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Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/alpha

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alpha
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Annexe 2
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Rickettsia typhi str. B9991CWPP modifier

rtb opérons modifier

  • Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [3]
  • Lien tableur: rtb opérons
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rickettsiales; Rickettsiaceae; Rickettsieae; Rickettsia; typhus group.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A8. Rickettsia typhi str. B9991CWPP
29%GC 31.12.19 Paris  33   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
comp 7429..8469 cds 381 381 347 UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
comp 8851..8926 ttc 368 368
9295..10278 cds 328 tRNA dihydrouridine synthase DusB
 
14663..18055 cds 108 108 1131 autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein
18164..18238 gaa 1394 1394
comp 19633..20106 cds 158 crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
 
comp 48065..48709 cds 278 278 215 YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein
comp 48988..49064 atgf 110 110
comp 49175..49411 cds 79 50S ribosomal protein L31
 
comp 73627..73929 cds 17 17 101 preprotein translocase subunit SecG
comp 73947..74021 acc 139 139
comp 74161..75417 cds 419 MFS transporter
 
155064..157163 cds 143 143 700 elongation factor G
157307..157382 tgg 167 167
157550..157750 cds 67 preprotein translocase subunit SecE
 
189197..189400 cds 889 889 68 DUF2674 domain-containing protein
comp 190290..190365 acg 142 142
comp 190508..192814 cds 769 outer membrane protein assembly factor BamA
 
255010..255921 cds 732 732 304 methionyl-tRNA formyltransferase
256654..259439 23s 206 2786
259646..259760 5s 173 173 115
comp 259934..261007 cds 358 cell division protein ZapE
 
291358..291843 cds 35 35 162 30S ribosomal protein S9
291879..291955 atgj 1364 1364
comp 293320..293805 cds 162 RNA pyrophosphohydrolase
 
335194..336996 cds 402 402 601 elongation factor 4
337399..337473 aac 633 633
comp 338107..338793 cds 229 hp
 
comp 440466..440933 cds 496 496 156 DUF2155 domain-containing protein
441430..441504 tgc 31 31
441536..442456 cds 307 site-specific tyrosine recombinase XerD
 
comp 469056..469781 cds 218 218 242 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
470000..470075 aaa 15 15
470091..470167 atc 1922 1922
472090..472662 cds 191 GTP cyclohydrolase I FolE
 
comp 564534..565562 cds 1530 1530 343 type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
comp 567093..567180 tcc 218 218
comp 567399..568145 cds 249 NTP transferase domain-containing protein
 
583250..584149 cds 1278 1278 300 hydroxymethylbilane synthase
comp 585428..585518 tca 58 58
comp 585577..586569 cds 331 tryptophan--tRNA ligase
 
598723..599706 cds 26 26 328 polyprenyl synthetase family protein
599733..599809 cgg 60 60
comp 599870..599944 caa 62 62
comp 600007..601779 cds 591 aminopeptidase P family protein
 
comp 644357..644745 cds 499 499 130 p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA
645245..645321 gac @1 1051 1051
comp 646373..646448 gcc 222 222
comp 646671..647276 cds 202 ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP
 
comp 649389..650048 cds 452 452 220 (d)CMP kinase
650501..650577 gtc 1274 1274
comp 651852..652094 cds 81 HU family DNA-binding protein
 
comp 696163..697398 cds 1535 1535 412 tyrosine--tRNA ligase
698934..699010 cgt 1028 1028
700039..705720 cds 1894 alpha-2-macroglobulin family protein
 
comp 727560..728087 cds 1164 1164 176 copper chaperone Pcu(A)C
comp 729252..729326 gca 32 32
comp 729359..729574 cds 72 hp
 
739215..740075 cds 181 181 287 TIGR01459 family HAD-type hydrolase
740257..740343 ctc 246 246
740590..741960 cds 1199 1199 457 magnesium transporter
743160..743234 ggc 1090 1090
744325..744753 cds 143 preprotein translocase subunit YajC
 
comp 775944..777866 cds 2465 2465 641 hp
comp 780332..781831 16s 1854 1854 1500
comp 783686..785485 cds 600 PAS domain-containing sensor histidine kinase
 
comp 814590..814823 cds 349 349 78 hp
comp 815173..815248 gta 68 68
comp 815317..815589 cds 91 30S ribosomal protein S20
 
comp 829300..830484 cds 82 82 395 elongation factor Tu
comp 830567..830640 gga 95 95
comp 830736..830821 tac 183 183
831005..831733 cds 243 23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
 
839841..839969 cds 145 145 43 dimethyladenosine transferase
840115..840200 tta 2009 2009
842210..842446 cds 79 hp
 
comp 876906..877589 cds 401 401 228 7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC
877991..878067 cac 145 145
878213..879943 cds 577 ATP-binding cassette domain-containing protein
 
918938..919882 cds 951 951 315 ACP S-malonyltransferase
920834..920925 agc 1945 1945
comp 922871..924049 cds 393 acetyl-CoA C-acetyltransferase
 
comp 961209..962297 cds 41 41 363 YjgP/YjgQ family permease
comp 962339..962415 atgi 390 390
comp 962806..963273 cds 156 peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
 
1023375..1023626 cds 1585 1585 84 BolA family transcriptional regulator
1025212..1025288 cca 17 17
1025306..1025521 cds 72 translation initiation factor IF-1
 
1053321..1054139 cds 2191 2191 273 alpha/beta hydrolase
comp 1056331..1056407 aga 98 98
1056506..1056823 cds 106 DUF167 domain-containing protein
 
comp 1098776..1099240 cds 40 40 155 DNA polymerase III subunit chi
comp 1099281..1099365 cta 145 145
comp 1099511..1100662 cds 384 succinyl-diaminopimelate desuccinylase
 
comp 1102351..1102980 cds 475 475 210 lipoyl(octanoyl) transferase LipB
comp 1103456..1103530 aca 130 130
comp 1103661..1103996 cds 112 30S ribosomal protein S16

rtb cumuls modifier

  • Lien tableur: rtb cumuls
  • Légende
  • Notes: moyenne et variance des intercalaires élevés des 21 cds : 1430 et 491
cumuls. rtb.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 2 1 - 1 0 1 100 11 30 0
23s5s 1 20 1 50 8 40 200 13 60 1
16s 1 40 100 5 80 300 12 90 9
16s23s 0 60 1 150 9 120 400 13 120 4
max a 0 80 200 4 160 500 3 150 2
a doubles 0 100 1 250 4 200 600 3 180 7
spéciaux 0 120 300 1 240 700 3 210 3
total aas 0 140 350 1 280 800 1 240 4
sans opérons 29 160 400 3 320 900 0 270 3
1 aa 25 180 450 2 360 1000 0 300 3
max a 2 200 500 4 400 1100 0 330 5
a doubles 0 1 21 2 20
total aas 33 4 0 62 0 61 61
total aas 33
remarques 1
avec jaune moyenne 612 310
variance 665 291
sans jaune moyenne 57 193 269 176
variance 40 148 176 86

rtb blocs modifier

A8. rtb, blocs à rRNA.
cds 732 304 methionyl-tRNA formyltransferase
23s 206 2786
5s 173 115
cds 358 cell division protein ZapE
 
cds 2465 641 hp
16s 1854 1500
cds 600 PAS domain-containing sensor histidine kinase

rtb remarques modifier

  • Remarques: Les rickettia, rtb et rpl, présentent de nombreux intercalaires très élevés. D’où cet intercalaire @1 entre 2 aas de 1051 pbs. Je détaille ici les intercalaires du tableau des cumuls.
    - Les intercalaires entre aas: Il y a quatre intercalaires de ce type, 1051 95 60 15. A part le 1er les 3 autres sont courants dans cette étude et seulement le dernier est le rprésentant de la moyenne dans cette étude.
    - Les intercalaires avec un cds. Les 31 blocs de ce génomes se répartissent en 3 groupes
    1. Les RNAs complètement isolés, les 2 intercalaires du bloc sont supérieurs à 400 pbs. Il y a 6 aas dont celui avec 1051, plus le 16s. Sur ces 14 intercalaires 10 sont supérieurs à 900 et 4 entre 400 et 600 pbs.
    2. Les tRNAs proches de leurs 2 cds. Il y a 6 aas dont les 2 intercalaires sont inférieurs à 300 pbs et 4 aas dont au moins un des 2 intercalaires est entre 300 et 400 pbs et l'autre inférieur à 300 pbs.
    3. Il reste 14 blocs dont le 23s5s, auxquels il faut ajouter l’aa gcc voisin du gac isolé par 1051. Ces blocs sont très polarisés, leurs 2 intercalaires sont très dissymétriques.
      - 11 aas ont leur intercalaire majeur supérieur à 900 et va jusqu’à 2465 pbs. Le 23s5s a un intercalaire majeur modéré et assez courant pour les blocs à rRNAs.
      - 3 aas ont leur intercalaire majeur de 450 pbs environ.
  • Les blocs isolés et les blocs entourés par 2 cds.
				
	Blocs à RNAs isolés par 2 intercalaires de plus de 400 pbs.					
	bloc	adresse			Blocs entourés par 2 intercalaires de 300 à 400 pbs	
	aac	337399			ttc	8851
	gac	645245			gta	815173
	gtc	650501			cac	877991
	cgt	698934			atgi	962339
	ggc	743160				
	16s	780332			Blocs entourés par 2 intercalaires inférieurs à 300 pbs	
	agc	920834			atgf	48988
	:	:			acc	73947
	:	:			tgg	157307
	:	:			cgg-caa	599733
	:	:			gga-tac	830567
	:	:			cta	1099281
  • Les séquences des doubles: Il n'y a aucun double dans ce génome

rtb distribution modifier

Al1 rtb, Rickettsia typhi str. B9991CWPP. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg tcg tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag agg
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
rtb 6 27 33

rtb. Intergen51 modifier

Intergen51. rtb. Le génome modifier

  • rtb Le prélèvement: Artb
  • Le nom et le lien NCBI: rtb, Rickettsia typhi str. B9991CWPP, NCBI [4], date 7.12.20.
  • rtb La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
rtb	264,633		1,112,957	23.8
rtb données intercalaires modifier
rtb données intercalaires 200 modifier
rtb autres intercalaires aas modifier

Intergen51. rtb. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. rtb les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 rtb les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 501 98 4 603 3.2 3 3 6
x 185 4 1 190 2 1 3
t 686 102 5 793 5 4 9
% 86.5 12.9 0.6
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 42 0 0 42 2.6 tRNA-CDS 58 77
x 16 0 0 16 RNA-RNA 5 7
t 58 0 0 58 CDS-rRNA 4 5
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 8 11
- total 75 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 19.8 28.6 0.0 23.4 7.1 44 0.7 0.0
x 35.5 75.0 0.0 3.2 0.0 25 0.5 0.0

Intergen51. rtb. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  rtb présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rtb
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.496	2.82E-06	-2.09E-03	3.74E-01	7.33	fx1	abscisse	244.3	229.8
0.570	-2.82E-06	2.21E-03	-6.22E-01	72.4	fc1	ordonnée	15.1	14.8
								
0.551	8.35E-07	-6.12E-04	4.27E-02	29.0	fx41			
0.804	6.45E-06	-4.45E-03	8.03E-01	-13.2	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	rtb		calculs			poly3	rtb
effect	505		R2.21	617		abscis	400
xm	45		pte	0,06		flexa	224
ym	0,51		cste	1,01		flexo	1,49
x1m	205		r400l	195		xm	45
y1m	1		restp	299,01		sup4	250,4
rfin	198,02		%sd	71,04		sup4t	447,5
bornf	205		lond	160		%	56,0
supd	306,7		%sf	71,04		long	179
supdt	431,7		lonf	160			
xmp	269,31		sf/lf	1,92			
r400	100,99		sr/lr	0,00			
supf	306,7		sd/ld	1,92			
supft	431,7		i.r400	0,52

Intergen51. rtb. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	rtb			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	10		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		0	33		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		3	55		1642	8424
total		4	98		2,456	23,544
reste		0	0		264	420
s6		0	0		361	41
s7		0	9		321	1438
s8		3	46		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		0	3.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	16.4		19.5	17.1
s8/sp6		100.0	83.6		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	1	43		814	15120
% / total						
%s1-5		25.0	43.9		33.1	64.2
%sp6		75.0	56.1		66.9	35.8

Intergen51. rtb. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		1	
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA				16 CDS		1	1
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s		1	
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	2	2		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		3	2		total		3	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rtb. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

rtb intercalaires entre cds modifier

  • Rickettsia typhi str. B9991CWPP, 7.12.2020, NCBI [5]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

rtb intercalaires positifs S+ modifier

rtb. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
rtb Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 45 -332 590 12 496 246 max80 -36 279 -782 91 569 258 min50
31 à 400 70 -478 827 -4.5 788 228 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 91 44 - 304 poly 191 tF 174 61 - 487 poly 82 Sm
31 à 400 -36 44 - 598 poly 190 tF
  • Légende du tableau corrélations et fréquences faibles
rtb. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
bsu min10 1028 2444 3472 659 8 282 274 152 257 470
rtb min30 118 402 520 536 -105 148 253 -277 -165 202
afn min10 328 1323 1651 603 -26 101 127 -468 -407 -9
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
140 333 0.42 1125 3091 2 8 31 186 302 936 -432
51 294 0.17 189 604 5 7 21 162 8 131 -81
46 402 0.11 350 1689 6 5 11 179 36 580 -369
  • Diagrammes 400:  rtb cvi,   diagramme 1-40: c+ rtb c+ cvi x+ cvi total,   texte: cvi.
  • Résumé: J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes,
    1. Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc.
    2. Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249.
    3. Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68.
    - rtb ressemble à cvi par la pyramide de x+ 1-400 avec un maximum à 80 pour rtb et 70 pour cvi et la forme de toutes les courbes ne diffèrent que par leur force. La différence entre les 2 génomes est due à la grande différence des effectifs, 520 pour rtb contre 3328 pour cvi, et des corrélations sur 41-250, de 148 pour rtb contre 891 pour cvi.
    - Les diagrammes 400
    • x+ 1-400:
      + Les 2 génomes ont une pyramide à 3 fréquences avec un maximum à 80 pour rtb et 70 pour cvi. Quand j’enlève les fréquences faibles pour ne laisser que la pyramide (6 pour rtb et 5 pour cvi), la courbe rtb devient une S faible, Sf, R2’ à 36 (662 625) et la courbe cvi devient une S moyenne, Sm, R2’ à 68 (794 726). Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 51 pour rtb et 112 pour cvi.
      + Les fréquences faibles 1-30 sont en opposition avec celles des rtb c+1-400 et en parallèle avec cvi. Cette différence va impacter différemment les corrélations 1-n qu’on verra plus loin.
      + Les points d’inflexion sont normaux, 246 pour rtb contre 200 pour cvi.
    • c+ 1-400: Ce sont 2 courbes semblables de forme S, moyenne pour rtb avec un R2’ de 82 et forte pour cvi avec un R2’ de 203. Les 2 points d’inflexion normaux, 258 pour rtb et 282 pour cvi. Les fréquences faibles sont positionnées aux fréquences 10 et 20 pour les 2 génomes et les minima locaux sont identiques à la fréquence 50. La différence des effectifs, 402 pour rtb et 2320 pour cvi explique la différence de forme avec des R2 très différents, 569 pour rtb et 852 pour cvi
    • x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30. Il faudrait les remplacer par les courbes avec pyramide seule sans les fréquences faibles 1-30, voir le paragraphe x+ 1-400 ci-dessus.
    • c+ 31-400: Les 2 formes sont 2 tildes très différents , tF pour rtb, avec un R2’ de 190 (788 598) et très faible pour cvi, tf, R2’ de 30 (525 808) plus proche d’une droite. La forme de rtb est bien différente de celle de cvi car les R2, polynome et droite, sont inversés dans le mauvais sens par rapport aux effectifs, 284 pour rtb et 1621 pour cvi. De même les points d’inflexion sont différents, il est normal pour rtb à la fréquence 228 et négatif pour cvi à -138.
    - Les corrélations:
    • Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont très dfiiérentes, 148 pour rtb contre 891 pour cvi.. Par contre rtb chute fortement sur 41-200, avec une différence de 253, alors que cvi se maintient avec une différence de 33.
    • Sur les plages 1-n: les 2 génomes chutent fortement, -165 pour rtb et 549 pour cvi, malgré le comportement des fréquences faibles que j’ai signalé au paragraphe x+ 1 -400, en opposition pour rtb et en parallèle avec cvi.
    - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. rtb fait 0.17 et cvi 0.37 Les zéros sont à 7‰ pour cvi et 12‰ pour rtb et les négatifs sont 50% plus élevés chez cvi que chez rtb, 280 ‰ contre 183 ‰ pour rtb.
    - Les courbes 1-40:
    • c+ 1-40: La courbe cvi est semblale et très proche de celle du total des c+ 1-40; celle de rtb le devient aussi en omettant les fréquences 6 et 10.
    • x+ 1-40: Avec un effectif de 8 pour rtb la courbe ne peut être significative. Cvi avec 130 est différente du modèle c+ 1-40 avec un effectif aussi grand à la fréquence 6 et 9, un creux profond à la fréquence 11 et aussi à cause de la faible corrélation x+/c+ de 582.

rtb autres intercalaires modifier

  • Lien tableur: rtb autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux: 3 ncRNA 1 tmRNA
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-	
45	17		3	2		6	2		75
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Rickettsia prowazekii str. Breinl modifier

rpl opérons modifier

  • Lien tableur: rpl opérons
  • Liens: gtRNAdb [6], NCBI [7], génome [8]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rickettsiales; Rickettsiaceae; Rickettsieae; Rickettsia; typhus group.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A7. Rickettsia prowazekii str. Breinl
29%GC 30.12.19 Paris  33   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
comp 31462..31892 cds 263 263 144 p-preprotein translocase subunit YajC
comp 32156..32181 rpr 870 870 26 tandem
comp 33052..33126 ggc 1253 1253
comp 34380..35750 cds 256 256 magnesium transporter
comp 36007..36093 ctc 190 190
comp 36284..37144 cds 287 TIGR01459 family HAD-type hydrolase
 
46825..47040 cds 31 31 72 hp
47072..47146 gca 1964 1964
49111..49650 cds 180 copper chaperone Pcu(A)C
 
comp 71150..76816 cds 933 933 1889 alpha-2-macroglobulin family protein
comp 77750..77826 cgt 1179 1179
79006..80241 cds 412 tyrosine--tRNA ligase
 
121704..121946 cds 984 984 81 HU family DNA-binding protein
comp 122931..123007 gtc 446 446
123454..124113 cds 220 (d)CMP kinase
 
126222..126827 cds 236 236 202 ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP
127064..127139 gcc @1 830 830
comp 127970..128046 gac 365 365
128412..128843 cds 144 ribosome-associated translation inhibitor RaiA
 
171237..173012 cds 50 50 592 aminopeptidase P family protein
173063..173137 caa 49 49
comp 173187..173263 cgg 18 18
comp 173282..174265 cds 328 polyprenyl synthetase family protein
 
186344..187336 cds 58 58 331 tryptophan--tRNA ligase
187395..187484 tca 354 354
comp 187839..188738 cds 300 hydroxymethylbilane synthase
 
203097..203846 cds 219 219 250 bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase
204066..204153 tcc 1457 1457
205611..206639 cds 343 type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
 
comp 299321..300853 cds 419 419 511 hp
comp 301273..301349 atc 15 15
comp 301365..301440 aaa 219 219
301660..302400 cds 247 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
 
comp 328700..329635 cds 22 22 312 site-specific tyrosine recombinase XerD
comp 329658..329732 tgc 499 499
330232..330699 cds 156 DUF2155 domain-containing protein
 
429121..429807 cds 723 723 229 hp
comp 430531..430605 aac 359 359
comp 430965..432767 cds 601 elongation factor 4
 
473867..474352 cds 928 928 162 RNA pyrophosphohydrolase
comp 475281..475357 atgj 40 40
comp 475398..475883 cds 162 30S ribosomal protein S9
 
506934..508007 cds 183 183 358 cell division protein ZapE
comp 508191..508305 5s 240 115
comp 508546..511330 23s 716 716 2785
comp 512047..512958 cds 304 methionyl-tRNA formyltransferase
 
577419..579725 cds 138 138 769 outer membrane protein assembly factor BamA
579864..579939 acg 1026 1179
comp 580966..581169 cds 68 DUF2674 domain-containing protein
 
comp 612439..612639 cds 143 143 67 preprotein translocase subunit SecE
comp 612783..612858 tgg 143 143
comp 613002..615101 cds 700 elongation factor G
 
comp 656226..656870 cds 296 296 215 YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein
comp 657167..657243 atgf 119 119
comp 657363..657599 cds 79 50S ribosomal protein L31
 
comp 678911..679213 cds 19 19 101 preprotein translocase subunit SecG
comp 679233..679307 acc 159 159
comp 679467..680723 cds 419 MFS transporter
 
comp 746326..746529 cds 1664 1664 68 hp
comp 748194..748268 gaa 109 109
comp 748378..749421 cds 348 autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein
 
comp 756703..757686 cds 363 363 328 tRNA dihydrouridine synthase DusB
758050..758125 ttc 564 564
758690..759730 cds 347 UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
 
776202..776537 cds 154 154 112 30S ribosomal protein S16
776692..776766 aca 467 467
777234..777863 cds 210 lipoyl(octanoyl) transferase LipB
 
779197..780348 cds 140 140 384 succinyl-diaminopimelate desuccinylase
780489..780573 cta 37 37
780611..781075 cds 155 DNA polymerase III subunit chi
 
comp 823242..823559 cds 98 98 106 DUF167 domain-containing protein
823658..823734 aga 1364 1364
comp 825099..825230 cds 44 hp
 
comp 854241..854456 cds 17 17 72 translation initiation factor IF-1
comp 854474..854550 cca 1573 1573
comp 856124..856357 cds 78 BolA family transcriptional regulator
 
915034..915501 cds 391 391 156 peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
915893..915969 atgi 41 41
916011..917099 cds 363 YjgP/YjgQ family permease
 
953564..954742 cds 696 696 393 acetyl-CoA C-acetyltransferase
comp 955439..955530 agc 898 898
comp 956429..957373 cds 315 ACP S-malonyltransferase
 
comp 1009435..1011165 cds 142 142 577 ATP-binding cassette domain-containing protein
comp 1011308..1011384 cac 346 346
1011731..1012414 cds 228 7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC
 
comp 1045414..1045656 cds 2381 2381 81 hp
comp 1048038..1048123 tta 135 135
comp 1048259..1048387 cds 43 hp
 
comp 1056245..1056973 cds 188 188 243 23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
1057162..1057247 tac 105 105
1057353..1057426 gga 82 82
1057509..1058693 cds 395 elongation factor Tu
 
1072391..1072663 cds 62 62 91 30S ribosomal protein S20
1072726..1072801 gta 1181 1181
comp 1073983..1074648 cds 222 hp
 
1102136..1103935 cds 1458 1462 600 PAS domain-containing sensor histidine kinase
1105394..1106893 16s 1462 1462 1500
1108356..1109301,1..184 cds 377 P-hp

rpl cumuls modifier

  • Lien tableur: rpl cumuls
  • Légende
  • Notes: moyenne et variance des intercalaires élevés des 21 cds : 1204 et 453
cumuls. rpl.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 2 1 - 1 0 1 100 12 30 0
23s5s 1 20 1 50 9 40 200 11 60 2
16s 1 40 100 4 80 300 12 90 9
16s23s 0 60 1 150 8 120 400 15 120 4
max a 0 80 200 5 160 500 2 150 2
a doubles 0 100 250 3 200 600 4 180 6
spéciaux 0 120 1 300 3 240 700 2 210 2
total aas 0 140 350 1 280 800 1 240 5
sans opérons 29 160 400 5 320 900 0 270 3
1 aa 25 180 450 2 360 1000 0 300 2
max a 2 200 500 2 400 1100 0 330 5
a doubles 0 1 21 1 20
total aas 33 4 0 63 0 60 60
total aas 33
remarques 1
avec jaune moyenne 528 293
variance 558 271
sans jaune moyenne 56 191 243 172
variance 45 140 145 89

rpl tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de rpl opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
rpl	50			36			18			68
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
17	1573		50	18		50	18		1573	17
19	159		140	37		140	37		50	18
22	499		928	40		143	143		159	19
31	1964		391	41		159	19		499	22
50	18		188	82		188	82		1964	31
58	354		1664	109		296	119		140	37
62	1181		296	119		346	142		928	40
98	1364		2381	135		354	58		391	41
138	1026		143	143		365	236		354	58
140	37		19	159		391	41		1181	62
142	346		419	219		419	219		188	82
143	143		142	346		467	154		1364	98
154	467		58	354		499	22		1664	109
188	82		723	359		564	363		296	119
219	1457		236	365		723	359		2381	135
236	365		984	446		898	696		1026	138
296	119		154	467		928	40		346	142
363	564		22	499		984	446		143	143
391	41		363	564		1026	138		467	154
419	219		696	898		1179	933		419	219
696	898		138	1026		1181	62		1457	219
723	359		933	1179		1253	870		365	236
870	1253		62	1181		1364	98		723	359
928	40		870	1253		1457	219		564	363
933	1179		98	1364		1573	17		984	446
984	446		219	1457		1664	109		898	696
1664	109		17	1573		1964	31		1253	870
2381	135		31	1964		2381	135		1179	933
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
rpl	850		56		24	9	6	17	14	10	5	19
‰					429	161	107	304	500	357	179	679

rpl blocs modifier

A7. rpl, blocs à rRNA.
cds 183 358 cell division protein ZapE
5s 240 115
23s 716 2785
cds 304 methionyl-tRNA formyltransferase
 
cds 1458 600 PAS domain-containing sensor histidine kinase
16s 1462 1500
cds 377 P-hp

rpl remarques modifier

  • Remarques: Les rickettsia, rtb et rpl, présentent de nombreux intercalaires très élevés. D’où cet intercalaire entre 2 aas de 830 pbs. La phylogénie très forte entre ces 2 génomes donne des blocs analogues mais avec des intercalaires différents. Ici les intercalaires élevés sont atténués. Je détaille ici les intercalaires du tableau des cumuls.
    - Les intercalaires entre aas: Il y a quatre intercalaires de ce type, 830 105 49 15. A part le 1er les 3 autres sont courants dans cette étude et seulement le dernier est le représentant de la moyenne dans cette étude.
    - Les intercalaires avec un cds. Les 31 blocs de ce génomes se répartissent en 3 groupes
    1. Les RNAs complètement isolés, les 2 intercalaires du bloc sont supérieurs à 400 pbs. Il y a 7 aas dont celui avec 830, et le 16s. Ici aac, gac et ttc ont l’intercalaire mineur à peine inférieur à 400. Sur ces 16 intercalaires 9 sont supérieurs à 800 et 7 entre 360 et 700 pbs.
    2. Les tRNAs proches de leurs 2 cds. Il y a 6 aas dont les 2 intercalaires sont inférieurs à 300 pbs et 3 aas dont au moins un des 2 intercalaires est entre 300 et 400 pbs.
    3. Il reste 14 blocs dont le 23s5s, auxquels il faut ajouter l’aa gcc voisin du gac isolé par 830. Ces blocs sont très polarisés, leurs 2 intercalaires sont très dissymétriques.
      10 aas ont leur intercalaire majeur supérieur à 800 et va jusqu’à 2381 pbs. Le 23s5s a un intercalaire majeur modéré, 723, assez courant pour les blocs à rRNAs.
      3 aas ont leur intercalaire majeur de 450 pbs environ.
  • Les blocs isolés et les blocs entourés par 2 cds
	Blocs à RNAs isolés par 2 intercalaires de plus de 400 pbs.					
	bloc	adresse	intercalaire	Blocs entourés par 2 intercalaires de 300 à 400 pbs	
	aac	430531	723-359		cac	1011308
	gac	127064	830-365		atgi	915893
	gtc	122931			tca	187395
	cgt	77750				
	ggc	33052			Blocs entourés par 2 intercalaires inférieurs à 300 pbs	
	16s	1105394			atgf	657167
	agc	955439			acc	679233
	ttc	758050	564-363		tgg	612783
	:	:			cgg-caa	173063
	:	:			gga-tac	1057162
	:	:			cta	780489
  • Les séquences des doubles: Il n'y a aucun double dans ce génome

rpl distribution modifier

Al2 rpl, Rickettsia prowazekii str. Breinl. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg tcg tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag agg
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
rpl 8 25 33

rpl. Intergen51 modifier

Intergen51. rpl. Le génome modifier

  • rpl Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: rpl, Rickettsia prowazekii str. Breinl, NCBI [9], date 20.01.22.
  • rpl La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
rpl	252,952		1,109,301	22.8
rpl données intercalaires modifier
rpl données intercalaires 200 modifier
rpl autres intercalaires aas modifier

Intergen51. rpl. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. rpl les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 rpl les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 522 103 5 630 3.4 3 3 6
x 183 5 0 188 2 1 3
t 705 108 5 818 5 4 9
% 86.2 13.2 0.6
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 39 0 0 39 2.1 tRNA-CDS 58 77
x 19 0 0 19 RNA-RNA 5 7
t 58 0 0 58 CDS-rRNA 4 5
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 8 11
- total 75 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 19.4 28.2 0.0 22.4 10.3 44 0.8 0.0
x 32.2 57.9 20.0 4.4 0.0 20 0.0 0.0

Intergen51. rpl. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  rpl présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rpl
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.376	3.82E-06	-2.54E-03	4.15E-01	8.12	fx1	abscisse	221.3	229.1
0.589	-2.38E-06	1.88E-03	-5.50E-01	68.8	fc1	ordonnée	16.9	15.2
								
0.38	3.78E-06	-2.51E-03	4.07E-01	8.79	fx41			
0.822	5.82E-06	-4.00E-03	7.04E-01	5.99	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	rpl		calculs			poly3	rpl
effect	527		R2.21	608		abscis	400
xm	45		pte	0,04		flexa	224
ym	0,53		cste	1,01		flexo	1,53
x1m	178		r400l	222		xm	45
y1m	1		restp	345,35		sup4	263,9
rfin	193,55		%sd	73,90		sup4t	463,0
bornf	178		lond	133		%	57,0
supd	291,7		%sf	73,90		long	179
supdt	394,7		lonf	133			
xmp	259,96		sf/lf	2,19			
r400	151,80		sr/lr	0,00			
supf	291,7		sd/ld	2,19			
supft	394,7		i.r400	0,68

Intergen51. rpl. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	rpl			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	10		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		0	35		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		4	58		1642	8424
total		5	103		2,456	23,544
reste		1	0		264	420
s6		0	0		361	41
s7		0	9		321	1438
s8		3	49		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		0.0	3.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		0.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		0.0	15.5		19.5	17.1
s8/sp6		75.0	84.5		42.4	77.5
reste/sp6	25.0	0.0		16.1	5.0
						
total s1-5	1	45		814	15120
% / total						
%s1-5		20.0	43.7		33.1	64.2
%sp6		80.0	56.3		66.9	35.8

Intergen51. rpl. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		1	
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA				16 CDS		1	
tRNA 23s				CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s		1	
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	2	2		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		3	2		total		3	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rpl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Rhodospirillum photometricum DSM 122 modifier

rpm opérons modifier

  • Lien tableur: rpm opérons
  • Liens: gtRNAdb [10], NCBI [11], génome [12]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Pararhodospirillum.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A5. Rhodospirillum photometricum DSM 122
64.7%GC 26.12.19 Paris  95   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
comp 3322..4194 cds 30 30 291 LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
comp 4225..4821 23s° @1 196 595
comp 5018..5093 gca 182
comp 5276..5684 16s° 38 38 407
5723..6664 cds 314 SEL1-like repeat protein
 
comp < 12458..13198 cds 242 242 247 p-transposase
comp 13441..13555 5s @2 72 113
comp 13628..13880 23s° -7 -7 251
comp 13874..15127 cds 418 hp
 
21325..22362 cds 586 586 346 hp
22949..23237 16s° 85 85 287
comp 23323..23490 cds 56 hp
 
comp 24015..24287 cds 250 250 91 TraYdomain-containingprotein
comp 24538..24652 5s 71 113
comp 24724..27490 23s 212 2765
comp 27703..27779 atc 112
comp 27892..28378 16s° 18 18 485
<> 28397..29119 cds 241 p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
 
comp 32782..33759 cds 190 190 326 glycosyltransferase
33950..34357 16s° 112 406
34470..34546 atc 216
34763..35591 23s° 44 827
comp 35636..35750 5s 72 113
comp 35823..38589 23s 215 2765
comp 38805..38881 atc 112
comp 38994..40502 16s 260 1507
comp 40763..42629 23s° -15 1865
42615..42903 16s° 112 287
43016..43092 atc 213
43306..44132 23s° -1 825
comp 44132..44835 23s° -5 -5 702
44831..45121 cds 97 hp
 
< 45496..45768 cds 553 553 91 p-glycosyl transferase family 1
46322..47040 16s° 0 0 717
comp 47041..47433 cds 131 winged helix-turn-helix domain-containing protein
 
comp 49761..51017 cds 128 128 419 glycosyltransferase
comp 51146..51221 23s° 214 74
comp 51436..51512 atc 112
comp 51625..52017 16s° -7 391
52011..52881 23s° 106 106 869
52988..53464 cds -37 -37 159 hp
> 53428..53694 cds 86 86 89 p-glycosyltransferase
comp 53781..54709 23s° 26 927
54736..54898 16s° 112 161
55011..55087 atc 216
55304..55741 23s° 438 438 436
56180..56440 cds 87 hp
 
comp 82891..83088 cds 116 116 66 preprotein translocase subunit SecE
comp 83205..83280 tgg 199 199
>comp 83480..84178 cds 233 p-elongation factor Tu
 
417242..417412 cds 142 142 57 tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
417555..417631 atgj + 24 24
417656..417732 atgj 2 atgj 38 38
comp 417771..418796 cds 342 tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG
 
434306..435142 cds 512 512 279 CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
435655..435842 16s° -6 186
435837..436075 23s° 72 237
436148..436262 5s 51 113
436314..436390 atgf 196 196
436587..436883 cds 99 hp
 
comp 467261..468370 cds 167 167 370 3-isopropylmalate dehydrogenase
468538..468667 23s° 72 128
468740..468854 5s 51 113
468906..468982 atgf 125 125
469108..469863 cds 252 SAM-dependent chlorinase/fluorinase
 
comp 534521..536161 cds 367 367 547 glucose-6-phosphate isomerase
536529..536603 acg 92 92
comp 536696..537778 cds 361 tyrosine-type recombinase/integrase
 
comp 658467..658931 cds 110 110 155 GNAT family N-acetyltransferase
comp 659042..659116 gtc 155 155
659272..660159 cds 106 106 296 N-formylglutamate amidohydrolase
660266..660340 gtc 648 648
comp 660989..661800 cds 271 p-N-formylglutamate amidohydrolase
 
comp 684188..685141 cds 323 323 318 cation transporter
comp 685465..685539 gtg + 25 25
comp 685565..685639 gtg 2 gtg 195 195
685835..686251 cds 139 NUDIX hydrolase
 
comp 691078..691773 cds 4 4 232 ComF family protein
691778..691897 23s° 72 118
691970..692084 5s 114 114 113
comp 692199..694505 cds 769 VWA domain-containing protein
 
750262..751398 cds 161 161 379 [FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
comp 751560..751674 5s 72 113
comp 751747..752005 23s° 597 597 257
752603..752814 rpr @4 388 388 21 CRISPR
753203..753760 cds 186 hp
 
comp 839981..840214 cds 4 4 78 hp
comp 840219..840478 16s° 568 568 258
comp 841047..844388 cds 1114 response regulator
 
874585..875391 cds 88 88 269 phosphoadenylyl-sulfate reductase
875480..875556 cac 81 81
875638..876117 cds 160 CreA family protein
 
885688..886299 cds 176 176 204 LysE family translocator
886476..886552 ccc 144 144
comp 886697..887233 cds 179 helix-turn-helix transcriptional regulator
 
932708..934243 cds 93 93 512 Fic family protein
comp 934337..934413 cgt + 35 35
comp 934449..934525 cgt 3 cgt 44 44
comp 934570..934646 cgt 449 449
935096..936175 cds 360 hp
 
comp 978995..979396 cds 138 138 134 MFS transporter
comp 979535..979609 ggc + 23 23
comp 979633..979707 ggc 4 ggc 45 45
comp 979753..979827 ggc 29 29
comp 979857..979931 ggc 206 206
980138..981679 cds 514 murein biosynthesis integral membrane protein MurJ
 
997575..997898 cds 95 95 108 DUF1476 domain-containing protein
comp 997994..998067 cag + 54 54
comp 998122..998195 cag 2 cag 168 168
998364..999509 cds 382 Ppx/GppA family phosphatase
 
1050081..1051028 cds 60 60 316 NnrS family protein
comp 1051089..1051163 acc + 16 16
comp 1051180..1051254 acc 3 acc 18 18
comp 1051273..1051347 acc 170 170
comp 1051518..1053305 cds 596 EAL domain-containing protein
 
1197836..1199341 cds 197 197 502 aldehyde dehydrogenase
1199539..1199623 cta 126 126
1199750..1201090 cds 447 trigger factor
 
1206196..1206501 cds 93 93 102 HU family DNA-binding protein
1206595..1206670 gta 50 50
1206721..1207092 cds 124 hp
 
1213113..1214459 cds 210 210 449 acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
comp 1214670..1214874 16s° 600 600 203
comp 1215475..1216716 cds 414 polyphosphate kinase
 
comp 1349719..1350132 cds 109 109 138 NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
comp 1350242..1350608 23s° 212 365
comp 1350821..1350897 atc 115
comp 1351013..1351438 16s° 23 23 424
< comp 1351462..1352160 cds 233 p-tetratricopeptide repeat protein
 
1359745..1360302 cds 176 176 186 hp
1360479..1360555 gac + 37 37
1360593..1360669 gac 2 gac 274 274
1360944..1361204 cds 87 hp
 
1416615..1417769 cds 214 214 385 glycosyltransferase family 61 protein
1417984..1418074 tcc 154 154
comp 1418229..1419095 cds 289 LysR family transcriptional regulator
 
comp 1472421..1473403 cds 250 250 328 biotin synthase BioB
comp 1473654..1473740 ttg 77 77
comp 1473818..1474678 cds 287 homocysteine S-methyltransferase family protein
 
comp 1735298..1736380 cds 209 209 361 DUF262 domain-containing protein
1736590..1736859 23s° 72 268
1736932..1737046 5s 52 113
1737099..1737175 atgf 93 93
comp 1737269..1737694 cds 142 type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
 
comp 1812365..1813924 cds 894 894 520 peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
1814819..1815040 16s° -7 -7 222
<comp 1815034..1815837 cds 80 80 268 p-elongation factor Tu
comp 1815918..1815991 gga 34 34
comp 1816026..1816111 tac 144 144
1816256..1817143 cds 296 23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
 
comp 1833109..1833603 cds 83 83 165 MBL fold metallo-hydrolase
comp 1833687..1833762 aag + 24 24
comp 1833787..1833862 aag 2 aag 198 198
comp 1834061..1835224 cds 388 rod shape-determining protein RodA
 
> 1941413..1943059 cds -30 -30 549 p-recombinase family protein
comp 1943030..1943121 agc 160 160
comp 1943282..1944133 cds 284 FAD-dependent thymidylate synthase
 
comp 2087696..2090938 cds 705 705 1081 PAS domain-containing protein
2091644..2091826 16s° 7 7 181
2091834..2092247 cds 138 hp
 
comp 2095044..2095490 cds 48 48 149 hp
comp 2095539..2095733 16s° 614 614 193
comp 2096348..2097337 cds 330 trypsin-like serine protease
 
comp 2113248..2114603 cds 219 219 452 hp
comp 2114823..2114899 aga 55 55
comp 2114955..2115251 cds 71 71 99 ETC complex I subunit
comp 2115323..2115399 cca 261 261
comp 2115661..2115960 cds 100 hp
 
comp 2144042..2146288 cds 308 308 749 HAMP domain-containing protein
2146597..2147256 23s° 72 658
2147329..2147443 5s 52 113
2147496..2147572 atgf 645 645
comp 2148218..2148664 cds 149 hp
 
2268003..2268461 cds 87 87 153 23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH
comp 2268549..2268625 ccg + 165 165
comp 2268791..2268867 ccg 2 ccg 56 56
comp 2268924..2269910 cds 329 farnesyltranstransferase
 
comp 2321621..2322145 cds 332 332 175 hp
2322478..2322554 ccc 225 225
2322780..2322974 cds 65 hp
 
comp 2393295..2396009 cds @3 1003 1003 905 CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
2397013..2397919 16s° 2 2 905
2397922..2400888 cds 989 hp
 
comp 2517845..2520559 cds 229 229 905 phosphoenolpyruvate carboxylase
comp 2520789..2520903 5s 72 113
comp 2520976..2521339 23s° 189 189 362
comp 2521529..2522152 cds 208 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
 
comp 2596508..2596738 cds 989 989 77 motility twitching protein PilT
comp 2597728..2597815 tca 194 194
2598010..2599204 cds 398 hp
 
comp 2621435..2622058 cds 106 106 208 helix-turn-helix transcriptional regulator
comp 2622165..2622251 ctc 202 202
2622454..2623107 cds 218 lipoyl(octanoyl) transferase LipB
 
2631201..2631554 cds 192 192 118 hp
2631747..2631822 gcc + 70 70
2631893..2631968 gcc 4 gcc 69 69
2632038..2632113 gcc 57 57
2632171..2632246 gcc 166 166
< 2632413..2632965 cds -41 -41 184 p-IS256 family transposase
2632925..2633473 cds 30 30 183 hp
comp 2633504..2633579 aca 93 93
comp 2633673..2634200 cds 271 271 176 N-acetyltransferase
comp 2634472..2634561 tcg 155 155
2634717..2635742 cds 342 hp
 
comp 2655872..2656489 cds 182 182 206 YitT family protein
comp 2656672..2656747 gag 141 141
comp 2656889..2657674 cds 262 MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein
 
2758160..2758312 cds 110 110 51 light-harvesting protein
comp 2758423..2758509 tta 94 94
comp 2758604..2759899 cds 432 bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase
 
> 2768823..2769518 cds -12 -12 232 methyltransferase
2769507..2769776 23s° 71 268
2769848..2769962 5s 118 118 113
comp 2770081..2771016 cds 312 tetratricopeptide repeat protein
 
2792922..2794778 cds 129 129 619 glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB
2794908..2794982 caa 92 92
comp 2795075..2795686 cds 204 hp
 
2862755..2862982 cds 123 123 76 hp
2863106..2863182 cca 117 117
2863300..2863374 atgi 373 373
2863748..2863823 gca 157 157
2863981..2864056 aca 15
2864072..2864317 cds 8 82 DUF2829 domain-containing protein
2864326..2864401 aaa 250 250
> 2864652..2865041 cds 130 p-hp
 
2867066..2868112 cds 76 76 349 tyrosine-type recombinase/integrase
comp 2868189..2868264 aaa 99 99
comp 2868364..2868870 cds 169 peptidylprolyl isomerase
 
2893891..2894430 cds 25 25 180 phage portal protein
2894456..2894570 5s 51 113
2894622..2894698 atgf 285 285
2894984..2895400 cds 139 p-hp
 
comp 3034652..3035092 cds 250 250 147 hp
comp 3035343..3035418 aaa 8 8
comp 3035427..3035986 cds 187 DUF2829 domain-containing protein
 
comp 3305068..3306534 cds 379 379 489 S8 family serine peptidase
comp 3306914..3306989 ttc + 29 29
comp 3307019..3307094 ttc 4 ttc 34 34
comp 3307129..3307204 ttc 33 33
comp 3307238..3307313 ttc 60 60
comp 3307374..3308864 cds 497 RimK family protein
 
comp 3332977..3334356 cds 54 54 460 type II secretion system protein
3334411..3334487 cgg 176 176
< comp 3334664..3335983 cds 440 p-hp
 
3408217..3409026 cds 91 91 270 hp
comp 3409118..3409232 5s 71 113
comp 3409304..3409410 23s° 1 1 105
< 3409412..3409711 cds 100 p-IS5/IS1182 family transposase
 
comp 3456276..3461666 cds 387 387 1797 alpha-2-macroglobulin family protein
3462054..3462130 agg 29 29
3462160..3462951 cds 264 amino acid ABC transporter substrate-binding protein
 
comp 3500025..3500675 cds 210 210 217 protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
3500886..3500959 tgc + 27 27
3500987..3501061 aac 2 aac 31 31
3501093..3501167 aac 84 84
comp 3501252..3501659 cds 136 hp
 
3639978..3641276 cds 172 172 433 outer membrane efflux protein
3641449..3641525 gcg + 70 70
3641596..3641671 gcg 3 gcg 33 33
3641705..3641780 gcg 389 389
3642170..3644392 cds 741 sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator
 
3651524..3652711 cds 55 55 396 aminotransferase
3652767..3652843 cac 202 202
<comp 3653046..3653543 cds 166 arsenical-resistance protein
 
3710072..3710840 cds 126 126 256 TonB family protein
comp 3710967..3711042 gaa + 214 214
comp 3711257..3711332 gaa 2 gaa 125 125
comp 3711458..3711664 cds 69 cold-shock protein
 
comp 3727874..3729085 cds 828 828 404 hp
3729914..3730068 16s° 87 87 153
3730156..3730545 cds 130 hp
 
comp 3804728..3805231 cds 118 118 168 response regulator
comp 3805350..3805425 gag 241 241
comp 3805667..3806140 cds 158 transcription elongation factor GreA
 
3813820..3815895 cds 138 138 692 RNA polymerase sigma factor RpoD
3816034..3816109 atgi 94 94
3816204..3818993 cds 930 diguanylate cyclase
 
comp 3827982..3828878 cds 90 90 299 phosphoserine phosphatase SerB
comp 3828969..3829042 ggg @5 292 292
3829335..3830670 cds 445 chemotaxis protein
 
comp 3832305..3833264 cds 311 311 320 complex I NDUFA9 subunit family protein
3833576..3833662 ctg + 47 47
3833710..3833796 ctg 5 ctg 153 153
3833950..3834036 ctg 48 48
3834085..3834171 ctg 47 47
3834219..3834305 ctg 113 113
3834419..3835039 cds 207 ribonuclease D

rpm cumuls modifier

cumuls. rpm.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 27 1 0 1 9 1 100 20 1 0
16s°atc23s° 7 20 2 50 15 40 200 35 30 0
16s°gca23s° 1 40 14 100 30 80 300 30 60 3
16s°23s° 1 60 7 150 24 120 400 23 90 10
max a 1 80 3 200 23 160 500 14 120 10
a doubles 0 100 0 250 16 200 600 7 150 14
spéciaux 18 120 1 300 5 240 700 2 180 13
total aas 13 140 0 350 4 280 800 3 210 11
sans opérons 47 160 2 400 5 320 900 0 240 6
1 aa 30 180 1 450 2 360 1000 4 270 9
max a 5 200 0 500 0 400 1100 1 300 9
a doubles 15 2 14 2 56
total aas 79 32 0 147 0 141 141
total aas 92
remarques 5
avec jaune moyenne 69 194 310
variance 75 197 248
sans jaune moyenne 39 147 252 170
variance 16 112 134 71

rpm tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de rpm opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
rpm	71			73			47			98
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
-30	160		250	8		87	56		160	-30
30	93		387	29		88	81		250	8
54	176		142	38		93	50		387	29
55	202		93	50		93	30		93	30
60	170		219	55		99	76		142	38
71	261		87	56		110	94		93	50
76	99		379	60		126	125		176	54
83	198		250	77		129	92		202	55
87	56		88	81		138	94		219	55
88	81		210	84		142	38		87	56
90	292		129	92		155	110		170	60
93	449		367	92		160	-30		379	60
93	50		30	93		168	95		261	71
95	168		110	94		170	60		99	76
106	648		138	94		176	144		250	77
106	202		76	99		176	54		88	81
110	155		311	113		182	141		198	83
110	94		126	125		192	166		210	84
116	199		197	126		197	126		292	90
118	241		182	141		198	83		129	92
123	250		176	144		199	116		367	92
126	125		214	154		202	55		449	93
129	92		110	155		202	106		110	94
138	206		271	155		206	138		138	94
138	94		-30	160		210	84		168	95
142	38		192	166		214	154		202	106
172	389		95	168		219	55		648	106
176	144		60	170		241	118		155	110
176	274		54	176		250	8		311	113
182	141		989	194		250	77		199	116
192	166		323	195		250	123		241	118
197	126		83	198		261	71		250	123
210	84		116	199		271	155		126	125
214	154		55	202		274	176		197	126
219	55		106	202		292	90		206	138
250	77		138	206		311	113		182	141
250	8		332	225		323	195		176	144
271	155		118	241		332	225		214	154
311	113		123	250		367	92		271	155
323	195		71	261		379	60		192	166
332	225		176	274		387	29		389	172
367	92		90	292		389	172		274	176
379	60		172	389		449	93		989	194
387	29		93	449		648	106		323	195
989	194		106	648		989	194		332	225
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
rpm	3,484		90	1	64	19	4	2	31	33	21	43
rpm ‰				11	711	211	44	22	689	733	467	956

rpm blocs modifier

rpm blocs protéines modifier

  • Lien tableur: rpm blocs protéines
  • Note:
    - hp pour hypothetical protein
    - p- pour pseudo, par exemple p-elon en abrégé donne p-elongation factor Tu.
A5p. rpm, protéines.
abrégé nom
23s 23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop 3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub 3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3 CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF ComF family protein
CRISPR CRISPR
DUF262 DUF262 domain-containing protein
FeFe [FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco glycosyltransferase
HAMP HAMP domain-containing protein
LysM LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl methyltransferase
NAD NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon p-elongation factor Tu
p-EscV p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco p-glycosyltransferase
P-glyco1 p-glycosyl transferase family 1
p-IS5 p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans p-transposase
PAS PAS domain-containing protein
peptido peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage phage portal protein
phospho phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho polyphosphate kinase
respons response regulator
SAM SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1 SEL1-like repeat protein
tetra tetratricopeptide repeat protein
TraY TraY domain-containing protein
trypsin trypsin-like serine protease
type II type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA VWA domain-containing protein
winged winged helix-turn-helix domain-containing protein

rpm blocs construits modifier

  • Lien tableur: rpm blocs construits
  • Légende: lien au tableau des protéines, abrégés
    - vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cdsa) sont en aas.
    - bleu: protéines bien caractérisées alors qu'en clair sont les protéines candidates à la création, hp pour hypothetical protein, p-protéine pour pseudo-protéine et les protéines caractérisées seulement par un domaine comme DUF262 par exemple.
    - cyan: Les intercalaires constantes vestiges des blocs complets représentés par l'unique bloc contenant le 16s avec les intercalaires 71 pour 5s-23s, 212 pour 23s-atc, 112 pour atc-16s et 52 dans le cas de 5s-atgf.
    - gris: Je ne considère ici que les protéines créées à l'intérieur d'un bloc rRNA. Les protéines non canditates à la création sont en bleu, voir ci-dessus le bleu, mais la reconstruction des blocs détruits m'a obligé à considérer des protéines internes au bloc, bien caractérisées non candiates à la création. Aussi je n'ai conservé que les plus petites, metyl adresse 2768823, 3-isop-sub adresse 2521529 et glyco adresse 49761. La reconstruction ne m'a pas permis de faire de grands blocs pour 4 clusters listés à la fin des 2 derniers tableaux en gris. Ces clusters sont restés parce qu'ils mettraient des protéines non candidates en intra bloc avec de grande taille.
  • Notes: Il faut noter que théoriquement, pour cet organisme où la destruction des blocs est spéctaculaire, les protéines créées pourraient être aussi grande que le 23s en paires de base, 2765 soit 900 aas à peu près. C'est ce que j'ai suggéré en plaçant le 16s° contenant 1 grosse protéine candidate pour la création parce qu'elle est hypothétique dans le reconstruction du bloc b10, cas3-16s°-hp, 905-16s°-989. La même situation est reproduite dans le bloc b9 avec PAS-16s°-hp, 1081-16s°-138.
    • @ Les blocs à rRNAs: texte de rpm remarques, remarque @3.
      - Les clusters de rpm tels qu’ils apparaissent dans la séquence des adresses sont présentés au chapitre rpm blocs construits, tableaux A5b1 et A5b2.
      + A5b1 rassemble 9 16s° solitaires suivis de longs clusters où on peut repérer les blocs d’origine altérés caractérisés par les intercalaires 16s-atc-23s, respectivement de 112 pbs et 216 pbs. Ainsi je suppose qu’il y a 5 blocs d’origine de type 16s-atc-23s-5s et un,isolé, de type 16s-gca-23s-5s. Dans ces grands clusters seul subsiste un seul 5s appartenant au bloc complet et intègre que j’ai nommé b0.
      + A5b2 rassemble 9 23s°5s solitaires et 3 blocs complets et un 5s solitaire. Les 23s°5s sont mis en face des 16s° du tableau A5b1. Les blocs complets contiennent un représentant de 16s, un de 23s et un 5s. Dans cette partie du tableau A5b2 j’ai ajouté le bloc b0 séparé de son cluster pour comparaison. Le bloc analogue au b0 est le bloc b1 qui est isolé et où seul le 16s est altéré. Le bloc b3 de cette partie du tableau apparaît comme un racollage d’un 16s° solitaire et d’un 23s°5s solitaire puisque l’intercalaire 16s°-23s° est négatif, c’est-à-dire qu’il y a recouvrement des 2 morceaux, ce qui ne serait pas le cas s’il y avait une délétion entre le 16s et le 23s d’origine.
      - Le parallélisme et l'égalité en nombres entre les 16s° et les 23s°5s solitaires, ainsi que l'analyse des intercalaires petits et négatifs de la remarque @2 m’ont poussé à reconstruire les blocs d’origines en rapprochant des 16s° solitaires à d’autres 16s° solitaires ou non tous 2 avec leurs cds, selon l’hypothèse que les 2 cds internes résultant font partie de l’altération ou de la délétion du 16s original et du coup ces cds seraient des candidats à la création de gènes nouveaux. Le même procédé et la même hypothèse sont appliqués pour un 23° et un 23s°5s.
      - Cette reconstruction se trouve dans les tableaux A5b3 et A5b4. Ainsi en optimisant les tailles des 16s et 23s reconstruits pour se rapprocher le plus aux tailles de ces rRNAs du bloc intègre b0, j’ai pu construire 11 blocs. J’ai séparé le 16s° du 23s°5s du bloc b3 du tableau A5b2. Il reste cependant un 16s°, un 23s° et un 5s-atgf que je n’ai pas pu réunir car leurs cds sont tous bien caractérisés et ne répondent aux critères des candidats à la création. L’hypothèse de 11 blocs ou 12 blocs à l’origine est tout à fait probable en comparaison des 9 blocs de abq.
      - Je n'ai pas pu faire une reconstruction analogue avec abs malgré la proximité phylogénique de abq car la complémentarité 16s° et 23s°5s n’existe pas comme si l’altération faisait disparaître une partie du rRNA, ceux qui restent indiquant la position des originaux. Cela indiquerait que ce sont 2 processus d’altération différents certainement reliés à la présence des tRNAs intra bloc, atc pour rpm et atc-gca pour abs.
      - Le génome analogue avec que des atc Tistrella mobilis KA081020-065, voir proteobacteria et Tistrella mobilis KA081020-065 [[13]]
A5b. rpm blocs et leur réorganisation.
A5b1. 9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca
sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre
21325..22362 cds 586 346 hp 1493
22949..23237 16s° 85 287
comp 23323..23490 cds 56 hp b3
  abrégés
< 45496..45768 cds 553 91 p-glyco1 1383
46322..47040 16s° 0 717
comp 47041..47433 cds 131 winged b4
  abrégés
comp 839981..840214 cds 4 78 hp 492
comp 840219..840478 16s° 568 258
comp 841047..844388 cds 1114 respons b7
  abrégés
1213113..1214459 cds 210 449 acetyl 1445
comp 1214670..1214874 16s° 600 203
comp 1215475..1216716 cds 414 polypho
  abrégés
comp 1812365..1813924 cds 894 520 peptido 1026
1814819..1815040 16s° -7 222
<comp 1815034..1815837 cds 268 p-elon b5
  abrégés
comp 2087696..2090938 cds 705 1081 PAS 595
2091644..2091826 16s° 7 181
2091834..2092247 cds 138 hp b9
  abrégés
comp 2095044..2095490 cds 48 149 hp 640
comp 2095539..2095733 16s° 614 193
comp 2096348..2097337 cds 330 trypsin b8
  abrégés
comp 2393295..2396009 cds 1003 905 cas3
2397013..2397919 16s° 2 905 905
2397922..2400888 cds 989 hp b10
  abrégés
comp 3727874..3729085 cds 828 404 hp 1755
3729914..3730068 16s° 87 153
3730156..3730545 cds 130 hp b2
  abrégés
434306..435142 cds 512 279 CDP
435655..435842 16s° -6 186 1023
  abrégés
comp 3322..4194 cds 30 291 LysM
comp 4225..4821 23s° 196 595 1468
comp 5018..5093 gca 182
comp 5276..5684 16s° 38 407
5723..6664 cds 314 SEL1 b6
  abrégés
comp 32782..33759 cds 190 326 glyco
33950..34357 16s° 112 406
34470..34546 atc 216
34763..35591 23s° 44 827 827 b7
comp 35636..35750 5s 72 113
comp 35823..38589 23s 215 2765
comp 38805..38881 atc 112
comp 38994..40502 16s 260 1507 b0
comp 40763..42629 23s° -15 1865 1865 b4
42615..42903 16s° 112 287
43016..43092 atc 213
43306..44132 23s° -1 825 825 b8
comp 44132..44835 23s° -5 702 993
44831..45121 cds 97 hp b5
  abrégés
comp 49761..51017 cds 128 419 glyco 1331
comp 51146..51221 23s° 214 74
comp 51436..51512 atc 112
comp 51625..52017 16s° -7 391 b9
52011..52881 23s° 106 869 1346
52988..53464 cds -37 159 hp
> 53428..53694 cds 86 89 p-glyco
comp 53781..54709 23s° 26 927 1194 b3
54736..54898 16s° 112 161
55011..55087 atc 216 697
55304..55741 23s° 438 436
56180..56440 cds 87 hp b10
A5b2. 9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets
sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre
comp 13874..15127 cds -7 418 hp 1505
comp 13628..13880 23s° 72 251
comp 13441..13555 5s 242 113
comp < 12458..13198 cds 247 p-trans b5
  abrégés
comp 691078..691773 cds 4 232 ComF 814
691778..691897 23s° 72 118
691970..692084 5s 114 113
comp 692199..694505 cds 769 VWA b9
  abrégés
753203..753760 cds 388 186 hp 1028
752603..752814 rpr 597 71 CRISPR
comp 751747..752005 23s° 72 257
comp 751560..751674 5s 161 113
750262..751398 cds 379 FeFe b8
  abrégés
comp 2521529..2522152 cds 189 208 3-isop-sub 986
comp 2520976..2521339 23s° 72 362
comp 2520789..2520903 5s 229 113
comp 2517845..2520559 cds 905 phospho b7
  abrégés
> 2768823..2769518 cds -12 232 methyl 964
2769507..2769776 23s° 71 268
2769848..2769962 5s 118 113
comp 2770081..2771016 cds 312 tetra b6
  abrégés
< 3409412..3409711 cds 1 100 p-IS5 405
comp 3409304..3409410 23s° 71 105
comp 3409118..3409232 5s 91 113
3408217..3409026 cds 270 hp b4
  abrégés
comp 467261..468370 cds 167 370 3-isop 1238
468538..468667 23s° 72 128
468740..468854 5s 51 113
468906..468982 atgf 125
469108..469863 cds 252 SAM
  abrégés
comp 1735298..1736380 cds 209 361 DUF262 1351
1736590..1736859 23s° 72 268
1736932..1737046 5s 52 113
1737099..1737175 atgf 93
comp 1737269..1737694 cds 142 type II b10
  abrégés
comp 2144042..2146288 cds 308 749 HAMP 2905
2146597..2147256 23s° 72 658
2147329..2147443 5s 52 113
2147496..2147572 atgf 645
comp 2148218..2148664 cds 149 hp b2
  abrégés
comp 24015..24287 cds 250 91 TraY
comp 24538..24652 5s 71 113
comp 24724..27490 23s 212 2765
comp 27703..27779 atc 112
comp 27892..28378 16s° 18 485
<> 28397..29119 cds 241 p-EscV b1
  abrégés
comp 35636..35750 5s 72 113
comp 35823..38589 23s 215 2765
comp 38805..38881 atc 112
comp 38994..40502 16s 260 1507 b0
  abrégés
434306..435142 cds 512 279 CDP
435655..435842 16s° -6 186 1023
435837..436075 23s° 72 237
436148..436262 5s 51 113 237
436314..436390 atgf 196
436587..436883 cds 99 hp b3
  abrégés
2893891..2894430 cds 25 180 phage
2894456..2894570 5s 51 113 540
2894622..2894698 atgf 285
2894984..2895400 cds 139 p-hp
A5b3. Fait: 4 blocs sans aas
sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre
comp 35636..35750 5s 72 113 b0
comp 35823..38589 23s 215 2765 2765
comp 38805..38881 atc 112
comp 38994..40502 16s 260 1507 1507
  abrégés
comp 24015..24287 cds 250 91 TraY b1
comp 24538..24652 5s 71 113
comp 24724..27490 23s 212 2765 2765
comp 27703..27779 atc 112
comp 27892..28378 16s° 18 485 1208
<> 28397..29119 cds 241 p-EscV
  abrégés
comp 3727874..3729085 cds 828 404 hp 1755 b2
3729914..3730068 16s° 87 153 1365
3730156..3730545 cds 130 hp
comp 2144042..2146288 cds 308 749 HAMP
2146597..2147256 23s° 72 658
2147329..2147443 5s 52 113
2147496..2147572 atgf 645
comp 2148218..2148664 cds 149 hp 2905
  abrégés
21325..22362 cds 586 346 hp 1493 b3
22949..23237 16s° 85 287 1325
comp 23323..23490 cds 56 hp
52011..52881 23s° 106 869 1346
52988..53464 cds -37 159 hp
> 53428..53694 cds 86 89 p-glyco
comp 53781..54709 23s° 26 927 1194
435837..436075 23s° 72 237 237
436148..436262 5s 51 113
436314..436390 atgf 196
436587..436883 cds 99 hp 2777
  abrégés
< 45496..45768 cds 553 91 p-glyco1 1383 b4
46322..47040 16s° 0 717
comp 47041..47433 cds 131 winged
comp 40763..42629 23s° -15 1865 1865
< 3409412..3409711 cds 1 100 p-IS5
comp 3409304..3409410 23s° 71 105 405
comp 3409118..3409232 5s 91 113
3408217..3409026 cds 270 hp 2270
  abrégés
comp 1812365..1813924 cds 894 520 peptido b5
1814819..1815040 16s° -7 222 1026
<comp 1815034..1815837 cds 268 p-elon
comp 44132..44835 23s° -5 702 993
44831..45121 cds 97 hp
comp 13874..15127 cds -7 418 hp 1505
comp 13628..13880 23s° 72 251
comp 13441..13555 5s 242 113
comp < 12458..13198 cds 247 p-trans 2498
  abrégés
 
2893891..2894430 cds 25 180 phage
2894456..2894570 5s 51 113 540
2894622..2894698 atgf 285
2894984..2895400 cds 139 p-hp
  abrégés
1213113..1214459 cds 210 449 acetyl 1445
comp 1214670..1214874 16s° 600 203
comp 1215475..1216716 cds 414 polypho
  abrégés
comp 467261..468370 cds 167 370 3-isop 1238
468538..468667 23s° 72 128
468740..468854 5s 51 113
468906..468982 atgf 125
469108..469863 cds 252 SAM
A5b4. Fait: 5 blocs atc, gca
sens adresse bloc interca cdsa protéine rRNA° ordre
5723..6664 cds 314 SEL1 1349 b6
comp 5276..5684 16s° 38 407
comp 5018..5093 gca 182
comp 4225..4821 23s° 196 595
comp 3322..4194 cds 30 291 LysM 1468
> 2768823..2769518 cds -12 232 methyl 964
2769507..2769776 23s° 71 268
2769848..2769962 5s 118 113
comp 2770081..2771016 cds 312 tetra 2432
  abrégés
comp 841047..844388 cds 1114 respons 898 b7
comp 840219..840478 16s° 568 258 492
comp 839981..840214 cds 4 78 hp
comp 32782..33759 cds 190 326 glyco
33950..34357 16s° 112 406 406
34470..34546 atc 216
34763..35591 23s° 44 827 827
comp 2521529..2522152 cds 189 208 3-isop-sub 986
comp 2520976..2521339 23s° 72 362
comp 2520789..2520903 5s 229 113 1238
comp 2517845..2520559 cds 905 phospho 1813
  abrégés
 
comp 2096348..2097337 cds 330 trypsin 927 b8
comp 2095539..2095733 16s° 614 193 640
comp 2095044..2095490 cds 48 149 hp
42615..42903 16s° 112 287 287
43016..43092 atc 213
43306..44132 23s° -1 825 825
753203..753760 cds 388 186 hp
752603..752814 rpr 597 71 CRISPR 1028
comp 751747..752005 23s° 72 257
comp 751560..751674 5s 161 113
750262..751398 cds 379 FeFe 1853
  abrégés
comp 2087696..2090938 cds 705 1081 PAS 986 b9
2091644..2091826 16s° 7 181 595
2091834..2092247 cds 138 hp
comp 51625..52017 16s° -7 391 391
comp 51436..51512 atc 112
comp 51146..51221 23s° 214 74
comp 49761..51017 cds 128 419 glyco 1331
comp 691078..691773 cds 4 232 ComF
691778..691897 23s° 72 118 814
691970..692084 5s 114 113
comp 692199..694505 cds 769 VWA 2145
  abrégés
comp 2393295..2396009 cds 1003 905 cas3 1066 b10
2397013..2397919 16s° 2 905 905
2397922..2400888 cds 989 hp
54736..54898 16s° 112 161 161
55011..55087 atc 216
55304..55741 23s° 438 436
56180..56440 cds 87 hp 697
comp 1735298..1736380 cds 209 361 DUF262 1351
1736590..1736859 23s° 72 268
1736932..1737046 5s 52 113
1737099..1737175 atgf 93
comp 1737269..1737694 cds 142 type II 2048
  abrégés
 
434306..435142 cds 512 279 CDP
435655..435842 16s° -6 186 1023
435837..436075 23s° 72 237
436148..436262 5s 51 113 237
436314..436390 atgf 196
436587..436883 cds 99 hp

rpm remarques modifier

rpm remarques texte modifier

  • Remarques:
    1. @ Il y a 7 atc dans 7 blocs à rRNAs courts ou longs et il n’y a qu’un seul gca de ce type. Il y a un 2ème gca mais dans un bloc sans rRNAs. C’est un génome à 16satc23s5s comme Tistrella mobilis KA081020-065 [[14]]. Voir fiche alpha.
    2. @ Il y a 12 blocs à rRNAs courts ou complets et tous ont un intercalaire 23s-5s ou 23s°-5s de 72 ou 71. Les intercalaires avec cds et entre aas
      - Les intercalaires élevés: Ils sont peu nombreux et modérés.
      + Les cds avec les blocs à rRNAs sont en général élevés jusqu’à 600 pbs. Sur les 13 de rpm seulement 4 dépassent 700, 705 828 894 1003.
      + Il y a 3 intercalaires avec les tRNAs supérieurs à 400, 489 648 989. Le génome rpm n’échappe donc pas au comportement des alpha.Voir le tableau des spectres des intercalaires avec les cds. Bien que rpm présente un maximum élevé il affiche un minimum de 3 intercalaires avec les tRNAs, élevés, supérieurs à 400 contre un maximum de 24 pour rpl.
      - Les intercalaires négatifs et petits, voir le tableau des spectres et la liste de ces intercalaires.
      + Dans le tableau des spectres des intercalaires, rpm et aon sont les seuls à présenter une proportion significative de ces intercalaires négatifs avec 6% alors que les 7 autres alpha n’en présentent aucun.
      + Dans la liste de rpm sur 24 intercalaires inférieurs à 51, 7 sont négatifs un nul et un égale à l’unité. Six autres ont des intercalaires positifs inférieurs à 9. Cette liste laisse penser que ce comportement est très lié à l’altération des blocs à rRNAs. Puisque, 16 de ces intercalaires concernent les rRNAs altérés de même que les intercalaires élevés, supérieurs à 400, concernent 12 de ces RNAs.
      + C'est comme si l'altération des blocs à rRNAs se faisait à l'intérieur du bloc et épargnait son extérieur. D'où cette hypothèse que les cds à intercalaires petits ou négatifs collés aux rRNAs altérés seraient des candidats à la création de gènes, petits, hypothétiques et/ou pseudo.
      + Ces intercalaires ne seraient pas dus seulement au changement de brin lors de la recombinaison ou de la conversion, puisque les changements de brin (présentés ici par comp) ne représentent que le tiers, 6 sur 16.
      + Dans ce génome les intercalaires négatifs et petits existent entre 2 cds contigus et un cds et un tRNA (agc).Mais les intercalaires des 5 autres tRNAs sont assez élevés et correspondent à la dissymétrie, constatée chez beaucoup de génomes, entre les 2 cds encadrant un bloc sans rRNAs.
      - Spectre des intercalaires avec les cds: rapportés au total j’ai distingué 4 intervalles de ces intercalaires en pbs, inférieur à 51, de 51-200, de 201-400 et supérieur à 400. A part les génomes à phylogénie étroite, abq abs et rtb rpl, il y a 6 génomes différents.
      + rru et abq sont identiques
      + rpm et oan sont différents avec tous les autres à cause des négatifs et ils sont différents entre eux par l'intervalle 51-200, 0.52 contre 0.36.
      + agr a l'intervalle 201-400 le plus élevé de tous, 0.34 contre 0.15 à 0.28. Et le génome dont il se rapproche le plus, aua, diffère avec lui pour tous les autres intervalles.
      + rtb diffère de tous les autres par un intervalle > 400 élevé qui est de 0.44 contre moins de 0.20 pour tous les autres. En même temps ce génome est très dissymétrique puisqu’il a un intervalle < 51 aussi élevé que rpm et oan, 13 contre 16 et 19 respectivement, alors que les autres tournent autour de 0.05 jusqu’à 0.10 pour aua.
      - Les intercalaires entre tRNAs notés aussi aas, voir la liste entre aas.
      + Pour ces intercalaires, rpm se comporte comme les autres alpha et gamma (spl eco) avec 2 groupes, ceux supérieurs à 80 et pouvant atteindre des maxima élevés jusqu’à 1172 pour spl et 373 pour rpm, et le 2ème groupe ,le plus nombreux, aux intercalaires inférieurs à 81 avec une moyenne proche de 30 (variance inférieure à 20).
      + Le comportement des gamma et alpha est nettement différent de celui des firmicutes (ban lbu cbc) où le 2ème groupe fait à peine 5% du total (5 pour 113) mais avec des maxima aussi élevés que rpm. Le 2ème groupe des alpha dépasse les 50% ( 24 pour 45) et celui des gamma fait 25% ( 31 pour 129).
    3. @ Les blocs à rRNAs:
      - Les clusters de rpm tels qu’ils apparaissent dans la séquence des adresses sont présentés au chapitre rpm blocs construits, tableaux A5b1 et A5b2.
      + A5b1 rassemble 9 16s° solitaires suivis de longs clusters où on peut repérer les blocs d’origine altérés caractérisés par les intercalaires 16s-atc-23s, respectivement de 112 pbs et 216 pbs. Ainsi je suppose qu’il y a 5 blocs d’origine de type 16s-atc-23s-5s et un,isolé, de type 16s-gca-23s-5s. Dans ces grands clusters seul subsiste un seul 5s appartenant au bloc complet et intègre que j’ai nommé b0.
      + A5b2 rassemble 9 23s°5s solitaires et 3 blocs complets et un 5s solitaire. Les 23s°5s sont mis en face des 16s° du tableau A5b1. Les blocs complets contiennent un représentant de 16s, un de 23s et un 5s. Dans cette partie du tableau A5b2 j’ai ajouté le bloc b0 séparé de son cluster pour comparaison. Le bloc analogue au b0 est le bloc b1 qui est isolé et où seul le 16s est altéré. Le bloc b3 de cette partie du tableau apparaît comme un racollage d’un 16s° solitaire et d’un 23s°5s solitaire puisque l’intercalaire 16s°-23s° est négatif, c’est-à-dire qu’il y a recouvrement des 2 morceaux, ce qui ne serait pas le cas s’il y avait une délétion entre le 16s et le 23s d’origine.
      - Le parallélisme et l'égalité en nombres entre les 16s° et les 23s°5s solitaires, ainsi que l'analyse des intercalaires petits et négatifs de la remarque @2 m’ont poussé à reconstruire les blocs d’origines en rapprochant des 16s° solitaires à d’autres 16s° solitaires ou non tous 2 avec leurs cds, selon l’hypothèse que les 2 cds internes résultant font partie de l’altération ou de la délétion du 16s original et du coup ces cds seraient des candidats à la création de gènes nouveaux. Le même procédé et la même hypothèse sont appliqués pour un 23° et un 23s°5s.
      - Cette reconstruction se trouve dans les tableaux A5b3 et A5b4. Ainsi en optimisant les tailles des 16s et 23s reconstruits pour se rapprocher le plus aux tailles de ces rRNAs du bloc intègre b0, j’ai pu construire 11 blocs. J’ai séparé le 16s° du 23s°5s du bloc b3 du tableau A5b2. Il reste cependant un 16s°, un 23s° et un 5s-atgf que je n’ai pas pu réunir car leurs cds sont tous bien caractérisés et ne répondent aux critères des candidats à la création. L’hypothèse de 11 blocs ou 12 blocs à l’origine est tout à fait probable en comparaison des 9 blocs de abq.
      - Je n'ai pas pu faire une reconstruction analogue avec abs malgré la proximité phylogénique de abq car la complémentarité 16s° et 23s°5s n’existe pas comme si l’altération faisait disparaître une partie du rRNA, ceux qui restent indiquant la position des originaux. Cela indiquerait que ce sont 2 processus d’altération différents certainement reliés à la présence des tRNAs intra bloc, atc pour rpm et atc-gca pour abs.
      - Le génome analogue avec que des atc Tistrella mobilis KA081020-065, voir proteobacteria et Tistrella mobilis KA081020-065 [[15]]
    4. @ CRISPR, en relation avec la création des gènes et la conversion?
      Adresse 752603
      /rpt_family="CRISPR"
      /rpt_type=direct
      /rpt_unit_range=752664..752692
      /rpt_unit_seq="gggttcatccctgcgcatgcaggggatac"
    5. @ Les tRNAs rares : liens aux indices de l'ensemble des alpha, de l'ensemble des bacilli et de l'ensemble des gamma
      - Les 11 tRNAs se terminant par g, à part ttg agg tgg atg et tag, sont souvent les premiers absents chez certains génomes bactériens. A ceux-là il faut ajouter ccc et cga: ccc s’expliquerait par complémentarité avec ggg; cga est du au fait que chez les bactéries il y a bascule cgt/cgc et cgg/cga (cgc devenant rare comme pour tous les autres doublets xyt et de même cga par rapport à cgg). Chez les bacilli par exemple ces 13 tRNAs sont très rares alors que chez les alphaproteobacteria sont aussi abondants que les xyc et xya, à part cga est absent dans les 9 génomes étudiés ici.
      - Indices pour 100 génomes des aas les plus faibles, < 80: cgg et ttg soupçonnés ne présentent aucune faiblesse. Par contre je découvre 4 tRNAs présentant une seule faiblesse sur les 4 clades et seul le clade bacilli présente cette faiblesse, ce sont ctc gtc gcc ctg. Est-ce que ce foisonnement de doubles est en relation avec l'étendue des altérations des blocs à rRNAs?
génomes	354	1161	672	4032
clade	alpha	gamma	bacilli	bacteria
				
cga	8.5	13.4	5.4	22
ccc	78	87	5.7	68
				
gtc	101	176	47	110
gcc	94	170	26	103
ctc	110	104	67	95
				
gtg	55	8.4	0.7	33
gcg	55	7.1	7.9	30
gag	50	7.8	15	34
ggg	66	74	17	56
				
ctg	87	256	57	129
ccg	68	63	17	54
cag	62	104	16	59
cgg	101	102	99	83
				
acg	86	73	43	68
aag	74	24	67	60
agg	71	112	66	86
				
ttg	84	105	112	99
tcg	76	85	46	65
  • séquences des doubles: C'est le génome des 9 alpha étudiés qui présente le plus de doubles avec 15 contre 1 ou 2 cluster pour les autres présentant des doubles. En plus, même les tRNAs les plus faibles présentent des doublets, ccg aag cag gtg, et même un triplet gcg.
										
n aas	effectif	total		doubles						
1	30		30								
2	7		14		ccg	aag	gac	cag	gtg	atgi	gaa
3	4		12		gcgx3	cgtx3	accx3	tgc.aacx2			
4	4		16		ttcx4	gccx4	ggcx4	simplesx4			
5	1		5		ctgx5						
total	46		77

rpm listes modifier

rpm intercalaires entre aas modifier
  • Tableau des intercalaires entre aas dans les blocs sans rRNAs
2863300	373	atgi-gca
3710967	214	gaa-gaa
2268549	165	ccg-ccg
2863748	157	gca-aca
3833710	153	ctg-ctg
2863106	117	cca-atgi
  • Comparaison avec les gamma et les firmicutes
clade		génome	< 80	> 80	moyenne	ecartype	maximum
alpha		rpm	26	6	39	16		373
		rru	1	3	-			202
		abq	11	6	-			220
		abs	11	6	-			219
		oan	1	2	-			245
		agr	2	2	-			793
		aua	4	9	-			404
		rtb	2	2	-			1051
		rpl	2	2	-			830
alpha total-rpm		34	32	-			-
alpha sans double	21	24	-			-
bacilli		ban	35	2	14	14		87
bacilli		lbu	46	2	14	12		258
clostridia	cbc	27	1	15	14		306
gama		spl	70	23	39	14		1172
gama		eco	28	8	28	18		209
rpm intercalaires avec les cds modifier 
	cds > 400	
adresse	intercalaire	RNA
435655		512	16s°
46322		553	16s°
840219		568	16s°
22949		586	16s°
1214670		600	16s°
2095539		614	16s°
2091644		705	16s° comp
3729914		828	16s° comp
1814819		894	16s° comp
2393295		1003	16s° comp
		
55304		438	23s°
751747		597	23s°  comp
		
2147496		645	atgf  comp
		
934570		449	cgt  comp
660266		648	gtc  comp
2597728		989	tca
  • Tableau des intercalaires négatifs ou petits avec les cds
	cds < 50	
adresse	intercalaire	RNA ou cds
1814819		-7	16s° comp
46322		0	16s°
2397013		2	16s°
840219		4	16s°
2091644		7	16s°
27892		18	16s° comp
1351013		23	16s°
5276		38	16s° comp
2095539		48	16s°
		
2769507		-12	23s°
13628		-7	23s°
44132		-5	23s°  comp
3409304		1	23s°  comp
691778		4	23s°  comp
4225		30	23s°
		
2894456		25	5s
		
52988		-37	cds
2632925		-41	cds
		
1814819		-30	agc  comp
3035343		8	aaa
3462054		29	agg
2633504		30	aca comp
417656		38	atgj comp
1206595		50	gta


intercalaires	rru	rpm	oan	abs	abq	agr	rtb	rpl	aua
< 2		0	0.06	0.05	0	0	0	0	0	0.01
< 51		0.07	0.16	0.19	0.04	0.06	0.03	0.13	0.14	0.10
51-200		0.53	0.52	0.36	0.55	0.54	0.53	0.29	0.27	0.40
201-400		0.25	0.20	0.28	0.26	0.24	0.34	0.15	0.19	0.30
> 400		0.15	0.11	0.17	0.14	0.17	0.10	0.44	0.40	0.20
total		88	147	107	125	121	97	62	63	80
Aas > 400	7	3	13	6	9	8	24	22	16
max  aas	1389	989	1650	746	688	660	2465	2381	3102

alpha codes modifier

  • Lien tableur: alpha codes
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
    - totaux en en-tête, exemple pour A5c, 25 98 95, 12 somme des tRNAs faibles ccc cga les jaunes et les 3 oranges de la colonne 6; 98 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 95 total du tableau.
    - ata très rare est remplacé par atgi (Ile2)
    - Met comprend atgf (Metf) et atgj (Met) sous la forme atgf/atgj, sauf pour A1c dont il faut les différencier.
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Ac. Code génétique des 9 alpha
A1c. aua Aureimonas sp. AU20
g1    t1    12    55   55
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 2 agc 1
ctc 2 ccc 1 cac 1 cgt 2
gtc 3 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 1 taa tga
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atg 4 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1
A2c. abq Azospirillum brasilense strain Az39
g1    t1    20    88   87
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 8 acc 2 aac 3 agc 1
ctc 2 ccc 1 cac 2 cgt 2
gtc 2 gcc 3 gac 4 ggc 4
tta 1 tca 1 taa tga
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 8 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 2
atg 3/1 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 3 ccg 2 cag 2 cgg 1
gtg 2 gcg 2 gag 2 ggg 1
A9c. abs Azospirillum brasilense strain Sp245
g1    t1    20    85   82
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 4 acc 2 aac 3 agc 1
ctc 2 ccc 1 cac 2 cgt 2
gtc 2 gcc 3 gac 4 ggc 4
tta 1 tca 1 taa tga
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 4 gaa 1 gga 2
ttg 1 tcg 1 tag tgg 2
atg 5/1 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 3 ccg 2 cag 2 cgg 1
gtg 2 gcg 2 gag 2 ggg 1
A3c. oan Ochrobactrum anthropi ATCC 49188
g1    t1    11    61   59
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 4 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 1 taa tga 1
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 4 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atg 5/2 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 0 gag 1 ggg 1
A4c. rru Rhodospirillum rubrum ATCC 11170
g1    t1    12    55   55
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 4 acc 2 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 2 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 4 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atg 3/1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1
A5c. rpm Rhodospirillum photometricum
g1    t1    25    95   95
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat 1 ggt
ttc 4 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 7 acc 3 aac 2 agc 1
ctc 1 ccc 2 cac 2 cgt 3
gtc 2 gcc 4 gac 2 ggc 4
tta 1 tca 1 taa tga
ata 2 aca 2 aaa 4 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 0
gta 1 gca 2 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atg 5/2 acg 1 aag 3 agg 1
ctg 5 ccg 2 cag 2 cgg 1
gtg 2 gcg 3 gag 2 ggg 1
A6c. agr Agrobacterium sp. H13-3
g1    t1    9    58   58
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt 1 cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 5 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 1 taa tga
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 5 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atg 6/1 acg 1 aag 1 agg 0
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 1
A78c. rpl Rickettsia prowazekii et rtb typhi
g1    t1    2    33   33
ttt tct tat tgt
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 0 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata 1 aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 0
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 0 tcg 0 tag tgg 1
atg 1/1 acg 1 aag 0 agg 0
ctg 0 ccg 0 cag 0 cgg 1
gtg 0 gcg 0 gag 0 ggg 0

gamma codes modifier

  • Lien tableur: gamma codes
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
    - totaux en en-tête, exemple pour G1c, 88642 86720, 88642 total de la requête pour tout gamma dans gtRNAdb, 86720 total du tableau.
    - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
  • Liens aux indices de l'ensemble des alpha et de l'ensemble des bacilli
Gc. Code génétique des gammaproteobacteria
G1c. Effectifs
g1    t1    1161    88462 86720
ttt 18 tct 20 tat 15 tgt 2
att 1 act 6 aat 2 agt 0
ctt 11 cct 1 cat 3 cgc 0
gtt 6 gct 0 gat 0 ggt 6
ttc 2075 tcc 1 795 tac 2 687 tgc 1345
atc 3369 acc 1 829 aac 3 679 agc 1256
ctc 1204 ccc 1 012 cac 1 369 cgt 3520
gtc 2046 gcc 1 973 gac 3 421 ggc 4151
tta 1422 tca 1 662 taa 12 tga 762
ata 10 aca 1 666 aaa 4 457 aga 1784
cta 1516 cca 1 671 caa 2 239 cga 156
gta 3798 gca 3 342 gaa 3 829 gga 1347
ttg 1214 tcg 984 tag 32 tgg 1340
atg 7009 acg 845 aag 282 agg 1298
ctg 2977 ccg 729 cag 1208 cgg 1182
gtg 98 gcg 82 gag 90 ggg 855
G2c. gamma indice pour 100 génomes
g1    t1    1161    88462 7469
ttt 1.55 tct 1.72 tat 1.29 tgt 0.17
att 0.09 act 0.52 aat 0.17 agt 0
ctt 0.95 cct 0.09 cat 0.26 cgc 0
gtt 0.52 gct 0 gat 0 ggt 0.52
ttc 179 tcc 155 tac 231 tgc 116
atc 290 acc 158 aac 317 agc 108
ctc 104 ccc 87 cac 118 cgt 303
gtc 176 gcc 170 gac 295 ggc 358
tta 122 tca 143 taa 1.03 tga 66
ata 0.86 aca 143 aaa 384 aga 154
cta 131 cca 144 caa 193 cga 13.4
gta 327 gca 288 gaa 330 gga 116
ttg 105 tcg 85 tag 2.76 tgg 115
atg 604 acg 73 aag 24.3 agg 112
ctg 256 ccg 63 cag 104 cgg 102
gtg 8.4 gcg 7.1 gag 7.8 ggg 74

rpm distribution modifier 

aac2 aag2 acc3 atgj2 cag2 ccg2 cgt3 ctg5 gaa2 gac2 gcc4 gcg3 ggc4 gtg2 ttc4
gca >1 16s
Al3 rpm, Rhodospirillum photometricum DSM 122. alpha.
g1    t1         
atgi 2 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 7 acc 3 aac 2 agc 1
ctc 1 ccc 2 cac 2 cgt 3
gtc 2 gcc 4 gac 2 ggc 4
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 2 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga
gta 1 gca 2 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 5 ccg 2 cag 2 cgg 1
gtg 2 gcg 3 gag 2 ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
rpm 49 30 5 8 92

rpm. Intergen51 modifier

Intergen51. rpm. Le génome modifier

  • rpm Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: rpm, Pararhodospirillum photometricum DSM 122 chromosome DSM 122, NCBI [16], date 12.3.21.
  • rpm La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
rpm	461,433		3,876,289	11.9
rpm données intercalaires modifier
rpm données intercalaires 200 modifier
rpm autres intercalaires aas modifier

Intergen51. rpm. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. rpm les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 rpm les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,838 603 9 2,450 2.6 41 5 46
x 902 46 4 952 0 5 5
t 2,740 649 13 3,402 41 10 51
% 80.5 19.1 0.4
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 65 0 0 65 1.9 tRNA-CDS 100 41
x 35 0 0 35 RNA-RNA 41 17
t 100 0 0 100 CDS-rRNA 10 4
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 92 38
- total 243 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 4.1 3.1 5.3 27.1 6.2 67 0.4 0.0
x 11.8 11.4 34.8 3.1 0.0 22 0.4 0.0

Intergen51. rpm. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  rpm présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rpm
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.287	2.67E-06	-1.61E-03	1.76E-01	30.3	fx1	abscisse	256.4	194.4
0.846	-4.09E-06	3.19E-03	-8.62E-01	92.7	fc1	ordonnée	16.6	20.8
								
0.792	-9.05E-06	6.96E-03	-1.71E+00	150.0	fx41			
0.945	1,86E-06	-1,09E-03	5,46E-02	37.5	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	rpm		calculs			poly3	rpm
effect	1847		R2.21	820		abscis	400
xm	45		pte	8,21		flexa	188
ym	5		cste	3,08		flexo	2,10
x1m	253		r400l	147		xm	45
y1m	1		restp	119,11		sup4	159,3
rfin	41,15		%sd	35,03		sup4t	445,6
bornf	166		lond	208		%	35,8
supd	193,1		%sf	35,88		long	143
supdt	551,2		lonf	121			
xmp	329,72		sf/lf	1,19			
r400	77,96		sr/lr	0,56			
supf	144,1		sd/ld	0,93			
supft	401,7		i.r400	0,53

Intergen51. rpm. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	rpm			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	65		4	4140
 - 2		3	1		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		7	338		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		36	199		1642	8424
total		46	603		2,456	23,544
reste		16	32		264	420
s6		5	0		361	41
s7		4	43		321	1438
s8		11	124		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		2.3	5.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		13.9	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		11.1	21.6		19.5	17.1
s8/sp6		30.6	62.3		42.4	77.5
reste/sp6	44.4	16.1		16.1	5.0
						
total s1-5	10	404		814	15120
% / total						
%s1-5		21.7	67.0		33.1	64.2
%sp6		78.3	33.0		66.9	35.8

Intergen51. rpm. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s			1
16s 23s					5s CDS		4	4
16s tRNA	1			16 CDS		1	
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		5			23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	32			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		41	0		total		5	5
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rpm. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Int51.31 alpha. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs
abq    abs    absp    aua    agrc    pub    rpl    rpm1    rpm2    rpm3
inter aa inter aa inter aa inter aa inter aa inter aa inter aa inter aa inter aa inter aa
206 ccg 109 cac 30 ctg x404 ggc 41 gac 66 atgi x830 gcc 24 atgj 37 gac 29 ttc
** ccg ** cac ** gcc 44 atgf ** gac ** gtc ** gac ** atgj ** gac 34 ttc
60 tac 163 gta 1 acc ** atgf 452 gaa 13 gta x49 caa 25 gtg 34 gga 33 ttc
** gga ** gac 99 gcg 51 cgt ** gaa ** gac ** cgg ** gtg ** tac ** ttc
76 aag 219 aac 35 gac ** cgt 26 gga 52 aac 15 atc 35 cgt 24 aag 27 tgc
** aag ** tgc 1 gtc x161 ttc ** tac ** tgc ** aaa 44 cgt ** aag 31 aac
38 gag 132 gtg ** cag ** acc agrl 46 gga 105 tac ** cgt 165 ccg ** aac
** gag ** gtg 4 aac 128 gtc x793 ggc ** tac ** gga 23 ggc ** ccg 70 gcg
132 gtg 30 gcc ** gac 186 gtc ** atgj rru rtb 45 ggc 70 gcc 33 gcg
** gtg ** ctg abqp ** gtc oan1 202 gcc 15 aaa 29 ggc 69 gcc ** gcg
220 aac 38 gag 29 ctg 140 gaa 146 gaa ** gcc ** atc ** ggc 57 gcc 214 gaa
** tgc ** gag ** gcc ** gaa ** gaa 81 tgc x60 cgg 54 cag ** gcc ** gaa
164 gac 74 aag 4 aac 58 gac 24 tac ** aac ** caa ** cag 117 cca 47 ctg
** gta ** aag ** gac x270 gac ** gga 27 gga x1051 gac 16 acc 373 atgi 153 ctg
109 cac 60 gga 1 acc ** gta 245 gac ** tac ** gcc 18 acc 157 gca 48 ctg
** cac ** tac 99 gcg x173 ccg ** gac 165 acc 95 gga ** acc ** aca 47 ctg
205 ccg 44 gac ** caa ** acc ** tac ** ctg
** ccg 1 gtc 132 ctc
** cag ** ctc
24 gga
** tac
208 ggc
** ggg

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 modifier

rru opérons modifier

  • Lien tableur: rru opérons
  • Liens: gtRNAdb [17], NCBI [18], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Rhodospirillum.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A4. Rhodospirillum rubrum ATCC 11170
64.97%GC 26.12.19 Paris  55   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
chromosome
comp 16232..16852 cds 163 163 207 3'-5' exonuclease
comp 17016..17102 ctg 253 253
17356..18378 cds 341 3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase
 
117072..117287 cds 37 37 72 slyX
comp 117325..117401 agg 341 341
117743..123022 cds 1760 alpha-2-macroglobulin-like protein
 
comp 149921..151015 cds 225 225 365 hp
151241..151317 cgg 136 136
comp 151454..152929 cds 492 chemotaxis sensory transducer protein
 
189941..191668 cds 859 859 576 sulfate transporter/antisigma-factor antagonist
192528..194004 16s 184 1477
194189..194265 atc 66 66
194332..194407 gca 362
194770..197527 23s 119 2758
197647..197761 5s 96 115
197858..197934 atgf 287 287
comp 198222..198455 cds 78 hp
 
comp 305449..306648 cds 257 257 400 Ppx/GppA phosphatase
306906..306979 cag 319 319
comp 307299..308303 cds 335 LacI family transcriptional regulator
 
comp 322896..323807 cds 292 292 304 hp
comp 324100..324174 caa 98 98
comp 324273..325601 cds 443 chemotaxis sensory transducer protein
 
362552..362881 cds 224 224 110 hp
363106..363181 gcc + 202 202
363384..363459 gcc 2 gcc 43 43
comp 363503..364531 cds 343 esterase
 
407067..407606 cds 92 92 180 YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
407699..407790 agc 141 141
407932..408774 cds 281 hp
 
466945..467925 cds 115 115 327 hp
comp 468041..468126 tta 83 83
comp 468210..468458 cds 83 hp
 
comp 559038..559610 cds 86 86 191 OsmC-like protein
559697..559772 aag 140 140
559913..560608 cds 232 hp
 
comp 794877..795188 cds -81 -81 104 hp
comp 795108..795188 Sig-pep 217 217 27 hp
795406..795496 tcc 44 44
795541..795846 cds 102 hp
 
comp 908584..910185 cds -102 -102 534 peptidase M23B
comp 910084..910185 Sig-pep @1 1212 1212 34 hp
911398..912874 16s 182 1477
913057..913133 atc 66 66
913200..913275 gca 361
913637..916394 23s 118 2758
916513..916627 5s 95 115
916723..916799 atgf 573 573
917373..921860 cds 1496 hp
 
1159249..1160091 cds 71 71 281 Linocin_M18 bacteriocin protein
1160163..1160238 gag 117 117
1160356..1160613 cds 86 prevent-host-death protein
 
comp 1464820..1465122 cds 283 283 101 50S ribosomal protein L21
1465406..1465495 tcg 139 139
comp 1465635..1466303 cds 223 cytochrome B561
 
1791953..1792159 cds 116 116 69 hp
comp 1792276..1792351 gaa 131 131
comp 1792483..1792689 cds 69 cold-shock DNA-binding protein family protein
 
1824302..1825738 cds 98 98 479 malonyl-CoA decarboxylase
1825837..1825921 cta 102 102
1826024..1827415 cds 464 trigger factor
 
1833133..1833408 cds 284 284 92 histone-like DNA-binding protein
1833693..1833768 gta 70 70
comp 1833839..1835326 cds 496 methyl-accepting chemotaxis sensory transducer
 
1933506..1934138 cds -633 -633 211 hp
1933506..1933652 Sig-pep 571 571 49 hp
1934224..1934300 cca 63 63
1934364..1934663 cds 12 12 100 ETC complex I subunit region
1934676..1934752 aga 396 396
1935149..1939624 cds 1492 hp
 
1959133..1959858 cds 175 175 242 MerR family transcriptional regulator
1960034..1960110 ccc @2 1062 1062
1961173..1961367 cds 65 hp
 
comp 1996760..1998124 cds -120 -120 455 lytic murein transglycosylase
comp 1998005..1998124 Sig-pep 119 119 40 hp
1998244..1998333 tca 927 927
comp 1999261..1999929 cds 223 hp
 
2032027..2032863 cds 123 123 279 phage integrase
comp 2032987..2033062 aaa 186 186
comp 2033249..2033755 cds 169 peptidyl-prolyl isomerase
 
comp 2093327..2093977 cds 295 295 217 protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase
2094273..2094346 tgc 81 81
2094428..2094502 aac 150 150
2094653..2094916 cds 88 prevent-host-death protein
 
comp 2304404..2305834 cds 89 89 477 divalent cation transporter
comp 2305924..2306010 ctc 178 178
2306189..2306839 cds 217 lipoate-protein ligase B
 
2331183..2331521 cds 73 73 113 hp
2331595..2331671 atgj 126 126
comp 2331798..2332040 cds 81 hp
 
comp 2411337..2411804 cds -72 -72 156 CreA
comp 2411733..2411804 Sig-pep 202 202 24 hp
comp 2412007..2412083 cac 75 75
comp 2412159..2413343 cds 395 hp
 
2729598..2731271 cds 449 449 558 macrocin-O-methyltransferase
comp 2731721..2731797 atgf 95
comp 2731893..2732007 5s 119 115
comp 2732127..2734884 23s 362 2758
comp 2735247..2735322 gca 66 66
comp 2735389..2735465 atc 184
comp 2735650..2737126 16s 606 606 1477
comp 2737733..2738110 cds 126 hp
 
comp 2959802..2961874 cds 354 354 691 chemotaxis sensory transducer protein
comp 2962229..2962303 gtc 123 123
2962427..2963359 cds 311 N-formylglutamate amidohydrolase
 
comp 3124836..3125033 cds 151 151 66 preprotein translocase subunit SecE
comp 3125185..3125260 tgg 343 343
comp 3125604..3126794 cds 93 93 397 elongation factor Tu
comp 3126888..3126961 gga 27 27
comp 3126989..3127074 tac 37 37
3127112..3128158 cds 57 57 349 23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3128216..3128291 aca 127 127
3128419..3128652 cds 78 hp
 
comp 3193350..3194507 cds 430 430 386 acyltransferase
comp 3194938..3195013 ttc 103 103
comp 3195117..3195635 cds 173 hp
 
3320745..3322115 cds -1371 -1371 457 virulence protein
3320745..3320816 Sig-pep 1389 1389 24 hp
comp 3322206..3322281 atgi 60 60
comp 3322342..3324432 cds 697 RNA polymerase sigma factor RpoD
 
comp 3377932..3378114 cds 140 140 61 hp
3378255..3378329 acc + 165 165
3378495..3378569 acc 2 acc 237 237
3378807..3379370 cds 234 234 188 hp
3379605..3379681 gac 77 77
comp 3379759..3380517 cds 253 diguanylate phosphodiesterase
 
comp 3399207..3399494 cds 262 262 96 hp
comp 3399757..3399833 ccg 56 56
comp 3399890..3400972 cds 361 farnesyltranstransferase
 
3490378..3491148 cds 84 84 257 2-phosphoglycolate phosphatase
3491233..3491307 gtg 407 407
3491715..3492080 cds 122 hp
 
comp 3719367..3719753 cds 163 163 129 hp
comp 3719917..3719990 ggg 95 95
comp 3720086..3720859 cds 258 enoyl-ACP reductase
 
3805869..3806813 cds 130 130 315 inner-membrane translocator
comp 3806944..3807058 5s 116 115
comp 3807175..3809932 23s 362 2758
comp 3810295..3810370 gca 66 66
comp 3810437..3810513 atc 184
comp 3810698..3812174 16s 1227 1227 1477
3813402..3814118 cds 239 transposase
 
comp 3824154..3825854 cds 76 76 567 phage integrase
comp 3825931..3826007 cgt 387 387
3826395..3827531 cds 379 hp
 
4021982..4023163 cds 27 27 394 diguanylate phosphodiesterase
comp 4023191..4023277 ttg 224 224
4023502..4023855 cds 118 hp
 
comp 4058818..4059117 cds 187 187 100 hp
4059305..4059380 gcg 179 179
comp 4059560..4060126 cds 189 hp
 
comp 4105626..4107317 cds -114 -114 564 chemotaxis sensory transducer
comp 4107204..4107317 Sig-pep 721 721 38 hp
comp 4108039..4108113 acg 148 148
4108262..4108843 cds 194 D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase
 
comp 4261100..4262038 cds 269 269 313 thioredoxin-like protein
4262308..4262382 ggc 118 118
4262501..4263136 cds 212 lysine exporter protein LysE/YggA

rru cumuls modifier

cumuls. rru.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 1 7 1 100 23 1 0
16atcgca235 1 20 50 6 40 200 17 30 3
Id-atgf 3 40 1 100 19 80 300 16 60 4
- 60 150 20 120 400 17 90 12
max a 3 80 4 200 8 160 500 8 120 10
a doubles 0 100 1 250 7 200 600 5 150 3
spéciaux 0 120 300 9 240 700 2 180 4
total aas 11 140 350 3 280 800 0 210 5
sans opérons 40 160 400 3 320 900 0 240 8
1 aa 36 180 1 450 3 360 1000 0 270 4
max a 2 200 500 0 400 1100 0 300 3
a doubles 2 1 10 3 35
total aas 44 4 4 95 0 91 91
total aas 55
remarques
avec jaune moyenne 119 66 208 292
variance 79 0 333 187
sans jaune moyenne 148 237 140
variance 83 132 69

rru blocs modifier

  • Lien tableur: rru blocs
  • Légende:
    sulfate sulfate transporter/antisigma-factor antagonist
    inner   inner-membrane translocator
    macrocin macrocin-O-methyltransferase
    peptidase peptidase M23B
    hp    Hypothetical protein
A4. rru, blocs à rRNA.
cds 859 576 sulfate cds 606 126 hp
16s 184 1477 16s 184 1477
atc 66 atc 66
gca 362 gca 362
23s 119 2758 23s 119 2758
5s 96 115 5s 95 115
atgf 287 atgf 449
cds 78 hp cds 558 macrocin
 
cds -102 534 peptidase
Sig-pep 1212 34 hp cds 1227 239 transposase
16s 182 1477 16s 184 1477
atc 66 atc 66
gca 361 gca 362
23s 118 2758 23s 116 2758
5s 95 115 5s 130 115
atgf 573 cds 315 inner
cds 1496 hp

rru remarques modifier

  • Remarques: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires élevés sont rares.
    1. @ Les intercalaires élevés
      - il n’y a pas d’aas isolés et les mineurs des blocs à rRNAs sont normaux pour ces blocs, inférieurs à 573.
      - Pour les aas il n’y a que 5 intercalaires élevés entre 571-1389, et 2 dépassant à peine 400 pbs.
      - Pour les blocs à rRNAs il n’y a que 3 intercalaires franchement élevés, 1227 1212 859.
    2. @ Sig-pep, signal peptide.
      - Il y a 580 sig-peptide dans ce génome. Dans le tableau des opérons ce sont de petites séquences peptidiques de moins de 30 aas placsés au début du cds. D’où l’intercalaire négatif.
      - Dans le tableau sur les 7 seg-pep, 4 sont associés à des intercalaires élevés (voir tableau ci-dessous) et 3 à des intercalaires inférieurs à 219 pbs.
  • Note: Les 4 blocs à rRNAs sont tous complets ayant atcgca en interne dont 3 ont atgf qui suit 5s. Aucun bloc ne contient un cds en interne.
  • Séquences des doubles: Sur 40 blocs sans rRNAs seulement 4 ont 2 aas dont 2 ont un doublet, gcc et acc.
  • Tableau des intercalaires
16s			aas			Sig-pep
adresse	intercalaire	adresse	intercalaire	intercalaire
911398	1212-573	atgi	3322206	1389	1389
2735650	606-449		ccc	1960034	1062	1212
3810698	1227-130	tca	1998244	927	721
192528	859-257		acg	4108039	721	571
			cca	1934224	571	3 <219
			ttc	3194938	430	
			gtg	3491233	407

rru distribution modifier

Al4 rru, Rhodospirillum rubrum ATCC 11170. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 4 acc 2 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 2 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 4 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
rru 8 36 3 8 55

rru. Intergen51 modifier

Intergen51. rru. Le génome modifier

  • rru Le prélèvement: Acbn
  • Le nom et le lien NCBI: rru, Rhodospirillum rubrum ATCC 11170, NCBI [19], date 10.03.20.
  • rru La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
rru	461,427		4,352,825	10.6
rru données intercalaires modifier
rru données intercalaires 200 modifier
rru autres intercalaires aas modifier

Intergen51. rru. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. rru les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 rru les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 2,124 609 12 2,745 2.6 23 2 25
x 966 74 1 1,041 0 3 3
t 3,090 683 13 3,786 23 5 28
% 81.6 18.0 0.3
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 48 0 0 48 1.4 tRNA-CDS 83 52
x 35 0 0 35 RNA-RNA 23 14
t 83 0 0 83 CDS-rRNA 5 3
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 49 31
- total 160 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.3 10.4 1.8 25.7 2.1 78 0.4 0.0
x 9.3 2.9 12.2 15.2 2.9 38 0.1 0.0

Intergen51. rru. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  rru présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	rru
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.814	-1.20E-06	8.00E-04	-2.40E-01	47.80	fx1	abscisse	268.5	152.0	
0.876	-3.23E-06	2.65E-03	-7.77E-01	90.9	fc1	ordonnée	17.1	27,6
								
0.831	9.36E-07	-7.54E-04	9.93E-02	26.7	fx41	
0.957	1,32E-06	-6,01E-04	-8,58E-02	49.9	fc31
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	rru		calculs			poly3	rru
effect	2136		R2.21	792		abscis	400
xm	35		pte	14,01		flexa	140
ym	8		cste	4,24		flexo	2,88
x1m	231		r400l	169		xm	35
y1m	1		restp	131,09		sup4	116,6
rfin	32,77		%sd	26,84		sup4t	402,6
bornf	106		lond	196		%	29,0
supd	158,2		%sf	26,00		long	105
supdt	589,4		lonf	71			
xmp	279,49		sf/lf	1,09			
r400	98,31		sr/lr	0,64			
supf	77,7		sd/ld	0,81			
supft	298,7		i.r400	0,58

Intergen51. rru. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	rru			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	81		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		27	394		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		46	134		1642	8424
total		74	609		2,456	23,544
reste		9	11		264	420
s6		6	0		361	41
s7		10	26		321	1438
s8		21	97		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		27	4.9		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		13.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		21.7	19.4		19.5	17.1
s8/sp6		45.7	72.4		42.4	77.5
reste/sp6	19.6	8.2		16.1	5.0
						
total s1-5	28	475		814	15120
% / total						
%s1-5		37.8	78.0		33.1	64.2
%sp6		62.2	22.0		66.9	35.8

Intergen51. rru. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		2	2
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA	4			16 CDS			
tRNA 23s	4			CDS 5s			
5s tRNA		3			23s CDS			
tRNA in		4			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	4			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		23	0		total		2	3
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. rru. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

rru intercalaires entre cds modifier

  • Rhodospirillum rubrum ATCC 11170, 10.3.2020, NCBI [20]
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

rru intercalaires positifs S+ modifier

rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
rru Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 -13 90 -272 53 818 231 min50 -34 275 -804 94 878 270 min40
31 à 400 12 -97 135 28 833 269 2 parties 13 -61 -91 52 957 156 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 103 46 - 798 dte 20 Sf 181 62 - 739 poly 139 SF
31 à 400 86 41 - 797 dte 36 tf 137 50 - 916 dte 41 tf
  • Légende du tableau corrélations et fréquences faibles
rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
spl min10 1071 2215 3286 884 735 784 49 -353 -202 172
rru min40 874 2056 2930 829 193 611 418 722 792 861
mja min30 406 1047 1453 776 326 571 245 844 857 881
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
37 270 0.14 1313 2900 1 6 9 143 69 683 -342
169 266 0.64 1037 2749 1 4 71 222 175 630 17
239 405 0.59 495 1234 20 9 113 132 113 474 502
  • Diagrammes 400:  rru ade,   diagramme 1-40: c+ rru   c+ ade   x+ rru   x+ ade   total,   texte: ade.
  • Résumé: Ici je ne compare que les 2 génomes rru et ade en sachant que pmg est semblable à ade. Car rru et ade se ressemblent beaucoup avec des effectif des diagrammes 400 presque égaux, 2930 contre 3471, et un rapport des fréquences faibles c+/x+ aussi presque égaux, 0.64 contre 0.66. Par contre les corrélations à 41-250 sont très différentes, 611 contre 758.
    - La forme des courbes 400: Les 4 courbes de rru sont identiques une à une aux 4 courbes de ade, seules les forces des courbes tildes 31-400 diffèrent, elles sont fortes pour ade, tF, et faibles pour rru, tf.
    • Les 2 courbes, c+ 1-400 rru ade, sont SF avec R2’ 139 232.
    • Les 2 courbes, x+ 1-400 rru ade, sont Sf avec R2’ 20 39.
    • Les 2 courbes rru 31-400 sont tf avec R2’ x+ à 31 et c+ à 41. Les courbes sont presque des droites mais toujours avec des renflements en 1ère partie.
    • Les 2 courbes ade 31-400 sont tF avec R2’ x+ à 67 et c+ à 103 avec 2 parties nettes.
    • Les points d’inflexion sont compris entre 230 et 271 sauf pour rru c+ 31-400 avec 156 et ade c+ 31-400 avec -507.
    - Les corrélations des courbes 400: C’est la différence la plus importante entre les 2 génômes.
    • Chez ade la corrélation 41-250, de 758 chute à 624 pour 41-200 avec une différence de 134. Et rru en parallèle passe de 611 à 193 avec une différence de 418.
    • Les 3 corrélations 1-n de ade tournent autour de 900 alors que celles de rru sont plutôt négatives -353 -202 172.
    - Les fréquences faibles 1-30:
    • Elles sont du même ordre de grandeur et dans le même rapport x+/c+: 169/266 pour rru et 221/335 pour ade, donnant les rapports respectifs 0.66 0.64.
    • Elles sont réparties sur les 3 fréquences 10 20 30 dans les 2 génomes.
    • Les minima des fréquences faibles: elles sont bien prononcées mais plus chez ade que chez rru.
    • Les fréquences des zéros sont faibles mais plus élevées chez ade avec 14‰ que chez rr avec 5‰.
    • Les fréquences négatives sont réparties entre x- et c- de la même façon chez les 2 génômes: 72/234 pour ade et 71/222 pour rru
    - La forme des courbes 1-40:
    • La courbe c+1-40: avec un effectif élevé de 876 pour ade contre 630 pour rru, les 2 courbes sont très proches de la courbe du total. Cependant les sommets à 2 et 10 de rru sont déplacés à 4 et 12 chez ade.
    • La courbe x+1-40: Les 2 courbes diffèrent du modèle c+ 1-40 et entre elles:
    • + La courbe de rru, avec un effectif de 175, n’a pas le maximum à la fréquence 2 du modèle par contre elle a le minimum à 6 et la bosse à 10 comme lui. La bosse du 10 est suivie par un plateau et non par une pente comme le modèle.
    • + La courbe de ade, avec un effectif de 304, a le maximum à la fréquence 3 du modèle par contre le minimum à 6 devient une bosse et la bosse du 11 est un creux profond. La bosse du 11 du modèle est remplacée par une forte bosse à 17.
    - Les corrélations des courbes 1-40:
    • La corrélation x+/c+ de rru à 17 est quasiment nulle et va de pair avec les coorélations négatives des courbes 400 des 3 plages de fréquences 1-n.
    • La corrélation x+/c+ de ade à 459 est moyenne et va de pair avec les coorélations élevées des courbes 400 des 3 plages de fréquences 1-n.

rru autres intercalaires modifier

  • Lien tableur: rru autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux: 11 regulatory 2 ncRNA 1 tmRNA 11 repeat_region
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	160
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
50	38		23			28	20		159	1 ac+
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 modifier

oan opérons modifier

  • Lien tableur: oan opérons
  • Liens: gtRNAdb [21], NCBI [22], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Brucellaceae; Ochrobactrum.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A3. Ochrobactrum anthropi ATCC 49188
56.1%GC 27.12.19 Paris  61   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
chromosom1
34057..34446 cds 224 224 130 TIGR02300 family protein
34671..34746 gcc @1 -40 -40
34707..35480 cds 258 glutathione S-transferase family protein
 
223549..224394 cds 164 164 282 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ
224559..224635 ccg 109 109
comp 224745..225806 cds 354 site-specific integrase
 
comp 337757..338197 cds 158 158 147 DMT family transporter
comp 338356..338431 ttc 171 171
comp 338603..338818 cds 72 DNA gyrase inhibitor YacG
 
comp 344419..344598 cds 147 147 60 hp
344746..344820 acc 397 397
345218..346030 cds 271 DUF2189 domain-containing protein
 
comp 351922..353328 cds 167 167 469 deoxyribodipyrimidine photo-lyase
comp 353496..353572 cgt 159 159
comp 353732..355285 cds 518 HAMP domain-containing histidine kinase
 
comp 725472..726479 cds 219 219 336 glycosyltransferase family 4 protein
726699..726773 caa 61 61
comp 726835..727413 cds 193 hp
 
comp 934613..934987 cds 333 333 125 transposase
comp 935321..935397 agg 114 114
comp 935512..936675 cds 388 amidohydrolase
 
1049919..1051202 cds 24 24 428 cystathionine gamma-synthase family protein
comp 1051227..1051311 ttg @2 593 593
comp 1051905..1053539 cds 545 phosphoethanolamine transferase
 
comp 1081066..1083021 cds 998 998 652 M23 family metallopeptidase
1084020..1085508 16s 268 1489
1085777..1085853 atc 11 11
1085865..1085940 gca 39 39
>comp 1085980..1086168 cds @3 38 38 63 P-hp
1086207..1089125 23s 186 2919
1089312..1089426 5s 54 115
1089481..1089557 atgf 363 363
1089921..1090091 cds 57 LysR family transcriptional regulator
 
1096454..1096912 cds 7 7 153 hp
comp 1096920..1097009 tcg 352 352
1097362..1097751 cds 130 50S ribosomal protein L21
 
1311344..1311823 cds 211 211 160 hp
1312035..1312109 gag 88 88
1312198..1312467 cds 90 hp
 
1344750..1345565 cds 677 677 272 IclR family transcriptional regulator
1346243..1347731 16s 268 1489
1348000..1348076 atc 11 11
1348088..1348163 gca 39 39
>comp 1348203..1348391 cds 38 38 63 P-hp
1348430..1351348 23s 186 2919
1351535..1351649 5s 54 115
1351704..1351780 atgf 360 360
1352141..1353082 cds 314 LysR family transcriptional regulator
 
1354558..1355604 cds 85 85 349 polysaccharide deacetylase family protein
comp 1355690..1355764 ggc 136 136
comp 1355901..1357280 cds 460 MFS transporter
 
comp 1386666..1387982 cds 819 819 439 hp
comp 1388802..1388891 tcc 374 374
1389266..1389589 cds 108 hp
 
comp 1405236..1405859 cds 139 139 208 5,6-dimethylbenzimidazole synthase
comp 1405999..1406085 ctg 146 146
comp 1406232..1406852 cds 207 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
 
comp 1604615..1604854 cds 26 26 80 hp
comp 1604881..1604958 atgj 10 10
comp 1604969..1605214 cds 82 hp
 
1639492..1640289 cds -44 -44 266 hp
comp 1640246..1640322 atgj 55 55
1640378..1640572 cds 65 hp
 
comp 1778816..1779571 cds 385 385 252 SIMPL domain-containing protein
1779957..1780033 atgi 265 265
1780299..1780844 cds 182 sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
 
> 1945985..1946374 cds 721 721 130 P-hp
comp 1947096..1947171 aag -38 -38
comp 1947134..1947319 cds 62 hp
 
comp 2014813..2015097 cds 103 103 95 DUF2218 domain-containing protein
comp 2015201..2015275 gaa + 146 146
comp 2015422..2015496 gaa 2 gaa 200 200
comp 2015697..2016962 cds 422 DUF882 domain-containing protein
 
comp 2040234..2040453 cds 91 91 73 hp
2040545..2040629 tac 24 24
2040654..2040727 gga 6 6
comp 2040734..2040916 cds -50 -50 61 hp
2040867..2042042 cds 65 65 392 elongation factor Tu
2042108..2042183 tgg 420 420
2042604..2042804 cds 67 preprotein translocase subunit SecE
 
2168416..2168658 cds 28 28 81 PepSY domain-containing protein
comp 2168687..2168760 ggg 289 289
2169050..2169946 cds 299 lipid kinase
 
comp 2244184..2245050 cds 112 112 289 mechanosensitive ion channel
comp 2245163..2245248 tta 200 200
2245449..2246705 cds 419 threonine ammonia-lyase IlvA
 
2267888..2268835 cds 305 305 316 patatin family protein
2269141..2269225 ctc 66 66
comp 2269292..2270185 cds 298 tyrosine-type recombinase/integrase
 
2332394..2333530 cds 393 393 379 glycosyltransferase family 2 protein
comp 2333924..2334000 cgg 169 169
comp 2334170..2335792 cds 541 ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein
 
comp 2339396..2340514 cds 1650 1650 373 porin
comp 2342165..2342239 gtg 178 178
comp 2342418..2344424 cds 669 murein L,D-transpeptidase
 
comp 2369668..2370441 cds 152 152 258 NAD kinase
2370594..2370669 aca 987 987
comp 2371657..2372076 cds 140 SUF system Fe-S cluster assembly protein
 
comp 2442729..2443145 cds 299 299 139 hp
comp 2443445..2443519 atgf 70 70
<comp 2443590..2443799 cds 70 helix-turn-helix domain-containing protein
 
comp 2449947..2451311 cds 156 156 455 tyrosine-type recombinase/integrase
comp 2451468..2451550 cta 236 236
comp 2451787..2452356 cds 190 hp
 
comp 2548914..2550098 cds 513 513 395 alpha/beta hydrolase
comp 2550612..2550688 gac + 245 245
comp 2550934..2551010 gac 2 gac 328 328
2551339..2551956 cds 206 TetR/AcrR family transcriptional regulator
 
2604616..2605908 cds 824 824 431 FAD-binding oxidoreductase
comp 2606733..2606808 gta 264 264
comp 2607073..2607996 cds 308 sugar kinase
 
2641040..2641360 cds 97 97 107 YnfA family protein
2641458..2641534 ccc 94 94
2641629..2642357 cds 243 SDR family oxidoreductase
 
2696299..2697183 cds 54 54 295 transcriptional regulator GcvA
comp 2697238..2697314 aga 123 123
comp 2697438..2697743 cds 156 156 102 ETC complex I subunit
comp 2697900..2697976 cca 186 186
2698163..2698309 cds 49 hp
 
comp 2771579..2772697 cds 584 584 373 porin
2773282..2773372 agc 203 203
2773576..2774643 cds 356 porin
chromosom2
149537..151504 cds 355 355 656 selenocysteine-specific translation elongation factor
151860..151955 tga 14 14
comp 151970..152605 cds 212 lipase
 
comp 298403..299422 cds 300 300 340 TerC family protein
comp 299723..299796 cag 361 361
comp 300158..300460 cds 101 DUF1127 domain-containing protein
 
455428..456111 cds 713 713 228 FkbM family methyltransferase
456825..458313 16s 268 1489
458582..458658 atc 11 11
458670..458745 gca 39 39
>comp 458785..458973 cds 38 38 63 P-hp
459012..461930 23s 186 2919
462117..462231 5s 54 115
462286..462362 atgf -44 -44
comp 462319..463974 cds 552 recombinase family protein
 
comp 572059..572721 cds 545 545 221 response regulator transcription factor
comp 573267..573357 other @4 620 620
comp 573978..575285 cds 436 SidA/IucD/PvdA family monooxygenase
 
comp 611464..611742 cds 88 88 93 hp
comp 611831..611905 ggc 387 387
612293..612814 cds 174 prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
 
991265..991999 cds 217 217 245 alpha/beta hydrolase
comp 992217..992306 tca 323 323
992630..992884 cds 85 DUF2171 domain-containing protein
 
comp 1031528..1032946 cds 607 607 473 PepSY domain-containing protein
comp 1033554..1033629 aaa 327 327
1033957..1035651 cds 565 membrane protein
 
1067405..1068742 cds 131 131 446 DNA polymerase IV
1068874..1068947 tgc 739 739
1069687..1069905 cds 73 hp
 
1081639..1082031 cds 103 103 131 hp
comp 1082135..1082209 aac 168 168
1082378..1082653 cds 92 hp
 
comp 1333375..1333587 cds 209 209 71 hp
comp 1333797..1333873 cac 352 352
1334226..1337393 cds 1056 PAS domain S-box protein
 
1473437..1474405 cds 269 269 323 nitronate monooxygenase
1474675..1474750 acg 156 156
>comp 1474907..1475239 cds 111 DNA adenine methylase
 
comp 1597496..1597666 cds 363 363 57 LysR family transcriptional regulator
comp 1598030..1598106 atgf 54
comp 1598161..1598275 5s 186 115
comp 1598462..1601380 23s 38 38 2919
< 1601419..1601607 cds 39 39 63 P-hp
comp 1601647..1601722 gca 11 11
comp 1601734..1601810 atc 268
comp 1602079..1603567 16s 743 743 1489
1604311..1605192 cds 294 ATPase
 
1720169..1720531 cds 113 113 121 response regulator
1720645..1720719 gtc 465 465
1721185..1721838 cds 218 protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase

oan cumuls modifier

cumuls. oan.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 4 1 5 1 100 25 1 0
16atcgca-cds 4 20 50 15 40 200 20 30 0
- 40 1 100 12 80 300 21 60 4
- 60 150 12 120 400 15 90 18
max a 3 80 200 15 160 500 11 120 8
a doubles 0 100 250 7 200 600 5 150 9
spéciaux 0 120 300 6 240 700 3 180 3
total aas 12 140 350 5 280 800 0 210 6
sans opérons 45 160 1 400 12 320 900 0 240 4
1 aa 42 180 450 1 360 1000 0 270 6
max a 2 200 500 1 400 1100 1 300 8
a doubles 2 1 16 0 35
total aas 48 3 4 107 0 101 101
total aas 60
remarques 4
avec jaune moyenne 138 11 258 256
variance 111 0 268 180
sans jaune moyenne 174 218 150
variance 117 132 81

oan tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de oan opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
oan	53			56			31			78
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
-44	55		224	-40		26	10		55	-44
7	352		721	-38		55	-44		224	-40
24	593		91	6		91	6		721	-38
26	10		26	10		97	94		91	6
28	289		355	14		123	54		352	7
54	123		-44	55		136	85		26	10
65	420		219	61		146	139		355	14
85	136		305	66		164	109		593	24
88	387		299	70		167	159		289	28
91	6		211	88		168	103		123	54
97	94		97	94		171	158		219	61
103	200		164	109		186	156		420	65
103	168		333	114		200	103		305	66
112	200		54	123		200	112		299	70
113	465		85	136		211	88		136	85
131	739		139	146		219	61		211	88
139	146		269	156		224	-40		387	88
147	397		167	159		236	156		97	94
152	987		103	168		269	156		168	103
156	236		393	169		289	28		200	103
156	186		158	171		299	70		164	109
158	171		1650	178		305	66		200	112
164	109		156	186		323	217		465	113
167	159		103	200		333	114		333	114
209	352		112	200		352	7		739	131
211	88		584	203		352	209		146	139
217	323		156	236		355	14		397	147
219	61		824	264		361	300		987	152
224	-40		385	265		385	265		269	156
269	156		28	289		387	88		186	156
299	70		217	323		393	169		236	156
300	361		607	327		397	147		171	158
305	66		513	328		420	65		167	159
333	114		7	352		465	113		393	169
355	14		209	352		513	328		1650	178
385	265		300	361		584	203		584	203
393	169		819	374		593	24		352	209
513	328		88	387		607	327		323	217
545	620		147	397		620	545		824	264
584	203		65	420		721	-38		385	265
607	327		113	465		739	131		361	300
721	-38		24	593		819	374		607	327
819	374		545	620		824	264		513	328
824	264		131	739		987	152		819	374
1650	178		152	987		1650	178		620	545
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
oan	4,900		90	3	46	22	11	8	23	23	14	32
‰				33	511	244	122	89	511	511	311	711

oan blocs modifier

  • Lien tableur: oan blocs
  • Légende:
    p-hp   pseudo hypothetical protein
A3. oan, blocs à rRNA.
Constantes
cds intercal cdsa
16s 268 1489
atc 11
gca 39
cds 38 63 p-hp
23s 186 2919
5s 54 115
atgf
cds
Variations
bloc 16s intercal cdsa
1084020..1085508 998 652 M23 family metallopeptidase
363 57 LysR family transcriptional regulator
 
1346243..1347731 677 272 IclR family transcriptional regulator
360 314 LysR family transcriptional regulator
 
456825..458313 713 228 FkbM family methyltransferase
-44 552 recombinase family protein
 
1602079..1603567 743 294 ATPase
363 57 LysR family transcriptional regulator
  • Détails: tous les blocs sont identiques avec comp' pour le cds du mileieu (jaune). Comp' pour sens direct quand les autres sont complement et complement quand les autres sont directs. Trois cds externes sont comp' aussi. Les intercalaires entourant ces cds sont en gras et primés.
A3. oan, blocs à rRNA.
cds 743’ 713 677 998’
16s 268 268 268 268
atc 11 11 11 11
gca 39’ 39’ 39’ 39’
cds 38’ 38’ 38’ 38’
23s 186 186 186 186
5s 54 54 54 54
atgf 363 -44' 360 363
cds

oan remarques modifier

  • Remarques: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires très élevés existent, 3 contre 10, 987 988 1650. Ce génome est analogue à agr pour les cds internes aux blocs à RNAs.
    1. @ Des intercalaires négatifs avec les cds, 5, de -40 à -50 même dans un bloc à rRNAs, -44.
    2. @ Les intercalaires avec les cds élevés supérieurs à 500, 16 dont 4 pour les blocs. Voir le tableau des intercalaires ci-dessous .
      - Par rapport à agr analogue de ce génome, il y a nettement plus d’intercalaires élevés. Sur 45 blocs à aas il y a 12 intercalaires supérieurs à 500, contre 6 pour 38 aas chez agr.
      - Un seul cas où les 2 intercailaires d’un cluster sont supérieurs à 500, other, voir @4 ici.
      - Tous les 11 autres paires sont très assymétriques.
      - 2 intercalaires sur 3 entre aas sont du même ordre que la moyenne de ceux des cds sans jaune, 245 et 146 contre 174 pour la moyenne de ceux des cds.
    3. @ Les blocs à rRNAs sont identiques et ne diffèrent que par l’intercalaire du cds.
      - Le cds intra blocs est une pseudo protéine hypothétique, de faible taille, 63aas.
      - Ses intercalaires avec gca et 23s sont quasi identiques, très faibles et se situent dans la 1ère gamme des intercalaires cds.
    4. @ other, cela doit être un tRNA incomplet comme ceux des mitochondries
  • Note: les cds intra bloc à rRNAs. Les 4 blocs sont identiques. Cela veut dire que le cds interne est bien du au processus de la création des blocs. Le fait que le cds soit un pseudo renforce encore l’hypothèse de la création de ce cds par le processus de création ou de conversion. Voir remarque @2 de agr remarques.
  • Note du 3.10.20: le contrôle des 4 cds montre qu'ils sont absents au 31.7.20, date du NCBI.
  • Séquences des doubles, quasiment pas de doubles, 42 solitaires sur 45 opérons et 2 doubles seulement, gac et gaa.
  • Tableau des intercalaires
						
Intercalaires élevés		Intercalaires moyens	
pbs	adresse	RNA		pbs	adresse	tRNA
1650	2342165	gtg		465	1720645	gtc
987	2370594	aca		420	2042108	tgg
824	2606733	gta		397	344746	acc
819	1096920	tcg		387	611831	ggc
739	1068874	tgc		385	1779957	atgi
721	1947096	aag		363	1089481	atgf
620	573267	other isolé	363	1598030	atgf
607	1033554	aaa		352	1333797	cac
593	1051227	ttg		333	935321	agg
584	2773282	agc		323	992217	tca
513	2550612	gac		305	2269141	ctc
						
998	1084020	16s				
743	1602079	16s				
713	456825	16s				
677	1346243	16s

oan distribution modifier

Al5 oan, Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 . alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 4 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 1 taa tga 1
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 4 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 2 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg gag 1 ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
oan 6 41 4 8 59

oan1. Intergen51 modifier

Intergen51. oan1. Le génome modifier

  • oan1 Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: oan1, Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 1, NCBI [23], date 1.8.21.
  • oan1 La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
oan1	364,228		2,887,297	12.6
oan1 données intercalaires modifier
oan1 données intercalaires 200 modifier
oan1 autres intercalaires aas modifier

Intergen51. oan1. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. oan1 les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 oan1 les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,508 402 9 1,919 2.3 13 1 14
x 759 55 12 826 0 1 1
t 2,267 457 21 2,745 13 2 15
% 82.6 16.6 0.8
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 44 0 0 44 1.7 tRNA-CDS 70 67
x 25 1 0 26 RNA-RNA 13 12
t 69 1 0 70 CDS-rRNA 2 2
% 98.6 1.4 0.0 non RNA 20 19
- total 105 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 4.6 11.4 1.0 27.4 4.5 77 0.5 0.0
x 9.1 19.2 5.5 11.3 11.5 42 1.5 0.0

Intergen51. oan1. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  oan1 présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	oan1
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.686	-3.12E-08	8.32E-05	-1.21E-01	43.0	fx1	abscisse	269.0	188.1
0.707	-5.22E-06	3.95E-03	-9.93E-01	96.4	fc1	ordonnée	16.4	21.0
								
0.758	-1.45E-06	1.17E-03	-3.74E-01	60.6	fx41			
0.901	1.59E-06	-8.98E-04	3.01E-02	36.5	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	oan1		calculs			poly3	oan1
effect	1517		R2.21	779		abscis	400
xm	45		pte	7,98		flexa	184
ym	4		cste	3,00		flexo	2,09
x1m	250		r400l	150		xm	45
y1m	1		restp	154,25		sup4	155,7
rfin	46,14		%sd	36,50		sup4t	418,6
bornf	155		lond	205		%	37,2
supd	189,6		%sf	36,48		long	139
supdt	519,4		lonf	110			
xmp	326,30		sf/lf	1,17			
r400	108,11		sr/lr	0,64			
supf	128,4		sd/ld	0,92			
supft	352,0		i.r400	0,72

Intergen51. oan1. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	oan1			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	93		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		22	215		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		32	94		1642	8424
total		55	402		2,456	23,544
reste		3	4		264	420
s6		9	2		361	41
s7		10	13		321	1438
s8		10	75		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		22.0	2.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		28.1	2.1		22.0	0.5
s7/sp6		31.3	13.8		19.5	17.1
s8/sp6		31.3	79.8		42.4	77.5
reste/sp6	9.4	4.3		16.1	5.0
						
total s1-5	23	308		814	15120
% / total						
%s1-5		41.8	76.6		33.1	64.2
%sp6		58.2	23.4		66.9	35.8

Intergen51. oan1. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	3			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		13	0		total		1	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. oan1. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

oan2. Intergen51 modifier

Intergen51. oan2. Le génome modifier

  • oan2 Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: oan2, Brucella anthropi ATCC 49188 chromosome 2, NCBI [24], date 1.8.21.
  • oan2 La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
oan2	199,249		1,895,911	10.5
oan2 données intercalaires modifier
oan2 données intercalaires 200 modifier
oan2 autres intercalaires aas modifier

Intergen51. oan2. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. oan2 les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 oan2 les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 913 292 1 1,206 2.5 10 1 11
x 458 28 2 488 0 1 1
t 1,371 320 3 1,694 10 2 12
% 80.9 18.9 0.2
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 14 0 0 14 1.4 tRNA-CDS 24 52
x 9 1 0 10 RNA-RNA 10 22
t 23 1 0 24 CDS-rRNA 2 4
% 95.8 4.2 0.0 non RNA 10 22
- total 46 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.5 35.7 0.7 34.1 0.0 83 0.1 0.0
x 8.7 0.0 7.1 13.7 10.0 50 0.4 0.0

Intergen51. oan2. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  oan2 présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	oan2
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.685	-1.69E-07	3.15E-04	-2.02E-01	49.5	fx1	abscisse	202.3	129.8
0.772	-7.79E-06	5.93E-03	-1.46E+00	126.0	fc1	ordonnée	21.4	26.7
								
0.678	1.73E-06	-1.05E-03	8.71E-02	32.4	fx41			
0.863	1.04E-06	-4.05E-04	-1.06E-01	45.0	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	oan2		calculs			poly3	oan2
effect	914		R2.21	749		abscis	250
xm	45		pte	7,52		flexa	144
ym	2		cste	2,53		flexo	2,39
x1m	203		r400l	197		xm	45
y1m	1		restp	166,30		sup4	133,7
rfin	35,01		%sd	49,97		sup4t	330,4
bornf	171		lond	158		%	40,5
supd	213,2		%sf	51,30		long	99
supdt	426,7		lonf	126			
xmp	407,00		sf/lf	1,55			
r400	131,29		sr/lr	0,54			
supf	195,9		sd/ld	1,35			
supft	381,8		i.r400	0,67

Intergen51. oan2. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	oan2			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	48		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		1	0		3	12
 - 4		12	195		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		14	49		1642	8424
total		28	292		2,456	23,544
reste		2	2		264	420
s6		4	0		361	41
s7		4	6		321	1438
s8		4	41		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		12.0	4.1		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		28.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		28.6	12.2		19.5	17.1
s8/sp6		28.6	83.7		42.4	77.5
reste/sp6	14.3	4.1		16.1	5.0
						
total s1-5	14	243		814	15120
% / total						
%s1-5		50.0	83.2		33.1	64.2
%sp6		50.0	16.8		66.9	35.8

Intergen51. oan2. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors				16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		10	0		total		1	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. oan2. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Azospirillum brasilense Az39 modifier

abq opérons modifier

  • Lien tableur: abq opérons
  • Liens: gtRNAdb [25], NCBI [26], génome [27]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Azospirillum.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A2. Azospirillum brasilense strain Az39
68.45%GC 29.12.19 Paris  88   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
chromosome
125527..126444 cds 127 127 306 restriction endonuclease
comp 126572..126647 gcg 206 206
126854..127138 cds 95 YggT family protein
 
comp 163237..164982 cds 175 175 582 hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA
165158..165234 agg 59 59
165294..166022 cds 243 SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
 
comp 188235..189860 cds 42 42 542 glycosyltransferase
comp 189903..189977 acg 81 81
comp 190059..191987 cds 643 DNA helicase RecQ
 
comp 250833..251111 cds 169 169 93 hp
comp 251281..251356 gcc 141 141
comp 251498..251893 cds 132 TIGR02300 family protein
 
comp 458142..458459 cds 209 209 106 50S ribosomal protein L21
458669..458758 tcg 63 63
comp 458822..459664 cds 281 alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein
 
comp 496776..497171 cds 162 162 132 cupin domain-containing protein
comp 497334..497420 ttg 137 137
497558..498085 cds 176 disulfide bond formation protein B
 
comp 615937..616350 cds 121 121 138 hp
comp 616472..616548 ccg + 206 206
comp 616755..616831 ccg 2 ccg 109 109
comp 616941..617957 cds 339 farnesyltranstransferase
 
comp 748703..749161 cds 38 38 153 hp
comp 749200..749275 aca 91 91
comp 749367..750221 cds 144 144 285 23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
750366..750451 tac 60 60
750512..750585 gga 81 81
750667..751857 cds 153 153 397 elongation factor Tu
752011..752086 tgg 69 69
752156..752353 cds 66 preprotein translocase subunit SecE
 
comp 794457..795983 cds 296 296 509 methyltransferase domain-containing protein
796280..796355 aag + 76 76
796432..796507 aag 2 aag 109 109
comp 796617..797057 cds 147 MaoC family dehydratase
 
870412..872373 cds 159 159 654 RNA polymerase sigma factor RpoD
872533..872608 atgi 5 5
comp 872614..873093 cds 134 134 160 GNAT family N-acetyltransferase
comp 873228..873304 cgt 212 212
873517..874023 cds 169 hp
 
931962..933011 cds 68 68 350 low specificity L-threonine aldolase
933080..933155 gag + 38 38
933194..933269 gag 2 gag 72 72
comp 933342..934340 cds 333 transglycosylase SLT domain-containing protein
 
997881..998357 cds 246 246 159 peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
comp 998604..998678 acc 175 175
comp 998854..1000815 cds 654 polysaccharide biosynthesis protein
 
comp 1164137..1165048 cds 159 159 304 DUF3108 domain-containing protein
1165208..1165282 gtg + 132 132
1165415..1165489 gtg 2 gtg 231 231
1165721..1165885 cds 55 hp
 
1242416..1242919 cds 85 85 168 MerR family transcriptional regulator
1243005..1243081 ccc 139 139
comp 1243221..1244999 cds 593 cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
 
comp 1353398..1353895 cds 118 118 166 hp
1354014..1354091 cca 49 49
1354141..1354437 cds 10 10 99 ETC complex I subunit
1354448..1354524 aga 443 443
1354968..1355213 cds 82 hp
 
comp 1370270..1370500 cds 196 196 77 hp
comp 1370697..1370772 aac @2 220 220
comp 1370993..1371066 tgc 218 218
1371285..1371941 cds 219 protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
 
comp 1427443..1427733 cds 236 236 97 YkgJ family cysteine cluster protein
comp 1427970..1428085 5s 129 116
comp 1428215..1430967 23s 266 2753
comp 1431234..1431309 gca 30 30
comp 1431340..1431416 atc 108
comp 1431525..1433015 16s 779 779 1491
1433795..1437778 cds 1328 non-ribosomal peptide synthetase
 
comp 1576457..1577296 cds 243 243 280 aldo/keto reductase
comp 1577540..1577615 gaa 123 123
comp 1577739..1579538 cds 600 single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
 
comp 1723089..1723457 cds 344 344 123 NADH-quinone oxidoreductase subunit A
comp 1723802..1723878 gac 164 164
comp 1724043..1724117 gta 106 106
comp 1724224..1724496 cds 91 HU family DNA-binding protein
 
comp 1730385..1731719 cds 91 91 445 trigger factor
comp 1731811..1731895 cta 173 173
comp 1732069..1733634 cds 522 malonyl-CoA decarboxylase
 
comp 1733741..1735207 cds 129 129 489 bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
comp 1735337..1735412 cac + 109 109
comp 1735522..1735597 cac 2 cac 337 337
1735935..1736273 cds 113 P-II family nitrogen regulator
 
1951126..1951752 cds 149 149 209 nitrogen fixation protein NifQ
1951902..1951987 tac 74 74
comp 1952062..1952424 cds 121 hp
 
1996903..1997244 cds 595 595 114 hp
comp 1997840..1997914 atgj 131 131
comp 1998046..1999179 cds 378 tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
 
2086487..2088658 cds 156 156 724 malate synthase G
comp 2088815..2088889 gtc 234 234
2089124..2090002 cds 293 N-formylglutamate amidohydrolase
 
comp 2303404..2303880 cds 414 414 159 bacterioferritin
comp 2304295..2304377 tta 406 406
comp 2304784..2305029 cds 82 hp
 
2482875..2484518 cds 365 365 548 recombinase family protein
comp 2484884..2484974 tcc 120 120
comp 2485095..2485898 cds 268 alpha/beta hydrolase
 
comp 2640759..2641325 cds 149 149 189 prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
2641475..2641549 ggc 688 688
2642238..2642915 cds 226 dimethylmenaquinone methyltransferase
 
comp 2764482..2765567 cds 659 659 362 hp
comp 2766227..2766300 ggg 35 35
comp 2766336..2766995 cds 220 N-acetyltransferase
 
2781933..2783774 cds 187 187 614 EAL and GGDEF domain-containing protein
comp 2783962..2784077 5s 129 116
comp 2784207..2786959 23s 255 2753
comp 2787215..2787290 gca 30 30
comp 2787321..2787397 atc 108
comp 2787506..2789006 16s 496 496 1501
comp 2789503..2790207 cds 235 phosphatase PAP2 family protein
 
2843264..2843443 cds 77 77 60 hp
comp 2843521..2843597 cgt 170 170
2843768..2844268 cds 167 xanthine phosphoribosyltransferase
plasmide2
comp 51090..51836 cds 481 481 249 sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
comp 52318..52393 tgg 363 363
52757..53587 cds 277 hp
 
comp 809229..810019 cds 870 870 264 IS5 family transposase
comp 810890..810966 atgf 96
comp 811063..811178 5s 127 116
comp 811306..814058 23s 266 2753
comp 814325..814400 gca 30 30
comp 814431..814507 atc 108
comp 814616..816106 16s 452 452 1491
comp 816559..817443 cds 295 helix-turn-helix domain-containing protein
plasmide4
196992..199346 cds 148 148 785 mechanosensitive ion channel
199495..199581 ctg 30 30
199612..199687 gcc 188 188
199876..201333 cds 486 hp
 
237538..238578 cds 92 92 347 response regulator
comp 238671..238747 cgg 96 96
comp 238844..239821 cds 326 alpha/beta hydrolase
 
comp 257739..258470 cds 125 125 244 lipoyl(octanoyl) transferase LipB
258596..258682 ctc 123 123
comp 258806..259108 cds 101 STAS domain-containing protein
 
comp 399367..400527 cds 278 278 387 PQQ-dependent sugar dehydrogenase
comp 400806..400921 5s 129 116
comp 401051..403803 23s 255 2753
comp 404059..404134 gca 30 30
comp 404165..404241 atc 108
comp 404350..405850 16s 502 502 1501
comp 406353..406547 cds 65 hp
 
504531..504893 cds 82 82 121 response regulator
504976..505051 aac 3 3
505055..505131 gac 4 4
505136..505210 ggc 102 102
comp 505313..506080 cds 83 83 256 helix-turn-helix transcriptional regulator
506164..506790 cds 202 202 209 pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
comp 506993..507108 5s 127 116
comp 507236..509988 23s 266 2753
comp 510255..510330 gca 30 30
comp 510361..510437 atc 110
comp 510548..512038 16s 615 615 1491
512654..513568 cds 305 lytic transglycosylase domain-containing protein
 
comp 588108..590768 cds 340 340 887 bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
591109..591184 ttc 286 286
591471..592979 cds 503 FAD-binding oxidoreductase
plasmide5
86421..87089 cds 455 455 223 RraA family protein
87545..87619 ggc 193 193
87813..88865 cds 351 UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)
plasmide1 @3
>comp 115594..115896 cds 394 394 101 P-IS5/IS1182 family transposase
comp 116291..116367 atgf 96
comp 116464..116579 5s 129 116
comp 116709..119461 23s 255 2753
comp 119717..119792 gca 30 30
comp 119823..119899 atc 108
comp 120008..121498 16s 740 740 1491
122239..123597 cds 453 peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
 
comp 217550..218176 cds 123 123 209 ribonuclease D
comp 218300..218386 ctg 228 228
218615..219604 cds 330 complex I NDUFA9 subunit family protein
 
comp 300477..301733 cds 472 472 419 exonuclease subunit SbcD
302206..303696 16s 108 1491
303805..303881 atc 30 30
303912..303987 gca 255
304243..306995 23s 129 2753
307125..307240 5s 96 116
307337..307413 atgf 161 161
<comp 307575..307805 cds 77 p-ATP-binding protein
 
comp 466493..467710 cds 231 231 406 site-specific integrase
comp 467942..468031 tca 205 205
comp 468237..468809 cds 191 hp
 
512242..512790 cds 136 136 183 pantetheine-phosphate adenylyltransferase
512927..513002 aaa 209 209
513212..514036 cds 275 DUF3618 domain-containing protein
 
931813..933912 cds 79 79 700 membrane protein
933992..934066 caa 382 382
comp 934449..935270 cds 274 hp
 
comp 948715..949743 cds 199 199 343 Ppx/GppA family phosphatase
949943..950016 cag 246 246
comp 950263..950829 cds 189 IS3 family transposase
 
> 971260..971532 cds 493 493 91 P-hp
comp 972026..972119 agc 197 197
972317..972550 cds 78 hp
 
comp 1302373..1303350 cds 166 166 326 alpha-1,3-fucosyltransferase
comp 1303517..1303592 ttc 98 98
comp 1303691..1303876 cds 62 DNA gyrase inhibitor YacG
 
1349823..1350929 cds 145 145 369 GNAT family N-acetyltransferase
comp 1351075..1353828 23s 262 2754
comp 1354091..1355591 16s @1 676 676 1501
1356268..1356726 cds 153 MarR family transcriptional regulator
 
comp 1441708..1443066 cds 153 153 453 hp
1443220..1443294 acc 1 1
1443296..1443371 gcg 99 99
1443471..1443547 gac 44 44
1443592..1443666 gtc 1 1
1443668..1443741 cag 137 137
comp 1443879..1446428 cds 850 dipeptide ABC transporter ATP-binding protein
 
1566394..1566612 cds 193 193 73 hp
comp 1566806..1566921 5s 128 116
comp 1567050..1569802 23s 254 2753
comp 1570057..1570132 gca 30 30
comp 1570163..1570239 atc 94
comp 1570334..1571834 16s 444 444 1501
comp 1572279..1572707 cds 143 DUF1489 domain-containing protein
 
1723583..1724962 cds 94 94 460 hp
comp 1725057..1725143 ctc 475 475
1725619..1726311 cds 231 FadR family transcriptional regulator
 
1757680..1760568 cds 308 308 963 PAS domain-containing protein
1760877..1760963 ctg 29 29
1760993..1761068 gcc 247 247
comp 1761316..1761840 cds 175 helix-turn-helix transcriptional regulator
 
1854042..1855049 cds 135 135 336 inorganic phosphate transporter
comp 1855185..1855259 ggc 243 243
1855503..1858685 cds 1061 AAA family ATPase
 
>comp 1883235..1883816 cds 210 210 194 P-hp
1884027..1884102 aac 4 4
1884107..1884183 gac 32 32
comp 1884216..1884821 cds 202 hp

abq cumuls modifier

cumuls. abq.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 9 1 2 1 0 1 100 17 1 0
16atcgca235 5 20 3 50 7 40 200 29 30 0
Id-atgf 3 40 3 8 100 19 80 300 24 60 2
16s23s 1 60 2 150 26 120 400 18 90 9
max a 3 80 1 200 20 160 500 8 120 11
a doubles 0 100 1 250 18 200 600 8 150 8
spéciaux 0 120 1 300 3 240 700 5 180 11
total aas 19 140 1 350 4 280 800 2 210 9
sans opérons 51 160 0 400 4 320 900 2 240 6
1 aa 38 180 1 450 4 360 1000 1 270 6
max a 5 200 0 500 7 400 1100 1 300 8
a doubles 5 2 9 1 46
total aas 68 17 8 121 0 116 116
total aas 87
remarques 3
avec jaune moyenne 72 30 227 308
variance 72 0 175 230
sans jaune moyenne 153 249 166
variance 74 142 71

abq tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de abq opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
abq	67			60			38			90
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
38	91		159	5		72	68		159	5
42	81		210	32		81	42		210	32
68	72		659	35		91	38		659	35
77	170		175	59		96	92		91	38
79	382		209	63		125	123		81	42
85	139		153	69		139	85		175	59
91	173		68	72		144	81		209	63
92	96		149	74		149	74		72	68
94	475		42	81		153	69		153	69
118	443		144	81		153	137		149	74
123	228		38	91		159	5		170	77
125	123		92	96		162	137		382	79
127	206		166	98		166	98		144	81
129	337		344	106		169	141		139	85
134	212		296	109		170	77		173	91
135	243		365	120		173	91		96	92
136	209		125	123		175	59		475	94
144	81		243	123		188	148		166	98
148	188		595	131		206	127		344	106
149	74		153	137		209	63		296	109
149	688		162	137		209	136		443	118
153	69		85	139		210	32		365	120
153	137		169	141		212	134		125	123
156	234		77	170		218	196		243	123
159	5		91	173		228	123		228	123
159	231		246	175		231	205		206	127
162	137		148	188		231	159		337	129
166	98		455	193		234	156		595	131
169	141		493	197		243	123		212	134
175	59		231	205		243	135		243	135
196	218		127	206		246	175		209	136
199	246		136	209		246	199		153	137
209	63		134	212		296	109		162	137
210	32		196	218		308	247		169	141
231	205		123	228		337	129		188	148
243	123		159	231		340	286		688	149
246	175		156	234		344	106		234	156
296	109		135	243		365	120		231	159
308	247		199	246		382	79		246	175
340	286		308	247		414	406		455	193
344	106		340	286		443	118		218	196
365	120		129	337		455	193		493	197
414	406		481	363		475	94		246	199
455	193		79	382		481	363		231	205
481	363		414	406		493	197		308	247
493	197		118	443		595	131		340	286
595	131		94	475		659	35		481	363
659	35		149	688		688	149		414	406
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
abq	6,576		96		61	24	9	2	32	29	18	43
‰					635	250	94	21	667	604	375	896

abq blocs modifier

  • Lien tableur: abq blocs
  • Légende: lien au tableau des protéines, abrégé
    - vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cds) sont en aas.
A2. abq, blocs à rRNA.
bloc intercal cdsa intercal cdsa intercal cdsa intercal cdsa intercal cdsa
cds 779 1328 non ribosom 496 235 PAP2 fam 502 65 hp 615 305 lytic dom 444 143 DUF1489
16s 108 1491 108 1501 108 1501 110 1491 94 1501
atc 30 30 30 30 30
gca 266 255 255 266 254
23s 129 2753 129 2753 129 2753 127 2753 128 2753
5s 236 116 187 116 278 116 202 116 193 116
cds 97 YkgJ fam 614 EAL & GGDEF 387 PQQ 209 pyridoxamine 73 hp
 
cds 452 295 Hx-t-Hx 740 453 peptido fam 472 419 exo SbcD
16s 108 1491 108 1491 108 1491
atc 30 30 30
gca 266 255 255 cds 676 153 MarR fam
23s 127 2753 129 2753 129 2753 16s 262 1501
5s 96 116 96 116 96 116 23s 145 2754
atgf 870 394 161 cds 369 GNAT fam
cds 264 IS5 fam 101 p-IS5/IS1182 77 p-ATP-bind

abq remarques modifier

  • Remarques
    - Les intercalaires élevés des cds: Ce génome ressemble à agr plus qu’à oan, voir le tableau des intercalaires ci-dessous. Le génome oan se rapproche plus des rickettsia avec 12 intercalaires cds-aa supérieurs à 500 et un maximum de 1650. Le génome abq a des intercalaires cds-aa inférieurs à 700 comme agr mais en plus grand nombre, 6 contre 3.
    1. @ Les blocs à RNAs: Les blocs sont nombreux, 9 16s, quasiment identiques et complets.
      - Sur 18 cds 2 hp 1 pseudo et 5 petits avec moins de 210 aas.
      - Tous les blocs sauf un (incomplet, 16s23s) sont de type 16satcgca23s5s dont 5 se terminent avec 5s et 3 avec 5s-atgf.
      - Les intercalaires internes, hors cds, sont quasiment identiques.
      - Les tailles des rRNAs du 23s et du 5s ne varient pas. Il y a 5 16s à 1491 pbs et 4 avec 1501 pbs.
    2. @ Les intercalaires entre aas: Il y a 13 blocs à plusieurs aas, pour 51 au total, contre 3 pour 45 chez oan et 3 pour 38 chez agr. Aussi je distingue 2 groupes comme avec agr et oan qui ont des effectifs très faibles.
      - un groupe de 10, normal dans cette étude, autour de 15 de moyenne, de 3 à 60 pbs
      - un groupe de 7, extrême, de 76 à 220 pbs. Le maximum est équivalent à celui de oan mais nettement inférieur aux 2 extrêmes de agr, 793 et 446.
    3. @ Les plasmides: génome exceptionnel avec 5 plasmides et 9 blocs à rRNAs. Exceptionnel aussi du fait qu’un plasmide, le plasmide 1, contient 4 blocs à rRNAs, soit 2 fois plus que le chromosome avec 2 blocs. Cette situation rappelle le cas unique du génome aua où le seul bloc à rRNA se trouve sur l’unique et tout petit plasmide de 10k pbs.
  • Séquences des doubles: sur les 51 blocs à aas seulement 13 ont plus d’un aa. Les doubles sont tous des doublets de blocs à 2 aas, 5 sur 11, ccg aag gag gtg cac.
  • Tableau des intercalaires
abq intercalaires entre aas	abq intercalaires cds		abq intercalaires cds			
1370697	aac-tgc	220		810890	atgf	870		2641475	ggc	688	
616472	ccg-ccg	206		1431525	16s	779		2766227	ggg	659	
1723802	gac-gta	164		120008	16s	740		1997840	atgj	595	
1165208	gtg-gtg	132		1354091	16s	676		972026	agc	493	
1735337	cac-cac	109		510548	16s	615		1725057	ctc	475	
1443296	gcg-gac	99		404350	16s	502		86421	ggc	455	
796280	aag-aag	76		2787506	16s	496		1354448	aga	443	
				302206	16s	472		52318	tgg	481-363	
				814616	16s	452		2304295	tta	414-406	isolé
				1570334	16s	444					
											
intercalaires supérieurs à 500 pbs.											
	agr	oan	abq								
16s	2	4	6								
aas	6	12	3								
max 16s	633	998	870								
max aas	793	1650	688

abq distribution modifier 

aag2 cac2 ccg2 gag3 gtg3  
ggc: 3 1aa et 1 >1aa
Al6 abq, Azospirillum brasilense strain Az39. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 8 acc 2 aac 3 agc 1
ctc 2 ccc 1 cac 2 cgt 2
gtc 2 gcc 3 gac 3 ggc 4
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta gca 8 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 2
atgj 1 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 3 ccg 2 cag 2 cgg 1
gtg 3 gcg 2 gag 3 ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
abq 30 38 3 16 87

abq. Intergen51 modifier

Intergen51. abq. Le génome modifier

  • abq Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: abq, Azospirillum brasilense strain Az39 chromosome, NCBI [28], date 25.4.21.
  • abq La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
abq	356,439		3,064,393	11.6
abq données intercalaires modifier
abq données intercalaires 200 modifier
abq autres intercalaires aas modifier

Intergen51. abq. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. abq les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 abq les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,561 330 4 1,895 2.0 16 2 18
x 888 37 2 927 0 2 2
t 2,449 367 6 2,822 16 4 20
% 86.8 13.0 0.2
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 37 0 0 37 1.4 tRNA-CDS 64 62
x 27 0 0 27 RNA-RNA 16 15
t 64 0 0 64 CDS-rRNA 4 4
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 20 19
- total 104 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.6 10.8 2.1 25.4 2.7 79 0.2 0.0
x 9.2 3.7 13.5 19.8 3.7 19 0.2 0.0

Intergen51. abq. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  abq présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abq
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.726	-2.54E-06	1.74E-03	-4.43E-01	59.8	fx1	abscisse	255.0	190.6
0.871	-2.17E-06	1.96E-03	-6.55E-01	86.2	fc1	ordonnée	17.0	22.1
								
0.846	2.17E-06	-1.66E-03	2.89E-01	15.3	fx41			
0.951	2,78E-06	-1,59E-03	1,03E-01	41.0	fc31
  • Moyennes glissantes fc+400,diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	abq		calculs			poly3	abq
effect	1565		R2.21	768		abscis	400
xm	37		pte	15,49		flexa	189
ym	6		cste	4,41		flexo	2,16
x1m	220		r400l	180		xm	35
y1m	1		restp	134,19		sup4	229,3
rfin	36,42		%sd	32,17		sup4t	535,5
bornf	146		lond	183		%	42,8
supd	186,45		%sf	30,50		long	154
supdt	579,55		lonf	109			
xmp	286,26		sf/lf	1,18			
r400	97,76		sr/lr	0,78			
supf	129,00		sd/ld	1,02			
supft	423,00		i.r400	0,54

Intergen51. abq. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	abq			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	61		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		6	199		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		30	70		1642	8424
total		37	330		2,456	23,544
reste		5	7		264	420
s6		2	1		361	41
s7		4	14		321	1438
s8		19	48		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		6.0	3.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		6.7	1.4		22.0	0.5
s7/sp6		13.3	20.0		19.5	17.1
s8/sp6		63.3	68.6		42.4	77.5
reste/sp6	16.7	10.0		16.1	5.0
						
total s1-5	7	260		814	15120
% / total						
%s1-5		18.9	78.8		33.1	64.2
%sp6		81.1	21.2		66.9	35.8

Intergen51. abq. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	1
16s 23s					5s CDS		1	1
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	8			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		16	0		total		2	2
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abq. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

abqp. Intergen51 modifier

Intergen51. abqp. Le génome modifier

  • abqp Le prélèvement: Aabqp
  • Le nom et le lien NCBI: abqp, Azospirillum brasilense strain Az39 plasmid AbAZ39_p1, NCBI [29], date 26.4.22.
  • abqp La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
abqp	217,409		1,901,707	11.4
abqp données intercalaires modifier
abqp données intercalaires 200 modifier
abqp autres intercalaires aas modifier

Intergen51. abqp. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. abqp les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 abqp les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 919 235 2 1,156 2.2 21 1 22
x 496 26 1 523 0 5 5
t 1,415 261 3 1,679 21 6 27
% 84.3 15.5 0.2
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 10 0 0 10 0.6 tRNA-CDS 26 40
x 16 0 0 16 RNA-RNA 21 32
t 26 0 0 26 CDS-rRNA 6 9
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 12 18
- total 65 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 5.0 0.0 3.0 25.1 0.0 74 0.2 0.0
x 8.7 6.3 23.1 19.1 6.3 8 0.2 0.0

Intergen51. abqp. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  abqp présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abqp
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.650	-2.13E-06	1.44E-03	-3.77E-01	56.1	fx1	abscisse	251.5	176.0
0.923	-2.61E-06	2.27E-03	-7.16E-01	89.0	fc1	ordonnée	18.5	23.2
								
0.762	2.24E-06	-1.69E-03	2.93E-01	16.1	fx41			
0.930	1.78E-06	-9.40E-04	-1.28E-02	44.9	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	abqp		calculs			poly3	abqp
effect	921		R2.21	689		abscis	400
xm	45		pte	12,27		flexa	166
ym	3		cste	3,81		flexo	2,40
x1m	229		r400l	171		xm	45
y1m	1		restp	128,12		sup4	169,7
rfin	49,95		%sd	38,51		sup4t	423,5
bornf	174		lond	184		%	40,1
supd	206,6		%sf	37,34		long	121
supdt	536,4		lonf	129			
xmp	335,50		sf/lf	1,28			
r400	78,18		sr/lr	0,76			
supf	164,6		sd/ld	1,12			
supft	440,8		i.r400	0,46

Intergen51. abqp. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	abqp			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	30		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		1	143		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		24	62		1642	8424
total		26	235		2,456	23,544
reste		6	7		264	420
s6		2	1		361	41
s7		7	14		321	1438
s8		9	40		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.0	4.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		8.3	1.6		22.0	0.5
s7/sp6		29.2	22.6		19.5	17.1
s8/sp6		37.5	64.5		42.4	77.5
reste/sp6	25.0	11.3		16.1	5.0
						
total s1-5	2	173		814	15120
% / total						
%s1-5		7.7	73.6		33.1	64.2
%sp6		92.3	26.4		66.9	35.8

Intergen51. abqp. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		3			CDS 16s		1	3
16s 23s		1			5s CDS			1
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			1
tRNA in		3			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	6			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		21	0		total		1	5
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abqp. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Azospirillum brasilense Sp245 modifier

abs opérons modifier

  • Lien tableur: abs opérons
  • Liens: gtRNAdb [30], NCBI [31], génome [32]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Azospirillum.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A9. Azospirillum brasilense strain Sp245
68.45%GC 10.1.20 Paris  80   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
chromosome [33]
comp 16414..16980 cds 163 163 189 prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
17144..17218 ggc 670 670
17889..18566 cds 226 demethylmenaquinone methyltransferase
 
84790..85017 cds 114 114 76 osmotically-inducible lipoprotein B
comp 85132..85205 ggg 35 35
comp 85241..85900 cds 220 N-acetyltransferase
 
comp 93530..94258 cds 60 60 243 SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
comp 94319..94395 agg 175 175
94571..96262 cds 564 hp
 
comp 131833..132117 cds 206 206 95 YggT family protein
132324..132399 gcg 140 140
comp 132540..133586 cds 349 DMT family transporter
 
comp 483582..484082 cds 170 170 167 xanthine phosphoribosyltransferase
484253..484329 cgt 77 77
comp 484407..484586 cds 60 hp
 
536869..537573 cds 495 495 235 phosphatase PAP2 family protein
538069..539152 16s’ @1 189 1084
539342..540019 23s° 127 678
540147..540262 5s 153 153 116
comp 540416..542290 cds 625 GGDEF domain-containing protein
 
600048..601079 cds 79 79 344 tyrosine-type recombinase/integrase
comp 601159..601233 acg 81 81
comp 601315..603243 cds 643 DNA helicase RecQ
 
comp 656242..656520 cds 169 169 93 hp
comp 656690..656765 gcc 141 141
comp 656907..657305 cds 133 TIGR02300 family protein
 
comp 864141..864458 cds 209 209 106 50S ribosomal protein L21
864668..864757 tcg 79 79
comp 864837..865679 cds 281 alpha/beta hydrolase
 
927651..927896 cds 392 392 82 hp
928289..928371 tta 175 175
928547..929164 cds 206 hp
 
comp 1148345..1149223 cds 234 234 293 N-formylglutamate amidohydrolase
1149458..1149532 gtc 106 106
comp 1149639..1151516 cds 626 methyl-accepting chemotaxis protein
 
1243974..1245108 cds 131 131 378 tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
1245240..1245314 atgj 354 354
comp 1245669..1246637 cds 323 NAD(+) diphosphatase
 
1279875..1280237 cds 74 74 121 hp
comp 1280312..1280397 tac 148 148
comp 1280546..1281172 cds 209 nitrogen fixation protein NifQ
 
comp 1500772..1501110 cds 338 338 113 P-II family nitrogen regulator
1501449..1501524 cac + 109 109
1501634..1501709 cac 2 cac 129 129
1501839..1503305 cds 106 106 489 bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
1503412..1504977 cds 173 173 522 malonyl-CoA decarboxylase
1505151..1505235 cta 91 91
1505327..1506661 cds 445 trigger factor
 
1511745..1512017 cds 105 105 91 HU family DNA-binding protein
1512123..1512197 gta 163 163
1512361..1512437 gac 344 344
1512782..1513150 cds 123 NADH-quinone oxidoreductase subunit A
 
1657596..1659397 cds 123 123 601 p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
1659521..1659596 gaa 234 234
1659831..1660671 cds 280 aldo/keto reductase
 
comp 1808199..1808735 cds 79 79 179 hp
1808815..1808892 cca 49 49
1808942..1809238 cds 10 10 99 ETC complex I subunit
1809249..1809325 aga 442 442
1809768..1810013 cds 82 hp
 
comp 1825075..1825305 cds 210 210 77 hp
comp 1825516..1825591 aac @2 219 219
comp 1825811..1825884 tgc 217 217
1826102..1826758 cds 219 protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
 
comp 1878424..1878714 cds 244 244 97 YkgJ family cysteine cluster protein
comp 1878959..1879074 5s 123 116
comp 1879198..1881950 23s 272 2753
comp 1882223..1882298 gca 32 32
comp 1882331..1882407 atc 110
comp 1882518..1883224 16s° 100 100 707
<comp 1883325..1883763 cds 146 p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
 
1896604..1897080 cds 192 192 159 peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
comp 1897273..1897347 acc 162 162
comp 1897510..1899495 cds 662 polysaccharide biosynthesis protein
 
comp 2032701..2033588 cds 165 165 296 DUF3108 domain-containing protein
2033754..2033828 gtg + 132 132
2033961..2034035 gtg 2 gtg 231 231
2034267..2034431 cds 55 hp
 
2113098..2113601 cds 85 85 168 MerR family transcriptional regulator
2113687..2113763 ccc 140 140
comp 2113904..2115682 cds 593 cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
 
comp 2163405..2167388 cds 775 775 1328 non-ribosomal peptide synthetase
2168164..2168552 16s° 100 389
comp 2168653..2169323 16s° 522 522 671
comp 2169846..2170325 cds 160 DUF2141 domain-containing protein
 
2176963..2177427 cds 107 107 155 membrane protein
comp 2177535..2177610 gcc 30 30
comp 2177641..2177727 ctg 135 135
comp 2177863..2180208 cds 782 mechanosensitive ion channel
 
2233677..2234435 cds 92 92 253 hp
comp 2234528..2234603 gag + 38 38
comp 2234642..2234717 gag 2 gag 68 68
comp 2234786..2235836 cds 350 p-low specificity L-threonine aldolase
 
comp 2293087..2293593 cds 211 211 169 hp
2293805..2293881 cgt 137 137
2294019..2294495 cds 5 5 159 GNAT family N-acetyltransferase
comp 2294501..2294576 atgi 145 145
comp 2294722..2296683 cds 654 RNA polymerase sigma factor RpoD
 
2372946..2373401 cds 86 86 152 MaoC family dehydratase
comp 2373488..2373563 aag + 74 74
comp 2373638..2373713 aag 2 aag 309 309
2374023..2375549 cds 509 methyltransferase domain-containing protein
 
comp 2418203..2418400 cds 69 69 66 preprotein translocase subunit SecE
comp 2418470..2418545 tgg 152 152
comp 2418698..2419888 cds 81 81 397 elongation factor Tu
comp 2419970..2420043 gga 60 60
comp 2420104..2420189 tac 144 144
2420334..2421188 cds 91 91 285 23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
2421280..2421355 aca 137 137
2421493..2423187 cds 565 site-specific integrase
 
2561207..2562223 cds 109 109 339 farnesyltranstransferase
2562333..2562409 ccg + 205 205
2562615..2562691 ccg 2 ccg 136 136
2562828..2563241 cds 138 hp
 
comp 2680406..2680930 cds 140 140 175 disulfide bond formation protein B
2681071..2681157 ttg 162 162
2681320..2681715 cds 132 cupin domain-containing protein
 
2856509..2858152 cds 365 365 548 recombinase family protein
comp 2858518..2858608 tcc 118 118
comp 2858727..2859530 cds 268 alpha/beta hydrolase
plasmide1 [34] @3
198109..199200 cds 84 84 364 tyrosine-type recombinase/integrase
comp 199285..199360 aaa 135 135
comp 199496..200044 cds 183 pantetheine-phosphate adenylyltransferase
 
243776..244348 cds 205 205 191 hp
244554..244643 tca 143 143
244787..245683 cds 299 diguanylate cyclase
 
338004..339383 cds 116 116 460 hp
comp 339500..339586 ctc 257 257
comp 339844..340836 cds 331 alpha/beta hydrolase
 
comp 364473..365501 cds 200 200 343 Ppx/GppA family phosphatase
365702..365775 cag 746 746
366522..367214 cds 231 FadR family transcriptional regulator
 
474173..477079 cds 298 298 969 PAS domain-containing protein
477378..477464 ctg 30 30
477495..477570 gcc 238 238
477809..478123 cds 105 hp
 
599223..600230 cds 245 245 336 inorganic phosphate transporter
comp 600476..600550 ggc 351 351
600902..602071 cds 390 adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein
 
comp 629856..631229 cds 154 154 458 tetratricopeptide repeat protein
631384..631458 acc 1 1
631460..631535 gcg 99 99
631635..631711 gac 35 35
631747..631821 gtc 1 1
631823..631896 cag 153 153
632050..632259 cds 70 hp
 
>comp 699265..699846 cds 210 210 194 P-hp
700057..700132 aac 4 4
700137..700213 gac 32 32
comp 700246..700851 cds 202 hp
 
909530..909766 cds 153 153 79 hp
comp 909920..910035 5s 127 116
comp 910163..912915 23s 271 2753
comp 913187..913262 gca 30 30
comp 913293..913369 atc 110
comp 913480..914970 16s 486 486 1491
915457..916713 cds 419 exonuclease subunit SbcD
 
comp 998160..999149 cds 229 229 330 complex I NDUFA9 subunit family protein
999379..999465 ctg 123 123
999589..1000215 cds 209 ribonuclease D
 
comp 1098197..1098655 cds 675 675 153 MarR family transcriptional regulator
1099331..1100821 16s 107 1491
1100929..1101005 atc 31 31
1101037..1101112 gca 271
1101384..1104136 23s 147 147 2753
comp 1104284..1105390 cds 369 GNAT family N-acetyltransferase
 
1157171..1157356 cds 98 98 62 DNA gyrase inhibitor YacG
1157455..1157530 ttc 178 178
1157709..1158686 cds 326 alpha-(1,3)-fucosyltransferase
 
1394614..1396740 cds 453 453 709 PAS domain S-box protein
1397194..1397287 agc 52 52
comp 1397340..1397858 cds 173 tyrosine-type recombinase/integrase
 
1399009..1399830 cds 301 301 274 hp
comp 1400132..1400206 caa 79 79
comp 1400286..1402379 cds 698 hp
 
1577667..1578095 cds 457 457 143 DUF1489 domain-containing protein
1578553..1580043 16s 110 1491
1580154..1580230 atc 31 31
1580262..1580337 gca 269
1580607..1581986 23s° 100 1380
1582087..1582616 23s° 123 530
1582740..1582855 5s 100 116
1582956..1583032 atgf 706 706
1583739..1585157 cds 473 pyruvate kinase
plasmide2 [35]
271302..272090 cds 529 529 263 ATP-binding cassette domain-containing protein
272620..272695 tgg 480 480
273176..273922 cds 249 sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
 
449562..450338 cds 465 465 259 IclR family transcriptional regulator
450804..452289 16s 584 1486
452874..453640 23s° 128 767
453769..453884 5s 101 116
453986..454062 atgf 359 359
comp 454422..457751 cds 1110 NERD domain-containing protein
plasmide4 [36]
>comp 131140..131621 cds 193 193 161 p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
131815..131891 atgf 202 202
comp 132094..132276 cds 61 hp
 
comp 197300..198643 cds 738 738 448 peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
199382..199953 16s° 193 572
200147..200223 atgf 437 437
comp 200661..202571 cds 637 PAS domain-containing sensor histidine kinase
 
246777..248687 cds 208 208 637 RNA-directed DNA polymerase
comp 248896..248972 cgg 96 96
comp 249069..249983 cds 305 alpha/beta hydrolase
 
319641..319943 cds 134 134 101 STAS domain-containing protein
comp 320078..320164 ctc 125 125
320290..321018 cds 243 lipoyl(octanoyl) transferase LipB
 
comp 401067..402227 cds 281 281 387 PQQ-dependent sugar dehydrogenase
comp 402509..402624 5s 129 116
comp 402754..403402 23s° 106 649
comp 403509..403880 16s° 502 502 372
comp 404383..404577 cds 65 hp
 
501394..501756 cds 95 95 121 response regulator
501852..501927 aac 4 4
501932..502008 gac 4 4
502013..502087 ggc 102 102
comp 502190..502957 cds 256 helix-turn-helix transcriptional regulator
 
503041..503667 cds 249 249 209 pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
comp 503917..504474 16s° 547 547 558
505022..506005 cds 328 lytic transglycosylase domain-containing protein
 
comp 601019..603679 cds 358 358 887 bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
604038..604113 ttc 318 318
> 604432..605613 cds 394 site-specific integrase
plasmide6 [37]
88804..89472 cds 397 397 223 RraA family protein
89870..89944 ggc 249 249
90194..91186 cds 331 UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)

abs cumuls modifier

cumuls. abs.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 30-300
avec rRNA opérons 10 1 2 1 0 1 100 18 1 0
16atcgca235 1 20 3 50 5 40 200 29 30 0
Id-23s°-atgf 1 40 4 4 100 22 80 300 26 60 3
1623s°5atgf 1 60 1 150 29 120 400 20 90 10
max a 3 80 1 200 18 160 500 7 120 9
a doubles 0 100 1 250 18 200 600 6 150 8
autres 7 120 1 300 3 240 700 9 180 13
total aas 10 140 1 350 5 280 800 2 210 9
sans opérons 51 160 0 400 7 320 900 1 240 6
1 aa 39 180 1 450 2 360 1000 1 270 8
max a 5 200 0 500 6 400 1100 0 300 7
a doubles 5 2 10 2 48
total aas 67 17 4 125 0 121 121
total aas
remarques 3
avec jaune moyenne 71 31 221 308
variance 72 1 168 230
sans jaune moyenne 151 242 166
variance 72 137 72

abs tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de abs opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
abs	63			69			44			88
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
5	145		210	32		79	49		145	5
10	442		114	35		81	79		442	10
60	175		79	49		92	68		210	32
69	152		453	52		102	95		114	35
74	148		92	68		114	35		79	49
79	81		170	77		134	125		453	52
79	49		209	79		135	84		175	60
81	144		301	79		135	107		92	68
84	135		79	81		136	109		152	69
85	140		173	91		137	91		148	74
86	309		208	96		140	85		170	77
91	137		95	102		144	81		81	79
92	68		234	106		145	5		209	79
95	102		365	118		148	74		301	79
98	178		229	123		152	69		144	81
105	344		134	125		154	153		135	84
107	135		338	129		162	140		140	85
109	136		84	135		169	141		309	86
114	35		107	135		170	77		137	91
116	257		109	136		173	91		173	91
123	234		91	137		175	60		102	95
131	354		211	137		178	98		208	96
134	125		85	140		192	162		178	98
140	162		206	140		202	193		344	105
154	153		169	141		205	143		234	106
163	670		205	143		206	140		135	107
165	231		81	144		208	96		136	109
169	141		5	145		209	79		257	116
170	77		74	148		210	32		365	118
173	91		69	152		211	137		229	123
192	162		154	153		217	210		234	123
193	202		140	162		229	123		134	125
200	746		192	162		231	165		338	129
205	143		60	175		234	106		354	131
206	140		392	175		234	123		211	137
208	96		98	178		257	116		162	140
209	79		193	202		298	238		206	140
210	217		210	217		301	79		169	141
210	32		165	231		309	86		205	143
211	137		123	234		338	129		154	153
229	123		298	238		344	105		192	162
234	106		397	249		351	245		670	163
245	351		116	257		354	131		231	165
298	238		86	309		358	318		392	175
301	79		358	318		365	118		202	193
338	129		105	344		392	175		746	200
358	318		245	351		397	249		217	210
365	118		131	354		442	10		298	238
392	175		10	442		453	52		351	245
397	249		529	480		529	480		397	249
453	52		163	670		670	163		358	318
529	480		200	746		746	200		529	480
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
abs	6,817		104		69	27	6	2	33	36	23	46
‰					663	260	58	19	635	692	442	885

abs blocs modifier

abs blocs abrégé modifier

  • Lien tableur: abs blocs abrégé
  • Note:
    - hp pour hypothetical protein
    - p- pour pseudo, par exemple p-elon en abrégé donne p-elongation factor Tu.
A9p. abs abq, protéines.
abrégé nom
23s RlmB 23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
50s L21 50S ribosomal protein L21
AAA fam AAA family ATPase
ab hydrolase alpha/beta hydrolase
ab hydrolase f alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein
AG cyclase adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein
ak reductase aldo/keto reductase
ATP bind ATP-binding cassette domain-containing protein
bacteriofer bacterioferritin
bif CoA bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
bif NAD bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
chemotaxis p methyl-accepting chemotaxis protein
cupin dom cupin domain-containing protein
cyclicN bind cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
diG cyclase diguanylate cyclase
dip ABC dipeptide ABC transporter ATP-binding protein
disulfide disulfide bond formation protein B
DMT fam DMT family transporter
DUF1489 DUF1489 domain-containing protein
DUF2141 DUF2141 domain-containing protein
DUF3108 DUF3108 domain-containing protein
DUF3618 DUF3618 domain-containing protein
EAL & GGDEF EAL and GGDEF domain-containing protein
elonga Tu elongation factor Tu
ETC complex ETC complex I subunit
exo SbcD exonuclease subunit SbcD
FAD bind FAD-binding oxidoreductase
FadR fam FadR family transcriptional regulator
farnesyl farnesyltranstransferase
fucosyl alpha-1,3-fucosyltransferase
GGDEF dom GGDEF domain-containing protein
glycosyl glycosyltransferase
GNAT fam GNAT family N-acetyltransferase
gyrase YacG DNA gyrase inhibitor YacG
Hase HypA hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA
helicas RecQ DNA helicase RecQ
HU bind HU family DNA-binding protein
Hx-t-Hx helix-turn-helix transcriptional regulator
Hx-t-Hx dom helix-turn-helix domain-containing protein
IclR fam IclR family transcriptional regulator
inorganic P inorganic phosphate transporter
IS3 fam IS3 family transposase
IS5 fam IS5 family transposase
L-iso-Asp protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
lipoyl LipB lipoyl(octanoyl) transferase LipB
low Thr low specificity L-threonine aldolase
lytic dom lytic transglycosylase domain-containing protein
malate G malate synthase G
malonyl CoA malonyl-CoA decarboxylase
MaoC fam MaoC family dehydratase
MarR fam MarR family transcriptional regulator
mecano ion mechanosensitive ion channel
membrane p membrane protein
menaquinone dimethylmenaquinone methyltransferase
MerR fam MerR family transcriptional regulator
methyl trans methyltransferase domain-containing protein
N-acetyl trans N-acetyltransferase
N-formyl Glu N-formylglutamate amidohydrolase
NAD diP NAD(+) diphosphatase
NADH-quinone NADH-quinone oxidoreductase subunit A
NDUFA9 complex I NDUFA9 subunit family protein
NERD dom NERD domain-containing protein
nitrogen NifQ nitrogen fixation protein NifQ
non ribosom non-ribosomal peptide synthetase
osmose LipB osmotically-inducible lipoprotein B
p-ATP-bind p-ATP-binding protein
p-erythrose p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
P-II nitrogen P-II family nitrogen regulator
p-IS5/IS1182 P-IS5/IS1182 family transposase
p-low Thr p-low specificity L-threonine aldolase
p-ssDNA exo p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
pantetheine pantetheine-phosphate adenylyltransferase
PAP2 fam phosphatase PAP2 family protein
PAS dom PAS domain-containing protein
PAS kinase PAS domain-containing sensor histidine kinase
PAS S-box PAS domain S-box protein
peptido fam peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
peptido Pal peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
polymerase RNA-directed DNA polymerase
polysacchard polysaccharide biosynthesis protein
Ppx/GppA Ppx/GppA family phosphatase
PQQ PQQ-dependent sugar dehydrogenase
Prolyl-tRNA prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
pyridoxamine pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
pyruvate kin pyruvate kinase
recombinase recombinase family protein
response reg response regulator
restriction end restriction endonuclease
ribonucleaseD ribonuclease D
RraA fam RraA family protein
SDR fam SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
sigma RpoD RNA polymerase sigma factor RpoD
sigma-70 fam sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
SLT dom transglycosylase SLT domain-containing protein
ss integrase site-specific integrase
Ss-DNA single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
STAS dom STAS domain-containing protein
subunit SecE preprotein translocase subunit SecE
tetratricopep tetratricopeptide repeat protein
TIGR02300 TIGR02300 family protein
trigger factor trigger factor
tRNA MnmA tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
Tyr rec/int tyrosine-type recombinase/integrase
UDP-N-acetyl UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)
xanthine xanthine phosphoribosyltransferase
YggT fam YggT family protein
YkgJ fam YkgJ family cysteine cluster protein

abs blocs tableau modifier

  • Lien tableur: abs blocs tableau
  • Légende: lien au tableau des protéines, abrégé
    - vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cds) sont en aas.
  • Note: 10 cds < 259 sur 20 dont 2 hp + 1 p
A9b. abs blocs.
gène inter long abrégé gène inter long abrégé gène inter long abrégé
cds 486 419 SbcD cds 100 146 P-eryt cds 675 153 MarR
16s 110 1491 16s° 110 707 16s 107 1491
atc 30 atc 32 atc 31
gca 271 gca 272 gca 271
23s 127 2753 23s 123 2753 23s 147 2753
5s 153 116 5s 244 116 cds 369 GNAT
cds 79 hp cds 97 YkgJ
 
cds 457 143 DUF1489
16s 110 1491
atc 31
gca 269
23s° 100 1380
23s° 123 530
5s 100 116
atgf 706
cds 473 pyruvat
 
cds 465 259 IclR cds 502 65 hp cds 495 235 PAP2
16s 584 1486 16s° 106 372 16s' 189 1084
23s° 128 767 23s° 129 649 23s° 127 678
5s 101 116 5s 281 116 5s 153 v116
atgf 359 cds 387 PQQ cds 625 GGDEF
cds 1110 NERD
 
cds 775 1328 non-rib cds 738 448 peptido cds 249 209 pyridox
16s° 100 389 16s° 193 16s° 547 558
16s° 522 671 atgf 437 cds 328 lytic
cds 160 DUF2141 cds 637 PAS

abs abq blocs modifier

  • Lien tableur: abs abq blocs
  • Légende: lien au tableau des protéines, abs abq blocs abrégé
    - vert: la taille des rRNAs en pbs alors qu'en clair les protéines (cdsa) sont en aas.
    - 16s° 16s' 23s°
    - comp: complement, le cds a changé de brin. Cela ressemble à une recombinaison. Exemple CHA1
    - hp caracter: hypothetical protein caractérisée. Le cds est, dans un génome hypothétique, alors que dans l'autre il est caractérisé,tout en ayant à peu près même taille et même intercalaire. Exemple CHA
    - modif: le cds a le même nom mais la taille est légèrement modifiée, ou bien le nom est modifié et nom et intercalaire sont les mêmes. Exemple CHA CHC
    - déplacé: Le cds est déplacé avec son rRNA, tout en conservant taille et intercalaire. Exemple le pavé après CHE
    - d’où?: je ne peux pas savoir de quel bloc à rRNAs, il vient. Exemple le pavé après CHE
    - recomb: En bordure un changement net du cds est du à la recombinaison d'un pavé de clusters. Exemple CHC
    - recombi: à l'intérieur, un changement net de cds est du à un déplacement ou à une recombinaison interne. Exemple CHC
    - insertion: C'est le cas typique du bloc à rRNAs incomplet qui lui manque 5s et atcgca dans abq. Exemple PL1G
    - bloc?: cela vient de quel bloc à rRNA? Exemple PL1I
    - réunion: 2 déplacés réunis. Exemple PL1I, réunion de bloc? et où?.
  • Notes:
    - PL1G
    - disparition des atc et gca internes non retrouvés dans les blocs aas
    - Les 5s ne sont pas abimés mais 2 disparaissent
    - Les atgf disparaissent aussi
    - Les 23s, 2 de perdus et 4 de modifiés et perdent leur 5s et 5satgf au contraire de rpm
    - Les 16s, aucun perdu, 4 modifiés s° et 1 modifié s'.
    - Les blocs rRNAs modifiés restent sur place.
A9-2b. Comparaison abs abq
A9. Azospirillum brasilense strain Sp245
sens adresse bloc inter cdsa protéine Note
chrom
2856509..2858152 cds 365 548 recombinase CHA1
comp 2858518..2858608 tcc 118
comp 2858727..2859530 cds 268 ab hydrolase
 
comp 16414..16980 cds 163 189 Prolyl-tRNA CHA
17144..17218 ggc 670
17889..18566 cds 226 menaquinone
 
84790..85017 cds 114 76 osmose LipB comp
comp 85132..85205 ggg 35
comp 85241..85900 cds 220 N-acetyl trans
 
comp 93530..94258 cds 60 243 SDR fam
comp 94319..94395 agg 175
94571..96262 cds 564 hp hp caracter
 
comp 131833..132117 cds 206 95 YggT fam
132324..132399 gcg 140
comp 132540..133586 cds 349 DMT fam modif
 
comp 483582..484082 cds 170 167 xanthine
484253..484329 cgt 77
comp 484407..484586 cds 60 hp
 
536869..537573 cds 495 235 PAP2 fam
538069..539152 16s’ 189 1084
539342..540019 23s° 127 678
540147..540262 5s 153 116
comp 540416..542290 cds 625 GGDEF dom
 
 
 
600048..601079 cds 79 344 Tyr rec/int comp
comp 601159..601233 acg 81
comp 601315..603243 cds 643 helicas RecQ
  CHB
comp 656242..656520 cds 169 93 hp
comp 656690..656765 gcc 141
comp 656907..657305 cds 133 TIGR02300
 
comp 864141..864458 cds 209 106 50s L21
864668..864757 tcg 79
comp 864837..865679 cds 281 ab hydrolase
 
2233677..2234435 cds 92 253 hp recomb
comp 2234528..2234603 gag 38
comp 2234642..2234717 gag 68
comp 2234786..2235836 cds 350 p-low Thr modif
 
comp 2293087..2293593 cds 211 169 hp CHC
2293805..2293881 cgt 137
2294019..2294495 cds 5 159 GNAT fam
comp 2294501..2294576 atgi 145
comp 2294722..2296683 cds 654 sigma RpoD
 
2372946..2373401 cds 86 152 MaoC fam
comp 2373488..2373563 aag 74
comp 2373638..2373713 aag 309
2374023..2375549 cds 509 methyl trans
 
comp 2418203..2418400 cds 69 66 subunit SecE
comp 2418470..2418545 tgg 152
comp 2418698..2419888 cds 81 397 elonga Tu
comp 2419970..2420043 gga 60
comp 2420104..2420189 tac 144
2420334..2421188 cds 91 285 23s RlmB
2421280..2421355 aca 137
2421493..2423187 cds 565 ss integrase recombi
 
2561207..2562223 cds 109 339 farnesyl
2562333..2562409 ccg 205
2562615..2562691 ccg 136
2562828..2563241 cds 138 hp
 
comp 2680406..2680930 cds 140 175 disulfide
2681071..2681157 ttg 162
2681320..2681715 cds 132 cupin dom
 
1896604..1897080 cds 192 159 peptido Pal CHD
comp 1897273..1897347 acc 162
comp 1897510..1899495 cds 662 polysacchard
 
comp 2032701..2033588 cds 165 296 DUF3108
2033754..2033828 gtg 132
2033961..2034035 gtg 231
2034267..2034431 cds 55 hp
 
2113098..2113601 cds 85 168 MerR fam
2113687..2113763 ccc 140
comp 2113904..2115682 cds 593 cyclicN bind
 
comp 1808199..1808735 cds 79 179 hp CHE
1808815..1808892 cca 49
1808942..1809238 cds 10 99 ETC complex
1809249..1809325 aga 442
1809768..1810013 cds 82 hp
 
comp 1825075..1825305 cds 210 77 hp
comp 1825516..1825591 aac 219
comp 1825811..1825884 tgc 217
1826102..1826758 cds 219 L-iso-Asp
 
comp 1878424..1878714 cds 244 97 YkgJ fam
comp 1878959..1879074 5s 123 116
comp 1879198..1881950 23s 272 2753
comp 1882223..1882298 gca 32
comp 1882331..1882407 atc 110
comp 1882518..1883224 16s° 100 707
<comp 1883325..1883763 cds 146 p-erythrose comp
 
comp 2163405..2167388 cds 775 1328 non ribosom déplacé
2168164..2168552 16s° 100 389
comp 2168653..2169323 16s° 522 671 d’où?
comp 2169846..2170325 cds 160 DUF2141
 
927651..927896 cds 392 82 hp CHF
928289..928371 tta 175
928547..929164 cds 206 hp recombi
 
comp 1148345..1149223 cds 234 293 N-formyl Glu
1149458..1149532 gtc 106
comp 1149639..1151516 cds 626 chemotaxis p modif
 
1243974..1245108 cds 131 378 tRNA MnmA
1245240..1245314 atgj 354
comp 1245669..1246637 cds 323 NAD diP recombi
 
1279875..1280237 cds 74 121 hp
comp 1280312..1280397 tac 148
comp 1280546..1281172 cds 209 nitrogen NifQ
 
comp 1500772..1501110 cds 338 113 P-II nitrogen
1501449..1501524 cac 109
1501634..1501709 cac 129
1501839..1503305 cds 106 489 bif NAD
1503412..1504977 cds 173 522 malonyl CoA
1505151..1505235 cta 91
1505327..1506661 cds 445 trigger factor
 
1511745..1512017 cds 105 91 HU bind
1512123..1512197 gta 163
1512361..1512437 gac 344
1512782..1513150 cds 123 NADH-quinone
 
1657596..1659397 cds 123 601 p-ssDNA exo
1659521..1659596 gaa 234
1659831..1660671 cds 280 ak reductase
plasmide1
comp 197300..198643 cds 738 448 peptido fam PL4
199382..199953 16s° 193 572 déplacé
200147..200223 atgf 437
comp 200661..202571 cds 637 PAS kinase déplacé
 
 
 
 
 
909530..909766 cds 153 79 hp hp caracter
comp 909920..910035 5s 127 116
comp 910163..912915 23s 271 2753
comp 913187..913262 gca 30 PL1B
comp 913293..913369 atc 110
comp 913480..914970 16s 486 1491
915457..916713 cds 419 exo SbcD
 
comp 998160..999149 cds 229 330 NDUFA9
999379..999465 ctg 123
999589..1000215 cds 209 ribonucleaseD
 
 
198109..199200 cds 84 364 Tyr rec/int comp
comp 199285..199360 aaa 135
comp 199496..200044 cds 183 pantetheine PL1C
 
243776..244348 cds 205 191 hp
244554..244643 tca 143
244787..245683 cds 299 diG cyclase recomb
 
1399009..1399830 cds 301 274 hp PL1D
comp 1400132..1400206 caa 79
comp 1400286..1402379 cds 698 hp hp caracter
 
comp 364473..365501 cds 200 343 Ppx/GppA PL1E
365702..365775 cag 746
366522..367214 cds 231 FadR fam comp
 
1394614..1396740 cds 453 709 PAS S-box recomb
1397194..1397287 agc 52 PL1F
comp 1397340..1397858 cds 173 Tyr rec/int recomb
 
comp 1098197..1098655 cds 675 153 MarR fam PL1G
1099331..1100821 16s 107 1491
1100929..1101005 atc 31 insertion
1101037..1101112 gca 271
1101384..1104136 23s 147 2753
comp 1104284..1105390 cds 369 GNAT fam
 
1157171..1157356 cds 98 62 gyrase YacG
1157455..1157530 ttc 178
1157709..1158686 cds 326 fucosyl
 
comp 629856..631229 cds 154 458 tetratricopep PL1H
631384..631458 acc 1
631460..631535 gcg 99
631635..631711 gac 35
631747..631821 gtc 1
631823..631896 cag 153
632050..632259 cds 70 hp comp
 
1577667..1578095 cds 457 143 DUF1489 PL1I
1578553..1580043 16s 110 1491 bloc?
1580154..1580230 atc 31
1580262..1580337 gca 269
1580607..1581986 23s° 100 1380 réunion
1582087..1582616 23s° 123 530
1582740..1582855 5s 100 116
1582956..1583032 atgf 706 d’où?
1583739..1585157 cds 473 pyruvate kin comp
 
338004..339383 cds 116 460 hp PL1J
comp 339500..339586 ctc 257
comp 339844..340836 cds 331 ab hydrolase comp
 
474173..477079 cds 298 969 PAS dom PL1K
477378..477464 ctg 30
477495..477570 gcc 238
477809..478123 cds 105 hp comp
 
599223..600230 cds 245 336 inorganic P
comp 600476..600550 ggc 351
600902..602071 cds 390 AG cyclase recomb
 
>comp 699265..699846 cds 210 194 p-hp PL1L
700057..700132 aac 4
700137..700213 gac 32
comp 700246..700851 cds 202 hp
plasmide2
271302..272090 cds 529 263 ATP bind comp
272620..272695 tgg 480
273176..273922 cds 249 sigma-70 fam
 
449562..450338 cds 465 259 IclR fam modif
450804..452289 16s 584 1486
452874..453640 23s° 128 767
453769..453884 5s 101 116
453986..454062 atgf 359
comp 454422..457751 cds 1110 NERD dom comp
 
 
plasmide4
2176963..2177427 cds 107 155 membrane p comp
comp 2177535..2177610 gcc 30
comp 2177641..2177727 ctg 135 CH
comp 2177863..2180208 cds 782 mecano ion
 
246777..248687 cds 208 637 polymerase recomb
comp 248896..248972 cgg 96
comp 249069..249983 cds 305 ab hydrolase PL4B
 
319641..319943 cds 134 101 STAS dom
comp 320078..320164 ctc 125
320290..321018 cds 243 lipoyl LipB
 
comp 401067..402227 cds 281 387 PQQ
comp 402509..402624 5s 129 116
comp 402754..403402 23s° 106 649
comp 403509..403880 16s° 502 372
comp 404383..404577 cds 65 hp
 
501394..501756 cds 95 121 response reg
501852..501927 aac 4
501932..502008 gac 4
502013..502087 ggc 102
comp 502190..502957 cds 83 256 Hx-t-Hx
503041..503667 cds 249 209 pyridoxamine
comp 503917..504474 16s° 547 558
505022..506005 cds 328 lytic dom modif
 
comp 601019..603679 cds 358 887 bif CoA
604038..604113 ttc 318
> 604432..605613 cds 394 ss integrase recomb
 
>comp 131140..131621 cds 193 161 p-erythrose
131815..131891 atgf 202 d’où?
comp 132094..132276 cds 61 hp
 
 
plasmide6
88804..89472 cds 397 223 RraA fam
89870..89944 ggc 249
90194..91186 cds 331 UDP-N-acetyl
A2. Azospirillum brasilense strain Az39
sens adresse bloc inter cdsa protéine ordre
chrom
2482875..2484518 cds 365 548 recombinase CHA1
comp 2484884..2484974 tcc 120
comp 2485095..2485898 cds 268 ab hydrolase
 
comp 2640759..2641325 cds 149 189 Prolyl-tRNA CHA
2641475..2641549 ggc 688
2642238..2642915 cds 226 menaquinone
 
comp 2764482..2765567 cds 659 362 hp
comp 2766227..2766300 ggg 35
comp 2766336..2766995 cds 220 N-acetyl trans
 
2781933..2783774 cds 187 614 EAL & GGDEF
comp 2783962..2784077 5s 129 116
comp 2784207..2786959 23s 255 2753
comp 2787215..2787290 gca 30
comp 2787321..2787397 atc 108
comp 2787506..2789006 16s 496 1501
comp 2789503..2790207 cds 235 PAP2 fam
 
2843264..2843443 cds 77 60 hp
comp 2843521..2843597 cgt 170
2843768..2844268 cds 167 xanthine
 
125527..126444 cds 127 306 restriction end
comp 126572..126647 gcg 206
126854..127138 cds 95 YggT fam
 
comp 163237..164982 cds 175 582 Hase HypA
165158..165234 agg 59
165294..166022 cds 243 SDR fam
 
comp 188235..189860 cds 42 542 glycosyl CHB
comp 189903..189977 acg 81
comp 190059..191987 cds 643 helicas RecQ
 
comp 250833..251111 cds 169 93 hp
comp 251281..251356 gcc 141
comp 251498..251893 cds 132 TIGR02300
 
comp 458142..458459 cds 209 106 50s L21
458669..458758 tcg 63
comp 458822..459664 cds 281 ab hydrolase f
 
comp 496776..497171 cds 162 132 cupin dom CHC
comp 497334..497420 ttg 137
497558..498085 cds 176 disulfide
 
comp 615937..616350 cds 121 138 hp
comp 616472..616548 ccg 206
comp 616755..616831 ccg 109
comp 616941..617957 cds 339 farnesyl
 
comp 748703..749161 cds 38 153 hp
comp 749200..749275 aca 91
comp 749367..750221 cds 144 285 23s RlmB
750366..750451 tac 60
750512..750585 gga 81
750667..751857 cds 153 397 elonga Tu
752011..752086 tgg 69
752156..752353 cds 66 subunit SecE
 
comp 794457..795983 cds 296 509 methyl trans
796280..796355 aag 76
796432..796507 aag 109
comp 796617..797057 cds 147 MaoC fam
 
870412..872373 cds 159 654 sigma RpoD
872533..872608 atgi 5
comp 872614..873093 cds 134 160 GNAT fam
comp 873228..873304 cgt 212
873517..874023 cds 169 hp
 
931962..933011 cds 68 350 low Thr
933080..933155 gag 38
933194..933269 gag 72
comp 933342..934340 cds 333 SLT dom
 
997881..998357 cds 246 159 peptido Pal CHD
comp 998604..998678 acc 175
comp 998854..1000815 cds 654 polysacchard
 
comp 1164137..1165048 cds 159 304 DUF3108
1165208..1165282 gtg 132
1165415..1165489 gtg 231
1165721..1165885 cds 55 hp
 
1242416..1242919 cds 85 168 MerR fam
1243005..1243081 ccc 139
comp 1243221..1244999 cds 593 cyclicN bind
 
comp 1353398..1353895 cds 118 166 hp CHE
1354014..1354091 cca 49
1354141..1354437 cds 10 99 ETC complex
1354448..1354524 aga 443
1354968..1355213 cds 82 hp
 
comp 1370270..1370500 cds 196 77 hp
comp 1370697..1370772 aac 220
comp 1370993..1371066 tgc 218
1371285..1371941 cds 219 L-iso-Asp
 
comp 1427443..1427733 cds 236 97 YkgJ fam
comp 1427970..1428085 5s 129 116
comp 1428215..1430967 23s 266 2753
comp 1431234..1431309 gca 30
comp 1431340..1431416 atc 108
comp 1431525..1433015 16s 779 1491
1433795..1437778 cds 1328 non ribosom
 
 
 
 
 
 
comp 1576457..1577296 cds 243 280 ak reductase CHF
comp 1577540..1577615 gaa 123
comp 1577739..1579538 cds 600 ss-DNA
 
comp 1723089..1723457 cds 344 123 NADH-quinone
comp 1723802..1723878 gac 164
comp 1724043..1724117 gta 106
comp 1724224..1724496 cds 91 HU bind
 
comp 1730385..1731719 cds 91 445 trigger factor
comp 1731811..1731895 cta 173
comp 1732069..1733634 cds 106 522 malonyl CoA
comp 1733741..1735207 cds 129 489 bif NAD
comp 1735337..1735412 cac 109
comp 1735522..1735597 cac 337
1735935..1736273 cds 113 P-II nitrogen
 
1951126..1951752 cds 149 209 nitrogen NifQ
1951902..1951987 tac 74
comp 1952062..1952424 cds 121 hp
 
1996903..1997244 cds 595 114 hp
comp 1997840..1997914 atgj 131
comp 1998046..1999179 cds 378 tRNA MnmA
 
2086487..2088658 cds 156 724 malate G
comp 2088815..2088889 gtc 234
2089124..2090002 cds 293 N-formyl Glu
 
comp 2303404..2303880 cds 414 159 bacteriofer
comp 2304295..2304377 tta 406
comp 2304784..2305029 cds 82 hp
plasmide1
>comp 115594..115896 cds 394 101 p-IS5/IS1182 PL1A
comp 116291..116367 atgf 96
comp 116464..116579 5s 129 116
comp 116709..119461 23s 255 2753
comp 119717..119792 gca 30
comp 119823..119899 atc 108
comp 120008..121498 16s 740 1491
122239..123597 cds 453 peptido fam
 
comp 217550..218176 cds 123 209 ribonucleaseD PL1B
comp 218300..218386 ctg 228
218615..219604 cds 330 NDUFA9
 
comp 300477..301733 cds 472 419 exo SbcD
302206..303696 16s 108 1491
303805..303881 atc 30
303912..303987 gca 255
304243..306995 23s 129 2753
307125..307240 5s 96 116
307337..307413 atgf 161
<comp 307575..307805 cds 77 p-ATP-bind
 
comp 466493..467710 cds 231 406 ss integrase PL1C
comp 467942..468031 tca 205
comp 468237..468809 cds 191 hp
 
512242..512790 cds 136 183 pantetheine
512927..513002 aaa 209
513212..514036 cds 275 DUF3618
 
931813..933912 cds 79 700 membrane p PL1D
933992..934066 caa 382
comp 934449..935270 cds 274 hp
 
comp 948715..949743 cds 199 343 Ppx/GppA PL1E
949943..950016 cag 246
comp 950263..950829 cds 189 IS3 fam
 
> 971260..971532 cds 493 91 P-hp PL1F
comp 972026..972119 agc 197
972317..972550 cds 78 hp
 
comp 1302373..1303350 cds 166 326 fucosyl PL1G
comp 1303517..1303592 ttc 98
comp 1303691..1303876 cds 62 gyrase YacG
 
1349823..1350929 cds 145 369 GNAT fam
comp 1351075..1353828 23s 262 2754
comp 1354091..1355591 16s 676 1501
1356268..1356726 cds 153 MarR fam
 
 
 
comp 1441708..1443066 cds 153 453 hp PL1H
1443220..1443294 acc 1
1443296..1443371 gcg 99
1443471..1443547 gac 44
1443592..1443666 gtc 1
1443668..1443741 cag 137
comp 1443879..1446428 cds 850 dip ABC
 
1566394..1566612 cds 193 73 hp PL1I
comp 1566806..1566921 5s 128 116
comp 1567050..1569802 23s 254 2753
comp 1570057..1570132 gca 30
comp 1570163..1570239 atc 94
comp 1570334..1571834 16s 444 1501
comp 1572279..1572707 cds 143 DUF1489
 
 
 
1723583..1724962 cds 94 460 hp PL1J
comp 1725057..1725143 ctc 475
1725619..1726311 cds 231 FadR fam
 
1757680..1760568 cds 308 963 PAS dom PL1K
1760877..1760963 ctg 29
1760993..1761068 gcc 247
comp 1761316..1761840 cds 175 Hx-t-Hx
 
1854042..1855049 cds 135 336 inorganic P
comp 1855185..1855259 ggc 243
1855503..1858685 cds 1061 AAA fam
 
>comp 1883235..1883816 cds 210 194 P-hp PL1L
1884027..1884102 aac 4
1884107..1884183 gac 32
comp 1884216..1884821 cds 202 hp
plasmide2
comp 51090..51836 cds 481 249 sigma-70 fam
comp 52318..52393 tgg 363
52757..53587 cds 277 hp
 
comp 809229..810019 cds 870 264 IS5 fam
comp 810890..810966 atgf 96
comp 811063..811178 5s 127 116
comp 811306..814058 23s 266 2753
comp 814325..814400 gca 30
comp 814431..814507 atc 108
comp 814616..816106 16s 452 1491
comp 816559..817443 cds 295 Hx-t-Hx dom
plasmide4
196992..199346 cds 148 785 mecano ion PL4A
199495..199581 ctg 30
199612..199687 gcc 188
199876..201333 cds 486 hp
 
237538..238578 cds 92 347 response reg PL4B
comp 238671..238747 cgg 96
comp 238844..239821 cds 326 ab hydrolase
 
comp 257739..258470 cds 125 244 lipoyl LipB
258596..258682 ctc 123
comp 258806..259108 cds 101 STAS dom
 
comp 399367..400527 cds 278 387 PQQ
comp 400806..400921 5s 129 116
comp 401051..403803 23s 255 2753
comp 404059..404134 gca 30
comp 404165..404241 atc 108
comp 404350..405850 16s 502 1501
comp 406353..406547 cds 65 hp
 
504531..504893 cds 82 121 response reg
504976..505051 aac 3
505055..505131 gac 4
505136..505210 ggc 102
comp 505313..506080 cds 83 256 Hx-t-Hx
506164..506790 cds 202 209 pyridoxamine
comp 506993..507108 5s 127 116
comp 507236..509988 23s 266 2753
comp 510255..510330 gca 30
comp 510361..510437 atc 110
comp 510548..512038 16s 615 1491
512654..513568 cds 305 lytic dom
 
comp 588108..590768 cds 340 887 bif CoA
591109..591184 ttc 286
591471..592979 cds 503 FAD bind
plasmide5
86421..87089 cds 455 223 RraA fam
87545..87619 ggc 193
87813..88865 cds 351 UDP-N-acety

abs remarques modifier

  • Remarques:
    - Les remarques de abq qui ne changent pas: les intercalaires élevés avec les cds, les intercalaires entre aas (@2) et les séquences des doubles. La phylogénie étroite entre les 2 souches explique cette étroite ressemblance en tout cas pour les intercalaires et les doubles, mais pas pour les blocs à rRNAs.
    - Le tableau des intercalaires et des doubles ci-dessous met en parallèle ces 3 remarques.
    - Les remarques qui changent fondamentalement: ce sont les blocs à rRNAs (@1) et les plasmides (@3). J’ai fait une comparaison détaillée entre les 2 génomes dans abs abq blocs. Elle montre 2 processus distincts:
    1. Le processus de recombinaison qui explique l’ordre des blocs et le changement de certains cds.
    2. Le processus de conversion génique qui, en grande partie, a détruit partiellement les rRNAs 16s et 23s et non les 5s. Cependant un 5s a disparu en laissant son atgf. D’après la majorité des cds identiques entre abs et abq et qui sont attachés à ces blocs, les rRNas modifiés restent sur place.
  • Tableau des intercalaires et des doubles
abs intercalaires aas		abs	intercalaires cds	abs intercalaires cds			
adresse	aas			adresse	rRNA			adresse	aas		
1825516	aac-tgc	219		2168164	16s°	775		365702	cag	746	
2562333	ccg-ccg	205		199382	16s°	738		17144	ggc	670	
1512123	gta-gac	163		1582956	atgf	706		272620	tgg	529-480	isolé
2033754	gtg-gtg	132		913480	16s	675		1397194	agc	453	
1501449	cac-cac	109		503917	16s°	547		1809249	aga	442	
631460	gcg-gac	99		2168653	16s°	522					
2373488	aag-aag	74		403509	16s°	502			atgj	354	
				538069	16s’	495			ctc	257	
				913480	16s	486			ggg	114	
				450804	16s	465					
				1578553	16s	457			cag abq	246	
				200147	atgf	437					
											
abq intercalaires entre aas	abq intercalaires cds		abq intercalaires cds			
1370697	aac-tgc	220		810890	atgf	870		2641475	ggc	688	
616472	ccg-ccg	206		1431525	16s	779		2766227	ggg	659	
1723802	gac-gta	164		120008	16s	740		1997840	atgj	595	
1165208	gtg-gtg	132		1354091	16s	676		972026	agc	493	
1735337	cac-cac	109		510548	16s	615		1725057	ctc	475	
1443296	gcg-gac	99		404350	16s	502		86421	ggc	455	
796280	aag-aag	76		2787506	16s	496		1354448	aga	443	
				302206	16s	472		52318	tgg	481-363	
				814616	16s	452		2304295	tta	414-406	isolé
				1570334	16s	444					
											
intercalaires supérieurs à 500 pbs.											
	agr	oan	abq	abs							
16s	2	4	6	7							
aas	6	12	3	3							
max 16s	633	998	870	775							
max aas	793	1650	688	746							
											
											
Doubles abs			Doubles abq							
aas	n	doublets	aas	n	doublets					
1	39	ccg		1	38	ccg					
2	10	aag		2	11	aag					
3	1	gag		3	1	gag					
4		gtg		4		gtg					
5	1	cac		5	1	cac

abs distribution modifier 

aag2 cac2 ccg2 gag2 gtg2  
ggc: 3 1aa et 1 >1aa
Al7 abs, Azospirillum brasilense strain Sp245. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 4
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 4 acc 2 aac 3 agc 1
ctc 2 ccc 1 cac 2 cgt 2
gtc 2 gcc 3 gac 4 ggc 4
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 4 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 2
atgj 1 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 3 ccg 2 cag 2 cgg 1
gtg 2 gcg 2 gag 2 ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
abs 30 39 3 8 80

abs. Intergen51 modifier

Intergen51. abs. Le génome modifier

  • abs Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: abs, Azospirillum baldaniorum, NCBI [38], date 25.4.21.
  • abs La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
abs	363,304		3,023,440	12.0
abs données intercalaires modifier
abs données intercalaires 200 modifier
abs autres intercalaires aas modifier

Intergen51. abs. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. abs les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 abs les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,564 324 6 1,894 2.1 12 1 13
x 881 34 2 917 0 1 1
t 2,445 358 8 2,811 12 2 14
% 87.0 12.7 0.3
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 36 0 0 36 1.2 tRNA-CDS 66 60
x 30 0 0 30 RNA-RNA 12 11
t 66 0 0 66 CDS-rRNA 2 2
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 30 27
- total 110 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.5 5.6 3.4 24.8 2.8 77 0.3 0.0
x 10.2 0.0 8.8 18.9 3.3 12 0.2 0.0

Intergen51. abs. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  abs présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	abs
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.750	-1.80E-06	1.34E-03	-3.91E-01	58.8	fx1	abscisse	235.5	197.1
0.883	-2.23E-06	1.96E-03	-6.44E-01	85.2	fc1	ordonnée	18.4	21.2
								
0.822	2.18E-06	-1.54E-03	2.33E-01	20.5	fx41			
0.952	2.74E-06	-1.62E-03	1.23E-01	38.9	fc41			

données	abs		calculs			formules				légende  de la colonne calculs
effect	1570		R2.21	756		diagramme pol21				coefficient de détermination polynôme 21
xm	45		pte	17,64		1000*(-1+1000*ym/effect)/(x1m-xm)	pente de la diagonale
ym	6		cste	4,62		1+x1m*pte/1000				sa constante
x1m	205		r400l	195		400-x1m					longueur de x1m à 400
y1m	1		restp	157,96		rfin+r400				somme des intercalaires au-delà de x1m
rfin	35,03		%sd	33,76		100*supd/supdt				taux des intercalaires au-dessus de la diagonale
bornf	145		lond	160		x1m-xm					longueur de la diagonale
supd	178,07		%sf	31,67		100*supf/supft				taux des intercalaires pour la forme
supdt	527,39		lonf	100		bornf-xm				longueur de la forme
xmp	314,65		sf/lf	1,24		supf/lonf				indice intercalaire de la forme
r400	122,93		sr/lr	0,91		(supd-supf)/(lond-lonf)			indice intercalaire du reste de la diagonale
supf	123,66		sd/ld	1,11		supd/lond				indice intercalaire de la diagonale
supft	390,45		i.r400	0,63		r400/r400i				indice intercalaire de r400
										
poly3	abs									
abscis	400									
flexa	188									
flexo	2,21									
xm	45									
sup4	205,8									
sup4t	496,2									
%s4	41,5									
lon4	143

Légende de la colonne données					suite de la légende des données	
effect	total des intercalaires du génome			supf	somme des intercalaires au-dessus de la diagonale de xm à bornf
xm	abscisse du minmum local 				supft	somme des intercalaires de xm à bornf
ym	son ordonnée en effectif				poly3	
x1m	abscisse à 1‰ de la courbe des moyennes			abscis	abscisse limite des diagrammes en poly3
y1m	l’ordonnée de 1‰ 					flexa	abscisse du point d’inflexion de la courbe
rfin	reste des intercalaires àprès 400			flexo	son ordonnée
bornf	borne estimée de la forme				xm	abscisse du minmum local du diagramme poly3
supd	somme des intercalaires au-dessus de la diagonale	sup4	somme des intercalaires au-dessus  de l’horizontale flexo de xm à flexa
supdt	somme des intercalaires de xm à y1m			sup4t	somme des intercalaires de xm à flexa
xmp	somme des intercalaires de 0 à xm			%s4	taux des intercalaires pour poly3
r400	somme des intercalaires de y1m à 400			lon4	longueur de xm à flexa

Intergen51. abs. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	abs			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	55		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		3	194		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		30	75		1642	8424
total		34	324		2,456	23,544
reste		3	11		264	420
s6		3	2		361	41
s7		7	15		321	1438
s8		17	47		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		3.0	3.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		10.0	2.7		22.0	0.5
s7/sp6		23.3	20.0		19.5	17.1
s8/sp6		56.7	62.7		42.4	77.5
reste/sp6	10.0	14.7		16.1	5.0
						
total s1-5	4	249		814	15120
% / total						
%s1-5		11.8	76.9		33.1	64.2
%sp6		88.2	23.1		66.9	35.8

Intergen51. abs. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s			
16s 23s					5s CDS		1	1
16s tRNA				16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in					CDS 23s			
tRNA contig	1			5s 16s			
tRNA hors	9			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		12	0		total		1	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. abs. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

absp. Intergen51 modifier

Intergen51. absp. Le génome modifier

  • absp Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: absp, Azospirillum baldaniorum plasmid AZOBR_p1, NCBI [39], date 11.4.22.
  • absp La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
absp	211,208		1,766,028	12.0
absp données intercalaires modifier
absp données intercalaires 200 modifier
absp autres intercalaires aas modifier

Intergen51. absp. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. absp les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 absp les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 873 206 0 1,079 2.2 18 1 19
x 472 25 0 497 0 4 4
t 1,345 231 0 1,576 18 5 23
% 85.3 14.7 0.0
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 14 0 0 14 1.3 tRNA-CDS 25 46
x 11 0 0 11 RNA-RNA 18 33
t 25 0 0 25 CDS-rRNA 5 9
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 6 11
- total 54 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 5.0 21.4 4.3 26.0 0.0 83 0.0 0.0
x 11.0 0.0 14.7 19.7 0.0 38 0.0 0.0

Intergen51. absp. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  absp présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	absp
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.660	-2.95E-06	2.02E-03	-4.99E-01	62.4	fx1	abscisse	260.6	168.6
0.899	-3.10E-06	2.57E-03	-7.65E-01	90.5	fc1	ordonnée	15.9	24.5
								
0.599	1.88E-06	-1.47E-03	2.52E-01	16.8	fx41			
0.910	1.52E-06	-7.69E-04	-4.39E-02	46.5	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données			calculs			poly3	absp
effect	873		R2.21	644		abscis	400
xm	45		pte	20,20		flexa	164,4
ym	3,5		cste	4,92		flexo	2,45
x1m	194		r400l	206		xm	45
y1m	1		restp	194,73		sup4	172,4
rfin	50,40		%sd	35,34		sup4t	426,1
bornf	184		lond	149		%	40,5
supd	169,20		%sf	35,56		long	119
supdt	478,81		lonf	139			
xmp	326,46		sf/lf	1,20			
r400	144,33		sr/lr	0,26			
supf	166,62		sd/ld	1,14			
supft	468,50		i.r400	0,70

Intergen51. absp. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	absp			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	26		4	4140
 - 2		2	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		2	124		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		21	56		1642	8424
total		25	206		2,456	23,544
reste		5	14		264	420
s6		1	0		361	41
s7		7	8		321	1438
s8		8	34		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.0	4.8		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		4.8	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		33.3	14.3		19.5	17.1
s8/sp6		38.1	60.7		42.4	77.5
reste/sp6	23.8	25.0		16.1	5.0
						
total s1-5	4	150		814	15120
% / total						
%s1-5		16.0	72.8		33.1	64.2
%sp6		84.0	27.2		66.9	35.8

Intergen51. absp. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		1	2
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		1			23s CDS			1
tRNA in		3			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	6			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		18	0		total		1	4
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. absp. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Agrobacterium sp. H13-3 modifier

agr opérons modifier

  • Lien tableur: agr opérons
  • Liens: gtRNAdb [40], NCBI [41], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A6. Agrobacterium sp. H13-3
59.3%GC 29.12.19 Paris  58   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
chromosoml
comp 1064633..1065274 cds 296 296 214 hp
1065571..1065655 ttg 266 266
1065922..1066437 cds 172 disulfide bond formation protein B
 
comp 1178605..1179114 cds 256 256 170 prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
1179371..1179445 ggc @1 793 793
comp 1180239..1180315 atgj 135 135
comp 1180451..1181647 cds 399 tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
 
comp 1320644..1321006 cds 318 318 121 hp
comp 1321325..1321414 tcg 197 197
comp 1321612..1322493 cds 294 dihydrodipicolinate synthase family protein
 
comp 1361929..1362942 cds 554 554 338 sugar ABC transporter substrate-binding protein
comp 1363497..1363571 gtc 81 81
comp 1363653..1364015 cds 121 response regulator
 
<comp 1426814..1427137 cds 105 105 108 hp
1427243..1428733 16s 337 1491
1429071..1429147 atc 59 59
1429207..1429282 gca 146 146
<comp 1429429..1429626 cds @2 241 241 66 P-hp
1429868..1432681 23s 242 2814
1432924..1433038 5s 257 115
1433296..1433372 atgf 311 311
1433684..1434118 cds 145 acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit
 
1503534..1504520 cds 122 122 329 beta-ketoacyl-ACP synthase III
comp 1504643..1504716 cag 123 123
comp 1504840..1505277 cds 146 Lrp/AsnC family transcriptional regulator
 
1605356..1605856 cds 71 71 167 hp
comp 1605928..1606003 gcc 152 152
comp 1606156..1606545 cds 130 TIGR02300 family protein
 
<comp 1687683..1688015 cds 105 105 111 hp
1688121..1689611 16s 337 1491
1689949..1690025 atc 59 59
1690085..1690160 gca 146 146
<comp 1690307..1690504 cds 241 241 66 P-hp
1690746..1693559 23s 242 2814
1693802..1693916 5s 257 115
1694174..1694250 atgf 203 203
comp 1694454..1694645 cds 64 hp
 
<comp 2103153..2103404 cds 105 105 84 P-hp
2103510..2105000 16s 337 1491
2105338..2105414 atc 59 59
2105474..2105549 gca 146 146
<comp 2105696..2105893 cds 241 241 66 P-hp
2106135..2108948 23s 242 2814
2109191..2109305 5s 257 115
2109563..2109639 atgf 633 633
2110273..2110680 cds 136 membrane protein
chromosomc
<comp 56862..57137 cds 105 105 92 P-hp
57243..58733 16s 337 1491
59071..59147 atc 59 59
59207..59282 gca 146 146
<comp 59429..59626 cds 241 241 66 P-hp
59868..62681 23s 242 2814
62924..63038 5s 257 115
63296..63372 atgf 196 196
63569..65377 cds 603 DNA helicase RecQ
 
comp 125821..127722 cds 287 287 634 molecular chaperone DnaK
comp 128010..128099 tcc 220 220
128320..128637 cds 106 hp
 
227621..228004 cds 240 240 128 membrane protein
comp 228245..228331 ctg 120 120
comp 228452..228757 cds 102 SelT/SelW/SelH family protein
 
> 378307..378396 cds 40 40 30 P-hp
378437..378513 cgt 174 174
378688..379500 cds 271 class I SAM-dependent methyltransferase
 
comp 407277..407435 cds 167 167 53 YqaE/Pmp3 family membrane protein
comp 407603..407678 acg 137 137
comp 407816..408778 cds 321 nitronate monooxygenase
 
425990..427087 cds 56 56 366 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase
427144..427217 ggg 154 154
427372..428058 cds 229 aquaporin Z
 
458659..459081 cds 285 285 141 hp
459367..459442 ttc 246 246
comp 459689..460033 cds 115 cation:proton antiporter
 
comp 493759..494025 cds 155 155 89 hp
494181..494255 acc 195 195
comp 494451..495686 cds 412 flagellin
 
comp 564938..568684 cds 361 361 1249 PAS domain S-box protein
569046..569122 cac 79 79
569202..570920 cds 573 Ppx/GppA family phosphatase
 
comp 763448..764356 cds 202 202 303 MBL fold metallo-hydrolase
764559..764633 caa 263 263
comp 764897..766549 cds 551 malate dehydrogenase (quinone)
 
comp 767020..767439 cds 264 264 140 hp
767704..767780 ccg 159 159
comp 767940..768260 cds 107 hp
 
comp 960360..960701 cds 163 163 114 hp
960865..960955 agc 500 500
comp 961456..961671 cds 72 hp
 
1123408..1124136 cds 141 141 243 hp
1124278..1124363 tta 241 241
1124605..1127115 cds 837 copper-translocating P-type ATPase
 
1154411..1154803 cds 91 91 131 DUF2934 domain-containing protein
comp 1154895..1154969 aac 176 176
1155146..1155424 cds 93 hp
 
comp 1162767..1163027 cds 138 138 87 hp
comp 1163166..1163242 ccc 218 218
1163461..1163997 cds 179 DUF1269 domain-containing protein
 
1192452..1194650 cds 660 660 733 esterase-like activity of phytase family protein
comp 1195311..1195386 gta + 446 446
1195833..1195909 gac 2 gac 41 41
1195951..1196027 gac 435 435
1196463..1196828 cds 122 NADH-quinone oxidoreductase subunit A
 
1421863..1422201 cds 134 134 113 hp
comp 1422336..1422425 tca 88 88
comp 1422514..1422678 cds 55 hp
 
comp 1468229..1469110 cds 180 180 294 HNH endonuclease
comp 1469291..1469367 atgf 132 132
comp 1469500..1470450 cds 317 hp
 
comp 1508458..1508883 cds 558 558 142 PAS domain-containing protein
comp 1509442..1509526 ctc 189 189
1509716..1510447 cds 244 lipoyl(octanoyl) transferase LipB
 
1531160..1531933 cds 447 447 258 amino acid ABC transporter ATP-binding protein
1532381..1532455 gaa 121 121
1532577..1532818 cds 89 89 81 P-hp
1532908..1532982 gaa 129 129
comp 1533112..1534920 cds 603 single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
 
1584509..1584763 cds 155 155 85 GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein
1584919..1584994 aag 134 134
comp 1585129..1585575 cds 149 hp
 
comp 1612420..1613898 cds 240 240 493 trigger factor
comp 1614139..1614221 cta 447 447
< 1614669..1614876 cds 69 P-hp
 
comp 1672216..1672887 cds 245 245 224 protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
comp 1673133..1673206 tgc 240 240
comp 1673447..1673599 cds 51 DUF3309 family protein
 
comp 1744688..1745434 cds 341 341 249 cytochrome c biogenesis protein CcdA
1745776..1745851 aaa 310 310
1746162..1746743 cds 194 DUF1003 domain-containing protein
 
comp 1770727..1772280 cds 91 91 518 tyrosine-type recombinase/integrase
comp 1772372..1772448 cca 265 265
1772714..1773019 cds 51 51 102 ETC complex I subunit
1773071..1773147 aga 7 7
comp 1773155..1773892 cds 246 DUF429 domain-containing protein
 
comp 1902337..1902537 cds 184 184 67 preprotein translocase subunit SecE
comp 1902722..1902797 tgg 241 241
comp 1903039..1903845 cds 269 glycosyltransferase
 
1908698..1908892 cds 70 70 65 hp
comp 1908963..1909036 gga 26 26 26
comp 1909063..1909147 tac 209 209
1909357..1910244 cds 296 23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
 
1922447..1922800 cds 55 55 118 hp
comp 1922856..1922931 aca 207 207
1923139..1924878 cds 580 GGDEF domain-containing protein
 
2079925..2080287 cds 156 156 121 hp
comp 2080444..2080519 atgi 178 178
2080698..2081441 cds 248 SIMPL domain-containing protein
 
comp 2275632..2276138 cds 522 522 169 winged helix-turn-helix transcriptional regulator
2276661..2276737 cgg 287 287
2277025..2277264 cds 80 hp
 
comp 2388300..2388497 cds 87 87 66 hp
2388585..2388659 ggc 361 361
2389021..2391024 cds 668 methyl-accepting chemotaxis protein
 
comp 2490745..2491854 cds 535 535 370 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein
comp 2492390..2492466 atgf 287 115
comp 2492754..2492868 5s 242 2814
comp 2493111..2495924 23s 241 241
> 2496166..2496363 cds 146 146 66 P-hp
comp 2496510..2496585 gca 59 59
comp 2496645..2496721 atc 337
comp 2497059..2498549 16s 105 105 1491
> 2498655..2498930 cds 92 P-hp

agr cumuls modifier

cumuls. agr.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 5 1 1 0 1 100 24 1 0
16atcgca235 0 20 50 3 40 200 30 30 1
Id-atgf 5 40 1 100 12 80 300 14 60 3
16s23s 0 60 1 5 150 22 120 400 8 90 17
max a 3 80 200 17 160 500 2 120 13
a doubles 0 100 250 18 200 600 4 150 14
spéciaux 0 120 300 9 240 700 4 180 5
total aas 15 140 350 4 280 800 1 210 1
sans opérons 38 160 400 2 320 900 1 240 3
1 aa 35 180 450 3 360 1000 0 270 7
max a 3 200 500 1 400 1100 0 300 4
a doubles 1 2 6 1 21
total aas 42 4 5 97 0 89 89
total aas 57
remarques 2
avec jaune moyenne 59 213 230
variance 0 134 209
sans jaune moyenne 33 172 185 137
variance 76 131 71

agr tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de agr opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
agr	55			55			34			76
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
40	174		51	7		51	7		51	7
51	7		361	79		123	122		174	40
55	207		554	81		129	89		207	55
56	154		134	88		134	88		154	56
70	209		240	120		152	71		209	70
71	152		447	121		154	56		152	71
87	361		122	123		155	134		361	79
89	129		89	129		167	137		554	81
91	176		180	132		174	40		361	87
91	265		155	134		176	91		134	88
122	123		256	135		178	156		129	89
134	88		167	137		180	132		176	91
138	218		71	152		195	155		265	91
141	241		56	154		207	55		240	120
155	195		264	159		209	70		447	121
155	134		40	174		218	138		123	122
156	178		91	176		240	120		180	132
163	500		156	178		241	141		155	134
167	137		558	189		241	184		256	135
180	132		155	195		245	240		167	137
184	241		318	197		256	135		218	138
202	263		55	207		263	202		241	141
240	120		70	209		264	159		195	155
240	447		138	218		265	91		178	156
245	240		287	220		285	246		264	159
256	135		245	240		287	220		500	163
264	159		141	241		296	266		241	184
285	246		184	241		318	197		558	189
287	220		285	246		341	310		318	197
296	266		202	263		361	79		263	202
318	197		91	265		361	87		287	220
341	310		296	266		447	121		245	240
361	79		522	287		447	240		447	240
447	121		341	310		500	163		285	246
522	287		87	361		522	287		296	266
554	81		660	435		554	81		522	287
558	189		240	447		558	189		341	310
660	435		163	500		660	435		660	435
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
agr	5,159		76		42	26	7	1	21	21	13	29
‰					553	342	92	13	553	553	342	763

agr blocs modifier

  • Lien tableur: agr blocs
  • Légende:
    CoA   acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit
    helicase  DNA helicase RecQ
    2Fe-2S  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein
    membrane  membrane protein
    hp    hypothetical protein
    p-hp   pseudo hp
A6. agr, blocs à rRNA.
chromomel intercal cdsa intercal cdsa intercal cdsa
cds 105 108 hp 105 111 hp 105 84 P-hp
16s 337 1491 337 1491 337 1491
atc 59 59 59
gca 146 146 146
cds 241 66 P-hp 241 66 P-hp 241 66 P-hp
23s 242 2814 242 2814 242 2814
5s 257 115 257 115 257 115
atgf 311 203 633
cds 145 CoA 64 hp 136 membrane
chromosomec
cds 105 92 P-hp 105 92 P-hp
16s 337 1491 337 1491
atc 59 59
gca 146 146
cds 241 66 P-hp 241 66 P-hp
23s 242 2814 242 2814
5s 257 115 287 115
atgf 196 535
cds 603 helicase 370 2Fe-2S

agr remarques modifier

  • Remarques
    1. @: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires élevés sont rares et faibles, 6 sur 38 aas sont entre 500 et 793. Voir tableau ci-dessous.
      - un seul aa isolé, gta , 660-446.
      - 2 intercalaires élevés entre 2 aas, ggc-atgi 793 et gta-gac 446. Le 1er est du même ordre que celui de rtb et rpl, 1051 830.
      - Les intercalaires entre aas: Il y en a quatre comme les rickettsia, 793 446 41 26. Les 2 petits sont proches de la moyenne de cette étude de 15 pbs.
      - Les intercalaires avec un cds. Ils sont très faibles sur les 38 aas un seul atteint 660 pbs les autres élevés se répartissent en 4 entre 500-558 et 3 entre 435-447. Ces valeurs sont analogues à ceux des blocs à rRNA, 535 et 633 tout à fait courants dans le haut de gamme de cette étude. Les 30 aas restants ont des intercalaires cds inférieurs à 400 dont 3 seulement dépassent les 300, cac aaa ggc.
    2. @ Les cds dans les blocs à rRNAs. Voir agr blocs.
    - Les 5 blocs sont identiques qu’ils soient sur le chromosome linéaire ou circulaire. C’est comme une duplication répétée 5 fois.
    - Le cds interne a toutes les caractéristiques d’un candidat à la création: interne, hypothétique et petit. La caractéristique pseudo est encore un indice très fort de la genèse, la séquence acquiera plus tard le codon initial et le codon stop ou tout autre complément imposé par le système de réparation contraint par l’évolution de l’environnement du génome.
    - On retrouve la situation du génome oan, avec un p-hp de 63 aas contre 66 ici. Ces 2 génomes se ressemblent beaucoup,
    + DNAa total identique oan et agr 4,8 mega, 2 chromosomes dont 1 linéaire pour agr. Tous les blocs se terminent par atgf et sont complets.
    + Beaucoup de cds hp externes.
    - Chez agr, 5 hp dont 3 p-hp au-dessus de 16s de la même taille que le p-hp interne. Ils se comportent comme lui, quasimment même petite taille et des intercalaires identiques de 105 pbs. Ces 10 cds font partie intégrante du processus de réparation ou de conversion qui a créé les 5 blocs. Après 5s 3 cds de petites tailles dont un hpcomme ceux au-dessus du 16s. Donc 2 cds bien caractérisés se comportant comme le p-hp interne candidat à la création. Cependant ces 3 cds apparemment ne font pas partie intégrante du processus de conversion puisque leurs intercalaires avec atgf varient beaucoup de 203 à 633, comme les 2 restant.
    - Chez oan seulement 2 cds de 57 aas sur un total de 8 cds. Ils sont bien caractérisés.
    - La question qui se pose alors est : est-ce que ces 10 cds analogues aux internes peuvent ils être des candidats à la création?
    - Note du 4.10.20: les 5 cds disparaissent dans NCBI du 12.4.20, après contrôle.
  • Séquence des doubles: très peu de doubles, 1 doublets pour 38 opérons à aas.
  • Tableau des intercalaires élevés
aas	adresse	pbs	note
ggc	1179371	793	aa-aa
gta	1195311	660-446	isolé
ctc	1509442	558	
gtc	1363497	554	
cgg	2276661	522	
agc	960865	500	
gaa	1532381	447	
cta	1614139	447	
gac	1195833	446	aa-aa
gac	1195951	435	
			
cac	569046	361	
aaa	1745776	341-310	
ggc	2388585	361	
			
atgf	2492390	535	5s-aa
atgf	2109563	633	5s-aa

agr distribution modifier

Al8 agr, Agrobacterium sp. H13-3. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 6
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 5 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 5 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg gcg gag ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
agr 7 35 5 10 57

agrl. Intergen51 modifier

Intergen51. agrl. Le génome modifier

  • agrl Le prélèvement: alpha gama
  • Le nom et le lien NCBI: agrl, Agrobacterium fabacearum chromosome linear, NCBI [42], date 19.4.21.
  • agrl La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
agrl	225,474		2,148,289	10.5
agrl données intercalaires modifier
agrl données intercalaires 200 modifier
agrl autres intercalaires aas modifier

Intergen51. agrl. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. agrl les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 agrl les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,038 308 2 1,348 2.6 15 2 17
x 498 25 1 524 1 1 2
t 1,536 333 3 1,872 16 3 19
% 82.1 17.8 0.2
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 10 0 0 10 2.0 tRNA-CDS 15 38
x 5 0 0 5 RNA-RNA 16 40
t 15 0 0 15 CDS-rRNA 3 8
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 6 15
- total 40 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.9 20.0 0.3 32.7 0.0 80 0.1 0.0
x 8.4 0.0 0.0 12.0 0.0 40 0.2 0.0

Intergen51. agrl. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  agrl présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	agrl
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.762	2.42E-07	-7.81E-05	-9.33E-02	42.2	fx1	abscisse	-112.4	507.0
0.813	-6.76E-06	5.18E-03	-1.30E+00	117.0	fc1	ordonnée	57.3	1.8
								
0.695	9.34E-08	3.15E-05	-1.18E-01	43.8	fx41			
0.924	-4.55E-07	6.92E-04	-3.52E-01	61.7	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	agrl		calculs			poly3	agrl
effect	1040		R2.21	784		abscis	250
xm	39		pte	7,65		flexa	111
ym	2,6		cste	2,80		flexo	3,02
x1m	235		r400l	165		xm	35
y1m	1		restp	127,88		sup4	98,4
rfin	39,42		%sd	43,11		sup4t	288,5
bornf	84		lond	196		%	34,1
supd	220,1		%sf	51,10		long	76
supdt	510,6		lonf	45			
xmp	361,54		sf/lf	2,15			
r400	88,46		sr/lr	0,82			
supf	96,8		sd/ld	1,12			
supft	189,4		i.r400	0,54

Intergen51. agrl. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	agrl			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	46		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		9	199		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		15	63		1642	8424
total		25	308		2,456	23,544
reste		0	1		264	420
s6		4	0		361	41
s7		6	9		321	1438
s8		5	53		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		9.0	4.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		26.7	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		40.0	14.3		19.5	17.1
s8/sp6		33.3	84.1		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	1.6		16.1	5.0
						
total s1-5	10	245		814	15120
% / total						
%s1-5		40.0	79.5		33.1	64.2
%sp6		60.0	20.5		66.9	35.8

Intergen51. agrl. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		3			CDS 16s		2	1
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	3			16 CDS			
tRNA 23s	3			CDS 5s			
5s tRNA		3			23s CDS			
tRNA in		3			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors		1		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		15	1		total		2	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. agrl. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

agrc. Intergen51 modifier

Intergen51. agrc. Le génome modifier

  • agrc Le prélèvement: alpha gama
  • Le nom et le lien NCBI: agrc, Agrobacterium fabacearum chromosome circular, NCBI [43], date 24.4.22.
  • agrc La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
agrc	332,177		2,823,930	11.8
agrc données intercalaires modifier
agrc données intercalaires 200 modifier
agrc autres intercalaires aas modifier

Intergen51. agrc. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. agrc les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 agrc les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,463 345 3 1,811 2.2 13 0 13
x 787 35 9 831 0 2 2
t 2,250 380 12 2,642 13 2 15
% 85.2 14.4 0.5
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 35 0 0 35 1.1 tRNA-CDS 66 61
x 31 0 0 31 RNA-RNA 13 12
t 66 0 0 66 CDS-rRNA 2 2
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 28 26
- total 109 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 2.3 22.9 0.6 26.2 0.0 82 0.2 0.0
x 7.2 6.5 2.9 13.3 3.2 31 1.1 0.0

Intergen51. agrc. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  agrc présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	agrc
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.828	-3.27E-07	2.41E-04	-1.52E-01	46.3	fx1	abscisse	266.8	216.8
0.760	-2.84E-06	2.34E-03	-6.99E-01	86.0	fc1	ordonnée	16.5	19.1
								
0.829	-5.06E-07	4.05E-04	-1.99E-01	50.4	fx41			
0.908	4.29E-06	-2.79E-03	3.98E-01	20.2	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	agrc		calculs			poly3	agrc
effect	1466		R2.21	730		abscis	400
xm	45		pte	5,63		flexa	213
ym	3		cste	2,30		flexo	1,92
x1m	231		r400l	169		xm	45
y1m	1		restp	132,33		sup4	230,2
rfin	23,19		%sd	51,48		sup4t	527,3
bornf	175		lond	186		%	43,7
supd	283,7		%sf	52,82		long	168
supdt	551,2		lonf	130			
xmp	316,51		sf/lf	1,82			
r400	109,14		sr/lr	0,85			
supf	236,4		sd/ld	1,53			
supft	447,5		i.r400	0,65

Intergen51. agrc. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	agrc			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	57		4	4140
 - 2		5	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		6	226		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		24	61		1642	8424
total		35	345		2,456	23,544
reste		1	2		264	420
s6		3	0		361	41
s7		8	8		321	1438
s8		12	51		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		1.2	4.0		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		12.5	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		33.3	13.1		19.5	17.1
s8/sp6		50.0	83.6		42.4	77.5
reste/sp6	4.2	3.3		16.1	5.0
						
total s1-5	11	284		814	15120
% / total						
%s1-5		31.4	82.3		33.1	64.2
%sp6		68.6	17.7		66.9	35.8

Intergen51. agrc. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s			2
16s 23s					5s CDS			
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	3			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		13	0		total		0	2
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. agrc. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Aureimonas sp. AU20 modifier

aua opérons modifier

  • Lien tableur: aua opérons
  • Liens: gtRNAdb [], NCBI [44], génome [orgn], pau20rrn [45]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Aurantimonadaceae; Aureimonas.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
  • Note: il n'y a pas de gtRNAdb. Aussi j'ai comparé (EXACT NB.CAR STXT) les 1ers atgf atgi atgj du génome cdc, avec les atg de aua sauf atgi qui est défini dans NCB. Les 2 atgf de atgf2 (331629..331705) sont identiques.
A1. Aureimonas sp. AU20
67%GC 8.8.19 Paris  55   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
pAU20rrn
324..1028 CDS rep 461 235 replication initiation protein
comp 1490..1604 5s @1 82 115
comp 1687..4515 23s -15 2829
comp 4501..4851 CDS hp 142 117 hp
comp 4994..5069 gca 33 33
comp 5103..5179 atc 233
comp 5413..6898 16s 1752 1486
comp 8651..9109 CDS hp 153 hp
 
Chromosome
comp 170900..171925 CDS 368 368 342
172294..172378 ctg 130 130 130
172509..172772 CDS 88
 
comp 330094..330690 CDS 338 338 199
331029..331103 ggc @2 404 404
comp 331508..331584 atgf + 44 44
comp 331629..331705 atgf 2 atg 255 255 255
comp 331961..333217 CDS 419
 
344949..346025 CDS 589 589 359 589
346615..346704 tcg 609 609
347314..348471 CDS 386
 
comp 393335..395356 CDS 800 800 674
comp 396157..396232 gcc 439 439 439
comp 396672..397094 CDS 141
 
635177..637537 CDS 640 640 787
comp 638178..638253 gcg 182 182 182
638436..638738 CDS 101
 
comp 924507..925466 CDS 529 529 320
comp 925996..926085 tcc 349 349 349
926435..926767 CDS 111
 
1216789..1217439 CDS 60 60 217 60
1217500..1217576 agg 68 68
comp 1217645..1218760 CDS 372
 
1350534..1352180 CDS @4 -30 -30 549
comp 1352151..1352227 cgt + 51 51
comp 1352279..1352355 cgt 2 cgt 169 169
comp 1352525..1353967 CDS 481
 
1401921..1402442 CDS 142 142 174 142
1402585..1402661 cac 585 585
1403247..1404875 CDS 543
 
1544580..1546277 CDS 455 455 566
comp 1546733..1546808 ttc @2 161 161
1546970..1547044 acc 414 414 414
1547459..1549516 CDS 686
 
1609269..1610216 CDS 278 278 316
comp 1610495..1610571 cgg 121 121 121
comp 1610693..1611427 CDS 245
 
> 1683255..1683581 CDS 209 209 109 209
comp 1683791..1683864 cag 580 580
1684445..1685734 CDS 430
 
1700827..1701852 CDS 300 300 342
comp 1702153..1702227 gtc + 128 128
comp 1702356..1702430 gtc 3 gtc 186 186
comp 1702617..1702691 gtc 68 68 68
comp 1702760..1703125 CDS 122
 
1946715..1946936 CDS 6 6 74 6
comp 1946943..1947018 atgi 105 105
1947124..1947345 CDS 74
 
1981934..1983139 CDS 139 139 402 139
1983279..1983368 agc 825 825
1984194..1985339 CDS 382
 
1996083..1997171 CDS 243 243 363
comp 1997415..1997490 acg 112 112 112
comp 1997603..1998583 CDS 327
 
comp 2263930..2264781 CDS 30 30 284 30
comp 2264812..2264886 gtg 111 111
comp 2264998..2265768 CDS 257
 
2363764..2364786 CDS 18 18 341 18
comp 2364805..2364879 gaa + 140 140
comp 2365020..2365094 gaa 2 gaa 69 69 69
comp 2365164..2366144 CDS 327
 
2367774..2368247 CDS 105 105 158
2368353..2368429 cca @3 43 43 43
2368473..2368778 CDS 36 36 102 36
2368815..2368890 aga 448 448
2369339..2369929 CDS 197
 
comp 2401620..2402732 CDS 155 155 371 155
comp 2402888..2402963 aaa 169 169
2403133..2403870 CDS 246
 
2419689..2420852 CDS 13 13 388 13
2420866..2420955 tca 238 238
2421194..2421934 CDS 247
 
comp 2601493..2601858 CDS 287 287 122 287
comp 2602146..2602222 gac + 58 58
comp 2602281..2602357 gac 2 gac 270 270
2602628..2602703 gta @2 330 330
comp 2603034..2603312 CDS 93
 
comp 2608494..2609852 CDS 73 73 453 73
comp 2609926..2610009 cta 307 307
2610317..2610460 CDS 48
 
comp 2641174..2641824 CDS @3 125 125 217 125
comp 2641950..2642023 tgc 153 153
comp < 2642177..2642443 CDS 296 296 89
2642740..2642814 aac 269 269 269
2643084..2644127 CDS 348
 
comp 2651145..2652935 CDS 239 239 597 239
2653175..2653259 tta 265 265
2653525..2653725 CDS 67
 
comp 2749758..2750318 CDS 3102 3102 187
comp 2753421..2753497 atgf 83 83 83
comp 2753581..2754180 CDS 200
 
2768127..2769224 CDS 63 63 366 63
comp 2769288..2769364 ccg @2 173 173
2769538..2769612 caa 528 528
comp 2770141..2770566 CDS 142
 
comp 2787112..2788920 CDS 217 217 603 217
comp 2789138..2789214 ccc 265 265
comp 2789480..2790022 CDS 181
 
2927857..2928789 CDS 136 136 311 136
comp 2928926..2929010 ctc + 132 132
comp 2929143..2929227 ctc 2 ctc 175 175
2929403..2930164 CDS 254
 
comp 2971057..2971257 CDS 130 130 67
comp 2971388..2971463 tgg 53 53 53
comp 2971517..2972374 CDS 286
 
comp 2973322..2974497 CDS 291 291 392
comp 2974789..2974862 gga 24 24
comp 2974887..2974971 tac 259 259 259
2975231..2976097 CDS 289
 
comp 2979955..2981049 CDS 221 221 365
2981271..2981346 aca 55 55 55
comp 2981402..2981752 CDS 117
 
comp 3063743..3064045 CDS 106 106 101 106
comp 3064152..3064227 aag 147 147
comp 3064375..3064803 CDS 143
 
comp 3194307..3194906 CDS 249 249 200
3195156..3195232 atgj 173 173 173
3195406..3196356 CDS 317
 
comp 3206006..3206455 CDS 743 743 150
comp 3207199..3207273 gag 50 50 50
comp 3207324..3207689 CDS 122
 
3398165..3399901 CDS 554 554 579
3400456..3400530 aac 115 115 115
3400646..3400924 CDS 93
 
3401737..3403497 CDS 227 227 587
comp 3403725..3403799 ggc 208 208
comp 3404008..3404082 ggg 74 74 74
comp 3404157..3404819 CDS 221
 
comp 3597872..3598414 CDS 370 370 181
3598785..3598869 ttg 151 151 151
comp 3599021..3599251 CDS 77

aua cumuls modifier

cumuls. aua. Aureimonas sp. AU20
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 1 1 0 - 1 1 1 0 100 10 1 0
16 aas 23 5s 0 20 0 50 7 40 7 200 22 30 0
16 atc gca hp 1 40 1 100 10 80 9 300 11 60 1
16 cds 23 5s 0 60 3 150 14 120 9 400 20 90 7
max a 2 80 0 200 8 160 4 500 5 120 8
a doubles 0 100 0 250 8 200 3 600 6 150 7
spéciaux 0 120 0 300 10 240 4 700 3 180 2
total aas 2 140 3 350 4 280 1 800 1 210 7
sans opérons 38 160 0 400 2 320 900 0 240 3
1 aa 26 180 2 450 3 360 2 1000 0 270 5
max a 3 200 1 500 1 400 1100 0 300 3
a doubles 6 3 12 1 0 35
total aas 53 13 0 80 40 78 78
total aas 55
remarques 4
avec jaune moyenne
variance
sans jaune moyenne 131 226 153 235 158
variance 75 165 128 125 69

aua tRNA-cds modifier

  • Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de aua opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
aua	43			58			28			73
deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
-30	169		105	43		68	60		169	-30
6	105		743	50		69	18		105	6
13	238		130	53		105	43		238	13
18	69		221	55		105	6		69	18
30	111		60	68		111	30		111	30
36	448		300	68		130	53		448	36
60	68		18	69		147	106		105	43
63	528		227	74		153	125		743	50
73	307		3102	83		169	-30		130	53
105	43		6	105		169	155		221	55
106	147		30	111		175	136		68	60
125	153		243	112		221	55		528	63
130	53		554	115		227	74		300	68
136	175		278	121		238	13		307	73
139	825		368	130		243	112		227	74
142	585		106	147		249	173		3102	83
155	169		370	151		265	217		147	106
209	580		125	153		265	239		243	112
217	265		-30	169		278	121		554	115
221	55		155	169		291	259		278	121
227	74		249	173		296	269		153	125
239	265		136	175		300	68		368	130
243	112		640	182		307	73		175	136
249	173		13	238		330	287		825	139
278	121		338	255		338	255		585	142
287	330		291	259		368	130		370	151
291	259		217	265		370	151		169	155
296	269		239	265		448	36		249	173
300	68		296	269		455	414		640	182
338	255		73	307		528	63		580	209
368	130		287	330		529	349		265	217
370	151		529	349		554	115		265	239
455	414		455	414		580	209		338	255
529	349		800	439		585	142		291	259
554	115		36	448		609	589		296	269
589	609		63	528		640	182		330	287
640	182		209	580		743	50		529	349
743	50		142	585		800	439		455	414
800	439		589	609		825	139		800	439
3102	83		139	825		3102	83		609	589
  • Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
alpha	cds total	total	<0	0-200	201-370	371-600	>600	deb	fin	grand	petit
aua	4,721		80	1	39	24	10	6	16	23	11	28
‰				13	488	300	125	75	400	575	275	700

aua blocs modifier

A1. aua, blocs à rRNA du 8.8.19.
CDS 1752 153 hp
16s 233 1486
atc 33
gca 142
CDS -15 117 hp
23s 82 2829
5s 461 115
CDS 235 replication initiation protein

aua remarques modifier

  • cds de 77 aas: MIVLIAHVHQTSSEDEGERDEQDGFFSSLSALNTGPRATGVGVLRRRSASSRALDGRELAKDQLPETDPDNGGQAR
A1. aua, blocs à rRNA du 6.1.20.
324..1028 cds 461 235 replication initiation protein
comp 1490..1604 5s 82 115
comp 1687..4515 23s -6 2829
4510..4740 cds 253 77 hp
comp 4994..5069 gca 33
comp 5103..5179 atc 236
comp 5416..6898 16s 718 1483
comp 7617..8363 cds 287 249 hp
comp 8651..9178 cds 176 excisionase family DNA-binding protein
  • Remarques: Le seul génome de cette étude dont l’unique bloc rRNA est dans un tout petit plasmide de 9 kpbs pour un chromosome circulaire de 3 742 793 pbs.
    1. @ Une protéine candidate à la création est dans le bloc rRNA, hp, petite taille de 77 aas avec un intercalaire négatif avec 23s (voir prélèvement du 6.1.20 ci-dessus)
    2. @ Des intercalaires entre aas très élevés par rapport aux clusters à plusieurs aas étudiés. Trois très élevés au-delà de 200 pbs, 44 270 208, trois supérieurs à 160, 161 173 186. Alors que la moyenne des autres génomes est autour de 15 pbs.
    3. @ A l’adresse 2367774, deux aas séparés par un cds à très faibles intercalaires, 43 et 36 pbs. Le cds a une taille de 102 aas. Est-ce un candidat à la création? La même situation se retrouve à l’adresse 2641174, avec des intervals moyens, 153 2936 mais le cds a encore une taille plus petite 89 aas.
    4. @ Un intercalaire négatif qui souligne surtout la proximité d’un aa et d’un cds se trouvant sur 2 brins différents. Ceci est du certainement aux processus de conversion génique qui agissent sur les blocs à rRNA, ici ceux-là ont disparus laissant cette configuration. Les 2 cds entourant les 2 aas sont énormes, 500 aas environs, et ne sont donc pas candidats à la création.
  • Note: En séparant les tRNAs des 2 clusters du @3 le spectre des blocs sans rRNA est le suivant
	aas   effectif	total
	1	30	30
	2	7	14
	3	3	9
total aas		53
  • Séquences des doubles: La caractéristique principale des doublons pour ce génome est la grandeur de leurs inteercalaires. Les blocs à doublons se répartissent en
    - 3 blocs à 2 aas doubles, cgt gaa ctc, séparés entre eux par respectivement, 51 140 132 pbs.
    - 2 blocs à 3 aas dont un doublet chacun, ggc atg atg et gta gac gac, avec respectivement entre les doubles 44 et 58 pbs
    - 1 bloc avec un triplet gtc avec les intercalaires de 128 186 pbs.

aua distribution modifier

Al9 aua, Aureimonas sp. AU20. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 2 agc 1
ctc 2 ccc 1 cac 1 cgt 2
gtc 3 gcc 1 gac 2 ggc 2
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga
gta 1 gca 1 gaa 2 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1
alpha >1aa =1aa -5s +5s -16s +16s total
aua 23 30 2 55

aua. Intergen51 modifier

Intergen51. aua. Le génome modifier

  • aua Le prélèvement: Aalpha
  • Le nom et le lien NCBI: aua, Aureimonas sp. AU20 chromosome, NCBI [46], date 12.4.21.
  • aua La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
aua	449,307		3,742,793	12.0
aua données intercalaires modifier
aua données intercalaires 200 modifier
aua autres intercalaires aas modifier

Intergen51. aua. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. aua les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 aua les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,803 523 0 2,326 2.3 9 0 9
x 972 55 3 1,030 4 0 4
t 2,775 578 3 3,356 13 0 13
% 82.7 17.2 0.1
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 45 0 0 45 1.3 tRNA-CDS 80 68
x 34 1 0 35 RNA-RNA 13 11
t 79 1 0 80 CDS-rRNA 0 0
% 98.8 1.3 0.0 non RNA 24 21
- total 117 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 5.1 15.6 1.9 25.1 8.9 83 0.0 0.0
x 9.9 11.4 16.4 12.9 5.7 27 0.3 0.0

Intergen51. aua. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  aua présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	aua
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.799	-6.86E-07	4.67E-04	-1.81E-01	45.3	fx1	abscisse	243.4	209.4
0.776	-3.44E-06	2.67E-03	-7.42E-01	85.8	fc1	ordonnée	18.8	19.8
								
0.807	-1.22E-06	8.91E-04	-2.85E-01	53.0	fx41			
0.928	2,50E-06	-1,57E-03	1,58E-01	32.5	fc31
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	aua		calculs			poly3	aua
effect	1803		R2.21	781		abscis	400
xm	35		pte	7,55		flexa	205
ym	5		cste	3,04		flexo	1,97
x1m	270		r400l	130		xm	35
y1m	1		restp	113,14		sup4	221,0
rfin	51,03		%sd	35,50		sup4t	528,6
bornf	162		lond	235		%	41,8
supd	220,3		%sf	38,05		long	170
supdt	620,6		lonf	127			
xmp	266,22		sf/lf	1,33			
r400	62,12		sr/lr	0,48			
supf	168,8		sd/ld	0,94			
supft	443,7		i.r400	0,48

Intergen51. aua. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	aua			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	87		4	4140
 - 2		1	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		14	345		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		40	90		1642	8424
total		55	523		2,456	23,544
reste		9	10		264	420
s6		6	2		361	41
s7		9	12		321	1438
s8		16	66		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		14.0	4.0		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		15.0	2.2		22.0	0.5
s7/sp6		22.5	13.3		19.5	17.1
s8/sp6		40.0	73.3		42.4	77.5
reste/sp6	22.5	11.1		16.1	5.0
						
total s1-5	15	433		814	15120
% / total						
%s1-5		27.3	82.8		33.1	64.2
%sp6		72.7	17.2		66.9	35.8

Intergen51. aua. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
  • Note: le bloc à rRNA est dans le plasmide
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		1			CDS 16s		1	
16s 23s					5s CDS			1
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		1			CDS 23s			1
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	9	4		16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		13	4		total		1	2
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. aua. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

alpha synthèse modifier

alpha synthèse les tRNA modifier

alpha distribution par génome modifier

Alpha distribution par génome
baci >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s duplica 1-3aas total
rtb 8 25 0 33
rpm 7 30 8 42 5 92
rru 4 36 8 4 3 55
oan 6 41 8 4 59
abq 20 38 16 10 3 87
abs 20 39 8 10 3 80
agr 5 35 10 2 5 57
aua 10 30 2 13 55
total 80 274 0 0 0 60 81 23 518

alpha distribution du total modifier

  • Lien tableur: alpha distribution du total
    - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
    - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau
    - Tableau des indices, en-tête: total génomes, total tRNAs, indice ttt, indice tgt.
Alpha. Distribution du total.
alpha. Distribution du total sans +16s +5s
g1    t1         
atgi 9 tct tat atgf 7
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 13 tcc 8 tac 10 tgc 8
atc 1 acc 13 aac 14 agc 8
ctc 11 ccc 8 cac 11 cgc 13
gtc 13 gcc 16 gac 17 ggc 22
tta 8 tca 8 taa tga 1
ata aca 9 aaa 10 aga 8
cta 8 cca 9 caa 8 cga
gta 7 gca 2 gaa 12 gga 8
ttg 7 tcg 7 tag tgg 10
atgj 10 acg 8 aag 10 agg 6
ctg 15 ccg 10 cag 10 cgg 8
gtg 9 gcg 9 gag 9 ggg 7
alpha8 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 161 274 0 0 0 0 435
alpha. Distribution du total. +16s +5s (1-3aas)
g1    t1         
atgi tct tat atgf 23
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 33 acc 0 aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac 0 ggc
tta tca 0 taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 27 gaa gga
ttg tcg tag tgg 0
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
alpha8 >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 23 60 83
alpha. indices du 27.5.20 347 génomes
g1 t1 347 16935 0,6  0,3
atgi 106 tct tat 0,9 atgf 236
att act 0,3 aat agt
ctt 1,2 cct 0,3 cat cgc 0,3
gtt gct gat 0,6 ggt
ttc 109 tcc 101 tac 104 tgc 105
atc 241 acc 108 aac 111 agc 101
ctc 116 ccc 82 cac 102 cgt 112
gtc 105 gcc 97 gac 150 ggc 133
tta 94 tca 102 taa 1,2 tga 10
ata 1,7 aca 107 aaa 106 aga 103
cta 103 cca 104 caa 113 cga 9,2
gta 105 gca 239 gaa 141 gga 104
ttg 91 tcg 89 tag 0,3 tgg 102
atgj 116 acg 91 aag 80 agg 75
ctg 90 ccg 71 cag 65 cgg 107
gtg 59 gcg 59 gag 54 ggg 70
inter max min total
 

alpha distribution par type modifier

Alpha. Distribution par type.
alpha. distribution des solitaires
g1    t1          
atgi 8 tct tat atgf 5
att act aat agt 0
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 8 tcc 8 tac 2 tgc 4
atc acc 5 aac 5 agc 8
ctc 9 ccc 8 cac 7 cgc 8
gtc 8 gcc 5 gac 1 ggc 11
tta 8 tca 8 taa tga 1
ata aca 8 aaa 9 aga 8
cta 8 cca 8 caa 6 cga
gta 4 gca 1 gaa 6 gga
ttg 7 tcg 7 tag tgg 10
atgj 7 acg 8 aag 4 agg 6
ctg 6 ccg 3 cag 6 cgg 7
gtg 3 gcg 4 gag 5 ggg 6
alpha8 1aa 274
alpha. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1    t1          
atgi 1 tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc tac 8 tgc 4
atc 1 acc 3 aac 7 agc
ctc ccc cac cgc
gtc 2 gcc 5 gac 10 ggc 7
tta tca taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga
cta cca 1 caa 2 cga
gta 3 gca 1 gaa 2 gga 8
ttg tcg tag tgg
atgj 1 acg aag agg
ctg 4 ccg 1 cag 2 cgg 1
gtg gcg 2 gag ggg 1
alpha8 >1aa 80
alpha. distribution du type >1aa duplicata
g1    t1          
atgi tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 4 tcc tac tgc
atc acc 5 aac 2 agc
ctc 2 ccc cac 4 cgc 5
gtc 3 gcc 6 gac 6 ggc 4
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca gaa 4 gga
ttg tcg tag tgg
atgj 2 acg aag 6 agg
ctg 5 ccg 6 cag 2 cgg
gtg 6 gcg 3 gag 4 ggg
alpha8 dupli 81

alpha par rapport au groupe de référence modifier

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
alpha8 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 90 14 38 142
16 moyen 103 15 16 60 134
14 fort 81 51 27 23 182
274 80 81 23 60 518
10 g+cga 46 6 27 79
2 agg+cgg 13 1 14
4 carre ccc 30 7 11 48
5 autres 1 1
90 14 38 142
total tRNAs ‰
alpha8 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres alpha ‰ ref.‰
21 faible 174 27 73 274 26
16 moyen 199 29 31 116 259 324
14 fort 156 98 52 44 351 650
529 154 156 44 116 518 729
10 g+cga 89 12 52 153 10
2 agg+cgg 25 2 0 27
4 carre ccc 58 14 21 93 16
5 autres 2 0 0 2
174 27 73 274
blocs tRNAs ‰ total colonne %
alpha8 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 207 32 87 326 26 33 18 47
16 moyen 237 34 37 308 324 38 19 20
14 fort 186 117 62 366 650 30 64 33
630 184 186 435 729 274 80 81
10 g+cga 106 14 62 182 10 51 71
2 agg+cgg 30 2 0 32 14
4 carre ccc 69 16 25 110 16 33 29
5 autres 2 0 0 2 1
207 32 87 326 90 38

alpha, estimation des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: alpha, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 27.5.20
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs
alpha, calcul des -rRNAs modifier
alp alpha 70 génomes
alp1 cumul des +rRNAs de la fiche alpha pour 70 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 144
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 189 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 191 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg gag ggg
alph70 inter max min total
380 144 1 525
alp2 indices du clade alpha du 27.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1      347 0.6  0.3
atgi 106 tct tat 0.9 atgf 236
att act 0.3 aat agt
ctt 1.2 cct 0.3 cat cgc 0.3
gtt gct gat 0.6 ggt
ttc 109 tcc 101 tac 104 tgc 105
atc 269 acc 108 aac 111 agc 101
ctc 116 ccc 82 cac 102 cgt 112
gtc 105 gcc 97 gac 150 ggc 133
tta 94 tca 102 taa 1.2 tga 10
ata 1.7 aca 107 aaa 106 aga 103
cta 103 cca 104 caa 113 cga 9.2
gta 105 gca 271 gaa 141 gga 104
ttg 91 tcg 89 tag 0.3 tgg 102
atgj 116 acg 91 aag 80 agg 75
ctg 90 ccg 71 cag 65 cgg 107
gtg 59 gcg 59 gag 54 ggg 70
gtRNA inter max min total
1964 1735 1242 4941
alp3 cumul des -rRNAs de l'annexe alpha 8 génomes
g1    t1         
atgi 9 tct tat atgf 7
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 13 tcc 8 tac 10 tgc 8
atc 1 acc 13 aac 14 agc 8
ctc 11 ccc 8 cac 11 cgt 13
gtc 13 gcc 16 gac 17 ggc 22
tta 8 tca 8 taa tga 1
ata aca 9 aaa 10 aga 8
cta 8 cca 9 caa 8 cga
gta 7 gca 2 gaa 12 gga 8
ttg 7 tcg 7 tag tgg 10
atgj 10 acg 8 aag 10 agg 6
ctg 15 ccg 10 cag 10 cgg 8
gtg 9 gcg 9 gag 9 ggg 7
alph8 inter max min total
134 159 142 435
alp4 indices des +rRNAs de la fiche alpha pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 206
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 270 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 273 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg 1.4
gtg gcg gag ggg
alph70 inter max min total
543 206 1 750
alp5 estimation des -rRNA du clade alpha pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 106 tct tat 0.9 atgf 30
att act 0.3 aat agt
ctt 1.2 cct 0.3 cat cgc 0.3
gtt gct gat 0.6 ggt
ttc 109 tcc 101 tac 104 tgc 105
atc -1 acc 108 aac 111 agc 101
ctc 116 ccc 82 cac 102 cgt 112
gtc 105 gcc 97 gac 150 ggc 133
tta 94 tca 102 taa 1.2 tga 10
ata 1.7 aca 107 aaa 106 aga 103
cta 103 cca 104 caa 113 cga 9.2
gta 105 gca -2 gaa 141 gga 104
ttg 91 tcg 89 tag 0.3 tgg 102
atgj 116 acg 91 aag 80 agg 75
ctg 90 ccg 71 cag 65 cgg 106
gtg 59 gcg 59 gag 54 ggg 70
-rRNA inter max min total
1421 1529 1241 4191
alp6 indices des -rRNAs de l'annexe alpha pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 113 tct tat atgf 88
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 163 tcc 100 tac 125 tgc 100
atc 13 acc 163 aac 175 agc 100
ctc 138 ccc 100 cac 138 cgt 163
gtc 163 gcc 200 gac 213 ggc 275
tta 100 tca 100 taa tga 13
ata aca 113 aaa 125 aga 100
cta 100 cca 113 caa 100 cga
gta 88 gca 25 gaa 150 gga 100
ttg 88 tcg 88 tag tgg 125
atgj 125 acg 100 aag 125 agg 75
ctg 188 ccg 125 cag 125 cgg 100
gtg 113 gcg 113 gag 113 ggg 88
alph8 inter max min total
1675 1988 1775 5438
alpha, comparaison clade-annexe des -rRNAs modifier
  • Lien tableur: alpha, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - alp7. diff, somme des couleurs de alp7. La différence entre tRNAs est faite entre alp5 et alp6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - alp8. rap, rapport des sommes couleurs alp5/alp2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de alp5 sur celui de alp2.
  • Fréquences des différences en % du tableau alp7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	18	9	2	6	4	4	1	0	0	2	2	48
tot ≤ 50						39
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 19% au dessus de celle de la fiche des alpha.
tRNAs		fiche		annexe
sans		3190		435
avec		525		205
genomes		70		8
indice %	46		54
alp alpha 63 génomes
alp7 alpha, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 6 tct tat 100 atgf 66
att act 100 aat agt
ctt 100 cct 100 cat cgc 100
gtt gct gat 100 ggt
ttc 33 tcc 1 tac 17 tgc 5
atc 108 acc 34 aac 37 agc 1
ctc 16 ccc 18 cac 26 cgt 31
gtc 35 gcc 52 gac 29 ggc 52
tta 6 tca 2 taa 100 tga 20
ata 100 aca 5 aaa 15 aga 3
cta 3 cca 8 caa 12 cga 100
gta 17 gca 107 gaa 6 gga 4
ttg 4 tcg 2 tag 100 tgg 18
atgj 7 acg 9 aag 36 agg 0
ctg 52 ccg 43 cag 48 cgg 5
gtg 48 gcg 48 gag 52 ggg 20
diff inter max min total
178 330 451 959
alp8 alpha, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf 13
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 0 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca -1 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg 99
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
72 88 100 85

Alpha intergen51 modifier

Intergen51. Introduction modifier

Intergen51. Historique des pré-études modifier

Intergen51. Formatage des résultats pour 10 génomes modifier

Alpha données intercalaires modifier 

	total	max1	reste	max2	un
rtb	505	2078	3	2313	3065
rpl	527	1845	3	2089	2940
rpm	1847	939	9	1735	2454
rru	2136	686	11	954	1469
oan1	1517	717	8	1073	1871
oan2	914	820	5	1560	1629
abq	1565	677	8	1052	1402
abqp	921	816	5	1456	1965-1978
abs	1570	885	8	1007	1027
absp	873	1237	4	1572	1976
argc	1466	599	7	871	884
agrl	1040	839	5	1371	1583
aua	1803	895	9	1186	1212
pub	601	403	3	464	1380
					
cvi	2412	736	12	1187	1220
ade	2335	741	12	1160	1388-1774
ant	1700	649	9	916	924

Alpha données intercalaires 200 modifier

Intergen51. Alpha vue de l'ensemble modifier

Intergen51. La longueur totale des intercalaires d'un génome modifier

  • Légende: intercals pour longueur totale des intercalaires positifs en pdb et génome pour celle de l'ADN du génome donnée par NCBI
  • Note:
    - pub a le plus petit taux des 51 génomes étudiés, 3.4%
    - rtb et rpl sont identiques du point de vue phylogénie et ils ont le taux parmi les plus élevés des 51 génomes étudiés de 22 à 28%.
    - auap: c'est le plasmide de aua. A faire
    - Les 11 éléments restant ont un taux autour de 12%
Nom	intercals	génome			taux en %
alpha					
abq	356,439		3,064,393		11.6
abqp	217,409		1,901,707		11.4
abs	363,304		3,023,440		12.0
absp	211,208		1,766,028		12.0
agrc	332,177		2,823,930		11.8
agrl	225,474		2,148,289		10.5
aua	449,307		3,742,793		12.0
auap	-				
oan	364,228		2,887,297		12.6
oan2	199,249		1,895,911		10.5
pub	44,276		1,308,759		3.4
rpl	252,952		1,109,301		22.8
rpm	461,433		3,876,289		11.9
rru	461,427		4,352,825		10.6
rtb	264,633		1,112,957		23.8

Intergen51. alpha les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. alpha les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
  • Note:
    - taux des R-: c-/c = 100*0/467 = 0 et x-/x = 100*3/323 = 0.9.
Int51.2 Alpha les différents types d'intercalaires entre gène de 10 génomes
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 17 170 4 755 115 22 040 2,4 208 26 234
x 8 668 544 51 9 263 9 29 38
t 25 838 5 299 166 31 303 217 55 272
% 82,5 16,9 0,5
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 467 0 0 467 1,4 tRNA-CDS 785 57
x 318 3 2 323 RNA-RNA 217 16
t 785 3 2 790 CDS-rRNA 55 4
% 99,4 0,4 0,3 non RNA 325 24
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
c 4,8 14,1 2,2 27,6 7,5 75 0,5 0,0
x 10,3 12,9 11,0 14,1 6,3 33 0,6 0,6

Intergen51. Alpha Détail des intercalaires RNA-RNA et CDS-rRNA modifier 

RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		24			CDS 16s		12	15
16s 23s		1			5s CDS		7	12
16s tRNA	24			16 CDS		3	
tRNA 23s	26			CDS 5s		1	
5s tRNA		20			23s CDS		1	2
tRNA in		24			CDS 23s		2	
tRNA contig	1			5s 16s		
tRNA hors	88	9		16s16s		
tRNA 16s							
23s tRNA							
tRNA 5s							
16s 5s							
5s 23s							
5s 5s							
total		208	9		total		26	29

Intergen51. Alpha Les intercalaires rares modifier 

tRNA-CDS			16sCDS	x	c
gen	Rx	Rx0		rpm		-3
oan1	-44			rpl		1463
oan2	-44			rtb		2466
aua	-30			CDS5s		
pub		2		pub		52
tRNAhors x			23sCDS		
rtb	60			pub		446
-	1051			CDS23s		
rpl	49			rtb		736
-	830			rpl		719
agrl	793			23sCDSx		
aua	161			absp	151	
-	173			abqp	151	
-	270			-		
-	404			-

Intergen51. Les diagrammes des alpha modifier

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS modifier

Intergen51. Les diagrammes CDS-CDS et tRNA-CDS positifs modifier
  • Lien aux données intercalaires.
  • Diagrammes des alpha:  tal présente 4 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
    - ftc, tRNA-CDS continu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées
    - ftx, tRNA-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et effectif en ordonnées
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: à partir des colonnes fx fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41 et autres R2 desf.1		
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0,934	-6,91E-07	5,47E-04	-2,21E-01	48,9	fx1	abscisse	303,0	182,5
0,824	-4,29E-06	3,38E-03	-9,17E-01	96,5	fc1	ordonnée	12,7	22,1
									poly3/droite	12,6	22,6
0,967	-4,07E-07	3,70E-04	-1,92E-01	48,2	fx41			
0,986	1,90E-06	-1,04E-03	2,47E-02	40,7	fc41	R2 f.1	x	c
									Poly 3	934	824
0,958					-9,56E-02	41,6	fx41	Poly 6	950	979
0,939					-1,21E-01	44,7	fc41	Poly 9	963	996
0,915					-1,00E-01	42,9	fx1			
0,654					-1,74E-01	59,4	fc1
Intergen51. alpha CDS-CDS négatifs modifier
Intergen51. alpha comparaison avec la totale modifier 
Sous-totaux	alpha			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
-1		0	821		4	4140
-2		23	1		85	11
-3		1	0		3	12
-4		153	2719		717	10938
-5		0	3		5	19
sp6		367	1211		1642	8424
total		544	4755		2 456	23 544
reste		60	104		264	420
s6		64	8		361	41
s7		79	200		321	1438
s8		164	899		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		6,7	3,3		8,4	2,6
% / sp6						
s6/sp6		17,4	0,7		22,0	0,5
s7/sp6		21,5	16,5		19,5	17,1
s8/sp6		44,7	74,2		42,4	77,5
reste/sp6	16,3	8,6		16,1	5,0
						
total s1-5	177	3544		814	15120
% / total						
%s1-5		32,5	74,5		33,1	64,2
%sp6		67,5	25,5		66,9	35,8
Intergen51. alpha homogénéité des génomes modifier
  • Lien aux données intercalaires des génomes
  • Homogénéité des discontinus x:
    - Le rapport s1-5/sp6 est de 1/3 sauf pour oan et pub qui ont 1/1 avec des effectifs élevés, 83 et 95 respectivement.
    - Le rapport 4/2 est de 6.7 au total mais de 11.1 si on enlève abqp absp et agr qui ont des effectifs élevés, 26 25 25 respectivement, et si on enlève rpl et rtb avec des effectifs faibles, 5 et 4.
  • Homogénéité des continus c:
    - Le rapport s1-5/sp6 est de 3/4 sauf pour rtb et rpl qui sont proches de 1/1 avec des effectifs élevés, 98 et 103 respectivement.
    - Le rapport 4/1 est de 3.3 au total mais de 3.9 si on enlève pub qui a un rapport aberrant de 0.5 avec un effectif élevé de 232.
négatifs x	abq	abqp	abs	absp	agrc	agrl	aua	oan1	oan2	pub	rpl	rtb	rpm	rru	total
total		37	26	34	25	35	25	55	55	28	95	5	4	46	74	544
s1-5		7	2	4	4	11	10	15	23	14	47	1	1	10	28	177
sp6		30	24	30	21	24	15	40	32	14	48	4	3	36	46	367
rapport s1-5																
4/2		6.0	1.0	3.0	1.0	1.2	9.0	14.0	22.0	12.0	14.7	0.0	0.0	2.3	27.0	6.7
% / sp6																
s6		7	8	10	5	13	27	15	28	29	40	0	0	14	13	17.4
s7		13	29	23	33	33	40	23	31	29	6	0	0	11	22	21.5
s8		63	38	57	38	50	33	40	31	29	54	75	100	31	46	44.7
reste		17	25	10	24	4	0	23	9	14	0	25	0	44	20	16.3
% / total																
s1-5		19	8	12	16	31	40	27	42	50	49	20	25	22	38	32.5
sp6		81	92	88	84	69	60	73	58	50	51	80	75	78	62	67.5
																
																
négatifs c	abq	abqp	abs	absp	agrc	agrl	aua	oan1	oan2	pub	rpl	rtb	rpm	rru	total
total		330	235	324	206	345	308	523	402	292	377	103	98	603	609	4755
s1-5		260	173	249	150	284	245	433	308	243	232	45	43	404	475	3544
sp6		70	62	75	56	61	63	90	94	49	145	58	55	199	134	1211
rapport s1-5																
4/1		3.3	4.8	3.5	4.8	4.0	4.3	4.0	2.3	4.1	0.5	3.5	3.3	5.2	4.9	3.3
% / sp6																
s6		1	2	3	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	1
s7		20	23	20	14	13	14	13	14	12	10	16	16	22	19	17
s8		69	65	63	61	84	84	73	80	84	88	84	84	62	72	74
reste		10	11	15	25	3	2	11	4	4	2	0	0	16	8	9
% / total																
s1-5		79	74	77	73	82	80	83	77	83	62	44	44	67	78	75
sp6		21	26	23	27	18	20	17	23	17	38	56	56	33	22	25
Intergen51. alpha Les grands négatifs inférieurs à -120 modifier

Intergen51. Les diagrammes CDS-rRNA modifier

Intergen51. Alpha. Les diagrammes CDS-16s modifier 
alpha		CDS16sc		CDS16sx		5sCDSc		5sCDSx
R2		-		-		-		-
xs		613,5		648,8		226,4		150,5
plage		420-870		450-780		150-270		90-210
total-p		8		10		5		11
%		67		67		71		92
queue		4		4		0		1
%		33		27		0		8
tête		0		1		2		0
%		0		7		29		0
max		720;2		660;2		240;2		180;4
total10		12		15		7		12
freq		30		30		30		30
  • Les moyennes CDS-16s par génome
Intergen51.alpha. Moyennes CDS-16s
CDS16sx. discontinu
CDS16sx moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq 779 779 30,2 116,9
abqp 616,3 133,0 4,6 472 643:734    192,9 -45,8
abs
absp 564,0 110,3 5,1 486 642 245,2 -98,1
agrc 637,0 73,5 8,7 585 689 172,2 -25,1
agrl 714 714 95,2 51,9
aua
oan1 999 999 -189,8 336,9
oan2 744 744 65,2 81,9
pub 330 330 479,2 -332,1
rpl
rpm 1026 1026 -216,8 363,9
rru 1096,0 137,2 8,0 999 1193 -286,8 433,9
rtb
total 735,7 235,0 3,1 809,2 662,1
CDS16sc. continu
CDS16sc moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq 496 496    222,7 -92,0
abqp 444 444 274,7 -144,0
abs
absp 457 457 261,7 -131,0
agrc
agrl 561 561 *2136 157,7 -27,0
aua 717 717 1,7 129,0
oan1 678 678 40,7 90,0
oan2 714 714 4,7 126,0
pub
rpl
rpm
rru 906,5 92,6 9,8 841 972 -187,8 318,5
rtb 1854 *1854 -1135,3 1266,0
total 653,3 180,5 3,6 718,7 588,0
Intergen51. Les diagrammes 5s-CDS modifier
  • Lien aux données intercalaires.
  • Comparaison avec les tRNA-CDS
    - Les équations des polynômes de d°3
    fct    f(x) = 2.08E-06 x3 – 1.41E-03 x2 + 2.24E-01 x + 7.17
    fxt    f(X) = 8.72E-07 x3 – 6.49E-04 x2 + 1.24E-01 x + 2.64
    - Les caractéristiques des courbes: xs abscisse calculée du maximum de la courbe en pbs, plage des effectifs forts et max de l'effectif maximum et son abscisse.
alpha		fct		fxt		5sCDSc		5sCDSx
R2		0,723		0,382		-		-
xs		102,8		129,1		226,4		150,5
plage		40-180		60-220		150-270		90-210
total-p		256		166		5		11
%		55		52		71		92
queue		176		121		0		1
%		38		38		0		8
tête		35		26		2		0
%		7,5		8,2		29		0
max		140;24		140;14		240;2		180;4
total10		467		318		7		12
freq		10		10		30		30
Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS modifier
  • Lien tableur: Intergen51.alpha. Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS.
  • Légende:
    - Inf40, Sup700: nombre d'intercalaires du génome inférieurs à 41 et supérieurs à 700. Dans les tableaux 5sCDS ils sont notés en gras avec un *. A voir aux données intercalaires du génome.
    - moyenne: elle est calculée pour tous les intercalaires compris entre inf40 et sup700, 40 exclu. Et son écart est la fonction ecartype.
    - haut, bas: pour estimer que la moyenne du génome est très élevée ou trop basse par rapport à celle du total des alpha.
    + la référence du haut est égale à (total + total/10), indiquée sur la ligne total.
    + la référence du bas est égale à (total - total/10), indiquée sur la ligne total.
    + Pour un génome le haut est égal à (haut référence - sa moyenne): si cette différence est négative la moyenne est considérée trop élevée.
    + Pour un génome le bas est égal à (sa moyenne - haut référence): si cette différence est négative la moyenne est considérée trop basse.
    + pour les tableaux 5sCDS les références sont sur la ligne du total précédés du signe ++
    - Les colonnes ft*-f* représentent la différence entre les 2 moyennes.
    - intercalaires: pour les tableaux 5sCDS où les effectifs sont très faibles. Une plage continue de plus de 2 effectifs est représentée par un tiret, inférieur - supérieur. S'il n'y a que 2 intercalaires, ils sont séparés par 2 points, :.
  • Note: Sommes des différences ft*-f*, positives et négatives, dans les tableaux correspondants
ftc-fc	492,0
ftc-fc	-148,0
	
ftx-fx	365,5
ftx-fx	-107,5
Intergen51.alpha Comparaison 5s-CDS tRNA-CDS CDS-CDS
ftx. tRNA-CDS discontinu
ftc moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas
abq 191,5 112,8 1,70 1 55,1 -10,2
abqp 227,5 95,9 2,37 2 19,1 25,7
abs 170,8 84,8 2,01 1 75,9 -31
absp 196,9 93,6 2,10 1 49,7 -4,9
agrc 222,5 130,2 1,71 1 24,1 20,8
agrl 189,6 92,9 2,04 57,0 -12,2
aua 269,8 139,4 1,94 2 -23,2 68,0
oan1 263,3 157,1 1,68 3 3 -16,6 61,5
oan2 254,1 105,9 2,40 1 -7,5 52,3
pub 99,5 24,9 3,99 9 147,1 -102,2
rpl 358,8 160,7 2,23 8 -112,2 157,0
rpm 209,2 159,2 1,31 1 37,4 7,5
rru 202,7 98,7 2,05 2 43,9 0,9
rtb 375,9 164,2 2,29 6 -129,3 174,1
total 224,2 134,1 1,67 246,6 201,8
5sCDSx. 5s-CDS discontinu
5sCDSx moyenne écart m/e intercalaires  -
abq 187 187
abqp 193 193
abs 153 153
absp 153 153
agrc
agrl
aua 461 461
oan1
oan2
pub
rpl 183 183
rpm 121,0 29,2 4,1 91 114:118 161
rru 130 130
rtb 173 173
total 176,4 95,1 1,9 ++ 158,8 194,1 -
ftc. tRNA-CDS continu
ftc moyenne écart m/e Inf 40 Sup 700 haut bas
abq 169,5 154,9 1,09 3 22,7 12,2
abqp 194,9 97,9 1,99 -2,7 37,6
abs 153,8 120,0 1,28 2 38,5 -3,5
absp 196,7 104,2 1,89 2 -4,4 39,4
agrc 245,3 142,9 1,72 2 -53,1 88,1
agrl 277 185,8 1,49 -84,8 119,7
aua 174,8 153,9 1,14 5 2 17,4 17,5
oan1 199,9 125,5 1,59 2 2 -7,7 42,6
oan2 340,5 180,5 1,89 1 -148,2 183,2
pub 47,3 60,9 0,78 18 145,0 -110
rpl 165,2 145,9 1,13 7 8 27,0 7,9
rpm 155,7 91,6 1,70 4 1 36,6 -1,6
rru 160,4 102,2 1,57 1 2 31,9 3,1
rtb 164,4 133,3 1,23 7 10 27,8 7,2
total 174,7 135,7 1,29 192,2 157,3
5sCDSc. 5s-CDS continu
5sCDSc moyenne écart m/e intercalaires  -
abq 236 236
abqp
abs 244 244
absp
agrc
agrl
aua
oan1
oan2
pub 13 *13
rpl 1458 *1458
rpm 217,3 39,8 5,5 *25 173 229:250
rru
rtb
total 226,4 30,9 7,3 ++ 203,8 249,0 -
fx. CDS-CDS discontinu
fx moyenne écart m/e ftx-fx Sup 700 haut bas
abq 207,9 133,2 1,56 -16,4 9 14,4 26,0
abqp 205,1 132,5 1,55 22,4 8 17,2 23,2
abs 205,8 136,1 1,51 -35,0 19 16,5 23,9
absp 210,3 139,2 1,51 -13,4 11 12,0 28,4
agrc 194,9 129,1 1,51 27,6 4 27,4 13,0
agrl 204,5 131,6 1,55 -14,9 5 17,8 22,6
aua 201,6 131,9 1,53 68,2 24 20,7 19,7
oan1 200,4 133,0 1,51 62,9 9 21,9 18,5
oan2 203,2 133,8 1,52 50,9 8 19,1 21,4
pub 119,3 93,9 1,27 -19,8 0 102,9 -62,5
rpl 242,4 174,5 1,39 116,4 35 -20,1 60,5
rpm 192,2 143,7 1,34 17,0 25 30,1 10,3
rru 210,8 135,0 1,56 -8,1 13 11,5 28,9
rtb 210,3 154,6 1,36 165,6 50 12,0 28,5
total 202,1 135,9 1,49 22,1 222,3 181,9
fc. CDS-CDS continu
fc moyenne écart m/e ftc-fc Sup 700 haut bas
abq 157,5 108,3 1,45 12,0 6 23,2 9,6
abqp 161,2 114,1 1,41 33,7 11 19,6 13,3
abs 155,7 101,9 1,53 -1,9 10 25,1 7,8
absp 160,5 111,7 1,44 36,1 14 20,2 12,6
agrc 160,1 96,9 1,65 85,2 5 20,6 12,3
agrl 161,3 116,2 1,39 115,7 11 19,4 13,4
aua 168,9 114,8 1,47 5,9 21 11,8 21,0
oan1 179,1 120,4 1,49 20,8 10 1,7 31,2
oan2 162,0 112,3 1,44 178,4 8 18,7 14,1
pub 97,4 69,1 1,41 -50,1 1 83,4 -50,5
rpl 201,5 150,9 1,33 -36,3 57 -20,7 53,6
rpm 166,8 110,4 1,51 -11,1 20 14,0 18,9
rru 156,2 104,8 1,49 4,2 11 24,6 8,3
rtb 213,0 160,1 1,33 -48,5 50 -32,2 65,1
total 164,3 113,2 1,45 10,4 180,8 147,9
Intergen51. Les CDS-rRNA rares modifier

Intergen51. Les diagrammes RNA-RNA modifier

Intergen51. Alpha. Les diagrammes rRNA-rRNA modifier 
alpha		16s23s		16stRNA		tRNA23s		23s5s
R2		-		-		-		-
xs		269		203,1		341,5		169,5
plage		260-280		80-340		240-600		60-280
total-p		1		24		25		24
%		100		100		96		100
queue		0		0		0		0
%		0		0		0		0
tête		0		0		1		0
%		0		0		4		0
max		280;1		120;8		280;9		140;7
total10		1		24		26		24
freq		20		20		20		20
Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-rRNA modifier
Intergen51.alpha. Moyennes rRNA-RNA
16s23s.
16s23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq 114 2x 114 68,2 -35,1
abqp 269 269 -86,8 119,9
abs      
absp
agrc
agrl
aua
oan1
oan2
pub
rpl
rpm
rru
rtb
total 165,7 89,5 1,9 182,2 149,1
23s5s.
23s5s moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq 134 2x134    54,2 -20,0
abqp 133,7 0,6 231,5 2x 134 133 54,6 -20,3
abs 128 128 60,2 -26,0
absp 130,0 2,8 46,0 128 132 58,2 -24,0
agrc 249 2x 249 -60,8 95,0
agrl 249 3x 249 -60,8 95,0
aua  
oan1 194 2x 194 -5,8 40,0
oan2 194 2x 194 -5,8 40,0
pub
rpl 261 261 -72,8 107,0
rpm 68 68 120,2 -86,0
rru 118,0 1,4 83,4 4x 116-119 70,2 -36,0
rtb 228 228 -39,8 74,0
total 171,1 58,2 2,9 188,2 154,0
16stRNA.
16stRNA moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq
abqp 109,3 8,1 13,5 2x 114 100 123,0 -80,8
abs   
absp 115,0 1,7 66,4 2x 116 113 117,4 -75,1
agrc 342 2x 342 -109,7 151,9
agrl 342 3x 342 -109,7 151,9
aua 240 240 -7,6 49,9
oan1 273 2x273 -40,6 82,9
oan2 273 2x273 -40,6 82,9
pub 98 98 134,4 -92,1
rpl
rpm 116 116 116,4 -74,1
rru 179,5 1,0 179,5 178 3x180 52,9 -10,6
rtb
total 211,2 94,3 2,2 232,4 190,1
tRNA23s.
tRNA23s moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq 261,5 7,8 33,6 256 267    114,1 -45,8
abqp 255,7 0,6 442,8 3x255-256 119,9 -51,6
abs 272 272 103,6 -35,3
absp 271,3 1,2 235,0 2x 272 270 104,3 -36,0
agrc 585 2x 585 -209,4 277,7
agrl 585 3x 585 -209,4 277,7
aua 478 478 -102,4 170,7
oan1 270 2x 270 105,6 -37,3
oan2 270 2x 270 105,6 -37,3
pub 149 149 226,6 -158,3
rpl  
rpm 241,5 2,1 113,8 240 243 134,1 -65,8
rru 346,8 0,5 693,5 346 3x347 28,9 39,4
rtb
total 341,5 133,8 2,6 375,6 307,3
Intergen51. Alpha. Les diagrammes tRNA-tRNA modifier
Les diagrammes des tRNA-tRNA modifier
  • alpha
type c		S40	%	R2	diag	total	reste	x+	restes	5stRNA	hors	hors	hors
hors		35	40	0,402	170	88	11	9		4*257	186	214	452
contig		1	100	-	40	1		-		287	202	219	
in		15	63	-	70	24		-			205	220	
5stRNA		0	0	-	100	20	5	-			206	245	
-		 	 								208	373
Les pourcentages des tRNA-tRNA hors blocs modifier 
tRNA h 		abq	abs	agr	aua	oan	pub	rpl	rtb	rpm	rru	total	%
20		3	3				1	1	1	2		11	12.5
40		2	4	1	1	1				14	1	24	27.3
60		2	1	1	3		2			7		16	18.2
80		1	1				1			3		6	6.8
100		1	1						1		1	4	4.5
120		1	1					1		1		4	4.5
140		1	1		3							5	5.7
160						1				2		3	3.4
180		1	1							1	1	4	4.5
200					1							1	1.1
220		2	2		1					1	1	7	8.0
240												0	
260						1						1	1.1
restes				1						1		2	2.3
total		14	15	3	9	3	4	2	2	32	4	88	100.0
													
repete		5	5	2	6	2	0	0	0	14	2	36	55
séquence	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
sans		6	7	1	2	1	4	2	2	2	2	29	45
clusters	11	12	3	8	3	4	2	2	16	4	65	100
Les moyennes des tRNA-tRNA par génome modifier
Intergen51.alpha. Moyennes tRNA-tRNA
5stRNA
5stRNA moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq   
abqp 96 2x96 -18,9 32,9
abs
absp 100 100 -22,9 36,9
agrc 272,0 21,2 12,8 *257 *287 -194,9 208,9
agrl 257 *3x257 -179,9 193,9
aua
oan1 54 2x54 23,1 -9,1
oan2 54 2x54 23,1 -9,1
pub
rpl
rpm 51,4 0,5 93,8 3x51 2x52 25,7 -11,7
rru 95 3x95 -17,9 31,9
rtb
total 70,1 22,3 3,1 77,1 63,1
tRNA contigu
tRNA cont moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq      
abqp
abs 32 32
absp
agrc
agrl
aua
oan1
oan2
pub
rpl
rpm
rru
rtb
total 32
tRNA intra cluster
tRNA in moyenne écart m/e intercalaires haut bas
abq 30 2x30 atc 12,9 -5,1
abqp 30 2x30 atc 12,9 -5,1
abs
absp 30,7 0,6 53,1 30 2x31 atc 12,2 -4,4
agrc 59 2x59 atc -16,2 23,9
agrl 59 3x59 atc -16,2 23,9
aua 33 33 atc 9,9 -2,1
oan1 11 2x11 atc 31,9 -24,1
oan2 11 2x11 atc 31,9 -24,1
pub 9 9 atc 33,9 -26,1
rpl
rpm
rru 66 4x66 atc -23,1 30,9
rtb
total 39,0 21,3 1,8 42,9 35,1
tRNA hors cluster
tRNA hors moyenne écart m/e total S60% sup120 haut bas
abq 70,8 29,9 2,4 8 25 4 -22,6 31,4
abqp 29,7 38,3 0,8 6 83 0 18,5 -9,7
abs 62,2 31,5 2,0 9 33 4 -14,1 22,8
absp 28,3 37,8 0,8 6 83 0 19,8 -11,1
agrc 33,5 10,6 3,2 3 67 1 14,6 -5,9
agrl
aua 44,3 14,7 3,0 9 44 5 3,9 4,9
oan1 24 3 33 2 24,1 -15,4
oan2
pub 44,3 22,5 2,0 4 75 0 3,9 4,9
rpl 60,0 63,6 0,9 2 50 0 -11,9 20,6
rpm 41,5 21,5 1,9 32 72 5 6,7 2,1
rru 54,0 38,2 1,4 4 25 2 -5,9 14,6
rtb 55,0 56,6 1,0 2 50 0 -6,9 15,6
total 43,8 28,8 1,5 88 58 23 48,1 39,4
Intergen51. Les RNA-RNA rares modifier

Beta modifier

Chromobacterium violaceum ATCC 12472 modifier

cvi opérons modifier

  • Lien tableur: cvi opérons
  • Liens: gtRNAdb [47], NCBI [48], génome [49]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Chromobacteriaceae; Chromobacterium.
  • Légende:
Bd1. cvi opérons, Chromobacterium violaceum ATCC 12472
65%GC 30.6.19 Paris  98  doubles intercalaire
421217..422762 16s @1 179
422942..423018 atc 86
423105..423180 gca 249
423430..426324 23s 125
426450..426564 5s
 
502182..503727 16s 79
503807..503883 atc 12
503896..503971 gca 250
504222..507116 23s 122
507239..507353 5s
 
comp 682034..682118 ttg
 
759824..759908 tac
 
comp 878775..878849 agg
 
955155..955230 gcg
 
975612..975696 ctc
 
1006822..1006897 ttc + 6
1006904..1006979 ttc 2 ttc
 
1058518..1058611 agc 6
1058618..1058694 cgt 3
1058698..1058772 gaa
 
comp 1061741..1061815 gaa + 3
comp 1061819..1061895 cgt 2 gaa 7
comp 1061903..1061977 gaa 2cgt 5
comp 1061983..1062059 cgt
 
1154020..1155565 16s 179
1155745..1155821 atc 86
1155908..1155983 gca 250
1156234..1159128 23s 122
1159251..1159365 5s
 
comp 1263556..1263645 tcg
 
1273710..1273786 atgf
 
1377435..1377510 ggc + 23
1377534..1377609 ggc 5 ggc 22
1377632..1377707 ggc 24
1377732..1377807 ggc 29
1377837..1377912 ggc 45
1377958..1378031 tgc
 
1387010..1387094 tta
 
1420085..1420161 gtc
 
1427771..1427847 ccc
 
comp 1433244..1433319 aac + 32
comp 1433352..1433427 aac 3 aac 31
comp 1433459..1433534 aac
 
1646821..1648366 16s 179
1648546..1648622 atc 86
1648709..1648784 gca 249
1649034..1651928 23s 122
1652051..1652165 5s 89
1652255..1652369 5s
 
1746117..1746207 tcc + 53
1746261..1746351 tcc 2 tcc
 
1978844..1978919 aac
 
comp 2094372..2094447 cac + 26
comp 2094474..2094549 cac 3 cac 45
comp 2094595..2094670 cac 27
comp 2094698..2094774 aga 18
comp 2094793..2094869 cca
 
comp 2511625..2511712 tca
 
comp 2747299..2747375 gac 7
comp 2747383..2747458 gta
 
2853221..2853305 cta
 
3187082..3187157 aca
 
3257362..3257437 gcc
 
3262246..3262321 gcc + 8
3262330..3262405 gaa 2 gcc 11
3262417..3262492 gcc
 
comp 3371478..3371592 5s 122
comp 3371715..3374609 23s 250
comp 3374860..3374935 gca 12
comp 3374948..3375024 atc 79
comp 3375104..3376649 16s
 
3472822..3472897 gta + 12
3472910..3472986 gac 5 gta 26
3473013..3473088 gta 6 gac 12
3473101..3473177 gac 1 gtg 26
3473204..3473279 gta 12
3473292..3473368 gac 26
3473395..3473470 gta 12
3473483..3473559 gac 27
3473587..3473663 gta 6
3473670..3473746 gac 27
3473774..3473850 gtg 6
3473857..3473933 gac
 
3622292..3622365 ggg
 
comp 3820120..3820234 5s 122
comp 3820357..3823251 23s 249
comp 3823501..3823576 gca 86
comp 3823663..3823739 atc 179
comp 3823919..3825464 16s
 
3828836..3828922 ctg + 51
3828974..3829060 ctg 4 ctg 33
3829094..3829180 ctg 57
3829238..3829324 ctg
 
3854547..3854622 caa @2 557
3855180..3855255 acg 61
3855317..3855393 ccg + 78
3855472..3855548 ccg 2 ccg
 
comp 4059834..4059912 atgi
 
comp 4244591..4244705 5s 122
comp 4244828..4247722 23s 249
comp 4247972..4248047 gca 86
comp 4248134..4248210 atc 179
comp 4248390..4249935 16s
 
comp 4325718..4325794 atgf
 
comp 4389268..4389342 caa
 
4402077..4402153 cgg
 
comp 4434130..4434244 5s 122
comp 4434367..4437261 23s 249
comp 4437511..4437586 gca 86
comp 4437673..4437749 atc 179
comp 4437929..4439474 16s
 
4474196..4474272 atgj + 35
4474308..4474384 atgj 2 atgj
 
comp 4529616..4529690 acc
 
comp 4532053..4532128 tgg
 
comp 4533370..4533444 acc 24
comp 4533469..4533542 gga 52
comp 4533595..4533679 tac
 
comp 4586712..4586787 aaa + 38
comp 4586826..4586901 aag 3 aaa 35
comp 4586937..4587012 aaa 2 aag 28
comp 4587041..4587116 aag 37
comp 4587154..4587229 aaa

cvi cumuls modifier

  • Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.cvi. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.
cvi cumuls	opéron		effectif
avec rRNA	opérons		8
		16 23 5s 0	0
		16 atc gca	8
		16 23 5s a	0
		max a		2
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	16
sans 		opérons		37
		1 aa		22
		max a		12
		a doubles	12
		total aas	82
total aas			98
remarques			2

cvi blocs modifier

Bt1. cvi, blocs à rRNA.
16s 179 1546 79 1546 179 1546
atc 86 12 86
gca 249 250 250
23s 125 2895 122 2895 122 2895
5s 115 115 115
 
5s 122 115 122 115 122 115 122 115
23s 250 2895 249 2895 249 2895 249 2895
gca 12 86 86 86
atc 79 179 179 179
16s 1546 1546 1546 1546
 
16s 179 1546
atc 86
gca 249
23s 122 2895
5s 89 115
5s 115

cvi remarques modifier

  • Lien tableur: cvi remarques
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s et 8 blocs 16-atc gca 23-5s. Beaucoup de doubles.
    1. @ 8 blocs 16-atc gca 23-5s tous sans aas supplémentaires.
      - Les intercalaires gca-23s-5s sont tous identiques, 250 122.
      - Un groupe de 2 opérons aux intercalaires 16s-atc-gca 79 12 très différent du suivant
      - Un groupe de 6 opérons aux intercalaires 16s-atc-gca 179 86, respectivement 2 et 7 fois plus grands.
      - Un opéron présente 1 5s supplémentaire collé au 1er.
    2. @ Un intercallaire très élevé, 557 bases, entre 2 aas d’un opéron à 4aas.
  • Séquences des doubles : 12 opérons sur 23 à 2aas et plus ont des doubles. 3 opérons à séquences répétées.
    - 12 opérons sans rRNAs sur 15 à 2 aas et plus ont des doubles.
    - 4 opérons avec 1 doublet chacun
    - 1 opéron au doublet séparé (gcc gaa gcc
    - 4 opérons à répétitions multiples non séparées, voir ci-dessous.
    - 3 opérons avec répétition de séquences
    • 2gaa 2cgt avec 2*2
    • 3aaa 2aag avec 2*2
    • 4gta 6gac 2gtg avec 4*2 + 2*2.
2ttc			3aac			2gaa 2cgt		2*2
2tcc			cca aga 3cac		3aaa 2aag		2*2
2atg			4ctg			4gta 6gac 2gtg		4*2 + 2*2
caa acg 2ccg		tgc 5ggc		-			-
gcc gaa gcc		-			-			-
  • Code génétique de cvi:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 99 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 98 total du cumul. Le tRNA impacté est atgf avec 3 gtRNAdb et 2 en NCBI.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Bt1 cvi, Chromobacterium violaceum ATCC 12472
g1    t1       99  98
atgi 1 tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac 2 tgc 1
atc 8 acc 2 aac 4 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 3 cgt 3
gtc 1 gcc 3 gac 7 ggc 5
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 1 caa 2 cga
gta 5 gca 8 gaa 4 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 4 ccg 2 cag cgg 1
gtg 2 gcg 1 gag ggg 1

cvi distribution modifier

  • Lien tableur: cvi distribution
  • Liens aux fiches:   beta
  • Liens aux indices:   beta epsilon delta
  • Notes:
  • Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
aac3 atgj2 cac3 ccg2 ctg4 ggc5 tcc2 ttc2
séquences:  (gaa cgt)2 ((gta gac)5 gtg gac) ((aaa aag)2 aaa)
Bt1 cvi, Chromobacterium violaceum ATCC 12472. Beta
Bt11 cvi, distribution du total
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac 2 tgc 1
atc 8 acc 1 aac 4 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 3 cgt 3
gtc 1 gcc 3 gac 7 ggc 5
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 1 caa 2 cga
gta 6 gca 8 gaa 4 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 4 ccg 2 cag cgg 1
gtg 1 gcg 2 gag ggg 1
beta >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
cvi 60 22 16 98
Bt12 cvi, distribution des solitaires
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 1 tgc
atc acc 1 aac 1 agc
ctc 1 ccc 1 cac cgt
gtc 1 gcc 1 gac ggc
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa aga
cta 1 cca caa 1 cga
gta gca gaa gga
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj acg aag agg 1
ctg ccg cag cgg 1
gtg gcg 1 gag ggg 1
cvi >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 22 22
Bt13 cvi, distribution des >1aa et des duplicata
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac 1 tgc 1
atc acc aac 3 agc 1
ctc ccc cac 3 cgt 3
gtc gcc 2 gac 7 ggc 5
tta tca taa tga
ata aca aaa 3 aga 1
cta cca 1 caa 1 cga
gta 6 gca gaa 4 gga 1
ttg tcg tag tgg
atgj 2 acg 1 aag 2 agg
ctg 4 ccg 2 cag cgg
gtg 1 gcg 1 gag ggg
cvi >1aa dupli -5s +5s -16s +16s total
type 37 23 60
beta2. Indices du 11.1.21. 268 génomes
g1 t1 268 15721 5.2  0
atgi 99 tct 0.4 tat atgf 177
att 1.1 act 0.7 aat 0.4 agt 0.4
ctt 2.2 cct cat cgc 0.7
gtt 0.7 gct gat ggt
ttc 108 tcc 101 tac 107 tgc 142
atc 367 acc 102 aac 184 agc 101
ctc 143 ccc 100 cac 109 cgt 187
gtc 150 gcc 124 gac 246 ggc 224
tta 55 tca 99 taa tga 60
ata 0.4 aca 114 aaa 121 aga 114
cta 101 cca 137 caa 123 cga
gta 118 gca 373 gaa 202 gga 101
ttg 102 tcg 111 tag 2.6 tgg 102
atgj 107 acg 96 aag 103 agg 99
ctg 191 ccg 92 cag 0.7 cgg 107
gtg 90 gcg 79 gag 0.4 ggg 82
inter max min total
 

cvi. Intergen51 modifier

Intergen51. cvi. Le génome modifier

  • cvi Le prélèvement: Aspl
  • Le nom et le lien NCBI: cvi, Chromobacterium violaceum ATCC 12472, NCBI [50], date 25.12.20.
  • cvi La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
cvi	481,477		4,751,080	10.1
cvi données intercalaires modifier
cvi données intercalaires 200 modifier
cvi autres intercalaires aas modifier

Intergen51. cvi. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. cvi les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 cvi les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 2,402 687 10 3,099 2.6 77 9 86
x 1,109 69 5 1,183 0 7 7
t 3,511 756 15 4,282 77 16 93
% 82.0 17.7 0.4
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 50 0 0 50 1.9 tRNA-CDS 76 37
x 26 0 0 26 RNA-RNA 77 38
t 76 0 0 76 CDS-rRNA 16 8
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 36 18
- total 205 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.9 10.0 0.6 29.0 14.0 72 0.3 0.0
x 8.0 11.5 8.7 10.1 0.0 36 0.4 0.0

Intergen51. cvi. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  cvi présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	cvi
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.620	2.70E-06	-1.65E-03	1.53E-01	37.70	fx1	abscisse	346.6	372,2 	
0.852	-4.29E-06	3.62E-03	-1.04E+00	108.0	fc1	ordonnée	-77.6	3.1
								
0.793	-1.26E-06	1.31E-03	-5.25E-01	83.1	fx41	
0.938	-1,63E-06	1,81E-03	-6,87E-01	91.4	fc31
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	cvi		calculs			poly3	cvi
effect	2412		R2.21	855		abscis	250
xm	45		pte	21,11		flexa	137
ym	10		cste	5,10		flexo	2,79
x1m	194		r400l	206		xm	35
y1m	1		restp	156,30		sup4	147,3
rfin	38,97		%sd	25,91		sup4t	420,4
bornf	121		lond	149		%	35,0
supd	125,5		%sf	26,02		long	102
supdt	484,2		lonf	76			
xmp	359,45		sf/lf	1,12			
r400	117,33		sr/lr	0,55			
supf	85,3		sd/ld	0,84			
supft	327,9		i.r400	0,57

Intergen51. cvi. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	cvi			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	118		4	4140
 - 2		3	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		22	375		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		44	194		1642	8424
total		69	687		2,456	23,544
reste		6	4		264	420
s6		6	0		361	41
s7		15	38		321	1438
s8		17	152		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		7.3	3.2		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		13.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		34.1	19.6		19.5	17.1
s8/sp6		38.6	78.4		42.4	77.5
reste/sp6	13.6	2.1		16.1	5.0
						
total s1-5	25	493		814	15120
% / total						
%s1-5		36.2	71.8		33.1	64.2
%sp6		63.8	28.2		66.9	35.8

Intergen51. cvi. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		8			CDS 16s		5	3
16s 23s					5s CDS		4	4
16s tRNA	8			16 CDS			
tRNA 23s	8			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		8			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	44			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s		1						
total		77	0		total		9	7
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. cvi. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Int51.31 cvi. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs
inter aa     inter aa     inter aa     inter aa
6 ttc 32 aac 12 gta 61 acg
** ttc 31 aac 26 gac 78 ccg
6 agc ** aac 12 gta ** ccg
3 cgt 53 tcc 26 gac 35 atgj
** gaa ** tcc 12 gta ** atgj
3 gaa 26 cac 26 gac 24 acc
7 cgt 45 cac 12 gta 52 gga
5 gaa 27 cac 27 gac ** tac
** cgt 18 aga 6 gta 38 aaa
23 ggc ** cca 27 gac 35 aag
22 ggc 7 gac 6 gtg 28 aaa
24 ggc ** gta ** gac 37 aag
29 ggc 8 gcc 51 ctg ** aaa
45 ggc 11 gaa 33 ctg
** tgc ** gcc 57 ctg
** ctg

cvi intercalaires entre cds modifier

  • Lien NCBI [51] 25.12.20
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

cvi intercalaires positifs S+ modifier

  • Lien tableur: cvi intercalaires positifs S+
  • Diagrammes 400:  cvi ase,   diagramme 1-40: c+ cvi   c+ ase   x+ cvi   x+ ase   total,   texte: ase.
  • Légende: Les diagrammes de ce tableau sont faits à partir des pourcentages de l'effectif d'une abscisse par rapport au total du diagramme de 10 à 400. Les fréquences en effectifs et pourcentages sont reportées dans le tableur. Diagramme cvi.
    - Poly3, pour polynôme de degré 3, de la courbe de tendance, d'où les colonnes -7 -5 -3 1 qui représentent les décimales des coefficients de la variable x, respectivement pour x3 x2 x constante.
    - R2 est le coefficient de la courbe de tendance, flex pour abscisse du point d'inflexion qui est égal à 100*2*(-5)/6*(-7), équation obtenue par dérivation successive du polynôme.
    - comment., pour commentaire.
    - min50 max70, minimum et maximum locaux des diagrammes aux fréquences 50 70.
    - S t F m f: forme des courbes respectivement S tilde fort moyen faible. Par exemple tF, tilde fort.
    - Droite, courbe de tendance linéaire avec le coefficient de la variable x (-a), la constante (cste) et son coefficient de détermination R2 sur la même ligne. R2' est la différence entre le R2 de poly3 et le R2 de la droite ce qui indique la courbure du polynôme indiquée dans la colonne note, dte pour droite ou poly pour polynôme.
    - 2 parties: voir pmg résumé.
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
cvi Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 29 -174 154 42 611 200 max70 -44 372 -1071 112 852 282 min50
31 à 400 5.3 22 -332 69 915 -138 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 131 52 - 581 dte 30 tf 204 67 649 poly 203 SF
31 à 400 149 52 - 808 poly 107 tF
  • Légende du tableau des corrélations et des fréquences faibles.
cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
ase min40 2398 3558 5956 959 922 940 18 646 725 814
cvi min30 1008 2320 3328 931 858 891 33 434 549 696
abra min10 256 934 1190 874 716 797 81 -163 59 312
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
135 264 0.51 3031 5166 7 3 116 252 389 1165 346
112 301 0.37 1171 3111 4 3 59 221 130 815 582
94 413 0.23 279 1388 4 9 29 295 41 420 -243
  • Diagrammes 400:  cvi ase,   diagramme 1-40: c+ cvi   c+ ase   x+ cvi   x+ ase   total,   texte: ase.
  • Résumé: cvi est quasiment identique à ase, 2ème corrélation la plus forte sur 41-250 après ase, 0.891 contre 0.940. Elle se maintient à 41-200 et chute fortement dans les plages 1-n comme le ase. Ce sont les fréquences faibles x+ qui agissent sur les corrélations. Les fréquences faibles agissent peu sur la forme des courbes x+ 31-400. Malgré la forme tF de cvi c+ 31-400 elle ressemble à celle de ase parce qu’elle a une fréquence d’inflexion négative qui lui donne une allure de SF.
    - Les courbes x+ n-400
    • Comme ase, la courbe cvi x+1-400 a un maximum à la fréquence 70 mais contrairement à lui le taux à la fréquence 10 est inférieur au maximum 70.
    • Les effectifs de cvi sont moitiés de ceux de ase
    • Comme ase la forme de la courbe 1-400 est un tilde faible.
    • Comme ase la courbe x+31-400 est un tilde faible mais je ne l’ai pas présentée ici car les fréquences faibles x+ sont moins élevées que celles de ase, 112 ‰ contre 135.
    - Comparaison pmg cvi
    • Ce sont les mêmes différences qu’entre pmg et ase bien que les effectifs de cvi soient moitiés de ceux dease. Les effectifs de cvi restent néanmoins doubles de ceux de pmg.
    • Cependant la courbe cvi c+ 31-400 est un tilde fort, tF, avec un R2’ de 107 mais avec une fréquence négative au point d’inflexion qui lui donne l’allure d’un S alors que la courbe de pmg c+ 31-400 et celle de ase ont des formes S fortes, SF.
    - Les corrélations: comme indiqué dans l’introduction, cvi comme ase se démarquent de pub pmg et ade par le comportement de ses corrélations à cause de ses faibles fréquences. cvi et ase rejoignent les 14 autres génomes au taux peu élevé des fréquences faibles avec des corrélations peu élevées dans les plages 1-n.
    - Les faibles fréquences: Le rapport des faibles fréquences x+/c+ de 0.37 est comparable à celui de ase, 0.51. Comme ase les taux des zéros sont inférieurs à 1%.
    - La seule différence avec ase c’est le taux des x- qui est divisé par 2 et est même inférieur à celui de ade, respectivement 116 59 72.
    - Les courbes 1-40, les génomes sont quasi identiques.
    • Celle de cvi est encore plus proche du modèle que celle de ase car elle des effectifs plus élevés aux fréquences de 1 à 6. Le creux en 6 est très prononcé.
    • Avec une corrélation x+/c+ de 0.582, la courbe x+1-40 ressemble à celle de ase pmg et ade avec une bosse à la fréquence 6 et un creux à 11, bien qu’il apparaît une bosse à la fréquence 9 comme ase.

cvi autres intercalaires modifier

  • Lien tableur: cvi autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux: repeat-region, regulatory, 2 reg-reg
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
60	32		77			24	9	1	203	2 reg-reg
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

cvi par rapport au groupe de référence modifier

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
cvi 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 9 7 2 18
16 moyen 7 3 11 16 37
14 fort 6 27 10 43
22 37 23 16 98
10 g+cga 3 5 2 10
2 agg+cgg 2 2
4 carre ccc 4 2 6
5 autres 0
9 7 2 18
total tRNAs ‰
cvi 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres cvi ‰ ref.‰
21 faible 92 71 20 184 26
16 moyen 71 31 112 163 378 324
14 fort 61 276 102 439 650
224 378 235 163 98 729
10 g+cgg 31 51 20 102 10
2 agg+cga 20 20
4 carre ccc 41 20 61 16
5 autres 0
92 71 20 184
blocs tRNAs ‰ total colonne %
cvi 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 110 85 24 220 26 41 19 9
16 moyen 85 37 134 256 324 32 8 48
14 fort 73 329 122 524 650 27 73 43
268 451 280 82 729 22 37 23
10 g+cgg 37 61 24 122 10
2 agg+cga 24 24
4 carre ccc 49 24 73 16
5 autres
110 85 24 220

beta, estimation des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: beta, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

beta, calcul des -rRNAs modifier

bet beta 44 génomes
bet1 cumul des +rRNAs de la fiche beta pour 44 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 10 tgc
atc 159 acc 10 aac agc 1
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 159 gaa gga 10
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
+beta44 inter max min total
329 22 0 351
bet2 indices du clade beta du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1        5.2   0
atgi 99 tct tat atgf 177
att 1.1 act 0.7 aat 0.4 agt 0.4
ctt 2.2 cct cat cgc 0.7
gtt 0.7 gct gat ggt
ttc 108 tcc 101 tac 107 tgc 142
atc 367 acc 102 aac 184 agc 101
ctc 143 ccc 100 cac 109 cgt 187
gtc 150 gcc 124 gac 246 ggc 224
tta 55 tca 99 taa tga 60
ata 0.4 aca 114 aaa 121 aga 114
cta 101 cca 137 caa 123 cga
gta 118 gca 373 gaa 202 gga 101
ttg 102 tcg 111 tag tgg 102
atgj 107 acg 96 aag 103 agg 99
ctg 191 ccg 92 cag 0.7 cgg 107
gtg 90 gcg 79 gag 0.4 ggg 82
gtRNA inter max min total
2265 2149 1440 5854
bet3 cumul des -rRNAs de l'annexe beta de 1 génome
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 2
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 2 tac 2 tgc 1
atc acc 1 aac 4 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 3 cgt 3
gtc 1 gcc 3 gac 7 ggc 5
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 1 caa 2 cga
gta 6 gca gaa 4 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 2 acg 1 aag 2 agg 1
ctg 4 ccg 2 cag cgg 1
gtg 1 gcg 2 gag ggg 1
+beta1 inter max min total
21 43 18 82
bet4 indices des +rRNAs de la fiche beta pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 23 tgc
atc 361 acc 23 aac agc 2
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 361 gaa gga 23
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
+beta44 inter max min total
748 50 0 798
bet5 estimation des -rRNA du clade beta pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 99 tct 0.4 tat atgf 172
att 1.1 act 0.7 aat 0.4 agt 0.4
ctt 2.2 cct cat cgc 0.7
gtt 0.7 gct gat ggt
ttc 108 tcc 101 tac 84 tgc 142
atc 6 acc 79 aac 184 agc 99
ctc 143 ccc 100 cac 109 cgt 187
gtc 150 gcc 124 gac 246 ggc 224
tta 55 tca 99 taa tga 60
ata 0.4 aca 114 aaa 121 aga 114
cta 101 cca 137 caa 123 cga 0
gta 118 gca 12 gaa 202 gga 78
ttg 102 tcg 111 tag tgg 102
atgj 107 acg 96 aag 103 agg 99
ctg 191 ccg 92 cag 0.7 cgg 107
gtg 90 gcg 79 gag 0.4 ggg 82
-rRNA inter max min total
1517 2099 1440 5057
bet6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 100 tct tat atgf 200
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 200 tcc 200 tac 200 tgc 100
atc acc 100 aac 400 agc 100
ctc 100 ccc 100 cac 300 cgt 300
gtc 100 gcc 300 gac 700 ggc 500
tta 100 tca 100 taa tga
ata aca 100 aaa 300 aga 100
cta 100 cca 100 caa 200 cga
gta 600 gca gaa 400 gga 100
ttg 100 tcg 100 tag tgg 100
atgj 200 acg 100 aag 200 agg 100
ctg 400 ccg 200 cag cgg 100
gtg 100 gcg 200 gag ggg 100
+beta1 inter max min total
2100 4300 1800 8200

beta, comparaison clade-annexe des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: beta, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - bet7. diff, somme des couleurs de bet7. La différence entre tRNAs est faite entre bet5 et bet6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - bet8. rap, rapport des sommes couleurs bet5/bet2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bet5 sur celui de bet2.
  • Fréquences des différences en % du tableau bet7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	1	12	4	4	4	6	7	3	0	1	6	0	48
tot ≤ 50						30
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 52% en dessous de celle de la fiche des beta.
tRNAs		fiche		annexe
sans		2379		82
avec		353		16
genomes		44		1
indice %	54		82
bet beta 63 génomes
bet7 beta, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 1 tct 100 tat atgf 14
att 100 act 100 aat 100 agt 100
ctt 100 cct cat cgc 100
gtt 100 gct gat ggt
ttc 46 tcc 50 tac 58 tgc 30
atc 100 acc 21 aac 54 agc 1
ctc 30 ccc 0 cac 64 cgt 38
gtc 33 gcc 59 gac 65 ggc 55
tta 45 tca 1 taa tga 100
ata 100 aca 12 aaa 60 aga 12
cta 1 cca 27 caa 39 cga
gta 80 gca 100 gaa 50 gga 22
ttg 2 tcg 10 tag tgg 2
atgj 47 acg 4 aag 49 agg 1
ctg 52 ccg 54 cag 100 cgg 7
gtg 10 gcg 61 gag 100 ggg 18
diff inter max min total
328 618 335 1281
bet8 beta, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf 97
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac 79 tgc
atc 2 acc 78 aac agc 98
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 3 gaa gga 77
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
67 98 100 86

Delta modifier

Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C modifier

ade opérons modifier

  • Lien tableur: ade opérons
  • Liens: gtRNAdb [52], NCBI [53], génome [54]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Deltaproteobacteria; Myxococcales; Cystobacterineae; Anaeromyxobacteraceae; Anaeromyxobacter.
  • Légende:
Bd1. ade opérons, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C
75%GC 30.6.19 Paris  49  doubles intercalaire
8147..8220 caa
 
21040..21112 ttc
 
comp 433303..433378 ggg
 
comp 666509..666585 gac 6
comp 666592..666666 gta
 
comp 693146..693229 ctg
 
851483..851555 atgi
 
comp 1057311..1057386 gcg
 
comp 1306222..1306295 ccc
 
1442379..1442450 tgc
 
1495545..1497102 16s @1 187
1497290..1497367 atc 22
1497390..1497465 gca 194
1497660..1500648 23s 152
1500801..1500917 5s
 
1509186..1509259 cag 60
1509320..1509394 gag
 
1691085..1691160 gcc
 
1819377..1819453 atgf
 
2235670..2235741 gtc
 
comp 2314981..2315079 tga
 
comp 2337031..2337104 atgj
 
2376009..2376080 gtg
 
comp 2429718..2429790 acg
 
comp 2623942..2624017 tgg
 
comp 2625463..2625535 acc 22
comp 2625558..2625633 gga 63
comp 2625697..2625779 tac 46
comp 2625826..2625898 aca
 
2653452..2653535 ttg
 
2680790..2680871 ctc
 
comp 2747806..2747879 agg
 
3029047..3029122 aac
 
comp 3076236..3076352 5s 152
comp 3076505..3079493 23s 194
comp 3079688..3079763 gca 22
comp 3079786..3079863 atc 187
comp 3080051..3081608 16s
 
comp 3144286..3144357 aaa
 
3156732..3156804 gaa
 
3253990..3254063 cgg
 
comp 3793996..3794069 ccg
 
3806164..3806249 tta
 
comp 3915708..3915789 cta
 
comp 3920245..3920317 aag @2 248
comp 3920566..3920639 aga 140
comp 3920780..3920854 cac 18
comp 3920873..3920946 cga 134
comp 3921081..3921154 cca
 
comp 4121675..4121749 ggc
 
comp 4195371..4195460 tcc 278
comp 4195739..4195829 tcg
 
4456675..4456764 tca 27
4456792..4456883 agc 73
4456957..4457033 cgt

ade cumuls modifier

  • Note: Les statistiques sur les intercalaires entre tRNA ne sont pas correctes. Se reporter à intergen51.ade. Il n'y a aucun commentaire sur les CDS. J'ai réduit le tableau aux clusters à rRNA. L'intitulé opéron doit d'être compris dans le sens cluster ou bloc de RNA, rRNA ou tRNA.
ade cumuls	opérons		effectif
avec rRNA	opérons		2
		16 23 5s 0	0
		16 atc gca	2
		16 23 5s a	0
		max a		2
		a doubles	0
		spéciaux	0
		total aas	4
sans 		opérons		33
		1 aa		27
		max a		5
		a doubles	0
		total aas	45
total aas			49
remarques			2

ade blocs modifier

Dt1. ade, blocs à rRNA.
16s 187 1558 5s 152 117
atc 22 23s 194 2989
gca 194 gca 22
23s 152 2989 atc 187
5s 117 16s 1558

ade remarques modifier

  • Lien tableur: ade remarques
  • Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, 2 blocs 16-atc-gca-23-5s, pas de doubles.
    1. @ 2 blocs 16-atc-gca-23-5s sans aas supplémentaires.
      - Intercalaires identiques, 187 22 194 152.
    2. @ Les intercalaires élevés ne touchent que 2 opérons sans rRNAs et sont à la limite de la règle de 210 bases, et sont équivalents à l’intercalaire 16s-23s, 278 et 248. Comme ksk.
    3. tous les tRNAs existent sauf ata et les absents classiques. Cga et tga existent. Seuls atc et gca sont au nombre de 2 à cause des blocs rRNAs doubles.
  • Séquences des doubles : 27 des 33 opérons à tRNAs sont des tRNAs solitaires.
    - Analogue à ksk
    - Pas de doubles du tout.
    - Ce sont les opérons qui se répètent qui font les doubles. Les opérons à rRNAs font de même, avec 2 blocs quasi identiques même dans la longueur de leurs intercalaires.
  • Code génétique de ade:
    Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
    • - totaux en en-tête, 49 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 49 total du cumul.
    • - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    • - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
    • - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Dt1 ade, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C
g1    t1       49  49
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga 1
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca 2 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1

ade distribution modifier

Dt1 ade, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C. Delta
Dt11 Distribution du total
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 2 acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga 1
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca 2 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1
delta >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
ade 18 27 4 49
Dt12 ade, distribution des solitaires
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc tac tgc 1
atc acc aac 1 agc
ctc 1 ccc 1 cac cgc
gtc 1 gcc 1 gac ggc 1
tta 1 tca taa tga 1
ata aca aaa 1 aga
cta 1 cca caa 1 cga
gta gca gaa 1 gga
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag agg 1
ctg 1 ccg 1 cag cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag ggg 1
ade >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 27 27
Dt13 ade, distribution des >1aa
g1    t1         
atgi tct tat atgf
att act aat agt
ctt cct cat cgt
gtt gct gat ggt
ttc tcc 1 tac 1 tgc
atc acc 1 aac agc 1
ctc ccc cac 1 cgc 1
gtc gcc gac 1 ggc
tta tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa aga 1
cta cca 1 caa cga 1
gta 1 gca gaa gga 1
ttg tcg 1 tag tgg
atgj acg aag 1 agg
ctg ccg cag 1 cgg
gtg gcg gag 1 ggg
ade >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
type 18 18
delta2. indices du 11.1.21 65 génomes
g1 t1 65 3551 1.4  0
atgi 99 tct tat 0.6 atgf 106
att act aat agt
ctt cct cat cgc 97
gtt 1.2 gct gat ggt
ttc 107 tcc 97 tac 103 tgc 101
atc 191 acc 99 aac 112 agc 101
ctc 101 ccc 55 cac 100 cgt 0
gtc 98 gcc 95 gac 139 ggc 140
tta 104 tca 101 taa tga 60
ata aca 108 aaa 150 aga 124
cta 101 cca 101 caa 109 cga 100
gta 139 gca 199 gaa 173 gga 111
ttg 101 tcg 0.6 tag tgg 100
atgj 98 acg 1.9 aag 9 agg 96
ctg 1.2 ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2
gtg gcg gag 25 ggg 1.9
inter max min total
 

ade. Intergen51 modifier

Intergen51. ade. Le génome modifier

  • ade Le prélèvement: Aspl
  • Le nom et le lien NCBI: ade, Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C, NCBI [55], date 16.07.20.
  • ade La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
ade	445,108		5,029,329	8.9
ade données intercalaires modifier
ade données intercalaires 200 modifier
ade autres intercalaires aas modifier

Intergen51. ade. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. ade les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 ade les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 2,318 712 17 3,047 2.2 20 3 23
x 1,302 103 12 1,417 0 1 1
t 3,620 815 29 4,464 20 4 24
% 81.1 18.3 0.6
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 43 0 0 43 2.0 tRNA-CDS 65 62
x 22 0 0 22 RNA-RNA 20 19
t 65 0 0 65 CDS-rRNA 4 4
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 16 15
- total 105 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 3.4 11.6 1.3 32.2 9.3 85 0.6 0.0
x 5.3 4.5 14.6 20.7 0.0 35 0.8 0.0

Intergen51. ade. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  ade présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	ade
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.777	-1.80E-06	1.34E-03	-4.13E-01	64.40	fx1	abscisse	233.6	433,2
0.843	-5.87E-06	4.71E-03	-1.26E+00	120.0	fc1	ordonnée	-3.2	1.8
								
0.872	2.74E-06	-1.92E-03	2.84E-01	22.6	fx41	
0.969	-1,00E-06	1,30E-03	-5,60E-01	81.3	fc51
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	ade		calculs			poly3	ade
effect	2335		R2.21	845		abscis	250
xm	47		pte	19,16		flexa	139
ym	9		cste	4,75		flexo	2,66
x1m	196		r400l	204		xm	35
y1m	1		restp	127,62		sup4	148,4
rfin	34,26		%sd	28,13		sup4t	410,3
bornf	110		lond	149		%	36,2
supd	130,7		%sf	28,08		long	104
supdt	464,7		lonf	63			
xmp	407,71		sf/lf	1,20			
r400	93,36		sr/lr	0,64			
supf	75,8		sd/ld	0,88			
supft	269,8		i.r400	0,46

Intergen51. ade. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	ade			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	70		4	4140
 - 2		3	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		33	537		717	10938
 - 5		0	0		5	19
sp6		67	105		1642	8424
total		103	712		2,456	23,544
reste		15	9		264	420
s6		4	0		361	41
s7		15	25		321	1438
s8		33	71		696	6525
rapport s1-5						
4/2/1		11.0	7.7		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		6.0	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		22.4	23.8		19.5	17.1
s8/sp6		49.3	67.6		42.4	77.5
reste/sp6	22.4	8.6		16.1	5.0
						
total s1-5	36	607		814	15120
% / total						
%s1-5		35.0	85.3		33.1	64.2
%sp6		65.0	14.7		66.9	35.8

Intergen51. ade. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		2			CDS 16s		2	
16s 23s					5s CDS		1	1
16s tRNA	2			16 CDS			
tRNA 23s	2			CDS 5s			
5s tRNA					23s CDS			
tRNA in		2			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	12			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		20	0		total		3	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. ade. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

Int51.31 ade. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs
inter aa       inter aa
6 gac 248 aag
** gta 142 aga
60 cag 18 cac
** gag 134 cga
22 acc ** cca
63 gga 278 tcc
46 tac ** tcg
** aca 27 tca
73 agc
** cgt

ade intercalaires entre cds modifier

  • Lien NCBI [56] 16.7.20
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

ade intercalaires positifs S+ modifier

ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
ade Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 -20 145 -446 69 782 242 min50 -61 489 -1310 125 843 267 min50
31 à 400 32 -228 356 20 874 238 2 parties 2.5 38 -356 69 957 -507 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 144 54 - 743 dte 39 Sf 218 70 - 610 poly 232 SF
31 à 400 112 46 - 807 poly 67 tm 149 51 - 854 poly 103 tF
  • Légende du tableau corrélations et fréquences faibles:
ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
pmg min40 559 895 1454 856 728 802 74 904 915 928
ade min50 1229 2242 3471 867 624 758 134 879 897 903
ase min40 2398 3558 5956 959 922 940 18 646 725 814
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
326 430 0.76 692 1108 16 31 137 143 196 449 703
221 335 0.66 1412 3052 8 6 72 234 304 876 459
135 264 0.51 3031 5166 7 3 116 252 389 1165 346
  • Diagrammes 400:  ade pmg,   diagramme 1-40: c+ ade   c+ pmg   x+ ade   x+ pmg   total,   texte: pmg.
  • Résumé. Ici je ne compare que les 2 génomes ade et pmg en laissant en arrière plan pub. Car ade et pmg se ressemblent beaucoup malgré un effectif des diagrammes 400 de ade qui fait plus du double de celui de pmg.
    - La forme des courbes 400: ade n’a plus qu’une seule courbe de forme SF, c+1-400, qui est commune à tous les génomes étudiés ici. Alors que pmg a 3 SF sans pgm x+31-400, chez ade 2 courbes sont presque de forme SF:
    • ade x+1-400 est une forme S faible Sf avec un R2’ de 39
    • ade c+31-400 est une forme tilde forte, tF, avec un R2’ de 103, mais son point d’inflexion (flex) est largement négatif, -507, donnant une allure SF à la courbe.
    • ade x+31-400 est une forme tilde forte, tF, avec un R2’ de 67, et son point d’inflexion est positif, souvent rencontré, 238. Pour pmg on a un tm avec un R2’ de 48 et un point d’inflexion à 180.
    - Les corrélations des courbes 400: Elles sont quasiment identiques entre les 2 génomes. Les 3 corrélations 1-n de ade tournent autour de 900 comme pour pmg et montre l’importance des fréquences faibles. La corrélation 41-250 que j’ai pris comme référence est plus faible chez ade avec 758 contre 802 mais 41-200 chute beaucoup plus chez ade, 624 contre 728, du même niveau que la corrélation la plus élevée des corrélations faibles des 41-250, 611. Ceci montre la différence entre les 2 tildes, ade c+ 31-400 et ade x+ 31-400, comme entre le tilde pmg x+31-400 et la forme SF pmg c+31-400.
    - Les fréquences faibles 1-30:
    • Elles sont du même ordre de grandeur et dans le même rapport que celles de pmg, avec 221‰ pour x+ et 335‰ pour c+, contre respectivement 336 430 pour pmg. Soit un rapport de 0.66 contre 0.76.
    • Elles sont réparties sur les 3 fréquences 10 20 30 différemment de pmg sur 10 20 et pub sur 10.
    • Les minima des fréquences faibles: elles sont très prononcées sur les 2 courbes 1-400 chez ade aux fréquences 50 contre 40 chez pmg. Ces minima expliquent les formes tilde fortes des courbes 31-400 chez ade.
    • Contrairement à pgm les fréquences faibles n’entraînent pas un excès des fréquences nulles, 8‰ pour x+ et 6‰ pour c+, contre respectivement 16 et 30 pour pgm. Les fréquences négatives sont du même ordre de grandeur chez les 2 génomes.
    - La forme des courbes 1-40:
    • La courbe c+1-40: avec un effectif élevé de 876 pour ade contre 449 pour pmg, cette courbe est semblable à la courbe du total contrairement à pmg où j’ai du enlever la fréquence 6 pour trouver la ressemblance.
    • La courbe x+1-40: Son effectif est plus élevé que celui de pmg, 304 contre 196, mais il reste faible. Comparée à la courbe pmg c+1-40 avec un effectif aussi faible, 449 contre 304, les 2 courbes sont très différentes. Alors que pmg c+ est proche du modèle avec une bosse à la fréquence 11, ade x+ présente un creux profond et a une forte bosse à la fréquence 17. La courbe ade x+ est plutôt comparable à pmg x+:
    • + A la fréquence 6 il y a une bosse au lieu du creux du modèle;
    • + A la fréquence 11 les 2 creux sont profonds;
    • + ils sont suivis par une bosse à la fréquence 17, avec un effectif de 13 sur 304 pour ade et 6 sur 196 pour pmg relativement plus faible. Cette bosse est suivie par 2 petites ondulations dans les 2 cas.
    - Les corrélations des courbes 1-40: La corrélation x+/c+ de ade est très faible comparée à celle de pmg, 459 contre 703. Ceci montre, avec la majorité des génomes à x+ très faible par rapport au c+, que les courbes x+1-40 sont d’une autre nature que les courbes c+1-40 et que les fortes corrélations de pub et pmg sont dues aux faibles effectifs.
    - Les 2 parties
    • Voir la définition et l’analyse du cas de pmg, à la fin de son résumé.
    • Les 2 corrélations c+41-200 de ade et pmg sont très faibles, 624 contre 728. Cela est du essentiellement au 1er renflement de leur courbe en tilde. En plus à ce niveau les ordonnées varient fortement d’une abscisse à l’autre, alors que la queue des courbes (la 2ème partie) décroit de façon monotone. Comme pour les courbes c+1-40, ces variations fortes de la 1ère partie, doivent certainement révéler des bosses, indiquant des longueurs d’intercalaires spécifiques aux séquences de contrôle au niveau de l’ADN.
    • Les courbes c+31-400 de pmg et pub ne sont de forme S et pas des tildes, mais présentent dans leur 1ère partie de fortes variations comme les tildes. D’où l’hypothèse que la région des fréquences de 50 (minimum local) aux fréquences 200 serait le siège de certaines longueurs d’intercalaires privilègiées nécessaires au contrôle des cds au niveau de l’ADN. Les intercalaires de contrôle privilégiés à la fréquence 10 des courbes c+1-40 seraient communs à la plupart des génomes alors que ceux de la région des fréquences de 50 à 200, seraient spécifiques à chaque génome.

ade autres intercalaires modifier

  • Lien tableur: ade autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		nc-tRNA	total
c+	x+	c-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
46	23	0	21	0	0	11	3	0	1	105
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

ade par rapport au groupe de référence modifier

Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
ade 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 12 5 17
16 moyen 9 6 4 19
14 fort 6 7 13
27 18 4 49
10 g+cga 5 5 10
2 agg+cgg 2 2
4 carre ccc 4 4
5 autres 1 1
12 5 17
total tRNAs ‰
ade 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres ade ‰ ref.‰
21 faible 245 102 347 26
16 moyen 184 122 82 388 324
14 fort 122 143 265 650
551 367 82 49 729
10 g+cgg 102 102 204 10
2 agg+cga 41 41
4 carre ccc 82 82 16
5 autres 20 20
245 102 347
blocs tRNAs ‰ total colonne %
ade 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 267 111 378 26 44 28
16 moyen 200 133 333 324 33 33
14 fort 133 156 289 650 22 39
600 400 45 729 27 18
10 g+cgg 111 111 222 10 42
2 agg+cga 44 44 17
4 carre ccc 89 89 16 33
5 autres 22 22 8
267 111 378 12

delta, estimation des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: delta, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 11.1.21
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

delta, calcul des -rRNAs modifier

del delta 19 génomes
del1 cumul des +rRNAs de la fiche delta pour 19 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 45 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 44 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
delt19 inter max min total
89 1 0 90
del2 indices du clade delta du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 97 tct tat atgf 149
att act aat agt
ctt 1.5 cct cat cgc 9
gtt gct gat ggt
ttc 122 tcc 109 tac 118 tgc 108
atc 243 acc 118 aac 122 agc 105
ctc 129 ccc 106 cac 111 cgt 134
gtc 100 gcc 131 gac 165 ggc 175
tta 108 tca 108 taa tga 86
ata aca 102 aaa 118 aga 106
cta 108 cca 105 caa 111 cga 65
gta 115 gca 234 gaa 180 gga 105
ttg 126 tcg 106 tag tgg 111
atgj 112 acg 98 aag 85 agg 100
ctg 122 ccg 98 cag 88 cgg 92
gtg 83 gcg 78 gag 40 ggg 94
gtRNA inter max min total
2026 1821 1581 5428
del3 cumul des -rRNAs de l'annexe delta de 1 génome
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc acc 1 aac 1 agc 1
ctc 1 ccc 1 cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc 1 gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga 1
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg 1 tag tgg 1
atgj 1 acg 1 aag 1 agg 1
ctg 1 ccg 1 cag 1 cgg 1
gtg 1 gcg 1 gag 1 ggg 1
delt1 inter max min total
14 14 17 45
del4 indices des +rRNAs de la fiche delta pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 5
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 237 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 232 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
delt19 inter max min total
469 5 0 474
del5 estimation des -rRNA du clade delta pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 97 tct tat atgf 144
att act aat agt
ctt 1.5 cct cat cgc 9
gtt gct gat ggt
ttc 122 tcc 109 tac 118 tgc 108
atc 6 acc 118 aac 122 agc 105
ctc 129 ccc 106 cac 111 cgt 134
gtc 100 gcc 131 gac 165 ggc 175
tta 108 tca 108 taa tga 86
ata 0 aca 102 aaa 118 aga 106
cta 108 cca 105 caa 111 cga 65
gta 115 gca 2 gaa 180 gga 105
ttg 126 tcg 106 tag tgg 111
atgj 112 acg 98 aag 85 agg 100
ctg 122 ccg 98 cag 88 cgg 92
gtg 83 gcg 78 gag 40 ggg 94
-rRNA inter max min total
1558 1816 1581 4954
del6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 100 tct tat atgf 100
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 100 tcc 100 tac 100 tgc 100
atc acc 100 aac 100 agc 100
ctc 100 ccc 100 cac 100 cgt 100
gtc 100 gcc 100 gac 100 ggc 100
tta 100 tca 100 taa tga 100
ata aca 100 aaa 100 aga 100
cta 100 cca 100 caa 100 cga 100
gta 100 gca gaa 100 gga 100
ttg 100 tcg 100 tag tgg 100
atgj 100 acg 100 aag 100 agg 100
ctg 100 ccg 100 cag 100 cgg 100
gtg 100 gcg 100 gag 100 ggg 100
delt1 inter max min total
1400 1400 1700 4500

delta, comparaison clade-annexe des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: delta, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - del7. diff, somme des couleurs de del7. La différence entre tRNAs est faite entre del5 et del6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - del8. rap, rapport des sommes couleurs del5/eur2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de del5 sur celui de del2.
  • Fréquences des différences en % du tableau del7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	1	22	12	5	3	2	1	0	0	0	3	0	49
tot ≤ 50						41
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 22% en dessous de celle de la fiche des delta.
tRNAs		fiche		annexe
sans		1097		45
avec		89		4
genomes		19		1
indice %	58		45
del delta 19 génomes
del7 delta, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 3 tct tat atgf 30
att act aat agt
ctt 100 cct cat cgc 100
gtt gct gat ggt
ttc 18 tcc 8 tac 15 tgc 7
atc 100 acc 15 aac 18 agc 5
ctc 22 ccc 6 cac 10 cgt 25
gtc 0 gcc 24 gac 39 ggc 43
tta 7 tca 7 taa tga 14
ata aca 2 aaa 15 aga 6
cta 7 cca 5 caa 10 cga 35
gta 13 gca 100 gaa 44 gga 5
ttg 21 tcg 6 tag tgg 10
atgj 11 acg 2 aag 15 agg 0
ctg 18 ccg 2 cag 12 cgg 8
gtg 17 gcg 22 gag 60 ggg 6
diff inter max min total
136 284 250 670
del8 delta, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf 96
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 3 acc aac agc
ctc ccc cac cgc
gtc gcc gac ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa aga
cta cca caa cga
gta gca 1 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
rap inter max min total
77 100 100 91

Epsilon modifier

Arcobacter nitrofigilis DSM 7299 modifier

ant opérons modifier

  • Lien tableur: ant opérons
  • Liens: gtRNAdb [57], NCBI [58], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Epsilonproteobacteria; Campylobacterales; Campylobacteraceae; Arcobacter group; Arcobacter.
  • Légende:
Ep1. ant opérons, Arcobacter nitrofigilis DSM 7299.
28.4%GC 12.1.21 Paris 4.16s doubles intercal cds aa  avec.aa cdsa cdsd protéines
167574..168434 cds 66 66 287 66 4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase
168501..168577 cga @1 447 447
169025..169261 cds 79 DNA-binding protein
 
237275..237622 cds 305 305 116 305 nucleotide pyrophosphohydrolase
237928..239444 16s 111 111
239556..239632 atc 19 19
239652..239727 gca 301 301
240029..242945 23s 202
243148..243263 5s 354 354
comp 243618..244301 cds 228 bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE
 
comp 302333..303160 cds 155 155 276 AraC family transcriptional regulator
303316..303393 cca 10 10
303404..303480 cac 16 16
303497..303573 aga 61 61
303635..303719 cta 96 96
303816..303892 atgf 70 70 70
303963..304103 cds 47 hp
 
316375..317343 cds 110 110 323 glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX"
317454..317530 atgf 109 109 109
317640..318416 cds 259 helix-turn-helix domain-containing protein
 
373519..375741 cds 120 120 741 PAS domain-containing protein
375862..375937 ttc 5 5
375943..376027 tac 65 65 65
376093..376725 cds 211 hp
 
597419..598486 cds 47 47 356 47 class II fructose-bisphosphate aldolase
598534..598618 ttg 208 208
598827..600107 cds 427 tyrosine-type recombinase/integrase
 
comp 751446..752990 cds @2 73 73 515 cache domain-containing protein
comp 753064..753140 gac + 16 16
comp 753157..753232 gta 2 gac 3 3
comp 753236..753310 gaa 2 aaa 31 31
comp 753342..753417 aaa 2 gta 8 8
comp 753426..753502 gac 2 gaa 22 22
comp 753525..753600 gta 3 3
comp 753604..753678 gaa 42 42
comp 753721..753796 aaa 40 40 40
comp 753837..754343 cds 169 CinA family protein
 
comp 833388..833978 cds 142 142 197 LemA family protein
comp 834121..834204 ctc 93 93 93
comp 834298..836409 cds 704 methyl-accepting chemotaxis protein
 
1445917..1449822 cds 93 93 1302 93 hemolysin-type calcium-binding region
1449916..1449991 gaa 270 270
1450262..1450510 cds 83 hp
 
1615201..1615542 cds 29 29 114 29 hp
1615572..1615647 gtc 99 99
1615747..1616595 cds 283 universal stress protein
 
1703617..1703835 cds 1 1 73 1 hp
comp 1703837..1703913 atgf 12 12
comp 1703926..1704000 caa 117 117
1704118..1705149 cds 344 bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II
 
comp 2221719..2222525 cds + 242 242 269 hp
comp 2222768..2222842 aac 2 aac 33 33
comp 2222876..2222950 aac 72 72 72
comp 2223023..2223931 cds @3 303 radical SAM protein
 
comp 2282678..2283442 cds 349 349 255 oxidoreductase
comp 2283792..2283880 tcc 81 81
comp 2283962..2284038 gga 39 39
comp 2284078..2284154 atgi 15 15
comp 2284170..2284259 agc 102 102 102
comp 2284362..2285048 cds 229 orotidine-5'-phosphate decarboxylase
 
2323802..2324866 cds @4 12 12 355 12 methyltransferase domain-containing protein
comp 2324879..2324954 acc 167 167
comp 2325122..2325237 5s 202
comp 2325440..2328356 23s 300 300
comp 2328657..2328732 gca 19 19
comp 2328752..2328828 atc 111 111
comp 2328940..2330456 16s 378 378
comp 2330835..2331530 cds 232 5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase
 
comp 2581821..2582840 cds 192 192 340 UDP-glucose 4-epimerase GalE
comp 2583033..2583108 tgc 45 45
comp 2583154..2583242 tca 16 16
comp 2583259..2583345 tta 143 143 143
2583489..2585177 cds 563 dihydroxy-acid dehydratase
 
comp 2637277..2637459 cds 81 81 61 preprotein translocase subunit SecE
comp 2637541..2637616 tgg 31 31 31
comp 2637648..2637815 cds 56 50S ribosomal protein L33
 
comp 2637824..2639032 cds 240 240 403 elongation factor Tu
comp 2639273..2639349 gga 8 8
comp 2639358..2639442 tac 69 69
comp 2639512..2639588 aca 21 21
comp 2639610..2639685 ttc 41 41 41
comp 2639727..2640881 cds 385 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase
 
2656033..2656263 cds 231 231 77 231 transcriptional antiterminator Rof
comp 2656495..2656610 5s 223
comp 2656834..2659750 23s 301 301
comp 2660052..2660127 gca 19 19
comp 2660147..2660223 atc 111 111
comp 2660335..2661851 16s 292 292
comp 2662144..2662782 cds 213 hp
 
2693436..2695451 cds 95 95 672 dynamin family protein
2695547..2695621 caa 16 16
2695638..2695724 tta 7 7
2695732..2695808 gga 14 14
2695823..2695898 aaa 16 16
2695915..2695991 atgf 14 14
2696006..2696082 atgj 12 12
2696095..2696171 aca 30 30
2696202..2696290 tca 90 90 90
2696381..2696893 cds 171 hp
 
3082950..3083174 cds 143 143 75 143 CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone
comp 3083318..3083393 acc 173 173
comp 3083567..3083682 5s 202
comp 3083885..3086801 23s 273 273
comp 3087075..3087150 gca 19 19
comp 3087170..3087246 atc 111 111
comp 3087358..3088874 16s 462 462
3089337..3090032 cds 232 Bax inhibitor-1/YccA family protein

ant cumuls modifier

cumuls. ant.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 4 1 0 1 1 1 1 100 8 - -
16 23 5s 0 20 21 50 6 20 1 200 5
16 atc gca 4 40 6 100 11 40 3 300 12
16 23 5s a 60 2 150 8 60 2 400 7
max a 3 80 2 200 2 80 4 500 2
a doubles 100 2 250 4 100 3 600 2
autres 120 4 300 2 120 2 700 1
total aas 10 140 0 350 2 140 0 800 2
sans opérons 16 160 0 400 2 160 2 900 0
1 aa 7 180 2 450 1 180 0 1000 0
max a 8 200 0 500 1 200 0 1100 0
a doubles 2 4 0 2 1
total aas 45 33 10 38 16 36
total aas 55
remarques 4
avec jaune moyenne 25 196 155 89 301
variance 22 88 121 73 240
sans jaune moyenne 139 60 239
variance 102 33 132

ant blocs modifier

Ep1. Arcobacter nitrofigilis DSM 7299
cds 143 12    cds 231    cds 305
acc 173 167 5s 223 16s 111
5s 202 202 23s 301 atc 19
23s 273 300 gca 19 gca 301
gca 19 19 atc 111 23s 202
atc 111 111 16s 292 5s 354
16s 462 378 cds cds
cds

ant remarques modifier

  • Lien tableur: ant remarques
  • Remarques: Ce génome se distingue par sa simplicité. Pas de tRNAs rares et 4 blocs 16s presque identiques.
    1. @ Même les solitaires ne sont pas des tRNAs rares, ccc xxg cga … Et ne représentent que 13 % du total des tRNAs.
    2. @ Les clusters multiples et sans rRNAs sont nombreux, 9/20, et accumulent 38 tRNAs contre 17 pour les autres. Les 2 plus grands font 8 chacun dont un avec une séquence de 4 double.
    3. @ Un seul duplicata de 2 tRNAs non rare, aac.
    4. @ Les 4 blocs sont presque identiques, 2 avec acc après 5s et 2 sans autres tRNAs. Les intercalaires sont quasiment identiques. Mais chaque bloque se distingue des 3 autres par un seul intercalaire, à part ceux avec les cds. Ainsi les 2 blocs avec acc diffèrent par gca-23s de 300 (pour 3 blocs) et 273 ; Les blocs sans acc diffèrent par 5s-23s de 202 (pour 3 blocs) et 223.
  • Séquences des doubles: un seul duplicata et une séquence double de 4 aas simple. Les 7 clusters à multiples tRNAs n’ont pas de répétitions.

ant distribution modifier

Ep1 ant, Arcobacter nitrofigilis DSM 7299. Epsilon
Ep11 ant, distribution par type
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 4
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 4 acc 2 aac 2 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt
gtc 1 gcc gac 2 ggc
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca 4 gaa 3 gga 3
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
spiro >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
ant 38 7 2 8 55
Ep12 ant, distribution sur référence
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 4
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc 4 acc 2 aac 2 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt
gtc 1 gcc gac 2 ggc
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca 4 gaa 3 gga 3
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
inter max min total
ant 24 28 3 55
epsilon2. indices du 11.1.21 161 génomes.
g1 t1 161 6531 0  0
atgi 97 tct tat atgf 149
att act aat agt
ctt 1.5 cct cat cgc 9
gtt gct gat ggt
ttc 122 tcc 109 tac 118 tgc 108
atc 243 acc 118 aac 122 agc 105
ctc 129 ccc 106 cac 111 cgt 134
gtc 100 gcc 131 gac 165 ggc 175
tta 108 tca 108 taa 3.1 tga 86
ata aca 102 aaa 118 aga 106
cta 108 cca 105 caa 111 cga 65
gta 115 gca 234 gaa 180 gga 105
ttg 126 tcg 106 tag 1.5 tgg 111
atgj 112 acg 98 aag 85 agg 100
ctg 122 ccg 98 cag 88 cgg 92
gtg 83 gcg 78 gag 40 ggg 94
inter max min total
epsilon

ant. Intergen51 modifier

Intergen51. ant. Le génome modifier

  • ant Le prélèvement: Acbn
  • Le nom et le lien NCBI: ant, Arcobacter nitrofigilis DSM 7299, NCBI [59], date 24.09.20.
  • ant La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
ant	203,179		3,192,235	6.4
ant données intercalaires modifier
ant données intercalaires 200 modifier
ant autres intercalaires aas modifier

Intergen51. ant. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. ant les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 ant les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 1,644 672 56 2,372 3.3 47 3 50
x 624 90 9 723 0 3 3
t 2,268 762 65 3,095 47 6 53
% 73.3 24.6 2.1
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 28 0 0 28 4.7 tRNA-CDS 34 36
x 6 0 0 6 RNA-RNA 47 49
t 34 0 0 34 CDS-rRNA 6 6
% 100.0 0.0 0.0 non RNA 8 8
- total 95 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 1.7 3.6 0.9 46.2 3.6 57 2.4 0.0
x 3.5 0.0 1.1 26.4 33.3 47 1.2 0.0

Intergen51. ant. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  ant présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	ant
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.684	-2.18E-	06	1.85E-03	-6.04E-01	82.00	fx1	abscisse	221.8	437.1
0.664	-1.29E-05	9.76E-03	-2.31E+00	175.0	fc1	ordonnée	7.9	3.2
								
0.786	5.59E-06	-3.72E-03	5.83E-01	11.3	fx41			
0.925	-1.06E-06	1.39E-03	-5.70E-01	75.3	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	ant		calculs			poly3	ant
effect	1700		R2.21	822		abscis	250
xm	35		pte	16,18		flexa	134
ym	5		cste	3,51		flexo	2,21
x1m	155		r400l	245		xm	35
y1m	1		restp	107,65		sup4	153,2
rfin	17,06		%sd	42,69		sup4t	354,7
bornf	104		lond	120		%	43,2
supd	164,2		%sf	43,83		long	99
supdt	384,7		lonf	69			
xmp	507,65		sf/lf	1,79		R2.15	747
r400	90,59		sr/lr	0,79			
supf	123,8		sd/ld	1,37			
supft	282,4		i.r400	0,37

Intergen51. ant. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	ant			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	164		4	4140
 - 2		0	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		42	219		717	10938
 - 5		0	2		5	19
sp6		48	287		1642	8424
total		90	672		2,456	23,544
reste		1	6		264	420
s6		21	0		361	41
s7		4	33		321	1438
s8		22	248		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		-	1.3		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		43.8	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		8.3	11.5		19.5	17.1
s8/sp6		45.8	86.4		42.4	77.5
reste/sp6	2.1	2.1		16.1	5.0
						
total s1-5	42	385		814	15120
% / total						
%s1-5		46.7	57.3		33.1	64.2
%sp6		53.3	42.7		66.9	35.8

Intergen51. ant. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s		4			CDS 16s		3	1
16s 23s					5s CDS			2
16s tRNA	4			16 CDS			
tRNA 23s	4			CDS 5s			
5s tRNA		2			23s CDS			
tRNA in		4			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	29			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		47	0		total		3	3
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clant et dans l'étude.

Intergen51. ant. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier 

hors		cvi	ade	ant
20		16	2	17
40		20	2	6
60		6	2	2
80		2	2	2
100				2
120				
140			1	
160			1	
180				
200				
220				
240				
260			1	
restes			1	
total		44	12	29
				
repete		8	0	1
sequence	4	0	1
sans		3	6	7
clusters	15	6	9
				
5		3	0	3
10		7	1	4
15		5	0	5
20		1	1	5
  • Les répétitions des aas dans les clusters hors blocs de ant:
Int51.31 ant. Les intercalaires tRNA-tRNA hors blocs
inter aa       inter aa
10 cca 81 tcc
16 cac 39 gga
61 aga 15 atgi
96 cta ** agc
** atgf 45 tgc
5 ttc 16 tca
** tac ** tta
16 gac 8 gga
3 gta 69 tac
31 gaa 21 aca
8 aaa ** ttc
22 gac 16 caa
3 gta 7 tta
42 gaa 14 gga
** aaa 16 aaa
12 atgf 14 atgf
** caa 12 atgj
33 aac 30 aca
** aac ** tca

ant intercalaires entre cds modifier

  • Lien NCBI [60] 24.9.20
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clant alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

ant intercalaires positifs S+ modifier

ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
ant Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 -25 209 -664 88 680 279 min40 -135 1021 -2424 183 664 252 min40
31 à 400 60 -400 637 9.8 785 222 2 parties 4.8 28 -332 62 888 -194 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 183 63 - 609 poly 70 SF 262 79 - 358 poly 306 SF
31 à 400 132 48 - 673 poly 112 tF 130 43 - 746 poly 142 tF
  • Légende du tableau corrélations et fréquences faibles
ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
mja min30 406 1047 1453 776 326 571 245 844 857 881
ant min40 601 1616 2217 730 271 538 267 892 886 876
blo min20 448 993 1441 820 406 537 131 0.038 0.255 0.669
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
239 405 0.59 495 1234 20 9 113 132 113 474 502
281 485 0.58 714 2381 13 24 116 285 186 836 575
89 208 0.43 518 1255 4 1 35 167 54 241 -109
  • Diagrammes 400:  ant ade,   diagramme 1-40: c+ ant   c+ ade   x+ ant   x+ ade   total,   texte: ade.
  • Résumé: Ici je ne compare que les 2 génomes ant et ade en sachant que pmg est semblable à ade. Car ant et ade se ressemblent beaucoup avec des effectif des diagrammes 400 élevés, 2217 contre 3471, et des rapports des fréquences faibles c+/x+ proches, 0.58 contre 0.66. Par contre les corrélations à 41-250 sont très différentes, 538 contre 758.
    - La forme des courbes 400: Les 4 courbes de ant sont identiques une à une aux 4 courbes de ade.
    • Les 2 courbes, x+ 1-400 ant ade, sont Sm avec R2’ 70 39, mais notées respectivement SF et Sf.
    • Les 2 courbes, c+ 1-400 ant ade, sont SF avec R2’ 306 232.
    • Les 2 courbes x+ 31-400 ant ade sont tF avec R2’ 112 67. Les renflements des 2 1ères parties des courbes sont nettes. Les 2 points d’inflxion 222 238 sont positives et standards.
    • Les 2 courbes c+ 31-400 ant ade sont tF avec R2’ 142 103. Les renflements des 2 1ères parties des courbes sont nettes. Par contre les 2 points d’inflexion sont négatifs -194 -507.
    - Les corrélations des courbes 400: C’est la différence la plus importante entre les 2 génômes.
    • Chez ade la corrélation 41-250, de 758 chute à 624 pour 41-200 avec une différence de 134. Et ant en parallèle passe de 538 à 271 avec une différence de 267.
    • Les 3 corrélations 1-n de ade tournent autour de 900 alors que celles de ant tournent autour de 880. Donc les fréquences faibles apparemment sont très corrélées.
    - Les fréquences faibles 1-30:
    • Leurs taux respectifs sont plus faibles pour ant, 89/208, que pour ade 221/335 mais les rapports respectifs sont très proches, 0.58 0.64.
    • Elles sont réparties sur les 3 fréquences 10 20 30 dans les 2 génomes.
    • Les minima des fréquences faibles: elles sont bien prononcées mais plus chez les x+ 1-400 que chez les c+ 1-400.
    • Les fréquences des zéros sont élevées chez ant, 37‰ aussi élevées que chez pmg , alors qu’ils sont faibles chez ade avec 14‰.
    • Les fréquences négatives sont plus élevées chez ant que chez ade, 116/285 contre 72/234, de même que dans leurs rapports x-/c-, 0.41 contre 0.31.
    - La forme des courbes 1-40:
    • La courbe c+1-40: avec un effectif élevé de 876 pour ade contre 836 pour ant, les 2 courbes sont très proches entre elles et de la courbe du total.
    • La courbe x+1-40: Les 2 courbes diffèrent du modèle c+ 1-40 et entre elles:
      + La courbe de ant, avec un effectif de 186, a 2 maxima en 5 ( effectif 11), et 19 ( effectif 10). Pour ade la fréquence 5 présente un minimum (effectif 7) et la fréquence 19 un maximum (effectif 15). Pour le modèle à 5 et 19 on a des minmima.
      + La courbe de ade, avec un effectif de 304, a le maximum à la fréquence 3 du modèle par contre le minimum à 6 devient une bosse et la bosse du 11 est un creux profond. La bosse du 11 du modèle est remplacée par une forte bosse à 17.
    - Les corrélations des courbes 1-40: Les corrélations x+/c+ sont presque identiques, 575 contre 459, et vont de pair avec les coorélations élevées des courbes 400 des 3 plages de fréquences 1-n.

ant autres intercalaires modifier

  • Lien tableur: ant autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total
c+	x+	c-	c+	x+	c-	c+	x+	x-	
31	9		47			6	1	1	95
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.

ant par rapport au groupe de référence modifier

ant: Comparaison avec la référence
tRNAs blocs tRNAs blocs rRNAs
ant 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres total
21 faible 3 3
16 moyen 2 12 2 8 24
14 fort 2 24 2 28
7 36 2 0 2 8 55
10 g+cga 1 1
2 agg+cgg 0
4 carre ccc 2 2
5 autres 0
3 0 0 0 0 0 3
total tRNAs ‰
ant 1aa >1aa dup +5s 1-3aas autres ant ‰ ref.‰
21 faible 55 55 26
16 moyen 36 218 0 36 145 436 324
14 fort 36 436 36 509 650
127 655 36 0 36 145 55 729
10 g+cga 18 18 10
2 agg+cgg
4 carre ccc 36 36 16
5 autres
55 0 0 0 0 0 55
blocs tRNAs ‰ total colonne %
ant 1aa >1aa dup total ref.‰ 1aa >1aa dup
21 faible 67 67 26 0
16 moyen 44 267 311 324 33
14 fort 44 533 44 622 650 67
156 800 44 45 729 36
10 g+cga 22 22 10
2 agg+cgg
4 carre ccc 44 44 16
5 autres
67 67

epsilon, estimation des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: epsilon, estimation des -rRNAs
  • Liens fiche:   typage
  • Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 11.1.21
    - ttt et tgt sont nuls partout
    - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
    - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
    - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
    - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

epsilon, calcul des -rRNAs modifier

eps epsilon 63 génomes
eps1 cumul des +rRNAs de la fiche epsilon pour 40 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 80 acc 3 aac 3 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 2 ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa 3 aga
cta cca 1 caa cga
gta 2 gca 89 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag 1 agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag 1 ggg
epsi40 inter max min total
172 13 2 187
eps2 indices du clade epsilon du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 99 tct tat 0.6 atgf 106
att act aat agt
ctt cct cat cgc 97
gtt 1.2 gct gat ggt
ttc 107 tcc 97 tac 103 tgc 101
atc 191 acc 99 aac 112 agc 101
ctc 101 ccc 55 cac 100 cgt 0
gtc 98 gcc 95 gac 139 ggc 140
tta 104 tca 101 taa tga 60
ata aca 108 aaa 150 aga 124
cta 101 cca 101 caa 109 cga 100
gta 139 gca 199 gaa 173 gga 111
ttg 101 tcg 0.6 tag tgg 100
atgj 98 acg 1.9 aag 9 agg 96
ctg 1.2 ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2
gtg gcg gag 25 ggg 1.9
gtRNA inter max min total
1717 1695 646 4058
eps3 cumul des -rRNAs de l'annexe epsilon de 1 génome
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 4
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 2 tcc 1 tac 2 tgc 1
atc acc aac 2 agc 1
ctc 1 ccc cac 1 cgt
gtc 1 gcc gac 2 ggc
tta 2 tca 2 taa tga
ata aca 2 aaa 3 aga 1
cta 1 cca 2 caa 1 cga 1
gta 2 gca gaa 3 gga 3
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
epsi1 inter max min total
14 28 3 45
eps4 indices des +rRNAs de la fiche epsilon pour 100 génomes
g1    t1         
atgi tct tat atgf 3
att act aat agt
ctt cct cat cgc 3
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc 200 acc 8 aac 8 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 5 ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa 8 aga
cta cca 3 caa cga
gta 5 gca 223 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag 3 agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag 3 ggg
epsi40 inter max min total
430 33 5 468
eps5 estimation des -rRNA du clade epsilon pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 99 tct tat 0.6 atgf 104
att act aat agt
ctt cct cat cgc 95
gtt 1.2 gct gat ggt
ttc 107 tcc 97 tac 103 tgc 101
atc -9 acc 92 aac 105 agc 101
ctc 101 ccc 55 cac 100 cgt 0
gtc 98 gcc 95 gac 134 ggc 140
tta 104 tca 101 taa tga 60
ata 0 aca 108 aaa 143 aga 124
cta 101 cca 99 caa 109 cga 100
gta 134 gca -24 gaa 173 gga 111
ttg 101 tcg 0.6 tag tgg 100
atgj 98 acg 1.9 aag 6.5 agg 96
ctg 1.2 ccg 0.6 cag 0.6 cgg 1.2
gtg 0 gcg 0 gag 23 ggg 1.9
-rRNA inter max min total
1287 1663 641 3591
eps6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1    t1         
atgi 100 tct tat atgf 400
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 200 tcc 100 tac 200 tgc 100
atc acc aac 200 agc 100
ctc 100 ccc cac 100 cgt
gtc 100 gcc gac 200 ggc
tta 200 tca 200 taa tga
ata aca 200 aaa 300 aga 100
cta 100 cca 200 caa 100 cga 100
gta 200 gca gaa 300 gga 300
ttg 100 tcg tag tgg 100
atgj 100 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
epsi1 inter max min total
1400 2800 300 4500

epsilon, comparaison clade-annexe des -rRNAs modifier

  • Lien tableur: epsilon, comparaison clade-annexe des -rRNAs
  • Légende
    - eps7. diff, somme des couleurs de eps7. La différence entre tRNAs est faite entre eps5 et eps6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
    - eps8. rap, rapport des sommes couleurs eps5/eps2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de eps5 sur celui de eps2.
  • Fréquences des différences en % du tableau eps7
gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	4	13	1	0	2	7	2	1	1	0	18	0	49
tot ≤ 50						23
  • Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 13% au dessus de celle de la fiche des archées.
tRNAs		fiche		annexe
sans		1588		45
avec		188		10
genomes		40		1
indice %	40		45
eps epsilon 40 génomes
eps7 epsilon, différence clade-annexe des -rRNAs
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 74
att act aat agt
ctt cct cat cgc 100
gtt gct gat ggt
ttc 47 tcc 3 tac 49 tgc 1
atc 100 acc 100 aac 48 agc 1
ctc 1 ccc 100 cac 0 cgt
gtc 2 gcc 100 gac 33 ggc 100
tta 48 tca 50 taa tga 100
ata aca 46 aaa 53 aga 19
cta 1 cca 51 caa 8 cga 0
gta 33 gca 100 gaa 42 gga 63
ttg 1 tcg 100 tag tgg 0
atgj 2 acg 100 aag 100 agg 100
ctg 100 ccg 100 cag 100 cgg 100
gtg gcg gag 100 ggg 100
diff inter max min total
127 546 3 676
eps8 epsilon, rapports -rRNA/total
g1    t1         
atgi tct tat atgf 98
att act aat agt
ctt cct cat cgc 97
gtt gct gat ggt
ttc tcc tac tgc
atc -5 acc 92 aac 93 agc
ctc ccc cac cgt
gtc gcc gac 96 ggc
tta tca taa tga
ata aca aaa 95 aga
cta cca 98 caa cga
gta 96 gca -12 gaa gga
ttg tcg tag tgg
atgj acg aag 72 agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag 90 ggg
rap inter max min total
75 98 99 88

pelagibacter ubique modifier

Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062. NCBI 24-JAN-2021.

pub opérons modifier

  • Lien tableur: pub opérons
  • Liens: gtRNAdb [61], NCBI [62], génome [orgn]
  • Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Pelagibacterales; Pelagibacteraceae; Candidatus Pelagibacter.
  • Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
A10. Pelagibacter ubique
29.2%GC 24.01.21  31   doubles intercal cds aa avec aa cdsa cdsd protéines
41060..41653 cds 20 20 198 ABC transporter substrate-binding protein
comp 41674..41750 atgi 66 66
comp 41817..41891 gtc 8 8 8
comp 41900..43723 cds 608 RNA polymerase sigma factor RpoD
 
comp 114873..116147 cds 3 3 425 3 CCA tRNA nucleotidyltransferase
comp 116151..116224 caa 32 32
comp 116257..117102 cds 282 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase
 
comp 319204..319548 cds 22 22 115 22 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
comp 319571..319645 ggc 97 97
319743..320384 cds 214 LON peptidase substrate-binding domain-containing protein
 
comp 407852..408448 cds 68 68 199 DedA family protein
408517..408601 ttg 7 7 7
408609..410315 cds 569 AMP-binding protein
 
comp 414886..415407 cds 26 26 174 26 PaaI family thioesterase
comp 415434..415510 cgt 75 75
415586..416773 cds 396 acetyl-CoA C-acetyltransferase
 
438405..440213 cds 2 2 603 2 elongation factor 4
440216..440305 tcc 5 5 5
comp 440311..441081 cds 257 FkbM family methyltransferase
 
461643..462362 cds 2 2 240 2 VTT domain-containing protein
comp 462365..462438 acc 101 101
462540..462737 cds 66 hp
 
466335..466550 cds 5 5 72 5 translation initiation factor IF-1
466556..466631 ttc 88 88
466720..466932 cds 235 235 71 cold-shock protein
467168..467242 cac 5 5 5
467248..468645 cds 466 histidine--tRNA ligase
 
comp 509729..511027 cds 330 330 433 330 peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
511358..512832 16s @1 98
512931..513007 atc 9 9
513017..513092 gca 149
513242..515995 23s 446 446
516442..516975 cds 46625 178 WbuC family cupin fold metalloprotein
 
563601..564479 cds 52 52 293 NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
564532..564646 5s 13 13 13
564660..564785 cds 42 type B 50S ribosomal protein L36
 
567715..568413 cds 18 18 233 transaldolase
comp 568432..568508 atgf 6 6 6
comp 568515..568709 cds 65 30S ribosomal protein S21
 
comp 593396..594376 cds 23 23 327 RluA family pseudouridine synthase
594400..594476 cga @2 16 16 16
comp 594493..595425 cds 311 threonylcarbamoyl-AMP synthase
 
comp 842772..843023 cds 101 101 84 DUF1289 domain-containing protein
843125..843209 cta 16 16 16
843226..844659 cds 478 trigger factor
 
846722..849106 cds 49 49 795 49 endopeptidase La
849156..849231 gta 13 13
849245..849321 gac 88 88
849410..849778 cds 123 NADH-quinone oxidoreductase subunit A
 
934654..936063 cds 31 31 470 31 potassium transporter Trk
936095..936171 aga 170 170
936342..937382 cds 347 amino acid ABC transporter substrate-binding protein
 
941232..942389 cds 19 19 386 19 hp
comp 942409..942484 aac 52 52
comp 942537..942610 tgc 128 128
942739..945366 cds 876 valine--tRNA ligase
 
970015..971127 cds 200 200 371 tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt
971328..971403 aaa 20 20 20
comp 971424..972251 cds 276 M48 family metallopeptidase
 
975062..975328 cds 0 0 89 0 succinate dehydrogenase assembly factor 2
comp 975329..975418 tca 92 92
975511..976392 cds 294 EamA family transporter RarD
 
comp 985615..986127 cds 93 93 171 zinc-ribbon domain-containing protein
986221..986297 cca 4 4 4
986302..986583 cds 94 ETC complex I subunit
 
988522..990216 cds 50 50 565 single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
990267..990341 gaa 23 23 23
990365..990598 cds 78 GIY-YIG nuclease family protein
 
1029539..1031752 cds 0 0 738 0 lytic transglycosylase domain-containing protein
comp 1031753..1031844 agc 68 68
1031913..1033166 cds 418 sarcosine oxidase subunit beta family protein
 
comp 1085222..1085413 cds 19 19 64 preprotein translocase subunit SecE
comp 1085433..1085508 tgg 7 7 7
comp 1085516..1086706 cds 47 47 397 47 elongation factor Tu
comp 1086754..1086827 gga 46 46
comp 1086874..1086959 tac 131 131
1087091..1087834 cds 33 33 248 33 23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
1087868..1087943 aca 4 4 4
comp 1087948..1088727 cds 4 4 260 4 NAD kinase
comp 1088732..1088816 tta 79 79
comp 1088896..1089312 cds 139 Gamma-glutamylcyclotransferase
 
1165696..1166454 cds 141 141 253 pilin
comp 1166596..1166672 atgj 64 64 64
comp 1166737..1166964 cds 76 hp

pub cumuls modifier

cumuls. pub.
opérons Fréquences intercalaires tRNAs Fréquences intercalaires cds Fréquences aas cds chromosome
effectif gammes sans rRNAs avec rRNAs gammes cds gammes cdsd gammes cdsa gammes cdsa 300
avec rRNA opérons 1 1 1 2 1 2 100 11
16 atcgca 23 1 20 1 1 50 31 20 18 200 8
16 atc23s5s 40 100 11 40 5 300 11
16gca23s5s 60 2 150 5 60 2 400 7
max a 2 80 1 200 2 80 1 500 6
a doubles 100 250 1 100 600 2
autres 120 300 120 700 2
total aas 2 140 350 1 140 800 2
sans opérons 25 160 400 160 900 1
1 aa 21 180 450 1 180 1000
max a 2 200 500 200 1100
a doubles 0 1
total aas 29 4 1 52 28 43
total aas 31
remarques 2
avec jaune moyenne 44 9 63 27 299
variance 22 0 85 61 203
sans jaune moyenne 50 16 237
variance 55 16 134

pub blocs modifier

A10. pub, blocs à rRNA.
cds 330 433 peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
16s 98 1475
atc 9 77
gca 149 76
23s 446 2754
cds 46625 178 WbuC family cupin fold metalloprotein
 
cds 52 293 NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
5s 13 115
cds 42 type B 50S ribosomal protein L36

pub distribution modifier

  • Lien tableur: pub distribution
  • Légende:
    - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
    - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau
A10 pub distribution
A10 pub distribution selon la référence
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc acc 1 aac 1 agc 1
ctc ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
pub inter max min total
13 14 2 29
A10 pub, distribution du total avec +16s. alpha.
g1    t1         
atgi 1 tct tat atgf 1
att act aat agt
ctt cct cat cgc
gtt gct gat ggt
ttc 1 tcc 1 tac 1 tgc 1
atc 1 acc 1 aac 1 agc 1
ctc ccc cac 1 cgt 1
gtc 1 gcc gac 1 ggc 1
tta 1 tca 1 taa tga
ata aca 1 aaa 1 aga 1
cta 1 cca 1 caa 1 cga 1
gta 1 gca 1 gaa 1 gga 1
ttg 1 tcg tag tgg 1
atgj 1 acg aag agg
ctg ccg cag cgg
gtg gcg gag ggg
alpha >1aa 1aa -5s +5s -16s +16s total
pub 8 21 2 31

pub remarques modifier

  • Remarques : Ce génome se distingue par 1 seul bloc à rRNA dont le 5s est séparé, et le grand nombre de solitaires.
    1. @ 1 seul bloc rRNA dont le 5s se trouve à 46625 pbs.
    2. @ un tRNA très rare
  • Séquences des doubles :pas de doubles

pub. Intergen51 modifier

Intergen51. pub. Le génome modifier

  • pub Le prélèvement: Artb
  • Le nom et le lien NCBI: pub, Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062, NCBI [63], date 24.01.21.
  • pub La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom	intercals	génome		taux en %			
pub	44,276		1,308,759	3.4
pub données intercalaires modifier
pub données intercalaires 200 modifier
pub autres intercalaires aas modifier

Intergen51. pub. Les différents types d'intercalaires modifier

  • Lien au tableur: Intergen51. pub les différents types d'intercalaires.
  • Légende:
    - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
    - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
    - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
    - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
    - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 pub les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS * autres intercalaires
continu S+ S- S0 total c/x RNA-RNA CDS-rRNA total
c 543 377 58 978 3.0 7 3 10
x 221 95 13 329 0 1 1
t 764 472 71 1,307 7 4 11
% 58.5 36.1 5.4
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS récapitulatif des * autres intercalaires
continu R+ R- R0 total c/x * autres total %
c 28 0 0 28 1.3 tRNA-CDS 50 63
x 20 0 2 22 RNA-RNA 7 9
t 48 0 2 50 CDS-rRNA 4 5
% 96.0 0.0 4.0 non RNA 18 23
- total 79 100
Int51.23 Les taux remarquables
taux %reste %t30 %t5 %0
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
gamme 400 400 6-50 - - - - -
type S+ R+ S- S+ R+ S- S+ R+
c 0.7 0.0 0.8 56.1 53.6 62 5.9 0.0
x 1.7 0.0 0.0 29.5 40.9 49 4.0 9.1

Intergen51. pub. Les diagrammes CDS-CDS positifs modifier

  • Lien tableur: Les diagrammes
  • Diagrammes des gamma:  pub présente 2 diagrammes
    - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées
    - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées.
  • Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000			Calculs des f.41	pub
R2	x3		x2		x		c		Inflexion poly3	x	c
0.851	-5.50E-06	4.68E-03	-1.32E+00	127.0	fx1	abscisse	296.9	278.6
0.559	-2.10E-05	1.54E-02	-3.45E+00	229.0	fc1	ordonnée	2.7	1.2
								
0.891	-4.66E-06	4.15E-03	-1.23E+00	124.0	fx41			
0.939	-4.57E-06	3.82E-03	-1.03E+00	90.5	fc41
  • Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données	pub		calculs			poly3	pub
effect	601		R2.12	924		abscis	150
xm	30		pte	40,94		flexa	80
ym	2,52		cste	5,42		flexo	2,79
x1m	108		r400l	292		xm	25
y1m	1		restp	81,53		sup4	101,3
rfin	6,66		%sd	38,85		sup4t	229,6
bornf	67		lond	78		%	44,1
supd	102,8		%sf	38,56		long	55
supdt	264,6		lonf	37			
xmp	653,91		sf/lf	1,86			
r400	74,88		sr/lr	0,83			
supf	68,6		sd/ld	1,32			
supft	178,0		i.r400	0,26

Intergen51. pub. Les CDS-CDS négatifs modifier 

Sous-totaux	pub			totale	
fréquence	x-	c-		x-	c-
 - 1		0	152		4	4140
 - 2		3	0		85	11
 - 3		0	0		3	12
 - 4		44	79		717	10938
 - 5		0	1		5	19
sp6		48	145		1642	8424
total		95	377		2,456	23,544
reste		0	3		264	420
s6		19	0		361	41
s7		3	14		321	1438
s8		26	128		696	6525
rappot s1-5						
4/2/1		14.7	0.5		8.4	2.6
% / sp6						
s6/sp6		39.6	0.0		22.0	0.5
s7/sp6		6.3	9.7		19.5	17.1
s8/sp6		54.2	88.3		42.4	77.5
reste/sp6	0.0	2.1		16.1	5.0
						
total s1-5	47	232		814	15120
% / total						
%s1-5		49.5	61.5		33.1	64.2
%sp6		50.5	38.5		66.9	35.8

Intergen51. pub. Les intercalaires des blocs modifier

  • Le détail
RNA-RNA		c	x		CDS-RNA		c	x
23s 5s					CDS 16s			1
16s 23s					5s CDS		1	
16s tRNA	1			16 CDS			
tRNA 23s	1			CDS 5s		1	
5s tRNA					23s CDS		1	
tRNA in		1			CDS 23s			
tRNA contig				5s 16s			
tRNA hors	4			16s16s			
tRNA 16s								
23s tRNA								
tRNA 5s								
16s 5s								
5s 23s								
5s 5s								
total		7	0		total		3	1
  • Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
  • Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.

Intergen51. pub. Les intercalaires tRNA-tRNA extra bloc modifier

pub intercalaires entre cds modifier

  • Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062, pub [64], 24-JAN-2021.
  • Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

pub intercalaires positifs S+ modifier

pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
pub Sx+ Sc+
Poly3 -7 -5 -3 1 R2 flex x+ comment. -7 -5 -3 1 R2 flex c+ comment.
1 à 400 -58 495 -1405 136 853 284 min20 -236 1732 -3869 256 559 245 min30
31 à 400 -49 437 -1304 133 918 297 2 parties -48 403 -1093 97 945 280 2 parties
droite -a cste - R2 note R2’ -a cste - R2 note R2’
1 à 400 243 75 - 604 poly 249 SF 308 88 221 poly 338 SF
31 à 400 190 60 - 662 poly 256 SF 117 36 - 580 poly 365 SF
  • Légende du tableau corrélations et fréquences faibles:
pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30
effectifs diagramme corrélation x+ c+, 41-n corrélation x+ c+, 1-n
gen minima x+ c+ total 400 200 250 diff 200 250 400
pub min20 218 537 755 908 857 883 26 866 852 840
pmg min40 559 895 1454 856 728 802 74 904 915 928
ade min50 1229 2242 3471 867 624 758 134 879 897 903
1-30 ‰ effectifs 0 ‰ <0 ‰ effectifs 1-40 corel
1-30 x+ 1-30 c+ x+/c+ x c x c x- c- x+ c+ x+/c+
317 628 0.50 327 980 40 59 281 389 88 367 715
326 430 0.76 692 1108 16 31 137 143 196 449 703
221 335 0.66 1412 3052 8 6 72 234 304 876 459
  • Diagrammes 400:  pub,   diagramme 1-40:  c+ pub   total.
  • Résumé
    - Ressemblance x+ c+. Très forte ressemblance entre les intercalaires x+ et c+:
    • Les 4 courbes sont de forme S forte, SF
    • Les corrélations x+ c+ sont fortes, plus de 0.850, sur 41-200 , 250 ou sur 1-200 , 250
    • Les faibles fréquences, de 1 à 30, sont concentrées sur l’abscisse 10 avec 179‰ pour x+ et 477‰ pour c+.
    • Diagramme 1-40: D’après le fort coefficient de corrélation des 1-40, de 0.715, les 2 courbes seraient semblables. Mais les courbes ne ressemblent pas au modèle des diagrammes 1-40. Voir les récapitulatifs des diagrammes 1-40 c+ et x+.
      + La courbe de x+ ne ressemble en rien à la courbe modèle des c+1-40 à cause du faible effectif de 88,
      + la courbe c+ aussi, malgré son effectif élevé de 367. Elle présente bien un minimum local à la fréquence 6 comme le modèle mais la bosse du modèle à l’abscisse 11 est remplacée par un creux, cependant elle représente la tendance finale de ces courbes à la suite de celle de myr.
    - Différences: La différence entre x+ et c+ est portée par les faibles fréquences de 1 à 30 et surtout de 1 à 10, à peu près 2 fois plus chez les c+, x+/c+ égale 0.50. Elle se répercute sur le coefficient de détermination R2 des courbes 1-400, avec respectivement 0.559 et 0.853 mais pas dans les courbes 31-400 avec 0.918 et 0.945. Cette différence ressort aussi dans les taux des intercalaires nuls ( qui ne sont pas inclus dans les diagrammes) avec respectivement 40‰ et 59‰.

pub autres intercalaires modifier

  • Lien tableur: pub autres intercalaires aas
  • Légende:  
    - comp, le gène est sur le brin complement
    - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
  • Totaux: 1 tmRNA 1 ncRNA 7 regulatory
tRNA-cds		tRNA-tRNA		autres-cds		total	
c+	x+	x-	c+	x+	c-	c+	x+	c-		
30	24		7			13	3	1	78	1 acdsx-
  • Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.
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