23;19;126;-24;0;1;20;11;377;;;;;;;;;;;;;;;;;4;26;1;26;29;cac;5;cac;17;gac;27;0 240;2;1;240;149;243;24;28;144;-25;3;21;16;10;388;;;;;51;;66;;14;;16;;36;;24;;3;27;1;27;28;tgc;125;gac;9;cac;28;2 250;5;1;250;151;200;25;17;101;-26;5;53;17;9;408;;;;;tRNA 16s;23s tRNA;16s 5s;;;;;;;;;;5;28;2;28;*;ttg;10;gga;9;caa;29;3 260;1;3;260;121;173;26;29;102;-27;0;0;16;10;422;;;;;76;131;102;;;;;;;;;;8;29;3;29;17;ttg;4;aac;8;aaa;30;1 270;3;3;270;125;167;27;28;109;-28;1;7;12;8;445;;;;;159;;117;;;;;;;;;;2;30;1;30;28;ttg;9;tac;3;ctg;31;0 280;2;1;280;119;181;28;24;83;-29;3;32;11;7;445;;;;;170;;;;;;;;;;776;;1;31;0;31;29;tgc;82;ata;*;ggc;32;0 290;1;1;290;89;144;29;26;95;-30;0;0;12;7;451;;;;;171;;;;;;;;;;;;1;32;0;32;13;cac;5;atgi;40;ctc;33;0 300;1;0;300;82;121;30;34;98;-31;1;7;11;5;451;;;;;341;;;;;;;;;;;;1;33;3;33;4;tgg;4;aac;13;tcc;34;0 310;1;0;310;87;130;31;33;98;-32;3;28;8;7;489;;;;;;;8;;;;;;;;;;4;34;2;34;8;tac;131;tgg;19;atgj;35;3 320;0;1;320;81;95;32;30;75;-33;1;0;11;5;501;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;4;35;6;ttc;5;gaa;*;tcg;36;1 330;0;0;330;63;128;33;42;101;-34;1;5;8;6;510;;;;;;;;;;;;;;;;;1;36;1;36;3;gac;55;ggc;lmo;;37;0 340;3;1;340;79;91;34;33;67;-35;1;24;8;5;518;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;0;37;9;atgf;22;ttc;157;gaa;38;0 350;1;1;350;57;101;35;45;87;-36;2;0;6;4;520;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;38;42;tca;7;cga;9;acg;39;0 360;0;4;360;60;82;36;42;94;-37;0;8;5;5;533;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;0;39;261;gaa;5;cca;11;tac;40;2 370;1;1;370;47;71;37;39;62;-38;1;9;6;5;536;;;;;;;;;;;;;;;;;2;40;2;40;2;agc;5;ttg;6;caa;41;1 380;0;0;380;39;82;38;49;67;-39;1;0;5;3;562;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;41;3;atc;4;atc;*;aaa;42;2 390;1;2;390;47;88;39;66;90;-40;1;6;;;607;;;;;;;;;;;;;;;;;3;42;2;42;14;gga;5;atgf;ban;;55;1 400;0;2;400;36;59;40;69;66;-41;1;17;;;673;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;0;43;17;ttc;109;gca;13;aaa;58;1 reste;10;13;reste;760;973;reste;6487;12408;-42;2;0;;;744;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44;11;atgf;3;cga;21;gaa;63;1 total;108;163;total;7415;18150;total;7415;18150;-43;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;0;45;12;atgi;13;cta;41;gac;80;1 %reste;9,3;8,0;%reste;10,2;5,4;diagr;916;5583;-44;2;14;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;46;0;46;36;atgj;8;atc;*;ttc;81;1 t30;2;4; t30;468;4776;;;;-45;1;0;;;44;16;20;11;1;92;;;;;;;;;;;;0;47;0;47;6;cca;4;aac;;;82;1 %t30;1,9;2,5;%t30;6,3;26,3;;;;-46;0;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;0;48;5;cgt;*;tgg;;;86;1 diagr;98;149;diagr;6643;17018;;;;-47;1;13;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;49;1;49;15;tta;8;gac;;;101;1 ;;;;;;;;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50;4;ggc;86;tac;;;109;1 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-49;0;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;20;;11;aca;14;aaa;;;125;1 ;;>0;<0;zéro;total;*;;;-50;1;31;;;;;;;;;;;;;;;;;;;561;391;;169;;12;cta;4;gga;;;131;1 ;x;7403;164;12;7472;;;;reste;23;49;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;55;2;aaa;7;ttc;;;157;1 ;c;17991;3390;159;21070;42610;;;total;164;3390;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;58;*;gta;*;acg;;;261;1 ;;;;;;1456;;;%reste;14,0;1,4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;63;;;;;;;297;1 ;;;;;;44066;;;diagr;86;1 437;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;55;1;80;;;;;;;;132 ;;;;;;;;;%diagr;52,4;42,4;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;81;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;82;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;60;2;86;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;63;1;101;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;65;1;108;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;67;1;109;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;77;1;111;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;112;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;125;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;102;1;131;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;104;1;139;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;106;1;157;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;138;1;230;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;158;1;261;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;265;1;297;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;lbu x+;151;;;;;;;;
bacilli données intercalaires 200
modifier- Lien tableau: bacilli données intercalaires 200;fc+400
total;2512;3289;1248;1098;1849;4540;3176;438 gen;bsu;ban;lam;lbu;lmo;pmq;ppm;ppmp 0;25;33;16;10;27;26;19;3 1;41;38;30;24;32;52;46;1 2;31;35;38;36;40;46;33;3 3;34;40;28;15;33;35;22;3 4;27;33;13;10;11;34;28;2 5;19;20;11;11;19;28;25;4 6;21;22;13;5;16;32;17;2 7;16;10;7;3;5;28;14;0 8;7;7;16;4;5;12;12;1 9;16;12;23;17;13;10;13;1 10;19;17;23;17;9;21;16;1 11;32;31;23;15;26;23;12;0 12;54;63;17;16;52;38;31;2 13;46;42;16;12;31;43;25;7 14;47;50;16;15;36;45;30;1 15;52;62;21;16;46;39;23;4 16;31;37;19;12;42;34;29;2 17;41;39;13;10;21;25;21;4 18;44;40;14;11;43;36;22;4 19;23;31;11;12;26;29;21;2 20;29;32;12;9;22;24;26;0 21;25;29;11;11;30;37;20;2 22;29;21;8;17;25;32;21;3 23;22;29;4;7;16;24;22;2 24;24;21;10;5;18;45;19;2 25;15;16;7;7;9;28;16;3 26;12;18;11;8;10;15;24;4 27;12;20;5;6;16;24;25;1 28;14;12;9;5;8;14;20;1 29;17;16;4;5;6;25;21;1 30;15;10;1;7;9;30;24;2 31;16;22;5;4;8;26;14;3 32;12;13;0;4;5;21;19;1 33;18;17;7;6;9;26;16;2 34;7;12;4;2;7;20;15;0 35;11;12;4;3;10;31;14;2 36;13;16;3;4;9;23;20;6 37;5;13;6;2;3;24;8;1 38;11;13;2;2;0;24;14;1 39;21;11;2;6;6;27;12;5 40;7;8;3;2;7;28;9;2 41;5;10;2;6;5;22;13;1 42;6;12;5;7;3;17;11;2 43;13;15;1;4;6;23;15;0 44;14;7;3;3;6;24;10;0 45;9;10;5;5;6;18;19;0 46;8;4;3;2;5;14;9;2 47;4;4;5;0;4;18;13;1 48;8;12;4;6;4;21;12;2 49;11;13;5;6;2;19;16;0 50;6;10;6;4;4;19;18;2 51;3;10;9;6;4;19;9;0 52;8;10;6;6;3;17;9;0 53;13;14;4;6;1;12;9;3 54;11;9;5;4;8;14;9;0 55;6;8;2;2;9;16;12;1 56;8;14;9;2;4;15;19;2 57;8;5;1;3;6;17;6;1 58;6;8;3;4;2;15;8;4 59;11;13;7;5;3;14;13;1 60;18;6;9;5;6;17;9;2 61;11;10;13;4;11;14;8;1 62;15;12;4;7;5;12;15;2 63;10;8;4;2;7;18;11;3 64;12;6;7;4;7;20;7;2 65;7;12;5;2;9;15;6;1 66;16;21;7;4;5;18;9;4 67;10;14;12;5;9;12;12;3 68;9;11;3;6;5;10;10;3 69;16;15;7;2;7;8;14;1 70;13;11;4;4;4;15;11;2 71;18;10;4;6;6;14;17;1 72;11;14;4;3;6;16;12;2 73;14;9;3;1;3;23;11;4 74;8;16;7;3;7;13;11;2 75;15;10;3;3;7;17;15;1 76;11;10;11;8;6;17;10;1 77;10;12;4;1;7;15;6;3 78;13;14;3;4;6;22;5;3 79;4;20;7;3;10;14;10;3 80;17;12;10;2;11;19;8;1 81;20;6;6;6;5;16;8;2 82;14;10;3;2;6;16;10;3 83;10;11;5;1;9;21;12;3 84;12;6;4;3;7;14;19;1 85;13;6;5;5;8;10;11;3 86;2;11;3;1;6;21;11;1 87;13;11;4;5;11;23;14;3 88;8;9;4;4;6;10;13;0 89;8;16;5;1;8;16;4;4 90;11;8;4;5;3;15;12;0 91;12;9;6;3;5;14;12;1 92;11;12;6;3;3;16;11;3 93;11;12;6;8;6;13;14;2 94;5;8;7;5;5;15;6;1 95;8;10;4;3;9;15;14;1 96;5;14;7;6;9;21;5;0 97;7;10;5;0;5;8;10;1 98;10;10;6;1;2;14;9;0 99;7;14;6;7;3;17;10;1 100;15;9;4;3;7;15;7;1 101;11;16;4;5;8;19;18;2 102;8;9;6;1;10;9;10;1 103;8;13;6;8;7;10;10;1 104;8;13;10;4;7;11;8;1 105;11;16;3;5;10;14;14;2 106;14;11;3;1;11;13;5;0 107;9;16;4;5;11;15;9;0 108;6;17;6;4;10;6;12;0 109;17;11;7;6;6;14;12;1 110;14;13;8;4;8;10;12;0 111;12;12;2;4;5;14;11;1 112;7;18;5;5;12;11;9;0 113;7;10;6;2;7;10;7;3 114;12;14;1;4;9;11;8;1 115;13;9;4;4;6;14;11;1 116;7;18;2;5;4;7;10;1 117;6;18;9;4;9;12;9;1 118;5;10;6;5;8;14;11;0 119;11;13;6;2;9;7;10;1 120;7;10;2;2;5;17;10;2 121;8;10;3;3;8;6;10;1 122;11;10;2;2;8;12;9;0 123;5;5;4;4;5;17;11;1 124;11;13;5;3;2;12;8;2 125;9;10;4;2;8;13;14;1 126;11;10;4;4;4;9;7;1 127;6;18;3;1;5;11;7;1 128;7;17;3;5;8;15;11;1 129;4;12;3;1;4;12;8;0 130;13;3;3;0;5;12;6;4 131;5;8;4;3;3;9;6;1 132;6;5;2;3;4;8;6;0 133;9;8;3;2;9;9;6;1 134;7;13;3;2;8;16;10;3 135;9;7;2;4;6;6;13;1 136;7;16;3;5;7;10;13;1 137;5;7;2;2;6;15;11;1 138;5;8;3;3;4;8;9;2 139;7;9;4;4;2;4;7;2 140;6;8;3;4;3;10;12;2 141;3;11;2;4;4;9;3;3 142;6;9;2;2;7;12;10;0 143;8;13;3;4;4;12;9;2 144;15;10;2;2;5;10;12;1 145;7;9;1;3;1;13;11;1 146;8;13;2;3;5;17;7;3 147;9;10;4;0;5;10;5;0 148;4;9;1;1;5;15;1;1 149;5;7;4;2;8;10;2;1 150;3;3;1;4;4;10;9;2 151;8;7;3;7;4;12;7;0 152;9;7;0;1;3;14;7;0 153;6;8;0;4;4;4;12;1 154;8;8;2;1;6;9;5;0 155;6;12;2;3;2;4;7;2 156;7;7;1;2;7;9;7;2 157;2;6;2;3;4;10;13;2 158;5;7;2;5;4;6;13;0 159;8;8;1;6;3;15;8;2 160;6;12;5;2;5;4;8;1 161;10;11;0;7;2;7;6;0 162;11;6;1;3;2;13;8;2 163;6;2;1;4;5;7;13;1 164;4;5;4;1;2;10;11;1 165;6;8;2;1;2;5;11;0 166;1;7;1;4;6;8;9;0 167;9;7;1;1;4;10;14;0 168;3;4;2;2;1;10;6;2 169;5;12;3;2;2;10;7;0 170;3;4;2;4;2;14;3;2 171;0;4;1;1;3;12;5;1 172;10;3;1;4;1;10;6;1 173;5;13;3;1;7;12;11;2 174;5;2;3;1;3;16;8;1 175;4;5;0;1;5;8;10;0 176;7;5;3;1;1;9;7;1 177;4;7;2;4;2;15;13;1 178;5;6;0;4;1;7;6;1 179;5;3;2;1;2;8;5;0 180;8;7;4;3;5;14;8;0 181;1;13;2;2;2;12;10;1 182;2;4;2;2;7;8;7;2 183;2;8;1;2;0;11;7;0 184;1;4;1;1;1;6;2;3 185;8;9;4;0;3;9;8;0 186;3;4;1;5;1;11;6;1 187;3;5;3;1;3;7;12;2 188;5;6;4;1;2;5;13;0 189;4;5;4;1;2;11;7;0 190;4;4;2;1;4;13;12;1 191;3;4;0;1;4;7;5;2 192;2;3;5;0;6;7;4;3 193;6;4;1;2;4;16;4;1 194;3;6;0;1;6;6;9;0 195;8;10;2;4;2;12;8;1 196;3;4;0;2;1;10;12;0 197;4;3;2;0;3;9;7;0 198;1;2;1;0;4;9;10;2 199;3;8;1;1;2;12;8;0 200;1;7;1;3;3;7;7;2 201;4;5;1;2;1;11;4;0 202;1;8;2;2;4;4;6;0 203;2;7;1;3;2;10;8;1 204;1;7;1;1;1;8;7;1 205;6;2;0;2;4;10;3;3 206;4;5;4;3;1;8;3;0 207;1;7;0;1;3;13;5;0 208;4;6;1;1;3;11;7;0 209;2;7;1;0;1;4;4;1 210;5;11;2;1;3;6;7;1 211;2;6;0;2;2;8;3;2 212;0;4;1;2;1;7;6;0 213;2;4;1;2;2;13;9;2 214;1;7;0;1;0;3;6;2 215;2;4;0;1;2;14;9;2 216;3;6;1;1;0;6;4;1 217;1;5;0;0;2;11;5;0 218;1;6;3;1;2;5;6;2 219;2;3;0;3;0;10;6;1 220;0;3;3;1;3;8;2;1 221;2;4;2;1;1;8;7;0 222;2;3;1;2;1;6;3;2 223;2;6;1;2;3;3;7;0 224;1;5;1;2;1;8;9;3 225;1;1;4;0;1;14;10;2 226;4;4;1;0;3;9;3;0 227;1;2;1;0;2;6;3;0 228;3;7;0;0;1;11;6;1 229;1;4;4;4;2;0;5;2 230;3;7;0;0;1;13;9;0 231;2;2;2;2;2;6;4;1 232;5;4;0;3;2;12;5;0 233;3;5;0;1;3;9;5;0 234;1;3;3;1;3;6;6;0 235;4;6;3;3;2;7;8;0 236;4;4;0;2;0;11;1;0 237;1;3;2;0;2;10;8;1 238;3;4;1;1;0;8;1;3 239;4;2;0;0;1;8;2;0 240;0;2;4;0;1;10;5;0 241;1;5;1;1;1;5;6;1 242;1;2;3;4;0;8;2;0 243;4;2;0;1;2;8;4;0 244;0;1;0;1;2;7;7;0 245;6;0;1;1;0;10;3;0 246;1;2;0;0;0;8;4;2 247;2;5;0;0;1;6;4;1 248;0;4;1;0;2;5;4;0 249;2;3;3;1;1;8;7;1 250;1;6;0;0;1;8;3;2 251;2;0;1;3;3;9;4;0 252;0;2;0;0;1;7;3;0 253;1;5;0;1;0;8;2;2 254;2;5;1;0;0;6;2;0 255;1;5;0;1;2;6;6;0 256;3;0;0;0;2;4;4;0 257;1;2;2;1;3;6;3;0 258;2;2;1;0;4;5;6;0 259;1;2;2;0;0;9;2;0 260;1;2;1;1;1;5;4;0 261;3;2;2;1;2;5;4;0 262;3;0;1;0;0;4;0;0 263;3;6;0;0;0;6;4;0 264;1;3;2;3;0;9;3;0 265;2;7;0;1;1;10;3;0 266;0;3;3;0;0;5;1;1 267;1;2;0;0;1;7;2;2 268;0;4;2;1;0;5;4;0 269;2;2;1;0;0;5;5;0 270;1;7;0;2;1;4;2;0 271;3;3;0;1;1;4;5;1 272;2;3;2;2;1;3;5;1 273;2;5;0;2;2;7;2;1 274;0;3;0;0;4;3;2;0 275;4;2;0;0;1;7;7;0 276;2;3;0;1;0;9;10;1 277;0;5;0;0;3;6;4;1 278;0;2;0;0;2;5;4;2 279;3;1;0;0;1;8;2;0 280;0;2;0;1;2;7;3;0 281;1;0;3;0;1;2;4;2 282;1;3;0;0;4;8;3;0 283;0;0;1;4;2;5;2;0 284;0;5;2;2;0;3;2;0 285;1;2;0;0;0;7;3;0 286;1;2;0;1;1;2;1;1 287;0;5;0;0;1;7;4;0 288;1;4;0;1;1;4;4;0 289;0;6;0;3;1;5;3;1 290;1;1;1;1;3;2;2;0 291;0;2;1;2;2;4;4;1 292;1;2;0;0;1;7;2;0 293;0;3;0;0;1;0;7;1 294;0;4;0;0;2;2;2;0 295;3;1;1;1;0;3;0;0 296;1;2;1;0;1;4;4;0 297;1;3;1;0;1;3;0;0 298;1;6;1;1;1;2;2;0 299;1;4;2;1;1;4;1;1 300;1;1;0;0;2;6;0;0 301;1;5;0;2;0;6;3;0 302;2;2;0;0;0;7;3;1 303;1;2;1;1;0;7;4;0 304;0;4;0;0;0;0;4;2 305;0;5;1;1;2;4;3;1 306;1;6;0;1;1;3;2;1 307;0;2;2;1;0;4;1;0 308;2;0;0;1;1;3;0;0 309;0;4;0;0;1;5;2;0 310;1;2;0;1;0;6;1;0 311;0;3;0;1;0;8;1;0 312;0;3;0;0;0;5;1;0 313;0;2;0;0;0;3;1;0 314;0;2;0;0;0;0;3;0 315;1;1;1;0;0;3;2;1 316;1;2;1;0;1;1;4;2 317;2;0;0;1;3;4;2;1 318;0;1;1;0;1;2;2;0 319;1;1;1;0;1;3;2;0 320;1;4;1;0;1;3;2;0 321;0;2;5;0;1;4;2;0 322;1;2;1;1;1;4;2;0 323;2;5;0;1;0;5;2;0 324;0;3;0;3;0;1;1;1 325;1;3;1;0;1;5;3;0 326;1;2;1;0;1;3;1;1 327;2;3;0;1;1;5;3;1 328;1;1;0;1;0;5;3;0 329;0;2;1;1;2;6;3;0 330;0;3;2;0;2;3;1;1 331;0;6;0;0;1;3;1;0 332;0;3;1;1;2;8;0;0 333;3;1;0;0;0;1;1;0 334;3;4;0;0;3;1;3;0 335;1;2;0;0;0;3;1;0 336;0;2;0;1;0;3;3;0 337;2;3;1;0;0;2;1;1 338;0;4;0;0;0;1;2;0 339;0;2;0;0;1;4;3;0 340;0;1;0;0;0;1;0;0 341;0;2;1;0;0;4;4;1 342;0;7;1;0;0;3;2;0 343;0;2;0;0;0;5;1;0 344;1;0;0;0;1;3;2;0 345;0;3;0;1;2;6;2;0 346;0;0;0;0;1;1;3;0 347;0;6;0;0;0;2;0;0 348;0;1;0;0;0;5;2;0 349;4;4;0;1;1;2;2;0 350;0;2;2;2;0;2;4;0 351;1;1;0;0;0;3;1;0 352;0;2;0;0;0;4;2;3 353;0;1;1;0;0;4;2;1 354;0;2;2;0;1;4;1;0 355;1;1;2;0;1;1;2;0 356;2;0;0;0;0;1;1;0 357;0;3;0;0;0;2;4;0 358;0;4;0;0;2;2;1;0 359;0;3;0;1;0;0;4;0 360;0;0;2;1;1;1;2;1 361;0;0;0;0;1;0;2;0 362;1;1;0;0;0;4;2;0 363;0;1;0;1;0;3;0;0 364;0;4;0;0;0;3;0;0 365;0;2;0;1;2;2;1;0 366;0;1;0;1;3;1;1;1 367;0;0;1;2;1;4;2;0 368;0;2;0;0;1;1;0;0 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bacilli données intercalaires 200
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bacilli distribution par génome
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baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760
bacilli distribution du total
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baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43
bacilli distribution par type
modifier- Lien tableur: bacilli distribution par type
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baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
bacilli par rapport au groupe de référence
modifier- Lien tableau: bacilli par rapport au groupe de référence
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;;
bacilli, estimation des -rRNAs
modifier- Lien tableau: bacilli, estimation des -rRNAs
;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554
clostridia
modifierpsor
modifierpsor opérons
modifier- Lien tableau: psor opérons
27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300;
psor cumuls
modifier- Lien tableau: psor cumuls
psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121
psor blocs
modifier- Lien tableau: psor blocs
I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;;
psor distribution
modifier- Lien tableau: psor distribution
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;;
psor données intercalaires
modifier- Lien tableau: psor données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;Sup 500;Sup 600 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;psor;frequence;effectif;;long;long fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;psor;fx;fc;fx;fc ;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;629;2219;503;606 ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;13;tta;13;atgj;12;tgc;410;10;11;511;608 ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;15;atgf;6;ttc;3;aac;420;2;9;524;616 ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;9;gaa;6;atc;**;aca;430;5;6;534;619 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;6;gga;31;cca;8;gta;440;4;4;538;619 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;5;gta;11;tgg;20;gaa;450;1;6;544;630 ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;16;gac;6;atgi;10;aaa;460;3;5;570;632 ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;4;aac;6;cca;10;aca;470;7;5;584;647 ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;4;aca;11;agc;7;gac;480;0;6;587;653 ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;15;tac;6;tca;9;gta;490;2;4;603;657 ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;14;cta;12;aaa;5;gaa;500;0;6;623;659 ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;7;aga;6;caa;**;aaa;510;1;1;643;684 ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;gca;11;caa;19;aga;;;520;1;5;643;688 ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;gca;6;aaa;11;gga;;;530;1;4;646;691 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;gca;3;tca;4;tac;;;540;2;3;679;698 ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;gca;9;ttc;4;aca;;;550;1;0;704;699 ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;8;atgj;31;aac;;;560;0;2;707;711 ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;gca;21;atgi;16;aac;CDS-CDS;inf 50;570;1;3;713;725 ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;gca;6;cca;5;gac;intercalaire;;580;0;1;723;733 ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;gca;4;cac;6;gta;c-;x-;590;2;4;727;754 ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;gca;25;tgc;9;gga;-113;-52;600;0;4;796;769 ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;13;tta;15;gaa;total;intercalaires;;;;824;821 ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;tta;15;atgf;13;atgf;;450,598;;;;827;840 ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;gaa;9;gaa;**;tta;ADN long;3,550,458;;;;942;858 ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;6;gga;;;%;12.7;;;;998;859 ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;gga;5;gta;;;;;;;;1035;861 ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;gga;16;gac;;;non RNA;49;;;;1088;872 ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;aca;4;aac;;;;;;;;1217;876 ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;4;aca;;;;;;;;1350;888 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;atgi;15;tac;;;;;;;;;888 ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;atgj;11;cta;;;;;;;;;937 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;13;ggc;;;;;;;;;940 ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;gga;7;aga;;;;;;;;;941 ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;gga;11;caa;;;;;;;;;997 ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;gga;6;aaa;;;;;;;;;1082 ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;aca;3;tca;;;;;;;;;1115 ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;intra;9;ttc;;;;;;;;;1170 ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;tta atgi;8;atgj;;;;;;;;;1283 ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;21;atgi;;;;;;;;;1310 ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;6;cca;;;;;;;;;1445 ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;9;cac;;;;;;;;;1537 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;21;aaa;;;;;;;;;2038 7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;6;tgc;;;;;;;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;10;cgt;;;;;;;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;**;gta;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;7;aga;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;9;ggc;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;5;gac;;;;;;;;; ;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;8;gta;;;;;;;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;**;gaa;;;;;;;;; ;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;;;
psor autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: psor autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; ;;regulatory;665490;665566;155; fin;;CDS;665722;667788;; deb;;CDS;815939;816655;71; ;;tRNA;816727;816800;12;tgc ;;tRNA;816813;816888;3;aac ;;tRNA;816892;816966;285;aca fin;;CDS;817252;818727;; deb;;CDS;871627;872337;134; ;;regulatory;872472;872649;13; fin;;CDS;872663;873685;; deb;;CDS;982641;983897;103; ;;regulatory;984001;984104;104; fin;;CDS;984209;985012;; deb;;CDS;1284870;1288097;111; ;;tRNA;1288209;1288297;426;cta fin;;CDS;1288724;1290853;; deb;;CDS;1445161;1445664;135; ;;tRNA;1445800;1445868;258;other fin;;CDS;1446127;1446813;; deb;comp;CDS;2027435;2028427;53; ;comp;regulatory;2028481;2028580;345; fin;;CDS;2028926;2029534;; deb;comp;CDS;2147128;2147418;106; ;comp;regulatory;2147525;2147625;50; fin;comp;CDS;2147676;2148425;; deb;comp;CDS;2251779;2252747;98; ;comp;regulatory;2252846;2252890;465; fin;;CDS;2253356;2254267;; deb;;CDS;2267513;2267698;306; ;comp;tRNA;2268005;2268088;404;cta fin;;CDS;2268493;2269758;; deb;comp;CDS;2360030;2361127;237; ;comp;regulatory;2361365;2361480;190; 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Intergen51. psor. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. psor les différents types d'intercalaires.
cdc
modifiercdc opérons
modifier- Lien tableau: cdc opérons
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 10 ;83 aas;doubles;intercalaires;CDS;cds pbs;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;;;;;; dir ;9857..10630;;cds;;179;179;774;;258;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor dir ;10810..12317;;16s;;52;;1508;;;; dir ;12370..12445;;gca;;249;;76;;;; dir ;12695..15596;;23s;;111;;2902;;;; dir ;15708..15824;;5s;;126;126;117;;;126; dir ;15951..16460;;cds;;;;510;;170;;transcription repressor NadR ;;;;;;;;;;; dir ;19402..19857;;cds;;0;0;456;;152;0;nucleoside deaminase dir ;19858..19949;;tcc;;37;;92;;;; dir ;19987..20251;;ncRNA;@1;76;76;265;;;; dir ;20328..21965;;cds;;;;1638;;546;;DNA polymerase III subunit gamma/tau ;;;;;;;;;;; comp;23419..24624;;cds;;505;*505;1206;;402;;glycosyl transferase dir ;25130..26637;;16s;;279;;1508;;;; dir ;26917..29816;;23s;+;180;;2900;;;; dir ;29997..30113;;5s;3 aaa;6;;117;;;; dir ;30120..30194;;aac;3 gta;6;;75;6;;; dir ;30201..30286;;tta;;15;;86;15;;; dir ;30302..30377;;atgf;;7;;76;7;;; dir ;30385..30459;;gaa;;9;;75;9;;; 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dir ;133620..133695;;caa;;11;;76;11;;; dir ;133707..133782;;aaa;;2;;76;2;;; dir ;133785..133873;;tca;;17;;89;17;;; dir ;133891..133981;;agc;;8;;91;8;;; dir ;133990..134066;;cca;;85;;77;85;;; dir ;134152..134227;;tgg;;60;;76;60;;; dir ;134288..134364;;cca;;6;;77;6;;; dir ;134371..134447;;atc;;3;;77;3;;; dir ;134451..134526;;ttc;;7;;76;7;;; dir ;134534..134610;;atgj;;114;;77;;;; dir ;134725..136115;;16s;;68;;1391;;;; dir ;136184..136259;;gca;;271;;76;;;; dir ;136531..139430;;23s;;126;;2900;;;; dir ;139557..139673;;5s;;213;213;117;;;213; comp;139887..141071;;cds;;372;*372;1185;;395;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase dir ;141444..143795;;cds;;21;21;2352;;784;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase dir ;143817..144356;;cds;;776;*776;540;;180;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein dir ;145133..146640;;16s;;52;;1508;;;; dir ;146693..146768;;gca;;373;;76;;;; dir ;147142..150041;;23s;;126;;2900;;;; dir ;150168..150284;;5s;;7;;117;7;;; dir ;150292..150366;;aac;;5;;75;5;;; 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dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; 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cdc cumuls
modifier- Lien tableau: cdc cumuls
cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144
cdc blocs
modifier- Lien tableau: cdc blocs
7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;;
cdc distribution
modifier- Lien tableau: cdc distribution
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75
cdc données intercalaires
modifier- Lien tableau: cdc données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 700 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cdc;fx;fc;fx;fc;fc ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;515;2343;603;606;705 ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;6;aac;4;aac;33;aca;410;2;14;606;608;707 ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;15;tta;5;gaa;4;gta;420;8;9;609;611;718 ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;7;atgf;5;gta;6;gaa;430;4;11;625;611;721 ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;9;gaa;10;gac;**;aaa;440;5;10;638;611;722 ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;5;gga;14;aca;;;450;6;5;649;613;724 ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;5;gta;9;tac;;;460;2;11;651;618;727 ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;9;gac;10;gga;;;470;9;10;655;619;741 ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;14;aca;9;aga;;;480;7;8;657;622;743 ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;8;tac;11;caa;;;490;3;11;658;625;744 ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;29;cta;2;aaa;;;500;4;8;675;628;753 ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;7;aga;17;tca;CDS-CDS;inf 50;510;0;5;676;629;767 ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;88;caa;8;agc;intercalaire;;520;1;10;677;630;770 ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;gca;3;tca;85;cca;c-;x-;530;2;8;679;630;790 ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;6;ttc;60;tgg;-85;-52;540;1;4;686;631;796 ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;gca;14;atgj;6;cca;-83;;550;2;6;689;634;800 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;gca;23;atgi;3;atc;-71;;560;4;2;694;634;808 ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;gca;7;cca;7;ttc;-62;;570;1;6;702;634;816 ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;8;cac;**;atgj;-52;;580;4;3;722;636;817 ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;aac;7;aaa;5;aac;total;intercalaires;590;5;2;723;636;817 ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;aac;6;tgc;15;tta;;636,447;600;6;4;730;636;820 ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;5;aac;7;atgf;ADN long;4,110,554;;49;99;737;637;821 ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;gga;15;tta;14;gaa;%;15.5;;;;769;637;823 ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;7;atgf;5;gga;;;;;;769;638;826 ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;atgj;9;gaa;5;gta;non RNA;156;;;;790;638;830 ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;5;gga;10;gac;;;;;;791;638;837 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;gga;5;gta;9;ggc;;;;;;792;638;885 ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;aca;9;gac;**;aga;;;;;;797;640;903 ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;14;aca;;;;;;;;798;644;905 ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;9;tac;;;;;;;;805;645;908 ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;23;cta;;;;;;;;805;645;922 ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;24;ggc;;;;;;;;821;647;924 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;9;aga;;;;;;;;850;647;940 ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;8;caa;;;;;;;;871;647;962 ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;2;aaa;;;;;;;;876;657;965 ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;3;tca;;;;;;;;877;659;968 ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;6;ttc;;;;;;;;882;660;973 ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;14;atgj;;;;;;;;885;664;976 ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;17;atgi;;;;;;;;910;667;992 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;8;cac;;;;;;;;924;677;1016 ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;7;aaa;;;;;;;;941;681;1021 ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;7;tgc;;;;;;;;950;684;1023 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;12;cgt;;;;;;;;985;691;1048 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;**;gta;;;;;;;;999;700;1063 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1060;;1093 ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1100;;1119 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;;1100;;1133 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1127;;1171 ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;;1208;;1192 ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;1295 ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;1324 ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;;;;1346 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1412 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1588 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1907
cdc autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: cdc autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;;
Intergen51. cdc. Les différents types d'intercalaires
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cdc psor
modifier- Lien tableau: cdc psor
cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;;
cdc8
modifiercdc8 opérons
modifier- Lien tableau: cdc8 opérons
28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; dir ;1880..1963;;cta;;28;;;28;84;; dir ;1992..2068;;aga;;7;;;7;77;; dir ;2076..2151;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;2241..2329;;tca;;3;;;3;89;; dir ;2333..2408;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;2415..2491;;atgj;;11;;;11;77;; dir ;2503..2579;;atgi;;29;;;29;77;; dir ;2609..2685;;cca;;7;;;7;77;; dir ;2693..2769;;cac;;8;;;8;77;; dir ;2778..2853;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;2861..2934;;tgc;;6;;;6;74;; dir ;2941..3015;;aac;;6;;;6;75;; dir ;3022..3107;;tta;;15;;;15;86;; dir ;3123..3198;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;3206..3280;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;3290..3363;;gga;;5;;;5;74;; dir ;3369..3444;;gta;;5;;;5;76;; dir ;3450..3526;;gac;;9;;;9;77;; dir ;3536..3610;;aca;;14;;;14;75;; dir ;3625..3709;;tac;;9;;;9;85;; dir ;3719..3802;;cta;;24;;;24;84;; dir ;3827..3901;;ggc;;24;;;24;75;; dir ;3926..4002;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4012..4087;;caa;;8;;;8;76;; dir ;4096..4171;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4174..4262;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4266..4341;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4348..4424;;atgj;;11;;;11;77;; dir ;4436..4512;;atgi;;17;;;17;77;; dir ;4530..4606;;cac;;8;;;8;77;; dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; comp;4023097..4023378;;cds;;221;221;;;282;;hp comp;4023600..4025129;;cds;;;;;;*1530;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4135881..4136873;;cds;;383;383;;;993;;DNA replication protein DnaC comp;4137257..4137331;;aca;;33;;33;;75;; comp;4137365..4137440;;gta;;4;;4;;76;; comp;4137445..4137519;;gaa;;6;;6;;75;; comp;4137526..4137601;;aaa;;331;331;;;76;331; comp;4137933..4139222;;cds;;;;;;*1290;;adenylosuccinate synthase ;;;;;;;;;;; dir ;4178197..4178970;;cds;;179;179;;;774;;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor dir ;4179150..4180587;;16s;;161;;;;1438;; comp;4180749..4180865;;5s;;201;;;;117;; comp;4181067..4183959;;23s;;217;;;;2893;; comp;4184177..4185684;;16s;;108;;;;1508;; comp;4185793..4185869;;atgi;;11;;;11;77;; comp;4185881..4185969;;tta;;5;;;;89;; comp;4185975..4186091;;5s;;201;;;;117;; comp;4186293..4189192;;23s;;375;;;;2900;; comp;4189568..4189643;;gca;;52;;;;76;; comp;4189696..4190959;;16s’;@4;100;;;;1264;; dir ;4191060..4192225;;16s’;;52;;;;1166;; dir ;4192278..4192353;;gca;;248;;;;76;; dir ;4192602..4193197;;23s°;;100;;;;596;; dir ;4193298..4193874;;16s°;;321;;;;577;; dir ;4194196..4196423;;23s’;;100;;;;2228;; dir ;4196524..4197091;;16s°;;320;;;;568;; dir ;4197412..4199044;;23s°;;100;;;;1633;; dir ;4199145..4201593;;23s’;;126;;;;2449;; dir ;4201720..4201836;;5s;;127;127;;;117;127; dir ;4201964..4202473;;cds;;;;;;510;;transcription repressor NadR ;;;;;;;;;;; dir ;4205417..4205872;;cds;;0;0;;;456;0;nucleoside deaminase dir ;4205873..4205964;;tcc;@5;37;;;;92;; dir ;4206002..4206266;;ncRNA;;76;76;;;265;; dir ;4206343..4207980;;cds;;;;;;*1638;;DNA polymerase III subunit gamma/tau ;;;;;;;;;;; comp;4209435..4210639;;cds;;496;*496;;;1205;;glycosyl transferase ;4211136..4212643;;16s;;321;;;;1508;; ;4212965..4213127;;23s°;;100;100;;;163;100; <>comp;4213228..4213849;;cds;;111;;;;622;;CHAP domain-containing protein ;;;;;;;;;;; comp;4213961..4214620;;cds;;228;228;;;660;228;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase dir ;4214849..4216199;;16s;;321;;;;1351;; dir ;4216521..4217008;;23s°;;101;;;;488;; comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; dir ;4229028..4229104;;atgi;;29;;;29;77;; dir ;4229134..4229210;;cca;;7;;;7;77;; dir ;4229218..4229294;;cac;;8;;;8;77;; dir ;4229303..4229378;;aaa;;353;;;;76;; comp;4229732..4229848;;5s;;126;;;;117;; comp;4229975..4232010;;23s’;;582;;;;2036;; dir ;4232593..4234098;;16s;@6;217;;;;1506;; dir ;4234316..4237215;;23s;;126;;;;2900;; dir ;4237342..4237458;;5s;;216;216;;;117;216; comp;4237675..4238859;;cds;;372;372;;;1185;;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase dir ;4239232..4241583;;cds;;21;21;;;*2352;;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase dir ;4241605..4242144;;cds;;778;*778;;;540;;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein dir ;4242923..4244459;;16s;@7;261;;;;1537;; dir ;4244721..4247619;;23s;;201;;;;2899;; dir ;4247821..4247937;;5s;;5;;;;117;; dir ;4247943..4248031;;tta;;11;;;11;89;; dir ;4248043..4248119;;atgi;;108;;;;77;; dir ;4248228..4249735;;16s;;184;;;;1508;; dir ;4249920..4250564;;23s°;;100;100;;;645;100; <dir ;4250665..4250923;;cds;;112;112;;;259;112;hp comp;4251036..4253145;;23s’;;375;;;;2110;; comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein
cdc8 cumuls
modifier- Lien tableau: cdc8 cumuls
cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97
cdc8 blocs
modifier- Lien tableau: cdc8 blocs
cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds;
cdc8 cdc psor 43
modifier- Lien tableau: cdc8 cdc psor 43
cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;9;tac;9;0;;tac;9;tac;15;6 cta;24;cta;23;-1;;cta;24;cta;11;-13 ggc;24;ggc;24;0;;ggc;24;ggc;13;-11 aga;9;aga;9;0;;aga;9;aga;7;-2 caa;8;caa;8;0;;caa;8;caa;11;3 aaa;2;aaa;2;0;;aaa;2;aaa;6;4 tca;3;tca;3;0;;tca;3;tca;3;0 ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;ttc;9;3 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;atg;8;-3 atgi;17;atgi;17;0;;atgi;17;atg;21; cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6; aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;9;1 tgc;7;tgc;7;0;;tgc;7;aaa;21;14 cgt;12;cgt;12;0;;cgt;12;tgc;6;-1 gta;75;gta;75;0;;gta;75;cgt;10;-2 cds;;cds;;;;cds;;gta;162; ;;;;;;;;cds;;
cdc8 cdc psor 18
modifier- Lien tableau: cdc8 cdc psor 18
cdc8;18aas;;;;;cdc8;19aas;psor;23aas; cds;214;;;;;16s;321;16s;196; cds;554;;;;;23s;181;23s;213; cds;0;cdc;18aas;;;5s;6;5s;5; cds;167;16s;279;;;aac;6;tta;13;-2 23s°;132;23s;131;-1;;tta;15;atg;15;8 5s;6;5s;6;0;;atgf;7;gaa;9;0 aac;4;aac;4;0;;gaa;9;gga;6;1 gaa;5;gaa;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;11;gac;10;-1;;gac;9;aac;31; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aac;4; tac;9;tac;9;0;;tac;10;aca;4;-10 gga;10;gga;10;0;;cta;28;tac;11; aga;9;aga;9;0;;aga;7;gga;19; caa;11;caa;11;0;;caa;89;aga;6;-1 aaa;2;aaa;2;0;;tca;3;caa;12; tca;18;tca;17;-1;;ttc;6;aaa;6; agc;8;agc;8;0;;atgj;11;tca;11; cca;85;cca;85;0;;atgi;29;agc;6; tgg;60;tgg;60;0;;cca;7;cca;6; cca;5;cca;6;1;;cac;8;atg;11; atc;3;atc;3;0;;aaa;353;tgg;31; ttc;7;ttc;7;0;;;;cca;6; atgj;114;atgj;114;0;;;;atc;6; ;;;;;;;;ttc;13; ;;psor;23aas;;;;;atg;138; ;;16s;196;;;;;;; cdc8;18aas;23s;213;;;;;cdc8;18aas; cds;214;5s;5;;;;;cds;214; cds;554;tta;13;;;;;cds;554; cds;0;atg;15;;;cdc8;19aas;cds;0; cds;167;gaa;9;;;16s;321;cds;167; 23s°;132;gga;6;;;23s;181;23s°;132; 5s;6;gta;5;0;;5s;6;5s;6; aac;4;gac;16;;;aac;6;aac;4; gaa;5;aac;31;;;tta;15;gaa;5; gta;5;aac;4;;;atgf;7;gta;5;0 gac;11;aca;4;-10;;gaa;9;gac;11;2 aca;14;tac;11;2;;gga;5;aca;14;0 tac;9;gga;19;9;;gta;5;tac;9; gga;10;aga;6;-3;;gac;9;gga;10; aga;9;caa;12;1;;aca;14;aga;9;2 caa;11;aaa;6;4;;tac;10;caa;11; aaa;2;tca;11;-7;;cta;28;aaa;2; tca;18;agc;6;-2;;aga;7;tca;18; agc;8;cca;6;;;caa;89;agc;8; cca;85;atg;11;;;tca;3;cca;85; tgg;60;tgg;31;-29;;ttc;6;tgg;60; cca;5;cca;6;1;;atgj;11;cca;5; atc;3;atc;6;3;;atgi;29;atc;3; ttc;7;ttc;13;6;;cca;7;ttc;7; atgj;114;atg;138;24;;cac;8;atgj;114; ;;;;;;aaa;353;;;
cdc8 cdc psor 9
modifier- Lien tableau: cdc8 cdc psor 9
cdc8;18aas;cdc8;9aas;;;cdc8;9aas;cdc;9aas; cds;214;;;;;cds;281;16s;52; cds;554;;;;;16s°;100;gca;373; cds;0;cds;281;;;23s°;126;23s;126; cds;167;16s°;100;;;5s;7;5s;7; 23s°;132;23s°;126;;;aac;6;aac;5;-1 5s;6;5s;7;;;tta;15;tta;15;0 aac;4;aac;6;;;atgf;7;atgf;7;0 gaa;5;tta;15;;;gaa;8;gaa;14;6 gta;5;atgf;7;;;gga;4;gga;5;1 gac;11;gaa;8;;;gta;5;gta;5;0 aca;14;gga;4;;;gac;10;gac;10;0 tac;9;gta;5;0;;ggc;9;ggc;9;0 gga;10;gac;10;;;aga;954;aga;975;21 aga;9;ggc;9;;;cds;;cds;; caa;11;aga;954;;;;;;; aaa;2;cds;;;;cdc8;I4;cdc;VIII1; tca;18;;;;;;;16s;68; agc;8;;;;;16s;217;gca;271; cca;85;;;;;23s;126;23s;126;0 tgg;60;;;;;5s;216;5s;213;-3 cca;5;;;;;cds;372;cds;372;0 atc;3;;;;;cds;21;cds;21;0 ttc;7;;;;;cds;778;cds;776;-2 atgj;114;;;;;16s;261;16s;52; ;;;;;;23s;201;gca;373; cdc8;19aas;cdc8;9aas;;;5s;5;23s;126;-75 ;;cds;281;;;;;5s;7;2 16s;321;16s°;100;;;;;;; 23s;181;23s°;126;;;psor;VII1;cdc8;VII1; 5s;6;5s;7;;;CDS;431;cds;179; aac;6;aac;6;0;;16s;54;16s;161; tta;15;tta;15;9;;gca;114;5s;201; atgf;7;atgf;7;-8;;23s;193;23s;217; gaa;9;gaa;8;1;;5s;5;16s;108; gga;5;gga;4;-5;;tta;9;atgi;11;2 gta;5;gta;5;0;;atg;123;tta;5;0 gac;9;gac;10;;;16s;54;5s;201;8 aca;14;ggc;9;;;gca;114;23s;375;261 tac;10;aga;954;;;23s;193;gca;52;-2 cta;28;cds;;;;5s;5;16s’;100;-23 aga;7;;;;;tta;9;16s’;52; caa;89;;;;;atg;123;gca;248; tca;3;;;;;16s;54;23s°;100;-2 ttc;6;;;;;gca;114;16s°;321;134 atgj;11;;;;;23s;78;23s;100; atgi;29;;;;;5s;100;16s°;320; cca;7;;;;;CDS;;23s°;100; cac;8;;;;;;;23s’;126; aaa;353;;;;;;;5s;127; ;;;;;;;;cds;;
cdc8 cdc protéines
modifierAlignement sur cdc
modifier- Lien tableau: Alignement sur cdc
;cdc;;;;;;cdc8;;;;; ordre;Peptoclostridium difficile CD196;;;;;;Peptoclostridium difficile M68;;;;; 0;dir ;9857..10630;cds;179;774;SigB;dir ;4194196..4196423;23s’;100;2228; ;dir ;10810..12317;16s;52;1508;;dir ;4196524..4197091;16s°;320;568; ;dir ;12370..12445;gca;249;76;;dir ;4197412..4199044;23s°;100;1633; 1;dir ;12695..15596;23s;111;2902;;dir ;4199145..4201593;23s’;126;2449; ;dir ;15708..15824;5s;126;117;;dir ;4201720..4201836;5s;127;117; ;dir ;15951..16460;cds;11;510;NadR;dir ;4201964..4202473;cds;11;510;NadR ;dir ;16472..17353;cds;457;882;mecano;dir ;4202485..4203366;cds;458;882;mecano ;dir ;17811..19082;cds;319;1272;S-ligase;dir ;4203825..4205096;cds;320;1272;S-ligase ;dir ;19402..19857;cds;0;456;Nuc-de;dir ;4205417..4205872;cds;0;456;Nuc-de ;dir ;19858..19949;tcc;37;92;;dir ;4205873..4205964;tcc;37;92; 2;dir ;19987..20251;ncRNA;76;265;;dir ;4206002..4206266;ncRNA;76;265; ;dir ;20328..21965;cds;;1638;III-tau;dir ;4206343..4207980;cds;;1638;III-tau ;;;;;;;;;;;; ;comp;23419..24624;cds;505;1206;Glyco-tr;dir ;4306341..4307538;16s;0;1198; 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Alignement sur cdc8
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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; ;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;; ;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;; ;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;; ;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;; ;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;; ;;;;;;;;insert;dir ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;; ;;;;;;;;;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;; ;;;;;;;;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;; ;;;;;;;;4;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca
cdc8 cdc création de cds
modifier- Lien tableau: cdc8 cdc création de cds
;;création de cds;;;; ;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846
cdc8 cdc abrégé protéines
modifier- Lien tableau: cdc8 cdc abrégé protéines
A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2
cdc8 cdc psor stats
modifier- Lien tableau: cdc8 cdc psor stats
NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37
cdc8 distribution
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atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9
cdc8 données intercalaires
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 800 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cdc8;fx;fc;fx;fc;fc ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;tRNA contig;suite;tRNA tRNA;hors bloc;400;548;2485;608;601;805 ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;aac;6;aac;33;aca;410;6;9;625;602;808 ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;tta;15;tta;4;gta;420;7;15;636;602;815 ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;atgf;7;atgf;6;gaa;430;7;8;646;604;816 ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;gaa;9;gaa;**;aaa;440;7;12;655;606;826 ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;gga;5;gga;;;450;4;13;658;610;828 ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;gta;5;gta;;;460;1;12;671;612;844 ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;gac;9;gac;;;470;13;5;674;618;865 ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;aca;14;aca;;;480;7;4;677;619;871 ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;tac;10;tac;;;490;2;10;679;624;884 ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;cta;28;cta;CDS-CDS;inf 50;500;5;5;685;628;890 ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;aga;7;aga;intercalaire;;510;2;3;689;630;910 ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;caa;89;caa;c-;x-;520;1;11;695;634;916 ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;tca;3;tca;-89;néant;530;1;9;695;635;962 ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;ttc;6;ttc;-82;;540;3;5;702;637;964 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;atgj;14;atgj;-71;;550;3;7;716;637;966 ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;atgi;29;atgi;-62;;560;5;6;722;637;972 ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;cca;7;cca;-52;;570;1;4;723;641;987 ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;cac;8;cac;total;intercalaires;580;5;6;731;641;1001 ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;aaa;**;aaa;;663,874;590;3;6;733;641;1003 ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;tgc;4;aac;ADN long;4,308,325;600;5;4;733;644;1007 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;aac;5;gaa;%;15.4;;50;88;753;646;1018 ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;tta;5;gta;;;;;;766;646;1024 ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;atgf;11;gac;non RNA;191;;;;782;647;1044 ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;gaa;14;aca;;;;;;787;648;1048 ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;gga;9;tac;;;;;;789;648;1057 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;gta;10;gga;;;;;;798;649;1064 ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;gac;9;aga;;;;;;799;661;1082 ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;aca;11;caa;;;;;;804;667;1117 ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;tac;2;aaa;;;;;;805;685;1211 ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;cta;18;tca;;;;;;837;689;1218 ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;ggc;8;agc;;;;;;873;695;1243 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;aga;85;cca;;;;;;877;702;1262 ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;caa;60;tgg;;;;;;881;704;1347 ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;aaa;5;cca;;;;;;885;708;1357 ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;tca;3;atc;;;;;;887;716;1398 ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;ttc;7;ttc;;;;;;899;718;1411 ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;atgj;**;atgj;;;;;;903;723;1554 ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;atgi;;;;;;;;918;731;1856 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;cac;;;;;;;;927;743; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;aaa;;;;;;;;940;752; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;tgc;;;;;;;;987;760; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;cgt;;;;;;;;1011;763; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;gta;;;;;;;;1033;765; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;aac;;;;;;;;1078;774; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;tta;;;;;;;;1101;775; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;atgf;;;;;;;;1219;783; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;gaa;;;;;;;;1258;795; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;gga;;;;;;;;1271;796; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;gta;;;;;;;;1405;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;gac;;;;;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;ggc;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aga;;;;;;;;;;
cdc8 autres intercalaires aas
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cdc8;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;misc_f;1;795;182;*; ;;rRNA;978;1094;6;*;117 ;;tRNA;1101;1175;6;*;aac ;;tRNA;1182;1267;15;*;tta ;;tRNA;1283;1358;7;*;atgf ;;tRNA;1366;1440;9;*;gaa ;;tRNA;1450;1523;5;*;gga ;;tRNA;1529;1604;5;*;gta ;;tRNA;1610;1686;9;*;gac ;;tRNA;1696;1770;14;*;aca ;;tRNA;1785;1869;10;*;tac ;;tRNA;1880;1963;28;*;cta ;;tRNA;1992;2068;7;*;aga ;;tRNA;2076;2151;89;*;caa ;;tRNA;2241;2329;3;*;tca ;;tRNA;2333;2408;6;*;ttc ;;tRNA;2415;2488;14;*;atgj ;;tRNA;2503;2579;29;*;atgi ;;tRNA;2609;2685;7;*;cca ;;tRNA;2693;2769;8;*;cac ;;tRNA;2778;2853;7;*;aaa ;;tRNA;2861;2934;6;*;tgc ;;tRNA;2941;3015;6;*;aac ;;tRNA;3022;3107;15;*;tta ;;tRNA;3123;3198;7;*;atgf ;;tRNA;3206;3280;9;*;gaa ;;tRNA;3290;3363;5;*;gga ;;tRNA;3369;3444;5;*;gta ;;tRNA;3450;3526;9;*;gac ;;tRNA;3536;3610;14;*;aca ;;tRNA;3625;3709;9;*;tac ;;tRNA;3719;3802;24;*;cta ;;tRNA;3827;3901;24;*;ggc ;;tRNA;3926;4002;9;*;aga ;;tRNA;4012;4087;8;*;caa ;;tRNA;4096;4171;2;*;aaa ;;tRNA;4174;4262;3;*;tca ;;tRNA;4266;4341;6;*;ttc ;;tRNA;4348;4421;14;*;atgj ;;tRNA;4436;4512;17;*;atgi ;;tRNA;4530;4606;8;*;cac ;;tRNA;4615;4690;7;*;aaa ;;tRNA;4698;4771;7;*;tgc ;;tRNA;4779;4855;12;*;cgt ;;tRNA;4868;4943;75;*;gta fin;;CDS;5019;5432;;; deb;;CDS;43312;43797;94;*; ;;misc_b;43892;44100;63;*; fin;;CDS;44164;45882;;; deb;;CDS;57549;58247;51;*; ;;misc_f;58299;58427;42;*; fin;;CDS;58470;58976;;; deb;;CDS;93984;94736;291;*; ;;misc_f;95028;95862;232;*; ;;misc_f;96095;96344;50;*; ;;misc_f;96395;96725;9;*; ;;misc_f;96735;97600;139;*; ;;rRNA;97740;97856;7;*;117 ;;tRNA;97864;97938;6;*;aac ;;tRNA;97945;98030;15;*;tta ;;tRNA;98046;98121;7;*;atgf ;;tRNA;98129;98203;8;*;gaa ;;tRNA;98212;98285;4;*;gga ;;tRNA;98290;98365;5;*;gta ;;tRNA;98371;98447;10;*;gac ;;tRNA;98458;98532;9;*;ggc ;;tRNA;98542;98615;954;*;aga fin;;CDS;99570;100409;;; deb;comp;CDS;119142;119651;188;*; ;;regulatory;119840;119943;135;*; fin;;CDS;120079;121272;;; deb;;CDS;141169;142335;59;*; ;;regulatory;142395;142512;124;*; fin;;CDS;142637;143242;;; deb;;CDS;192887;194019;59;*; ;;regulatory;194079;194180;220;*; fin;;CDS;194401;195936;;; deb;;CDS;240412;241887;526;*; ;;regulatory;242414;242504;406;*; fin;;CDS;242911;243228;;; deb;comp;CDS;309950;310076;16;*; ;;misc_f;310093;310425;9;*; ;;misc_f;310435;311300;139;*; ;;rRNA;311440;311556;177;*;117 fin;;CDS;311734;312342;;0; deb;;CDS;318620;320392;131;*; ;;regulatory;320524;320716;181;*; fin;;CDS;320898;321650;;; deb;comp;CDS;522666;523493;205;*; ;;regulatory;523699;523805;69;*; fin;;CDS;523875;524195;;0; deb;;CDS;605941;606543;375;*; ;;misc_b;606919;607151;63;*; fin;;CDS;607215;609134;;; deb;;CDS;727895;728629;644;*; ;;regulatory;729274;729350;262;*; fin;;CDS;729613;730869;;; deb;;CDS;801271;802068;383;*; ;;misc_b;802452;802685;49;*; fin;;CDS;802735;803754;;; deb;comp;CDS;861856;862620;258;*; ;;tRNA;862879;862969;87;*;agc fin;;CDS;863057;863845;;; deb;;CDS;869869;871935;594;*; ;;misc_b;872530;872740;225;*; fin;;CDS;872966;873781;;; deb;;CDS;1044480;1044926;147;*; ;;misc_b;1045074;1045320;122;*; fin;;CDS;1045443;1047185;;; deb;;CDS;1106477;1107451;240;*; ;;rRNA;1107692;1109194;324;*;1503 ;;rRNA;1109519;1112415;92;*;2897 ;;tRNA;1112508;1112581;8;*;gga ;;rRNA;1112590;1112706;273;*;117 fin;;CDS;1112980;1114998;;; deb;;CDS;1157234;1158145;114;*; ;;ncRNA;1158260;1158440;182;*; fin;;CDS;1158623;1159840;;0; deb;comp;CDS;1196804;1198213;1378;*; ;comp;tRNA;1199592;1199674;318;*;ttg fin;;CDS;1199993;1202641;;; deb;;CDS;1235339;1235707;91;*; ;;regulatory;1235799;1235905;102;*; fin;;CDS;1236008;1237213;;0; deb;;CDS;1360996;1362075;141;*; ;;misc_b;1362217;1362455;67;*; fin;;CDS;1362523;1365162;;; deb;comp;CDS;1527009;1527185;53;*; ;comp;regulatory;1527239;1527335;341;*; fin;comp;CDS;1527677;1528351;;; deb;;CDS;1597387;1598331;288;*; ;;regulatory;1598620;1598726;105;*; fin;;CDS;1598832;1599797;;; deb;;CDS;1625872;1627965;660;*; ;;repeat_region;1628626;1629050;897;*; fin;;CDS;1629948;1630766;;0; deb;;CDS;1634212;1635180;151;*; ;;misc_b;1635332;1635584;72;*; fin;;CDS;1635657;1636865;;0; deb;;CDS;1682039;1682800;159;*; ;;misc_b;1682960;1683217;112;*; fin;;CDS;1683330;1683569;;; deb;;CDS;1719185;1719346;735;*; ;;repeat_region;1720082;1720376;117;*; fin;;CDS;1720494;1721246;;; deb;;CDS;1767472;1769328;81;*; ;;misc_b;1769410;1769650;65;*; ;;misc_b;1769716;1769951;84;*; fin;;CDS;1770036;1771253;;; deb;;CDS;1792609;1792920;92;*; ;;regulatory;1793013;1793105;99;*; fin;;CDS;1793205;1793999;;; deb;comp;CDS;1848320;1849117;112;*; ;comp;regulatory;1849230;1849335;91;*; deb;comp;CDS;1849427;1850413;163;*; ;;regulatory;1850577;1850753;142;*; deb;;CDS;1850896;1852626;109;*; ;;tRNA;1852736;1852816;334;*;cta deb;;CDS;1853151;1853666;475;*; ;;regulatory;1854142;1854246;209;*; fin;;CDS;1854456;1855490;;; deb;comp;CDS;1862461;1863732;644;*; ;;repeat_region;1864377;1864796;406;*; fin;;CDS;1865203;1865490;;0; deb;comp;CDS;1883751;1884380;364;*; ;;regulatory;1884745;1884788;100;*; fin;;CDS;1884889;1885857;;; deb;comp;CDS;1900325;1901437;131;*; ;comp;regulatory;1901569;1901690;188;*; deb;;CDS;1901879;1904362;88;*; ;;regulatory;1904451;1904562;141;*; fin;;CDS;1904704;1906005;;; deb;;CDS;1917211;1917642;430;*; ;;misc_b;1918073;1918284;162;*; fin;;CDS;1918447;1919736;;; deb;;CDS;1979975;1981282;85;*; ;;misc_b;1981368;1981630;125;*; fin;;CDS;1981756;1982559;;; deb;;CDS;1991720;1992457;110;*; 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fin;comp;CDS;2888053;2889456;;0; deb;comp;CDS;2894447;2897554;91;*; ;comp;misc_b;2897646;2897878;174;*; fin;comp;CDS;2898053;2898580;;; deb;comp;CDS;2989453;2990454;58;*; ;comp;misc_b;2990513;2990768;133;*; fin;comp;CDS;2990902;2992092;;; deb;comp;CDS;3000110;3000763;328;*; ;;regulatory;3001092;3001193;72;*; fin;;CDS;3001266;3002609;;; deb;comp;CDS;3020733;3023294;277;*; ;comp;ncRNA;3023572;3023906;131;*; deb;;CDS;3024038;3024715;150;*; ;comp;tRNA;3024866;3024940;94;*;aca ;comp;rRNA;3025035;3027932;188;*;2898 ;comp;rRNA;3028121;3029623;376;*;1503 fin;;CDS;3030000;3030938;;0; deb;comp;CDS;3132071;3137992;123;*; ;comp;regulatory;3138116;3138201;171;*; fin;comp;CDS;3138373;3139776;;; deb;comp;CDS;3174601;3175263;99;*; ;comp;regulatory;3175363;3175448;185;*; deb;comp;CDS;3175634;3178552;117;*; ;comp;regulatory;3178670;3178755;127;*; fin;comp;CDS;3178883;3180061;;; deb;comp;CDS;3301782;3302912;227;*; ;comp;regulatory;3303140;3303320;52;*; fin;comp;CDS;3303373;3304266;;; deb;comp;CDS;3438913;3440304;144;*; 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;comp;misc_f;4190695;4190811;54;*; ;;rRNA;4190866;4192222;55;*;1357 ;;tRNA;4192278;4192353;944;*;gca ;;misc_f;4193298;4193707;18;*; ;;misc_f;4193726;4193858;352;*; ;;rRNA;4194211;4196212;72;*;2002 ;;misc_f;4196285;4196423;100;*; ;;misc_f;4196524;4196885;57;*; ;;misc_f;4196943;4197075;351;*; ;;misc_f;4197427;4197972;7;*; ;;misc_f;4197980;4198700;48;*; ;;misc_f;4198749;4199044;211;*; ;;misc_f;4199256;4201580;139;*; ;;rRNA;4201720;4201836;127;*;117 fin;;CDS;4201964;4202473;;; deb;;CDS;4202485;4203366;127;*; ;;misc_b;4203494;4203699;125;*; fin;;CDS;4203825;4205096;;; deb;;CDS;4205417;4205872;0;*; ;;tRNA;4205873;4205964;37;*;tcc ;;ncRNA;4206002;4206266;76;*; fin;;CDS;4206343;4207980;;; deb;comp;CDS;4209435;4210639;498;*; ;;rRNA;4211138;4212640;587;*;1503 fin;comp;CDS;4213228;4213837;;; deb;comp;CDS;4213961;4214620;81;*; ;;rRNA;4214702;4216184;371;*;1483 ;;misc_f;4216556;4217003;238;*; ;comp;misc_f;4217242;4217961;7;*; ;comp;misc_f;4217969;4218514;265;*; ;comp;tRNA;4218780;4218855;68;*;gca ;comp;misc_f;4218924;4219056;18;*; ;comp;misc_f;4219075;4219471;605;*; ;comp;rRNA;4220077;4221579;181;*;1503 deb;comp;CDS;4221761;4222206;388;*; ;;rRNA;4222595;4224097;325;*;1503 ;;rRNA;4224423;4227320;182;*;2898 ;;rRNA;4227503;4227619;6;*;117 ;;tRNA;4227626;4227700;6;*;aac ;;tRNA;4227707;4227792;15;*;tta ;;tRNA;4227808;4227883;7;*;atgf ;;tRNA;4227891;4227965;9;*;gaa ;;tRNA;4227975;4228048;5;*;gga ;;tRNA;4228054;4228129;5;*;gta ;;tRNA;4228135;4228211;9;*;gac ;;tRNA;4228221;4228295;14;*;aca ;;tRNA;4228310;4228394;10;*;tac ;;tRNA;4228405;4228488;28;*;cta ;;tRNA;4228517;4228593;7;*;aga ;;tRNA;4228601;4228676;89;*;caa ;;tRNA;4228766;4228854;3;*;tca ;;tRNA;4228858;4228933;6;*;ttc ;;tRNA;4228940;4229013;14;*;atgj ;;tRNA;4229028;4229104;29;*;atgi ;;tRNA;4229134;4229210;7;*;cca ;;tRNA;4229218;4229294;8;*;cac ;;tRNA;4229303;4229378;353;*;aaa ;comp;rRNA;4229732;4229848;139;*;117 ;comp;misc_f;4229988;4230853;1;*; ;comp;misc_f;4230855;4231585;11;*; ;comp;misc_f;4231597;4232010;584;*; ;;rRNA;4232595;4234095;221;*;1501 ;;rRNA;4234317;4237214;127;*;2898 ;;rRNA;4237342;4237458;216;*;117 fin;comp;CDS;4237675;4238859;;0; 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Intergen51. cdc8. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. cdc8 les différents types d'intercalaires.
cbc
modifiercbc opérons
modifier- Lien tableau: cbc* opérons
28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;;
cbc blocs
modifier- Lien tableau: cbc* blocs
cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;;
cbc distribution
modifier- Lien tableau: cbc distribution
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2;
cbc données intercalaires
modifier- Lien tableau: cbc données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
tRNA-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;c;aa;cbc;fx;fc;fx;fc;fc fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;;tRNA tRNA;hors bloc;400;547;2246;704;706;907 ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;gca;84;cgt;410;10;20;707;711;913 ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;3;atgi;20;agc;420;5;15;707;714;918 ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;**;aac;306;tca;430;8;17;713;719;925 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;27;aac;20;agc;440;7;10;735;720;943 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;**;;**;tca;450;10;17;735;720;948 ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;5;tac;460;6;10;738;723;948 ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;**;aca;470;6;16;748;725;949 ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;17;gaa;480;5;10;756;726;950 ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;9;gta;490;9;6;761;727;957 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;aac;;;4;gac;500;4;11;785;728;960 ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;ttc;;;5;aca;510;6;14;792;729;963 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;atgi;;;18;gaa;520;8;12;805;734;1003 ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;aac;;;7;gta;530;0;8;808;735;1009 ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;57;gac;540;4;4;819;741;1013 ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;17;gaa;550;5;5;826;745;1020 ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;CDS-CDS;inf 50;;9;gta;560;5;7;831;756;1025 ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;intercalaire;;;4;gac;570;3;6;832;772;1040 ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;c-;x-;;**;aca;580;1;8;837;781;1099 ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;-62;-54;;4;tta;590;3;8;844;787;1105 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;-56;;;53;atgf;600;3;8;856;788;1107 ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;-56;;;10;atgf;610;4;10;876;801;1117 ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;-55;;;**;atgj;620;0;3;897;802;1181 ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;total;intercalaires;;18;ggg;630;3;4;897;807;1391 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;696,513;;**;acc;640;4;5;905;811;1506 ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;ADN long;3,892,029;;7;cca;650;3;3;915;813;1800 ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;%;17.9;;6;gga;660;1;4;916;815;2050 ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;5;aga;670;2;5;919;818;2620 ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;non RNA;0;;26;aag;680;2;4;934;826; ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;29;cca;690;2;6;976;831; ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;24;gga;700;3;4;1004;831; ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;**;cga;;40;66;1033;849; ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;5;gta;;;;1085;858; ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;3;gac;;;;1107;860; ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;4;ttc;;;;1126;862; ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;9;ggc;;;;1161;864; ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;**;tgc;;;;1177;890; ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;;;;1482;892; ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;;;1485;; ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;;;1525;; ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;;;;; 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;;;;; 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;x;718;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;;;;;
cbc autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: cbc autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;;
Intergen51. cbc. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. cbc les différents types d'intercalaires.
cbn
modifiercbn opérons
modifier- Lien tableau: cbn opérons
28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;;
cbn blocs
modifier- Lien tableau: cbn blocs
cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;;
cbn distribution
modifier- Lien tableau: cbn distribution
atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6
cbn données intercalaires
modifier- Lien tableau: cbn données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;reste;Sup 400;Sup 500 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;cbn;long;long;long fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;fx;fc;fc ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;404;407;502 ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;311;aaa;12;gaa;405;409;507 ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;**;ttc;13;gta;407;412;508 ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;61;gag;5;gac;415;419;526 ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;6;caa;18;aca;419;420;532 ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;4;aga;12;gaa;420;421;533 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;19;gga;13;gta;424;426;533 ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;16;cta;5;gac;447;431;536 ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;**;gaa;**;aca;452;438;537 ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;gca;4;gca;5;tta;454;443;537 ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;gca;**;atgi;5;atgf;457;447;538 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;46;atgj;465;449;543 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;atc;;;5;tta;471;449;546 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;atc;;;30;atgf;473;450;558 ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;46;atgj;486;450;569 ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;aac;;;5;tta;490;450;570 ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;ttc;;;**;atgf;493;453;572 ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;ttc;;;17;gta;493;454;574 ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;aaa;;;14;gac;493;456;574 ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;gaa;;;4;ttc;500;461;582 ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;atgi;;;8;ggc;502;462;655 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;57;tgc;504;464;680 ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;aac;;;**;tgc;510;468;703 ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;15;gga;513;479;710 ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;ttc;;;7;atc;532;479;745 ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;aac;;;**;gca;534;479;747 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;intra;;;21;cga;539;481;753 ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;gca atc;;;28;gga;540;484;759 ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;gca atc;;;4;aaa;556;487;777 ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;4;caa;563;488; ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;5;cac;567;491; 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;CDS-CDS;inf 50;3;aag;573;498; ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;intercalaire;;6;aga;576;500; ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;c-;x-;4;gga;581;; ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;néant;néant;21;cca;600;; 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;total;intercalaires;5;aag;619;; ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;330,729;5;aga;625;; ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;ADN long;2,773,157;5;gga;626;; ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;%;11.9;3;ggc;652;; ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;22;cta;696;; ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;non RNA;4;4;aaa;723;; 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;4;caa;730;; 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;5;cac;748;; 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;5;aag;751;; 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;5;aga;826;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;5;gga;836;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;6;ggc;856;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;**;cca;952;; ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;39;tac;1025;; ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;8;gta;1149;; ;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;4;tac;1270;; ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;**;aca;1443;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;cgt;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;agc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;tca;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;tca;;;
cbn autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: cbn autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;;
Intergen51. cbn. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. cbn les différents types d'intercalaires.
cbn intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: cbn intercalaires positifs S+
- Tableaux
cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
- Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167
cle
modifiercle opérons
modifier- Lien tableau: cle opérons
34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;;
cle blocs
modifier- Lien tableau: cle blocs
cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;;
cle distribution
modifier- Lien tableau: cle distribution
atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;;
cle données intercalaires
modifier- Lien tableau: cle données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;400-700;;Sup 500;Sup 700 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;cle;fx;fc;fx;fc ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;400;696;2715;516;706 ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;61;gac;13;tta;410;6;14;521;712 ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;7;gta;**;tca;420;7;8;532;718 ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;34;aca;23;gaa;430;6;8;532;719 ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;12;tac;45;cca;440;4;7;538;719 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;3;atgj;11;aaa;450;3;7;544;723 ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;3;ttc;56;gac;460;2;4;546;723 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;gca;**;aaa;7;gta;470;3;4;547;725 ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;gca;9;aaa;187;tta;480;4;4;549;727 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;ggc;6;gga;26;aca;490;2;4;559;729 ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;atc;**;aga;10;tac;500;3;7;561;733 ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;gaa;9;aac;31;atgj;510;0;2;563;754 ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;ggc;6;gaa;**;ttc;520;1;7;566;760 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;23;tgc;23;cac;530;1;3;567;778 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;gca;58;aac;32;caa;540;3;4;584;779 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;gca;**;tgc;**;tca;550;4;3;588;779 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;gca;7;atgj;148;ctt;560;1;6;599;781 ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;atc;9;gta;**;ctt;570;4;4;611;784 ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;gca;18;tgg;5;gga;580;0;5;614;796 ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;**;aac;5;aga;590;2;1;615;801 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;agc;4;aca;31;cac;600;1;3;644;821 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;gaa;50;cgt;23;caa;610;0;3;653;832 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;tcc;27;cgt;30;aaa;620;3;4;656;845 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;6;tta;26;cta;630;0;1;659;852 ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;gac;47;gta;5;gga;640;0;2;662;854 ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;aaa;25;gac;6;aga;650;1;3;683;862 ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;aac;23;atgi;**;caa;660;3;2;710;869 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;aac;14;aca;4;ggc;670;1;3;721;891 ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;intra;9;gaa;**;cca;680;0;2;725;894 ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;atc;**;aac;62;gaa;690;1;3;732;916 ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;gca;33;tcc;22;cca;700;0;2;754;926 ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;**;tca;**;aaa;;17;55;766;941 ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;3;tac;;;;774;964 ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;CDS-CDS;inf 50;;;;**;ttc;;;;787;975 ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;intercalaire;;;;;7;atgj;;;;799;1006 ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;c-;x-;;;;4;gta;;;;806;1014 ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;-98;néant;;;;10;gac;;;;811;1022 ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;-95;;;;;20;tgg;;;;828;1031 ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;-95;;;;;**;aac;;;;918;1042 ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;-95;;;;;4;gta;;;;934;1050 ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;-77;;;;;**;atgj;;;;998;1057 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;-71;;;;;;;;;;1019;1116 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;-71;;;;;;;;;;1126;1125 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;-58;;;;;;;;;;;1129 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;-56;;;;;;;;;;;1215 ;;;;;;;;-46;0;1;310;;;-52;;;;;;;;;;;1240 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;total;intercalaires;;;;;;;;;;1267 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;615,068;;;;;;;;;;1336 ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;ADN long;4,714,237;;;;;;;;;;1350 ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;%;13.0;;;;;;;;;;1416 ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;;;;1421 ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;non RNA;84;;;;;;;;;;1437 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1783 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2271 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3106
cle autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: cle autres intercalaires aas
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autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0;
Intergen51. cle. Les différents types d'intercalaires
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hmo
modifierhmo opérons
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57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588;
hmo cumuls
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hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128
hmo blocs
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hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;;
hmo distribution
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atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;;
hmo données intercalaires
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;;Sup 400;Sup 400;Sup 500 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;hmo;long;long;long fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;x;aa;fx;fc;fc ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;hors bloc;401;401;501 ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;5;gac;1;;ggc;405;402;502 ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;10;gta;**;;ctg;406;403;504 ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;4;gaa;65;;cta;408;404;505 ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;18;aaa;60;;aga;412;404;506 ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;**;caa;**;;cca;415;408;508 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;6;aac;7;;ccc;426;408;512 ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;**;atgf;**;;tac;427;408;513 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;gcc;6;tcc;5;;tgg;430;412;515 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;atc;10;ccg;**;;cgg;431;413;517 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;14;gga;75;;gac;436;414;519 ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;gcc;1;cac;**;;gaa;442;415;520 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;gcc;9;tgc;85;;cgt;446;416;526 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;atc;3;gtc;**;;agg;455;417;529 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;gca;6;ttc;5;;atgf;470;419;544 ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;gcc;4;tac;7;;atgj;473;421;544 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;atc;17;caa;**;;gaa;485;422;545 ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;gca;4;aaa;4;;gac;492;424;549 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;5;gaa;3;;ttc;496;427;551 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;caa;5;gta;**;;ggc;502;428;563 ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;aac;7;gac;18;;tgc;507;429;573 ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;tcc;43;agc;**;;tta;518;433;575 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;aaa;30;ccc;9;;gtc;519;433;575 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;aac;3;ctg;**;;cgg;523;435;580 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;intra;4;ggc;4;;gtc;528;435;594 ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;atc;4;cgt;**;;atgj;535;439;595 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;gca;**;acc;7;;ctc;535;440;602 ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;4;aaa;18;;acc;537;440;603 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;CDS-CDS;inf 50;;;8;acc;14;;tgg;546;441;625 ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;intercalaire;;;;**;ctc;19;;ggg;547;441;629 ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;c-;x-;;;6;aac;7;;ggc;552;443;641 ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;-119;-115;;;**;atgf;8;;ttg;562;445;656 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;-119;-51;;;1;ggc;;293;gtg;566;449;656 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;-110;;;;32;ctg;**;;ccg;567;452;667 ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;-95;;;;42;ccc;2;;gaa;571;453;669 ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;-88;;;;4;cgt;6;;ttc;578;455;685 ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;-83;;;;120;ggc;4;;tac;585;455;687 ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;-80;;;;42;atgj;18;;caa;598;455;692 ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;-68;;;;16;agc;4;;aaa;609;457;696 ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;-62;;;;6;atgf;9;;ggc;625;458;699 ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;-59;;;;7;aac;**;;cac;641;458;714 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;-56;;;;4;gaa;;;;659;458;731 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;-55;;;;18;aaa;;;;661;459;738 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;-53;;;;4;caa;;;;661;459;771 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;-53;;;;91;tac;;;;690;468;795 ;;;;;;;;-46;0;0;;;-52;;;;7;gtc;;;;711;468;871 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;total;intercalaires;;;**;tgc;;;;715;468;916 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;396,94;;;;;;;;738;469;971 ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;ADN long;3,075,407;;;;;;;;756;477;1032 ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;0;;;%;12.9;;;;;;;;770;480;1121 ;;;;;2670;223;;reste;2;0;15;;;;;;;;;;;796;481;1316 ;;;;;;2893;;total;11;332;;;non RNA;51;;;;;;;;797;482;1644 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;828;483; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;873;489; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;879;497; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;930;500; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1242;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1458;;
hmo autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: hmo autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;;
Intergen51. hmo. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. hmo les différents types d'intercalaires.
cbei
modifiercbei opérons
modifier- Lien tableau: cbei opérons
29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189;
cbei cumuls
modifier- Lien tableau: cbei cumuls
cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206
cbei blocs
modifier- Lien tableau: cbei blocs
cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;;
cbei distribution
modifier- Lien tableau: cbei distribution
;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63
cbei données intercalaires
modifier- Lien tableau: cbei données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-800;reste;Sup 800;Sup 800 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;aa;c;aa;cbei;fx;fc;fx;fc;fc ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;cbei;fx;fc;803;809;1002 ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;1;atgi;30;tca;6;gac;400;950;3414;813;816;1006 ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;**;gca;241;agc;14;gta;410;17;31;820;817;1014 ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;4;ttc;18;tca;29;gaa;420;12;32;823;818;1016 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;**;tgc;**;agc;10;aca;430;6;26;829;820;1017 ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;6;ttc;20;tta;6;gac;440;11;25;832;821;1017 ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;25;gac;7;atgf;16;gta;450;19;23;835;825;1021 ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;**;gaa;6;atgj;29;gaa;460;13;26;837;827;1027 ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;1;gca;22;tta;10;aca;470;11;17;846;835;1031 ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;**;atgi;7;atgf;6;gac;480;6;21;847;837;1032 ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;6;atgj;14;gta;490;9;15;873;842;1051 ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;21;tta;**;gaa;500;10;18;873;851;1051 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;70;atgf;;;510;6;16;891;855;1054 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;21;tta;;;520;2;17;895;864;1058 ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;**;atgf;;;530;5;18;905;869;1058 ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;234;aac;;;540;7;20;911;872;1064 ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;439;aac;;;550;5;13;952;873;1065 ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;**;aac;;;560;12;15;963;877;1072 ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;4;cta;;;570;7;14;992;886;1078 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;**;ggg;;;580;4;16;1009;886;1107 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;17;cca;;;590;9;11;1040;891;1127 ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;149;gga;;;600;9;11;1102;896;1153 ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;6;aga;;;610;2;12;1112;902;1176 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;gca;;;16;cca;;;620;4;15;1173;909;1178 ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;atc;;;35;gga;;;630;3;5;1221;909;1201 ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;gca;;;5;aga;;;640;4;10;1289;917;1205 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;3;cac;;;650;2;8;1372;917;1207 ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;atc;;;7;caa;;;660;3;5;1429;920;1226 ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;atc;;;18;aaa;;;670;3;10;1431;924;1239 ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;gca;;;5;cta;;;680;4;3;1499;933;1302 ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;25;ggc;;;690;1;8;1555;936;1326 ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;ttc;;;5;gga;;;700;6;8;;955;1348 ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;atgi;;;57;aag;;;710;3;4;;958;1391 ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;aaa;;;7;caa;;;720;2;6;;961;1469 ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;aaa;;;18;aaa;;;730;3;3;;964;1482 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;atgi;;;5;cta;;;740;5;7;;979;1545 ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;25;ggc;;;750;2;3;;986;1881 ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;CDS-CDS;inf 50;;2* 140;aac;;;46;gga;;;760;1;5;;988;2121 ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;intercalaire;;;71;aac;;;**;cga;;;770;1;6;;991; ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;c-;x-;;tRNA 5s;;;;9;tac;;;780;1;3;;994; ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;-110;-60;;2* 3;aac;;;27;gta;;;790;0;8;;995; 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;-64;;;tRNA tRNA;intra;;;12;aca;;;800;1;3;;; 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;-64;;;3;gca atc;;;9;tac;;;reste;31;79;;; 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;-62;;;;;;;30;gta;;;;;;;; 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;12;aca;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;total;intercalaires;;;;;;**;tac;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;1,199,672;;;;;;3;cac;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;ADN long;6,485,394;;;;;;5;cag;;;;;;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;%;18.5;;;;;;**;aaa;;;;;;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;79;aaa;;;;;;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;non RNA;14;;;;;;7;cac;;;;;;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;35;aga;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gga;;;;;;;;
cbei autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: cbei autres intercalaires aas
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autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s
Intergen51. cbei. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. cbei les différents types d'intercalaires.
cbei intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: cbei intercalaires positifs S+
- Tableaux
cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;;
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
- Corrélation et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;;
afn
modifierafn opérons
modifier- Lien tableau: afn opérons
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;;
afn blocs
modifier- Lien tableau: afn blocs
afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;;
afn remarques
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afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1
negativicutes distribution
modifier- Lien tableau: negativicutes distribution
22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421
afn distribution
modifier- Lien tableau: afn distribution
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2
afn données intercalaires
modifier- Lien tableau: afn données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;afn;Sup 400;Sup 400 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;long;long;long fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fc ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;405;411;628 ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;22;aca;416;411;636 ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;5;tac;425;414;647 ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;3;atgj;429;417;649 ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;6;acc;442;432;667 ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;**;atgf;457;432;677 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;3;aac;471;435;679 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;8;gaa;492;436;683 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;atc;50;gta;508;441;693 ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;11;cca;517;446;718 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;gca;8;gga;548;446;721 ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;gca;**;aga;550;452;736 ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;intra;30;ctg;701;456;744 ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;atc gca;52;ctc;772;468;795 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;**;ctg;957;472;845 ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;18;cac;992;472;922 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;3;caa;;475;1130 ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;16;aaa;;476;1154 ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;**;cta;;481;2261 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;4;gac;;495; 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;8;ttc;;497; ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;9;ggc;;499; ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;CDS-CDS;inf 50;;13;tgc;;499; ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;intercalaire;;;**;tta;;502; ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;c-;x-;;2;gac;;503; ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;-113;-83;;8;ttc;;507; ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;-79;;;9;ggc;;513; 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;-74;;;**;tgc;;515; ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;-71;;;2;gac;;519; ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;-68;;;1;ggc;;542; ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;-67;;;**;tgg;;544; ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;-67;;;6;gta;;551; ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;-59;;;8;gaa;;551; ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;-53;;;**;aag;;567; ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;12;gag;;580; ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;total;intercalaires;;111;cag;;; ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;242,27;;**;cag;;; 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;ADN long;2329769;;;;;; ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;%;10.4;;;;;; ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;non RNA;42;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;;;
afn autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: afn autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
- contrôlé le 21.7.22
autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0;
Intergen51. afn. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. afn les différents types d'intercalaires.
afn intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: afn intercalaires positifs S+
- Tableaux
afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, t30.
- Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303
afn par rapport au groupe de référence
modifier- Lien tableau: afn par rapport au groupe de référence
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;;
negativicutes, estimation des -rRNAs
modifier- Lien tableau: negativicutes, estimation des -rRNAs
negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832
clostridia synthèse
modifierclostridia données intercalaires
modifier- Lien tableau: clostridia données intercalaires
Les clostridia;;psor;cdc;cdc8;cbc;cbn;cle;hmo;cbei;;;;* Autres intercalaires: 1779;;;Ft: 299;Ici: 931;Reste: 549;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;hors/contig;H / C;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;5s 16s x;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA 5s;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA h;;psor;;cbc;;cbei;;cbn; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;20;81;85;40;1107;161;1;137;1;35;1;77;1;84;1;3;1;14;1;7;4;1;1;1;;8;gta;84;cgt;30;tca;12;gaa tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;117;111;90;69;1125;;1;194;1;40;1;109;1;97;1;13;1;336;2;3;4;2;1;2;;20;gaa;20;agc;241;agc;13;gta 0;0;2;0;3;204;0;3;204;-1;0;473;;181;111;100;99;;;1;213;1;70;1;118;1;109;1;14;2;3;2;6;14;3;8;3;;10;aaa;306;tca;18;tca;5;gac 10;0;1;10;55;1786;1;7;364;-2;1;0;;181;264;109;112;;;1;226;1;76;1;123;1;111;1;15;2;8;2;9;23;4;21;4;;10;aca;20;agc;*;agc;18;aca 20;0;1;20;52;2435;2;7;356;-3;0;2;;181;342;118;114;;;1;285;1;93;1;124;1;118;1;44;2;11;2;11;27;5;29;5;;7;gac;*;tca;20;tta;12;gaa 30;1;1;30;92;1463;3;4;187;-4;19;543;;189;347;119;144;;;1;315;1;114;1;132;1;145;1;89;2;12;2;53;37;6;13;6;;9;gta;17;gaa;7;atgf;13;gta 40;5;0;40;120;903;4;9;188;-5;1;4;;192;348;126;188;;;1;502;1;122;1;137;1;152;2;8;;;;;29;7;15;7;;5;gaa;9;gta;6;atgj;5;gac 50;2;1;50;133;612;5;3;132;-6;3;0;;193;364;127;213;;;1;503;1;126;1;140;1;198;5;6;;;;;15;8;4;8;;*;aaa;4;gac;22;tta;*;aca 60;2;5;60;136;674;6;5;73;-7;0;87;;205;376;128;216;;;1;578;1;132;4;54;1;233;8;4;;;;;32;9;8;9;;cdc néant;;5;aca;7;atgf;5;tta 70;1;13;70;138;587;7;3;63;-8;4;416;;239;388;131;402;;;1;613;1;134;4;55;1;238;9;7;;;;;10;10;7;10;;cdc8;;18;gaa;6;atgj;5;atgf 80;1;9;80;143;617;8;4;101;-9;1;1;;240;498;138;590;;;2;188;1;181;;;1;240;9;64;;;;;9;11;1;11;;33;aca;7;gta;21;tta;46;atgj 90;3;7;90;157;585;9;9;149;-10;0;38;;241;507;159;;;;2;214;1;182;;;1;250;13;5;;;;;4;12;5;12;;4;gta;57;gac;70;atgf;5;tta 100;1;10;100;150;592;10;4;173;-11;4;227;;249;548;177;;;;2;265;1;204;;;1;263;1;353;x cdc8;;;;5;13;3;13;;6;gaa;17;gaa;21;tta;30;atgf 110;3;5;110;153;587;11;8;285;-12;1;0;;253;;177;;;;2;283;1;205;;;1;272;;;;23s tRNA;;16s 5s;16;14;4;14;;*;aaa;9;gta;*;atgf;46;atgj 120;3;9;120;162;568;12;4;344;-13;2;39;;253;;180;;;;2;324;1;213;;;1;284;;tRNA 16s;1;8;1;79;12;15;1;15;;cle;;4;gac;17;cca;5;tta 130;4;11;130;178;496;13;5;243;-14;1;135;;276;;228;;;;2;325;1;273;;;1;374;1;138;1;41;1;144;5;16;2;16;;23;gaa;*;aca;149;gga;*;atgf 140;3;5;140;160;467;14;1;277;-15;2;0;;276;;245;;;;2;338;1;274;;;1;376;1;151;1;50;1;146;4;17;4;17;;45;cca;4;tta;6;aga;17;gta 150;4;8;150;143;518;15;3;256;-16;1;16;;282;;273;;;;3;221;2;34;;;1;390;1;204;1;56;1;336;4;18;9;18;;11;aaa;53;atgf;16;cca;14;gac 160;4;6;160;191;438;16;4;204;-17;2;99;;283;;273;;;;3;228;2;98;;;2;95;1;459;1;61;2;262;2;19;1;19;;56;gac;10;atgf;35;gga;4;ttc 170;0;7;170;173;416;17;5;233;-18;0;0;;284;;301;;;;5;339;2;100;;;2;237;2;110;1;71;3;261;0;20;5;20;;7;gta;*;atgj;5;aga;8;ggc 180;2;4;180;160;373;18;5;230;-19;1;16;;294;;315;;;;8;196;2;139;;;2;241;2;116;1;92;4;337;3;21;4;21;;187;tta;7;cca;3;cac;57;tgc 190;3;5;190;187;369;19;9;180;-20;1;73;;302;;363;;;;8;237;2;193;;;2;283;2;123;1;94;6;79;0;22;3;22;;26;aca;6;gga;7;caa;*;tgc 200;2;3;200;141;348;20;8;183;-21;2;0;;309;;429;;;;;;3;138;;;3;262;;;1;95;;;4;23;4;23;;10;tac;5;aga;18;aaa;21;cga 210;3;6;210;166;311;21;9;179;-22;2;9;;323;;452;;;;;;3;144;;;4;114;;5s 23s;1;98;;;3;24;1;24;;31;atgj;26;aag;5;cta;28;gga 220;3;2;220;145;323;22;3;149;-23;0;45;;325;;454;;;;;;4;108;;;;;1;230;1;100;;;3;25;2;25;;*;ttc;29;cca;25;ggc;4;aaa 230;5;1;230;142;265;23;7;151;-24;0;2;;331;;508;;;;;;4;202;;;;;;;1;103;;;0;26;3;26;;5;gga;24;gga;5;gga;4;caa 240;1;4;240;108;255;24;3;157;-25;1;13;;346;;552;;;;;;5;78;;;;;;;1;107;;;2;27;1;27;;5;aga;*;cga;57;aag;5;cac 250;0;7;250;130;217;25;7;154;-26;2;44;;369;;661;;;;;;7;127;;;;;;;1;116;;;2;28;1;28;;31;cac;5;gta;7;caa;3;aag 260;5;2;260;120;248;26;11;127;-27;1;0;;387;;;;;;;;;;;;;;;;1;119;;;3;29;3;29;;23;caa;3;gac;18;aaa;6;aga 270;1;10;270;112;234;27;13;157;-28;0;11;;390;;16s CDS c;16s CDS x;CDS 23s c;CDS 23s x;;;;;;;;;;;1;476;;;1;30;4;30;;30;aaa;4;ttc;5;cta;4;gga 280;1;4;280;98;211;28;12;136;-29;0;38;;393;;2;228;531;;;;;;;;;;;;2;48;;;2;31;2;31;;26;cta;9;ggc;25;ggc;21;cca 290;1;3;290;97;215;29;10;121;-30;0;0;;402;;294;;563;;;;;;;;;;;;2;111;;;1;32;1;32;;5;gga;*;tgc;46;gga;5;aag 300;0;3;300;119;208;30;17;132;-31;0;7;;416;;695;;407;;;;;;;;;;;;2;112;;;1;33;2;33;;6;aga;hmo;;*;cga;5;aga 310;2;3;310;69;180;31;12;125;-32;3;26;;423;;;;;;;;;;;;;;;;2;140;;;1;34;0;34;;*;caa;7;ctc;9;tac;5;gga 320;3;2;320;101;153;32;9;108;-33;0;0;;423;;23s CDS c;23s CDS x;CDS 5s c;CDS 5s x;;;;;;;;;;;;;;;0;35;2;35;;7;atgj;18;acc;27;gta;3;ggc 330;1;7;330;100;162;33;11;91;-34;1;3;;424;;188;87;335;184;51;;53;;16;;33;;64;;34;;30;281;0;36;0;36;;4;gta;14;tgg;12;aca;22;cta 340;0;2;340;80;120;34;12;75;-35;0;13;;431;;223;109;;228;;;;;;;;;;;;;;;0;37;0;37;;10;gac;19;ggg;9;tac;4;aaa 350;2;2;350;57;131;35;12;95;-36;0;0;;437;;237;188;;301;;;;;;;;;;;;;;;0;38;0;38;;20;tgg;7;ggc;30;gta;4;caa 360;0;2;360;71;142;36;15;89;-37;0;4;;453;;299;260;;343;;;;;;;;;;;;;;;0;39;1;39;;*;aac;8;ttg;12;aca;5;cac 370;0;0;370;74;135;37;9;81;-38;1;12;;459;;313;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;40;0;40;;;;x+ 293;gtg;*;tac;5;aag 380;0;2;380;63;126;38;14;74;-39;0;0;;488;;322;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;41;0;41;;;;*;ccg;79;aaa;5;aga 390;2;2;390;54;120;39;13;81;-40;1;3;;501;;336;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;42;0;42;;;;2;gaa;7;cac;5;gga 400;0;1;400;43;100;40;13;84;-41;0;5;;506;;357;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;43;0;43;;;;6;ttc;35;aga;6;ggc reste;20;27;reste;953;1896;reste;5407;13999;-42;0;0;;507;;463;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44;;;;4;tac;*;gga;*;cca ;94;205;total;5729;20790;total;5729;20790;-43;0;1;;525;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;45;1;45;;;;18;caa;6;gac;39;tac ;;;diagr;;;diagr;;;-44;2;6;;542;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;46;3;46;;;;4;aaa;14;gta;8;gta ;;; t30;;;;;;-45;0;0;;558;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;47;0;47;;;;9;ggc;29;gaa;4;tac ;;;;;;;;;-46;1;2;;559;;12;5;4;4;25;;;;;;;;;;;;;;0;48;0;48;;;;*;cac;10;aca;*;aca ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;13;;565;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;49;0;49;;;;;;6;gac;144;cgt ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;570;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50;;;;;;16;gta;23;agc ;;x;5726;67;3;5790;;;-49;0;1;;572;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;22;;;;;;;29;gaa;69;tca ;;c;20586;2475;204;23265;;;-50;0;19;;573;;;;;;;;;;;;931;;;;;;;503;300;;202;;;;;;;10;aca;*;tca ;;;;;;29055;1779;;reste;6;29;;585;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;58;1;53;;;;;;6;gac;; ;;;;;;;30834;;total;;;;602;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;60;1;56;;;;;;14;gta;; ;;;;;;;;;;;;;643;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;61;3;57;;;;;;*;gaa;; ;;;;;;;;;;;;;652;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;85;1;60;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;667;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;88;1;62;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;703;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;89;1;65;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;705;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;91;1;69;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;709;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;120;1;70;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;727;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;311;1;75;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;79;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;774;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;84;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;776;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;85;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;778;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;144;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;780;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;148;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;909;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;149;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;187;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;67;13;28;11;2;1;122;;;;;;;;;;;;;;;;1;234;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;241;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;306;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;439;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;x;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;hmo;1;293;;;;;;;;;
clostridia données intercalaires 200
modifier- Lien tableau: clostridia données intercalaires 200;fc+400
total;2572;4010;1775;2589;2727;2900;1867;2350 gen;cbc;cbei;cbn;cdc;cdc8;cle;hmo;psor 0;24;19;10;37;39;35;17;23 1;55;55;37;52;48;56;21;40 2;38;39;31;55;53;50;38;52 3;14;23;13;21;24;36;37;19 4;18;36;12;26;29;24;21;22 5;15;17;17;15;15;20;18;15 6;11;16;13;6;7;8;9;3 7;3;8;11;11;11;7;8;4 8;18;15;9;12;13;12;7;15 9;10;23;10;20;21;30;11;24 10;16;17;19;24;20;35;13;29 11;28;48;22;35;38;55;15;44 12;44;51;32;45;46;64;16;46 13;28;41;22;25;30;39;24;34 14;32;47;22;41;39;32;23;41 15;36;43;23;30;36;42;15;31 16;21;29;20;26;28;37;13;30 17;26;25;16;35;45;36;16;34 18;30;38;20;29;31;28;18;36 19;24;23;14;21;27;34;11;26 20;24;30;20;24;24;20;16;25 21;17;32;20;25;24;25;16;20 22;21;25;17;18;22;21;6;19 23;14;18;12;24;28;24;9;22 24;20;21;13;22;21;24;12;24 25;22;23;19;22;27;18;4;19 26;13;22;10;17;19;18;12;16 27;17;18;17;18;19;31;19;18 28;18;11;13;23;26;18;13;14 29;12;16;12;23;24;16;8;10 30;12;18;14;18;22;18;10;20 31;9;18;11;21;20;21;11;14 32;9;13;5;17;18;26;8;12 33;12;11;11;12;13;10;14;8 34;13;12;8;12;12;7;6;5 35;13;13;6;18;17;9;6;13 36;12;9;8;14;14;13;11;8 37;11;8;11;10;13;19;7;2 38;6;11;8;11;11;15;4;8 39;12;15;10;10;10;13;4;7 40;11;16;12;9;10;11;6;9 41;6;12;10;9;13;5;4;5 42;9;15;2;10;12;8;5;7 43;7;9;4;7;7;4;5;7 44;7;5;8;6;8;6;8;10 45;7;15;4;4;2;4;8;3 46;4;10;5;8;11;13;7;4 47;5;11;8;11;12;9;3;3 48;7;14;6;7;11;11;7;5 49;8;15;3;9;6;14;8;4 50;1;13;11;8;7;11;15;0 51;10;13;7;10;15;7;5;9 52;5;13;13;9;7;8;4;7 53;8;14;9;13;14;8;6;3 54;13;14;7;6;8;14;9;4 55;8;15;7;4;5;15;8;8 56;12;11;4;8;7;11;7;5 57;8;14;1;7;8;10;3;10 58;6;11;5;11;7;6;5;12 59;9;11;7;7;8;7;10;8 60;4;10;7;5;8;7;7;8 61;8;7;7;8;11;9;9;5 62;11;5;10;5;5;8;11;2 63;4;8;10;4;7;9;6;5 64;2;20;8;10;8;12;8;5 65;6;10;7;9;9;11;5;10 66;6;12;2;5;7;8;4;7 67;8;9;4;9;7;5;6;7 68;7;9;7;7;8;8;3;9 69;9;6;9;5;3;5;8;5 70;4;12;7;4;8;13;6;5 71;2;7;10;11;11;9;6;10 72;6;10;0;6;7;8;11;10 73;10;9;6;6;6;12;7;8 74;9;15;8;4;6;9;10;10 75;12;10;2;6;9;12;6;10 76;5;7;4;6;2;10;6;6 77;11;9;3;15;10;14;3;10 78;6;6;4;8;7;8;8;6 79;5;8;9;3;4;12;7;7 80;7;14;7;3;4;10;7;10 81;11;10;9;6;8;8;4;4 82;9;11;6;5;6;6;5;10 83;7;10;4;5;7;4;9;10 84;6;10;5;8;9;7;5;8 85;6;12;7;9;11;13;6;4 86;4;11;5;11;11;9;10;6 87;8;13;6;5;4;6;9;8 88;6;6;7;5;5;12;4;7 89;5;9;4;2;3;7;10;8 90;6;8;6;7;9;12;9;2 91;1;10;7;13;10;6;4;5 92;10;14;5;2;2;10;7;4 93;3;10;7;4;4;5;10;8 94;7;11;5;6;5;8;6;10 95;7;13;10;6;4;12;6;12 96;3;10;6;9;7;7;6;5 97;4;9;7;9;14;9;10;6 98;5;7;9;7;11;9;2;6 99;11;10;5;5;7;5;10;8 100;7;7;7;6;8;11;7;12 101;3;13;6;8;10;10;6;7 102;6;8;3;8;9;9;8;8 103;5;14;6;11;10;15;10;3 104;6;7;2;11;12;6;9;8 105;4;6;4;11;8;15;6;11 106;5;13;5;9;9;6;5;8 107;8;17;4;6;5;2;5;8 108;6;8;4;8;5;3;6;7 109;4;6;4;8;9;7;6;9 110;5;11;4;5;7;7;5;6 111;5;9;4;8;7;7;6;7 112;9;6;5;8;7;6;7;9 113;2;10;7;9;8;9;6;10 114;11;11;5;9;9;3;8;12 115;5;5;3;3;7;6;4;6 116;4;13;9;7;9;10;6;8 117;11;8;5;9;13;8;3;8 118;5;10;6;7;5;2;6;8 119;6;10;1;9;11;4;4;8 120;8;7;5;5;10;10;3;9 121;7;10;5;4;5;7;5;4 122;5;7;4;6;7;5;7;5 123;10;5;5;5;6;8;6;6 124;7;10;3;5;7;11;6;11 125;5;3;5;3;2;11;6;6 126;8;10;7;11;6;7;5;10 127;7;9;4;5;4;5;7;6 128;2;8;7;3;4;7;4;6 129;4;10;2;5;5;10;5;4 130;4;7;8;8;7;8;5;7 131;4;11;7;3;4;7;2;5 132;2;5;4;6;5;9;5;7 133;7;12;6;4;5;5;6;6 134;5;6;4;5;7;6;1;9 135;4;10;4;5;6;3;8;8 136;9;11;7;6;6;8;2;6 137;11;9;3;3;3;7;3;4 138;7;7;6;7;7;5;6;7 139;6;3;7;1;1;6;8;5 140;6;11;2;4;5;7;6;11 141;8;8;6;2;3;11;5;5 142;10;10;3;4;4;6;3;8 143;2;12;8;6;5;6;9;5 144;9;12;2;8;7;9;9;6 145;4;11;6;2;2;9;5;3 146;4;7;2;2;2;15;3;5 147;6;8;5;9;7;8;4;9 148;4;11;9;6;6;4;8;8 149;7;15;5;3;5;5;6;10 150;10;8;4;8;12;6;5;4 151;5;7;0;7;7;8;6;9 152;5;11;4;7;10;9;6;2 153;5;7;4;1;0;6;2;2 154;4;9;7;1;3;6;6;4 155;4;10;3;4;4;8;2;8 156;6;5;2;4;1;6;1;9 157;5;8;9;4;5;6;4;4 158;5;9;3;5;3;6;2;9 159;3;11;5;5;8;10;5;5 160;6;9;8;3;3;7;9;7 161;5;11;5;4;3;6;5;7 162;4;13;9;3;4;6;4;6 163;5;6;5;4;4;6;6;2 164;5;7;2;2;3;4;6;7 165;2;10;4;4;5;4;4;7 166;7;8;7;4;6;8;3;6 167;8;6;8;1;1;3;5;12 168;4;10;3;4;2;4;1;9 169;7;6;2;3;5;11;5;4 170;1;8;3;5;5;3;7;2 171;6;13;5;6;7;8;3;1 172;4;4;3;2;2;4;5;5 173;5;4;7;4;5;4;1;10 174;7;8;1;8;6;1;1;5 175;5;7;4;5;4;6;7;3 176;2;10;3;3;3;8;3;7 177;3;9;5;4;6;4;6;5 178;2;6;3;2;3;7;3;4 179;7;8;3;4;6;3;3;2 180;5;9;2;1;2;5;4;2 181;3;7;3;3;4;5;4;4 182;6;7;4;8;8;5;3;7 183;3;7;1;7;6;8;4;6 184;2;3;4;3;4;8;6;1 185;1;5;5;2;2;7;1;3 186;5;4;6;6;5;3;4;2 187;3;11;8;2;2;6;3;6 188;6;7;3;6;6;7;2;6 189;2;9;6;5;3;2;3;5 190;1;8;2;4;3;7;2;8 191;1;12;3;5;4;1;3;7 192;4;8;4;7;7;2;5;8 193;4;6;2;3;2;9;3;3 194;4;5;4;4;4;4;1;1 195;7;8;1;2;6;7;2;4 196;1;8;8;6;6;5;4;5 197;2;2;2;2;3;6;1;1 198;7;6;4;4;5;6;1;3 199;6;9;2;5;5;6;7;2 200;3;15;1;1;1;4;4;2 201;6;6;3;4;5;5;2;6 202;5;8;6;2;0;4;2;4 203;1;5;4;2;4;1;2;5 204;6;9;0;3;5;7;0;3 205;5;5;1;6;6;6;1;2 206;5;7;3;5;4;1;4;2 207;6;5;3;0;2;10;3;6 208;3;5;3;1;3;6;3;5 209;5;8;2;3;2;4;2;1 210;2;5;2;3;5;4;5;6 211;3;2;2;3;1;3;4;8 212;0;5;3;4;3;5;3;2 213;6;4;3;6;4;5;4;6 214;2;11;1;6;4;5;3;5 215;3;5;1;2;4;6;0;4 216;3;8;2;4;7;5;1;2 217;2;9;6;5;4;2;4;2 218;4;8;4;3;3;5;4;1 219;4;10;2;4;5;5;5;2 220;4;13;5;3;4;1;4;3 221;2;7;2;4;4;3;2;3 222;1;4;6;3;3;1;2;2 223;5;7;3;4;2;3;2;3 224;4;4;2;6;5;3;1;2 225;5;8;5;8;6;4;1;2 226;4;4;2;1;2;5;4;3 227;4;3;3;3;3;3;3;1 228;9;11;1;2;3;4;1;3 229;3;5;1;1;2;0;4;4 230;3;7;5;0;0;2;0;2 231;1;8;2;3;2;2;2;4 232;5;7;2;3;3;1;4;2 233;7;3;4;1;2;3;3;2 234;2;4;2;0;0;1;3;0 235;7;5;1;6;2;4;4;1 236;3;6;3;2;4;7;5;6 237;3;8;1;2;3;5;2;2 238;2;8;2;2;0;1;1;5 239;5;6;1;5;8;4;1;3 240;1;6;1;3;3;2;2;3 241;3;4;1;5;5;1;4;3 242;2;5;3;1;2;4;1;2 243;0;7;2;1;2;7;2;1 244;1;2;1;2;3;4;6;3 245;2;3;0;1;3;0;3;1 246;2;7;1;4;2;4;3;3 247;2;3;2;3;5;0;3;3 248;2;6;1;5;4;2;3;1 249;2;7;2;3;3;5;3;1 250;2;3;1;3;1;5;2;0 251;0;5;3;2;2;2;0;1 252;3;3;3;4;4;4;7;2 253;2;10;1;4;4;1;3;4 254;2;6;0;3;4;7;1;4 255;3;9;2;5;1;3;2;1 256;2;6;3;2;5;4;3;4 257;1;3;1;4;3;5;1;2 258;2;8;3;1;2;3;2;3 259;2;5;0;3;2;5;2;2 260;5;5;0;4;3;7;2;1 261;2;8;0;4;4;3;2;1 262;6;2;2;2;5;4;1;0 263;4;2;0;3;2;2;1;1 264;4;8;1;3;4;5;1;1 265;1;8;1;2;1;1;0;3 266;4;14;2;2;2;6;1;2 267;3;6;1;4;2;1;1;1 268;3;4;1;1;2;5;3;2 269;4;6;1;4;5;4;2;2 270;4;3;1;6;3;4;5;2 271;3;7;2;0;1;1;2;5 272;3;12;1;7;2;3;3;2 273;3;5;1;1;3;0;4;0 274;1;9;1;2;2;8;1;2 275;7;3;0;2;0;4;2;2 276;3;9;1;1;3;1;2;2 277;6;7;0;1;0;2;2;3 278;1;4;0;5;4;2;0;2 279;2;3;1;2;4;0;3;3 280;2;3;1;1;0;5;2;1 281;1;8;2;8;10;1;3;2 282;5;7;1;3;4;1;2;0 283;7;7;1;4;4;1;0;2 284;2;3;0;5;7;2;2;4 285;1;5;0;2;2;2;1;3 286;2;3;0;2;3;2;2;0 287;2;2;1;2;1;3;1;2 288;5;6;2;3;2;2;2;1 289;1;3;0;2;1;2;3;0 290;3;4;3;3;4;6;4;0 291;1;7;4;4;2;1;2;2 292;2;3;0;1;2;2;1;1 293;4;7;2;2;3;3;2;4 294;4;10;1;2;0;3;1;0 295;2;6;2;1;1;5;3;1 296;5;2;3;5;4;2;0;1 297;6;5;2;4;6;3;2;0 298;1;2;1;3;2;4;0;2 299;1;4;4;2;3;2;4;4 300;1;7;2;0;0;4;1;0 301;2;3;2;1;1;2;1;1 302;6;4;0;1;3;3;2;2 303;5;6;1;2;4;3;2;1 304;4;2;1;3;3;2;0;4 305;1;4;0;2;1;1;0;2 306;1;1;2;0;0;3;2;2 307;3;3;0;2;1;4;1;4 308;5;3;0;5;6;0;3;0 309;0;5;0;6;7;0;1;2 310;2;7;1;2;3;3;1;1 311;3;2;1;4;3;1;2;1 312;0;6;0;2;4;0;1;0 313;1;2;0;3;4;2;1;1 314;5;3;3;2;0;2;1;3 315;1;4;2;2;2;5;0;2 316;1;5;0;2;1;3;1;1 317;1;5;0;4;2;4;1;1 318;3;6;0;0;1;1;1;0 319;4;1;1;4;1;1;0;1 320;2;4;0;1;4;1;2;1 321;1;4;2;3;5;0;0;1 322;5;3;3;2;2;2;3;0 323;0;7;2;3;2;0;0;2 324;1;4;2;3;4;1;2;2 325;2;3;0;2;2;1;2;1 326;1;5;0;3;3;0;1;3 327;4;4;1;1;5;1;2;1 328;2;4;0;4;5;1;1;1 329;1;4;1;0;0;1;0;1 330;1;8;0;3;2;0;1;2 331;0;4;0;1;3;2;1;1 332;2;2;0;4;2;1;2;0 333;3;5;0;2;1;1;1;0 334;1;3;0;0;0;3;2;3 335;1;4;1;0;1;2;1;0 336;1;2;2;4;0;0;1;0 337;3;3;0;2;1;2;1;1 338;2;4;1;1;0;0;0;3 339;1;6;0;1;0;0;1;0 340;0;3;1;2;5;3;1;2 341;1;4;2;1;1;1;0;1 342;2;3;0;2;2;3;2;0 343;5;8;1;5;4;1;3;1 344;2;8;1;1;1;1;0;2 345;2;3;0;0;2;0;0;1 346;3;3;0;0;0;2;0;2 347;4;4;1;2;1;2;0;0 348;0;0;2;1;0;1;0;2 349;3;2;1;1;1;0;1;0 350;3;5;1;2;3;1;0;0 351;1;5;2;2;2;1;0;2 352;2;1;2;3;3;3;2;3 353;2;2;0;1;1;2;0;1 354;4;4;2;1;2;3;2;0 355;5;4;2;2;0;3;0;0 356;5;1;1;2;2;1;0;1 357;4;0;0;0;2;3;2;1 358;2;2;1;3;2;2;2;1 359;1;6;2;0;3;2;1;0 360;1;3;0;1;1;2;1;1 361;4;4;1;4;2;0;0;0 362;3;4;2;3;2;2;1;1 363;2;6;0;1;1;4;1;1 364;1;3;0;0;0;1;3;0 365;2;2;2;2;2;1;3;0 366;6;5;0;1;1;0;2;0 367;1;2;1;3;1;2;2;4 368;1;2;0;1;2;3;0;0 369;2;3;0;1;2;1;0;0 370;2;4;2;1;3;0;1;2 371;0;6;1;1;3;1;1;3 372;2;4;1;2;2;1;1;0 373;2;3;0;2;1;0;1;2 374;6;3;1;1;1;1;0;1 375;1;1;1;2;1;0;0;1 376;2;3;0;1;1;1;0;1 377;1;4;0;1;1;0;1;0 378;2;5;0;1;1;1;2;0 379;1;3;1;2;1;3;0;1 380;5;3;2;3;5;1;5;0 381;2;2;1;3;1;2;0;0 382;2;3;0;1;1;4;0;0 383;5;7;1;1;1;2;0;0 384;3;3;0;1;1;0;1;2 385;0;2;0;1;2;1;1;2 386;3;6;1;0;1;2;1;1 387;1;3;0;2;1;2;1;2 388;1;3;1;2;2;0;0;0 389;2;3;1;4;1;0;2;1 390;0;5;1;1;3;0;1;0 391;1;1;0;2;3;0;1;0 392;1;3;0;1;1;1;0;0 393;2;2;0;2;3;2;0;0 394;0;4;0;2;3;0;0;0 395;4;5;0;1;2;0;1;3 396;5;2;0;2;2;1;0;0 397;3;1;0;0;2;0;1;1 398;3;2;2;0;1;1;1;0 399;0;2;0;0;0;0;2;1 400;3;3;2;2;1;1;0;2 ;;;;;;;; ;2222;3395;1703;2306;2446;2680;1742;2196
clostridia distribution par génome
modifier- Lien tableau: clostridia distribution par génome
clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740
clostridia distribution du total
modifier- Lien tableau: clostridia distribution du total
clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;;
clostridia distribution par type
modifier- Lien tableau: clostridia distribution par type
- Note: voir construction des sous totaux. Ce sous total peux contenir quelques erreurs.
clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;;
clostridia par rapport au groupe de référence
modifier- Lien tableau: clostridia par rapport au groupe de référence
tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;;
clostridia, estimation des -rRNAs
modifier- Lien tableau: clostridia, estimation des -rRNAs
clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481
gamma
modifierShewanella
modifierspl opérons
modifier- Lien tableau: spl opérons
39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;;
spl blocs
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spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;;
spl distribution
modifier- Lien tableau: spl distribution
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3
spl données intercalaires
modifier- Lien tableau: spl données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;reste;Sup 700 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;aa;intercalaire;aa;frequence;effectif;;long;long fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;;c;;c;;spl;fx;fc;fx;fc 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;tRNA tRNA;hors bloc;tRNA tRNA;suite;400;1075;2229;706;703 ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;8;aca;45;aac;410;18;14;707;706 ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;35;tac;41;aac;420;17;14;712;706 ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;**;gga;26;aac;430;9;15;712;709 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;39;cgg;32;aac;440;11;9;721;712 ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;41;cac;33;aac;450;8;12;734;715 ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;58;cca;40;aac;460;9;11;738;717 ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;**;cca;**;aac;470;12;7;739;717 ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;1172;tca;97;gac;480;6;6;745;729 ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;atc;**;tca;97;gac;490;4;8;746;731 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;52;aca;83;gac;500;11;8;768;735 ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;gca;539;ttc;**;gac;510;8;5;774;740 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;gca;52;aca;58;aaa;520;8;6;780;740 ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;gca;**;ttc;58;aaa;530;6;6;784;744 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;52;aca;58;aaa;540;8;4;784;746 ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;gac;**;ttc;59;aaa;550;4;5;798;759 ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;acc;21;agc;57;aaa;560;4;7;807;763 ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;gac;30;cgt;58;aaa;570;9;6;814;765 ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;32;cgt;58;aaa;580;1;6;830;775 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;acc;30;cgt;59;aaa;590;3;4;844;781 ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;intra;33;cgt;58;aaa;600;5;2;865;789 ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;atc gca;9;cgt;59;aaa;610;0;5;884;791 ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;76;agc;59;aaa;620;2;8;885;793 ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;35;cgt;**;aaa;630;4;3;897;795 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;9;cgt;8;cac;640;2;4;904;801 ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;**;agc;63;aga;650;2;4;909;814 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;9* 37;gta;**;cca;660;2;4;912;817 ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;39;gta;103;atgf;670;3;4;915;832 ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;**;gta;**;ctc;680;2;4;944;833 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;CDS-CDS;inf 50;;;80;gcc;51;caa;690;2;1;946;836 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;intercalaire;;;;11* 102;gaa;131;cta;700;2;3;959;850 ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;c-;x-;;;253;gaa;20;caa;;48;58;968;857 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;-98;-52;;;47;gaa;96;cta;;;;975;861 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;-77;;;;**;gcc;49;caa;;;;1007;862 ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;-56;;;;3* 40;atgf;211;cta;;;;1009;866 ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;-53;;;;**;atgf;5;atgj;;;;1016;874 ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;-53;;;;13;ggc;47;caa;;;;1046;877 ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;total;intercalaires;;;85;tgc;55;cta;;;;1103;887 ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;789,212;;;**;tta;5;atgj;;;;1140;926 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;ADN long;5,174,581;;;13;ggc;47;caa;;;;1141;933 ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;%;15.3;;;95;tgc;55;cta;;;;1157;936 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;634;tta;**;atgj;;;;1166;937 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;non RNA;32;;;95;tgc;167;tgg;;;;1221;944 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;479;tta;**;tgg;;;;1329;957 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;132;tgc;20;ggc;;;;1401;959 ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;**;tta;13;ggt;;;;1593;1016 ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;128;cat;47;ggc;;;;1722;1150 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;128;cat;47;ggc;;;;1942;1154 ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;189;atgf;15;ggt;;;;;1161 ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;45;atgf;16;ggc;;;;;1178 ;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;2;gtc;48;ggc;;;;;1225 ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;35;atgf;**;ggc;;;;;1254 ;;;;;;;;;;;;;;;;;13;gtc;;;;;;;1318 ;;;;;;;;;;;;;;;;;**;atgf;;;;;;;1331 ;;;;;;;;;;;;;;;;;30;tac;;;;;;;1489 ;;;;;;;;;;;;;;;;;85;tac;;;;;;;1674 ;;;;;;;;;;;;;;;;;107;tac;;;;;;;2727 ;;;;;;;;;;;;;;;;;107;tac;;;;;;;3180 ;;;;;;;;;;;;;;;;;**;tac;;;;;;;
spl autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: spl autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0;
Intergen51. spl. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. spl les différents types d'intercalaires.
Les types d’intercalaires;;spl;;;;;; intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;; continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total c;2 482;414;17;2 913;2,2;141;7;148 x;1 305;12;1;1 318;;0;11;11 t;3 787;426;18;4 231;;141;18;159 %;89,5;10,1;0,0;;;;; Détail des * autres intercalaires;;;;;;;; intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;; continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;% c;39;0;0;39;1,7;tRNA-CDS;62;25 x;22;1;0;23;;RNA-RNA;141;56 t;61;1;0;62;;CDS-rRNA;18;7 %;98,4;1,6;0,0;;;non RNA;32;13 -;;;;;;total;253;10 Les taux remarquables;;;;;;;; taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0; gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;- type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+ c;10,2;38,5;1,2;24,1;0,0;63;0,6;0,0 x;17,6;30,4;8,3;3,1;0,0;58;0,1;0,0
Intergen51. spl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
modifier- Lien tableau: Intergen51. spl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
- Note: les diagrammes tRNA hors, fx% fc% et fc40
;;;correl;;;;; ;308;264;0,794;;;;; CDS-CDS;;% total;publié;26/11/22;;;; frequence;;;effectif;;;;; spl;fx%;fc%;fx;fc;spl;fc40;;tRNA h spl 0;1;7;1;17;0;17;5;3 10;6;114;8;284;1;46;10;4 20;15;78;19;193;2;53;15;5 30;10;48;13;120;3;29;20;3 40;22;35;29;86;4;22;25;1 50;13;30;17;74;5;16;30;4 60;30;32;39;80;6;13;35;7 70;38;29;50;72;7;14;40;15 80;52;40;68;100;8;29;45;4 90;41;37;53;92;9;29;50;7 100;43;36;56;90;10;33;55;6 110;29;26;38;64;11;27;60;12 120;41;29;54;73;12;35;65;1 130;34;34;44;84;13;20;70;0 140;20;23;26;56;14;29;75;0 150;21;21;27;51;15;15;80;2 160;23;21;30;52;16;10;85;3 170;24;20;31;49;17;13;90;0 180;28;21;36;53;18;20;95;2 190;18;17;24;43;19;14;100;3 200;26;15;34;36;20;10;105;12 210;18;15;24;37;21;12;110;2 220;19;16;25;39;22;12;115;0 230;19;13;25;33;23;13;120;0 240;21;13;27;32;24;19;;12 250;18;10;23;25;25;3;; 260;17;12;22;30;26;9;; 270;18;12;23;31;27;21;; 280;18;9;24;23;28;9;; 290;21;12;27;29;29;11;; 300;16;9;21;23;30;11;; 310;14;7;18;18;31;17;; 320;12;8;16;19;32;9;; 330;8;7;11;18;33;8;; 340;12;8;16;20;34;9;; 350;10;7;13;17;35;8;; 360;11;6;14;16;36;6;; 370;11;9;15;22;37;6;; 380;8;4;10;9;38;10;; 390;11;4;14;10;39;7;; 400;8;4;10;9;40;6;; reste;;;230;253;;;; total;;;1305;2482;;;; diagr;;;1074;2212;;;; t30;;;40;597;;;;
spl intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: spl intercalaires positifs S+
- Tableaux
spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
- Corrélations et fréquences faibles
;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1;
Vibrio parahaemolyticus
modifiervpb opérons
modifier- Lien tableau: vpb opérons
45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;;
vpb blocs
modifier- Lien tableau: vpb blocs
vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;;
vpb distribution
modifier- Lien tableau: vpb distribution
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12
vpb1 données intercalaires
modifier- Lien tableau: vpb1 données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;vpb1;CDS-CDS;reste;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;;intercalaire;aa;intercalaire;aa;Sup 400;Sup 400;Sup 500;Sup 500 fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;;c;aa;c;hors bloc;c;hors bloc;long;long;long;long ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;tRNA tRNA;suite;fx;fc;fx;fc ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;35;gac;32;cgg;64;ttc;402;402;505;501 ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;**;tgg;72;cac;7;aca;403;405;514;506 ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;2* 68;tgg;49;cac;70;ttc;408;405;519;507 ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;**;gac;24;cac;71;aac;412;408;521;509 ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;gcc;;;**;cac;7;aca;412;413;529;519 ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;atc;;;29;cta;43;ttc;420;413;531;537 ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;gaa;;;47;cta;**;aac;421;417;536;537 ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;24;atgj;51;ttc;428;417;537;540 ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;gca;;;52;cta;21;aca;429;418;541;540 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;gaa;;;29;caa;39;aac;431;418;543;546 ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;gta;;;53;cta;15;aca;431;424;546;547 ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;gta;;;24;atgj;**;aac;432;426;547;551 ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;52;cta;56;atgf;432;427;548;553 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;gac;;;29;caa;18;ggc;433;430;551;557 ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;gac;CDS-CDS;inf 50;54;cta;35;atgf;434;432;551;561 ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;acc;intercalaire;;29;caa;50;ggc;438;434;552;581 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;tca;c-;x-;35;cta;49;ggc;438;435;556;596 ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;-56;-65;48;caa;49;ggc;445;436;557;597 ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;acc;total;intercalaires;31;cta;30;ggc;445;437;560;606 ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;403,53;77;cta;55;atgf;446;437;560;609 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;gaa;ADN long;3,297,305;77;atgj;30;ggc;450;443;561;610 ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;aaa;%;12.2;31;caa;39;atgf;452;445;573;616 ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;gta;;;40;cta;19;ggc;454;446;575;619 ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;gcc;non RNA;32;**;atgj;35;atgf;456;448;575;621 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;gaa;;;81;tac;**;ggc;458;450;575;625 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;gca;;;81;tac;13;acc;459;451;579;636 ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;atc;;;81;tac;35;gga;461;452;611;639 ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;gta;;;**;tac;36;tac;461;455;618;647 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;gca;;;32;gtc;**;aca;464;456;634;650 ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;aaa;;;**;gtc;;;464;456;637;652 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;gaa;;;10;ggc;;;467;460;639;670 ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;gca;;;76;tta;;;475;473;641;687 ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;atc;;;20;ggc;;;481;474;669;707 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;gta;;;**;tgc;;;489;476;669;714 ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;aaa;;;56;atgf;;;489;477;683;716 ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;gaa;;;**;ctc;;;490;481;685;731 ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;56;cgt;;;495;487;688;751 ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;497;487;699;755 ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;499;489;701;798 ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;57;cgt;;;500;491;716;799 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;57;cgt;;;;492;718;821 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;56;cgt;;;;494;721;880 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;210;cgt;;;;496;757;908 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;31;cgt;;;;500;794;976 ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;**;agc;;;;;803;1070 ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;31;cgt;;;;;815;1131 ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;**;agc;;;;;820;1145 ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;894;1347 ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;895;1605 ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;1022; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;;
vpb2 données intercalaires
modifier- Lien tableau: vpb2 données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;vpb2;Sup 400;Sup 400;Sup 500;Sup 500 fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;long;long;long;long ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;fx;fc;fx;fc ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;73;tgc;403;406;503;501 ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;**;tta;404;408;525;505 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;gaa;73;tgc;405;410;529;510 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;**;tta;408;410;531;515 ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;gta;3;ggc;413;411;533;521 ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;**;tgc;413;412;543;529 ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;tca;;;415;412;544;536 ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;intra;;;416;413;545;538 ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;gaa;;;417;415;548;544 ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;aaa;;;418;418;552;550 ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;gca;;;419;426;552;569 ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;gta;;;431;432;556;590 ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;432;432;557;592 ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;CDS-CDS;inf 50;433;433;575;596 ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;intercalaire;;434;434;576;607 ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;c-;x-;439;442;577;624 ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;-97;-53;443;445;613;639 ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;-74;;444;446;613;649 ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;-59;;445;446;615;672 ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;total;intercalaires;457;452;625;673 ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;242,529;457;454;653;697 ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;ADN long;1,806,219;460;454;666;711 ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;%;13.4;460;456;674;752 ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;461;460;685;781 ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;non RNA;8;466;461;690;805 ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;469;463;722;844 ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;469;468;739;892 ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;472;473;742;930 ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;473;476;753;1030 ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;473;480;773;1265 ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;475;;802;1409 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;482;;816;1427 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;489;;867;1439 ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;491;;882; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;496;;1150; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;;;1282; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;;;;
vpb1 autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: vpb1 autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0;
Intergen51. vpb1. Les différents types d'intercalaires
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vpb2 autres intercalaires aas
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autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0;
Intergen51. vpb2. Les différents types d'intercalaires
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Escherichia albertii
modifiereal opérons
modifier- Lien tableau: eal opérons
49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc;
eal blocs
modifier- Lien tableau: eal blocs
eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;;
eal distribution
modifier- Lien tableau: eal distribution
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4
eal données intercalaires
modifier- Lien tableau: eal données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600;Sup 1000 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long;long fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;eal;fx;fc;fx;fc;fc ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;1063;2148;609;601;1034 ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;212;tac;410;5;5;616;602;1050 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;**;tac;420;6;8;621;604;1065 ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;atc;6;gga;430;3;3;621;609;1073 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;atc;**;aca;440;5;7;622;609;1077 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;gaa;5;aaa;450;3;3;629;610;1119 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;48;gta;460;3;10;635;614;1169 ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;gca;5;aaa;470;4;4;637;622;1226 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;gaa;48;gta;480;4;6;638;629;1268 ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;**;aaa;490;3;3;645;632;1421 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;gac;10;atgj;500;7;6;646;636;1595 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;acc;26;cta;510;2;3;654;645;1637 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;37;caa;520;6;3;655;657;1689 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;acc;18;caa;530;4;1;670;665;1791 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;intra;51;atgj;540;3;4;672;665;2324 ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;atc gca;35;cag;550;3;3;684;666; 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;contig;**;cag;560;4;2;692;680; 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;tgg;31;ctg;570;1;2;693;680; ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;gac;35;ctg;580;5;3;694;684; 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;**;ctg;590;1;2;707;685; 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;159;ggc;600;5;4;714;690; ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;**;ggc;;45;56;721;700; ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;9;acc;;;;725;714; ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;119;gga;;;;729;738; 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;11;tac;;;;732;742; 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;**;aca;;;;736;745; 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;43;cca;;;;737;761; ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;23;ctc;;;;738;806; 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;CDS-CDS;inf 50;;61;cac;;;;748;843; ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;intercalaire;;;**;cgg;;;;762;865; 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;c-;x-;;37;atgf;;;;765;878; ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;-310;-189;;37;atgf;;;;810;891; ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;-95;-167;;**;atgf;;;;852;942; 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;-71;-129;;6;agc;;;;859;947; ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;-53;-98;;201;cgt;;;;869;952; 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;-78;;200;cgt;;;;878;953; ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;-66;;**;cgt;;;;923;954; 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;-51;;7;aaa;;;;925;958; 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;total;intercalaires;;47;gta;;;;1115;960; ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;594,081;;**;gta;;;;1117;967; ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;ADN long;4,701,875;;42;gcc;;;;1145;977; 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;%;12.6;;**;gcc;;;;1156;; 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;100;atgi;;;;1621;; 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;non RNA;386;;**;aga;;;;1660;; 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;56;ggc;;;;1882;; ;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;14;tgc;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;**;tta;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;7;gtc;;;;;; ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;**;gtc;;;;;; ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;;;;;;
eal autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: eal autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; deb;;CDS;1177520;1178338;1243;*; ;;gene;1179582;1179752;41;*; deb;comp;CDS;1179794;1180537;535;*; ;;gene;1181073;1182912;-1531;*; deb;;CDS;1181382;1181747;-366;*; ;;mobile_el;1181382;1182610;-906;*; fin;;CDS;1181705;1182610;;; deb;;CDS;1183247;1186789;359;*; ;comp;gene;1187149;1187571;12;*; deb;comp;CDS;1187584;1188423;-840;*; ;comp;mobile_el;1187584;1188752;-303;*; fin;comp;CDS;1188450;1188752;;; deb;;CDS;1191235;1192398;17;*; ;comp;tRNA;1192416;1192488;114;*;acg fin;comp;CDS;1192603;1193856;;; deb;comp;CDS;1206541;1207404;12;*; ;comp;gene;1207417;1208120;20;*; fin;comp;CDS;1208141;1208605;;; deb;comp;CDS;1220100;1220765;82;*; ;comp;gene;1220848;1221270;186;*; fin;;CDS;1221457;1222881;;0; deb;comp;CDS;1268423;1269088;437;*; ;comp;tRNA;1269526;1269599;132;*;gac fin;comp;CDS;1269732;1270472;;0; deb;comp;CDS;1276071;1276874;165;*; ;comp;tRNA;1277040;1277113;52;*;gac ;comp;rRNA;1277166;1277285;169;*;120 ;comp;rRNA;1277455;1280377;186;*;2923 ;comp;tRNA;1280564;1280636;45;*;gca ;comp;tRNA;1280682;1280755;70;*;atc ;comp;rRNA;1280826;1282367;364;*;1542 fin;comp;CDS;1282732;1283304;;0; deb;comp;CDS;1465720;1466553;419;*; ;;gene;1466973;1468487;30;*; fin;;CDS;1468518;1469660;;; deb;comp;CDS;1480677;1481042;22;*; ;comp;gene;1481065;1481979;65;*; fin;comp;CDS;1482045;1482995;;; deb;;CDS;1544994;1546253;128;*; ;comp;gene;1546382;1546600;181;*; fin;comp;CDS;1546782;1547699;;; deb;;CDS;1554556;1554981;-426;*; ;;mobile_el;1554556;1556972;-1995;*; fin;;CDS;1554978;1555328;;; deb;comp;CDS;1561637;1562476;-840;*; ;comp;mobile_el;1561637;1562805;-303;*; fin;comp;CDS;1562503;1562805;;; deb;;CDS;1566010;1567041;189;*; ;;tRNA;1567231;1567314;31;*;ctg ;;tRNA;1567346;1567429;35;*;ctg ;;tRNA;1567465;1567548;41;*;ctg fin;comp;CDS;1567590;1567892;;0; deb;;CDS;1589588;1591177;-4;*; ;;gene;1591174;1592536;227;*; fin;;CDS;1592764;1593105;;0; deb;;CDS;1595539;1595655;142;*; ;comp;gene;1595798;1596613;86;*; fin;;CDS;1596700;1598196;;; deb;comp;CDS;1617593;1617817;51;*; ;comp;gene;1617869;1619230;24;*; deb;comp;CDS;1619255;1620574;15;*; ;comp;gene;1620590;1621672;318;*; fin;;CDS;1621991;1623061;;; deb;;CDS;1643482;1644588;269;*; ;;gene;1644858;1645271;9;*; fin;comp;CDS;1645281;1645400;;0; deb;;CDS;1646137;1646484;-348;*; ;;mobile_el;1646137;1648072;-1539;*; fin;;CDS;1646534;1648072;;; 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fin;comp;CDS;1852835;1853443;;; deb;comp;CDS;1859763;1861121;141;*; ;comp;gene;1861263;1862016;-24;*; fin;;CDS;1861993;1862127;;; deb;;CDS;1865164;1868547;84;*; ;comp;gene;1868632;1868922;48;*; fin;comp;CDS;1868971;1869240;;; deb;;CDS;1870491;1870619;0;*; ;comp;gene;1870620;1871063;79;*; fin;comp;CDS;1871143;1871403;;; deb;;CDS;1949708;1953091;84;*; ;comp;gene;1953176;1953466;48;*; fin;comp;CDS;1953515;1953784;;; deb;comp;CDS;1981727;1981849;173;*; ;;gene;1982023;1983165;229;*; fin;;CDS;1983395;1983667;;0; deb;;CDS;2005445;2005888;113;*; ;comp;rRNA;2006002;2006121;169;*;120 ;comp;rRNA;2006291;2009214;186;*;2924 ;comp;tRNA;2009401;2009473;45;*;gca ;comp;tRNA;2009519;2009592;70;*;atc ;comp;rRNA;2009663;2011202;339;*;1540 fin;;CDS;2011542;2011730;;; deb;comp;CDS;2042057;2043241;117;*; ;comp;tRNA;2043359;2043431;9;*;acc ;comp;tRNA;2043441;2043512;119;*;gga ;comp;tRNA;2043632;2043713;11;*;tac ;comp;tRNA;2043725;2043797;37;*;aca fin;;CDS;2043835;2043948;;; deb;comp;CDS;2046100;2047128;300;*; 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fin;;CDS;4279165;4280583;;; deb;comp;CDS;4287685;4287954;8;*; ;comp;gene;4287963;4288700;-1;*; fin;comp;CDS;4288700;4289068;;; deb;comp;CDS;4304648;4305058;24;*; ;comp;gene;4305083;4306483;264;*; fin;;CDS;4306748;4308007;;; deb;;CDS;4317280;4317828;151;*; ;;tRNA;4317980;4318052;56;*;ggc ;;tRNA;4318109;4318179;14;*;tgc ;;tRNA;4318194;4318277;712;*;tta ;;gene;4318990;4319154;-165;*; ;;mobile_el;4318990;4320203;-1072;*; ;;gene;4319132;4319332;-20;*; fin;;CDS;4319313;4320203;;0; deb;;CDS;4377172;4377537;-366;*; ;;mobile_el;4377172;4378400;-906;*; fin;;CDS;4377495;4378400;;; deb;;CDS;4378416;4378562;151;*; ;;gene;4378714;4380770;-4;*; fin;comp;CDS;4380767;4381429;;; deb;comp;CDS;4437118;4437621;42;*; ;comp;gene;4437664;4439143;179;*; fin;comp;CDS;4439323;4440657;;; deb;;CDS;4448284;4448556;1106;*; ;;gene;4449663;4450085;305;*; fin;;CDS;4450391;4451527;;; deb;;CDS;4461624;4462049;-426;*; ;;mobile_el;4461624;4464040;-1995;*; fin;;CDS;4462046;4462396;;; deb;comp;CDS;4483177;4484004;198;*; ;;gene;4484203;4484540;298;*; 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Intergen51. eal. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. eal les différents types d'intercalaires.
Escherichia coli
modifiereco opérons
modifier- Lien tableau: eco opérons
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; 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;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ;
eco cds
modifier- Lien tableau: eco cds
les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903]
eco blocs
modifier- Lien tableau: eco blocs
eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;;
eco distribution
modifier- Lien tableau: eco distribution
atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4
eco données intercalaires
modifier- Lien tableau: eco données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;Sup 400;Sup 400;Sup 600;Sup 500 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;eco22;long;long;long;long fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;;fx; 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;401;fc;604;512 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;37;cag;403;401;611;513 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;47;cag;405;403;615;526 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;15;atgj;406;405;618;544 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;gaa;34;caa;407;406;626;545 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;atc;23;caa;417;410;641;556 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;gaa;9;cta;417;411;658;559 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;**;atgj;419;412;659;570 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;gaa;135;aaa;423;412;668;577 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;gca;2;gta;424;414;674;578 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;gaa;149;aaa;425;421;714;597 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;gca;3;gta;429;422;728;601 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;146;aaa;432;423;754;602 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;acc;132;aaa;433;423;775;610 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;gac;**;aaa;434;424;796;616 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;209;tac;435;425;919;620 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;acc;**;tac;435;428;950;630 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;intra;4;gtc;436;429;1372;634 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;atc gca;**;gtc;445;430;1455;657 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;12;tta;453;434;;669 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;CDS-CDS;inf 50;;54;tgc;457;439;;680 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;intercalaire;;;**;ggc;462;450;;768 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;c-;x-;;39;ggc;470;451;;846 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;-2400;-723;;**;ggc;471;454;;852 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;-2202;-530;;44;gta;475;455;; 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;-2181;-527;;46;gta;482;456;; 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;-2130;-495;;4;gta;501;459;; 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;-1674;-436;;**;aaa;519;459;; 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;-1295;-210;;198;cgt;519;464;; 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;-897;-129;;62;cgt;523;469;; 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;-729;-113;;198;cgt;524;473;; 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;-448;-105;;3;cgt;536;473;; 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;-242;-102;;**;agc;537;474;; 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;-212;-86;;33;atgf;540;477;; 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;-153;-82;;33;atgf;544;481;; 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;-110;-63;;**;atgf;546;484;; 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;-89;;;8;gac;586;494;; 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;-85;;;**;tgg;588;494;; 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;-82;;;57;cgg;;495;; 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;-82;;;20;cac;;498;; 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;-82;;;42;ctg;;498;; 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;-82;;;**;cca;;;; 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;-82;;;8;aca;;;; 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;-82;;;116;tac;;;; 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;-82;;;6;gga;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;-75;;;**;acc;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;-66;;;36;ggc;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;-56;;;35;ggc;;;; ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;total;intercalaires;;**;ggc;;;; ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;501,283;;34;ctg;;;; ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;ADN long;4,641,652;;28;ctg;;;; ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;%;10.8;;**;ctg;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;non RNA;570;;;;;;;
eco autres intercalaires aas
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;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; deb;comp;CDS;564815;565978;-121;; ;comp;gene;565858;566079;18;*; ;comp;gene;566098;566361;14;*; ;;gene;566376;566687;-4;*; ;;misc_f;566684;566776;0;*; ;;mobile_el;566777;568034;-1193;*; fin;;CDS;566842;567141;;; deb;;CDS;567138;568004;30;; ;;misc_f;568035;568247;67;*; fin;;CDS;568315;568647;;; deb;;CDS;573956;574339;189;; ;comp;misc_f;574529;574586;4;*; ;comp;mobile_el;574591;575785;-1049;*; deb;comp;CDS;574737;575717;68;; ;comp;misc_f;575786;576825;572;*; fin;;CDS;577398;577613;;; deb;;CDS;580834;581379;-26;; ;;gene;581354;581662;-129;*; deb;;CDS;581534;582097;54;; ;comp;gene;582152;582806;68;*; fin;;CDS;582875;583060;;; deb;comp;CDS;606265;607383;349;; ;comp;ncRNA;607733;607792;43;*; deb;;CDS;607836;607988;18;; ;;mobile_el;608007;609351;-1287;*; fin;;CDS;608065;609177;;; deb;comp;CDS;657555;657938;92;; ;;gene;658031;658818;128;*; fin;;CDS;658947;659150;;; deb;comp;CDS;685929;686669;11;; ;comp;ncRNA;686681;686843;-5;*; deb;comp;CDS;686839;687747;103;; ;comp;mobile_el;687851;689045;-1049;*; fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; deb;;CDS;836351;837436;-2;; 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;comp;tRNA;3318213;3318289;347;*;atgf fin;;CDS;3318637;3319980;;; deb;comp;CDS;3319988;3321613;458;; ;comp;tRNA;3322072;3322158;14;*;ctc fin;comp;CDS;3322173;3322505;;; deb;comp;CDS;3349806;3350459;117;; ;;ncRNA;3350577;3350697;-9;*; fin;comp;CDS;3350689;3353025;;; deb;;CDS;3362807;3365188;-4;; ;;misc_f;3365185;3365555;0;*; ;comp;mobile_el;3365556;3366750;-1049;*; deb;comp;CDS;3365702;3366682;72;; ;;misc_f;3366755;3366929;-4;*; fin;;CDS;3366926;3367642;;; deb;;CDS;3403484;3404458;36;; ;;gene;3404495;3404637;0;*; ;;gene;3404638;3405031;404;*; fin;;CDS;3405436;3405906;;; deb;;CDS;3418390;3418611;430;; ;;gene;3419042;3420066;67;*; fin;;CDS;3420134;3421315;;; deb;;CDS;3422436;3423194;228;; 5s;comp;rRNA;3423423;3423542;37;*; ;comp;tRNA;3423580;3423655;12;*;acc 5s;comp;rRNA;3423668;3423787;92;*; 23s;comp;rRNA;3423880;3426783;174;*; ;comp;tRNA;3426958;3427033;42;*;gca ;comp;tRNA;3427076;3427152;68;*;atc 16s;comp;rRNA;3427221;3428762;473;*; fin;;CDS;3429236;3429790;;; deb;;CDS;3558268;3559866;-19;; ;comp;gene;3559848;3560605;16;*; fin;comp;CDS;3560622;3561452;;; deb;comp;CDS;3579768;3580805;116;; ;comp;ncRNA;3580922;3581016;121;*; fin;;CDS;3581138;3581626;;; deb;;CDS;3581863;3583041;-4;; ;;misc_f;3583038;3583427;0;*; ;;mobile_el;3583428;3584195;-713;*; fin;;CDS;3583483;3583758;;; deb;;CDS;3583677;3584180;24;; ;;misc_f;3584205;3584309;94;*; fin;;CDS;3584404;3584559;;; deb;;CDS;3623399;3623782;104;; ;;gene;3623887;3624132;245;*; fin;;CDS;3624378;3625514;;; deb;comp;CDS;3630968;3632590;261;; ;comp;gene;3632852;3634458;382;*; fin;;CDS;3634841;3635893;;; deb;comp;CDS;3647705;3647788;274;; ;;ncRNA;3648063;3648144;149;*; ;;ncRNA;3648294;3648375;152;*; fin;;CDS;3648528;3648881;;; deb;;CDS;3650237;3650662;628;; ;;misc_f;3651291;3652036;-1;*; ;comp;mobile_el;3652036;3653230;-1049;*; deb;comp;CDS;3652182;3653162;73;; ;;misc_f;3653236;3653713;247;*; fin;;CDS;3653961;3654527;;; deb;;CDS;3656995;3657567;417;; ;comp;ncRNA;3657985;3658054;311;*; deb;;CDS;3658366;3658893;98;; ;;ncRNA;3658992;3659082;149;*; fin;;CDS;3659232;3660389;;; deb;comp;CDS;3663890;3664618;245;; ;;ncRNA;3664864;3664969;16;*; fin;comp;CDS;3664986;3665810;;; deb;comp;CDS;3692618;3695236;-4;; ;comp;gene;3695233;3695985;11;*; fin;comp;CDS;3695997;3696185;;; deb;comp;CDS;3699980;3700087;48;; ;;ncRNA;3700136;3700199;363;*; fin;;CDS;3700563;3701834;;; deb;comp;CDS;3706098;3707705;910;; ;comp;tRNA;3708616;3708692;91;*;ccg fin;comp;CDS;3708784;3710475;;; deb;comp;CDS;3720448;3720600;-153;; ;comp;gene;3720448;3720632;0;*; ;;mobile_el;3720633;3722075;-1396;*; fin;;CDS;3720680;3721201;;; deb;;CDS;3721198;3722049;27;; ;;gene;3722077;3722111;216;*; fin;comp;CDS;3722328;3724397;;; deb;comp;CDS;3727917;3729371;14;; ;comp;ncRNA;3729386;3729545;-103;*; fin;comp;CDS;3729443;3730765;;; deb;;CDS;3750086;3750781;31;; ;comp;gene;3750813;3750914;3;*; ;;gene;3750918;3751109;18;*; fin;comp;CDS;3751128;3751868;;; deb;;CDS;3766337;3767179;41;; ;;gene;3767221;3767922;254;*; deb;;CDS;3768177;3768638;0;; ;;gene;3768639;3768890;1;*; ;;gene;3768892;3769256;88;*; deb;;CDS;3769345;3769680;267;; ;;gene;3769948;3770146;96;*; fin;comp;CDS;3770243;3771379;;; deb;comp;CDS;3807064;3808098;67;; ;comp;ncRNA;3808166;3808238;301;*; fin;;CDS;3808540;3809817;;; deb;comp;CDS;3834547;3835929;292;; ;;tRNA;3836222;3836316;108;*;tga ;;gene;3836425;3836556;396;*; fin;;CDS;3836953;3838137;;; deb;;CDS;3843964;3845730;-1;; ;comp;ncRNA;3845730;3845995;-220;*; fin;comp;CDS;3845776;3847167;;; deb;comp;CDS;3852890;3852988;129;; ;comp;ncRNA;3853118;3853190;-73;*; ;comp;ncRNA;3853118;3853257;295;*; fin;;CDS;3853553;3853642;;; deb;;CDS;3860283;3861176;-4;; ;comp;gene;3861173;3861987;-1;*; fin;comp;CDS;3861987;3862472;;; deb;comp;CDS;3923744;3925633;110;; ;;rep_origin;3925744;3925975;36;*; fin;comp;CDS;3926012;3926455;;; deb;;CDS;3936278;3937168;-124;; ;;ncRNA;3937045;3937278;15;*; fin;;CDS;3937294;3938223;;; deb;comp;CDS;3940635;3941327;480;; ;16s;rRNA;3941808;3943349;85;*; ;;tRNA;3943435;3943510;193;*;gaa ;23s;rRNA;3943704;3946607;92;*; ;5s;rRNA;3946700;3946819;52;*; ;;tRNA;3946872;3946948;8;*;gac ;;tRNA;3946957;3947032;95;*;tgg fin;comp;CDS;3947128;3947967;;; deb;;CDS;3950507;3950557;2;; ;;gene;3950560;3952204;-4;*; fin;;CDS;3952201;3952464;;; deb;comp;CDS;3959532;3959813;198;; ;comp;gene;3960012;3960460;216;*; fin;;CDS;3960677;3962698;;; deb;;CDS;3980887;3982272;102;; ;;tRNA;3982375;3982451;57;*;cgg ;;tRNA;3982509;3982585;20;*;cac ;;tRNA;3982606;3982692;42;*;ctg ;;tRNA;3982735;3982811;146;*;cca fin;;CDS;3982958;3984193;;; deb;comp;CDS;3984352;3986007;424;; ;;ncRNA;3986432;3986603;82;*; fin;comp;CDS;3986686;3987882;;; deb;;CDS;4019624;4020229;-252;; ;;ncRNA;4019978;4020229;-4;*; fin;;CDS;4020226;4021866;;; deb;;CDS;4034608;4035153;377;; ;16s;rRNA;4035531;4037072;68;*; ;;tRNA;4037141;4037217;42;*;atc ;;tRNA;4037260;4037335;183;*;gca ;23s;rRNA;4037519;4040423;93;*; ;5s;rRNA;4040517;4040636;269;*; fin;comp;CDS;4040906;4041433;;; deb;;CDS;4046966;4049752;146;; ;;ncRNA;4049899;4050009;123;*; deb;comp;CDS;4050133;4050765;270;; ;;ncRNA;4051036;4051281;65;*; fin;;CDS;4051347;4051856;;; deb;;CDS;4105820;4106320;9;; ;;ncRNA;4106330;4106387;81;*; fin;;CDS;4106469;4107371;;; deb;;CDS;4156850;4158223;54;; ;comp;ncRNA;4158278;4158394;95;*; fin;;CDS;4158490;4159407;;; deb;;CDS;4165428;4166285;373;; 16s;;rRNA;4166659;4168200;171;*; ;;tRNA;4168372;4168447;193;*;gaa 23s;;rRNA;4168641;4171544;92;*; 5s;;rRNA;4171637;4171756;300;*; fin;;CDS;4172057;4173085;;; deb;comp;CDS;4174076;4175026;361;; ;;tRNA;4175388;4175463;8;*;aca ;;tRNA;4175472;4175556;116;*;tac ;;tRNA;4175673;4175747;6;*;gga ;;tRNA;4175754;4175829;114;*;acc fin;;CDS;4175944;4177128;;; deb;;CDS;4189786;4190325;1;; ;comp;ncRNA;4190327;4190487;247;*; fin;comp;CDS;4190735;4191868;;; deb;comp;CDS;4205943;4207532;614;; 16s;;rRNA;4208147;4209688;85;*; ;;tRNA;4209774;4209849;193;*;gaa 23s;;rRNA;4210043;4212946;93;*; 5s;;rRNA;4213040;4213159;74;*; fin;;CDS;4213234;4213617;;; deb;;CDS;4218596;4220332;-1454;; ;;ncRNA;4218879;4218963;1337;*; fin;comp;CDS;4220301;4222487;;; deb;comp;CDS;4240779;4242254;276;; ;comp;ncRNA;4242531;4242633;-8;*; fin;comp;CDS;4242626;4243516;;; deb;;CDS;4249554;4250474;228;; ;;gene;4250703;4252283;222;*; fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;;
Intergen51. eco. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. eco les différents types d'intercalaires.
eco. Les types d’intercalaires;;;;;;;; intercalaires CDS-CDS;;;;;;* autres intercalaires;; continu;S+;S-;S0;total;c/x;RNA-RNA;CDS-rRNA;total c;2 188;647;16;2 851;2,4;65;6;71 x;1 061;95;13;1 169;;0;6;6 t;3 249;742;29;4 020;;65;12;77 %;80,8;18,5;0,7;;;;; Détail des * autres intercalaires;;;;;;;; intercalaires tRNA-CDS;;;;;;récapitulatif des * autres intercalaires;; continu;R+;R-;R0;total;c/x;* autres;total;% c;37;0;0;37;1,3;tRNA-CDS;65;9 x;28;0;0;28;;RNA-RNA;65;9 t;65;0;0;65;;CDS-rRNA;12;2 %;100,0;0,0;0,0;;;non RNA;570;80 -;;;;;;total;712;100 Les taux remarquables;;;;;;;; taux;%reste;;;%t30;;%t5;%0; gamme;400;400;6-50;-;-;-;-;- type;S+;R+;S-;S+;R+;S-;S+;R+ c;2,9;10,8;13,7;33,8;2,7;47;0,6;0,0 x;5,3;14,3;3,9;5,9;3,6;65;1,1;0,0
Intergen51. eco. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
modifier- Lien tableau: Intergen51. eco. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc
- Note: les diagrammes tRNA hors, fx% fc% et fc40
;;;correl;;;;; ;179;233;0,324;;;;; CDS-CDS;;% total;publié;26/11/22;;;; frequence;;;effectif;;;;; eco;fx%;fc%;fx;fc;eco;fc40;;tRNA h eco 0;12;7;13;16;0;16;5;5 10;33;157;35;345;1;43;10;4 20;9;120;10;265;2;51;15;2 30;17;61;18;135;3;44;20;1 40;59;36;63;79;4;27;25;1 50;73;33;78;73;5;14;30;1 60;47;47;51;104;6;13;35;5 70;34;40;37;89;7;24;40;3 80;20;40;21;88;8;15;45;2 90;27;30;29;67;9;56;50;2 100;32;37;34;82;10;58;55;1 110;34;38;36;83;11;48;60;1 120;30;26;32;58;12;39;65;1 130;31;24;33;52;13;23;70;0 140;36;23;39;51;14;37;75;0 150;26;23;28;50;15;23;80;0 160;36;19;39;41;16;20;85;0 170;30;19;32;41;17;19;90;0 180;20;19;22;41;18;19;95;0 190;28;17;30;37;19;14;100;0 200;27;14;29;31;20;23;105;0 210;33;16;35;36;21;17;110;0 220;27;17;29;37;22;18;115;0 230;19;9;20;20;23;13;120;1 240;22;8;24;18;24;19;;7 250;22;8;24;17;25;10;;37 260;20;12;22;26;26;14;; 270;13;6;14;14;27;14;; 280;20;7;21;16;28;8;; 290;16;10;17;21;29;9;; 300;8;8;9;17;30;13;; 310;8;6;9;13;31;6;; 320;15;5;16;12;32;7;; 330;7;5;7;11;33;7;; 340;10;3;11;6;34;8;; 350;2;4;2;9;35;7;; 360;10;5;11;10;36;15;; 370;7;5;7;12;37;7;; 380;17;2;18;4;38;7;; 390;6;1;6;3;39;8;; 400;6;5;6;10;40;7;; reste;53;29;57;64;;;; total;1000;1000;1074;2204;;;; diagr;;;1004;2124;;;; t30;;;63;745;;;;
eco intercalaires positifs S+
modifier- Lien tableau: eco intercalaires positifs S+
- Tableaux
eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm
- Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, diagr. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, t30 t60.
- Corrélations et fréquences faibles
25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644
Escherichia coli Nissle 1917
modifierecoN opérons
modifier- Lien tableau: ecoN opérons
http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Esch_coli_Nissle_1917/eschColi_NISSLE_1917-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP007799.1;ecoN;;genome;;;;;;;;; 50%GC;21.8.19 Paris;16s 10 ;123 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;; Escherichia coli Nissle 1917 ;;;;;;;;;;;; ;231864..232436;;CDS;;365;365;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* ;232802..234321;;16s;;73;;;;1520;;; ;234395..234471;;gaa;;12;;;12;;;; ;234484..234557;;gca;;174;;;;;;; ;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;*
ecoN cumuls
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ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;;
ecoN blocs
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ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;;
ecoN distribution
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atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6
ecoN eco
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;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero ;;;;;;;;;;;;;;;;;;223771..225312;$16s;[68;&1542; eco2;;236067..236798;cds;132;244;@DNAIIIe;;ecoN2;;244934..245665;CDS;132;244;@DNAIIIe;;;;225381..225457;atc;[42;; ;;236931..237007;gac;327;;;;;;245798..245874;gac;120;;;;;;225500..225575;gca;[183;; ;;237335..238120;cds;;262;§lipo YafT;;;comp;245995..246852;CDS;;286;§DUF4942;;;;225759..228662;$23s;93;&2904; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;228756..228875;$5s;52;&120; eco3;;261503..262756;cds;114;418;@glu5dH;;ecoN3;;367329..368582;CDS;114;418;@glu5dH;;;;228928..229004;gac;162;; ;;262871..262946;acg;203;;;;;;368697..368772;acg;154;;;;;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB ;comp;263150..263212;cds;;21;§YdiA;;;;368927..369265;CDS;;113;§DUF4102;;EcoN 56;comp >;5341397..5341492;CDS;-2;32;]ABC 32 ;;262898..297205;#phage;;11436;pp CP4-6;;;;;;;;;;ok;comp;5341491..5344303;$23s;]174;&2813; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5344478..5344553;gca;]42;; eco4;comp;563848..564480;cds;242;211;§put FimZ;;ecoN4;comp;631149..632015;CDS;270;289;§cyclo FolD;;;comp;5344596..5344672;atc;]56;; ;;564723..564799;aga;15;;;;;;632286..632362;aga;15;;;;;comp;5344729..5346282;$16s;]1063;&1554; ;comp;564815..565978;cds;;388;§put DLP12;;;comp;632378..632997;CDS;;207;§Tyr recb 207;;;comp;5347346..5347421;gca;[42;; ;;564755..586056;#phage;;7101;pp DLP12;;;;;;;;;;;comp;5347464..5347540;atc;[56;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;comp;5347597..5349150;$16s;[365;&1554; eco5;;695101..696276;cds;31;392;@octaprenyl;;ecoN5;;733188..734363;CDS;153;392;@octaprenyl;;;comp;5349516..5350088;CDS;[187;191;]D-glycero ;comp;696308..696378;rpr;51;&71;rpt71;;;comp;734517..734591;°cag;37;;;;;>;5350276..5350914;CDS;;213;ABC MetN ;comp;696430..696504;°cag;37;;;;;comp;734629..734703;°cag;48;;;;eco35;eco;3422436..3423194;cds;228;253;pu-YhdZ ;comp;696542..696616;°cag;47;;;;;comp;734752..734828;atgj;15;;;;;comp;3423423..3423542;$5s;]37;&120; ;comp;696664..696740;atg;15;;;;;comp;734844..734918;°caa;34;;;;;comp;3423580..3423655;acc;]12;; ;comp;696756..696830;°caa;34;;;;;comp;734953..735027;°caa;23;;;;;comp;3423668..3423787;$5s;]92;&120; ;comp;696865..696939;°caa;23;;;;;comp;735051..735135;cta;10;;;;;comp;3423880..3426783;$23s;]174;&2904; ;comp;696963..697047;cta;9;;;;;comp;735146..735222;°atgj;380;;;;;comp;3426958..3427033;gca;]42;; ;comp;697057..697133;°atg;379;;;;;comp;735603..737267;CDS;;555;@Asn B;;;comp;3427076..3427152;atc;]68;; ;comp;697513..699177;cds;;555;@Asn B;;;;;;;;;;;comp;3427221..3428762;$16s;]473;&1542; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;3429236..3429790;cds;;185;%protein YrdA eco6;;779598..780389;cds;164;264;@ cell CpoB;;ecoN6;;807377..808169;CDS;164;264;@ p-cell CpoB;;ecoN35;;3784553..3785311;CDS;62;253;]pu-ABC ;;780554..780629;°aaa;135;;;;;;808334..808409;°aaa;35;;;;;comp;3785374..3785489;$5s;]39;&116; ;;780765..780840;gta;2;;;;;;808445..808520;gta;2;;;;;comp;3785529..3785605;acc;]14;; ;;780843..780918;°aaa;149;;;;;;808523..808598;°aaa;51;;;;;comp;3785620..3785735;$5s;]777;&116; ;;781068..781143;gta;3;;;;;;808650..808725;gta;3;;;;;comp;3786513..3786588;acc;]14;; ;;781147..781222;°aaa;146;;;;;;808729..808804;°aaa;48;;;;;comp;3786603..3786718;$5s;]1834;&116; ;;781369..781444;°aaa;132;;;;;;808853..808928;°aaa;33;;;;;comp;3788553..3788628;gaa;1360;; ;;781577..781652;°aaa;432;;;;;;808962..809037;°aaa;277;;;;;;3789989..3790543;CDS;;185;%gc anhydrase ;;782085..783128;cds;;348;@quino;;;;809315..810358;CDS;;348;@quino NadA;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco7;;923264..925540;cds;343;759;@ATP ClpA;;ecoN7;;950069..952345;CDS;343;759;@ATP ClpA;;EcoN 59;>;5433568..5433687;CDS;39;40;§p-Nam ;comp;925884..925971;tcc;253;;;;;comp;952689..952776;tcc;253;;;;ok;comp;5433727..5433814;tcc;253;; ;comp;926225..926443;cds;;73;@tif IF-1;;;comp;953030..953248;CDS;;73;@tif IF-1;;;comp;5434068..5434286;CDS;;73;@tif IF-1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco8;comp;1030759..1031418;cds;206;220;@FtsH;;ecoN8;comp;1047224..1047883;CDS;206;220;@FtsH YccA;;;;;;;; ;comp;1031625..1031712;tca;426;;;;;comp;1048090..1048177;tca;426;;;;;;;;;; ;;1032139..1033257;cds;;373;@Hnase1;;;;1048604..1049722;CDS;;373;@Hnase1;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco9;;;;;;;;ecoN9;;1183656..1184018;CDS;463;121;hp-121;;;;;;;; ;;;*****aga*****;;;;;;;1184482..1184558;aga;278;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;> comp;1184837..1185786;CDS;;317;p-IS4;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco10;;1095843..1096829;cds;735;329;§un-YcdU;;ecoN10;;1213982..1214809;CDS;165;276;§DUF4942;;;;;;;; ;comp;1097565..1097652;tcc;233;;;;;comp;1214975..1215062;tcc;233;;;;;;;;;; ;;1097886..1098824;cds;;313;@glyoxylate A;;;;1215296..1216234;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco11;;;;;;;;ecoN11;;1216817..1217098;CDS;165;94;§DUF4942;;;;;;;; ;;;*****tcc*****;;;;;;comp;1217264..1217351;tcc;234;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;1217586..1218524;CDS;;313;@glyoxyl GhrA;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco12;;1286709..1286984;cds;81;92;§p-un-YchS;;ecoN12;;1457038..1458129;CDS;16;364;§acyl-CoA ;;;;;;;; ;comp;1287066..1287236;ncRNA;-150;&171;§RttR sRNA;;;comp;1458146..1458277;ncRNA;46;44;§RtT sRNA;;;;;;;; ;comp;1287087..1287176;cds;67;30;§tpr;;;comp;1458324..1458408;°tac;33;;;;;;;;;; ;comp;1287244..1287328;°tac;209;;;;;comp;1458442..1458526;°tac;159;;;;;;;;;; ;comp;1287538..1287622;°tac;159;;;;;comp;1458686..1459528;CDS;;281;@fTHF;;;;;;;; ;comp;1287782..1288624;cds;;281;@fTHF;;;;;;;;;;;;;;;; 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;;4040865..4040900;rpr;5;&36;rpt-36;;;comp;4467642..4468169;CDS;;176;@Mlb pB;;EcoN 49;comp;5090325..5090876;CDS;1808;184;(MarR ;comp;4040906..4041433;cds;;176;@Mlb adapt;;;;;;;;;;;comp;5092685..5092760;gaa;588;; ;;;;;;;;;;;;;;;;ecoN ?;< comp ;5093349..5093474;CDS;592;42;(sn-glycerol eco41;;4165428..4166285;cds;373;286;@Glu race;;ecoN41;;4605577..4606434;CDS;374;286;@Glu race;;;;5094067..5094142;°gaa;1472;; ;;4166659..4168200;$16s;171;&1542;;;;;4606809..4608362;$16s;363;&1554;;;;;5095615..5095691;atc;42;; ;;4168372..4168447;gaa;193;;;;;;4608726..4608801;gaa;1112;;;;;;5095734..5095809;atc;1130;; ;;4168641..4171544;$23s;92;&2904;;;;;4609914..4610029;$5s;136;&116;;;;;5096940..5097015;°gaa;1145;; ;;4171637..4171756;$5s;300;&120;;;;;4610166..4611194;CDS;;343;@UDP-N;;ok ecoN43;;5098161..5098236;°gaa;]185;; ;;4172057..4173085;cds;;343;@UDP-N;;;;;;;;;;;;5098422..5100893;$23s;]83;&2472; ;;;;;;;;ecoN42;comp;4612185..4613135;CDS;361;317;@B5 kinase I;;;;5100977..5101092;$5s;]76;&116; eco42;comp;4174076..4175026;cds;361;317;@B5 kinase;;;;4613497..4613572;aca;8;;;;;;5101169..5101552;CDS;63;128;hp-128 ;;4175388..4175463;aca;8;;;;;;4613581..4613665;tac;116;;;;;comp;5101616..5102059;CDS;;148;transferase ;;4175472..4175556;tac;116;;;;;;4613782..4613856;gga;6;;;;;;;;;; ;;4175673..4175747;gga;6;;;;;;4613863..4613938;acc;114;;;;EcoN 50;;5124754..5125197;CDS;63;148;transferase ;;4175754..4175829;acc;114;;;;;;4614053..4615237;CDS;;395;@tuf;;;comp;5125261..5125644;CDS;76;128;hp-128 ;;4175944..4177128;cds;229;395;@tufb;;;;;;;;;;ecoN40;comp;5125721..5125836;$5s;83;&116; ;;4177358..4177741;cds;;128;SecE;;ecoN43;comp;4642984..4644573;CDS;616;530;@AICAR2;;;comp;5125920..5128366;°23s’;-10;&2447; ;;;;;;;;;;4645190..4646378;°16s’;83;&1189;;;;<;5128357..5128479;CDS;;41;(pilus eco43;comp;4205943..4207532;cds;614;530;@AICAR1;;;;4646462..4648150;CDS;436;563;§kinase isocit;;;;;;;; ;;4208147..4209688;$16s;85;&1542;;;;;4648587..4648662;gaa;]185;;;;;;;;;; ;;4209774..4209849;gaa;193;;;;;;4648848..4651319;$23s;]83;&2472;;;;;;;;; ;;4210043..4212946;$23s;93;&2904;;;;;4651403..4651518;$5s;]76;&116;;;;;;;;; ;;4213040..4213159;$5s;74;&120;;;;;4651595..4651978;CDS;;128;%hp-128;;;;;;;; ;;4213234..4213617;cds;;128;%stress;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;ecoN44;;;;;;;;;;;;;; eco44;comp;4360396..4361934;cds;256;513;§CadC;;;< comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;; ;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;; ;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;; ;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;; ;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;; ;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;; ;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;; ;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;; ;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;; ;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;; ;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630
ecoN eco noms cds
modifier- Lien tableau: ecoN eco noms cds
fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;*
ecoN données intercalaires
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-700;Sup 700;Sup 700 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;aa;frequence;effectif;;long;long fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;c;hors bloc;ecoN;fx;fc;fx;fc ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;tRNA contig;;tRNA tRNA;;400;1240;2697;707;728 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;8;gac;37;cag;410;4;8;733;729 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;**;tgg;48;cag;420;8;4;738;737 ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;1472;gaa;15;atgj;430;6;4;747;754 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;gaa;42;atc;34;caa;440;7;10;752;772 ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;gaa;2351;atc;23;caa;450;1;3;753;775 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;gaa;**;gaa;10;cta;460;4;12;773;798 ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;atc;42;gca;**;atgj;470;5;2;779;810 ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;**;atc;35;aaa;480;8;7;789;815 ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;gca;;;2;gta;490;7;2;796;830 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;51;aaa;500;3;6;799;835 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;gaa;;;3;gta;510;1;0;799;847 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;gaa;;;48;aaa;520;2;3;806;875 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;gaa;;;33;aaa;530;7;1;823;963 ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;gca;;;**;aaa;540;3;4;834;977 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;33;tac;550;5;5;876;1005 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;**;tac;560;4;2;919;1037 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;gac;;;4;gtc;570;4;4;938;1068 ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;acc;;;**;gtc;580;2;2;948;1085 ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;gac;;;4;gtc;590;4;0;968;1098 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;**;gtc;600;4;1;1007;1103 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;acc;;;4;gtc;610;3;4;1057;1200 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;acc;;;**;gtc;620;2;2;1065;1238 ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;gaa;;;12;tta;630;3;5;1184;1238 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;gaa;;;53;tgc;640;0;2;1187;1486 ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;intra;;;**;ggc;650;1;2;1310;1847 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;atc gca;;;39;gcc;660;1;1;1333; ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;**;gcc;670;1;2;1348; 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;43;gta;680;2;1;1352; ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;46;gta;690;3;0;1361; 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;4;gta;700;2;0;1466; 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;**;aaa;;35;26;1671; 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;63;cgt;;;;1837; 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;CDS-CDS;inf 50;;62;cgt;;;;1888; ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;intercalaire;;;62;cgt;;;;2071; 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;c-;x-;;64;cgt;;;;; ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;-94;-113;;3;cgt;;;;; 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;-89;-113;;**;agc;;;;; ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;-74;-91;;33;atgf;;;;; ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;-70;-77;;33;atgf;;;;; ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;-67;-51;;**;atgf;;;;; 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;-64;;;58;cgg;;;;; 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;-61;;;20;cac;;;;; 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;-59;;;42;ctg;;;;; 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;-56;;;**;cca;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;-56;;;8;aca;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;total;intercalaires;;116;tac;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;646,219;;6;gga;;;;; ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;ADN long;5,441,200;;**;acc;;;;; ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;%;11.9;;36;ggc;;;;; ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;35;ggc;;;;; ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;non RNA;12;;**;ggc;;;;; ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;34;ctg;;;;; ;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;28;ctg;;;;; ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;**;ctg;;;;; ;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;39;gcc;;;;; ;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;39;gcc;;;;; ;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;**;gcc;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;gta;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;gta;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;ctg;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;ctg;;;;;
ecoN autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: ecoN autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;;
Intergen51. ecoN. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. ecoN les différents types d'intercalaires.
Vibrio campbellii
modifiervha opérons
modifier- Lien tableau: vha opérons
45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46;
vha cumuls
modifier- Lien tableau: vha cumuls
vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178
vha blocs
modifier- Lien tableau: vha blocs
vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds;
vha distribution
modifier- Lien tableau: vha distribution
atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11
vha1 données intercalaires
modifier- Lien tableau: vha1 données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;;400-600;Sup 600;Sup 600 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;frequence;effectif;;long;long fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;vha1;fx;fc;fx;fc ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;400;809;1799;617;601 ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;158;atgf;410;7;2;619;602 ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;35;ggc;420;6;10;620;604 ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;35;ggc;430;9;8;629;605 ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;18;ggc;440;4;5;636;605 ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;39;atgf;450;5;10;639;606 ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;90;ggc;460;10;5;641;608 ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;atc;39;atgf;470;9;7;641;610 ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;atc;18;ggc;480;5;2;649;611 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;gaa;39;atgf;490;5;3;651;612 ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;gaa;18;ggc;500;3;2;653;617 ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;gcc;39;atgf;510;0;9;657;620 ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;**;ggc;520;1;4;664;623 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;gca;13;acc;530;3;5;666;638 ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;gta;35;gga;540;5;5;671;638 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;gca;52;tac;550;1;3;685;645 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;gca;**;aca;560;3;2;709;650 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;gta;35;cgg;570;1;6;710;652 ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;gaa;76;cac;580;1;1;714;655 ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;46;cca;590;4;5;722;677 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;gac;64;cac;600;1;10;745;683 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;gac;**;cca;;42;42;754;687 ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;gac;54;cta;;;;758;694 ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;tca;46;caa;;;;794;706 ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;acc;21;cta;;;;797;728 ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;18;cta;;;;801;745 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;acc;23;atgj;;;;812;749 ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;intra;70;cta;;;;821;756 ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;gca;79;atgj;;;;828;774 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;atc;31;caa;;;;836;802 ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;gta;39;cta;;;;841;810 ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;aaa;**;atgj;;;;847;821 ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;gaa;100;tac;;;;855;834 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;gaa;100;tac;;;;857;852 ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;aaa;100;tac;;;;872;916 ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;gca;**;tac;;;;891;919 ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;gta;46;gtc;;;;891;981 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;gcc;**;gtc;;;;924;994 ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;gaa;11;ggc;;;;1029;1020 ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;contig;78;tta;;;;1032;1186 ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;tgg;37;ggc;;;;1276;1507 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;gac;**;tgc;;;;1427;2251 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;gac;56;atgf;;;;; 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;tgg;**;ctc;;;;; 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;59;cgt;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;CDS-CDS;inf 50;;;57;cgt;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;intercalaire;;;;57;cgt;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;c-;x-;;;57;cgt;;;;; ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;-70;-65;;;57;cgt;;;;; ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;-55;-59;;;85;cgt;;;;; ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;-53;;;;29;agc;;;;; ;;;;;;3496;;total;25;402;;;total;intercalaires;;;31;cgt;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;499,733;;;**;agc;;;;; ;;;;;;;;;;;;;ADN long;3,765,351;;;51;ttc;;;;; ;;;;;;;;;;;;;%;13.3;;;7;aca;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;43;ttc;;;;; ;;;;;;;;;;;;;non RNA;28;;;69;aac;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;10;aca;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;42;ttc;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aac;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;51;ttc;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;21;aca;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;39;aac;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;15;aca;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;**;aac;;;;;
vha1 autres intercalaires aas
modifier- Lien tableau: autres intercalaires aas
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553
Intergen51. vha1. Les différents types d'intercalaires
modifier- Lien au tableau: Intergen51. vha1 les différents types d'intercalaires.
vha2 données intercalaires
modifier- Lien tableau: vha2 données intercalaires
- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;tRNA tRNA;;CDS-CDS;Sup 400;Sup 600;Sup 600 effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;vha2;long;long;long;long fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;aa;c;aa;fx;fc;fx;fc ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;tRNA tRNA;hors bloc;405;402;602;601 ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;97;tta;411;409;608;602 ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;5;ggc;412;410;610;605 ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;gaa;**;tgc;413;412;616;609 ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;53;tta;415;413;622;609 ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;gta;181;tgc;422;414;625;614 ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;**;tgc;422;414;627;617 ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;tca;;;424;418;636;621 ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;intra;;;432;420;641;627 ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;gta;;;432;426;662;635 ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;gca;;;435;434;664;636 ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;aaa;;;438;437;666;636 ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;gaa;;;438;439;674;637 ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;444;444;678;659 ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;448;446;679;664 ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;CDS-CDS;inf 50;;452;447;686;703 ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;intercalaire;;;454;448;695;707 ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;c-;x-;;455;450;696;709 ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;-97;-59;;456;452;705;711 ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;-85;-52;;457;456;712;730 ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;-53;-52;;458;458;753;737 ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;total;intercalaires;;460;470;757;759 ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;317,649;;461;470;765;784 ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;ADN long;2,204,018;;461;473;768;792 ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;%;14.4;;462;473;770;811 ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;464;487;774;854 ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;non RNA;6;;464;488;785;914 ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;465;496;833;931 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;465;499;837;1037 ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;466;500;844;1251 ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;470;510;861;1262 ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;477;515;863;2682 ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;483;521;866; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;494;525;955; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;500;527;955; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;516;529;973; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;520;532;991; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;522;533;1241; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;527;534;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;530;540;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;537;544;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;543;548;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;544;548;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;544;549;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;547;553;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;551;570;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;551;571;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;556;583;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;568;589;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;568;590;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;574;598;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;576;600;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;579;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;581;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;584;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;593;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;594;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;598;;;
vha2 autres intercalaires aas
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- Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater.
autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;;
Intergen51. vha2. Les différents types d'intercalaires
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Aeromonas media WS
modifieramed opérons
modifier- Lien tableau: amed opérons
61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; comp;1933267..1933343;;atgf;9 atgf;102;;102;;; comp;1933446..1933522;;atgf;@2;101;;101;;; comp;1933624..1933700;;atgf;;101;;101;;; comp;1933802..1933877;;atgf;;103;;103;;; comp;1933981..1934057;;atgf;;102;;102;;; comp;1934160..1934236;;atgf;;102;;102;;; comp;1934339..1934415;;atgf;;92;;92;;; comp;1934508..1934584;;atgf;;268;268;;;; comp;1934853..1935572;;CDS;;490897;;;;240; ;;;;;;;;;; comp;2426470..2427675;;CDS;;350;350;;;402; comp;2428026..2428112;;tta;;40;;40;;; comp;2428153..2428226;;tgc;;35;;35;;; comp;2428262..2428337;;ggc;;181;181;;;;181 comp;2428519..2429073;;CDS;;117921;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;2546995..2547534;;CDS;;271;271;;;180;271 ;2547806..2547882;;ccc;;1103;*1103;;;; ;2548986..2550593;;CDS;;107760;;;;*536; ;;;;;;;;;; ;2658354..2659094;;CDS;;87;87;;;247;87 ;2659182..2659257;;acg;;108;108;;;; < comp;2659366..2659705;;CDS;;198821;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;2858527..2859036;;CDS;;126;126;;;170; ;2859163..2859247;;tac;+;30;;30;;; ;2859278..2859362;;tac;2 tac;121;121;;;;121 comp;2859484..2863335;;CDS;;115303;;;;*1284; ;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; 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