En raison de limitations techniques, la typographie souhaitable du titre, «
Annexe : cyano
Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/cyano », n'a pu être restituée correctement ci-dessus.
- Lien tableur: npu opérons
- Liens: gtRNAdb [1], NCBI [2], génome [orgn]
- Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Nostocales; Nostocaceae; Nostoc.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Cy1. npu opérons, Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133
41.4%GC |
12.8.19 Paris |
79 |
doubles |
intercal |
cds |
aa |
avec aa |
cdsa |
cdsd |
protéines
|
|
199270..199464 |
CDS |
|
237 |
237 |
|
|
65 |
|
|
comp |
199702..199775 |
agg |
|
33 |
33 |
|
|
|
|
|
comp |
199809..200906 |
CDS |
|
|
|
|
|
366 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
352653..353060 |
CDS |
|
690 |
690 |
|
|
136 |
|
|
comp |
353751..353822 |
ggc |
|
147 |
147 |
|
|
|
|
|
comp |
353970..354548 |
CDS |
|
|
|
|
|
193 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
503259..503606 |
CDS |
|
145 |
145 |
|
|
116 |
|
|
|
503752..503827 |
atgj |
+ |
-1 |
|
-1 |
|
|
|
|
|
503827..503901 |
atgj |
2 atg |
397 |
397 |
|
|
|
|
|
|
504299..505384 |
CDS |
@1 |
|
|
|
|
362 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
777899..778429 |
CDS |
|
34 |
34 |
|
|
177 |
|
|
|
778464..778537 |
cgt |
|
38 |
38 |
|
|
|
|
|
comp |
778576..779829 |
CDS |
|
|
|
|
|
418 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
878016..878609 |
CDS |
|
384 |
384 |
|
|
198 |
|
|
|
878994..879064 |
tgc |
|
205 |
205 |
|
|
|
|
|
|
879270..879491 |
CDS |
|
|
|
|
|
74 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
951559..952671 |
CDS |
|
53 |
53 |
|
|
371 |
|
|
|
952725..952796 |
acc |
|
310 |
310 |
|
|
|
|
|
comp |
953107..953340 |
CDS |
|
|
|
|
|
78 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
954493..955170 |
CDS |
|
72 |
72 |
|
|
226 |
|
|
comp |
955243..955315 |
aga |
|
356 |
356 |
|
|
|
|
|
|
955672..956331 |
CDS |
|
|
|
|
|
220 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1054005..1054811 |
CDS |
|
290 |
290 |
|
|
269 |
|
|
comp |
1055102..1055172 |
gga |
|
50 |
50 |
|
|
|
|
|
comp |
1055223..1056383 |
CDS |
|
|
|
|
|
387 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1175326..1175523 |
CDS |
|
247 |
247 |
|
|
66 |
|
|
comp |
1175771..1175844 |
ccg |
|
138 |
138 |
|
|
|
|
|
|
1175983..1176855 |
CDS |
|
|
|
|
|
291 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1380042..1380593 |
CDS |
|
226 |
226 |
|
|
184 |
|
|
comp |
1380820..1380904 |
tcc |
|
107 |
107 |
|
|
|
|
|
|
1381012..1381380 |
CDS |
|
|
|
|
|
123 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1442145..1442867 |
CDS |
|
32 |
32 |
|
|
241 |
|
|
|
1442900..1442974 |
ttc |
|
362 |
362 |
|
|
|
|
|
|
1443337..1444770 |
CDS |
|
|
|
|
|
478 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1650791..1652236 |
CDS |
|
133 |
133 |
|
|
482 |
|
|
comp |
1652370..1652443 |
gac |
|
111 |
111 |
|
|
|
|
|
comp |
1652555..1653088 |
CDS |
|
|
|
|
|
178 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
2020233..2021171 |
CDS |
|
317 |
317 |
|
|
313 |
|
|
|
2021489..2022985 |
16s |
|
123 |
|
|
|
1497 |
|
|
|
2023109..2023185 |
atc |
|
79 |
|
|
79 |
|
|
|
|
2023265..2023340 |
gca |
|
249 |
|
|
|
|
|
|
|
2023590..2026486 |
23s |
|
59 |
|
|
|
2897 |
|
|
|
2026546..2026663 |
5s |
|
230 |
230 |
|
|
118 |
|
|
> comp |
2026894..2027373 |
CDS |
|
|
|
|
|
160 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
2303766..2304149 |
CDS |
|
124 |
124 |
|
|
128 |
|
|
|
2304274..2304349 |
cac |
|
1362 |
1362 |
|
|
|
|
|
|
2305712..2308132 |
CDS |
|
|
|
|
|
807 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
3372671..3373291 |
CDS |
|
143 |
143 |
|
|
207 |
|
|
|
3373435..3373507 |
gta |
|
415 |
415 |
|
|
|
|
|
|
3373923..3374555 |
CDS |
|
|
|
|
|
211 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
3434121..3435443 |
CDS |
|
204 |
204 |
|
|
441 |
|
|
comp |
3435648..3435739 |
agc |
|
141 |
141 |
|
|
|
|
|
comp |
3435881..3436813 |
CDS |
|
|
|
|
|
311 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
3439846..3440202 |
CDS |
@2 |
-19 |
-19 |
|
|
119 |
|
|
comp |
3440184..3440257 |
gca |
|
48 |
|
48 |
|
|
|
|
comp |
3440306..3440378 |
aca |
+ |
8 |
|
8 |
|
|
|
|
comp |
3440387..3440462 |
atgf |
2 aca |
11 |
|
11 |
|
|
|
|
comp |
3440474..3440546 |
cta |
|
4 |
|
4 |
|
|
|
|
comp |
3440551..3440623 |
ccg |
|
6 |
|
6 |
|
|
|
|
comp |
3440630..3440706 |
ctc |
|
2 |
|
2 |
|
|
|
|
comp |
3440709..3440785 |
ctg |
|
3 |
|
3 |
|
|
|
|
comp |
3440789..3440861 |
cca |
|
1 |
|
1 |
|
|
|
|
comp |
3440863..3440940 |
tta |
|
6 |
|
6 |
|
|
|
|
comp |
3440947..3441023 |
ttg |
|
6 |
|
6 |
|
|
|
|
comp |
3441030..3441105 |
caa |
|
3 |
|
3 |
|
|
|
|
comp |
3441109..3441181 |
cag |
|
5 |
|
5 |
|
|
|
|
comp |
3441187..3441261 |
aac |
|
6 |
|
6 |
|
|
|
|
comp |
3441268..3441365 |
aca |
|
81 |
|
81 |
|
|
|
|
comp |
3441447..3441521 |
cgt |
|
4 |
|
4 |
|
|
|
|
comp |
3441526..3441615 |
agc |
|
113 |
|
113 |
|
|
|
|
comp |
3441729..3441800 |
gaa |
|
58 |
|
58 |
|
|
|
|
comp |
3441859..3441933 |
tgg |
|
88 |
|
88 |
|
|
|
|
comp |
3442022..3442095 |
tgc |
|
132 |
|
132 |
|
|
|
|
comp |
3442228..3442301 |
gac |
|
118 |
118 |
|
|
|
|
|
comp |
3442420..3442614 |
CDS |
|
|
|
|
|
65 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
3448311..3448919 |
CDS |
|
80 |
80 |
|
|
203 |
|
|
comp |
3449000..3449072 |
gaa |
|
120 |
120 |
|
|
|
|
|
|
3449193..3449375 |
CDS |
|
|
|
|
|
61 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
4538041..4538745 |
CDS |
|
151 |
151 |
|
|
235 |
|
|
|
4538897..4538981 |
tcg |
|
194 |
194 |
|
|
|
|
|
|
4539176..4540357 |
CDS |
|
|
|
|
|
394 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
4869164..4869988 |
CDS |
|
584 |
584 |
|
|
275 |
|
|
comp |
4870573..4870646 |
cca |
|
298 |
298 |
|
|
|
|
|
comp |
4870945..4871493 |
CDS |
|
|
|
|
|
183 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
5426384..5427841 |
CDS |
|
100 |
100 |
|
|
486 |
|
|
comp |
5427942..5428018 |
atgf |
|
46 |
46 |
|
|
|
|
|
comp |
5428065..5429018 |
CDS |
|
|
|
|
|
318 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
5480844..5481563 |
CDS |
|
407 |
407 |
|
|
240 |
|
|
comp |
5481971..5482043 |
gcc |
|
94 |
94 |
|
|
|
|
|
comp |
5482138..5482332 |
CDS |
|
|
|
|
|
65 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
5510568..5511620 |
CDS |
|
319 |
319 |
|
|
351 |
|
|
comp |
5511940..5512057 |
5s |
|
59 |
|
|
|
118 |
|
|
comp |
5512117..5515016 |
23s |
|
249 |
|
|
|
2900 |
|
|
comp |
5515266..5515341 |
gca |
|
82 |
|
|
82 |
|
|
|
comp |
5515424..5515497 |
atc |
|
123 |
|
|
|
|
|
|
comp |
5515621..5517117 |
16s |
|
682 |
682 |
|
|
1497 |
|
|
comp |
5517800..5519035 |
CDS |
|
|
|
|
|
412 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
5572068..5572769 |
CDS |
|
290 |
290 |
|
|
234 |
|
|
|
5573060..5573132 |
atgi |
|
153 |
153 |
|
|
|
|
|
comp |
5573286..5573720 |
CDS |
|
|
|
|
|
145 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
5573827..5574450 |
CDS |
|
93 |
93 |
|
|
208 |
|
|
comp |
5574544..5574615 |
aca |
|
345 |
345 |
|
|
|
|
|
|
5574961..5575881 |
CDS |
|
|
|
|
|
307 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
< comp |
5655591..5655800 |
CDS |
|
21 |
21 |
|
|
70 |
|
|
comp |
5655822..5655893 |
aac |
|
144 |
144 |
|
|
|
|
|
comp |
5656038..5656589 |
CDS |
|
|
|
|
|
184 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
5688669..5689538 |
CDS |
|
75 |
75 |
|
|
290 |
|
|
|
5689614..5689689 |
ttc |
|
663 |
663 |
|
|
|
|
|
comp |
5690353..5692080 |
CDS |
|
|
|
|
|
576 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
5756596..5757801 |
CDS |
|
66 |
66 |
|
|
402 |
|
|
|
5757868..5757940 |
cgg |
|
400 |
400 |
|
|
|
|
|
comp |
5758341..5759045 |
CDS |
|
|
|
|
|
235 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
6075820..6077016 |
CDS |
|
175 |
175 |
|
|
399 |
|
|
comp |
6077192..6077263 |
ggg |
|
171 |
171 |
|
|
|
|
|
comp |
6077435..6078052 |
CDS |
|
|
|
|
|
206 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
6083633..6084493 |
CDS |
|
676 |
676 |
|
|
287 |
|
|
|
6085170..6086666 |
16s |
|
123 |
|
|
|
1497 |
|
|
|
6086790..6086866 |
atc |
|
79 |
|
|
79 |
|
|
|
|
6086946..6087021 |
gca |
|
249 |
|
|
|
|
|
|
|
6087271..6090169 |
23s |
|
59 |
|
|
|
2899 |
|
|
|
6090229..6090346 |
5s |
|
176 |
176 |
|
|
118 |
|
|
comp |
6090523..6090720 |
CDS |
|
|
|
|
|
66 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
6498176..6499135 |
CDS |
|
149 |
149 |
|
|
320 |
|
|
comp |
6499285..6499402 |
5s |
|
59 |
|
|
|
118 |
|
|
comp |
6499462..6502360 |
23s |
|
249 |
|
|
|
2899 |
|
|
comp |
6502610..6502685 |
gca |
|
79 |
|
|
79 |
|
|
|
comp |
6502765..6502841 |
atc |
|
123 |
|
|
|
|
|
|
comp |
6502965..6504461 |
16s |
|
315 |
315 |
|
|
1497 |
|
|
|
6504777..6505643 |
CDS |
|
|
|
|
|
289 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
6889916..6890785 |
CDS |
|
61 |
61 |
|
|
290 |
|
|
|
6890847..6890918 |
aaa |
|
294 |
294 |
|
|
|
|
|
comp |
6891213..6892148 |
CDS |
|
|
|
|
|
312 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
6948457..6949644 |
CDS |
|
162 |
162 |
|
|
396 |
|
|
|
6949807..6949888 |
cta |
|
400 |
400 |
|
|
|
|
|
|
6950289..6950609 |
CDS |
|
|
|
|
|
107 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
6980662..6982233 |
CDS |
|
171 |
171 |
|
|
524 |
|
|
|
6982405..6982478 |
gtc |
|
1521 |
1521 |
|
|
|
|
|
comp |
6984000..6985919 |
CDS |
|
|
|
|
|
640 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7066111..7067829 |
CDS |
|
232 |
232 |
|
|
573 |
|
|
comp |
7068062..7068133 |
caa |
|
270 |
270 |
|
|
|
|
|
comp |
7068404..7069606 |
CDS |
|
|
|
|
|
401 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
7071719..7071991 |
CDS |
|
39 |
39 |
|
|
91 |
|
|
comp |
7072031..7072114 |
ttg |
|
109 |
109 |
|
|
|
|
|
comp |
7072224..7073345 |
CDS |
|
|
|
|
|
374 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
7074644..7076011 |
CDS |
|
409 |
409 |
|
|
456 |
|
|
|
7076421..7076502 |
ctg |
|
95 |
95 |
|
|
|
|
|
|
7076598..7077374 |
CDS |
|
|
|
|
|
259 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7130044..7131132 |
CDS |
|
131 |
131 |
|
|
363 |
|
|
comp |
7131264..7131335 |
acg |
|
33 |
33 |
|
|
|
|
|
|
7131369..7131662 |
CDS |
|
|
|
|
|
98 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7224805..7225167 |
CDS |
|
146 |
146 |
|
|
121 |
|
|
|
7225314..7225386 |
tgg |
|
378 |
378 |
|
|
|
|
|
|
7225765..7225986 |
CDS |
|
|
|
|
|
74 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
7346902..7348245 |
CDS |
|
396 |
396 |
|
|
448 |
|
|
|
7348642..7348724 |
ctc |
|
127 |
127 |
|
|
|
|
|
|
7348852..7349475 |
CDS |
|
|
|
|
|
208 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7506243..7506593 |
CDS |
|
747 |
747 |
|
|
117 |
|
|
comp |
7507341..7507414 |
ccc |
|
50 |
50 |
|
|
|
|
|
comp |
7507465..7507830 |
CDS |
|
|
|
|
|
122 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7517008..7519347 |
CDS |
|
167 |
167 |
|
|
780 |
|
|
|
7519515..7519588 |
atgj |
|
213 |
213 |
|
|
|
|
|
<> comp |
7519802..7520109 |
CDS |
|
|
|
|
|
103 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
7571389..7571706 |
CDS |
|
895 |
895 |
|
|
106 |
|
|
comp |
7572602..7572676 |
aag |
|
63 |
63 |
|
|
|
|
|
comp |
7572740..7574992 |
CDS |
|
|
|
|
|
751 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
7610323..7610769 |
CDS |
|
481 |
481 |
|
|
149 |
|
|
comp |
7611251..7611323 |
gca |
|
71 |
71 |
|
|
|
|
|
|
7611395..7612312 |
CDS |
|
|
|
|
|
306 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7936008..7936736 |
CDS |
|
65 |
65 |
|
|
243 |
|
|
|
7936802..7936874 |
gcg |
|
437 |
437 |
|
|
|
|
|
|
7937312..7938874 |
CDS |
|
|
|
|
|
521 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7972961..7973239 |
CDS |
|
313 |
313 |
|
|
93 |
|
|
comp |
7973553..7973624 |
acc |
|
88 |
|
88 |
|
|
|
|
comp |
7973713..7973798 |
tac |
|
124 |
124 |
|
|
|
|
|
comp |
7973923..7974897 |
CDS |
|
|
|
|
|
325 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
7975047..7975976 |
CDS |
|
100 |
100 |
|
|
310 |
|
|
|
7976077..7976161 |
tca |
|
374 |
374 |
|
|
|
|
|
|
7976536..7978545 |
CDS |
|
|
|
|
|
670 |
|
|
cumuls. npu.
opérons |
Fréquences intercalaires tRNAs |
Fréquences intercalaires cds |
Fréquences aas cds chromosome
|
|
|
effectif |
gammes |
sans rRNAs |
avec rRNAs |
gammes |
cds |
gammes |
cdsd |
gammes |
cdsa |
gammes |
cdsa 300
|
avec rRNA |
opérons |
4 |
1 |
2 |
|
1 |
1 |
1 |
|
100 |
13 |
30 |
0
|
|
16 23 5s 0 |
0 |
20 |
12 |
|
50 |
10 |
40 |
|
200 |
21 |
60 |
0
|
|
16 atc gca |
4 |
40 |
0 |
|
100 |
14 |
80 |
|
300 |
22 |
90 |
10
|
|
16 23 5s a |
0 |
60 |
2 |
|
150 |
18 |
120 |
|
400 |
19 |
120 |
9
|
|
max a |
2 |
80 |
0 |
3 |
200 |
9 |
160 |
|
500 |
10 |
150 |
7
|
|
a doubles |
0 |
100 |
3 |
1 |
250 |
8 |
200 |
|
600 |
4 |
180 |
3
|
|
autres |
0 |
120 |
1 |
|
300 |
5 |
240 |
|
700 |
2 |
210 |
10
|
|
total aas |
8 |
140 |
1 |
|
350 |
6 |
280 |
|
800 |
2 |
240 |
7
|
sans |
opérons |
43 |
160 |
0 |
|
400 |
9 |
320 |
|
900 |
1 |
270 |
4
|
|
1 aa |
40 |
180 |
0 |
|
450 |
4 |
360 |
|
1000 |
0 |
300 |
6
|
|
max a |
20 |
200 |
0 |
|
500 |
1 |
400 |
|
1100 |
0 |
330 |
9
|
|
a doubles |
2 |
|
0 |
|
|
9 |
|
|
|
0 |
|
29
|
|
total aas |
64 |
|
16 |
4 |
|
79 |
|
0 |
|
85 |
|
65
|
total aas |
|
72 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
remarques |
|
2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
avec jaune |
|
|
moyenne |
32 |
79 |
|
254 |
|
|
|
279 |
|
|
|
|
|
variance |
43 |
0 |
|
254 |
|
|
|
171 |
|
|
sans jaune |
|
|
moyenne |
11 |
|
|
176 |
|
|
|
240 |
|
188
|
|
|
|
variance |
17 |
|
|
111 |
|
|
|
122 |
|
85
|
- Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de npu opérons dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs.
npu 60 56 23 93
deb fin deb fin grand petit grand petit
-19 118 131 33 38 34 118 -19
21 144 237 33 100 46 144 21
32 362 34 38 109 39 362 32
34 38 100 46 118 -19 131 33
39 109 290 50 120 80 237 33
53 310 747 50 131 33 38 34
61 294 895 63 133 111 109 39
65 437 481 71 144 21 100 46
66 400 407 94 175 171 290 50
72 356 409 95 194 151 747 50
75 663 226 107 204 141 310 53
80 120 39 109 213 167 294 61
93 345 133 111 226 107 895 63
100 46 -19 118 237 33 437 65
100 374 80 120 247 138 400 66
124 1362 313 124 270 232 481 71
131 33 396 127 290 50 356 72
133 111 247 138 290 153 663 75
143 415 204 141 294 61 120 80
145 397 21 144 310 53 345 93
146 378 690 147 313 124 407 94
151 194 290 153 345 93 409 95
162 400 175 171 356 72 374 100
167 213 151 194 362 32 226 107
171 1521 384 205 374 100 133 111
175 171 167 213 378 146 313 124
204 141 232 270 384 205 1362 124
226 107 61 294 396 127 396 127
232 270 584 298 397 145 247 138
237 33 53 310 400 66 204 141
247 138 93 345 400 162 415 143
290 50 72 356 407 94 397 145
290 153 32 362 409 95 378 146
313 124 100 374 415 143 690 147
384 205 146 378 437 65 194 151
396 127 145 397 481 71 290 153
407 94 66 400 584 298 400 162
409 95 162 400 663 75 213 167
481 71 143 415 690 147 175 171
584 298 65 437 747 50 1521 171
690 147 75 663 895 63 384 205
747 50 124 1362 1362 124 270 232
895 63 171 1521 1521 171 584 298
- Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds.
cyano cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit
npu 7,484 86 1 49 17 13 6 25 24 10 39
‰ 12 570 198 151 70 581 558 233 907
Cy1. npu blocs, Nostoc punctiforme
CDS |
317 |
313 |
676 |
287
|
16s |
123 |
1497 |
123 |
1497
|
atc |
79 |
|
79 |
|
gca |
249 |
|
249 |
|
23s |
59 |
2897 |
59 |
2897
|
5s |
230 |
118 |
176 |
118
|
CDS |
|
160 |
|
66
|
|
|
|
|
|
CDS |
319 |
351 |
149 |
320
|
5s |
59 |
118 |
59 |
118
|
23s |
249 |
2900 |
249 |
2899
|
gca |
82 |
|
79 |
|
atc |
123 |
|
123 |
|
16s |
682 |
1497 |
315 |
1497
|
CDS |
|
412 |
|
289
|
- Remarques
- @ un intercalaire entre 2 aas négatif d’une pb.
- @ un cds négatif de 19 qui empiète de 25% sur le tRNA gca.
- - une séquence de tRNAs de 20, semblable à celles des bacilli, avec des intercalaires très faibles, 13 sur 21 de 1 à 11.
- - Cette séquence présente un intercalaire de tête de 48 et une queue avec 5 intercalaires élevés de 48 à 132 pbs.
- Les protéines des cds sont aussi très petites comme npu avec une moyenne de 188 (170) aas pour 65 (45) cds sur 94 (69).
- 4 blocs à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs. Par contre atc-gca est très élevé par rapport à celui de npu, 79 contre 12.
- Séquence des doubles: très peu de doubles comme npu, à peine 2 doublets. Par contre le code génétique montre un doublement quasi généralisé des tRNAs avec apparition de ata et les multiplicités de atc et gca sont dues aux blocs à rRNAs. Le doublement généralisé est du à la longue séquence 20 aas. Les tRNAs ordinairement faibles sont gtg gag cga. Par contre d’autres faibles sont doubles, ccc ccg aag ctg.
- Multiples, sup1: blocs sans rRNA ayant 2 aas ou plus, sans les 4 atcgca des blocs à rRNAs. Tous les simples, 40, (blocs à un seul aa) n'ont qu'une occurrence sauf ttc. Voir code génétique ci-dessous.
gca ctc caa agc *
aca ctg cag gaa atgj2
atgf cca aac tgg *
cta tta aca tgc acc
ccg ttg cgt gac tac
- Code génétique de npu:
- Lien tableur: npu remarques
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
- - totaux en en-tête, 79 total de gtRNAdb [3] contenant des pseudo et inconnus; 72 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Cy1. npu, Nostoc punctiforme PCC 73102
Cy11. décompte gtRNAdb
g1 |
|
t1 |
|
|
|
79 |
72
|
a atgi |
2 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
2
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
|
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
2 |
b tcc |
1 |
tac |
2 |
tgc |
2
|
f atc |
4 |
j acc |
1 |
aac |
2 |
agc |
2
|
g ctc |
2 |
f ccc |
2 |
cac |
2 |
cgt |
2
|
h gtc |
1 |
n gcc |
1 |
gac |
2 |
ggc |
1
|
i tta |
1 |
c tca |
2 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
1 |
k aca |
2 |
aaa |
2 |
aga |
1
|
k cta |
2 |
g cca |
2 |
caa |
2 |
cga |
|
l gta |
1 |
o gca |
6 |
gaa |
2 |
gga |
1
|
m ttg |
3 |
d tcg |
1 |
tag |
|
tgg |
2
|
n atgj |
3 |
l acg |
1 |
aag |
2 |
agg |
1
|
o ctg |
2 |
h ccg |
2 |
cag |
1 |
cgg |
1
|
p gtg |
|
p gcg |
1 |
gag |
|
ggg |
1
|
|
Cy12. cumuls, 72 tRNAs
|
|
|
|
|
|
|
|
atgi |
1 |
tct |
|
tat |
|
atgf |
2
|
att |
|
act |
|
aat |
|
agt |
|
ctt |
|
cct |
|
cat |
|
cgc |
|
gtt |
|
gct |
|
gat |
|
ggt |
|
ttc |
2 |
tcc |
1 |
tac |
1 |
tgc |
2
|
atc |
4 |
acc |
2 |
aac |
2 |
agc |
2
|
ctc |
2 |
ccc |
1 |
cac |
1 |
cgt |
2
|
gtc |
1 |
gcc |
1 |
gac |
2 |
ggc |
1
|
tta |
1 |
tca |
1 |
taa |
|
tga |
|
ata |
|
aca |
3 |
aaa |
1 |
aga |
1
|
cta |
2 |
cca |
2 |
caa |
2 |
cga |
|
gta |
1 |
gca |
6 |
gaa |
2 |
gga |
1
|
ttg |
2 |
tcg |
1 |
tag |
|
tgg |
2
|
atgj |
3 |
acg |
1 |
aag |
1 |
agg |
1
|
ctg |
2 |
ccg |
2 |
cag |
1 |
cgg |
1
|
gtg |
|
gcg |
1 |
gag |
|
ggg |
1
|
|
Cy13. sup1, 24 tRNAs
|
|
|
|
|
|
|
|
atgi |
|
tct |
|
tat |
|
atgf |
1
|
att |
|
act |
|
aat |
|
agt |
|
ctt |
|
cct |
|
cat |
|
cgc |
|
gtt |
|
gct |
|
gat |
|
ggt |
|
ttc |
|
tcc |
|
tac |
1 |
tgc |
1
|
atc |
|
acc |
1 |
aac |
1 |
agc |
1
|
ctc |
1 |
ccc |
|
cac |
|
cgt |
1
|
gtc |
|
gcc |
|
gac |
1 |
ggc |
|
tta |
1 |
tca |
|
taa |
|
tga |
|
ata |
|
aca |
2 |
aaa |
|
aga |
|
cta |
1 |
cca |
1 |
caa |
1 |
cga |
|
gta |
|
gca |
1 |
gaa |
1 |
gga |
|
ttg |
1 |
tcg |
|
tag |
|
tgg |
1
|
atgj |
2 |
acg |
|
aag |
|
agg |
|
ctg |
1 |
ccg |
1 |
cag |
1 |
cgg |
|
gtg |
|
gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
|
- Lien tableur: npu distribution
- Légende: couleur orange clair, contient 1 tRNA du bloc de 20 aas sans rRNA, sauf pour aca qui en compte 2 séparés.
- Notes:
- - atgj2, un seul double, en gras.
- - gca: compte 4 +16s, 1 >1aa appartenant au bloc à 20 aas et 1 =1aa.
Cy1 npu. La distribution des tRNAs. Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133. Cyanobacteria.
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
2 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
2
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
|
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
1 |
b tcc |
1 |
tac |
1 |
tgc |
2
|
f atc |
4 |
j acc |
2 |
aac |
2 |
agc |
2
|
g ctc |
2 |
f ccc |
1 |
cac |
1 |
cgt |
2
|
h gtc |
1 |
n gcc |
1 |
gac |
2 |
ggc |
1
|
i tta |
1 |
c tca |
1 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
3 |
aaa |
1 |
aga |
1
|
k cta |
2 |
g cca |
2 |
caa |
2 |
cga |
|
l gta |
1 |
o gca |
6 |
gaa |
2 |
gga |
1
|
m ttg |
2 |
d tcg |
1 |
tag |
|
tgg |
2
|
n atgj |
3 |
l acg |
1 |
aag |
1 |
agg |
1
|
o ctg |
2 |
h ccg |
2 |
cag |
1 |
cgg |
1
|
p gtg |
|
p gcg |
1 |
gag |
|
ggg |
1
|
tenr |
>1aa |
=1aa |
-5s |
+5s |
-16s |
+16s |
total
|
npu |
25 * |
39 * |
|
|
|
8 |
72
|
- npu Le prélèvement: Aapal
- Le nom et le lien NCBI: npu, Nostoc punctiforme PCC 73102, NCBI [4], date 6.2.22.
- npu La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom intercals génome taux en %
npu 1,547,626 8,234,322 18.8
Intergen51. npu. Les différents types d'intercalaires
modifier
- Lien au tableur: Intergen51. npu les différents types d'intercalaires.
- Légende:
- - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
- - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
- - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
- - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
- - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 npu les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS |
* autres intercalaires
|
continu |
S+ |
S- |
S0 |
total |
c/x |
RNA-RNA |
CDS-rRNA |
total
|
c |
3,984 |
402 |
15 |
4,401 |
1.9 |
44 |
1 |
45
|
x |
2,303 |
67 |
4 |
2,374 |
|
0 |
7 |
7
|
t |
6,287 |
469 |
19 |
6,775 |
|
44 |
8 |
52
|
% |
92.8 |
6.9 |
0.3 |
|
|
|
|
|
|
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS |
récapitulatif des * autres intercalaires
|
continu |
R+ |
R- |
R0 |
total |
c/x |
* autres |
total |
%
|
c |
62 |
0 |
0 |
62 |
1.8 |
tRNA-CDS |
96 |
62
|
x |
34 |
0 |
0 |
34 |
|
RNA-RNA |
44 |
28
|
t |
96 |
0 |
0 |
96 |
|
CDS-rRNA |
8 |
5
|
% |
100.0 |
0.0 |
0.0 |
|
|
non RNA |
8 |
5
|
- |
|
|
|
|
|
total |
156 |
100
|
|
Int51.23 Les taux remarquables
taux |
%reste |
%t30 |
%t5 |
%0
|
type |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+
|
gamme |
400 |
400 |
6-50 |
- |
- |
- |
- |
-
|
type |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+
|
c |
14.7 |
17.7 |
5.5 |
11.9 |
3.2 |
47 |
0.3 |
0.0
|
x |
23.2 |
17.6 |
17.9 |
6.3 |
0.0 |
33 |
0.2 |
0.0
|
|
Intergen51. npu. Les diagrammes CDS-CDS positifs
modifier
- Lien tableur: npu données intercalaires
- Diagrammes:
- - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées npu fc40
- - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. npu fx1
- - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. npu fc1
- Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000 Calculs des f.41 npu
R2 x3 x2 x c Inflexion poly3 x c
0.790 1.86E-06 -1.26E-03 1.95E-01 18.40 fx1 abscisse 227.5 169.8
0.917 6.55E-07 -3.08E-04 -6.51E-02 40.6 fc1 ordonnée -3.1 24.2
0.803 1.48E-06 -1.01E-03 1.39E-01 22.2 fx41
0.913 8.52E-07 -4.34E-04 -4.34E-02 39.9 fc41
- Le rfin après 400 est de 586 sur un total de 3999 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 1060 , reste 41 . L'indice i.rfin1 = 545/660=0,826.
- Le reste après 1060 est de 41 sur un total de 3999 . Jusqu'à 2‰ les freq10 sont en continu jusqu'à 1590 , reste 9 . L'indice i.rf2 = 32/530=0,060.
- Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données npu calculs poly3 npu
effect 3999 R2.21 716 abscis 400
xm 25 pte 7,78 flexa 180
ym 11,99 cste 3,19 flexo 2,26
x1m 282 r400l 118 xm 25
y1m 1 restp 252,81 sup4 149,5
rfin 146,54 %sd 25,27 sup4t 486,6
bornf 124 lond 257 % 30,7
supd 163,8 %sf 27,07 long 155
supdt 648,2 lonf 99 R2 662
xmp 99,02 sf/lf 0,94
r400 106,28 sr/lr 0,45
supf 93,3 sd/ld 0,64
supft 344,6 i.r400 0,90
Intergen51. npu. Les CDS-CDS négatifs
modifier
Sous-totaux npu totale
fréquence x- c- x- c-
- 1 0 54 4 4140
- 2 6 0 85 11
- 3 0 1 3 12
- 4 15 135 717 10938
- 5 1 0 5 19
sp6 45 212 1642 8424
total 67 402 2,456 23,544
reste 12 22 264 420
s6 11 1 361 41
s7 7 47 321 1438
s8 15 142 696 6525
rapport s1-5
4/2/1 2.5 2.5 8.4 2.6
% / sp6
s6/sp6 24.4 0.5 22.0 0.5
s7/sp6 15.6 22.2 19.5 17.1
s8/sp6 33.3 67.0 42.4 77.5
reste/sp6 26.7 10.4 16.1 5.0
total s1-5 22 190 814 15120
% / total
%s1-5 32.8 47.3 33.1 64.2
%sp6 67.2 52.7 66.9 35.8
Intergen51. npu. Les intercalaires des blocs
modifier
RNA-RNA c x CDS-RNA c x
23s 5s 4 CDS 16s 4
16s 23s 5s CDS 1 3
16s tRNA 4 16 CDS
tRNA 23s 4 CDS 5s
5s tRNA 23s CDS
tRNA in 4 CDS 23s
tRNA contig 5s 16s
tRNA hors 28 16s16s
tRNA 16s
23s tRNA
tRNA 5s
16s 5s
5s 23s
5s 5s
total 44 0 total 1 7
- Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
- Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.
Int51.31 cyanobactéries. Les intercalaires tRNA-tRNA extra blocs
npu |
hors1 |
|
npu |
hors2 |
|
pmg |
hors
|
inter |
aa |
|
inter |
aa |
|
inter |
aa
|
-1 |
atgj |
|
6 |
ttg |
|
10 |
acc
|
** |
atgj |
|
3 |
caa |
|
** |
tac
|
44 |
other |
|
5 |
cag |
|
|
|
** |
other |
|
6 |
aac |
|
|
|
156 |
aaa |
|
81 |
aca |
|
|
|
7 |
other |
|
4 |
cgt |
|
|
|
6 |
cac |
|
4 |
agc |
|
|
|
48 |
gca |
|
7 |
tac |
|
|
|
8 |
aca |
|
62 |
gaa |
|
|
|
10 |
atgf |
|
3 |
tgg |
|
|
|
4 |
cta |
|
11 |
atgi |
|
|
|
6 |
ccg |
|
3 |
tgc |
|
|
|
5 |
ctc |
|
4 |
other |
|
|
|
3 |
ctg |
|
** |
gac |
|
|
|
1 |
cca |
|
88 |
acc |
|
|
|
6 |
tta |
|
** |
tac |
|
|
|
- |
|
|
|
|
|
|
|
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
modifier
- Lien tableur: pmg opérons
- Liens: gtRNAdb [5], NCBI [6], génome [orgn]
- Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Synechococcales; Prochloraceae; Prochlorococcus.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
Cy2. pmg opérons, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
31.3%GC |
13.8.19 Paris |
37 |
doubles |
intercal |
cds |
aa |
avec aa |
cdsa |
cdsd |
protéines
|
comp |
74235..75521 |
CDS |
|
4 |
4 |
|
|
429 |
|
|
comp |
75526..75607 |
ctt |
|
259 |
259 |
|
|
|
|
|
|
75867..77216 |
CDS |
|
|
|
|
|
450 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
132034..132708 |
CDS |
|
49 |
49 |
|
|
225 |
|
|
|
132758..132829 |
aac |
|
566 |
566 |
|
|
|
|
|
|
133396..133845 |
CDS |
|
|
|
|
|
150 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
239249..240268 |
CDS |
|
170 |
170 |
|
|
340 |
|
|
comp |
240439..240520 |
cta |
|
71 |
71 |
|
|
|
|
|
|
240592..241041 |
CDS |
|
|
|
|
|
150 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
257573..258844 |
CDS |
|
77 |
77 |
|
|
424 |
|
|
comp |
258922..258995 |
cgt |
|
86 |
86 |
|
|
|
|
|
|
259082..259333 |
CDS |
|
|
|
|
|
84 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
272771..274039 |
CDS |
|
18 |
18 |
|
|
423 |
|
|
comp |
274058..274130 |
atgi |
|
141 |
141 |
|
|
|
|
|
|
274272..274832 |
CDS |
|
|
|
|
|
187 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
305431..305850 |
CDS |
|
84 |
84 |
|
|
140 |
|
|
comp |
305935..306010 |
ttc |
|
91 |
91 |
|
|
|
|
|
comp |
306102..307331 |
CDS |
|
|
|
|
|
410 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
313891..314472 |
CDS |
|
178 |
178 |
|
|
194 |
|
|
comp |
314651..314722 |
aca |
|
65 |
65 |
|
|
|
|
|
comp |
314788..315120 |
CDS |
|
|
|
|
|
111 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
320549..321988 |
CDS |
|
603 |
603 |
|
|
480 |
|
|
|
322592..324074 |
16s |
|
125 |
|
|
|
|
|
|
|
324200..324273 |
atc |
|
12 |
|
|
12 |
|
|
|
|
324286..324358 |
gca |
|
256 |
|
|
|
|
|
|
|
324615..327496 |
23s |
|
60 |
|
|
|
|
|
|
|
327557..327673 |
5s |
|
43 |
43 |
|
|
|
|
|
comp |
327717..328595 |
CDS |
|
|
|
|
|
293 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
354976..355167 |
CDS |
|
88 |
88 |
|
|
64 |
|
|
comp |
355256..355327 |
acc |
|
10 |
|
10 |
|
|
|
|
comp |
355338..355419 |
tac |
|
102 |
102 |
|
|
|
|
|
|
355522..355962 |
CDS |
|
|
|
|
|
147 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
434230..435660 |
CDS |
|
17 |
17 |
|
|
477 |
|
|
comp |
435678..435751 |
gac |
|
149 |
149 |
|
|
|
|
|
comp |
435901..436095 |
CDS |
|
35 |
35 |
|
|
65 |
|
|
comp |
436131..436203 |
tgg |
|
53 |
53 |
|
|
|
|
|
comp |
436257..436727 |
CDS |
|
|
|
|
|
157 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
521448..522497 |
CDS |
|
99 |
99 |
|
|
350 |
|
|
|
522597..522682 |
tta |
|
78 |
78 |
|
|
|
|
|
|
522761..522994 |
CDS |
|
|
|
|
|
78 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
609397..609897 |
CDS |
|
249 |
249 |
|
|
167 |
|
|
comp |
610147..610233 |
tca |
|
404 |
404 |
|
|
|
|
|
|
610638..611399 |
CDS |
|
|
|
|
|
254 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
774440..775240 |
CDS |
|
210 |
210 |
|
|
267 |
|
|
comp |
775451..775524 |
ccc |
|
27 |
27 |
|
|
|
|
|
comp |
775552..776280 |
CDS |
|
|
|
|
|
243 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
828018..828392 |
CDS |
|
49 |
49 |
|
|
125 |
|
|
|
828442..828528 |
tcc |
|
214 |
214 |
|
|
|
|
|
|
828743..830740 |
CDS |
|
|
|
|
|
666 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
868731..869213 |
CDS |
|
29 |
29 |
|
|
161 |
|
|
|
869243..869316 |
atgj |
|
67 |
67 |
|
|
|
|
|
|
869384..869671 |
CDS |
|
|
|
|
|
96 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
909742..910707 |
CDS |
|
45 |
45 |
|
|
322 |
|
|
|
910753..910829 |
atgf |
|
591 |
591 |
|
|
|
|
|
|
911421..911810 |
CDS |
|
|
|
|
|
130 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
996073..996609 |
CDS |
|
16 |
16 |
|
|
179 |
|
|
comp |
996626..996698 |
gaa |
|
41 |
41 |
|
|
|
|
|
comp |
996740..997858 |
CDS |
|
|
|
|
|
373 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1040019..1040135 |
CDS |
|
177 |
177 |
|
|
39 |
|
|
|
1040313..1040384 |
aaa |
|
512 |
512 |
|
|
|
|
|
|
1040897..1041004 |
CDS |
|
|
|
|
|
36 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1044863..1045423 |
CDS |
|
276 |
276 |
|
|
187 |
|
|
|
1045700..1045773 |
cca |
|
188 |
188 |
|
|
|
|
|
comp |
1045962..1046666 |
CDS |
|
|
|
|
|
235 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1134197..1134427 |
CDS |
|
251 |
251 |
|
|
77 |
|
|
comp |
1134679..1134763 |
tcg |
|
63 |
63 |
|
|
|
|
|
comp |
1134827..1135849 |
CDS |
|
|
|
|
|
341 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1163424..1164092 |
CDS |
|
138 |
138 |
|
|
223 |
|
|
|
1164231..1164304 |
aga |
|
27 |
27 |
|
|
|
|
|
|
1164332..1165600 |
CDS |
|
|
|
|
|
423 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1212124..1212894 |
CDS |
|
58 |
58 |
|
|
257 |
|
|
comp |
1212953..1213025 |
gcc |
|
129 |
129 |
|
|
|
|
|
comp |
1213155..1214180 |
CDS |
|
|
|
|
|
342 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1253753..1255123 |
CDS |
|
525 |
525 |
|
|
457 |
|
|
|
1255649..1255730 |
ttg |
|
5 |
5 |
|
|
|
|
|
|
1255736..1256911 |
CDS |
|
|
|
|
|
392 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1259549..1260784 |
CDS |
|
131 |
131 |
|
|
412 |
|
|
|
1260916..1260988 |
cac |
|
72 |
72 |
|
|
|
|
|
|
1261061..1262455 |
CDS |
|
|
|
|
|
465 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1275239..1277272 |
CDS |
|
0 |
0 |
|
|
678 |
|
|
comp |
1277273..1277343 |
gga |
|
112 |
112 |
|
|
|
|
|
|
1277456..1278802 |
CDS |
|
|
|
|
|
449 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1308006..1308797 |
CDS |
|
50 |
50 |
|
|
264 |
|
|
|
1308848..1308919 |
gtc |
|
67 |
67 |
|
|
|
|
|
|
1308987..1309604 |
CDS |
|
|
|
|
|
206 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1419657..1419893 |
CDS |
|
54 |
54 |
|
|
79 |
|
|
|
1419948..1420019 |
acg |
|
100 |
100 |
|
|
|
|
|
|
1420120..1420440 |
CDS |
|
|
|
|
|
107 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1453287..1454075 |
CDS |
|
35 |
35 |
|
|
263 |
|
|
comp |
1454111..1454199 |
agc |
|
61 |
61 |
|
|
|
|
|
comp |
1454261..1455460 |
CDS |
|
|
|
|
|
400 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1472925..1473932 |
CDS |
|
94 |
94 |
|
|
336 |
|
|
|
1474027..1474098 |
caa |
|
16 |
16 |
|
|
|
|
|
|
1474115..1474891 |
CDS |
|
|
|
|
|
259 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1485558..1486649 |
CDS |
|
77 |
77 |
|
|
364 |
|
|
|
1486727..1486800 |
cgg |
|
11 |
11 |
|
|
|
|
|
comp |
1486812..1487258 |
CDS |
|
|
|
|
|
149 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1500099..1501325 |
CDS |
|
42 |
42 |
|
|
409 |
|
|
|
1501368..1501438 |
tgc |
@1 |
364 |
364 |
|
|
|
|
|
comp |
1501803..1502447 |
CDS |
|
|
|
|
|
215 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1517796..1518128 |
CDS |
|
78 |
78 |
|
|
111 |
|
|
comp |
1518207..1518280 |
agg |
|
38 |
38 |
|
|
|
|
|
|
1518319..1518700 |
ncRNA |
|
21 |
21 |
|
|
|
|
|
|
1518722..1519471 |
CDS |
|
|
|
|
|
250 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1554202..1554633 |
CDS |
|
45 |
45 |
|
|
144 |
|
|
comp |
1554679..1554750 |
ggc |
|
61 |
61 |
|
|
|
|
|
comp |
1554812..1555288 |
CDS |
|
|
|
|
|
159 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
comp |
1600898..1601284 |
CDS |
@2 |
-30 |
-30 |
|
|
129 |
|
|
comp |
1601255..1601326 |
gta |
|
98 |
98 |
|
|
|
|
|
|
1601425..1602279 |
CDS |
|
|
|
|
|
285 |
|
|
- Lien tableur: pmg cumuls
- Légende:
- Notes: l'opéron à 2 aas sans rRNA est tac-acc
cumuls. pmg.
opérons |
Fréquences intercalaires tRNAs |
Fréquences intercalaires cds |
Fréquences aas cds chromosome
|
|
|
effectif |
gammes |
sans rRNAs |
avec rRNAs |
gammes |
cds |
gammes |
cdsd |
gammes |
cdsa |
gammes |
cdsa 300
|
avec rRNA |
opérons |
1 |
1 |
|
|
1 |
2 |
1 |
|
100 |
9 |
30 |
0
|
|
16 23 5s 0 |
0 |
20 |
1 |
1 |
50 |
22 |
40 |
|
200 |
20 |
60 |
2
|
|
16 atc gca |
1 |
40 |
|
|
100 |
23 |
80 |
|
300 |
15 |
90 |
6
|
|
16 23 5s a |
0 |
60 |
|
|
150 |
7 |
120 |
|
400 |
10 |
120 |
4
|
|
max a |
2 |
80 |
|
|
200 |
4 |
160 |
|
500 |
13 |
150 |
9
|
|
a doubles |
0 |
100 |
|
|
250 |
3 |
200 |
|
600 |
0 |
180 |
5
|
|
autres |
0 |
120 |
|
|
300 |
3 |
240 |
|
700 |
2 |
210 |
4
|
|
total aas |
2 |
140 |
|
|
350 |
0 |
280 |
|
800 |
0 |
240 |
4
|
sans |
opérons |
34 |
160 |
|
|
400 |
1 |
320 |
|
900 |
0 |
270 |
8
|
|
1 aa |
33 |
180 |
|
|
450 |
1 |
360 |
|
1000 |
0 |
300 |
2
|
|
max a |
2 |
200 |
|
|
500 |
0 |
400 |
|
1100 |
0 |
330 |
1
|
|
a doubles |
0 |
|
|
|
|
5 |
|
|
|
0 |
|
24
|
|
total aas |
35 |
|
1 |
1 |
|
63 |
|
0 |
|
67 |
|
45
|
total aas |
|
37 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
remarques |
|
2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
avec jaune |
|
|
moyenne |
10 |
12 |
|
127 |
|
|
|
260 |
|
|
|
|
|
variance |
0 |
0 |
|
146 |
|
|
|
147 |
|
|
sans jaune |
|
|
moyenne |
|
|
|
93 |
|
|
|
248 |
|
170
|
|
|
|
variance |
|
|
|
76 |
|
|
|
130 |
|
74
|
Cy2. pmg blocs, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
CDS |
603 |
480
|
16s |
125 |
1483
|
atc |
12 |
|
gca |
256 |
|
23s |
60 |
2882
|
5s |
43 |
117
|
CDS |
|
293
|
- Lien tableur: pmg remarques
- Légende:
- Remarques
- @ Un cds négatif de 30 qui empiète de 40% sur le tRNA gta, et un cds nul qui côtoie gga.
- @ Ensuite une moyenne générale des intercalaires des cds très faible, et 64 tRNAs sur 71 ne dépassant pas 300 pbs avec une moyenne de 93.
- Les protéines des cds sont aussi très petites avec une moyenne de 170 aas pour 45 cds sur 69.
- Un seul bloc à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs.
- Séquence des doubles: néant, même pas séparés. Le tableau du code génétique le montre bien. Et les tRNAs qui manquent sont ceux se terminant par g, ctg gtg ccg gcg aag cag gag ggg cga (à la place de cgg) en dehors des obligatoires, tgg agg ttg atg cgg, il n’y a que tcg acg ccc.
- Code génétique de pmg:
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
- - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus est égal au total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
Cy2. pmg, Prochlorococcus marinus
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
37
|
a atgi |
1 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
1
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
1 |
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
1 |
b tcc |
1 |
tac |
1 |
tgc |
1
|
f atc |
1 |
j acc |
1 |
aac |
1 |
agc |
1
|
g ctc |
|
f ccc |
1 |
cac |
1 |
cgt |
1
|
h gtc |
1 |
n gcc |
1 |
gac |
1 |
ggc |
1
|
i tta |
1 |
c tca |
1 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
1 |
aaa |
1 |
aga |
1
|
k cta |
1 |
g cca |
1 |
caa |
1 |
cga |
|
l gta |
1 |
o gca |
1 |
gaa |
1 |
gga |
1
|
m ttg |
1 |
d tcg |
1 |
tag |
|
tgg |
1
|
n atgj |
1 |
l acg |
1 |
aag |
|
agg |
1
|
o ctg |
|
h ccg |
|
cag |
|
cgg |
1
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
Cy2 pmg. La distribution des tRNAs. Prochlorococcus marinus str. MIT 9301. Cyanobacteria.
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
1 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
1
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
1 |
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
1 |
b tcc |
1 |
tac |
1 |
tgc |
1
|
f atc |
1 |
j acc |
1 |
aac |
1 |
agc |
1
|
g ctc |
|
f ccc |
1 |
cac |
1 |
cgt |
1
|
h gtc |
1 |
n gcc |
1 |
gac |
1 |
ggc |
1
|
i tta |
1 |
c tca |
1 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
1 |
aaa |
1 |
aga |
1
|
k cta |
1 |
g cca |
1 |
caa |
1 |
cga |
|
l gta |
1 |
o gca |
1 |
gaa |
1 |
gga |
1
|
m ttg |
1 |
d tcg |
1 |
tag |
|
tgg |
1
|
n atgj |
1 |
l acg |
1 |
aag |
|
agg |
1
|
o ctg |
|
h ccg |
|
cag |
|
cgg |
1
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
tenr |
>1aa |
=1aa |
-5s |
+5s |
-16s |
+16s |
total
|
pmg |
2 |
33 |
|
|
|
2 |
37
|
- pmg Le prélèvement: Artb
- Le nom et le lien NCBI: pmg, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301, NCBI [7], date 08.02.21.
- pmg La longueur totale des intercalaires, longueur du génome et taux intercalaires/génome:
Nom intercals génome taux en %
pmg 149,500 1,641,879 9.1
Intergen51. pmg. Les différents types d'intercalaires
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- Lien au tableur: Intergen51. pmg les différents types d'intercalaires.
- Légende:
- - S pour intercalaire CDS-CDS et R pour tRNA-CDS,
- - c pour intercalaire continu (les 2 gènes sont sur le même brin) et x pour discontinu (les 2 gènes sont sur 2 brins différents, le brin et son complément)
- - %reste = 100*reste/total, le reste étant ce qui reste du total après la fin du diagramme, gamme.
- - %t30 = 100*t30/total, t30 étant le total des fréquences 10 20 30
- - %t5 = 100*t/total, t5 étant le total des fréquences de -1 à -5 dans le diagramme des S-.
Int51.2 pmg les différents types d'intercalaires entre gène
Int51.21 Les différents types
intercalaires CDS-CDS |
* autres intercalaires
|
continu |
S+ |
S- |
S0 |
total |
c/x |
RNA-RNA |
CDS-rRNA |
total
|
c |
914 |
157 |
34 |
1,105 |
1.6 |
5 |
0 |
5
|
x |
588 |
96 |
11 |
695 |
|
0 |
2 |
2
|
t |
1,502 |
253 |
45 |
1,800 |
|
5 |
2 |
7
|
% |
83.4 |
14.1 |
2.5 |
|
|
|
|
|
|
Int51.22 Détail des * autres intercalaires
intercalaires tRNA-CDS |
récapitulatif des * autres intercalaires
|
continu |
R+ |
R- |
R0 |
total |
c/x |
* autres |
total |
%
|
c |
40 |
1 |
0 |
41 |
1.6 |
tRNA-CDS |
67 |
80
|
x |
25 |
0 |
1 |
26 |
|
RNA-RNA |
5 |
6
|
t |
65 |
1 |
1 |
67 |
|
CDS-rRNA |
2 |
2
|
% |
97.0 |
1.5 |
1.5 |
|
|
non RNA |
10 |
12
|
- |
|
|
|
|
|
total |
84 |
100
|
|
Int51.23 Les taux remarquables
taux |
%reste |
%t30 |
%t5 |
%0
|
type |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+
|
gamme |
400 |
400 |
6-50 |
- |
- |
- |
- |
-
|
type |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+ |
S- |
S+ |
R+
|
c |
2.2 |
9.8 |
1.3 |
40.7 |
17.1 |
66 |
3.1 |
0.0
|
x |
4.5 |
3.8 |
2.1 |
30.2 |
7.7 |
43 |
1.6 |
3.8
|
|
Intergen51. pmg. Les diagrammes CDS-CDS positifs
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- Lien tableur: pmg données intercalaires
- Diagrammes:
- - fc40, CDS-CDS continu, fréquence unitaire en abscisses et effectif en ordonnées pmg fc40
- - fx%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. pmg fx1
- - fc%, CDS-CDS discontinu, fréquences regroupées par 10 (freq10) en abscisses et pourcentage en ‰ par rapport au total, en ordonnées. pmg fc1
- Équations des courbes de tendance en pour 1000: colonnes %fx %fc
Courbes de tendances pour les diagrammes en pour 1000 Calculs des f.41 pmg
R2 x3 x2 x c Inflexion poly3 x c
0.612 -6.28E-06 4.80E-03 -1.20E+00 110.0 fx1 abscisse -67.8 318.2
0.866 -1.01E-05 7.98E-03 -1.99E+00 161.0 fc1 ordonnée 15.9 1.5
0.822 4.27E-07 8.69E-05 -2.34E-01 56.2 fx41
0.963 -3.09E-06 2.95E-03 -9.32E-01 98.9 fc41
- Le rfin après 400 est de 21 sur un total de 948 . Jusqu'à 1% les freq10 sont en continu jusqu'à 450 , reste 10 . L'indice i.rfin1 = 11/50=0,220.
- Moyennes glissantes fc+400, diagonale. Voir le détail des calculs dans abs.
données pmg calculs poly3 pmg
effect 948 R2.21 850 abscis 150
xm 46 pte 56,24 flexa 102
ym 5 cste 7,86 flexo 3,17
x1m 122 r400l 278 xm 44
y1m 1 restp 155,06 sup4 108,6
rfin 22,15 %sd 32,59 sup4t 272,2
bornf 89 lond 76 % 39,9
supd 100,7 %sf 27,96 long 58
supdt 309,1 lonf 43 R2 410
xmp 535,86 sf/lf 1,41
r400 132,91 sr/lr 1,22
supf 60,5 sd/ld 1,33
supft 216,2 i.r400 0,48
Intergen51. pmg. Les CDS-CDS négatifs
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Sous-totaux pmg totale
fréquence x- c- x- c-
- 1 1 35 4 4140
- 2 0 0 85 11
- 3 0 0 3 12
- 4 40 69 717 10938
- 5 0 0 5 19
sp6 55 53 1642 8424
total 96 157 2,456 23,544
reste 2 2 264 420
s6 16 0 361 41
s7 7 10 321 1438
s8 30 41 696 6525
rapport s1-5
4/2/1 - 2.0 8.4 2.6
% / sp6
s6/sp6 29.1 0.0 22.0 0.5
s7/sp6 12.7 18.9 19.5 17.1
s8/sp6 54.5 77.4 42.4 77.5
reste/sp6 3.6 3.8 16.1 5.0
total s1-5 41 104 814 15120
% / total
%s1-5 42.7 66.2 33.1 64.2
%sp6 57.3 33.8 66.9 35.8
Intergen51. pmg. Les intercalaires des blocs
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RNA-RNA c x CDS-RNA c x
23s 5s 1 CDS 16s 1
16s 23s 1 5s CDS 1
16s tRNA 1 16 CDS
tRNA 23s CDS 5s
5s tRNA 23s CDS
tRNA in 1 CDS 23s
tRNA contig 5s 16s
tRNA hors 1 16s16s
tRNA 16s
23s tRNA
tRNA 5s
16s 5s
5s 23s
5s 5s
total 5 0 total 0 2
- Les rares voir gamma pour la longueur des intercalaires
- Les tRNA-CDS compris, comparaison dans le clade et dans l'étude.
voir npu
- Lien NCBI [8]
- Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400
pmg |
Sx+ |
Sc+
|
Poly3 |
-7 |
-5 |
-3 |
1 |
R2 |
flex x+ |
comment. |
-7 |
-5 |
-3 |
1 |
R2 |
flex c+ |
comment.
|
1 à 400 |
-67 |
515 |
-1295 |
119 |
607 |
256 |
min40 |
-107 |
844 |
-2106 |
170 |
869 |
263 |
min60
|
31 à 400 |
23 |
-124 |
47 |
41 |
774 |
180 |
2 parties |
-35 |
327 |
-1017 |
107 |
973 |
311 |
2 parties
|
droite |
-a |
cste |
- |
R2 |
note |
R2’ |
|
-a |
cste |
- |
R2 |
note |
R2’ |
|
1 à 400 |
194 |
65 |
- |
428 |
poly |
179 |
SF |
78 |
69 |
|
501 |
poly |
368 |
SF
|
31 à 400 |
122 |
45 |
- |
726 |
dte |
48 |
tm |
153 |
49 |
- |
687 |
poly |
286 |
SF
|
- Légende du tableau corrélations et fréquences faibles: correction du 25.1.22 faite
pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30
|
|
effectifs diagramme |
corrélation x+ c+, 41-n |
corrélation x+ c+, 1-n
|
gen |
minima |
x+ |
c+ |
total |
400 |
200 |
250 |
diff |
200 |
250 |
400
|
pub |
min20 |
218 |
537 |
755 |
908 |
857 |
883 |
26 |
866 |
852 |
840
|
pmg |
min40 |
559 |
895 |
1454 |
856 |
728 |
802 |
74 |
904 |
915 |
928
|
ade |
min50 |
1229 |
2242 |
3471 |
867 |
624 |
758 |
134 |
879 |
897 |
903
|
1-30 ‰ |
effectifs |
0 ‰ |
<0 ‰ |
effectifs 1-40 |
corel
|
1-30 x+ |
1-30 c+ |
x+/c+ |
x |
c |
x |
c |
x- |
c- |
x+ |
c+ |
x+/c+
|
317 |
628 |
0.50 |
327 |
980 |
40 |
59 |
281 |
389 |
88 |
367 |
715
|
326 |
430 |
0.76 |
692 |
1108 |
16 |
31 |
137 |
143 |
196 |
449 |
703
|
221 |
335 |
0.66 |
1412 |
3052 |
8 |
6 |
72 |
234 |
304 |
876 |
459
|
- Diagrammes 400: pmg pub, diagramme 1-40: c+ pmg c+ pub x+ pmg total, texte: pub.
- Résumé
- - Comparaison avec pub
- Très forte ressemblance avec le génome pub:
- + ressemblances entre les courbes
- Les 2 courbes d’origine, 1-400, et la courbe c+ 31-400 sont de forme S forte, SF. Chez pub les 4 courbes n-400 le sont.
- Les corrélations x+ c+ sont fortes, 0.802 sur 41-250 et plus de 0.900 sur 1-n. Chez pub les corrélations sont supérieures partout à 0.850.
- Les faibles fréquences, de 1 à 30, sont concentrées sur les abscisses 10 et 20 avec 279‰ pour x+ et 351‰ pour c+. Pour pub elles sont concentrées sur le 10 seulement avec respectivement 179‰ et 477‰.
- Diagramme 40: D’après le fort coefficient de corrélation des 1-40, de 0.703, les 2 courbes seraient semblables comme pour pub avec un coefficient de 0.715.
- + ressemblances dans les différences entre les courbes
- La différence entre x+ et c+ est portée par les faibles fréquences de 1 à 30 et surtout de 1 à 20, à peu près à égalité, x+/c+ égale 0.76. Ce rapport est de 0.50 chez pub.
- Elle se répercute sur le coefficient de détermination R2 des courbes x+ et c+, plages 1-400, avec respectivement 0.607 et 0.869 mais pas dans la courbe c+ 31-400 avec 0.973; et pour pub on a respectivement 0.559 et 0.856.
- Cette différence ressort aussi dans les taux des intercalaires nuls ( qui ne sont pas inclus dans les diagrammes) avec respectivement 16‰ et 31‰ contre 40 et 59 pour pub.
- Différences entre pgm et pub
- + En dehors des exceptions passées sous silence dans les ressemblances, la différence entre x+ et c+ pour les faibles fréquences est beaucoup plus accentuée et différencie déjà les 2 génomes:
- c’est ainsi que les faibles fréquences sont concentrées dans les fréquences de 1 à 10 pour pub et de 1 à 20 pour pmg, le rapport x+/c+ passe de 0.50 à 0.76 et
- les intercalaires nuls passent de 16‰ à 40‰ chez x+, soit plus du double, et de 31‰ à 59‰ chez c+, soit le double.
- Les différences notables entre les 2 génomes sont dues aux nouveaux comportements des courbes et non aux effectifs doubles de pmg (1454) par rapport à ceux de pub (755).
- + Les minima des fréquences faibles: L’importance des fréquences faibles apparaît nettement dans les courbes 1-400. Chez pmg le minimum local de c+1-400 est fort et net comme pour tous les c+1-400 des autres génomes et se situe à la fréquence 60 comme x+1-400 qui se situe à 40. Par contre les minima correspondant de pub se situent tous les 2 à la fréquence 20. Il y a ressemblance entre les 2 courbes du même génome mais une nette différence entre les 2 génomes.
- + Les courbes c+1-40: Les 2 génomes ont le même comportement des courbes c+n-400, les 4 courbes ont une forme SF et les fréquences faibles de 1 à 40 sont du même niveau 449 pour pmg contre 367 pour pub, mais les 2 courbes c+1-40 sont très différentes: sans les comparer au modèle des diagrammes c+1-40, la différence est nette en mettant en parallèle les sommes des taux des 3 tranches de fréquences correspondant aux régions du modèle, 1-7 8-18 19-40. Pour pmg j’obtiens respectivement en ‰ 325 332 343 et pour pub 608 204 188. Maintenant si je compare les courbes de détermination du polynome de 15 °, pub a un R2 de 981 mais la tranche 8-18 est en creux, alors que pmg a un R2 de 776 avec 2 collines dans la même tranche. Et en corrigeant le diagramme de pmg pour la seule fréquence 6, le R2 devient 796 et sa courbe prend la forme du modèle (voir le diagramme corrigé en rouge sur le même lien) .
- + Corrélation c+/x+ 1-40 de pmg: La corrélation entre les 2 colonnes de 1-40, de c+ et x+ de pmg est très forte. Elle est aussi forte que celle de pub, 0.703 contre 0.715, largement devant les autres génomes, autour de 0.550 pour les plus élevées ant cvi mja ( voir tableau récapitulatif). Ceci laisserait penser que les 2 courbes pmg seraient semblables au modèle fc40. Si avec pub je n’ai pas pu décrire la forme de la courbe x+1-40 à cause du faible effectif de 88, avec pmg et son effectif double de 196 sa courbe ressemble plus à la courbe pub c+1-40 qu’à la courbe du modèle. En effet avec des effectifs comparables, 196 pour pmg x+1-40 et 367 pour pub c+1-40, les 2 courbes présentent une colline à la fréquence 6 et un creux à la fréquence 11 bien que les R2 du polynome d°15 soient très élevés, respectivement 0.916 et 0.981. Les 2 courbes ont ensuite des formes qui expliquent leur corrélation avec leurs courbes complémentaires, c+ pour pmg et x+ pour pub, c’est à dire 2 collines pour pmg et un méplat pour pub.
- + Corrélation c+/x+ 1-400 de pmg: La corrélation entre les 2 colonnes de 1-400, de c+ et x+ de pmg est très forte. Elle est aussi forte que celle de pub, 0.802 contre 0.883. Mais alors que les corrélations de pub restent constantes, autour de 0.850, dans 41-200 1-200 et 1-250, celle de pmg 41-200 chute drastiquement à 0.728 proche de 0.611 (rru), la plus élevés des faibles corrélations des 41-250. Par contre les corrélations de pmg 1-200 et 1-250 augmentent symétriquement beaucoup, elles passent à 0.915 contre 0.802 pour 41-250. Ceci montre la plus grande importance des fréquences faibles chez pmg que chez pub. La chute de la corrélation 41-200 de pmg impacte directement la forme de sa courbe x+31-400, qui est un tilde moyen, tm, contrairement à celle de pub qui est SF.
- + Le tilde de la courbe pmg x+31-400: La forme en tilde de cette courbe illustre bien la chute drastique de la corrélation sur la tranche 41-200 par rapport à la tranche 41-250 que j’ai mise en évidence au paragraphe précédent. Elle définit les 2 parties de la courbe de part et d’autre du point d’inflexion ( flex pour abscisse du point d’inflexion) dont l’abscisse est la fréquence 180. La tranche 31-180 de la 1ère partie correspond à celle de la corrélation 41-200.
- - Les 2 parties
- Quand j’ai étudié les intercalaires positifs, avant de séparer les continus des discontinus, je me suis restreint à la tranche de 1 à 600 suggérée par l’étendue du génome pub.
- Et pour classer les génome je n’ai considéré que la partie centrale des diagrammes qui me paraissait spécifique à chacun. Ce sont les diagrammes de 26 à 370 avec des pas de 5 fréquences.
- Ils m’ont permis de montrer que la pente de la droite de détermination était proportionnelle au total des intercalaires cds-cds pour 18 génomes sans pmq cbei mba.
- Cette partie centrale, correspondant au renflement des diagrammes s+1-600, se retrouve dans les diagrammes c+1-400 avec des pas de 10 fréquences. Aussi j’ai séparé ce renflement du début, à la fréquence 30 correspondant en général à un minimum local, pour le représenter dans les diagrammes c+31-400 à peu près équivalents aux diagrammes s+26-370.
- C’est en cherchant à séparer ce renflement de la queue du diagramme qui représente la suite de la fonction puissance que j’ai choisi le polynome de d° 3 comme courbe de détermination pour tous les diagrammes s+n-400. La 1ère partie de ces diagrammes s+31-400 en tilde correspond au renflement spécifique à chaque génome et ne serait pas seulement fonction de la longueur des intercalaires, comme le renflement des diagrammes c+1-40 représenterait des séquences de controle. Les diagrammes c+31-400 de forme S sont plutot des fonctions puissances.
- En séparant les fréquences faibles de 1 à 30 les diagrammes x+31-400 présentent la plupart du temps un renflement de type controle.
- C’est là l’origine de la dénomination de “2 parties” pour les diagrammes s+31-400. Il faut noter que ce renflement est différent des diagrammes c+1-40 puisqu’il peut comportement plusieurs renflements aux fréquences unitaires.
- Lien tableur: pmg autres intercalaires aas
- Légende:
- - comp, le gène est sur le brin complement
- - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
- Totaux: 3 ncRNA 1 regulatory 1 tmRNA
tRNA-cds tRNA-tRNA autres-cds total
c+ x+ c- c+ x+ c- c+ x+ c-
40 28 1 5 5 4 83 1 ax+
- Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS voir le cas de amed.
cyano distribution par génome
cyano2 |
>1aa |
1aa |
-5s |
+5s |
-16s |
+16s |
duplica |
1-3aas |
total
|
npu |
21 |
39 |
|
|
|
8 |
4 |
|
72
|
pmg |
2 |
33 |
|
|
|
2 |
|
|
37
|
total |
23 |
72 |
|
|
|
10 |
4 |
|
109
|
- Lien tableur: cyano distribution du total
- Légende:
- - Couleurs du 1er tableau: voir bacilli
- - Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau. Cependant les duplicata ne sont pas comptés dans ce tableau mais dans les >1aa du 1er.
- - Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
Cyano. Distribution du total.
cyano. Distribution du total: sans +16s.
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
3 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
3
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
1 |
e cct |
|
cat |
|
cgt |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
2 |
b tcc |
2 |
tac |
2 |
tgc |
3
|
f atc |
|
j acc |
3 |
aac |
3 |
agc |
3
|
g ctc |
2 |
f ccc |
2 |
cac |
2 |
cgc |
3
|
h gtc |
2 |
n gcc |
2 |
gac |
3 |
ggc |
2
|
i tta |
2 |
c tca |
2 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
4 |
aaa |
2 |
aga |
2
|
k cta |
3 |
g cca |
3 |
caa |
3 |
cga |
|
l gta |
2 |
o gca |
2 |
gaa |
3 |
gga |
2
|
m ttg |
3 |
d tcg |
2 |
tag |
|
tgg |
3
|
n atgj |
4 |
l acg |
2 |
aag |
1 |
agg |
2
|
o ctg |
2 |
h ccg |
2 |
cag |
1 |
cgg |
2
|
p gtg |
|
p gcg |
1 |
gag |
|
ggg |
1
|
cyano2 |
>1aa |
1aa |
-5s |
+5s |
-16s |
+16s |
total
|
type |
27 |
72 |
|
|
|
|
99
|
|
cyano. Distribution du total: +16s duplicata
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
|
a tct |
|
tat |
|
atgf |
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
|
e cct |
|
cat |
|
cgt |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
|
b tcc |
|
tac |
|
tgc |
|
f atc |
5 |
j acc |
|
aac |
|
agc |
|
g ctc |
|
f ccc |
|
cac |
|
cgc |
|
h gtc |
|
n gcc |
|
gac |
|
ggc |
|
i tta |
|
c tca |
|
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
2 |
aaa |
|
aga |
|
k cta |
|
g cca |
|
caa |
|
cga |
|
l gta |
|
o gca |
5 |
gaa |
|
gga |
|
m ttg |
|
d tcg |
|
tag |
|
tgg |
|
n atgj |
2 |
l acg |
|
aag |
|
agg |
|
o ctg |
|
h ccg |
|
cag |
|
cgg |
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
cyano2 |
dupli |
1aa |
-5s |
+5s |
-16s |
+16s |
total
|
type |
4 |
|
|
|
|
10 |
10
|
|
cyano. indices du 25.11.20 84 génomes
g1 |
|
t1 |
|
84 |
3959 |
3,6 |
0
|
a atgi |
105 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
98
|
b att |
7.1 |
i act |
2.4 |
aat |
3.6 |
agt |
|
c ctt |
17 |
e cct |
2.4 |
cat |
2.4 |
cgc |
1.2
|
d gtt |
|
m gct |
1.2 |
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
123 |
b tcc |
102 |
tac |
118 |
tgc |
113
|
f atc |
195 |
j acc |
106 |
aac |
117 |
agc |
114
|
g ctc |
94 |
f ccc |
101 |
cac |
110 |
cgt |
111
|
h gtc |
102 |
n gcc |
108 |
gac |
119 |
ggc |
108
|
i tta |
83 |
c tca |
114 |
taa |
2.4 |
tga |
|
j ata |
9.5 |
k aca |
114 |
aaa |
115 |
aga |
114
|
k cta |
118 |
g cca |
130 |
caa |
114 |
cga |
2.4
|
l gta |
111 |
o gca |
193 |
gaa |
118 |
gga |
111
|
m ttg |
119 |
d tcg |
113 |
tag |
2.4 |
tgg |
110
|
n atgj |
118 |
l acg |
102 |
aag |
38 |
agg |
77
|
o ctg |
92 |
h ccg |
85 |
cag |
13 |
cgg |
100
|
p gtg |
43 |
p gcg |
82 |
gag |
8.3 |
ggg |
76
|
|
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Cyano. Distribution par type.
cyano. distribution des solitaires
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
3 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
2
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
1 |
e cct |
|
cat |
|
cgt |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
2 |
b tcc |
2 |
tac |
|
tgc |
2
|
f atc |
|
j acc |
1 |
aac |
2 |
agc |
2
|
g ctc |
1 |
f ccc |
2 |
cac |
2 |
cgc |
2
|
h gtc |
2 |
n gcc |
1 |
gac |
2 |
ggc |
2
|
i tta |
1 |
c tca |
2 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
2 |
aaa |
2 |
aga |
2
|
k cta |
2 |
g cca |
2 |
caa |
2 |
cga |
|
l gta |
2 |
o gca |
1 |
gaa |
2 |
gga |
2
|
m ttg |
2 |
d tcg |
2 |
tag |
|
tgg |
2
|
n atgj |
2 |
l acg |
2 |
aag |
1 |
agg |
2
|
o ctg |
1 |
h ccg |
1 |
cag |
|
cgg |
2
|
p gtg |
|
p gcg |
1 |
gag |
|
ggg |
1
|
cyano2 |
1aa |
72 |
|
|
|
|
|
|
cyano. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
|
a tct |
|
tat |
|
atgf |
1
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
|
e cct |
|
cat |
|
cgt |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
|
b tcc |
|
tac |
2 |
tgc |
1
|
f atc |
|
j acc |
2 |
aac |
1 |
agc |
1
|
g ctc |
1 |
f ccc |
|
cac |
|
cgc |
1
|
h gtc |
|
n gcc |
1 |
gac |
1 |
ggc |
|
i tta |
1 |
c tca |
|
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
|
aaa |
|
aga |
|
k cta |
1 |
g cca |
1 |
caa |
1 |
cga |
|
l gta |
|
o gca |
1 |
gaa |
1 |
gga |
|
m ttg |
1 |
d tcg |
|
tag |
|
tgg |
1
|
n atgj |
|
l acg |
|
aag |
|
agg |
|
o ctg |
1 |
h ccg |
1 |
cag |
1 |
cgg |
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
cyano2 |
>1aa |
23 |
|
|
|
|
|
|
cyano par rapport au groupe de référence
modifier
Comparaison avec la référence
tRNAs |
|
blocs tRNAs |
blocs rRNAs |
|
|
cyano2 |
1aa |
>1aa |
dup |
+5s |
1-3aas |
autres |
total |
|
21 |
faible |
19 |
4 |
|
|
|
|
23
|
16 |
moyen |
27 |
10 |
2 |
|
|
10 |
49
|
14 |
fort |
26 |
9 |
2 |
|
|
|
37
|
|
|
72 |
23 |
4 |
|
|
10 |
109
|
10 |
g+cga |
8 |
2 |
|
|
|
|
10
|
2 |
agg+cgg |
4 |
|
|
|
|
|
4
|
4 |
carre ccc |
6 |
2 |
|
|
|
|
8
|
5 |
autres |
1 |
|
|
|
|
|
1
|
|
|
19 |
4 |
|
|
|
|
23
|
|
|
total tRNAs ‰ |
|
|
|
|
|
cyano2 |
1aa |
>1aa |
dup |
+5s |
1-3aas |
autres |
cyano ‰ |
ref.‰
|
21 |
faible |
174 |
37 |
|
|
|
|
211 |
26
|
16 |
moyen |
248 |
92 |
18 |
|
|
92 |
450 |
324
|
14 |
fort |
239 |
83 |
18 |
|
|
|
339 |
650
|
|
|
661 |
211 |
37 |
|
|
92 |
109 |
729
|
10 |
g+cgg |
73 |
18 |
|
|
|
|
92 |
10
|
2 |
agg+cga |
37 |
|
|
|
|
|
37 |
|
4 |
carre ccc |
55 |
18 |
|
|
|
|
73 |
16
|
5 |
autres |
9 |
|
|
|
|
|
9 |
|
|
|
174 |
37 |
|
|
|
|
211 |
|
|
|
blocs tRNAs ‰ |
|
total colonne %
|
|
cyano2 |
1aa |
>1aa |
dup |
total |
ref.‰ |
1aa |
>1aa |
dup
|
21 |
faible |
192 |
40 |
|
232 |
26 |
26 |
17
|
16 |
moyen |
273 |
101 |
20 |
394 |
324 |
38 |
43
|
14 |
fort |
263 |
91 |
20 |
374 |
650 |
36 |
39
|
|
|
727 |
232 |
40 |
99 |
729 |
72 |
23
|
10 |
g+cgg |
81 |
20 |
|
101 |
10 |
42 |
|
2 |
agg+cga |
40 |
|
|
40 |
|
21 |
|
4 |
carre ccc |
61 |
20 |
|
81 |
16 |
32 |
|
5 |
autres |
10 |
|
|
10 |
|
5 |
|
|
|
192 |
40 |
|
232 |
|
19 |
|
- Lien tableur: cyano, estimation des -rRNAs
- Liens fiche: typage
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 25.11.20
- - ttt et tgt sont nuls partout
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
- - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs
cya cyano 31 génomes
cya1 cumul des +rRNAs de la fiche cyano pour 31 génomes
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
|
a tct |
|
tat |
|
atgf |
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
|
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
|
b tcc |
|
tac |
|
tgc |
|
f atc |
58 |
j acc |
|
aac |
|
agc |
|
g ctc |
|
f ccc |
|
cac |
|
cgc |
|
h gtc |
|
n gcc |
|
gac |
|
ggc |
|
i tta |
|
c tca |
|
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
|
aaa |
|
aga |
|
k cta |
|
g cca |
|
caa |
|
cga |
|
l gta |
|
o gca |
45 |
gaa |
|
gga |
|
m ttg |
|
d tcg |
|
tag |
|
tgg |
|
n atgj |
|
l acg |
|
aag |
|
agg |
|
o ctg |
|
h ccg |
|
cag |
|
cgg |
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
cyan31 |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
103 |
|
0 |
|
0 |
|
103
|
|
cya2 indices du clade cyano du 25.11.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1 |
|
t1 |
|
|
|
3.6 |
0
|
a atgi |
105 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
98
|
b att |
7.1 |
i act |
2.4 |
aat |
3.6 |
agt |
|
c ctt |
17 |
e cct |
2.4 |
cat |
2.4 |
cgc |
1.2
|
d gtt |
|
m gct |
1.2 |
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
123 |
b tcc |
102 |
tac |
118 |
tgc |
113
|
f atc |
195 |
j acc |
106 |
aac |
117 |
agc |
114
|
g ctc |
94 |
f ccc |
101 |
cac |
110 |
cgt |
111
|
h gtc |
102 |
n gcc |
108 |
gac |
119 |
ggc |
108
|
i tta |
83 |
c tca |
114 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
9.5 |
k aca |
114 |
aaa |
115 |
aga |
114
|
k cta |
118 |
g cca |
130 |
caa |
114 |
cga |
2.4
|
l gta |
111 |
o gca |
193 |
gaa |
118 |
gga |
111
|
m ttg |
119 |
d tcg |
113 |
tag |
|
tgg |
110
|
n atgj |
118 |
l acg |
102 |
aag |
38 |
agg |
77
|
o ctg |
92 |
h ccg |
85 |
cag |
13 |
cgg |
100
|
p gtg |
43 |
p gcg |
82 |
gag |
8.3 |
ggg |
76
|
gtRNA |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
1906 |
|
1607 |
|
1171 |
|
4684
|
|
cya3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 2 génomes
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
3 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
3
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
1 |
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
2 |
b tcc |
2 |
tac |
2 |
tgc |
3
|
f atc |
|
j acc |
3 |
aac |
3 |
agc |
3
|
g ctc |
2 |
f ccc |
2 |
cac |
2 |
cgt |
3
|
h gtc |
2 |
n gcc |
2 |
gac |
3 |
ggc |
2
|
i tta |
2 |
c tca |
2 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
4 |
aaa |
2 |
aga |
2
|
k cta |
3 |
g cca |
3 |
caa |
3 |
cga |
|
l gta |
2 |
o gca |
2 |
gaa |
3 |
gga |
2
|
m ttg |
3 |
d tcg |
2 |
tag |
|
tgg |
3
|
n atgj |
4 |
l acg |
2 |
aag |
1 |
agg |
2
|
o ctg |
2 |
h ccg |
2 |
cag |
1 |
cgg |
2
|
p gtg |
|
p gcg |
1 |
gag |
|
ggg |
1
|
cyan2 |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
39 |
|
37 |
|
23 |
|
99
|
|
cya4 indices des +rRNAs de la fiche cyano pour 100 génomes
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
|
a tct |
|
tat |
|
atgf |
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
|
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
|
b tcc |
|
tac |
|
tgc |
|
f atc |
187 |
j acc |
|
aac |
|
agc |
|
g ctc |
|
f ccc |
|
cac |
|
cgc |
|
h gtc |
|
n gcc |
|
gac |
|
ggc |
|
i tta |
|
c tca |
|
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
|
aaa |
|
aga |
|
k cta |
|
g cca |
|
caa |
|
cga |
|
l gta |
|
o gca |
145 |
gaa |
|
gga |
|
m ttg |
|
d tcg |
|
tag |
|
tgg |
|
n atgj |
|
l acg |
|
aag |
|
agg |
|
o ctg |
|
h ccg |
|
cag |
|
cgg |
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
cyan31 |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
332 |
|
0 |
|
0 |
|
332
|
|
cya5 estimation des -rRNA du clade cyano pour 100 génomes
g1 |
|
t1 |
|
|
|
3.6 |
0
|
a atgi |
105 |
a tct |
0.2 |
tat |
|
atgf |
98
|
b att |
|
i act |
0.7 |
aat |
|
agt |
0.2
|
c ctt |
0.9 |
e cct |
0.5 |
cat |
0.9 |
cgc |
1.4
|
d gtt |
0.2 |
m gct |
0.2 |
gat |
0.9 |
ggt |
0.2
|
e ttc |
123 |
b tcc |
102 |
tac |
118 |
tgc |
113
|
f atc |
8 |
j acc |
106 |
aac |
117 |
agc |
114
|
g ctc |
94 |
f ccc |
101 |
cac |
110 |
cgt |
111
|
h gtc |
102 |
n gcc |
108 |
gac |
119 |
ggc |
108
|
i tta |
83 |
c tca |
114 |
taa |
|
tga |
0
|
j ata |
9.5 |
k aca |
114 |
aaa |
115 |
aga |
114
|
k cta |
118 |
g cca |
130 |
caa |
114 |
cga |
2
|
l gta |
111 |
o gca |
48 |
gaa |
118 |
gga |
111
|
m ttg |
119 |
d tcg |
113 |
tag |
|
tgg |
110
|
n atgj |
118 |
l acg |
102 |
aag |
38 |
agg |
77
|
o ctg |
92 |
h ccg |
85 |
cag |
13 |
cgg |
100
|
p gtg |
43 |
p gcg |
82 |
gag |
8 |
ggg |
76
|
-rRNA |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
1574 |
|
1607 |
|
1156 |
|
4337
|
|
cya6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
150 |
a tct |
|
tat |
|
atgf |
150
|
b att |
|
i act |
|
aat |
|
agt |
|
c ctt |
50 |
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
100 |
b tcc |
100 |
tac |
100 |
tgc |
150
|
f atc |
|
j acc |
150 |
aac |
150 |
agc |
150
|
g ctc |
100 |
f ccc |
100 |
cac |
100 |
cgt |
150
|
h gtc |
100 |
n gcc |
100 |
gac |
150 |
ggc |
100
|
i tta |
100 |
c tca |
100 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
200 |
aaa |
100 |
aga |
100
|
k cta |
150 |
g cca |
150 |
caa |
150 |
cga |
|
l gta |
100 |
o gca |
100 |
gaa |
150 |
gga |
100
|
m ttg |
150 |
d tcg |
100 |
tag |
|
tgg |
150
|
n atgj |
200 |
l acg |
100 |
aag |
50 |
agg |
100
|
o ctg |
100 |
h ccg |
100 |
cag |
50 |
cgg |
100
|
p gtg |
|
p gcg |
50 |
gag |
|
ggg |
50
|
cyan2 |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
1950 |
|
1850 |
|
1150 |
|
4950
|
|
cyano, comparaison clade-annexe des -rRNAs
modifier
- Lien tableur: cyano, comparaison clade-annexe des -rRNAs
- Légende
- - cya7. diff, somme des couleurs de cya7. La différence entre tRNAs est faite entre cya5 et cya6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
- - cya8. rap, rapport des sommes couleurs cya5/cya2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de cya5 sur celui de cya2.
- Fréquences des différences en % du tableau cya7
gamme 0/0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 total
fréquence 1 12 9 14 3 2 1 0 1 0 5 0 48
tot ≤ 50 40
- Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 2% au dessus de celle de la fiche des cyano.
tRNAs fiche annexe
sans 1505 99
avec 119 10
genomes 31 2
indice % 49 50
cya cyano 63 génomes
cya7 cyano, différence clade-annexe des -rRNAs
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
30 |
a tct |
100 |
tat |
|
atgf |
35
|
b att |
|
i act |
100 |
aat |
|
agt |
100
|
c ctt |
98 |
e cct |
100 |
cat |
100 |
cgc |
100
|
d gtt |
100 |
m gct |
100 |
gat |
100 |
ggt |
100
|
e ttc |
19 |
b tcc |
2 |
tac |
15 |
tgc |
25
|
f atc |
100 |
j acc |
29 |
aac |
22 |
agc |
24
|
g ctc |
6 |
f ccc |
1 |
cac |
9 |
cgt |
26
|
h gtc |
2 |
n gcc |
7 |
gac |
21 |
ggc |
7
|
i tta |
17 |
c tca |
12 |
taa |
|
tga |
|
j ata |
100 |
k aca |
43 |
aaa |
13 |
aga |
12
|
k cta |
21 |
g cca |
13 |
caa |
24 |
cga |
100
|
l gta |
10 |
o gca |
52 |
gaa |
21 |
gga |
10
|
m ttg |
21 |
d tcg |
12 |
tag |
|
tgg |
27
|
n atgj |
41 |
l acg |
2 |
aag |
24 |
agg |
23
|
o ctg |
8 |
h ccg |
15 |
cag |
74 |
cgg |
0
|
p gtg |
100 |
p gcg |
39 |
gag |
100 |
ggg |
34
|
diff |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
330 |
|
279 |
|
337 |
|
946
|
|
cya8 cyano, rapports -rRNA/total
g1 |
|
t1 |
|
|
|
|
|
a atgi |
|
a tct |
|
tat |
|
atgf |
|
b att |
|
i act |
29 |
aat |
|
agt |
|
c ctt |
5 |
e cct |
|
cat |
|
cgc |
|
d gtt |
|
m gct |
|
gat |
|
ggt |
|
e ttc |
|
b tcc |
|
tac |
|
tgc |
|
f atc |
4 |
j acc |
|
aac |
|
agc |
|
g ctc |
|
f ccc |
|
cac |
|
cgc |
|
h gtc |
|
n gcc |
|
gac |
|
ggc |
|
i tta |
|
c tca |
|
taa |
|
tga |
|
j ata |
|
k aca |
|
aaa |
|
aga |
|
k cta |
|
g cca |
|
caa |
|
cga |
|
l gta |
|
o gca |
25 |
gaa |
|
gga |
|
m ttg |
|
d tcg |
|
tag |
|
tgg |
|
n atgj |
|
l acg |
|
aag |
|
agg |
|
o ctg |
|
h ccg |
|
cag |
|
cgg |
|
p gtg |
|
p gcg |
|
gag |
|
ggg |
|
rap |
inter |
|
max |
|
min |
|
total
|
|
83 |
|
100 |
|
99 |
|
93
|
|